本发明涉及新颖微生物(特别是固氮细菌重氮营养葡糖醋杆菌(Gd)的新颖菌株)及其在农业中的用途，包括含有这些微生物的农业上可接受的组合物。就这些菌株在细胞内定殖植物细胞的能力而言，这些菌株在农业上具有良好的效用，产生了特别有效的固氮作用。用于鉴定和监测这些菌株的用途的试剂盒形成了共同未决申请的主题。
背景技术：
：已经对重氮营养葡糖醋杆菌(Gd)的其固氮作用和植物生长促进活性进行了充分研究，如Eskin等人，InternationalJournalofAgronomy[国际农学杂志](2014):1-13所综述。然而，Gd的某些菌株已显示出在植物的处理中是特别有利的，因为它们能够在植物细胞内在细胞内建立，同时表现出物种和组织独立性(Cocking等人，InvitroCellular&DevelopmentalBiologyPlant[体外细胞与发育生物学植物](2006)42(1))。这些特性，与其在整个植物组织范围行进的能力相结合，使得这些菌株能够更好地向靶标作物植物递送好处。然而，存在广泛的Gd菌株，并且尚不可能提供用于容易地鉴定具有这些有益特性的菌株的装置。此外，生物肥料的一个重要方面是以自然友好的方式向农作物植物提供化肥的替代品。然而，它将有助于在大田条件下验证任何正在进行的处理的有效性，使得农民能够确定需要提供什么水平的氮肥(若有的话)来增强生长条件。申请人已经发现Gd的特定优势菌株含有在其他Gd物种中没有发现也没有在任何其他物种(包括植物物种)中发现的许多独特核酸序列。这意味着可以很容易地鉴定出有益的菌株并导致提供可靠的诊断测试，用于监测大田里和研究中的处理，用于鉴定相关的有益菌株。技术实现要素：根据本发明，提供了一种重氮营养葡糖醋杆菌(Gd)菌株，该菌株的特征在于选自SEQIDNO1-10的至少一种核酸序列或其变体或旁系同源物的存在和/或大小约17566bp的单个质粒的存在。已经发现具有这些独特特征的菌株在植物细胞的细胞内定殖方面特别有效，导致有利的固氮作用。具体而言，已经发现使用本发明的菌株导致作物(如谷类作物，像玉蜀黍和小麦)的产量增加。可替代地，在甚至减少传统的氮肥施用的情况下，也可以获得相似的产量。下文的SEQIDNO1-10的序列(在附表1中显示)存在于特定菌株IMI504853中，但不出现在其他可用菌株的基因组分析中。SEQIDNO1-10的变体将包括高度天然存在的变体的等位基因形式。它们将与基本序列具有高水平的序列同一性，例如至少70％，例如至少71％、75％、79％、81％、84％、87％、90％、93％、95％、96％或98％同一性。在该上下文中的同一性可以用SEQIDNO2或片段(特别是如下所描述的片段)作为基本序列使用BLASTP计算机程序来确定。在以下网站可公开获得BLAST软件：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi(于2015年7月27日访问)。然而特别地，本发明的菌株的特征在于SEQIDNO1-10的至少一种核酸，合适地SEQIDNO1-10的至少3种不同的核酸序列，例如SEQIDNO1-10的至少5种或至少8种不同的核酸序列的存在，并且特别地特征在于SEQIDNO1-10的所有核酸序列的存在。优选的菌株的特征还可以在于大小约17566bp的单个质粒的存在。特别是这种大小的质粒的存在不同于先前已知的Gd菌株UAP5541，其已经报道为缺乏质粒(LuisE.Fuentes-Ramièrez等人，FEMSMicrobiologyEcology[欧洲微生物学联合会微生物生态学]29(1999)117-128)。此外，该质粒的大小小于先前关于含有单一质粒的PAL5菌株所报道的大小(Giongo等人，StandardsinGenomicSciences[基因组科学标准]，2010年5月，第2卷，第3期，第309-317页doi:10.4056/sigs.972221)。本发明的菌株的质粒的特征还可以在于它被限制性内切酶EcoRI限制成两个片段，其中所述片段的大小分别为约12Kb和约5.6kb。此外，该质粒缺乏先前经鉴定存在于PAL5质粒中的许多关键序列。这些序列显示为所附序列表中的SEQIDNo65、66、67和68。因此，这些特定的序列的不存在可以提供本发明的菌株的一个另外的特征性特点。本发明的菌株的特定实例是根据前述权利要求中任一项所述的，该实例为IMI504853，于2015年5月22日保藏在CABI(英国)；2015年6月17日将IMI504853转为布达佩斯条约下的保藏，保藏单位CABI(农业与生物科学研究中心，即IMI(国际真菌学研究院))，地址：萨里艾格镇贝克汉姆路TW209TY，并重新编号为IMI504958。使用GEPARD软件V1.30(Krusiek等人，Bioinformatics[生物信息学]2007；23(8):1026-8)，对来自Pal5DNA序列分析(M.Bertalan等人，BMCGenomics[BMC基因组学](2009)10:450DOI:10.1186/1471-2164-10-450)的小质粒(NC_010123；16610bp)进行该菌株的质粒的点图分析。有趣的是，当比较两种质粒的DNA序列时，没有产生任何图。这表明同源性很低使得软件无法建立结构相似性；从而证实该质粒是单一且独特的质粒。为了在农业中的用途，本发明的菌株适合配制成农业组合物。因此，本发明的一个另外的方面包括农业组合物，其包含与农业上可接受的载体的组合的如上所述的菌株。总体上，存在于该组合物中的固氮细菌的浓度将根据以下因素而变化：如施用方式、被处理的植物或种子的类型以及所使用的Gd的特定菌株和所需的增强的固氮水平。然而，典型地，这些组合物将包含以下溶液，该溶液含有从1至1×109个细菌/毫升组合物，例如从10-103个细菌/毫升组合物，例如从50-200个细菌/毫升组合物，如100个细菌/毫升组合物。这样的组合物可以通过将该细菌培养至容易检测的水平(例如通过检查光密度)并且然后相应地稀释该溶液来获得。该Gd可以是该组合物的唯一活性组分，或者它可以与另外的农业化学活性组分(如杀虫剂、杀真菌剂或植物生长调节剂)组合，其条件是它们与Gd是相容的。本发明的组合物适当地包含溶剂诸如水，尽管如果需要可使用有机溶剂，例如植物油或烃类(如石蜡或煤油)。适当地，任何有机溶剂是植物油，诸如大豆油、葵花子油、菜籽油(油菜籽油)、棉籽油、蓖麻油、亚麻子油或棕榈油或它们的混合物。该组合物可进一步包含如本领域已知的添加剂或赋形剂(例如增稠剂、分散剂、稀释剂、湿润剂、固体载体等)。在一个具体实施例中，该组合物进一步包含多糖或农业上可接受的表面活性剂或这些的组合。申请人已经发现此类组分可以增强组合物的活性，如在共同未决的英国专利申请中所述。合适的多糖包括源自植物、动物或微生物来源的水胶体多糖。具体地，这些包括渗出物胶质多糖(例如阿拉伯胶、阔叶榆绿木胶、刺梧桐胶和黄蓍胶)、纤维素衍生物(如羧甲基纤维素、甲基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素或微晶纤维素)、淀粉及衍生物(包括例如玉米淀粉、木薯淀粉、马铃薯淀粉、大米淀粉、小麦淀粉及其改性形式(例如预胶化淀粉、氧化淀粉、乙基化淀粉、淀粉糊精或麦芽糖糊精))、果胶、来源于海藻的多糖(例如琼脂、藻酸盐、角叉菜胶和红藻胶)、种子胶(例如瓜尔胶和刺槐豆胶)、衍生自微生物发酵的多糖(例如黄原胶和吉兰糖胶)、和含氮多糖(如壳聚糖)；或这些的混合物。在一个具体实施例中，该多糖是渗出物胶质多糖，例如阿拉伯胶、阔叶榆绿木胶、刺梧桐胶或黄蓍胶。该多糖的具体实例是阿拉伯胶。存在于组合物中的多糖的量可以根据以下因素而变化，例如：施用方式、被处理的植物或种子的类型以及所使用的Gd的特定菌株和所需的增强的固氮水平。这将根据以下因素而变化，例如：所使用的特定多糖、被处理的植物或种子的类型、所采用的固氮细菌的特定菌株以及施用方法。然而，典型地，使用包含从0.1至1％w/w，例如从0.1至0.5％w/w，例如约0.3％w/w多糖的组合物。在一个具体实施例中，该组合物进一步包含表面活性剂或洗涤剂，特别地包括非离子型洗涤剂，例如以商品名出售的那些，例如Tween80。Tween80是非离子型洗涤剂；70％由脂肪酸油酸组成，并且其余为亚油酸、棕榈酸和硬脂酸的组合。1％溶液的pH在5.5-7.2的范围内。它广泛用于乳化和分散医药和食物产品中的物质。它作为抗细菌剂具有很小活性或没有活性(Dawson等人(1986)DataforBiochemicalResearch[生化研究数据]，第3版，牛津大学出版社(纽约，纽约州：1986)，第289页)。包括的表面活性剂的量根据以下各种因素而变化，例如所使用的具体表面活性剂、被处理的种子的类型、施用方式、被处理的植物或种子的类型和所使用的Gd的特定菌株以及所需的增强的固氮水平。然而，典型地，组合物包含从0.0005至0.2％(v/v)，例如从0.0005至0.15％(v/v)，如约0.001％(v/v)。适当地，Gd的营养素也包括在该组合物中。实例包括如EP-B-1422997中所述的3％w/v蔗糖溶液。因为总的来说，这些组合物的所有组分都是天然产物，所以本发明的处理对环境的影响很小并且这些组合物可以相对容易地满足法规要求。在一个具体实施例中，如上所述将该配制品用作种子包衣。具体地，通过喷雾或通过浸泡将该配制品施用于种子，并且然后干燥种子以在其上形成包含Gd的残留包衣。本发明的一个另外的方面提供了一种用于增强植物的固氮能力的方法，所述方法包括向植物或向其环境施用如上所述的Gd菌株或包含其的农业组合物，使得Gd定殖于植物，并且特别是进入植物细胞(细胞内定殖)。这可以按多种方式获得。例如，可以使用如例如EP-A-1714545中所述的方法将Gd施用至植物的生长培养基，特别是在发芽时或发芽后。在这种情况下，将特别低水平(例如，从1-100个细菌/毫升)接种物施用于生长培养基来施用于草地，例如在发芽时或此后不久，例如此后至多7天。可替代地，可以将Gd施用于种子，特别是施用于种子的表面，例如在预发芽浸泡中，或者在一个具体实施例中作为种子包衣。可替代地，该一种或多种组合物可以施用于其上允许种子发芽的生长培养基中。这样的生长培养基包括人工培养基(如琼脂凝胶)以及种子即将或已经播种于其中的土壤或堆肥。在又另一个实施例中，将Gd施用于生长的植物，并且特别地施用于植物的伤口。在申请人共同未决的国际专利申请号PCT/GB2015/052170中描述了这一技术。在该方法中，将固氮细菌施用于生长植物的伤口。该伤口可能是意外或自然损害的结果，因此额外的氮可用性可以促进修复生长。然而，在一个具体实施例中，该伤口是由以下行为造成的损害的结果，这些行为如割草(景观草)、扦插(青贮和干草作物)、经过牲畜(牧场草)或经过收割的消耗。因此，在施用固氮细菌之前，可以实施对草地造成‘损害’(特别是通过割草、扦插或通过收获)的预备步骤。在进行这类行为的相对短的时间内适当地施用该固氮细菌，例如在对植物造成损害的48小时内，例如在24小时内，如在10小时内，以及适当地在1-2小时内。该细菌的递送是通过将合适的配制品特别地以组合物的形式施用到伤口区域来实现的。该组合物可以呈可以直接施用的液体、凝胶、糊剂形式或呈稀释形式，或者其可以呈固体组合物的形式，如粉末或颗粒组合物，该组合物将在使用前溶解在液体(如水)中。在固体组合物中，所述细菌将通常以干燥形式使用，例如以冻干形式使用，其在添加水时可复原。然而，目前菌株的抗干燥性可能意味着不需要冷冻干燥。在一个具体实施例中，该组合物呈适于喷雾在植物上的形式并且因此将包含用于稀释的浓缩物，该浓缩物可以呈液体或固体形式，特别是呈液体形式，或者该组合物可以包含可以直接喷雾的稀释水性组合物。在任何具体情况下，所施用的固氮细菌的量将根据以下因素而变化，例如被处理的种子或植物的类型、所使用固氮细菌的具体菌株、所需的发芽增强的水平和施用方法。然而，典型地，将种子或其环境如生长培养基接种以下溶液，该溶液含有从1至1×109个细菌/毫升接种物，例如从1-100个细菌/毫升接种物，例如从10-80个细菌/毫升接种物，如50个细菌/毫升接种物。这样的溶液可以通过将该细菌培养至容易检测的水平(例如通过检查光密度)并且然后相应地稀释该溶液来获得。在一个具体实施例中，将Gd与如申请人共同未决的国际专利申请号PCT/GB2015/052171中所述的土地芽孢杆菌属(Terribacillus)菌株一起或组合施用。诸位申请人已经发现这种菌株可以增强Gd的活性。合适的土地芽孢杆菌属(Terribacillus)菌株包括嗜糖土地芽孢杆菌(Terribacillussaccharophilus)、嗜盐土地芽孢杆菌(Terribacillushalophilus)、Terribacillusgoriensis或Terribacillusaidingensis，但特别是嗜糖土地芽孢杆菌菌株。单独或与Gd混合来施用土地芽孢杆菌。土地芽孢杆菌可以与Gd紧密混合，或者能以共培养物或混合培养物形式施用。合适的植物包括豆科和非豆科作物以及观赏植物。非豆科植物优选地选自禾本科草(包括稻[稻(Oryzasativa)]、小麦[小麦(Triticumaestivum)]和玉蜀黍[玉蜀黍(Zeamays)])。非豆科植物还可以是选自以下科的植物，如：茄科(包括番茄、马铃薯和烟草)、十字花科(Brassicaceae/Cruciferae)(包括甘蓝、芜菁、油菜和模式植物拟南芥)、锦葵科(包括棉花)、菊科(Compositae/Asteraceae)(包括向日葵和莴苣)、大戟科(包括木薯)、藜科(包括甜菜)。豆科植物优选地选自豆科(包括大豆、三叶草、苜蓿、豌豆和其他豆类)。经处理的种子可以是单子叶或双子叶植物的，但特别是单子叶植物的，如草、稻、小麦、大麦、高粱、小米、燕麦、黑麦和玉蜀黍。具体而言，根据本发明的方法处理的种子是诸如多年生黑麦草(Loliumperenne)等的草。以上列出的其他作物可以使用Gd来促进如上所述在非最佳pH条件下的存活。一旦如上所述进行接种，本发明的Gd将定殖在植物细胞中并共生地作用于植物内以增强固氮作用。因此，本发明的一个另外的方面提供了已经被如上所述的Gd菌株定殖的植物或种子。特别地，Gd位于活植物细胞的细胞内。诸位申请人已经发现细胞内Gd将代代相传，并且因此从本发明的种子和植物获得的种子和其他后代也将包含细胞内Gd。这种种子或后代形成了本发明的又一个另外的方面。通过增强固氮作用，植物可以显示出增强的特性，如更快或提高的生长特征和/或提高的产量。在一个另外的方面，本发明提供了一种用于生产植物产品的方法，所述方法包括使用如上所述的Gd定殖的植物生长，并从其中获得产物。另外，诸位申请人已经注意到，由固氮细菌定殖的某些植物(特别是细胞内定殖的植物)不仅显示增强的生长或产量特征，还显示与没有这种细胞内细菌的植物相比，增加的叶绿素水平。似乎特别展示出这种特性的植物是草，包括牧场草、景观草或草坪草。在这样的植物的背景下，这是特别有利的，因为高的叶绿素水平引起更好的绿色着色，这在观赏背景下是非常理想的。因此，在一个另外的方面，本发明提供了一种用于增加草中叶绿素的方法，该方法包括使包含如上所述的Gd的草生长。草可以包括诸如牧场草、景观草、草坪草或观赏草等的草，例如，黑麦草属物种(例如多年生黑麦草(Loliumperenne)、多花黑麦草(Loliummultiflorum)、波斯黑麦草(Loliumpersicium))，剪股颖属物种(例如旱地翦股颖(Agrostiscastellana)、细弱剪股颖(Agrostiscapillaris)、匍匐剪股颖(Agrostisstoloniferia))，羊茅属物种(例如紫羊茅(Festucarubra)、羊茅(Festucaovina)、硬羊茅(Festucalongifolia)、苇状羊茅(Festucaarundinacea))，早熟禾属物种(例如一年生早熟禾(Poaannua)、草地早熟禾(PoaPratensis)和普通早熟禾(Poatrivialis))，海雀稗(Paspalumvaginatum)，狗牙根属物种(例如狗牙根(Cynodondactylon))，结缕草属物种(例如结缕草(Zoysiajaponica)、细叶结缕草(Zoysiatenuifolia)、或翠绿结缕草(EmeraldZoysia))，或偏序钝叶草(Stenotaphrumsecundatum)，野牛草(Buchloedactyloides)或铺地狼尾草(Pennisetumclandesinium)。可是，总体上，黑麦草属物种和/或羊茅属物种形成许多景观草或草皮草的基础。可以使用上述任何技术将Gd施用于草，但是特别地，可以将Gd施用到草的种子上作为涂层，或者施用到在扦插后造成的草的伤口上。根据本发明的菌株可以通过使用诊断试剂盒来鉴定和/或监测，所述诊断试剂盒包括确定样品中选自SEQIDNO1-10的至少一种核酸序列的存在的装置。如上所论述，SEQIDNO1-10代表独特和新颖的序列，其出现在优选的Gd亚种或菌株中。因此它们提供了一种用于鉴定这些有益菌株的装置。另外，已经发现它们使用不与植物物种交叉反应的引物进行检测。此外，由于这些菌株可以在宿主植物细胞的细胞内定殖，所以它们能够有效地在整个植物中行进。本发明的试剂盒可用于对幼龄阶段发芽后Gd的定殖提供评估并检查其效率。然后，这将允许农民对定殖的存在和程度，以及如果需要，将需要施用多少基于化学品的氮肥做出“明智的决定”。这种额外的安全水平将为农民提供‘保证’：他们的农作物得到良好护理，即使当使用处于Gd形式的天然和作物友好肥料时。在一个具体实施例中，该试剂盒可以包括用于确定SEQIDNO1-10的多于一个核酸序列的存在的装置，例如SEQIDNO1-10的多达10个，如多达5个或多达3个所述核酸序列。以这种方式，将提供可靠的诊断试剂盒，其将确保检测到的菌株是与有益菌株相似或基本相似的菌株。即使这些序列中的一个或多个例如由于突变而不同，也会检测到相似的菌株。优选的菌株似乎含有一种质粒，并且因此例如通过使用市售的质粒分离试剂盒分离而进行的质粒检测可以提供对有益菌株鉴定的进一步确认。特别地，所鉴定的任何质粒的大小应小于27455bp，例如约17566bp。特别是这种大小的质粒的存在不同于先前已知的Gd菌株UAP5541，其已经报道为缺乏质粒(LuisE.Fuentes-Ramièrez等人，FEMSMicrobiologyEcology[欧洲微生物学联合会微生物生态学]29(1999)117-128)。此外，质粒的大小小于先前关于含有单一质粒的PAL5菌株所报道的大小。该质粒可以特别地借助于EcoRI限制性内切酶进行扦插以产生约12kb和约5.6kb的两个片段。该诊断试剂盒可以进一步包含用于确定为Gd物种的特征的至少一种核酸序列(例如为Gd物种的特征的2或3个核酸序列)的存在的装置。以这种方式，该试剂盒将提供确认：一些Gd存在于样品中，从而确认测试的准确性。如果已知样品含有Gd，则在此确定中的阳性结果将充当‘对照’，证实该测试已经有效地进行。合适的特定菌株将是如下序列，这些序列在Gd物种中发现但通常不在其他物种中，并且特别是不在其他微生物物种中或不在至少一些植物(特别是可以针对Gd处理所靶向的植物)中发现。这样的序列的具体实例显示为下文表2中的SEQIDNO11-13。特别地，已经发现用于检测Gd物种的这些核酸序列可以经受一系列作物中存在Gd物种的检测，而不与植物物种交叉反应。另外，该试剂盒可以包含用于检测在本发明的菌株中未发现的序列的装置，以提供阴性对照。这样的序列的实例显示为SEQIDNo65-68。在一个另外的实施例中，该试剂盒包含用于检测植物特异性核酸序列(如从植物DNA普遍扩增的叶绿体特异性核酸)的存在的装置。当试剂盒在检测植物物种内Gd的情况下使用时，包括的这种装置将充当对照，因为即使不存在任何Gd的情况下，这种装置将产生可检测的信号。如果这个信号失败，这将表明测试失败，而不一定不存在Gd。特定叶绿体引物组，其可从赛默科技公司(ThermoScientific)商购获得。作为Phire植物直接PCR主混合物的产品是基于DemesureB等人(1995)MolecularEcology[分子生态学]4:129-131的披露内容。用于检测核酸序列存在的装置可以采取如本领域将会理解的各种形式。在核酸是表达的基因的情况下，试该剂盒可以包含用于检测所表达的蛋白质的装置。这样的装置可以包括特定的蛋白质测试，如使用与蛋白质具有特异性的抗体来固定和/或检测蛋白质的免疫化学分析(如ELISA或RIA技术)，或免疫电泳方法(如蛋白质印迹法)。然而，在一个特别优选的实施例中，本发明的试剂盒包含用于检测特定核酸本身的装置。具体而言，可以使用任何可用技术来检测核酸，所述技术包括核酸结合测定和使用针对核酸的半抗原化形式产生的抗体进行的免疫测定。然而，在一个具体实施例中，检测涉及核酸扩增反应，并且因此特别地，这些试剂盒将包含靶向被检测的该或每个核酸序列的一个或多个扩增引物。如技术人员将理解的，当使用扩增反应进行序列检测时，将不需要扩增整个序列，而只需要扩增整个序列的特征片段，例如至少10个，并且适当地至少50个碱基对的片段。因此，可以扩增的序列的大小将可以在10-3070个碱基对，并且适当地20-2000个碱基对，例如50-500个碱基对，如100-300个碱基对的范围内。片段的大小将取决于正使用的检测反应的性质，但是应足以确保产物具有如上所定义的SEQIDNo1-10或变体的特征，并因此不存在于其他序列(特别是植物序列)中。在多于一个序列被扩增的情况下，可以选择具有不同大小的它们，使得它们在检测期间可以使用诸如基于大小的分离或熔点分析等的技术容易地区分。如果需要，该试剂盒可以进一步包含进行核酸扩增反应所需的一种或多种额外的试剂。因此，它可以包括如本领域将理解的酶如聚合酶、盐如镁盐或锰盐、缓冲剂和核苷酸。如果需要，这些试剂盒可以包括用于检测扩增产物的装置。这样的装置可以包括染料或探针，特别是在引物中间结合靶序列的标记探针。可替代地，引物本身可以被标记以促进检测。合适的核扩增反应包括利用热循环的反应，如聚合酶链式反应(PCR)和连接酶链式反应(LCR)，以及等温扩增反应，如基于核酸序列的扩增(NASBA)、链置换扩增(SDA)、转录介导的扩增(TMA)、环介导的等温扩增(LAMP)和滚环扩增、3SR、分枝扩增(如通过Zhang等人,MolecularDiagnosis[分子诊断](2001)6，第2期，第141-150页所描述的)、重组酶聚合酶扩增(可从TwistDx获得)以及其他。在一个具体实施例中，该核酸扩增是PCR，并且可以是定量PCR(QPCR)以提供关于定殖程度的信息。在一个替代性实施例中，该扩增是LAMP反应。LAMP测定利用至少四个和适当地六个引物，这六个引物被设计成靶向靶序列的六个不同区域。总是会有两个外部引物(F3和B3)和两个内部引物(FIP和BIP)。任选地，另外还有两个环状引物(FLoop和BLoop)。环状引物的使用通常减少扩增时间并增加该测定的特异性。FIP和BIP引物由与模板序列的F2c区域互补的F2和与模板的F1区域相同的F1c组成。为了保证成功的LAMP引物设计，需要考虑四个主要特征：引物的熔融温度(Tm)，针对F3、FIP、BIP和B3引物给出55℃-65℃，以及针对FLoop和BLoop给出≥65℃；引物序列中GC含量为50％-60％；各引物末端不存在二级结构形成和稳定性；以及最后是引物区域之间的距离。下文披露了合适的LAMP引物组的实例。可以使用任何可用的技术来确定扩增反应产物的存在。因此，它们可以包括如下技术，在这些技术中将产物根据大小和/或电荷在凝胶上分离并检测，如琼脂糖凝胶电泳。可替代地，它们可以使用例如嵌入染料或标记的探针或引物进行原位检测。使用各种信号传导和检测系统来进行扩增产物的检测是已知的。这些系统中的许多可以‘实时’运行，允许随着其进展对扩增进程进行监控，从而允许量化产物。许多这样的系统利用标记，并且特别是荧光标记，这些荧光标记与诸如在扩增系统中使用的引物和探针等元件相关联并且依靠荧光能量转移(FET)作为信号传导的基础。这种荧光能量转移的特定形式是用于信号产生的荧光共振能量转移或共振能量转移(FRET)。商业上使用的这种方法的主要实例是方法，其中携带包含荧光能量供体分子或报告基因的第一标记和包含荧光能量受体分子或淬灭剂的第二标记的双标记探针被包括在PCR系统中。当与探针结合时，这些分子相互作用，使得来自供体分子的荧光信号被受体淬灭。然而，在扩增反应期间，探针与靶序列结合并且随着聚合酶延伸了PCR中使用的引物，该探针被消化。探针的消化导致供体和受体分子分离，使得它们不再相互作用。以这种方式，受体的淬灭效应被消除，从而改变了来自该分子的发光。发光的这种变化可以被监测到并且与扩增反应的进展有关。在检测到多于一个核酸序列的情况下，该试剂盒可以包含足以进行多个分开的扩增反应的组分，如单独的引物组。然而，优选地，将该试剂盒设置成进行多重反应，其中可以在单个反应中检测到多个靶标。在这种情况下，在使用凝胶电泳进行检测的情况下，适当选择引物，使得每种扩增产物具有显著不同的大小或电荷，使得它们可以在琼脂糖凝胶上或通过使用信号传导试剂(如DNA嵌入染料)的熔点分析容易地分离和鉴定。可替代地，在检测系统包括标记的情况下，例如在引物或探针上提供的任何标记将提供与其他引物组不同的和可区分的信号，例如基于发射信号的波长和/或产物具有不同熔点或退火温度的事实，其可以通过对产物进行熔点分析来区分。合适的扩增引物(特别地，用于PCR扩增的引物)连同其产生的产物的近似大小选自下表3中列出的那些：表3已经发现由SEQIDNO14-33代表的引物组充当Gd的有益菌株的有用菌株特异性引物，而由SEQIDNO34-39代表的引物组充当有用的Gd物种特异性引物。这些试剂盒可以在用于确定样品中能够细胞内定殖植物细胞的重氮营养葡糖醋杆菌(Gd)菌株的存在的方法中使用，所述方法包括在所述样品中检测选自SEQIDNO1-10的至少一个核酸序列。适当地，检测到了SEQIDNO1-10的多达10个，例如多达5个，如约3个所述核苷酸序列。该方法可以进一步包括检测作为如上所述的Gd物种特征性的至少一种核酸，如SEQIDNO11-13的核酸序列。同样，如果需要，可以检测多于一种这样的物种特异性核酸序列。另外，该方法可以进一步包括检测植物特异性核酸序列，该植物特异性核酸序列可以是被检查的特定Gd定殖植物的特征或可以普遍存在于植物中，如作为反应的对照的叶绿体特异性核酸序列。如上所述，可以在该方法中使用各种检测方法，但是特别地，该方法包括核酸扩增反应，如聚合酶链式反应(PCR)。合适的引物如以上所述。可以在本发明的方法中使用的样品可以是含有或怀疑含有Gd菌株的任何样品。这可以包括培养物或实验室样品，其可以含有所希望的Gd菌株。可替代地，它们可以包括植物样品，包括例如通过使用例如机械、化学或声波方式引起细胞裂解而从其释放核酸的叶、茎或根样品。具体而言，该样品来自预先施用了重氮营养葡糖醋杆菌(Gd)菌株的植物。以这种方式，可以确认Gd对植物的成功定殖。典型地，这样的测试将在实验室中进行，尽管如果合适的设备(如移动式PCR仪)可用，或者如果使用诸如可以在横向流动装置上进行的ELISA等的技术采用靶标(特别为蛋白质靶标)的检测，则例如可以进行在大田条件中的移动测试。具体实施方式现在将参照附图，通过实例的方式具体描述本发明，附图描述如下：图1是一个凝胶，其显示来自被设计成菌株或物种特异性的范围的PCR产物，包括表3中的引物组A-H(分别示于图1A中的泳道4、5、6、7、8、9、12和13中)和表3中的引物组I-M(分别示于图1B中的泳道4、5、9、12和13中)。图2是一个凝胶，其说明接种具有100ng以下的反应物后使用引物组E的PCR产物：(1)OSR品种Ability，(2)OSR品种Extrovert，(3)稻品种Valencia，(4)小麦品种Willow，(5)草品种Aberglyn，(6)草品种Dickens，(7)玉蜀黍，(8)藜麦，(9)拟南芥属品种Columbia，(10)大麦品种Chapeaux，(11)草品种Twystar，(12)草品种JPremierWicket，(13)马铃薯，以及(14)番茄。泳道(15)含有由来自Gd的10ng基因组DNA产生的扩增子，(16)含有无模板PCR对照，并且凝胶的每个末端的分子量标记是Hyperladder1kbplus(比奥立公司(Bioline))。图3是一个凝胶，其说明使用引物组B，在含有100ng来自OSR品种Ability的DNA的反应物中的灵敏度PCR，该反应物共接种以下内容：(1)1ng，(2)100皮克，(3)10皮克，(4)1皮克，(5)100飞克，(6)10飞克，以及(7)没有添加来自Gd的基因组DNA。泳道(8)是无模板对照样品，并且凝胶的每个末端的分子量标记是Hyperladder1kbplus(比奥立公司)。图4是显示(A)使用GenieII实时仪和体现本发明的引物组，通过荧光LAMP对重氮营养葡糖醋杆菌进行的阳性扩增的图。通过荧光信号检测阳性DNA扩增，以及(B)在通过LAMP扩增后的重氮营养葡糖醋杆菌样品的退火曲线；使该反应经受退火分析，并且将dsDNA再退火的温度检测为荧光突发。图5是显示当使用含有GDDNA的样品的连续稀释液进行时，使用设计成扩增根据本发明的序列的引物进行的QPCR实验的代表性结果的图，其中(A)显示SEQIDNO58和59的指定为P5的引物组的结果，(B)显示SEQIDNO60和61的指定为P8的引物组的结果，以及(C)显示SEQIDNO62和63的指定为P17的引物组的结果，如下文所定义的。图6是显示当使用含有GDDNA和植物基因组DNA的样品的连续稀释液进行时，使用设计成扩增根据本发明的序列的引物进行的QPCR实验的代表性结果的图，其中(A)显示在小麦DNA的存在下，指定为P5的引物组的结果，(B)显示针对所有样品(即在小麦基因组和相关对照的存在下Gd的稀释液)的(A)的产物的熔融峰图；(C)显示来自(A)的对照的熔融峰图，其中仅包含GdDNA的阳性对照导致给出信号，而仅包含植物DNA和仅包含QPCR阴性样品的阴性对照(NTC-无转录对照)，二者均未导致给出信号；(D)显示在玉蜀黍DNA的存在下，如下文所定义的指定为P17的引物组的结果；(E)显示针对所有测试样品(即在玉蜀黍基因组和相关对照存在下Gd的稀释液)的(D)的产物的熔融峰图；以及(F)显示来自(D)的对照的熔融峰图，其中仅包含GdDNA的阳性对照导致给出信号，而仅包含植物DNA和仅包含QPCR阴性样品的阴性对照(NTC-无转录对照)，二者均未导致给出信号。图7示出显示从GD的特定菌株(IMI504853)提取的质粒DNA的经解析的1％琼脂糖凝胶。图8显示具有来自Gd菌株(IMI504853)的EcoRI的质粒DNA的经解析的1％琼脂糖凝胶限制性消化产物。当与1kbHyperladder(比奥立公司)一起运行时，限制性片段被提及为1)约12Kb和2)约5.6Kb，其中来自该梯状条带的最近片段被突出显示用于大小比较。图9显示从PCR扩增获得的琼脂糖凝胶，以检测在大田试验期间获得的小麦幼苗的Gd。图10是显示与对照相比，用根据本发明的Gd处理的小麦的叶绿素指数的表格。然而，对于本领域技术人员显而易见的是，为了实施本发明不需要具体细节。出于说明和描述的目的，呈现本发明的具体实施例的以下描述。这些实施例不旨在将本发明穷举或限制为所公开的精确形式。鉴于上述教导，许多修改和变化是可能的。示出和描述这些实施例是为了最好地解释本发明的原理及其实际应用，从而使得本领域的其他技术人员能够最佳地利用本发明以及具有适于预期的特定用途的各种修改的各种实施例。实例1独特序列的鉴定分离IMI504853，一种衍生自传代的UAP5541的Gd菌株，发现其具有特别有益的植物定殖特性，并对全基因组进行测序。使用标准方法，对该型菌株(PAL5；由美国JGI进行测序[基因库序列登录CP001189])的可公开获得的基因组进行比较。令人惊讶的是，在基因组中注意到大量的差异，并且特别地鉴定了存在于IMI504853基因组中但不存在于PAL5中的许多基因。这些基因中的许多被注释了相关的功能。使用NCBI的基于网络的BLAST工具(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)，进一步检查具有注释的独特基因在迄今为止测序的所有基因组中的独特性。对BLAST结果的分析将列表缩小为任何基因组中不存在的20个独特基因。这些独特的基因似乎对于IMI504853是“菌株特异性的”。此外，发现五组对于Gd物种是独特的，并且在下文中将被称为“物种特异性的”(即存在于IMI504853、Pa15和其他Gd菌株中，但不存在于其他物种中)。因此，这些序列差异似乎表征该菌株，并且可以用于设计IMI504853和类似菌株的诊断试剂盒。实例2PCR验证根据基因组分析中鉴定的序列设计了一套25个引物组。首先通过使用IMI504853和PAL5的基因组DNA进行常规PCR反应来测试这25个引物组(20个设计为菌株特异性的，并且5个设计为物种特异性的)的特异性。IMI504853的结果示于图1中。结果显示，16个菌株特异性引物组描绘了来自如从三个不同的集合(ATCC49037、DSM5601和LMG7603)获得的从PAL5的IMI504853。然而，4个推定的菌株特异性引物组与至少一个PAL5交叉反应，并因此从菌株特异性研究中去除。所有5种物种特异性引物按预期地进行反应。此外，使用上述方法，针对两个其他Gd菌株(一个最初在印度被分离(IMI502398)和另一个来自毛里求斯(IMI502399))以及UAP5541菌株(储存于-80℃的甘油中)的再生的2001培养物进行菌株和物种特异性引物的测试。数据与16个菌株特异性引物和4个物种特异性引物组一致，因为物种特异性引物组之一产生了较高分子量的条带。这是一个令人惊讶的结果。使用细菌肉汤培养物的连续稀释液来检查全部25个引物组(20个菌株特异性和5个物种特异性)的检测灵敏度。发现这些组中的24个产生非常高水平的检测(需要1-10个细菌细胞)。此外，然后使用内部提取的DNA来检查这25个引物与几种目标植物物种和品种的交叉反应性。使用从以下物种的植物提取的DNA在PCR反应中测试这些引物：玉蜀黍、小麦(品种Willow)、藜麦、稻(品种Valencia)、大麦(品种Chapeaux)、马铃薯、拟南芥属(品种Columbia)、油菜(品种Ability和Extrovert)以及一系列草(品种Aberglyn、Dickens、JPremierWicket和Twystar)。用于从植物组织中分离核酸的方法涉及叶材料的机械浸渍，然后是改良的CTAB提取(Doyle和Doyle,1987Phytochem.Bull.[植物化学学报],19:11-15)。简言之，使用SDS和CTAB来破坏细胞膜以释放其内容物，并且使用蛋白酶K和β-巯基乙醇使细胞蛋白质降解或变性。该提取缓冲液还含有PVPP以去除植物多酚，EDTA以螯合金属离子，氯化钠以溶解核酸结构，以及TRISHCl以稳定缓冲液pH。使用RNA酶A处理来降解RNA分子。使用氯仿:异戊基混合物(24:1)去除不溶性细胞碎片后，使用乙酸钠使脱氧核酸在乙醇中沉淀，使用稀释的乙醇洗涤，并重悬于分子级水中。说明性结果示于图2中。同时，通过将含有100ng上述植物基因组的PCR反应物与来自Gd的六倍连续稀释(从1ng开始)的基因组DNA进行共同接种来测试引物的敏感性。发现PCR系统的灵敏性一般不受植物基因组存在的影响，并且从最小1皮克的GdDNA建立常规检测。说明性结果示于图3中。结果表明，20个菌株特异性引物组中的17个和五个物种特异性组中的三个或者不与任何所测试的植物基因组交叉反应，或者与少量交叉反应但产生不同大小和可区分的大小的DNA产物。在菌株特异性引物组中，只有10个产生了以下结果：它们具有(1)高特异性，(2)高灵敏度，以及(3)与植物DNA不产生交叉反应，并且它们在上表3中被表示为引物组A-J。类似地，只有所选物种特异性引物组中的三个被发现是特异的且足够敏感进行使用，并且这些在表3中分别显示为引物组K-M。另外，使用这些引物获得的产物的大小示于表3中，并在图1A和1B中示出。因此，基于这些引物的方法和试剂盒在大田情况下在鉴定有益的Gd方面特别有用。实例3LAMP测定设计一系列LAMP引物以扩增SEQIDNO6、7和9的区域，并在下表4中如下显示：表4设计SEQIDNO40-45以扩增以上SEQIDNO6，设计SEQIDNO46-51以扩增以上SEQIDNO7，并且设计SEQIDNO52-57以扩增以上SEQIDNO9。获得这些引物，并且在对包含纯GdDNA的样品的LAMP测定中测试这些引物，所述样品使用改进的CTAB方法从在液体培养物中生长的细菌分离。另外，通过引物组测试来自一系列植物病原细菌和真菌的DNA在LAMP中的扩增。这些包括枯草芽孢杆菌、乳杆菌属、果糖杆菌属(Fructobacillus)、假单胞菌属物种、土壤杆菌属物种、一系列植原体和各种真菌(包括来自镰孢菌属、青霉属和曲霉属的物种)。在GenieII仪器(OptiGene公司)上进行实时LAMP，并且将1μl的样品添加到24μl反应混合物中，该反应混合物含有15μl等温主混合物ISO-001(OptiGene公司)、200nM的每种外部引物(F3和B3)、2μM的每种内部引物(FIP和BIP)和1μM的环状引物(FLoop和BLoop)。RT-LAMP反应由63℃处的30分钟的等温扩增组成。为了评估产物的退火温度，然后使反应经受从95℃至68℃(0.05℃/s)的缓慢退火步骤，伴随荧光监测。还使用由水组成的阴性反应对照。在LAMP中测试的三组引物中，对SEQIDNO9具有特异性的第三引物组在9.5分钟内给出扩增，伴随在89.2℃处退火(参见图4A)。对SEQIDNO6具有特异性的引物组在约11分钟处扩增阳性对照，伴随约88℃的退火，并且对SEQIDNO7具有特异性的引物组最慢，在约23分钟处扩增阳性对照，退火温度在90℃左右。所有给出阳性Gd扩增的引物组对细菌都是特异性的，并且不从任何其他细菌的DNA和进行测试的真菌DNA扩增。因此它们都适合作为用于检测Gd细菌的引物组。实例4使用LAMP检测植物样本上的Gd为了验证从污染种子快速提取的DNA上的引物，设置了一系列实验，其中将两种植物物种(番茄和小麦)的种子加到具有GdDNA的表面上。然后将样品经受2分钟的DNA提取技术，其中将样品置于含有钢珠和TE缓冲液的塑料管中，并剧烈振荡2分钟。然后使用包含SEQIDNO52至57的引物组将两微升的溶液置于如实例4中所述的LAMP反应物中，以测试来自这些样品的GdDNA的扩增。结果显示，当经受这些测定时，GdDNA可以在植物DNA背景下检测到。为了确认对Gd支持的LAMP扩增检测为阴性(即它们不含有LAMP反应的抑制剂)的任何样品，将扩增来自宿主植物的DNA的细胞色素氧化酶基因(COX)引物(Tomlinson等人，2012，JournalofVirologicalMethods[病毒学方法杂志],191:148-154)用作所有样品的假阴性的对照。实例5QPCR确定在包含来自Gd(IMI504853)以及来来自一系列作物物种(包括玉蜀黍、大麦和小麦)基因组DNA的已知量的DNA的样品上进行一系列QPCR反应。将QPCR反应混合物制备成20μL的体积/每反应的体积。在单独的GdDNA的情况下，这些由10μLiTaqTM通用SYBRSupermix(2X)(伯乐公司(Bio-Rad))、1μL每种正向和反向引物(终浓度为10μmol)、7μLSDW(无菌蒸馏水)以及所需浓度的1μLDNA模板组成。在这种情况下使用的引物如表5中所列出。表5SEQIDNO序列类型58AGGAGGCTCTTTCTTTGGAAGC正向59AAGTGCCCCTGTTATCGTACAC反向60TGGGTCATCGGTTCTGATTTCC正向61TAGTTTGATGTCGGGTGCTGAG反向62GCGAATACCGGTCTTTTTACGC正向63ATGCAAGCTCCGGATTGAGAG反向由SEQIDNO58和59代表的引物组(指定为P5)旨在扩增SEQIDNO3的149个碱基对的区域，由SEQIDNO60和61代表的引物组(指定为P8)被设计成扩增以上SEQIDNO6的104个碱基对的区域，并且由SEQIDNO62和63代表的引物对(指定为P17)被设计成扩增以上SEQIDNO10的130个碱基对的区域。使用来自伯乐公司的CFX96TouchTM实时PCR检测系统进行热循环。初始变性在95℃处进行3分钟；使用40个循环的变性进行扩增，在95℃处5秒，然后在60℃处30秒(每次扩增后读板)。所有的引物组都以如表6所列出的良好的效率并且如通过图5所示定量地扩增GdDNA，表6显示扩增的三个重复的平均Cq值。使用公式％E＝[10(-1/斜率)]-1X100来计算效率百分比。表6在基因组植物DNA的存在下，进行定量扩增以便确定是否存在任何交叉反应性。发现虽然与一些植物物种具有交叉反应性，但引物对P5显示对小麦和大麦基因组没有交叉反应性，P8显示对小麦、大麦和玉蜀黍没有交叉反应性，并且P17显示对小麦和玉蜀黍基因组没有交叉反应性，这使得这些潜在合适的引物组用于检测作物物种中的Gd。为了确保在植物基因组DNA的存在下保持引物效率和稳健性，重复以上QPCR实例，但是在这种情况下，组合物是变化的，因为6μLSDW(无菌蒸馏水)与1μL相关的Gd稀释液DNA模板和1μL植物基因组DNA模板一起使用。例如，用小麦DNA(70.6ng/μl)或玉蜀黍DNA(111ng/μl)将GdDNA(92ng/μl)从10-1连续稀释至10-7，并如上所述运行扩增反应。代表性的结果示于图6(A)和(C)以及表7中。表7似乎在植物基因组的存在下，引物将保持效率，并因此可以形成检测试剂盒的基础。通过在扩增后进行熔融分析来确认结果，从60℃至95℃以0.5℃增量5秒/步骤进行变性曲线(熔融曲线)分析，然后在每个增量之后读板。结果的代表性实例示于图6(B)和6(E)中。在没有植物基因组DNA的情况下，所扩增的GdDNA的清晰的熔融曲线是可见的。实例6质粒检测使用Qiagenmini制备试剂盒(目录号69104)进行从Gd(IMI504853)的质粒DNA提取。遵循低拷贝数质粒提取方案，使用5ml和10ml48小时的细菌培养物。提取的质粒在两侧是1kbhyperladderplus的1％琼脂糖凝胶上运行(图7)，并使用伯乐公司ChemiDocTM成像。连同质粒DNA，泳道-1上还包括Gd(IMI504853)的基因组DNA。图7中显示的结果表明大小约17.5Kb的单个质粒的存在，其比先前针对在PAL5中发现的质粒所报道的更小。对质粒DNA进行测序，并使用引物3(Untergasser等人(2012)Primer3-newcapabilitiesandinterfaces[引物3-新的功能和接口]，NucleicAcidsResearch，[核酸研究]40(15):e115；Koressaar和Remm(2007)Enhancementsandmodificationsofprimerdesignprogram[引物设计程序的增强和修改]Primer3Bioinformatics[引物3生物信息学]23(10):1289-91)设计引物以覆盖线性序列数据的开始和结束位点(P_End_Fw-CCAAATCTCTGGAACGGGTA(SEQIDNO64))。使用该引物(SEQIDNO64)进行Sanger测序，并对测序的数据进行比对以确认质粒序列是完整的。由于天然形式的质粒DNA是圆形的并且可以形成二级和三级结构，这可能影响使用琼脂糖凝胶进行尺寸测量的准确性。为了证实结果并也为了验证质粒DNA的测序，使用NEB切割机(http://nc2.neb.com/NEBcutter2/)研究质粒的限制性图谱。限制性消化将使质粒线性化，这只提供单一构象结构。此外，在研究序列后进行限制性内切酶选择，从而也允许质粒序列被验证。在IMI504853质粒DNA的情况下，NEB-切割机显示限制性内切酶EcoRI在3864-9461bp和9462-3863bp处消化质粒DNA，产生5598bp和11968bp的DNA片段。这两种尺寸都可以使用实验室可用的1KbHyperladderplus(比奥立公司目录号-BIO-33069)进行研究，也去除了参考梯状条带的最大尺寸检测的限制。因此，按照供应商的方案，使用双切割机EcoRI(飞世尔公司(Fisher)，目录号-10819360)对IMI504853质粒进行限制性消化。在限制性消化后，将产物在1％琼脂糖凝胶上运行，直至条带被解析并使用Bio-radChemiDocTM成像。当用EcoRI限制时，IMI504853质粒DNA产生预测大小的DNA的两个片段(1至12Kb和2至5.6Kb)(图8)。就大小和顺序两者而言，这验证了测序数据。它可以进一步提供关于在鉴定本发明的菌株中使用的试剂盒的鉴定测试或确认测试。实例7IMI504853的活性的说明使用小麦(栽培品种Mulika)设计一个大田测试来测试作为生物肥料的Gd(IMI504853)。分别种植Gd处理的和对照(未处理)的两块样地。发芽后，在生长的第10-12天对幼小小麦幼苗取样并使用代表DNAseqID7的引物G(seqID26和27)测试Gd存在。当在1％琼脂糖凝胶上用相应的阴性和阳性对照(图9)解析PCR时，检测到Gd存在，这证实在现实世界条件下所设计的试剂盒工作良好。已经显示使用SPAD仪表测量叶绿素含量(即“绿色度”)与整个植物健康和作物产量相关。使用SPAD检查生长阶段35和61处的作物的叶绿素含量，发现与对照样地相比时，在Gd处理的样地中叶绿素含量在统计学上显著(P＝0.001)(图10)。有趣的是，与未处理的对照相比，该SPAD显示从用本发明的Gd处理的样地获得的小麦的叶绿素含量显著增加(图10)。这表明，已经使用诊断试剂盒证实具有细菌存在的Gd处理的样地导致更健康的植物和潜在更高的产量。来自麦田试验的数据表明Gd作为生物肥料的功效。实例8使用IMI504853的产量效益将未经处理和用包含浓度为约105-107cfu/ml的IMI504853的配制品处理的饲料玉蜀黍种子播种在两个不同的位置，并且以不同比例以推荐的氮肥比率施肥，针对每种特定的品种、区域和土壤氮的可用性，范围从0至175Kgha-1。产量结果表明氮肥的整体潜在降低在40％-95％之间，不会遭受任何产量损失。N水平的平均产量效益导致在7％与21％之间的产量增加。因此，在完全推荐的N肥比率下，IMI504853处理的作物可以在玉蜀黍中提供高达1t/ha的产量效益。在另一个试验中，在春季播种未经处理或用包含浓度为约105-107cfu/ml的IMI504853的配制品处理的春小麦种子。根据品种、区域和土壤氮的可用性，不同比例以推荐的氮肥比率对作物施肥，范围从0至125Kgha-1。在所有肥料水平下，IMI504853处理的作物显示了15％的平均产量增加，但是在零氮肥和全氮肥时，该增加分别为20％和10％。结果表明，对于IMI504853处理的作物，有可能减少高达85％的N肥施用，并且仍然达到与完全施肥的作物相同的产量。序列表<110>氮技术有限公司（AZOTICTECHNOLOGIESLTD）<120>新颖微生物及其在农业中的用途<130>P3088/WO<150>GB1513277.2<151>2015-07-28<160>68<170>BiSSAP1.3.6<210>1<211>630<212>DNA<213>醋杆菌属（Acetobacter）<220><223>谷胱甘肽S-转移酶（EC2.5.1.18）<400>1atgacaaaattatactattctcccggcgcttgctctttggcagggcatattttgctcgaa60gagttgggaagaccatatgagttgaaattgacgcccgttggagacgaaggcacgggaagt120gaagagtttctaaaaataaacccgcgaggaagggtgcctgttttaattgatggtgcggaa180ataattaccgaaagccccgcaatcttattttatttatcgagttcattttcagacggaaat240ttctggccaaaatcagttttggagcaagcccgctgctgggaatggtttaactggttatcg300agcaatgtacactcggttgcctatgggcaggtgtggcgaccaggacggttcattgatgat360gagcgtcagtggaataatgttatttcaaaagggaaaaataaccttcatgaatttagtgat420gtaatagaaaataatatctccgggaaaacgtggtgtgtgggtgaatcgtattcatgcgtt480gatccgtatttgtttgttttttattcttgggggaaagccatcggattggatatggaatcc540tctttcccggcgtggtcgcgtcatgcagcgcggatgctggagcggttggccgttcaaaac600gctttacggcaagaaggtttgatctcgtaa630<210>2<211>729<212>DNA<213>醋杆菌属<220><223>O-甲基转移酶（EC2.1.1.-）<400>2ttggatgcctctcgttttccttgcggagtcatcatgaccattcctctctttcgtccgcaa60ttcacaccgcagattcaacgtgcgcttgatcgcctttattccgagacactctcgcaagat120ccagcgatacgccaattggcgcaagccaaaggactgacacatgacgggcaacgcggtttc180tacgaagccatgaaagatgccagactacccgttacgccagagttcggcgccctgctctat240attctggcacgcagcaccagagcccaacatatcatcgaattcggcacgtccttcggtgtt300tcaacattatttctcgcagcggctttacgcgacaatggcgggggccgactggtgacctcg360gaacttatctcagacaaagcagaaagggcttccgccaatctgcgggaggcaggactggca420gacctcgtagacattcgcatcggagatgcccgcgccacgttatcgcgtgatcttcctgag480tcgatcgatctgatcctgctggatgcgactaaaggactctacctcgatctcttactcctg540ctggaacctgcattacgaaaaggtggcctggtgatcagcgatcgcgccgatctcgatggt600gacgacggcggtcgcgcagcagcctaccttacctatctgacaaccccggctaacggatat660cgcatcgccggcatcactacacaggcgttgggacaaaccttcgctcacgatgtggcggtg720cgcacctga729<210>3<211>462<212>DNA<213>醋杆菌属<220><223>转录调节剂，TetR家族<400>3gtgggaatagccacgctctaccaatactttgagaacaaggagagcgttgtcgcggcactt60agtcgtcgggtacgggaaacactgctccatgatgttgcgtcattactcgaaaccgcttgt120tcgttgccactttccgagggtgtgcgctgtctggtcgtcgctgccgtgaaggcggacaag180agccgtccatcgcttacggtccggcttgatcggttggaggaggctctttctttggaagcg240gatcatctgctggtagcggctgagctttgcacggttgttgcgtcgttcctcaagtgccag300ggaattattcaggagaacactgcaaaaattctggcagatgatctgtgtacgataacaggg360gcacttattgacgctgcacacaatcgacagatacctatcgatgacttgctaattgaccgt420attacgcgaaggctggtcgcgattattcagagcgcgctttaa462<210>4<211>522<212>DNA<213>醋杆菌属<220><223>RNA聚合酶ECF型σ因子：：RNA聚合酶ECF型σ因子<400>4gtgggacagccggacaaatatttcgagcttttcgcgatacatcgcaccgatcttgtgcgt60ttcgccagaggtatcatgagagatgatagtctggcggaagatgttgtacaggatgctttt120ctgcggctgactactgtaacagtggcacaggaccgcgttctttcggatcctctgaattac180gtttaccgcattattcggaatctggcctttgaccgttatcgacgacggcaattcgaggcc240ggattgtttgaccatggggtagatagttcttccgaaacaatcgaagcggatgcccctaca300ccggaaggtgaggcttcagggaaatccgacatgcgggcaatgcgcgccgctatggcggaa360ctgccagaacggacgtgcgtcgcattggaaatgcatctgttcgacggacgaaagctacgg420gaaatagcggctcatttaggtgtttctattgggatggcccactcccttgtcgcagtgggt480atggagcattgccgcaaacgtctttccacacctgaaacctga522<210>5<211>984<212>DNA<213>醋杆菌属<220><223>FecR家族蛋白，COG:Fe2+-二柠檬酸传感蛋白，膜组分；<400>5gtgagcgaagacttcaatccaacaacggcggttgagtggaaaatagccctttcagaagag60cctgacgattctgtgctcagagaacgctttgaagcatggcttgctgccgcagaggatcac120cggaaagagtggcaggaacttacgcagggacttgagaatttccgccagattggcccgctt180tatcgtgagaaatgggtgccttcatcaagtggggcacaaaatactgcgtcaaaacaaggt240aggctcaaaggaagacctgctaattttgttaggttttcagttgctgcatttgcggctgct300gctgccgttacattggtatggtcctctgaccttctgcttcgattacaggccgattacgcc360acaggctcggcagaaacgcgaacagtcagtctccccgatggtagtgaattgaccctcgcg420ccgcgaagtgcggtaaaaatgtcttactctgtagagaaacgggatattcgtcttttaaag480ggagaggcgctcttcacggttcgacatgatatggcgcgaccttttgaggtccacacagac540aaattcaccgtaacggacatcggaactatttttgacgtcagaatgtctcagggcgaggaa600gaagtctctgtccgggaaggagaggtccgggtgcaggatgtttccggtggatttcataat660ctcgatgccggaacgtgggagcggattagaactgtaggcaatggagtgagcgtcactcat720gggagcggctctccggaagatgtgggcgcatggtcagcggggcaaattattgccaaggaa780aacagcgtgtccagcgtcgtggaaaggcttaggccctactaccggggggttgttgtcctt840tatggttcttcctttggggagaagtcactcactggtgtttatgacgcaagtgacccggtt900ggcgcatttcgggcgatcgcagccgcgcatcatgctcagatgcatcaggtttcgccatgg960ctgacaatattggccgcaccgtag984<210>6<211>2604<212>DNA<213>醋杆菌属<220><223>铁色素-铁受体<400>6atgaagggtgcggttgcattgcattcgcaattgtggcggctcatacgaatgggaacggat60aaggtgatgacgattgatgatagaatgaagcggtgtgggcggcaggtggcgtggcttatc120gcgctgggtagtacgacgtttctgaatgccgctgtgacgaaaagctatggtgcagaacct180tcccaaagtgctcgggccgtcagatcattttccattccggcccaatctcttgaagatggt240ctcgcaaggttcggacagcaaagtgggtggcaggtttctgttgacggaaatcttgcaaaa300tctctgacaacgcacggtgttagcggtacgatgacatctgctcaggccctcaatgcgatc360ctgtccgggactggcctgacatacacgatcaggggtggccgaaccgtcgtgctgacgaaa420gcagtagccaacatcacgcttggtccggtccgtgtcggaggaaccctcgcgcgtcaggat480ccaacagggccgggtgtcggctacttcgccgaaaacacaatggttggtacaaagacggat540acgcccatcacggaaataccgaactcagtctacgtcgtgaccaagcagttgatgaccgat600cagcagccgcagaatatcctacaggctttgcgttacactcccggcatctactctgaagcc660ggaggaacgacaaatcgcggatctgcccagaatgacaacatgggcatttatcagcgtgga720tttctctcgagccagttcgtggatgggttgatgacgaattcgtatgccgccgccgagcca780agctttctggaccgtatcgaggcgctcaacggtccagcatcggtgatgtatggccagacg840acacccggaggaatggtcggtatgagcctgaagaaacccaccgaaacgccgctgcatcag900gtttcgctaggcttcggaagctggggacggtacgaggcaacgttcgatgtcagcgataag960atcacgcagtccggtaatctgcgctatcgtattgcagccatcggagtcacatcgggcact1020caggaagaccgaattgattatcatcgggtgggtgtacttccttcaatcacgtggg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