用于诊断短暂性缺血发作的生物标志物的制作方法

专利名称：用于诊断短暂性缺血发作的生物标志物的制作方法
技术领域：
本发明提供了用于诊断和预测短暂性缺血发作(TIA)的风险和致因的方法和组合物。
背景技术：
短暂性缺血发作(TIA)是常见的，仅在美国，每年就侵袭超过三十万人。尽管从定义来看，TIA症状会得到缓解，但TIA绝不是不严重的。多达25%的TIA患者在TIA后的数天至数周内发生复发性缺血性血管事件(1-3)。虽然其具有高发病率和临床重要性，特异性靶向TIA的疗法的开发仍受到关于其内在生物学的知识匮乏的限制。此外，对TIA的临床诊断是不完善的，并且在错误地诊断为患TIA的个体中进行的大量评价是昂贵的(4)。我们之前已经证实，大鼠中的血液基因表达谱在实验性缺血性卒中和TIA之后发生改变(5)。模拟人类TIA的大鼠中非常短暂的局部缺血，引发脑组织中特征为热激蛋白(HSP70)表达升高、小神经胶质细胞活化和巨噬细胞浸润的明显改变出)。脑细胞功能和炎症中的这种变化改变了血液免疫细胞，利用全基因组表达分析能检测到这一过程(5)。此夕卜，基因及相关功能通路在非常短暂的缺血和缺血性卒中之间明显不同(5)。人类TIA还与系统性炎症中的改变相关。TIA患者倾向于具有升高的C反应蛋白(CRP) (7)、IL-6、VCAM-1和细胞因子水平，以及升高的白细胞计数(8-10)。Lp_PLA2是一种不稳定的动脉粥样硬化斑块的标志物，其同纤维蛋白原(13-14)和D 二聚物(15) —样，也与TIA相关(11-12)。这些生物学差异能否代表TIA的致因或结果仍不清楚。然而，更好地理解由这些差异所代表的病理生理学将有助于开发针对TIA的疗法。基因表达已被用于鉴定缺血性卒中患者和对照之间的差异(16-18)，但是这类研究尚未应用于TIA。本发明在一定程度上依赖于提供对TIA患者中存在的免疫学差异的了解的基因表达谱。发明概述本发明提供了用于确定短暂性缺血发作的发生、预测发生的风险和预测短暂性缺血发作致因的组合物和方法。因此，在一方面，本发明提供了诊断短暂性缺血发作(TIA)或经历TIA的倾向的方法，所述方法包括:测定来自患者的生物样本中多种TIA相关生物标志物的表达水平，其中与对照相比，表达水平的升高或降低指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险，其中所述多种TIA相关生物标志物选自表l、2、5A、5B、5C、ro、7、8和9所示的生物标志物。
在一些实施方案中,所述方法还包括从患者获得生物样本。在一些实施方案中，所述生物样本是血液、血清或血浆。在一些实施方案中，在疑似缺血事件之后3小时或更短时间进行测定步骤。在一些实施方案中，在疑似缺血事件之后3小时或更长时间，例如在疑似缺血事件之后约6、12、
24、36、48或更多小时，进行测定步骤。在一些实施方案中，在疑似缺血事件之后至少24小时进行测定步骤。在一些实施方案中，选自以下的一种或多种或全部TIA相关生物标志物表达水平的升高指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:DKFZP434B061、FAM55D、FLJ30375、IGFBP5、LTBR和SCN2A。在一些实施方案中，选自以下的一种或多种或全部TIA相关生物标志物表达水平的升高指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:GABRB2、ELAVL3、TWIST1、DPPA4、DKFZP434P211、DLX6、ZNF479、ASTN2、SNX31、ALS2CR11、L0C440345。在一些实施方案中，选自以下的一种或多种或全部TIA相关生物标志物表达水平的升高指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:GABRB2、ELAVL3、COLlAl、SH0X2、GABRB2、TWIST1、DPPA4、DKFZP434P211、WITl、S0X9、DLX6、ANXA3、EPHA3、SOXl1、SLC26A8、CCRLl、FREM2、ST0X2、ZNF479、L0C338862、ASTN2、FOLHl、SNX31、KREMENKZNF479、ALS2CR11、FIGN、RORB, L0C732096、GYPA, ALPL、LHX2、GALNT5、SRD5A2L2、GALNT14,0V0L2、BMPRlB, UNC5B、0DZ2、ALPL、RASAL2、SHOX, C19orf59、ZNF114、SRGAPU ELAVL2、NCRNA00032、L0C440345、FLJ30375、TFP1、PTGRl、ROBOl、NR2F2、GRM5、LUM、FLJ3905UC0L1A2、CASP5、OPCML, TTC6、TFAP2B、CRISP2、SOXl1、ANKRD30B、FLJ39051、SCN2A、MYNN、F0XA2、DKFZP434B061、L0C64532 3、SNIP、L0C645323、L0C374491、ADAM30、SIX3、FLJ36144,CARD8、KREMENU RP1-127L4.6、FAM149A、B3GAT2、SP0CK3、G30、ITGBLl、IQGAP3、C7orf45、ZNF608、L0C375010、LRP2、TGFB2、SH0X2、H0XC4///H0XC6、ELTD1、FAM182B///RP13-401N8.2、PR00478、LIFR、FOLHl、EHF,NDST3、BRUN0L5、L0C728460、PDE1A、P0U2AF1、FATl、PCDHlIX///PCDH11Y、FLJ37786、SLC22A4、DHRS13、EHF, MEG3、PIffILU L0C203274、L0C100133920///L0C286297、DMRTl、ADM、VWA3B、GAFA3、HESXl、ADAMDEC1、CAVl、LAMB4、TPTE、PPPIRlC、HPSE,A頂2、RUNDC3B、CARD 16, FAM124A、MGC39584、OSM、RFX2、MYBPCl、LTBR、C18orf2、SNRPN、FLJ36031、IL1B、TRPMl, OSTCL、MAPKl4, KCNJ15///L0C100131955、FIGN、HNT, S100A12、CHITl、C7orf53、FAM13A1、GNAOl、MAPK14、FAM55D、PRKD2、LIMK2, C18orf54、IGFBP5、EVI1、PLSCRU FOXCU L0C646627、ZNF462、CNTLN、ZNF438、DEFB105A///DEFB105B、L0C340017、Clorf67、ACSLl、ADH1B、SLC2A14///SLC2A3、IL1B、ST3GAL4、UBE2J1、PNPLA3 和 PAPPA。在一些实施方案中，选自以下的一种或多种或全部TIA相关生物标志物表达水平的降低指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:ATG9B、DIP2C、EDAR、GSTMU⑶SBL2、SMURF2、ZNF512B。在一些实施方案中，选自以下的一种或多种或全部TIA相关生物标志物表达水平的降低指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:NBPF10///RP11-9412.2、SFXN1、SPIN3、UNC84A、0LFM2、PPM1K、P2RY10、ZNF512B、M0RF4L2、GIGYF2、ERAP2、SLFNl3, L0C401431、MED6、BAIAP2L1///L0C100128461、LNPEP、MBNLU N0S3、MCF2L、KIAA1659、SCAMP5,L0C648921、ANAPC5、SPONl、FUS, GPR22、GAL3ST4、METTL3、L0C100131096、FAAH2、SMURF2、SNRPN、FBLN7、GLS, G3BP1、RCAN3、EPHX2、DIP2C、CCDC141、CLTC、FOSB, CACNAl1、UNQ6228、ATG9B、AK5、SPIN3、RBM14、SNRPN、MANlCl、HELLS、EDAR、SLC3A1、ZNF519、L0C100130070///L0C100130775///L0C100131787///L0C100131905///L0C100132291///L0C100132488///RPS27、ZC3H12B、IQGAP2、S0X8、WHDC1L2、TNPOl、TNFRSF21、TSHZ2、DMRTC1///DMRTC1B、GSTM1、GSTM2、PNMA6A、CAND1、CCND3、GSTM1、⑶SBL2。在一些实施方案中，选自FLJ30375、SCN2A、DKFZP434B061、LTBR、FAM5 和 IGFBP5中的2、3、4、5、6、7或更多种或全部TIA相关生物标志物表达水平的升高，以及选自⑶SBL2、GSTMl、EDAR、ATG9B、DIP2C、SMURF2 和 ZNF512B 中的 2、3、4、5、6、7 或更多种或全部 TIA 相关生物标志物表达水平的降低，指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险。在一些实施方案中，所述方法还包括测定选自以下的一种或多种生物标志物的表达水平:CNTN4、TLR5、GPR84、BCL6、NELL2、APBA2和MLL。在一些实施方案中，检测到选自以下的生物标志物表达水平的升高指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:CNTN4、TLR5、GPR84和BCL6。在一些实施方案中，检测到选自NELL2、APBA2和MLL的生物标志物表达水平的降低指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险。在一些实施方案中，所述方法还包括确定卒中致因的步骤。在一些实施方案中，患者过表达表7中所示的多个基因，其指示慢性炎症状态。在一些实施方案中，与对照相比，选自以下的一种或多种或全部基因的表 达水平升高，并且患者被确定为患动脉粥样硬化:MMP16、MMP19、MMP26、COLlAl、C0L1A2、C0L3A1、C0L10A1、COLl IAl、C0L25A1、C0L27A1、FGF和 EGFR。在一些实施方案中，患者表现出TIA的症状。在一些实施方案中，患者没有症状。在一些实施方案中，所述方法还包括为患者提供TIA的合适的治疗或预防方案的步骤。在一些实施方案中，在转录水平上测定生物标志物的表达水平。例如，可以测定生物标志物的RNA水平。1 嫩可以是1111 嫩、成嫩、11 嫩或微1 嫩(1^1 嫩)。在一些实施方案中，利用微阵列测定RNA表达的水平。在一些实施方案中，通过检测TIA相关基因的探针与生物样本中生物标志物的基因转录物的杂交来测定表达水平。在一些实施方案中，杂交步骤在核酸微阵列芯片上进行。在一些实施方案中，杂交步骤在微流体测定板中进行。在一些实施方案中，通过扩增生物标志物的基因转录物来测定表达水平。在一些实施方案中，扩增反应是聚合酶链式反应(PCR)。在一些实施方案中，在蛋白水平上测定生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测定至少15种生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测定约15-85、20-70、30-60或40-50种生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测定约 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95 或 100 种或更多种生物标志物。能够同时或相继测定多种生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，对照是多种表达的内源性参照生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，一种或多种或全部内源性参照生物标志物列举在表3中。在一些实施方案中，与多种稳定表达的内源性参照生物标志物(例如，表3中所示的那些生物标志物)的表达水平相比，TIA相关生物标志物过表达或低表达至少约1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1fold,2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍。在一些实施方案中，测定选自以下的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35或全部内源性参照生物标志物的表达水平作为对照:USP7、MAPRE2、CSNKlO, SAFB2、PRKAR2A、PI4KB、CRTCl、HADHA, MAP1LC3B、KAT5、CDC2L1///CDC2L2、GTSEl、CDC2L1///CDC2L2、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PUDAXX、UBE2NL、EIFl、KCMFl、PRKRIPUCHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPUClOorf104,ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACC1、LOC100133445///L0C115110、PEX16。在一些实施方案中，对照是健康个体中相同生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，对照是未经历血管事件(例如，TIA、缺血性卒中、心肌梗塞、周围血管性疾病或静脉血栓栓塞)的个体中相同生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，对照是能代表健康的个体群体的阈值表达水平，例如相同TIA相关生物标志物的阈值表达水平，所述阈值表达水平任选地相对于稳定表达的内源性参照生物标志物的表达水平进行标准化。在相关方面，本发明提供了固体支持物，其包含多种能够与表1、2、5A、5B、5C、5D、
7、8和/或9中所示的多个基因杂交的核酸，其中所述核酸与固体支持物连接。在一些实施方案中，固体支持物包含多种能够与表I和2中所示的多个基因杂交的核酸。固体支持物还可以包含多种能够与表3中所示的多个基因杂交的核酸。固体支持物可以与表1、2、5A、5B、5C、5D、7、8、9 和 / 或 3 中所示的至少约 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、80、85、90,95或100或更多个基因连接。固体支持物可以是微阵列。在一实施方案中，固体支持物包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或更多种或全部能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:⑶SBL2、GSTMl、FLJ30375、SCN2A、DKFZP434B061、EDAR、ATG9B、DIP2C、LTBR、SMURF2、FAM55D、IGFBP5 和 ZNF512B。定义除非另外限定，本文使用的所有技术和科学术语通常具有与本发明所述技术领域的普通技术人员所通常理解的相同的含义。通常，本文使用的命名以及下文描述的细胞培养、分子遗传学、有机化学和核酸化学与杂交中的实验方案是本领域内公知且常用的那些。核酸和肽合成中使用标准技术。通常，酶促反应以及纯化步骤按照厂商的说明书进行。技术和方案通常按照本领域内常规的方法和各种普通参考文献进行(通常参见，Sambrooket al.MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL, 3rd ed.(2001)Cold Spring HarborLaboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.和Ausubel，et a1., CURRENT PROTOCOLS INMOLECULAR BIOLOGY, 1990-2008, Wiley Interscience)，其提供在整篇文件中。本文使用的命名以及下文描述的分析化学和有机合成中的实验方案是本领域内公知且常用的那些。化学合成和化学分析中使用标准技术或其改进技术。本文使用的“缺血”或“缺血事件”指特征为由于向局部区域的血管堵塞而造成对该区域的血液供给(即循环)不足的疾病和病症。缺血包括例如，卒中和短暂性缺血发作。卒中包括例如，缺血性卒中(包括但不限于，心源性卒中、动脉粥样硬化性栓塞性或动脉粥样硬化性血栓性卒中(即由颈动脉、 主动脉、心脏和脑的动脉粥样硬化导致的卒中)、小血管性卒中(即腔隙性卒中)、由血管壁疾病(即血管炎)导致的卒中、由感染导致的卒中、由血液学病症导致的卒中、由偏头痛导致的卒中以及由药物(如激素疗法)导致的卒中)、出血性缺血性卒中、脑出血以及蛛网膜下出血。术语“短暂性缺血发作”、“TIA”或“微卒中”可互换使用，指向脑的某部位的血液供应发生的改变，从而导致短暂的神经功能障碍，根据定义，持续时间少于24小时。根据定义，TIA在24小时内缓解，但是大多数TIA症状在数分钟内缓解。如果症状持续更久，则将其归为卒中。症状包括暂时性视觉失明(通常为一过性黑蒙)；言语困难(失语症)；一侧身体机能减弱(轻偏瘫)；麻木或发麻(感觉异常)，通常发生在身体的一侧，以及头晕眼花、协调性丧失或平衡性差。TIA的症状通常持续几秒至几分钟，并且大多数症状在60分钟内消失。“TIA参照表达谱”指相对于对照中的表达(例如，没有缺血事件的个体中的表达水平或稳定表达的内源性参照生物标志物的表达水平)，罹患TIA或有经历TIA风险的个体中差异表达(即过表达或低表达)的一组基因(例如，表1、2、5A、5B、5C、5D、7、8和/或9中所示的多个基因)的表达模式。来自表1、5B、5C、 、7、8和/或9的至少以高于对照水平约 1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍的水平表达的基因是TIA中过表达的基因，来自表2、5A、5C、 、7、8和/或9的以低于对照水平至少约1.5倍、
1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、
2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍的水平表达的基因是TIA中低表达的基因。可选地，以高于对照水平至少约10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的水平表达的基因是TIA中过表达的基因，以低于对照水平至少约10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的水平表达的基因是TIA中低表达的基因。“多个”指两个或更多个，例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、
19、20、21、22、23或更多个(例如，基因)。在一些实施方案中，多个指约15_85、20_60或40-50 个基因，例如，约 15、 20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100 或更多个基因的同时测定。在一些实施方案中，“多个”指一个或多个或全部表格中所示的全部基因，例如，表1、2、5A、5B、5C、5D、7、8和/或9中所示的全部基因。术语“患者”、“个体(subject) ”或“个体(individual) ”可互换使用，指哺乳动物，例如人或非人哺乳动物，包括灵长类(例如，猕猴、黑猩猩、类人猿)、家养哺乳动物(例如，猫、犬)、农业哺乳动物(例如，牛、羊、猪、马)和实验哺乳动物或啮齿动物(例如，鼠属动物、鼠科动物、兔、仓鼠、豚鼠)。“样本”或“生物样本”包括诸如活检和尸检样本的组织切片以及采集用于组织学目的的冷冻切片。这类样本包括血液、唾液、组织、裂解的细胞、脑活检物、培养的细胞(例如，原代培养物、外植体和转化的细胞)、粪便、尿液等。生物样本通常获自真核生物，最优选获自哺乳动物，如灵长类，例如，黑猩猩或人；牛；狗；猫；啮齿类，例如，豚鼠、大鼠、小鼠；兔；或鸟；爬行类动物；或鱼。本文使用的“阵列”指包含连接的核酸或肽探针的固体支持物。阵列通常包含按照不同的已知位置连接至基底表面的多种不同的核酸或肽探针。这些阵列，也称为“微阵列”或通俗来讲也称为“芯片”，通常描述于现有技术中，例如，美国专利号5，143，854、5，445，934、5，744，305、5，677， 195、6，040， 193、5，424， 186 和 Fodor et al.、 Science、251:767-777(1991)。通常可以利用机械合成方法或光引导合成方法来产生这些阵列，所述光引导合成方法合并了光刻方法和固相合成方法的组合。利用机械合成方法合成这些阵列的技术描述于例如，美国专利号5，384，261。阵列可以包含平坦的表面，或者可以是珠子、凝胶、聚合物表面、诸如光纤的纤维、玻璃或任何其它合适的基底上的核酸或肽，其它合适的基底描述于例如，美国专利号 5，770，358,5, 789，162,5, 708，153,6, 040，193 和 5，800，992。可以以一定的方式来包装阵列，从而允许进行全功能装置的诊断或其它方式的操纵，其描述于例如美国专利号5，856，174和5，922，591。术语“基因”表示参与产生多肽链的DNA区段；其包括编码区之前和之后的区域(前导区和尾区)以及各个编码区段(外显子)之间的间插序列(内含子)。术语“核酸”和“多核苷酸”在本文可交换使用，指单链或双链形式的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸及它们的聚合物。该术语包括含有已知核苷酸类似物或修饰的主链残基或连接的核酸，所述核酸是合成的、天然存在的和非天然存在的，与参照核酸具有相似的结合特性，以及与参照核酸以相似的方式代谢。这类类似物的实例包括但不限于，硫代磷酸、磷酰胺、甲基磷酸、手性甲基磷酸、2-0-甲基核苷酸、肽核酸(PNA)。除非另外指出，具体的核酸序列还包括其保守型修饰的变体(例如，简并密码子取代)和互补序列，以及明确指明的序列。具体来说，简并密码子取代可以通过产生下述序列来实现，该序列中一个或多个选择(或全部)的密码子的第三位用混合喊基和 / 或脱氧肌苷残基替代(Batzer et al.、Nucleic Acid Res.19:5081 (1991)；Ohtsuka et al.> J.Biol.Chem.260:2605-2608(1985) ；Rossolini et al.> Mol.Cell.Probes8:91-98 (1994) ) 0术语核酸与基因、cDNA、mRNA、寡核苷酸和多核苷酸可交换使用。短语“严紧杂交条件”指 这样的条件:在该条件下，探针与其靶序列(通常位于核酸的复杂混合物中)杂交，而不与其它序列杂交。严紧杂交条件是序列依赖性的，且在不同的环境下是不同的。较长的序列在较高温度下特异性杂交。核酸杂交的详细指导见于Tijssen,Techniques in Biochemistry and Molecular Biology—Hybridization withNucleic Probes, “Overview of principles of hybridization and the strategy ofnucleic acid assays”(1993)。通常,对于规定的离子强度、Ph下的具体序列,严紧杂交条件选择为低于其热熔点约5-10° C。Tm是这样的温度(在规定的离子强度、Ph和核酸浓度下):在该温度下，在平衡时，与靶标互补的探针中的50%与靶序列杂交(由于靶序列过量存在，因此在Tm下，平衡时，50%的探针被占据)。严紧杂交条件是下述条件，其中盐浓度低于约1.0M钠离子，通常为约0.01至1.0M钠离子浓度(或其它盐)、Ph7.0至8.3、温度对于短探针(例如，10至50个核苷酸)为至少约30° C，对于长探针(例如，大于50个核苷酸)为至少约60° C。还可以通过添加去稳定剂(如甲酰胺)来实现严紧杂交条件。对于选择性或特异性杂交，阳性信号是背景的至少2倍，任选地为背景杂交的10倍。示例性的严紧杂交条件可以如下:50%甲酰胺、5XSSC和1%SDS，于42° C孵育，或者5XSSC、1%SDS，于65。C孵育，在65。(:下、0.2\55(:和0.1%503中洗涤。如果核酸编码的多肽基本上相同，则在严紧杂交条件不彼此杂交的这些核酸仍是基本上相同的。例如，当利用遗传密码允许的最大密码子简并性产生一个核酸拷贝时，就会发生这种情况。在这种情况下，核酸通常在中等严紧的杂交条件下杂交。示例性的“中等严紧的杂交条件”包括在37° C下在40%甲酰胺、IM NaCl、l%SDS的缓冲液中杂交，以及在45° C下在IXSSC中洗涤。阳性杂交是背景的至少两倍。本领域技术人员容易意识到，可以利用其它杂交和洗涤条件来提供相似严紧度的条件。术语“分离的”、“纯化的”或“生物学纯的”指基本上或实质上不含在材料天然状态下通常伴随其的成分的材料。通常利用分析化学技术(如聚丙烯酰胺凝胶电泳或高效液相色谱)来确定纯度和同质性。作为制剂中的主要种类存在的蛋白是基本上纯化的。术语“纯化的”表示在电泳凝胶中基本上产生一个条带的核酸或蛋白。具体来说，其表示核酸或蛋白是至少85%纯的、更优选至少95%纯的，最优选至少99%纯的。当涉及核酸的部分时，术语“异源的”表示核酸包含两种或更多种在自然界中没有发现彼此有相同关系的子序列。例如，核酸通常是通过重组产生的，具有来自不相关的基因的两条或更多条序列，这些序列被排列从而产生新的功能性核酸，例如，来自一种来源的启动子和来自另一来源的编码区。相似地，异源蛋白表示蛋白包含两种或更多种在自然界中没有发现彼此有相同关系的子序列(例如，融合蛋白)。“表达载体”是利用一系列允许具体核酸在宿主细胞中转录的指定核酸元件，通过重组或合成方式产生的核酸构建体。表达载体可以是质粒、病毒或核酸片段的一部分。通常，表达载体包括与启动子可操作地连接的待转录的核酸。术语“多肽”、“肽”和“蛋白”在本文可交换使用，是指氨基酸残基的聚合物。该术语适用于一个或多个氨基酸残基是对应的天然存在的氨基酸的人工化学类似物的氨基酸聚合物，也适用于天然存在的氨基酸聚合物和非天然存在的氨基酸聚合物。术语“氨基酸”指天然存在的和合成的氨基酸，以及与天然存在的氨基酸以相似的方式发挥作用的氨基酸类似物和氨基酸模拟物。天然存在的氨基酸是由遗传密码编码的氨基酸以及随后经修饰的氨基酸(例如，羟脯氨酸、α -羧基谷氨酸和O-磷酸丝氨酸)。“氨基酸类似物”指与天然存在的氨基酸具有相同的基本化学结构(即，与氢相连的α碳、羧基、氨基和R基)的化合物，例如，高丝氨酸、正亮氨酸、蛋氨酸亚砜、蛋氨酸甲基锍。这种类似物具有修饰的R基(例如，正亮氨酸)或修饰的肽主链，但保留与天然存在的氨基酸相同的基本化学结构。“氨基酸模拟物”指具有不同于氨基酸的一般化学结构的结构，但与天然存在的氨基酸以相似的方式发挥作用的化合物。在本文中，氨基酸可以通过其公知的三字母符号或IUPAC-1UB生化命名委员会(Biochemical Nomenclature Commission)推荐的单字母符号来表不。同样，核苷酸可以通过其普遍接受的单字母密码来表示。
“保守型修饰的变体”适用于氨基酸和核酸序列。就具体的核酸序列而言，保守型修饰的变体指编码相同的或基本相同的氨基酸序列的那些核酸，或者如果核酸不编码氨基酸序列，保守型修饰的变体指基本相同的序列。由于遗传密码的简并性，大量功能相同的核酸编码任一给定的蛋白。例如，密码子GCA、GCC、GCG和GCU都编码丙氨酸。因而，在由密码子指定为丙氨酸的每一位置，密码子可以被改变成所述的任一对应密码子，而不会改变所编码的多肽。这类核酸变异是“沉默变异”，其是一类保守型修饰的变异。本文中，编码多肽的每一核酸序列还描述了该核酸的每一种可能的沉默变异。本领域技术人员应当意识到，核酸中的每一密码子(除了 AUG以及TGG，其中AUG通常是蛋氨酸的唯一密码子，TGG通常是色氨酸的唯一密码子)都能被修饰，而产生功能相同的分子。因此，编码多肽的核酸的每一沉默变异都暗含在每一所描述的序列中。就氨基酸序列而言，本领域技术人员应当意识到，对于改变、添加或缺失所编码的序列中的单个氨基酸或小比例氨基酸的对核酸、肽、多肽或蛋白序列的取代、缺失或添加，如果这些改变导致氨基酸被化学上相似的氨基酸取代，则认为是“保守型修饰的变体”。提供功能上相似的氨基酸的保守型取代表是本领域内公知的。这类保守型修饰的变体是除本发明的多态变体、种间同系物和等位基因之外的，但并不排除它们。以下八组每组均含有彼此为保守型取代的氨基酸:I)丙氨酸(A)、甘氨酸(G)；2)天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)；3)天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q)；4)精氨酸(I)、赖氨酸(K)；5)异亮氨酸⑴、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、缬氨酸(V)；6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸⑴、色氨酸(W)；7)丝氨酸(S)、苏氨酸⑴；以及8)半胱氨酸(C)、蛋氨酸(M)(参见例如，Creighton、Proteins(1984))。对于两条或更多条核酸或多肽序列，术语“一致的”或“一致性”百分比是指，当利用以下序列比较算法中的一种或通过手动比对和目测检查，在比较窗或指定区域时上进行最大对应的比较和比对的测量时，相同的或具有指定百分比的相同氨基酸残基或核苷酸(即在TIA相关基因(例如，表1、2、5A、5B、5C、 、7、8和/或9中所示的基因)的指定区域上具有60% —致性，优选65%、70%、75%、80%、85%、90%或95% —致性)的两条或更多条序列或子序列。这类序列被称为“基本上一致的”。该定义还指测试序列的互补体。优选地，一致性存在于长度为至少约25个氨基酸或核苷酸的区域上，或更优选在长度为50-100个氨基酸或核苷酸的区域上。为了序列比较，通常将一条序列用作参照序列，将测试序列与其比较。当利用序列比较算法时，将测试序列和参照序列输入计算机，如果需要的话，指定子序列坐标，并指定序列算法程序参数。可以使用默认程序参数或可以指定备选参数。随后，序列比较算法基于程序参数计算测试序列相对于参照序列的序列一致性百分比。对于核酸和蛋白与缺血相关核酸和蛋白的序列比较，使用下文所述的BLAST和BLAST2.0算法以及默认参数。本文使用的“比较窗”包括具有选自20至600，通常为约50至约200，更通常为约100至约150中任一连续位置数的区段，其中在两条序列进行最佳比对之后，序列可以与相同连续位置数的参照序列进行比较。用于比较的序列比对方法是本领域内公知的。可以进行用于比较的最佳序列比对，例如，通过Smith&Waterman, Adv.App1.Math.2:482 (1981)的局部同源性算法、通过Needleman&Wunsch, J.Mol.Biol.48:443 (1970)的同源性比对算法、通过 Pearson&Lipman, Proc.Nat’ 1.Acad.Sc1.USA85:2444 (1988)的相似性搜索方法、通过这些算法的计算机化执行(Wisconsin Genetics Software Package, Genetics ComputerGroup, 575Science Dr.，Madison, WI 中的 GAP、BESTFIT、FASTA 和 TFASTA)或通过手工比对和目测检查(参见例如，Current Protocols in Molecular Biology(Ausubel etal., eds.1995 增补))。适于确定序列一致性和序列相似性百分比的算法的优选实例是BLAST和BLAST2.0 算法，其分别描述于 Altschul et al.，Nuc.Acids Res.25:3389-3402 (1977)和Altschulet al.，J.Mol.Biol.215:403-410 (1990)中。利用本文描述的参数，使用 BLAST和BLAST2.0确定本发明的核酸和蛋白的序列一致性百分比。进行BLAST分析的软件可通过国家生物信息中心(NationalCenter for Biotechnology Information) (http://www.ncb1.nlm.nih.gov/)公开获得。该算法包括首先通过鉴定查询序列中长度为W的短字符鉴定高评分序列对(HSP)，当与数据库序列中相同长度的字符比对时，所述高评分序列对匹配或满足一些正值的阈值评分T。T被称为邻字符评分阈值(Altschul et al.，同上)。这些初始的邻字符命中作为开始搜索以找到包含它们的更长HSP的种子。所述字符命中沿每条序列双向延长，只要累积比对评分能够增加。对于核苷酸序列，利用参数M(对一对匹配残基的奖励分；总是>0)和N(对错配残基的罚分；总是〈0)计算累积评分。对于氨基酸序列，使用评分矩阵来计算累积分。当出现以下情况时，在每个方向的字符命中延伸停止:累积比对评分从其最大实现值下降量X ;由于一个或多个负评分残基比对的累积使累积分达到零或以下；或达到任一序列的末端。BLAST算法参数W、T和X决定了比对的灵敏性和速度。BLASTN程序(对于核苷酸序列)使用以下作为默认值:字长(W)为11，期望值(E)为10，M=5，N=-4和两条链的比较。对于氨基酸序列，BLASTP程序使用以下作为默认值:字长为3，期望值(E)为 10， BL0SUM62 评分矩阵(参见 Henikoff&Henikoff, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89:10915 (1989))，比对(B)为50，期望值(E)为10，M=5，N=_4和两条链的比较。BLAST算法还进行两条序列间相似性的统计学分析(参见例如，Karlin&Altschul, Proc.Nat，1.Acad.Sc1.USA90:5873-5787 (1993))。BLAST 算法提供的一种相似性测量是最小总和概率(P(N))，其提供了两条核苷酸或氨基酸序列之间偶然发生匹配的概率指征。例如，如果在测试核酸与参照核酸的比较中、最小总和概率小于约0.2，更优选小于约0.01，且最优选小于约0.001，则认为核酸与参照序列相似。两条核酸序列或多肽基本上一致的指征是由第一核酸编码的多肽能与针对第二核酸编码的多肽所产生的抗体发生免疫交叉反应，如下文描述。因而，例如，如果两条肽的区别仅在于保守型取代，则多肽通常与第二多肽基本上相同。两条核酸序列基本上一致的另一指征是两个分子或其互补物能够在严紧杂交条件下彼此杂交，如下文描述。两条核酸序列基本上一致的另一指征是能使用相同引物来扩增序列。短语“与……选择性(或特异性)杂交”指在严紧杂交条件下，分子仅与复杂混合物(例如，总细胞DNA或RNA，或文库DNA或RNA)中存在的特定核苷酸序列结合、形成双螺旋或杂交。“宿主细胞”表示含有表达载体并支持该表达载体的复制或表达的细胞。宿主细胞可以是例如，原核细胞(例如大肠杆菌)或真核细胞(例如酵母细胞或哺乳动物细胞，例如CHO细胞)。表达或活性的“抑制剂”、“活化剂”和“调节剂”分别用来指利用表达或活性的体外和体内测定鉴定出的抑制性分子、活化分子或调解分子，例如，配体、激动剂、拮抗剂及以上的同系物和模拟物。术语“调节剂”包括抑制剂和活化剂。抑制剂是，例如，能抑制本发明多肽或多核苷酸的表达，或结合、部分地或全部地阻断刺激或酶活性，使本发明多肽或多核苷酸的活性降低、阻止、延迟活化、失活、去敏感化或下调的试剂，例如，拮抗剂。活化剂是，例如，能诱导或活化本发明多肽或多核苷酸的表达，或结合、刺激、增加、开放、活化、促进、增强活化或酶活性，敏感化或上调本发明多肽或多核苷酸的活性的试剂，例如激动剂。调节剂包括天然存在的和合成的配体、拮抗剂、激动剂、小化学分子等。鉴定抑制剂和活化剂的测定包括，例如，在存在或不存在本发明多肽或多核苷酸的情况下，向细胞施加推定的调节剂化合物，随后测定对本发明多肽或多核苷酸活性的功能影响。将用可能的活化剂、抑制剂或调节剂处理的含有本发明多肽或多核苷酸的样本或测定与没有所述抑制剂、活化剂或调节剂的对照样本进行比较，以检测影响的程度。将对照样本(未用调节剂处理)指定为100%的相对活性值。当本发明多肽或多核苷酸的活性值相对于对照为约80%，任选地为50%或25-1%时，实现了抑制。当本发明多肽或多核苷酸的活性值相对于对照为约110%、任选地为150%、任选地为200-500%或1000-3000%或更高时，实现了活化。本文使用的术语“测试化合物”或“候选药物”或“调节剂”或语法等同词描述任何分子，天然存在的或合成的，例如，蛋白、寡肽(例如，长度为约5至约25个氨基酸，优选长度为约10至20或12至18个氨基酸，优选长度为12、15或18个氨基酸)、小有机分子、多糖、脂质、脂肪酸、多核苷酸、RNA1、寡核苷酸等。测试化合物可以为测试化合物文库的形式，诸如提供了足够多样性范围的组合或随机文库。测试化合物任选地与融合伴侣连接，所述融合伴侣例如靶向化合物、救援化合物、二聚化合物、稳定化化合物、可寻址化合物(addressable compound)及其它功能性部分。通常，通过以下来产生具有有用特性的新化学实体:鉴定具有一些期望特性或活性(例如，抑制活性)的测试化合物(称为“先驱化合物”)，产生先驱化合物的变体，以及评价那些变体化合物的特性或活性。通常，对这类分析利用高通量筛选(HTS)方法。“小有机分子”指天然存在的或合成的、具有大于约50道尔顿且小于约2500道尔顿，优选小于约2000道尔顿，优选约100至约1000道尔顿，更优选约200至约500道尔顿的分子量的有机分子。附图的简要说明

图1A-B.短暂性缺血发作(TIA)患者和对照血液之间差异表达的460个基因/探针的热图(FDRS0.05，绝对倍数变化>1.5)。X轴上的每一个柱代表I名患者，有24名TIA患者(蓝色)和27名对照(粉色)。Y轴上的每一行代表各个基因。如绿色箭头(顶部)所示，TIA与对照分开聚集。在TIA个体中，如红色箭头所示，至少两个聚集是明显的。这两个TIA聚集被标记为TIAl和TIA2。两名TIA患者(ID: 57和90)与对照聚集在一起。三名对照(ID:42、68和74)与TIA聚集在一起。红色=上调。绿色=下调。ID=个体ID。诊断=蓝色(TIA)和粉色(对照)。图2.能将TIA患者与对照个体区分开的460个TIA调控的基因中的34个的交叉验证结果。预测诊断的概率显示在Y轴上，个体显示在X轴上。TIA患者显示在右侧，对照个体在左侧。TIA的预测概率以红色显示，对照的预测概率以蓝色显示。利用10倍交叉验证，以87.5%的灵敏性和96.3%的特异性区分TIA患者与对照。图3.通过PAM鉴定的能区分TIAl组和TIA2组的26个上调基因的交叉验证结果。预测诊断的概率显示在Y轴上，个体显示在X轴上。TIAl个体显示在左侧，TIA2个体在右侦U。TIA2的预测概率以红色显示，TIAl的预测概率以蓝色显示。能够以100%的灵敏性和100%的特异性区分TIAl患者和TIA2患者。

图4A-B.TIA患者(蓝色)和对照个体(粉色)中的MMP16 (A)和MMP26 (B)的转录物表达。A.MMP16.在所有对照个体与所有TIA患者的比较中(Al)，MMP16表达没有差异。与对照(p=l.35X 1(Π和TIA2组(p=2.19X 1(Γ7)相比，TIAl患者中的ΜΜΡ16表达显著升高，对照个体和ΤΙΑ2患者间(Α2)的ΜΜΡ16表达没有差异。B.ΜΜΡ26.在所有对照个体与所有TIA患者的比较中(BI)，ΜΜΡ26表达没有差异。与对照(ρ=6.67Χ 1(Γ4)和ΤΙΑ2组(ρ=8.55Χ10—4)相比，TIAl组中的ΜΜΡ26表达显著升高，对照个体和ΤΙΑ2患者间(Α2)的ΜΜΡ26表达没有差异。X轴显示个体的类别。Y轴显示1g2强度/RNA表达。粉色=对照。深蓝色=所有的TIA或ΤΙΑ1。浅蓝色=ΤΙΑ2。发明的详细描述1.引言尽管短暂性缺血发作(TIA)很常见，但对生物学机制仍然了解很少。本发明在一定程度上基于TIA差异性地调控血液中基因表达这一发现。指示TIA发生或发生的风险的差异调控的基因能用于诊断、治疗和预防患者的ΤΙΑ。利用血液基因表达谱，能够从以前没有血管事件的对照区别出最近发生TIA的患者。此外，病人在短暂性缺血发作之后似乎会发展出不同的免疫应答亚型。2.能够从本方法受益的个体会从本方法受益的个体可以表现出TIA或卒中的症状。可选地，个体可以疑似经历ΤΙΑ。在一些实施方案中，个体没有经历脑出血和/或没有患脑出血的风险。在一些实施方案中，个体没有经历脑出血或出血性卒中和/或没有患脑出血或出血性卒中的风险。在一些实施方案中，个体已被诊断为没有经历脑出血或出血性卒中和/或没有患脑出血或出血性卒中的风险。在一些实施方案中，在疑似缺血事件的3小时内测定生物标志物组的表达水平。在一些实施方案中，在疑似缺血事件之后3小时或更长时间测定生物标志物组的表达水平。在一些实施方案中，在疑似缺血事件的6、12、18、24、36、48小时内测定生物标志物组的表达水平。

在一些情况下，个体没有症状，但可以具有经历TIA的风险或倾向，例如，基于遗传学、相关疾病状态、环境或生活方式判断出。例如，在一些实施方案中，患者患慢性炎性疾病，例如自身免疫病(例如，类风湿性关节炎、克罗恩病、炎症性肠病)、动脉粥样硬化、高血压或糖尿病。在一些实施方案中，患者具有高LDL-胆固醇水平或患心血管疾病(例如，动脉粥样硬化、冠状动脉疾病)。在一些实施方案中，患者患内分泌系统病症、神经退行性病症、结缔组织病症或骨骼与肌肉病症。与TIA关联、相关或由TIA引起的示例性病症提供在表7中。在一些实施方案中，患者可以患有神经学病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:A C S L1、ADH1B、ΑΚ5、ΑΝΧΑ3、ΑΡΒΑ2、ASTN2 (包括 EG:23245)、BCL6、BMPRlB, CASP5、CAVU CNTN4、DIP2C、ELAVL2、EPHX2、ERAP2、FAM124A、FAM13A、FAM149A、FATU FOLHU FOXCU GABRB2、GIGYF2、GNAOl、GRM5、GSTMl、HESXl、H0XC6、IGFBP5、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、LAMB4、LIFR、LTBR、MECOM、NBPFlO, NDST3、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、0LFM2、OPCML, PDE1A、RFX2、R0B01、S100A12、SCN2A、SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC2A3、SLC3A1、S0X9、SP0CK3、SPONU TGFB2、TLR5、TNFRSF21、TRPM1、TSHZ2、TTC6 (包括 EG: 115669)、UNC5B、UNC84A 和 ZNF608。在一些实施方案中，患者可以患有骨骼或肌肉病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、BMPRlB、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC, CNTN4、COLlAl、C0L1A2、DIP2C、DNAH14、EDAR、ELAVL2、EPHA3、EPHX2、FAM124A、F0SB、GABRB2、GIGYF2、GNA01、H0XC6、IL1B、KCNJl5, LAMB4、LIFR、LTBR、LUM、MAPK14、MYBPCl、N0S3、0DZ2、OSM、PAPPA,PDE1A、ROBOU RUNDC3B、S100A12、SCN2A、SHOX, SLC22A4(包括 EG:6583)、S0X9、SP0CK3、TLR5、TNFRSF21、TNPOl、TSHZ2、TTC6 (包括 EG: 115669)、TWISTl、UNC5B、VWA3B 和 ZNF438。 在一些实施方案中，患者可以患有炎性病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ANXA3、APBA2、ASTN2 (包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CAVl、CCND3、CCRLl、CLTC, CNTN4、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、ERAP2、FAM124A、FBLN7、FOSB, FREM2、GABRB2、GRM5、IL1B、KCNJl5, LAMB4、LHX2、LNPEP, LRP2、LTBR、LUM、MAPK14、MECOM、MYBPCl、N0S3、0DZ2、OPCML, OSM、PAPPA, PDE1A、PPP1R1C、R0B01、RUNDC3B、S100A12、SCN2A、SFXNl、SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC26A8、SMURF2、SNRPN、SPONl、TGFB2、TLR5、TNFRSF21、TNPOl、TTC6 (包括 EG: 115669)、TWISTl、UNC5B、VWA3B 和 ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有心血管病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ALPL、ASTN2(& EG:23245)、BCL6、BMPR1B、C180RF54、CACNA11、CARD16、CAV1、CNTN4、DMRTl、DNAH14、EDAR、EPHX2、ERAP2、FAM13A、FOLHl、FOSB, FREM2、GABRB2、GRM5、GSTMl、IL1B、IQGAP2、LIFR、LTBR、MANlCl、MAPK14, MBNLl、MCF2L、MECOM、MYBPCl、N0S3、NTM、0DZ2、0LFM2、OPCML, PAPPA, PDE1A、ROBOU RORB, S100A12、SMURF2、SNRPN、S0X9、SP0CK3、SPONl、TFP1、TRPMl、UNC84A 和 VWA3B。在一些实施方案中，患者可以患有免疫学病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ANXA3、ASTN2 (包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CCRLU CLTC, CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FAT1、F0SB、GABRB2、G0LGA6L2、GSTM1、⑶SBL2、ILIB、IQGAP2、KCNJ15、LAMB4、LTBR、MAPK14、MYBPC1、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、OPCML、OSM、PAPPA、PDE1A、R0B01、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、SNRPN、SPONl、TLR5、TNFRSF21、TNPOl、TSHZ2、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有代谢病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADAM30、AK5、ALPL, ALS2CR11、ASTN2 (包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCRLU CNTLN、CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DMRTl、DNAHl4、EPHA3、EPHX2、FAT1、F0XA2、GABRB2、⑶SBL2、IGFBP5、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、LRP2、LTBR、MAPK14、MBNLl、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、OPCML、PAPPA、PLSCRl、ROBOU SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC2A3、SLC3A1、SMURF2、SNRPN、SPONU SRGAPU TLR5、TSHZ2、UNC84A 和 VWA3B。在一些实施方案中，患者可以患有内分泌系统病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADAM30、AK5、ALPL, ALS2CR11、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCRLU CNTLN,CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DMRTl、DNAH14、EPHA3、FAT1、F0XA2、GABRB2、⑶SBL2、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、LRP2、LTBR、MAPK14、MBNLl、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、OPCML, PAPPA、PLSCRl、ROBOl、SH0X、SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC2A3、SMURF2、SNRPN、SPONl、SRGAP1、TLR5、TSHZ2、UNC84A和 VWA3B。在一些实施方案中，患者可以患有自身免疫病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ASTN2 (包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC, CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、GUSBL2、IL1B、IQGAP2、KCNJl5,LAMB4、LTBR、MAPK14、MYBPCl、NELL2、0DZ2、OPCML, OSM、PAPPA, PDE1A、R0B01、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4(包括 EG:6583)、SNRPN、SPONl、TLR5、TNFRSF21、TNPOl、TSHZ2、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有糖尿病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADAM30、AK5、ALPL, ALS2CR11、ASTN2 (包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCRLU CNTLN、CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DMRTl、DNAH14、EPHA3、FATl、F0XA2、GABRB2、⑶SBL2、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、LTBR、MAPK14, MBNLl、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、OPCML、PAPPA、PLSCRl、ROBOl、SLC22A4 (包括EG:6583)、SLC2A3、SMURF2、SNRPN、SPONl、SRGAPl、TLR5、TSHZ2、UNC84A 和 VWA3B。在一些实施方案中，患者可以患有结缔组织病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:A C S L1、ADM、ASTN2(包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC, CNTN4、COLlAU C0L1A2、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、F0SB、GABRB2、IL1B、KCNJ15、LAMB4、LTBR、LUM、MAPK14、0DZ2、0SM、PAPPA、PDE1A、ROBOl、RUNDC3B、S100A12、SHOX、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、TLR5、TNFRSF21、TNP01、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有风湿性疾病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具 有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、ASTN2(包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC, CNTN4、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、IL1B、KCNJl5, LAMB4、LTBR、LUM、MAPK14、0DZ2、OSM、PAPPA、PDE1A、ROBOl、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、TLR5、TNFRSF21、TNP01、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有关节炎，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、ASTN2(包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC, CNTN4、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、IL1B、KCNJl5, LAMB4、LTBR、LUM、MAPK14, 0DZ2、OSM、PAPPA、PDE1A、ROBOl、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4(包括 EG:6583)、TNFRSF21、TNPOUTTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B、ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有动脉粥样硬化，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:A C S L1、AK5、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BMPRlB, CARD 16, CNTN4、DMRT1、DNAH14、ERAP2、FOSB, FREM2、GRM5、IL1B、IQGAP2、LIFR、MANlCl、MBNLl、MCF2L、MECOM、N0S3、NTM、0DZ2、0LFM2、PDE1A、ROBOU RORB, SNRPN、SP0CK3、SP0N1、TRPMl、UNC84A 和 VWA3B。
在一些实施方案中，患者可以患有炎症性肠病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、AK5、APBA2、ASTN2(包括 EG:23245)、CARD8、DIP2C、DNAH14、ERAP2、FBLN7、FREM2、GRM5、IL1B、LHX2、LNPEP、LTBR、MECOM、N0S3、0DZ2、OPCML、PAPPA、PDE1A、PPP1R1C、ROBOU SFXNl、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、SLC26A8、SNRPN、SPONl、TGFB2、TLR5、VWA3B 和 ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有非胰岛素依赖型糖尿病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ADAM30、AK5、ALPL、ALS2CR11、ASTN2 (包括 EG: 23245)、CARD8、CCRLl、CNTLN、CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DMRT1、EPHA3、FAT1、F0XA2、GABRB2、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、MBNLl、N0S3、NTM、0DZ2、PLSCRl、R0B01、SLC22A4 (包括 EG:6583)、SLC2A3、SPONl、SRGAPl、TLR5、UNC84A 和 VWA3B。在一些实施方案中，患者可以患有类风湿性关节炎，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CLTC、CNTN4、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、IL1B、KCNJl5, LAMB4、MAPK14、0DZ2、OSM、PAPPA、PDE1A、ROBOl、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、TNFRSF21、TNPOU TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有冠状动脉疾病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:A C S L1、AK5、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BMPRlB, CARD 16, CNTN4、DMRT1、DNAH14、ERAP2、FREM2、GRM5、IL1B、IQGAP2、LIFR、MANlCl、MBNLl、MCF2L、MECOM、N0S3、NTM、0DZ2、0LFM2、PDE1A、ROBOl、RORB, SNRPN、SP0CK3、SPONl、TRPMl、UNC84A 和 VWA3B。在一些实施方案 中，患者可以患有克罗恩病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、AK5、APBA2、ASTN2(包括 EG:23245)、CARD8、DIP2C、DNAH14、ERAP2、FBLN7、FREM2、GRM5、LHX2、LNPEP、MECOM、0DZ2、OPCML、PAPPA、PDE1A、PPP1R1C、ROBOl、SFXNl、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、SLC26A8、SNRPN、SP0N1、TGFB2、TLR5、VWA3B 和 ZNF438。在一些实施方案中，患者可以患有神经退行性病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ASTN2 (包括 EG: 23245)、CASP5、CNTN4、FAM124A、F0LH1、GABRB2、GRM5、IL1B、MECOM、NDST3、N0S3、OPCML, RFX2、SCN2A、SLC22A4 (包括 EG:6583)、SLC2A3、SLC3A1、SP0N1、TSHZ2 和ZNF608。在一些实施方案中，患者可以患有阿尔茨海默病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ASTN2(包括 EG:23245)、CASP5、CNTN4、FAM124A、FOLHU GABRB2、GRM5、IL1B、MECOM、NDST3、N0S3、OPCML, RFX2、SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC2A3、SLC3A1、SP0N1、TSHZ2 和 ZNF608。3.指示TIA发生或风险的生物标志物指示TIA发生或可用于预测经历TIA风险的过表达的生物标志物列举在表I中。在实施本申请的方法中，测定来自表I的多种生物标志物的表达水平，任选地联合测定本文描述的(例如表2、5A、5B、5C、ro、7、8和/或9中)和本领域内已知的其它TIA相关生物标志物。优选地，测定总共约15-85种的多种生物标志物的表达水平，例如约20-70、30-60或40-50种生物标志物。可以同时或相继测定生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测定表 I 中所示的至少约 2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、30、45、50、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多种生物标志物的表达水平，任选地联合测定本文描述的(例如表2、5A、5B、5C、 、7、8和/或9中)和本领域内已知的其它TIA相关生物标志物。在已经历TIA或有发展为TIA风险的患者中，表I的生物标志物相对于对照表达水平是过表达的。对照表达水平可以指未经历血管事件且没有血管事件风险的个体中相同生物标志物的表达水平，或者指稳定表达的内源性对照基因的表达水平。在已经历TIA或有发展为TIA风险的患者中，表I的生物标志物相对于对照表达水平过表达至少1.5倍，例如至少 1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7倍、2.8倍1、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍。
权利要求
1.断短暂性缺血发作(TIA)或经历TIA的倾向的方法，所述方法包括:测定来自患者的生物样本中多种TIA相关生物标志物的表达水平，其中与对照相比，表达水平的升高或降低指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险，其中所述多种TIA相关生物标志物选自表1、2、5A、5B、5C、5D、7、8和9所示的生物标志物。
2.按权利要求1所述的方法，其还包括测定选自以下的一种或多种生物标志物的表达水平:CNTN4、TLR5、GPR84、BCL6、NELL2、APBA2 和 MLL。
3.按权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述测定步骤在疑似缺血事件之后3小时或更短时间进行。
4.按权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述测定步骤在疑似缺血事件之后3小时或更长时间进行。
5.按权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述测定步骤在疑似缺血事件之后至少24小时进行。
6.按权利要求1至5中任一项所述的方法，其中选自以下的一种或多种TIA相关生物标志物表达水平的升高指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:DKFZP434B061、FAM55D、FLJ30375、IGFBP5、LTBR 和 SCN2A。
7.按权利要求1至6中任一项所述的方法，其中选自以下的一种或多种TIA相关生物标志物表达水平的升高指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:GABRB2、ELAVL3、TffISTUDPPA4、DKFZP434P211、DLX6、ZNF479、ASTN2、SNX31、ALS2CR11、L0C440345。
8.按权利要求1至7中任一项所述的方法，其中选自以下的一种或多种TIA相关生物标志物表达水平的升高指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:GABRB2、ELAVL3、COLlAl、SH0X2、GA BRB2、TffISTU DPPA4、DKFZP434P211、WIT1、S0X9、DLX6、ANXA3、EPHA3、SOXl 1、SLC26A8、CCRLl、FREM2、ST0X2、ZNF479、L0C338862、ASTN2、FOLHl、SNX31、KREMEN1、ZNF479、ALS2CR11、FIGN、RORB, L0C732096、GYPA, ALPL, LHX2、GALNT5、SRD5A2L2、GALNT14,0V0L2、BMPRlB, UNC5B、0DZ2、ALPL、RASAL2、SHOX, C19orf59、ZNFl 14, SRGAPU ELAVL2、NCRNA00032、L0C440345、FLJ30375, TFPI, PTGRU ROBOU NR2F2、GRM5、LUM、FLJ3905UC0L1A2、CASP5、OPCML, TTC6、TFAP2B、CRISP2、SOXlU ANKRD30B、FLJ3905U SCN2A、MYNN、F0XA2、DKFZP434B061、L0C645323、SNIP、L0C645323、L0C374491、ADAM30、SIX3、FLJ36144,CARD8、KREMENU RP1-127L4.6、FAM149A、B3GAT2、SP0CK3、G30、ITGBLl、IQGAP3、C7orf45、ZNF608、L0C375010、LRP2、TGFB2、SH0X2、H0XC4///H0XC6、ELTD1、FAM182B///RP13-401N8.2、PR00478、LIFR、FOLHl、EHF,NDST3、BRUN0L5、L0C728460、PDE1A、P0U2AF1、FAT1、PCDHlIX///PCDH11Y、FLJ37786、SLC22A4、DHRS13, EHF, MEG3、PIffILU L0C203274、LOClOO 133920///L0C286297、DMRTl、ADM、VWA3B、GAFA3、HESXl、ADAMDEC1、CAVl、LAMB4、TPTE、PPPIRlC、HPSE,A頂2、RUNDC3B、CARD16、FAM124A、MGC39584、OSM、RFX2、MYBPCl、LTBR, C18orf2、SNRPN、FLJ36031、IL1B、TRPMl, OSTCL、MAPK14、KCNJ15///L0C100131955、FIGN、HNT, S100A12、CHITl、C7orf53、FAM13A1、GNAOl、MAPK14、FAM55D、PRKD2、LIMK2, C18orf54、IGFBP5、EVI1、PLSCRU FOXCU L0C646627、ZNF462、CNTLN、ZNF438、DEFB105A///DEFB105B、L0C340017、Clorf67、ACSLl、ADH1B、SLC2A14///SLC2A3、IL1B、ST3GAL4、UBE2J1、PNPLA3 和 PAPPA。
9.按权利要求1至8中任一项所述的方法，其中选自以下的一种或多种TIA相关生物标志物表达水平的降低指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:ATG9B、DIP2C、EDAR、GSTM1、⑶SBL2、SMURF2、ZNF512B。
10.按权利要求1至9中任一项所述的方法，其中选自以下的一种或多种TIA相关生物标志物表达水平的降低指示所述患者罹患TIA或有经历TIA的风险:NBPF10///RPl 1-9412.2、SFXNl、SPIN3、UNC84A、OLFM2、PPM1K、P2RY10、ZNF512B、MORF4L2、GIGYF2、ERAP2、SLFNl3, L0C401431、MED6、BAIAP2L1///L0C100128461、LNPEP、MBNLl、NOS3、MCF2L、KIAA1659、SCAMP5、L0C648921、ANAPC5、SP0N1、FUS、GPR22、GAL3ST4、METTL3、L0C100131096、FAAH2、SMURF2、SNRPN、FBLN7、GLS, G3BP1、RCAN3、EPHX2、DIP2C、CCDC141、CLTC、FOSB,CACNA11、UNQ6228、ATG9B、AK5、SPIN3、RBM14、SNRPN、MAN1C1、HELLS、EDAR、SLC3A1、ZNF519、L0C100130070///L0C100130775///L0C100131787///L0C100131905///L0C100132291///L0C100132488///RPS27、ZC3H12B、IQGAP2、S0X8、WHDC1L2、TNPOU TNFRSF21、TSHZ2、DMRTC1///DMRTC1B、GSTM1、GSTM2、PNMA6A、CAND1、CCND3、GSTM1、⑶SBL2。
11.按权利要求1至10中任一项所述的方法，其还包括确定卒中致因的步骤。
12.按权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述患者患有神经学病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSLl、ADHlB、AK5、ANXA3、APBA2、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、BMPRlB、CASP5、CAVl、CNTN4、DIP2C、ELAVL2、EPHX2、ERAP2、FAM124A、FAM13A、FAM149A、FATl、FOLHl、FOXCl、GABRB2、GIGYF2、GNAOl、GRM5、GSTMl、HESXl、H0XC6、IGFBP5、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、LAMB4、LIFR、LTBR、MECOM、NBPFlO, NDST3、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、0LFM2、OPCML, PDE1A、RFX2、ROBOU S100A12、SCN2A、SLC22A4 (包括 EG:6583)、SLC2A3、SLC3A1、S0X9、SP0CK3、SPONUTGFB2、TLR5、TNFRSF21、TRPM1、TSHZ2、TTC6 (包括 EG: 115669)、UNC5B、UNC84A 和 ZNF608。
13.按权利要求1至12中任一项 所述的方法，其中所述患者患有骨骼或肌肉病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、BMPRlB, CARD8、CASP5、CCND3、CLTC、CNTN4、COLIA1、COLIA2、DIP2C、DNAHl4、EDAR、ELAVL2、EPHA3、EPHX2、FAMl24A、F0SB、GABRB2、GIGYF2、GNA01、H0XC6、IL1B、KCNJ15、LAMB4、LIFR、LTBR、LUM、MAPK14、MYBPC1、N0S3、0DZ2、OSM、PAPPA、PDE1A、ROBOl、RUNDC3B、S100A12、SCN2A、SHOX, SLC22A4 (包括EG:6583)、S0X9、SP0CK3、TLR5、TNFRSF21、TNPOl、TSHZ2、TTC6 (包括 EG: 115669)、TffISTUUNC5B.VWA3B 和 ZNF438。
14.按权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述患者患有炎性病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSLl、ADM、AK5、ANXA3、APBA2、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CAVl、CCND3、CCRLl、CLTC, CNTN4、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、ERAP2、FAM124A、FBLN7、FOSB, FREM2、GABRB2、GRM5、IL1B、KCNJl5, LAMB4、LHX2、LNPEP, LRP2、LTBR、LUM、MAPK14、MECOM、MYBPCl、N0S3、0DZ2、OPCML, OSM、PAPPA, PDE1A、PPP1R1C、R0B01、RUNDC3B、S100A12、SCN2A、SFXNl、SLC22A4 (包括 EG:6583)、SLC26A8、SMURF2、SNRPN、SPONl、TGFB2、TLR5、TNFRSF21、TNPOl、TTC6 (包括 EG: 115669)、TffISTU UNC5B、VWA3B 和 ZNF438。
15.按权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述患者患有心血管病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ALPL、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、BMPRlB, C180RF54、CACNAlI, CARD 16, CAVU CNTN4、DMRT1、DNAH14、EDAR、EPHX2、ERAP2、FAM13A、FOLHU FOSB,FREM2、GABRB2、GRM5、GSTMl、IL1B、IQGAP2、LIFR、LTBR、MANlCl、MAPK14、MBNLl、MCF2L、MECOM、MYBPC1、N0S3、NTM、0DZ2、0LFM2、OPCML、PAPPA、PDEIA、ROBO1、RORB、SIOOA12、SMURF2、SNRPN、S0X9、SP0CK3、SPONl、TFP1、TRPMl、UNC84A 和 VWA3B。
16.权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述患者患有免疫学病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ANXA3、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CCRLl、CLTC, CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FATl、FOSB,GABRB2、G0LGA6L2、GSTMlG、USBL2、IL1B、IQGAP2、KCNJl5, LAMB4、LTBR、MAPK14、MYBPCl、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、OPCML, OSM、PAPPA, PDE1A、R0B01、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4 (包括 EG:6583)、SNRPN、SPONl、TLR5、TNFRSF21、TNPOl、TSHZ2、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B和 ZNF438。
17.按权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所述患者患有代谢病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSLl、ADAM30、AK5、ALPL, ALS2CR11、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCRLl、CNTLN、CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DMRTl、DNAH14、EPHA3、EPHX2、FAT1、F0XA2、GABRB2、GUSBL2、IGFBP5、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、LRP2、LTBR、MAPK14、MBNLl、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、OPCML, PAPPA、PLSCRl、ROBOl、SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC2A3、SLC3A1、SMURF2、SNRPN、SPONl、SRGAPl、TLR5、TSHZ2、UNC84A 和 VWA3B。
18.按权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述患者患有内分泌系统病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSLl、ADAM30、AK5、ALPL, ALS2CR11、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCRLl、CNTLN、CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DMRTU DNAHl4, EPHA3、FAT1、F0XA2、GABRB2、GUSBL2、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、LRP2、LTBR、MAPK14、MBNLl、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、0PCML、PAPPA, PLSCRl、R0B01、SHOX, SLC22A4 (包括 EG:6583)、SLC2A3、SMURF2、SNRPN、SPONl、SRGAP1、TLR5、TSHZ2、UNC84A 和 VWA3B。
19.按权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述患者患有自身免疫病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、AK5、ASTN2 (包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC、CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、GUSBL2、IL1B、IQGAP2、KCNJl5, LAMB4、LTBR、MAPK14、MYBPCl、NELL2、0DZ2、OPCML, OSM、PAPPA、PDE1A、ROBOl、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、SNRPN、SPONl、TLR5、TNFRSF21、TNP01、TSHZ2、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。
20.按权利要求1至19中任一项所述的方法，其中所述患者患有糖尿病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSLl、ADAM30、AK5、ALPL, ALS2CR11、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCRLl、CNTLN、CNTN4、COLIA2、DIP2C、DMRTl、DNAHl4、EPHA3、FAT1、F0XA2、GABRB2、GUSBL2、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、LTBR、MAPK14,MBNLl、NELL2、N0S3、NTM、0DZ2、OPCML、PAPPA、PLSCRl、ROBOU SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC2A3、SMURF2、SNRPN、SPONU SRGAPU TLR5、TSHZ2、UNC84A 和 VWA3B。
21.按权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述患者患有结缔组织病症，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、ASTN2(包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC、CNTN4、COLlAl、COL1A2、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、IL1B、KCNJ15、LAMB4、LTBR、LUM、MAPK14、0DZ2、OSM、PAPPA、PDEIA、ROBO1、RUNDC3B、SIOOA12、SHOX、SLC22A4(包括 EG:6583)、TLR5、TNFRSF21、TNPOl、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。
22.按权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述患者患有风湿性疾病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC、CNTN4、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、IL1B、KCNJl5, LAMB4、LTBR、LUM、MAPK14、0DZ2、OSM、PAPPA, PDE1A、R0B01、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、TLR5、TNFRSF21、TNP01、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。
23.按权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述患者患有关节炎，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、ASTN2(包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CASP5、CCND3、CLTC、CNTN4、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、IL1B、KCNJl5, LAMB4、LTBR、LUM、MAPK14、0DZ2、OSM、PAPPA、PDE1A、ROBOl、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、TNFRSF21、TNP01、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B、ZNF438。
24.按权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述患者患有动脉粥样硬化，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、AK5、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BMPRlB, CARD 16, CNTN4、DMRTU DNAHl4,ERAP2、FOSB, FREM2、GRM5、IL1B、IQGAP2、LIFR、MANlCl、MBNLl、MCF2L、MECOM、N0S3、NTM、0DZ2、0LFM2、PDE1A、ROBOU RORB, SNRPN、SP0CK3、SPONl、TRPMl、UNC84A 和 VWA3B。
25.按权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述患者患有炎症性肠病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、AK5、APBA2、ASTN2(包括EG:23245)、CARD8、DIP2C、DNAH14、ERAP2、FBLN7、FREM2、GRM5、IL1B、LHX2、LNPEP、LTBR、MECOM、N0S3、0DZ2、OPCML, PAPPA、PDE1A、PPP1R1C、ROBOl、SFXNl、SLC22A4 (包括 EG:6583)、SLC26A8、SNRPN、SPONl、TGFB2、TLR5、VWA3B 和ZNF438。
26.按权利要求1至25中任一项所述的方法，其中所述患者患有非胰岛素依赖型糖尿病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ADAM30、AK5、ALPL、ALS2CR11、ASTN2 (包括 EG: 23245)、CARD8、CCRLl、CNTLN、CNTN4、C0L1A2、DIP2C、DMRTl、EPHA3、FATl、F0XA2、GABRB2、IL1B、IQGAP2、ITGBLl、MBNLl、N0S3、NTM、0DZ2、PLSCRl、ROBOl、SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC2A3、SPONl、SRGAP1、TLR5、UNC84A 和 VWA3B。
27.按权利要求1至26中任一项所述 的方法，其中所述患者患有类风湿性关节炎，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、ADM、ASTN2(包括 EG:23245)、BCL6、CARD8、CLTC、CNTN4、DIP2C、DNAH14、EDAR、EPHA3、EPHX2、FAM124A、FOSB, GABRB2、IL1B、KCNJl5, LAMB4、MAPK14、0DZ2、OSM、PAPPA、PDE1A、ROBOl、RUNDC3B、S100A12、SLC22A4(包括 EG:6583)、TNFRSF21、TNPOl、TTC6 (包括 EG: 115669)、VWA3B 和 ZNF438。
28.按权利要求1至27中任一项所述的方法，其中所述患者患有冠状动脉疾病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、AK5、ASTN2 (包括 EG: 23245)、BMPRlB, CARD 16, CNTN4、DMRTU DNAHl4,ERAP2、FREM2、GRM5、IL1B、IQGAP2、LIFR、MANlCU MBNLU MCF2L、MECOM、N0S3、NTM、0DZ2、0LFM2、PDE1A、ROBOU RORB, SNRPN、SP0CK3、SPONl、TRPMl、UNC84A 和 VWA3B。
29.按权利要求1至28中任一项所述的方法，其中所述患者患有克罗恩病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ACSL1、AK5、APBA2、ASTN2 (包括 EG: 23245)、CARD8、DIP2C、DNAH14、ERAP2、FBLN7、FREM2、GRM5、LHX2、LNPEP, MECOM、0DZ2、OPCML, PAPPA, PDE1A、PPP1R1C、ROBOU SFXNUSLC22A4 (包括 EG: 6583)、SLC26A8、SNRPN、SPONl、TGFB2、TLR5、VWA3B 和 ZNF438。
30.按权利要求1至29中任一项所述的方法，其中所述患者患有神经退行性病症，并且相对于选自以下的多种生 物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ASTN2 (包括 EG: 23245)、CASP5、CNTN4、FAMl24A、FOLHl、GABRB2、GRM5、ILlB、MECOM、NDST3、N0S3、OPCML、RFX2、SCN2A、SLC22A4 (包括 EG: 6583)、SLC2A3、SLC3A1、SPONl、TSHZ2 和 ZNF608。
31.按权利要求1至30中任一项所述的方法，其中所述患者患有阿尔茨海默病，并且相对于选自以下的多种生物标志物的对照表达水平，所述患者具有所述生物标志物的升高或降低的表达:ASTN2 (包括 EG: 23245)、CASP5、CNTN4、FAM124A、F0LH1、GABRB2、GRM5、IL1B、MECOM、NDST3、N0S3、OPCML, RFX2、SLC22A4(包括 EG:6583)、SLC2A3、SLC3A1、SPONl、TSHZ2和 ZNF608。
32.按权利要求1至31中任一项所述的方法，其中与对照相比，选自以下的一个或多个基因的表达水平升高，并且所述患者被确定为患动脉粥样硬化:MMP16、MMP19、MMP26、COLlAl、C0L1A2、C0L3A1、COLIOA1、COLlIAl、C0L25A1、C0L27A1、FGF 和 EGFR。
33.按权利要求1至32中任一项所述的方法，其中在转录水平上测定所述生物标志物的表达水平。
34.按权利要求1-33中任一项所述的方法，其中通过检测TIA相关基因的探针与所述生物样本中所述生物标志物的基因转录物的杂交来测定表达水平。
35.按权利要求34所述的方法，其中所述杂交步骤在核酸微阵列芯片上进行。
36.按权利要求34所述的方法，其中所述杂交步骤在微流体测定板中进行。
37.按权利要求1至33中任一项所述的方法，其中通过扩增所述生物标志物的基因转录物来测定表达水平。
38.按权利要求37所述的方法，其中所述扩增反应是聚合酶链式反应(PCR)。
39.按权利要求1至32中任一项所述的方法，其中在蛋白水平上测定所述生物标志物的表达水平。
40.按权利要求1至39中任一项所述的方法，其中测定至少15种生物标志物的表达水平。
41.按权利要求1至40中任一项所述的方法，其还包括获得生物样本的步骤。
42.按权利要求1至41中任一项所述的方法，其中所述生物样本是血液、血清或血浆。
43.按权利要求1至42中任一项所述的方法，其中所述对照是多种稳定表达的内源性参照生物标志物的表达水平。
44.按权利要求43所述的方法，其中所述一种或多种内源性参照生物标志物选自:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、PI4KB、CRTCl、HADHA、MAP1LC3B、KAT5、CDC2L1///CDC2L2、GTSEl、CDC2L1///CDC2L2、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2P1、DAXX,UBE2NL、EIFl、KCMFl、PRKRIPKCHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPl、C10orfl04、ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACCl、L0C100133445///L0C115110和 PEX16。
45.按权利要求1至44中任一项所述的方法，其中所述对照是健康个体中相同生物标志物的表达水平。
46.按权利要求1至45中任一项所述的方法，其中所述对照是能代表健康个体群体的阈值表达水平。
47.按权利要求1至46中任一项所述的方法，其还包括为患者提供TIA的合适的治疗或预防方案的步骤。
48.体支持物，其包含多种能够与表2中所示的多个基因杂交的核酸，多种能够与表5A中所示的多个基因杂交的核酸，多种能够与表5B中所示的多个基因杂交的核酸，多种能够与表5C中所示的多个基因杂交的核酸，多种能够与表中所示的多个基因杂交的核酸，多种能够与表7中所示的多个基因杂交的核酸，多种能够与表8中所示的多个基因杂交的核酸，以及多种能够与 表9中所示的多个基因杂交的核酸。
49.按权利要求48所述的固体支持物，其包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:⑶SBL2、GSTMl、FLJ30375、SCN2A、DKFZP434B061、EDAR、ATG9B、DIP2C、LTBR、SMURF2、FAM55D、IGFBP5 和 ZNF512B。
50.按权利要求48至49中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATLK RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLl、SHOX, TBX5、UNC5B、PGM5、HMP2、ELL2、CXADR 和 RNF141。
51.按权利要求48至50中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:RPL22、SNIP、SH3GL3、MCTP1、FAT3、SPTLC3、RBMS3、SNRPN 和 ΜΡ2。
52.按权利要求48至51中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:FGD4、F5、ABCA1、LOC100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、CLEC4E、PHTF1、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD、CPEB2、CKLF、BSTl 和 CKLF。
53.按权利要求48至52中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:ZNF608、FCH02、ST3GAL6、ABCAl、THBD、AMNl、QK1、KIAA0319、MCTPl、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB, LAMP2、VAPA, IFRD1、HNRNPH2、REM2 和 GABl。
54.按权利要求48至53中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、TIMM8A、CCDC144C///LOC100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5、SCD5、FCRL4、SHOX、CCRLl、LECT2、PTPRD、CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、RBMS3、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、SPTLC3、F0XA2、DLX6、ALD0AP2 和 FLJ35934。
55.按权利要求48至54中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:RPL22、L0C100129488、L0C283027、L0C344595、THSD4、FAT3 和 P704P。
56.按权利要求48至55中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATLK RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLl、SHOX, TBX5、UNC5B、PGM5、HMP2、ELL2、CXADR、RNF141、RPL22、SH3GL3、MCTP1、SNRPN、FGD4、F5、ABCA1、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF, PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD, CPEB2、CKLF, BSTl、ZNF608、FCH02、ST3GAL6、THBD、AMNl、QK1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB、LAMP2、VAPA,IFRDl、HNRNPH2、REM2、GABl、ASTN2、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、SCD5、FCRL4、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、P704P、GYPA, PRTG,GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、F0XA2、DLX6、ALD0AP2、FLJ35934、L0C100129488、L0C283027 和L0C344595。
57.按权利要求48至56中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:EBFl、GRM5、TSKS、ENPP2、AP3S2、LRRC37A3、C16orf68、L0C284751、IRF6、LHFP、BANKU ARHGEF5、ZNF254、TFDPU C0L13A1、GSTKU ADAMTSL4、P2RX5、LHFP、PIK3C2B、CHURCl、EXT2、HLA-DOA, OOEP、ZNF185、TMEM19、FCRLl、FLJ40125、ARHGEF12、CLEC18A、CD46、PTPN20A///PTPN20B 和 C19orf28。
58.按权利要求48至57中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:EBF1、FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、C0L13A1、LHFP,L0C284751、GRM5、L0C100144603、MTBP, SH0X2、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、GIPC2、RANBP10,CMBL, L0C100127980、CYTH3、PROCR, L0C146880、SLC6A19、ICAM4、C12orf42、ARHGEF12、PRSS35、NT5E、L0C100271832、LHFP, NT5E 和 AKR1C3。
59.按权利要求48至58中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:CMTMl、⑶L13A1、SDC4、C6orf 164、GPRl76、BRUN0L6、SN0RA68、MIF///SLC2A11、DUSP16, HIPK2、TTC7A、PPIE、GRLFU MAP3K7IP1、L0C100129034、PER3、SMClA 和LRRC43。
60.按权利要求48至59中任一项所述的固体支持物，其还包含多种能够与选自以下的多个基因杂交的核酸:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、PI4KB、CRTCU HADHA,MAP1LC3B、KAT5、CDC2L1///CDC2L2、GTSEl、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2P1、DAXX, UBE2NL、EIFl、KCMFl、PRKRIPU CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPU C10orfl04、ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACCU L0C100133445///L0C115110、PEX16。
61.按权利要求48至60中任一项所述的固体支持物，其中所述固体支持物是微阵列。
全文摘要
本发明提供了用于诊断和预测短暂性缺血发作(TIA)的风险和致因的方法和组合物。
文档编号G01N33/53GK103097552SQ201180043685
公开日2013年5月8日 申请日期2011年7月14日 优先权日2010年7月14日
发明者弗兰克·沙普, 展新华, 格兰·C·吉克灵, S·克莱波姆·约翰斯顿 申请人:加利福尼亚大学董事会