快速检测水稻直链淀粉Wx基因型的分子标记Wx-YMZC及应用方法
【专利摘要】本发明提出了一种快速检测水稻直链淀粉Wx基因型的分子标记Wx-YMZC及应用方法，分子标记的正向引物序列：Wx-YMZCF：TCACCATTCCTTCAGTTCTT，反向引物序列：Wx-YMZCR：TCTGAATAAGAGGGGAAACA。应用方法为：1）提取待查水稻基因的DNA；2）对待查水稻基因组DNA进行PCR扩增；3）反应产物用10%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测比对Wx基因中(CT)n类型；4）反应产物经过AccⅠ酶切后用2%琼脂糖凝胶电泳检测比对Wx基因中G/T的碱基类型。利用本发明的新型分子标记Wx-YMZC只需要一次PCR扩增反应以及一次酶切反应就可检测检测出Wx基因中(CT)n类型和G/T的碱基类型，不仅使实验更加简单，而且降低了实验成本，同时准确率较高。
【专利说明】快速检测水稻直链淀粉Wx基因型的分子标记Wx-YMZC及应用方法
【技术领域】:
[0001]本发明涉及水稻直链淀粉基因Wx的相关分子标记方法，特别是快速检测水稻直链淀粉Wx基因型的分子标记Wx-YMZC及应用方法，属于分子遗传学领域，可用于水稻直链淀粉分子标记辅助选择育种和种质的分型鉴定。
【背景技术】:
[0002]水稻是全球人类赖以生存的最重要粮食作物之一，世界上近半人口以水稻为食。随着人们对水稻产量要求的不断提高，越来越多的消费者开始逐渐追求优质稻米。直链淀粉含量是影响稻米品质最重要的因素，直链淀粉主要由Wx基因编码的颗粒性结合淀粉合成酶(GBSS)催化合成， 不同Wx基因类型的材料其直链淀粉含量存在差异。
[0003]Wx基因(Waxy gene, Wx)也称为腊质基因,位于第6号染色体的短臂上(Lwata etal.，1971)，是控制直链淀粉含量的最主要基因，由14个外显子和13个内含子构成，包括编码区以及3’端和5’端旁侧在内的序列，全长5499bp (Wang et al.，1990)。水稻Wx基因前导序列的第一内含子5’端剪切位点的上游55bp处存在一段(CT)n的重复序列，研究表明该(CT)n的重复序列与直链淀粉含量存在显著关系(舒庆尧等，1998)。此外，在水稻Wx基因第一内含子5’端+1的+713bp位置处存在一个G置换为T的碱基突变，该位点的突变明显改变了 Wx基因的剪接效率，大量研究表明，该位点的剪接效率与直链淀粉含量是直接相关的(王宗阳等，1993)。同时对这两个基因位点进行检测和选择，可为后期稻米品质的直链淀粉含量改良提供更好的基础。
[0004]传统的常用检测方法是使用484/485分子标记检测Wx基因中(CT) η的重复数(下标η为重复次数)，使用PCR-Acc I分子标记检测Wx基因中G/T的碱基类型。使用的引物不同，且需要进行两次独立的不同PCR扩增反应以及一次酶切反应，实验程序较繁琐。
[0005]参考文献
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【发明内容】
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[0012]本发明的目的是提出一种新型分子标记Wx-YMZC及其相应的检测方法，对水稻直链淀粉种质进行分型鉴定，可以达到较高的准确率，提高检测效率。
[0013]本发明是这样实现的。设计一对引物:其正向引物序列=Wx-YMZCF:TCACCATTCCTTCAGTTCTT,反向引物序列:Wx-YMZCR:TCTGAATAAGAGGGGAAACA，命名为Wx-YMZC分子标记。该分子标记用于鉴定水稻直链淀粉Wx基因的种质和分型。
[0014]利用上述Wx-YMZC分子标记鉴定水稻直链淀粉Wx基因的种质和分型的方法，其步骤为:
[0015]1.提取待查水稻基因的DNA ;
[0016]2.对待查水稻基因组DNA进行PCR扩增；
[0017]PCR扩增总体系为10 μ L,具体成分如下:
【权利要求】
1.一种快速检测水稻直链淀粉Wx基因型的分子标记Wx-YMZC,其特征在于其正向引物序列:Wx-YMZCF:TCACCATTCCTTCAGTTCTT，反向引物序列:Wx-YMZCR:TCTGAATAAGAGGGGAAACA，命名为 Wx-YMZC 分子标记。
2.一种快速检测水稻直链淀粉Wx基因型的分子标记Wx-YMZC应用方法，其特征在于其步骤为: 1)、提取待查水稻基因的DNA； 2)、对待查水稻基因组DNA进行PCR扩增； PCR扩增总体系为10 μ L，具体成分如下:
【文档编号】C12Q1/68GK103725774SQ201310488947
【公开日】2014年4月16日 申请日期:2013年10月18日 优先权日:2013年10月18日
【发明者】张再君, 邱东峰, 殷明珠, 辜大川, 杨金松 申请人:湖北省农业科学院粮食作物研究所