在酸热脂环酸杆菌中的转录控制和相关基因、蛋白以及方法

专利名称：在酸热脂环酸杆菌中的转录控制和相关基因、蛋白以及方法
技术领域：
本发明总体上涉及生物技术。更具体地说，本发明涉及来自酸热脂环酸杆菌 (Alicyclobacillus acidocaldarius)的分离的和/或纯化的多肽和编码多肽的核酸序列 以及它们的使用方法。背景细菌DNA编码了对基因转录为mRNA进行调节的信息，所述mRNA编码用于细胞的 生长控制和能量、碳和其他化合物加工的蛋白或酶。大多数的这些转录调节物/阻遏物发 挥功能来开启和关闭基因以使细胞能量的消耗最小化作为对其生长环境(即，生长基质、 金属、温度等等的存在)的反应。发明公开内容本发明的实施方案涉及酸热脂环酸杆菌基因组的纯化的和/或分离的核苷酸序 列、或者其同源物或片段。在本发明的一个实施方案中，所述核苷酸序列选自SEQ ID No. 2、 19、36、53、70、87、104、121、138、155、172、189、206、223、240、257、274、291、308、325、342、 359、376、393、410、427、444、461、478、495、512、529、546、563、580、597，614、631、648、665、 682、699、716、733、750、767、784、801、818、835、852、869、886、903、920、937、954、971、988、 1005、1022、1039、1056、1073、1090、1107、1124、1141、1158、1175、1192、1294、1311、1328、 1345、1362、1379、1396、1413、1430、1447、1464、1481、1498、1515、1532、1549、1566、1583、 1600、1617、1634、1651、1668、1685、1702、1719、1736、1753、1770、1787、1804、1821、1838、 1855、1872、1889、1906、1923、1940、1957、1974、1991、2008、2025、2042、2059、2076、2093、 2110、2127、2144、2161、2178、2195、2212、2229、2246、2263、2280、2297、2314、2331、2348、 2365、2382、2399、2416、2518、2535、2552、2569、2603、2620、2637、2654、2671、2688、2705、 2722、2739、2756、2773、2790、2807、2824、2841、2857、2858、2860、2877、2894、2911 和 2928 或者其同源物或片段中的至少一个。在本发明的另一个实施方案中，所述同源物选自由以 下组成的组对 SEQ ID No. 2、19、36、53、70、87、104、121、138、155、172、189、206、223、240、 257、274、291、308、325、342、359、376、393、410、427、444、461、478、495、512、529、546、563、 580、597，614、631、648、665、682、699、716、733、750、767、784、801、818、835、852、869、886、 903、920、937、954、971、988、1005、1022、1039、1056、1073、1090、1107、1124、1141、1158、
81175、1192、1294、1311、1328、1345、1362、1379、1396、1413、1430、1447、1464、1481、1498、 1515、1532、1549、1566、1583、1600、1617、1634、1651、1668、1685、1702、1719、1736、1753、 1770、1787、1804、1821、1838、1855、1872、1889、1906、1923、1940、1957、1974、1991、2008、 2025、2042、2059、2076、2093、2110、2127、2144、2161、2178、2195、2212、2229、2246、2263、 2280、2297、2314、2331、2348、2365、2382、2399、2416、2518、2535、2552、2569、2603、2620、 2637、2654、2671、2688、2705、2722、2739、2756、2773、2790、2807、2824、2841、2857、2858、 2860,2877,2894,2911和四观中的至少一个具有至少80%的序列同一性的核苷酸序列。本发明的实施方案可以进一步涉及一种分离的和/或纯化的核酸序列，所述核酸 序列包括编码一种多肽的核酸序列，所述多肽选自由以下组成的组对SEQ ID No. 1、18、 35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、307、324、341、358、 375、392、409、426、443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、630、647、664、681、 698、715、732、749、766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、953、970、987、1004、
1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、 1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、 1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、 1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、 2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、 2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、 2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、2859、2876、2893、2910 和 2927 中的至少一个具有 至少90 %的序列同一性的多肽。本发明的实施方案还涉及由包括酸热脂环酸杆菌基因组的核苷酸序列或者其同 源物或片段的核苷酸序列所编码的分离的和/或纯化的多肽。在一个实施方案中，所述核 苷酸序列包括选自由以下组成的组的核苷酸序列对SEQ ID No. 2、19、36、53、70、87、104、 121、138、155、172、189、206、223、240、257、274、291、308、325、342、359、376、393、410、427、 444、461、478、495、512、529、546、563、580、597，614、631、648、665、682、699、716、733、750、 767、784、801、818、835、852、869、886、903、920、937、954、971、988、1005、1022、1039、1056、 1073、1090、1107、1124、1141、1158、1175、1192、1294、1311、1328、1345、1362、1379、1396、 1413、1430、1447、1464、1481、1498、1515、1532、1549、1566、1583、1600、1617、1634、1651、 1668、1685、1702、1719、1736、1753、1770、1787、1804、1821、1838、1855、1872、1889、1906、 1923、1940、1957、1974、1991、2008、2025、2042、2059、2076、2093、2110、2127、2144、2161、 2178、2195、2212、2229、2246、2263、2280、2297、2314、2331、2348、2365、2382、2399、2416、 2518、2535、2552、2569、2603、2620、2637、2654、2671、2688、2705、2722、2739、2756、2773、 2790、2807、2824、2841、2860、2877、2894、2911 和 2928 中的至少一个具有至少 80% 的序列 同一性的核苷酸序列。在本发明的另一个实施方案中，所述核苷酸序列包含选自SEQ ID No. 2,19,36, 53、70、87、104、121、138、155、172、189、206、223、240、257、274、291、308、325、342、359、376、 393、410、427、444、461、478、495、512、529、546、563、580、597，614、631、648、665、682、699、 716、733、750、767、784、801、818、835、852、869、886、903、920、937、954、971、988、1005、
1022、1039、1056、1073、1090、1107、1124、1141、1158、1175、1192、1294、1311、1328、1345、1362、1379、1396、1413、1430、1447、1464、1481、1498、1515、1532、1549、1566、1583、1600、 1617、1634、1651、1668、1685、1702、1719、1736、1753、1770、1787、1804、1821、1838、1855、 1872、1889、1906、1923、1940、1957、1974、1991、2008、2025、2042、2059、2076、2093、2110、 2127、2144、2161、2178、2195、2212、2229、2246、2263、2280、2297、2314、2331、2348、2365、 2382、2399、2416、2518、2535、2552、2569、2603、2620、2637、2654、2671、2688、2705、2722、 2739、2756、2773、2790、2807、2824、2841、2860、2877、2894、2911 和 2928 或者其同源物或 片段中的至少一个的核苷酸序列。在又一实施方案中，所述多肽包含SEQ ID No. 1、18、 35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、307、324、341、358、 375、392、409、426、443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、630、647、664、681、 698、715、732、749、766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、953、970、987、1004、 1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、 1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、 1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、 1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、 2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、 2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、 2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、2859、2876、2893、2910 和 2927 的氨基酸序列。还 在一实施方案中，所述多肽包含选自由以下组成的组的氨基酸序列对SEQ ID No. 1、18、 35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、307、324、341、358、 375、392、409、426、443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、630、647、664、681、 698、715、732、749、766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、953、970、987、1004、 1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、 1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、 1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、 1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、 2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、 2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、 2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、2859、2876、2893、2910 和 2927 中的至少一个具有 至少90 %的序列同一性的多肽。在本发明的实施方案中，所述多肽可以是嗜酸的和/或嗜热的。在其他的实施方 案中，所述多肽可以是糖基化的、聚乙二醇化的、或以其他方式翻译后修饰的。方法的实施方案包括将一种重组的、纯化的和/或分离的多肽放在体外转录系统 中或者代替体外转录系统的组分，所述体外转录系统通过非限制性实例的方式例如聚合酶 链式反应系统或者网织红细胞裂解物转录/翻译系统，所述多肽选自由对SEQ ID No. 1、18、 35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、307、324、341、358、 375、392、409、426、443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、630、647、664、681、 698、715、732、749、766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、953、970、987、1004、 1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、 1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、 1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、 2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、 2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、 2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、2859、2876、2893、2910 和 2927 具有至少 90% 的序 列同一性的多肽所组成的组。方法的另外的实施方案包括将产生或编码一种重组的、纯化的、和/或分离的核 苷酸序列的细胞和/或一种重组的、纯化的和/或分离的多肽放在包括等于或高于大约 25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、和 / 或 95 摄氏度的温度和 / 或等于、低 于和/或高于8、7、6、5、4、3、2、1、和/或0的pH的环境中，所述核苷酸序列包括选自由以 下组成的组的核苷酸序列对 SEQ ID No. 2、19、36、53、70、87、104、121、138、155、172、189、 206、223、240、257、274、291、308、325、342、359、376、393、410、427、444、461、478、495、512、 529、546、563、580、597，614、631、648、665、682、699、716、733、750、767、784、801、818、835、 852、869、886、903、920、937、954、971、988、1005、1022、1039、1056、1073、1090、1107、1124、 1141、1158、1175、1192、1294、1311、1328、1345、1362、1379、1396、1413、1430、1447、1464、 1481、1498、1515、1532、1549、1566、1583、1600、1617、1634、1651、1668、1685、1702、1719、 1736、1753、1770、1787、1804、1821、1838、1855、1872、1889、1906、1923、1940、1957、1974、 1991、2008、2025、2042、2059、2076、2093、2110、2127、2144、2161、2178、2195、2212、2229、 2246、2263、2280、2297、2314、2331、2348、2365、2382、2399、2416、2518、2535、2552、2569、 2603、2620、2637、2654、2671、2688、2705、2722、2739、2756、2773、2790、2807、2824、2841、 2860,2877,2894,2911和四观的序列中的至少一个具有至少90%的序列同一性的核苷酸 序列；所述多肽选自由对 SEQ ID No. 1、18、35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、205、 222、239、256、273、290、307、324、341、358、375、392、409、426、443、460、477、494、511、528、 545、562、579、596、613、630、647、664、681、698、715、732、749、766、783、800、817、834、851、 868、885、902、819、936、953、970、987、1004、1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、1140、 1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、1480、 1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、1735、 1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、1990、 2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、2245、 2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、2602、 2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、2859、 观76、2893、四10和四27的序列中的至少一个具有至少90%的序列同一性的多肽所组成的 组。考虑到在此所包含的教导内容，本发明的这些方面及其他方面将对熟练的技术人 员变得明显。附图
简述图 1 分别描绘了在 SEQ ID NO 1446 (RAAC01465)与 ref | ZP_01666866. 1|、 refIΥΡ_001039288. 1|, ref|ΥΡ_001210812. 1| , ref|YP_001111548. 1 以及 ref |ZP_01576004. 1 (SEQ ID No :1448-1452)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具
11有表1中SEQ ID NO :1446指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 2 分别描绘了 在 SEQ ID NO 443 (RAAC00371)与 ref | YP_145986. 11、 refIYP_001 12426 3. 1 U ref|NP_2410 28. 1 U ref|ΥΡ_001210899. 1 以及 ref |YP_001111617. 11 (SEQ ID No :445-449)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :443指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 3A-3C 分别描绘了在 SEQ ID NO :477 (RAAC00408)与 ref | ZP_02326346. 11、 ref |NP_240992. 11 ,ref | YP_001124230. 11、ref | ΥΡ_145951. 1 以及ref | YP_173646. 1 (SEQ ID No :479-483)之间的序列比对(Clustalff) (ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :477指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被 指示为“”。 图 4A-4C 分别描绘了在 SEQ ID NO :460 (RAAC00407)与 ref | ZP_02326345. 11、 ref |YP_001124231. 11、ref | ΝΡ_240993· 11、ref | ΥΡ_145952· 1 以及ref | ΝΡ_976431· 1 (SEQ ID No :462-466)之间的序列比对(Clustalff) (ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :460指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被 指示为“”。图 5 分别描绘了 在 SEQ ID NO 596 (RAAC00480)与 ref | NP_244660. 11、 refIΖΡ_01168478. 1|, ref|YP_001127419. 1 U ref|ΖΡ_01860921. 1 以及 ref |NP_693930. 1 (SEQ ID No :598-602)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :596指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 6 分别描绘了 在 SEQ ID NO 307 (RAAC00147)与 ref | YP_850042. 11、 ref |NP_465351. 11、ref | ΥΡ_014447· 11、ref | ΝΡ_268055· 1 以及ref | ΝΡ_471274· 1 (SEQ ID No :309-313)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :307指定的 功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 7 分别描绘了 在 SEQ ID NO 1752 (RAAC01826)与 ref | YP_074736. 11、 refIΥΡ_07498 1. 1 | , ref|ΥΡ_001394390. 1 | , ref|NP_244228. 1 以及 ref |YP_001275817. 1 (SEQ ID No :1754-1758)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1752指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 8 分别描绘了在 SEQ ID NO 868 (RAAC00896)与 ref | YP_001126509. 11、 refIYP_148335. 1 | , ref|ZP_0232852 1. 1 | , ref|ZP_01 173341. 1 以及 ref I ΥΡ_001376241. 11 (SEQ ID No :870-874)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :868指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 9 分别描绘了 在 SEQ ID NO 256 (RAAC00120)与 ref | NP_243422. 11、 refIYP_146980. 1 I、refIΥΡ_001 1251 15. 1 I、refIZP_01862300. 1 I 以及 ref I ΖΡ_01172495. 1 (SEQ ID No :258-262)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :256指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 10 分别描绘了在 SEQ ID NO 1956 (RAAC02146)与 ref | YP_001126333. 11、 gb|AAB81194. 11、ref|YP_148161. |、pdb 11L001 C 以及 ref | ΥΡ_001487306. 11 (SEQ ID No: 1958-1962)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1956指定的 功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 11 分别描绘了在 SEQ ID NO 273 (RAAC00121)与 ref | ZP_02330758. 1|、 refIYP_001212395. 1 | , ref|YP_001 125116. 1 | , ref|ΝΡ_243420. 1 以及 ref I ΖΡ_01667054. 1 (SEQ ID No :275-279)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :273指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 12 分别描绘了在 SEQ ID NO :2262 (RAAC02546)与 ref | YP_001512033. 11、 ref |NP_976421. 11、ref | NP_842661. 11、ref | ΝΡ_829995. 1 以及ref | YP_001373458. 1 (SEQ ID No :2264-2268)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2262 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 13 分另Ij 描绘了 在 SEQ ID NO 511 (RAAC00418)与 ref | YP_077384. 11、 refIYP_001419777. 1 I、embICAA41793. 1 I、refIΖΡ_0 1 173595. 1 I 以及 ref |NP_240981. 1 (SEQ ID No :513-517)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :511指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 14 分别描绘了在 SEQ ID NO :2602 (RAAC02968)与 ref | ΥΡ_001409756. 11、 ref |YP_001485343. 11、ref | YP_181606. 11、ref | ΝΡ_976421. 1 以及ref | NP_842661. 1 (SEQ ID No :2604-2608)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2602 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 15 分别描绘了在 SEQ ID NO :2927 (RAAC03263)与 RTHT02135、RTHT02135、 RBLH00099.RBSB05130 以及 RCTH01302 (SEQ ID No :2929-2933)之间的序列比对，这些序列 都具有表1中SEQ ID N0J927指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”， 而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 16 分别描绘了在 SEQ ID NO 817 (RAAC00856)与 ref | YP_001126560. 11、 ref |ΝΡ_242151. 11、ref | ΥΡ_175113. 11、ref | ΥΡ_148388. 1 以及 ref | ZP_01861605. 1 (SEQ ID No :819-823)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :817指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 17 分别描绘了在 SEQ ID NO 1735 (RAAC01814)与 ref | YP_148388. 1|、 ref I ΥΡ_001126560. 11、gb | ABY76244. 11、ref | YP_896655. 11 以及 ref | NP_980714. 11 (SEQ ID No :1737-1741)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1735 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
图 18 分别描绘了在 SEQ ID NO :2381 (RAAC02673)与 ref | YP_001486125. 11、 ref I ΖΡ_0 169668 1 · 1 I、refINP_388808. 1 I、refIΝΡ_8308 19. 1 I 以及 ref I ΥΡ_001643827. 1 (SEQ ID No :2383-2387)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO 2381指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 19 分别描绘了在 SEQ ID NO :1905 (RAAC02112)与 ref | YP_148250. 1|、 refIZP_0 1725 195. 1 I、refINP_3903 12. 1 I、refIZP_00538565. 1 I 以及 ref I ΥΡ_001126420. 11 (SEQ ID No :1907-1911)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1905指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 20 分别描绘了在 SEQ ID NO :2568 (RAAC02902)与 ref | YP_147113. 1|、 refINP_24328 2. 1 | , ref|YP_00 1 1 25233. 1 | , ref|YP_175727. 1 以及 ref |ZP_02330483. 1 (SEQ ID No :2570-2574)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :2568指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 21 分别描绘了在 SEQ ID NO 494 (RAAC00415)与 ref | ZP_01173598. 1|、 ref |YP_173640. 11、ref | ΥΡ_089786· 11、ref | ΥΡ_848410· 1 以及ref | ΝΡ_691027· 1 (SEQ ID No :496-500)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :494指定的 功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 22k 禾口 22B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 562 (RAAC00475)与 ref |YP_149235. 11、ref | ΥΡ_001127411. 11、ref | YP_001377035. 11、gb | AAU09403. 11 以及 ref |YP_039325. 1 (SEQ ID No :564-568)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :562指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 23A 禾口 23B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO :2619 (RAAC02984)与 ref |ZP_01173129. 11、ref | ΖΡ_01696484. 11、ref | ΥΡ_001488275. 11、ref | ΖΡ_02171541. 1 以及 ref |YP_173520. 1 (SEQ ID No =2621-2625)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都 具有表1中SEQ ID NO :2619指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而 一般保守的氨基酸被指示为“”。图 24A 禾口 24B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO :2636 (RAAC02994)与 ref|NP_244812.11、ref|ZP_02171541. 11、ref|ZP_01173129. 11、ref|YP_090070. 11 以及 ref |YP_077660. 1 (SEQ ID No :2638-2642)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :2636指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 25 分别描绘了 在 SEQ ID NO 86 (RAAC00039)与 ref | YP_177603. 11、 refINP_244925. 1 I、refIYP_001423363. 1 I、refIZP_02327875. 1 I 以及 ref |ZP_02172038. 1 (SEQ ID No :88-92)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID N0:86指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。
图 26 分别描绘了在 SEQ ID NO :1871 (RAAC02034)与 ref | YP_001422137. 11、 ref |YP_080133. 11、ref | NP_243941. 11、ref | ΥΡ_176156. 1 以及ref | YP_001376422. 1 (SEQ ID No :1873-1877)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1871 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 27 分别描绘了在 SEQ ID NO 188 (RAAC00092)与 ref | ΖΡ_01697682. 1|、 refIYP_146960. 1 I、refINP_242 1 22. 1 I、ref I YP_00 1 125095. 1 I 以及 ref |ZP_01860230. 1 (SEQ ID No :190-194)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID N0:188指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 28 分别描绘了在 SEQ ID NO :2143 (RAAC02454)与 ref | YP_001125095. 11、 ref I YP_896293. 11、ref | YP_146960. 11、ref | NP_389392. 11 以及 ref | ZP_02261942. 11 (SEQ ID No =2145-2149)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2143 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 29 分别描绘了 在 SEQ ID NO 341 (RAAC00212)与 ref | YP_752777. 11、 refIΥΡ_001666100. 1| , ref|NP_621806. 1| , ref|ΖΡ_01666183. 1 以及 ref |YP_077079. 1 (SEQ ID No :343-347)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :341指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 30 分别描绘了在 SEQ ID NO :2772 (RAAC03236)与 ref | ΥΡ_001666100. 11、 refIYP_001317994. 1 | , ref|ΝΡ_621806. 1| , ref|ΥΡ_001181 188. 1 以及 ref |NP_346951. 1 (SEQ ID No :2774-2778)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :2772指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 31 分别描绘了在 SEQ ID NO :2296 (RAAC02603)与 ref | NP_346951. 1|、 refIYP_001 181 188. 1 U ref|ΥΡ_001666100. 1 U ref|NP_6 21806. 1 以及 ref |YP_001317994. 11 (SEQ ID No :2298-2302)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :2296指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 32 分别描绘了 在 SEQ ID NO 324 (RAAC00161)与 gb | AAC62407. 11、 ref I ΥΡ_001374031. 11、ref | NP_830661. 11、ref | ΥΡ_037204. 1 以及ref | NP_979446. 1 (SEQ ID No :326-330)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :3 指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 33 分别描绘了在 SEQ ID NO 919 (RAAC00923)与 ref | YP_001422239. 11、 refIΥΡ_001420593. 1 U ref|ΖΡ_0169 7004. 1 U ref|ZP_01170670. 1 以及 ref |YP_001486165. 11 (SEQ ID No :921-925)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :919指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。
图 34 分别描绘了在 SEQ ID NO 749 (RAAC00643)与 ref | ZP_02330525. 11、 refINP_62 3103. 1 | , ref|ZP_0 2 3 30 045. 1 U ref|ΥΡ_001665292. 1 以及 ref |YP_001665293. 11 (SEQ ID No :751-755)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID N0:749指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 35 分别描绘了在 SEQ ID NO 1361 (RAAC01427)与 ref | NP_240926. 1|、 refIZP_02330558. 1 I、refIYP_001419725. 1 I、refINP_829946. 1 I 以及 ref |NP_842611. 1 (SEQ ID No :1363-1367)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO 1361指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 36 分别描绘了 在 SEQ ID NO 426 (RAAC00365)与 ref | YP_173696. 11、 refIZP_02329530. 1 | , ref|ΖΡ_01696660. 1 | , ref|NP_241 105. 1 以及 ref I YP_001124272. 11 (SEQ ID No =428-432)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :4 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 37A 禾口 37B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1531 (RAAC01563)与 refIZP_01665476.11、ref|ZP_02259717.11、ref|YP_036745.11、ref|YP_028716.11 以及 ref |YP_083969. 1 (SEQ ID No :1533-1537)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1531指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 38 分别描绘了在 SEQ ID NO :2806 (RAAC02315)与 ref | ΥΡ_145847· |、 gb|ABG00342. 11、ref | YP_536482. 11、ref | YP_891181. 11 以及 ref | YP_799230. 11 (SEQ ID No =2808-2812)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO J806指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 39 分别描绘了在 SEQ ID NO 103 (RAAC00040)与 ref | ΥΡ_001423364. 11、 ref |NP_391977. 11、ref | ΥΡ_001488932· 11、ref | ΥΡ_093870· 1 以及ref | ΥΡ_081433· 1 (SEQ ID No :105-109)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :103指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 40 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 205 (RAAC00113)与 ref | ΖΡ_01697918. 1|、 ref I YP_00 1 1 25 108. 1 I、embICAJ75583. 1 I、refIYP_146973. 1 I 以 及 ref I ΖΡ_01172488. 1 (SEQ ID No :207-211)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :205指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 41A和 41B 分别描绘了在 SEQ ID NO :222 (RAAC00117)与 ref | ZP_02330014. 11、 emb I CAJ75587. 11、ref | YP_146977. 11、ref | ΥΡ_001125112. 1 以及 ref | NP_243425. 1 (SEQ ID No :224-228)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :222指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 42 分另Ij 描绘了 在 SEQ ID NO 239 (RAAC00118)与 ref | YP_078922. 11、 refIΥΡ_001375784. 1 | , ref|ZP_02171874. 1 U ref|ΥΡ_001646530. 1 以及gb|AAN04557. 1 (SEQ ID No =241-245)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1 中SEQ ID NO :239指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 43 分别描绘了在 SEQ ID NO 1344 (RAAC01377)与 ref | YP_147952. 1|、 refIYP_5 206 70. 1 U ref|YP_00139 5809. 1 U ref|YP_001309701. 1 以及 ref |YP_001643660. 11 (SEQ ID No :1346-1350)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1344指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 44A 禾口 44B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO :2840 (RAAC02381)与 refINP_622177.11、ref|YP_848858.11、ref | YP_001374688. 11、ref|NP_470039.11 以及 ref |ZP_01929325. 1 (SEQ ID No :2842-2846)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID N0J840指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 45 分别描绘了在 SEQ ID NO 1038 (RAAC00991)与 ref | ZP_02327412. 11、 refIΥΡ_001487207. 1 U ref|ZP_01 172765. 1| , ref|NP_831314. 1 以及 ref I NP_844008. 1 (SEQ ID No :1040-1044)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1038指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 46 分别描绘了在 SEQ ID NO 766 (RAAC00650)与 ref | YP_001127183. 11、 refIZP_02038504. 1 U ref|ΥΡ_001647987. 1 U ref|YP_001377114. 1 以及 ref |NP_835081. 1 (SEQ ID No :768-772)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :766指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 47 分别描绘了在 SEQ ID NO :2041 (RAAC02421)与 ref | ZP_01721811. 11、 refINP_241897. 1 | , ref|ΥΡ_001486101. 1 U ref|ZP_0 1 170 53 2. 1 以及 ref |ZP_02327994. 1 (SEQ ID No :2043-2047)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO 2041指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 48A 禾口 48B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1922 (RAAC02142)与 ref |ZP_01860158. 1 U ref | YP_148164. 11, ref | NP 242401. 1 U ref | YP_001126336. 1 以及 ref |YP_001421751. 1 (SEQ ID No :1924-1928)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1922指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 49A 和 49B 分别描绘了在 SEQ ID NO :2687 (RAAC03015)与 ref | NP_628606. 11、 ref |ZP_02061285. 1 U ref | NP_824958. 11、emb | CAA04971. 1 以及 gb | AAC32488. 1 (SEQ ID No =2689-2693)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO J687指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 50A 和 50B 分别描绘了在 SEQ ID NO :2517 (RAAC02227)与 ref | YP_430213. 11、 refIΥΡ_001212426. 1 U ref|ΥΡ_00166 3198. 1 U ref|YP_3609 20. 1 以及ref |YP_001665129. 1 (SEQ ID No :2519-2523)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :2517指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 51 分别描绘了在 SEQ ID NO 834 (RAAC00872)与 ref | NP_622598. 11、 refIΥΡ_001320854. 1|, ref|ΥΡ_001665389. 1| , ref|ΥΡ_001037463. 1 以及 ref |YP_001512768. 1 (SEQ ID No :836-840)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :834指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 52 分别描绘了在 SEQ ID NO 120 (RAAC00045)与 ref | ZP_02172045. 1|、 refIZP_01 189194. 1 | , ref|NP_244931. 1 U ref|YP_001213468. 1 以及 ref |YP_358877. 1 (SEQ ID No :122-126)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1 中SEQ ID NO :120指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 53A 和 53B 分别描绘了在 SEQ ID NO :2092 (RAAC02428)与 db j | BAB83769. 11、 refIYP_146913. 1 I、spI Pl1961 I0DP2_BACST、refIZP_01696305. 1 I 以及 ref I ΥΡ_001125047. 11 (SEQ ID No :2094-2098)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :2092指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 54A 禾口 54B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1650 (RAAC01659)与 ref |ZP_02326222. 1 U ref | NP_241081. 1 U ref | YP_074242. 11、ref | ΥΡ_001153408. 1 以及 ref |NP_560158. 1 (SEQ ID No :1652-1656)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1650指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 55 分别描绘了在 SEQ ID NO :1701 (RAAC01745)与 ref | YP_001127228. 11、 refIYP_149070. 1 I、refIZP_00539 127. 1 I、refIZP_02326224. 1 I 以及 ref |NP_241079. 1 (SEQ ID No :1703-1707)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1701指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 56 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1718 (RAAC01746)与 ref | YP_149069. 1|、 refIΥΡ_001 127227. 1 U ref|ZP_00539126. 1 U ref|YP_001125046. 1 以及 ref |NP_833691. 1 (SEQ ID No :1720-1724)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1718指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 57 分别描绘了在 SEQ ID NO :2058 (RAAC02426)与 ref | NP_243521. 1|、 pdb| 1W85|A、sp | P21873 | 0DPA_BACST、ref | YP_001421036. 11 以及 ref | YP_146911. 11 (SEQ ID No =2060-2064)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2058 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 58 分别描绘了在 SEQ ID NO :2075 (RAAC02427)与 ref | ZP_01696304. 11、sp|P21874|0DPB_BACST、ref | YP_001125046. 11、pdb 11W85 | B 以及 ref | YP_146912. 11 (SEQ ID No :2077-2081)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2075
指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
“”。图 59 分别描绘了在 SEQ ID NO 1616 (RAAC01657)与 ref | ZP_02326224. 11、 dbj IΒΑΒ40585. 1 I、refINP_24 1079. 1 I、refIYP_00 1 1260 12. 1 I 以及 ref |ZP_01171269. 1 (SEQ ID No :1618-1622)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1616指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 60 分别描绘了在 SEQ ID NO 1633 (RAAC01658)与 ref | ZP_023^223. 11、 ref |ΝΡ_241080. 11、db j | ΒΑΒ40586. 1 U ref | YP_001126011. 1 以及 ref | NP_693798. 1 (SEQ ID No :1635-1639)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1633 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 61A 禾口 61B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 630 (RAAC00484)与 refIYP_001125466. 11、ref|ΖΡ_01697095. 1 U ref|ΥΡ_147353. 11、ref|ΖΡ_01886631. 1 以 及ref |YP_077737. 1 (SEQ ID No :632-636)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :630指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 62 分别描绘了 在 SEQ ID NO 613 (RAAC00483)与 ref | NP_886151. 11、 refIYP_147 3 54. 1 U ref|YP_001 125467. 1 U ref|ΥΡ_00142006 2. 1 以及 ref I NP_242684. 1 (SEQ ID No :615-619)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :613指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 63 分别描绘了在 SEQ ID NO 290 (RAAC00134)与 ref | ΖΡ_01860800. 11、 refIYP_14 70 00. 1 | , ref|ΖΡ_01695960. 1 U ref|YP_001 125127. 1 以及 ref |YP_806677. 1 (SEQ ID No =292-296)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :290指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 64 分别描绘了 在 SEQ ID NO 358 (RAAC00215)与 ref | YP_145879. 11、 refIΖΡ_01697513. 1|, ref|YP_001124157. 1 U ref|ZP_01174007. 1 以及 ref I ΥΡ_001642924. 11 (SEQ ID No :360-364)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :358指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 65 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO :2177 (RAAC02164)与 ref | YP_359129. 1|、 ref |ZP_02127016. 11、ref | YP_001540277. 11、pdb 11M2N | A 以及 pdb 11M2K | A (SEQ ID No 2179-2183)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2177指定的 功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 66A 和 66C 分别描绘了在 SEQ ID NO 1395 (RAAC01438)与 ref | YP_173587. 11、ref |NP_240935. 11、ref | ΥΡ_001373418· 11、ref | ΥΡ_892975· 1 以及ref | ΝΡ_976379· 1 (SEQ ID No :1397-1401)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1395 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 67 分别描绘了在 SEQ ID NO 2755 (RAAC03184)与 ref | ΥΡ_001105447. 11、 ref |YP_117520. 11、ref | ΥΡ_046943· 11、ref | ΥΡ_707186· 1 以及ref | ΥΡ_001337847· 1 (SEQ ID No :2757-2761)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2755 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 68 分别描绘了在 SEQ ID NO :2859 (RAAC02740)与 ref | NP_391246. 1|、 refIΥΡ_001488252. 1| , ref|ΝΡ_244416. 1| , ref|YP_0011 12264. 1 以及 ref |YP_430670. 1 (SEQ ID No =2861-2865)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID N0J856指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基 酸被指示为“”。图 69 分别描绘了在 SEQ ID NO :2893 (RAAC02937)与 ref | YP_075413. 1|、 refIΥΡ_001662816. 1 U ref|ΥΡ_0016646 74. 1 U ref|YP_827514. 1 以及 ref |YP_827514. 1 (SEQ ID No =2895-2899)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID N0J893指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基 酸被指示为“”。图 70 分别描绘了在 SEQ ID NO 783 (RAAC00675)与 ref | YP_001373772. 11、 refIYP_03476 1. 1 I、refIYP_893335. 1 I、refIZP_00237972. 1 I 以及 ref |ZP_02329595. 1 (SEQ ID No :785-789)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :783指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 7I 分别描绘了在 SEQ ID NO :2789 (RAAC02292)与 gb | AAB9I59L 11、 ref I ΥΡ_001422657. 11 ,ref | NP_391247. 11、ref | ΥΡ_093160. 1 以及ref | NP_391M6. 1 (SEQ ID No :2791-2795)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2789 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 72 分别描绘了在 SEQ ID NO 1599 (RAAC01655)与 ref | ΖΡ_002!35680· 11、 refINP_2412 78. 1 | , ref|NP_8 4584 1. 1 | , ref|ΖΡ_022606 16. 1 以及 ref |ZP_02256143. 1 (SEQ ID No :1601-1605)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1599指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 73 分别描绘了在 SEQ ID NO 545 (RAAC00436)与 ref | ZP_02171828. 1|、 refIYP_07 7369. 1 | , ref|ΥΡ_001485328. 1| , ref|ZP_02329455. 1 以及 ref |YP_001419762. 11 (SEQ ID No :547-551)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID N0:545指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。
图 74 分别描绘了在 SEQ ID NO 1429 (RAAC01464)与 ref | ΥΡ_001485324. 11、 ref I ΥΡ_001124204. 11、ref | ΥΡ_145925. 11、ref | ΥΡ_077366. 1 以及 ref | NP_^9977. 1 (SEQ ID No :1431-1435)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1429 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 75 分别描绘了在 SEQ ID NO 698 (RAAC00579)与 ref | ΖΡ_01440002. 11、 refINP_896891. 1 | , ref|ΥΡ_001623237. 1| , ref|ΖΡ_01419169. 1 以及 ref |ZP_01084741. 1 (SEQ ID No :700-704)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :698指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 76 分别描绘了在 SEQ ID NO :2721 (RAAC03156)与 ref | YP_954024. 1|、 ref I ΥΡ_001360254. 1 U ref|YP_001156989. 1 U ref|ZP_00050136. 2 以及 ref |YP_591607. 1 (SEQ ID No :2723-2727)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO 2721指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 77 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 715 (RAAC00603)与 ref | YP_001309477. 11、 refIΥΡ_00 1 180339. 1 I、refINP_242735. 1 I、refIYP_173905. 1 I 以及 ref |ZP_00603386. 1 (SEQ ID No :717-721)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID N0:715指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 78 分别描绘了在 SEQ ID NO 2738 (RAAC03180)与 ref | YP_001664041. 11、 refIYP_001210714. 1 I、refINP_242309. 1 I、refIZP_020385 15. 1 I 以及 ref |YP_085042. 1 (SEQ ID No :2740-2744)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :2738指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 79 分别描绘了在 SEQ ID NO :2024 (RAAC02417)与 ref | NP_469419. 1|、 refIZP_0 2 3099 26. 1 U ref|ΖΡ_01926077. 1 U ref|ΖΡ_019412 36. 1 以及 ref |YP_001111866. 11 (SEQ ID No :2026-2030)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :20 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 80 分别描绘了在 SEQ ID NO 1786 (RAAC01912)与 ref | ΥΡ_001103030. 11、 refIΥΡ_00 136 3698. 1 | , ref|NP_62532 1. 1 | , ref|NP_8 2 2 60 8. 1 以及 ref |ZP_00996757. 1 (SEQ ID No :1788-1792)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1786指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 81 分别描绘了在 SEQ ID NO :2330 (RAAC02663)与 ref | YP_527240. 1|、 refINP_43 5 364. 1 U ref|YP_001313948. 1 U ref|YP_001169444. 1 以及 ref |ZP_01509063. 1 (SEQ ID No :2332-2336)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :2330指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一
21般保守的氨基酸被指示为“”。图 82 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO :1191 (RAAC01158)与 ref | YP_077724. 1|、 ref I YP_643029. 11 ,ref | YP_174340. 11 ,ref | YP_001308645. 11 以及ref | YP_516602. 11 (SEQ ID No :1193-1197)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1191
指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为 “ ”
I ο图 83 分别描绘了在 SEQ ID NO 137 (RAAC00068)与 ref |1|、 refIΥΡ_001420 528. 1 U ref|YP_43003 2. 1| , ref|ZP_0 2 08 29 78. 1 以及 ref |ZP_01962813. 1 (SEQ ID No :139-143)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID N0:137指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 84 分别描绘了在 SEQ ID NO 1055 (RAAC01035)与 ref | YP_642998. 1|、 ref |ΝΡ_822795. 11、emb | CAJ88752. 11、ref | ΥΡ_001191149. 1 以及 ref | YP_752794. 1 (SEQ ID No :1057-1061)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1055
指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为 “ ”
I ο图 85 分别描绘了在 SEQ ID NO 1854 (RAAC02031)与 ref | YP_148128. 1|、 refIYP_001 126 29 7. 1 U ref|YP_90087 5. 1| , ref|ZP_0166 20 88. 1 以及 ref I ΖΡ_01697892. 1 (SEQ ID No :1856-1860)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID N0:18M指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 86 分别描绘了在 SEQ ID NO :2653 (RAAC03005)与 ref | YP_001127075. 11、 ref I YP_148880. 11 ,ref | YP_832996. 11 ,ref | YP_949591. 11 以及ref | YP_950253. 11 (SEQ ID No =2655-2659)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO J653指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 87 分别描绘了在 SEQ ID NO :2160 (RAAC02459)与 ref | YP_073926. 1|、 emb I CAB08003. 11、ref | YP_431134. 11、ref | ΥΡ_001422711. 1 以及 ref | YP_080763. 1 (SEQ ID No :2162-2166)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2160
指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为 “ ”
I ο图 88 分别描绘了在 SEQ ID NO 1293 (RAAC01353)与 RAAC01353_ nuc、refIΥΡ_147389· 1 I、refIΝΡ_243003· 1 I、refIΥΡ_001 125502· 1 I 以及 ref I ΥΡ_001665938. 11 (SEQ ID No :1294-1298)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :2160指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 89 分别描绘了在 SEQ ID NO :2109 (RAAC02432)与 ref | ZP_02329176. 11、 ref |YP_076367. 11、ref | NP_694155. 11 ,ref | ΥΡ_001126042. 1 以及ref | YP_643152. 1 (SEQ ID No :2111-2115)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2109 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
图 90 分别描绘了 在 SEQ ID NO 681 (RAAC00570)与 emb | CAB65654. 11、 refIΥΡ_00166 2 226. 1 U ref|YP_001664166. 1 U ref|NP_624096. 1 以及 ref |ZP_02171282. 1 (SEQ ID No :683-687)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :681指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 91 分别描绘了在 SEQ ID NO 375 (RAAC00269)与 ref | ΖΡ_01188890. 1|、 refIZP_01 188246. 1 I、refIZP_01 188241. 1 I、refINP_242794. 1 I 以及 ref |NP_244559. 1 (SEQ ID No :377-381)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :375指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 92 分别描绘了在 SEQ ID NO 1837 (RAAC02012)与 ref | YP_430255. 1|、 ref I YP_5 185 26. 1 | , ref|ΖΡ_0 1369294. 1 | , ref|YP_36 1 384. 1 以 及 ref |YP_001213325. 1 (SEQ ID No :1839-1843)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1837指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 93 分别描绘了在 SEQ ID NO 1667 (RAAC01701)与 ref | NP_691275. 1|、 ref I NP_354021. 11、ref | YP_174284. 11、ref | ΖΡ_01074644. 11 以及 ref | NP_772010. 11 (SEQ ID No :1669-1673)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1667 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 94 分别描绘了在 SEQ ID NO 936 (RAAC00927)与 ref | ZP_02330514. 1|、 refINP_34748 5. 1 U ref|YP_001253394. 1 U ref|ΥΡ_00130860 5. 1 以及 ref I ΥΡ_001376921. 11 (SEQ ID No :938-942)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :936指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 95 分别描绘了在 SEQ ID NO 953 (RAAC00935)与 ref | ΥΡ_001422559. 11、 ref |ΝΡ_391166. 11、gb | ΑΑΒ87745. 11、pdb 11S3J | A 以及 ref | ΥΡ_001643469. 1 (SEQ ID No 955-959)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :953指定的功 能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 96 分别描绘了在 SEQ ID NO 1888 (RAAC02041)与 ref | NP_693030. 1|、 refIΥΡ_001320949. 1|, ref|ΥΡ_001512727. 1| , ref|ΥΡ_001126687. 1 以及 ref |YP_148522. 1 (SEQ ID No :1890-1894)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1888指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 97 分别描绘了在 SEQ ID NO :2670 (RAAC02241)与 ref | NP_6^113. 1|、 refINP_8 2 44 79. 1 | , ref|YP_0 0150 849 4. 1| , ref|ZP_01 169478. 1 以及 ref |NP_631123. 1 (SEQ ID No =2672-2676)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID N0J670指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 98 分别描绘了在 SEQ ID NO :2347 (RAAC02671)与 ref | NP_388620. 1|、 ref I ΥΡ_00142038011、ref | YP_090401. 11、ref | YP_077997. 11 以及 ref | YP_714968. 11 (SEQ ID No =2349-2353)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2347 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 99 分别描绘了 在 SEQ ID NO 664 (RAAC00549)与 ref | YP_427081. 11、 refIΥΡ_001 141973. 1 | , ref|YP_927240. 1| , ref|YP_001141729. 1 以及 ref |YP_856665. 1 (SEQ ID No :666-670)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :664指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 100 分别描绘了在 SEQ ID NO :1123 (RAAC01080)与 db j | BAA00729. 1|、 refINP_389627. 1 I、refIZP_02328256. 1 I、refINP_833433. 1 I 以 及 ref |YP_001375615. 1 (SEQ ID No :1125-1129)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1123指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 101 分别描绘了在 SEQ ID NO 1140 (RAAC01126)与 ref | YP_146517. 1|、 refIZP_00739458. 1 I、refIΥΡ_001 124699. 1 I、refIYP_893832. 1 I 以及 ref |NP_830863. 1 (SEQ ID No :1142-1146)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :664指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 102 分别描绘了在 SEQ ID NO 1174 (RAAC01138)与 ref | NP_832103. 1|、 ref I YP_894956. 11、ref | ZP_02215257. 11、ref | NP_978750. 11 以及 ref | NP_844783. 11 (SEQ ID No :1176-1180)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1174 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 103 分别描绘了在 SEQ ID NO 409 (RAAC00354)与 ref | YP_001309939. 11、 refIΥΡ_001643 72 3. 1 U ref|YP_0 7940 3. 1 U ref|ΥΡ_001647188. 1 以及 ref I NP_980994. 1 (SEQ ID No :411-415)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :409指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 104 分别描绘了在 SEQ ID NO :2415 (RAAC02712)与 ref | YP_036650. 1|、 refINP_978853. 1 I、refIZP_0 1 1 73627. 1 I、refINP_8449 1 1. 1 I 以 及 ref |ZP_02256518. 1 (SEQ ID No :2417-2421)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID N0J415指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 105 分别描绘了在 SEQ ID NO 1072 (RAAC01059)与 ref | ZP_02327699. 11、 ref I YP_001126706. 11 ,ref | ΥΡ_148542. 11、ref | ΝΡ_243968· 1 以及ref | ΥΡ_360433· 1 (SEQ ID No :1074-1078)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1072指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 106 分别描绘了在 SEQ ID NO 1565 (RAAC01638)与 ref | YP_076316. 1|、 ref I YP_603589. 11 ,ref | NP_296097. 11 ,ref | YP_004584. 11 以及ref | YP_144239. 11 (SEQ ID No :1567-1571)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1565指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 107 分别描绘了在 SEQ ID NO 1973 (RAAC02161)与 ref | YP_148132. 1|、 refIYP_001 126301. 1 I、refIZP_02330236. 1 I、refINP_242446. 1 I 以及 ref |YP_175331. 1 (SEQ ID No :1975-1979)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1973指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 108 分别描绘了在 SEQ ID NO 392 (RAAC00349)与 ref | YP_430046. 1|、 refIYP_358986. 1 I、refIYP_001213400. 1 I、refIZP_02330078. 1 I 以及 ref |YP_001114520. 11 (SEQ ID No :394-398)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :392指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 109 分别描绘了在 SEQ ID NO 1327 (RAAC01375)与 ref | YP_079987. 1|、 refIΥΡ_001634921. 1 U ref|YP_290510. 1 U ref|YP_001423330. 1 以及 ref |YP_001422015. 1 (SEQ ID No :1329-1333)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1327指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 110 分别描绘了 在 SEQ ID NO 18 (RAAC00013)与 ref | YP_146744. 11、 refIΥΡ_0016 47 744. 1 U ref|NP_98 157 3. 1| , ref|ZP_02 25 5842. 1 以及 ref |YP_897365. 1 (SEQ ID No :20-24)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1 中SEQ ID N0:18指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。图 111 分别描绘了在 SEQ ID NO 1480 (RAAC01493)与 ref | YP_075596. 1|、 ref I YP_430668. 11 ,ref | YP_590553. 11 ,ref | YP_478499. 11 以及ref | ΥΡ_001668480. 11 (SEQ ID No =1482-1486)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1480 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 112 分别描绘了在 SEQ ID NO 1582 (RAAC01653)与 ref | ZP_00743391. 11、 refIΥΡ_00 137556 1. 1 I、refIYP_896056. 1 I、refINP_845992. 1 I 以及 ref |ZP_02254866. 1 (SEQ ID No :1584-1588)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1582指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 113 分别描绘了在 SEQ ID NO 528 (RAAC00430)与 ref | YP_001210836. 11、 refIYP_001 1 1 1557. 1 U ref|ΥΡ_001485333. 1 U ref|NP_240971. 1 以及 ref |NP_387969. 1 (SEQ ID No :530-534)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表
251中SEQ ID NO :5 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 114 分别描绘了在 SEQ ID NO :2823 (RAAC02359)与 ref | NP_832076. 1|、 refIΥΡ_00164503 3. 1 U ref|NP_8447 59. 1 U ref|ΥΡ_001375058. 1 以及 ref |YP_535778. 1 (SEQ ID No =2825-2829)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID N0J823指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 115 分别描绘了在 SEQ ID NO :2279 (RAAC02589)与 ref | ZP_00591928. 11、 refIΥΡ_00 100 3150. 1 | , ref|NP_046614. 1 | , ref|YP_3 7 5842. 1 以及 ref |YP_001131112. 1 (SEQ ID No :2281-2285)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :2279指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 116 分别描绘了在 SEQ ID NO 1412 (RAAC01442)与 ref | ZP_02170919. 11、 ref |YP_535778. 11、ref | ΖΡ_01862118. 11、ref | ΝΡ_692713. 1 以及 ref | YP_359077. 1 (SEQ ID No :1414-1418)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1412
指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为 “ ”
I ο图 117 分别描绘了在 SEQ ID NO 69 (RAAC00027)与 ref | ΥΡ_001213441. 11、 ref |NP_244917. 11、ref | YP_001377189. 11、ref | ΥΡ_149334. 1 以及ref | YP_077145. 1 (SEQ ID No :71-75)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :69指定的 功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 118 分别描绘了在 SEQ ID NO :2245 (RAAC02508)与 ref | NP_624000. 1|、 refIΥΡ_001662406. 1|, ref|ΥΡ_001664279. 1| , ref|ΥΡ_001038261. 1 以及 ref I ΥΡ_001394883. 1 (SEQ ID No :2247-2251)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :2245指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 119 分别描绘了在 SEQ ID NO 885 (RAAC00905)与 ref | ZP_00739566. 11、 refINP_830389. 1 I、refIYP_001643379. 1 I、refIZP_00237866. 1 I 以及 ref |YP_034830. 1 (SEQ ID No :887-891)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :885指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 120 分别描绘了在 SEQ ID NO 1769 (RAAC01903)与 ref | YP_001244333. 11、 emb I CAI44346. 11 ,ref | ZP_02128221. 11 ,ref | NP_228001. 11 以及ref | ZP_02171167. 11 (SEQ ID No :1771-1775)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1769
指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 121 分别描绘了在 SEQ ID NO 987 (RAAC00981)与 ref | YP_290547. 1|、 ref |YP_074752. 11、ref | ΥΡ_480150· 11、ref | ΥΡ_001509772· 1 以及ref | ΝΡ_627230· 1 (SEQ ID No :989-993)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1769指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 122A 禾Π 122Β 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1004 (RAAC00986)与 ref I YP_001489923. 11、ref | ZP_01964315. 11、ref | NP_937072. 11、ref | NP_762428. 11 以及 ref I ΖΡ_01847462. 1 (SEQ ID No :1006-1010)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1004指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 123A 和 123B 分别描绘了在 SEQ ID NO :2704 (RAAC03031)与 refIZP_01170738. 11,ref|ZP_00539543. 11、ref|ZP_02168828. 11、ref|ZP_01856429. 11 以 及 ref|YP_001114416. 1 (SEQ ID No :2706-2710)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列 都具有表1中SEQ ID NO :2704指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”， 而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 124 分别描绘了 在 SEQ ID NO 1803 (RAAC01956)与 pdb|lB4A|A、 sp I 031408 IARGR_BACST、refIΖΡ_00538558· 1 I、refIΝΡ_243643· 1 I 以及 ref I ΥΡ_001126414. 11 (SEQ ID No :1805-1809)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1803指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 125 分别描绘了在 SEQ ID NO 1497 (RAAC01498)与 ref | YP_001127098. 11、 refIYP_1489 12. 1 I、refIZP_0 169660 1. 1 I、refIYP_1 765 1 7. 1 I 以 及 ref |ZP_01171675. 1 (SEQ ID No :1499-1503)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1497指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 126 分别描绘了在 SEQ ID NO 1548 (RAAC01624)与 ref | YP_090740. 1|、 refIYP_078338. 1 I、refINP_243093. 1 I、ref I ΥΡ_00 1 126 180. 1 I 以及 ref |YP_001422307. 1 (SEQ ID No :1550-1554)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具 有表1中SEQ ID NO :1548指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一 般保守的氨基酸被指示为“”。图 127 分别描绘了在 SEQ ID NO :171 (RAAC00077)与 ref | ZP_01696173. 11、 refIZP_02327860. 1 I、refIZP_00539488. 1 I、refINP_6941 12. 1 I 以及 ref |YP_034511. 1 (SEQ ID No :173-177)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表 1中SEQ ID NO :171指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守 的氨基酸被指示为“”。图 128 分别描绘了在 SEQ ID NO :851 (RAAC00876)与 ref | ZP_02170056. 11、 ref I YP_079889. 11、ref | NP_980690. 11、ref | ZP_02257686. 11 以及 ref | YP_038371. 11 (SEQ ID No =853-857)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :851指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 1 分别描绘了在 SEQ ID NO 647 (RAAC00525)与 ref | ΥΡ_001488458. 11、 ref I ZP_01665756. 11、ref | NP_347033. 11、ref | YP_080909. 11 以及 ref | YP_841318. 11 (SEQ ID No =649-653)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :647指定 的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。
图 130 分别描绘了在 SEQ ID NO 1089 (RAAC01072)与 ref | YP_849514. 1|、 refIZP_02320 157. 1 I、refIYP_013918. 1 I、refIZP_02330749. 1 I 以及 ref |NP_470676. 1 (SEQ ID No :1091-1095)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1089指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 131 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1310 (RAAC01366)与 ref | YP_849898. 1|、 ref |NP_471127. 11、ref | NP_465208. 11 ,ref | YP_001124617. 11 以及ref | YP_146331. 11 (SEQ ID No :1312-1316)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1310 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 132 分别描绘了在 SEQ ID NO 1378 (RAAC01431)与 ref | ZP_01666690. 11、 ref |YP_077070. 1 U ref | ΖΡ_01173986. 11、ref | ΥΡ_814057. 1 以及 ref | ΝΡ_964223· 1 (SEQ ID No :1380-1384)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1378 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为
U ” I O图 133 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1514 (RAAC01505)与 ref | YP_149084. 1|、 refIYP_001 127265. 1 U ref|ΥΡ_074599. 1 U ref|ΥΡ_001661816. 1 以及 ref |NP_621898. 1 (SEQ ID No :1516-1520)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1514指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 134 分别描绘了在 SEQ ID NO 1514 (RAAC01505)与 ref | YP_149084. 1|、 refIYP_001 127265. 1 U ref|ΥΡ_074599. 1 U ref|ΥΡ_001661816. 1 以及 ref |NP_621898. 1 (SEQ ID No :1516-1520)之间的序列比对(ClustalW)，这些序列都具有 表1中SEQ ID NO :1514指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般 保守的氨基酸被指示为“”。图 1；35 分别描绘了在 SEQ ID NO 1820 (RAAC01972)与 ref | ZP_01171531. 11、 refIΥΡ_001391734. 1 U ref|ΥΡ_001308325. 1 U ref|YP_518 781. 1 以及 ref |YP_001254935. 1 (SEQ ID No :1822-1826)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID N0:1820指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。图 136 分别描绘了在 SEQ ID NO 154 (RAAC00076)与 ref | YP_001488917. 11、 ref |ΥΡ_079193. 11、ref | ΝΡ_241876. 11、ref | ΥΡ_174035. 1 以及 ref | ΖΡ_01169176. 1 (SEQ ID No :156-160)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :巧4指定的功能。在 所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 137 分别描绘了在 SEQ ID NO 1939 (RAAC02144)与 ref | ZP_02327651. 11、 spI 032720 ISP2AA_PAEP0、ref I NP_833792. 1 I、refINP_846529. 1 I 以及 ref |YP_001646701. 1 (SEQ ID No :1941-1945)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID N0:1939指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。
图 138A 禾口 138B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO :2126 (RAAC02439)与 ref I YP_001125957. 11、ref | ΥΡ_147806. 11、ref | ΖΡ_01695872. 11、ref | ΝΡ_693661. 1 以及 ref |ZP_01666100. 1 (SEQ ID No =2128-2132)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :21 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基 酸被指示为“”。图 139 分别描绘了在 SEQ ID NO 970 (RAAC00944)与 ref | ΥΡ_001488778. 11、 ref |YP_174256. 11、ref | ΥΡ_081277. 11、ref | YP_711801. 11 以及ref | YP_804091. 11 (SEQ ID No =972-976)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :970指定的功能。在所 有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 140A-140B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO :2313 (RAAC02632)与 ref I ZP_01695369. 11、ref | NP_764957. 11、ref | NP_646484. 11、ref | YP_001332652. 11 以及 ref |NP_372249. 1 (SEQ ID No :2315-2319)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2313指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基 酸被指示为“”。图 141 分别描绘了在 SEQ ID NO :2211 (RAAC02474)与 ref | ZP_02329050. 11、 refIYP_148935. 1 I、gb IΑΑΧ09759. 1 I、refIΥΡ_00 1 1 27 1 22. 1 I 以 及 ref |YP_001376898. 1 (SEQ ID No :2213-2217)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID NO :2211指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。图 142 分别描绘了在 SEQ ID NO 732 (RAAC00625)与 ref | NP_244107. 1|、 ref I ΖΡ_0 1 188060. 1 I、refIYP_1 76259. 1 I、refIYP_148663. 1 I 以 及 ref I ΥΡ_001126805. 1 (SEQ ID No :734-738)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :732指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸 被指示为“”。图 143 分别描绘了在 SEQ ID NO 800 (RAAC00733)与 reF | ZP_01697803. 11、 refIΥΡ_001488 326. 1 U ref|ΖΡ_01860336. 1| , ref|NP_8 3 4817. 1 以及 ref |NP_693386. 1 (SEQ ID No :802-806)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :800指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被 指示为“”。图 144 分别描绘了在 SEQ ID NO :2194 (RAAC02466)与 ref | ΖΡ_01860336. 11、 refIZP_0232779 1. 1 | , ref|NP_24443 3. 1 | , ref|ΖΡ_01 171669. 1 以及 ref I ΥΡ_001488326. 1 (SEQ ID No :2196-2200)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID NO :2194指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。图 145 分别描绘了在 SEQ ID NO :2398 (RAAC(^678)与 ref | YP_001124914. 11、 refIYP_146 7 60. 1 | , ref|ΥΡ_001319371. 1| , ref|ΖΡ_01723416. 1 以及 ref |ZP_00742387. 1 (SEQ ID No =2400-2404)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2398指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基 酸被指示为“”。
图 146 分别描绘了在 SEQ ID NO :2228 (RAAC02507)与 ref | YP_517080. 1|、 refIZP_02185068. 1|, ref|YP_001394884. 1 U ref|ΖΡ_01574787. 1 以及 ref |YP_001559227. 1 (SEQ ID No :2230-2234)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID NO :22 指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。图 147A 禾口 147B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 902 (RAAC00906)与 refIΖΡ_01667455. 11、ref|ZP_01515931. 11、ref|YP_001430381. 11、ref|ΥΡ_001637100. 1 以及ref |YP_146183. 1 (SEQ ID No :904-908)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :902指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸 被指示为“”。图 148 分别描绘了在 SEQ ID NO :2364 (RAAC02211)与 ref | YP_005108. 1|、 refIYP_144769. 1| , ref|YP_001 124914. 1 | , ref|YP_001157480. 1 以及 ref I ΖΡ_01773683. 11 (SEQ ID No =2366-2370)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2364指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基 酸被指示为“”。图 149A 和 149B 分别描绘了在 SEQ ID NO 1463 (RAAC01489)与 ref I ZP_01696335. 11、ref | ZP_01667455. 11、ref | ZP_00739567. 11、ref | YP_001037228. 1 以及ref |NP_830390. 1 (SEQ ID No :1465-1469)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID N0:1463指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。图 150A 和 150B 分别描绘了在 SEQ ID NO :2007 (RAAC02391)与 refIZP_01697157. 11、ref|YP_001212380. 11、ref|ZP_00539202. 11、ref|NP_693085. 11 以 ^ref |ZP_02329946. 1 (SEQ ID No =2009-2013)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID NO :2007指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的
氨基酸被指示为“”。图 151A 和 151B 分别描绘了在 SEQ ID NO :2551 (RAAC02885)与 ref|YP_147095. 11、ref|ΖΡ_01171502. 11、ref|YP_001125215. 11、ref|YP_001486785. 11 以 及ref |ZP_01861001. 1 (SEQ ID No :2553-2557)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID NO :2551指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。图 152 分别描绘了在 SEQ ID NO :2534(RAAC(^876)与 ref |YP_001125206. 11、 refIΖΡ_01696550. 1|, ref|ΥΡ_001410204. 1 U ref|ΖΡ_01860990. 1 以及 ref |NP_243310. 1 (SEQ ID No :2536-2540)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2534指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基 酸被指示为“”。图 153 分别描绘了在 SEQ ID NO 1021 (RAAC00987)与 ref |YP_001559801. 11、 ref I ΖΡ_0 1696550. 1 I、refIYP_753552. 1 I、refIΝΡ_2433 10. 1 I 以 及 ref |ZP_01725653. 1 (SEQ ID No :1023-1027)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1021指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基
30酸被指示为“”。图 154A 和 154B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1990 (RAAC02162)与 ref|YP_148131. 11、ref|ΥΡ_001126300. 11、ref|YP_079616. 11、ref|NP_390192.11 以及 ref I ΥΡ_001487274. 1 (SEQ ID No :1992-1996)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID NO :1990指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的
氨基酸被指示为“”。图 155 分另Ij 描绘了 在 SEQ ID NO 1 (RAAC00012)与 ref | YP_907563. 11、 refIYP_955166. 1 I、refIZP_00997175. 1 I、refIΥΡ_001 133548. 1 I 以及 ref |YP_829143. 1 (SEQ ID No :3_7)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO
1指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为 “ ”
I O图 156A和 156B 分别描绘了在 SEQ ID NO J876 (RAAC02761)与 emb | CAG^823. 11、 ref |NP_923516. 11 ,ref | ZP_02329377. 11、gb | EAY57526. 1 以及ref | YP_149098. 1 (SEQ ID No :2878-2882)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO J876指定的功能。在 所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 157 分别描绘了在 SEQ ID NO 579 (RAAC00477)与 ref | ΥΡ_001377039. 11、 refINP_244654. 1 I、refIΥΡ_00 1647908. 1 I、refIΥΡ_89752 1. 1 I 以及 ref |ZP_00744427. 11 (SEQ ID No :581-585)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :579指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸 被指示为“”。图 158A 禾口 158B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 35 (RAAC00019)与 refIZP_02169265. 11、ref|YP_848463. 11、ref|NP_694373. 11、ref|ΖΡ_01695448. 11 以及 ref |ZP_00539458. 1 (SEQ ID No :37-41)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :35指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指 示为“”。图 159 分别描绘了在 SEQ ID NO 52 (RAAC00020)与 ref | ΖΡ_01169692. 1|、 refIΖΡ_01695449. 1| , ref|YP_001 127497. 1| , ref|YP_1493 27. 1 以及 ref |YP_534941. 1 (SEQ ID No :54-58)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO 52指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示 为“”。图 160A 和 160B 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1684 (RAAC01715)与 gbIEDQ48509. 11、gb|EDQ48476.11、ref | ZP_01575425. 11、ref|ZP_02025790. 11 以及 reF|YP_001662047. 1 (SEQ ID No :1686-1690)之间的序列比对，这些序列都具有表1中 SEQ ID NO :1684指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的 氨基酸被指示为“”。图 161A-161C 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO 1157 (RAAC01137)与 refINP_978751.11、ref|ZP_00741477. 11、ref|YP_894957. 11、ref|NP_844784.11 以及 ref |ZP_02259481. 1 (SEQ ID No :1159-1163)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :1157指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基酸被指示为“”。图 162A-162C 分另Ij 描绘了在 SEQ ID NO :2910 (RAAC03013)与 ref I ZP_02168855. 11、ref | NP_470526. 11、ref | ZP_02320069. 11、ref | ZP_01927122. 11 以及 ref |YP_013834. 1 (SEQ ID No =2912-2916)之间的序列比对，这些序列都具有表1中SEQ ID NO :2910指定的功能。在所有序列中都保守的氨基酸被指示为“*”，而一般保守的氨基 酸被指示为“”。实行发明的最佳方式细菌的DNA编码了对基因转录为mRNA进行调节的信息，所述mRNA编码用于细胞 的生长控制和能量、碳和其他化合物加工的蛋白或酶。大多数的这些转录调节物/阻遏物 发挥功能来开启和关闭基因以使细胞能量的消耗最小化作为对其生长环境(即，生长基 质、金属、温度等等的存在)的反应。这能够成为与过程发育相关的问题，因为用于特定反 应的酶的调节和控制可能导致最适度以下的生长或者希望的代谢产物(酶或化合物)的最 适度以下的生产。酸热脂环酸杆菌菌株ATCC 27009的基因组包含众多与生长和细胞的碳 加工有关的蛋白的转录调节物和阻抑物的编码序列。这些调节物和阻抑物可以直接影响用 于加工细胞外的生物质以及控制有价值的次级代谢产物的产生的糖基水解酶和/或酯酶 的表达。通过改变(基因工程)这些用于转录的调节性反应进行的代谢工程是一种用于优 化细胞过程的方法，通过非限制性实例的方式所述细胞如酸热脂环酸杆菌。这些基因的控 制将允许希望的途径(例如，糖基水解酶、有机酸或醇的产生)的过表达，或同样消除或者 引起导致不希望的途径或产物(例如，控制糖基水解酶基因转录的蛋白)的基因的降低的 表达。以前已经尝试了使用来自热脂环酸杆菌的基因和蛋白来控制这些基因或者使用它们 作为作为控制/优化生物体中碳加工的基因座，所述生物体例如通过非限制性实例的方式 为嗜热嗜酸菌酸热脂环酸杆菌；由此，利用了来自这种新颖来源的转录调节物。本发明的实施方案包括与调节嗜热嗜酸菌酸热脂环酸杆菌的生长和代谢有关的 基因和相关蛋白。与这些过程有关的基因的编码序列是从由酸热脂环酸杆菌的基因组测序 所产生的序列信息中确定的。这些基因和蛋白可以代表酸热脂环酸杆菌或其他生物体的代 谢工程的靶。与调节生长和碳代谢有关的在酸热脂环酸杆菌的基因组内发现的核苷酸序列 和由其编码的氨基酸的非限制性实例在表1中列出。调节物和阻抑物可以不限于以下类 别在需氧和厌氧的条件下控制生长的调节物，所述生长包括细胞的分裂和生长；对环境 条件如温度、金属浓度和代谢产物浓度作出反应的调节物；次级代谢产物途径的调节物，如 氨基酸、有机酸、醇、抗生素、抗生素抗性、与DNA加工有关的酶及其他；与碳加工操纵子有 关的阻抑物，所述碳加工操纵子对生长环境中存在或不存在有机化合物作出反应；控制生 长阶段和碳加工的信号转导调节物；控制酸热脂环酸杆菌对其生长环境的反应由此允许其 向碳源移动或在碳源上形成生物膜的调节物；以及其他。本发明的实施方案部分地涉及包含酸热脂环酸杆菌的基因和/或蛋白的基因序 列和/或蛋白质序列。所包括的基因和蛋白是那些在转录和转录控制中起作用的基因和蛋 白。细胞内的酶活性在本质上可以是嗜热和/或嗜酸性的，并且相似基因的一般实例被描 述在文献中。基因、序列、酶和因子的类别包括但不限于表1中列出的那些。
权利要求
1.一种分离的或纯化的核酸序列，包括编码一种多肽的核酸序列，所述多肽对SEQ ID No. 1具有至少90%的序列同一性。
2.如权利要求1所述的分离的或纯化的核酸序列，其中所述多肽在等于或低于大约 PH8时具有活性。
3.如权利要求1所述的分离的或纯化的核酸序列，其中所述多肽在等于或高于大约50 摄氏度的温度具有活性。
4.如权利要求1所述的分离的或纯化的核酸序列，其中所述核酸序列存在于载体中。
5.一种分离的或纯化的多肽，包括对SEQ ID No. 1具有至少90%序列同一性的多肽。
6.如权利要求5所述的分离的或纯化的多肽，其中所述多肽在等于或低于大约pH8时 具有活性。
7.如权利要求5所述的分离的或纯化的多肽，其中所述多肽在等于或高于大约50摄氏 度的温度具有活性。
8.如权利要求5所述的分离的或纯化的多肽，其中所述多肽是糖基化的、聚乙二醇化 的、或以其他方式翻译后修饰的。
9.如权利要求5所述的分离的或纯化的多肽，其中所述多肽具有C4-二羧酸转运蛋白 活性。
10.一种在等于或高于大约25摄氏度的温度或者在等于或低于大约8的pH时调控转 录或转录调控或转录控制的方法，所述方法包括向转录系统提供对SEQ ID No :2具有至少 90%序列同一性的重组的、纯化的、和/或分离的核苷酸序列或者对SEQ ID No :1具有至少 90%序列同一性的重组的、纯化的、和/或分离的多肽。
11.根据权利要求10所述的方法，其中向转录系统提供对SEQID No :2具有至少90% 序列同一性的重组的、纯化的、和/或分离的核苷酸序列或者对SEQ ID No :1具有至少90% 序列同一性的重组的、纯化的、和/或分离的多肽发生在等于或低于大约PH6时。
12.根据权利要求10所述的方法，其中向转录系统提供包括对SEQIDNo :2具有至少 90%序列同一性的核苷酸序列的重组的、纯化的、和/或分离的核苷酸序列或者对SEQ ID No 1具有至少90%序列同一性的重组的、纯化的、和/或分离的多肽发生在等于或高于大 约50摄氏度的温度。
13.根据权利要求10所述的方法，其中对SEQID No. 1具有至少90%序列同一性的所 述重组的、纯化的、和/或分离的多肽是糖基化的、聚乙二醇化的、或以其他方式翻译后修 饰的。
14.根据权利要求10所述的方法，其中所述多肽具有C4-二羧酸转运蛋白活性。
15.一种分离的或纯化的核酸序列，包括编码一种多肽的核酸序列，所述多肽选自由 对 SEQ ID No. 1、18、35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、 307、324、341、358、375、392、409、426、443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、 630、647、664、681、698、715、732、749、766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、 953、970、987、1004、1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、 1310、1327、1344、1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、 1565、1582、1599、1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、 1820、1837、1854、1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、·2075、2092、2109、2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、 2330、2347、2364、2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、 ·2687、2704、2721、2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、2859、2876、2893、2910 和 2927 具有至少90%序列同一性的多肽所组成的组。
16.如权利要求15所述的分离的或纯化的核酸序列，其中所述多肽在等于或低于大约 PH8时具有活性。
17.如权利要求15所述的分离的或纯化的核酸序列，其中所述多肽在等于或高于大约 50摄氏度的温度具有活性。
18.如权利要求15所述的分离的或纯化的核酸序列，其中所述核酸序列存在于载体中。
19.一种分离的或纯化的多肽，包括选自由以下组成的组的多肽对SEQ ID No. 1、18、 35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、307、324、341、358、 375、392、·409、426、443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、630、647、664、681、 698、715、732、749、766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、953、970、987、1004、 ·1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、 1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、 ·1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、 1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、 ·2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、 2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、 ·2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、2859、2876、2893、2910 和 2927 具有至少 90%序列 同一性的多肽。
20.如权利要求19所述的分离的或纯化的多肽，其中所述多肽在等于或低于大约pH8 时具有活性。
21.如权利要求19所述的分离的或纯化的多肽，其中所述多肽在等于或高于大约50摄 氏度的温度时具有活性。
22.如权利要求19所述的分离的或纯化的多肽，其中所述多肽是糖基化的、聚乙二醇 化的、或以其他方式翻译后修饰的。
23.如权利要求19所述的分离的或纯化的多肽，其中所述多肽具有选自由以下组成的 组的活性转录延伸因子greA、DNA指导的RNA聚合酶α链、DNA指导的RNA聚合酶β链、 DNA指导的RNA聚合酶β ‘链、DNA指导的RNA聚合酶δ链、DNA指导的RNA聚合酶ω链、 RNA聚合酶ECF型σ因子、RNA聚合酶σ因子rpoD、RNA聚合酶σ-E因子、RNA聚合酶σ-F 因子、RNA聚合酶σ -G因子、RNA聚合酶σ -H因子、RNA聚合酶σ -K因子、σ K-因子加工 调节蛋白BofA、甘油摄取的操纵子抗终止子调节蛋白、N利用质蛋白B、N利用质蛋白A、转 录抗终止蛋白nusG、转录终止因子rho、精氨酸利用调节蛋白roCR、0期孢子形成蛋白J、发 芽蛋白gerE、前孢子特异性转录激活子rsfA、转录状态调节蛋白abrB、σ K-因子加工调节 蛋白BofA、酸溶性孢子小蛋白、WpF蛋白、RNA聚合酶σ因子rpoD、N-乙酰胞壁酰-L-丙 氨酸酰胺酶、孢子形成激酶D、染色体分配蛋白parA、细胞分裂起始蛋白DivIB、细胞分裂蛋 白ftsA、细胞分裂蛋白ftsZ、糖基转移酶、丝氨酸型D-丙氨酸-D-丙氨酸羧肽酶、孢子蛋白酶、Jag蛋白、二氢硫辛酰赖氨酸-残基乙酰转移酶、丙酮酸脱氢酶(乙酰基转移)、激酶自 身磷酸化抑制物kipl、激酶自身磷酸化抑制物的调节物、嘧啶操纵子调节蛋白pyrR、磷酸 化抑制物、SIR2家族蛋白、转录状态调节蛋白abrB、转录修复偶联因子、转录调节物、转录 调节物ctsR、转录调节物)(re家族、转录调节物ArsR家族、转录调节物Cro/CI家族、转录 调节物DeoR家族、转录调节物GntR家族、转录调节物IclR家族、转录调节物LacI家族、 转录调节物LytR家族、转录调节物MarR家族、转录调节物TetR家族、转录调节蛋白resD、 转录调节物AsnC家族、DNA结合蛋白、DNA结合蛋白HU、单链DNA结合蛋白、双组分反应调 节物、精氨酸阻抑物argR、中心糖酵解基因调节物、Ebg操纵子阻抑物、葡萄糖酸操纵子转 录阻抑物、热可诱导的转录阻抑物hrcA、Kdg操纵子阻抑物、阻抑物LexA、过氧化物操纵子 调节物、Pur操纵子阻抑物、核糖操纵子阻抑物、转录多效性阻抑物codY、Trp阻抑物结合 蛋白、抗-oF因子拮抗剂、σ依赖性转录激活子、转录激活子tenA、Hpr(Ser)激酶、磷 酸酶、分解代谢物控制蛋白A、分解代谢物阻抑蛋白crh、双组分系统组氨酸激酶、磷酸盐调 节子传感蛋白phoR、趋化性蛋白cheA、趋化性蛋白cheY、传感蛋白resE、C4_ 二羧酸转运蛋 白、传感蛋白kdpD、孢子形成起始磷酸转移酶F、双组分传感激酶yycG、双组分反应调节物 yycF、双组分反应调节物yesN、转运蛋白、以及MMPL家族的活性。
24. 一种在等于或高于大约25摄氏的温度或者在等于或低于大约8的pH时调控转录 或转录调控或转录控制的方法，所述方法包括向转录系统提供重组的、纯化的、和/或分离 的核苷酸序列或者重组的、纯化的、和/或分离的多肽，所述核苷酸序列包括选自由以下组 成的组的核苷酸序列对 SEQ ID No. 2、19、36、53、70、87、104、121、138、155、172、189、206、 223、240、257、274、291、308、325、342、359、376、393、410、427、444、461、478、495、512、529、 546、563、580、597，614、631、648、665、682、699、716、733、750、767、784、801、818、835、852、 869、886、903、920、937、954、971、988、1005、1022、1039、1056、1073、1090、1107、1124、1141、 1158、1175、1192、1294、1311、1328、1345、1362、1379、1396、1413、1430、1447、1464、1481、 1498、1515、1532、1549、1566、1583、1600、1617、1634、1651、1668、1685、1702、1719、1736、 1753、1770、1787、1804、1821、1838、1855、1872、1889、1906、1923、1940、1957、1974、1991、 2008、2025、2042、2059、2076、2093、2110、2127、2144、2161、2178、2195、2212、2229、2246、 2263、2280、2297、2314、2331、2348、2365、2382、2399、2416、2518、2535、2552、2569、2603、 2620、2637、2654、2671、2688、2705、2722、2739、2756、2773、2790、2807、2824、2841、2857、 2858,2860,2877,2894,2911和四观的序列中的至少一个具有至少90%序列同一性的核 苷酸序列；所述多肽选自由对 SEQ ID No. 1、18、35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、 205、222、239、256、273、290、307、324、341、358、375、392、409、426、443、460、477、494、511、 528、545、562、579、596、613、630、647、664、681、698、715、732、749、766、783、800、817、834、 851、868、885、902、819、936、953、970、987、1004、1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、 1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、 1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、 1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、 1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、 2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、 2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、.2859,2876,2893,2910和四27的序列中的至少一个具有至少90%序列同一性的多肽所组成的组。
25.根据权利要求M所述的方法，其中向转录系统提供重组的、纯化的、和/或分离的 核苷酸序列或者重组的、纯化的、和/或分离的多肽发生在等于或低于大约PH 6时，所述核 苷酸序列包括选自由以下组成的组的核苷酸序列对SEQ ID No. 2、19、36、53、70、87、104、 121、138、155、172、189、206、223、240、257、274、291、308、325、342、359、376、393、410、427、 444、461、478、495、512、529、546、563、580、597，614、631、648、665、682、699、716、733、750、 767、784、801、818、835、852、869、886、903、920、937、954、971、988、1005、1022、1039、1056、 1073、1090、1107、1124、1141、1158、1175、1192、1294、1311、1328、1345、1362、1379、1396、 1413、1430、1447、1464、1481、1498、1515、1532、1549、1566、1583、1600、1617、1634、1651、 1668、1685、1702、1719、1736、1753、1770、1787、1804、1821、1838、1855、1872、1889、1906、 1923、1940、1957、1974、1991、2008、2025、2042、2059、2076、2093、2110、2127、2144、2161、 2178、2195、2212、2229、2246、2263、2280、2297、2314、2331、2348、2365、2382、2399、2416、 2518、2535、2552、2569、2603、2620、2637、2654、2671、2688、2705、2722、2739、2756、2773、 2790、2807、2824、2841、2857、2858、2860、2877、2894、2911 和 2928 的序列中的至少一个具 有至少90%序列同一性的核苷酸序列；所述多肽选自由对SEQ ID No. 1、18、35、52、69、86、 103、120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、307、324、341、358、375、392、409、 426、443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、630、647、664、681、698、715、732、 749、766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、953、970、987、1004、1021、1038、 1055、1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、1361、1378、 1395、1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、1616、1633、 1650、1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、1871、1888、 1905、1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、2126、2143、 2160、2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、2381、2398、 2415、2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、2738、2755、 2772,2789,2806,2823,2840,2859,2876,2893,2910 和四27 的序列中的至少一个具有至少 90 %序列同一性的多肽所组成的组。
26.根据权利要求M所述的方法，其中向转录系统提供重组的、纯化的、和/或分离 的核苷酸序列或者重组的、纯化的、和/或分离的多肽发生在等于或高于大约50摄氏度 的温度，所述核苷酸序列包括选自由以下组成的组的核苷酸序列对SEQ ID No. 2,19, 36、53、70、87、104、121、138、155、172、189、206、223、240、257、274、291、308、325、342、359、 376、393、410、427、444、461、478、495、512、529、546、563、580、597，614、631、648、665、682、 699、716、733、750、767、784、801、818、835、852、869、886、903、920、937、954、971、988、1005、 1022、1039、1056、1073、1090、1107、1124、1141、1158、1175、1192、1294、1311、1328、1345、 1362、1379、1396、1413、1430、1447、1464、1481、1498、1515、1532、1549、1566、1583、1600、 1617、1634、1651、1668、1685、1702、1719、1736、1753、1770、1787、1804、1821、1838、1855、 1872、1889、1906、1923、1940、1957、1974、1991、2008、2025、2042、2059、2076、2093、2110、 2127、2144、2161、2178、2195、2212、2229、2246、2263、2280、2297、2314、2331、2348、2365、 2382、2399、2416、2518、2535、2552、2569、2603、2620、2637、2654、2671、2688、2705、2722、.2739、2756、2773、2790、2807、2824、2841、2857、2858、2860、2877、2894、2911 和 2928 的序列 中的至少一个具有至少90%序列同一性的核苷酸序列；所述多肽选自由对SEQ ID No. 1、 18、35、52、69、86、103、120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、307、324、341、 358、375、392、409、426、443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、630、647、664、 681、698、715、732、749、766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、953、970、987、 1004、1021、1038、1055、1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、 1344、1361、1378、1395、1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、 1599、1616、1633、1650、1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、 1854、1871、1888、1905、1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、 2109、2126、2143、2160、2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、 2364、2381、2398、2415、2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、 2721、2738、2755、2772、2789、2806、2823、2840、2859、2876、2893、2910 和 2927 的序列中的 至少一个具有至少90%序列同一性的多肽所组成的组。
27.根据权利要求M所述的方法，其中选自由对SEQID No. 1、18、35、52、69、86、103、 120、137、154、171、188、205、222、239、256、273、290、307、324、341、358、375、392、409、426、 443、460、477、494、511、528、545、562、579、596、613、630、647、664、681、698、715、732、749、 766、783、800、817、834、851、868、885、902、819、936、953、970、987、1004、1021、1038、1055、 1072、1089、1106、1123、1140、1157、1174、1191、1293、1310、1327、1344、1361、1378、1395、 1412、1429、1446、1463、1480、1497、1514、1531、1548、1565、1582、1599、1616、1633、1650、 1667、1684、1701、1718、1735、1752、1769、1786、1803、1820、1837、1854、1871、1888、1905、 1922、1939、1956、1973、1990、2007、2024、2041、2058、2075、2092、2109、2126、2143、2160、 2177、2194、2211、2228、2245、2262、2279、2296、2313、2330、2347、2364、2381、2398、2415、 2517、2534、2551、2568、2602、2619、2636、2653、2670、2687、2704、2721、2738、2755、2772、 2789、2806、2823、2840、2859、2876、2893、2910 和 2927 的序列中的至少一个具有至少 90% 序列同一性的多肽组成的组的所述重组的、纯化的、和/或分离的多肽是糖基化的、聚乙二 醇化的、或以其他方式翻译后修饰的。
28.根据权利要求M所述方法，其中所述多肽具有选自由以下组成的组的活性转录 延伸因子greA、DNA指导的RNA聚合酶α链、DNA指导的RNA聚合酶β链、DNA指导的RNA 聚合酶β ‘链、DNA指导的RNA聚合酶δ链、DNA指导的RNA聚合酶ω链、RNA聚合酶ECF 型σ因子、RNA聚合酶σ因子rpoD、RNA聚合酶σ-E因子、RNA聚合酶σ-F因子、RNA聚合 酶σ-G因子、RNA聚合酶σ-H因子、RNA聚合酶σ-K因子、σ K-因子加工调节蛋白BofA、 甘油摄取的操纵子抗终止子调节蛋白、N利用质蛋白B、N利用质蛋白A、转录抗终止蛋白 nusG、转录终止因子rho、精氨酸利用调节蛋白rOCR、0期孢子形成蛋白J、发芽蛋白gerE、前 孢子特异性转录激活子rsfA、转录状态调节蛋白abrB、σ K-因子加工调节蛋白BofA、酸溶 性孢子小蛋白、WpF蛋白、RNA聚合酶σ因子rp0D、N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶、孢 子形成激酶D、染色体分配蛋白parA、细胞分裂起始蛋白DivIB、细胞分裂蛋白ftsA、细胞分 裂蛋白ftsZ、糖基转移酶、丝氨酸型D-丙氨酸-D-丙氨酸羧肽酶、孢子蛋白酶、Jag蛋白、二 氢硫辛酰赖氨酸-残基乙酰转移酶、丙酮酸脱氢酶(乙酰基转移)、激酶自身磷酸化抑制物 kipl、激酶自身磷酸化抑制物的调节物、嘧啶操纵子调节蛋白pyrR、磷酸化抑制物、SIR2家族蛋白、转录状态调节蛋白abrB、转录修复偶联因子、转录调节物、转录调节物ctsR、转录 调节物)(re家族、转录调节物ArsR家族、转录调节物Cro/CI家族、转录调节物DeoR家族、 转录调节物GntR家族、转录调节物IclR家族、转录调节物LacI家族、转录调节物LytR家 族、转录调节物MarR家族、转录调节物TetR家族、转录调节蛋白resD、转录调节物AsnC家 族、DNA结合蛋白、DNA结合蛋白HU、单链DNA结合蛋白、双组分反应调节物、精氨酸阻抑物 argR、中心糖酵解基因调节物、Ebg操纵子阻抑物、葡萄糖酸操纵子转录阻抑物、热可诱导的 转录阻抑物hrcA、Kdg操纵子阻抑物、阻抑物LexA、过氧化物操纵子调节物、Pur操纵子阻 抑物、核糖操纵子阻抑物、转录多效性阻抑物codY、Trp阻抑物结合蛋白、抗-σ F因子拮抗 剂、σ -54依赖性转录激活子、转录激活子tenA、Hpr (ser)激酶、磷酸酶、分解代谢物控制蛋 白A、分解代谢物阻抑蛋白crh、双组分系统组氨酸激酶、磷酸盐调节子传感蛋白phoR、趋化 性蛋白cheA、趋化性蛋白cheY、传感蛋白resE、C4_ 二羧酸转运蛋白、传感蛋白kdpD、孢子 形成起始磷酸转移酶F、双组分传感激酶yycG、双组分反应调节物yycF、双组分反应调节物 yesN、转运蛋白、以及MMPL家族的活性。
全文摘要
提供了来自酸热脂环酸杆菌的分离的和/或纯化的多肽和编码多肽的核酸序列。还提供了使用来自酸热脂环酸杆菌的分离的和/或纯化的多肽和核酸序列调控转录或转录调控或转录控制的方法。
文档编号C12N15/64GK102083988SQ200980106013
公开日2011年6月1日 申请日期2009年2月20日 优先权日2008年2月22日
发明者B·D·李, D·N·汤普森, D·W·瑞德, J·A·莱西, V·S·汤普森, W·A·阿佩尔 申请人:巴特勒能源同盟有限公司