一种与皱纹盘鲍高糖原含量相关的SNP标记及其应用

本发明属于分子生物学及遗传育种，涉及到一种与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记及其在皱纹盘鲍的辅助选育中的应用。

背景技术：

1、皱纹盘鲍是鲍科经济物种中最有价值的种类之一。伴随着皱纹盘鲍养殖面积与产量的急剧增加，导致养殖水域溶解氧降低、水质恶化和疾病加速传播，其养殖存活率问题日益严峻。通过持续选育优质、高产、抗逆的海水养殖良种将是解决这些问题的良方。应对这一问题，近年来以杂交技术为主要手段的遗传改良已在鲍养殖产业中得到推广应用。但品质改良并非只是存活率和生长性状的提升，糖原、蛋白质、脂肪酸等营养品质含量也是评价鲍商品价值的重要指标。通过对营养品质性状的定向选育也是有效提升鲍产品品质的重要方向，尤其是与口感、保健等相关的营养物质含量的增加可有效提升产业的整体效益。

2、分子标记辅助选育是定向改良育种性状的有效手段之一，该技术可以通过与目标性状基因连锁的分子标记直接筛选含有目标基因型的个体，与传统选育方法结合，可以大幅度提高定向选育的效率，在经济水产动物中该方法已成为选育的新趋势。snp标记因其共显性遗传和多态性高的优势成为理想的分子标记，其中snp标记仅鉴定一个核苷酸位点的碱基组成，在基因组中分布十分广泛，每代突变率较低，在亲本和子代间多呈现稳定遗传且多呈二态性分布，便于研究。且随着高通量测序技术的发展及测序成本的大幅降低，snp筛查已成为分子标记辅助育种的研究热点。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记及其在皱纹盘鲍的辅助选育中的应用

2、为实现上述目的，本发明采用技术方案为：

3、一种与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记，snp标记位于糖原合成酶第2个外显子上第15位碱基处，突变类型为g/a。

4、所述snp标记位点碱基基因型为aa、ag或gg。

5、所述snp标记位点优势基因型为gg基因型。

6、一种所述的与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记的应用，所述snp标记在皱纹盘鲍高糖原性状的辅助选育中的应用。

7、在在皱纹盘鲍的辅助选育中的应用。

8、一种用于检测所述与皱纹盘鲍糖原含量相关的snp标记特异性引物对，其特征在于：

9、正向引物f：5’-ccagggtgaatgcgttac-3’；

10、反向引物r：5’-taggctacccaaccaccc-3’。

11、一种检测与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记的试剂盒，包含所述的引物对。

12、所述的引物对或所述的试剂盒在鉴别皱纹盘鲍高糖原中的应用。

13、一种鉴别皱纹盘鲍高糖原个体的方法，通过检测待测皱纹盘鲍的所述的snp标记，确定待测皱纹盘鲍的基因型，而后根据基因型确定高糖原含量的优势个体。

14、具体为：提取待测皱纹盘鲍的基因组dna作为模板，利用权利要求5所述引物对进行pcr扩增，获得包含目标snp位点的扩增片段(即，seq idno.1中碱基所示)，而后利用直接测序法对snp位点进行分型检测，进而鉴定待测皱纹盘鲍的基因型，检测扩增产物第121位(即，糖原合成酶第2个外显子上第15位碱基处)优势基因型为gg基因型个体即为高糖原个体。

15、具体为：

16、(1)非致死性剪取皱纹盘鲍少量触角组织(30mg左右)用于全基因组的提取，提取方法参考试剂盒，使用te缓冲液稀释到20-50ng/μl。

17、(2)以步骤(1)中所述皱纹盘鲍基因组为模板，利用引物f(5’-ccagggtgaatgcgttac-3’)和r(5’-taggctacccaaccaccc-3’)配置pcr反应体系：pcr mastermix 12.5μl，f和r各1μl，基因组dna 2μl，灭菌双蒸水8.5μl(反应体系可同比放大或缩小)。

18、(3)pcr扩增反应程序如下：

19、

20、(4)步骤(3)所述的反应结束后，将pcr产物寄送公司测序(扩增产物序列为seq idno.1中碱基所示)，以上述f为测序引物，该snp位点位于第121bp处。测序结果经seqman软件测序峰图比对后判断每个样本所述皱纹盘鲍snp标记的基因型。

21、本发明所具有的优点

22、本发明用检测个体基因型的方法预测个体糖原含量的高低，有效避免糖原含量很难活体检测的缺点。在苗种繁育前，通过非致死性剪取皱纹盘鲍触角组织提取基因组dna，利用上述技术方案判断亲贝基因型，通过筛选gg基因型亲贝繁育定向提高子代糖原含量。基因型的判定基于直接测序法，准确率最高。如图2所示，gg和aa基因型测序峰图为单峰，峰图颜色不同，ag基因型测序峰图为双峰。

技术特征：

1.一种与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记，其特征在于：snp标记位于糖原合成酶第2个外显子上第15位碱基处，突变类型为g/a。

2.根据权利要求1所述的与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记，其特征在于：所述snp标记位点碱基基因型为aa、ag或gg。

3.根据权利要求2所述的与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记，其特征在于：所述snp标记位点优势基因型为gg基因型。

4.一种权利要求1所述的与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记的应用，其特征在于：所述snp标记在皱纹盘鲍高糖原性状的辅助选育中的应用；

5.一种用于检测权利要求1所述与皱纹盘鲍糖原含量相关的snp标记特异性引物对，其特征在于：

6.一种检测与皱纹盘鲍高糖原含量相关的snp标记的试剂盒，其特征在于：包含权利要求5所述的引物对。

7.按权利要求5或6所述的应用，其特征在于：权利要求5所述的引物对或权利要求6所述的试剂盒在鉴别皱纹盘鲍高糖原中的应用。

8.一种鉴别皱纹盘鲍高糖原个体的方法，其特征在于：通过检测待测皱纹盘鲍的权利要求1所述的snp标记，确定待测皱纹盘鲍的基因型，而后根据基因型确定高糖原含量的优势个体。

9.按权利要求8所述的鉴别皱纹盘鲍高糖原个体的方法，其特征在于：提取待测皱纹盘鲍的基因组dna作为模板，利用权利要求5所述引物对进行pcr扩增，获得包含目标snp位点的片段，而后利用直接测序法对snp位点进行分型检测，进而鉴定待测皱纹盘鲍的基因型，检测扩增产物第121位(即，糖原合成酶第2个外显子上第15位碱基处)优势基因型为gg基因型个体即为高糖原个体。

技术总结
本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域，涉及到一种与皱纹盘鲍高糖原含量相关的SNP标记及其在皱纹盘鲍的辅助选育中的应用。SNP标记位于糖原合成酶第2个外显子上第15位碱基处，突变类型为G/A。本发明可通过剪取触角提取DNA筛选该位点为GG基因型的皱纹盘鲍亲贝，利用分子标记辅助选育定向提高子代糖原含量，有效避免糖原含量很难活体检测的缺点。本研究是基于直接测序获得的SNP标记，结果更准确。

技术研发人员：唐雪颖,林思恒
受保护的技术使用者：闽南师范大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15