本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种转录组数据的表达定量方法及系统。
背景技术：
目前转录组定量的信息分析方法，主要使用以下两种方法：
1.fpkm(fragmentsperkilobasepermillionmappedreads)。代表每百万测序片断中，中来自于某基因每千碱基长度的片断数。fpkm是将map到基因的片断数除以map到基因组上的所有片断数(以million为单位)与rna的长度(以kb为单位)。
2.基于保守基因进行相对定量，它在rna建库时，根据细胞的含量，加入一定比例的含有保守基因的标准品，在测序完成后，会将基因的表达量和标准品进行比较，得到一份相对表达量。这个方法的成本比较高，需要购买对应的标准品。同时还要对样品的分子数进行精确测量，比如先要测量待测样品中的rna分子总量，再根据标准品的使用说明进行操作(每含有1000个rna分子的待测样品，需要加入0.1ml的标准品)。此外，对人员技能的要求也比较高。
技术实现要素：
本发明的目的在于提供一种转录组数据的表达定量方法及系统，用以解决现有技术中存在的问题。
为实现上述目的，本发明的技术方案为一种转录组数据的表达定量方法，该转录数据的表达定量方法包括：将转录组样品进行测序，获得数据，以及将数据比对上参考基因组，获得比对结果；处理比对结果，得到单碱基的测序深度；根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子平均测序深度；根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因；根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量。
可选的，将转录组样品进行测序，获得数据，以及将数据与参考基因组比对，获得比对结果，包括：将转录组样品通过illumina平台进行测序，获得数据，以及将数据通过bwa与参考基因组比对，获得比对结果。
可选的，统计单碱基的测序深度，包括：通过samtools软件处理比对结果，得到单碱基的测序深度。
可选的，根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子的平均测序深度，包括：累加外显子单碱基深度，再除以外显子长度。
可选的，根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因，包括：按外显子平均测序深度的相关性进行聚类，以及将表达稳定且平均测序深度最小的基因确定为内参基因。
可选的，根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量，包括：将外显子平均测序深度除以参考基因的外显子平均测序深度，得到专利数据的表达量。
为实现上述目的，本发明的技术方案为一种转录组数据的表达定量系统，该转录数据的表达定量系统，包括：测序单元、比对单元、处理单元、计算单元、确定单元和定量单元；其中，测序单元，用于将转录组样品进行测序，获得数据；比对单元，用于将数据比对上参考基因组，获得比对结果；处理单元，处理比对结果，得到单碱基的测序深度；计算单元，用于根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子平均测序深度；确定单元，用于根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因；定量单元，用于根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量。
可选的，测序单元，具体用于将转录组样品通过illumina平台进行测序，获得数据；比对单元，具体用于：将数据通过bwa与参考基因组比对，获得比对结果。
可选的，处理单元，具体用于：通过samtools软件处理比对结果，得到单碱基的测序深度。
可选的，计算单元，具体用于：累加外显子单碱基深度，再除以外显子长度。
可选的，确定单元，具体用于：按外显子平均测序深度的相关性进行聚类，以及将表达稳定且平均测序深度最小的基因确定为内参基因。
可选的，定量单元，具体用于：将外显子平均测序深度除以参考基因的外显子平均测序深度，得到专利数据的表达量。
本发明具有如下优点：
不需要加入标准品就能达到精确定量的效果，克服fpkm算法的局限性。
附图说明
图1为本发明实施例提供了一种转录组数据的表达定量方法的流程图。
图2为确定内参基因的示意图。
图3为本发明实施例提供了一种转录组数据的表达定量系统的示意图。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。
实施例1
图1为本发明实施例提供了一种转录组数据的表达定量方法的流程图。如图1所示，该转录组数据的表达定量方法包括：
步骤s101：将转录组样品进行测序，获得数据。将数据比对上参考基因组，获得比对结果；
对转录组样品进行测序的方法包括但不限于illumina平台，将数据与参考基因组比对上的方法包括但不限于bwa。
步骤s102：处理比对结果，统计单碱基的测序深度；
具体地，处理比对结果，通过samtools软件统计单碱基的测序深度，统计单碱基的测序深度的方法包括但不限于samtools软件。
步骤s103：根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子平均测序深度；
具体地，将外显子单碱基深度进行累加，然后将累加后的单碱基深度除以外显子长度，得到外显子平均测序深度。
步骤s104：根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因。
具体地，按外显子平均测序深度的相关性进行聚类，以及将表达稳定且平均测序深度最小的基因确定为内参基因。
如图2所示，将两个样品中，平均测序深度的比值相近的聚成一类，样品1样品有3个基因(a,b,c)，平均测序深度分别为1，6，3；样品2有3个基因(a,b,c)，平均测序深度为2，4，6。我们可以将a，c这两个基因聚成一类。a基因，平均测序深度在样品2中是样品1的2倍(2/1)，c基因也是2倍(6/3)的关系。而b基因是2/3倍(4/6)，不能跟它们聚成一类。由于a基因的平均测序深度最小，进而确定a基因为内参基因。
当有多个样品时，可以先随机选择一个样品作为内参样品，与其他样品都做聚类，找到一个基因，如果这个基因在各个聚类中都存在，则选择它为内参基因；如果找到多个，则选择平均测序深度最小的。
步骤s105：根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量。
假设有两个样品a和b，都有3个基因a,b,c，样品a和b对应的平均测序深度分别为1,2,3和2,10,6，找到的内参基因为a。则对于a样品，a,b,c基因的定量为:1/1,2/1,3/1，也就是1,2,3。而b样品中，a,b,c的定量为2/2,10/2,6/2，也就是1,5,3。
本发明使用高杂合的两个小菜蛾转录组进行测试，使用cufflinks软件来计算fpkm，统计出的相关系数只有0.03，而本发明实施例提供的转录组数据的表达定量方法，相关系数可以达到0.74。
实施例2
图3本发明实施例提供了一种转录数据的表达定量系统。如图3所示，该转录数据的表达定量系统包括：测序单元31、比对单元32、处理单元33、计算单元34、确定单元35和定量单元36。
测序单元31，用于将转录组样品进行测序，获得数据；比对单元32，用于将数据比对上参考基因组，获得比对结果；处理单元33，处理比对结果，得到单碱基的测序深度；计算单元34，用于根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子平均测序深度；确定单元35，用于根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因；定量单元36，用于根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量。
可选的，测序单元31，具体用于将转录组样品通过illumina平台进行测序，获得数据。
可选的，比对单元32，具体用于：将数据通过bwa与参考基因组比对，获得比对结果。
可选的，处理单元33，具体用于：通过samtools软件处理比对结果，得到单碱基的测序深度。
可选的，计算单元34，具体用于：累加外显子单碱基深度，再除以外显子长度。
可选的，确定单元35，具体用于：按外显子平均测序深度的相关性进行聚类，以及将表达稳定的基因确定为内参基因。
确定单元35确定内参基因的描述可参照步骤s105中的描述。
可选的，定量单元36，具体用于：将外显子平均测序深度除以参考基因的外显子平均测序深度，得到专利数据的表达量。
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施例对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。