水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记及其应用的制作方法
【专利摘要】本发明公开了本发明属于种子科学与技术应用领域，涉及水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记及其应用。利用本发明SSR标记的引物中的一对或多对对水稻基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增产物在8%非变性聚丙烯酰胺胶上进行电泳检测，如果扩增出对应大小的DNA片段，标志着控制水稻种子耐盐萌发的主效QTL?qGR2增效等位基因的存在。通过本发明的与种子耐盐萌发基因qGR2共分离和紧密连锁的分子标记方法，可预测水稻萌发期耐盐性水平，能快速筛选出水稻种子萌发期耐盐性品种。
【专利说明】水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记及其应用
【技术领域】
[0001]本发明属于种子科学与技术应用领域，涉及水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记及其应用。
【背景技术】
[0002]水稻(Oryza sativa L.)是世界上最重要的粮食作物之一。由于灌溉和施肥不当往往导致土壤中盐分积累，全球约有30%的水稻耕地受到盐害的影响。盐害已成为影响水稻生产的重要因素之一。
[0003]水稻在萌发期、苗期、分蘖期、孕穗期和成熟期等各个生长发育阶段都会发生不同程度的盐害，其中萌发期盐害容易发生在水稻直播田和秧田。尤其，随着经济的发展，水稻直播变得越来越普遍，水稻萌发期耐盐性显得尤为重要。
[0004]目前，对水稻耐盐性的QTL定位研究主要集中在苗期和成熟期，对种子萌发期研究尚少。多位学者利 用不同RILs、DH、F2:3等水稻作图群体，已定位了多个贡献率大于20%水稻盐胁迫相关主效QTLs。迄今为止，仅有一个苗期主效QTL SKCl是基于图位克隆方法被克隆。
[0005]在种子萌发期，盐分对种子萌发的影响一般归结为渗透效应和离子效应。渗透效应引起溶液渗透势降低而使种子吸水受阻，从而影响种子萌发；离子效应一方面造成直接毒害而抑制种子萌发，另一方面渗入种子，降低种子渗透势，加速吸水而促进萌发。可见，在盐逆境胁迫下，种子萌发性状是一个非常复杂的综合性状。种子萌发性状往往表现在发芽率、苗长、根长、鲜重、干重等诸多方面，是由多基因的控制的数量性状。随着分子标记技术及数量性状基因位点(QTL)分析技术的快速发展，控制种子萌发的QTL在染色体上的位置以及各位点对表型的相对贡献率都能被确定。目前，种子萌发数量性状基因位点分析已在拟南芥、水稻、大豆、莴苣等少数作物上有报道。
【发明内容】
[0006]本发明的目的是提供水稻种子萌发期耐盐性筛选的分子标记方法。通过检测与水稻种子耐盐萌发基因位点连锁的分子标记，可以快速筛选出耐盐水稻品种，提高水稻种子萌发期耐盐性筛选的可靠性、有效性；可以确定有无控制种子萌发期耐盐基因导入到育种品系中，提高水稻耐盐性状的选择效率、加快育种进程。
[0007]本发明的目的可通过如下技术方案实现:
[0008]水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记，所述的分子标记选自RMl3441、P8.RM13443中的任意一种；所述的分子标记RM13441上游引物为RM13441L:SEQ ID N0.1，下游引物为RM13441R:SEQ ID N0.2，扩增产物大小为87bp ;所述的分子标记P8上游引物为P8L:SEQ ID N0.3，下游引物为P8R:SEQ ID N0.4，扩增产物大小为252bp ;所述的分子标记RM13443 上游引物为 RM13443L:SEQ ID N0.5，下游引物为 RM13443R:SEQ ID N0.6，扩增产物大小为182bp。[0009]本发明所述的分子标记在水稻种子萌发期耐盐性分子筛选中的应用。
[0010]本发明所述的水稻种子萌发期耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记引物，所述的分子标记RM13441上游引物为RM13441L:SEQ ID N0.1，下游引物为RM13441R:SEQ IDN0.2，扩增产物大小为87bp ;所述的分子标记P8上游引物为P8L:SEQ ID N0.3，下游引物为P8R:SEQ ID N0.4，扩增产物大小为252bp ;所述的分子标记RM13443上游引物为RM13443L:SEQ ID N0.5，下游引物为RM13443R:SEQ ID N0.6，扩增产物大小为182bp。
[0011]本发明所述的分子标记在水稻种子萌发期耐盐性分子筛选中的应用。
[0012]水稻种子萌发期耐盐性分子筛选方法，步骤如下:
[0013](I)取水稻叶片，提取基因组DNA。
[0014](2)利用表1中的任意I对或I对以上分子标记引物对所述的基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增产物在8%非变性聚丙烯酰胺胶上进行电泳检测，如果扩增出对应大小的DNA片段，标志着qGR2增效等位基因存在。
[0015]表1
【权利要求】
1.水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记，其特征在于所述的分子标记选自RM13441、P8、RM13443中的任意一种；所述的分子标记RM13441上游引物为RM13441L:SEQ ID N0.1，下游引物为RM13441R:SEQ ID N0.2，扩增产物大小为87bp ;所述的分子标记P8上游引物为P8L:SEQ ID N0.3，下游引物为P8R:SEQ ID N0.4，扩增产物大小为252bp ;所述的分子标记RM13443上游引物为RM13443L:SEQ ID N0.5，下游引物为RM13443R:SEQ IDN0.6，扩增产物大小为182bp。
2.权利要求1所述的分子标记在水稻种子萌发期耐盐性分子筛选中的应用。
3.权利要求1所述的水稻种子耐盐萌发主效QTL位点qGR2的分子标记引物，其特征在于所述的分子标记RM13441上游引物为RM13441L:SEQ ID N0.1，下游引物为RM13441R:SEQ ID N0.2，扩增产物大小为87bp ;所述的分子标记P8上游引物为P8L:SEQ ID N0.3，下游引物为P8R:SEQ ID N0.4，扩增产物大小为252bp ;所述的分子标记RM13443上游引物为RM13443L:SEQ ID N0.5，下游引物为 RM13443R:SEQ ID N0.6，扩增产物大小为 182bp。
4.权利要求3所述的分子标记引物在水稻种子萌发期耐盐性分子筛选中的应用。
5.水稻种子萌发期耐盐性分子筛选方法，其特征在于包含如下步骤: (1)取水稻叶片，提取基因组DNA。 (2)利用权利要求3所述的分子标记引物对所述的基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增产物在8%非变性聚丙烯酰胺胶上进行电泳检测，如果扩增出对应大小的DNA片段，标志着耐盐基因qGR2增效等位基因的存在。
6.根据权利要求3所述的水稻种子萌发期耐盐性分子筛选方法，其特征在于所述的PCR反应:体积为25微升，其中10Xbuffer2.5微升，25mM MgCl2L 5微升，4pmol/微升引物对2.5微升，2.5mM dNTPs2微升，5单位/微升Taq酶0.2微升，模板DNA20纳克，加水至25微升。反应程序为DNA95°C预变性5min ;95°C预变性30s，50°C退火30s，72°C延伸展30s，循环35次；最后72°C延伸lOmin。
【文档编号】C12N15/11GK103642801SQ201310596917
【公开日】2014年3月19日 申请日期:2013年11月22日 优先权日:2013年11月22日
【发明者】王州飞, 张红生, 程金平, 王建飞, 黄骥, 鲍永美 申请人:南京农业大学