一种与番鸭产蛋相关的snp位点及其应用
【专利摘要】本发明涉及生物育种技术领域，具体公开了一种与番鸭产蛋相关的SNP位点及其应用。所述SNP位点为SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变。本发明首次发现与番鸭产蛋性质相关的SNP位点，并以该位点发现了SEQ ID NO：1所述序列中的第231位TT基因型的番鸭产蛋量较高，为本领域技术人员提供了一种高效筛选高产蛋番鸭的方法。检测方法周期短，速度快。从拿到待检个体血样到决定被检个体的选淘只需要2天时间，每人每天至少可以完成144个体的检测。另外，检测方法准确率100%。由于该方法是检测与产蛋紧密连锁的突变的基因型，因此该方法可以做到100%的准确。
【专利说明】
一种与番鸭产蛋相关的SNP位点及其应用
技术领域
[0001] 本发明涉及生物育种技术领域，具体地，涉及一种与番鸭产蛋相关的SNP位点及其 应用。
【背景技术】
[0002] 番鸭（Cairifla ia)是家禽的一种，又叫瘤头鸭、洋鸭、麝鸭、腾鸭，与家鸭同 属不同种。番鸭蛋的营养价值较高，含有人体所必需的蛋白质、脂肪、类脂质、矿物质及维生 素等营养物质，而且消化吸收率极高，受到市民的强烈追捧。但是番鸭的年产蛋量少、育成 期长，并且番鸭的产蛋性状是一个复杂的数量性状，且呈现较低的遗传力。因此，造成了番 鸭蛋严重市场供需不足。
[0003] 为了提高番鸭的产蛋率，一般使用选育方法来筛选产蛋量高的番鸭，但是传统的 选育方法是通过家系选择的方法，进展缓慢;严重限制了番鸭的产蛋效率。
【发明内容】
[0004] 本发明为了克服现有技术的上述不足，提供一种与番鸭产蛋相关的SNP位点。
[0005] 本发明的另一个目的是提供上述SNP位点在选育高产蛋番鸭中的应用。
[0006] 本发明的在一个目的是提供一种选育高产蛋番鸭的方法。
[0007] 为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的： 一种与番鸭产蛋相关的SNP位点，为SEQ ID NO: 1所述序列中的第231处的T/C突变。
[0008] 如上所述的SNP位点在选育高产蛋番鸭中的应用。
[0009] 一种选育高产蛋番鸭的方法，使用SEQ ID NO: 1所述序列中的第231处的T/C突变 位点，扩增鉴定番鸭的基因型，筛选基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。
[0010]本发明的关键点在于鉴定到了与番鸭产蛋性状相关的优势等位基因，通过检测个 体相关等位基因的基因型，我们就可以知道该个体是否为携带优势等位基因的个体。利用 该发明可以快速的将该优势等位基因纯合。
[0011]作为优选实施方式，一种选育高产蛋番鸭的方法，以SEQ ID NO: 1所述序列中的第 231处的T/C突变位点为SNP位点，设计SEQ ID N0:2~3所示的引物对，扩增鉴定番鸭的基因 型，筛选基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。
[0012] -种选育高产蛋番鸭的引物，引物序列如SEQ ID N0:2~3所示。
[0013]与现有技术相比，本发明具有如下有益效果： 本发明首次发现与番鸭产蛋性质相关的SNP位点，并以该位点发现了SEQ ID NO: 1所述 序列中的第231位TT基因型的番鸭产蛋量较高，为本领域技术人员提供了一种高效筛选高 产蛋番鸭的方法。检测方法周期短，速度快。从拿到待检个体血样到决定被检个体的选淘只 需要2天时间，每人每天至少可以完成144个体的检测。另外，检测方法准确率100%。由于该 方法是检测与产蛋紧密连锁的突变的基因型，因此该方法可以做到100%的准确。
【具体实施方式】
[0014] 下面结合具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本 发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常 规方法;所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
[0015] 实施例1 1、 引物设计:参考绿头鸭的FSHR基因(XM_005012095.1)设计下列引物
2、 PCR扩增：以番鸭DNA为模板，以上面的P10引物进行PCR扩增。扩增程序:94°C，3min， 38个循环(94°C，30s，53.3°C，30s，72°C，30s)，72°C，10min，4°C保存。扩增体系：20ul 2X Easy Taq SuperMix，上下游引物各0.4ul，1.2 yL DNA模板，最后补充ddH2〇至40ul。
[0016] 3、测序筛选多态位点：将PCR产物送美吉生物科技有限公司进行测序，序列如SEQ ID NO: 1所示。利用DNAstart软件的SeqMan模块读取测序结果，并统计多态位点，发现在 SEQ ID N0:1所述序列中的第231处存在T/C突变。
[0017] 实施例2 试验动物:来源于广东某大型食品集团的223只白羽番鸭，均有详细的产蛋记录。
[0018] -、DNA抽提:采用一次性注射器从鸭翅下静脉中抽取约lmL血液，注入经高压灭 菌并装有约200yL的2%无菌EDTA抗凝剂的1.5mL离心管中，轻轻摇匀，记录翅号，-20°C保存 备用。
[0019] 二、基因组DNA的抽提采用苯酚-氯仿抽提法(奥斯泊F等，1998)。
[0020] 1 ·取全血30yL置于1.5mL离心管，分别加入470yLl X SET缓冲液、12.5yL20%SDS和 6yL10mg/mL蛋白酶K，混合均勾后放于55°C水浴过夜； 2·取出样本于1 ·5mL离心管，加入500ylJii和苯酸，轻摇20min，10，000rpm离心10min; 3、 取上清，再次加入500μΙ^&和苯酸，轻摇20min，10，OOOrpm离心10min 4 ·取上清，加入500yL氯仿-异戊醇(23:1)轻摇20min，10，OOOrpm离心10min; 5 ·取上清，加入lmL冰无水乙醇(-20°C )，来回摇摆以沉淀DNA，10，OOOrpm离心10min后 倒出乙醇； 6. 用lmL75%乙醇清洗DNA-次，倒掉乙醇，置于50 °C干燥箱内烘干； 7. 待DNA完全干燥后加入300yL灭菌后的双蒸水溶解，50 °C水浴锅中过夜以溶解DNA; 8. 存放于-20°C冰箱中保存备用。
[0021] 三、PCR 扩增。
[0022]以实施例1的P10引物进行PCR扩增，扩增体系30微升，具体为:全式金PCR MIX: 15 微升，双蒸水:11.4微升，DNA模板:3微升，上游引物:0.3微升，下游引物:0.3微升。
[0023] PCR扩增程序：94°C变性3min，32次循环（94°C30s，58°C30s，72°Clmin)72°C延伸 lOmin，得到PCR扩增产物。
[0024] 四、测序分型以及表型统计结果:根据测序结果得到个各个体的基因型，利用一般 线性模型Y = μ+ G + Bj + e.利用SAS9.0进行基因型与59周龄产蛋量性状的关联分析 (见表1)。表1结果显示TT基因型个体59周龄产蛋量显著高于杂合子和CC型纯合子。
【主权项】
1. 一种与番鸭产蛋相关的SNP位点，其特征在于，为SEQ ID NO :1所述序列中的第231处 的T/C突变。2. 权利要求1所述的SNP位点在选育高产蛋番鸭中的应用。3. -种选育高产蛋番鸭的方法，其特征在于，以SEQ ID NO: 1所述序列中的第231处的 T/C突变位点为SNP位点，扩增鉴定番鸭的基因型，筛选基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。4. 根据权利要求3所述的方法，其特征在于，以SEQ ID NO: 1所述序列中的第231处的 T/C突变位点为SNP位点，设计SEQ ID NO: 2~3所示的引物对，扩增鉴定番鸭的基因型，筛选 基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。5. -种选育高产蛋番鸭的引物，其特征在于，引物序列如SEQ ID N0:2~3所示。
【文档编号】C12N15/11GK105969887SQ201610501258
【公开日】2016年9月28日
【申请日】2016年6月30日
【发明人】许继国, 聂庆华, 高鑫凤, 叶峭, 王敬友, 张细权
【申请人】华南农业大学