专利名称：：与关节炎相关的b细胞基因表达的制作方法
技术领域：
：本发明涉及与关节炎相关的B细胞基因表达和使用其诊断和治疗的方法。关于序列表本申请案涉及2006年8月25日申请的美国临时专利申请案第60/840,380号，其包括两张光盘作为最初申请的标的物部分，标记为"拷贝1"和"拷贝2"，每一光盘含有序列表。每张光盘的机器格式为IBM-PC，且每张光盘的操作系统为MS-Windows。每张光盘包括单一文本文件，名为"WYE-068PR.ST25.txt"(583KB,2006年8月25日生成)。标记为"拷贝1"和"拷贝2"的光盘内容以引用的方式全文并入本文中用于所有目的。
背景技术：
：越来越多的证据显示B细胞通过分泌自体抗体和细胞激素(cytokines)和通过向T细胞呈递抗原而在维持自体免疫炎症中发挥重要作用。最近使用单克隆抗体的临床研究已显示B细胞去除(depletion)对于患有类风湿性关节炎(RA)、全身性红斑性狼疮症(SLE)和其它自体免疫疾病的患者为有效的治疗方法。类风湿性关节炎中的患病关节组织显示活化B细胞的浸润。
发明内容本发明涉及在诸如类风湿性关节炎的自体免疫疾病中B细胞中表达水平受调节的基因。因此，检测这些基因(在本文中称为"B细胞活化调节基因"或"BCARG")的表达水平可用于检测或监控自体免疫疾病。类似地，这些基因或基因产物可用作治疗自体免疫疾病的标耙。BCARG包括本文中所述在自体免疫疾病中差异表达于活化B细胞中的各基因，其包括例如表1中所列的各基因。一些基因在这些活化B细胞中较高度表达("上调"(upre-gulated)):所述基因包括例如PBEF/内脂素(visfatin)、AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、类STE-20激酶、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体(exosome)组份10、钙激活蛋白酶(calpain)3、类Src接头(adaptor)蛋白、类CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、5Ro52和锌指蛋白106的基因。其它基因是下调(downregulated)基因，其包括例如顶盖蛋白(c叩ine)III、宿主细胞因子调节因子I、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体l、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白(choroideremia)、泛素(ubiquitin)B和STK10的基因。因此，在一方面中，本发明提供一种用于评估与关节炎相关的B细胞活化的方法。所述方法包括检测B细胞的一种或多种基因的表达水平，且将所述表达水平与表示B细胞活化状态的参考表达水平进行比较。所述一种或多种基因较佳包括以下基因中的至少一者PBEF/内脂素、AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、顶盖蛋白III、STKIO、类STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、Ro52、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、宿主细胞因子C1调节因子1、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B或锌指蛋白106。由于在B细胞中检测到的基因表达为内源性基因表达，因此如果B细胞是源自人类，那么将检测到一种或多种人类基因的表达；如果B细胞是源自小鼠，那么将检测到一种或多种小鼠基因的表达，等。在一个实施例中，所述一种或多种基因包括以下人类基因中的至少一者AHCYLl(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、顶盖蛋白III、STKIO、类STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、Ro52、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、宿主细胞因子Cl调节因子1、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B或锌指蛋白106。类似地，本发明提供一种评估诸如人类的患者自体免疫反应征象的方法。所述方法包括检测所述患者的样本中B细胞的一种或多种基因的表达水平，且将所述表达水平与表示患者免疫反应的参考表达水平进行比较。所述免疫反应可为自体免疫反应，诸如类风湿性关节炎。样本可为流体样本，诸如血液、淋巴或滑膜组织，且可在检测步骤之前任选从所述样本纯化B细胞，诸如通过荧光活化细胞分选(sorting)。所述一种或多种基因较佳包括以下基因中的至少一者PBEF/内脂素、AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、顶盖蛋白III、STKIO、类STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶62、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、Ro52、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份IO、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、宿主细胞因子Cl调节因子1、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B或锌指蛋白106。由于在B细胞中检测到的基因表达为内源性基因表达，因此如果B细胞是源自人类，那么将检测到一种或多种人类基因的表达；如果B细胞是源自小鼠，那么将检测到一种或多种小鼠基因的表达，等。在一个实施例中，所述一种或多种基因包括以下人类基因中的至少一者AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、顶盖蛋白III、STKIO、类STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、Ro52、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、宿主细胞因子C1调节因子1、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B或锌指蛋白106。本发明也提供处理B细胞以例如减少、预防、阻碍或遏制B细胞活化的方法，所述方法是通过活化在活化B细胞中下调的基因或基因产物来进行诸如顶盖蛋白III、宿主细胞因子调节因子I、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B或STK10;或通过抑制在活化B细胞中上调的基因或基因产物来进行诸如AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、类STE-20激酶、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52或锌指蛋白106。所述方法可任选合并活化一种或多种下调的基因或基因产物和抑制一种或多种上调的基因或基因产物。所述方法可任选用于通过处理患者的B细胞来治疗所述患者的类风湿性关节炎。本发明也提供一种用于评估B细胞处理的方法。所述方法包括在施用处理之后检测B细胞的一种或多种基因的表达水平，且将所述表达水平与表示B细胞活化状态的参考表达水平进行比较，从而评估处理的功效。举例来说，参考表达水平可对应于施用处理前的表达水平。所述一种或多种基因较佳包括以下基因中的至少一者AHCYLl、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、顶盖蛋白III、STKIO、类STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、Ro52、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、宿主细胞因子C1调节因子1、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B和锌指蛋白106;如果患者为人类，那么所述基因为人类基因。本发明也提供抗体，诸如纯化抗体和单克隆抗体，其与以下在活化B细胞中(例如在自体免疫疾病中的活化人类B细胞中)过度表达的基因产物特异性结合诸如PBEF/内脂素、AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、类STE-20激酶、MAP激酶相互作用丝氮酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份IO、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和锌指蛋白106。本文中所用的词"抗体"包括具有可变域和恒定域的全长抗体、保留可变域或其能够与抗原特异性结合的一部分的抗体片段、单链抗体等。如果抗原易于接近，那么抗体的投药(例如投予细胞培养物或人类个体)可用于靶向活化B细胞(例如源自先前经诊断患有类风湿性关节炎的人类，其可通过使用所述抗体耙向活化B细胞来治疗)。本发明的其它特征、目标和优点可在以下具体实施方式中显而易见。然而应了解，虽然具体实施方式指示本发明的较佳实施例，但其仅为举例说明而非限制。所属领域的技术人员根据实施方式可清楚了解本发明的范畴内的多种改变和修改。图1描述在第0天胶原蛋白免疫后和第21天加强后小鼠关节炎症状的诱发情况。在第28、35、42、49、56、63和70天评估临床计分，且如下对四只爪的炎症计分0(无炎症)；1(一或两个肿胀足趾)；2(两个以上肿胀足趾或轻度至中度爪肿胀)；3(整个爪大范围肿胀)；4(肿胀消退，爪关节僵直)。所示计分为对于各动物的个别总计分。具有高临床计分的动物在第56天后处死。因此，在第63和70天观察到的计分表示继续参与实验的部分动物在那些天中疾病的持续进展情况，而非在第56天后疾病严重程度降低。具体实施例方式在疾病中差异表达的基因可用作疾病的标记物和治疗介入的标靶。使用类风湿性关节炎的小鼠标记物，可识别在B细胞中差异表达的基因。这些基因在本文中称为"B细胞活化调节基因"或"BCARG"。BCARG的识别为识别在类似于人类类风湿性关节炎的自体免疫反应过程中受调节的新颖B细胞标靶，对小鼠胶原蛋白诱发的关节炎(CIA)模型中B细胞的转录概况的临时变化进行评估。鼠科胶原蛋白诱发的关节炎(CIA)模型为一种具有RA的所有特点的慢性发炎性疾病，所述特点例如多发性关节炎、滑膜炎和继发性软骨/骨侵蚀。通过使用在完全弗氏(Freund's)佐剂(CFA)中乳化的异源II型胶原蛋白进行免疫(第0天)和使用在不完全弗氏佐剂(IFA)中乳化的胶原蛋白II加强(boost)(第21天)而在易感品系的小鼠(例如DBA1/J)中诱发CIA。CIA的发展被认为取决于T细胞，疾病的易感性是与MHC区相关联。在T细胞活化后，激发涉及T细胞、B细胞、巨噬细胞/单核细胞、和活化滑膜细胞的发炎级联(cascade)。在免疫和加强后的多个时间点由从引流(draining)淋巴结纯化的B细胞中提取用于基因芯片杂交的RNA。将仅注射CFA(或IFA用于加强)的动物作为对照组，因为它们显示相似的总体免疫反应，但关节中决不发生关节炎症状。如实例1中所述识别BCARG。在发生抗胶原蛋白免疫反应的小鼠的B细胞中识别460种以上的基因具有差异表达。当然，这些基因可单独地或共同地用于评估小鼠B细胞的活化状态且为治疗介入的标耙。由于CIA为广泛公认的人类类风湿性关节炎的动物模型，因此也可如此使用相应的人类基因。数种这些人类基因概括于下表中且在下文中论述。表1表l:B细胞活化调节基因<table>tableseeoriginaldocumentpage9</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage10</column></row><table>AHCYL1;类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1人类类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1(AHCYL1)基因也称为腺苷高半胱氨酸酶2(S-腺苷-L-高半胱氨酸水解酶2)(AdoHcyase2)且已定位于人类染色体1上的lpl3.2。其蛋白质和核酸序列为人熟知。代表性蛋白质和核酸序列分别以SEQIDNO:l和SEQIDNO:2显示于序列表中。德克(Dekker)等人(2002)免疫遗传学(Immunogenetics)53(12):993-1001测定AHCYL1mRNA在血液和皮肤树突状细胞(DCs)活化期间显著增加，但在末端分化的扁桃体DCs中减少。PKCS人类nPKCS基因已定位于染色体3上的3p21.31。对应于所述人类基因的蛋白质和核酸序列为人熟知，代表性核酸和蛋白质序列分别以SEQIDNO:3和SEQIDNO:4提供。nPKCS与B细胞信号传递和多种细胞类型的生长、凋亡和分化的调节有关。nPKCS在正常小鼠的淋巴器官、大脑和肠的B淋巴细胞和T淋巴细胞中最为丰富。nPKCS使转录因子CREB在Ser-133磷酸化，促进其活化。通过产生在Prkcd基因中具有破坏的小鼠，宫本(Miyamoto)等人(2002)自然(Nature)416(6883):865-9观察到所述小鼠可存活至l年，但易患自体免疫疾病，伴有含有大量生长中心(germinalcenters)的增大淋巴结和脾脏。使用小鼠模型，梅克伦布劳克(Mecklenbrauker)等人(2004)自然(Nature)431:456-461报告一种以丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶C-S调节周边B细胞存活的机制静止B细胞的自发性死亡是通过Pkcd的核定位调节，其造成组蛋白H2B在丝氨酸-14磷酸化。GNG12;鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，Yl2G蛋白"2已定位于人类染色体1上的lp31.3。其蛋白质和核酸序列为人熟知，SEQIDNO:5和SEQIDNO:6提供代表性核酸和蛋白质序列。已报导所述蛋白质为活化PKC的磷酸化标靶(森下(Morishita)等人(1995)生物化学期刊(J.Biol.Chem.270(49):29469-29475)。PDE7A;磷酸二酯酶7A人类PDE7A基因已定位于染色体8上的8ql3。所述人类基因的蛋白质和核酸序列是已知的，SEQIDNO:7和SEQIDNO:8提供代表性序列。PDE7A表达于人类前发炎(pro-inflammatory)细胞和免疫细胞中，具有调节人类T细胞功能(包括细胞激素产生、增殖、和活化标记物的表达)的潜力。类STE-20激酶(SLK)已提出Ste20组激酶为MAP激酶级联的调节因子。SLK已定位于人类染色体10上的10q25.1。SLK的核酸和蛋白质序列是己知的，SEQIDNO:9和SEQIDNO:10提供示范性序列。MAP4K5人类MAP4K5基因已定位于染色体1上的14qll.2-q21，为高度类似于酵母SPSl/STE20激酶的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族的成员。MAP4K5已展示活化哺乳动物细胞中的Jun激酶，表明其在应力反应中的作用。对于这个基因已描述两种编码相同蛋白质的选择性剪接转录变异体。SEQIDNO:ll和SEQIDNO:13展示示范性核酸序列，SEQIDNO:12和SEQIDNO:14展示两蛋白质翻译。MAP4K5具有激酶活性，活化JNK但不活化ERKl。MKNK2;MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2;G蛋白偶合受体激酶7MKNK2基因已定位于人类染色体19上的19pl3.3。已报导此基因具有编码C端不同的蛋白质的选择性剪接转录变异体，已报导所述蛋白质的两种形式可磷酸化真核细胞起始因子elF4E(谢佩尔(Scheper)等人(2003)分子和细胞生物学(Mol.Cell.Biol.)23(16):5692-705)。SEQIDNO:15和SEQIDNO:17展示示范性核酸序列，SEQIDNO:16和SEQIDNO:18分别展示相应蛋白质序列。FAM60A;具有序列相似性的智人家族60，成员AFAM60A已定位于人类染色体12上的12pll。人类FAM60A的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:19和SEQIDNO:20提供代表性序列。TCTE1L;DYNLT3;动力蛋白(Dynein)轻链Tctex-第3型11TCTE1L已定位于人类X染色体上的Xp21。人类TCTE1L的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:21和SEQIDNO:22提供代表性序列。PIK3R4;磷酸肌醇-3-激酶，调节亚单位4，p150PIK3R4在活体内与磷酸肌醇-3-激酶缔合，在活体外可增强其活性(帕拉利托(Panaretou)等人(1997)生物化学期刊(J.Biol.Chem.)272(4):2477-85)。PIK3R4已定位于人类染色体3上的3q22.1。人类PIK3R4的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:23和SEQIDNO:24提供代表性序列。STUB1/CHIP;STIP1同源且含U盒(box)的蛋白质lCHIP已定位于人类染色体16上的16p33。人类CHIP的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:25和SEQIDNO:26提供代表性序列。使用以重组蛋白进行的活体外泛素化分析，蒋(Jiang)等人(2001)生物化学期刊(J.Biol.Chem.)276(46):42938-42944证明CHIP具有固有E3泛素连接酶活性且促进泛素化。这种活性视C端U盒(一个与酵母UFD2具有类似性的结构域)而定。CHIP与应力反应性泛素共轭酶家族UBCH5在功能上和物理上相互作用。CHIP的泛素连接酶活性的一个主要标靶为HSC70自身。CHIP泛素化HSC70,主要具有短的非典型多泛素链，但对于这种蛋白质的稳态水平或半衰期无显著影响。作者推断CHIP为真正的泛素连接酶，且提出含U盒的蛋白质可能构成新颖的E3s家族。SSAl/TRIM21/Ro52Ro/SSA为一种核糖核蛋白，在35%至50%患有全身性红斑性狼疮症(SLE)的患者和多达97%的患有干燥综合症(Sjogrensyndrome)的患者体内与自体抗体结合。由这种基因所编码的蛋白质为三联(tripartite)基元(motif)(TRIM)家族的成员。TRIM基元包括3个锌结合域，RING、第1型B盒与第2型B盒、和巻曲螺旋区。这种蛋白质为RoSSA核糖核蛋白的一部分，所述核糖核蛋白包括单一多肽和四种小RNA分子之一。RoSSA颗粒定位于细胞质和细胞核。RoSSA与患有干燥综合症和全身性红斑性狼疮症的患者体内的自体抗原相互作用。TRIM21基因已定位于人类染色体11上的11P15.5。已描述这种基因的两种选择性剪接转录变异体。分别以SEQIDNO:27和SEQIDNO:28提供代表性核酸和蛋白质序列。SMC5:智人染色体结构维持蛋白5人类SMC5与人类SMC6相互作用(泰勒(Taylor)等人(2001)分子和细胞生物学(Mol.Cell.Biol.)12(6):1583-1594)且与人类MMS21相互作用(波兹(Potts)等人(2005)分子和细胞生物学(Mol.Cell.Biol,)25(16):7021-7032)且可能会参与DNA修复。SMC5已定位于人类染色体9上的9q21.ll。人类SMC5的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:29和SEQIDNO:30提供代表性序列。WDR12;WD重复域12这种基因编码WD重复蛋白家族的一成员，且已报导在活体内与Pesl和Bopl缔合，为核糖体RNA处理所需(霍尔泽(H61zel)等人(2005)细胞生物学期刊(J.Cell.Biol.)170(3):367-378)。所述基因已定位于人类染色体2上的2q33.1。人类WDR12的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:31和SEQIDNO:32提供代表性序列。EXOSC10;外来体(exosome)组份10外来体是一种在多种细胞处理(均与RNA的处理或降解有关)中发挥作用的3'-〉5'核糖核酸外切酶的复合体。人类EXOSC10基因已定位于染色体l上的lp36.22。EXOSC10的蛋白质和核酸序列是已知的。SEQIDNO:33和SEQIDNO:35提供代表性核酸序列，SEQIDNO:34和SEQIDNO:36分别提供相应的氨基酸翻译。CAPN3;鈣激活蛋白酶(Calpain)3钙激活蛋白酶3为优先表达于B淋巴细胞和T细胞中但在自然杀手细胞中低表达且在多形核细胞中几乎检测不到的细胞内蛋白酶。所述基因的突变与2A型肢带(limb-girdle)肌营养不良相关。所述基因经选择性剪接形成数种已知的转录变异体和相关蛋白质同功异型物(isoforms)。示范性核酸以SEQIDNO:37、SEQIDNO:39、SEQIDNO:4KSEQIDNO:43、SEQIDNO:45、SEQIDNO:47、SEQIDNO:49、SEQIDNO:51和SEQIDNO:53展示，相应的多肽序列分别以SEQIDNO:38、SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:48、SEQIDNO:50、SEQIDNO:52和SEQIDNO:54展示。SLA;类Src接头蛋白(adaptor);SLAP类Src接头蛋白(SLAP)在选择TCR基因谱时于胸腺细胞发育的特定阶段期间下调T细胞受体(TCR)-CD3复合体的表达。重组SLAP已展示与活化的Eck受体酪氨酸激酶结合。所述人类基因已定位于人类染色体8上的8q22.3-qterl8q24。人类WDR12的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:55和SEQIDNO:56提供代表性序列。类CDC激酶1(CLK1)CLK1已定位于人类染色体2上的2q33。人类CLK1基因经选择性剪接，包括或省略外显子(exon)4。所述基因的蛋白质和核酸序列是已知的。SEQIDNO:57和SEQIDNO:59提供代表性核酸序列，SEQIDNO:58和SEQIDNO:60分别提供其翻译产物。HCFC1R1;宿主细胞因子CI调节因子1(XPOl依赖性)13已报导HCFC1R1与HCF-1(—种细胞转录因子LZIP和GABP的共活化剂)结合，且可通过调整HCF-1的亚细胞定位来调节HCF-1(马哈詹(Mahajan)等人(2002)生物化学期刊(J.Biol.Chem.)277(46):44292-44299)。所述基因己定位于人类染色体16上的16pl3.3。人类HCFC1R1的蛋白质和核酸序列是已知的。SEQIDNO:61、SEQIDNO:63和SEQIDNO:65提供代表性核酸序列，SEQIDNO:62、SEQIDNO:64和SEQIDNO:66分别提供其翻译产物。RAB3DRab3D为已知的囊泡运输调节因子。所述基因已定位于人类染色体19的19pl3.2。人类RAB3D的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:67和SEQIDNO:68提供代表性序列。BLOCISI;溶酶体相关细胞器生物发生复合体1，亚单位1BLOCISI为BLOC-1(溶酶体相关细胞器生物发生复合体1)复合体("一种核内体(endosomal)-溶酶体系统的专门细胞器(诸如黑素体和血小板致密颗粒)正常生物发生所需的广布表达的多亚单位蛋白复合体")的亚单位(史达斯域(Starcevic)等人(2004)生物化学期刊(J.Biol.Chem.)279(27):28393-401)。所述基因已定位于人类染色体12的12ql3-q14。人类BLOCISI的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:69和SEQIDNO:70提供代表性序列。顶盖蛋白(C叩ine)III;CPNE3;钙依赖性磷脂结合蛋白CPNE3尽管缺少典型激酶结构域，但仍显示出具有内源性激酶活性(考戴尔(Caudell)等人(2000)生物化学(Biochem.)39(42):13034-43)。所述基因己定位于人类染色体8的8q21.3。人类CPNE3的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:71和SEQIDNO:72提供代表性序列。TMEM4;跨膜蛋白4MSAP/TMEM4为一种MIR相互作用蛋白质，其增强神经突外生长且提高肌球蛋白调节轻链含量(伯恩豪斯(Bornhauser)等人(2003)生物化学期刊(J,Biol.Chem.)278(37):35412-35420)。TMEM4基因已定位于人类染色体12的12ql5。人类TMEM4的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:73和SEQIDNO:74提供代表性序列。STK10STKlO为类polo激酶激酶家族的成员且高度表达于造血组织中(沃尔特(Walter)等人(2003)生物化学期刊(J.Biol.Chem.)278(20):18221-8)。所述基因已定位于人类染色体5的5q35.1。人类STK10的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:75和SEQIDNO:76提供代表性序列。酸性磷酸酶5;ACP5;抗酒石酸盐酸性磷酸酶(TRACP)ACP5为一种含铁糖蛋白，其催化正磷酸单酯转化为醇和正磷酸酯。ACP5为最基本的酸性磷酸酶且是唯一不受L-酒石酸盐抑制的形式。已在类风湿性关节炎中检测到血清抗酒石酸盐酸性磷酸酶同功异型物，其可能是由炎性巨噬细胞或树突状细胞分泌(Janckila等人(2002)临床化学学报国际临床化学期刊(CIin.Chem.Acta)320(1-2):49-58)。活化巨噬细胞和破骨细胞表达大量抗酒石酸盐酸性磷酸酶。由ACP5生成的反应性氧物质可能会参与活化巨噬细胞中抗原呈递期间外来化合物的降解。所述基因已定位于人类染色体19上的19pl3.3-pl3.2。人类ACP5的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:77和SEQIDNO:78提供代表性序列。CHM;脉络膜缺损蛋白(choroideremia)(Rab护送蛋白l)脉络膜缺损基因编码一种与膜运输相关的蛋白质，Rab护送蛋白1(REP1)。所述基因己定位于人类X染色体上的Xq21.2。所述人类基因的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:79和SEQIDNO:80提供代表性序列。PBEF前B细胞群落增强因子(PBEF)为早期B细胞的生长因子，且也称为内脂素(visfatin)和烟碱酰胺磷酸核糖基转移酶(Nampt)。所述基因已定位于7q22.2且其蛋白质和核酸序列为人熟知。代表性核酸和蛋白质序列分别以SEQIDNO:81和SEQIDNO:82展示于序列表中。PBEF在嗜中性白血球中经IL-lp上调，且为回应多种炎症刺激的细胞凋亡的新颖抑制剂。PBEF也为一种脂肪细胞激素(adipocytokine),其高度富含于人类和小鼠内脏脂肪中，在肥胖发展期间在血浆中的表达水平升高。UBB;泛素(ubiquitin)B泛素B基因编码泛素，其与待降解的蛋白质共价结合。所述基因已定位于人类染色体17上的17pl2-pll.2。所述人类基因的蛋白质和核酸序列是已知的。SEQIDNO:83提供代表性核酸序列。翻译产物为聚泛素(polyubiquitin)前体，具有一个额外缬氨酸作为最终氨基酸，SEQIDNO:84提供聚泛素前体的代表性氨基酸序列。ZFP106:锌指蛋白106;SH3BP3;SIRM(胰岛素受体突变体的子代)ZFP106基因编码一种锌指蛋白，其与核仁共定位(格拉斯伯格(Gmsberger)等人(2005)国际生物化学和细胞生物学期刊(Int.J.Biochem.CellBiol.)37(7):1421-37)。所述基因已定位于人类染色体15上的15ql5.1。所述人类基因的蛋白质和核酸序列是已知的，分别以SEQIDNO:85和SEQIDNO:86提供代表性序列。评估和治疗本发明的BCARG可用于评估与关节炎相关的B细胞活化和用于关节炎或其它自体免疫疾病的预测、诊断或预后。举例来说，所述基因可用于识别可能会发生类风湿性关节炎的患者。所述基因也可用于评估对于所关注患者的自体免疫疾病治疗的进展或有效性。可将BCARG在所关注个体的B细胞样本中的表达水平与相同基因的参考表达水平进行比较来预测、诊断或评估所关注个体的类风湿性关节炎的进展或治疗。可使用与所关注个体的样本相同类型的B细胞样本(例如源自相同来源组织，诸如血液、淋巴、脾脏或滑膜组织)来准备参考表达水平。可使用相同制备程序或方法测定两种表达水平。可预先测定或预先记录参考表达水平。也可在测定所关注个体的BCARG表达水平的同时或之后准备。本发明中所采用的参考表达水平通常包括表明所述基因在无疾病人类或已知患有或发生类风湿性关节炎的患者的B细胞样本中的表达型式的值或范围，或由所述值或范围组成。在一个实施例中，参考表达水平包含所述基因在无疾病人类的B细胞样本中的平均表达水平。在另一个实例中，参考表达水平包含所述基因在已知患有或发生类风湿性关节炎的患者的B细胞样本中的平均表达水平。可使用任何平均法，包括(但不限于)算术平均值、调和平均值、绝对值的平均值、对数转换值的平均值、和加权(weighted)平均值。在本发明中也可使用其它类型的参考表达水平。举例来说，数限(numericalthreshold)可用作参考。所关注患者的表达水平和参考表达水平可以任何形式建构。表达水平可为绝对量、标准化量或相对量。合适的标准化程序包括(但不限于)核酸阵列(army)基因表达分析中所用的程序，或希尔(Hill等人)，(2001)基因生物学(GenomeBiol.)，2:研究0055.1-0055.13中描述的程序。在一个实例中，将表达水平标准化，使得平均值为0且标准偏差为1。在另一个实例中，如所属领域的技术人员所了解，根据内对照或外对照将表达水平标准化。在另一个实例中，针对B细胞中具有已知丰度的一种或多种对照转录物，将表达水平标准化。B细胞可从个体的任何合适来源分离。来源可为流体样本，诸如血液或淋巴样本。例如，可从个体分离血液，诸如周边血液，接着可使用细胞制备管(CPT)分离周边血液单核细胞(PBMC)。可通过使PBMC经过选择性结合非B细胞的抗体管柱而使B细胞高度富集。16BCARG在所关注个体中的表达水平可通过测量个体的B细胞样本中各基因的RNA转录水平来测定。适用于这个目的的方法包括(但不限于)定量RT-PCR、竞争性RT-PCR、实时(realtime)RT-PCR、差异显示RT-PCR、北方墨点法、原位杂交、狭缝墨点法、核酸酶保护分析、和核酸阵列(包括微珠阵列)。BCARG的RNA转录水平的检测可合并使用一种与RNA或与相应cDNA互补的探针。可与所关注的转录物杂交的探针可经标记或不标记。经标记的探针可通过光谱方法、光化学方法、生物化学方法、生物电子方法、免疫化学方法、电学方法、光学方法、化学方法或其它合适方法来检测。探针的示范性标记部分包括放射性同位素、化学发光化合物、经标记的结合蛋白、重金属原子、光谱标记物(诸如荧光标记物和染料)、磁性标记、连接酶、质谱标签、自旋标记、电子转移供体和接受体等。在一个实施例中，使探针稳定附着于一个或多个底物支撑物上。可在底物支撑物上直接进行核酸杂交或免疫分析。适用于这个目的的底物支撑物包括(但不限于)玻璃、二氧化硅、陶瓷、尼龙、石英晶片(wafers)、凝胶、金属、纸、微珠、管、纤维、薄膜、膜、管柱基质或微量滴定盘孔。基于杂交的方法(诸如北方墨点法)可包括在严格或高度严格条件下杂交和洗涤。如本文中所用，"严格条件"是至少如表2中的条件G至L般严格。"高度严格条件"是至少如表2中的条件A至F般严格。对于各条件，可在相应杂交条件("杂交温度和缓冲液")下进行杂交约4小时，随后在相应洗涤条件("洗涤温度和缓冲液")下进行两次20分钟的洗涤。表2严格条件严格条件聚核苷酸杂交体杂交体长度(bp)1杂交温度和缓冲液H洗涤温度和缓冲液HADNA:DNA>5065。C;lxSSC或42。C;lxSSC，50%甲酰胺65°C;0.3xSSCBDNA:DNA<50TB*;lxSSCTB*;lxSSCCDNA:RNA>5067。C;lxSSC或45。C;lxSSC，50%甲酰胺67°C;0.3xSSCDDNA:RNA<50TD*;lxSSCTD*;lxSSCERNA:RNA>5070°C;lxSSC或50。C;lxSSC，50%甲酰胺7(TC;0.3xSSCFRNA:RNA<50TF*;lxSSCTF*;lxSSCGDNA:DNA>5065°C;4xSSC或42。C;4xSSC，50%甲酰胺65°C;lxSSC17<table>tableseeoriginaldocumentpage18</column></row><table>1:杂交体长度为杂交的聚核苷酸的杂交区域的预期长度。当聚核苷酸与未知序列的靶聚核苷酸杂交时，杂交体长度假定为杂交的聚核苷酸的长度。当已知序列的聚核苷酸杂交时，可通过比对聚核苷酸的序列和识别具有最佳序列互补性的区域来判定杂交体长度。H:在杂交和洗涤缓冲液中可用SSPE(lxSSPE为0.15MNaCl、10mMNaH2P04禾口1.25mMEDTA，pH7.4)替代SSC(lxSSC为0.15MNaCl和15mM柠檬酸钠)。T^至T^:预期长度小于50个碱基对的杂交体的杂交温度应小于杂交体的熔融温度(Tm)5至l(TC，其中Tm是根据以下方程确定。对于长度小于18个碱基对的杂交体，Tm(°C)=2(A+T碱基弁)+4(G+C碱基并)。对于长度为18与49个碱基对之间的杂交体，Tm(°C)=81.5+16.6(log10Na+)+0.41(%G+C)-(600/N),其中N为杂交体中的碱基数，Na+为杂交缓冲液中的钠离子莫耳浓度(lxSSC的Na+=0.165M)。疾病基因的表达概况也可通过测量所关注个体的B细胞样本中各基因的蛋白质产物含量来测定。适用于这个目的的方法包括(但不限于)免疫分析(例如，ELISA(酶连免疫吸附分析)、RIA(放射性免疫分析))、FACS(荧光活化细胞分选器)、西方墨点法、点渍墨法、免疫组织化学、基于抗体的放射成像、蛋白质阵列、高通量蛋白质测序、二维SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳和质谱。另外，由疾病基因编码的蛋白质产物的生物活性(例如酶活性或蛋白质/DNA结合活性)也可用于测量所述基因在所关注B细胞样本中的表达水平。所关注个体的表达水平与参考表达水平之间的差异或类似性可通过评估例如标准化后的倍数变化、绝对差或相对差来测定。在一个实例中，如果BCARG在所关注个体体内的表达水平与相应参考表达水平之间的差小于参考表达水平的50%、40%、30%、20%或10%，那么认为两种表达水平相似。在另一个实例中，如果BCARG在所关注个体体内的表达水平在相应参考表达水平的标准偏差(或倍数或分数)之内，那么认为两种表达水平相似。在评估患者的多种BCARG表达水平的情况下，可产生BCARG在患者的B细胞中的表达概况，且将其与参考表达概况进行比较。可对所关注个体的表达概况与参考表达概况之间的总体相似性的标准进行选择以使得预测、诊断或评估的准确度(正确预测与正确和不正确预测总和的比)相对较高。举例来说，可对相似性标准进行选择以使得预测、诊断或评估的准确度为至少50%、60%、70%、80%、90%或更高。在一个实例中，如果所关注个体的表达概况中至少50%、60%、70%、80%、90%或更多的组份被视为与参考表达概况中的相应组份相似，那么作出总体相似性预测。表达概况中的不同组份在比较中可具有相同或不同的加权数(weights)。基于基因表达的方法也可与其它临床测试组合以改良预测、诊断或评估的准确度。加权表决算法能够对所关注个体分配类别成员。参看格拉伯(Golub)等人，(1999)科学(Science)286:531-537;斯洛尼姆(Slonim)等人，(2000)日本东京第四届国际计算分子生物学年会学报(Procs.oftheFourthAnnualInternationalConferenceonComputationalMolecularBiology,Tokyo,Japan),4月8-11日，第263-272页。适用于这个目的的软件程序包括(但不限于)基因簇(GeneCluster)2软件(马萨诸塞州剑桥布劳德研究院(BroadInstitute,Cambridge,MA))。在一种形式的加权表决分析中，将所关注个体分为两类中的一类(亦即O类和l类)，每一类表示不同的状态(例如类风湿性关节炎或无疾病)。举例来说，O类可包括无疾病人类，1类包括类风湿性关节炎患者。可从表1中选择一组BCARG形成分类器(classifier)(亦即类别预测器)。分类器中的各基因对两类中的一类(0类或1类)进行加权表决。基因"g"的表决可定义为vg=ag(xg-bg)，其中ag=P(g，c)且反映基因"g"的表达水平与0类和l类之间类别差异之间的相互关系。bg=[x0(g)+xl(g)]/2，其为在0类和1类中基因"g"表达水平的平均对数的平均值。Xg表示基因"g"在所关注样本中表达水平的标准化对数。正vg表示对0类的表决，而负vg表示对1类的表决。VO表示所有正表决的和，而VI表示所有负表决的和的绝对值。预测强度PS定义为PS=(V0-V1)/(V0+V1)。在本发明中可采用任何数目的BCARG。在一个实施例中，使用至少l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多种选自表1的基因用于对所关注个体的免疫反应治疗的有效性进行预测、诊断或评估。本发明中所采用的疾病基因可经选择以包括与无疾病人类相比在类风湿性关节炎患者中上调的基因，以及与无疾病人类相比在类风湿性关节炎患者中下调的基因。本发明的BCARG也可用于识别或测试用于调整B细胞介导的免疫反应的药物。候19选药物使BCARG表达水平返回更接近类似于无疾病人类体内的表达水平的状态的能力表明候选药物在自体免疫疾病中的有效性。用于筛选或评估候选药物的方法在此项技术中是熟知的。这些方法可在动物模型中或在人类临床试验期间进行。本发明也涵盖编码BCARG的表达载体，其中一些BCARG在自体免疫疾病患者的B细胞中表达不足。通过将表达载体引入有需要的患者体内，可修正这些基因的异常表达。适用于这个目的的表达载体和基因输送技术在此项技术中是熟知的。另外，本发明也涵盖BCARG的反义序列或编码所述序列的表达载体，其中一些BCARG在自体免疫疾病患者的B细胞中过度表达。通过引入反义序列或编码所述序列的表达载体，可修正这些疾病基因的异常表达。也可通过RNA干扰("RNAi")抑制BCARG的表达。RNAi是一种用于转录后基因沉默(silencing)("PTGS")的技术，其中特异性消除靶基因活性。在一个实施例中，将至少约21个核苷酸的dsRNA引入细胞中以使靶基因的表达沉默。另外，本发明也涉及可特异性识别由BCARG编码的多肽的抗体。可将这些抗体投予有需要的患者。在一个实施例中，本发明的抗体可大体上降低或抑制疾病基因的活性。举例来说，所述抗体可降低BCARG的活性至少约20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。适用于本发明的抗体包括(但不限于)多株抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、人化抗体、单链抗体、Fab片段、或由Fab表达库产生的片段。在许多实施例中，本发明的抗体可以至少106M"、107M"、108M"、109M"或更高的结合亲和常数&与各别BCARG产物或其它所要抗原结合。可制备包含本发明的抗体或聚核苷酸的医药组合物。可将医药组合物调配成与其所需投药途径相容。投药途径的实例包括(但不限于)非经肠、静脉内、皮内、皮下、经口、吸入、经皮、局部、经粘膜和直肠投药。用于制备所需医药组合物的方法在此项技术中是熟知的。应了解上述实施例和以下实例是以举例说明而非限制的方式提供。所属领域的技术人员根据本说明书可清楚了解本发明的范畴内的多种改变和修改。实例1在免疫和加强后的多个时间点由从引流(draining)淋巴结纯化的B细胞中提取用于基因芯片杂交的RNA。将仅注射完全弗氏佐剂(CFA)(且在加强时使用不完全弗氏佐剂(IFA))的动物用作对照组，因为它们展示相似的总体免疫反应，但其关节中不发生关节炎症状。关节炎诱发DBA/lLacJ雄性小鼠在尾基部经皮内仅使用CFA(对照组)或使用在CFA中乳化的100pg牛II型胶原蛋白(接受关节炎诱发的组)免疫。接着小鼠在第21天使用IFA(对照组)或使用在IFA中的100ng牛II型胶原蛋白(接受关节炎诱发的组)加强。在免疫(第O天)后第28、35、42、49、56、63和70天评估临床计分，且如下对四只爪的炎症计分0:无炎症1:一个或两个肿胀足趾2:两个以上肿胀足趾或轻度至中度肿胀3:整个爪大范围肿胀4:肿胀消退，爪僵直。图1展示另一群动物的疾病进展情况，其与用于转录概况实验的动物并行进行实验。RNA分离、定量和杂交通过使用CD19抗体进行FACS分选，从淋巴结样本中分离B细胞。使用标准凯杰(Qiagen)RNeasy小型试剂盒程序，将B细胞中的总RNA纯化至极高纯度(88.5%至99.5%的范围)。通过UV-Vis吸收光谱定量RNA，总RNA量通常约为1(ig(在500ng至3.5)ag的范围内)。由于总RNA量低，因此采用两轮线性扩增方法。在RNA分离步骤后，先将样本随机分组以避免可能向样本引入随后影响分析的处理偏差。然后按照昂飞(Affymetrix)双循环耙标记试剂盒所提供的方案来制备生物素标记的cRNA。使用标准方案进行Affymetrix芯片MOE4302.0的芯片杂交。尽管所有样本的标靶生成需要两轮扩增，但必须自进一步分析中排除极少的系统离群值(outliers)。一组样本的复样本之间的皮尔逊相关系数(Pearsoncorrelation)高(r-皮尔逊>96%且通常>98%)，表示在给定时间/处理点上稳固和可重现B细胞反应。无监督(双向)聚类归类主要彼此靠近的复样本，且将总样本分为3个主要分支，可将其描述为未处理(nai've)(所有未处理样本加上免疫后30和35天的样本)反应前(所有2天CFA或CFA+CI1)和早期反应(6、8和20天样本)加强后(加强后的大部分样本，非常后期(30至35天)的样本除外)。随后的转录概况(profiling)分析集中于第21天加强前后的时间点，因为这个处理在经CFA+CII处理的动物淋巴结来源B细胞中提供强健反应强于仅注射CFA的动物的反应。通过在第22天(加强后l天)搜寻经CFA+CII处理动物的B细胞差异表达并扣除在任一下列条件下也有差异的基因来建立差异基因清单经CFA处理动物在第22天的B细胞与第2天未处理动物的B细胞之间差异表达的基因(使所述差异基因清单集中于胶原蛋白反应特异性基因)经CFA或CFA+CII处理动物在第20天的B细胞与第2天未处理动物的B细胞之间差异表达的基因(以避免在早期反应中诱发但未必为加强后B细胞活化所需的基因，B细胞活化是在这个模型中产生类RA症状所必需)。这个分析揭示470种在CFA+CII加强后在B细胞中差异表达且符合所有其它标准的基因。表3中展示这些基因。除基因名称外，表3包括加强后B细胞与未处理B细胞相比较基因表达的倍数变化，其中正数表示与未处理B细胞相比表达增加，而负数表示表达减少；t检验p值表示表达水平差异的显著性；未处理样本中的平均表达水平；和加强后样本中的平均表达水平。表3胶原蛋白加强后在B细胞中差异表达的基因基因名称倍数变化带符号的量值(第2天未处理对第22天CFA+胶原蛋白)t试验p值(第2天未处理对第22天CFA+胶原蛋白)平均值(第2天未处理)平均值(第22天CFA+胶原蛋白)(神经节苷脂诱导分化相关性蛋白IO，前B细胞群落增强因子l)1.774.24E-08170.76302,57RIKENcDNA2600011C06基因2.764.66E-0825.0669.11MAF1同系物(酵母)-1.391.16E-06984.12707.41全六聚体(per-hexamer)重复基因41.81.18E-06114.73206.59聚合酶(RNA)II(DNA引导的)多肽L-1.71.54E-06283.34166.75(RIKENcDNA231002801l基因，类似于类真菌后生动物起源的蛋白质(11.1kD)(2C514))-1.641.94E-06929.06567.87(真核细胞翻译起始因子4A2，表达序列AA408556)2.562.11E-0622.3357.23(RIKENcDNA5330401F18基因，自然杀手肿瘤识别序列)1.472.19E-06234.47345.69(核糖体蛋白L7，类似于60S核糖体蛋白L7)-1.332.61E-062699.192032.57RIKENcDNA201(X)03O02基因-2.193.82E-06116.6253,16微管蛋白，(35-1.414.66E-06762.95539.88(ESTAI225873，转运蛋白3)2.115.05E-0633.7171.21(RIKENcDNA4930511P09基因，RIKENcDNA9130427A09基因)1.375.74E-06282.85387.0622<table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table>核糖体蛋白S28-1.394.34E-053934.92837.58N-乙基顺丁烯二酰亚胺敏感性融合蛋白连接蛋白Y1.334.37E-05303.78405,37RIKENcDNA2310001H13基因1,434.41E-05104.46149.66锌指蛋白361.314.53E-05387.61507.51类异质细胞核核糖核蛋白D1.364.93E-05711.51964.59NADH脱氢酶(泛醌)黄素蛋白2-1,515.2犯-05436.12289.77白细胞介素7受体1,895.30E-0528.4653.84核糖体蛋白S15-1.415.31E-051547.711098.44(组蛋白3，H2a，组蛋白3，H2bb)-1.435.37E-05224.71157.18(DNA片段，ChrlO，百翰和女性遗传学(Brigham&Women'sGenetics)1070表达，RIKENcDNA5730421K10基因，类似于异质细胞核核糖核蛋白H3同功异型物a，类似于异质细胞核核糖核蛋白H3，同功异型物a)1.535.43E-05258.1395,49(核糖体蛋白Sll，类似于40S核糖体蛋白Sll)-1.386.2犯-053091.632233.2转录调节因子，SIN3B(酵母)-1.46J7E-05905.22644.55(RIKENcDNA2310033F14基因，前B细胞白血病转录因子相互作用蛋白l)1.426.44E-05453.38643.63RIKENcDNA5430405G24基因-1.396.48E-0584.360.78粒线体核糖体蛋白Sll1.496.50E-0534.3151.15NADH脱氢酶(泛醌)Fe-S蛋白8-1.516.73E-05545.4360.76肌营养素-1.477.52E-05624.31423.48(类似于血影蛋白(Spectrin)ot链，脑(血影蛋白，非红血球系(non-erythroid)a链)(a-II血影蛋白)(胞衬蛋白(Fodrin)a链)，血影蛋白a2)-1,337.84E-05749.48562.39PRP4前mRNA处理因子4同系物B(酵母)1.558.44E-05159.16246.28STIP1同源且含U盒的蛋白质11.328.74E-05411.61542.5H2A组蛋白家族，成员Z-1.418.78E-05838.92593.14(组织相容性2，II类，基因座DMa，组织相容性2,II类，基因座Mbl)-1.328.85E-051154.56873.62空泡蛋白分选蛋白54(酵母)1.318.87E-05304.91400.69小细胞核核糖核蛋白D1-1.399.08E-05105,1775.52(SET易位，类似于蛋白磷酸酶2A抑制因子-2I-2PP2A)-1.539.27E-05441.19288.05CDK2(细胞周期素依赖性激酶2)相关蛋白1-1.69.72E-05951.61596.38(RIKENcDNA5830412H02基因，与SWI/SNF相关，基质结合，染色质的肌动蛋白依赖性调节因子，亚族e，成员l)-1.319,95E-05108.782.86(色素框(chromobox)同系物3(果蝇HP^)，沉默)-1,321.02E-04248.32187.94腺嘌呤磷酸核糖基转移酶-1.451.03E-04459.58316.5224<table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table>cDNA1500011L16基因)后期促进复合体亚单位5-1.331.98E-042026.041523,79(RIKENcDNAD930010H05基因，酪蛋白激酶l，s)1.341.98E-0499.87133.37肌凝蛋白，轻链多肽6，碱性，平滑肌和非肌肉-1.452.05E-043011.92080.09NADH脱氢酶(泛醌)1(3子复合体，9-1.342.12E-04233.93174.12丝氨酸/苏氨酸激酶10-1.492.15E-04568.54380.97(活性BCR相关基因，表达序列AI853502，核糖体蛋白L18)-1.372.20E-042055.121502,36RIKENcDNA1110039B18基因1.472.33E-0454.8480.52溶质载体家族37(丙三醇-3-磷酸酯转运体)，成员l1.622.33E-0445.3873.47含COMM结构域4-1.442.39E-04529.79367,14类苏氨酰基-tRNA合成酶l1.562.42E-04183.49285.72(RIKENcDNA2310040A13基因，RIKENcDNA4930597O21基因，鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白)，y12)1.72.46E-0430.551.82跨膜蛋白4-1.492.64E-04148.9999.76蛋白激酶抑制剂(3，cAMP依赖性，睾丸特异性1.592.66E-04153.75244.64RIKENcDNAC730025P13基因-1.442.82E-04145.94101.55帕金森氏症(Parkinsondisease)(常染色体隐性基因，早期发作)7-1.42.85E-04748.64533.15(RIKENcDNA1110059E24基因，RIKENcDNA5730446C15基因，RIKENcDNA9030607L02基因)-1.332.91E-04327.73246.88磷脂酰肌醇多糖(glycan)，O类1.432.95E-0496,22138.03核糖体蛋白L221.392.95E-04296.4411.22NADH脱氢酶(泛醌)ip次复合体，2-2.152.96E-0468.5531,93(ESTX83328,表达序列AA408420)-1.352.98E-04115.0185.27(类ADP-核糖基化因子6，myc诱导细胞核抗原，嗅觉受体203)-1.363.02E-0496.1870.7类超级杀手因子杀病毒活性2(酿酒酵母)1.893.07E-0445,8386.49(肽基脯氨酰基异构酶A，类似于肽基-脯氨酰基顺反异构酶A(PPIase)(旋转异构酶)(Rotamase)(亲环素(Cyclophilin)A)(环孢素A结合蛋白(SP18))-1.423.08E-043202,672250.98(RIKENcDNAA230103N10基因，核糖体蛋白L30)1.573.12E-0497.85154.07过食(surfeit)基因l-1.323.20E-04195.45147.64外来体组份IO1.363.23E-0450.7869.02苏氨酰基-tRNA合成酶1.373.34E-04200.54275.34角质细胞相关蛋白2-1.433.37E-04593.9414.01组织相容性2，O区ot基因座-1.413.38E-041270.84903.6426<table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table>免疫球蛋白K链可变区28(V28)，免疫球蛋白K链可变区8(V8)，免疫球蛋白K链，恒定区，重组抗神经氨酸酶单链IgVH和VL结构域)蛋白激酶，AMP活化，(31非催化性亚单位-1.411.39E-03156.04111.03RIKENcDNA1810073N04基因1.511.39E-03180.09271,07(RIKENcDNA1110059H15基因，类似于CG1530-PA)1.531.40E-0349.4575.5含COMM结构域l-1.771.41E-03110.0262.22(RIKENcDNA2310035P21基因，程序性(programmed)细胞死亡4)-1.441.41E-03542.69376.01过氧化物还原酶(peroxiredoxin)4-1.811.42E-03114.162,9RIKENcDNA1200002G13基因-1.351.43E-0387.6865.09溶质载体家族37(丙三醇-3-磷酸酯转运体)，成员31.561.45E-0344.4769.2核糖体蛋白L6-1.361.48E-033785.232777,28蛋白激酶C，51.361.48E-03542.91736.76小核RNA活化复合体，多肽2-1.351.50E-03209.12154.59(转移粘附蛋白(metadherin)，RIKENcDNA9930017N22基因)-1.31.58E-0398.4775,7半胱氨酰基-tRNA合成酶1,571.61E-0363.4399.9RIKENcDNA2410018G20基因-1,311.65E-0372.2155.14锌指，含DHHC结构域161.31.66E-03142.44185.75环指蛋白1531.321.6犯-03445.8590.59(IL2-诱导性T细胞激酶，RIKENcDNA5830453J16基因)1.561.70E-0337.0257.61WD重复域333.061.71E-0317.7854.49(RIKENcDNA5730589L02基因，TCF3(E2A)融合搭配物，白血球受体簇(LRC)成员l，破骨细胞相关受体，类跨膜通道基因家族4)1.361.73E-0368.1292.87(表达序列T25620，溶质载体家族25,成员28)1.391.73E-03289.58403.84锌指RNA结合蛋白1.691.76E-0331.1752.6类Src接头蛋白1.451.76E-03522.58757.15着色性干皮病，互补群c1.381.76E-0393.67129.46DnaJ(Hsp40)同系物，亚族B，成员61.391.76E-03159.27221.44过氧化物酶体生物发生因子261.341.82E-0390.79121.43cDNA序列BC023829-1,481.87E-03167.91113.6磷酸酰肌醇3激酶，调节亚单位，多肽4，p1501.781.91E-03121.1216.02类S-腺苷高半胱氨酸水解酶11.771.91E-0331.0555.11含START结构域IO-1.41.93E-03152.18108.6(RIKENcDNA5430407F15基因，类异质细胞核核糖核蛋白甲基转移酶3(酿酒酵母))1,31.95E-03240.11312.69NADH脱氢酶(泛醌)1，未知次复合体，2-1.342.00E-03632.81473.7930SEC24相关基因家族，成员C(酿酒酵母)1.432.03E-03581.27831.66三联基元蛋白343.112.03E-0319.6561.11TAF4ARNA聚合酶n，TATA盒结合蛋白1.822細墨0344.5181.16(TBP)相关因子cDNA序列BC004728-1.472.04E-036846.11(DNA片段，Chr2,ERATODoi554，表达，氯离子通道，核苷酸敏感性，1A)-1.422.05E-031085.79766.9DNA片段，ChrlO，ERATODoi641，表达-1.482.08E-0351.8934.98ATP-结合序列盒，亚族A(ABC1),成员l1.52.15E-0333.950.87RIKENcDNA0910001K20基因1.332.17E-03123.12164.16(RIKENcDNA2610510B01基因，类似于蛋1,412.20E-0386.82122.04白C21或f5)三肽基肽酶II1.632.23E-0330.9950.39(SH2结构域结合蛋白1(含34肽重复序列)，表达序列AI785031)1.52.27E-0378.16117.3有丝分裂原活化蛋白激酶激酶激酶81,322.32E-03152.83201.68(切除修复交叉互补啮齿动物修复缺陷，互补群l，假想蛋白1190028F09)-1.512.32E-0361.3140.48(RIKENcDNA1190002A23基因，TARDNA结合蛋白，甘露聚糖结合凝集素(lectin)1.462.3犯-03259.7379.6丝氨酸蛋白酶2)(DNA片段，Chr9,ERATODoi338，表达，酪蛋白水解蛋白酶X(大肠杆菌(E.coli)))1.82.44E-0370.31126,29(DNA片段，Chr6，ERATODoi365，表达，RIKENcDNA2610209C05基因)1.722.47E-0342.7473.72(RNA结合基元蛋白12,顶盖蛋白I)1.342.48E-03142.79191.09(RIKENcDNA0610025L06基因，RIKENcDNAB930069K15基因，表达序列-1.532.51E-03913.2595.47AU022928)RAN结合蛋白IO1,372.51E-03116.11159,34前折叠素(prefoldin)5-2.382.53E-03165.4869.48(RIKENcDNA0610009L18基因，肌动蛋-1.362.53E-033558.712610.61白，Y，细胞质l)非转移性细胞中表达l，蛋白质-1.332.5犯-03642.31481.29(F盒蛋白ll，mutS同系物6(大肠杆菌))1.332.59E-03152.86203.1(RIKENcDNA2310073E15基因，调节因子-1.662.61E-0371.4743.06X相关含锚蛋白的蛋白质)(钙/转调蛋白(calmodulin)依赖性蛋白激酶II,S，表达序列C78441)2.922.6犯-0318.8454.99ErbB-2.1转导子(transducer)-1.512.64E-0359.6639.5泛素B-1.362.64E-035354.83930.89(矢车菊苷(centaurin),52，基因模型1094，(NCBI))1.612.68E-03169.29272.87RIKENcDNA1110025L05基因-1.312.68E-03139,6106.31类似于锌指蛋白187-1.962.70E-03150.5676.9431表达序列AI3254642.332.71E-0321.4650.05RIKENcDNA2310003L22基因-1.42.74E-0385.0360.76类kelch9(果蝇)-1.422.77E-0375.7853.33B淋巴激酶1.322.80E-031001.11323.57接头蛋白相关蛋白复合体AP-4，el-1.372.83E-0382.3760,09N-甲基嘌呤-DNA糖基化酶-1.342.舰-03172.32129.06核糖体蛋白S18-1.692.89E-032822.551674.5中心体蛋白(centrin)31.32.91E-03216,77282.13趋化激素(chemokine)(C-C基元)受体51.322.92E-0386.73114.19(假想LOC381225，核糖体蛋白L15)-1.412.94E-033590.142545.26粒线体核糖体蛋白L47-1.382.95E-0384.3361,23TAF4ARNA聚合酶n，TATA盒结合蛋白(TBP)相关因子1.732.99E-0330.3452,34干扰素(a和p)受体21.683.00E-0353.9290.39(RIKENcDNA2600001Mll基因，RIKENcDNAB930028Lll基因，Sec61，a亚单位21.513.03E-0349.2274.49(酿酒酵母))(RIKENcDNA5430410E06基因，组织相容性2,D区，组织相容性2，D区基因座l，组1.573.05E-031259.431982.41织相容性2，Q区基因座2，精子特异性抗原l)托辛蛋白(torsin)家族2，成员A-1.313.07E-0392.8270.85神经病靶酯酶1.53.08E-0334.5251.92泛素B-1.433.09E-033296.322306.23RIKENcDNA1810020E01基因-1.693.15E-03317.96187.9ATP酶家族，含AAA结构域3A1.513.17E-03130.76197.02甲硫氨酰基氨基肽酶l1.613.17E-0394.53151.77CD84抗原-1,353.19E-03112.9983.72(RIKENcDNAE430007M08基因，色素框-1.683.21E-03112.2366.88同系物l(果蝇HPip))(RIKENcDNA1110054H05基因，RIKEN1.543.26E-0357.75訓4cDNA6230415M23基因)3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋白，Y多肽1.33.27E-03208.96272,13EL0VL家族成员6，长链脂肪酸延长(酵母)-1.443.31E-0364.144.37(DNA片段，Chrl5，MouseGenomeInformatics25,小细胞核核糖核蛋白多肽G)-2.213.32E-0370,6932.03类细胞核前核纤层蛋白(prelamin)A识别因子-1.363.32E-03217.54160.41过氧化物酶体生物发生因子121.343,3犯-0360.0380.22类SH3-域GRB2B1(内啡啉蛋白-1.423.33E-0387.6361,59(endophilin))unc-119同系物(线虫(C.elegans))-1,383.38E-03204.95148.52酸性(富含白氨酸)细胞核磷蛋白32家族，成员A-1.653.3犯-03224.34136,09RIKENcDNA4930470D19基因1.333.41E-03117.64156.7532<table>tableseeoriginaldocumentpage33</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage34</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage35</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage36</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage37</column></row><table>本发明的上述说明提供例示说明和描述，但并非意欲详尽无遗或限制本发明于一种明确揭示。根据以上教示可进行修改和变更，或可自本发明的实践获得修改和变更。因此，应注意本发明的范畴是由权利要求书和其相等物界定。本申请案与2006年8月25日申请的美国临时专利申请案第60/840,380号相关，其全文以引用的方式并入本文中用于所有目的。权利要求1.一种评估与关节炎相关的B细胞活化的方法，所述方法包含以下步骤(a)检测B细胞的一种或多种基因的表达水平，和(b)将所述表达水平与表示B细胞活化状态的参考表达水平进行比较，其中所述一种或多种基因是选自由下列组成的群组的基因AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-δ、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、顶盖蛋白(copine)III、STK10、类STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(p150)、Ro52、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体(exosome)组份10、钙激活蛋白酶(calpain)3、类Src接头(adaptor)蛋白、类CDC激酶1、宿主细胞因子C1调节因子1、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白(choroideremia)、PBEF/内脂素(visfatin)、泛素(ubiquitin)B和锌指蛋白106。2.如权利要求1所述的方法，其中所述B细胞为人类B细胞且所述一种或多种基因为人类基因。3.—种评估患者自体免疫反应征象的方法，所述方法包含以下步骤(a)检测所述患者的样本中B细胞的一种或多种基因的表达水平，和(b)将所述表达水平与表示所述患者免疫反应的参考表达水平进行比较，其中所述一种或多种基因是选自由下列组成的群组的基因AHCYL1、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、顶盖蛋白III、STKIO、类STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、Ro52、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、宿主细胞因子Cl调节因子1、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、PBEF/内脂素、泛素B和锌指蛋白106。4.如权利要求3所述的方法，其中所述免疫反应为自体免疫反应。5.如权利要求4所述的方法，其中所述自体免疫反应为类风湿性关节炎。6.如权利要求3至5中任一或多个权利要求所述的方法，其中所述样本为选自由血液、淋巴和滑膜组织组成的群组的流体样本。7.如权利要求1至6中任一或多个权利要求所述的方法，其进一步包含在步骤(a)之前从所述样本纯化B细胞的步骤。8.如权利要求1至7中任一或多个权利要求所述的方法，其中所述患者为人类患者且所述一种或多种基因为人类基因。9.一种处理B细胞的方法，所述方法包含活化选自由下列组成的群组的基因或基因产物的步骤顶盖蛋白III、宿主细胞因子调节因子I、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B和/或STK10;或抑制选自由下列组成的群组的基因或基因产物的步骤AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶l)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、类STE-20激酶、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和锌指蛋白106。10.如权利要求9所述的方法，其中所述方法包含选自由下列组成的群组的基因或基因产物通过表达编码所述基因产物的核酸来活化顶盖蛋白III、宿主细胞因子调节因子I、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B和STKIO。11.如权利要求9所述的方法，其中所述方法包含选自由下列组成的群组的基因通过表达抑制所述基因表达的核酸来抑制AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、类STE-20激酶、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份IO、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和锌指蛋白106。12.—种治疗患者的类风湿性关节炎的方法，所述方法包含根据权利要求9至11中任一或多个权利要求所述的方法来处理所述患者B细胞的步骤。13.—种评估B细胞处理的方法，所述方法包含以下步骤在施用所述处理后检测B细胞的一种或多种基因的表达水平和将所述表达水平与表示B邻胞活化状态的参考表达水平进行比较，从而评估所述处理的功效，其中所述一种或多种基因是选自由下列组成的群组的基因AHCYL1、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、顶盖蛋白III、STKIO、类STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、Ro52、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、宿主细胞因子Cl调节因子1、Rab3D、溶酶体相关细胞器生物发生复合体1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脉络膜缺损蛋白、泛素B和锌指蛋白106。14.如权利要求13所述的方法，其中所述参考表达水平对应于施用所述处理前的表达水平。15.如权利要求13至14中任一或多个权利要求所述的方法，其中所述一种或多种基因为人类基因。16.—种纯化抗体或单克隆抗体，其是与选自由下列组成的群组的基因产物特异性结合PBEF/内脂素、AHCYL1(类S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、类STE-20激酶、MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶调节亚单位4(pl50)、染色体结构维持蛋白5、WD重复域12、外来体组份10、钙激活蛋白酶3、类Src接头蛋白、类CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和锌指蛋白106。17.如权利要求16所述的抗体，其中所述基因产物为人类基因产物。18.—种靶向活化B细胞的方法，所述方法包含投予如权利要求16至17中任一或多个权利要求所述的抗体的步骤。19.如权利要求18所述的方法，其中所述抗体是投予给人类。20.如权利要求19所述的方法，其中所述人类先前已诊断出患有类风湿性关节炎，其可通过使用所述抗体靶向活化B细胞来治疗。全文摘要本发明涉及从关节炎相关的B细胞中观测到差异基因表达而获益的方法和组合物。文档编号C12Q1/68GK101535503SQ200780031590公开日2009年9月16日申请日期2007年8月22日优先权日2006年8月25日发明者基里亚基·杜努西-约安诺普洛斯,尤金·布朗,戴维·冯沙克,玛丽·柯林斯,马修·惠特尔斯申请人:惠氏公司