1.用于鉴定来自标本的核酸样品中核酸区段共存的方法，所述方法包括：
从标本中获得核酸样品，其中所述核酸样品包含与所述标本中抗原受体分子的表达相关的多个核酸片段；
测定所述样品的所述核酸片段中第一和第二核酸区段的序列，以产生与所述样品中所述第一核酸区段对应的第一组序列和与所述第二核酸对应的第二组序列；
从所述第一组序列产生第一组探针，其中所述第一组探针的每个成员包含连接至检测部分的寡核苷酸，所述寡核苷酸与所述第一组序列的一个不同序列对应；
从所述第二组序列产生第二组探针，其中所述第二组探针的每个成员包含连接至检测部分的寡核苷酸，所述寡核苷酸与所述第二组序列的一个不同序列对应；
使从所述标本获得的检测样品暴露于所述第一组探针的成员和所述第二组探针的成员；
进行杂交分析，以确定所述第一组探针的成员是否与所述检测样品杂交，并确定所述第二组探针的成员是否与所述检测样品杂交；以及
确定所述第一和第二核酸区段是否在所述标本的共同细胞中共存。
2.权利要求1所述的方法，其中所述抗原受体分子是t细胞抗原受体分子。
3.权利要求2所述的方法，其中所述第一核酸区段与所述t细胞抗原受体分子的α链有关，并且其中所述第二核酸区段与所述t细胞抗原受体分子的β链有关。
4.权利要求1所述的方法，其中所述抗原受体分子是b细胞抗原受体分子。
5.权利要求4所述的方法，其中所述第一核酸区段与所述b细胞抗原受体分子的重链有关，并且其中所述第二核酸区段与所述b细胞抗原受体分子的轻链有关。
6.权利要求3所述的方法，其中所述第一和第二核酸区段位于所述核酸片段的互补决定区3(cdr3)部分。
7.权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品包含基因组dna。
8.权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品包含总rna。
9.权利要求1所述的方法，其中所述核酸样品包含来自肿瘤浸润淋巴细胞的核酸分子。
10.权利要求1所述的方法，其中所述标本包括新鲜或冷冻的肿瘤组织标本。
11.权利要求10所述的方法，其中从所述标本获得所述核酸样品包括：
将所述标本固定并在石蜡中包埋；
切除所述标本的部分；和
从所述标本的切除部分提取所述核酸样品。
12.权利要求11所述的方法，其中所述标本的切除部分包含靶免疫细胞。
13.权利要求12所述的方法，其中所述靶免疫细胞包含肿瘤浸润淋巴细胞。
14.权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二核酸区段的序列各自包含50至200个碱基对。
15.权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二核酸区段的序列各自包含75至150个碱基对。
16.权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二组序列各自包括至少20个不同序列。
17.权利要求16所述的方法，其中所述第一和第二组序列各自包括至少50个不同序列。
18.权利要求1所述的方法，其中所述第一组序列包含n个不同序列，并且其中产生所述第一组探针包括：
对于在所述核酸样品中以最高丰度表达的不同序列中m个的每个序列，产生对应于所述序列的寡核苷酸群体；和
将所述寡核苷酸群体的每个成员连接至检测部分。
19.权利要求18所述的方法，其中m等于n。
20.权利要求18所述的方法，其中m＜n。
21.权利要求18所述的方法，其中m为48或更小。
22.权利要求18所述的方法，其中m为24或更小。
23.权利要求18所述的方法，其中所述群体的寡核苷酸包含dna序列。
24.权利要求23所述的方法，其中所述dna序列与所述m个不同序列互补。
25.权利要求18所述的方法，其中所述群体的寡核苷酸包含rna序列。
26.权利要求25所述的方法，其中所述rna序列是反义rna序列。
27.权利要求26所述的方法，其中所述反义rna序列与对应于m个不同序列的rna转录本序列互补。
28.权利要求18所述的方法，其中所述群体的寡核苷酸包含修饰的核酸。
29.权利要求28所述的方法，其中所述修饰的核酸包括肽核酸。
30.权利要求18所述的方法，其中所述检测部分包括生物素或其衍生物。
31.权利要求18所述的方法，其中所述检测部分包括半抗原。
32.权利要求18所述的方法，其中所述检测部分包括荧光部分。
33.权利要求18所述的方法，其中所述检测部分包括至少一种螯合的金属离子。
34.权利要求18所述的方法，其中所述检测部分包括分子条形码。
35.权利要求34所述的方法，其中所述分子条形码包括寡核苷酸。
36.权利要求34所述的方法，其中所述群体的每个成员连接至包含相同分子条形码的共同检测部分。
37.权利要求36所述的方法，其中在对应于所述m个不同序列的核苷酸群体中，所述共同检测部分对于与所述m个不同序列的仅一个对应的一个寡核苷酸群体是唯一的。
38.权利要求36所述的方法，其中所述寡核苷酸包含dna序列，并且其中所述dna序列连接至所述寡核苷酸群体的成员的3'末端。
39.权利要求18所述的方法，其中所述检测部分包括与试剂反应以产生化学发光的反应部分。
40.权利要求1所述的方法，其中所述检测样品包括组织切片。
41.权利要求40所述的方法，其中所述组织切片包括福尔马林固定的、石蜡包埋的组织切片。
42.权利要求40所述的方法，其中所述检测样品包括提取所述标本的部分以获得所述核酸样品之后的所述标本的剩余部分。
43.权利要求1所述的方法，其中所述检测样品包括白细胞涂片。
44.权利要求43所述的方法，其中所述白细胞包括外周血单个核细胞(pbmc)。
45.权利要求1所述的方法，其中使所述检测样品暴露于所述第一和第二组探针的成员包括：
使所述检测样品与包含所述第一和第二组探针的所有成员的组合物接触；和
从与所述检测样品接触起去除不与所述检测样品杂交的所述第一和第二组探针的成员。
46.权利要求45所述的方法，其中：
所述第一组探针包括j种不同类型探针，所述j种不同类型探针中的每一种对应于所述第一组序列中的一个；
所述第二组探针包括k种不同类型探针，所述k种不同类型探针中的每一种对应于所述第二组序列中的一个；
所述第一和第二组探针的每个成员对应于所述j种不同类型探针的仅一种，或对应于所述k种不同类型探针的仅一种；
所述第一和第二组探针的每个成员包含检测部分，所述检测部分包含对于所述j种和k种不同类型探针中仅一种探针类型唯一的分子条形码；以及
所述分子条形码包含寡核苷酸。
47.权利要求46所述的方法，其中进行所述杂交分析包括：
(a)使所述检测样品暴露于检测探针组，所述检测探针组的每个成员包含与单一类型的分子条形码杂交的寡核苷酸序列和连接至所述寡核苷酸序列的荧光部分；
(b)检测来自所述检测样品中与分子条形码杂交的所述检测探针组的成员的荧光发射；
(c)从所述检测样品中去除所述样品中与分子条形码杂交的检测探针；以及
(d)使用其他检测探针组重复步骤(a)-(c)。
48.权利要求1所述的方法，其中：
所述第一组探针包括j种不同类型探针，所述j种不同类型探针中的每一种对应于所述第一组序列中的一个；
所述第二组探针包括k种不同类型探针，所述k种不同类型探针中的每一种对应于所述第二组序列中的一个；和
使所述检测样品暴露于所述第一和第二组探针的成员包括：使所述检测样品与包含所述j种不同类型探针中的一种和所述k种不同类型探针中的一种的组合物接触，并从与所述检测样品接触起去除不与所述检测样品杂交的所述组合物的任何探针。
49.权利要求48所述的方法，其中进行所述杂交分析包括：检测连接至所述j种不同类型探针中的一种的所述检测部分，和检测连接至所述k种不同类型探针中的一种的所述检测部分。
50.权利要求49所述的方法，其中所述连接至所述j种不同类型探针中的一种的检测部分包括生物素或其衍生物，并且其中检测所述检测部分包括：
将所述检测部分与检测探针结合，所述检测探针包含结合至生物素或其衍生物的部分和荧光部分；和
在所述检测部分与所述检测探针结合之后检测来自所述荧光部分的荧光发射。
51.权利要求50所述的方法，其中所述结合至生物素或其衍生物的部分包含抗生物素蛋白和链霉抗生物素蛋白中的至少一种。
52.权利要求49所述的方法，其中所述连接至所述j种不同类型探针中的一种的检测部分包括半抗原，并且其中检测所述检测部分包括：
将所述检测部分与检测探针结合，所述检测探针包含结合至半抗原的部分和荧光部分；和
在所述检测部分与所述检测探针结合之后检测来自所述荧光部分的荧光发射。
53.权利要求52所述的方法，其中所述结合至半抗原的部分包含至少一种选自以下的成员：蛋白质，多肽，多糖或脂质体。
54.权利要求49所述的方法，其中所述连接至所述j种不同类型探针中的一种的检测部分包括荧光部分，并且其中检测所述检测部分包括：检测来自所述荧光部分的荧光发射。
55.权利要求49所述的方法，其中所述连接至所述j种不同类型探针中的一种的检测部分包含至少一种螯合的金属离子，并且其中检测所述检测部分包括：
从所述检测部分释放所述螯合的金属离子；和
通过质谱法检测所述释放的金属离子。
56.权利要求49所述的方法，其中所述连接至所述j种不同类型探针中的一种的检测部分包含反应基团，并且其中检测所述检测部分包括：
使所述反应基团暴露于与所述反应基团反应的试剂以产生化学发光发射；和
所述反应之后检测所述化学发光发射。