一种GII.6型诺如病毒基因组扩增引物和扩增方法与流程

文档序号:15983988发布日期:2018-11-17 00:40阅读:474来源:国知局

本发明属于生物技术领域,具体涉及一种gii.6型诺如病毒基因组扩增引物和扩增方法。



背景技术:

诺如病毒是全球急性胃肠炎的重要非细菌性病原,可感染各年龄段人群。诺如病毒感染属于自限性疾病,一般72小时内患者就会自愈,然而对于婴幼儿、老人及免疫缺陷人群会具有脱水性死亡的危险。此外,诺如病毒极易引起疫情暴发,在学校、医院、养老院、大型轮船等半封闭环境,24内就会感染其中所有易感人群。据报道,该病毒每年造成约2.3亿人次感染,在发达国家每年需花费数十亿美元用于相关治疗,而在发展中国家尤为严重,至少导致20万例5岁以下儿童的死亡。诺如病毒对公共卫生安全造成了极大的威胁,但至目前为止,还没有有效的抗病毒药物及治疗手段。

作为rna病毒,诺如病毒具有丰富的遗传多样性,根据其衣壳蛋白vp1的氨基酸序列,可以被分为六个基因组(genogroup)gi-gvi,其中gi、gii和gvi可以感染人类。同一基因组内的诺如病毒还可以进一步分成不同的基因型,例如gi包括了至少9种基因型,gii包括了22种基因型。gii.4型诺如病毒是全球的主要流行基因型,约80%的诺如病毒感染是由该型别毒株引起的。然而,其他基因型也在病毒监测过程中被发现,例如gii.2型、gii.3型、gii.6型等,并且还会导致疫情的暴发。然而这些非主要流行基因型仍较少关注,因此,加强不同基因型诺如病毒的信息收集工作具有重要意义。

gii.6型诺如病毒在我国临床监测中往往以低感染率被检出,包括广州、北京、上海、重庆、天津、杭州等地,2008-2009年度在日本该病毒被发现是造成急性胃肠炎的第二大基因型。然而目前关于gii.6型诺如病毒的主要衣壳蛋白vp1及基因组等遗传信息却仍非常有限。目前最早的gii.6毒株是发现于1974年塞内加尔,其后在美国、英国、日本等地均有报道。有学者对gii.6型毒株ueno7k和445的受体结合能力展开研究,发现它能够结合包括h、a、b抗原在内的所有分泌型血型抗原,在其衣壳蛋白上的t362、r363、a364、h365、d391、g452、g453等受体结合位点呈现出明显的保守性,表明具有感染广大宿主人群的致病潜力。我们前期工作中针对gii.6型诺如病毒的进化研究发现,该型别病毒与主要流行基因型gii.4存在明显的进化差异,前者并未体现出明显的事件相关进化特征。病毒遗传信息的积累是深入研究病毒致病及进化机制的重要基础,因此开展病毒基因组扩增与测序方法具有重要意义。

近年来,尽管人源诺如病毒体外培养方面的研究有了突破性进展,但是合适的复制体系仍然缺乏;尤其是诺如病毒极易变异,因此,持续监测病毒流行水平及变异情况仍是认识病毒的重要基础。基因组信息的获得为诺如病毒研究提供了重要的基础数据。诺如病毒基因组长约7.5-7.8kb,包括3个开放阅读框。我们前期工作中针对gii.4型、gii.17型诺如病毒以及gii.p12/gii.3重组型诺如病毒建立的“4+1+1”扩增策略具有操作简单、周期短、成本低以及灵敏度高的特点,因此,根据这种新颖的扩增策略,我们研发了一种针对gii.6型诺如病毒的基因组扩增引物和扩增方法,为积累我国gii.6型诺如病毒基因组资源提供了一个有力的研究工具。



技术实现要素:

本发明的目的是提供一种gii.6型诺如病毒基因组扩增引物和扩增方法。

具体地,本发明提供的gii.6型诺如病毒基因组的扩增引物,包括六对扩增引物和两条基因组末端的测序引物:

引物对1:ii-1f:5'-gtgaatgaagatggcgtctaac-3';

ii.6-1r:5'-cccctgtargcrtccca-3';

引物对2:ii.6-2f:5'-tcatcctcrccrgacatcgt-3';

ii.6-2r:5'-tcctcttcacagaagtcctc-3';

引物对3:ii.6-3f:5'-cacacagcyttctccagyaa-3';

ii.6-3r:5'-cttgcyttcatrctrtccat-3';

引物对4:ii.6-4f:5'-gaagargcyaaaaagacagt-3';

g2skr:5'-ccrccngcatrhccrttrtacat-3';

引物对5:ii-5f:5'-ggagggcgatcgcaatc-3';

ii-5r:5'-ccrgcraagaaagctccagccat-3';

引物对6:ii.6-6f:5'-tcacygtggchaattctgg-3';

ii.6-6r:5'-cctaatcamtcttttcac-3';

测序引物:ii.6-seq1r:5'-aattcaccatcccacatctc-3';

ii.6-seq6f:5'-tttgtcacaccaccatcg-3'。

r代表a/g,h代表a/c/t,n代表碱基a/c/t/g,y代表c/t,m代表a/c。

本发明还提供一种gii.6型诺如病毒基因组的扩增方法,具体为:分别以上述的引物对ii-1f/ii.6-1r、ii.6-2f/ii.6-2r、ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.6-6f/ii.6-6r作为扩增引物的上下游引物,以gii.6型诺如病毒的rna为模板进行rt-pcr扩增,分别得到扩增产物,然后采用以上每对扩增引物和测序引物ii.6-seq1r、ii.6-seq6f分别对相对应的扩增产物进行核酸序列测序,再通过拼接比对,获得gii.6型诺如病毒基因组全长序列。

进一步地,所述的rt-pcr,其反应体系为:含有2×one-steprt-pcrmixture10μl,10μmol/l上游引物和10μmol/l下游引物各0.6μl,mlv/rnasin/hs-taq酶混合液0.8μl,rna模板2μl,其余由双蒸水补足至20μl;反应条件为:50℃反转录30min,94℃预变性3min,然后94℃30s,55℃30s,72℃75s,共30次循环后,最后72℃延伸7min。

与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:

本发明针对常见的gii.6型诺如病毒基因型,采用覆盖整个基因组的“4+1+1”的分段扩增策略,通过应用于实际检出样本的扩增、测序及序列拼接,从而获得gii.6型诺如病毒基因组序列。利用本发明提供的引物对gii.6型诺如病毒进行扩增和测序的方法具有操作简单、周期短、成本低以及灵敏度高等特点,可广泛应用于医疗卫生、检验检疫等具有诺如病毒检测需求的机构以及相应的科研领域。

附图说明:

图1为gii.6型诺如病毒基因组扩增策略与相应引物的设计位置。

图2为适用于gii.6型诺如病毒基因组扩增用引物的rt-pcr退火温度优化,电泳顺序为m,1-24,其中m为dnaladder,1-4、5-8、9-12、13-16、17-20、21-24分别为基因组扩增引物ii-1f/ii.6-1r、ii.6-2f/ii.6-2r、ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.6-6f/ii.6-6r在不同退火温度(依次为45℃、50℃、55℃、60℃)下扩增产物的电泳结果。

图3为适用于gii.6型诺如病毒基因组扩增的rt-pcr引物浓度优化,图a-图f分别为引物ii-1f/ii.6-1r、ii.6-2f/ii.6-2r、ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.6-6f/ii.6-6r的优化结果,电泳顺序为m,1-9,其中m为dnaladder,1-3为0.2μl引物分别扩增以rna原液、rna原液稀释10倍、rna原液稀释100倍为模板的电泳结果,4-6为0.6μl引物分别扩增以rna原液、rna原液稀释10倍、rna原液稀释100倍为模板的电泳结果,7-9为1.0μl引物分别扩增以rna原液、rna原液稀释10倍、rna原液稀释100倍为模板的电泳结果。

图4为gii.6型诺如病毒基因组扩增用引物的rt-pcr灵敏度评价,电泳顺序为m,1-35,其中m为dnaladder,1-5、6-10、11-15、16-20、21-25、26-30、31-35分别为基因组扩增引物ii-1f/ii.2-1r、ii.6-2f/ii.6-2r、ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-4f/g2skr、ii-5f/ii.5r、ii.6-6f/ii.6-6r和检测引物g2skf/g2skr在病毒rna不同稀释度(依次为101-105倍稀释)下扩增产物的电泳结果。

图5为实际样本中gii.6型诺如病毒基因组的扩增效果,电泳顺序为m,1-6,其中m为dnaladder,1-6为实际样本l524进行扩增基因组6个片段的电泳结果。

具体实施方式:

以下实施例是对本发明的进一步说明,而不是对本发明的限制。下列实施例中未注明具体实验条件和方法,所采用的技术手段通常为本领域技术人员所熟知的常规手段。

实施例1gii.6型诺如病毒基因组的扩增策略及相应引物的设计

gii.6型诺如病毒基因组大小约7.5kb,包括三个orf,其中orf1长约5.1kb,orf2长约1.6kb,orf3长约0.8kb。以一代桑格脱氧核苷酸测序法为基础,设定每个扩增片段大小范围为1.3kb-1.6kb,其中orf1分为4个片段,orf2和orf3均为1个片段。此外,为获得基因组5'和3'端完整序列,分别在基因组两端设计扩增长度在100-800bp的片段,相应引物分别命名为ii.6-seq1r和ii.6-seq6f。具体基因组分段策略及相应引物位置可见图1。

在以上限制条件下,采用oligo软件设计相应的引物,具体引物信息见表1。其中,引物核苷酸序列中的r代表a/g,h代表a/c/t,n代表碱基a/c/t/g,y代表c/t,m代表a/c。

表1:gii.6型诺如病毒基因组扩增引物及测序引物信息

a引物位置参考的gii.6型诺如病毒代表序列genbank登录号为ab039778。

实施例2适用于gii.6型诺如病毒基因组扩增用引物的rt-pcr退火温度优化

(1)病毒样本处理及核酸提取:通过pbs溶液(depc处理)稀释收集的待处理样品(gii.6型诺如病毒阳性样本l524)至10%(w/v)浓度,振荡混匀,于12000×g下离心10min,收集上清液140μl,并通过rna提取试剂盒抽提样本中病毒rna共60μl。

(2)基因组分段扩增法:即分6段扩增,所使用的引物对如下:ii-1f/ii.6-1r、ii.6-2f/ii.6-2r、ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.6-6f/ii.6-6r,每次rt-pcr反应选择一对引物。采用20μl的一步法rt-pcr反应体系,含有2×one-steprt-pcrmixture10μl,10μmol/l上游引物和10μmol/l下游引物各0.6μl,mlv/rnasin/hs-taq酶混合液0.8μl,样本rna模版2μl,其余由ddh2o补足。

反应条件为:50℃反转录30min,94℃预变性3min,然后94℃30s,45-60℃30s,72℃75s,共30次循环后,最后72℃延伸7min。

退火温度分别选择为45℃、50℃、55℃、60℃。

(3)电泳:取扩增产物5μl,1.0%的琼脂糖凝胶(含0.05%goldview核酸染料)进行电泳,并通过凝胶成像系统观察结果。按引物对ii-1f/ii.6-1r、ii.6-2f/ii.6-2r、ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.6-6f/ii.6-6r的顺序,gii.6型诺如病毒基因组扩增条带依次为1629bp、1466bp、1529bp、1569bp、1701bp、927bp。电泳结果如图2,结果表明,六对基因组扩增引物具有较宽的退火温度范围,为减少在实际样本中的非特异扩增,最终选择55℃为应用退火温度。

实施例3适用于gii.6型诺如病毒基因组扩增的rt-pcr引物浓度优化

(1)病毒样本处理及核酸提取:通过pbs溶液(depc处理)稀释收集的待处理样品(gii.6型诺如病毒阳性样本l524)至10%(w/v)浓度,振荡混匀,于12000×g下离心10min,收集上清液140μl,通过rna提取试剂盒抽提样本中病毒rna共60μl,并采用无核酸酶的ddh2o进行10×梯度的稀释处理,分别选取rna原液(原液的浓度是104rtpcru)、rna原液稀释10倍和rna原液稀释100倍作为扩增模板。需要注意的是,本发明诺如病毒的含量采用了rtpcru单位来定义,即为采用检测引物g2skf/g2skr,通过标准的rt-pcr方法对10×梯度稀释的病毒液进行检测,则稀释至到恰能检出时的病毒浓度为一个rtpcru。

(2)基因组分段扩增法:即分6段扩增,所使用的引物对如下:ii-1f/ii.6-1r、ii.6-2f/ii.6-2r、ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.6-6f/ii.6-6r,每次rt-pcr反应选择一对引物。采用20μl的一步法rt-pcr反应体系,含有2×one-steprt-pcrmixture10μl,10μmol/l上游引物和10μmol/l下游引物分别按不同条件加入0.2μl、0.6μl、1.0μl,mlv/rnasin/hs-taq酶混合液0.8μl,不同稀释度样本rna模版2μl,其余由ddh2o补足。

反应条件为:50℃反转录30min,94℃预变性3min,然后94℃30s,55℃30s,72℃75s,共30次循环后,最后72℃延伸7min。

(3)电泳:取扩增产物5μl,1.0%的琼脂糖凝胶(含0.05‰goldview核酸染料)进行电泳,并通过凝胶成像系统观察结果。按引物对ii-1f/ii.6-1r、ii.6-2f/ii.6-2r、ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.6-6f/ii.6-6r的顺序,gii.6型诺如病毒基因组扩增条带依次为1629bp、1466bp、1529bp、1569bp、1701bp、927bp。电泳结果如图3,结果表明,不同引物对对引物浓度的要求不一致,但最优条件均为或包括0.6μl,因此,最终选择0.6μl为扩增体系中引物添加量。

实施例4gii.6型诺如病毒基因组扩增用引物的rt-pcr灵敏度评价

(1)病毒样本处理及核酸提取:通过pbs溶液(depc处理)稀释收集的待处理样品(gii.6型诺如病毒阳性样本l524)至10%(w/v)浓度,振荡混匀,于12000×g下离心10min,收集上清液140μl,并通过rna提取试剂盒抽提样本中病毒rna共60μl,并采用无核酸酶的ddh2o进行10×梯度的适当稀释(依次为101-105倍稀释)处理。

(2)基因组分段扩增法:即分6段扩增,所使用的引物对如下:ii-1f/ii.2-1r、ii.2-2f/ii.2-2r、ii.2-3f/ii.2-3r、ii.2-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.2-6f/ii.2-6r,每次rt-pcr反应选择一对引物。采用20μl的一步法rt-pcr反应体系,含有2×one-steprt-pcrmixture10μl,10μmol/l上游引物和10μmol/l下游引物各0.6μl,mlv/rnasin/hs-taq酶混合液0.8μl,样本rna模版2μl,其余由ddh2o补足。

反应条件为:50℃反转录30min,94℃预变性3min,然后94℃30s,55℃30s,72℃75s,共30次循环后,最后72℃延伸7min。

以检测引物g2skf/g2skr(g2skf:5'-cntgggagggcgatcgcaa-3';g2skr:5'-ccrccngcatrhccrttrtacat-3')为对照,按照上述体系和反应条件进行。

(3)电泳:取扩增产物5μl,1.0%的琼脂糖凝胶(含0.05%goldview核酸染料)进行电泳,并通过凝胶成像系统观察结果,所述诺如病毒的含量采用检测引物的rtpcru单位来定义,即为采用常用检测引物g2skf/g2skr对进行10×梯度稀释的病毒rna进行检测,则稀释至恰能检出时的病毒浓度为一个rtpcru。按引物对ii-1f/ii.2-1r、ii.2-2f/ii.2-2r、ii.2-3f/ii.2-3r、ii.2-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.2-6f/ii.2-6r的顺序,gii.6型诺如病毒基因组扩增条带依次为1629bp、1466bp、1529bp、1569bp、1701bp、927bp,电泳结果如图4,结果显示:片段3和片段6扩增引物ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-6f/ii.6-6r的灵敏度达到10rtpcru,其他片段扩增引物的灵敏度达到1rtpcru,与检测引物g2skf/g2skr对比,仅片段3和片段6扩增引物ii.6-3f/ii.6-3r、ii.6-6f/ii.6-6r的灵敏度低于一个数量级,其他引物均可达到检测引物的灵敏度。

实施例5实际检出样本中gii.6型诺如病毒基因组的扩增效果

(1)病毒样本处理及核酸提取:取gii.6型诺如病毒阳性样本l524,通过pbs溶液(depc处理)稀释待处理样品至10%(w/v)浓度,振荡混匀,于12000×g下离心10min,收集上清液140μl,并通过rna提取试剂盒抽提样本中病毒rna共60μl。

(2)基因组分段扩增法:即分6段扩增,所使用的引物对如下:ii-1f/ii.2-1r、ii.2-2f/ii.2-2r、ii.2-3f/ii.2-3r、ii.2-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.2-6f/ii.2-6r,每次rt-pcr反应选择一对引物。采用20μl的一步法rt-pcr反应体系,含有2×one-steprt-pcrmixture10μl,10μmol/l上游引物和10μmol/l下游引物各0.6μl,mlv/rnasin/hs-taq酶混合液0.8μl,样本rna模版2μl,其余由ddh2o补足。

反应条件为:50℃反转录30min,94℃预变性3min,然后94℃30s,55℃30s,72℃75s,共30次循环后,最后72℃延伸7min。

(3)电泳:取扩增产物5μl,采用1.0%的琼脂糖凝胶(含0.05‰goldview核酸染料)进行电泳,并通过凝胶成像系统观察结果。按引物对ii-1f/ii.2-1r、ii.2-2f/ii.2-2r、ii.2-3f/ii.2-3r、ii.2-4f/g2skr、ii-5f/ii-5r、ii.2-6f/ii.2-6r的顺序,gii.6型诺如病毒基因组扩增条带依次为1629bp、1466bp、1529bp、1569bp、1701bp、927bp大小附近范围内,电泳结果如图5,结果表明,采用上述扩增引物对样本l524进行扩增均获得成功。

(4)核酸测序与基因组拼接比对:分别采用以上六对扩增引物以及两条测序引物ii.6-seq1r、ii.6-seq6f对相对应扩增出的l524样本的扩增产物测序并拼接,最终获得基因组序列长度为7519bp,其基因组核苷酸序列如seqidno.1所示,将该基因组序列提交进行blast分析,结果表明,与l524样本基因组覆盖度(99%)和相似度(96%)均最高的样本为kj407072/hs245/2010/usa,此外还存在12条基因组的覆盖度为99%及相似度大于90%,分别为km198531/30116/2009/vnm、km198530/20486/2010/vnm、km198549/30473/2010/vnm、ln854568/groningen/nl/2014、kx158282/14-56、kx158281/14-55、ky424344/gii.6/bethesdad21/2012/us、ky424343/bethesdad14/2012/us、ky424342/bethesdad7/2012/us、ky424341/bethesdad1/2012/us、ku935739/0907-26、kx268709/maryland/2014/usa。

以上仅是本发明的优选实施方式,应当指出的是,上述优选实施方式不应视为对本发明的限制,本发明的保护范围应当以权利要求所限定的范围为准。对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明的精神和范围内,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

序列表

<110>广东省微生物研究所(广东省微生物分析检测中心)

广东环凯微生物科技有限公司

<120>一种gii.6型诺如病毒基因组扩增引物和扩增方法

<160>1

<170>siposequencelisting1.0

<210>1

<211>7519

<212>dna

<213>诺如病毒gii.6l524(norovirusgii.6l524)

<400>1

gtgaatgaagatggcgtctaacgacgctaccactgcctttggcagccaaaactctgtcan60

tgacagtaccaacaccaccccttctaataaagaagaggttggtgcattctccaacatcaa120

agttggttttaagaagatactgggtgccgttcccaagggggccaaagcacccagtagtga180

tcagcaacaccccacagttaagatcggggccaaaacgttaacagttccccctgagccccc240

aaatggtgaagacatcgtgcagtttgatgcgaagtcggaaactgtgcgtgggctaccaga300

cttgacaacggtgcagaatgaacacgaaaacacaccatacactgtccccccattgagtga360

aagggagcacagaccagctcctgagccgcttcctggcacaatactggagatgtgggatgg420

tgaattctaccattactccatatacgtcagcggtggcaaagctctaggggttcacaagcc480

cccagcagcgataagcctcgcgacgatagaactcacacccatatctctttattggaggcc540

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ctacaggggagagagggtggtcttatgggatgattatggcatgggtaaccctgtcaaaga1680

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