包含MHCI类肽的方法和组合物

文档序号:36836122发布日期:2024-01-26 16:53阅读:22来源:国知局
包含MHC I类肽的方法和组合物


背景技术:


技术实现思路

1、本公开内容通过提供用于对个体进行治疗和疫苗接种以对抗癌症的方法和组合物而满足了本领域的需求。因此,本公开内容的一些方面涉及包含与iyngklfdl(seo idno:1)或sssqesvpk(seq id no:2)的肽具有至少70%序列同一性的分离肽。还公开了包含本公开内容的肽和mhc多肽的分子复合物。另一些方面涉及包含分离肽、分子复合物的药物组合物,编码该肽的核酸,表达载体以及包含本公开内容的核酸和肽的宿主细胞。还提供了包含本公开内容的肽、核酸或表达载体的体外分离的树突细胞。还考虑了包含本公开内容的一种或更多种肽的多肽。

2、另一些方面涉及制备细胞的方法,其包括将本公开内容的核酸或表达载体转移到细胞中,例如宿主细胞中。在一些方面中,方法还包括分离所表达的肽或多肽。本公开内容的另一些方面涉及产生癌症特异性免疫效应细胞的方法,其包括:(a)获得起始免疫效应细胞群;以及(b)使起始免疫效应细胞群与本公开内容的肽接触,从而产生肽特异性免疫效应细胞。

3、本公开内容还描述了根据本公开内容的方法产生的肽特异性的经改造t细胞和包含经改造t细胞的药物组合物。另一些方面涉及在对象中治疗或预防癌症的方法,该方法包括向对象施用有效量的本公开内容的肽、分子复合物、药物组合物、核酸、表达载体、树突细胞、肽特异性t细胞、多肽、tcr或融合蛋白。还提供了在对象中刺激免疫应答的方法,该方法包括向对象施用有效量的本公开内容的肽、分子复合物、药物组合物、核酸、表达载体、树突细胞、肽特异性t细胞、多肽、tcr或融合蛋白。另一些方面涉及克隆肽特异性t细胞受体(tcr)的方法,该方法包括(a)获得起始免疫效应细胞群;(b)使起始免疫效应细胞群与本公开内容的肽接触,从而产生肽特异性免疫效应细胞;(c)纯化对肽具有特异性的免疫效应细胞,以及(d)从所纯化的免疫效应细胞中分离tcr序列。还提供了用于对患者进行预后或用于在患者中检测t细胞应答的方法,该方法包括:使来自患者的生物样品与本公开内容的肽接触。

4、本公开内容还提供了包含抗原结合可变区的多肽,所述抗原结合可变区包含含有seq id no:9的氨基酸序列或与seq id no:9具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3。一些方面涉及包含抗原结合可变区的多肽,所述抗原结合可变区包含含有seq idno:16的氨基酸序列或与seq id no:16具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3。还描述了包含抗原结合可变区的多肽,所述抗原结合可变区包含含有seq id no:23的氨基酸序列或与seq id no:23具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3。另一些方面涉及包含抗原结合可变区的多肽,所述抗原结合可变区包含含有seq id no:30的氨基酸序列或与seq id no:30具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3。另一些方面涉及包含tcr-a区和tcr-b区的经改造t细胞受体(tcr),其中tcr-a区包含具有seq id no:9的氨基酸序列或与seq id no:9具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3,并且tcr-b区包含具有seq id no:16的氨基酸序列或与seq id no:16具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3。另一些方面涉及包含tcr-a区和tcr-b区的经改造t细胞受体(tcr),其中tcr-a区包含具有seq id no:23的氨基酸序列或与seq id no:23具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3,并且tcr-b区包含具有seq id no:30的氨基酸序列或与seq id no:30具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3。

5、本公开内容还涉及包含本公开内容的tcr和cd3结合区的融合蛋白。在一些方面中,cd3结合区包含cd3特异性抗原结合片段(fragment antigen binding,fab)、单链可变片段(single chain variable fragment,scfv)、单结构域抗体或单链抗体。

6、本公开内容还涉及编码本公开内容的tcr和多肽的核酸,以及包含这样的核酸、tcr和多肽的组合物和细胞。一些方面还提供了包含本公开内容核酸的表达载体。

7、本公开内容的一些方面还提供了包含至少一种mhc多肽和本公开内容的肽的组合物。本公开内容的另一些方面涉及通过本公开内容的方法产生的t细胞受体(tcr)和包含与t细胞结合区融合的tcr的肽结合区的融合蛋白。在一些方面中,tcr的肽结合区包含tcr的α可变区和β可变区。在一些方面中,tcr的肽结合区包含tcr的γ可变区和δ可变区。在一些方面中,t细胞结合区包含cd3结合区。在一些方面中,cd3结合区包含抗cd3 fab。在一些方面中,肽结合区和/或t细胞结合区可以是抗原结合片段例如scfv、fab、单链抗体或tcr、tcr模拟抗体、纳米抗体、骆驼科抗体(camellid)、适配体和/或darpin。

8、另一些方面涉及与本公开内容的肽结合或与肽-mhc复合物结合的肽特异性结合分子。示例性结合分子包括抗体、tcr模拟抗体、scfv、纳米抗体、骆驼科抗体、适配体和darpin。相关方法提供了这样的方法,其包括使包含至少一种mhc多肽和本公开内容的肽的组合物与包含t细胞的组合物接触,以及通过对检测标签进行检测来检测具有结合肽和/或mhc多肽的t细胞。另一些方面涉及包含本公开内容的肽、核酸、表达载体或组合物的药盒。

9、在一些方面中,肽包含seq id no:1或2的肽的至少6个连续氨基酸。在一些方面中,肽包含seq id no:1或2的肽的至少4、5、6、7、8或9个连续氨基酸。在一些方面中,肽包含seq id no:1或seq id no:2或者由其组成。在一些方面中,肽的长度为13个氨基酸或更短。在一些方面中,肽具有至少、至多、恰好7、8、9、10、11、12、13、14或15个氨基酸,或由其组成(或其中可推导出的任何范围)。在一个具体方面中,肽由9个氨基酸组成。在一些方面中,所述肽是免疫原性的。术语免疫原性可指产生免疫应答,例如保护性免疫应答。在一些方面中,所述肽是经修饰的。在一些方面中,修饰包括与分子缀合。该分子可以是抗体、脂质、佐剂或检测部分(标签)。在一些方面中,肽与seq id no:1或2的肽具有100%序列同一性。本公开内容的肽还包括与seq id no:1或2的肽具有至少

10、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

11、序列同一性的那些。本公开内容的肽可相对于seq id no:1或2的肽具有1、2或3个替换。在一些方面中,所述肽相对于seq id no:1或2的肽具有至少或至多1、2、3、4或5个替换。

12、本公开内容的多肽或tcr可包含或可包含含有cdr1、cdr2和/或cdr3的可变区。在一些方面中,多肽包含t细胞受体α(tcr-a)可变区。在一些方面中,多肽包含tcr-a可变区和恒定区。在一些方面中,多肽还包含信号肽。在一些方面中,多肽在同一多肽上包含tcr-a可变区和tcr-b可变区。

13、在一些方面中,本公开内容涉及包含抗原结合可变区的多肽,所述抗原结合可变区包含含有seq id no:9的氨基酸序列或与seq id no:9具有至少

14、55,56-57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%,

15、序列同一性的氨基酸序列的cdr3。在一些方面中,多肽包含或可变区包含分别具有seq id no:7和seq id no:8的氨基酸序列,或分别与seq id no:7和seq id no:8具有至少80%序列同一性的cdr1和/或cdr2。在一些方面中,多肽包含或可变区包含分别与seq idno:7和seq id no:8具有至少

16、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

17、序列同一性的氨基酸的cdr1和/或cdr2。在一些方面中,可变区包含seq id no:5的氨基酸序列或与seq id no:5具有至少70%序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,多肽包含或可变区包含与seq id no:5具有至少

18、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

19、序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,信号肽包含seq id no:6的氨基酸序列或与seq id no:6具有至少80%同一性的氨基酸序列。在一些方面中,多肽包含或信号肽包含与seq id no:6具有至少55、

20、56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

21、序列同一性的氨基酸序列。

22、本公开内容还提供了包含抗原结合可变区的多肽,所述抗原结合可变区包含含有seq id no:16的氨基酸序列或与seq id no:16具有至少

23、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

24、序列同一性的氨基酸序列的cdr3。在一些方面中,多肽包含或可变区包含分别具有seq id no:14和seq id no:15的氨基酸序列,或分别与seq id no:14和seq id no:15具有至少80%序列同一性的cdr1和/或cdr2。在一些方面中,多肽包含或可变区包含分别与seq id no:14和seq id no:15具有至少55、

25、56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

26、序列同一性的氨基酸的cdr1和/或cdr2。在一些方面中,可变区包含seq id no:12的氨基酸序列或与seq id no:12具有至少70%序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,多肽包含或可变区包含与seq id no:12具有至少

27、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

28、序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,信号肽包含seq id no:13的氨基酸序列或与seq id no:13具有至少80%同一性的氨基酸序列。在一些方面中,多肽包含或信号肽包含与seq id no:13具有至少

29、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

30、序列同一性的氨基酸序列。

31、本公开内容的一些方面涉及包含抗原结合可变区的多肽,所述抗原结合可变区包含含有seq id no:23的氨基酸序列或与seq id no:23具有至少

32、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64.65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

33、序列同一性的氨基酸序列的cdr3。在一些方面中,多肽包含或可变区包含分别具有seq id no:21和seq id no:22的氨基酸序列,或分别与seq id no:21和seq id no:22具有至少80%序列同一性的cdr1和/或cdr2。在一些方面中,多肽包含或可变区包含与seq idno:21和seq id no:22具有至少

34、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

35、序列同一性的氨基酸的cdr1和/或cdr2。在一些方面中,可变区包含seq id no:19的氨基酸序列或与seq id no:19具有至少70%序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,多肽包含或可变区包含与seq id no:19具有至少

36、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

37、序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,信号肽包含seq id no:20的氨基酸序列或与seq id no:20具有至少80%同一性的氨基酸序列。在一些方面中,多肽包含或信号肽包含与seq id no:20具有至少

38、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

39、序列同一性的氨基酸序列。

40、本公开内容的一些方面涉及包含抗原结合可变区的多肽,所述抗原结合可变区包含含有seq id no:30的氨基酸序列或与seq id no:30具有至少

41、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

42、序列同一性的氨基酸序列的cdr3。在一些方面中,多肽包含或可变区包含分别具有seq id no:28和seq id no:29的氨基酸序列,或分别与seq id no:28和seq id no:29具有至少80%序列同一性的cdr1和/或cdr2。在一些方面中,多肽包含或可变区包含分别与seq id no:28和seq id no:29具有至少

43、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

44、序列同一性的氨基酸的cdr1和/或cdr2。在一些方面中,可变区包含seq id no:26的氨基酸序列或与seq id no:26具有至少70%序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,多肽包含或可变区包含与seq id no:26具有至少

45、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,信号肽包含seq id no:27的氨基酸序列或与seq idno:27具有至少80%同一性的氨基酸序列。在一些方面中,多肽包含或信号肽包含与seq idno:27具有至少

46、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

47、序列同一性的氨基酸序列。

48、本公开内容还描述了包含tcr-a区和tcr-b区的经改造t细胞受体(tcr),其中tcr-a区包含具有seq id no:9的氨基酸序列或与seq id no:9具有至少

49、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

50、序列同一性的氨基酸序列的cdr3,并且tcr-b区包含具有seq id no:16的氨基酸序列或与seq id no:16具有至少

51、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

52、序列同一性的氨基酸序列的cdr3。在一些方面中,tcr-a区包含具有seq id no:7的氨基酸序列或与seq id no:7具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr1,和/或tcr-b区包含具有seq id no:14的氨基酸序列或与seq id no:14具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,tcr包含与seq id no:7具有至少

53、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

54、序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,tcr包含与seq id no:14具有至少

55、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,tcr-a区包含具有seq id no:8的氨基酸序列或与seq id no:8具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr2,和/或tcr-b区包含具有seq id no:15的氨基酸序列或与seq id no:15具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,tcr包含与seq id no:8具有至少

56、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

57、序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,tcr包含与seq id no:15具有至少

58、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

59、序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,tcr-a区的cdr1、cdr2和cdr3分别包含seq id no:7、8和9的氨基酸序列,并且其中tcr-b区的cdr1、cdr3和cdr3分别包含seq id no:14、15和16的氨基酸序列。在一些方面中,tcr-a区包含seq id no:5的氨基酸序列或与seq id no:5具有至少70%序列同一性的氨基酸序列,并且tcr-b区包含seq id no:12的氨基酸序列或与seq id no:12具有至少70%序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,tcr包含与seq id no:5具有至少

60、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

61、序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,tcr包含与seq id no:12具有至少

62、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

63、序列同一性的氨基酸序列。

64、本公开内容还描述了包含tcr-a区和tcr-b区的经改造t细胞受体(tcr),其中tcr-a区包含具有seq id no:23的氨基酸序列或与seq id no:23具有至少

65、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

66、序列同一性的氨基酸序列的cdr3,并且tcr-b区包含具有seq id no:30的氨基酸序列或与seq id no:30具有至少

67、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

68、序列同一性的氨基酸序列的cdr3。在一些方面中,tcr-a区包含具有seq id no:21的氨基酸序列或与seq id no:21具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr1,和/或tcr-b区包含具有seq id no:28的氨基酸序列或与seq id no:28具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,tcr包含与seq id no:21具有至少

69、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

70、序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,tcr包含与seq id no:28具有至少

71、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

72、序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,tcr-a区包含具有seqid no:22的氨基酸序列或与seq id no:22具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr2,和/或tcr-b区包含具有seq id no:29的氨基酸序列或与seq id no:29具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,tcr包含与seq id no:22具有至少

73、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

74、序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,tcr包含与seq id no:29具有至少

75、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

76、序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,tcr-a区的cdr1、cdr2和cdr3分别包含seq id no:21、22和23的氨基酸序列,并且其中tcr-b区的cdr1、cdr3和cdr3分别包含seq id no:28、29和30的氨基酸序列。在一些方面中,tcr-a区包含seq id no:19的氨基酸序列或与seq id no:19具有至少70%序列同一性的氨基酸序列,并且tcr-b区包含seqid no:26的氨基酸序列或与seq id no:26具有至少70%序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,tcr包含与seq id no:19具有至少

77、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

78、序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,tcr包含与seq id no:26具有至少

79、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

80、序列同一性的氨基酸序列。

81、本公开内容的一些方面涉及编码tcr-a区和/或tcr-b区的核酸,其中tcr-a区包含具有seq id no:9的氨基酸序列或与seq id no:9具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3,并且tcr-b区包含具有seq id no:16的氨基酸序列或与seq id no:16具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含与seq id no:9具有至少

82、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

83、序列同一性的cdr3;和/或tcr-b区,其包含与seq id no:16具有至少

84、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

85、序列同一性的cdr3。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含具有seq idno:7的氨基酸序列或具有与seq id no:7具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr1;和/或tcr-b区,其包含具有seq id no:14的氨基酸序列或具有与seq id no:14具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含具有与seq id no:7具有至少

86、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

87、序列同一性的氨基酸序列的cdr1;和/或tcr-b区,其包含具有与seq id no:14具有至少

88、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

89、序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含具有seq id no:8的氨基酸序列或具有与seq id no:8具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr2;和/或tcr-b区,其包含具有seq id no:15的氨基酸序列或具有与seq id no:15具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含具有与seq id no:8具有至少

90、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

91、序列同一性的氨基酸序列的cdr2;和/或tcr-b区,其包含具有与seq id no:15具有至少

92、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,7l,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

93、序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,核酸编码:具有seq id no:5的氨基酸序列或与seq id no:5具有至少70%序列同一性的氨基酸序列的tcr-a可变区,和/或具有seq id no:12的氨基酸序列或与seq id no:12具有至少70%序列同一性的氨基酸序列的tcr-b可变区。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a可变区,其具有与seq id no:5具有至少

94、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

95、序列同一性的氨基酸序列;和/或tcr-b可变区,其具有与seq id no:12具有至少

96、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

97、序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,核酸编码:具有seq id no:4的氨基酸序列或与seq id no:4具有至少70%序列同一性的氨基酸序列的tcr-a区,和/或具有seqid no:11的氨基酸序列或与seq id no:11具有至少70%序列同一性的氨基酸序列的tcr-b区。在一些方面中,核酸编码:包含与seq id no:4具有至少

98、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

99、序列同一性的氨基酸序列的tcr-a区,和/或具有与seq id no:11具有至少

100、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

101、序列同一性的氨基酸序列的tcr-b区。在一些方面中,核酸包含seq id no:3、10,和/或其片段。在一些方面中,核酸与seq id no:3、10,和/或其片段具有至少

102、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%的序列同一性。

103、本公开内容的一些方面涉及编码tcr-a区和/或tcr-b区的核酸,其中tcr-a区包含具有seq id no:23的氨基酸序列或与seq id no:23具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3,并且tcr-b区包含具有seq id no:30的氨基酸序列或与seq id no:30具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr3。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含与seq id no:23具有至少

104、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

105、序列同一性的cdr3;和/或tcr-b区,其包含与seq id no:30具有至少

106、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

107、序列同一性的cdr3。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含具有seq idno:21的氨基酸序列或具有与seq id no:21具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr1;和/或tcr-b区,其包含具有seq id no:28的氨基酸序列或具有与seq id no:28具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含具有与seq id no:21具有至少

108、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

109、序列同一性的氨基酸序列的cdr1;和/或tcr-b区,其包含具有与seq id no:28具有至少

110、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

111、序列同一性的氨基酸序列的cdr1。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含具有seq id no:22的氨基酸序列或具有与seq id no:22具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr2;和/或tcr-b区,其包含具有seq id no:29的氨基酸序列或具有与seq idno:29具有至少80%序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a区,其包含具有与seq id no:22具有至少

112、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

113、序列同一性的氨基酸序列的cdr2;和/或tcr-b区,其包含具有与seq id no:29具有至少

114、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

115、序列同一性的氨基酸序列的cdr2。在一些方面中,所述核酸编码:具有seq id no:19的氨基酸序列或与seq id no:19具有至少70%序列同一性的氨基酸序列的tcr-a可变区,和/或具有seq id no:26的氨基酸序列或与seq id no:26具有至少70%序列同一性的氨基酸序列的tcr-b可变区。在一些方面中,所述核酸编码:tcr-a可变区,其具有与seq idno:19具有至少

116、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

117、序列同一性的氨基酸序列;和/或tcr-b可变区,其具有与seq id no:26具有至少

118、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

119、序列同一性的氨基酸序列。在一些方面中,所述核酸编码:具有seq id no:18的氨基酸序列或与seq id no:18具有至少70%序列同一性的氨基酸序列的tcr-a区,和/或具有seq id no:25的氨基酸序列或与seq id no:25具有至少70%序列同一性的氨基酸序列的tcr-b区。在一些方面中,所述核酸编码:包含与seq id no:18具有至少

120、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

121、序列同一性的氨基酸序列的tcr-a区,和/或具有与seq id no:25具有至少

122、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%

123、序列同一性的氨基酸序列的tcr-b区。在一些方面中,所述核酸包含seq id no:17、24,和/或其片段。在一些方面中,所述核酸与seq id no:17、24,和/或其片段具有至少

124、55,56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,或100%的序列同一性。

125、本公开内容的核酸可编码包含cdr1、cdr2和cdr3的tcr-a区和/或包含cdr1、cdr2和cdr3的tcr-b区。在一些方面中,核酸在同一核酸上包含至少一个tcr-a(tra)和至少一个tcr-b(trb)基因。所述核酸还可编码包含本公开内容的tcr和第二抗原结合区的双特异性多肽。第二抗原结合区可以是例如scfv、单链抗体、单结构域抗体或双抗体。在一些方面中,核酸是多顺反子的。在一些方面中,核酸包含内部核糖体进入位点(internal ribosomeentry site,ires)或2a可切割接头。在一些方面中,核酸包含编码tcr-a和/或tcr-b基因的cdna。在一些方面中,核酸还编码包含cd3结合区的多肽。在一些方面中,cd3结合区包含cd3特异性抗原结合片段(fab)、单链可变片段(scfv)、单结构域抗体或单链抗体。在一些方面中,载体包含指导核酸表达的启动子。在一些方面中,启动子包含鼠干细胞病毒(murinestem cell virus,mscv)启动子。在一些方面中,载体包含tcr-a和tcr-b基因。本公开内容的核酸还可进一步被限定为cdna(互补dna)。

126、还公开了制备经改造细胞的方法,其包括将本公开内容的核酸或载体转移到细胞中。在一些方面中,该方法还包括在培养基中培养细胞、在允许细胞分裂的条件下孵育细胞、筛选细胞,和/或冷冻细胞。

127、在一些方面中,本公开内容的细胞包含干细胞、祖细胞、免疫细胞或自然杀伤(natural killer,nk)细胞。在一些方面中,细胞包括造血干细胞或祖细胞、t细胞、从间充质干细胞(mesenchymal stem cell,msc)或诱导多能干细胞(induced pluripotent stemcell,ipsc)分化的细胞。在一些方面中,细胞分离自或来源于外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,pbmc)。在一些方面中,t细胞包含细胞毒性t淋巴细胞(cytotoxic t lymphocyte,ctl)、cd8+t细胞、cd4+t细胞、恒定nk t(inkt)细胞、γ-δt细胞、nkt细胞、调节性t细胞或cd4+t调节性细胞。在一些方面中,细胞分离自癌症患者。在一些方面中,该组合物已被确定为无血清、无支原体、无内毒素和/或无菌的。

128、在一些方面中,药物组合物被配制成用于肠胃外施用、静脉内注射、肌内注射、吸入或皮下注射。在一些方面中,肽包含在脂质体、含脂质的纳米粒或基于脂质的载体中。在一些方面中,药物制剂被配制成用于注射或作为鼻喷剂吸入。在一些方面中,本公开内容的组合物被配制为疫苗。在一些方面中,组合物还包含佐剂。

129、在关于本公开内容的树突细胞的一些方面中,树突细胞包含成熟树突细胞。在一些方面中,细胞是具有hla-a型的细胞。hla可以是hla-a、hla-b或hla-c。在一些方面中,细胞为hla-a24型。在一些方面中,细胞为hla-a11型。在一些方面中,细胞为hla-a01、hla-a02、hla-a11、hla-a24、hla-b07、hla-b08、hla-b15或hla-b40。

130、在一些方面中,方法还包括分离所表达的肽或多肽。在一些方面中,t细胞包含cd8+t细胞。在一些方面中,t细胞是cd4+t细胞、th1、th2、th17、th9或tfh t细胞、细胞毒性t细胞、记忆t细胞、中央记忆t细胞或效应记忆t细胞。

131、在本公开内容的方法的一些方面中,接触进一步限定为将起始免疫效应细胞群与抗原呈递细胞(antigen presenting cell,apc)、人工抗原呈递细胞(artificial antigenpresenting cell,aapc)或人工抗原呈递表面(artificial antigen presentingsurface,aaps)共培养;其中apc、aapc或aaps在其表面上呈递肽。在某些方面中,apc是树突细胞。

132、在本公开内容的一些方面中,免疫效应细胞是t细胞、外周血淋巴细胞、自然杀伤(nk)细胞、恒定nk细胞或nkt细胞。免疫效应细胞可以是已从间充质干细胞(msc)或诱导多能干(ips)细胞分化而来的细胞。t细胞的一些方面包括被进一步限定为cd8+t细胞、cd4+t细胞或γδt细胞的t细胞。在某些方面中,t细胞是细胞毒性t淋巴细胞(ctl)。

133、在一些方面中,在本公开内容的方法中描述的对象是人。在一些方面中,对象是实验动物。在一些方面中,对象是小鼠、大鼠、猪、马、兔或豚鼠。一些方面还涉及包括还施用至少第二治疗剂的方法。在一些方面中,第二治疗剂是抗癌剂。如在本公开内容的方法中所限定的,治疗可包括以下中的一种或更多种:降低肿瘤尺寸;提高总存活率;降低癌症复发(recurrence)的风险;降低进展的风险;和/或提高无进展存活、无再发(relapse)存活和/或无复发存活的机会。

134、本公开内容的方法中的生物样品可包含血液样品或其级分。在一些方面中,生物样品包含淋巴细胞。在一些方面中,生物样品包含含有淋巴细胞的分级样品。在一些方面中,生物样品是本文描述的生物样品。

135、本公开内容的tcr可以进一步限定为单链tcr。在一些方面中,tcr-a和tcr-b区在同一多肽上。在一些方面中,多肽进一步被限定为重组的。在一些方面中,tcr-a和tcr-b区域在不同的多肽上。还提供了包含本公开内容的tcr的多肽。在一些方面中,多肽可以是双特异性的。例如,多肽可以具有来自tcr的一个肽特异性和来自另一个抗原结合区的第二个特异性。例如,另一抗原结合区可以是另一tcr、scfv、双抗体或单链抗体。

136、在一些方面中,本公开内容的组合物包含mhc多肽和本公开内容的肽,并且其中mhc多肽和/或肽与检测标签缀合。因此,合适的检测标签包括但不限于放射性同位素、荧光色素、化学发光化合物、染料和蛋白质,包括酶。标签可进行简单检测或者可被量化。进行简单检测的响应通常包括其存在仅被确认的响应,而进行量化的响应通常包括具有可量化(例如,数值可报告)值的响应,例如强度、偏振和/或其他特性。在发光或荧光测定中,可直接使用与实际参与结合的测定组分相关的发光团或荧光团,或者间接使用与另一组分(例如,报道物或指示剂)相关的发光团或荧光团来产生可检测的响应。产生信号的发光标签的实例包括但不限于生物发光和化学发光。合适的荧光标签的实例包括但不限于荧光素、罗丹明、四甲基罗丹明、伊红、赤藓红、香豆素、甲基-香豆素、芘、孔雀石绿(malacite green)、茋、萤虫黄、cascade blue.tm.和德克萨斯红(texas red)。另一些合适的光学染料描述于haugland,richard p.(1996)handbook of fluorescent probes and researchchemicals(第6版)中。检测标签还包括链霉亲和素或其结合配偶体生物素。

137、在一些方面中,mhc多肽和肽是有效连接的。术语“有效连接”是指其中两种组分组合或能够组合以形成复合物的情况。例如,组分可共价连接和/或在同一多肽上,例如在融合蛋白中,或者组分可对彼此具有一定程度的结合亲和力,例如通过范德华力产生的结合亲和力。因此,本公开内容的一些方面涉及其中mhc多肽和肽通过肽键有效连接。另一些方面涉及其中mhc多肽和肽通过范德华力有效连接。肽-mhc可有效连接以形成pmhc复合物。在一些方面中,至少两个pmhc复合物有效连接在一起。另一些方面包括,包括至少,或包括至多2、3、4、5、6、7、8、9或10个彼此有效连接的pmhc复合物。在一些方面中,至少两个mhc多肽与一个肽连接。在另一些方面中,mhc多肽与肽的平均比率为1:1至4:1。在一些方面中,比率或平均比率为至少、至多或约1、2、3、4、5或6至约1、2、3、4、5或6(或其中可推导出的任何范围)。

138、在本公开内容的一些方面中,肽与mhc复合。在一些方面中,mhc包含hla-a型。mhc可进一步限定为hla-a3或hla-a11型。肽可被负载到树突细胞、淋巴母细胞、外周血单个核细胞(pbmc)、人工抗原呈递细胞(aapc)或人工抗原呈递表面上。在一些方面中,人工抗原呈递表面包含与表面缀合或连接的mhc多肽。示例性表面包括珠、微板、载片或细胞培养板。

139、本公开内容的方法可进一步包括对与肽和/或mhc结合的t细胞的数目进行计数。包含t细胞的组合物可分离自患有或被怀疑患有癌症的患者。癌症可包含肽特异性癌症,其中肽是seq id no:1或2的肽或本公开内容的肽。对象可以是已被诊断出和/或确定患有癌症的对象。对象或患者也可以是已被表征为患有肽特异性癌症的对象或患者,肽是例如本公开内容的肽或seq id no:1或2的肽。在一些方面中,方法还包括分选与肽和/或mhc结合的t细胞的数目。本公开内容的方法还可包括或进一步包括对来自与肽和/或mhc结合的t细胞的一个或更多个tcr基因进行测序。在一些方面中,方法包括或进一步包括对来自tcr(例如与本公开内容的肽结合的tcr)的tcrα和/或tcrβ基因进行测序。方法还可包括或进一步包括通过互补位(paratope)热点(gliph)分析对淋巴细胞相互作用进行分组。这进一步描述于glanville et al.,nature.2017jul6;547(7661):94–98中,其通过引用并入本文中。

140、本公开内容的组合物可以是无血清、无支原体、无内毒素和/或无菌的。所述方法还可包括在培养基中培养本公开内容的细胞,在允许细胞分裂的条件下孵育细胞,筛选细胞,和/或冷冻细胞。在一些方面中,所述方法还包括从本公开内容的细胞中分离所表达的肽或多肽。

141、本公开内容的方法可包括或进一步包括针对一种或更多种细胞特性对树突细胞进行筛选。在一些方面中,所述方法还包括使细胞与一种或更多种细胞因子或生长因子接触。一种或更多种细胞因子或生长因子可包含gm-csf。在一些方面中,细胞特性包含cd86、hla和cd14中的一者或更多者的细胞表面表达。在一些方面中,树突细胞来源于cd34+造血干细胞或祖细胞。

142、本公开内容的方法中的接触可进一步限定为使起始免疫效应细胞群与抗原呈递细胞(apc)共培养,其中apc在其表面上呈递肽。在一个具体方面中,apc是树突细胞。在一些方面中,树突细胞来源于外周血单个核细胞(pbmc)。在一些方面中,树突细胞分离自pbmc。在一些方面中,树突细胞是其中dc来源于白细胞去除术(leukaphereses)或通过白细胞去除术分离出来的细胞。

143、在本公开内容的一些方面中,肽-mhc(pmhc)复合物可通过使本公开内容的肽与mhc复合物接触来制备。在一些方面中,肽在细胞中表达,并与内源性mhc复合物结合以形成pmhc。在一些方面中,肽交换用于制备pmhc复合物。例如,可切割肽,例如光可切割肽,可被设计成与mhc结合并稳定mhc。除非在“拯救肽”的存在下进行uv暴露,否则肽的切割(例如通过光切割肽的辐照)会使肽与hla复合物解离,并产生快速分解的空hla复合物。因此,本公开内容的肽可在肽交换过程中用作“拯救肽”。本公开内容的另一些方面涉及包含本公开内容的肽的pmhc复合物。pmhc复合物可以与固体支持物有效连接,或者可以与可检测部分例如荧光分子、放射性同位素或抗体附接。本公开内容的另一些方面涉及肽-mhc多聚体复合物,其包括、至少包括或至多包括1、2、3、4、5或6个彼此有效连接的肽-mhc分子。连接可以是共价的(例如通过肽键),或者是非共价的。在一些方面中,pmhc分子可以与生物素分子结合。这样的pmhc分子可以通过与链霉亲和素分子结合而被多聚化。pmhc多聚体可用于检测在组合物中或在组织中的抗原特异性t细胞或tcr分子。在一些方面中,多聚体可用于在原位中或在活检样品中检测肽特异性t细胞。在另一些方面中,多聚体可以结合到固体支持物上或沉积在固体支持物上,例如阵列或载片上。然后可以将细胞添加至载片上,并可进行pmhc多聚体和细胞之间的结合检测。因此,本公开内容的pmhc分子和多聚体可用于在对象中检测和诊断癌症,或用于在患有癌症的个体中确定免疫应答。

144、在本公开内容的一些方面中,如本文中所述方法中所限定的,获得包含从外周血单个核细胞(pbmc)中分离起始免疫效应细胞群。在一些方面中,起始免疫效应细胞群获自对象。对象可以是患有癌症例如肽特异性癌症的对象。在一些方面中,对象已被确定为患有表达本公开内容的肽的癌症。在一些方面中,癌症包含白血病、肺癌或皮肤癌。癌症也可进一步限定为实体瘤。在一个具体方面中,癌症包含肺癌。肺癌可包含腺癌或鳞状细胞癌。在一些方面中,本公开内容的方法包括或进一步包括在共培养之前将肽或编码肽的核酸引入到树突细胞中。肽的引入可通过用编码肽的核酸转染或感染树突细胞,或者通过将肽与树突细胞一起孵育来完成。在一些方面中,通过电穿孔引入肽或编码肽的核酸。转移核酸的另一些方法是本领域已知的,所述方法例如脂质体转染、磷酸钙转染、用deae-右旋糖酐转染、显微注射和病毒介导的转导。在一些方面中,通过将肽或编码肽的核酸添加至树突细胞培养基中来引入肽或编码肽的核酸。在一些方面中,免疫效应细胞与已引入肽或编码肽的核酸的第二树突细胞群共培养。在一些方面中,在共培养之后,从免疫效应细胞纯化cd4阳性或cd8阳性和肽mhc四聚体阳性t细胞群。在一些方面中,cd4阳性或cd8阳性和肽mhc四聚体阳性t细胞群通过荧光激活细胞分选(fluorescence activated cell sorting,facs)进行纯化。在一些方面中,通过限制或连续稀释,随后是通过快速扩增方案扩增单个克隆来产生肽特异性免疫效应细胞的克隆群。

145、在一些方面中,纯化还包括通过限制或连续稀释分选细胞,随后是通过快速扩增方案扩增单个克隆来产生肽特异性免疫效应细胞的克隆群。在一些方面中,本公开内容的方法包括或进一步包括从肽特异性免疫效应细胞的克隆群中克隆t细胞受体(tcr)。在一些方面中,本公开内容方法中的术语“分离”定义为从肽特异性免疫效应细胞的克隆群中克隆t细胞受体(tcr)。在一些方面中,克隆tcr是克隆tcrα链和tcrβ链。在一些方面中,tcr是使用5’-cdna末端快速扩增(rapid amplification of cdnaend,race)方法克隆的。在一些方面中,tcrα和β链是使用5’-cdna末端快速扩增(race)方法克隆的。在一些方面中,所克隆的tcr被亚克隆至表达载体中。在一些方面中,表达载体包含tcrα序列与tcrβ序列之间的接头结构域。在一些方面中,表达载体是逆转录病毒或慢病毒载体。载体也可以是本文中描述的表达载体。接头结构域可包含编码一个或更多个肽切割位点的序列。一个或更多个切割位点可以是弗林蛋白酶切割位点和/或p2a切割位点。在一些方面中,tcrα序列和tcrβ序列通过ires序列连接。

146、本公开内容的宿主细胞可用表达载体转导以产生表达tcrα和/或β链的经改造细胞。在一些方面中,宿主细胞是免疫细胞。免疫细胞可以是t细胞,并且经改造细胞可被称为经改造t细胞。t细胞可以是本文中所述的t细胞类型,例如cd8+t细胞、cd4+t细胞或γδt细胞。在一些方面中,起始免疫效应细胞群获自患有癌症或肽特异性癌症的对象,并且宿主细胞与该对象是同种异体的或自体的。在一些方面中,肽特异性t细胞是自体的或同种异体的。在一些方面中,cd4阳性或cd8阳性和肽mhc四聚体阳性的经改造t细胞群是从转导的宿主细胞中纯化的。在一些方面中,通过限制或连续稀释,随后是通过快速扩增方案扩增单个克隆来产生肽特异性的经改造t细胞的克隆群。在一些方面中,本公开内容的方法中的纯化定义为在共培养之后从免疫效应细胞中纯化cd4阳性或cd8阳性和肽mhc四聚体阳性t细胞群。

147、在一些方面中,肽与固体支持物连接。在一些方面中,肽与固体支持物缀合,或者与缀合于固体支持物的抗体结合。在一些方面中,固体支持物包含微板、珠、玻璃表面、载片或细胞培养皿。在一些方面中,固体支持物包含纳米流体芯片。在一些方面中,检测t细胞应答包含检测肽与t细胞或tcr的结合。在一些方面中,检测t细胞应答包含elisa、elispot或四聚体测定。

148、本公开内容的一些方面的药盒可在容器中包含本公开内容的肽。所述肽可包含在药物制剂中。在一些方面中,所述药物制剂配制成用于肠胃外施用或吸入。在一些方面中,所述肽包含在细胞培养基中。

149、在本技术通篇,术语“约”根据其在细胞和分子生物学领域中的清晰且普通含义使用,以指示值包括用于确定该值所采用的装置或方法的误差的标准偏差。

150、当与术语“包含/包括”结合使用时,没有数量词修饰的名词的使用可意指“一个/种”,但是其也符合“一个/种或更多个/种”、“至少一个/种”和“一个/种或多于一个/种”的含义。

151、如本文中所用,术语“或/或者”和“和/或/或者”用于描述组合或相互排斥的多个组分。例如,“x、y和/或z”可以是指单独的“x”、单独的“y”、单独的“z”、“x、y和z”、“(x和y)或z”、“x或(y和z)”或者“x或y或z”。特别地预期x、y或z可被特别地排除在实施方案或方面之外。

152、词语“包含”(及其任何变化形式)、“具有”(及其任何变化形式)、“包括”(及其任何变化形式)、“特征为”(及其任何变化形式)或“含有”(及其任何变化形式)是包括性的或开放式的,并且不排除另外的未记载的要素或方法步骤。

153、组合物和方法根据其用途可“包含/包括”在本说明书通篇公开的任何成分或步骤、“基本上由其组成”或“由其组成”。短语“由......组成”不包括任何未指定的要素、步骤或成分。短语“基本上由......组成”将所述主题的范围限制为指定的物质或步骤以及不实质影响其基本的和新的特征的那些物质或步骤。预期在术语“包含/包括”的情况下所述的实施方案和方面也可在术语“由......组成”或“基本上由......组成”的情况下实施。

154、在治疗性、诊断性或生理性目的或作用的背景下的任何方法也可以以“用途”权利要求语言描述,例如本文中所讨论的任何化合物、组合物或药剂用于实现或实施所描述的治疗性、诊断性或生理性目的或作用的“用途”。

155、可基于本文中所述的任何方法使用一种或更多种序列或组合物。本技术通篇讨论了另一些实施方案和方面。关于本公开内容的一个方面所讨论的任何实施方案或方面也适用于本公开内容的另一些方面,反之亦然。

156、特别预期了关于本发明的一个实施方案或方面所讨论的任何限制均可应用于本发明的任何其他实施方案或方面。此外,本发明的任何组合物均可用于本发明的任何方法,并且本发明的任何方法均可用于产生或利用本发明的任何组合物。在实施例中阐述的实施方案的一些方面也是可在不同实施例中的其他地方或在本技术中的其他地方(例如在
技术实现要素:
、具体实施方式、权利要求书和附图说明中)讨论的一些实施方案的背景下实施的实施方案。

157、根据以下详细描述,本发明的其他目的、特征和优点将变得明显。然而,应理解,尽管具体实施方式和具体实施例指示了本发明的一些具体实施方案和一些方面,但是它们仅以举例说明的方式给出,因为从该详细描述中,本发明的精神和范围内的多种变化和修改对本领域技术人员而言将变得明显。

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