鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法与流程

文档序号:12109186阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1):样品预处理

将采集到的药用石斛材料用70%-75%的乙醇水溶液擦拭表面后,按同种类混合在一起,取8-12g,加入10-12mL DNA提取缓冲液,放在提前预冷至(-25)-(-20)℃的研钵中,用研棒将其研磨成糊状,再用移液枪吸180-200uL至离心管中;

(2):DNA初步提取

①快速向上述离心管中加入400-500uL提前预热至60-65℃的DNA提取缓冲液,上下摇动混匀,60-65℃水浴1-1.5h后取出离心管,10000-12000r/min离心10-15min;

②取上清液,加入等体积的氯仿与异戊醇混合液,上下颠倒离心管25-35次,10000-12000r/min离心10-15min,取上清液,再用氯仿与异戊醇混合液处理1-2次,10000-12000r/min离心;

③取上清液0.8-1mL到离心管中,加入0.4-0.6mL提前预冷至(-25)-(-20)℃的异丙醇并混匀,静置10-15min,10000-12000r/min离心10-15min,弃上清,沉淀分别用70%-75%乙醇、无水乙醇各洗2-3次,60℃-65℃挥干乙醇5-6min,此沉淀即为基因组DNA初提物,最后,加100-150ul灭菌蒸馏水溶解DNA,即获得DNA提取液;

(3):DNA的检测及保存

在得到DNA提取液后,对其纯度、浓度、完整性分别进行相应的检测及记录,再将检测完成的对应DNA提取液进行分管低温保存待用;

(4):ISSR-PCR反应

①ISSR-PCR反应体系:

模板10ng/L,引物0.3μM,Mg2+2.0mM,dNTP 200μM,Taq聚合酶1U/20μl;

②ISSR-PCR反应:

以获取的DNA作为ISSR-PCR反应的模板,在PCR仪上进行ISSR-PCR扩增反应;

第一阶段:反应体系中加入第一组引物,94℃预变性8min,94℃变性45s,58℃退火45s,72℃延伸2min,扩增10个循环;

第二阶段:在上述反应体系中加入第二组引物,94℃变性45s,58-50℃退火45s,72℃延伸2min,扩增25个循环,梯度退火,最后于72℃终延伸8min;

(5):电泳检测及基因分型能力评估

取3-5μl扩增产物用1.0%-1.5%琼脂糖凝胶,5-10V/cm恒压电泳检测,溴化乙锭染色后用凝胶成像系统对电泳检测结果进行拍照,获取相应电泳检测结果图,并对引物的基因分型能力进行评估分析,根据基因分型能力评估分析结果,确定该电泳检测结果是否可有效区分全部样品;

(6):ISSR-PCR指纹图谱的建立

当基因分型能力评估结果显示电泳检测结果可有效区分全部样品后,该电泳检测结果图即为所选择鉴别的不同种药用石斛的ISSR-PCR指纹图谱;

(7):未知种属的石斛样品种类的鉴定

把未知种属的石斛样品按照上述步骤(1)-(6)建立其相应的ISSR-PCR指纹图谱,再将其与已建立的已知种属的药用石斛的ISSR-PCR指纹图谱的信息相比较,当其与某一泳道的条带信息的吻合度达98%以上,即可判定为同一种;当其与某一泳道的条带信息的吻合度介于95%-98%之间,则可确定为近似种;当其与所有条带的吻合度都低于95%,即可判定不属于已知的任何一种药用石斛种类。

2.根据权利要求1所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(1)中药用石斛的种类分别为霍山石斛、霍山铁皮石斛、霍山细茎石斛及其相似种;所述相似种又进一步包括云南铁皮石斛、浙江铁皮石斛、河南石斛、安徽曲茎石斛、霍山细茎石斛♂×霍山铁皮石斛♀杂交种、霍山石斛♂×霍山细茎石斛杂交种。

3.根据权利要求2所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(2)中氯仿与异戊醇混合液为体积比分别为24:1的氯仿与异戊醇混合液。

4.根据权利要求1所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(1)和步骤(2)中DNA提取缓冲液的配方为:0.1mol·L-1Tris-HCl(pH 8.0),0.02mol·L-1EDTA(pH 8.0),1.5mol·L-1NaCl,2%PVP40(W/V),2%CTAB(W/V),临用前加3%的β-巯基乙醇。

5.根据权利要求1所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(2)中水浴过程要同时对离心管中的混合液进行不间断的混匀,所述不间断的混匀方式为:水浴的前10min,每隔3min摇动离心管;剩余时间内,每隔10min上下颠倒离心管2-4次。

6.根据权利要求1所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(3)中利用紫外分光光度法进行DNA提取液的纯度和浓度检测,利用0.5%琼脂糖凝胶电泳进行DNA提取液的完整性检测。

7.根据权利要求1所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(3)中分管低温保存方法为:先将检测完成的DNA提取液进行分管,即用移液枪吸取100uL检测完成的DNA提取液至1.5mL离心管中,再重复操作至无剩余DNA提取液,再将分装完成的各离心管置于-20℃冰箱中保存。

8.根据权利要求1所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(4)中第一组引物为不含锚定碱基的两个引物序列:(AT)8,(CT)8;第二组引物为含两个锚定碱基的两个引物序列:(AT)8CG,(CT)8GA。

9.根据权利要求1所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(5)中各引物的基因分型能力的评估分析方法为:先根据电泳检测结果图上相同条带的有或无,统计得到所有位点的二元数据,再根据该位点具有条带的样本占总样本的比率P值和公式Ib=1-2|0.5-P|来计算条带信息量Ib值,而一条引物的基因分型能力则可以用该引物扩增的所有位点的Ib值之和来评价,即Rp=ΣIb,当0.5≤Rp/选择的位点数≤1时,该引物具备可区分所有样品的基因分型能力,其中,Rp/选择的位点数的比值越大,其区分能力越强;所述二元数据的统计方法为:有条带的记录为1,无条带记录为0,而“有”带或“无”带则采用Bandscan 5.0软件以总亮度值作为选择依据,其中,选取的亮度值大于或等于0.2时判断为有扩增带,小于0.2时判断为没有扩增带。

10.根据权利要求1所述的一种鉴别三种药用石斛及其相似种的ISSR指纹图谱方法,其特征在于,所述步骤(7)中采用Bandscan 5.0软件对未知种属的石斛样品与已知种属药用石斛的ISSR-PCR指纹图谱进行检测,确定各条带的“亮度”与“位置”信息,再将二者比较。

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