EZH2抑制剂及其使用方法与流程

本申请要求于2015年12月7日提交的美国临时申请号62/264,169和2016年10月17日提交的美国临时申请号62/409,320的优先权权益，将其各自的内容通过引用以其全文结合在此。
背景技术：
：对于有效治疗由导致EZH2依赖性肿瘤发生的遗传改变所引起的某些癌症，存在长期仍未满足的需要。技术实现要素：在一些方面，本披露提供了一种治疗癌症的方法，该方法包括将治疗有效量的Zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂给予对其有需要的受试者，其中该受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：在表1-9、表17-19、和/或图19-22中列出的基因或基因产物。在一些方面，本披露提供了用于在治疗癌症中使用的Zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂，其中该抑制剂按治疗有效量被给予对其有需要的受试者，并且其中受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：在表1-9、表17-19、和/或图19-22中列出的基因或基因产物。在一些方面，本披露提供了一种方法，该方法包括选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂进行治疗，该选择是基于与受试者中对这种治疗的正反应相关的至少一个突变(例如，阳性突变)的存在和/或基于与受试者中对这种治疗的无反应或与负反应相关的至少一个突变(例如，阴性突变)的缺失。本披露还提供了一种方法，该方法包括选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂进行治疗，该选择是基于在该受试者中存在与图19-22中任一个中的、展示出完全或部分反应或稳定疾病的患者的突变谱相匹配的突变谱。本披露进一步提供了一种治疗癌症的方法，该方法包括将治疗有效量的Zeste增强子同源物2(EZH2)抑制剂给予受试者；其中该受试者具有编码人类组蛋白乙酰转移酶(HAT)的序列中的突变，其中该突变减少HAT的功能。用于本文披露的用途的这些方法和EZH2抑制剂可以具有以下特征中的一个或多个。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：MYD88(例如GenBank登录号NM_001172567.1、NM_002468.4、NM_001172568.1、NM_001172569.1、和NM_001172566.1)；STAT6A(例如GenBank登录号NM_001178078.1、NM_003153.4、NM_001178079.1、NM_001178080.1、或NM_001178081.1)；SOCS1(例如GenBank登录号NM_003745.1)；MYC(例如GenBank登录号NM_002467.4)；HIST1H1E(例如GenBank登录号NM_005321.2)；ABL1(例如GenBank登录号NM_005157)；ACVR1(例如GenBank登录号NM_001105.4)；AKT1(例如GenBank登录号NM_001014431.1)；AKT2(例如GenBank登录号NM_001243027.2)；ALK(例如GenBank登录号NM_004304.4)；APC(例如GenBank登录号NM_000038.5)；AR(例如GenBank登录号NM_000044.3)；ARID1A(例如GenBank登录号NM_006015.4)；ARID1B(例如GenBank登录号NM_020732.3)；ASXL1(例如GenBank登录号NM_015338.5)；ATM(例如GenBank登录号NM_000051.3)；ATRX(例如GenBank登录号NM_000489.4)；AURKA(例如GenBank登录号NM_003600.3)；AXIN2(例如GenBank登录号NM_004655.3)；BAP1(例如GenBank登录号NM_004656.3)；BCL2(例如GenBank登录号NM_000633.2)；BCR(例如GenBank登录号X02596.1)；BLM(例如GenBank登录号NM_000057.3)；BMPR1A(例如GenBank登录号NM_004329.2)；BRAF(例如GenBank登录号NM_004333.4)；BRCA1(例如GenBank登录号NM_007294.3)；BRCA2(例如GenBank登录号NM_000059.3)；BRIP1(例如GenBank登录号NM_032043.21)；BTK(例如GenBank登录号NM_001287344.1)；BUB1B(例如GenBank登录号NM_001211.5)；CALR(例如GenBank登录号NM_004343.3)；CBL(例如GenBank登录号NM_005188.3)；CCND1(例如GenBank登录号NM_053056.2)；CCNE1(例如GenBank登录号NM_001322262.1)；CDC73(例如GenBank登录号NM_024529.4)；CDH1(登录号NM_001317186.1)；CDK4(例如GenBank登录号NM_000075.3)；CDK6(例如GenBank登录号NM_001145306.1)；CDKN1B(例如GenBank登录号NM_004064.4)；CDKN2A(例如GenBank登录号NM_001195132.1)；CDKN2B(例如GenBank登录号NM_078487.2)；CDKN2C(例如GenBank登录号NM_078626.2)；CEBPA(例如GenBank登录号NM_001285829.1)；CHEK2(例如GenBank登录号NM_145862.2)；CIC(例如GenBank登录号NM_015125.4)；CREBBP(例如GenBank登录号NM_001079846.1)；CSF1R(例如GenBank登录号NM_001288705.2)；CTNNB1(例如GenBank登录号NM_001098209.1)；CYLD(例如GenBank登录号NM_001042355.1)；DAXX(登录号NM_001141969.1)；DDB2(例如GenBank登录号NM_001300734.1)；DDR2(例如GenBank登录号NM_001014796.1)；DICER1(例如GenBank登录号NM_001291628.1)；DNMT3A(例如GenBank登录号NM_001320893.1)；EGFR(例如GenBank登录号NM_001346900.1)；EP300(例如GenBank登录号NM_001429.3)；ERBB2(例如GenBank登录号NM_001289936.1)；ERBB3(例如GenBank登录号NM_001982.3)；ERBB4(例如GenBank登录号NM_005235.2)；ERCC1(例如GenBank登录号NM_001166049.1)；ERCC2(例如GenBank登录号NM_001130867.1)；ERCC3(例如GenBank登录号NM_001303418.1)；ERCC4(登录号NM_005236.2)；ERCC5(例如GenBank登录号NM_000123.3)；ESR1(例如GenBank登录号NM_001291241.1)；ETV1(例如GenBank登录号NM_001163147.1)；ETV5(登录号NM_004454.2)；EWSR1(例如GenBank登录号NM_001163287.1)；EXT1(例如GenBank登录号NM_000127.2)；EXT2(登录号NM_001178083.1)；FANCA(例如GenBank登录号NM_001286167.1)；FANCB(登录号NM_001324162.1)；FANCC(例如GenBank登录号NM_001243744.1)；FANCD2(例如GenBank登录号NM_001319984.1)；FANCE(例如GenBank登录号NM_021922.2)；FANCF(例如GenBank登录号NM_022725.3.)；FANCG(例如GenBank登录号NM_004629.1)；FANCI(例如GenBank登录号NM_018193.2)；FANCL(登录号NM_001114636.1)；FANCM(例如GenBank登录号NM_001308133.1)；FBXW7(例如GenBank登录号NM_018315.4)；FGFR1(登录号NM_001174065.1)、FGFR2(例如GenBank登录号NM_000141.4)；FGFR3(例如GenBank登录号NM_001163213.1)；FGFR4(例如GenBank登录号NM_213647.2)；FH(例如GenBank登录号NM_000143.3)；FLCN(例如GenBank登录号NM_144606.5)；FLT3(例如GenBank登录号NM_004119.2)；FLT4(例如GenBank登录号NM_002020.4)；FOXL2(例如GenBank登录号NM_023067.3)；GATA1(例如GenBank登录号NM_002049.3)；GATA2(例如GenBank登录号NM_001145662.1)；GNA11(例如GenBank登录号NM_002067.4)；GNAQ(例如GenBank登录号NM_002072.4)；GNAS(例如GenBank登录号NM_080425.3)；GPC3(例如GenBank登录号NM_001164619.1)；H3F3A(例如GenBank登录号NM_002107.4)；H3F3B(例如GenBank登录号NM_005324.4)；HNF1A(例如GenBank登录号NM_000545.6)；HRAS(例如GenBank登录号NM_001130442.2)；IDH1(例如GenBank登录号NM_001282387.1)；IDH2(例如GenBank登录号NM_001290114.1)；IGF1R(例如GenBank登录号NM_001291858.1)；IGF2R(例如GenBank登录号NM_000876.3)；IKZF1(例如GenBank登录号NM_001291847.1)；JAK1(例如GenBank登录号NM_001321857.1)；JAK2(例如GenBank登录号NM_001322195.1)；JAK3(例如GenBank登录号NM_000215.3)；KDR(例如GenBank登录号NM_002253.2)；KIT(例如GenBank登录号NM_001093772.1)；KRAS(例如GenBank登录号NM_033360.3)；MAML1(例如GenBank登录号NM_014757.4)；MAP2K1(例如GenBank登录号NM_002755.3)；MAP2K4(例如GenBank登录号NM_001281435.1)；MDM2(例如GenBank登录号NM_001145337.2)；MDM4(例如GenBank登录号NM_001278519.1)；MED12(例如GenBank登录号NM_005120.2)；MEN1(例如GenBank登录号NM_130804.2)；MET(例如GenBank登录号NM_000245.3)；MLH1(例如GenBank登录号NM_000249.3)；MLL(例如GenBank登录号AF232001.1)；MPL(例如GenBank登录号NM_005373.2)；MSH2(例如GenBank登录号NM_000251.2)；MSH6(例如GenBank登录号NM_000179.2)；MTOR(登录号NM_004958.3)；MUTYH(例如GenBank登录号NM_001048171.1)；MYC(例如GenBank登录号NM_002467.4)；MYCL1(例如GenBank登录号NM_001033081.2)；MYCN(例如GenBank登录号NM_001293231.1)；NBN(例如GenBank登录号NM_001024688.2)；NCOA3(例如GenBank登录号NM_001174087.1)；NF1(例如GenBank登录号NM_001042492.2)；NF2(例如GenBank登录号NM_181831.2)；NKX2-1(例如GenBank登录号NM_001079668.2)；NOTCH1(例如GenBank登录号NM_017617.4)；NOTCH2(例如GenBank登录号NM_001200001.1)；NOTCH3(例如GenBank登录号NM_000435.2)；NOTCH4(登录号NR_134950.1)；NPM1(例如GenBank登录号NM_002520.6)；NRAS(登录号NM_002524.4)；NTRK1(例如GenBank登录号NM_001007792.1)；PALB2(例如GenBank登录号NM_024675.3)；PAX5(例如GenBank登录号NM_001280552.1)；PBRM1(例如GenBank登录号NM_181042.4)；PDGFRA(例如GenBank登录号NM_006206.4)；PHOX2B(例如GenBank登录号NM_003924.3)；PIK3CA(例如GenBank登录号NM_006218.3)；PIK3R1(登录号NM_001242466.1)；PMS1(例如GenBank登录号NM_001321051.1)；PMS2(例如GenBank登录号NM_000535.6)；POLD1(例如GenBank登录号NM_001308632.1)；POLE(例如GenBank登录号NM_006231.3)；POLH(例如GenBank登录号NM_001291970.1)；POT1(例如GenBank登录号NM_001042594.1)；PRKAR1A(例如GenBank登录号NM_001278433.1)；PRSS1(例如GenBank登录号NM_002769.4)；PTCH1(例如GenBank登录号NM_000264.3)；PTEN(例如GenBank登录号NM_000314.6)；PTPN11(例如GenBank登录号NM_001330437.1)；RAD51C(例如GenBank登录号NR_103873.1)；RAF1(例如GenBank登录号NM_002880.3)；RB1(例如GenBank登录号NM_000321.2)；RECQL4(例如GenBank登录号NM_004260.3)；RET(例如GenBank登录号)；RNF43(例如GenBank登录号NM_017763.5)；ROS1(例如GenBank登录号NM_002944.2)；RUNX1(例如GenBank登录号NM_001122607.1)；SBDS(例如GenBank登录号NM_016038.2)；SDHAF2(例如GenBank登录号NM_017841.2)；SDHB(例如GenBank登录号)；SDHC(例如GenBank登录号)；SDHD(例如GenBank登录号NM_001276503.1)；SF3B1(例如GenBank登录号NM_001308824.1)；SMAD2(例如GenBank登录号NM_001135937.2)；SMAD3(例如GenBank登录号NM_001145104.1)；SMAD4(例如GenBank登录号NM_005359.5)；SMARCB1(例如GenBank登录号NM_001007468.2)；SMO(例如GenBank登录号NM_005631.4)；SRC(例如GenBank登录号NM_005417.4)；STAG2(例如GenBank登录号NM_001282418.1)；STK11(例如GenBank登录号NM_000455.4)；SUFU(例如GenBank登录号NM_001178133.1)；TERT(例如GenBank登录号NM_001193376.1)；TET2(例如GenBank登录号NM_017628.4)；TGFBR2(例如GenBank登录号NM_001024847.2)；TNFAIP3(例如GenBank登录号NM_001270508.1)；TOP1(例如GenBank登录号NM_003286.3)；TP53(例如GenBank登录号NM_000546.5)；TSC1(例如GenBank登录号NM_001162427.1)；TSC2(例如GenBank登录号NM_001318832.1)；TSHR(例如GenBank登录号NM_000369.2)；VHL(例如GenBank登录号NM_000551.3)；WAS(例如GenBank登录号NM_000377.2)；WRN(例如GenBank登录号NM_000553.4)；WT1(例如GenBank登录号NM_000378.4)；XPA(例如GenBank登录号NM_000380.3)；XPC(例如GenBank登录号NM_004628.4)；和/或XRCC1(例如GenBank登录号NM_006297.2)。应当理解的是，上文和本文的其他地方提供的序列是示例性的，并且用于说明适用于本披露的一些实施例的序列。还应当理解的是，在一些实施例中，编码本文提及的基因产物的序列是基因组DNA序列。对于本文所提及的每个基因或基因产物(例如，转录物、mRNA、或蛋白质)，熟练技术人员将意识到除了上文提供的示例性、非限制性RNA序列的另外的合适的序列，或者将能够基于本披露和本领域的知识而不超出常规努力来确定这种合适的序列。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ABL1、ACVR1、AKT1、AKT2、ALK、APC、AR、ARID1A、ARID1B、ASXL1、ATM、ATRX、AURKA、AXIN2、BAP1、BCL2、BCR、BLM、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRIP1、BTK、BUB1B、CALR、CBL、CCND1、CCNE1、CDC73、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CEBPA、CHEK2、CIC、CREBBP、CSF1R、CTNNB1、CYLD、DAXX、DDB2、DDR2、DICER1、DNMT3A、EGFR、EP300、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC1、ERCC2、ERCC3、ERCC4、ERCC5、ESR1、ETV1、ETV5、EWSR1、EXT1、EXT2、EZH2、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FBXW7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FLCN、FLT3、FLT4、FOXL2、GATA1、GATA2、GNA11、GNAQ、GNAS、GPC3、H3F3A、H3F3B、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、IGF1R、IGF2R、IKZF1、JAK1、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KRAS、MAML1、MAP2K1、MAP2K4、MDM2、MDM4、MED12、MEN1、MET、MLH1、MLL、MPL、MSH2、MSH6、MTOR、MUTYH、MYC、MYCL1、MYCN、MYD88、NBN、NCOA3、NF1、NF2、NKX2-1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NPM1、NRAS、NTRK1、PALB2、PAX5、PBRM1、PDGFRA、PHOX2B、PIK3CA、PIK3R1、PMS1、PMS2、POLD1、POLE、POLH、POT1、PRKAR1A、PRSS1、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAD51C、RAF1、RB1、RECQL4、RET、RNF43、ROS1、RUNX1、SBDS、SDHAF2、SDHB、SDHC、SDHD、SF3B1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMARCB1、SMO、SRC、STAG2、STK11、SUFU、TERT、TET2、TGFBR2、TNFAIP3、TOP1、TP53、TSC1、TSC2、TSHR、VHL、WAS、WRN、WT1、XPA、XPC、和/或XRCC1。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ARID1A、ATM、B2M、BCL2、BCL6、BCL7A、BRAF、BTG1、CARD11、CCND3、CD58、CD79B、CDKN2A、CREBBP、EP300、EZH2、FOXO1、GNA13、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H1E、IKZF3、IRF4、ITPKB、KDM6A、KIT、KMT2D、KRAS、MEF2B、MYC、MYD88、NOTCH1、NOTCH2、NRAS、PIK3CA、PIM1、POU2F2、PRDM1、PTEN、PTPN1、PTPN11、PTPN6、PTPRD、RB1、S1PR2、SGK1、SMARCB1、SOCS1、STAT6、TBL1XR1、TNFAIP3、TNFRSF14、TP53、和/或XPO1。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：AKT1、ALK、ARID1A、ATM、B2M、BCL2、BCL6、BCL7A、BTG2、CARD11、CCND3、CD79B、CDKN2A、CREBBP、EP300、EZH2、FBXW7、FOXO1、HLA-C、HRAS、IKZF3、IRF4、KDM6A、KRAS、MEF2B、MYD88、NOTCH1、NPM1、NRAS、PIK3CA、PIM1、PRDM1、PTEN、RB1、RBBP4、SMARCB1、SUZ12、TNFRSF14、和/或TP53。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ALK、EWSR1、ROS1、BCL2、MLL、TMPRSS2、BCR、MYC、FGFR3、BRAF、NTRK1、TACC3、DNAJB1、PDGFRA、EGFR、PDGFRB、ETV1、PRKACA、ETV4、RAF1、ETV5、RARA、ETV6、和/或RET。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ALK(内含子19)、BCL2(MBR断裂点区域)、BCL2(MCR断裂点区域)、BCL6、CD274、CIITA、MYC(整个基因+40kbp上游)、和/或PDCD1LG2。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：BCL2、CD274(PDL1)、FOXP1、JAK2、KDM4C、PDCD1LG2(PDL2)、和/或REL。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ARID1A、ATM、B2M、BCL2、BCL6、BCL7A、BRAF、CARD11、CCND3、CD274(PDL1)、CD58、CD79B、CDKN2A、CIITA、CREBBP、EZH2(非-Y646)、EZH2(Y646)、EP300、FOXO1、FOXP1、GNA13、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H1E、IRF4、IZKF3、JAK2、KDM4C、KDM6A、KIT、KMT2D、KRAS、MEF2B、MYC、MYD88、NOTCH1、NOTCH2、NRAS、PDCD1LG2(PDL2)、PIK3CA、PIM1、POU2F2、PRDM1、PTEN、PTPN11、PTPN6、PTPRD、REL、SOCS1、STAT6、TNFAIP3、TNFRSF14、和/或TP53。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ARID1A、B2M、BCL2、BCL6、CARD11、CCND3、CD274(PDL1)、CD58、CD79B、CDKN2A、CREBBP、EZH2、EP300、FOXO1、GNA13、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H1E、KMT2D、KRAS、MEF2B、MYC、MYD88(273P)、PDCD1LG2(PDL2)、PIM1、POU2F2、PRDM1、SOCS1、STAT6、TNFAIP3、和/或TNFRSF14。在一些实施例中，如与由野生型序列编码的蛋白质的功能相比，该至少一个突变减少由突变序列编码的蛋白质的功能。在一些实施例中，该至少一个突变是功能缺失性突变。在一些实施例中，该方法进一步包括在受试者中检测该至少一个突变。在一些实施例中，该检测包括使从受试者获得的样品经受序列分析测定。在一些实施例中，EZH2抑制剂是或其药学上可接受的盐。在一些实施例中，该EZH2抑制剂是口服给予的。在一些实施例中，该EZH2抑制剂被配制为片剂。在一些实施例中，该EZH2抑制剂的治疗有效量是在100mg/天与3200mg/天之间。-在一些实施例中，该EZH2抑制剂的治疗有效量是100mg/天、200mg/天、400mg/天、600mg/天、800mg/天、1000mg/天、1200mg/天、1400mg/天、1600mg/天、或3200mg/天。在一些实施例中，该治疗有效量是1600mg/天。在一些实施例中，按800mg每天两次(BID)给予治疗有效量的抑制剂。在一些实施例中，该至少一个突变降低了组蛋白(3)上赖氨酸(K)的乙酰化水平，这是与由野生型HAT造成的对相同赖氨酸的乙酰化水平相比而言的。在一些实施例中，组蛋白(3)上的赖氨酸(K)是在位置27处(H3K27)。在一些实施例中，该至少一个突变发生在EP300基因的序列中或编码组蛋白乙酰转移酶p300的序列中。在一些实施例中，该至少一个突变导致丝氨酸(S)取代组蛋白乙酰转移酶p300的位置1289处的苯丙氨酸(F)。在一些实施例中，该突变可以发生在EP300基因的序列中或编码组蛋白乙酰转移酶p300的蛋白质的序列中。可以在EP300基因或编码p300的蛋白质的序列中发生的突变是酪氨酸(Y)取代在位置1467(例如，按SEQIDNO:20中的编号)处的天冬氨酸(D)。可以在EP300基因或编码p300的蛋白质的序列中发生的突变是丝氨酸(S)取代位置1289(例如，按SEQIDNO:20中的编号)处的苯丙氨酸(F)。在一些实施例中，该至少一个突变发生在CREB结合蛋白基因的序列中或在编码CREBB的序列中。在一些实施例中，该至少一个突变导致磷酸(P)取代CREBBP的位置1494(例如，按SEQIDNO:24中的编号)处的苏氨酸(T)。在一些实施例中，该至少一个突变导致精氨酸(R)取代CREBBP的位置1446(例如，按SEQIDNO:24中的编号)处的亮氨酸(L)。在一些实施例中，该至少一个突变导致亮氨酸(L)取代CREBBP的位置1499(例如，按SEQIDNO:24中的编号)处的磷酸(P)。在一些实施例中，受试者表达野生型EZH2蛋白，并且不表达突变体EZH2蛋白。在一些实施例中，受试者表达突变体EZH2蛋白。在一些实施例中，突变体EZH2蛋白包括除酪氨酸(Y)之外的任何氨基酸取代SEQIDNO:1的位置641处的酪氨酸(Y)。在一些实施例中，突变体EZH2蛋白包括除丙氨酸(A)之外的任何氨基酸对SEQIDNO:1的位置682处的丙氨酸(A)的取代。在一些实施例中，突变体EZH2蛋白包括除丙氨酸(A)之外的任何氨基酸对SEQIDNO:1的位置692处的丙氨酸(A)的取代。在一些实施例中，至少一个突变包括MYD88、STAT6A、和/或SOCS1突变。在一些实施例中，受试者不具有MYC和/或HIST1H1E突变。在一些实施例中，受试者(a)具有MYD88、STAT6A、和/或SOCS1突变，并且(b)不具有MYC和/或HIST1H1E突变。在一些实施例中，受试者具有在编码人类组蛋白乙酰转移酶(HAT)的序列中的突变。在一些实施例中，受试者是人类受试者。在一些实施例中，受试者患有癌症。在一些实施例中，该癌症是B细胞淋巴瘤。在一些实施例中，该B细胞淋巴瘤是活化的B细胞(ABC)类型。在一些实施例中，该B细胞淋巴瘤是生发B细胞(GBC)类型。在一些实施例中，该癌症是滤泡性淋巴瘤。在一些实施例中，与正反应相关的至少一个突变包括(a)EZH2突变；(b)组蛋白乙酰转移酶(HAT)突变；(c)STAT6突变；(d)MYD88突变；和/或(e)SOCS1突变。在一些实施例中，与无反应或与负反应相关的至少一个突变包括(a)MYC突变；和/或(b)HIST1H1E突变。在一些实施例中，该方法包括在从该受试者获得的样品中检测该与正反应相关的至少一个突变和/或该与无反应或负反应相关的至少一个突变。在一些实施例中，该方法包括基于以下来选择该受试者以便用该EZH2抑制剂进行治疗：该受试者(a)具有MYD88突变、STAT6A突变、和SOCS1突变中的至少一个，并且(b)不具有MYC突变和/或HIST1H1E突变中的至少一个。在一些实施例中，该至少一个突变由单个突变组成。在一些实施例中，该至少一个突变包括2个或更多个突变。在一些实施例中，该至少一个突变包括3个或更多个突变。在一些实施例中，该至少一个突变包括4个或更多个突变。在一些实施例中，该至少一个突变包括5个或更多个突变。在一些实施例中，该至少一个突变包括2个突变、3个突变、4个突变、5个突变、6个突变、7个突变、8个突变、9个突变、10个突变、11个突变、12个突变、13个突变、14个突变、15个突变、16个突变、17个突变、18个突变、19个突变、或20个突变。在一些实施例中，该至少一个突变包括至少一个阳性突变(例如，具有或不具有阴性突变)。在一些实施例中，该至少一个突变包括至少一个阴性突变(例如，具有或不具有阳性突变)。在一些实施例中，该至少一个突变包括阳性突变和阴性突变二者。如本文所用，术语“阳性突变”是指使受试者、癌症、或恶性细胞或细胞群对EZH2治疗敏感的突变，或在一些实施例中，使得受试者、癌症、或恶性细胞或细胞群对EZH2治疗更敏感的突变。如本文所用，术语“阴性突变”是指使受试者、癌症、或恶性细胞或细胞群对EZH2治疗不敏感的突变，或在一些实施例中，使得受试者、癌症、或恶性细胞或细胞群对EZH2治疗不太敏感的突变。在一些实施例中，本披露提供了对收获自用本披露的化合物治疗的NHL患者的肿瘤样品中的分子变体进行鉴定的方法。在一些实施例中，本披露提供了对收获自用本披露的化合物治疗的NHL患者的无细胞循环肿瘤DNA(ctDNA)中的分子变体进行鉴定的方法。在一些实施例中，其中鉴定的这些分子变体可能与临床反应、最小残留疾病、或抗性的出现相关。以上概述以非限制性的方式意欲说明本文披露的技术的一些实施例、优势、特征、和用途。本文披露的技术的其他实施例、优势、特征、和用途将由于详细说明、附图、实例和权利要求书而是清楚的。附图说明本专利或申请文件含有至少一幅彩色附图。在请求并支付必要的费用后，官方将会提供带有一幅或多幅彩色附图的本专利或专利申请公开物的副本。以上和另外特征将从结合附图时进行的以下详细描述而得以更清楚理解。图1是显示EZH2催化的染色质重塑的示意图。EZH2是多蛋白PRC2(多梳(polycomb)抑制复合物2)的催化亚基。PRC2是可以甲基化H3K27的唯一的人类蛋白质甲基转移酶，催化H3K27的单、二、和三甲基化。H3K27me3是转录抑制性组蛋白标记。H3K27是PRC2的唯一重要底物。H3K27的异常三甲基化在广谱人类癌症中是致癌的(例如B-细胞NHL)。图2是描绘tazemetostat如何独立于EZH2突变状态驱动淋巴瘤细胞凋亡或分化的示意图。图3是显示tazemetostat(EPZ-6438)作为强力并且高度敏感的EZH2抑制剂的示意图。图4是来自表10所描述的试验的NHL中最佳反应的瀑布图。图5是描绘来自表10所描述的试验的在RP2D下来自预期治疗群体的NHL中的客观反应的图。图6是显示来自表10所描述的试验的EZH2突变的DLBCL中的反应的一系列照片和示意图。图7是显示tazemetostat剂量选择的一系列照片、表、和图表。图8是描绘使用39基因新一代测序(NGS)panel(基因组合)检测的体细胞突变的图表，证实组蛋白乙酰转移酶中的体细胞突变可以响应于tazemetostat共分离。图9是描绘使用39基因NGSpanel检测的体细胞突变的图表。图10是显示基线肿瘤突变图谱分析细节的图表。图11是说明1期临床试验(全部NHL患者，N＝21)中治疗的持续时间和肿瘤应答的图表。图12是说明通过抑制NGS错误来检测无细胞DNA中突变的方案。图13是显示在本披露的NHL特异性血浆选择panel中观察到的相对于其基因组位置的不同肿瘤细胞系贡献水平下的一组20个验证情况的变体等位基因频率的一对图表。各个图表显示序列突变分析a)校正前和b)校正后的结果。该图说明NGS背景抑制使得能够检测ctDNA中低至0.1％的变体等位基因。图14是显示如下内容的图表：数字核型分析和重排末端的个性化分析(PARE)的结果，以鉴定在不同肿瘤DNA浓度水平下的结构改变。在无细胞DNA验证测试中检测到ALK易位，该测试设定为降至0.1％的肿瘤纯度。图15A-D是显示在2期NHL试验中突变的相对分布的一系列图表，其中在归档肿瘤中变体等位基因频率为>2％。柱形图绘制了在以下项中观察到的个体基因突变中的每一个的出现频率：(A)所有样品，(B)GCBDLCBCL群组，(C)非-GCBDLBCL群组，和(D)滤泡性淋巴瘤群组。图16A-D是显示在2期NHL试验中突变的相对分布的一系列图表，其中在ctDNA中变体等位基因频率为>0.1％。柱形图绘制了在以下项中观察到的个体基因突变中的每一个的出现频率：(A)所有样品，(B)GCBDLCBCL群组，(C)非-GCBDLBCL群组，和(D)滤泡性淋巴瘤群组。图17是说明在2期患者中治疗的持续时间和肿瘤应答的图表。在不同评估时间点针对16名患者取ctDNA样品用于进一步的ctDNANGS分析，从而监测克隆转换、最小残留疾病、和抗性的出现。图18是说明在62基因NGSpanel中观察到的STAT6的突变的图表的组合。该panel覆盖STAT6的外显子9-14(DNA结合结构域)。图(a)是STAT6蛋白结构域结构的概形。指出了在滤泡性淋巴瘤中STAT6中鉴定的体细胞突变的大概位置。图(b)显示STAT6-DNA复合物的同源模型。经历突变的STAT6残基接近于DNA结合界面，并且以球棍图展示(参见，例如，Yildiz等人.Blood[血液]2015；125:668-679，将其内容通过引用以其全文结合在此)。图(c)是KEGG_JAK_STAT_信号传导_路径的富集图。图19是汇总在来自1期患者的样品中的归档肿瘤中观察到的分子变体的表。观察到的分子变体是移码或无义突变、错义突变、易位和扩增。如果在同一样品中发现多个突变，则只显示最具破坏性的改变。后来在2期样品中鉴定的趋势也出现在1期NHL样品中(例如，EZH2、STAT6、和MYC)。图20是汇总在来自2期患者的归档肿瘤组织中的分子变体的表。观察到的分子变体是移码或无义突变、错义突变、易位、和扩增。感兴趣的变体包括尤其是EZH2、MYD88(273P)和MYC。在9名患者中观察到EZH2突变，其中7名患者展示出>10％的变体等位基因频率；2名患者具有≤10％的变体等位基因频率(10042008，8％；10032004，10％；最佳反应：4例PR、3例SD、和2例PD)。在6名患者中观察到MYD88(273P)突变(最佳反应：3例CR、1例PR、1例PD、和1例未知的反应)；在13名患者中观察到STAT6突变(最佳反应：1例CR、5例PR、4例SD、和3例PD)。在7名患者中观察到MYC突变(最佳反应：5例PD和2例未知的反应)。2种MYC易位与缺乏反应有关。图21是汇总在2期患者中的ctDNA中观察到的具有0.1％的变体等位基因频率的分子变体的表。观察到的分子变体是移码或无义突变、错义突变、易位和扩增。感兴趣的变体包括尤其是EZH2、MYD88(273P)和MYC。在11名患者中观察到EZH2突变(最佳反应：5例PR、2例SD、3例PD、和1例未知的反应)。在6名患者中观察到MYD88(273P)突变(最佳反应：2例CR、1例PR、1例SD和2例PD)；在14名患者中观察到STAT6突变(最佳反应：5例PR、6例SD、和3例PD)。在18名患者中观察到MYC突变(最佳反应：2例PR、3例SD、9例PD、和4例未知的反应)。5种MYC易位与缺乏反应有关。图22是汇总在2期患者中的ctDNA中观察到的具有1％的变体等位基因频率的分子变体的表。观察到的分子变体是移码或无义突变、错义突变、易位和扩增。感兴趣的变体包括尤其是EZH2、MYD88(273P)和MYC。在8名患者中观察到EZH2突变(最佳反应：4例PR、1例SD、和3例PD)。在5名患者中观察到MYD88(273P)突变(最佳反应：2例CR、1例PR、和2例PD)；在10名患者中观察到STAT6突变(最佳反应：4例PR、4例SD、和2例PD)。在5名患者中观察到MYC突变(最佳反应：3例PD和2例未知的反应)。5种MYC易位与缺乏反应有关。图23是基于核受体结合SET结构域蛋白1(NSD1)的A链的部分EZH2蛋白的结构模型。此模型对应于SEQIDNO:1的EZH2序列的氨基酸残基533-732。具体实施方式Tazemetostat展现出作为在患有复发性或难治性DLBCL(GCB和非GCB二者)、滤泡性淋巴瘤(FL)、和边缘区淋巴瘤(MZL)的患者中的单一疗法的临床活性。EZH2呈野生型或突变的肿瘤的客观反应是持久的，因为患者在7+至21+个月持续。作为单一疗法的安全性特征仍然是可以接受的，并且有利于组合发展。800mgBID的推荐的II期剂量(RP2D)由安全性、疗效、PK和PD支持。基线体细胞突变图谱分析揭示了对tazemetostat的客观反应与遗传改变(例如，在编码MYD88、STAT6A、SOCS1、MYC、HIST1H1E以及组蛋白乙酰转移酶(例如像CREBBP和EP300)的基因组序列中的突变)之间的关联。EZH2EZH2为组蛋白甲基转移酶，它是PRC2复合物的催化亚基，PRC2复合物催化组蛋白H3上的赖氨酸27(H3-K27)的单至三甲基化。已经报道了EZH2的单个氨基酸残基(例如，Tyr641，在本文中被称为Y641)处的EZH2基因的点突变与人类B细胞淋巴瘤的子集关联。Morin等人.(2010)NatGenet[自然遗传学]42(2):181-5。具体而言，Morin等人报道了EZH2的酪氨酸641的体细胞突变(Y641F、Y641H、Y641N、和Y641S)与滤泡性淋巴瘤(FL)和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的生发中心B细胞样(GCB)亚型相关。总是发现突变体等位基因与疾病细胞中的野生型等位基因(杂合的)相关，并且这些突变被报道消除PRC2复合物的用于甲基化未修饰的肽底物的酶活性。突变体EZH2是指突变体EZH2多肽或编码突变体EZH2多肽的核酸序列。优选地，该突变体EZH2包括在如SEQIDNO:6所定义的其底物口袋结构域中的一个或多个突变。例如，该突变体可以是取代、点突变、无义突变、错义突变、缺失、或插入。示例性取代氨基酸突变包括在SEQIDNO:1的氨基酸位置677、687、674、685、或641处的取代，例如但不限于在SEQIDNO:1的氨基酸位置677处的甘氨酸(G)取代野生型残基丙氨酸(A)(A677G)；在SEQIDNO:1的氨基酸位置687处的缬氨酸(V)取代野生型残基丙氨酸(A)(A687V)；在SEQIDNO:1的氨基酸位置674处的甲硫氨酸(M)取代野生型残基缬氨酸(V)(V674M)；在SEQIDNO:1的氨基酸位置685处的组氨酸(H)取代野生型残基精氨酸(R)(R685H)；在SEQIDNO:1的氨基酸位置685处的半胱氨酸(C)取代野生型残基精氨酸(R)(R685C)；在SEQIDNO:1的氨基酸位置641处的苯基丙氨酸(F)取代野生型残基酪氨酸(Y)(Y641F)；在SEQIDNO:1的氨基酸位置641处的组氨酸(H)取代野生型残基酪氨酸(Y)(Y641H)；在SEQIDNO:1的氨基酸位置641处的天冬酰胺(N)取代野生型残基酪氨酸(Y)(Y641N)；在SEQIDNO:1的氨基酸位置641处的丝氨酸(S)取代野生型残基酪氨酸(Y)(Y641S)；或在SEQIDNO:1的氨基酸位置641处的半胱氨酸(C)取代野生型残基酪氨酸(Y)(Y641C)。突变还可以包括以下取代：丝氨酸(S)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置322处的野生型残基天冬酰胺(N)(N322S)；谷氨酰胺(Q)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置288处的野生型残基精氨酸(R)(R288Q)；异亮氨酸(I)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置573处的野生型残基苏氨酸(T)(T573I)；谷氨酸(E)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置664处的野生型残基天冬氨酸(D)(D664E)；谷氨酰胺(Q)取代在SEQIDNO:5的氨基酸位置458处的野生型残基精氨酸(R)(R458Q)；赖氨酸(K)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置249处的野生型残基谷氨酸(E)(E249K)；半胱氨酸(C)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置684处的野生型残基精氨酸(R)(R684C)；组氨酸(H)取代在SEQIDNO:21的氨基酸位置628处的野生型残基精氨酸(R)(R628H)；组氨酸(H)取代在SEQIDNO:5的氨基酸位置501处的野生型残基谷氨酰胺(Q)(Q501H)；天冬酰胺(N)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置192处的野生型残基天冬氨酸(D)(D192N)；缬氨酸(V)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置664处的野生型残基天冬氨酸(D)(D664V)；亮氨酸(L)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置704处的野生型残基缬氨酸(V)(V704L)；丝氨酸(S)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置132处的野生型残基脯氨酸(P)(P132S)；赖氨酸(K)取代在SEQIDNO:21的氨基酸位置669处的野生型残基谷氨酸(E)(E669K)；苏氨酸(T)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置255处的野生型残基丙氨酸(A)(A255T)；缬氨酸(V)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置726处的野生型残基谷氨酸(E)(E726V)；酪氨酸(Y)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置571处的野生型残基半胱氨酸(C)(C571Y)；半胱氨酸(C)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置145处的野生型残基苯丙氨酸(F)(F145C)；苏氨酸(T)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置693处的野生型残基天冬酰胺(N)(N693T)；丝氨酸(S)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置145处的野生型残基苯丙氨酸(F)(F145S)；组氨酸(H)取代在SEQIDNO:21的氨基酸位置109处的野生型残基谷氨酰胺(Q)(Q109H)；半胱氨酸(C)取代在SEQIDNO:21的氨基酸位置622处的野生型残基苯丙氨酸(F)(F622C)；精氨酸(R)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置135处的野生型残基甘氨酸(G)(G135R)；谷氨酰胺(Q)取代在SEQIDNO:5的氨基酸位置168处的野生型残基精氨酸(R)(R168Q)；精氨酸(R)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置159处的野生型残基甘氨酸(G)(G159R)；半胱氨酸(C)取代在SEQIDNO:5的氨基酸位置310处的野生型残基精氨酸(R)(R310C)；组氨酸(H)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置561处的野生型残基精氨酸(R)(R561H)；组氨酸(H)取代在SEQIDNO:21的氨基酸位置634处的野生型残基精氨酸(R)(R634H)；精氨酸(R)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置660处的野生型残基甘氨酸(G)(G660R)；半胱氨酸(C)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置181处的野生型残基酪氨酸(Y)(Y181C)；精氨酸(R)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置297处的野生型残基组氨酸(H)(H297R)；丝氨酸(S)取代在SEQIDNO:21的氨基酸位置612处的野生型残基半胱氨酸(C)(C612S)；酪氨酸(Y)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置694处的野生型残基组氨酸(H)(H694Y)；丙氨酸(A)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置664处的野生型残基天冬氨酸(D)(D664A)；苏氨酸(T)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置150处的野生型残基异亮氨酸(I)(I150T)；精氨酸(R)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置264处的野生型残基异亮氨酸(I)(I264R)；亮氨酸(L)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置636处的野生型残基脯氨酸(P)(P636L)；苏氨酸(T)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置713处的野生型残基异亮氨酸(I)(I713T)；脯氨酸(P)取代在SEQIDNO:5的氨基酸位置501处的野生型残基谷氨酰胺(Q)(Q501P)；谷氨酰胺(Q)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置243处的野生型残基赖氨酸(K)(K243Q)；天冬氨酸(D)取代在SEQIDNO:5的氨基酸位置130处的野生型残基谷氨酸(E)(E130D)；甘氨酸(G)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置509处的野生型残基精氨酸(R)(R509G)；组氨酸(H)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置566处的野生型残基精氨酸(R)(R566H)；组氨酸(H)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置677处的野生型残基天冬氨酸(D)(D677H)；天冬酰胺(N)取代在SEQIDNO:5的氨基酸位置466处的野生型残基赖氨酸(K)(K466N)；组氨酸(H)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置78处的野生型残基精氨酸(R)(R78H)；甲硫氨酸(M)取代在SEQIDNO:6的氨基酸位置1处的野生型残基赖氨酸(K)(K6M)；亮氨酸(L)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置538处的野生型残基丝氨酸(S)(S538L)；谷氨酰胺(Q)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置149处的野生型残基亮氨酸(L)(L149Q)；缬氨酸(V)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置252处的野生型残基亮氨酸(L)(L252V)；缬氨酸(V)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置674处的野生型残基亮氨酸(L)(L674V)；缬氨酸(V)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置656处的野生型残基丙氨酸(A)(A656V)；天冬氨酸(D)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置731处的野生型残基丙氨酸(A)(Y731D)；苏氨酸(T)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置345处的野生型残基丙氨酸(A)(A345T)；天冬氨酸(D)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置244处的野生型残基丙氨酸(A)(Y244D)；色氨酸(W)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置576处的野生型残基半胱氨酸(C)(C576W)；赖氨酸(K)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置640处的野生型残基天冬酰胺(N)(N640K)；赖氨酸(K)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置675处的野生型残基天冬酰胺(N)(N675K)；酪氨酸(Y)取代在SEQIDNO:21的氨基酸位置579处的野生型残基天冬氨酸(D)(D579Y)；异亮氨酸(I)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置693处的野生型残基天冬酰胺(N)(N693I)；以及赖氨酸(K)取代在SEQIDNO:3的氨基酸位置693处的野生型残基天冬酰胺(N)(N693K)。突变可以是在SEQIDNO:3、5或21的氨基酸位置730、391、461、441、235、254、564、662、715、405、685、64、73、656、718、374、592、505、730、或363或者编码SEQIDNO:3、5、或21的核酸序列的相应核苷酸位置处的移码。EZH2的突变还可以是在SEQIDNO:3、5或21的氨基酸位置148与149之间插入谷氨酸(E)。EZH2突变的另一个实例是在SEQIDNO:3、5或21的氨基酸位置148和149处缺失谷氨酸(E)和亮氨酸(L)。突变体EZH2可进一步包括在SEQIDNO:3、5或21的氨基酸位置733、25、317、62、553、328、58、207、123、63、137、或60处的无义突变。人类EZH2核酸和多肽已经在先前描述。参见例如，Chen等人(1996)Genomics[基因组学]38:30-7[746个氨基酸]；Swiss-Prot登录号Q15910[746个氨基酸]；GenBank登录号NM_004456和NP_004447(同种型a[751个氨基酸])；以及GenBank登录号NM_152998和NP_694543(同种型b[707个氨基酸])，这些参考文献中的每一个通过引用以其全文结合在此。图23中提供了基于核受体结合SET结构域蛋白1(NSD1)的A链的部分EZH2蛋白的结构模型。此模型对应于SEQIDNO:1的EZH2序列的氨基酸残基533-732。以下提供了此结构模型的相应氨基酸序列。底物口袋结构域中的残基加下划线。SET结构域中的残基以斜体显示。据信EZH2的催化位点位于被称为SET结构域的蛋白质的保守结构域中。EZH2的SET结构域的氨基酸序列由跨越Swiss-Prot登录号Q15910(SEQIDNO:1)的氨基酸残基613-726的以下部分序列提供：HLLLAPSDVAGWGIFIKDPVQKNEFISEYCGEIISQDEADRRGKVYDKYMCSFLFNLNNDFVVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVMMVNGDHRIGIFAKRAIQTGEELFFDY(SEQIDNO:7).SEQIDNO:7中加下划线显示的酪氨酸(Y)残基是Swiss-Prot登录号Q15910(SEQIDNO:1)中的Tyr641(Y641)。GenBank登录号NP_004447(SEQIDNO:3)的SET结构域跨越氨基酸残基618-731并且与SEQIDNO:6相同。对应于在SEQIDNO:7中加下划线显示的Swiss-Prot登录号Q15910中的Y641的酪氨酸残基是GenBank登录号NP_004447(SEQIDNO:3)中的Tyr646(Y646)。GenBank登录号NP_694543(SEQIDNO:5)的SET结构域跨越氨基酸残基574-687并且与SEQIDNO:7相同。对应于在SEQIDNO:7中加下划线显示的Swiss-Prot登录号Q15910中的Y641的酪氨酸残基是GenBank登录号NP_694543(SEQIDNO:5)中的Tyr602(Y602)。编码GenBank登录号NP_004447的SET结构域的核苷酸序列是catctattgctggcaccatctgacgtggcaggctgggggatttttatcaaagatcctgtgcagaaaaatgaattcatctcagaatactgtggagagattatttctcaagatgaagctgacagaagagggaaagtgtatgataaatacatgtgcagctttctgttcaacttgaacaatgattttgtggtggatgcaacccgcaagggtaacaaaattcgttttgcaaatcattcggtaaatccaaactgctatgcaaaagttatgatggttaacggtgatcacaggataggtatttttgccaagagagccatccagactggcgaagagctgttttttgattac(SEQIDNO:8)，其中编码Y641的密码子加下划线显示。出于本申请的目的，人类EZH2的氨基酸残基Y641应被理解为是指在Swiss-Prot登录号Q15910中是或对应于Y641的酪氨酸残基。人类EZH2的Y641突变体，和相等地，EZH2的Y641突变体应被理解为是指人类EZH2中对应于野生型人类EZH2的Y641的氨基酸残基被除酪氨酸外的氨基酸残基取代。在一个实施例中，EZH2的Y641突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的Y641的单个氨基酸残基被除酪氨酸外的氨基酸残基取代。在一个实施例中，EZH2的Y641突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的Y641的单个氨基酸残基被苯基丙氨酸(F)取代。对应于这个实施例的EZH2的Y641突变体此处被称为Y641F突变体，或等同地，Y641F。在一个实施例中，EZH2的Y641突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的Y641的单个氨基酸残基被组氨酸(H)取代。对应于这个实施例的EZH2的Y641突变体此处被称为Y641H突变体，或等同地，Y641H。在一个实施例中，EZH2的Y641突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的Y641的单个氨基酸残基被天冬酰胺(N)取代。对应于这个实施例的EZH2的Y641突变体此处被称为Y641N突变体，或等同地，Y641N。在一个实施例中，EZH2的Y641突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的Y641的单个氨基酸残基被丝氨酸(S)取代。对应于这个实施例的EZH2的Y641突变体此处被称为Y641S突变体，或等同地，Y641S。在一个实施例中，EZH2的Y641突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的Y641的单个氨基酸残基被半胱氨酸(C)取代。对应于这个实施例的EZH2的Y641突变体此处被称为Y641C突变体，或等同地，Y641C。在一个实施例中，EZH2的A677突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的A677的单个氨基酸残基被非丙氨酸的氨基酸，优选是甘氨酸(G)取代。对应于这个实施例的EZH2的A677突变体此处被称为A677突变体，并且优选是A677G突变体，或等同地，A677G。在一个实施例中，EZH2的A687突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的A687的单个氨基酸残基被非丙氨酸的氨基酸，优选是缬氨酸(V)取代。对应于这个实施例的EZH2的A687突变体此处被称为A687突变体，并且优选是A687V突变体，或等同地，A687V。在一个实施例中，EZH2的R685突变体的氨基酸序列不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列，不同之处仅是相应于野生型人类EZH2的R685的单个氨基酸残基被非丙氨酸的氨基酸，优选是组氨酸(H)或半胱氨酸(C)取代。对应于这个实施例的EZH2的R685突变体此处被称为R685突变体，并且优选是R685C突变体或R685H突变体，或等同地，R685H或R685C。在一个实施例中，EZH2的突变体的氨基酸序列在如SEQIDNO:6所定义的它的底物口袋结构域中的一个或多个氨基酸残基不同于野生型人类EZH2的氨基酸序列。对应于这个实施例的EZH2的突变体此处被称为EZH2突变体。组蛋白乙酰转移酶本披露的组蛋白乙酰转移酶(HAT)通过从乙酰辅酶A转移乙酰基基团以形成ε-N-乙酰基赖氨酸来激活基因转录，该ε-N-乙酰基赖氨酸用于修饰组蛋白并通过例如产生或暴露用于蛋白质-蛋白质间相互作用结构域的结合位点来增加转录。本披露的HAT酶包括但不限于p300/CBP家族的那些酶。在某些实施例中，本披露的突变可以在以下中存在：编码p300HAT的序列，包括编码p300的EP300基因的核苷酸序列(下文中，对应于GenBank登录号NM_001429.3，被定义为智人E1A结合蛋白质p300(EP300)，mRNA；并且被鉴定为SEQIDNO:19)。在某些实施例中，本披露的突变可以在以下中存在：编码p300HAT的序列，包括p300蛋白质的氨基酸序列(下文中，对应于GenBank登录号NP_001420.2，被定义为智人E1A-结合蛋白质，300kD；E1A-相关蛋白质p300；p300HAT；并且被鉴定为SEQIDNO:20)。在某些实施例中，本披露的突变可以在以下中存在：编码CREB结合蛋白质(CREBBP)HAT的序列，包括编码CREBBP的核苷酸序列(下文中，对应于GenBank登录号NM_004380，被定义为智人CREB结合蛋白质(CREBBP)，转录物变体1，mRNA；并且被鉴定为SEQIDNO:23)。在某些实施例中，本披露的突变可以在以下中存在：编码CREB结合蛋白质(CREBBP)HAT的序列，包括编码CREBBP的氨基酸序列(下文中，对应于GenBank登录号NP_004371，被定义为智人CREB-结合蛋白质同种型a；并且被鉴定为SEQIDNO:24)。在某些实施例中，本披露的突变可以在以下中存在：编码CREB结合蛋白(CREBBP)HAT的序列，包括编码CREBBP的核苷酸序列(下文中，对应于GenBank登录号NM_001079846，被定义为智人CREB结合蛋白质(CREBBP)，转录物变体2，mRNA；并且被鉴定为SEQIDNO:25)。在某些实施例中，本披露的突变可以在以下中存在：编码CREB结合蛋白质(CREBBP)HAT的序列，包括编码CREBBP(下文中，对应于GenBank登录号NP_001073315.1，被定义为智人CREB-结合蛋白质同种型b；并且被鉴定为SEQIDNO:26)的氨基酸序列。MAENLLDGPPNPKRAKLSSPGFSANDSTDFGSLFDLENDLPDELIPNGGELGLLNSGNLVPDAASKHKQLSELLRGGSGSSINPGIGNVSASSPVQQGLGGQAQGQPNSANMASLSAMGKSPLSQGDSSAPSLPKQAASTSGPTPAASQALNPQAQKQVGLATSSPATSQTGPGICMNANFNQTHPGLLNSNSGHSLINQASQGQAQVMNGSLGAAGRGRGAGMPYPTPAMQGASSSVLAETLTQVSPQMTGHAGLNTAQAGGMAKMGITGNTSPFGQPFSQAGGQPMGATGVNPQLASKQSMVNSLPTFPTDIKNTSVTNVPNMSQMQTSVGIVPTQAIATGPTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGEVRACSLPHCRTMKNVLNHMTHCQAGKACQAILGSPASGIQNTIGSVGTGQQNATSLSNPNPIDPSSMQRAYAALGLPYMNQPQTQLQPQVPGQQPAQPQTHQQMRTLNPLGNNPMNIPAGGITTDQQPPNLISESALPTSLGATNPLMNDGSNSGNIGTLSTIPTAAPPSSTGVRKGWHEHVTQDLRSHLVHKLVQAIFPTPDPAALKDRRMENLVAYAKKVEGDMYESANSRDEYYHLLAEKIYKIQKELEEKRRSRLHKQGILGNQPALPAPGAQPPVIPQAQPVRPPNGPLSLPVNRMQVSQGMNSFNPMSLGNVQLPQAPMGPRAASPMNHSVQMNSMGSVPGMAISPSRMPQPPNMMGAHTNNMMAQAPAQSQFLPQNQFPSSSGAMSVGMGQPPAQTGVSQGQVPGAALPNPLNMLGPQASQLPCPPVTQSPLHPTPPPASTAAGMPSLQHTTPPGMTPPQPAAPTQPSTPVSSSGQTPTPTPGSVPSATQTQSTPTVQAAAQAQVTPQPQTPVQPPSVATPQSSQQQPTPVHAQPPGTPLSQAAASIDNRVPTPSSVASAETNSQQPGPDVPVLEMKTETQAEDTEPDPGESKGEPRSEMMEEDLQGASQVKEETDIAEQKSEPMEVDEKKPEVKVEVKEEEESSSNGTASQSTSPSQPRKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKNPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDVWLMFNNAWLYNRKTSRVYKFCSKLAEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKYEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDAAYYSYQNRYHFCEKCFTEIQGENVTLGDDPSQPQTTISKDQFEKKKNDTLDPEPFVDCKECGRKMHQICVLHYDIIWPSGFVCDNCLKKTGRPRKENKFSAKRLQTTRLGNHLEDRVNKFLRRQNHPEAGEVFVRVVASSDKTVEVKPGMKSRFVDSGEMSESFPYRTKALFAFEEIDGVDVCFFGMHVQEYGSDCPPPNTRRVYISYLDSIHFFRPRCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYVTGHIWACPPSEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAFAERIIHDYKDIFKQATEDRLTSAKELPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKKEESTAASETTEGSQGDSKNAKKKNNKKTNKNKSSISRANKKKPSMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIHLHAGPVINTLPPIVDPDPLLSCDLMDGRDAFLTLARDKHWEFSSLRRSKWSTLCMLVELHTQGQDRFVYTCNECKHHVETRWHCTVCEDYDLCINCYNTKSHAHKMVKWGLGLDDEGSSQGEPQSKSPQESRRLSIQRCIQSLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQHTKGCKRKTNGGCPVCKQLIALCCYHAKHCQENKCPVPFCLNIKHKLRQQQIQHRLQQAQLMRRRMATMNTRNVPQQSLPSPTSAPPGTPTQQPSTPQTPQPPAQPQPSPVSMSPAGFPSVARTQPPTTVSTGKPTSQVPAPPPPAQPPPAAVEAARQIEREAQQQQHLYRVNINNSMPPGRTGMGTPGSQMAPVSLNVPRPNQVSGPVMPSMPPGQWQQAPLPQQQPMPGLPRPVISMQAQAAVAGPRMPSVQPPRSISPSALQDLLRTLKSPSSPQQQQQVLNILKSNPQLMAAFIKQRTAKYVANQPGMQPQPGLQSQPGMQPQPGMHQQPSLQNLNAMQAGVPRPGVPPQQQAMGGLNPQGQALNIMNPGHNPNMASMNPQYREMLRRQLLQQQQQQQQQQQQQQQQQQGSAGMAGGMAGHGQFQQPQGPGGYPPAMQQQQRMQQHLPLQGSSMGQMAAQMGQLGQMGQPGLGADSTPNIQQALQQRILQQQQMKQQIGSPGQPNPMSPQQHMLSGQPQASHLPGQQIATSLSNQVRSPAPVQSPRPQSQPPHSSPSPRIQPQPSPHHVSPQTGSPHPGLAVTMASSIDQGHLGNPEQSAMLPQLNTPSRSALSSELSLVGDTTGDTLEKFVEGL新一代测序本披露的化合物是用于在治疗患有非霍奇金淋巴瘤(NHL)的患者和在患有某些遗传学定义的实体瘤的患者中使用的组蛋白甲基转移酶EZH2的抑制剂。激活NHL患者中存在的EZH2突变涉及预测对EZH2抑制的反应(Knutson等人，Nat.Chem.Biol.[自然化学生物学]2012；8:890-896，将其内容通过引用以其全文结合在此)。此外，tazemetostat的1期临床试验证实在EZH2突变体患者和野生型患者二者中的临床反应(ClinicalTrials.gov标识符：NCT01897571)。然而，目前还不清楚除EZH2之外的体细胞突变在NHL患者中对于对tazemetostat反应可能性的影响。在一些方面，本披露提供了靶向多基因NHL的新一代测序(NGS)panel(例如，39-基因panel或62-基因panel，或结合本文提及的多个基因或基因产物的panel)，能够分析来自恶性细胞、组织、或体液(例如，归档组织或从血浆中分离的无细胞循环肿瘤DNA(ctDNA))的样品。在一些方面，该NGSpanel能够鉴定在肿瘤和ctDNA样品中包含以下的分子变体：具体的体细胞序列突变(单碱基和插入/缺失，例如EZH2)、扩增(例如，BLC2)和易位(例如，BCL2和MYC)，其中分别针对归档和ctDNA的变体等位基因频率低至2％和0.1％。例如，鉴定了与对tazemetostat治疗的正(例如，EZH2、STAT6、MYD88、和SOCS1突变)和负(例如，MYC和HIST1H1E突变)临床反应相关的分子变体。此外，利用62基因NHLNGSpanel对1期NHL患者进行的测序揭示了具有代表该样本组中最频繁突变的基因的表观遗传修饰剂CREBBP和KMT2D的复合遗传全景。本披露的其他方面提供了具有使用ctDNA确定分子谱能力的NGSpanel，该NGSpanel在归档肿瘤组织或DNA不存在或有限制性的情况下实现患者表征。此外，分析ctDNA使得能纵向监测患者的突变负荷，而无需进行肿瘤活检。不希望受理论束缚，可以将由本文披露的NGSpanel鉴定的突变用于患者分层。因此，在一些实施例中，本披露提供了如果患者具有本文披露的一个或多个突变，选择用于癌症治疗的患者的方法。在一些实施例中，所选择的用于癌症治疗的患者具有本文披露的两个或更多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、或更多个)突变。在一些实施例中，提供了方法，其中选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂(例如，本文披露的EZH2抑制剂)进行治疗，该选择是基于与受试者中对这种治疗的正反应相关的一个或多个突变的存在，例如如通过ctDNA分析确定的。在一些实施例中，与正反应相关的突变(或两个或更多个突变的组合)是在本文呈现的任何研究(例如在图19-22中汇总的那些)中仅存在于以完全或部分反应而反应的、或在一些实施例中以稳定疾病反应的患者中的突变(或突变的组合)。在一些实施例中，与正反应相关的突变(或两个或更多个突变的组合)是在本文呈现的任何研究(例如在图19-22中汇总的那些)中未随机分布于所检查患者群体内但在以完全或部分反应而反应的、或在一些实施例中以稳定疾病反应的患者中过度呈现的突变(或突变的组合)。在一些实施例中，与正反应相关的突变(或突变的组合)是如与无反应或以进行性疾病(PD)反应的患者群体相比，在反应的(CR，PR，或在一些实施例中SD)患者群体中至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、或至少10倍过度呈现的突变(或突变的组合)。在一些实施例中，提供了方法，其中选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂(例如，本文披露的EZH2抑制剂)进行治疗，该选择是基于与受试者中对这种治疗的负反应相关的一个或多个突变的不存在，例如如通过ctDNA分析确定的。在一些实施例中，与负反应相关的突变(或两个或更多个突变的组合)是在本文呈现的任何研究(例如在图19-22中汇总的那些)中仅存在于无反应或以进行性疾病(PD)反应的患者中的突变(或突变的组合)。在一些实施例中，与负反应相关的突变(或两个或更多个突变的组合)是在本文呈现的任何研究(例如在图19-22中汇总的那些)中未随机分布于所检查患者群体内但在无反应的或以进行性疾病反应的患者中过度呈现的突变(或突变的组合)。在一些实施例中，与负反应相关的突变(或突变的组合)是如与以CR、PR或在一些实施例中SD反应的患者群体相比，在无反应的或进行性疾病(PD)患者群体中至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、或至少10倍过度呈现的突变(或突变的组合)。在一些实施例中，选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂(例如本文披露的EZH2抑制剂)进行治疗，该选择是基于在受试者中存在与在本文所述的任何研究(例如，在图19-22中汇总的那些)中展现完全或部分反应的患者的图谱中观察到的突变相匹配的两个或更多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、或更多个)突变。在一些实施例中，选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂(例如本文披露的EZH2抑制剂)进行治疗，该选择是基于在受试者中存在与在本文所述的任何研究(例如，在图19-22中汇总的那些)中展现完全或部分反应的患者的突变谱相匹配的突变谱(例如两个或更多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、或更多个)突变)。典型地，通过比较给定序列与参考序列(例如，人类参考基因组序列(例如，人类参考基因组hg19))，并且如与参考序列相比鉴定手头序列中的错配来检测基因或基因产物(例如，转录物、mRNA、或蛋白质)中的突变。在一些实施例中，选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂(例如本文披露的EZH2抑制剂)进行治疗，该选择是基于在受试者中存在与在本文所述的任何研究(例如，在图19-22中汇总的那些)中展现稳定疾病的患者的图谱中观察到的突变相匹配的两个或更多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、或更多个)突变。在一些实施例中，选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂(例如本文披露的EZH2抑制剂)进行治疗，该选择是基于在受试者中存在与在本文所述的任何研究(例如，在图19-22中汇总的那些)中展现稳定疾病的患者的突变谱相匹配的突变谱(例如两个或更多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、或更多个)突变)。在一些实施例中，提供了治疗癌症的方法，该方法包括将治疗有效量的EZH2抑制剂给予对其有需要的受试者，其中该受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：在表1-9、表17-19、和/或图19-22中列出的基因或基因产物(例如，转录物、mRNA、或蛋白质)。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：MYD88、STAT6A、SOCS1、MYC、HIST1H1E、ABL1、ACVR1、AKT1、AKT2、ALK、APC、AR、ARID1A、ARID1B、ASXL1、ATM、ATRX、AURKA、AXIN2、BAP1、BCL2、BCR、BLM、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRIP1、BTK、BUB1B、CALR、CBL、CCND1、CCNE1、CDC73、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CEBPA、CHEK2、CIC、CREBBP、CSF1R、CTNNB1、CYLD、DAXX、DDB2、DDR2、DICER1、DNMT3A、EGFR、EP300、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC1、ERCC2、ERCC3、ERCC4、ERCC5、ESR1、ETV1、ETV5、EWSR1、EXT1、EXT2、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FBXW7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FLCN、FLT3、FLT4、FOXL2、GATA1、GATA2、GNA11、GNAQ、GNAS、GPC3、H3F3A、H3F3B、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、IGF1R、IGF2R、IKZF1、JAK1、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KRAS、MAML1、MAP2K1、MAP2K4、MDM2、MDM4、MED12、MEN1、MET、MLH1、MLL、MPL、MSH2、MSH6、MTOR、MUTYH、MYCL1、MYCN、NBN、NCOA3、NF1、NF2、NKX2-1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NPM1、NRAS、NTRK1、PALB2、PAX5、PBRM1、PDGFRA、PHOX2B、PIK3CA、PIK3R1、PMS1、PMS2、POLD1、POLE、POLH、POT1、PRKAR1A、PRSS1、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAD51C、RAF1、RB1、RECQL4、RET、RNF43、ROS1、RUNX1、SBDS、SDHAF2、SDHB、SDHC、SDHD、SF3B1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMARCB1、SMO、SRC、STAG2、STK11、SUFU、TERT、TET2、TGFBR2、TNFAIP3、TOP1、TP53、TSC1、TSC2、TSHR、VHL、WAS、WRN、WT1、XPA、XPC、和/或XRCC1。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ABL1、ACVR1、AKT1、AKT2、ALK、APC、AR、ARID1A、ARID1B、ASXL1、ATM、ATRX、AURKA、AXIN2、BAP1、BCL2、BCR、BLM、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRIP1、BTK、BUB1B、CALR、CBL、CCND1、CCNE1、CDC73、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CEBPA、CHEK2、CIC、CREBBP、CSF1R、CTNNB1、CYLD、DAXX、DDB2、DDR2、DICER1、DNMT3A、EGFR、EP300、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC1、ERCC2、ERCC3、ERCC4、ERCC5、ESR1、ETV1、ETV5、EWSR1、EXT1、EXT2、EZH2、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FBXW7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FLCN、FLT3、FLT4、FOXL2、GATA1、GATA2、GNA11、GNAQ、GNAS、GPC3、H3F3A、H3F3B、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、IGF1R、IGF2R、IKZF1、JAK1、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KRAS、MAML1、MAP2K1、MAP2K4、MDM2、MDM4、MED12、MEN1、MET、MLH1、MLL、MPL、MSH2、MSH6、MTOR、MUTYH、MYCL1、MYCN、NBN、NCOA3、NF1、NF2、NKX2-1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NPM1、NRAS、NTRK1、PALB2、PAX5、PBRM1、PDGFRA、PHOX2B、PIK3CA、PIK3R1、PMS1、PMS2、POLD1、POLE、POLH、POT1、PRKAR1A、PRSS1、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAD51C、RAF1、RB1、RECQL4、RET、RNF43、ROS1、RUNX1、SBDS、SDHAF2、SDHB、SDHC、SDHD、SF3B1、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMARCB1、SMO、SRC、STAG2、STK11、SUFU、TERT、TET2、TGFBR2、TNFAIP3、TOP1、TP53、TSC1、TSC2、TSHR、VHL、WAS、WRN、WT1、XPA、XPC、和/或XRCC1。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ARID1A、ATM、B2M、BCL2、BCL6、BCL7A、BRAF、BTG1、CARD11、CCND3、CD58、CD79B、CDKN2A、CREBBP、EP300、EZH2、FOXO1、GNA13、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H1E、IKZF3、IRF4、ITPKB、KDM6A、KIT、KMT2D、KRAS、MEF2B、MYC、MYD88、NOTCH1、NOTCH2、NRAS、PIK3CA、PIM1、POU2F2、PRDM1、PTEN、PTPN1、PTPN11、PTPN6、PTPRD、RB1、S1PR2、SGK1、SMARCB1、SOCS1、STAT6、TBL1XR1、TNFAIP3、TNFRSF14、TP53、XPO1。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：AKT1、ALK、ARID1A、ATM、B2M、BCL2、BCL6、BCL7A、BTG2、CARD11、CCND3、CD79B、CDKN2A、CREBBP、EP300、EZH2、FBXW7、FOXO1、HLA-C、HRAS、IKZF3、IRF4、KDM6A、KRAS、MEF2B、MYD88、NOTCH1、NPM1、NRAS、PIK3CA、PIM1、PRDM1、PTEN、RB1、RBBP4、SMARCB1、SUZ12、TNFRSF14、和/或TP53。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ALK、EWSR1、ROS1、BCL2、MLL、TMPRSS2、BCR、MYC、FGFR3、BRAF、NTRK1、TACC3、DNAJB1、PDGFRA、EGFR、PDGFRB、ETV1、PRKACA、ETV4、RAF1、ETV5、RARA、ETV6、RET。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ALK(内含子19)、BCL2(MBR断裂点区域)、BCL2(MCR断裂点区域)、BCL6、CD274、CIITA、MYC(整个基因+40kbp上游)、和/或PDCD1LG2。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：BCL2、CD274(PDL1)、FOXP1、JAK2、KDM4C、PDCD1LG2(PDL2)、和/或REL。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ARID1A、ATM、B2M、BCL2、BCL6、BCL7A、BRAF、CARD11、CCND3、CD274(PDL1)、CD58、CD79B、CDKN2A、CIITA、CREBBP、EZH2(非-Y646)、EZH2(Y646)、EP300、FOXO1、FOXP1、GNA13、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H1E、IRF4、IZKF3、JAK2、KDM4C、KDM6A、KIT、KMT2D、KRAS、MEF2B、MYC、MYD88、NOTCH1、NOTCH2、NRAS、PDCD1LG2(PDL2)、PIK3CA、PIM1、POU2F2、PRDM1、PTEN、PTPN11、PTPN6、PTPRD、REL、SOCS1、STAT6、TNFAIP3、TNFRSF14、和/或TP53。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：ARID1A、B2M、BCL2、BCL6、CARD11、CCND3、CD274(PDL1)、CD58、CD79B、CDKN2A、CREBBP、EZH2、EP300、FOXO1、GNA13、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H1E、KMT2D、KRAS、MEF2B、MYC、MYD88(273P)、PDCD1LG2(PDL2)、PIM1、POU2F2、PRDM1、SOCS1、STAT6、TNFAIP3、和/或TNFRSF14。在一些实施例中，受试者具有在编码以下的一个或多个序列中的至少一个突变：EZH2、MYD88、STAT6A、SOCS1、MYC、和/或HIST1H1E。在一些实施例中，受试者具有至少一个突变，与由野生型序列编码的相应基因产物的功能相比，该至少一个突变减少或消除由突变序列编码的基因产物(例如，转录物、mRNA、或蛋白质)的功能。有时还将这样的突变称为功能缺失性突变。适用于本披露的一些实施例的本文提及的基因和基因产物的许多功能缺失性突变对于本领域技术人员是已知的。例如，在一些示例性实施例中，受试者具有在SOCS1中的功能缺失性突变。在一些实施例中，受试者具有至少一个突变，与由野生型序列编码的相应基因产物的功能相比，该至少一个突变增加由突变序列编码的基因产物(例如，转录物、mRNA、或蛋白质)的功能。有时还将这样的突变称为功能获得性突变或激活性突变。适用于本披露的一些实施例的本文提及的基因和基因产物的许多功能获得性突变对于本领域技术人员是已知的。例如，在一些实施例中，受试者具有在编码EZH2、MYD88、STAT6、或MYC的序列中的功能获得性突变。在一些实施例中，受试者具有至少一个功能缺失性突变和至少一个功能获得性突变。例如，在一些实施例中，受试者具有在编码EZH2或STAT6的序列中的至少一个功能获得性突变，和在编码SOCS1的序列中的至少一个功能缺失性突变。在一些实施例中，受试者不具有具体突变，例如，编码MYC的序列中的功能获得性突变或在编码SOCS1的序列中的功能缺失性突变。在一些实施例中，受试者表达突变体EZH2蛋白。在一些实施例中，突变体EZH2蛋白包括以下：除酪氨酸(Y)之外的任何氨基酸对在SEQIDNO:1的位置641处的酪氨酸(Y)的取代；除丙氨酸(A)之外的任何氨基酸对在SEQIDNO:1的位置682处的丙氨酸(A)的取代、和/或除丙氨酸(A)之外的任何氨基酸对在SEQIDNO:1的位置692处的丙氨酸(A)的取代。在一些实施例中，除了突变体EZH2蛋白之外或在突变体EZH2蛋白缺失的情况下，受试者还表达至少一个突变体MYD88、STAT6、和/或SOCS1蛋白。在一些实施例中，受试者不表达突变体MYC和/或突变体HIST1H1E蛋白。在一些实施例中，与相应的野生型蛋白质相比，突变体EZH2蛋白、突变体MYD88蛋白、突变体STAT6蛋白、和/或突变体MYC蛋白展现出活性的增加。在一些实施例中，与相应的野生型SOCS1蛋白相比，突变体SOCS1蛋白展现出降低的活性。在一些实施例中，本文提供的方法进一步包括在受试者中检测至少一个突变。在一些实施例中，这样的检测可以包括使从受试者获得的样品经受合适的序列分析测定，例如，经受新一代测序测定。合适的测序测定被提供在本文中或在其他情况下对于本领域技术人员是已知的，并且本披露在这方面不受限制。本披露的一些方面提供了方法，该方法包括选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂进行治疗，该选择是基于与该受试者中对这种治疗的正反应相关的至少一个突变的存在和/或基于与该受试者中对这种治疗的无反应或负反应相关的至少一个突变的缺失。在一些实施例中，与正反应相关的至少一个突变包括(a)EZH2突变(例如，功能获得性EZH2突变)；(b)组蛋白乙酰转移酶(HAT)突变；(c)STAT6突变(例如，功能获得性STAT6突变)；(d)MYD88突变(例如，功能获得性MYD88突变)；和/或(e)SOCS1突变(例如，功能缺失性SOCS1突变)。在一些实施例中，与无反应或与负反应相关的至少一个突变包括(a)MYC突变(例如，功能获得性MYC突变)；和/或(b)HIST1H1E突变。在一些实施例中，该方法包括通过使样品经受合适的序列分析测定，在从受试者获得的样品中检测与正反应相关的至少一个突变和/或与无反应或负反应相关的至少一个突变。在一些实施例中，该方法包括基于以下来选择该受试者以便用该EZH2抑制剂进行治疗：该受试者(a)具有MYD88突变、STAT6A突变、和SOCS1突变中的至少一个，和/或(b)不具有MYC突变和/或HIST1H1E突变中的至少一个。在一些实施例中，该方法包括基于以下来选择该受试者以便用该EZH2抑制剂进行治疗：该受试者(a)具有MYD88突变、STAT6A突变、和SOCS1突变中的至少一个，并且(b)不具有MYC突变和HIST1H1E突变。本披露的一些方面提供了方法，该方法包括选择患有癌症的受试者以便用EZH2抑制剂进行治疗，该选择是基于在受试者中存在与如在图19-22中任一个所述的展现出完全或部分反应或稳定疾病的患者的突变谱(例如，至少2个、至少3个、至少4个、或至少5个、或更多个突变，或在一些实施例中，所有的突变)相匹配的突变谱。定义根据本披露的方法，可以将“正常”细胞作为比较癌细胞的一种或多种特征的基础，这些特征包括组蛋白乙酰转移酶中导致酶活性降低的一个或多个突变的存在。例如，组蛋白乙酰转移酶中的一个或多个突变可以导致酶的乙酰化活性或功效降低，并且因此导致组蛋白3(H3)上至少一个赖氨酸的乙酰化水平减少或降低。在某些实施例中，组蛋白乙酰转移酶中的一个或多个突变可以导致该酶的乙酰化活性或功效降低，并且因此导致组蛋白3(H3)上赖氨酸27(H3K27)的乙酰化水平减少或降低。如本文所用，“正常细胞”是不能被分类为“细胞增生性病症”的一部分的细胞。一个正常细胞缺乏可导致不希望的病状或疾病发展的非常规生长或异常生长或两者。优选地，正常细胞表达与癌细胞相当量的EZH2。优选地，正常细胞含有全部组蛋白乙酰转移酶的野生型序列，表达没有突变的组蛋白乙酰转移酶转录物，并且表达组蛋白乙酰转移酶蛋白质而没有突变，该组蛋白乙酰转移酶蛋白质保留所有功能为正常活性水平。如本文所用，“接触细胞”是指一种状态，其中化合物或其他物质组合物直接接触细胞，或足够接近以在细胞内诱导期望的生物效果。如本文所用，“治疗(treating或treat)”描述了出于对抗疾病、病症或障碍的目的来管理和护理受试者，并且包括给予本披露的EZH2抑制剂、或其药学上可接受的盐、前药、代谢物、多晶型物或溶剂化物，以缓解癌症的症状或并发症，或消除癌症。如本文所用，术语“减轻”是指用来描述一个过程，其中癌症的体征或症状的严重性降低。重要的是，体征或症状可以减轻而不被消除。在一个优选的实施例中，给予本披露的药物组合物导致体征或症状的消除，然而，不需要消除。有效剂量预期降低体征或症状的严重性。例如，可能发生在多个位置的病症诸如癌症的体征或症状得以减轻的条件是该癌症的严重性在多个位置中的至少一个内下降了。如本文所用，术语“严重性”是指描述癌症从癌前期或良性的状态转变成恶性状态的潜力。可替代地或另外地，严重性是指例如根据TNM分期系统(由国际抗癌联盟(UICC)和美国癌症组合委员会(AJCC)接受)或者由其他
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公认的方法描述的癌症阶段。癌症阶段指的是基于因素诸如原发肿瘤的位置、肿瘤尺寸、肿瘤数和受累的淋巴结(癌症扩散到淋巴结)癌症的程度或严重性。可替代地或另外地，严重性是指由本领域公认的方法(参见，美国国家癌症研究所，www.cancer.gov)描述的肿瘤分级。肿瘤等级是按照癌细胞在显微镜下的外观和肿瘤生长和扩散的可能速度，用于癌细胞分类的系统。当判断肿瘤等级的时候，包括细胞的结构和生长方式的很多因素被考虑。用于确定肿瘤等级的具体因素因每个类型癌症的不同而不同。严重性还描述了一种组织学分级，也称为分化，其是指有多少肿瘤细胞类似于同一组织类型的正常细胞(参见，美国国家癌症研究所，www.cancer.gov)。此外，严重性描述了一种核级，其是指肿瘤细胞中的核的大小和形状以及正在分裂的肿瘤细胞的百分比(参见，美国国家癌症研究所，www.cancer.gov)。本披露的另一个方面，严重性描述了肿瘤已分泌生长因子、降低细胞外基质、成为血管、失去粘附到并列组织或转移的程度。此外，严重性描述了原发肿瘤已经转移的位置的数量。最后，严重性包括治疗不同类型和位置的肿瘤的难度。例如，不能手术的肿瘤、那些更多的接近多个身体系统(血液学和免疫学肿瘤)的那些癌症、和最抵抗传统治疗的那些被认为是最严重的。在这些情况下，延长受试者的预期寿命和/或减轻疼痛，减少癌细胞的比例或者限制细胞于一个系统，以及改善癌症阶段/肿瘤分级/组织学分级/核级被认为是减轻癌症的体征或症状。如本文所用，术语“症状”被定义为疾病、病、损伤或某些在体内不正常的指示。症状被经历该症状的个人感觉到或注意到，但可能不容易被其他人注意。其他人被定义为非医护人员。如本文所用，术语“体征”也被定义为某些在体内不正常的指示。但体征被定义为可以由医生、护士和其他卫生保健专业人士可以看出的事物。癌症是一组可以导致几乎所有的体征或症状的疾病。症状和体征将取决于癌症在哪里、癌症的尺寸、它对附近器官或结构有多大的影响。如果癌症传播(发生转移)，那么症状可出现在身体的不同部位。随着癌症的生长，它开始推动附近的器官、血管、和神经。这种压力造成了癌症的一些体征和症状。癌症可能在其直到生长得相当大才引起一些症状的地方形成。癌症还可能引起诸如发烧、疲劳、或体重减轻的症状。这可能是因为癌细胞耗尽人体的大部分能量供应或释放改变人体新陈代谢的物质。或者癌症可能导致免疫系统以产生这些症状的方式反应。虽然以上列出的体征和症状是癌症中较常见的体征和症状，但还有许多其他体征和症状较少见并且未在此列出。然而，所有本领域公认的癌症体征和症状均是由本披露预期并且涵盖的。治疗癌症可导致肿瘤尺寸的减小。肿瘤尺寸的减小也可以被称为“肿瘤消退”。优选地，在根据本披露方法的治疗后，肿瘤尺寸相对于治疗前的肿瘤尺寸减小5％或更多；更优选地，肿瘤尺寸减小10％或更多；更优选地，减小20％或更多；更优选地，减小30％或更多；更优选地，减小40％或更多；甚至更优选地，减小50％或更多；并且最优选地，减小多于75％或更多。肿瘤尺寸可通过任何可重复测量方式来测量。肿瘤的大小可以测量为肿瘤的直径。治疗癌症可导致肿瘤体积的减小。优选地，在根据本披露方法的治疗后，肿瘤体积相对于治疗前的肿瘤尺寸减小5％或更多；更优选地，肿瘤体积减小10％或更多；更优选地，减小20％或更多；更优选地，减小30％或更多；更优选地，减小40％或更多；甚至更优选地，减小50％或更多；并且最优选地，减小多于75％或更多。肿瘤体积可通过任何可重复测量方式来测量。治疗癌症可导致肿瘤数量的减少。优选地，在治疗后，肿瘤数相对于治疗前的数量减小5％或更多；更优选地，肿瘤数减少10％或更多；更优选地，减小20％或更多；更优选地，减小30％或更多；更优选地，减小40％或更多；甚至更优选地，减小50％或更多；并且最优选地，减少多于75％。肿瘤数可通过任何可重复测量方式来测量。肿瘤数可以通过计数肉眼或在指定的放大率下可见的肿瘤来测量。优选地，指定的放大率是2x、3x、4x、5x、10x、或50x。治疗癌症可导致原生肿瘤位点遥远的其他组织或器官的转移病灶数量的减少。优选地，在根据本披露方法的治疗后，转移病灶的数量相对于治疗前的数量减小5％或更多；更优选地，转移病灶数量减少10％或更多；更优选地，减小20％或更多；更优选地，减小30％或更多；更优选地，减小40％或更多；甚至更优选地，减小50％或更多；并且最优选地，减少多于75％。转移病灶数量可通过任何可重复测量方式来测量。转移病灶数量可通过计数肉眼或在指定的放大率下可见的肿瘤来测量。优选地，指定的放大率是2x、3x、4x、5x、10x、或50x。本披露的EZH2抑制剂或其药学上可接受的盐、前药、代谢物、多晶型物或溶剂化物的有效量是对正常细胞没有显著的细胞毒性。例如，如果给予治疗有效量的本披露EZH2抑制剂未诱导正常细胞大于10％的细胞死亡，那么治疗有效量的本披露EZH2抑制剂对正常细胞没有显著的细胞毒性。如果给予治疗有效量的化合物未诱导正常细胞大于10％的细胞死亡，那么治疗有效量的本披露EZH2抑制剂不会显著地影响正常细胞的活力。使细胞与本披露EZH2抑制剂或其药学上可接受的盐、前药、代谢物、多晶型物或溶剂化物接触可以选择性抑制癌细胞中的EZH2活性。向有需要的受试者给予本披露EZH2抑制剂或其药学上可接受的盐、前药、代谢物、多晶型物或溶剂化物可以选择性抑制癌细胞中的EZH2活性。EZH2抑制剂本披露的EZH2抑制剂包括tazemetostat(EPZ-6438)：或其药学上可接受的盐。Tazemetostat还描述于美国专利号8,410,088、8,765,732、和9,090,562中(其各自的内容以其全文结合在此)。如本文所述，Tazemetostat或其药学上可接受的盐有效地靶向WT和突变体EZH2两者。与其他组蛋白甲基转移酶相比，Tazemetostat是口服生物可利用性的并且对EZH2具有高选择性(即，通过Ki计算的>20,000倍选择性)。重要的是，Tazemetostat具有靶向甲基标记抑制作用，该抑制作用导致在体外杀死基因定义的癌细胞。动物模型在抑制靶甲基标记后也显示了持续的体内功效。本文所述的临床试验结果还证明了Tazemetostat的安全性和有效性。在一些实施例中，以每天大约100mg至大约3200mg，诸如约100mgBID至约1600mgBID(例如，100mgBID、200mgBID、400mgBID、800mgBID、或1600mgBID)的剂量向该受试者给予tazemetostat或其药学上可接受的盐，以用于治疗NHL。在一个实施例中，该剂量是800mgBID。本披露的EZH2抑制剂可包含以下、基本上由以下组成或由以下组成：或其立体异构体或其药学上可接受的盐和溶剂化物。本披露的EZH2抑制剂可包含以下、基本上由以下组成或由以下组成：化合物E或其药学上可接受的盐。本披露的EZH2抑制剂可包含以下、基本上由以下组成或由以下组成：具有下式的GSK-126或其立体异构体或其药学上可接受的盐或溶剂化物。本披露的EZH2抑制剂可包含以下、基本上由以下组成或由以下组成：化合物F或其立体异构体或其药学上可接受的盐或溶剂化物。本披露的EZH2抑制剂可包含以下、基本上由以下组成或由以下组成：化合物Ga-Gc中的任一个或其立体异构体、药学上可接受的盐或溶剂化物。本披露的EZH2抑制剂可包含以下、基本上由以下组成或由以下组成：CPI-1205或GSK343。另外的适合的EZH2抑制剂对于本领域技术人员来说将是显而易见的。在本文提供的策略、治疗形式、方法、组合、和组合物的一些实施例中，所述EZH2抑制剂是US8,536,179(描述了GSK-126等化合物并且对应于WO2011/140324)中所述的EZH2抑制剂，将其各自的全部内容通过引用以其全文并入本文。在本文提供的策略、治疗形式、方法、组合、和组合物的一些实施例中，所述EZH2抑制剂是公布为WO2014/124418的PCT/US2014/015706、公布为WO2013/120104的PCT/US2013/025639以及公布为2015/0368229的US14/839,273中所述的EZH2抑制剂，将其各自的全部内容通过引用以其全文并入本文。在一些实施例中，本文披露的化合物是化合物自身，即游离碱或“裸”分子。在一些实施例中，该化合物是其盐，例如，裸分子的单-HCl盐或三-HCl盐、单-HBr盐或三-HBr盐。含有氮的本文披露的化合物可以通过用氧化剂(例如，3-氯过氧苯甲酸(mCPBA)和/或过氧化氢)处理而转化成N-氧化物，以得到适用于本文披露的任何方法的其他化合物。因此，当化合价和结构允许时，所有示出和要求保护的含氮化合物被认为包括如所示的化合物及其N-氧化物衍生物(可以被指定为NO或N+-O-)。此外，在其他情况下，本文披露的化合物中的氮可以转化成N-羟基或N-烷氧基化合物。例如，可以通过由如m-CPBA的氧化剂将母体胺氧化来制备N-羟基化合物。当化合价和结构允许时，所有示出和要求保护的含氮化合物还被认为覆盖如所示的化合物及其N-羟基(即，N-OH)和N-烷氧基(即，N-OR，其中R是经取代或未经取代的C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、3-14元碳环或3-14元杂环)衍生物。“异构现象”意指具有相同分子式但其原子的键合顺序或其原子的空间排列不同的化合物。原子空间排列不同的异构体称为“立体异构体”。并非彼此的镜像的立体异构体称为“非对映异构体”，并且是彼此的不可重叠的镜像的立体异构体称为“对映异构体”或有时称为光学异构体。含有等量的具有相反手性的单独对映异构形式的混合物称为“外消旋混合物”。键合到四个不相同取代基的碳原子称为“手性中心”。“手性异构体”意指具有至少一个手性中心的化合物。具有多于一个手性中心的化合物可作为单独非对映异构体或作为非对映异构体的混合物存在，称为“非对映异构混合物”。在存在一个手性中心时，立体异构体可通过该手性中心的绝对构型(R或S)来表征。绝对构型是指附接到手性中心的取代基的空间排列。所考虑的附接到手性中心的取代基是根据Cahn、Ingold和Prelog的序列规则(SequenceRule)来排列(Cahn等人，Angew.Chem.Inter.Edit.[应用化学国际版]1966,5,385；勘误表511；Cahn等人，Angew.Chem.[应用化学]1966,78,413；Cahn和Ingold，J.Chem.Soc.[化学学会杂志]1951(伦敦),612；Cahn等人，Experientia[实验]1956,12,81；Cahn，J.Chem.Educ.[化学教育杂志]1964,41,116)。“几何异构体”意指因围绕双键或环烷基接头(例如，1,3-环丁基)的旋转受阻而存在的非对映异构体。这些构型的名称是通过前缀顺式和反式或Z和E来区分，所述前缀指示根据卡恩-英戈尔德-普雷洛格规则，基团位于分子中双键的同侧或对侧。应理解，本文披露的化合物可描述为不同手性异构体或几何异构体。还应理解的是，在化合物具有手性异构体或几何异构体形式时，所有异构体形式均旨在被包括于本披露的范围内，并且化合物的命名不排除任何异构体形式。此外，本披露中讨论的结构和其他化合物包括其所有阻转异构体。“阻转异构体”是这样一类立体异构体，其中两种异构体的原子空间排列不同。阻转异构体是因大基团围绕中心键的旋转受阻引起的旋转受限而存在。此类阻转异构体通常作为混合物存在，但由于色谱技术的最新发展，已可能在所选情形中分离两种阻转异构体的混合物。“互变异构体”是平衡地存在并且易于从一种异构体形式转化成另一种形式的两种或更多种结构异构体之一。这种转化导致氢原子的形式迁移，伴随着相邻共轭双键的转换。互变异构体在溶液中作为互变异构体组的混合物存在。在可能进行互变异构化的溶液中，互变异构体将达到化学平衡。互变异构体的确切比率取决于若干因素，包括温度、溶剂和pH。可通过互变异构作用相互转化的互变异构体的概念被称为互变异构现象。在可能的多种类型的互变异构现象中，通常观察到两种。在酮-烯醇互变异构现象中，电子和氢原子发生同时转移。环-链互变异构现象由于糖链分子中的醛基(-CHO)与同一分子中的一个羟基(-OH)反应使其形成如葡萄糖所展现的环状(环形状)形式而发生。常见互变异构对为：杂环中(例如，在核碱基中，如鸟嘌呤、胸腺嘧啶和胞嘧啶)的酮-烯醇、酰胺-腈、内酰胺-内酰亚胺、酰胺-亚胺酸互变异构现象、亚胺-烯胺和烯胺-烯胺。如下文所示的，酮-烯醇平衡的实例在吡啶-2(1H)-酮与相应的吡啶-2-醇之间。应理解的是，本文披露的化合物可被描绘为不同互变异构体。还应当理解的是，在化合物具有互变异构形式时，所有互变异构形式都旨在被包括于本披露的范围内，并且化合物的命名不排除任何互变异构体形式。本文披露的化合物包括化合物自身，以及其盐和溶剂化物(如果适用的话)。例如，盐可在阴离子与芳基-或杂芳基-取代的苯化合物上的带正电基团(例如，氨基)之间形成。适合的阴离子包括氯离子、溴离子、碘离子、硫酸根、硫酸氢根、氨基磺酸根、硝酸根、磷酸根、柠檬酸根、甲磺酸根、三氟乙酸根、谷氨酸根、葡糖醛酸根、戊二酸根、苹果酸根、马来酸根、琥珀酸根、延胡索酸根、酒石酸根、甲苯磺酸根、水杨酸根、乳酸根、萘磺酸根和乙酸根(例如，三氟乙酸根)。术语“药学上可接受的阴离子”是指适于形成药学上可接受的盐的阴离子。同样，盐也可在阳离子与芳基-或杂芳基-取代的苯化合物上的带负电基团(例如，羧酸根)之间形成。适合的阳离子包括钠离子、钾离子、镁离子、钙离子、以及铵阳离子(诸如四甲基铵离子)。芳基-或杂芳基-取代的苯化合物还包括那些含有季氮原子的盐。在盐形式中，应理解的是，化合物与盐的阳离子或阴离子的比率可以为1:1，或不同于1:1的任何比率，例如3:1、2:1、1:2、或1:3。另外，本文披露的化合物(例如，化合物的盐)可以水合或非水合(无水)形式或作为与其他溶剂分子的溶剂化物而存在。水合物的非限制性实例包括一水合物、二水合物等。溶剂化物的非限制性实例包括乙醇溶剂化物、丙酮溶剂化物等。“溶剂化物”意指含有化学计量量或非化学计量量的溶剂的溶剂加成形式。一些化合物倾向于以结晶固态捕获固定摩尔比率的溶剂分子，从而形成溶剂化物。如果溶剂是水，那么所形成的溶剂化物是水合物；并且如果溶剂是醇，那么所形成的溶剂化物是醇合物。水合物是通过组合一分子或多分子水与一分子物质而形成，其中水保持其分子状态为H2O。如本文使用的，术语“类似物”是指在结构上与另一化合物类似，但在组成上稍微不同的化合物(如由不同元素的原子置换一个原子或在特定官能团存在下、或由另一官能团置换一个官能团)。因此，类似物是与参考化合物在功能和外观上，但不在结构或来源上类似或相当的化合物。如本文所定义，术语“衍生物”是指具有共同的核心结构，并且被如本文所述的不同基团取代的化合物。例如，由化学式(I)表示的所有化合物均是芳基或杂芳基取代的苯化合物，并且具有化学式(I)作为共同核心。术语“生物电子等排体”是指通过原子或原子团由大概相似的另一原子或原子团交换所得的化合物。生物电子等排置换的目标是产生具有与母体化合物相似的生物学特性的新化合物。生物电子等排置换可基于物理化学或拓扑学。羧酸生物电子等排体的实例包括但不限于酰基磺酰亚胺、四唑、磺酸酯和膦酸酯。参见例如，Patani和LaVoie,Chem.Rev.[化学评论]96,3147-3176,1996。本披露旨在包括本披露化合物中存在的原子的所有同位素。同位素包括那些原子数相同但质量数不同的原子。借助一般实例且不受限制的，氢同位素包括氚和氘，并且碳同位素包括C-13和C-14。药物配制品本披露还提供了药物组合物，这些药物组合物包含与至少一种药学上可接受的赋形剂或载体组合的至少一种本文所述的EZH2抑制剂。“药物组合物”是呈适用于给予受试者的形式的含有本披露EZH2抑制剂的配制品。在一些实施例中，该药物组合物呈整块或呈单位剂型。单位剂型是多种形式中的任一种，包括例如胶囊、IV袋、片剂、气溶胶吸入器上的单泵或小瓶。单位剂量组合物中的活性成分(例如，所披露的化合物或其盐、水合物、溶剂化物或异构体的配制品)的量是有效量，并且根据所涉及的具体治疗而变化。本领域的技术人员应认识到，有时有必要依据患者的年龄和病况对剂量进行常规改变。剂量还将取决于给药途径。考虑了多种途径，包括经口、经肺、经直肠、肠胃外、经皮、皮下、静脉内、肌内、腹膜内、吸入、经颊、舌下、胸膜内、鞘内、鼻内等。用于局部或经皮给予本披露的化合物的剂型包括散剂、喷雾剂、软膏剂、糊剂、乳膏剂、洗剂、凝胶剂、溶液、贴剂以及吸入剂。在一些实施例中，在无菌条件下将活性化合物与药学上可接受的载体以及需要的任何防腐剂、缓冲剂、或推进剂混合。如本文使用的，短语“药学上可接受的”是指在合理医学判断的范围内适用于与人类和动物的组织接触而无过度毒性、刺激、过敏反应或其他问题或并发症，与合理益处/风险比相称的那些化合物、材料、组合物、载体和/或剂型。“药学上可接受的赋形剂”意指用于制备药物组合物的赋形剂，它们通常是安全的、无毒性的并且不是生物学上或其他方面不期望的，并且包括兽医使用以及人类药学使用可接受的赋形剂。如本披露所使用的“药学上可接受的赋形剂”包括一种和多于一种这种赋形剂。本披露的药物组合物被配制成与其预期的给予途径相容。给药途径的实例包括包括(例如)肠胃外、静脉内、皮内、皮下、口腔(例如，吸入)、经皮(局部)、和经粘膜给药。用于肠胃外、真皮内或皮下施用的溶液或悬浮液可包括以下组分：无菌稀释剂，如注射用水、盐水溶液、不挥发性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他合成溶剂；抗细菌剂，如苄基醇或对羟苯甲酸甲酯；抗氧化剂，如抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂，如乙二胺四乙酸；缓冲剂，如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐，及用于调节张力的试剂，如氯化钠或右旋糖。可以用酸或碱如盐酸或氢氧化钠调节pH。肠胃外制剂可以被封装在由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多剂量小瓶中。本披露的化合物或药物组合物可以当前用于化学治疗性治疗的多种熟知方法给予受试者。例如，对于治疗癌症，本披露的化合物可以直接被注射进肿瘤，注射进血流或体腔或口服或使用贴剂应用于皮肤。所选剂量应足以构造有效治疗，但未高至可引起不可接受的副作用。疾病病状状态(例如，癌症、癌前病变等)和患者的健康状况在治疗期间和治疗后的合理期限内应优选地被密切监测。如本文所用，“治疗有效量”是指对治疗、改善、或预防所识别疾病或病状有效的或表现出可检测的治疗或抑制效果的EZH2抑制剂、组合物、或其药物组合物的量。该效果可以通过本领域已知的任何测定方法来检测。用于受试者的精确有效量取决于受试者的体重、身材和健康状况；病症的性质和程度；以及选择用于给予的治疗剂或治疗剂的组合。给定情况的治疗有效量可以通过临床医师的技术和判断范围内的常规实验来确定。在优选的方面，待治疗的疾病或病症是癌症，包括但不限于B细胞淋巴瘤，包括活化的B细胞(ABC)和生发B细胞(GBC)亚型。对于本披露的任何EZH2抑制剂，最初治疗有效量可以在细胞培养分析(例如肿瘤细胞的细胞培养分析)中或者在动物模型(通常大鼠、小鼠、兔、狗、或猪)中估算。动物模型还可以用于确定给药的适当浓度范围和途径。然后这类信息可以用于确定对于在人中给药的适用剂量和途径。治疗/预防功效和毒性可通过标准药剂程序在细胞培养物或实验性动物中来确定，例如，ED50(在50％群体中治疗有效的剂量)和LD50(对50％的群体具杀伤性的剂量)。毒性和治疗效果之间的剂量比率是治疗指数，并且可以表达为比率LD50/ED50。呈现大的治疗指数的药物组合物是优选的。剂量可以根据所采用的剂型、患者的敏感性、和给药途径在此范围内变化。调整剂量和给药以提供一种或多种活性药剂的足够水平或维持期望的效果。可考虑的因素包括疾病状况的严重性、受试者的一般健康状况、受试者的年龄、体重以及性别、饮食、给药时间和频率、一种或多种药剂组合、反应灵敏度、以及对治疗的耐受/反应。长效药物组合物依据特定配制品的半衰期和清除率可以每3至4天、每周、或每两周一次给药。含有本披露的EZH2抑制剂的药物组合物可以公知的方式制备，例如通过常规混合、溶解、制粒、制糖衣、磨粉、乳化、胶囊化、包埋、或冻干工艺的手段。药物组合物可以常规方式使用一种或多种促进将活性化合物加工成可在药学上使用的制剂的药学上可接受的载体(包括赋形剂和/或助剂)来配制。当然，适当的配制品取决于所选的给药途径。适合于可注射使用的药物组合物包括无菌水溶液(在水溶性的情况下)或分散液以及用于临时制备无菌可注射溶液或分散液的无菌粉末。对于静脉内给药，适合的载体包括生理盐水、抑菌水、CremophorELTM((巴斯夫公司(BASF)，帕西帕尼，新泽西州)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。在所有情况下，所述组合物必须是无菌的并且必须具有达到容易注射的程度的流动性。它在制备和存储的条件下必须是稳定的并且必须抗微生物(诸如细菌和真菌)的污染作用而保存。该载体可以是包含以下物质的溶剂或分散介质：例如，水、乙醇、多元醇(例如，甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等)，以及其适合的混合物。恰当的流动性可例如通过使用诸如卵磷脂的包衣来维持，在分散液的情况下通过维持所需粒径来维持，以及通过使用表面活性剂来维持。防止微生物的作用可以通过不同的抗细菌以及抗真菌剂，例如对羟苯甲酸酯、三氯叔丁醇、苯酚、抗坏血酸、硫柳汞等来实现。在许多情况下，优选在组合物中包括等渗剂(例如糖)、多元醇(诸如甘露醇、山梨糖醇)、和氯化钠。可通过在组合物中包括延迟吸收的试剂(例如单硬脂酸铝和明胶)来实现可注射组合物的延长吸收。无菌可注射溶液可以通过将所需量的活性化合物根据需要与以上列举的成分中的一种或其组合一起掺入适当溶剂中，随后过滤灭菌来制备。通常，分散液通过将活性化合物掺入无菌媒介物中来制备，所述无菌媒介物含有基础分散介质以及来自以上列举的那些成分的所需其他成分。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末的情况下，制备方法为真空干燥和冷冻干燥，其产生活性成分的粉末以及来自其先前经无菌过滤溶液的任何其他所需成分。口服组合物通常包括惰性稀释剂或可食用的药学上可接受的载体。它们可以被封装在明胶胶囊中或被压成片剂。出于口服治疗性给药的目的，可以将活性化合物随赋形剂一起掺入并且以片剂、锭剂或胶囊剂的形式使用。口服组合物也可以使用流体载体制备用作漱口水，其中将流体载体中的化合物口服施用、漱口(swished)并吐出或咽下。可以包括药学上相容的粘合剂和/或佐剂材料作为组合物的一部分。片剂、丸剂、胶囊、锭剂等可含有以下成分中的任一者或具有类似性质的化合物：粘合剂，如微晶纤维素、黄蓍胶或明胶；赋形剂，诸如淀粉或乳糖；崩解剂，例如海藻酸、普拉莫胶(Primogel)或玉米淀粉；润滑剂，如硬脂酸镁或氢化植物油；助流剂，如胶体二氧化硅；甜味剂，如蔗糖或糖精；或调味剂，如薄荷、水杨酸甲酯或橙味剂。对于通过吸入给药，化合物从加压容器或分配器(其中包含合适的推进剂，例如气体(诸如二氧化碳))、或喷雾器以气溶胶喷雾形式递送。全身给药也可以通过经粘膜或经皮的方式。对于经粘膜或经皮肤给药，在该配制品中使用适合有待渗透的障碍的渗透剂。这样的渗透剂通常是本
技术领域：
所熟知的，并且对于经粘膜给药包括，例如洗涤剂、胆汁盐和夫西地酸衍生物。经粘膜给药可以通过使用鼻喷雾剂或栓剂来实现。对于经皮给药，如本领域中公知的，将活性化合物配制成软膏剂、油膏剂、凝胶剂、或乳膏。可以将这些活性化合物(例如，本披露的EZH2抑制剂)与将保护这些化合物免于从体内快速消除的药学上可接受的载体一起制备，诸如控制释放配制品，包括植入物和微囊化的递送系统。可以使用可生物降解、生物相容的聚合物，诸如乙烯乙酸乙烯酯、聚酐类、聚乙醇酸、胶原、聚原酸酯类、以及聚乳酸。用于制备此类配制品的方法对本领域的普通技术人员而言应是清楚的。所述材料也可以从阿尔扎公司(AlzaCorporation)和新星制药有限公司(NovaPharmaceuticals,Inc.)商购获得。脂质体悬浮液(包括以抗病毒抗原的单克隆抗体靶向受感染细胞的脂质体)也可以用作药学上可接受的载体。这些可以根据在本领域中的普通技术人员已知的方法而制备，例如，如在美国专利号4,522,811中所说明的。特别有利的是以单位剂型配制口服或肠胃外组合物以便给药和剂量统一。如本文使用的单位剂型是指适合作为用于待治疗受试者的单一剂量的物理离散单位；每一单位含有经计算以产生所希望的治疗效果的预定量的活性化合物与所需药物载体的结合。对于本披露的单位剂型的规格被指示为并且直接取决于活性化合物的独特特征和有待实现的特定治疗效果。在治疗性应用中，在影响所选剂量的因素中，根据本披露使用的药物组合物的剂量依据药剂、接受患者的年龄、体重和临床病状以及给予治疗的临床医师或执业医师的经验和判断而变化。通常，剂量应足以导致肿瘤生长的减慢，并且优选是消退，并且还优选是使肿瘤完全消退。药学试剂的有效量是提供如由临床医师或其他有资格的观察者注意到的客观上可识别的改进的量。例如，患者肿瘤的消退可以参考肿瘤的直径来测量。肿瘤直径减小指示消退。治疗停止后肿瘤复发失败也表示消退。如本文使用的，术语“剂量有效的方式”是指活性化合物在受试者或细胞中产生期望的生物效应的量。药物组合物可以同给药说明书一起被包括在容器、包装、或分配器中。本披露的化合物能进一步形成盐。所有这些形式也被考虑在要求保护的披露的范围内。如本文使用的，“药学上可接受的盐”是指本披露的化合物的衍生物，其中母体化合物通过制备其酸或碱的盐来修饰。药学上可接受的盐的实例包括但不限于碱性残基的矿物盐或有机酸盐，如胺，酸性残基(如羧酸等)的碱盐或有机盐。药学上可接受的盐包括常规的无毒盐或例如由无毒的无机酸或有机酸形成的母体化合物的季铵盐。例如，这样的常规无毒盐包括但不限于来源于无机酸和有机酸的那些，所述无机酸和有机酸选自2-乙酰氧基苯甲酸、2-羟基乙磺酸、乙酸、抗坏血酸、苯磺酸、苯甲酸、重碳酸、碳酸、柠檬酸、依地酸、乙二磺酸、1,2-乙磺酸、富马酸、葡庚糖酸、葡糖酸、谷氨酸、乙醇酸、乙二醇阿散酸、己基间苯二酚酸(hexylresorcinic)、水巴米克酸(hydrabamic)、氢溴酸、盐酸、氢碘酸、羟基马来酸、羟萘甲酸、羟乙磺酸、乳酸、乳糖酸、月桂基磺酸、马来酸、苹果酸、扁桃酸、甲磺酸、萘磺酸、硝酸、草酸、扑酸、泛酸、苯乙酸、磷酸、聚半乳糖醛酸、丙酸、水杨酸、硬脂酸、亚乙酸(subacetic)、琥珀酸、氨基磺酸、对氨基苯磺酸、硫酸、鞣酸、酒石酸、甲苯磺酸，以及常见的氨基酸，例如甘氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、精氨酸等。药学上可接受的盐的其他实例包括己酸、环戊烷丙酸、丙酮酸、丙二酸、3-(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸、肉桂酸、4-氯苯磺酸、2-萘磺酸、4-甲苯磺酸、樟脑磺酸、4-甲基二环-[2.2.2]-辛-2-烯-1-甲酸、3-苯基丙酸、三甲基乙酸、叔丁基乙酸、粘糠酸等。本披露还涵盖在以下发生时形成的盐：母体化合物中存在的酸性质子被金属离子(例如，碱金属离子、碱土金属离子或铵离子)替代；或与有机碱(诸如乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、氨丁三醇、N-甲基葡糖胺等)配位。应该理解的是，对药学上可接受的盐的所有提及都包括同一种盐的如本文定义的溶剂加成形式(溶剂化物)或晶形(多晶型物)。本披露的EZH2抑制剂还可以被制备为酯，例如，药学上可接受的酯。例如，化合物中的羧酸官能团可以转化成其相应的酯，例如甲酯、乙酯或其他酯。另外，化合物中的醇基可以转化成其相应的酯，例如乙酸酯、丙酸酯或其他酯。本披露的EZH2抑制剂还可以被制备为前药，例如，药学上可接受的前药。术语“前药(pro-drug)”和“前药(prodrug)”在本文中可互换使用，并且是指在体内释放活性母体药物的任何化合物。由于已知前药可增强药物的许多所需品质(例如，溶解度、生物利用度、制造等)，因此可以将本披露的化合物以前药形式递送。因此，本披露旨在涵盖本披露要求保护的化合物的前药、递送其的方法和含有其的组合物。“前药”旨在包括任何共价键合的载体，当向受试者给予此类前药时这些载体在体内释放本披露的活性母体药物。通过以在常规操纵或体内使修饰裂解为母体化合物的方式修饰存在于化合物中的官能团来制备本披露中的前药。前药包括本公披露的化合物，其中羟基、氨基、巯基、羧基或羰基基团与可在体内裂解以分别形成游离羟基、游离氨基、游离巯基、游离羧基或游离羰基基团的任何基团键合。前药的实例包括但不限于本披露化合物中的羟基官能团的酯(例如，乙酸酯、二烷基氨基乙酸酯、甲酸酯、磷酸酯、硫酸酯和苯甲酸酯衍生物)和氨基甲酸酯(例如N,N-二甲基氨基羰基)、羧基官能团的酯(例如，乙酯、吗啉代乙醇酯)、N-酰基衍生物(例如，N-乙酰基)N-曼尼希碱、氨基官能团的席夫碱和烯胺酮、酮和醛官能团的肟、缩醛、缩酮和烯醇酯等，参见Bundegaard,H.,DesignofProdrugs[前药的设计],第1-92页，爱思唯尔(Elesevier)，纽约-牛津大学(1985)。EZH2抑制剂、或其药学上可接受的盐、酯或前药是经口、经鼻、经皮、经肺、以吸入方式、经颊、舌下、腹膜内、皮下、肌内、静脉内、经直肠、胸膜内、鞘内和肠胃外给予的。在一些实施例中，该化合物是口服给予的。本领域的技术人员应认识到某些给药途径的优点。利用所述化合物的剂量方案是根据多种因素来选择的，包括患者的类型、物种、年龄、体重、性别和医学病症；待治疗病症的严重性；给药途径；患者的肾功能和肝功能；以及所采用的具体化合物或其盐。具有普通技能的医师或兽医可以容易地确定和开具预防、对抗或阻止病状进展的所需的药物的有效量。剂量方案可以是本披露化合物的每日给药(例如每24小时)。剂量方案可以是连续几天的每日给药，例如，至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个或至少七个连续日。每日给药可以多于一次，例如，每日两次、三次或四次(每24小时一次)。给药方案可以是每日给药，接着是至少一天、至少两天、至少三天、至少四天、至少五天或至少六天不给药。本披露所披露的化合物的配制和给药技术可见于Remington:theScienceandPracticeofPharmacy[雷明顿：药学科学与实践],第19版,麦克出版公司(MackPublishingCo.),伊斯顿，宾夕法尼亚州(1995)。在一些实施例中，本文所述的化合物及其药学上可接受的盐在药物配制中与药学上可接受的载体或稀释剂组合使用。适合的药学上可接受的载体包括惰性固体填充剂或稀释剂和无菌水或有机溶液。所述化合物将以足以提供在本文所述范围内的期望剂量的量存在于此类药物组合物中。用于治疗癌症的本披露的方法包括治疗B细胞淋巴瘤，包括活化的B细胞(ABC)和生发B细胞(GBC)亚型。在优选的实施例中，本披露的方法被用于治疗患有B细胞淋巴瘤的受试者。在某些实施例中，B细胞淋巴瘤细胞和/或受试者被表征为在编码组蛋白乙酰转移酶(HAT)的序列中具有一个或多个突变。B细胞淋巴瘤细胞可以在编码HAT、相应的HAT转录物(或其cDNA拷贝)、或HAT蛋白质的基因中包含突变，该突变降低/抑制HAT蛋白质活性。在优选的实施例中，在编码HAT、相应的HAT转录物(或其cDNA拷贝)、或HAT蛋白质的基因中的突变(该突变降低/抑制HAT蛋白质活性)降低或抑制该酶的乙酰化活性或功效，导致组蛋白3(H3)的一个或多个赖氨酸(例如，H3K27)的乙酰化水平降低。导致细胞中组蛋白3(H3)的一个或多个赖氨酸(例如H3K27)的乙酰化水平降低的HAT突变的存在使得该细胞对致癌转化和用EZH2抑制剂治疗是敏感的。可以将本披露的方法用于治疗以下受试者：该受试者在HAT中具有一个或多个突变，该突变降低/抑制HAT的用以乙酰化组蛋白3(H3)的一个或多个赖氨酸(例如，H3K27)的能力，或该受试者在HAT中具有一个或多个突变的一种或多种细胞，这些突变降低/抑制HAT的用以乙酰化组蛋白3(H3)的一个或多个赖氨酸(例如，H3K27)的能力。可通过荧光和非荧光免疫组织化学(IHC)方法(包括本领域普通技术人员熟知的方法)评价HAT表达和/或HAT功能。在某些实施例中，该方法包括：(a)从该受试者获得生物学样品；(b)将该生物学样品或其部分与特异性结合HAT的抗体接触；并且(c)检测与HAT结合的该抗体的量。可替代地或另外地，HAT表达和/或HAT功能可通过包括以下的方法来评价，该方法包括：(a)从该受试者获得生物学样品；(b)对编码来自该生物学样品或其部分的HAT蛋白质的至少一个DNA序列进行测序；并且(c)确定编码HAT蛋白质的该至少一个DNA序列是否含有影响HAT蛋白质表达和/或功能的突变。HAT表达或HAT的功能可通过任选地使用来自受试者的相同生物学样品，检测与HAT结合的抗体的量和通过测序至少一种编码HAT蛋白质的DNA序列来评价。除非另外指出，否则本文使用的所有百分比和比率都是按重量计。根据不同实例，本披露的其他特征和优点是清楚的。所提供的实例说明在实施本披露中有用的不同组分和方法。这些实例并不限制要求保护的披露。基于本披露，技术人员可以识别并利用可用于实施本披露的其他组分和方法。实例为了使本文披露的本发明可得到更有效的理解，提供以下实例。应理解的是，这些实例仅是出于说明目的，而不应当被解释为以任何方式限制本披露。实例1：从39基因panel鉴定一种或多种突变体组蛋白乙酰转移酶在用EZH2抑制剂Tazemetostat治疗之前，对来自分离并包埋在石蜡块中的归档肿瘤组织的DNA进行39个基因(以下表1)的体细胞序列突变(包括单个碱基和插入/缺失)的分析。从福尔马林固定的石蜡包埋的肿瘤样品中切片的多达四个10-微米载玻片中提取DNA。如果经训练的病理学家确定肿瘤含量低于80％，则将样品进行宏切割(macrodissected)。使用定制的Ampli-Seq引物(赛默飞世尔公司(ThermoFisher))，使用10ng的DNA作为输入进行基于扩增子的文库制备。使用乳液PCR完成文库的定量，并然后使用IonTorrentPersonalGenomeMachine(赛默飞世尔公司)进行测序至500X的平均深度。碱基识别、基因作图和突变识别由TorrentSuite3.6.2或更高版本以及突变识别仪插件3.6.63335或更高版本进行。突变识别是仅针对具有超过500X覆盖率的突变来报道，并由至少10％的等位基因频率支持。表1:定制的39基因测序panel.*EZH2&KDM6A覆盖整个编码区域实例2：从来自非霍奇金淋巴瘤(NHL)组织的62基因panel鉴定一种或多种突变体组蛋白乙酰转移酶设计了62个NHL特异性和203个良好表征的癌症基因的panel从而选择性地分析先前被鉴定为体细胞改变的基因组的区域(表2至6)。该panel被设计用于捕获体细胞序列突变(单碱基和小插入/缺失)、扩增、易位、和微卫星不稳定性(MSI)。从多达五个5微米载玻片中提取DNA，这些载玻片是从在开始Tazemetostat治疗之前制备的经福尔马林固定的石蜡包埋肿瘤样品切片制得。使用100ng输入DNA进行靶向基因组捕获，并然后使用具有100bp配对末端读段的IlluminaHiSeq2500平台测序至1500倍的平均深度。通过将经过滤的数据与hg19参考基因组比对，以允许鉴定肿瘤特异性序列改变(单碱基和小插入/缺失改变)来进行生物信息学。分别使用数字核型分析和PARE分析进行拷贝数改变和易位鉴定的进一步分析。通过使用50ng-100ngDNA对实验肿瘤纯度为20％-100％的细胞系样本分析完成了该panel的验证，得到了用于检测358个先前表征的序列突变和结构变体的100％的灵敏度和特异性。表2：定制淋巴瘤CancerSelectTM序列突变基因列表(除了CancerSelect-RTM203基因panel)。*基于在COSMIC中循环突变的那些区域选择特异性外显子表3:定制淋巴瘤CancerSelectTM易位分析基因列表(除了CancerSelect-RTM203基因panel)。表4:定制淋巴瘤CancerSelectTM扩增分析基因列表(除了CancerSelect-RTM203基因panel)。表5:CancerSelect-RTM203基因panel(针对195个良好表征的癌症基因的全长编码序列的序列和拷贝数*分析)。表6:CancerSelect-RTM203基因panel(针对24个良好表征的基因的所选择区域的重排分析)。实例3：非霍奇金淋巴瘤循环DNApanel62个NHL特异性基因的panel被设计成选择性地分析先前被鉴定为具有高特异性(等位基因频率低至0.1％)的体细胞改变的基因组区域(表7)。该panel被设计用于捕获体细胞序列突变(单碱基和小插入/缺失)、扩增、易位、和微卫星不稳定性(MSI)。从来源于多达20mL外周血的血浆中提取DNA。在治疗前和在Tazemetostat治疗历程期间的定义时间点处收集血液。使用150ng输入DNA进行靶向基因组捕获，并然后使用具有100bp配对末端读数的IlluminaHiSeq2500平台进行测序。对于序列突变，平均测序覆盖深度大约为20,000倍，并且对于结构改变为5,000倍。通过将经过滤的数据与hg19参考基因组比对，以允许鉴定肿瘤特异性序列改变(单碱基和小插入/缺失改变)来完成生物信息学分析。分别通过数字核型分析和PARE分析进行拷贝数改变和易位鉴定的进一步分析。使用9ng-167ngDNA，用实验肿瘤纯度为0.10％-25.0％的来源于细胞系和血浆的片段化DNA的分析完成了对该panel的验证，产生100％的针对检测超过100个基因变体的灵敏度。表7:定制淋巴瘤CancerSelectTM序列突变基因列表。*基于在COSMIC中循环突变的那些区域选择特异性外显子表8:定制淋巴瘤CancerSelectTM易位分析基因列表。表9:定制淋巴瘤CancerSelectTM扩增分析基因列表。表10描述了1期临床试验设计(发起人协议编号：E7438-G000-001，ClinicalTrials.gov标识符：NCT01897571)。研究人群包括患有复发性或难治性实体瘤或B细胞淋巴瘤的患者。受试者分别在接受800mgBID和1600mgBID的扩展群组或者在确定食物对以400mgBID给药的效果的群组中接受3+3剂量递增。主要终点是确定推荐的II期剂量(RP2D)/最大耐受剂量(MTD)。次要终点包括安全性、药代动力学(PK)、药效学(PD)和肿瘤应答，每8周评估一次。表10表11提供了来自在表10中描述的试验的患者肿瘤类型数据。表11*迄今测试的2/17NHL患者是通过cobas@测试(罗氏分子系统公司)得出的EZH2突变体表12汇总了来自表10中描述的试验的实体瘤患者人口统计学表12表13描述了NHL(非霍奇金淋巴瘤)和实体瘤患者(n-51)的安全性特征表13表14描述了用于本披露的39基因NGS的肿瘤体细胞图谱分析(实例1)的一组生物标志物。在来自13个1期患者的归档肿瘤组织中确定体细胞突变。在以下情况下鉴定体细胞突变：当1)变体等位基因频率大于或等于10％时，2)序列覆盖率大于或等于1000，以及3)在dbSNP中未鉴定出该变体时。表14实例4：通过抑制NGS错误检测ct-DNA中的突变将从复发难治性NHL患者I期和II期试验中收集的归档和无细胞肿瘤DNA在如实例1和2中所述的NGSpanel中进行测试。panel的内容包括在NHL中按≥5％频率存在的分子变体。(表15和17-19，图19-22)。发现冗余测序和分子条形码化可以抑制NGS错误率，例如从而能够鉴定归档肿瘤DNA中低至2％的等位基因频率的突变。通过由分子条形码编码校正背景误差，NHL特异性血浆选择panel能够准确检测低至0.1％等位基因频率的突变(图13)。在来自肿瘤纯度低至0.1％的I期患者的样品的无细胞DNA验证测试组中检测ALK的易位(图14)。针对10个归档肿瘤样品和15个ctDNA样品，利用62基因NHLNGSpanel完成1期NHL患者的测序(表15，图19)。另外，通过分析5种不同的标记物(BAT-25、BAT-26、MONO-27、NR-21和NR-24)监测微卫星不稳定性，导致基于五个测试标记物将在I期试验中的一名患者鉴定为是微卫星不稳定的(表15和图19，A16和C16列)。用58个归档肿瘤和72个ctDNA基线患者样品对来自2期试验的患者的样品进行了测序和初步分析，其中使用报道的反应数据对48名存档肿瘤患者和68名ctDNA患者进行了测序。表15汇总了在来自1期患者的样品中归档肿瘤中观察到的分子变体。观察到的分子变体是移码或无义突变、错义突变、易位和扩增。如果在同一样品中发现多个突变，则只显示最具破坏性的改变。后来在2期样品中鉴定的趋势也出现在1期NHL样品中(例如，EZH2、STAT6、和MYC)。表15移码或无义突变易位错义突变扩增**在实例1的39基因NGSpanel中鉴定的分子变体。表16显示在检测EZH2热点突变中测验(罗氏分子系统公司(RocheMolecularSystems，Inc.))和本披露的62基因NGSPanel之间的比较。表17汇总了在2期患者的归档肿瘤中观察到的分子变体。观察到的分子变体是移码或无义突变、错义突变、易位和扩增。感兴趣的变体包括尤其是EZH2、MYD88(273P)和MYC。在9名患者中观察到EZH2突变，其中7名患者展示出>10％的变体等位基因频率；2名患者具有<10％的变体等位基因频率(10042008，8％；10032004，10％；最佳反应：4例PR、3例SD、和2例PD)。在6名患者中观察到MYD88(273P)突变(最佳反应：3例CR、1例PR、1例PD、和1例未知的反应)；在13名患者中观察到STAT6突变(最佳反应：1例CR、5例PR、4例SD、和3例PD)。在7名患者中观察到MYC突变(最佳反应：5例PD和2例未知的反应)。2种MYC易位与缺乏反应有关。表18汇总了在2期患者ctDNA中观察到的具有0.1％的变体等位基因频率的分子变体。观察到的分子变体是移码或无义突变、错义突变、易位和扩增。感兴趣的变体包括尤其是EZH2、MYD88(273P)和MYC。在11名患者中观察到EZH2突变(最佳反应：5例PR、2例SD、3例PD、和1例未知的反应)。在6名患者中观察到MYD88(273P)突变(最佳反应：2例CR、1例PR、1例SD和2例PD)；在14名患者中观察到STAT6突变(最佳反应：5例PR、6例SD、和3例PD)。在18名患者中观察到MYC突变(最佳反应：2例PR、3例SD、9例PD、和4例未知的反应)。5种MYC易位与缺乏反应有关。表19汇总了在2期患者ctDNA中观察到的具有1％的变体等位基因频率的分子变体。观察到的分子变体是移码或无义突变、错义突变、易位和扩增。感兴趣的变体包括尤其是EZH2、MYD88(273P)和MYC。在8名患者中观察到EZH2突变(最佳反应：4例PR、1例SD、和3例PD)。在5名患者中观察到MYD88(273P)突变(最佳反应：2例CR、1例PR、和2例PD)；在10名患者中观察到STAT6突变(最佳反应：4例PR、4例SD、和2例PD)。在5名患者中观察到MYC突变(最佳反应：3例PD和2例未知的反应)。5种MYC易位与缺乏反应有关。表20汇总了在不同患者群组(DLBCLGCBEZH2野生型、FLEZH2野生型、FLEZH2突变体、和DLBCL非-GCB)的患者中观察到的STAT6具体变体及其变体等位基因频率。表20样品ID变体vaf反应群组10012004419D＞G42％进行性疾病DLBCLGCBEZH2野生型10032007419D＞G36％部分反应FLEZH2野生型10042005419D＞G19％部分反应FLEZH2野生型10052001419D＞G24％部分反应FLEZH2突变体10062002419D＞G29％稳定疾病DLBCLGCBEZH2野生型20012001286Q＞R24％稳定疾病DLBCLGCBEZH2野生型20012003417N＞S27％稳定疾病DLBCLGCBEZH2野生型20022001377E＞K33％部分反应FLEZH2突变体20022008371C＞R35％进行性疾病FLEZH2野生型20042003419D＞A39％部分反应DLBCLGCBEZH2突变体20052004419D＞A30％完全反应DLBCLGCBEZH2野生型30022001419D＞H42％进行性疾病DLBCLGCBEZH2野生型50022001419D＞Y39％稳定疾病DLBCL非-GCB本文引用的全部公开案和专利文献都通过引用并入本文，如同每一份这样的公开案或文献都被具体地且分别地指出已通过引用结合在此。公开和专利文件的引用不旨在为承认任何这些是相关的现有技术，也不构成对关于相同内容或日期的任何承认。本发明现在已经通过书面描述的方式进行了描述，本领域的技术人员将认识到本发明可以以各种实施例的方式来实施，并且在前面的描述和下面的实例是为了说明的目的，而不是限制后面的权利要求。如果使用细胞系或基因的名称，除非另有说明或从上下文中明显可见，否则缩写和名称符合美国典型培养物保藏中心(ATCC)或国家生物技术信息中心(NCBI)的命名法。在不背离本发明的精神或本质特征的情况下，本发明可以体现为其他具体形式。因此前述实施例应当在所有方面被视为是说明性的而非限制本文所述的发明。因此本发明的范围是由所附权利要求书而非前述说明书指示的，并且属于权利要求书的含义和等效范围内的所有变化意图被包含在其中。当前第1页1 2 3