NANT癌症疫苗的制作方法
发明领域
本发明的领域是癌症治疗的组合物和方法，尤其是涉及人类癌症治疗的组合物和方法。
背景技术：
背景描述包括可以用于理解本发明的信息。这并不是指本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的发明相关，或者具体或隐含地引用的任何出版物是现有技术。
本文中的所有出版物和专利申请均通过引用并入，其程度如同每个单独的出版物或专利申请被具体和单独地指出通过引用而并入。如果并入的参考文献中术语的定义或用法与本文提供的术语的定义不一致或相反，则适用本文提供的术语定义，而不适用该术语在该参考文献中的定义。
最近，免疫系统被描述为在癌症中发挥双重作用，因其可通过检测和消除肿瘤细胞来防止癌症发展，并且还可通过选择可以逃避免疫破坏的肿瘤细胞来促进癌症进展。免疫系统在癌症中的这种矛盾作用也称为癌症免疫编辑(cancerimmunoediting:integratingimmunity'srolesincancersuppressionandpromotion.science.2011；331:1565-70)。免疫编辑被认为包括3个阶段：(1)消除，在此阶段免疫系统检测出肿瘤细胞并将其消除；(2)平衡，在此阶段癌细胞杀伤与肿瘤生长达到平衡；(3)逃逸，在此阶段肿瘤细胞变体逃避免疫防御并迅速生长。
癌细胞利用各种机制来逃避免疫细胞的识别和破坏(参见例如theimmunesystemandcancerevasionstrategies:therapeuticconcepts，jinternmed.2016；279：541-62)。癌细胞在许多情况下通过募集调节性t细胞(treg)、髓源性抑制细胞(mdsc)、和免疫抑制性巨噬细胞(m2巨噬细胞)来调节肿瘤微环境(tme)。癌细胞还通过下调某些mhc(主要组织相容性复合体)分子的表达来逃避免疫系统，这些mhc分子通常对于t细胞识别肿瘤相关抗原(taa)是至关重要的。
通常，基于最大耐受剂量(mtd)化疗的分子上未知的治疗方案、基于癌症标志物特征的靶向治疗、以及甚至伴随高剂量辐射的单克隆抗体疗法损害免疫系统，从而产生致耐受性细胞死亡。不幸的是，致耐受性肿瘤细胞死亡将使得能够逃避癌症免疫监视，并促进通常多种耐受性异源克隆的选择和逃逸，从而导致多种肿瘤类型的转移和长期不良后果。因此，与其意图相反，传统的治疗方案和当前的护理标准可能会无意中加剧和延续癌症免疫编辑的逃逸阶段，并支持免疫抑制性肿瘤微环境，导致癌症患者的长期不良后果。现有技术图1示例性地说明了癌症免疫编辑的三个阶段，描绘了从健康组织到转化细胞的路径、上述三个阶段、以及通常遇到的因子和信号传导分子。
实际上，现在已经认识到长期以来一直认为癌细胞以线性方式从单克隆占主导的突变细胞进行生长的假设是非常不准确的，这对于高剂量化疗的实践以及单药靶向治疗的实施具有重要的效果影响。现在普遍认为绝大多数癌症的出现和进展是由于癌细胞中的大量突变，并且癌症是多克隆疾病。而且，在大多数情况下，每个患者的癌症在突变的性质和数量方面是独特的。因此，涉及到当前的护理标准，存在一种矛盾的情况，即传统的基于mtd的治疗方案可能会引起短期应答，但同时通过使肿瘤微环境的平衡向免疫抑制状态倾斜来推动患者从平衡阶段进入逃逸阶段。实际上，传统治疗方案和当前的护理标准可能会通过支持导致癌症患者长期不良后果的免疫抑制性肿瘤微环境，而无意中加剧并延续肿瘤免疫编辑的逃逸阶段。这种对标准治疗后大多数实体瘤中有限长期缓解的潜在原因的深入了解，需要对基于mtd的化疗和单药靶向治疗的递送进行范式转换。
有趣的观点是：转化(“癌症”)细胞的形成通常作为再生生理过程的一部分发生，并且临床证据显示，癌症在休眠阶段(平衡)期间受到自然杀伤细胞的完整先天免疫系统(消除阶段)的牵制是人类正常的生理日常现象。从这个角度来看，当正常的生理状态被突变或肿瘤微环境的免疫抑制状态所淹没时，随之而来的是逃逸阶段，并产生癌症的临床迹象。
然而，到目前为止，还没有治疗方案试图将肿瘤细胞或组织从逃逸阶段恢复到平衡阶段或甚至消除阶段。因此，尽管本领域已知许多用于癌症的治疗组合物，但它们的使用通常限于靶向肿瘤细胞中的特定缺陷或以更一般的方式减少检查点抑制。从不同的角度来看，迄今已知的癌症疗法通常集中在肿瘤细胞的选定参数上，其中在存在肿瘤异质性的情况下复发几乎是既成事件。
因此，仍然需要提供治疗组合物和方法，其涉及癌症免疫编辑并且试图以患者特异性方式将肿瘤细胞或组织从逃逸阶段恢复到平衡阶段或甚至消除阶段。
技术实现要素：
本发明的主题涉及癌症治疗组合物和方法的各种用途，其中，向患者施用多种药物组合物以使肿瘤细胞或组织从逃逸阶段恢复到平衡阶段或甚至消除阶段。此外，至少一些药物组合物对患者和患者的肿瘤是特异性的，并且将以协同的方式实现肿瘤微环境的调节，以减少免疫抑制并增加肿瘤中的应激和损伤信号，诱导和增强先天性和适应性免疫应答，并产生免疫记忆。
在本发明主题的一个方面，发明人考虑了一种治疗肿瘤的方法，该方法包括通过施用降低肿瘤微环境中免疫抑制的至少第一药物组合物来反转肿瘤逃逸阶段的步骤。在另一步骤中，通过施用增强适应性免疫应答和/或先天免疫应答的至少第二药物组合物来诱导消除阶段，并且在进一步的步骤中，通过施用使适应性免疫应答朝th1应答偏倚的至少第三药物组合物来维持肿瘤的平衡阶段。
在优选的方面，第一药物组合物包含与白蛋白(例如，纳米微粒白蛋白)结合的药物。需要时，白蛋白还可以与抗体或其片段结合，以进一步改善靶向特异性。合适的药物包括苯达莫司汀(bendamustine)、硼替佐米(bortezomib)、卡巴他赛(cabazitaxel)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、顺铂(cisplatin)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、达沙替尼(dasatinib)、多西他赛(docetaxel)、多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、厄洛替尼(erlotinib)、依托泊苷(etoposide)、依维莫司(everolimus)、吉非替尼(gefitinib)、伊达比星(idarubicin)、羟基脲(hydroxyurea)、伊马替尼(imatinib)、拉帕替尼(lapatinib)、美法仑(melphalan)、米托蒽醌(mitoxantrone)、尼罗替尼(nilotinib)、奥沙利铂(oxiplatin)、紫杉醇(paclitaxel)、帕唑帕尼(pazopanib)、培美曲塞(pemetrexed)、雷帕霉素(rapamycin)、罗米地辛(romidepsin)、索拉非尼(sorafenib)、维罗非尼(vemurafenib)、舒尼替尼(sunitinib)、替尼泊苷(teniposide)、长春碱(vinblastine)、长春瑞滨(vinorelbine)和长春新碱(vincristine)，而合适的抗体或其片段包括reopro、kadcyla、campath、舒莱(simulect)、安维汀(avastin)、benlysta、adcetris、cimzia、rbitux、保骼丽(prolia)、泽瓦林(zevalin)、tysabri、gazyva、arzerra、xolair(索雷尔)、维克替比(vectibix)、perjeta、cyramza、诺适得(lucentis)、美罗华(rituxan)、bexar、yondelis和赫赛汀(herceptin)。或者，抗体或其片段也可以特异性结合坏死细胞的组分(例如，核仁蛋白、dna等)。
在更进一步考虑的方面，合适的第一药物组合物还可以包含抑制t-reg细胞、髓源性抑制细胞、和/或m2巨噬细胞的药物。因此，合适的药物包括顺铂、吉西他滨(gemcitabine)、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定(trabectedin)和rp-182(参见例如us9492499)。另外，或替代地，第一药物组合物可以包含血管通透性增强剂(例如，il2的一部分)。
关于合适的第二药物组合物，预期这种组合物可以包括重组细菌疫苗、重组病毒疫苗或重组酵母疫苗。最典型地，这种疫苗被基因工程化用于表达肿瘤相关抗原(例如，muc1、cea、her2、brachyury、致癌ras突变蛋白等)以及患者和肿瘤特异性新表位中的至少一种。此外，第二药物组合物还可以包括自然杀伤细胞(例如，ank细胞、hank细胞或tank细胞)和/或免疫刺激细胞因子(例如，il-2、il-15、il-17、il-21、il-15超级激动剂)。
预期第三药物组合物可以包含检查点抑制剂(例如，pd-1抑制剂或ctla4抑制剂)、免疫刺激细胞因子(例如，il-2、il-7、il-15、il-17、il-21、il-15及其超级激动剂形式)、重组细菌疫苗、重组病毒疫苗和重组酵母疫苗中的至少一种。
另外，预期的方法还可以包括向肿瘤施用低剂量辐射的步骤。
在本发明主题的另一方面，发明人预期了治疗肿瘤的方法。这种方法通常包括使用肿瘤的组学信息和肿瘤的途径分析以确定化疗治疗方案的步骤，以及以低剂量节拍方案实施化疗治疗方案的另一步骤。在又一步骤中，使用至少一种选择性地将药物递送至肿瘤微环境的药剂来实施第二治疗方案，并且使用基于组学信息的至少一种疫苗组合物来实施第三治疗方案。此外，实施包括检查点抑制剂和免疫刺激细胞因子中的至少一种的第四治疗方案。
优选地，组学信息包括全基因组序列信息、外显子组序列信息、转录组序列信息和蛋白质组学信息中的至少一种，和/或途径分析是paradigm分析。值得注意，应当理解的是，化疗治疗方案不依赖于肿瘤的解剖学定位。
在此类方法的其他方面，至少一种药剂可以包括与白蛋白结合的药物，其中白蛋白任选为纳米微粒白蛋白。合适的药物包括苯达莫司汀、硼替佐米、卡巴他赛、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、达沙替尼、多西他赛、多柔比星、表柔比星、厄洛替尼、依托泊苷、依维莫司、吉非替尼、伊达比星、羟基脲、伊马替尼、拉帕替尼、美法仑、米托蒽醌、尼罗替尼、奥沙利铂、紫杉醇、帕唑帕尼、培美曲塞、雷帕霉素、罗米地辛、索拉非尼、维罗非尼、舒尼替尼、替尼泊苷、长春碱、长春瑞滨和长春新碱。需要时，药剂还可以包括与白蛋白结合的抗体或其片段，优选的抗体或其片段包括reopro、kadcyla、campath、舒莱、安维汀、benlysta、adcetris、cimzia、rbitux、保骼丽、泽瓦林、tysabri、gazyva、arzerra、xolair、维克替比、perjeta、cyramza、诺适得、美罗华、bexar、yondelis和赫赛汀。
或者/另外，所述至少一种药剂还可以包含抑制t-reg细胞、髓源性抑制细胞、和m2巨噬细胞中的至少一种的药物，特别优选的药物包括顺铂、吉西他滨、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定和rp-182。
最优选地，合适的疫苗组合物包含重组细菌疫苗、重组病毒疫苗或重组酵母疫苗，其可以被基因工程化用于表达至少一种患者和肿瘤特异性新表位。
关于检查点抑制剂，优选的抑制剂是pd-1抑制剂或ctla4抑制剂，并且免疫刺激细胞因子可以是il-2、il-15、il-17、il-21、和/或il-15超级激动剂。另外，预期的方法还可以包括施用自然杀伤细胞和低剂量辐射中的至少一种。
根据以下优选实施方案的详细描述以及附图，本发明主题的各种目的、特征、方面和优点将变得更加明显，附图中相同的数字表示相同的组分。
附图说明
图1是癌症免疫编辑的三个阶段的示例性现有技术示意图。
图2是根据本发明主题的治疗的示例性示意图。
图3是在根据本发明主题的治疗的所选步骤中使用的示例性化合物的示意图。
图4是根据本发明主题的治疗的示例性流程图。
图5是一种或多种机制的示意图，认为每种药剂通过这些机制影响免疫系统，从而导致在hnscc治疗中肿瘤的免疫原性细胞死亡。
图6是在hnscc治疗的诱导阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图7是在hnscc治疗的维持阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图8是根据本发明主题的hnscc治疗方案的示意图。
图9是一种或多种机制的示意图，认为每种药剂通过这些机制影响免疫系统，从而导致在mcc治疗中肿瘤的免疫原性细胞死亡。
图10是在mcc治疗的诱导阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图11是在mcc治疗的维持阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图12是根据本发明主题的mcc治疗方案的示意图。
图13是一种或多种机制的示意图，认为每种药剂通过这些机制影响免疫系统，从而导致在黑色素瘤治疗中肿瘤的免疫原性细胞死亡。
图14是在黑色素瘤治疗的诱导阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图15是在黑色素瘤治疗的维持阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图16是根据本发明主题的黑色素瘤治疗方案的示意图。
图17是一种或多种机制的示意图，认为每种药剂通过这些机制影响免疫系统，从而导致在nhl治疗中肿瘤的免疫原性细胞死亡。
图18是在nhl治疗的诱导阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图19是在nhl治疗的维持阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图20是根据本发明主题的nhl治疗方案的示意图。
图21是一种或多种机制的示意图，认为每种药剂通过这些机制影响免疫系统，从而导致在nsclc治疗中肿瘤的免疫原性细胞死亡。
图22是在nsclc治疗的诱导阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图23是在nsclc治疗的维持阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图24是根据本发明主题的nsclc治疗方案的示意图。
图25是一种或多种机制的示意图，认为每种药剂通过这些机制影响免疫系统，从而导致在panc治疗中肿瘤的免疫原性细胞死亡。
图26是在panc治疗的诱导阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图27是在panc治疗的维持阶段期间施用多种药物组合物的流程图。
图28是根据本发明主题的panc治疗方案的示意图。
具体实施方式
使用最大耐受剂量(mtd)下的化疗的传统分子上未知的治疗方案、使用激酶抑制剂的靶向治疗、干扰细胞分裂的药物、和伴随高剂量辐射的抗体治疗通常会损害免疫系统，从而产生致耐受性细胞死亡，其转而使得能够选择和逃避癌症免疫监视，并且抗性、异源的克隆得以逃避，从而导致转移和长期不良后果。因此，传统治疗方案和当前的护理标准可能会无意中使肿瘤免疫编辑的逃逸阶段得以延续并支持免疫抑制性tme(肿瘤微环境)。
癌症治疗需要范式转换，其中治疗基于肿瘤的生物学，该肿瘤的生物学在很大程度上独立于解剖学、癌症进化的机制，并且特别适合于患者肿瘤的基因组变化。本文提供的治疗方法和组合物代表这种方法。
根据本发明的主题，发明人现在发现可将癌症治疗靶向至免疫原性细胞死亡(icd)最大化，同时维持和增强患者对癌症的抗肿瘤适应性和先天性应答。为此，本文提出的治疗方法和特定化合物和组合物的用途利用了细胞毒性化学疗法和放射疗法的较低的节拍剂量，以诱导损伤相关分子模式(damp)信号和肿瘤细胞死亡，同时使免疫系统的抑制最小化。另外，预期的方法还包括使用多种免疫调节剂、疫苗、检查点抑制剂、基于细胞的组合物、和融合蛋白以增强和刺激患者的适应性和先天性免疫应答。值得注意的是，通过克服免疫抑制tme，癌症的消除阶段可以通过效应细胞(例如，成熟的树突细胞、nk细胞、细胞毒性t细胞、记忆t-nk细胞)恢复，这些效应细胞优选通过使用融合蛋白、腺病毒和酵母载体疫苗以及自然杀伤细胞的组合疗法来激活。还应该理解，这种组合将靶向对患者具有特异性的突变模式。因此，免疫应答的脱靶刺激显著降低。
最优选地，以免疫治疗产品组合的时间空间编排的方式施用预期的化合物和组合物，以免疫调节肿瘤微环境、激活先天适应性免疫系统并诱导免疫原性细胞死亡(icd)。更具体地，发明人预期这种方法将产生协同效应，尤其是：
(1)破坏癌症免疫编辑的逃逸阶段，优选地通过克服肿瘤免疫抑制状态来破坏癌症免疫编辑的逃逸阶段。这种治疗优选地通过组织和/或液体活组织检查获知，用能够抑制t-reg、mdsc和m2巨噬细胞的低剂量节拍化学治疗剂和/或通过抑制增强免疫抑制的免疫系统的细胞因子(例如tgfβ)来实施；
(2)诱导癌症免疫编辑的消除阶段，优选地通过上调和/或诱导损伤相关分子模式(damp)信号；上调肿瘤相关的mhc限制性抗原和应激受体(nkg2d)；上调肿瘤特异性受体如pd-l1和/或经由低剂量辐射、施用免疫调节药物(imid)和组蛋白去乙酰化酶(hdac)；和/或激活树突细胞、自然杀伤细胞、细胞毒性t细胞、记忆t和/或通过腺病毒的自然杀伤(nk)细胞、细菌；和/或酵母载体疫苗、细胞因子融合蛋白给药、检查点抑制剂；和/或nk细胞疗法输注来实现；和
(3)恢复癌症免疫编辑的平衡阶段，这可以通过使用疫苗加强剂、细胞因子融合蛋白维持、和/或定期外源nk输注来维持患者免疫系统的th1状态来实现。
从另一个角度来看，发明人考虑，预期治疗的时间空间方式将通过克服逃逸阶段、重新建立消除阶段以及通过实现对平衡阶段支持的长期维持来重新获得患者免疫系统的自然(癌前)状态。
为此，以及在其他预期的选择中，优选的治疗组分包括：(a)纳米颗粒白蛋白结合(nab)化疗组合以进入肿瘤微环境(例如，经由胞吞转运)以克服肿瘤抑制环境，(b)产生疫苗实体的抗原(例如，重组腺病毒、细菌和/或酵母)，其直接或间接地将肿瘤相关抗原和/或患者和肿瘤特异性新抗原递送至免疫潜能细胞，以激活患者中的未成熟树突细胞并以肿瘤特异性方式诱导和/或增强适应性免疫应答，(c)自然杀伤细胞，其可以是内源的(例如，通过用il-15或il-15超级激动剂刺激)和/或外源的(例如，基因修饰的nk细胞，例如ank、hank、tank细胞)，以诱导和/或增强先天免疫应答，和(d)内源激活的记忆t细胞和/或nk细胞，以维持长期的缓解，优选经由疫苗、细胞疗法、和融合蛋白(例如，基因工程化融合蛋白细胞因子刺激物和/或检查点抑制剂)激活。
因此，从机械观点来看，发明人预期免疫治疗化合物和/或组合物的组合的时间空间编排将通过以下各种方式来免疫调节肿瘤微环境，诱导免疫原性细胞死亡(icd)，并导致多种肿瘤的长期可持续缓解，同时具有相比当前的标准护理更低的毒性和更高的功效：(a)用能够诱导免疫原性细胞死亡(icd)的低剂量节拍化学治疗剂，以及一种或多于一种免疫抑制细胞因子的抑制剂来穿透肿瘤微环境以克服肿瘤免疫抑制状态，优选通过组织和液体活组织检查获知肿瘤免疫状态的信息；(b)通过低剂量辐射、imid(免疫调节药物)和hdac(组蛋白去乙酰化药物)试剂来上调损伤相关分子模式(damp)信号的诱导，并上调肿瘤相关mhc限制性抗原和应激受体(nkg2d)；(c)通过多种细胞因子融合蛋白、检查点抑制剂施用和nk细胞疗法输注来激活树突细胞、自然杀伤细胞、细胞毒性t细胞、记忆t和/或nk细胞；和(d)通过加强疫苗(例如，递送肿瘤相关新抗原的抗原腺病毒、细菌和/或酵母载体)、nk活化剂和多种免疫刺激融合蛋白来维持平衡状态。实际上，应该理解，预期的方法和用途利用肿瘤作为抗原性和佐剂性的来源。
值得注意的是，在使用根据本发明主题的治疗方法的情况下，应该认识到，这种方法中的大多数药物主要不是使用它们的传统功能(例如，阻断特异性受体或抑制特异性酶)，而是药物组合以协同的方式用于调节肿瘤的免疫生物学和患者的免疫系统，从而将肿瘤从逃逸阶段恢复到消除阶段和平衡阶段。相反，目前使用的组合迄今未能利用或甚至认识到癌症免疫编辑的调节作为癌症治疗中的战略方法。
图2示例性地示出了本发明主题的各个方面。这里，如示例所示，虽然可以使用会导致一定比例肿瘤细胞的致耐受性细胞死亡的标准护理来治疗具有多克隆癌细胞的肿瘤，但是治疗通常会产生存活细胞部分，该存活细胞部分代表对标准护理具有抵抗力并且已经建立了具有tme的肿瘤和/或转移灶的细胞，该tme现在是免疫抑制的并且对许多治疗策略无响应。此外，应该注意的是，致耐受性细胞通常不会像icd(免疫原性细胞死亡，其是由于癌症患者针对肿瘤的一种或多于一种抗原的免疫应答而导致的细胞死亡，通常是经由先天性和适应性免疫应答)中常见的那样产生免疫刺激。
相反，预期的用途和方法被设计为首先通过使用特异地或优先地进入tme的组合物和化合物来减少或甚至反转tme的免疫抑制，如下面进一步详细描述。除了减少或抑制tme的免疫抑制之外，预期的方法和用途还可以优选地包括低剂量的节拍化疗。这种低剂量和节拍式的化疗有利地使得患者的免疫系统能够起作用，从而达到使得其能够以治疗有效的方式实现先天性和适应性免疫应答的程度。
此外，通常预期通过患者肿瘤的组学分析和途径分析来获知这种低剂量的节拍化疗。例如，组学分析可以识别与肿瘤相关的特异性突变以及对患者和肿瘤特异的新表位的存在和表达。因此，可以用已知的用于治疗特异性突变的药物(例如，用于k-ras的激酶抑制剂等)来靶向这种突变。另外，如此识别的肿瘤和患者特异性突变也可以用于免疫治疗，如下文更详细地描述。优选地，使用来自相同患者的肿瘤和匹配的正常样品进行组学分析，如us20120059670和us20120066001中示例性描述的。因此，应当理解，患者肿瘤的组学分析不仅会揭示可成药的靶标，而且还提供可以用于免疫疗法的患者和肿瘤特异性新表位信息。
例如，可以通过分析和比较来自患者的患病组织和健康组织的组学数据(例如，通过全基因组测序和/或外显子组测序等)来识别患者特异性和肿瘤特异性新抗原。在识别出的突变中，通常优选地通过过滤突变类型、转录强度、翻译强度和先验已知的分子变异中的至少一种来进一步选择患者特异性新抗原。在国际专利申请第pct/us16/56550号中进一步详细描述了关于患者特异性新抗原和/或癌症特异性、患者特异性新抗原的识别的细节。
此外，特别预期的是，肿瘤相关抗原是hla类型患者的至少一种mhci类亚型或至少一种mhcii类亚型的高亲和力结合剂，这可以使用例如wo2017/035392中所述的debruijn图方法经由计算机确定，或使用本领域已知的常规方法(例如，基于抗体的常规方法)确定。通过计算机测试人疾病相关抗原与所确定的hla类型的结合亲和力。优选的结合亲和力可以例如使用netmhc通过最低kd，例如，小于500nm、或小于250nm、或小于150nm、或小于50nm来测量。最典型地，hla类型确定包括至少三种mhc-i亚型(例如，hla-a、hla-b、hla-c等)和至少三种mhc-ii亚型(例如，hla-dp、hla-dq、hla-dr等)，优选地，其中每种亚型被确定达到至少4位深度。应当理解，这种方法不仅会识别真正针对患者和肿瘤的特异性新抗原，而且还识别那些最可能在细胞上呈递的新抗原，并且因此最可能引发具有治疗效果的免疫应答。
当然，应该理解，患者的hla类型与患者和癌症特异性新抗原的匹配可以使用除netmhc之外的系统来完成，并且合适的系统包括netmhcii、netmhcpan、iedb分析资源(urlimmuneepitope.org)、rankpep、predep、svmhc、epipredict、hlabinding等(参见，例如jimmunolmethods2011；374：1-4)。在计算最高亲和力时，应该注意，可以使用其中所改变的氨基酸的位置被移动的新抗原序列的集合(同上)。或者，或另外，可以通过添加n末端和/或c末端修饰来实现对新抗原的修饰，以进一步增加所表达的新抗原与患者的hla类型的结合。因此，新抗原可以与所识别的一样是天然的，或被进一步修饰以更好地匹配特定的hla类型。
此外，如果需要，可以计算相应的野生型序列(即没有氨基酸改变的新抗原序列)的结合，以确保高差异亲和力。例如，新抗原及其相应的野生型序列与mhc结合的特别优选的高差异亲和力是至少2倍、至少5倍、至少10倍、至少100倍、至少500倍、至少1000倍等。
此外，组学信息(特别地，其中组学信息包括全基因组测序或外显子组测序、rna序列和转录数据、和(优选定量的)蛋白质组学信息)也可以用于确定多种细胞信号传导途径的状态。此类途径信息，尤其是与突变信息相结合，可以揭示细胞内与肿瘤的解剖学特征无关的其他可成药靶标(例如，非乳腺癌中her2信号传导的存在)。基于组学信息的特别优选的途径分析包括wo2011/139345、wo2013/062505、wo2014/193982、wo2014/059036、wo2014/210611、wo2015/184439和wo2016/118527中描述的那些。从不同的角度来看，预期的治疗和用途中的组学数据将用于以下两者：基于途径信息而不是肿瘤类型和位置来获知免疫治疗组合物的产生信息以及获知化学治疗药物的选择信息。因此，合适的组学数据包括全基因组测序数据、外显子组测序数据、rna序列和转录数据、以及蛋白质组学数据(例如，来自质谱分析的定量蛋白质组学数据)。
基因组学、转录组学和蛋白质组学数据的使用，特别是其与所获数据的途径分析相结合的使用，能够识别关键的经改变的细胞信号传导途径，并且识别对于肿瘤的解剖学类型不敏感但对信号转导和相关细胞事件的功能改变敏感的治疗途径。这不仅能够识别原本不予考虑的适合于治疗肿瘤的药物，而且能够调节肿瘤的免疫参数。即使在治疗开始之前，也可以识别dna、rna和蛋白质特征以及信号传导途径中的相关变化。事实上，非假设的随机分析使治疗决策能够不偏重于传统的逐个组织分配疗法，也不偏重先前的假设，即几百个dna将成为癌症的驱动因素。
进一步关于减少或抑制tme的免疫抑制，预期tme可以被优先在tme中累积的药物直接靶向。例如，直接靶向包括使用抑制剂或t-reg(调节性t细胞)、mdsc(髓源性抑制细胞)、和/或m2巨噬细胞，使用如下文进一步描述的白蛋白药物缀合物，和/或使用与结合至坏死细胞的抗体或其片段(例如，核仁蛋白、组蛋白、dna等)结合的药物。间接靶向通常使用通透性增强药物，该药物透化tme的新血管系统(例如，其il-2或其pep片段)，使得药物能够容易地到达tme。
在进一步预期的减少或抑制tme免疫抑制的方面，预期tme还可以经受诱导多种应激信号，尤其是nkg2d的表达和展示的应激条件，以便吸引nk和其他免疫潜能细胞。例如，可以使用低剂量放射疗法(例如，低于8戈瑞(gy))、激素剥夺、小分子抑制剂等诱导应激响应。值得注意的是，在采用一种或多于一种上述方法的情况下，认为至少一些肿瘤细胞会经历暴露于多种免疫潜能细胞，尤其是自然杀伤细胞(其可以是患者自身拥有的，或如下文进一步描述的外源nk细胞)。因此，针对tme可以导致第一先天性免疫应答。有利地，这种先天性免疫应答(例如，经由nk细胞)会触发免疫级联并刺激针对由先天性免疫应答杀死的细胞的组分的适应性免疫应答。因此，应当理解，治疗和使用某些化合物和组合物可以用于减少或消除tme中的免疫抑制，因此可用于阻断或反转癌症免疫编辑的逃逸阶段。
发明人预期，在tme中的免疫抑制减少或逆转后，或与tme中免疫抑制的减少或逆转同时，可以诱导肿瘤的消除阶段，优选地经由一种或多于一种增强适应性免疫应答和先天性免疫应答中的至少一种的药物化合物或组合物。关于适应性免疫应答的优选诱导，通常优选由一种或多于一种疫苗组合物产生这种应答。例如，特别优选地，疫苗组合物被配制用于产生针对肿瘤相关抗原(例如，muc-1、brachyury、cea、her2等)和/或(优选患者和肿瘤特异性)肿瘤新表位的免疫应答。在这种情况下，应当理解，将在如上所述的组学信息的基础上选择用于产生适应性免疫应答的肿瘤新表位。有利地，因此，特定患者的组学信息用于至少识别化学治疗药物(优选经由使用组学数据的途径分析)和用于识别合适的新表位以产生免疫治疗组合物。
在其他合适的选择中，通常优选地，免疫治疗组合物是基于细菌疫苗、酵母疫苗和(腺)病毒疫苗中的至少一种的癌症疫苗，如下文更详细描述。应当理解，癌症疫苗优选是已经在细胞内空间中表达一种或多于一种肿瘤相关抗原和/或肿瘤新表位的重组实体，或者重组实体是编码的重组病毒表达载体。在进一步优选的方面，还应注意，可以按顺序施用(例如，首先是细菌，然后是酵母，然后是病毒)疫苗组合物，或者仅使用一种或两种疫苗组合物(例如，仅腺病毒或细菌疫苗)。当然，应当理解，重组蛋白质或编码蛋白质的核酸在所有疫苗组合物中可以是相同的、重叠的或不同的。
关于在消除阶段中增强先天性免疫应答，通常优选地，先天性免疫应答可以来自患者自身的免疫系统或经由外源免疫潜能细胞。例如，在患者的先天性免疫应答增强的情况下，可以使用一种或多于一种如下面更详细讨论的免疫刺激细胞因子来增强自然杀伤细胞和激活的t细胞的增殖和活性。或者，或另外地，患者还可以接受同种异体nk细胞，最优选激活的nk细胞(例如ank细胞、hank细胞、或tank细胞)和/或具有嵌合t细胞受体的重组t细胞。nk输注，尤其是ank和hank输注有利地扩增了tme中肿瘤细胞上存在的先前应激信号(通常由节拍低剂量化疗、低剂量辐射、和/或内分泌剥夺诱导)。另外，可以经由高亲和力cd16受体将hank细胞与一种或多于一种结合肿瘤相关抗原或新表位的抗体结合。因此，先天性免疫应答可以特异性地针对肿瘤细胞。通过施用如下面进一步详细讨论的一种或多于一种细胞因子、融合蛋白和/或趋化因子可以进一步增强或支持消除阶段。
因此，应当理解，由于tme和肿瘤预先被调节为具有减少或消除的免疫抑制并具有额外的应激信号，因此施用化合物和组合物以诱导或增强消除阶段会特别有效。从不同的角度来看，所有或几乎所有先前已知的治疗通常不能表现出治疗效果，因为这样的治疗被递送或施用至维持了免疫抑制的tme。相反，目前预期的方法和用途有利地预处理肿瘤和tme，从而使诱导消除阶段的治疗更有效。需要时，可以通过施用一种或多于一种抑制t-reg、mdsc、和/或m2巨噬细胞的药物进一步支持消除阶段。
在诱导消除阶段达预定时间或预定的治疗响应后，预期的方法和用途会用于维持平衡阶段。在这一点上，残留的肿瘤、转移瘤、和肿瘤细胞会在同样刺激免疫级联的过程(即，由免疫潜能细胞(例如，nk细胞、细胞毒性t细胞)攻击的肿瘤细胞释放肿瘤的免疫原性蛋白质，从而导致表位扩散和进一步的免疫应答的过程)中被大量消除，从而导致免疫原性细胞死亡和免疫记忆(例如记忆t细胞、记忆b细胞、记忆nk细胞)。为了维持患者的免疫状态并进一步增强针对肿瘤细胞上存在的抗原的记忆，患者可以接受如上所述的检查点抑制剂、免疫刺激细胞因子、和/或其他疫苗剂量。上述化合物和组合物的这种治疗和使用会有效地使适应性免疫应答和/或平衡阶段朝th1应答(通常以产生干扰素-γ、肿瘤坏死因子α和il-2为特征；相反，th2应答通常以产生il-4、il-5、il-6、il-10和il-13为特征)偏倚。使用预期的化合物和组合物的维持将维持平衡阶段，支持先天性和适应性免疫应答，并帮助产生记忆nk、t和b细胞。
从不同的角度来看，提供一种反转肿瘤逃逸阶段，同时或更优选地随后诱导消除阶段，并且维持肿瘤的平衡阶段的治疗方案可以克服先前开发或建立的肿瘤的免疫抑制和逃逸。因此，尽管预期的方法和用途使用了一些与传统治疗相同的化合物和组合物，但既未认识到也未领会用于实现从逃逸阶段逆转至消除阶段并维持平衡阶段的协同治疗方案。
图3示意性地示出了预期的一些化合物、组合物和用途。例如，可以使用白蛋白结合型紫杉醇(abraxane，与纳米颗粒白蛋白结合的紫杉醇)、多种抗体-药物缀合物来针对tme，所述抗体-药物缀合物具有与坏死细胞的组分特异性结合的抗体部分。例如，白蛋白药物缀合物可以用于开发针对肿瘤微脉管系统内皮中的白蛋白的gp60介导的胞吞转运机制。因此，预期了多种具有白蛋白的药物缀合物，其中药物与白蛋白(或纳米颗粒重折叠白蛋白)非共价结合，并且预期的药物包括多种细胞毒性药物、抗代谢药物、烷化剂、影响微管蛋白的药物、拓扑异构酶抑制剂、干扰dna修复的药物等。因此，合适的药物包括苯达莫司汀(bendamustine)、硼替佐米(bortezomib)、卡巴他赛(cabazitaxel)、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、达沙替尼(dasatinib)、多西他赛(docetaxel)、多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、厄洛替尼(erlotinib)、依托泊苷(etoposide)、依维莫司(everolimus)、吉非替尼(gefitinib)、伊达比星(idarubicin)、羟基脲、伊马替尼(imatinib)、拉帕替尼(lapatinib)、美法仑(melphalan)、米托蒽醌(mitoxantrone)、尼罗替尼(nilotinib)、奥沙利铂(oxiplatin)、紫杉醇、帕唑帕尼(pazopanib)、培美曲塞(pemetrexed)、雷帕霉素(rapamycin)、罗米地辛(romidepsin)、索拉非尼(sorafenib)、维罗非尼(vemurafenib)、舒尼替尼(sunitinib)、替尼泊苷(teniposide)、长春碱(vinblastine)、长春瑞滨(vinorelbine)和长春新碱(vincristine)。此类缀合物将有利地以低剂量和节拍方式施用。用于缀合(或不缀合)白蛋白的其他预期药物包括抑制tme中的抑制细胞，尤其是t-reg细胞、髓源性抑制细胞、和/或m2巨噬细胞的药物。例如，此类药物包括顺铂、吉西他滨(gemcitabine)、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺(temozolomide)、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定(trabectedin)和rp-182(参见例如us9492499)。
同样地，当由肿瘤微脉管系统内皮的fcrn受体介导药物缀合物进入tme中时，预期了具有免疫球蛋白fc部分的各种缀合物和嵌合蛋白。因此，特别预期的缀合物和嵌合蛋白会包括免疫刺激细胞因子(例如il-2、il15等)和趋化因子(例如cxcl14、cd40l等)。或者，还可以通过破坏肿瘤微脉管系统，通常使用il-2的通透性增强肽(pep)部分以更非特异性的方式靶向tme。此类通透性增强剂优选地与结合坏死肿瘤细胞的药物和/或抑制抑制性细胞的药物一起提供或在这些药物施用之前提供。
同样如图3中示意性所示出的，使用一种或多于一种化学治疗药物可以增加tme中肿瘤细胞的免疫原性，所述化学治疗药物优选地针对如上所述的组学和途径分析进行选择。这种治疗优选地以低剂量和节拍方式进行，以触发应激信号的过表达或转录。例如，通常优选地，这种治疗将有效地影响蛋白质表达、细胞分裂和细胞周期中的至少一种，优选地诱导细胞凋亡或至少诱导或增加应激相关基因的表达(尤其是nkg2d配体、damp信号)。应当注意，化学治疗剂可以通过在肿瘤细胞中诱导免疫原性类型的细胞死亡从而诱导特异性损伤相关分子模式(damp)信号，来有利地刺激免疫系统的先天性和适应性应答。这些信号触发细胞碎片的吞噬作用，促进树突细胞的成熟，激活t细胞和nk细胞，最终促进抗肿瘤应答。
因此，在预期的方面，增加免疫原性和/或降低免疫抑制的治疗将包括使用一种或多于一种靶向tme的化学治疗剂进行的低剂量治疗。最典型地，低剂量治疗的剂量等于或小于70％、等于或小于50％、等于或小于40％、等于或小于30％、等于或小于20％、等于或小于10％、或等于或小于5％的化学治疗剂的ld50或ic50。从不同的角度来看，低剂量给药的剂量为如药物处方信息所示的通常推荐的剂量的5％至10％、或10％至20％、或20％至30％、或30％至50％、或50％至70％。另外，在需要时，这种低剂量方案可以以节拍方式进行，例如，如us7758891、us7771751、us7780984、us7981445、和us8034375中所述。
此外，靶向tme以增加免疫原性和/或降低免疫抑制的预期治疗可以伴随放射疗法，尤其是以相对低剂量(例如，剂量为通常推荐的肿瘤辐射剂量的5％至10％、或10％至20％、或20％至30％、或30％至50％、或50％至70％)进行的靶向立体定向放射疗法。为了利用应激信号的表达和展示或分泌，通常优选地，在低剂量化疗和/或12％至36％内的低剂量辐射后输注nk细胞(例如，ank细胞、hank细胞、或tank细胞)以增强先天免疫应答。
因此，预期来说，预期的治疗和用途还可以包括将自体或异源nk细胞，特别是经遗传修饰以显示较少抑制的nk细胞输注至患者。例如，经遗传修饰的nk细胞可以是nk-92衍生物，其被修饰为至少一种杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)的表达降低或消除，这将使这种细胞被组成型激活。当然，应该注意的是，可以删除一种或多于一种kir或者可以抑制它们的表达(例如，通过mirna、sirna等)，该kir包括kir2dl1、kir2dl2、kir2dl3、kir2dl4、kir2dl5a、kir2dl5b、kir2ds1、kir2ds2、kir2ds3、kir2ds4、kir2ds5、kir3dl1、kir3dl2、kir3dl3和kir3ds1。可以使用本领域熟知的方案来制备这种经修饰的细胞。或者，此类细胞也可以以ank细胞(经激活的自然杀伤细胞)从nantkwest商购获得。然后可以进一步修饰这种细胞以表达如下面进一步讨论的共刺激分子。此外，适用于本文的预期nk细胞还包括已消除或沉默nkg2a表达的nk细胞，nkg2a表达是treg和mdsc的激活信号。
或者，基因工程化的nk细胞也可以是经修饰以表达高亲和力fcγ受体(cd16-158v)的nk-92衍生物。fcγ受体的高亲和力变体的序列是本领域熟知的，并且所有产生和表达的方式都被认为适用于本文。这种受体的表达被认为允许使用由患者响应于本文预期的治疗而产生的抗体或者作为治疗性抗体而提供的抗体来特异性靶向肿瘤细胞，其中这些抗体对患者的肿瘤细胞(例如新表位)、特定肿瘤类型(例如her2neu、psa、psma等)或与癌症相关的抗原(例如cea-cam)具有特异性。有利地，这种细胞可以以hank细胞(高亲和力自然杀伤细胞)从nantkwest商购获得，并且随后可以进一步被修饰(例如，以表达共刺激分子)。
在其他方面，遗传工程化的nk细胞也可以被基因工程化以表达嵌合t细胞受体。在特别优选的方面，嵌合t细胞受体将具有scfv部分或其他胞外域，该scfv部分或其他胞外域对如通过组学分析所确定的患者的肿瘤相关抗原、肿瘤特异性抗原和/或新表位具有结合特异性。如前所述，这些细胞可以以tank细胞('靶向活化自然杀伤细胞')从nantkwest商购获得，并根据需要进一步修饰。当细胞具有被设计为对癌症相关抗原或新表位具有亲和力的嵌合t细胞受体时，预期所有已知的癌症相关抗原和新表位被认为适合使用。例如，肿瘤相关抗原包括cea、muc-1、cypb1、psa、her-2、psa、brachyury等。
此外，应该注意的是，本文预期的方法和用途还包括用nk细胞以外的细胞进行基于细胞的治疗。例如，合适的基于细胞的治疗包括基于t细胞的治疗。在其他选择中，预期可以检测与t细胞相关的一种或多于一种特征(例如，cd4+t细胞、cd8+t细胞等)。更具体地，预期的组学分析可以识别特异性新表位(例如，针对mhci的8mer至12mer，针对mhcii的12mer至25mer等)，该特异性新表位可以用于识别携带针对新表位/mhc蛋白复合物的特异性t细胞受体的新表位反应性t细胞。因此，该方法可以包括收获新表位反应性t细胞。所收获的t细胞可以离体生长或扩增(或在耗尽的情况下重新激活)以准备重新引入患者。或者，可以将收获的t细胞中的t细胞受体基因分离并转移至病毒或其他过继性细胞疗法系统(例如car-t、car-tank等)中。除了新表位之外，组学分析还可以提供一种或多于一种肿瘤相关的抗原(taa)。因此，还可以收获具有对这些分析中识别出的taa敏感的受体的t细胞。这些细胞可以离体生长或培养，并以与上述类似的治疗方式使用。可以通过产生合成形式的肽并将它们与商业生产的mhc或mhc样蛋白结合，然后使用这些离体复合物结合靶t细胞来识别t细胞。应当理解，收获的t细胞可以包括已经由患者对疾病、耗尽的t细胞、或其他响应于所讨论的特征的t细胞的免疫性应答所激活的t细胞。
因此，应该注意的是，上述治疗不仅会靶向tme以减少tme中肿瘤细胞的免疫抑制并增加免疫原性，而且还将启动或支持先天性免疫应答。有利地，使用肿瘤抗原特异性抗体可以进一步增强先天性免疫应答，该肿瘤抗原特异性抗体在与肿瘤细胞结合时引发nk细胞的细胞毒性细胞杀伤。值得注意的是，这种抗体可以靶向已知的肿瘤相关抗原(例如，muc-1、her2、brachyury、cea等)，但也靶向先前使用预期的组学分析识别出的患者特异性和肿瘤特异性新表位。例如，wo2016/172722中示例性地描述了新表位特异性抗体的制备和使用。这种抗体介导的细胞杀伤也会增强表位扩散(即经由细胞毒性细胞杀伤呈递新的肿瘤细胞表位)，其转而会诱导或增强适应性免疫应答。
此外，进一步关于与肿瘤细胞抗原结合的抗体，应当理解，这种抗体或其片段也可以制备成融合蛋白，其中非抗体部分是免疫刺激细胞因子、趋化因子、共刺激分子、或干扰检查点抑制的分子。
从不同的角度来看，可以通过刺激或抗免疫抑制因子的肿瘤特异性结合来产生或增强肿瘤免疫原性。这种治疗会有利地通过先天性免疫应答和适应性免疫应答中的至少一种来诱导或增强消除阶段。
进一步参考图3，还可以使用一种或多于一种疫苗组合物诱导适应性免疫应答，该一种或多于一疫苗组合物通过靶向肿瘤相关抗原和/或肿瘤新表位而针对特定患者的肿瘤定制。在使用新表位疫苗的情况下，应该认识到，这种新表位在如上所述的组学分析中被有利地识别。存在本领域已知的多种肿瘤疫苗组合物，并且所有这些都被认为适用于本文。然而，特别优选的肿瘤疫苗组合物包括细菌疫苗组合物，其中将细菌基因工程化以表达一种或多于一种肿瘤相关抗原和/或新表位。最优选地，将重组细菌基因工程化，使其以不足以在患者中诱导cd-14介导的败血症的低水平表达内毒素。具有经修饰的脂多糖的一种示例性细菌菌株包括
在疫苗组合物的更进一步优选的方面，认为重组病毒是合适的，尤其是如pct/us16/65412、pct/us17/17588、pct/us17/23117、和wo2016/164833中所述的具有降低的抗原性的重组腺病毒系统(例如ad5型)。例如，这种病毒可以通过以下方法制备，该方法包括识别患者的癌症相关新表位的一个步骤，确定新表位与患者的hla类型结合并确定新表位的表达水平的另一步骤，选择至少一种共刺激分子的又一步骤，以及遗传修饰病毒以包括编码至少一种共刺激分子和癌症相关的新表位的核酸的步骤。关于病毒，通常涉及的病毒是腺病毒或复制缺陷型病毒。此外，进一步优选地，病毒是非免疫原性的。因此，特别优选的病毒包括腺病毒，尤其是ad5[e1-e2b-]。
优选地，通过肿瘤和匹配的正常样品的组学数据的位置导向的同步比对，经由计算机识别患者的癌症相关新表位，并且预期的方法还可以包括经由计算机预测患者的hla类型的步骤。虽然不限制本发明主题，但优选地，与匹配的正常样品相比，新表位的表达水平为至少20％。
还预期重组实体(例如，细菌、酵母、病毒)也可以包含编码一种或多于一种共刺激分子的一种或多于一种序列，该共刺激分子选自b7.1(cd80)、b7.2(cd86)、cd30l、cd40、cd40l、cd48、cd70、cd112、cd155、icos-l、4-1bb、gitr-l、light、tim3、tim4、icam-1和lfa3(cd58)。此外，核酸还可以包含编码细胞因子(例如，il-2、il-7、il-12、il-15、il-15超级激动剂(il-15n72d)、和/或il-15超级激动剂/il-15rαsushi-fc融合复合物)的序列。或者，或另外地，核酸还可以包含编码smac的至少一种组分(例如，cd2、cd4、cd8、cd28、lck、fyn、lfa-1、cd43和/或cd45、或它们各自的结合相对物)的序列。需要时，核酸可以另外包含编码sting途径的激活剂的序列，例如其中ebv的lmp1的跨膜结构域与ips-1的信号传导结构域融合的嵌合蛋白的序列。这些修饰被认为甚至通过提供用于激活适应性免疫应答的额外信号来进一步增强适应性免疫应答的发展。
另外，如图3所示，可以通过施用多种细胞因子，特别是il-2和il-15、或il-15超级激动剂来维持或支持平衡阶段，所有这些细胞因子都可以是融合蛋白的一部分，该融合蛋白具有结合肿瘤相关抗原、坏死细胞组分(例如，核仁蛋白、dna、组蛋白等)、或患者特异性和肿瘤特异性抗原的结合部分。有利地，这种组合物激活肿瘤靶位点处的t细胞和nk细胞。类似地，可以通过施用干扰检查点抑制的多种结合剂(例如，pd-1或pd-l1结合剂)来维持或支持平衡阶段，所有这些结合剂可以再次成为融合蛋白的一部分，该融合蛋白具有结合肿瘤相关抗原、坏死细胞组分(例如，核仁蛋白、dna、组蛋白等)、或患者特异性和肿瘤特异性抗原的结合部分。在进一步预期的增强适应性和/或先天性免疫应答的方面，预期施用杂合蛋白，其中杂合蛋白具有il15/il-15r-α组分和fc组分以稳定蛋白质并增加血清半衰期。例如，特别优选的杂合蛋白包括基于il-15的免疫刺激蛋白复合物，该免疫刺激蛋白复合物包含与二聚体人il-15受体α(il-15rα)寿司(sushi)结构域/人igg1fc融合蛋白具有高亲和力、与人il-15变体相关的两个蛋白亚基(jimmunol(2009)183：3598-3607)。
最后，如图3所示，预期的方法和用途将包括维持平衡阶段的步骤，这通常通过施用抑制细胞的一种或多于一种抑制剂，例如顺铂、吉西他滨、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定和rp-182来实现。另外，在需要时，可以施用检查点抑制剂。
图4中示意性地示出了针对免疫原性细胞死亡的治疗的时间空间编排。这里，从机械角度来看，预期化合物和组合物的治疗和用途显示为四个要素：icd信号的诱导、icd信号的巩固、移植、以及免疫效应维持。
如上所述，克服免疫抑制性tme会为基于先天性和适应性免疫应答的后期或同时治疗奠定基础。为此，可以对患者进行节拍低剂量化疗以进入tme并免疫调节tme中的抑制细胞。可以通过多种方式实现这种阶段，包括使用mdsc抑制剂、t-reg抑制剂、m2巨噬细胞抑制剂、刺激m2向m1的转化、改变血管通透性、施用vegf和/或a2ar抑制剂、和甚至对于通常的缺氧tme的组织氧合作用。如上所述，可以用各种组合物进一步增强这种治疗，以增加tme的免疫原性。免疫原性信号的诱导可以通过化学治疗、激素和靶向治疗以及通过表观遗传调节(例如，使用组蛋白去乙酰酶和其他imids，例如dnmt抑制剂、hdac抑制剂、sirt调节剂，包括阿扎胞苷(azacitidine)、地西他滨(decitabine)和伏立诺他(vorinostat)等)来实现，以增加肿瘤细胞的免疫原性。根据如上所述的治疗类型，原发性肿瘤可以成为疫苗抗原和免疫刺激的来源(例如，经由释放damp信号或表达应激信号)。然后，使用如上所述的疫苗组合物，通常与免疫刺激细胞因子和/或共刺激信号一起，通过树突细胞和t细胞调节进行icd信号的巩固。治疗还可以包括通常以相对低的剂量(例如，<8gy)进行辐射来上调肿瘤细胞应激、受体和/或抗原的呈递。在需要或必要时，可以调节内皮-间质转化，优选地通过将tgf-β和/或il-10结合到合适的结合分子上来调节内皮-间质转化。移植优选地包括施用如上所述的nk细胞。最后，可以通过施用免疫刺激细胞因子、肿瘤疫苗加强剂和施用检查点抑制剂来实现免疫效应维持。
如将容易理解的，优选地，本文考虑的方法和用途伴随着诊断测试以监测治疗功效，并且合适的诊断测试包括放射学测试、活组织检查和伴随的生物化学测试、组学分析，且尤其是液体活组织检查。这种监测会允许调整一种或多于一种组分，特别是考虑到新发现或最近消除的新表位、新发现的可成药靶标和途径活性等。在这种情况下，应该注意到，尽管在成像测试中疾病进展可能需要几个月的时间才能显露，但基于患者独特的分子谱和相关的蛋白质组信号传导途径特征的泛组学方法可以快速识别疾病进展，从而能够实现治疗方法的改变。
循环肿瘤rna(ctrna)，尤其是具有患者特异性和肿瘤特异性突变的ctrna，可以作为用于诊断和监测治疗的敏感性的、选择性的和定量的标志物，甚至可以作为患者的重复和非侵入性取样的发现工具。在大多数典型方面，从全血样品中分离ctrna，所述全血样品在保持细胞完整性和ctrna和/或ctdna的稳定性的条件下处理。值得注意的是，从患者的生物流体中分离ctrna时，也可以检测和/或定量mirna(和其他调节rna)。最典型地，在将ctrna与非核酸组分分离后，可以定量循环核酸，优选使用实时定量pcr进行定量。
从不同的角度来看，应当理解，甚至在治疗开始之前，可以选择多种核酸用于检测和/或监测特定患者的特定疾病、疾病阶段、治疗响应。有利地，预期的组合物和方法不依赖于导致癌症或与癌症相关的先验已知突变。更进一步，预期的方法还能够监测克隆肿瘤细胞群且能够预测采用免疫调节疗法(例如，检查点抑制剂或细胞因子)，尤其是采用基于新表位的治疗(例如，使用dna质粒疫苗和/或表达新表位或多表位的病毒或酵母表达系统)所取得的治疗成功。
实施例
以下描述提供了治疗根据本发明主题的患者中的癌症的示例性方案。应当理解，虽然这些方案单独或组合地列出了特定的化合物和组合物，但是可以提供具有相同或相似效果的各种替代化合物和组合物。此外，剂量和时间表可以根据患者年龄、癌症阶段和总体健康状况而改变。
药剂和组合物：除非本文另有说明，否则本文提及的所有化合物和组合物都是已知的并且可商购获得。不可商购的化合物的特征如下所列。
alt-803:alt-803是基于il-15的免疫刺激蛋白复合物，其包含与二聚体人il-15受体α(il-15rα)寿司结构域/人igg1fc融合蛋白具有高亲和力、与人il-15变体相关的两个蛋白亚基(jimmunol(2009)183：3598-3607)。il-15变体是114个氨基酸的多肽，其包含成熟的人il-15细胞因子序列，其中在螺旋c的第72位具有从天冬酰胺至天冬氨酸的置换(n72d)。人il-15rα寿司结构域/人igg1fc融合蛋白包含与含有fc结构域的人igg1ch2-ch3区域(232个氨基酸)连接的人il-15受体α亚基(il-15rα)(成熟的人il-15rα蛋白的氨基酸1-65)的寿司结构域。除n72d置换外，所有蛋白质序列均为人的蛋白质序列。
ank：ank细胞系是人类il-2依赖性nk细胞系，其由被诊断患有非霍奇金淋巴瘤的50岁男性的外周血单核细胞(pbmc)建立(leukemia1994；8：652-8)。ank细胞的特征在于：在不存在cd3、cd8、和cd16的情况下，表达cd56亮和cd2。cd56亮/cd16阴性/低表型对于外周血中的一小部分nk细胞是典型的，这部分nk细胞具有作为细胞因子产生者的免疫调节功能。与正常nk细胞不同，ank缺乏大多数杀伤细胞免疫球蛋白样受体(kir)的表达(jhematotherstemcellres2001；10：369-83)。在ank表面仅检测到kir2dl4，其为由所有nk细胞表达的具有激活功能和抑制潜能的kir受体。kir2dl4被认为通过与hla等位基因g结合来介导抑制作用。ank细胞的细胞毒性杀伤的主要途径是通过穿孔蛋白/酯酶途径进行的；ank表达高水平的穿孔蛋白和颗粒酶b(jhematotherstemcellres2001；10：369-83)。
ank细胞具有非常广泛的细胞毒性范围，并且对衍生自恶性血液肿瘤和实体瘤的细胞系具有活性(biolbloodmarrowtransplant1996；2：68-75)。重症联合免疫缺陷(scid)小鼠的安全性评估显示没有ank治疗相关的影响，例如急性毒性或长期致癌性。向用人白血病细胞攻击的小鼠或人黑色素瘤小鼠模型施用ank细胞导致改善的存活和肿瘤生长的抑制，包括一些小鼠肿瘤的完全缓解。
hank:hank细胞是nk-92[cd16.158v，eril-2]衍生物(高亲和力激活的自然杀伤细胞系，[用于输注的hanktm])并被培养为人类同种异体的nk细胞系，其已被工程化用于产生内源性细胞内保留的il-2并且表达cd16(高亲和力(158v)fcγ受体(fcγriiia/cd16a))。在表型上，hank细胞系为cd56+、cd3-、和cd16+。
通过用含有il-2和cd16受体的高亲和力变体的双顺反子质粒载体转染亲本ank细胞系来开发hank细胞系(url：https://nantkwest.com/technology/#hank)。该质粒含有氨苄青霉素抗性盒，并且用于表达转基因的启动子是具有sv40多腺苷酸化序列的延伸因子1α(ef-1a)。该质粒是在无可传播海绵状脑病(tse)产生的条件下制备的，并且含有关于cd16和il-2的一些人源序列，其中cd16和il-2两者都没有任何转化特性。由于插入了cd16受体的高亲和力变体，用于输注的hanktm具有增强的cd16靶向的adcc能力。hank003主细胞库源自单克隆细胞系。
avelumab：avelumab是人单克隆igg1抗体，其阻断pd-l1与其受体pd-1之间的相互作用，同时保留pd-l2和pd-1之间完整的相互作用(参见例如lancetoncol.2016；17：1374-1385)。
etbx-011(ad5[e1-,e2b-]-cea(6d))：etbx-011是ad5[e1-,e2b-]-cea(6d)，其为一种腺病毒载体疫苗，其中e1、e2b和e3基因区域已被去除并被编码cea、具有cap1-6d突变的基因替换(cancerimmunolimmunother.2015；64：977-87；cancerimmunolimmunother.2013；62：1293-301)。
etbx-021：etbx-021是her2靶向腺病毒载体疫苗，其包含ad5[e1-，e2b-]载体和经修饰的her2基因插入序列(cancergenetherapy2011；18：326-335)。her2基因插入序列编码截短的人her2蛋白，该截短的人her2蛋白包含细胞外结构域和跨膜区。去除含有导致致癌活性的激酶结构域的整个细胞内结构域。
etbx-051(ad5[e1-,e2b-]-brachyury)：etbx-051是基于ad5的腺病毒载体疫苗，其已经通过移除e1、e2b和e3基因区域以及插入经修饰的人brachyury基因进行修饰。经修饰的brachyury基因含有被设计用于增加细胞毒性t淋巴细胞(ctl)抗肿瘤免疫应答的激动剂表位(参见例如oncotarget，2015；6：31344-59)。
etbx-061(ad5[e1-,e2b-]-muc1)：etbx-061是基于ad5的腺病毒载体疫苗，其已经通过去除e1、e2b、和e3基因区域以及插入经修饰的人muc1基因进行修饰。经修饰的muc1基因含有被设计用于增加ctl抗肿瘤免疫应答的激动剂表位(参见例如oncotarget，2015；6：31344-59)。
gi-4000(gi-4014、gi-4015、gi-4016、gi-4020)：gi-4000是gi-4000系列的4种独立产品，gi-4014、gi-4015、gi-4016、gi-4020。这些中的每一种都是重组的、热灭活的酿酒酵母，其被工程化用于表达6种突变的ras癌蛋白中的2种至3种的组合。gi-4014、gi-4015、和gi-4016产品各自在密码子61处含有两个突变(从谷氨酰胺变成精氨酸[q61r]、从谷氨酰胺变成亮氨酸[q61l])，加上在密码子12处含有三个不同突变(从甘氨酸变成缬氨酸[g12v]、从甘氨酸变成半胱氨酸[g12c]、或从甘氨酸变成天冬氨酸[g12d])中的一种。gi-4020产品在密码子61处含有两个突变(从谷氨酰胺变成组氨酸[q61h]和从谷氨酰胺变成亮氨酸[q61l])，加上在密码子12处含有一个突变(从甘氨酸变成精氨酸[g12r])。
因此，gi-4000被制造为四种独立的产品，根据产品被工程化用于表达的突变的ras癌蛋白，二级名称为gi-4014、gi-4015、gi-4016和gi-4020。将生物制品配制在磷酸盐缓冲盐水(pbs)中以用于注射，并以20yu/ml(1yu＝107个酵母细胞)的浓度用小瓶分装。每个单独使用的2ml小瓶含有1.2ml生物制品。两瓶的药物制品将用于每次gi-4000给药就诊。对象肿瘤中含有ras突变的特定gi-4000制品将用于治疗(gi-4014用于g12v，gi-4015用于g12c，gi-4016用于g12d，gi-4020用于g12r或q61h，gi-4014、gi-4015或gi-4016用于q61l或q61r)。从每个小瓶中抽取两个0.5ml注射器的量，并且在每次给药就诊时施用40yu的剂量，总共4次注射。
gi-6207:gi-6207是被工程化用于表达全长人癌胚抗原(cea)的热灭活的、基于重组酿酒酵母的疫苗，其具有经修饰的基因编码序列，以编码天然蛋白质第610位氨基酸处的单个氨基酸置换(天冬酰胺至天冬氨酸)，从而被设计用于增强免疫原性。含有经修饰的人cea基因的质粒载体用于转染亲本酵母菌株(酿酒酵母w303，其为具有来自野生型酵母的已知突变的单倍体菌株)，以产生最终的重组疫苗制品(参见例如，natmed.2001；7：625-9)。
gi-6301:gi-6301是表达人brachyury(hbrachyury)癌蛋白的热杀死的、基于酿酒酵母的疫苗。brachyury抗原是全长蛋白质，其具有附加于hbrachyury序列的n末端madeap(met-ala-asp-glu-ala-pro)基序，以促进在载体内的抗原积累并且具有c末端六聚组氨酸表位标签，用于通过western印迹进行分析(参见例如cancerimmunolres.2015；3：1248-56)。hbrachyury蛋白的表达受铜诱导型cup1启动子的控制。
头颈部鳞状细胞癌(hnscc)：
头颈癌总体地涵盖涉及咽、喉、鼻、鼻窦和口的许多恶性肿瘤。据估计，美国每年有60000名患者被诊断患有头颈癌，并且大约一半被诊断患有hnscc的患者死于该疾病。尽管有多种治疗选项，但仍然迫切需要改善治疗结果和总生存期。
通常，本文提出的hnscc疫苗治疗的总体目标是使icd最大化并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。表1总结了试剂选择的基本原理，其中，i)表示肿瘤分子谱分析会确定是否施用etbx-021；ii)表示肿瘤分子谱分析会确定是否施用gi-4000；iii)表示卡培他滨被代谢为5-fu；iv)表示甲酰四氢叶酸增强5-fu的活性；和v)表示可以施用纳武单抗(nivolumab)或avelumab。
图5示例性地和示意性地描述了一种或多种机制，通过该机制每种试剂影响免疫系统并因此导致icd。通过组合同时(或顺序)靶向使得肿瘤生长的不同但互补的机制的试剂，治疗方案旨在使抗癌活性最大化并延长治疗响应的持续时间。
为此，预期的hnscc治疗组合了低剂量节拍化疗(ldmc)、贝伐单抗(bevacizumab)、西妥昔单抗(cetuximab)、癌症疫苗、低剂量放疗、il-15超级激动剂、nk细胞疗法和检查点抑制剂。这种治疗方案被认为使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。更具体地，建立治疗方案以通过以下方式中断免疫编辑的逃逸阶段：(a)减轻tme中的免疫抑制。ldmc用于降低有助于tme中的免疫抑制的treg、mdsc和m2巨噬细胞的密度。贝伐单抗用于引起tme的形态变化，以促进淋巴细胞运输；(b)诱导和协调icd信号。ldmc和低剂量放疗用于增加肿瘤细胞的抗原性。贝伐单抗用于改变tme，从而实现更有效的抗原特异性t细胞应答并使肿瘤细胞更易受icd影响。西妥昔单抗和氟维司群用于增强adcc和细胞毒性t细胞活性；(c)调节树突细胞和t细胞。癌症疫苗和il-15超级激动剂用于增强肿瘤特异性细胞毒性t细胞响应；(d)增强先天性免疫应答。nk细胞疗法用于增强先天性免疫系统。il-15超级激动剂用于增强内源性的和引入的nk细胞的活性。低剂量放疗用于刺激nk细胞的活性；(e)维持免疫应答。检查点抑制剂用于促进长期抗癌免疫应答。
hnscc疫苗治疗分两个阶段进行：诱导阶段和维持阶段。诱导阶段的目的是刺激针对肿瘤细胞的免疫应答并减轻tme中的免疫抑制。维持阶段的目的是维持针对肿瘤细胞的持续性免疫系统活性，产生持久的治疗响应。用于诱导阶段和维持阶段的预期的化合物和组合物的示例性用法和给药时间分别列在图6和图7中。因此，以下试剂和组合物优选地用于诱导和维持阶段：
1.alt-803，重组人超级激动剂il-15复合物(也称为il15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物)；2.etbx-011(ad5[e1-,e2b-]-cea)；3.etbx-021(ad5[e1-,e2b-]-her2)；4.etbx-051(ad5[e1-,e2b-]-brachyury)；5.etbx-061(ad5[e1-,e2b-]-muc1)；6.gi-4000(ras酵母疫苗)；7.gi-6207(cea酵母疫苗)；8.gi-6301(brachyury酵母疫苗)；9.hanktm，nk-92[cd16.158v，eril-2]，用于静脉(iv)输注的混悬剂(用于输注的hanktm)；10.avelumab(
更具体地，hnscc的示例性治疗方案通常包括以下步骤、阶段、化合物和组合物：
在筛查时评估肿瘤，并且根据实体瘤反应评价标准(recist)1.1版和免疫相关反应标准(irrc)，通过靶向和非靶向病灶的计算机断层扫描(ct)、磁共振成像(mri)、或正电子发射断层扫描(pet)-ct，在诱导阶段每8周、维持阶段每3个月评估肿瘤响应。
前瞻性肿瘤分子谱分析：进行前瞻性肿瘤分子谱分析以获知her2表达和ras突变状态，并用于确定是否施用etbx-021和gi-4000。无论其肿瘤分子谱如何，所有对象均接受etbx-011、etbx-051、etbx-061、gi-6207和gi-6300治疗。对筛查时收集的ffpe肿瘤组织和全血(针对肿瘤组织的对象匹配的正常比较物)进行前瞻性肿瘤分子谱分析。如果对象的肿瘤过表达her2(如通过质谱法定量蛋白质组学所确定的≥750阿托摩尔/μg肿瘤组织)，对象则会接受etbx-021治疗。如果对象的肿瘤对特异性ras突变呈阳性(如通过全基因组测序所确定的)，则对象会接受gi-4000治疗。如上所述，gi-4000是来自gi-4000系列的4种不同的产品(gi-4014、gi-4015、gi-4016和gi-4020)；这些中的每种表达突变的ras癌蛋白的组合。特异性ras突变会确定哪种gi-4000产品用于治疗(gi-4014用于g12v，gi-4015用于g12c，gi-4016用于g12d，gi-4020用于g12r或q61h，gi-4014、gi-4015或gi-4016用于q61l或q61r)。
诱导阶段：诱导阶段包括重复的2周周期，最长治疗期为1年。每2周重复一次ω-3-酸乙酯、环磷酰胺、顺铂、5fu/甲酰四氢叶酸、nab-紫杉醇、贝伐单抗、alt-803、hank细胞、基于ad5的疫苗(etbx-011、etbx-021、etbx-051和etbx-061)、基于酵母的疫苗(gi-4000、gi-6207、和gi-6301)、纳武单抗或avelumab、氟维司群、西妥昔单抗和放疗的治疗方案。在前四个2周周期中同时进行sbrt。使用sbrt将辐射施加于所有可行的肿瘤部位。具体地，根据以下给药方案进行治疗的示例性诱导阶段：
每日：
·ω-3-酸乙酯(经口[po]，每日两次(bid)[3×1g胶囊和2×1g胶囊])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
第1天，每4周一次(每隔一个治疗周期)：
·氟维司群(500mgim)
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgpo，每日两次[bid])。
第1天、第3天、第5天、第8天、第10天和第12天，每2周一次：
·5-fu(24小时内连续静脉输注400mg/m2)
·甲酰四氢叶酸(20mg/m2静脉推注)
第1天和第8天，每2周一次：
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·顺铂(40mg/m2iv)
第5天、第19天、第33天(每2周3剂，其后每8周一次)：
·etbx-011、etbx-021、etbx-051、etbx-061(5×1011个病毒颗粒[vp]/疫苗/剂量，皮下[sc])
·gi-4000、gi-6207、gi-6301(40个酵母单位[yu]/疫苗/剂量，sc)，施用基于ad5的疫苗后2小时
如上所述，前瞻性肿瘤分子谱分析会确定是否施用etbx-021和gi-4000。
第8天，每周一次：
·西妥昔单抗(250mgiv)
第8天，每2周一次：
·纳武单抗(1小时内iv，3mg/kg)或avelumab(1小时内iv，10mg/kg)。
第8天、第22天、第36天、第50天(每2周4剂)：
·sbrt(不超过8gy，由放射肿瘤医师确定精确剂量)
第9天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc，ank输注前30分钟)
第9天和第11天，每2周一次：
·hank(2×109个细胞/剂量，iv)
维持阶段：
在诱导阶段的最后一次治疗完成后，维持阶段的持续时间最长达1年。维持阶段包括重复的2周周期。每2周重复进行ω-3-酸乙酯、环磷酰胺、卡培他滨、nab-紫杉醇、贝伐单抗、alt-803、hank细胞、基于ad5的疫苗(etbx-011、etbx-021、etbx-051、和etbx-061)、基于酵母的疫苗(gi-4000、gi-6207、和gi-6301)、纳武单抗或avelumab、氟维司群、和西妥昔单抗的治疗方案。
根据以下给药方案进行治疗的维持阶段：
每日：
·ω-3-酸乙酯(经口[po]，bid[3×1g胶囊和2×1g胶囊])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·纳武单抗(1小时内iv，3mg/kg)或avelumab(1小时内iv，10mg/kg)。
·西妥昔单抗(250mgiv)
第1天，每4周一次(每隔一个治疗周期)：
·氟维司群(500mgim)
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·卡培他滨(650mg/m2pobid)
·环磷酰胺(50mgpobid)
第2天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc)(ank输注前30分钟)
·hank(2×109细胞/剂量iv)
第5天，其后每8周一次：
·etbx-011、etbx-021、etbx-051、etbx-061(5×1011vp/疫苗/剂量sc)
·gi-4000、gi-6207、gi-6301(40yu/疫苗/剂量sc)，基于ad5的疫苗施用后2小时
如上所述，前瞻性肿瘤分子谱分析将确定是否施用etbx-021和gi-4000。
图8示意性地说明了示例的治疗方案。
肿瘤分子谱分析：将进行来自组织的肿瘤细胞相对于来自全血的非肿瘤细胞的基因组测序，以识别可能有助于疾病进展和/或响应于治疗的肿瘤特异性基因组变异。进行rna测序以提供表达数据并给出与dna突变的相关性。进行定量蛋白质组学分析以确定特定蛋白质的绝对量，确认与疾病进展和/或响应相关的基因表达，并确定响应的截止值。所有基因组学、转录组学和蛋白质组学分子分析都是探索性的，除了通过定量蛋白质组学对her2表达的前瞻性肿瘤分子分析和通过基因组测序对ras突变状态的分析用来确定是否施用etbx-021和gi-4000。
后续分析/样品采集和分析：通过下一代测序和基于质谱的定量蛋白质组学对ffpe肿瘤组织和全血(针对肿瘤组织的对象匹配的正常比较物)进行肿瘤分子谱分析。根据组织标本试剂盒和血液标本试剂盒中包含的说明卡收集和运输肿瘤组织和全血样品。nantomics样品采集手册中描述了用于样品采集的标本要求和程序说明。需要ffpe肿瘤组织标本以用于提取肿瘤dna、肿瘤rna和肿瘤蛋白。提取对象的正常dna需要全血样品。肿瘤组织和全血在clia认证和cap认可的临床实验室中进行处理。
探索性免疫学分析：免疫疗法治疗的一个目的是产生抗原特异性抗肿瘤免疫应答。探索性免疫学分析用于提供由治疗诱导的免疫应答的初步评估。将在筛查时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间从对象收集血液样品用于免疫分析。通过ficoll-hypaque密度梯度分离而分离出的pbmc在暴露于以下肿瘤相关抗原肽后，使用针对ifn-γ或颗粒酶b分泌的elispot测定法来分析抗原特异性免疫应答，所述肿瘤相关抗原肽为cea、brachyury和muc1、以及施用etbx-021和gi-4000的情况下分别为her2和突变的ras。在暴露于肿瘤相关抗原肽后，使用细胞内细胞因子染色测定ifn-γ或tnf-α表达，利用流式细胞术评估t细胞应答。利用用于分析细胞上的cd107a表达的流式细胞术检测脱粒细胞如cd8+t细胞和nk细胞。用编码上述肿瘤相关抗原的重叠15mer肽库体外刺激pbmc。对照肽库涉及使用作为阴性对照的无关的抗原肽库和作为阳性对照的ceft肽混合物。ceft是cmv、爱泼斯坦巴尔病毒、流感和破伤风毒素的肽的混合物。cd4+和cd8+t细胞的刺激后分析涉及ifn-γ、tnf-α、和cd107a表达的产生。分析血清中针对上述肿瘤相关抗原的抗体、针对腺病毒(血清型5)的中和抗体滴度，以及分析针对il-15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物的潜在抗体发展。
循环肿瘤dna和rna分析：肿瘤在治疗期间发展，并且出现耐药细胞，这些细胞难以检测并且会导致肿瘤对初始治疗产生抗性。基于血液的ctdna和ctrna检测可以追踪耐药肿瘤细胞的出现，并可以为患者鉴定出新的药物靶点和治疗选项。在筛查时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间收集全血用于分析ctdna和ctrna。通过qpcr测量ctdna和ctrna中特定肿瘤相关和免疫相关分析物的表达水平，并分析该表达水平与对象结果的相关性。
默克尔细胞癌：
皮肤癌是在美国诊断出的最常见的恶性肿瘤，其中每年所诊断出的患者超过200万美国人。默克尔细胞癌(mcc)是一种罕见的侵袭型皮肤癌，被认为是由位于皮肤真皮层和表皮层之间的默克尔细胞(merkelcell)引起的。预计2007年美国将有大约1500例新病例。mcc在白人、>65岁的个体、男性和具有获得性(例如hiv感染)或医源性免疫抑制(例如由于自身免疫疾病的治疗引起)的对象中更常见。紫外线暴露是该疾病的独立风险因素，并且会导致mcc发病率上升。
局限于皮肤的mcc具有良好的预后，并且通常可以通过单独的手术治愈。对于出现局部疾病的对象，<2cm的肿瘤的5年总生存(os)率为66％，>2cm的肿瘤为51％。转移性mcc的预后差得多，对于涉及局部淋巴结的对象，5年os率为39％，对于具有远端器官转移的对象为18％。晚期疾病阶段，位于会阴或下肢部位、男性、高龄(>60岁)、免疫抑制、共病因素、高有丝分裂率、以及血管淋巴管浸润与不良预后有关。手术切除是mcc治疗的基础，目的是通过广泛的局部切除建立清晰的手术切缘。对i/ii期mcc对象的原发肿瘤床进行辅助放疗已显示出改善的os率，但是，iii期疾病对象的全身化疗或放疗均未改善os率，尽管一些研究表明化疗可以提高晚期mcc对象的生存率。
细胞毒性化疗通常用于治疗转移性mcc。接受化疗的少数对象对治疗响应良好，但响应通常是短暂的，并且很少导致生存时间的显著增加。依托泊苷和卡铂的辅助治疗与患有晚期局部疾病的对象的os益处无关。一些研究表明了在患有转移性mcc的对象中使用细胞毒性化疗(依托泊苷-卡铂和环磷酰胺-多柔比星-长春新碱-泼尼松(prednisone)是最常用的)的高目的性抗肿瘤响应(>50％)。然而，这些响应不够持久，并且与9个月的中位os相关。此外，高比率的化学毒性死亡与一线治疗有关。目前，存在有限的数据来指导关于化疗和放疗的治疗决定，并且通常基于共存病和对ae的考虑做出决定。对于患有转移性mcc的对象，有限的治疗选项和可用疗法的有限功效强调了对其他治疗选项的需要。
通常，默克尔细胞癌疫苗治疗的总体目标是使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。表2总结了选择药剂的基本原理，其中5-fu是5-氟尿嘧啶；hank是高亲和力活化的自然杀伤细胞；icd是免疫原性细胞死亡；sbrt是立体定向全身放射治疗，tme是肿瘤微环境。
图9示例性地和示意性地描述了一种或多种机制，每种药剂通过这些机制影响免疫系统并因此导致icd。通过组合同时(或顺序)靶向使得肿瘤生长的不同但互补的机制的试剂，治疗方案旨在使抗癌活性最大化并延长治疗响应持续时间。
为此，预期的mcc治疗组合了ldmc、贝伐单抗、癌症疫苗、低剂量放疗、il-15超级激动剂、nk细胞疗法和检查点抑制剂。这种治疗被认为使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。更具体地，建立治疗方案以通过以下方式中断免疫编辑的逃逸阶段：(a)减轻tme中的免疫抑制。ldmc用于降低有助于tme中免疫抑制的treg、mdsc、和m2巨噬细胞的密度。贝伐单抗用于引起tme的形态变化，以促进淋巴细胞运输；(b)诱导和协调icd信号。ldmc和低剂量放疗用于增加肿瘤细胞的抗原性。贝伐单抗用于改变tme，从而实现更有效的抗原特异性t细胞应答并使肿瘤细胞更易受icd影响。ω-3-酸乙酯增强icd但不增加毒性；(c)调节树突细胞和t细胞。癌症疫苗和il-15超级激动剂用于增强肿瘤特异性细胞毒性t细胞应答；(d)增强先天性免疫应答。nk细胞疗法用于增强先天性免疫系统。il-15超级激动剂用于增强内源性和引入的nk细胞的活性。大分割剂量放疗用于上调肿瘤细胞nk配体以增强nk细胞的肿瘤细胞毒性；以及(e)维持免疫应答。检查点抑制剂用于促进长期抗癌免疫应答。
mcc疫苗治疗分两个阶段进行：诱导阶段和维持阶段。诱导阶段的目的是刺激针对肿瘤细胞的免疫应答并减轻tme中的免疫抑制。维持阶段的目的是维持针对肿瘤细胞的持续性免疫系统活性，从而产生持久的治疗响应。用于诱导阶段和维持阶段的预期化合物和组合物的示例性使用和给药时间分别显示于图10和图11中。因此，以下试剂和组合物优选地用于诱导阶段和维持阶段：
1.alt-803，重组人超级激动剂白介素-15(il-15)复合物(也称为il15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物)；2.avelumab(
更具体地，mcc的示例性治疗方案通常包括以下步骤、阶段、化合物和组合物：
在筛查时评估肿瘤，并且根据实体瘤反应评价标准(recist)1.1版和免疫相关反应标准(irrc)，通过靶向和非靶向病灶的计算机断层扫描(ct)、磁共振成像(mri)、或正电子发射断层扫描-计算机断层扫描(petct)，在诱导阶段每8周和维持阶段每12周评估肿瘤响应。
将在筛查时、初始诱导阶段结束时(治疗开始后8周)、以及潜在延长的诱导阶段和维持阶段(取决于响应)期间进行肿瘤活组织检查和探索性肿瘤分子谱分析。在诱导阶段每个月和维持阶段每2个月，在常规抽血期间收集单独的血液管用于探索性免疫学和ctdna/ctrna分析。
诱导阶段：诱导阶段包括重复的2周周期。每2周重复进行ω-3-酸乙酯、环磷酰胺、顺铂、5fu/甲酰四氢叶酸、nab-紫杉醇、贝伐单抗、alt-803、hank细胞、基于ad5的疫苗(etbx-051和etbx-061)、gi-6301酵母疫苗和avelumab的治疗方案。在前四个2周的周期中同时进行sbrt。使用sbrt将辐射施加于所有可行的肿瘤部位。预期的技术包括基于线性加速器的疗法(3d和强度调节的放射疗法[imrt])。具体地，根据以下给药方案进行诱导阶段的治疗：
第1天，每日：
·ω-3-酸乙酯(5×1g胶囊，经口[po])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgpo，每日两次[bid])。
第1天、第3天、第5天、第8天、第10天和第12天，每2周一次：
·5-fu(24小时内连续iv输注400mg/m2)
·甲酰四氢叶酸(20mg/m2iv推注)
第1天和第8天，每2周一次：
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·顺铂(40mg/m2iv)
第5天、第19天、第33天(每2周3剂，其后每8周一次)：
·etbx-051、etbx-061(5×1011病毒颗粒[vp]/疫苗/剂量，皮下[sc])
·gi-6301(40酵母单位[yu]/疫苗/剂量sc)，基于ad5的疫苗施用后2小时
第8天，每2周一次：
·avelumab(1小时内iv，10mg/kg)
第8天、第22天、第36天、第50天(每2周4剂)：
·sbrt(不超过8gy，由放射肿瘤医师确定精确剂量)
第9天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc，hank输注前30分钟)
第9天和第11天，每2周一次：
·hank(2×109细胞/剂量iv)
维持阶段：根据以下给药方案进行治疗的维持阶段：
第1天，每日：
·ω-3-酸乙酯(5×1g胶囊po)
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·avelumab(1小时内iv，10mg/kg)
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgpobid)
·卡培他滨(650mg/m2pobid)
第2天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc)(hank输注前30分钟)
·hank(2×109细胞/剂量iv)
第5天，其后每8周一次：
·etbx-051、etbx-061(5×1011vp/疫苗/剂量sc)
·gi-6301(40yu/剂量sc)，基于ad5的疫苗施用后2小时
图12示意性地说明了示例的治疗方案。
在治疗之前、期间和之后，通过下一代测序和基于质谱的定量蛋白质组学对ffpe肿瘤组织和全血(针对肿瘤组织的对象匹配的正常比较物)进行肿瘤分子谱分析。
后续分析/样品采集和分析：最典型地，需要ffpe肿瘤组织样品用于提取肿瘤dna、肿瘤rna、和肿瘤蛋白，并且需要全血样品用于提取对象的正常dna。肿瘤组织和全血在clia认证和cap认可的临床实验室中进行处理。
探索性免疫学分析：免疫疗法治疗的一个目的是产生抗原特异性抗肿瘤免疫应答。探索性免疫学分析用于提供由治疗诱导的免疫应答的初步评估。将在筛查/基线时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间从对象收集血液样品用于免疫分析。抽血时需要10.0ml的样品。通过ficoll-hypaque密度梯度分离而分离的pbmc在暴露于brachyury和muc1肽后使用针对ifn-γ或颗粒酶b分泌的elispot测定法来分析抗原特异性免疫应答。在暴露于brachyury和muc1肽后，使用细胞内细胞因子染色测定ifn-γ或tnf-α表达，利用流式细胞术来评估t细胞应答。利用用于分析细胞上的cd107a表达的流式细胞术检测脱粒细胞如cd8+t细胞和nk细胞(kannan1996)。用编码上述肿瘤相关抗原的重叠15mer肽库体外刺激pbmc。对照肽库涉及使用作为阴性对照的无关的抗原肽库和作为阳性对照的ceft肽混合物。ceft是巨细胞病毒、ebv、流感和破伤风毒素的肽的混合物。cd4和cd8t细胞的刺激后分析涉及ifn-γ、tnf-α和cd107a表达的产生。分析血清中针对brachyury和muc1的抗体、针对腺病毒(血清型5)的中和抗体滴度，以及分析针对il-15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物的潜在抗体发展。
循环肿瘤dna和rna分析：肿瘤在治疗期间发展，并且出现耐药细胞，这些细胞难以检测并且会导致肿瘤对初始治疗产生抗性。基于血液的ctdna和ctrna检测可以追踪耐药肿瘤细胞的出现，并可以为患者鉴定出新的药物靶点和治疗选项。在筛查/基线时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间收集全血，用于分析ctdna和ctrna；抽血时需要20.0ml的样品。将全血分别吸入含有dna或rna稳定剂的cell-freedna
黑色素瘤：
皮肤癌是在美国诊断出的最常见的恶性肿瘤，每年所诊断出的患者超过200万美国人。主要存在三种类型的皮肤癌：基底细胞癌、鳞状细胞癌(scc)(统称为非黑色素瘤皮肤癌)、以及黑色素瘤。黑色素瘤是黑素细胞的恶性肿瘤，仅占皮肤癌的1％左右，但贡献了皮肤癌死亡率的绝大部分。据估计，2017年美国将诊断出87110例新黑色素瘤病例，估计有9730例死亡。
黑色素瘤的发病率在美国迅速上升，从1982年到2011年，发病率翻了一倍。超过90％的黑色素瘤病例归因于过度的紫外线照射，并且认为增加的发病率反映了累积的紫外线暴露的增加。除了日晒外，发生黑色素瘤的风险因素还包括皮肤色素沉着，其中较浅的皮肤具有较高的风险。黑色素瘤在白人中比在非裔美国人中高20倍。黑色素瘤的阳性家族史以及一些罕见的基因突变的存在也与该疾病的较高风险相关。
早期黑色素瘤的治疗非常有效，并且对于局部疾病患者，5年生存率超过90％。早期黑色素瘤的治疗选项集中于切除肿瘤，同时获得阳性肿瘤边缘。然而，对于转移性或复发性疾病的患者，预后较差，并且5年生存率一直低于10％，中位os低于1年。
不可切除的晚期复发性黑色素瘤的治疗选项包括病灶内治疗、免疫治疗、信号转导抑制剂、化疗和姑息性局部治疗。新的免疫疗法为晚期黑色素瘤患者提供了新的治疗选项，并且使用这些药物治疗已在一部分患者中产生持久响应。目前批准用于治疗晚期黑色素瘤的免疫疗法包括白细胞介素-2(il-2)和检查点抑制剂伊匹单抗(ipilimumab)、纳武单抗和帕博利珠单抗(pembrolizumab)。对用高剂量il-2治疗的转移性黑色素瘤对象的8项研究的回顾性分析显示总体orr为16％。在有响应的对象中有28％在62个月的中位随访期保持无进展。然而，包括毛细血管渗漏综合征在内的与il-2相关的高毒性限制了其广泛使用。在随机试验中，与长期以来一直作为晚期黑色素瘤标准治疗方案(soc)的达卡巴嗪(dacarbazine)单一疗法相比，两种方法，特别是检查点抑制和促分裂原活化蛋白激酶(mapk)信号转导途径的抑制，已经证明了os的改善。在临床试验中，使用达卡巴嗪治疗导致orr为10％至20％，但与os的改善无关。
靶向mapk途径的信号转导抑制剂，特别是v-raf鼠科肉瘤病毒癌基因的同源物b1(braf)和促有丝分裂原活化erk(细胞外信号调节激酶)激活激酶(mek)也被作为治疗患有不可切除或晚期疾病的患者的疗法进行研究。braf基因突变是皮肤黑色素瘤中最常见的突变。大约40％至60％的恶性黑色素瘤在braf中具有单核苷酸突变；最常见的是在第600位从缬氨酸到谷氨酸的置换(brafv600e)。维罗非尼是一种选择性brafv600e激酶抑制剂，已显示出在晚期疾病患者中对pfs和os均有改善，但其适应症仅限于具有经fda批准的测试所检测到的brafv600e突变的患者。达拉菲尼(dabrafenib)是braf的另一种选择性抑制剂，其与达卡巴嗪相比，带来pfs改善。mek抑制剂，曲美替尼(trametinib)和cobimetinib也已被批准用于治疗患有不可切除或转移性黑色素瘤的患者。与化疗组(达卡巴嗪或紫杉醇)相比，曲美替尼单一疗法显示出pfs改善。类似地，与cobimetinib单独治疗相比，cobimetinib与维罗非尼联合使用显示出pfs显著增加。
尽管不可切除的晚期复发性黑色素瘤的治疗选项已经增加，但检查点抑制和mapk途径抑制在用作单一疗法时似乎都不具有疗效。
通常，黑色素瘤疫苗治疗的总体目标是使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。选择包括在预期治疗中的药剂的基本原理总结在表3中，其中a)表示施用avelumab或纳武单抗；b)表示卡培他滨代谢为5-fu；以及c)表示甲酰四氢叶酸增强5-fu的活性。
图13示意性地和示例性地描述了一种或多种机制，每种药剂通过这些机制影响免疫系统并因此导致icd。通过组合同时靶向使得肿瘤生长的不同但互补的机制的试剂，治疗方案旨在使抗癌活性最大化并延长治疗响应持续时间。
为此，预期的黑色素瘤治疗组合了ldmc、贝伐单抗、癌症疫苗、低剂量放疗、il-15超级激动剂、nk细胞疗法和检查点抑制剂。治疗方案的总体目标是使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。更具体地，该治疗旨在通过以下方式中断免疫编辑的逃逸阶段：(a)减轻tme中的免疫抑制。ldmc用于降低有助于tme中免疫抑制的treg、mdsc、和m2巨噬细胞的密度。贝伐单抗用于引起tme的形态变化，以促进淋巴细胞运输；(b)诱导和协调icd信号。ldmc和低剂量放疗用于增加肿瘤细胞的抗原性。贝伐单抗用于改变tme，从而实现更有效的抗原特异性t细胞应答并使肿瘤细胞更易受icd影响。ω-3-酸乙酯增强icd而不增加毒性；(c)调节树突细胞和t细胞。癌症疫苗和il-15超级激动剂用于增强肿瘤特异性细胞毒性t细胞应答；(d)增强先天性免疫应答。nk细胞疗法用于增强先天性免疫系统。il-15超级激动剂用于增强内源性和引入的nk细胞的活性。大分割剂量放疗用于上调肿瘤细胞nk配体以增强nk细胞的肿瘤细胞毒性；以及(e)维持免疫应答。检查点抑制剂用于促进长期抗癌免疫应答。
黑色素瘤疫苗治疗分两个阶段进行：诱导阶段和维持阶段。诱导阶段的目的是刺激针对肿瘤细胞的免疫应答并减轻tme中的免疫抑制。维持阶段的目的是维持针对肿瘤细胞的持续性免疫系统活性，从而产生持久的治疗响应。用于诱导阶段和维持阶段的预期化合物和组合物的示例性使用和给药时间分别显示于图14和图15中。因此，以下试剂和组合物优选地用于诱导阶段和维持阶段：
1.alt-803，重组人超级激动剂白介素-15(il-15)复合物(也称为il15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物)；2.avelumab(
更具体地，黑色素瘤的示例性治疗方案通常包括以下步骤、阶段、化合物和组合物：
将在筛查时、初始诱导阶段结束时(治疗开始后8周)、以及潜在延长的诱导阶段和维持阶段(依赖于响应)进行肿瘤活组织检查和探索性肿瘤分子谱分析。在诱导阶段每个月和维持阶段每2个月，在常规抽血期间收集单独的血液管用于探索性免疫学和ctdna/ctrna分析。
在筛查时评估肿瘤，并且根据实体瘤反应评价标准(recist)1.1版和免疫相关反应标准(irrc)，通过靶向和非靶向病灶的计算机断层扫描(ct)、磁共振成像(mri)或正电子发射断层扫描-计算机断层扫描(petct)，在诱导阶段每8周和维持阶段每12周评估肿瘤响应。
诱导阶段：诱导阶段包括重复的2周周期。每2周重复进行alt-803、基于ad5的疫苗(etbx-011、etbx-051和etbx-061)、基于酵母的疫苗(gi-6207和gi-6301)、hank细胞、avelumab或纳武单抗、贝伐单抗、顺铂、环磷酰胺、5fu/甲酰四氢叶酸、nab-紫杉醇和ω-3-酸乙酯的治疗方案。在前四个2周的周期中同时进行sbrt。使用sbrt将辐射施加于所有可行的肿瘤部位。具体地，将根据以下给药方案进行黑色素瘤治疗的示例性诱导阶段：
每日：
·ω-3-酸乙酯(经口[po]每日两次[bid][3x1g胶囊和2x1g胶囊])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgpobid)。
第1天、第3天、第5天、第8天、第10天和第12天，每2周一次：
·5-fu(24小时内连续iv输注400mg/m2)
·甲酰四氢叶酸(20mg/m2iv推注)
第1天和第8天，每2周一次：
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·顺铂(40mg/m2iv)
第5天、第19天、第33天(每2周3剂，其后每8周一次)：
·etbx-011、etbx-051、etbx-061(5×1011病毒颗粒[vp]/疫苗/剂量皮下[sc])
·gi-6207、gi-6301(40酵母单位[yu]/疫苗/剂量sc)，基于ad5的疫苗施用后2小时
第8天，每2周一次：
·avelumab(10mg/kg，1小时内iv)或纳武单抗(3mg/kg，1小时内iv)。
第8天、第22天、第36天、第50天(每2周4剂)：
·sbrt(不超过8gy，由放射肿瘤医师确定精确剂量)
第9天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc，hank输注前30分钟)
第9天和第11天，每2周一次：
·hank(2×109细胞/剂量iv)
·维持阶段：在诱导阶段的最后一次治疗完成后，维持阶段的持续时间最长达1年。维持阶段包括重复的2周周期。每2周重复进行alt-803、基于ad5的疫苗(etbx-011、etbx051、和etbx061)、基于酵母的疫苗(gi-6207和gi-6301)、hank细胞、avelumab或纳武单抗、贝伐单抗、卡培他滨、环磷酰胺、nab-紫杉醇、和ω-3-酸乙酯的治疗方案。
根据以下给药方案进行治疗的维持阶段：
每日：
·ω-3-酸乙酯(pobid[3×1g胶囊和2×1g胶囊])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·avelumab(10mg/kg，1小时内iv)或纳武单抗(3mg/kg，1小时内iv)。
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgpobid)
·卡培他滨(650mg/m2pobid)
第2天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc，hank输注前30分钟)
·hank(2×109细胞/剂量iv)
第5天，其后每8周一次：
·etbx-011、etbx-051、etbx-061(5×1011vp/疫苗/剂量sc)
·gi-6301(40yu/剂量sc)，基于ad5的疫苗施用后2小时
图16示意性地说明了示例性治疗方案。
肿瘤分子谱分析：将进行来自组织的肿瘤细胞相对于来自全血的非肿瘤细胞的基因组测序，以识别能够有助于疾病进展和/或响应于治疗的肿瘤特异性基因组变异。进行rna测序以提供表达数据并给出与dna突变的相关性。进行定量蛋白质组学分析以确定特定蛋白质的绝对量，确认与疾病进展和/或响应相关的基因表达，并确定响应的截止值。
后续分析/样品采集和分析：通过下一代测序和基于质谱的定量蛋白质组学对ffpe肿瘤组织和全血(针对肿瘤组织的对象匹配的正常比较物)进行肿瘤分子谱分析。预期在筛查时和初始诱导阶段结束时(治疗开始后8周)收集肿瘤组织和全血。
根据组织标本试剂盒和血液标本试剂盒中包含的说明卡收集和运输肿瘤组织和全血样品。需要ffpe肿瘤组织标本以用于提取肿瘤dna、肿瘤rna和肿瘤蛋白。提取对象的正常dna需要全血样品。肿瘤组织和全血在clia认证和cap认可的临床实验室中进行处理。
探索性免疫学分析：免疫疗法治疗的一个目的是产生抗原特异性抗肿瘤免疫应答。探索性免疫学分析用于提供由治疗诱导的免疫应答的初步评估。将在筛查时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间从对象收集血液样品用于免疫分析。抽血时需要10.0ml的样品。通过ficoll-hypaque密度梯度分离而分离出的pbmc在暴露于cea、brachyury和muc1肽后使用针对ifn-γ或颗粒酶b分泌的elispot测定法来分析抗原特异性免疫应答。在暴露于cea、brachyury和muc1肽后，使用细胞内细胞因子染色测定ifn-γ或tnf-α表达，利用流式细胞术来评估t细胞应答。利用用于分析细胞上的cd107a表达的流式细胞术检测脱粒细胞如cd8+t细胞和nk细胞(kannan1996)。用编码cea、brachyury和muc1的重叠15mer肽库体外刺激pbmc。对照肽库涉及使用作为阴性对照的无关的抗原肽库和作为阳性对照的ceft肽混合物。ceft是巨细胞病毒、ebv、流感和破伤风毒素的肽的混合物。cd4和cd8t细胞的刺激后分析涉及ifn-γ、tnf-α和cd107a表达的产生。分析血清中针对cea、brachyury和muc1的抗体，分析针对腺病毒(血清型5)的中和抗体滴度，以及分析针对il-15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物的潜在抗体发展。
循环肿瘤dna和rna分析：肿瘤在治疗期间发展，并且出现耐药细胞，这些细胞难以检测并且会导致肿瘤对初始治疗产生抗性。基于血液的ctdna和ctrna检测可以追踪耐药肿瘤细胞的出现，并可以为患者鉴定出新的药物靶点和治疗选项。在筛查时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间收集全血以用于分析ctdna和ctrna。通过qpcr测量ctdna和ctrna中特定肿瘤和免疫相关分析物的表达水平，并分析该表达水平与对象结果的相关性。
非霍奇金淋巴瘤(nhl)：
nhl在美国是一种非常普遍的疾病，其中预计2017年将诊断出72240例新病例，约占所有癌症的4％。这种疾病是癌症相关死亡的第九大原因，2017年估计有20140人死亡。nhl可以分为b细胞淋巴瘤或t细胞淋巴瘤。美国大约85％的nhl病例是b细胞淋巴瘤。b细胞淋巴瘤包括各种亚型，其包括弥漫性大b细胞淋巴瘤(dlbcl)、滤泡性淋巴瘤、小淋巴细胞淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、边缘区淋巴瘤、伯基特(burkitt)淋巴瘤、和淋巴浆细胞淋巴瘤。在b细胞淋巴瘤中，dlbcl是最常见的并且通常是侵袭性疾病。滤泡性淋巴瘤、小淋巴细胞淋巴瘤、边缘区淋巴瘤、和淋巴浆细胞淋巴瘤往往是惰性疾病。在美国，不到15％的nhl病例是t细胞淋巴瘤。与b细胞淋巴瘤类似，t细胞淋巴瘤存在许多亚型，其包括前体t淋巴细胞淋巴瘤和外周t细胞淋巴瘤。患有nhl的患者通常表现出晚期(iii/iv)疾病，并且许多患者最初无症状。
nhl的治疗根据疾病的类型和程度而改变，并且包括化疗、免疫疗法、靶向疗法、放射疗法和干细胞移植。cd20阳性nhl的标准一线疗法涉及用抗cd20抗体利妥昔单抗单独治疗或与化疗联合治疗，化疗例如为环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松(r-chop)；苯达莫司汀(r-苯达莫司汀)和环磷酰胺，长春新碱和泼尼松(r-cvp)。用利妥昔单抗治疗后复发的患者被分类为利妥昔单抗难治型(rr)或利妥昔单抗敏感型(rs)。如果患者在接受利妥昔单抗时或在最后一次利妥昔单抗治疗后6个月内有进展，则视为rr。如果患者响应于先前含有利妥昔单抗的方案并且从最后一剂利妥昔单抗开始超过6个月复发，则视为rs。对于rs患者，大约40％的患者对于用利妥昔单抗的再治疗产生响应。仅用利妥昔单抗再治疗的rr患者的基于临床试验的响应和生存数据尚未见报道，但合理的估计是对利妥昔单抗单药再治疗的响应率低(<5％)。
虽然大多数患者最初对治疗有响应，但许多患者最终会复发并需要进一步治疗。此外，一些患者对初始治疗没有响应。cd20阳性nhl仍需要更有效的治疗方法。
一般而言，nhl疫苗治疗的总体目标是使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。表4总结了药剂选择的基本原理，其中(a)卡培他滨代谢为5-fu；(b)甲酰四氢叶酸增强5-fu的活性。
图17示例性地和示意性地描述了一种或多种机制，每种药剂通过这些机制影响免疫系统并因此导致icd。通过组合同时(或顺序)靶向使得肿瘤生长的不同但互补的机制的试剂，治疗方案旨在使抗癌活性最大化并延长治疗响应的持续时间。
为此，预期的nhl治疗组合了ldmc、利妥昔单抗、贝伐单抗、癌症疫苗、低剂量放疗、il-15超级激动剂、nk细胞疗法和检查点抑制剂。治疗方案的总体目标是使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。具体地，该治疗旨在通过以下方式中断免疫编辑的逃逸阶段：(a)减轻tme中的免疫抑制。ldmc用于降低有助于tme中免疫抑制的treg、mdsc、和m2巨噬细胞的密度。贝伐单抗用于引起tme的形态变化，以促进淋巴细胞运输；(b)诱导和协调icd信号。ldmc和低剂量放疗用于增加肿瘤细胞的抗原性。贝伐单抗用于改变tme，从而实现更有效的抗原特异性t细胞应答并使肿瘤细胞更易受icd影响。ω-3-酸乙酯增强icd而不增加毒性；(c)调节树突细胞和t细胞。癌症疫苗和il-15超级激动剂用于增强肿瘤特异性细胞毒性t细胞响应；(d)增强先天性免疫应答。nk细胞疗法用于增强先天性免疫系统。il-15超级激动剂用于增强内源性和引入的nk细胞的活性。大分割剂量放疗用于上调肿瘤细胞nk配体以增强nk细胞的肿瘤细胞毒性；以及(e)维持免疫应答。检查点抑制剂用于促进长期抗癌免疫应答。
nhl疫苗治疗分两个阶段进行：诱导阶段和维持阶段。诱导阶段的目的是刺激针对肿瘤细胞的免疫应答并减轻tme中的免疫抑制。维持阶段的目的是维持针对肿瘤细胞的持续性免疫系统活性，从而产生持久的治疗响应。用于诱导阶段和维持阶段的预期化合物和组合物的示例性使用和给药时间分别显示于图18和图19中。因此，以下试剂和组合物优选地用于诱导阶段和维持阶段：
1.alt-803，重组人超级激动剂白介素-15(il-15)复合物(也称为il15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物)；2.avelumab(
更具体地，nhl的示例性治疗方案通常包括以下步骤、阶段、化合物和组合物：
在筛查时、初始诱导阶段结束时(治疗开始后8周)，以及潜在延长的诱导和维持阶段(依赖于响应)进行肿瘤活组织检查和探索性肿瘤分子谱分析。在诱导阶段每个月和维持阶段每2个月，在常规抽血期间收集单独的血液管用于探索性免疫学和ctdna/ctrna分析。
在筛查时评估肿瘤，并且根据实体瘤反应评价标准(recist)1.1版和免疫相关反应标准(irrc)，通过靶向和非靶向病灶的计算机断层扫描(ct)、磁共振成像(mri)或正电子发射断层扫描-计算机断层扫描(petct)，在诱导阶段每8周和维持期间每12周评估肿瘤响应。
诱导阶段：诱导阶段包括重复的2周周期。每2周重复进行alt-803、基于ad5的疫苗(etbx-061)、hank细胞、avelumab、贝伐单抗、环磷酰胺、5fu/甲酰四氢叶酸、nab-紫杉醇、ω-3-酸乙酯、奥沙利铂和利妥昔单抗的治疗方案。在前四个2周的周期中同时进行sbrt。使用sbrt将辐射施加于所有可行的肿瘤部位。
根据以下给药方案进行治疗的诱导阶段：
每日：
·ω-3-酸乙酯(经口[po]每日两次[bid][3×1g胶囊和2×1g胶囊])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgpobid)
第1天、第3天、第5天、第8天、第10天和第12天，每2周一次：
·5-fu(24小时内连续iv输注400mg/m2)
·甲酰四氢叶酸(20mg/m2iv推注)
第1天和第8天，每2周一次：
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·奥沙利铂(40mg/m2iv)
第5天、第19天、第33天(每2周3剂，然后每8周一次)：
·etbx-061(5×1011病毒颗粒[vp]/疫苗/剂量皮下[sc])
第8天，每2周一次：
·avelumab(1小时内iv，10mg/kg)
第8天、第22天、第36天、第50天(每2周4剂)：
·sbrt(不超过8gy，由放射肿瘤医师确定精确剂量)
第9天，每2周一次：
·利妥昔单抗(375mg/m2iv)
·alt-803(10μg/kgsc，hank输注前30分钟)
第9天和第11天，每2周一次：
·hank(2×109细胞/剂量iv)
·维持阶段：
在诱导阶段的最后一次治疗完成后，维持阶段的持续时间最长达1年。维持阶段包括重复的2周周期。每2周重复进行alt-803、基于ad5的疫苗(etbx061)、hank细胞、avelumab、贝伐单抗、卡培他滨、环磷酰胺、nab-紫杉醇、ω-3-酸乙酯和利妥昔单抗的治疗方案。
根据以下给药方案进行治疗的维持阶段：
每日：
·ω-3-酸乙酯(pobid[3×1g胶囊和2×1g胶囊])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·avelumab(1小时内iv，10mg/kg)
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgpobid)
·卡培他滨(650mg/m2pobid)
第2天，每2周一次：
·利妥昔单抗(375mg/m2iv)
·alt-803(10μg/kgsc，hank输注前30分钟)
·hank(2×109细胞/剂量iv)
第5天，其后每8周一次：
·etbx-061(5×1011vp/疫苗/剂量sc)
图20示意性地说明了示例的治疗方法。
肿瘤分子谱分析：将进行来自组织的肿瘤细胞相对于来自全血的非肿瘤细胞的基因组测序，以识别能够有助于疾病进展和/或响应于治疗的肿瘤特异性基因组变异。进行rna测序以提供表达数据并给出与dna突变的相关性。进行定量蛋白质组学分析以确定特定蛋白质的绝对量，确认与疾病进展和/或响应相关的基因表达，并确定响应的截止值。所有基因组学、转录组学和蛋白质组学分子分析都是探索性的。通过下一代测序和基于质谱的定量蛋白质组学对ffpe肿瘤组织和全血(针对肿瘤组织的对象匹配的正常比较物)进行肿瘤分子谱分析。预期在筛查时和初始诱导阶段结束时(治疗开始后8周)收集肿瘤组织和全血用于该治疗。
后续分析/样品采集和分析：根据组织标本试剂盒和血液标本试剂盒中包含的说明卡收集和运输肿瘤组织和全血样品。需要ffpe肿瘤组织标本以用于提取肿瘤dna、肿瘤rna和肿瘤蛋白。提取对象的正常dna通常需要全血样品。肿瘤组织和全血在clia认证和cap认可的临床实验室中进行处理。
探索性免疫学分析：免疫疗法治疗的一个目的是产生抗原特异性抗肿瘤免疫应答。探索性免疫学分析用于提供由治疗诱导的免疫应答的初步评估。将在筛查时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间从对象收集血液样品用于免疫分析。通过ficoll-hypaque密度梯度分离而分离出的pbmc在暴露于muc1后使用针对ifn-γ或颗粒酶b分泌的elispot测定法来分析抗原特异性免疫应答。在暴露于肿瘤相关抗原肽muc1后，使用细胞内细胞因子染色测定ifn-γ或tnf-α表达，利用流式细胞术评估t细胞应答。利用用于分析细胞上的cd107a表达的流式细胞术检测脱粒细胞如cd8+t细胞和nk细胞。用编码muc1的重叠15mer肽库体外刺激pbmc。对照肽库涉及使用作为阴性对照的无关的抗原肽库和作为阳性对照的ceft肽混合物。ceft是巨细胞病毒、ebv、流感和破伤风毒素的肽的混合物。cd4和cd8t细胞的刺激后分析涉及ifn-γ、tnf-α、和cd107a表达的产生。分析血清中针对muc1的抗体、针对腺病毒(血清型5)的中和抗体滴度，并分析针对il-15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物的潜在抗体发展。
循环肿瘤dna和rna分析：肿瘤在治疗期间发展，并且出现耐药细胞，这些细胞难以检测并且会导致肿瘤对初始治疗产生抗性。基于血液的ctdna和ctrna检测可以追踪耐药肿瘤细胞的出现，并可以为患者鉴定出新的药物靶点和治疗方案。在筛查时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间收集全血以用于分析ctdna和ctrna。通过qpcr测量ctdna和ctrna中特定肿瘤和免疫相关分析物的表达水平，并分析该表达水平与对象结果的相关性。
非小细胞肺癌(nsclc)：
肺癌是全球癌症的主要原因，并且导致大约五分之一的癌症死亡，每年总死亡人数约为159万。所有类型的肺癌的主要风险因素是吸烟，大约85％至90％的肺癌病例可以归于这一原因。在过去25年中，戒烟的努力导致美国肺癌发病率下降。尽管如此，肺癌继续造成巨大的健康负担。在美国，估计在2016年诊断出224000例肺癌新病例，并且大约有158000例死于肺癌。
肺癌可以在组织学上分类为小细胞肺癌和nsclc。nsclc为伞形范畴，包括不是小细胞肺癌的任何肺癌，其被认为起因于肺部的神经内分泌细胞。nsclc约占85％的肺癌，最常见的nsclc类型包括鳞状细胞癌、腺癌、和大细胞癌。
对于患有早期局部可切除疾病的患者，手术方法提供了最佳预后。据报道，标准治疗(soc)手术方法导致1期nsclc患者的5年无疾病进展率约为70％。然而，这仅适用于少数患者，因为70％新诊断出的肺癌患者患有晚期疾病，并且这些患者中的大多数患有转移性疾病。对于大多数3期或4期nsclc患者，不推荐手术治疗。
通常，本文提出的nsclc疫苗治疗的总体目标是使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。选择包括在该治疗中的药剂的基本原理总结在表5中，其中(i)表示肿瘤分子谱分析将确定是否施用etbx-021；(ii)表示肿瘤分子谱分析将确定是否施用gi-4000；(iii)表示卡培他滨代谢为5-fu；(iv)表示向患有鳞状细胞癌亚型的对象施用顺铂。向患有腺癌亚型的对象施用奥沙利铂；(v)表示甲酰四氢叶酸增强5-fu的活性；以及(vi)表示施用纳武单抗或avelumab。
图21描述了一种或多种机制，每种药剂通过这些机制影响免疫系统并因此导致icd。通过组合同时靶向使得肿瘤生长的不同但互补的机制的试剂，治疗方案旨在使抗癌活性最大化并延长治疗响应的持续时间。
为此，预期的nsclc治疗组合了ldmc、贝伐单抗、癌症疫苗、低剂量放疗、il-15超级激动剂、nk细胞疗法和检查点抑制剂。治疗方案的总体目标是使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。具体地，该治疗旨在通过以下方式中断免疫编辑的逃逸阶段：(a)减轻tme中的免疫抑制。ldmc用于降低有助于tme中免疫抑制的treg、mdsc、和m2巨噬细胞的密度。贝伐单抗用于引起tme的形态变化，以促进淋巴细胞运输；(b)诱导和协调icd信号。ldmc和低剂量放疗用于增加肿瘤细胞的抗原性。贝伐单抗用于改变tme，从而实现更有效的抗原特异性t细胞应答并使肿瘤细胞更易受icd影响。氟维司群用于增强adcc和细胞毒性t细胞活性。ω-3-酸乙酯增强icd而不增加毒性；(c)调节树突细胞和t细胞。癌症疫苗和il-15超级激动剂用于增强肿瘤特异性细胞毒性t细胞应答；(d)增强先天性免疫应答。nk细胞疗法用于增强先天性免疫系统。il-15超级激动剂用于增强内源性和引入的nk细胞的活性。大分割低剂量放疗用于上调肿瘤细胞nk配体以增强nk细胞的肿瘤细胞毒性；以及(e)维持免疫应答。检查点抑制剂用于促进长期抗癌免疫应答。
nsclc疫苗治疗分两个阶段进行：诱导阶段和维持阶段。诱导阶段的目的是刺激针对肿瘤细胞的免疫应答并减轻tme中的免疫抑制。维持阶段的目的是维持针对肿瘤细胞的持续性免疫系统活性，从而产生持久的治疗响应。用于诱导阶段和维持阶段的预期化合物和组合物的示例性使用和给药时间分别显示于图22和图23中。因此，以下试剂和组合物优选地用于诱导阶段和维持阶段：
1.alt-803，重组人超级激动剂il-15复合物(也称为il15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物)；2.etbx-011(ad5[e1-,e2b-]-cea)；3.etbx-021(ad5[e1-,e2b-]-her2)；4.etbx-051(ad5[e1-,e2b-]-brachyury)；5.etbx-061(ad5[e1-,e2b-]-muc1)；6.gi-4000(ras酵母疫苗)；7.gi-6207(cea酵母疫苗)；8.gi-6301(brachyury酵母疫苗)；9.hanktm，nk-92[cd16.158v，eril-2]，用于iv输注的混悬剂(用于输注的hanktm)；10.avelumab(
更具体地，nsclc的示例性治疗方案通常包括以下步骤、阶段、化合物和组合物：
在筛查时评估肿瘤，并且根据实体瘤反应评价标准(recist)1.1版和免疫相关反应标准(irrc)，通过靶向和非靶向病灶的计算机断层扫描(ct)、磁共振成像(mri)或正电子发射断层扫描(pet)-ct，在诱导阶段每8周和维持期间每12周评估肿瘤响应。
前瞻性肿瘤分子谱分析：进行前瞻性肿瘤分子谱分析以获知her2表达和ras突变状态，并用于确定是否施用etbx-021和gi-4000。无论其肿瘤分子谱如何，所有对象均接受etbx-011、etbx-051、etbx-061、gi-6207和gi-6300治疗。对于在筛查时收集的ffpe肿瘤组织和全血(针对肿瘤组织的对象匹配的正常比较物)进行前瞻性肿瘤分子谱分析。
如果对象的肿瘤过表达her2(如通过质谱法定量蛋白质组学确定的≥750阿托摩尔/μg肿瘤组织)，对象会接受etbx-021。如果对象的肿瘤对如通过全基因组测序所确定的特异性ras突变呈阳性，则对象会接受gi-4000。gi-4000是gi-4000系列4种不同的产品(gi-4014、gi-4015、gi-4016和gi-4020)；这些中的每一个都表达突变的ras癌蛋白的组合。特异性ras突变会确定哪种gi-4000产品用于治疗(gi-4014用于g12v，gi-4015用于g12c，gi-4016用于g12d，gi-4020用于g12r或q61h，gi-4014、gi-4015或gi-4016用于q61l或q61r)。
诱导阶段：诱导阶段包括重复的2周周期，最长治疗期为1年。每2周重复进行ω-3-酸乙酯、环磷酰胺、顺铂或奥沙利铂、5fu/甲酰四氢叶酸、nab-紫杉醇、贝伐单抗、alt-803、hank细胞、基于ad5的疫苗(etbx-011、etbx-021、etbx-051、和etbx-061)、基于酵母的疫苗(gi-4000、gi-6207和gi-6301)、纳武单抗或avelumab、氟维司群、和放疗的治疗方案。在前四个2周的周期中同时进行sbrt。使用sbrt将辐射施加于所有可行的肿瘤部位。根据以下给药方案进行nsclc治疗的示例性诱导阶段：
每日：
·ω-3-酸乙酯(经口[po]bid[3×1g胶囊和2×1g胶囊])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
第1天，每4周一次(每隔一个治疗周期)：
·氟维司群(500mgim)
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgpo，每日两次[bid])。
第1天、第3天、第5天、第8天、第10天和第12天，每2周一次：
·5-fu(24小时内连续iv输注400mg/m2)
·甲酰四氢叶酸(20mg/m2iv推注)
第1天和第8天，每2周一次：
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·顺铂(40mg/m2iv)或奥沙利铂(40mg/m2iv)
将顺铂施用于患有鳞状细胞癌亚型的对象。将奥沙利铂施用于患有腺癌亚型的对象。
第5天、第19天、第33天(每2周3剂，其后每8周一次)：
·etbx-011、etbx-021、etbx-051、etbx-061(5×1011病毒颗粒[vp]/疫苗/剂量皮下[sc])
·gi-4000、gi-6207、gi-6301(40酵母单位[yu]/疫苗/剂量sc)，基于ad5的疫苗施用后2小时
如上所述，前瞻性肿瘤分子谱分析将确定是否施用etbx-021和gi-4000。
第8天，每2周一次：
·纳武单抗(1小时内iv，3mg/kg)或avelumab(1小时内iv，10mg/kg)
第8天、第22天、第36天、第50天(每2周4剂)：
·sbrt(不超过8gy，由放射肿瘤医师确定精确剂量)
第9天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc，hank输注前30分钟)
第9天和第11天，每2周一次：
·hank(2×109细胞/剂量iv)
维持阶段：在诱导阶段的最后一次治疗完成后进行，维持阶段的持续时间最长达1年。维持阶段包括重复的2周周期。将每2周重复进行ω-3-酸乙酯、环磷酰胺、卡培他滨、nab-紫杉醇、贝伐单抗、alt-803、hank细胞、基于ad5的疫苗(etbx-011、etbx-021、etbx-051和etbx-061)、基于酵母的疫苗(gi-4000、gi-6207和gi-6301)、纳武单抗或avelumab、和氟维司群的治疗方案。根据以下给药方案进行示意性的治疗的维持阶段：
每日：
·ω-3-酸乙酯(pobid[3×1g胶囊和2×1g胶囊])
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
·nab-紫杉醇(100mgiv)
·纳武单抗(1小时内iv，3mg/kg)或avelumab(1小时内iv，10mg/kg)
第1天，每4周一次(每隔一个治疗周期)：
·氟维司群(500mgim)
第1-5天和第8-12天，每2周一次：
·卡培他滨(650mg/m2pobid)
·环磷酰胺(50mgpobid)
第2天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc)(hank输注前30分钟)
·hank(2×109细胞/剂量iv)
第5天，其后每8周一次：
·etbx-011、etbx-021、etbx-051、etbx-061(5×1011vp/疫苗/剂量sc)
·gi-4000、gi-6207、gi-6301(40yu/疫苗/剂量sc)，基于ad5的疫苗施用后2小时
如上所述，前瞻性分子谱分析将确定是否施用etbx-021和gi-6207。图24示意性地说明了示例的治疗方案。
肿瘤分子谱分析：将进行来自组织的肿瘤细胞相对于来自全血的非肿瘤细胞的基因组测序，以识别能够有助于疾病进展和/或响应于治疗的肿瘤特异性基因组变异。进行rna测序以提供表达数据并给出与dna突变的相关性。进行定量蛋白质组学分析以确定特定蛋白质的绝对量，确认与疾病进展和/或响应相关的基因表达，并确定响应的截止值。所有基因组学、转录组学和蛋白质组学分子分析都是探索性的，除了通过定量蛋白质组学对her2表达的前瞻性肿瘤分子分析和通过基因组测序对ras突变状态的分析以确定是否施用etbx-021和gi-4000。
后续分析/样品采集和分析：通过下一代测序和基于质谱的定量蛋白质组学对ffpe肿瘤组织和全血(针对肿瘤组织的对象匹配的正常比较物)进行肿瘤分子谱分析。预期在筛查时和初始诱导阶段结束时(治疗开始后8周)收集肿瘤组织和全血用于该治疗。需要ffpe肿瘤组织标本以用于提取肿瘤dna、肿瘤rna和肿瘤蛋白。提取对象正常dna通常需要全血样品。肿瘤组织和全血在clia认证和cap认可的临床实验室中进行处理。
将在筛查时、诱导阶段的每个月和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间从对象收集血液样品用于免疫分析。通过ficoll-hypaque密度梯度分离而分离出的pbmc在暴露于以下肿瘤相关抗原肽后使用针对ifn-γ或颗粒酶b分泌的elispot测定法来分析抗原特异性免疫应答，所述肿瘤相关抗原肽为cea、brachyury和muc1，以及施用etbx-021和gi-4000的情况下分别为her2和突变的ras。在暴露于肿瘤相关抗原肽后，使用细胞内细胞因子染色测定ifn-γ或tnf-α表达，利用流式细胞术评估t细胞应答。利用用于分析细胞上的cd107a表达的流式细胞术检测脱粒细胞如cd8+t细胞和nk细胞。用编码上述肿瘤相关抗原的重叠15mer肽库体外刺激pbmc。对照肽库涉及使用作为阴性对照的无关的抗原肽库和作为阳性对照的ceft肽混合物。ceft是cmv、爱泼斯坦巴尔病毒、流感和破伤风毒素的肽的混合物。cd4+和cd8+t细胞的刺激后分析涉及ifn-γ、tnf-α、和cd107a表达的产生。分析血清中针对上述肿瘤相关抗原的抗体，针对腺病毒(血清型5)的中和抗体滴度，以及分析针对il-15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物的潜在抗体发展。
循环肿瘤dna和rna分析：肿瘤在治疗期间发展，并且出现耐药细胞，这些细胞难以检测并且会导致肿瘤对初始治疗产生抗性。基于血液的ctdna和ctrna检测可以追踪耐药肿瘤细胞的出现，并可以为患者鉴定出新的药物靶点和治疗选项。在筛查时、诱导阶段的每个月收集和维持阶段的每2个月，在常规抽血期间收集全血以用于分析ctdna和ctrna。通过qpcr测量ctdna和ctrna中特定肿瘤和免疫相关分析物的表达水平，并分析该表达水平与对象结果的相关性。
胰腺癌：
胰腺癌预计将成为美国癌症相关死亡的第二大原因，其中预计2017年该疾病将导致43090人死亡，并预计将有53670例新病例。它是全球第12位最常见的癌症，2012年诊断出约338000例新病例(占总数的2％)。其预后很差，因此胰腺癌是全球癌症死亡的第7大常见原因，2012年有超过330000人死于胰腺癌(占总数的4％)。
胰腺由2种主要细胞类型组成，即外分泌细胞和内分泌细胞。外分泌细胞产生消化酶，而朗格汉斯(langerhans)胰岛的内分泌细胞产生激素，即胰岛素和胰高血糖素。内分泌肿瘤通常具有更好的预后，但仅占发展的胰腺癌的6％。另一方面，外分泌肿瘤极难治愈，并且是迄今为止最常见的胰腺癌类型，其中腺癌占外分泌胰腺癌的约94％。从2004年到2013年，白人患胰腺癌的发病率每年增加约1％，但黑人个体的发病率保持不变。
胰腺癌患者的预后非常差，总体中位生存期为5至8个月；不到5％的患者存活超过5年。手术切除胰腺癌和随后的辅助化疗是实现长期存活所需的主要治疗选项。新确诊患者中约15％至20％可以达到此目的；然而，即使在实现最佳切除的情况下，复发也很常见。对于患有更晚期疾病的大多数患者，治疗通常包括单独的化疗或对转移性患者的支持性护理，以及对于患有局部晚期疾病的患者进行或不进行放射情况下实施化疗。这些患者的预后甚至更不理想，其中5年生存率为2％。
大多数胰腺癌患者患有晚期疾病。该组的生存率非常低，其中只有2％的转移性疾病患者从确诊开始存活了5年。一小部分患者(9％)被诊断为局部可切除的疾病；然而，即使对于这一群体，5年生存率也很差，仅略高于25％。胰腺癌患者的标准治疗是用folfirinox进行治疗，其与吉西他滨单一疗法相比，可以改善os和pfs；然而，folfirinox仅适用于健康状况相对较好的患者(ecog为0或1)，接受治疗方案的患者的预后仍然严峻，中位pfs为6.4个月，中位os为11.1个月(conroy2011)。胰腺癌患者显然需要能够在相当一部分患者中产生长效持久响应的新治疗选项。
通常，本文提出的panc疫苗治疗的总体目标是使免疫细胞死亡(icd)最大化，同时维持和增强患者对癌症的抗肿瘤适应性和先天性应答。选择包括在治疗中的药剂的基本原理总结在表6中。
图25描述了一种或多种机制，每种药剂通过这些机制影响免疫系统并因此导致icd。通过组合同时靶向使得肿瘤生长的不同但互补的机制的试剂，治疗方案旨在使抗癌活性最大化并延长治疗响应的持续时间。
为此，建立了预期的panc治疗方案以实现以下特定且互补的目标：1)克服抑制性tme；2)分子已知诱导免疫原性信号；3)调节树突细胞和t细胞；4)nk细胞移植；5)通过施用ldmc维持免疫应答并诱导持久的长期缓解。
panc疫苗治疗分两个阶段进行：诱导阶段和维持阶段。诱导阶段的目的是刺激针对肿瘤细胞的免疫应答并减轻tme中的免疫抑制。维持阶段的目的是维持针对肿瘤细胞的持续性免疫系统活性，从而产生持久的治疗响应。用于诱导阶段和维持阶段的预期化合物和组合物的示例性使用和给药时间分别显示于图26和图27中。因此，以下试剂和组合物优选地用于诱导阶段和维持阶段：
1.环磷酰胺片剂，经口使用；2.
更具体地，panc的示例性治疗方案通常包括以下步骤、阶段、化合物和组合物：
将在筛查时和初始诱导结束时(8周)以及潜在的延长诱导阶段(依赖于响应)进行肿瘤活组织检查和肿瘤分子谱分析。此外，在常规的每周抽血期间，将收集单独的血液管以分析血液中循环rna的变化。在筛查时评估肿瘤，并且根据实体瘤反应评价标准(recist)1.1版和免疫相关反应标准(irrc)，通过靶向和非靶向病灶的计算机断层扫描(ct)、磁共振成像(mri)或正电子发射断层扫描(pet)，在诱导阶段每8周和维持期间每3个月评估肿瘤响应。
诱导阶段：诱导阶段包括重复的2周周期的低剂量辐射和节拍化疗。每2周重复进行环磷酰胺、奥沙利铂、5-fu/甲酰四氢叶酸、nab-紫杉醇、贝伐单抗、alt-803、ank、疫苗(ad5和gi-4000)和avelumab的治疗方案。在前四个2周的周期中同时进行立体定向全身放疗(sbrt)。使用sbrt将辐射施加于所有可行的肿瘤部位。预期的技术包括基于线性加速剂的疗法(3d和强度调节的放射疗法[imrt])以及γ刀和射波刀。
诱导治疗将持续至对象经历pd或不可接受的毒性(不可通过减少剂量进行校正)。在诱导阶段具有cr的对象将进入治疗的维持阶段。在诱导阶段每8周使用ct/mri进行响应评价，并根据recist1.1版和irrc进行评估。
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mg，每日两次[bid])。
第1天和第8天，每2周一次：
·奥沙利铂(40mg/m2iv)
·nab-紫杉醇(125mgiv)
第1天，每2周一次：
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
第1天、第3天、第5天、第8天、第10天和第12天，每2周一次：
·5-氟尿嘧啶(24小时内连续输注400mg/m2)
·甲酰四氢叶酸(20mg/m2iv推注)
第8天、第22天、第36天、第50天(每2周4剂)：
·sbrt(8gy)
第9天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kg皮下[sc]，ank输注前30分钟)
第9天和第11天，每2周一次：
·ank(2×109细胞/剂量iv)
第5天、第19天、第33天(每2周3剂，其后每8周一次)：
·ad5[e1-,e2b-]-cea(5×1011vp/剂量sc)
·gi-4000(40个酵母单位[yu]sc；根据基因组测序指示出所需的kras突变时使用)
第8天，每2周一次：
·avelumab(1小时内iv，10mg/kg)
维持阶段：在诱导阶段的最后一次治疗完成后进行，维持阶段的持续时间为1年。除非对象经历pd或不可接受的毒性，否则治疗将在整个维持阶段继续进行。在维持阶段每3个月使用根据recist1.1版和irrc评估的ct/mri进行响应评估。
第1至5天和第8至12天，每2周一次：
·环磷酰胺(50mgbid)
·卡培他滨(650mg/m2pobid)
第1天，每2周一次：
·nab-紫杉醇(125mgiv)
·贝伐单抗(5mg/kgiv)
·avelumab(1小时内iv，10mg/kg)
第2天，每2周一次：
·alt-803(10μg/kgsc)(ank输注前30分钟)
·ank(2×109细胞/剂量iv)
第5天，其后每8周一次：
·ad5[e1-,e2b-]-cea(5×1011vp/剂量sc)
·gi-4000(40yusc)
图28示意性地说明了示例的治疗方案。
后续分析/样品采集和分析：通过下一代测序和基于质谱的定量蛋白质组学对ffpe肿瘤组织和全血(针对肿瘤组织的对象匹配的正常比较物)进行探索性基因组、转录组、循环rna、和蛋白质组分子谱分析。在诱导阶段期间，每周收集血液样品以用于分子谱分析。在维持阶段期间，每月收集血液样本用于分子谱分析；每次抽血需要22.5ml的样品。
无细胞dna和无细胞rna的样品收集和分析：样品是10ml全血，分别吸入含有rna或dna稳定剂的无细胞rna
使用对pd-l1基因特异的引物，通过ct-cdna的实时定量pcr测量pd-l1的表达。在含有2μlcdna、引物和探针的10μl反应混合物中进行扩增。β-肌动蛋白用作ct-cdna输入水平的内部对照。在每个pcr板上运行已知浓度的pd-l1样品的标准曲线以及每个基因的阳性和阴性对照。通过扫描含有核酸的基质管上的2d条形码来鉴定测试样品。δct(dct)由pd-l1的ct值减去β-肌动蛋白的ct值计算。使用基因表达值设定为10的通用人参考rna的系列稀释剂的δct标准曲线(当δct相对pd-l1的对数浓度作图时)计算患者样品的相对表达。将使用初级和次级结果分析pd-l1水平，以确定统计学和临床上显著的相关性。
免疫学分析：将在第一次治疗之前从对象收集血液样品，并且在每个治疗周期的第1天和治疗结束时再次收集血液样品，用于免疫分析。通过ficoll-hypaque密度梯度分离而分离出的治疗前和治疗后pbmc在暴露于cea肽后使用针对ifn-γ或颗粒酶b分泌的elispot测定法来分析抗原特异性免疫应答。在暴露于cea肽后，使用细胞内细胞因子染色测定ifn-γ或tnf-α表达，利用流式细胞术来评估t细胞应答。利用用于分析细胞上的cd107a表达的流式细胞术检测脱粒细胞如cd8+t细胞和nk细胞。用编码上述肿瘤相关抗原的重叠15mer肽库体外刺激pbmc。对照肽库涉及使用作为阴性对照的无关的抗原肽库和作为阳性对照的ceft肽混合物。ceft是cmv、爱泼斯坦巴尔病毒、流感和破伤风毒素的肽的混合物。cd4和cd8t细胞的刺激后分析涉及ifn-γ、tnf-α和cd107a表达的产生。在治疗前和治疗后，分析血清中针对cea的抗体、针对腺病毒(血清型5)的中和抗体滴度，以及分析针对il-15n72d：il-15rαsu/igg1fc复合物的潜在抗体发展。
软组织肉瘤：
软组织肉瘤是相对罕见的癌症。它们每年在所有新癌症病例中所占比例不到1％。这可能是因为与更常产生恶性肿瘤的组织相比，软组织中的细胞不是连续分裂细胞。
2006年，美国诊断出约9500例新病例。软组织肉瘤更常见于老年患者(>50岁)，但是儿童和20岁以下青少年中，某些组织学是常见的(横纹肌肉瘤、滑膜肉瘤)。
通常，软组织肉瘤疫苗治疗的总体目标是使icd最大化，并增强和维持针对癌细胞的先天性和适应性免疫应答。与上述治疗化合物和组合物类似，以下试剂和组合物优选用于诱导阶段和维持阶段：
1.环磷酰胺片剂，经口使用；2.曲贝替定，用于静脉注射；3.安维汀(贝伐单抗)溶液，用于iv输注；4.avelumab，人抗pd-l1igg1单克隆抗体；5.
更具体地，软组织肉瘤的示例性治疗方案通常包括以下步骤、阶段、化合物和组合物：
将在筛查时和初始诱导结束时(8周)和潜在的延长诱导阶段(依赖于响应)进行肿瘤活组织检查和肿瘤分子谱分析。此外，在常规的每周抽血期间，将收集单独的血液管以分析血液中循环rna的变化。在筛查时评估肿瘤，并且根据实体瘤反应评价标准(recist)1.1版和免疫相关反应标准(irrc)，通过靶向和非靶向病灶的计算机断层扫描(ct)、磁共振成像(mri)、或正电子发射断层扫描(pet)，在诱导阶段每8周和维持期间每3个月评估肿瘤响应。
诱导阶段：诱导阶段包括重复的2周周期的低剂量辐射和节拍化疗。每2周重复进行环磷酰胺、多柔比星、nab-紫杉醇、贝伐单抗、曲贝替定、alt-803、hank、avelumab、疫苗和放疗的治疗方案。在前四个2周的周期中同时进行立体定向全身放射治疗(sbrt)。使用sbrt将辐射施加于所有可行的肿瘤部位。预期的技术包括基于线性加速剂的疗法(3d和强度调节的放射疗法[imrt])。
诱导治疗将持续至对象经历pd或不可接受的毒性(不可通过减少剂量进行校正)。在诱导阶段具有cr的对象将进入治疗的维持阶段。在诱导期间每8周使用ct/mri进行响应评价，并根据recist1.1版和irrc进行评估。
第1至5天(每周)：
·环磷酰胺50mg，每日两次(bid)
第1天(每周)：
·多柔比星20mg/m2iv
第1天(每2周)：
·贝伐单抗5mg/kgiv
第1天(每周)：
·曲贝替定0.5mg/kgiv
·nab-紫杉醇100mgiv
第8天、第22天、第36天、第50天(每隔一周4剂)：
·sbrt8gy
第9天(每2周)：
·alt-80310μg/kgsc
第9天和第11天(每2周)：
·hank2×109细胞/剂量iv
第5天、第19天、第33天(每2周3剂，其后每8周一次)：
·ad5[e1-,e2b-]-muc1ad5[e1-,e2b-]-brachyury5×1011vp/剂量sc
·gi-6301酵母brachyury40yusc
第8天(每2周)：
·avelumab10mg/kg，1小时iv
维持阶段：在诱导阶段的最后一次治疗完成后进行，维持阶段的持续时间为1年。除非对象经历pd或不可接受的毒性，否则治疗将在整个维持阶段继续进行。在维持阶段每3个月进行使用ct/mri进行响应评价，并根据recist1.1版和irrc进行评估。
第1至5天(每周)：
·环磷酰胺50mg，每日两次(bid)
第1天(每2周)：
·nab-紫杉醇100mgiv
·avelumab10mg/kgiv
·贝伐单抗5mg/kgiv
·曲贝替定0.5mg/kgiv
第2天(每2周)：
·hank2×109细胞/剂量iv
·alt-80310μg/kgsc
第5天(其后每8周一次)：
·ad5[e1-,e2b-]-muc1ad5[e1-,e2b-]-brachyury5×1011vp/剂量sc
·gi-6301酵母brachyury40yusc
在一些实施方案中，用于描述和要求保护本发明某些实施方案的表示成分的量、性质如浓度、反应条件等的数字应理解为在某些情况下由术语“约”修饰。因此，在一些实施方案中，书面描述和所附权利要求中列出的数值参数是近似值，其可以根据特定实施方案希望获得的期望性质而变化。在一些实施方案中，数值参数应根据报告的有效数字的数量并通过应用普通的舍入技术来解释。尽管阐述本发明的一些实施方案的宽范围的数值范围和参数是近似值，但尽可能精确地报告了具体实施例中列出的数值。在本发明的一些实施方案中呈现的数值可能包含必然由其各自的测试测量中存在的标准偏差引起的某些误差。除非上下文指出相反的情况，否则本文所述的所有范围应解释为包括其端点，并且开放式范围应解释为包括商业实用值。同样，除非上下文指出相反的情况，否则应将所有值列表视为包含中间值。
如本说明书和整个权利要求书中所用的，要素前面不使用数量词可以包括“一个或更多个”、“至少一个”和“一个或多于一个”的意思，除非上下文另有明确规定。此外，如在本文的描述中所使用的，“在……中”的含义包括“在……中”和“在……上”，除非上下文另有明确规定。此外，除非上下文另有规定，否则术语“与……结合”旨在包括直接结合(其中两个相互结合的要素彼此接触)和间接结合(其中至少一个附加要素位于两个要素之间)。因此，术语“与……结合”和“结合”同义使用。
如本文所用，在一个实施方案中术语“治疗”任何疾病或病症是指施用一种或多于一种化合物或组合物以改善疾病或病症(例如，减缓或阻止或减轻疾病的发展或其至少一种临床症状)。在另一个实施方案中，“治疗”是指施用一种或多于一种化合物或组合物，用以减轻或改善至少一种物理参数，包括患者可能无法辨别的物理参数。在另一个实施方案中，“治疗”是指施用一种或多于一种化合物或组合物，用于从症状方面(例如，稳定可辨别的症状)、生理学方面(例如，破坏癌症免疫编辑的逃逸阶段、诱导癌症免疫编辑的消除阶段、恢复癌症免疫编辑的平衡阶段)、或这两方面来调节疾病或病症。在另一个实施方案中，“治疗”是指施用一种或多于一种化合物或组合物，以预防或延迟疾病或病症的发作或发展或进展。术语“治疗”可以导致例如癌症情况下的疾病稳定、部分或完全响应。然而，特别是在癌症具有治疗抗性的情况下，术语“治疗”并不意味着治愈或甚至部分治愈。如本文所用，术语“患者”是指人(包括成人和儿童)或其他被诊断或怀疑患有疾病、特别是癌症的哺乳动物。
对于本领域技术人员显而易见的是，在不脱离本文的发明构思的情况下，除已经描述的那些之外的更多修改是可能的。因此，除所附权利要求的范围之外，本发明的主题不受限制。此外，在解释说明书和权利要求时，所有术语应以与上下文一致的最广泛的方式解释。特别地，术语“包括”和“包含”应该被解释为以非排他的方式指代要素、组件、或步骤，指示所引用的要素、组件、或步骤可以存在、或者被利用、或者与未明确引用的其他要素、组件、或步骤组合。当说明书权利要求涉及选自a、b、c……和n的至少一种时，文本应解释为只需要其中的一个要素，而不是a加n、或b加n等。
权利要求书(按照条约第19条的修改)
1.一种提供用于治疗肿瘤的协同治疗法方案的方法，其包括：
通过施用降低肿瘤微环境中的免疫抑制的至少第一药物组合物来反转肿瘤的逃逸阶段；
通过施用增强适应性免疫应答和先天性免疫应答中的至少一种的至少第二药物组合物来诱导肿瘤的消除阶段；和
通过施用使适应性免疫应答朝th1应答偏倚的至少第三药物组合物来维持肿瘤的平衡阶段。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一药物组合物包含与白蛋白结合的药物，其中所述白蛋白任选为纳米微粒白蛋白。
3.根据权利要求2所述的方法，还包含与所述白蛋白结合的抗体或其片段。
4.根据权利要求2或3所述的方法，其中，所述药物选自苯达莫司汀、硼替佐米、卡巴他赛、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、达沙替尼、多西他赛、多柔比星、表柔比星、厄洛替尼、依托泊苷、依维莫司、吉非替尼、伊达比星、羟基脲、伊马替尼、拉帕替尼、美法仑、米托蒽醌、尼罗替尼、奥沙利铂、紫杉醇、帕唑帕尼、培美曲塞、雷帕霉素、罗米地辛、索拉非尼、维罗非尼、舒尼替尼、替尼泊苷、长春碱、长春瑞滨和长春新碱。
5.根据权利要求2至4中任一项所述的方法，其中，所述抗体或其片段选自reopro、kadcyla、campath、舒莱、安维汀、benlysta、adcetris、cimzia、rbitux、保骼丽、泽瓦林、tysabri、gazyva、arzerra、xolair、维克替比、perjeta、cyramza、诺适得、美罗华、bexar、yondelis和赫赛汀。
6.根据权利要求2至4中任一项所述的方法，其中，所述抗体或其片段特异性结合坏死细胞的组分。
7.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一药物组合物包含抑制t-reg细胞、髓源性抑制细胞、和m2巨噬细胞中的至少一种的药物。
8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述药物选自顺铂、吉西他滨、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定和rp-182。
9.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一药物组合物包含血管通透性增强剂。
10.根据权利要求9所述的方法，其中，所述第一血管通透性增强剂包含il2的至少一部分。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中，所述第二药物组合物包含重组细菌疫苗、重组病毒疫苗、或重组酵母疫苗。
12.根据权利要求11所述的方法，其中，所述重组细菌疫苗、所述重组病毒疫苗、或所述重组酵母疫苗被基因工程化用于表达肿瘤相关抗原以及患者和肿瘤特异性新表位中的至少一种。
13.根据权利要求12所述的方法，其中，所述肿瘤相关抗原选自muc1、cea、her2、brachyury、和致癌ras突变蛋白。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中，所述第二药物组合物包含自然杀伤细胞。
15.根据权利要求14所述的方法，其中，所述自然杀伤细胞是ank细胞、hank细胞、或tank细胞。
16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，其中，所述第二药物组合物包含免疫刺激细胞因子。
17.根据权利要求16所述的方法，其中，所述免疫刺激细胞因子选自il-2、il-7、il-15、il-17、il-21、和il-15超级激动剂。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中，所述第三药物组合物包含检查点抑制剂、免疫刺激细胞因子、重组细菌疫苗、重组病毒疫苗、和重组酵母疫苗中的至少一种。
19.根据权利要求18所述的方法，其中，所述检查点抑制剂是pd-1抑制剂或ctla4抑制剂，并且其中，所述免疫刺激细胞因子选自il-2、il-7、il-15、il-17、il-21、和il-15超级激动剂。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，还包括向肿瘤施用低剂量辐射的步骤。
21.根据权利要求2或3所述的方法，其中，所述抗体或其片段选自reopro、kadcyla、campath、舒莱、安维汀、benlysta、adcetris、cimzia、rbitux、保骼丽、泽瓦林、tysabri、gazyva、arzerra、xolair、维克替比、perjeta、cyramza、诺适得、美罗华、bexar、yondelis和赫赛汀。
22.根据权利要求21所述的方法，其中，所述抗体或其片段特异性结合坏死细胞的组分。
23.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一药物组合物包含抑制t-reg细胞、髓源性抑制细胞和m2巨噬细胞中的至少一种的药物。
24.根据权利要求23所述的方法，其中，所述药物选自顺铂、吉西他滨、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定和rp-182(参见us9492499)。
25.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一药物组合物包含血管通透性增强剂。
26.根据权利要求25所述的方法，其中，所述第一血管通透性增强剂包含il2的至少一部分。
27.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第二药物组合物包含重组细菌疫苗、重组病毒疫苗、或重组酵母疫苗。
28.根据权利要求27所述的方法，其中，所述重组细菌疫苗、所述重组病毒疫苗、或所述重组酵母疫苗被基因工程化用于表达肿瘤相关抗原以及患者和肿瘤特异性新表位中的至少一种。
29.根据权利要求28所述的方法，其中，所述肿瘤相关抗原选自muc1、cea、her2、brachyury、和致癌ras突变蛋白。
30.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第二药物组合物包含自然杀伤细胞。
31.根据权利要求30所述的方法，其中，所述自然杀伤细胞是ank细胞、hank细胞、或tank细胞。
32.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第二药物组合物包含免疫刺激细胞因子。
33.根据权利要求32所述的方法，其中，所述免疫刺激细胞因子选自il-2、il-7、il-15、il-17、il-21、和il-15超级激动剂。
34.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第三药物组合物包含检查点抑制剂、免疫刺激细胞因子、重组细菌疫苗、重组病毒疫苗、和重组酵母疫苗中的至少一种。
35.根据权利要求34所述的方法，其中，所述检查点抑制剂是pd-1抑制剂或ctla4抑制剂，并且其中，所述免疫刺激细胞因子选自il-2、il-7、il-15、il-17、il-21、和il-15超级激动剂。
36.根据权利要求1所述的方法，还包括向肿瘤施用低剂量辐射的步骤。
37.一种改变肿瘤的免疫编辑过程的方法，其包括：
使用肿瘤的组学信息和肿瘤的途径分析来确定化疗治疗方案；
以低剂量节拍方案来实施化疗治疗方案；
使用至少一种药剂来实施选择性地将药物递送至肿瘤微环境的第二治疗方案；
使用至少一种疫苗组合物来实施基于组学信息的第三治疗方案；和
实施包含检查点抑制剂和免疫刺激细胞因子中的至少一种的第四治疗方案。
38.根据权利要求37所述的方法，其中，所述组学信息包括全基因组序列信息、外显子组序列信息、转录组序列信息、和蛋白质组学信息中的至少一种。
39.根据权利要求37或38所述的方法，其中所述途径分析是paradigm分析。
40.根据权利要求37所述的方法，其中，所述化疗治疗方案不依赖于肿瘤的解剖学定位。
41.根据权利要求37所述的方法，其中，所述至少一种药剂包含与白蛋白结合的药物，其中所述白蛋白任选为纳米微粒白蛋白。
42.根据权利要求41所述的方法，其中，所述药物选自苯达莫司汀、硼替佐米、卡巴他赛、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、达沙替尼、多西他赛、多柔比星、表柔比星、厄洛替尼、依托泊苷、依维莫司、吉非替尼、伊达比星、羟基脲、伊马替尼、拉帕替尼、美法仑、米托蒽醌、尼罗替尼、奥沙利铂、紫杉醇、帕唑帕尼、培美曲塞、雷帕霉素、罗米地辛、索拉非尼、维罗非尼、舒尼替尼、替尼泊苷、长春碱、长春瑞滨和长春新碱。
43.根据权利要求41所述的方法，其中，所述药剂还包含与白蛋白结合的抗体或其片段。
44.根据权利要求43所述的方法，其中，所述抗体或其片段选自reopro、kadcyla、campath、舒莱、安维汀、benlysta、adcetris、cimzia、rbitux、保骼丽、泽瓦林、tysabri、gazyva、arzerra、xolair、维克替比、perjeta、cyramza、诺适得、美罗华、bexar、yondelis和赫赛汀。
45.根据权利要求37所述的方法，其中，所述至少一种药剂包含抑制t-reg细胞、髓源性抑制细胞和m2巨噬细胞中的至少一种的药物。
46.根据权利要求45所述的方法，其中，所述药物选自顺铂、吉西他滨、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定和rp-182。
47.根据权利要求37所述的方法，其中，所述疫苗组合物包含重组细菌疫苗、重组病毒疫苗、或重组酵母疫苗。
48.根据权利要求47所述的方法，其中，所述疫苗组合物被基因工程化用于表达至少一种患者和肿瘤特异性新表位。
49.根据权利要求37所述的方法，其中，所述检查点抑制剂是pd-1抑制剂或ctla4抑制剂，并且其中，所述免疫刺激细胞因子选自il-2、il-7、il-15、il-17、il-21、和il-15超级激动剂。
50.根据权利要求37所述的方法，还包括施用自然杀伤细胞和低剂量辐射中的至少一种。
51.多种药物组合物作为协同疗法用于治疗癌症的用途，其特征在于：
多种药物组合物的至少第一药物组合物降低肿瘤微环境中的免疫抑制，以反转肿瘤的逃逸阶段；
多种药物组合物的至少第二药物组合物增强适应性免疫应答和先天性免疫应答中的至少一种，以诱导肿瘤的消除阶段；和
多种药物组合物的至少第三药物组合物使适应性免疫应答朝th1应答偏倚，以维持肿瘤的平衡阶段。
52.根据权利要求51所述的用途，其中，所述至少第一药物组合物包含与白蛋白结合的药物，其中所述白蛋白任选为纳米微粒白蛋白。
53.根据权利要求52所述的用途，还包含与白蛋白结合的抗体或其片段。
54.根据权利要求52或53所述的用途，其中，所述药物选自苯达莫司汀、硼替佐米、卡巴他赛、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、达沙替尼、多西他赛、多柔比星、表柔比星、厄洛替尼、依托泊苷、依维莫司、吉非替尼、伊达比星、羟基脲、伊马替尼、拉帕替尼、美法仑、米托蒽醌、尼罗替尼、奥沙利铂、紫杉醇、帕唑帕尼、培美曲塞、雷帕霉素、罗米地辛、索拉非尼、维罗非尼、舒尼替尼、替尼泊苷、长春碱、长春瑞滨和长春新碱。
55.根据权利要求52至54中任一项所述的用途，其中，所述抗体或其片段选自reopro、kadcyla、campath、舒莱、安维汀、benlysta、adcetris、cimzia、rbitux、保骼丽、泽瓦林、tysabri、gazyva、arzerra、xolair、维克替比、perjeta、cyramza、诺适得、美罗华、bexar、yondelis和赫赛汀。
56.根据权利要求52至54中任一项所述的用途，其中，所述抗体或其片段特异性结合坏死细胞的组分。
57.根据权利要求51所述的用途，其中，所述第一药物组合物包含抑制t-reg细胞、髓源性抑制细胞和m2巨噬细胞中的至少一种的药物。
58.根据权利要求57所述的用途，其中，所述药物选自顺铂、吉西他滨、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定、和rp-182。
59.根据权利要求51所述的用途，其中，所述第一药物组合物包含血管通透性增强剂。
60.根据权利要求59所述的用途，其中，所述第一血管通透性增强剂包含il2的至少一部分。
61.根据权利要求51至60中任一项所述的用途，其中，所述第二药物组合物包含重组细菌疫苗、重组病毒疫苗、或重组酵母疫苗。
62.根据权利要求61所述的用途，其中，所述重组细菌疫苗、所述重组病毒疫苗或所述重组酵母疫苗被基因工程化用于表达肿瘤相关抗原以及患者和肿瘤特异性新表位中的至少一种。
63.根据权利要求62所述的用途，其中，所述肿瘤相关抗原选自muc1、cea、her2、brachyury、和致癌ras突变蛋白。
64.根据权利要求51至63中任一项所述的用途，其中，所述第二药物组合物包含自然杀伤细胞。
65.根据权利要求64所述的用途，其中，所述自然杀伤细胞是ank细胞、hank细胞或tank细胞。
66.根据权利要求51至65中任一项所述的用途，其中，所述第二药物组合物包含免疫刺激细胞因子。
67.根据权利要求66所述的用途，其中，所述免疫刺激细胞因子选自il-2、il-7、il-15、il-17、il-21、和il-15超级激动剂。
68.根据权利要求51至67中任一项所述的用途，其中，所述第三药物组合物包含检查点抑制剂、免疫刺激细胞因子、重组细菌疫苗、重组病毒疫苗、和重组酵母疫苗中的至少一种。
69.根据权利要求68所述的用途，其中，所述检查点抑制剂是pd-1抑制剂或ctla4抑制剂，并且其中，所述免疫刺激细胞因子选自il-2、il-7、il-15、il-17、il-21、和il-15超级激动剂。
70.根据权利要求51至69中任一项所述的用途，还包括向肿瘤施用低剂量辐射的步骤。
71.多种化疗治疗方案作为协同治疗方案用于改变肿瘤的免疫编辑过程的用途，其特征在于：
以低剂量节拍方案实施化疗治疗方案，其中，所述化疗治疗方案使用肿瘤的组学信息和肿瘤的途径分析来确定；
使用至少一种药剂来实施选择性地将药物递送至肿瘤微环境的第二治疗方案；
使用至少一种疫苗组合物来实施基于组学信息的第三治疗方案；和
实施包含检查点抑制剂和免疫刺激细胞因子中的至少一种的第四治疗方案。
72.根据权利要求71所述的用途，其中，所述组学信息包括全基因组序列信息、外显子组序列信息、转录组序列信息、和蛋白质组学信息中的至少一种。
73.根据权利要求71或72所述的用途，其中所述途径分析是paradigm分析。
74.根据权利要求71所述的用途，其中，所述化疗治疗方案不依赖于肿瘤的解剖学定位。
75.根据权利要求71所述的用途，其中，所述至少一种药剂包含与白蛋白结合的药物，其中所述白蛋白任选为纳米微粒白蛋白。
76.根据权利要求75所述的用途，其中，所述药物选自苯达莫司汀、硼替佐米、卡巴他赛、苯丁酸氮芥、顺铂、环磷酰胺、达沙替尼、多西他赛、多柔比星、表柔比星、厄洛替尼、依托泊苷、依维莫司、吉非替尼、伊达比星、羟基脲、伊马替尼、拉帕替尼、美法仑、米托蒽醌、尼罗替尼、奥沙利铂、紫杉醇、帕唑帕尼、培美曲塞、雷帕霉素、罗米地辛、索拉非尼、维罗非尼、舒尼替尼、替尼泊苷、长春碱、长春瑞滨和长春新碱。
77.根据权利要求75所述的用途，其中所述药剂还包含与白蛋白结合的抗体或其片段。
78.根据权利要求77所述的用途，其中，所述抗体或其片段选自reopro、kadcyla、campath、舒莱、安维汀、benlysta、adcetris、cimzia、rbitux、保骼丽、泽瓦林、tysabri、gazyva、arzerra、xolair、维克替比、perjeta、cyramza、诺适得、美罗华、bexar、yondelis和赫赛汀。
79.根据权利要求71所述的用途，其中，所述至少一种药剂包含抑制t-reg细胞、髓源性抑制细胞和m2巨噬细胞中的至少一种的药物。
80.根据权利要求79所述的用途，其中，所述药物选自顺铂、吉西他滨、5-氟尿嘧啶、环磷酰胺、多柔比星、替莫唑胺、多西他赛、紫杉醇、曲贝替定、和rp-182。
81.根据权利要求71所述的用途，其中，所述疫苗组合物包含重组细菌疫苗、重组病毒疫苗、或重组酵母疫苗。
82.根据权利要求81所述的用途，其中，所述疫苗组合物被基因工程化用于表达至少一种患者和肿瘤特异性新表位。
83.根据权利要求71所述的用途，其中，所述检查点抑制剂是pd-1抑制剂或ctla4抑制剂，并且其中，所述免疫刺激细胞因子选自il-2、il-7、il-15、il-17、il-2和il-15超级激动剂。
84.根据权利要求71所述的用途，还包括施用自然杀伤细胞和低剂量辐射中的至少一种。
- 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞！