专利名称：用于预测对hcv治疗持续应答的生物标志物的制作方法
技术领域：
本发明涉及对于预测丙型肝炎病毒感染的患者对药理学治疗的应答有用的生物标志物。
背景技术：
在全世界，丙型肝炎病毒(HCV)是主要的健康问题并且是慢性肝病的主要原因(Boyer, N.等人，J. Hepatol. 200032 :98-112)。感染了 HCV的患者有恶化为肝硬化以及随后的肝细胞癌的风险，因此，HCV是肝移植的主要指征。根据世界卫生组织，世界范围存在超过2亿感染个体，每年至少3百万至4百万人感染。一旦被感染，约20%的人清除该病毒，但其余人可以余生携带HCV。10%至20%的慢性感染个体最终发展为破坏肝脏的肝硬化症或癌症。这种病毒病以肠胃外方式由污染的血液和血液制品传播、由污染的针头传播、或者以性方式传播或者从感染母亲或携带母亲垂直地传播至后代。由于抗性发展迅速，针对HCV感染的现有疗法具有有限的临床益处，其中所述的现有疗法限于用重组干扰素-a单独或与核苷类似物利巴韦林联合的免疫治疗。迫切需要有效战胜慢性HCV感染的改进的治疗剂。已经将HCV分类为黄病毒科(flaviviridae)的成员，其中所述黄病毒科包括黄病毒属(fIaviviruses)、痕疫病毒属(pestiviruses)和肝炎病毒属(hapaceiviruses),其中所述肝炎病毒属包括丙型肝炎病毒(Rice, C. M.，Flaviviridae The viruses and theirreplication.在 Fields Virology 一书中，编辑Fields, B. N.，Knipe, D. M.，和 Howley,P.M.，Lippincott-Raven 出版社，Philadelphia, Pa.,第 30 章，931-959,1996)。HCV 为包含有大约9. 4kb正义单链RNA基因组的包膜病毒。病毒基因组由5’非翻译区(UTR)、编码大约3011个氨基酸的多蛋白前体的长可读框(ORF)和短的3’ UTR组成。5’ UTR是HCV基因组最高度保守的部分，并且对多蛋白翻译的起始和控制很重要。HCV的遗传分析鉴定出六个DNA序列趋异超过30%的主要基因型。每一种基因型含有一系列更密切相关的显示出20-25%的核苷酸序列差异的亚型(Simmonds，P. 2004J. Gen. Virol. 85 :3173-88)。已经区分了 30个以上的亚型。在美国，大约70%的感染个体具有Ia和Ib型感染。在亚洲，Ib型是最普遍的亚型(X. Forns和J. Bukh, Clinics in LiverDisease 1999 3 :693-716 ;J. Bukh 等人，Semin. Liv. Dis. 199515 :41-63)。不幸地是，I 型感染比2型或3型基因型感染更加耐受治疗(N.N.Zein，Clin. Microbiol. Rev. ,200013 223-235)。瘟病毒和肝炎病毒的ORF的非结构蛋白部分的基因组织和多聚蛋白加工是非常相似的。这些正链RNA病毒具有单一的大可读框(ORF)，编码病毒复制必需的全部病毒蛋白。这些蛋白质作为多聚蛋白表达，其中所述的多聚蛋白经细胞蛋白酶和病毒编码的蛋白酶共翻译和翻译后地加工以产生成熟的病毒蛋白。负责病毒基因组RNA复制的病毒蛋白大约定位于羧基端。ORF的三分之二称为非结构(NS)蛋白。对于瘟病毒和肝炎病毒而言，成熟的非结构(NS)蛋白从非结构蛋白编码区的氨基端至该ORF羧基端的依次顺序由p7、NS2、 NS3、NS4A、NS4B、NS5A 和 NS5B 组成。
瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白共有以特定蛋白质功能为特征的序列结构域。例如，这两组病毒中的病毒NS3蛋白具有属于丝氨酸蛋白酶特征的氨基酸序列基序和属于解旋酶特征的氨基酸序列基序(Gorbalenya 等人,Nature 1988 333 :22 ;Bazan 和 Fletterick,Virology 1989，171 :637-639 ;Gorbalenya等人，Nucleic Acid Res. 1989，17，3889-3897)。类似地，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白具有属于RNA指导的RNA聚合酶特征的基序(Koonin, E. V.和 Dolja, V. V.，Crit. Rev. Biochem. Molec. Biol. 1993，28 :375-430)。瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白在病毒生活周期中的实际作用和功能是直接类似的。在这两种情况下，NS3丝氨酸蛋白酶负责ORF中其位置下游的多聚蛋白前体的所有蛋白酶解加工(Wiskerchen 和 Collett, Virology, 1991,184 :341-350 ；Bartenschlager 等人，J. Virol. 1993,67 :3835-3844 ；Eckart 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1993,192 399-406 ；Grakoui 等人，J. Virol. 1993,67 :2832-2843 ；Grakoui 等人，Proc. Natl. Acad.Sci.USA 1993,90 :10583-10587 ；Ilijikata 等人，J. Virol.1993,67 :4665-4675 ；Tome 等人，J. Virol. 1993，67 :4017-4026)。在这两种情况下，NS4A蛋白均作为辅因子与NS3丝氨酸蛋白酶作用(Bartenschlager 等人，J. Virol. 1994,68 :5045-5055 ；Failla 等人，
J. Virol. 1994,68 :3753-3760 ;Xu 等人，J Virol. 1997,71 :5312-5322)。这两组病毒的 NS3蛋白均也发挥解旋酶的作用(Kim 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1995,215 160-166 ；Jin 和 Peterson, Arch.Biochem. Biophys. 1995, 323 :47-53 ;Warrener 和 Collett,J. Virol. 1995 69 :1720-1726)。最后，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白均具有预测的RNA指导的 RNA 聚合酶活性(Behrens 等人，EMBO 1996，15 :12-22 ;Lechmann 等人，J. Virol. 1997，71 :8416-8428 ;Yuan 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1997,232 :231-235 ;Hagedorn,PCTWO 97/12033 ；Zhong 等人，J. Virol. 1998，72 :9365-9369)。目前，仅有有限数量经批准的疗法可以用来治疗HCV感染。下列文献综述了用来治疗HCV和抑制HCV NS5B聚合酶的新的以及现有的治疗方法R. G. Gish, Sem. Liver.Dis. ,199919 5 ；Di Besceglie, A.M.和 Bacon, B. R. , Scientific American,1999 年 10月，80-85 ;G. Lake-Bakaar, Current and Future Therapy for Chronic Hepatitis CVirus Liver Disease, Curr. Drug Targ. Infect Dis. 20033 (3) :247-253 ；P. Hoffmann等人，Recent patents on experimental therapy for hepatitis C virus infection(1999-2002), Exp. Opin. Ther. Patents 200313(11) :1707-1723 ；F. F. Poordad 等人，Developments in Hepatitis C therapy during 2000—2002, Exp. Opin. Emerging Drugs2003 8(1) :9-25 ；M. P. Walker 等人，Promising Candidates for the treatment ofchronic hepatitis C, Exp. Opin. investing. Drugs 2003 12(8) 1269-1280 ；S.-L. Tan等人，Hepatitis C Therapeutics Current Status and Emerging Strategies, NatureRev. Drug Discov. 2002 I :867-881 ；R. De Francesco 等人，Approaching a new era forhepatitis C virus therapy inhibitors of the NS3—4A serine protease and the NS5BRNA-dependent RNA polymerase, Antiviral Res. 200358 :1-16 ;Q. M. Wang等人，HepatitisC virus encoded proteins targets for antiviral therapy, Drugs of the Future200025(9) :933-8-944 ； J. A. Wu 和 Z. Hong，Targeting NS5B_Dependent RNA Polymerasefor Anti-HCV Chemotherapy Cur. Drug Targ.-Inf. Dis. 20033 :207_219。引用了目前处于研发不同阶段的化合物的文献综述在此以其整体引入作为参考。
权利要求
1.预测感染丙型肝炎病毒I型基因型(HCV-I)或丙型肝炎病毒4型基因型(HCV-4)的人对象对用干扰素、利巴韦林和HCV NS5B聚合酶抑制剂的治疗将实现持续的病毒学应答(SVR)的方法，其包括 (i)提供来自在所述治疗之前(治疗前)所述对象的样品， (ii)确定所述样品中选自CD30、MIG、TARC, TGFP I、SDFlb,Eotaxin-2 的至少一种蛋白质的表达水平，和 (iii)将所述样品中的至少一种蛋白质的表达水平与代表源自对所述治疗未实现SVR的患者群体的治疗前的样品的至少一种蛋白质的表达水平的参照值对比； 其中，在所述样品中的至少一种蛋白质的统计学显著更高的表达水平指示了所述对象将对所述治疗实现SVR。
2.权利要求I的方法，其中确定至少两种蛋白质的表达水平。
3.权利要求I或2的方法，其中确定至少三种蛋白质的表达水平。
4.预测感染丙型肝炎病毒I型基因型(HCV-I)或丙型肝炎病毒4型基因型(HCV-4)的人对象对用干扰素、利巴韦林和HCV NS5B聚合酶抑制剂的治疗将实现持续的病毒学应答(SVR)的方法，其包括 (i)提供来自所述治疗一周后(治疗后一周)的所述对象的样品， (ii)确定所述样品中选自⑶30、TRAIL，和TARC的至少一种蛋白质的表达水平，和 (iii)将所述样品中的至少一种蛋白质的表达水平与代表源自对所述治疗未实现SVR的患者群体中治疗后一周的样品的至少一种蛋白质的表达水平的参照值对比； 其中，在所述样品中的至少一种蛋白质的统计学显著更高的表达水平指示了所述对象将对所述治疗实现SVR。
5.权利要求4的方法，其中确定至少两种蛋白质的表达水平。
6.权利要求4或5的方法，其中确定至少三种蛋白质的表达水平。
7.预测感染丙型肝炎病毒I型基因型(HCV-I)或丙型肝炎病毒4型基因型(HCV-4)的人对象对用干扰素、利巴韦林和HCV NS5B聚合酶抑制剂的治疗将实现持续的病毒学应答(SVR)的方法，其包括 (i)提供来自在所述治疗之前(治疗前)的所述对象的样品， (ii)确定所述样品中选自HCC4、MIPlb、SDFlb、TNFRII、ITAC、MIG、IL2R,和 IL16 的至少一种蛋白质的表达水平，和 (iii)提供来自所述治疗一周后(治疗后一周)的所述对象的样品， (iv)确定所述样品中选自HCC-4、MIPlb、SDFlb、TNFRII、ITAC、MIG、IL2R，和 IL16 的至少一种蛋白质的表达水平， (v)确定来自所述对象的治疗前的样品和来自所述对象的治疗后一周的样品之间至少一种蛋白质的差异表达水平，和 (vi)将至少一种蛋白质的所述差异表达水平与代表下述至少一种蛋白质的差异表达水平的参照值对比，所述蛋白质源自对所述治疗未实现SVR的患者群体中的治疗前的样品和治疗后一周的样品； 其中，至少一种蛋白质差异表达水平的统计学显著改变指示了所述对象将对所述治疗实现SVR。
8.权利要求7的方法，其中确定至少两种蛋白质的差异表达水平。
9.权利要求7或8的方法，其中确定至少三种蛋白质的差异表达水平。
10.预测感染丙型肝炎病毒基因型I(HCV-I)或丙型肝炎病毒基因型4(HCV-4)的人对象对用干扰素、利巴韦林和HCV NS5B聚合酶抑制剂的治疗将实现持续的病毒学应答(SVR)的方法，其包括 (i)提供来自所述治疗之前(治疗前)的所述对象的样品， (ii)以皮克每毫升，确定所述样品中的IP10、⑶30、TGFPI和MIG的表达水平，并使用方程:SVR 分数=-47. 4-1. lxlog2IP10+3. lxlog2CD30+l. 4xlog2TGFP 1+0. 5xlog2MIG ； 其中SVR分数大于或等于0. 5指示了对象将对所述治疗实现SVR，而其中SVR分数小于.0. 5指示了对象将对所述治疗不实现SVR。
全文摘要
本发明涉及用于预测丙型肝炎病毒感染患者对药物治疗的应答的生物标志物。
文档编号G01N33/576GK102656459SQ201080054518
公开日2012年9月5日 申请日期2010年11月29日 优先权日2009年12月2日
发明者S-H·邱, Y·朱 申请人:弗·哈夫曼-拉罗切有限公司