专利名称：按植物偏爱密码子的Rcr基因序列的制作方法
技术领域：
本发明涉及的是一种生物技术领域的基因序列，更具体地，涉及一种按植物偏爱密码子的Rcr基因序列。
背景技术：
牛蛙核糖核酸酶(Rana catesbeiana RNase，Rcr)分子量小、细胞毒性强，是临床恶性肿瘤治疗常用的细胞毒素。目前临床用Rcr主要通过组织提取法获得，因受组织来源和Rcr含量的限制，使Rcr在临床应用受限(Liao，etal.Protein Expr Purif.1996，7(2)194-202)。随着分子生物学和基因工程技术的发展和应用，利用基因工程技术生产Rcr已成为可能，为Rcr生产和缓解或解决临床供不应求问题提供了一种新思路。
经对现有技术文献的检索发现，虽然付勇等(肿瘤研究与临床，2004，16(4)217-220)利用原核系统(大肠杆菌)成功地表达了Rcr，不过包括细菌在内的原核表达系统与某些真核表达系统如酵母、动物细胞和转基因动物与高等植物表达系统相比，在安全、生产成本和规模化生产方而存在明显缺陷(Fischer，et al.Transgenic Research，2000，9279-299)，而目前尚未见有按植物偏爱密码子设计合成Rcr基因，在植物中成功生产Rcr的相关报道。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术中的不足，本发明提供一种按植物偏爱密码子的Rcr基因序列。本发明中公开一种按植物偏爱密码子原则设计和人工合成Rcr基因序列和上述基因编码蛋白质分子的序列。
本发明是通过以下技术方案实现的，本发明按植物偏爱密码子合成的DNA分子，该分子包括编码具有牛蛙Rcr蛋白质活性的多肽的核苷酸序列，该核苷酸序列与SEQ ID NO.1中从核苷酸第51-449位的核苷酸序列有至少70％的同源性，该序列编码具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的多肽。
所述的核苷酸序列在60℃-65℃条件下，用洗膜液(1*SSC，0.1％SDS)(详见公开文献金冬雁，等译著.《分子克隆实验指南》，第2版，北京，科学出版社，2002)洗涤杂交膜，与SEQ ID NO.1中从核苷酸第51-449位的核苷酸序列杂交。
所述的序列具有SEQ ID NO.1中从核苷酸第51-449位的核苷酸序列。
所述的Rcr蛋白质多肽，其在植物中表达，包括具有SEQ ID NO.2氨基酸序列的多肽，或其保守性变异多肽，或其活性片段，或其活性衍生物。
本发明提供了一种载体，包含上述的DNA分子。用该载体转化的宿主细胞是真核细胞。在实例中该宿主细胞是番茄和烟草细胞。
在本发明中，“按植物偏爱密码子”、“人工合成”DNA是指，该DNA或片段是依据在植物中编码氨基酸密码子使用的偏好通过人工设计和化学合成实现的，并于连入相应的克隆载体(本发明为pUC18质粒)。
在本发明中，术语“牛蛙核糖核酸酶(或多肽)编码序列”指编码具有牛蛙核糖核酸酶活性的多肽的核苷酸序列，如SEQ ID NO.1中第51-449位核苷酸序列及其简并序列。该简并序列是指，位于SEQ ID NO.1序列的编码框第51-449位核苷酸中，有一个或多个密码子被编码相同氨基酸的简并密码子所取代后而产生的序列。由于密码子的简并性，所以与SEQ ID NO.1中第51-449位核苷酸序列同源性低至约70％的简并序列也能编码出SEQ ID NO.2所述的序列。该术语还包括能在中度严紧条件下，更佳的在高度严紧条件下与SEQ ID NO.1中从核苷酸第51-449位的核苷酸序列杂交的核苷酸序列。该术语还包括与SEQ ID NO.1中从核苷酸第51-449位的核苷酸序列的同源性至少70％，较佳地至少80％，更佳地至少90％，最佳地至少95％的核苷酸序列。
该术语还包括能编码具有与天然的牛蛙核糖核酸酶相同功能的蛋白的SEQID NO.1中开放阅读框序列的变异形式。这些变异形式包括(但并不限于)若干个(通常为1-90个，较佳地1-60个，更佳地1-20个，最佳地1-10个)核苷酸的缺失、插入和/或取代，以及在5’和/或3’端添加数个(通常为60个以内，较佳地为30个以内，更佳地为10个以内，最佳地为5个以内)核苷酸。
在本发明中，术语“牛蛙核糖核酸酶蛋白序列或多肽”指具有牛蛙核糖核酸酶蛋白活性的SEQ ID NO.2序列的多肽。该术语还包括具有与天然牛蛙核糖核酸酶相同功能的SEQ ID NO.2序列的变异形式。这些变异形式包括(但并不限于)若干个(通常为1-50个，较佳地1-30个，更佳地1-20个，最佳地1-10个)氨基酸的缺失、插入和/或取代，以及在C末端和/或N末端添加一个或数个(通常为20个以内，较佳地为10个以内，更佳地为5个以内)氨基酸。例如，在本领域中，用性能相近或相似的氨基酸进行取代时，通常不会改变蛋白质的功能。又比如，在C末端和/或N末端添加一个或数个氨基酸通常也不会改变蛋白质的功能。该术语还包括牛蛙核糖核酸酶蛋白的活性片段和活性衍生物。
本发明的牛蛙核糖核酸酶的变异形式包括同源序列、保守性变异体、等位变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严紧条件下能与牛蛙核糖核酸酶DNA杂交的DNA所编码的蛋白、以及利用抗牛蛙核糖核酸酶的抗体或抗血清获得的多肽或蛋白。
在本发明中，“牛蛙核糖核酸酶保守性变异多肽”指与SEQ ID NO.2的氨基酸序列相比，有至多10个，较佳地至多8个，更佳地至多5个氨基酸被性质相似或相近的氨基酸所替换而形成多肽。这些保守性变异多肽最好根据表1进行替换而产生。
表1 牛蛙核糖核酸酶(Rcr)保守性变异多肽氨基酸替换表
发明还包括人工合成的Rcr蛋白或多肽的类似物。这些类似物与Rcr的差别可以是氨基酸序列上的差异，也可以是不影响序列的修饰形式上的差异，或者兼而有之。这些多肽包括天然或诱导的遗传变异体。诱导变异体可以通过各种技术得到，如通过辐射或暴露于诱变剂而产生随机诱变，还可通过定点诱变法或其他已知分子生物学技术。类似物还包括具有不同于天然L-氨基酸的残基(如D-氨基酸)的类似物，以及具有非天然存在的或合成的氨基酸(如β、γ-氨基酸)的类似物。应理解，本发明的多肽并不限于上述列举的代表性多肽。
修饰(通常不改变一级结构)形式包括体内或体外的多肽的化学衍生形式如乙酰化或羧基化。修饰还包括糖基化，如那些在多肽的合成和加工中或进一步加工步骤中进行糖基化修饰而产生的多肽。这种修饰可以通过将多肽暴露于进行糖基化的酶(如哺乳动物的糖基化酶或去糖基化酶)而完成。修饰形式还包括具有磷酸化氨基酸残基(如磷酸酪氨酸，磷酸丝氨酸，磷酸苏氨酸)的序列。还包括被修饰从而提高了其抗蛋白水解性能或优化了溶解性能的多肽。
在本发明中，可选用本领域已知的各种载体，如市售的载体，包括质粒、粘粒和入噬菌体等。在植物中表达或生产本发明的Rcr时，可以将Rcr编码序列可操作地连于表达调控序列，从而形成含Rcr表达载体。
如本发明所使用“可操作地连于”术语是指这样一种状况，即线性DNA序列的某些部分能够影响同一线性DNA序列其他部分的活性。例如，如果信号肽DNA作为前体表达并参与多肽的分泌，那么信号肽(分泌前导序列)DNA就是可操作地连于多肽DNA；如果启动子控制序列的转录，那么它是可操作地连于编码序列；如果核糖体结合位点被置于能使其翻译的位置时，那么它是可操作地连于编码序列。一般，“可操作地连于”意味着相邻，而对于分泌前导序列则意味着在阅读框中相邻。
在本发明中，术语“宿主细胞”为真核细胞。常用的真核宿主细胞包括酵母细胞、番茄细胞、烟草细胞等植物细胞。
还可用Nothern印迹法技术分析Rcr基因转录情况，即分析Rcr的转录物RNA在细胞中的存在与否和数量。
Rcr RNA的Northern印迹分析和特异抗体的Rcr的Western印迹分析联合使用，可以证实在生物样本中Rcr的表达。
此外，本发明还提供了一种可用作探针的核酸分子，该分子通常具有编码牛蛙核糖核酸酶的核苷酸编码序列的8-100个连续核苷酸，较佳地具有15-50个连续核苷酸。该探针可用于检测样品中是否存在编码牛蛙核糖核酸酶的核酸分子。
本发明还提供了检测样品中是否存在编码牛蛙核糖核酸酶(Rcr)核苷酸序列的方法，它包括用上述的探针与样品进行杂交，然后检测探针是否发生了结合。较佳地，该样品是PCR扩增后的产物，其中PCR扩增引物对应于Rcr核苷酸编码序列，并可位于该编码序列的两侧或中间，引物长度一般为15-50个核苷酸。
本发明的Rcr核苷酸编码序列或片段通常可以用人工合成、PCR或重组方法获得。特别是人工合成方法，可根据本发明所公开的相关核苷酸序列用本领域研究常用的核酸合成仪来实现。对于PCR方法可根据本发明所公开的有关核苷酸序列，尤其是开放阅读框序列来设计引物，用含有本发明所公开核酸序列的载体或生物体基因组DNA或mRNA为模板扩增而获得相关序列。
一旦获得了有关的序列，就可以用重组法来大批量地获得有关序列。通常是将其克隆入载体，再转入细胞，然后通过常规方法从增殖后的宿主细胞中分离得到有关序列。
此外，还可通过化学合成将突变引入本发明蛋白序列中。
除了用重组法产生之外，本发明蛋白的片段还可用固相技术，通过直接合成肽而加以生产(Stewart等人，(1969)Solid-Phase Peptide Synthesis，WHFreeman Co.，San Francisco；Merrifield J.(1963)J.Am Chem.Soc 852149-2154)。在体外合成蛋白质可以用手工或自动进行。例如，可以用AppliedBiosystems的431A型肽合成仪(Foster City，CA)来自动合成肽。可以分别化学合成本发明蛋白的各片段，然后用化学方法加以连接以产生全长的分子。
本发明可以实现在转基因植物中高效表达Rcr蛋白，该蛋白或多肽对治疗肿瘤的复发和转移具有重要作用及应用价值。
具体实施例方式
下面结合具体试验数据和实施例进一步阐述本发明。应理解，这些实例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等分子克隆实验室手册(New YorkCold Spring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1Rcr基因合成与序列信息和同源性分析1.Rcr基因合成(gene synthesis)Rcr基因由本实验室根据植物偏爱密码子原则设计并委托上海生工合成之后连入pUC18载体，即pUC18-Rcr；2.Rcr基因序列信息本发明的按植物偏爱密码子设计合成的Rcr基因全长为463bp(含保护碱基和酶切位点序列组成的接头)，详细序列见SEQ ID NO.1，其中开放读框位于51-449位核苷酸。据此所推导出的全长Rcr的氨基酸序列共133个氨基酸残基，分子量Mw＝14762.2，等电点pI＝9.23。详细序列见SEQ ID NO.2。
3.Rcr基因同源性分析将按植物偏爱密码子设计合成的Rcr全长序列及其编码蛋白质用BLAST程序在Non-redundant GenBank+EMBL+DDBJ+PDB和Non-redundant GenBankCDS translations+PDB+SwissProt+Superdate+PIR数据库中进行核苷酸和蛋白质同源性检索，结果发现Rcr基因与牛蛙RNase A(GenBank AccessionNo.AF351209)核苷酸序列的同源性为79％(见表2)，氨基酸序列同源性为96％(见表3)；
本发明按植物偏爱密码子设计人工合成的Rcr核苷酸序列与牛蛙RNase A核苷酸序列(GenBank Accession No.AF351209)同源比较(GAP)，相同的核苷酸在两个序列之间用竖线符标出，如表279％ identity in 142 nt overlapQuery 168 AACTGCAACACTATTATGGATAACAACATTTACATTGTTGGAGGACAATGCAAGAGAGTT 227||||| ||||| || ||||| ||||| || || || || ||||| ||||||||| ||||Sbjct 118 AACTGTAACACCATCATGGACAACAATATATATATCGTGGGAGGTCAATGCAAGGGAGTG 177Query 228 AACACTTTCATTATTTCTTCTGCTACTACTGTTAAGGCTATTTGCACTGGAGTTATTAAC 287||||||||||| ||||||||||| || || || ||||| || || || || || || ||Sbjct 178 AACACTTTCATAATTTCTTCTGCAACCACCGTGAAGGCCATCTGTACCGGGGTGATAAAT 237Query 288 ATGAACGTTCTTTCTACTACTAGATTCCAACTTAACACTTGCACTAGAACTTCTATTAC 346||||| || | ||| || |||||||| || |||||||||||| | |||||||||||Sbjct 238 ATGAATGTATTAAGTACCACAAGATTCCAGCTCAACACTTGCACTCGTACTTCTATTAC 296Query按植物偏爱密码子设计人工合成的Rcr核苷酸序列Sbjct牛蛙RNase A核苷酸序列表2按植物偏爱密码子设计人工合成的Rcr核苷酸序列与牛蛙RNase A核苷酸序列同源比较(GAP)。
本发明的按植物偏爱密码子设计的Rcr氨基酸序列与牛蛙RNase A的氨基酸序列(GenPept Accession No.AAK3025.1)同源比较(FASTA)，其中，相同的氨基酸在两个序列之间用氨基酸单字符标出，如表396％ identity in 128 aa overlapQuery 1MCAKXXXXXXXXXXXXXXXXXXQNWATFQQKHXXXXXXXXXXXXMDNNIYIVGGQCKRVN 60MCAKSLLLVFGILLGLSHLSLSQNWATFQQKHI NT INCNTIMDNNIYIVGGQCK VNSbjct 1MCAKSLLLVFGILLGLSHLSLSQNWATFQQKHITNTSSINCNTIMDNNIYIVGGQCKGVN 60Query 61 TFIISSATTVKAICTGVINMNVLSTTRFQLNTCTRTSITPRPCPYSSRTETNYICVKCEN 120TFIISSATTVKAICTGVINMNVLSTTRFQLNTCTRTSITPRPCPYSSRTE NYICVKCENSbjct 61 TFIISSATTVKAICTGVINMNVLSTTRFQLNTCTRTSITPRPCPYSSRTENNYICVKCEN 120Query 121 QYPVHFAGIGRCP 133QYPVHFAGIGRCPSbjct 121 QYPVHFAGIGRCP 133Query按植物偏爱密码子设计的Rcr氨基酸序列Sbjct牛蛙RNase A的氨基酸序列表3按植物偏爱密码子设计的Rcr与牛蛙RNase A的氨基酸序列同源比较(FASTA)。
本实施例通过Rcr基因的核苷酸序列和所编码氨基酸序列与牛蛙RNase A基因核苷酸序列(GenBank Accession No.AF351209)和氨基酸序列(GenPeptAccession No.AAK3025.1)从表2和表3可见，本实施例的按植物偏爱密码子设计人工合成的Rcr基因与牛蛙RNase A基因无论是在核酸还是蛋白水平上都存在较高的同源性。
牛蛙RNase A被广泛用于恶性肿瘤治疗细胞毒素，在早期肿瘤的复发和转移治疗具有重要作用及应用价值，可以认为Rcr在恶性肿瘤治疗方面具有相似的功能。
实施例2Rcr基因表达载体构建1.酶切(restriction enzyme cutting)对含有Rcr基因pUC18克隆载体(pUC18-Rcr)用Bam H I和Sac I双酶切，获得带有Bam H I及Sac I粘性末端(与表达载体相同)的Rcr基因的DNA片段(基因中可设计有BamH I及Sac I位点)；2.连接(ligation)将切下的基因Rcr连入已经用Bam H I及Sac I切好的质粒pBI121或用pBI121改造过的pCAMBIA2300植物表达载体大片段中，用蓝白筛选或PCR方法检测转化的大肠杆菌，从而获得阳性克隆。
3.基因PCR检测根据所述基因的核苷酸序列，设计引物Rcr F5’-atg tgc gct aag tctctt ctt c-3’(正向引物)，Rcr R5’-tgg gca tct tcc aat tcc agc-3’(反向引物)为，以含有Rcr基因的载体或宿主菌为模板进行PCR扩增，PCR条件为94℃5分钟，随之以94℃40秒、56℃40秒和72℃1分钟进行35个循环，最后以72℃延伸8分钟。电泳检测PCR扩增产物，获得扩增片段长度为399bp。
本实施例通过酶切、连接和PCR检测获得了植物双元表达载体，并证实该载体是所希望的含有目的基因Rcr的植物双元表达载体。
实施例3Rcr基因在烟草和番茄中进行真核细胞表达1.含Rcr基因表达载体工程菌的制备将实施例2所获得的含有Rcr基因的植物表达载体，通过酶切鉴定或测序，在确保表达载体中的目的基因(Rcr基因)阅读框架正确的前提下，再将所构建的表达载体通过冻融法转化农杆菌(如EHA105)中获得植物遗传转化的工程菌，利用农杆菌介导法转化番茄和烟草。
2.农杆菌介导法转化番茄①将番茄(Lycopersicon esculentum.var.cerasiforme cv.Yellow fruitNo.22)(22#黄樱桃番茄)种子用75％乙醇和20％次氯酸钠灭菌后播于1/2MS培养基上，待6~8天子叶展开后，将子叶或下胚轴剪成小片(小段)用于转化；②农杆菌过夜培养，待菌摇至OD600＝0.8~1.0，室温下6，000g离心5~8min；③弃上清，菌体用1/2MS液体培养基重悬，然后加入准备好的外植体(子叶或下胚轴)浸泡8~10分钟；④取出染菌后的外植体，用无菌吸水纸吸去多余菌液；然后将外植体放在共培养的MS1培养基(MS+ZT 1.0mg/L+IAA 1.0mg/L)上，共培养36小时；⑤共培养后将外植体转移到含Kan的分化筛选培养基(MS+ZT 1.0mg/L+IAA1.0mg/L+Kan 50mg/L+cb 250mg/L)上，在25-28℃光照下培养，3~4周可见形成抗性愈伤组织或再生芽；⑥待再生芽长至约3-4厘米时将再生芽切下移植到生根培养基(1/2MS+NAA 0.5mg/L+Kan 25mg/L+Cb 250mg/L)上进行生根培养，7~10天左右生根；⑦根系发达后，将植株取出，用无菌水洗净根系上所附着的固体培养基，在珍珠岩中驯化并用1％的MS补充营养和水分，一周后移入土中。
3.农杆菌介导法转化烟草①取含表达载体的农杆菌500μL接种于100mL LB+Rif(40mg/L)+Str(25mg/L)+Kan(75mg/L)液体培养基中，28℃过夜摇菌，使其OD600≈0.8-1.0，8000rpm下离心收集菌体并用等体积的MS重悬备用；
②用灭菌剪刀将健壮烟草(Nicotiana tabacum L.cv.BaiRihong)(百日红)苗的幼嫩叶片剪成0.6×0.6cm2见方叶盘(去主脉)，为防止叶盘脱水置其于MS1(MS+6-BA 1.0mg/L+NAA 0.1mg/L)培养基上；③取约120~150片叶盘在放入用MS重悬农杆菌中，在60-80rpm摇床上室温摇动10min，使农杆菌被叶盘充分吸附；④吸附完成后用灭菌吸水纸吸去多余菌液；⑤将吸干的叶盘小心置于加盖一层滤纸的共培养的MS1培养基上(叶盘间不要叠加在一起)，用parafilm封好培养皿，于暗黑处25℃共培养48小时；将共培养后的叶盘直接转入分化培养基MS2(MS+6-BA 1.0mg/L+NAA 0.1mg/L+Kan45mg/L+Cb400mg/L)上，尽可能使叶盘边缘与培养基接触，每2周转接1次，其间培养条件为25℃，光周期14小时/10小时(光/暗)；⑥待叶盘边缘的再生芽长至3-4厘米(约30天)，切下置于生根培养基1/2MS中生根；⑦待生根后用水冲去根部粘附的培养基，然后栽入盛有预先用自来水清洗过的珍珠岩的营养钵中，驯化7-10天后移入带有营养土的花盆中，细心养护，用于以后的研究。
4.Rcr基因在转基因番茄或烟草基因组中拷贝数分析采用常规方法从番茄或烟草叶片(果实)中提取DNA(参考《分子克隆》，Sambrook等，1989)，分别用HindIII、Xba I、Bam H I和EcoR I酶切DNA[30μg(微克)/样品]后，将酶切后的DNA转至杂交膜(尼龙膜)上后。使用AmershamPharmacia公司Gene ImagesTMContents CDP-StarTMlabelling module(PRN3540)，我们将Rcr基因编码区标记为探针，然后进行杂交(于60℃杂交16小时)。取出膜，置于洗膜液I(1*SSC，0.1％SDS)中，于60℃漂洗3次，每次15分钟。转入洗膜液II(0.1*SSC，0.I％SDS)中于60℃漂洗3次，每次同样15分钟。用X光片压片60-90分钟，然后显影、定影(方法参照Roche DIGlabeled试剂盒说明书)。依据(Southern blot)的杂交膜上出现的杂交条带，确定Rcr基因在转基因番茄或烟草基因组中的拷贝数。
5.Rcr在转基因番茄和烟草植株中转录水平表达(Northern blot)1)RNA的提取取转基因烟草和番茄(以非转基因烟草“百日红”和“22#黄樱桃番茄”作阴性对照)嫩叶，用TRIzol试剂盒(GIBCO BRL，USA)提取并参考《分子克隆》有关RNA的制备章节(Sambrook等，1989)。
2)RNA的定量参考《分子克隆》(Sambrook等，1989)，分光光度计测OD260；RNA含量计算1 OD260＝40μg/ml。
3)总RNA琼脂糖凝胶电泳分离①取6ml 25*(倍)电泳缓冲液，加入117ml无菌水，混匀。②称取1.5g琼脂糖，加入到上述溶液中，于微波炉里加热融化，转入55℃水浴中。③于通风橱中取26.8ml甲醛，加入到55℃的凝胶溶液中，混匀。④迅速倒入制胶板中，室温水平放置30分钟，待胶凝固。⑤将提取的RNA(20μg)溶解于RNA变性溶液中，在65℃下加热10分钟，然后立即放在冰上。⑥在样品中加入2ul 10*上样缓冲液，混匀。⑦在电泳液未盖过胶的条件下点样，5V/cm电压电泳5小时左右。
4)RNA尼龙膜上转移①转移之前，将尼龙膜用10*SSC浸泡。②将湿润的膜准确地盖在膜上，将两张与膜大小相同的滤纸置2*SSC溶液中湿润，盖在膜上，排除气泡。③滤纸上放一叠与膜大小相同的吸水纸，在吸水纸上放一玻璃板和一重物，水平放置，转移12-20小时。④转移后，将膜于80℃烘烤2小时。
5)膜上杂交信号的检出①将膜浸在5×Dendart’s，0.1％SDS，0.1mg/mL鲑鱼精DNA]，65℃下预杂交2小时。②将用Gene ImagesTMContents CDP-StarTMlabelling module标记的探针在沸水中变性5分钟，直接加入①的杂交液中，于65℃杂交16-24小时。③取出膜，置于洗膜液I(1*SSC，0.1％SDS)中，于65℃漂洗3次，每次15分钟。转入洗膜液II(0.1*SSC，0.1％SDS)中于65℃漂洗3次，每次15分钟。④用X光片压片60-90分钟，然后显影、定影(方法参照Roche DIG labeled试剂盒说明书)。Northern杂交表明；未转化烟草和番茄(阴性对照)未检测到杂交信号，转化Rcr基因的烟草和番茄的杂交信号在株间存在一定差异，说明Rcr基因在转基因烟草和番茄株间在转录水平存在差异。
6.Rcr在转基因番茄和烟草植株中翻译水平表达(western blot)1)蛋白提取(在冰上进行)①取50mg叶片，加入100uL 1×PBS(KH2PO40.2gL，Na2HPO41.15g/L，KCl0.2g/L，NaCl 8g/L)于1.5mL离心管中研磨；②13000rpm 4℃离心10分钟；③取上清，备用。
2)蛋白定量参考Bradford法(Bradford，1976)，取2uL蛋白样品加1mL；Bradford试剂混匀后，分光光度计测OD595。
3)SDS-PAGE分离蛋白SDS-PAGE的制备参考《分子克隆》(Sambrook等，1989)。
①加样前样品中加入少量的含50mM/L DTT加样缓冲液(2×加样缓冲液甘油2.4g，1M Tris-HCl pH6.81mL；溴酚兰0.01％，H2O定容至20mL)，煮沸10分钟；②室温100V电压下进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，直到指示剂(溴酚兰)前沿达到凝胶底部。
4)蛋白质向硝酸纤维膜上转移①转移之前，用转移缓冲液(39mmol甘氨酸，48mM Tris Base，0.037％SDS，20％甲醇)平衡凝胶和硝酸纤维膜30分钟；②室温下用半干式电转仪转移1h，凝胶两侧各垫3层Whatman滤纸；5)硝酸纤维膜蛋白检测①将硝酸纤维膜浸在封闭液中，37℃缓慢摇动、封闭60分钟(封闭液取5g脱脂奶粉溶于100mL 1×PBS(含0.5g叠氮钠))；②再将滤膜浸泡在洗涤缓冲液中，37℃洗涤两次，每次15分钟；③加入第一抗体(抗Rcr的抗体)，37℃温育30分钟；同步骤②，洗涤三次；④加入第二抗体(亲和素-碱性磷酸酶复合物)，37℃温育30分钟；同步骤②，洗涤两次；⑤加入底物显色观察蛋白条带。
本实施例通过步骤1、2和3的实施获得了含Rcr工程菌和转Rcr基因的番茄和烟草植株。Southern blot分析显示，在转Rcr的番茄和烟草基因组中外源基因Rcr拷贝数为1-6个，而阴性对照却未检测到信号，说明外源基因Rcr已成功地整合到转基因番茄和烟草基因组中。Northern blot和Western blot分析表明，外源基因Rcr在转基因番茄和烟草中已成功表达(在转录和翻译水平)，而非转基因番茄和烟草植株中却未检测到Rcr的表达，说明Rcr已成功在转基因植物中表达。在植物中高效表达Rcr蛋白，不仅可能提高该蛋白或多肽的安全性和生产成本，用于早期肿瘤的复发和转移治疗具有较好的疗效，在癌症(cancer)治疗方面具有重要应用价值。
<110>上海交通大学<120>按植物偏爱密码子的Rcr基因序列<160>2<170>Patent In version 3.3<210>1<211>463<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>CDS<222>(51)...(449)<223>按植物偏爱密码子原则设计合成，编码Rcr蛋白<400>1ggggatccgg taccatgcat catcatcatc atcatgatga tgatgataag atgtgcgcta 60agtctcttct tcttgttttc ggaattcttc ttggactttc tcatctttct ctttctcaaa 120actgggctac tttccaacaa aagcatatta ttaacactcc aattattaac tgcaacacta 180ttatggataa caacatttac attgttggag gacaatgcaa gagagttaac actttcatta 240tttcttctgc tactactgtt aaggctattt gcactggagt tattaacatg aacgttcttt 300ctactactag attccaactt aacacttgca ctagaacttc tattactcca agaccatgcc 360catactcttc tagaactgag actaactaca tttgcgttaa gtgcgagaac caatacccag 420ttcatttcgc tggaattgga agatgcccat aataggagct cgg 463<210>2<211>133<212>PRT<213>人工序列<400>2MCAKSLLLVF GILLGLSHLS LSQNWATFQQ KHIINTPIIN CNTIMDNNIY IVGGQCKRVN 60TFIISSATTV KAICTGVINM NVLSTTRFQL NTCTRTSITP RPCPYSSRTE TNYICVKCEN 120QYPVHFAGIG RCP 13权利要求
1.一种按植物偏爱密码子的Rcr基因序列，其特征在于，按植物偏爱密码子合成的DNA分子，该分子包括编码具有牛蛙Rcr蛋白质活性的多肽的核苷酸序列，该核苷酸序列与SEQ ID NO.1中从核苷酸第51-449位的核苷酸序列有至少70％的同源性，该序列编码具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列的多肽。
2.根据权利要求1所述的按植物偏爱密码子的Rcr基因序列，其特征是，所述的核苷酸序列在60℃-65℃条件下，用洗膜液(1*SSC，0.1％SDS)洗涤杂交膜，与SEQ ID NO.1中从核苷酸第51-449位的核苷酸序列杂交。
3.根据权利要求1所述的按植物偏爱密码子的Rcr基因序列，其特征是，所述的Rcr蛋白质活性的多肽，其在植物中表达，包括具有SEQ ID NO.2氨基酸序列的多肽，或其保守性变异多肽，或其活性片段，或其活性衍生物。
全文摘要
一种按植物偏爱密码子的Rcr基因序列，合成的DNA分子，该分子包括编码具有牛蛙Rcr蛋白质活性的多肽的核苷酸序列，该核苷酸序列与SEQ ID NO.1中从核苷酸第51－449位的核苷酸序列有至少70％的同源性，该序列编码具有SEQID NO.2所示的氨基酸序列的多肽。该多肽产品可以用于早期肿瘤的复发和转移治疗，在癌症(cancer)治疗方面具有重要应用价值。
文档编号C12N9/22GK1807643SQ20061002323
公开日2006年7月26日 申请日期2006年1月12日 优先权日2006年1月12日
发明者赵凌侠, 崔丽洁, 唐克轩, 开国银, 钱虹妹, 陈玉辉, 张慧 申请人:上海交通大学