使用吸附介质诊断感染性疾病的方法_4

文档序号:9924567阅读:来源:国知局
牙銀卟卩林单胞菌(Porphyromonas gingivalis)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、金黄色酿脓葡萄球菌 (Staphylococcus aureus)、无乳链球菌、酿胺链球菌(Streptococcus pyogenes)、肺炎链 球菌(Steptococcus pneumoniae)、小肠结肠炎耳β尔森氏菌(Yersinia enterocolitica); 病毒,例如,2型腺相关病毒、腺病毒、冠状病毒、柯萨奇病毒、巨细胞病毒、登革病毒、FMDV、 批¥1、批¥2、乙肝病毒、丙肝病毒、冊¥8、!11¥1、冊¥、!11'1^1、日本脑炎病毒、伪狂犬病毒、呼吸 道合胞体病毒、鼻病毒、辛德毕斯病毒、牛痘病毒、西尼罗河病毒、黄热病病毒;寄生虫,例 如,兰伯氏鞭毛虫(Giardia Iambia)、利什曼原虫属物种(Leishmania spp ·)、脑胞内原虫 属物种(Encephalitozoon spp.)、犬新孢子虫(Neospora caninum)、疱原虫属物种、刚地弓 形虫(Toxoplasma gondii )、克氏维虫和版病毒D参见,例如,Barlett和Park,"Chapter 2Heparan Sulfate Proteoglycans in Inf ection",M· S · G · Pavao编著,Glycans in Diseases and Therapeutics,Biology of Extracellular MatrixjHeidelbergiSpring-Verlag,2011〇
[0090] E.分析物/病原体检测方法
[0091 ]本文提供用于减少生物样品中的血细胞的方法,上述生物样品来自被所述分析 物/病原体感染或怀疑被其感染的个体。该方法可以用来除去可以干扰用于检测所关注分 析物/病原体的技术的灵敏度的血细胞。该方法可以包括,在形成包括分析物/病原体和吸 附介质的粘附复合物的条件下,将包括血细胞的样品暴露于本文所述的吸附介质。样品的 血细胞可以通过例如重力或其他保持粘附复合物的方式与粘附复合物分离。在一些情形 中,可以将盐水溶液例如普通盐水溶液,如大约0.90%w/v NaCK大约300m0sm/L的溶液、 0.0 lN盐水溶液或类似溶液应用于包括吸附介质的粘附复合物,以洗去残余血细胞。
[0092] 本文还提供浓缩样品中的分析物/感染性病原体的方法,上述样品获自被所述分 析物/病原体感染或怀疑被其感染的个体。样品可以在形成包括吸附介质和分析物/病原体 的粘附复合物的条件下暴露于本文所述的吸附介质。样品中不是粘附复合物一部分的组分 可以通过例如重力分离,而不干扰粘附复合物。包括吸附介质的粘附复合物可以用洗涤缓 冲液洗涤,例如,普通盐水溶液或保留(保存)复合物的溶液。在一些情形中,普通盐水溶液 是大约0.90%w/v NaCl、大约300m0sm/L的溶液、0.OlN盐水溶液或类似溶液。复合物可以加 以破坏,通过将洗脱缓冲液例如高离子盐水溶液应用于复合物将分析物/病原体与吸附介 质分离。在一些情形中,高离子盐水溶液是2N盐水溶液。在其他情形中,洗脱缓冲液是可以 破坏多糖吸附剂和分析物/病原体的结合的缓冲液。在一些实施方式中,通过使用对于特定 目标分析物/病原体选择的多种洗脱缓冲液,可以将不同的分析物/病原体在不同的级分中 与吸附介质分离。与色谱柱类似,特定的分析物/病原体可以在不同的时间在不同的混合物 中洗脱。目标分析物/病原体可以在一个或多个级分中洗脱。
[0093] 该方法对分析物/病原体进行浓缩,然后可以使用本领域已知的标准方法对其加 以鉴定和分析。例如,细菌、病毒、真菌、原生动物、寄生虫和微生物病原体可以使用例如以 下的测定来检测:比色测定、免疫测定(例如,夹心式测定或浸棒测定)、酶联免疫吸附测定 (ELISA)、基于PCR的测定(例如,RT-PCR、qPCR、TaqMWl?测定)、病原体生长测定或其组 合(耐药性或抗生素抗性测定)及其变体。例如,HCV RNA使用利用标准试剂盒的RT-PCR检 测,例如,COBAS? AmpiiPrep/C()BAS?TaqMan?HCV测试(Roche Diagnostics ,Indianapolis, IN)和实时HCV Genotype II(Abbott Molecular,Abbott Park, IL)。埃博 拉病毒可以使用,例如,BioFire Diagnostics的Fi ImArray和⑶C的埃博拉病毒VP40实时 RT-PCR测定来检测。
[0094] 耐药性病原体可以通过将病原体在药物的存在下培养来检测。例如,怀疑为碳青 霉烯抗性的克雷伯菌或大肠杆菌的病原体可以用于接种含有厄他培南(ertapenem)或美罗 培南(meropenem)的培养基。在适当的培养之后,孵育的肉汤培养物可以在MacConkey琼脂 平板上亚培养。次日,可以检查琼脂平板的乳糖发酵(粉色-红色)群落。此外,可以使用产生 碳青霉烯酶的表型测试筛选分离的群落,例如改良的Hodge测试(MHT)。
[0095] 在某些情形中,可以使用典型的实验室技术检测和/或鉴定目标分析物,例如,酶 联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)和亲和色谱。例如,在某些情形中,可以使用 或很容易地开发市售的ELISA试剂盒。在ELISA中,特异性抗体被动吸收在板上。非特异性位 点用在特定测定的特异性免疫化学反应中没有活性部分的蛋白质溶液阻断。特异性分析 物/病原体被表面上的抗体捕获,并然后由具有酶标签的另一抗体检测。酶标签与特定试剂 反应,并检测并鉴定分析物的存在。
[0096] 在某些其他情形中,可以使用石英晶体微天平(QCM)检测吸附在表面上的分析物。 石英晶体微天平是灵敏度很高、便宜的检测器/传感器,其在分子与其表面相互作用时在石 英晶体中产生频移。QCM通过测量石英晶体共振器的频率变化检测例如每单位面积的质量 的物理变化。在液体中,QCM在测定分子与用识别位点官能化的表面的亲和力方面高度有 效。还可以识别例如病毒和微生物的较大的实体。例如,QCM可以与抗体偶联,使得可以选择 性感应抗体缀合物。在某些情形中,洗脱液含有目标分析物或病原体。QCM在其上缀合有对 分析物有特异性的抗体。通过使QCM与含有分析物/病原体的洗脱液接触,分析物与QCM的表 面结合,QCM感应结合、存在及其身份。其他的亲和分子也可以结合在表面上,例如核酸、碳 水化合物、肽、蛋白质等。
[0097] 在再其他的情形中,可以使用表面等离子体共振(SPR)技术检测分析物/病原体的 存在或身份。表面等离子体是在金属和电介质之间的界面上传播的电荷密度波的量子名 称,正如光子是光波的量子名称一样。表面等离子体在被进入金属材料和电介质材料界面 的电磁辐射激发时共振。表面等离子体响应于紧密靠近界面的环境中的变化。这一事实使 得表面等离子体共振可用于检测生物分子相互作用。与QCM类似,其可以用抗体或结合部分 例如所关注分析物/病原体的抗原对SPR表面进行标记。
[0098] 用于从血液例如全血或血清浓缩分析物/病原体或者用于降低来自血液的血细胞 的方法可以包括,使血液与基本上无微孔的固体基质接触,上述基质已经用对于要除去的 分析物/病原体(吸附物)具有结合亲和力的多糖吸附剂加以表面处理。所述介质内的间隙 通道的大小与介质表面积的量和介质上结合位点的表面浓度平衡,以提供适当的吸附能 力,同时使得血液通过吸附介质有相对高的流速。结果在于,吸附物到介质上结合位点的传 输主要通过强制传递而不是通过缓慢扩散发生。通过(强制)传递是指,例如,通过压力梯度 产生的流动,所述压力梯度通过栗,或者通过对柔性容器施加外部压力(或者为对刚性容器 施加内部压力)的注射器,通过重力落差/升高差异,或者通过用体外装置治疗的患者中动 脉压力和静脉压力的差异生成。
[0099] F.疟疾感染的诊断方法
[0100] 本文提供了使用包括肝素固定化的固体基质的吸附介质确定疟疾感染存在的方 法。使用本文所述的方法,可以测试取自怀疑具有疟疾的个体的样品的被感染的红血细胞 (RBC)或被寄生的RBC。该方法基于以下观察即位于被寄生的RBC的细胞表面上的硫酸乙酰 肝素结合蛋白质可以附着于固体表面上结合的肝素、硫酸乙酰肝素或其他多糖。此外,该方 法可以用于确定个体是否应当给予抗疟疾疗法。而且,该方法可以用于监测接受所述疗法 的个体中疟疾的进展。
[0101] 样品可以获自怀疑具有疟疾感染的对象(例如,人个体)。在一些实施方式中,样品 是选自全血、血清、血浆、尿、痰、支气管灌洗液、泪液、乳头抽吸液、淋巴、唾液、脑脊液、组织 及其组合的成员。优选地,样品是全血。
[0102] 然后,在允许固体基质表面上的多糖吸附剂与如果样品中存在的被寄生的红血细 胞结合的条件下,使样品与吸附介质接触,以形成粘附复合物。
[0103] 在一些情形中,形成粘附复合物之后,将样品和吸附介质分离,而不破坏复合物或 将其与介质分离。
[0104]通过在可见光谱内(例如,波长大约400nm至大约700nm)检查吸附介质的颜色,检 测粘附复合物的存在。在一些情形中,可检测的颜色在大约625nm至740nm的波长范围内,或 者范围对应于红色颜色或其变异。吸附介质的颜色可以通过使用可见光的光学检测器或人 眼测定。
[0105] 在某些情形中,可以浓缩介质上的分析物(例如,病毒、病原体、细菌、细胞因子或 吸附复合物),并通过介质的颜色变化检测分析物。在可选的实施方式中,可以通过将分析 物从柱子上洗脱、浓缩分析物并测量介质的颜色变化来浓缩要检测的分析物。也可以采取 其他的检测形式。
[0106] 在一些实施方式中,将测试吸附介质的颜色与对照吸附介质进行比较。在一些实 施方式中,对照介质(例如,感染的阴性对照)是已经暴露于取自健康对照例如没有疟疾感 染的对象的样品的吸附介质。在其他实施方式中,对照介质(例如,阳性对照)是已经暴露于 取自具有疟疾感染(例如,无并发症的的或严重的疟疾感染)的对象的样品的吸附介质。
[0107] 如果来自测试对象的吸附介质与健康对照的颜色类似,则测定说明,不存在粘附 复合物。然而,如果来自测试对象的吸附介质颜色与阳性对照类似,则测试说明,存在吸附 复合物,因此具有疟疾感染。
[0108] 如果检测到吸附复合物的存在,则可以对对象施用抗疟疾疗法。抗疟疾疗法的非 限定性例子包括氯喹(Aralen)、硫酸奎宁(Qualaquin)、轻化氯喹(Plaquenil)、阿托伐醌-氯胍(Malarone)、蒿甲醚-苯荷醇(Coartem)、甲氟喹(Lariam)、伯氨喹、阿莫地喹、奎宁、奎 尼丁、强力霉素、克林霉素、磺酰胺例如磺胺多辛和磺胺甲氧嗪、乙嘧啶、卤泛曲林 (halofantrine)、青蒿素、青蒿素其衍生物及其组合。青蒿素衍生物包括蒿甲醚、青蒿琥酯、 二氢青蒿素、青蒿醇、蒿乙醚(artemotil)和蒿乙醚(arteether)。其他合适的抗疟疾药物的 青蒿素衍生物见于,例如,美国专利第8,722,910 ;8,481,757;8,304,440;7,851,512;7, 776,911; 7,084,132 ;6,586,
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