技术特征：1.一种用于高通量筛选鉴定肿瘤特异性抗原，特别是癌睾抗原的方法，其特征在于高通量筛选“正常组织特异性表达的基因，且在肿瘤(或疾病)中的异位表达”，过程包括：
2.根据权利要求1所述的一种用于高通量筛选鉴定肿瘤特异性抗原的方法，其特征在于，步骤1)中，肿瘤组织样本数量n＞10。
3.根据权利要求1所述的一种用于高通量筛选鉴定肿瘤特异性抗原的方法，其特征在于，步骤1)中，癌组织与癌旁组织数据来自于同一患者或不同患者；若来自于同一患者，则使用limmar r包筛选差异表达基因及差异甲基化cpg位点；若来自于不同患者，则需使用deseq2 r包筛选差异表达基因及差异甲基化cpg位点。
4.根据权利要求1所述的一种用于高通量筛选鉴定肿瘤特异性抗原的方法，其特征在于，group 1中差异表达基因或group 2中差异dna甲基化cpg位点来源于1个队列或者来源于多个独立队列取交集。
技术总结本发明公开了一种用于高通量筛选鉴定肿瘤特异性抗原，特别是癌睾抗原的方法：收集肿瘤组织样本中癌组织和癌旁组织，提取组织样本RNA和DNA；计算每个基因的表达水平；修饰处理DNA以明确甲基化修饰位点，测定每个CpG位点的DNA甲基化水平；比较癌组织和癌旁组织之间FPKM值的差异，筛选差异表达基因，在癌组织中显著上调的基因列为Group 1；比较癌组织和癌旁组织之间甲基化的差异，筛选癌组织和癌旁组织启动子甲基化变化显著的基因CpG位点；对所有CpG对应的基因进行注释，将含有至少1个CpG位点甲基化水平在癌组织中显著下调的基因列为Group2；取Group1与Group2交集，记为Group 3；在细胞水平中进行暴露于DNA甲基化转移酶抑制剂联合RNA测序实验，根据暴露于DNMT抑制剂的细胞测序分析结果，将能够被DNMT抑制剂显著上调的基因列为Group 4；取Group 3和Group 4的交集，即为最终高通量筛选出的肿瘤特异性抗原基因。
技术研发人员：钦闪闪,李丹丹
受保护的技术使用者：湖北医药学院
技术研发日：技术公布日：2024/3/24