大豆身份证的重要性状snp标记组合筛选方法与应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及大豆品种鉴别或育种领域，具体地，本发明涉及大豆身份证的构建及 其应用，更具体地，本发明涉及利用大豆重要性状SNP标记组合与筛选构建大豆品种身份 证及其利用。
【背景技术】
[0002] 大豆（Glycine max)是豆科（fabaceae)大豆属（glycine) -年生草本作物。大豆 起源于中国已得到国际学者普遍认可，我国大豆种质资源丰富，保存的数量居全世界之首。 大豆也是我国重要的经济作物之一，在全国都有广泛种植，到目前为止，已育成和推广大豆 品种超过1800个。随着大豆种质资源和品种交换的发生，种子市场中"同物异名"和"套 牌"、"冒牌"现象日趋严重，这不仅给市场管理和消费者带来困扰，更会给品种选育、审定以 及农业生产和农民经济利益带来重大损失。因此，种质资源和品种身份证的构建具有重要 意义。
[0003] 作物品种资源种子身份证的构建已从形态标记向高通量分子鉴定技术发展。传统 的鉴定方法主要是形态标记、生理标记和生化指标，随着品种资源数目的增加，仅仅基于这 些特性已经难以对现有品种进行准确鉴定。因此急需开发一套准确可靠、简单易行的快速 鉴定体系，为作物新品种审定及种质材料评价提供科学依据。20世纪以来，DNA分析技术 开始被大量的应用于植物学研究，开发出RFLP、RAPD、AFLP、SSR以及SNP、SRAP等一系列标 记。分子标记不但能够节省常规田间调查和收集整理数据的时间，而且具有不受环境影响、 鉴别品种准确和变异极丰富等优点，利用分子标记构建DNA指纹图谱进行品种真伪性已成 为发展趋势。
[0004] 鉴于方法的稳定和有效性，国际植物品种权保护联盟（UP0V)在BMT测试指南草案 中已将构建DNA指纹数据库的标记方法确定为SSR和SNP。较SSR标记相比，SNP具有针对 性强，变异来源丰富，且潜在数量巨大等特点。到目前为止，SNP标记在栽培大豆中的总数 达到4-5百万个，野生大豆PAN-GENOME中存在3. 63-4. 72百万个。由于SNP大多只有两种 碱基形式，被视为二等位标记，具有简化基因分型方法及后续数字编码的优势。且SNP是核 苷酸自身变异，不需要读取分子量大小，采用测序方法直接获得等位变异基因型，遗传稳定 性高，更适合于数字化建库。利用SNP分子标记鉴定作物的指纹图谱，对作物品种资源管理 与品种保护利用及评价无疑将起到积极的作用。
【发明内容】
[0005] 本发明的一个目的是提供检测14个SNP位点的物质的应用。
[0006] 本发明提供的检测14个SNP位点的物质在鉴别和/或区分大豆种质中的应用；所 述14个SNP位点为如下：
[0007] AR2 位点为 Glyma. 19G194300 基因的 GenBank AGGession Number AB511820. 1 的 第186位脱氧核糖核苷酸；
[0008] AR5 位点为 Glyma. 19G194300 基因的 GenBank AGGession Number AB511820. 1 的 第1289位脱氧核糖核苷酸；
[0009] AR7 位点为 Glyma. 06G202300 基因的 GenBank AGGession Number EU190438. 1 的 第5980位脱氧核糖核苷酸；
[0010] TT8 位点为 Glyma. 06G202300 基因的 GenBank AGGession Number EU190438. 1 的 第5980位脱氧核糖核苷酸；
[0011] mi 位点为Glyma. 10G221500 基因的GenBank AGGession Number AB797177. 1 的 第15077位脱氧核糖核苷酸；
[0012] PR019 位点为 Glyma. 18G023500 基因的 GenBank AGGession Number AB495280. 1 的第411位脱氧核糖核苷酸；
[0013] AT21 位点为Glyma. 08G107700 基因的GenBank AGGession Number AB495283. 1 的 第573位脱氧核糖核苷酸；
[0014] AT23位点为Glyma. 08G107700 基因的GenBank AGGession Number AB495283. 1 的 第1200位脱氧核糖核苷酸；
[0015] SER32位点Glyma. 02G121400基因的GenBank AGGession Number XM_003520081. 2 的第639位脱氧核糖核苷酸；
[0016] SER 36 位点为 Glyma. 13G190800 基因的 GenBank AGGession Number AC166330. 6 的第1010位脱氧核糖核苷酸；
[0017] SER 43 位点为 Glyma. 14G204500 基因的 GenBank AGGession Number ⑶047076. 1 的第1173位脱氧核糖核苷酸；
[0018] SER 64位点为序列1的第151位脱氧核糖核苷酸；
[0019] m2位点为Glyma. 19G224200基因的GenBank AGGession Number AB797209. 1 的 第3835位脱氧核糖核苷酸；
[0020] AT22位点为Glyma. 08G107700 基因的GenBank AGGession Number AB495283. 1 的 第933位脱氧核糖核苷酸。
[0021] 上述检测14个SNP位点的物质在制备鉴别和/或区分大豆种质产品中的应用也 是本发明保护的范围。
[0022] 上述应用中，所述大豆种质为44份种质、27份种质或45份种质；
[0023] 所述44份种质为如下：查干花茶秣食豆、大青豆、方正秣食豆、丰收5号、公476 号、合丰36、合丰38、合丰46、合交13、黑河28、黑河5号、吉林34、吉林35、吉林小粒4号、 吉林小粒7号、吉农13、吉农6号、吉原引3号、九农12号、九农22、九农25、蒙12、蒙_& 5号、蒙豆6号、牡丰6号、牡师2号、嫩丰15、绥农19、泰兴黑豆（苏）、铁荚青、通农11、通 农13、通农14、通农6号、兔子眼、相文88-A、新四粒黄、延农3号、永吉枣豆、永吉紫花猪眼 S?、杂交显1号、长显5号、长农13和长农17 ;
[0024] 所述27份种质：鲁宁一号、绿75、绿皮黄豆、绿肉黑皮豆、蒙9793-1、泌阳小籽黄、 南关小皮青、邳县碾庄六月先、平顶黑、齐黄13、齐黄30、青6号、胜利3号、沭阳春黑豆丙、 四角齐黄豆、天鹅蛋、兔儿眼、淅川鸡窝黄、小白豆〈2>、小黑豆、小黄豆、新A达2号、新六 青、徐豆10号、早熟6号、中豆33和中作00-683 ;
[0025] 所述 45 份种质如下：HartwigX 晋 1265、L69-4659、L76-1113、Lamar、Perrin、 Sharkey、Suwon 165 (水原165)、白秋1号、柏枝豆、茶黄代豆1、大黄豆、大黄珠、大青仁、大 乌豆、代米豆、汉源巴利小黑豆、黑豆、华春2号、化眉豆、剑阁化林鸡窝、荆黄35乙、老鼠皮、 绿豆子、绿皮豆、马山仁蜂黄豆、七月黄-1、渠县八月黄、瑞金青皮豆、沙县乌豆、扇子白黄 豆、上饶八月白、什邡螺丝豆、泗豆2号、松子豆、铜山天鹅蛋、小白毛、小颗黄豆、徐豆8、徐 豆9号、羊眼豆、仪征大粒黄豆、英德褐豆、粵春03-3、中豆24(82-24)和中特1号。
[0026] 上述44份大豆种质来源于表3所示的60份北方大豆种质；
[0027] 上述27份大豆种质来源于表4所示的36份黄淮海大豆种质；
[0028] 上述45份大豆种质来源于表5所示的60份南方大豆种质。
[0029] 本发明另一个目的是提供鉴别大豆种质的产品。
[0030] 本发明提供的产品，为检测上述14个SNP位点的物质。
[0031] 本发明第3个目的是提供一种鉴别和/或区分大豆种质的方法。
[0032] 本发明提供的方法，包括如下步骤：检测待测大豆种质上述14个SNP位点，若该待 测大豆种质的14个SNP位点为表3中编号为1-44的样本对应的SNP位点或表4中编号为 1-27的样本对应的SNP位点或表5中编号为1-45的样本对应的SNP位点，则待测大豆种质 为或候选为该大豆种质。
[0033] 上述的方法或上述的方法在构建鉴别大豆的条形码中的应用也是本发明保护的 范围。
[0034] 本发明提供了一套准确可靠、简单易行的种质资源鉴别体系。且该体系的鉴别 适应性广泛，对来自于我国不同生态区的大豆种质资源进行鉴别分析，其鉴别效率均达到 70%以上。这无疑对作物品种资源管理与品种保护利用及评价起到积极的作用，也为作物 新品种审定及种质材料评价提供科学依据
【附图说明】
[0035] 图1为SNP标记组合分析。
[0036] 图2为"紫花2号"品种身份证示意图。
[0037] 图3为"紫花2号"品种身份证一维条形码与二维码。
【具体实施方式】
[0038] 下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
[0039] 下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0040] 下述实施例中表1、表3、表4和表5中的编号后面的一列为品种志统编号（品种 志统编号），没有的是记载该生物材料的文献。
[0041] 实施例1、14个SNP位点组合GlySNP14的筛选
[0042] 利用东北和黄淮254份表型精准鉴定种质进行重要性状SNP标记鉴定，其中北方 种质102份，黄淮种质152份（表1)。通过优化SNP标记的不同组合，最终利用最少SNP标 记构建大豆种质身份证。
[0043] 表1为254份大豆的SNP位点
[0044]
[0045]
[0059] -、14个SNP位点的筛选
[0060] 1) 23 个 SNP 标记
[0061]本发明中23个SNP标记共来自于12个基因，分别与结荚习性、茸毛色、熟期、百粒 重、大豆胞囊线虫病与花叶病毒病抗性相关（表2)，用上述23个标记分析254份种质，每个 SNP标记遗传多样性指数变异范围为0-0. 749,平均值为0. 318。上述多样性指数计算参照 Shannon-Weaver公式：H = - E PilnPi，Pi为每个位点的等位变异频率。在23个SNP标 记中，有10个SNP发生颠换，变异范围为0. 026-0. 716 ;5个SNP位点发生缺失，变异范围为0. 026-0. 714 ;另有5个SNP的变异类型为转换，变异范围为0. 026-0. 749。
[0062] 表2SNP标记