一种利用qRT-PCR鉴定啤酒大麦Gairdner品种纯度的方法_2

文档序号:9541296阅读:来源:国知局
验材料如下:
[0025] 啤酒大麦:实施例中所用到的进口澳大利亚啤酒大麦Baudin、Commander、 Vlamingh由北京中粮集团公司提供,进口澳大利亚啤酒大麦Gairdner、Hindmarsh、 Schooner、FAQ由永顺泰麦芽公司提供;国产啤酒大麦苏啤3号、6号由江苏省盐城农科院 提供,垦啤7号、10号由黑龙江省农垦总局红兴隆农业科学研究所提供;所有啤酒大麦均为 2012-2013年度样品。
[0026]试剂与试剂盒:琼脂糖、溴酚蓝、碘乙酰胺(IAA)、二硫苏糖醇(DTT)、3_[ (3-胆固 醇氨丙基)二甲氨基]-1-丙磺酸(CHAPS)、Ν,Ν,Ν'Ν' -四甲基乙二胺(TEMED)、尿素、硫脲 为GE公司产品。矿物油、IPG胶条(pH3~10,17cm,非线性)、载体两性电解质(pH3~ 10,非线性)为Bio-Rad公司产品。α-氰基-4-羟基肉桂酸(CHCA)、碳酸氢铵、三氟乙酸 (TFA)、膜蛋白酶、乙臆等购于Sigma公司。RNAisoPluskit、0nestepSYBRPrimeScript PLUSRT-PCRKit、10XDNaseIBufTer、RNaseinhibitor、RecombinantDNaseI等试剂购 于大连宝生物工程有限公司。DEPC试剂、30%丙烯酰胺、十二烷基磺酸钠(SDS)、过硫酸铵 (APS)、考马斯亮蓝G-250、考马斯亮蓝R-250、牛血清蛋白、Tris、蛋白标准物为上海生工进 口分装产品。无水乙醇、三氯甲烷、异丙醇、乙酸钠、三氯乙酸(TCA)、乙二胺四乙酸(EDTA) 等为分析纯产品,购于国药集团试剂公司。
[0027] 实施例1~实施例3实验中所使用引物序列如表1所示。
[0028] 表1本发明所用到的引物序列
[0029]
[0030] 实施例1蛋白质组学技术发掘啤酒大麦Gairdner品种标志蛋白
[0031] 1.啤酒大麦种子醇溶蛋白的分级提取和双向电泳分离
[0032] 根据四分法,取20粒啤酒大麦种子,经粉碎机处理结合液氮研磨至粉末状,称取 3g粉末先后经过去离子水、5% (W/V)、NaCl及75% (V/V)乙醇抽提,得到大麦醇溶蛋白,具 体详见图1。
[0033] 采取TCA-丙酮法沉淀蛋白,即向蛋白上清液中加入4倍体积20 %的预冷的 TCA-丙酮溶液,摇匀,-20兴:过夜放置沉淀蛋白,4SC12000Xg离心30分钟。弃上清,收集 沉淀,用预冷的90 %丙酮清洗沉淀,4&C7800Xg离心30分钟,重复3次,沉淀自然挥发丙 酮,即得醇溶蛋白。将醇溶蛋白溶解于适量的蛋白水化液(8mol/L尿素、2mol/L硫脲、4% (W/V)CHAPS、0.8% (W/V)两性电解质及1% (W/V)DTT),并测定蛋白质浓度。
[0034] 选用长度17cm的IPG胶条(pH3~10,非线性),蛋白样品(500~800μg)加入 水化液至终体积350μL,水化12~14h后,将胶条转移至等电聚焦仪EttanIPGhor3的聚 焦槽中,胶面朝上两端加上润湿的电极纸片,在胶条上面覆盖上矿物油进行密封,设置好聚 焦程序(表2)进行等电聚焦。等电聚焦完成后,利用两步平衡法进行胶条平衡:平衡液母 液(尿素 180g,甘油 150mL,SDS10g,溴酚蓝 0·lg,用 100mL0· 5molL1 的Tris-HCl(pH6. 8) 稀释至500mL)+l%DTT(W/V),15分钟;平衡液母液+1. 25%IAA(W/V),15分钟。胶条平 衡后转移至配置好的12. 5%丙烯酰胺凝胶上,用0. 5%琼脂糖封住凝胶上部,进行第二向 SDS-PAGE电泳:2W/gel电泳1小时后,14W*gel1至溴酚蓝指示剂迀移到凝胶底部时,关闭 电源,结束电泳。剥离凝胶,置于考马斯亮蓝G-250染色液中染色过夜,置脱色液(3%冰醋 酸)中脱色(约5~8h),直到背景无色透明,蛋白点清晰为止。
[0035] 表2等电聚焦程序
[0036]
[0037] 2.双向电泳图谱分析及共同/差异蛋白的质谱鉴定
[0038] 利用TOQuest凝胶分析软件比较得到的各大麦醇溶蛋白双向电泳图谱(图2-图 4),找到共同蛋白点及各大麦品种凝胶图谱上的特异蛋白点。通过切点、脱色、胶内胰酶酶 解,将酶解液点于质谱样品板,与基质混合后,利用基质辅助激光解吸的时间飞行质谱进行 肽段分离及二级裂解分离,得到肽指纹图谱后,与NCBI数据库比对,得到鉴定结果。其中 在Gairdner品种的谱图中特异的蛋白点,经鉴定分别为醇溶蛋白B(HordeinB)、α-淀粉 酶/膜蛋白酶抑制剂CM16(a-amylase/trypsininhibitorCM16)和α-淀粉酶抑制剂 BMAI-1(a-amylaseinhibitorBMAI-1)〇 〇
[0039] 实施例2Gairdner品种标志蛋白BMAI-1与其纯度的相关性曲线的构建
[0040] 1.人工混种
[0041] 取Gairdner、苏啤6号、垦啤7号大麦种子,以20粒种子混合,得到纯度分别为 100%、95%、90%、85%、80%、70%和 60%的混合大麦。
[0042] 2.种子总RNA的提取与纯化
[0043] 将混和大麦种子放入液氮冷冻,迅速转移至液氮预冷的研钵中,研磨至粉末状后 立即转入预冷的离心管中,利用宝生物公司的RNA提取试剂盒(RNAisoPlusKit)提取RNA, 具体步骤如下:
[0044] (1)加入适量RNAisoPlus,充分混勾,室温(15-30SC)静置5分钟;
[0045] (2) 12000Xg4ec离心5分钟,小心吸取上清液,移入新的离心管中(切勿吸取沉 淀);
[0046] (3)加入1/5体积的氯仿,混合至溶液乳化呈乳白色,室温静置5分钟;
[0047] (4) 12000Xg4SC离心15分钟,此时液体分为三层:无色的上清(含RNA)、白色的 中间层(含蛋白和DNA)、有色的有机相。吸取上清至新的离心管。
[0048] (5)加入0. 5-1倍体积的异丙醇,充分混匀后,室温静置10分钟;
[0049] (6) 12000Xg4SC离心10分钟,沉淀即为总RNA,加入等量的75%乙醇,轻轻上下 颠倒清洗RNA;
[0050] (7) 7500Xg4sc离心5分钟,弃上清,室温干燥;
[0051 ] (8)加入适量DEPC水溶解RNA。
[0052] 提取的RNA经琼脂糖凝胶电泳确定为RNA,为减小实验误差,对提取的RNA进行纯 化,去除基因组DNA,具体步骤如下:
[0053] (1)在微量离心管中配置反应液(表3)
[0054] 表 3
[0055]
[0056] (2)将反应管置于37SC反应30分钟;
[0057] (3)向反应体系中加入2. 5yL0· 5mol/LEDTA,混匀,80sc热处理2分钟,使 RecombinantDNaseI失活,加DEPC水定容至 100μL;
[0058] (4)加入10μL3mol/L醋酸钠和250μL冷乙醇,混匀后-80SC冷却20分钟;
[0059](5) 10000父84 2(:离心10分钟,弃上清,沉淀用70%冷乙醇洗涤,10000\8 4 2(: 离心5分钟,弃上清。
[0060] (6)室温挥发乙醇,用适量DEPC水溶解沉淀RNA,进行琼脂糖凝胶电泳确认是否完 全去除基因组DNA,利用NanoDropND-1000分光光度计测定各样品RNA浓度,RNA样品贮存 于-80ec待用。
[0061] 3. qRT-PCR及标志蛋白基因相对表达量的确定
[0062]qRT-PCR反应体系为 20yL,根据OneSt印SYBRPrimeScriptPLUSRTPCR试剂 盒配置体系,每个样品做三个平行反应管(表4):
[0063]表 4
[0064]
[0065] 所用引物如表1所示
[0066]qRT-PCR反应在CFX96Touch?Real-TimePCR仪上完成,反应程序为
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