长链非编码rnaafap1-as1的应用方法_2

文档序号:9300549阅读:来源:国知局
沉淀于80°C干燥,研 细得粒径范围10_50nm的硅纳米颗粒;其中H 2O与0P-10及H2O与正硅酸异酯的摩尔比为 2~10、氨水浓度为1. 6~28%、正娃酸异酯在环己烧中的摩尔浓度为0. 1~3mol/L ;
[0050] 2)将娃纳米颗粒按0. 1~10mg/ml重悬于0. 6M NaCO;^·#液中,超声分散,离心,弃 上清,再将沉淀物按〇. 1~l〇mg/ml重悬于pH 7. 4的PBS中,超声分散,加多聚赖氨酸,终 浓度为4~15nmol/mL,充分混勾,室温混摇;离心,弃上清,沉淀按0. 1~10mg/ml重悬于 双蒸水中,得到多聚赖氨酸修饰的硅纳米颗粒。
[0051] 将多聚赖氨酸修饰的硅纳米颗粒超声分散,每毫升纳米颗粒悬液加入10~50ug 长链非编码RNA AFAP1-AS1的干扰载体,混合,室温静置使其结合,就得到了抑制鼻咽癌细 胞侵袭转移的制剂。
[0052] 本发明构建了抑制AFAP1-AS1表达的RNA干扰载体,转染到鼻咽癌细胞株中,在体 外培养系统和裸鼠移殖瘤体内模型中均证实抑制AFAP1-AS1的表达可明显抑制鼻咽癌细 胞的侵袭转移能力。将AFAP1-AS1干扰载体负载到多聚赖氨酸修饰的硅纳米颗粒上制成 纳米基因转运体,多聚赖氨酸修饰的硅纳米颗粒可保护AFAP1-AS1干扰载体免受核酸酶降 解,延长作用时间,且有更高的转染效率。
【附图说明】
[0053] 图1为实时荧光定量PCR技术验证IncRNA AFAP1-AS1在鼻咽癌和正常鼻咽上皮 中的表达情况;
[0054] AFAP1-AS1在鼻咽癌(NPC)中的表达比正常鼻咽上皮(Normal)中显著提高,且与 淋巴结转移(左)及临床分期(右)密切相关,AFAP1-AS1的表达在有淋巴结转移的鼻咽 癌组织(NPC_Nl/2)中比没有淋巴结转移(NPC_N0)的更高(左图),AFAP1-AS1的表达也随 鼻咽癌患者临床分期逐渐增高(右图,I、II、III分别代表临床I、II、III期)。
[0055] 图2为原位杂交检测AFAP1-AS1在鼻咽癌及正常鼻咽上皮中的表达情况;
[0056] 正常鼻咽上皮(NPE)中表达水平较低(仅在2例正常鼻咽上皮组织中检测到有低 表达,其余8例中检测不到表达),而在69. 64%的鼻咽癌(112例鼻咽癌组织中的78例) 中检测到有AFAP1-AS1的表达,其中55例为低表达(NPC_Low),23例为高表达(NPC_High), 其余的34例鼻咽癌组织中未检测到AFAP1-AS1的表达(NPC_negative) ;P〈0. 001。
[0057] 图3为鼻咽癌中AFAP1-AS1的表达与鼻咽癌患者预后的关系
[0058] 鼻咽癌中AFAP1-AS1的高表达与鼻咽癌患者的不良预后相关,即AFAP1-AS1高 表达的患者总的生存时间(Over-all survival,左)和无复发生存时间(Relapse-free sruvival,右)要明显低于AFAP1-AS1低表达或不表达的患者。
[0059] 图4为在鼻咽癌细胞中导入AFAP1-AS1的干扰载体,可显著抑制AFAP1-AS1在鼻 咽癌细胞中的表达
[0060] 在鼻咽癌细胞系5-8F、HKl和HNE2中导入靶向AFAP1-AS1的干扰载体(sh-1, sh-2, sh-3)后,实时荧光定量PCR方法检测了鼻咽癌细胞中AFAP1-AS1的表达情况, AFAP1-AS1的表达均受到明显的抑制。阴性对照(NC)为scramble干扰载体,Mock为未经 任何处理的鼻咽癌细胞。
[0061] 图5为在鼻咽癌细胞中导入AFAP1-AS1的干扰载体抑制AFAP1-AS1表达后,细胞 侵袭能力降低
[0062] 细胞穿膜(transwell)实验证实,在鼻咽癌细胞系5-8F、HKl和HNE2中转入靶向 AFAP1-AS1的干扰载体,抑制AFAP1-AS1的表达后,能穿过基质胶膜的鼻咽癌细胞数目显著 减少,表明细胞侵袭能力降低。
[0063] 图6为在鼻咽癌细胞中导入AFAP1-AS1的干扰载体抑制AFAP1-AS1表达后,细胞 迀移能力降低
[0064] 细胞划痕实验证实,在鼻咽癌细胞系5-8F、HKl和HNE2中转入靶向AFAP1-AS1的 干扰载体,抑制AFAP1-AS1的表达后,鼻咽癌细胞从划痕两边往划痕中央迀移速度明显减 慢,划痕愈合的时间延长,表明细胞运动迀移能力降低。
[0065] 图7.动物实验进一步证实干扰AFAP1-AS1的表达可抑制鼻咽癌细胞的转移能力
[0066] 在鼻咽癌细胞5-8F中转入shRNA干扰载体抑制AFAP1-AS1表达后,经尾静脉 将鼻咽癌细胞注射到裸鼠体内,观察肺转移情况,发现与对照组(NC)相比,shRNA敲低 AFAP1-AS1表达的5-8F细胞肺转移灶的数目变少(图7A-C,P〈0. 05),转移灶的体积变小 (图7D),表明鼻咽癌细胞的转移能力受到明显抑制。
【具体实施方式】
[0067] 以下结合【具体实施方式】进一步说明本发明,而非限制本发明。
[0068] 实施例1,实时荧光定量PCR法检测证实AFAP1-AS1在鼻咽癌中表达上调
[0069] 1.材料与方法:
[0070] 收集10例正常鼻咽上皮组织和31例鼻咽癌组织,抽提总RNA,2 μ g RNA经逆转录 成cDNA后,进行实时荧光定量PCR。AFAP-ASl正向引物为5' -AATGGTGGTAGGAGGGAGGA-3' 如 SEQ N0:8 所示,和反向引物 5' -CACACAGGGGAATGAAGAGG-3' 如 SEQ N0:9 所示。
[0071] 用于对照的 GAPDH 正向引物为 5'-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3'如 SEQ NO: 10 所示, 和反向引物 5' -TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3',如 SEQ N0:11 所示。
[0072] 实时荧光定量PCR反应体系
[0073]
[0074] 实时荧光定量PCR反应步骤
[0075] I 94〇C 5min
[0076] 2 95〇C IOsec
[0077] 3 58〇C 30sec
[0078] 4 72〇C 20sec
[0079] 5 Plate read
[0080] 6 82〇C 30sec
[0081] 7 Plate read
[0082] 8 Go to step 2for more 39times
[0083] 9 Perform melting curve from 55. (TC to 95. (TC,read every 0· 2°C,hold for Isec
[0084] 反应结束后确认实时荧光定量PCR的扩增曲线和熔解曲线,各基因的表达强度根 据 CT值(threshold cycle values)、内参基因(GAPDH)标化后,采用group t-test 检验计 算P值。
[0085] 2.结果
[0086] AFAP1-AS1在正常对照组织中不表达或者表达很低,而在鼻咽癌组织中高表达 Ρ〈0· 001(图 1)
[0087] 实施例2,原位杂交检测发现AFAP1-AS1在鼻咽癌中的表达与患者预后相关
[0088] 1.材料方法
[0089] 1. 1设计并合成杂交探针
[0090] 为了采用原位杂交方法检测AFAP1-AS1的表达情况,我们设计了针对原位杂交检 测AFAP1-AS1表达的寡核苷酸探针及阳性对照两组原位杂交寡核苷酸探针各3条。
[0091] 用于原位杂交检测AFAP1-AS1表达的寡核苷酸探针:
[0092] AFAP1-AS1 探针 1 :5' -ATTCCTTTATTTTATGGGATGTTCTGTAGGGAGTT-3' 如 SEQ Ν0:2 所示,
[0093] AFAP1-AS1 探针 2 :5' -TAGAAATGAGAAAAGAATCACCAAGAGAGTAAGCA-3' 如 SEQ Ν0:3 所示,
[0094] AFAP1-AS1 探针 3 :5' -TCCCTACAGCTAGTTTCCTCTTCATTTATTCATTT-3' 如 SEQ Ν0:4 所示。
[0095] 阳性对照探针(检测看家基因 GAPDH):
[0096] GAPDH 探针 1 :5' -CCACTTTACCAGAGTTAAAAGCAGCCCTGG-3',如 SEQ NO: 5 所示,
[0097] GAPDH 探针 2 :5' -CAGTAGAGGCAGGGATGATGTTCTGGAGAG-3',如 SEQ N0:6 所示,
[0098] GAPDH 探针 3 :5' -GTCAGAGGAGACCACCTGGTGCTCAGTGTA-3',如 SEQ NO: 7 所示。
[0099] 采用化学合成方法合成上述设计的各基因特异性寡核苷酸探针序列。
[0100] 1. 2寡核苷酸探针标记试剂盒和原位杂交检测试剂
[0101] 地高辛寡核苷酸加尾试剂(Dig Oligonucleitide Tailing Kit 2nd Generation, Roche公司),抗地高辛-辣根过氧化物酶复合物检测试剂盒(Anti-Digoxigenin-POD, Fab fragments,Roche公司),增强原位表达检测信号的TSA信号放大系统(TSA? Biotin System,NEL700试剂盒,PerkinElmer公司),DAB染色试剂盒(北京中山公司),20x梓檬 酸钠缓冲溶液(saline sodium citrate, SSC),硫酸葡聚糖(Dextran sulphate),去离子 甲酰胺(Deionized Formamide),多聚腺苷酸(polyadenylic acid,Poly A),多聚脱氧腺 苷酸(polydeoxyadenylic acid,Poly dA),变性剪切的娃精 DNA(denatured and sheared salmon sperm DNA,ssDNA),酵母转运 RNA (yeast t-RNA,tRNA),二硫苏糖醇(DTT),50x 邓 罕氏缓冲液(Denhardts's solution),磷酸缓冲液(PBS buffer),胃蛋白酶K,牛血清白蛋 白(BSA),三乙醇胺(TEA),TNB Buffer (0· IM Tris-HCl,ρΗ7· 5,0· 15Μ NaCL,0. 5 % Blocking Reagent),TNT Buffer(0· IM Tris-HCl,ρΗ7· 5,0· 15M NaCL,0.05% Tween 20),醋酸酐,阻 断试剂(Blocking reagent agent,Roche 公司)。
[0102] I. 3其他主要试剂和材料
[0103] 无水乙醇、90%酒精、70%酒精、50%酒精、松节油、双蒸水、P
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