1.一种碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，包括：
注入工序，从以碳化硅为材料的半导体基板的表面将杂质进行离子注入；
形成工序，在所述半导体基板的离子注入了杂质的表面形成保护膜；和
活化工序，对被所述保护膜覆盖的状态的所述半导体基板进行热处理而使所述杂质活化，
在所述形成工序中，形成第一保护膜和第二保护膜的双层结构的所述保护膜，其中，
所述第一保护膜在所述半导体基板的表面上形成，并且供给因所述热处理导致所述半导体基板中不足的原子，
所述第二保护膜在所述第一保护膜的表面上形成，并且抑制在所述热处理时硅原子从所述半导体基板以及所述第一保护膜蒸发。
2.根据权利要求1所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，
所述第一保护膜为硅膜。
3.根据权利要求1或2所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，
所述第二保护膜为碳膜或者氮化碳膜。
4.根据权利要求1或2中任一项所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，
使用硅靶并利用氩气气氛下的溅射形成所述第一保护膜。
5.根据权利要求1或2中任一项所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，
所述第一保护膜的厚度为1nm以上且3nm以下。
6.根据权利要求1或2中任一项所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，
使用碳靶并通过氩气气氛或者包含氮气的氩气气氛下的溅射形成所述第二保护膜。
7.根据权利要求1或2中任一项所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，
所述第二保护膜的厚度为20nm以上。
8.根据权利要求1或2中任一项所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，还包括在所述活化工序之后除去所述第二保护膜的除去工序。
9.根据权利要求8所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，
设定所述第一保护膜的厚度，以使在所述除去工序后使用X射线光电子分光法而分析所述半导体基板的离子注入了杂质的表面的情况下，所述半导体基板的表面检测到的碳的峰值强度比碳化硅的峰值强度小。
10.根据权利要求9所述的碳化硅半导体装置的制造方法，其特征在于，
设定所述第一保护膜的厚度，以使在所述除去工序后使用X射线光电子分光法而以X射线入射角度45°分析所述半导体基板的离子注入了杂质的表面的情况下，出现在结合能285eV～286eV的sp2键的所述碳的峰值强度相对于出现在结合能283eV～284eV的所述碳化硅的峰值强度的比值为0.4以下。