Network, CHTN)获得 的结肠直肠发展组织微阵列（TMA;CHTN2003CRCProg)的图。
[0073] 图5呈现了组织化学组织评定的结果；呈现了通过I肥分析的结肠直肠组织样品 中ptyr表达，表示为平均的阳性百分比。
[0074] 图6是结肠直肠癌症发展的代表性EGFR表达水平的显微照片。图6小图A是最 大尺寸<2cm的腺瘤的EGFR染色的代表性图像（CIO);样品具有100%百分比阳性细胞质/ 膜染色的3+的分值。图6小图B是最大尺寸〉2cm的腺瘤的EGFR染色的代表性图像（F5); 样品具有100%百分比阳性细胞质/膜染色的3+的分值。图6小图C是原发性浸润性病 理分期T1或T2的肿瘤样品的EGFR染色的代表性图像巧4);样品具有100%百分比阳性 细胞质/膜染色的3+的分值。图6小图D是原发性浸润性病理分期T3或T4的肿瘤样品 的EGFR染色的代表性图像化10);样品具有90%百分比阳性细胞质/膜染色的3+的分值。 图6小图E是向淋己结转移性的结肠直肠腺癌的EGFR染色的代表性图像（J20);样品具有 85%百分比阳性细胞质/膜染色的化的分值。图6小图F是向远端位点转移性的结肠直 肠腺癌的EGFR染色的代表性图像（B13);样品具有1%百分比阳性膜染色的1+的分值。
[0075] 图7是结肠直肠癌症发展的代表性PTEN表达水平的显微照片。图7小图A是最 大尺寸<2cm的腺瘤的PTEN染色的代表性图像（C4);样品具有80%百分比阳性细胞质染色 的3+的分值。图7小图B是最大尺寸〉2cm的腺瘤的PTEN染色的代表性图像（F3);样品 具有75%百分比阳性细胞质染色的1+的分值。图7小图C是原发性浸润性病理分期T1或 T2的肿瘤样品的PTEN染色的代表性图像巧2);样品具有80%百分比阳性细胞质染色的化 的分值。图7小图D是原发性浸润性病理分期T3或T4的肿瘤样品的PTEN染色的代表性 图像化4);样品具有40%百分比阳性细胞质染色的1+的分值。图7小图E是向淋己结转 移性的结肠直肠腺癌的PTEN染色的代表性图像（J18);样品是阴性的。图7小图F是向远 端位点转移性的结肠直肠腺癌的PTEN染色的代表性图像炬7);样品是阴性的。
[0076] 图8是结肠直肠癌症发展的代表性pMEK表达水平的显微照片。图8小图A是最 大尺寸<2cm的腺瘤的pMffi染色的代表性图像（C4);样品具有10%百分比阳性细胞质染色 的1+的分值。图8小图B是最大尺寸〉2cm的腺瘤的pMEK染色的代表性图像（F3);样品 具有70%百分比阳性细胞质染色的1+的分值。图8小图C是原发性浸润性病理分期T1或 T2的肿瘤样品的pMffi染色的代表性图像巧2);样品具有80%百分比阳性细胞质染色的1+ 和10%百分比阳性核染色的1+的分值。图8小图D是原发性浸润性病理分期T3或T4的 肿瘤样品的pMffi染色的代表性图像化4);样品具有100%百分比阳性细胞质染色的化和 5%百分比阳性核染色的化的分值。图8小图E是向淋己结转移性的结肠直肠腺癌的pMEK 染色的代表性图像（J18);样品是具有100%百分比阳性细胞质染色的3+的分值。图8小 图F是向远端位点转移性的结肠直肠腺癌的pMEK染色的代表性图像炬7);样品具有100% 百分比阳性细胞质染色的化和15%百分比阳性核染色的3+的分值。
[0077] 图9是结肠直肠癌症发展的代表性Ki67表达水平的显微照片。图9小图A是最 大尺寸<2cm的腺瘤的Ki67染色的代表性图像（C4);样品具有10%百分比阳性核染色的 化的分值。图9小图B是最大尺寸〉2cm的腺瘤的Ki67染色的代表性图像（F3);样品具有 25%百分比阳性核染色的化的分值。图9小图C是原发性浸润性病理分期T1或T2的肿 瘤样品的Ki67染色的代表性图像巧2);样品具有85%百分比阳性核染色的化的分值。图 9小图D是原发性浸润性病理分期T3或T4的肿瘤样品的Ki67染色的代表性图像（H4);样 品是具有40%百分比阳性的化和15%百分比阳性核染色的3+的分值。图9小图E是向 淋己结转移性的结肠直肠腺癌的Ki67染色的代表性图像（J10);样品具有45%百分比阳性 核染色的3+的分值。图9小图F是向远端位点转移性的结肠直肠腺癌的Ki67染色的代表 性图像炬7);样品具有70%百分比阳性细胞质染色的化的分值。
[007引图10A和10B是来自单个个体病例（男性，71岁）的结肠直肠癌症发展的生物标 记物表达水平的代表性显微照片。图10A是最大尺寸<2cm的腺瘤；最大尺寸〉2cm的腺瘤、 原发性浸润性病理分期T3或T4的肿瘤；向淋己结转移性的结肠直肠腺癌的代表性免疫组 织化学（I肥）图像。使用了对EGFR、P肥R1、PTEN、pAKT、pMEK和Ki67反应性的抗体。图 10B显示了图形形式的结果，都使用了计算机辅助图像分析（A1至A6)和病理分值炬1至 B6)的结果。
[0079] 图11显示在结肠直肠癌症发展期间EGFR表达途径中生物标记物评定的概述，如 使用图像分析测定的。结果显示为平均分值中的％改变。
[0080] 图12是使用用于表皮生长因子受体巧GFR，红色）；染色体7仰P7,绿色）的探针 在原位杂交分析中的双色巧光的显微照片。图12小图A显示了平衡的二体性；图12小图 B显示了平衡的S体性，图12小图C显示了平衡的多体性，图12小图D显示了基因扩增。 [OOW] 图13是结肠直肠癌症发展中EGFR FI甜基因检测的显微照片。图13小图A是最 大尺寸<2cm的腺瘤的代表性EGFR FISH基因检测，其是平衡的二体性。图13小图B是最 大尺寸〉2cm的腺瘤的代表性EGFR FI甜基因检测，其是平衡的二体性。图13小图C是原 发性浸润性病理分期T1或T2的肿瘤样品的代表性EGFR FISH基因检测，其是平衡的二体 性。图13小图D是原发性浸润性病理分期T3或T4的肿瘤样品的代表性EGFR FI甜基因 检测，其是平衡的多体性。图13小图E是向淋己结转移性的结肠直肠腺癌的代表性EGFR FISH基因检测，其是平衡的多体性。图13小图F是向远端位点转移性的结肠直肠腺癌的代 表性EGFR FI甜基因检测，其显示了基因扩增二体性。
[00間 图14是结肠直肠癌症中EGFR表达水平的显微照片。图14小图A显示了 20X扫 描通道（scan pass)的两个区域（区域1和区域。；图14小图B显示了两个区域的EGFR 组合分值（ARWL)的结果。
[0083] 图15是结肠直肠癌症中肥R2表达水平的显微照片。图15小图A显示了 20X扫描 通道的两个区域（区域1和区域2);图15小图B显示了两个区域的肥R2组合分值（ARWL) 的结果。
[0084] 图16是结肠直肠癌症中pAKT表达水平的显微照片。图16小图A显示了 20X扫描 通道的两个区域（区域1和区域2);图16小图B显示了两个区域的pAKT组合分值（ARWL) 的结果。
[0085] 图17是结肠直肠癌症中Ki67表达水平的显微照片。图17小图A显示了 20X扫描 通道的两个区域（区域1和区域2);图17小图B显示了两个区域的Ki67组合分值（ARWL) 的结果。
[0086] 图18是结肠直肠癌症中存活蛋白（Survivin)表达水平的显微照片。图18小图 A显示了 20X扫描通道的两个区域（区域1和区域2);图18小图B显示了两个区域的存活 蛋白组合分值（ARIOL)的结果。
[0087] 图19是结肠直肠癌症中VEGF表达水平的显微照片。图19小图A显示了 20X扫描 通道的两个区域（区域1和区域2);图19小图B显示了两个区域的VEGF组合分值（ARWL) 的结果。
[008引 图20显示了银原位杂交的示意图。
[0089] 优选实施方式的详细说明
[0090] 本发明提供了用于评估个体（包括癌症患者）中结肠直肠癌症发展的方法。此外， 本发明提供了用于评估结肠直肠癌症发展的预示性生物标记物。此外，本发明提供了用于 鉴定对化学治疗剂是应答性的结肠直肠癌症肿瘤的方法。此外，本发明提供了用于评估结 肠直肠癌症发展的试剂盒。
[0091] 与在外科手术后进行化学治疗药物治疗作为外科手术的辅助（adjunct)的传统 抗癌方法相比，新佐剂（或原始（primary))化疗包括施用药物作为某些癌症患者中的初始 治疗。该种方法的一个益处是，由于化疗的肿瘤收缩效应，对于超过3cm的原发肿瘤，它允 许对大部分患者的保守性外科操作（与例如乳腺癌患者中的根治性乳房切除术相对）的稍 后的或伴随的使用。另一个优点是对于许多癌症，在所有患者的大约S分之二中实现了部 分的或完全的应答。最后，因为在两到=个周期的化学治疗处理之后大部分患者是应答性 的，因此有可能监测所采用的化学治疗方案的体内效力，来鉴定肿瘤对化学治疗处理是非 应答性的患者。非应答性肿瘤的及时鉴定容许临床医师来限制癌症患者暴露于不必要的治 疗副作用并开始选择性的治疗。不幸地，本领域中当前的方法（包括组织学检查）不足W 用于该种及时和精确的鉴定的最佳应用。本发明提供了用于开发更为信息性和有效的治疗 方案的方法，所述治疗方案施用于癌症患者时，有效结果（即，减少或消除肿瘤）的可能性 提局。
[0092] 癌症诊断，疾病的初步诊断和随后疾病过程的监测（在治疗之前、期间或之后）通 常通过从患者取出的细胞或组织样品的组织学检查来确认。临床病理学家需要能够精确地 确定该些样品是良性还是恶性的，W及区分视为恶性的肿瘤样品的侵略性，因为该些测定 通常形成了选择患者治疗的适合过程的基础。类似地，病理学家需要能够检测癌症已生长 或已进入缓解的程度，特别是作为治疗、尤其是用化学治疗剂或生物制剂的治疗的或其后 的结果。
[0093] 组织学检查通常需要（entail)组织染色操作，其允许样品的形态特征在光学显 微镜下容易地观察。病理学家在检查染色的样品之后，一般进行肿瘤样品是否是恶性的定 性测定。然而，仅仅通过样品的组织学检查来确定肿瘤的侵略性是困难的，因为肿瘤的侵略 性通常是肿瘤内细胞的生物化学的结果，例如蛋白质表达或抑制和蛋白质磯酸化，其可能 或可能不由样品的形态反映。因而，重要的是能够评估肿瘤样品内细胞的生物化学。此外， 希望的是能够观察和定量肿瘤相关基因或蛋白质的基因表达和蛋白质磯酸化，或更特别的 是肿瘤相关信号转导途径的细胞成分。
[0094] 癌症治疗可W基于肿瘤的分子分布而不仅仅是它们的组织学或疾病的位点。阐明 肿瘤组织中祀向治疗的生物学效果并将该些效果与临床应答相关联有助于鉴定肿瘤中起 作用的优势生长和存活途径，从而确定了可能的应答物的模式，并反之提供了用于设计策 略W克服抗性的理论。例如，生长因子受体的成功的诊断性祀向必须通过所述治疗不祀向 的其它受体来确定肿瘤生长或存活是否受到祀向的受体或受体家族的驱动，W及下游的信 号转导是否表明设及另一种致癌途径。此外，当暗示了超过一种信号转导途径时，那些信号 转导途径的成员可W用作诊断目标W确定双抑制物治疗是否将是或者是有效的。
[0095] 为了使化疗有效，药物应当破坏肿瘤细胞并且不伤害正常的体细胞，特别是可邻 近或接近肿瘤的那些正常细胞。特别地，通过使用影响主要在癌症细胞中而不在正常细胞 中发生的细胞活性的药物，可W实现该一点。
[0096] 本领域已知的自动化的（计算机辅助的）图