专利名称：甲亢疾病的易感基因及其应用的制作方法
技术领域：
本发明涉及分子生物学和医学领域。更具体地，本发明涉及人类基因组中20个单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)及其与甲允疾病的相关性。本发明还涉及检测这些SNP和甲亢易感性的方法和试剂盒。
背景技术：
甲状腺功能允进症(Hyperthyroidism,简称甲允)系指由多种病因导致甲状腺激素(TH)分泌过多引起的临床综合征。甲亢病人较复杂，其中以弥漫性甲状腺肿伴甲亢(Graves病，GD)为最多见。GD是一种伴甲状腺激素分泌增多的、器官特异性自身免疫性疾病，它是机体的免疫系统功能亢进，从而产生抗自身甲状腺的抗体(免疫球蛋白)而引起的，这种特异性的抗体刺激甲状腺增生、并使其分泌大量的甲状腺激素。一般Graves病多 见于女性，男女患病率之比为I : 4-7，特别是青春发育期、妊娠期和更年前期。经研究，Graves病是一种器官特异性自身免疫疾病，一种常见的多基因疾病，因此其发病具有较强的遗传基础。Graves病的发病原因一般被认为是由多种易感基因和环境因素共同造成的。已经发现人白细胞抗原(HLA) -II基因、细胞毒性T淋巴细胞抗原4 (CTLA-4)基因，促甲状腺受体(TSH-R)基因和甲状腺球蛋白(Tg)基因等多个基因与Graves病存在一定的联系。此外，还有其它的免疫相关基因，如白介素-I受体拮抗基因、肿瘤坏死因子β基因和甲状腺过氧化物酶基因等，但很多结果存在争议。群体中可能存在多于一种的称为“多态位点”的核酸序列，多态位点可以允许序列基于取代、插入或缺失而存在差异。因此取代、插入或缺失可以导致移码、产生过早终止密码子、多核苷酸所编码的一个或多个氨基酸的缺失、添加、改变剪切位点。以及影响mRNA的转运或稳定性。当多态位点长度为单独一个氨基酸时，将该位点称为单核苷酸多态性(SNP)。SNP是造成疾病易感性和药物反应差异的最普遍的遗传变异形式。SNP可以直接促成许多表型如患者间的疾病危险或药物反应差异，或者更普遍地作为所述表型的标记。由于甲亢疾病本身的复杂性、多个基因之间的相互作用，以及环境因素对甲亢疾病发展的影响，使甲亢易感基因的确定十分困难。因此，本领域迫切需要深入研究人类基因组，以期找到导致Graves病发生和发展的易感基因，并研发出可用于诊断和检测Graves病的试剂盒，以及相关的治疗药物。
发明内容
本发明人经过长期深入的研究，发现20个单核苷酸位点(SNP)与甲亢疾病的易感性密切相关。本发明的一个目的是证实20个单核苷酸多态性位点与甲亢疾病密切相关。本发明的另一个目的是证明所述SNP可用于检测甲亢易感性、制备检测甲亢疾病易感性试剂及试剂盒、筛选甲亢药物等。在本发明的第一方面，提供一种分离的含单核苷酸多态性(SNP)位点的多核苷酸，所述多核苷酸中的SNP位点对应于选自下组的SNP I 号染色体 155908307 位 rsl0908583C — T ;I 号染色体 155935902 位 rs3761959G —A;2 号染色体 204416891 位 rs231804C —T;2 号染色体 204429997 位 rsl024161C —T;2 号染色体 204449111 位 rs231726C —T;2 号染色体 204471289 位 rsl0197319A —G;
4 号染色体 39998408 位rs6832151T —G;6 号染色体 31166157 位rs4947296T —C;6 号染色体 31458683 位rsl521C —T;6 号染色体 32536263 位rs6903608T —C;6 号染色体 32771829 位rs6457617C —T;6 号染色体 33168096 位rs2281388C —T;6 号染色体 167293698 位 rs9366076T —C;6 号染色体 167303065 位 rs9355610A — G ;14 号染色体 80438570 位 rsl2050151T —C;14 号染色体 80502299 位 rsl79247G —A;14 号染色体 80514120 位 rs2284722G —A;14 号染色体 80520982 位 rsl2101261C —T;14 号染色体 80538707 位 rs4903964G — A ;14 号染色体 80592881 位 rsl7111394T — C。在另一优选例中，所述SNP是甲亢易感相关的SNP，详细信息如表I所示表I
权利要求
1.一种分离的含单核苷酸多态性(SNP)位点的多核苷酸,其特征在于,所述多核苷酸中的SNP位点对应于选自下组的SNP I 号染色体 155908307 位 rsl0908583 C →T ; 1号染色体 155935902 位 rs3761959 G →A; 2号染色体 204416891 位 rs231804 C →T; 2 号染色体 204429997 位 rsl024161 C →T; 2 号染色体 204449111 位 rs231726 C →T; 2 号染色体 204471289 位 rsl0197319 A →G; 4 号染色体 39998408 位 rs6832151 T →G; 6 号染色体 31166157 位 rs4947296 T →C; 6 号染色体 31458683 位 rsl521 C →T; 6 号染色体 32536263 位 rs6903608 T →C ; 6 号染色体 32771829 位 rs6457617 C →T; 6 号染色体 33168096 位 rs2281388 C →T; 6 号染色体 167293698 位 rs9366076 T →C ; 6 号染色体 167303065 位 rs9355610 A →G; 14 号染色体 80438570 位 rsl2050151 T →C; 14 号染色体 80502299 位 rsl79247 G →A; 14 号染色体 80514120 位 rs2284722 G →A; 14 号染色体 80520982 位 rsl2101261 C →T; 14 号染色体 80538707 位 rs4903964 G →A ; 14 号染色体 80592881 位 rsl7111394 T →C。
2.如权利要求I所述的多核苷酸，其特征在于，所述的SNP是选自表2的与治疗后抗体持续阳性(TRab+)相关的SNP。
3.如权利要求I所述的多核苷酸，其特征在于，所述的SNP选自下组 rs9355610A →G 或 rs6832151T →G。
4.如权利要求I所述的多核苷酸，其特征在于，所述的多核苷酸包括引物、探针、扩增产物、或质粒。
5.如权利要求I所述的多核苷酸，其特征在于，所述的多核苷酸的长度为8-5000bp，较佳地 10-3000bp，更佳地 15-1000bp，最佳地 18_500bp。
6.一种核酸引物对，其特征在于，所述引物对长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出单核苷酸多态性(SNP)的扩增产物，其中所述的SNP选自表I。
7.一种寡核苷酸探针，其特征在于，所述探针长度为15-500bp，且特异性地杂交并检测出含单核苷酸多态性(SNP)的扩增产物，其中所述SNP选自表I。
8.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒的扩增产物含有选自表I的突变位点。
9.如权利要求I所述的多核苷酸、如权利要求6所述的引物对、或权利要求7所述的寡核苷酸探针的用途，其特征在于，用于制备检测甲亢易感性的试剂盒；或用于制备判断甲亢病人经抗甲状腺药物治疗后抗体是否会持续阳性的试剂盒。
10.一种SNP或含所述SNP的多核苷酸的用途，其特征在于，所述的SNP为rs9355610A — G，用于制备检测RNASET2基因表达水平的试剂或试剂盒；和/或 所述的SNP为rs6832151T — G，用于制备检测⑶CG4pl4和CHRNA9基因表达水平的试剂或试剂盒。
全文摘要
本发明公开了甲亢疾病的易感基因及其应用。具体地，本发明公开了20个涉及人类甲亢疾病易感性的单核苷酸多态性位点(SNP)。本发明还首次证实了这20个单核苷酸多态性位点与甲亢疾病存在密切相关性。这些SNP可用于检测甲亢易感性、制备检测甲亢疾病易感性试剂及试剂盒、筛选甲亢药物等，从而为甲亢疾病的诊断、分型、预后和治疗提供新的方式。
文档编号C12Q1/68GK102827834SQ20111016169
公开日2012年12月19日 申请日期2011年6月15日 优先权日2011年6月15日
发明者宋怀东, 潘春明, 赵双霞 申请人:上海交通大学医学院附属瑞金医院