分离的家族性高甘油三酯血症疾病的lpl新突变致病基因及检测该基因的试剂盒的制作方法_2

文档序号:9212608阅读:来源:国知局
LPL是否存在突变的样本,例如可以是从生物样品中直接提取的全基因组DNA,也 可以是该全基因组中包含LPL编码序列的一部分,可以是从生物样品中提取的总RNA,也可 以是从生物样品中提取的mRNA。所述核酸样本为全基因组DNA。由此,可以扩大生物样品 的来源范围,并且可以同时对生物样品的多种信息行确定,从而能够提高筛选易感家族性 高甘油三酯血症的生物样品的效率。
[0021] 针对采用RNA作为核酸样本,从生物样品提取核酸样本可以进一步包括:从生物 样品提取RNA样本,优选RNA样本为mRNA ;以及基于所得到的RNA样本,通过反转录反应, 获得cDNA样本,所得到的cDNA样本构成核酸样本。由此,可以进一步提高利用RNA作为核 酸样本筛选易感家族性高甘油三酯血症的生物样品的效率。
[0022] LPL外显子特异性引物的序列不受特别限制,根据本发明的优选实施例,这些LPL 外显子特异性引物具有SEQ ID NO:3和SEQ ID N0:4所示的核苷酸序列:5'GCCGAGATACAA TCTTGGTG-3'/5' GCATGATGAAATAGGACTCC-3'。
[0023] 通过采用这些引物,可以在PCR反应体系中显著有效地完成对LPL外显子的扩增。 需要说明的是,这些SEQ ID NO :3和SEQ ID NO :4所示的核苷酸序列是本发明的发明人在 付出了艰苦的劳动后,意外获得的。
[0024] 本发明对核酸序列与SEQ ID NO :1进行比对的方法和设备并不受特别限制,可以 采用任意常规的软件进行操作,根据本发明的具体实例,可以采用SOAP软件进行比对。
[0025] 需要说明的是,根据本发明实施例的"筛选易感家族性高甘油三酯血症的生物样 品的方法"的用途不受特别限制,例如可以用作非诊断目的的筛选方法。
[0026] 一种筛选易感家族性高甘油三酯血症的生物样品的系统,该系统包括:核酸提取 装置,所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本;
[0027] 核酸序列确定装置,所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连,用于对所 述核酸样本进行分析,以便确定所述核酸样本的核酸序列;判断装置,所述判断装置与所述 核酸序列确定装置相连,以便基于所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO :1相比,是否具有 p. C310R突变,判断所述生物样品是否家族性高甘油三酯血症。
[0028] 一种用于检测家族性高甘油三酯血症疾病的LPL新突变致病基因的试剂盒,所述 的试剂盒包括用于检测上述的LPL新突变致病基因的核酸探针和引物,所述引物序列如
[0029] 所述试剂盒还包括:2XPower Taq PCR MasterMix,双蒸水。所述试剂盒采用普通 PCR程序进行扩增,反应程序为:95°C预变性3分钟,然后进入第一个循环,95°C变性30秒, 50 °C退火复性30秒,72 °C延伸40秒,循环35个循环后,72 °C延伸10分钟,4°C保存。
[0030] 需要说明的是,在本文前面筛选易感家族性高甘油三酯血症的生物样品的方法部 分中所描述的特征和优点,同样适用于筛选易感家族性高甘油三酯血症的生物样品的系统 或者试剂盒,在此不再赘述。
[0031] -种筛选治疗或预防家族性高甘油三酯血症疾病的药物的方法,该方法包括:将 能够表达LPL新突变致病基因的生物样品在存在候选试剂的情况下进行培养,其中所述 LPL新突变致病基因与SEQ ID NO :1相比,具有P.C310R突变;同时将所述能够表达LPL 新突变致病基因的生物样品在不存在所述候选试剂的情况下进行培养;确定所述能够表 达LPL新突变致病基因的生物样品在存在所述候选试剂和不存在所述候选试剂的情况下, 脂肪颗粒大小及代谢速率的变化,其中存在所述候选试剂时,所述代谢速率高于不存在所 述候选试剂时的细胞凋亡率,是所述候选试剂作为治疗家族性高甘油三酯血症的药物的指 不O
[0032] 本发明的有益效果包括:本发明提供一种分离的家族性高甘油三酯血症疾病的 LPL新突变致病基因,继续完善现有LPL (脂蛋白脂肪酶)蛋白突变数据库,进一步了解LPL 突变致酶活性下降的机制,同时进一步提供了筛选易感家族性高甘油三酯血症的生物样本 的方法、筛选易感家族性高甘油三酯血症的生物样品的系统,用于筛选易感家族性高甘油 三酯血症的生物样品的试剂盒以及筛选治疗或预防家族性高甘油三酯血症疾病的药物的 方法。本发明所提供的试剂盒可用于临床及科研中对LPL新突变致病基因进行检测,不仅 为家族性乳糜血综合征的诊断提供了一条快速、可靠、准确的新途径,而且可进一步提供 LPL新突变致病基因与野生LPL蛋白的确切对比,从而可为疗效观察、疾病的动态观察提供 依据,本发明将在医学治疗及检测领域发挥重要的作用。
【附图说明】
[0033] 图1所示为于山东潍坊诸城收集到1个典型的家族性高甘油三酯血症家系的谱系 图。
[0034] 图2所不为LPL基因结构不意图。
[0035] 图3所示为实施例2所述的先证者及其女儿正向测序图。
[0036] 图4所示为验证LPL(exon6928C > T)杂合突变与FCS之间相关性的正向测序图。
[0037] 图5所示为多个物种LPL蛋白的序列对比图。
【具体实施方式】
[0038] 下文将结合具体附图详细描述本发明具体实施例。应当注意的是,下述实施例中 描述的技术特征或者技术特征的组合不应当被认为是孤立的,它们可以被相互组合从而达 到更好的技术效果。
[0039] 若未特别指明,实施例中所采用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手 段,可以参照《分子克隆实验指南》第三版或者相关产品进行,所采用的试剂和产品也均为 可商业获得的。未详细描述的各种过程和方法是本领域中公知的常规方法,所用试剂的来 源、商品名以及有必要列出其组成成分者,均在首次出现时标明,其后所用相同试剂如无特 殊说明,均与首次标明的内容相同。
[0040] 实施例1
[0041] 一种分离的家族性高甘油三酯血症疾病的LPL新突变致病基因,所述LPL新突变 致病基因的核酸样本的核苷酸序列与编码野生型LPL蛋白的基因,如SEQ ID ΝΟ:1所示的 核苷酸序列相比,第928位碱基发生OT的突变,所述LPL突变致病基因的核酸样本为人工 分离或合成的单链DNA、双链DNA、RNA或DNA与RNA的聚合物。
[0042] LPL基因的新突变基因与原发性结晶样视网膜变性疾病的发病密切相关,从而通 过检测该新突变基因在生物样品中是否存在,可以有效地检测生物样品是否易感家族性高 甘油三酯血症,也可以通过检测这些突变体在生物体中是否存在,可以有效地预测生物体 是否易感家族性高甘油三酯血症。
[0043] 一种分离的家族性高甘油三酯血症疾病的LPL新突变体多肽,其氨基酸序列与 SEQ ID N0:2相比,具有P.C310R突变,即343位的Y突变为D。该多肽是由前述分离的编 码LPL突变体的核酸编码的。通过检测生物样品中是否表达该多肽,可以有效地检测生物 样品是否易感家族性高甘油三酯血症,也可以通过检测这些多肽在生物体中是否存在,可 以有效地预测生物体是否易感家族性高甘油三酯血症。
[0044] 本发明通过Sanger外显子测序和基因突变验证的方法确定了家族性高甘油三醋 血症新的致病基因突变(NM_〇〇〇237. 2:c. 928C>T NP_000228. l:p. C310R)。LPL基因突变基 因,其与SEQ ID NO :1相比,该核酸具有p.C310R突变。在本文中所使用的表达方式"编码 LPL突变体的核酸",是指与编码LPL突变基因相对应的核酸物质,即核酸的类型不受特别 限制,可以是任何包含与LPL突变体的编码基因相对应的脱氧核糖核苷酸和/或核糖核苷 酸的聚合物,包括但不限于DNA、RNA或cDNA。优选地,所述的编码LPL突变基因的核酸样 本为DNA。
[0045] 野生型LPL基因的m RNA序列具有1468nt,翻译后的LPL蛋白质含有47
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