用于甲状腺癌症的风险评估的遗传变型的制作方法

专利名称：用于甲状腺癌症的风险评估的遗传变型的制作方法
用于甲状腺癌症的风险评估的遗传变型引言甲状腺癌甲状腺癌是最常见的经典内分泌恶性肿瘤，在过去数十年中其发病率在美国以及其它工业化国家已快速升高。甲状腺癌症在组织学上被分成4类甲状腺乳头状癌、甲状腺滤泡状癌、甲状腺髓样癌和未分化的或甲状腺退行发育性癌(DeLellis，R. Α.，J Surg Oncol,94,662(2006)).乳头状和滤泡状癌(包括Hilrthle细胞变体)统称为分化型甲状腺癌，并且它们约占 95%的偶发病例(DeLellis，R.A.，J Surg Oncol，94，662 (2006))。在 2008年，预期在美国将诊断37，000多例新病例，其中约75%为女性(男性对女性的比率为 1 ； 3. 2) (Jemal, A.,等人，Cancer statistics, 2008. CA Cancer J Clin, 58 :71-96, (2008))。如果在早期被诊断，甲状腺癌是在所有患者中的97%具有5年存活率的易于控制的疾病，然而预期2008年在美国接近1，600个个体将死于该疾病(Jemal，A.，等人，Cancer statistics, 2008. CA Cancer J Clin, 58 :71-96, (2008)) 被诊断患有更晚期疾病的个体中存活率更低(约40%)；即具有大的浸润癌和/或远端转移的个体约40%具有5年存活率(Sherman, S. I.,等人,3rd，Cancer，83，1012 (1998)，Kondo, T.，Ezzat, S.，禾口 Asa， S. L. , Nat Rev Cancer，6，四2 (2006))。对于抗放射性碘的转移性疾病，没有有效的治疗并且这些患者中10年存活率低于15% (Durant e，C.，等人，J Clin Endocrinol Metab，91， 2892 (2006) )0因此，需要更好地理解甲状腺癌进展的分子原因，以开发新型诊断工具和更好的治疗选择。虽然相对罕见(在美国的全部恶性肿瘤)，但在美国1984年与2004年之间甲状腺癌的发病率增加1倍以上；几乎完全归因于甲状腺乳头状癌诊断的增加(SEER web 艮导；Ries L, Melbert D, KrapchoM 等人(2007) SEER cancer statistics review, 1975-2004. National Cancer Institute, Bethesda, MD, http://seer.cancer.gov/ csr/1975_2004/, based on November 2006 SEER data submission) 。 $ 1995 $与 2004 年之间，甲状腺癌症是第三增长最快的癌症诊断，仅次于腹膜、网膜和肠系膜癌和“其它”消化系统癌(digestive cancer) [SEER web报导]。类似地，还已在加拿大、澳大利亚、以色列和几个欧洲国家(Liu，S.，等人，Br J Cancer,85,1335 (2001),Burgess, J. R. ,Thyroid, 12, 141 (2002)，Lubina, Α.，等人，Thyroid, 16，1033 (2006)，Colonna, Μ.，等人，Eur J Cancer, 38，1762 (2002)，Leenhardt, L.，等人，Thyroid, 14，1056 (2004)，Reynolds, R. Μ.，等人，Clin Endocrinol (Oxf) ,62,156(2005), Smailyte, G.，等人，BMC Cancer, 6, 284 (2006))观察到甲状腺癌的急剧增加。该流行病背后的因素还不十分清楚。在已知风险因素的增加明显不存在的情况下，科学家已广泛地推测不断改变的诊断实践是可能的原因(Davies，L. and Welch, H. G. , Jama, 295, 2164 (2006), Verkooi jen, H. Μ.，等人，Cancer Causes Control, 14, 13(2003)) ο甲状腺癌的主要的已知风险因素是辐射暴露(radiation exposure)。潜在暴露源包括用于诊断和治疗药剂中的放射物以及来自核爆炸的放射性沉降物。然而，在美国过去的二十年中，这两种来源似乎都未增加。曾经在美国很普遍的用于良性儿童病症的对头和颈的放射疗法自1950年代早期后减少了 (Zheng，T.，等人，Int J Cancer，67，504 (1996))。 类似地，随着部分禁核试验条约(the Limited Test Ban Treaty)的签署，在美国核武器的大气层试验于1963年终止。这样的核试验对甲状腺癌率的作用，尽管不完全清楚，但被认为是有限的(Gilbert, Ε. S.，等人，J Natl Cancer Inst, 90,1654(1998), Hundahl, S. Α.， CA Cancer J Clin，48，285 (1998)，Robbins，J.禾口 Schneider，A. B. ，Rev Endocr Metab Disord,1，197(2000))。与甲状腺癌的真实发生的增加完全相反，甲状腺癌发病率的升高可能可归咎于增加的亚临床癌的检测(Davies，L. and Welch，H. G.，Jama，295，2164 (2006))。美国的甲状腺癌发病率已升高数十年，然而死亡率一直保持相对恒定(Davies，L.和W^elch, H. G.，Jama, 295,2164(2006)). 1980年代超声检查和细针抽吸活检的引入提高了小瘤的检测并且使小结的细胞学评估变得更常规(Rojeski，Μ. T. ^P Gharib, H.，N Engl J Med，313，428 (1985)， Ross,D. S. ,J Clin Endocrinol Metab，91，4253 Q006))。该增加的诊断细查可允许进行潜在的致命性甲状腺癌的早期检测。然而，几项研究将甲状腺癌报导为在没有检出甲状腺癌的人中的相同尸检发现(autopsy finding)(达到 35% ) (Bondeson, L.和 Ljungberg, 0.， Cancer, 47，319 (1981)，Harach, H. R.，等人，Cancer, 56，531 (1985)，Solares, C. A.，等人，Am J Otolaryngol, 26,87 (2005)禾口 Sobrinho_Simoes,M· A. , Sambade,M. C.,禾口 Goncalves, V., Cancer,43,1702(1979))。这表明许多人以对他们的健康威胁不大或无威胁的甲状腺癌的亚临床形式生活。在大多数病例中已鉴定了据信为PTC引发的原因的体细胞遗传缺陷；此类遗传缺陷包括牵涉gET的酪氨酸激酶结构域和激活BRAF和RAS的突变的基因重排(Kondo，Τ.， Ezzat, S.,禾口 Asa, S. L. , Nat Rev Cancer, 6, 292 (2006), Tallini, G. , Endocr Pathol, 13, 271 (2002).，Fagin, J. A.，Mol Endocrinol，16，903 (2002))。虽然一些相关性研究支持特定遗传改变与侵袭性癌症行为之间的关联性(NikiforoVa，M.N.，等人，J Clin Endocrinol Metab, 88, 5399 (2003), Trovisco, V.，等人，J Pathol, 202, 247 (2004), Garcia-Rostan, G.， 等人，J Clin Oncol, 21, 3226 (2003), Nikiforov, Y. Ε·，Endocr Pathol, 13, 3 (2002)), {0 存在许多几乎只在侵袭性PTC中发现的事件，包括P53的突变O^agin，J. Α.，等人，J Clin Invest，91，179(1993)，La Perle，K. Μ·，等人，Am J Pathol，157，671 Q000))、失调的 β-连环蛋白信号转导(Karim, R.，等人，Pathology，36，120 (2004))、细胞周期蛋白Dl的上调 (Khoo, M.等人，J Clin Endocrinol Metab,87,1810(2002))和促进转移、血管生成和 / 或细胞粘附相关基因的过表达(Klein, Μ.，等人，J Clin Endocrinol Metab，86，656 (2001)， Yu，Χ. Μ.，等人，Clin Cancer Res，11，8063 (2005)，Guarino，V.，等人，J Clin Endocrinol Metab, 90, 5270 (2005)，Brabant, G.，等人，Cancer Res, 53,4987 (1993)，Scheumman, G. F.， 等人，J Clin Endocrinol Metab，80，2168 (1995)，Maeta, H. ，Ohgi, S.，禾口 Terada，Τ.， Virchows Arch，438，121 (2001)以及 Shiomi， Τ.禾口 Okada，Y. , Cancer Metastasis Rev, 22，145(2003))。现已证明原代PTC的侵袭性区域的特征通常在于增强的Akt活性和细胞溶质的 p27 定位(Ringel，M.D.，等人，Cancer Res，61，6105 (2001)，Vasko，V.，等人，J Med Genet，41，161 (2004))。也已证明PI3激酶、Akt和p27在PTC细胞体外侵袭中的功能作用(Guarino，V.，等人，J Clin Endocrinol Metab，90，527(^2005)，Vitagliano，D.，等人， Cancer Res，64，3823 (2004)，Motti，Μ. L.，等人，Am J Pathol, 166, 737 (2005)) 然而，对于具有激活BRAF突变的PTC，未发现增加的Akt活性与侵袭之间的关联性。最重要地，这些专注的研究未讨论其生物学功能和信号转导途径在侵袭性PTC细胞中被改变的更全局性的问题。甲状腺髓样癌在所有甲状腺癌病例中，2%至3%为髓质类型(甲状腺癌髓样癌MTC) (Hundahl, S.A.，等人，Cancer, 83, 2638 (1998) ) 0 MTC的平均存活率低于更常见的甲状腺癌，例如MTC 的83%的5年存活率对比于甲状腺乳头状癌和甲状腺滤泡状癌的90%至94%的5年存活率(Hundahl, S. Α.,等人，Cancer，83，2638 (1998)，Bhattacharyya, N.，Otolaryngol Head Neck Surg, 128,115(2003)).存活率与诊断的时期相关联，MTC中减少的存活率可部分由高比例的晚期诊断来解释(Hundahl，S. Α.，等人，Cancer，83，洸38 (1998)，Bhattacharyya, N.，Otolaryngol Head Neck Surg, 128,115(2003), Modigliani, Ε.，等人，J Intern Med, 238,363(1995))。1252个甲状腺髓样癌患者的基于群体的研究的监测、流行病学和最终结果(SEER)发现存活率变化由局部病的程度决定。例如，10年存活率范围包括从限于甲状腺的疾病的95. 6%至具有远端转移的疾病的40% (Roman, S.，Lin，R.，和Sosa，J.A. ,Cancer, 107,2134(2006))οMTC产生自甲状腺的滤泡旁降钙素分泌细胞。MTC以散发型和家族型形式发生并且可在C细胞增生(CCH)之后发生，虽然CCH是中年成年人中相对常见的异常。在瑞典在基于群体的研究中，26%的患MTC的患者具有家族型(Bergholm，U.，Bergstrom, R.，and Ekbom, Α.，Gancer,79,132(1997))。法国国家登记处和美国临床系列都报导了更高比例的家族病例(分别地 43%和 44% ) (Modigliani, E.，等人，J Intern Med, 238, 363 (1995), Kebebew, Ε.，等人，Cancer, 88,1139(2000)) 0家族病例通常标示着多内分泌性腺瘤形成类型2( —组由原癌基因RET中遗传的突变引起的常染色体显性遗传病症)的存在(0ΜΙΜ，在线人类孟德尔遗传(online mendelian inheritance in men) (http://www.ncbi.nlm.nih. gov/sites/entrez ？ db = omim))0甲状腺退行发育性癌退行发育性肿瘤是所有甲状腺癌中最不常见(约0. 5至1. 5% )和最致命的。该癌症具有极低的治愈率，最好的治疗只能使10%的患者在其被诊断后存活3年。大部分患甲状腺退行发育性癌的患者自他们被诊断当天起存活不过1年。甲状腺退行发育性癌通常在更加分化的甲状腺癌或甚至甲状腺肿内产生。与乳头状癌相同，甲状腺退行发育性癌可在辐射暴露后许多年(> 20)产生。在诊断时，颈部转移(癌症至颈中的淋巴结的扩散)存在于绝大部分(90%以上)的病例中。这些颈部区域中淋巴结转移的存在引起更高的复发率并且予页不着高死亡率(Endocrine 网，(http://www. endocrineweb. com/caana. html))。遗传风险由人群中个体间基因组中的细微差异赋予。个体之间的基因组差异最频繁地由单核苷酸多态型(SNP)引起，虽然其它变异例如拷贝数变异(CNV)也是非常重要的。 在人基因组中平均每1000个碱基对存在一个SNP。因此，包含250000个碱基对的典型人基因可包含250个不同的SNP。只有少数SNP位于外显子中并且改变由该基因编码的蛋白质的氨基酸序列。大多数SNP对基因功能可能几乎没有影响或没有影响，然而其它SNP可改变由基因编码的mRNA的转录、剪接、翻译或稳定性。人基因组中的另外的遗传多态型是由 DNA的短区段或长区段的插入、缺失、易位或倒位引起的。赋予患疾病风险的遗传多态型因而可直接改变蛋白质的氨基酸序列，可增加从基因产生的蛋白质的量，或可减少由基因产生的蛋白质的量。随着赋予患常见疾病风险的遗传多态型被发现，此类风险因素的遗传检测对于临床医学变得日益重要。实例是鉴定痴呆患者中apoE4多态型的基因携带者以进行阿尔茨海默病的鉴别诊断的载脂蛋白E测试、和对深部静脉血栓形成的易感性的因子V的Leiden 测试。更重要地，在癌症的治疗中，肿瘤细胞的遗传变型的诊断对于个体患者的最适当治疗方案的选择是有用的。在乳腺癌中，雌激素受体表达或神经生长因子2型(Herf)受体酪氨酸激酶表达的遗传变异决定是否要将抗雌激素药(他莫昔芬)或抗Her2抗体(赫赛汀) 整合入治疗方案。在慢性髓样白血病(CML)中，融合编码Bcr和Abl受体酪氨酸激酶的基因的费城染色体基因易位(genetic translocation)的诊出表明应当将Gleevec (STI571) (Bcr-Abl激酶的特异性抑制剂)用于治疗癌症。对于具有这样的遗传改变的CML患者， Bcr-Abl激酶的抑制导致肿瘤细胞的快速消除和白血病缓解。对于赋予对甲状腺癌的易感性的遗传变型存在未满足的需要。基于可鉴定处于发生甲状腺癌的特定风险的个体的功用，此类变体预期对甲状腺癌的风险管理是有用的。本发明提供了此类易感性变体。发明概述本发明涉及甲状腺癌的风险处理的方法，其基于某些遗传变型与患甲状腺癌的风险相关的发现。因此，本发明包括通过评估已被发现与人中对甲状腺癌的易感性相关的某些标志来测定增加的对甲状腺癌的易感性或增加的患甲状腺癌的风险的方法以及测定减少的对甲状腺癌的易感性的方法。本发明的其它方面涉及评估经诊断患有甲状腺癌的个体的预后的方法，评估对甲状腺癌的治疗剂或疗法的反应的可能性的方法，以及监测经诊断患有甲状腺癌的个体的治疗进展的方法。在一个方面，本发明涉及诊断人个体中对甲状腺癌的易感性的方法，所述方法包括确定在选自rs965513(SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志上的至少一个等位基因在获自该个体的核酸样品中的存在或不存在，其中所述至少一个等位基因的存在标示着对甲状腺癌症的易感性。本发明还涉及通过测定选自 rs965513(SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型的至少一个等位基因的存在或不存在来测定对甲状腺癌的易感性的方法，其中所述至少一个等位基因的存在的确定标示着对甲状腺癌症的易感性。在另一个方面中，本发明还涉及测定人个体中对甲状腺癌的易感性的方法，其包括确定至少一个多态型标志上的至少一个等位基因是否存在于获自个体的核酸样品或是否存在于来源于个体的基因型数据集中，其中所述至少一个多态型标志选自rs965513 (SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志，并且其中所述至少一个等位基因的存在标示着个体的对甲状腺癌的易感性。在另一个方面中，本发明涉及测定人个体中对甲状腺癌的易感性的方法，其包括确定至少一个多态型标志中的至少一个有风险的等位基因是否存在于来源于个体的基因型数据集中，其中所述至少一个多态型标志选自标志rs965513(SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志，并且其中所述至少一个有危险的等位基因的存在的确定标示着个体中增加的对甲状腺癌的易感性。
基因型数据集在一个实施方案中包括关于个体的标志本体和等位基因状态(对于标志的至少一个等位基因)的信息，即关于个体中标志的至少一个等位基因的本体的信息。基因型数据集可包含关于一个或多个标志，包括2个或更多个标志、3个或更多个标志、 5个或更多个标志、10个或更多个标志、100个或更多个标志等的等位基因信息(关于等位基因状态的信息)。在一些实施方案中，基因型数据集包括来自个体的全基因组评估的基因型信息，其可包括数十万个标志或甚至覆盖个体的整个基因组的100万或更多个标志。在某些实施方案中，所述至少一个多态型标志与R)xEl基因关联。本发明的另一个方面涉及测定人个体中对甲状腺癌的易感性的方法，所述方法包括获得关于人个体的核酸序列数据，并且鉴定选自rs965513(SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对甲状腺癌的不同易感性关联，和根据核酸序列数据测定对甲状腺癌的易感性。本发明还涉及测定人个体中对甲状腺癌的易感性的方法，所述方法包括获得关于人个体的核酸序列数据，鉴定与i^oxEl基因关联的至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对甲状腺癌的不同易感性关联， 以及根据核酸序列数据测定对甲状腺癌的易感性。一般地，多态型遗传标志在核酸水平上导致可替代的序列。如果核酸标志改变由核酸编码的多肽的密码子，那么标志还将在编码的多肽的氨基酸水平上导致可替代的序列 (多态标志)。核酸的多态型标志上的特定等位基因或多肽标志上的特定等位基因的本体的测定包括特定的等位基因是否存在于序列的特定位置上。鉴定标志上的特定等位基因的序列数据包括足以检测特定等位基因的序列。对于本文描述的单核苷酸多态型(SNP)或氨基酸多态型，序列数据可包括单个位置上的序列，即序列内单个位置上的核苷酸或氨基酸的本体。序列数据可任选地包括关于侧翼于多态型位点的序列的信息，所述序列在SNP的情况下覆盖单个核苷酸。在某些实施方案中，其可用于测定至少两个多态型标志的核酸序列。在其它实施方案中，测定至少3个、至少4个或至少5个或更多个多态型标志的核酸序列。可从两个或更多个多态型标志的分析中产生单倍型信息。因此，在某些实施方案中，执行进一步骤，借助于所述步骤可基于至少两个多态型标志的序列数据产生单倍型信息。本发明还提供了测定人个体中对甲状腺癌的易感性的方法，所述方法包括获得关于人个体的核酸序列数据，鉴定选自rs965513(SEQ ID NO :1)和与其处于连锁不平衡中的标志的至少两个多态型标志的这两个等位基因，基于序列数据确定至少一个单倍型的本体，以及根据单倍型数据测定对甲状腺癌的易感性。在某些实施方案中，易感性的测定包括将核酸序列数据与包含至少一个多态型标志与对甲状腺癌的易感性之间的关联数据的数据库相比较。在一些实施方案中，数据库包括针对至少一个标志的对甲状腺癌症的易感性的至少一个风险度测量。序列数据库可以例如以查找表的形式提供，所述查找表包括标示着针对任一个或多个特定多态型的对甲状腺癌的易感性的数据。数据集还可包括标示着针对包括至少两个多态型标志的特定单倍型的易感性的数据。
获得核酸序列数据可在某些实施方案中包括从人个体获得生物样品并且分析样品的核酸中的至少一个多态型标志的序列。分析序列可包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因的存在或不存在。特定易感性等位基因(例如，有风险的等位基因)的存在的确定标示着人个体中对甲状腺癌的易感性。特定易感性等位基因的不存在的确定标示着因至少一个多态型而引起的特定易感性不存在于个体中。在一些实施方案中，获得核酸序列数据包括从既存记录获得核酸序列信息。所述既存记录可以例如是包含序列数据的计算机文件或数据库，所述序列数据是例如人个体的、至少一个多态型标志的基因型数据。可将通过本发明的诊断方法测定的易感性报告给特定的实体。在一些实施方案中，所述至少一个实体选自下组个体、个体的监护人、基因服务提供商、医生、医疗机构和医疗保险公司。在本发明的某些实施方案中，易感性的测定包括将核酸序列数据与包含至少一个多态型标志与对甲状腺癌的易感性之间的关联数据的数据库相比较。在一个这样的实施方案中，所述数据库包含至少一个多态型标志的至少一个对甲状腺癌的易感性的风险度测量。在另一个实施方案中，数据库包括包含对于至少一个多态型标志的至少一个病症的至少一个风险度测量的查找表。在某些实施方案中，获得核酸序列数据包括从人个体获得生物样品并且分析样品的核酸中的至少一个多态型标志的序列。分析至少一个多态型标志的序列可包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因的存在或不存在。获得核酸序列数据还可包括从既存记录获得核酸序列信息。本发明的某些实施方案涉及获得关于选自rs965513(SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志的至少两个多态型标志的核酸序列数据。在本发明的某些实施方案中，至少一个多态型标志选自表2中所示的标志。在一个实施方案中，至少一个多态型标志选自SEQ ID NO :1-2 中所示的标志。在一个实施方案中，至少一个标志与 rs965513(SEQ ID NO 1)、rs907580 (SEQ ID NO 2)和 rs7024345 (SEQ ID NO 3)的至少一个处于连锁不平衡中。在另一个实施方案中，至少一个标志与选自下组的至少一个标志处于连锁不平衡中rs965513(SEQ ID NO 1)、rsl0759944 (SEQ ID NO: 17)、rs907580(SEQ ID NO :2)、rsl0984103 (SEQ ID NO :37)、rs925487 (SEQ ID NO :34)、 rs7024345(SEQ ID NO :3)和 rsl44;34;M (SEQ ID NO :30)。在一个实施方案中，至少一个标志选自下组rs965513(SEQ ID NO :1)、rsl0759944 (SEQ ID NO 17)、rs907580 (SEQ ID NO: 2)、rsl0984103(SEQ ID NO :37)、rs925487 (SEQ ID NO :34)、rs7024345 (SEQ ID NO :3)和 rsl443434(SEQ ID NO :30)。在本发明的某些实施方案中，进行评估至少一个单倍型在个体中的频率的进一步的步骤。在此类实施方案中，单倍型可包含两个或更多个标志，包括3、4、5、6、7、8、9或10或更多个标志。在某些实施方案中，所述至少一个单倍型包含选自下组的标志rs965513(SEQ ID NO :1)、rsl0759944(SEQ ID NO 17)、rs907580(SEQ ID NO :2)、rsl0984103(SEQ ID NO: 37)、rs925487(SEQ ID NO :34)、rs7024345(SEQ ID NO :3)和rs1443434(SEQ ID NO :30)以及与其处于连锁不平衡中的标志。在某些此类实施方案中，所述至少一个单倍型代表上述标志的任一个存在于其中的特定基因组区域(例如LD区段)的基因组结构。
可将如本文中所述的赋予患甲状腺癌的风险的标志与针对甲状腺癌的其它遗传标志组合。此类标志通常不与本文中描述的标志的任一个，特别是标志rs965513 (SEQ ID NO :1)、rs907580(SEQ ID NO :2)和rs7024345(SEQ ID NO :3) ID NO :6)、rs9956546(SEQ ID NO :7)、rsl 1912922 (SEQ ID NO :8)、rs6001954 (SEQ ID NO :9)处于连锁不平衡中。可通过将本文中描述的遗传风险因素与针对甲状腺癌的另外的遗传风险因素组合来实施本文中描述的方法的任一方法。因此，在某些实施方案中，包括另外的步骤，其包括确定不与标志rs965513 (SEQ ID NO :1)、rs907580(SEQ ID NO :2)和 rs7024345 (SEQ ID NO :3)的任一个处于连锁不平衡中的针对甲状腺癌的至少一个有风险的变体的至少一个有风险的等位基因是否存在于包含人个体的基因组DNA的样品中或来源于人个体的基因型数据集中。换句话说，基因组的其它位置中的遗传标志可用于与本发明的标志组合，以基于多个遗传变型测定甲状腺癌的总体风险。在一个实施方案中，针对甲状腺癌的所述至少一个有危险的变体不与标志 rs965513(SEQ ID NO 1)处于连锁不平衡中。可基于对连锁不平衡的适当测量选择不处于连锁不平衡(不存在于LD中)的标志，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，不处于连锁不平衡中的标志对于与标志相关的LD测量r2具有小于0. 2的值。在某些其它实施方案中，不处于LD中的标志对于与标志相关的r2具有小于0. 15，包括小于0. 10，小于0. 05， 小于0.02和小于0.01的值。涉及用于确定标志不处于LD中的其它适当的数值，包括跨越上述值的任一值的值。在一个实施方案中，将本文中描述的一个或多个标志的评估与染色体14ql3. 3上的标志rs944289或与其处于连锁不平衡中的标志的评估组合，用以确定总风险度。在某些实施方案中，确定本文中描述的多个标志以测定甲状腺癌的总体风险。因此，在某些实施方案中，包括另外的步骤，所述步骤包括确定至少两个多态型标志的每一个中的至少一个等位基因是否存在于包含人个体的基因组DNA的样品中或来源于人个体的基因型数据集中，其中在至少两个多态型标志中的至少一个等位基因的存在标示着增加的对甲状腺癌的易感性。在一个实施方案中，标志选自rs965513(SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志。在一个实施方案中，标志选自表2中所示的标志。还可将本发明的遗传标志与非遗传信息组合以确定个体的总体风险。因此，在某些实施方案中，包括另外的步骤，其包括分析非遗传信息以进行个体的风险评估、诊断或预后。非遗传信息可以是关于个体的疾病状态的任何信息或可影响个体的甲状腺癌的总体风险的评估的其它信息。在一个实施方案中，非遗传信息选自受试者的年龄、性别、种族、社会经济地位、以前的疾病诊断、医疗史、甲状腺癌的家族史、生物化学测量和临床测量。本发明还提供了计算机实现的方面。在一个这样的方面，本发明提供了具有用于测定个体中对甲状腺癌的易感性的计算机可执行指令的计算机可读介质(computer readable medium)，该计算机可读介质包括表示着至少一个多态型标志的数据；和存储在计算机可读介质上并且适合于用处理器执行以基于个体中所述至少一个多态型标志的至少一个等位基因的状态确定个体中对甲状腺癌的易感性的例程。在一个实施方案中，表示至少一个多态型标志的所述数据包括标示着与所述至少一个多态型标志关联的对甲状腺癌的易感性的至少一个参数。在另一个实施方案中，表示至少一个多态型标志的所述数据包括标示着所述个体中所述至少一个等位基因标志的至少一个等位基因的等位基因的状态的数据。在另一个实施方案中，所述例程适合于接受标示着所述个体中所述至少一个等位基因标志的至少一个等位基因的等位基因状态的输入数据。在优选实施方案中，所述至少一个标志选自rs965513(SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志。在另一个优选实施方案中，所述至少一个多态型标志选自表2中所示的标志。本发明还提供了用于测定人个体中甲状腺癌的遗传指标的装置，其包括处理器，计算机可读存储器，其具有适合在处理器上执行用以就甲状腺癌分析至少一个人个体的标志和/或单倍型信息的计算机可执行指令，和产生基于标志或单倍型信息的输出，其中所述输出包括至少一个标志或单倍型的风险度测量作为人个体的甲状腺癌的遗传指标。在一个实施方案中，计算机可读存储器包括标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个经诊断患有甲状腺癌的个体中的频率的数据，和标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个参照个体中的频率的数据，其中风险度测量基于人个体的至少一个标志和/或单倍型状态与标示着多个经诊断患有甲状腺癌的个体的至少一个标志和/或单倍型信息的频率的数据的比较。在一个实施方案中，计算机可读存储器还包括标示着与至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型关联的发生甲状腺癌的风险的数据，并且其中人个体的风险度测量基于人个体的至少一个标志和/或单倍型状态与和至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型关联的风险的比较。在另一个实施方案中，计算机可读存储器还包括标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个经诊断患有甲状腺癌的个体中的频率的数据，以及标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个参照个体中的频率的数据，并且其中发生甲状腺癌的风险度基于至少一个等位基因或单倍型在经诊断患有甲状腺癌的个体中的频率与参照个体中的频率的比较。在优选实施方案中，所述至少一个标志选自 rs965513(SEQ ID NO :1)和与其处于连锁不平衡中的标志。在另一个优选实施方案中，至少一个多态型标志选自表2中所示的标志。在另一个方面中，本发明涉及鉴定用于评估对甲状腺癌的易感性的标志的方法，所述方法包括鉴定与 rs965513(SEQ ID NO :1)、rs907580 (SEQ ID NO 2)和 rs7024345(SEQ ID NO 3)的至少一个处于连锁不平衡中的至少一个多态型标志；测定经诊断患有甲状腺癌的或具有对其的易感性的个体的样品的基因型状态；和测定对照个体的样品的基因型状态；其中至少一个多态型中至少一个等位基因在经诊断患有甲状腺癌或具有对其的易感性的个体中的频率与所述至少一个等位基因在对照样品中的频率相比较的显著差异标示着所述至少一个多态型对于评估对甲状腺癌的易感性是有用的。可基于甲状腺癌症患者和对照中某些多态型标志上的等位基因的计数的统计分析来评估显著性差异。 在一个实施方案中，显著差异基于小于0. 05的甲状腺癌患者与对照之间计算的P值。在另一个实施方案中，显著差异基于更小的计算的P值的值，例如小于0. 005,0. 0005或小于 0.00005。在一个实施方案中，所述至少一个多态型中所述至少一个等位基因，与所述至少一个等位基因在对照样品中的频率相比较，在经诊断患有甲状腺癌或具有对其的易感性的个体中的频率的增加标示着所述至少一个多态型对于评估增加的对甲状腺癌的易感性是有用的。在另一个实施方案中，所述至少一个多态型中的所述至少一个等位基因，与所述至少一个等位基因在对照样品中的频率相比较，在经诊断患有甲状腺癌或具有对其的易感性的个体中的频率的减少标示着所述至少一个多态型对于评估减少的对甲状腺癌的易感性或抗甲状腺癌的保护作用是有用的。本发明还涉及对取自人个体的核酸样品基因分型的方法，所述方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因是否存在于来自个体样品的核酸样品中，其中所述至少一个标志选自rs965513(SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志，并且其中所述至少一个等位基因在样品中的存在的确定标示着个体中对甲状腺癌的易感性。在一个实施方案中，rs965513(SEQ ID NO 1)的等位基因C的存在的确定标示着个体中增加的对甲状腺癌的易感性。在一个实施方案中，基因分型包括使用侧翼于至少一个多态型标志的核苷酸引物对，通过聚合酶链式反应(PCR)扩增包含至少一个多态型标志的核酸的区段。在另一个实施方案中，使用选自等位基因特异性探针杂交、等位基因特异性引物延伸、等位基因特异性扩增、核酸测序、5'-外切核酸酶降解、分子信标测定、寡核苷酸连接测定、大小分析、单链构象多态型分析(single-stranded conformation analysis)以及微阵列技术的方法进行基因分型。在一个实施方案中，微阵列技术是Molecular Inversion Probe阵列技术或BeadArray技术。在一个实施方案中，方法包括等位基因特异性探针杂交。在另一个实施方案中，方法包括微阵列技术。一个优选实施方案包括步骤(1)将核酸的拷贝在用于寡核苷酸探针与所述核酸的特异性杂交的条件下与检测寡核苷酸探针和增强子寡核苷酸探针接触；其中(a)检测寡核苷酸探针在长度上为5至100个核苷酸并且与核酸的第一区段特异性杂交，所述核酸的第一区段的核苷酸序列包由SEQ ID NO :1-2 的任一个给出； (b)检测寡核苷酸探针在其3'末端包含可检测标记并且在其5'末端包含猝灭部分；(c) 增强子寡核苷酸在长度上为5至100个核苷酸并且与核苷酸序列的第二区段互补，所述核苷酸的第二区段相对于寡核苷酸探针为5'，以便当这两个寡核苷酸都与核酸杂交时增强子寡核苷酸相对于检测寡核苷酸探针位于3'；和(d)在第一区段与第二区段之间存在单个碱基缺口，以便当寡核苷酸探针和增强子寡核苷酸探针都与核酸杂交时，单个碱基缺口存在于寡核苷酸之间；( 用内切核酸酶处理核酸，当检测探针与核酸杂交时，所述内切核酸酶将从检测探针的3'末端切割可检测的标记以释放游离的可检测标记；和(3)测量游离的可检测标记，其中游离的可检测标记的存在表明所述检测探针与核酸的第一区段特异性杂交，以及表明多态型位点的序列为检测探针的互补序列。本发明的另外方面涉及就针对甲状腺癌治疗剂的反应的可能性评估个体的方法， 该方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因在获自个体的核酸样品中或来源于个体的基因型数据集中是否存在，其中至少一个多态型标志选自rs965513 (SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志，其中所述至少一个标志的所述至少一个等位基因的存在标示对治疗剂阳性反应的可能性。本发明在另一方面涉及预测经诊断患有甲状腺癌的个体的预后的方法，该方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因在获自个体的核酸样品中或来源于个体的基因型数据集中是否存在，其中所述至少一个多态型标志选自s965513(SEQ ID NO 1)以及与它们处于连锁不平衡中的标志，其中所述至少一个等位基因的存在标示着个体中甲状腺癌的恶化预后。
本发明的另一个方面还涉及监控正在经历甲状腺癌治疗的个体的治疗进展的方法，该方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因在获自个体的核酸样品中或来源于个体的基因型数据集中是否存在，其中所述至少一个多态型标志选自rs965513 (SEQ ID NO 1)以及与它们处于连锁不平衡中的标志，其中所述至少一个等位基因的存在标示着个体的治疗结果。在一个实施方案中，治疗是利用手术的治疗、利用放射疗法的治疗或利用药物施用的治疗。本发明还涉及寡核苷酸探针在制备用于诊断和/或评估人个体中对甲状腺癌的易感性的试剂中的用途，其中将探针与具有SEQ ID NO :1-2 的任一个中所示的核苷酸序列的核酸的区段杂交，其中所述探针在长度上可以为15至500个核苷酸。在某些实施方案中，所述探针在长度上为约16至约100个核苷酸。在某些实施方案中，所述探针在长度上为约20至约50个核苷酸。在某些其它实施方案中，所述探针在长度上为约20至约30个核苷酸。本发明在其最广泛的意义上涉及任何亚表型的甲状腺癌症，包括甲状腺乳头状癌、甲状腺滤泡状癌、甲状腺髓样癌和甲状腺退行发育性癌。在某些实施方案中，本发明涉及某些肿瘤类型。因此，在一个实施方案中，本发明涉及甲状腺乳头状癌。在另一个实施方案中，本发明涉及甲状腺滤泡状癌。在另一个实施方案中，本发明涉及甲状腺乳头状癌和/ 或甲状腺滤泡状癌。在另一个实施方案中，本发明涉及甲状腺髓样癌。在另一个实施方案中，本发明涉及甲状腺退行发育性癌。其它亚表型的甲状腺癌症以及亚表型的其它组合也被涉及并且也在本发明的范围内。本发明的某些实施方案涉及处于发作早期和/或诊断时处于早期的甲状腺癌的诊断。处于早期的经诊断的甲状腺癌可能更具侵袭性，特别是当良性小瘤在早期存在时。因此，某些实施方案涉及在发作早期和/或诊断的早期发生的甲状腺癌症。本发明的某些实施方案还包括评估针对甲状腺癌的生物标志的定量水平。可在一些实施方案中在来自个体的生物样品中评估生物标志。在一些实施方案中，样品是血液样品。血液样品在一些实施方案中是血清样品。在优选实施方案中，生物标志选自促甲状腺激素(TSH)、甲状腺素(T4)和三碘甲腺原氨酸(thriiodothyronine) (T3)。在某些实施方案中，生物标志的异常水平的确定标示着个体中异常甲状腺功能，从而其可标示着个体中增加的患甲状腺癌的风险。异常水平可以是增加的水平或异常水平可以是降低的水平。在某些实施方案中，基于与群体中生物标志的平均水平的偏差的测定来确定异常水平。在一个实施方案中，TSH的异常水平是低于0. 2mIU/L和/或高于10mIU/L的测量值。在另一个实施方案中，TSH的异常水平是低于0. 3mIU/L和/或高于3. OmIU/L的测量值。在另一个实施方案中，T3 (游离T3)的异常水平低于70ng/dL和/或高于205ng/dL。在另一个实施方案中，T4(游离T4)的异常水平低于0. 8ng/dL和/或高于2. 7ng/dL。在本发明的方法的一些实施方案中，方法中测定的易感性是增加的易感性。在一个这样的实施方案中，增加的易感性特征在于至少1. 30的相对风险度(RR)或比值比(OR)。 在另一个实施方案中，增加的易感性特征在于至少1. 40的相对风险度或比值比。在另一个实施方案中，增加的易感性特征在于至少1. 50的相对风险度或比值比。在另一个实施方案中，增加的易感性特征在于至少1.60的相对风险度或比值比。在另一个实施方案中，增加的易感性特征在于至少1. 70的相对风险度或比值比。在另外的一个实施方案中，增加的易感性特征在于至少1.80的相对风险度或比值比。在另外的一个实施方案中，增加的易感性特征在于至少1. 90的相对风险度或比值比。在另一个实施方案中，增加的易感性特征在于至少2. 0的相对风险度或比值比。某些其它实施方案的特征在于至少1. 55,1. 65,1. 75、 1. 85和1. 95的有危险的变体的相对风险度或比值比。相对危险度和/或比值比的其它数值，包括在这些上述值的任一个之间的数值也是可能的，并且这些值也在本发明的范围内。在本发明的方法的一些实施方案中，方法中测定的易感性是减少的易感性。在一个这样的实施方案中，减少的易感性特征在于小于0.8的相对风险度(RR)或比值比(OR)。 在另一个实施方案中，减少的易感性特征在于小于0.7的相对危险度或比值比。在另一个实施方案中，减少的易感性特征在于小于0.6的相对风险度或比值比。在另一个实施方案中，减少的易感性特征在于小于0.5的相对风险度或比值比。其它截断值例如小于0.69、 0. 68、0· 67、0· 66、0· 65、0· 64、0· 63、0· 62、0· 61、0· 60、0· 59、0· 58、0· 57、0· 56、0· 55、0· 54、 0. 53,0. 52,0. 51,0. 50等的相对风险度或比值比也被涉及并且在本发明的范围内。本发明还涉及试剂盒。在一个这样的方面，本发明涉及用于评估人个体中对甲状腺癌的易感性的试剂盒，所述试剂盒包括用于在个体的基因组中选择性检测选自 rs965513(SEQ ID NO :1)和与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志的至少一个等位基因所必需的试剂，其中所述至少一个等位基因的存在标示着增加的对甲状腺癌的易感性。在另一个方面中，本发明涉及用于评估人个体中对甲状腺癌的易感性的试剂盒，所述试剂盒包括在个体的基因组中用于选择性检测至少一个多态型标志的至少一个等位基因的试剂，其中所述多态型标志选自rs965513(SEQ ID NO 1)，并且其中所述至少一个等位基因的存在标示着对甲状腺癌的易感性。在一个实施方案中，所述至少一个多态型标志选自表2中所示的标志。试剂盒试剂可在一个实施方案中包括与包含至少一个多态型标志的个体的基因组的片段杂交的至少一个连续寡核苷酸。在另一个实施方案中，试剂盒包括与获自受试者的基因组区段的相反链杂交的至少一对寡核苷酸，其中每一个寡核苷酸引物对经设计用以选择性扩增包含一个多态型的个体的基因组的片段，其中所述多态型选自表2中定义的多态型，并且其中所述片段大小为至少20个碱基对。在一个实施方案中，寡核苷酸与个体的基因组完全互补。在另一个实施方案中，试剂盒还包括用于扩增所述区段的缓冲液和酶。在另一个实施方案中，试剂还包括用于检测所述片段的标记。在一个优选实施方案中，试剂盒包括长度为5至100个核苷酸的检测寡核苷酸探针；长度为5至100个核苷酸的增强子寡核苷酸探针；和核酸内切酶；其中所述检测寡核苷酸探针与其核苷酸序列示于SEQ ID NO :1-2 的任一个中的核酸的第一区段特异性杂交； 并且其中所述检测寡核苷酸探针在其3'末端包含可检测标记并且在其5'末端包含猝灭部分；其中所述增强子寡核苷酸在长度上为5至100个核苷酸并且与核苷酸序列的第二区段互补，所述核苷酸的第二区段相对于寡核苷酸探针为5'，以便当这两个寡核苷酸都与核酸杂交时增强子寡核苷酸相对于检测寡核苷酸探针位于3'；其中在第一区段与第二区段之间存在单个碱基缺口，以便当寡核苷酸探针和增强子寡核苷酸探针都与核酸杂交时，单个碱基缺口存在于寡核苷酸之间；并且其中用内切核酸酶处理核酸，当检测探针与核酸杂交时，所述内切核酸酶将从检测探针的3'末端切割可检测的标记以释放游离的可检测标记。
根据本发明的试剂盒还可用于本发明的其它方法，包括评估之前经诊断患有甲状腺癌的个体中发生至少一个第二原发性肿瘤的风险的方法，就对甲状腺癌治疗剂的反应的可能性评估个体的方法和监控经诊断患有甲状腺癌并且被提供以疾病的治疗的个体的治疗进展的方法。在本发明的方法、用途、装置或试剂盒的某些实施方案中，提供关于对甲状腺癌的
易感性的信息的至少一个多态型标志与i^oxEl基因关联。“与......关联”，在该上下文中，
意指所述至少一个标志与i^oxEl基因或其调控区处于连锁不平衡中。此类标志位于R)xEl 基因或其调控区内，或它们可与i^oxEl基因或其调控区内的至少一个标志处于连锁不平衡中，所述标志对基因的功能具有直接的影响。与 ^οχΕΙ关联的易感性变体的功能性结果可在于R)XE1基因的表达水平，其转录物或通过氨基酸改变在蛋白质水平上的稳定性，如在本文中更详细地描述的。本文中描述的与甲状腺癌关联的标志均可用于本发明的不同方面，包括本文中描述的方法、试剂盒、用途、装置、步骤。在某些实施方案中，本发明涉及与本文中定义的C09LD区段关联的标志。在某些其它实施方案中，本发明涉及表2中所示的标志(SEQ ID NO 1-229)以及与其处于连锁不平衡中的标志。在某些其它实施方案中，本发明涉及表2中所示的标志。在某些其它实施方案中，本发明涉及标志rs965513(SEQ ID NO
1)、rsl0759944(SEQID NO : 17)、rs907580 (SEQ ID NO :2)、rsl0984103 (SEQ ID NO :37)、 rs925487(SEQ ID NO :34)、rs7024345 (SEQ ID NO :3)和 rsl443434 (SEQ ID NO :30)以及与其处于连锁不平衡中的标志。在一些其它优选实施方案中，本发明涉及选自下组的任一个标志rs965513(SEQ ID NO :1)、rsl0759944 (SEQ ID NO :17)、rs907580 (SEQ ID NO:
2)、rsl0984103(SEQID NO :37)、rs925487 (SEQ ID NO :34)、rs7024345 (SEQ ID NO :3)和 rsl443434(SEQ ID NO :30)。在某些实施方案中，至少一个赋予增加的患甲状腺癌的风险的标志等位基因选自下组rs965513等位基因A、rsl0759944等位基因A、rs907580等位基因A、rsl0984103等位基因A、rs925487等位基因G、rs7024345等位基因A和rsl443434等位基因G。在此类实施方案中，所述等位基因(所述有风险的等位基因)的存在标示着增加的患甲状腺癌症的风险。在本发明的某些实施方案中，使用连锁不平衡测量值r2和ID' I测定连锁不平衡，所述连锁不平衡测量值r2和ID' ι提供两个遗传单元(例如，多态型标志)之间的连锁不平衡(LD)的程度的定量测量。特定标志之间的此类测量的某些数值标示着处于连锁不平衡中的标志，如本文中进一步描述的。在本发明的一个实施方案中，标志之间的连锁不平衡(即，标示着处于连锁不平衡中的标志的LD值)被定义为r2 > 0. 1。在另一个实施方案中，连锁不平衡被定义为r2 > 0. 2。其它实施方案可包括连锁不平衡的其它定义，例如 r2 > 0. 25，r2 > 0. 3，r2 > 0. 35，r2 > 0. 4，r2 > 0. 45，r2 > 0. 5，r2 > 0. 55，r2 > 0. 6，r2 > 0. 65，r2 > 0. 7，r2 > 0. 75，r2 > 0. 8，r2 > 0. 85，r2 > 0. 9，r2 > 0. 95，r2 > 0. 96，r2 > 0.97，1~2>0.98或1~2>0.99。连锁不平衡在某些实施方案中还可被定义为|D' | >0.2， 或定义为 ID' I >0.3，|D' > o. 4, |D' > ο. 5, |D' > ο. 6, |D' > ο. 7, |D' >0.8，|D' > 0. 9, |D' > 0. 95, |D' |>0. 98 或 |D' | > 0. 99。在某些实施方案中，连锁不平衡被定义为满足r2和|D' ι的这两个标准，例如r2> 0.2和ID' |>0.8。r2和|D' I的值的其它组合也是可能的并且在本发明的范围内，包括但不限于上文中所示的此类参数组的值。应当理解，本文中描述的特征的全部组合被涉及，即使在本文中相同句子和段落中未明确地发现特征的组合。这特别地包括本文中公开的全部标志单独地或组合地用于在本文中描述的本发明的所有方面进行单个地分析或在单倍型中分析的用途。附图概述本发明的上述和其它目的、特征和有利方面由以下本发明的优选实施方案的更具体的描述将变得透彻。

图1提供了举例说明利用本文中描述的风险变体的计算机实现的系统的示图。图2显示关联性结果和染色体9q22. 33上的区域中LD结构的示意图。(a)来自 Illumina Hap300/370芯片的SNP的单标志(菱形)关联性结果。显示了就亲缘关系修正的 P值。(b)来自CEU HapMap群体的两两相关系数(r2)和基于UCSC Genome Browser,Build 36的区域中基因的相对位置。发明详述定义除非另外指出，否则核酸序列以5'至3'方向从左向右书写。说明书中引用的数值范围包括界定范围的数字并且包括界定的范围内的每一个整数或任意非整数分数。除非另外定义，否则本文中使用的全部技术和科学术语具有与本发明所属领域的技术人员的通常理解相同的意义。在本说明书中下列术语将具有所指出的意义如本文中所描述的“多态型标志”，有时称为“标志”意指基因组多态型位点。每个多态型标志在多态型位点上具有特定等位基因的至少2个序列差异特征。因此，多态型标志的遗传关联性(genetic association)意指存在与该特定多态型标志的至少一个特定等位基因的关联性。所述标志可包括基因组中发现的任何变型的任何等位基因，包括SNP、小卫星或微卫星、易位和拷贝数变化(插入、缺失、重复)。多态型标志在群体中可具有任何可测量的频率。为了定位疾病基因，具有高于5-10%的群体频率的多态型标志通常最为有用。然而，多态型标志还可具有更低的频率，例如1-5%的频率或甚至更低的频率，特别是拷贝数变异(CNV)。在本发明书中，术语将被用来包括具有任何群体频率的多态型标志。等位基因”意指染色体上给定的基因座(位置)的核苷酸序列。因此多态型标志等位基因意指染色体上标志的组成(即，序列)。个体的基因组DNA对于任何给定的多态型标志包含2个等位基因(例如，等位基因特异性序列)，代表各染色体上标志的每一个拷贝。本文中使用的核苷酸的序列码是A = 1、C = 2、G = 3、T = 4。对于微卫星等位基因， 将 CEPH 样品(Centre d' Etudes du Polymorphisme Humain、基因组数据库、CEPH 样品 1347-02)用作参照，将该样品中各微卫星的较短等位基因设置为0并且根据该参照给其它样品中所有其它等位基因编号。因此，例如等位基因1比CEPH样品中的所述较短等位基因长Ibp，等位基因2比CEPH样品中的所述较短等位基因长2bp，等位基因3比CEPH样品中的所述较短等位基因长3bp等，以及等位基因-1比CEPH样品中的所述较短等位基因短lbp， 等位基因-2比CEPH样品中的所述较短等位基因短2bp等。本文中所述的序列共核苷酸错读Sequence conucleotide ambiguity)，包括序
权利要求
1.用于测定人个体中对甲状腺癌的易感性的方法，其包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因是否存在于获自该个体的核酸样品或来源于该个体的基因型数据集中， 其中所述至少一个多态型标志选自rs965513和与其处于连锁不平衡中的标志，并且其中所述至少一个等位基因的存在标示着该个体的对甲状腺癌的易感性。
2.权利要求1的方法，其中所述至少一个多态型标志选自表2中所示的标志。
3.权利要求1或权利要求2的方法，其中所述至少一个多态型标志选自下组 rs965513、rsl0759944、rs907580、rsl0984103、rs925487、rs7024345 和 rsl443434。
4.前述权利要求的任一项的方法，其还包括评估个体中至少一个单倍型的频率。
5.前述权利要求的任一项的方法，其中由所述至少一个等位基因或单倍型的存在赋予的易感性是增加的易感性。
6.权利要求5的方法，其中标志rs965513中的等位基因Α、标志rs907580中的等位基因A、标志rsl0759933的等位基因A、标志rsl0984103中的等位基因A、标志rs92M87中的等位基因G、标志rs70M345中的等位基因A和标志rsl443434中的等位基因G的存在标示着个体中增加的对甲状腺癌的易感性。
7.权利要求5或6的方法，其中所述至少一个等位基因或单倍型的存在标示着具有相对风险度(RR)或比值比(OR)为至少1.6的增加的对甲状腺癌的易感性。
8.权利要求5或6的方法，其中所述至少一个等位基因或单倍型的存在标示着具有相对风险度(RR)或比值比(OR)为至少1. 7的增加的易感性。
9.权利要求1至4的任一项的方法，其中由所述至少一个等位基因或单倍型的存在赋予的易感性是减少的易感性。
10.前述权利要求的任一项的方法，其还包括确定至少一个针对甲状腺癌有危险的变体的至少一个有危险的等位基因是否存在于包含来自人个体的基因组DNA的样品或来源于人个体的基因型数据集中，所述有危险的变体与表2中所示的任一个标志不处于连锁不平衡中。
11.权利要求1至9的任一项的方法，其包括确定至少两个多态型标志的每一个标志中至少一个等位基因是否存在于包含来自人个体的基因组DNA的样品或来源于人个体的基因型数据集中，其中所述至少一个等位基因在所述至少两个多态型标志中的存在标示着增加的对甲状腺癌的易感性。
12.测定人个体中对甲状腺癌的易感性的方法，所述方法包括获得关于人个体的核酸序列数据，并且鉴定选自rs965513 (SEQ ID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对甲状腺癌的不同易感性关联，和根据核酸序列数据测定对甲状腺癌的易感性。
13.权利要求12的方法，其包括获得关于选自rs965513(SEQID NO 1)和与其处于连锁不平衡中的标志的至少两个多态型标志的核酸序列数据。
14.权利要求12或权利要求13的方法，其中易感性的测定包括将核酸序列数据与包含至少一个多态型标志与对甲状腺癌的易感性之间的关联数据的数据库相比较。
15.权利要求14的方法，其中所述数据库包括针对至少一个多态型标志的对甲状腺癌症的易感性的至少一个风险测量。
16.权利要求14的方法，其中所述数据库包括包含针对至少一个多态型标志的至少一个病症的至少一个风险测量的查找表。
17.权利要求12至16的任一项的方法，其中所述获得核酸序列数据包括从人个体获得生物样品并且分析该样品的核酸中的至少一个多态型标志的序列。
18.权利要求17的方法，其中分析至少一个多态型标志的序列包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因的存在或不存在。
19.权利要求12至18的任一项的方法，其中获得核酸序列数据包括从既存记录获得核酸序列信息。
20.前述权利要求的任一项的方法，其还包括将易感性报告给至少一个实体，所述实体选自个体、个体的监护人、基因服务提供商、医生、医疗机构和医疗保险公司。
21.权利要求12至19的任一项的方法，其中所述至少一个多态型标志选自表2中所列的标志。
22.权利要求21的方法，其中所述至少一个多态型标志选自下组rs965513、 rsl0759944、rs907580、rsl0984103、rs925487、rs7024345 和 rsl443434。
23.前述权利要求的任一项的方法，其中所述至少一个多态型标志与R)xEl基因关联。
24.用于评估对甲状腺癌的易感性的标志的鉴定方法，所述方法包括a.鉴定与选自rs965513，rsl0759944、rs907580、rsl0984103、rs925487、rs7024345 和 rsl443434的至少一个标志处于连锁不平衡中的至少一个多态型标志；b.测定经诊断患有甲状腺癌或具有对其的易感性的个体的样品的基因型状态；和c.测定对照个体的样品的基因型状态；其中至少一个多态型中至少一个等位基因在经诊断患有甲状腺癌或具有对其的易感性的个体中的频率与所述至少一个等位基因在对照样品中的频率相比较的显著差异，标示着所述至少一个多态型对于评估对甲状腺癌的易感性是有用的。
25.权利要求M的方法，其中至少一个多态型中至少一个等位基因在经诊断患有甲状腺癌或具有对其的易感性的个体中的频率与所述至少一个等位基因在对照样品中的频率相比较的增加，标示着所述至少一个多态型对于评估增加的对甲状腺癌的易感性是有用的。
26.权利要求M或权利要求25的方法，其中至少一个多态型中的至少一个等位基因在经诊断患有甲状腺癌或具有对其的易感性的个体中的频率与至少一个等位基因在对照样品中的频率相比较的减少，标示着所述至少一个多态型对于评估减少的对甲状腺癌的易感性或抗甲状腺癌的保护是有用的。
27.对获自人个体的核酸样品进行基因分型的方法，所述方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因是否存在于来自个体样品的核酸样品中，其中所述至少一个标志选自rs965513和与其处于连锁不平衡中的标志，并且其中所述至少一个等位基因在样品中的存在的确定标示着个体中对甲状腺癌的易感性。
28.权利要求27的方法，其中标志rs965513中的等位基因Α、标志rs907580中的等位基因A、标志rsl0759933中的等位基因Α、标志10984103中的等位基因A、标志rs92M87中的等位基因G、标志rs70M345中的等位基因A和标志rsl443434中的等位基因G的存在的确定标示着个体中增加的对甲状腺癌的易感性。
29.权利要求27或观的方法，其中基因分型包括使用侧翼于至少一个多态型标志的核苷酸引物对，通过聚合酶链式反应(PCR)扩增包含所述至少一个多态型标志的核酸的区段。
30.权利要求27至观的任一项的方法，其中使用选自等位基因特异性探针杂交、等位基因特异性引物延伸、等位基因特异性扩增、核酸测序、5'-外切核酸酶降解、分子信标测定、寡核苷酸连接测定、大小分析、单链构象多态型分析以及微阵列技术的方法进行基因分型。
31.权利要求30的方法，其中所述方法包括等位基因特异性探针杂交。
32.权利要求30或权利要求31的方法，其中所述方法是微阵列技术。
33.权利要求27至32的任一项的方法，其包括1)将核酸的拷贝在用于寡核苷酸探针与所述核酸的特异性杂交的条件下与检测寡核苷酸探针和增强子寡核苷酸探针接触；其中a)所述检测寡核苷酸探针在长度上为5至100个核苷酸并且与所述核酸的第一区段特异性杂交，所述核酸的第一区段的核苷酸序列由SEQ ID NO :1-229的任一个给出；b)所述检测寡核苷酸探针在其3'末端包含可检测标记并且在其5'末端包含猝灭部分；c)所述增强子寡核苷酸在长度上为5至100个核苷酸并且与所述核苷酸序列的第二区段互补，所述核苷酸的第二区段相对于所述寡核苷酸探针为5'，以便当这两个寡核苷酸都与核酸杂交时所述增强子寡核苷酸相对于所述检测寡核苷酸探针位于3'；和d)在第一区段与第二区段之间存在单个碱基缺口，以便当所述寡核苷酸探针和所述增强子寡核苷酸探针都与核酸杂交时，单个碱基缺口存在于所述寡核苷酸之间；2)用内切核酸酶处理核酸，当检测探针与核酸杂交时，所述内切核酸酶将从检测探针的3'末端切割可检测的标记以释放游离的可检测标记；和3)测量游离的可检测标记，其中游离的可检测标记的存在表明所述检测探针与核酸的第一区段特异性杂交，以及表明多态型位点的序列为检测探针的互补序列。
34.就针对甲状腺癌治疗剂的反应的可能性评估个体的方法，该方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因在获自个体的核酸样品中或来源于个体的基因型数据集中是否存在，其中至少一个多态型标志选自rs965513和与其处于连锁不平衡中的标志，其中所述至少一个标志的所述至少一个等位基因的存在标示对治疗剂阳性反应的可能性。
35.预测经诊断患有甲状腺癌的个体的预后的方法，该方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因在获自个体的核酸样品中或来源于个体的基因型数据集中是否存在，其中所述至少一个多态型标志选自S965513以及与它们处于连锁不平衡中的标志， 其中至少一个等位基因的存在标示着个体中甲状腺癌的恶化预后。
36.监控正在经历甲状腺癌治疗的个体的治疗进展的方法，该方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因在获自个体的核酸样品中或来源于个体的基因型数据集中是否存在，其中所述至少一个多态型标志地选自rs965513以及与它们处于连锁不平衡中的标志，其中所述至少一个等位基因的存在标示着个体的治疗结果。
37.权利要求34至36的任一项的方法，其中所述至少一个多态型标志选自表2中所示的标志。
38.前述权利要求的任一项的方法，其还包括分析非遗传信息以产生个体的风险评估、 诊断或预后。
39.权利要求38的方法，其中所述非遗传信息选自受试者的年龄、性别、种族、社会经济地位、以前的疾病诊断、医疗史、甲状腺癌的家族史、生物化学测量和临床测量。
40.权利要求38或权利要求38的方法，其还包括计算组合风险度。
41.寡核苷酸探针在制造用于诊断和/或评估人个体中对甲状腺癌的易感性的试剂中的用途，其中将所述探针与具有SEQ ID NO :1-2 的任一个中所示的核苷酸序列的核酸的区段杂交，并且其中所述探针在长度上可以为15至500个核苷酸。
42.用于评估人个体中对甲状腺癌的易感性的试剂盒，所述试剂盒包括用于在个体的基因组中选择性检测至少一个多态型标志的至少一个等位基因的试剂，其中所述多态型标志选自rs965513和与其处于连锁不平衡中的标志，并且其中所述至少一个等位基因的存在标示着对甲状腺癌的易感性。
43.权利要求42的试剂盒，其中所述至少一个多态型标志选自表2中所示的标志。
44.权利要求42或权利要求43的试剂盒，其中所述试剂包括至少一个连续寡核苷酸、 缓冲液和可检测标记物，所述寡核苷酸与包含所述至少一个多态型标志的个体的基因组的片段杂交。
45.权利要求42至44的任一项的试剂盒，其中所述试剂包括至少一对与获自受试者的基因组核酸区段的相反链杂交的寡核苷酸，其中每一个寡核苷酸引物对经设计用以选择性扩增包括一个多态型标志的该个体的基因组的片段，并且其中所述片段大小为至少30个碱基。
46.权利要求44或45的试剂盒，其中所述至少一个寡核苷酸与个体的基因组完全互补。
47.权利要求42至46的任一项的试剂盒，其中所述试剂盒包括a.在长度上为5至100个核苷酸的检测寡核苷酸探针；b.在长度上为5至100个核苷酸的增强子寡核苷酸探针；和c.内切核酸酶；其中所述检测寡核苷酸探针与其核苷酸序列示于SEQ ID NO :1-2 的任一个中的核酸的第一区段特异性杂交，和其中所述检测寡核苷酸探针在其3'末端包含可检测标记并且在其5'末端包含猝灭部分；其中所述增强子寡核苷酸在长度上为5至100个核苷酸并且与核苷酸序列的第二区段互补，所述核苷酸的第二区段相对于寡核苷酸探针为5'，以便当这两个寡核苷酸都与核酸杂交时所述增强子寡核苷酸相对于所述检测寡核苷酸探针位于3'；其中在第一区段与第二区段之间存在单个碱基缺口，以便当所述寡核苷酸探针和所述增强子寡核苷酸探针都与核酸杂交时，单个碱基缺口存在于所述寡核苷酸之间；和其中用内切核酸酶处理核酸，当检测探针与核酸杂交时，所述内切核酸酶将从检测探针的3'末端切割可检测的标记以释放游离的可检测标记。
48.具有用于测定人个体中对甲状腺癌的易感性的计算机可执行指令的计算机可读介质，该计算机可读介质包括标示着至少一个多态型标志的数据；存储在计算机可读介质上并且适合于用处理器执行以针对所述至少一个多态型标志确定个体中发生甲状腺癌的风险的例程；其中所述至少一个多态型标志选自rs965513和与其处于连锁不平衡中的标志。
49.权利要求48的计算机可读介质，其中所述计算机可读介质包含标示着至少两个多态型标志的数据。
50.权利要求48或权利要求49的计算机可读介质，其中标示至少一个多态型标志的所述数据包括标示着针对所述至少一个多态型标志的对甲状腺癌的易感性的参数，并且其中个体中发生甲状腺癌的风险基于个体中所述至少一个多态型标志的等位基因状态。
51.权利要求48至50的任一项的计算机可读介质，其中标示着至少一个多态型标志的所述数据包括标示着个体中所述至少一个多态型标志的等位基因状态的数据。
52.权利要求48至50的任一项的计算机可读介质，其中所述例程适合于接受标示着所述个体中所述至少一个多态型标志的等位基因状态的输入数据。
53.权利要求48至52的任一项的计算机可读介质，其中所述至少一个多态型标志选自表2中所示的标志。
54.权利要求48至53的任一项的计算机可读介质，其中所述至少一个多态型标志选自下组rs965513、rsl0759944、rs907580、rsl0984103、rs925487、rs7024345 和 rsl443434。
55.权利要求48至M的任一项的计算机可读介质，其包含标示着包括两个或更多个多态型标志的至少一个单倍型的数据。
56.用于测定人个体中甲状腺癌的遗传指标的装置，其包括处理器计算机可读存储器，其具有适合在处理器上执行用以就至少一个多态型标志分析至少一个人个体的标志和/或单倍型信息的计算机可执行指令，所述标志选自rs965513和与其处于连锁不平衡中的标志，和产生基于标志或单倍型信息的输出，其中所述输出包括至少一个标志或单倍型的风险度测量作为人个体的甲状腺癌的遗传指标。
57.权利要求56的装置，其中计算机可读存储器还包括标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个经诊断患有甲状腺癌的个体中的频率的数据， 和标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个参照个体中的频率的数据，并且其中风险度测量基于人个体的至少一个标志和/或单倍型状态与标示着多个经诊断患有甲状腺癌的个体的至少一个标志和/或单倍型频率的信息的数据的比较。
58.权利要求56的装置，其中计算机可读存储器还包括标示着与至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型关联的发生甲状腺癌的风险的数据，并且其中人个体的风险度测量基于人个体的至少一个标志和/或单倍型状态与和至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型关联的甲状腺癌的风险的比较。
59.权利要求56的装置，其中计算机可读存储器还包括标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个经诊断患有甲状腺癌的个体中的频率的数据， 以及标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个参照个体中的频率的数据，并且其中发生甲状腺癌的风险度基于至少一个等位基因或单倍型在经诊断患有甲状腺癌的个体中的频率与参照个体中的频率的比较。
60.权利要求56至59的任一项的装置，其中所述至少一个标志或单倍型包括至少一个选自表2中所示的标志的标志。
61.权利要求56至59的任一项的装置，其中所述风险测量的特征在于比值比(OR)或相对风险(RI0。
62.前述权利要求的任一项的方法、试剂盒、用途、介质或装置，其中标志之间的连锁不平衡的特征在于连锁不平衡测量r2和/或ID' I的特定数值。
63.前述权利要求的任一项的方法、试剂盒、用途、介质或装置，其中标志之间的连锁不平衡的特征在于为至少0. 1的r2的值。
64.前述权利要求的任一项的方法、试剂盒、用途、介质或装置，其中标志之间的连锁不平衡的特征在于为至少0. 2的r2的值。
65.前述权利要求的任一项的方法、试剂盒、用途、介质或装置，其中人个体是包括欧洲人祖先的祖先。
全文摘要
本发明公开了已被测定为甲状腺癌的易感性变体的遗传变型。描述了疾病处治的方法，包括测定增加的对甲状腺癌的易感性，使用此类变体预测对治疗的反应的方法和预测甲状腺癌的预后的方法。本发明还涉及用于本发明的方法的试剂盒。
文档编号C12Q1/68GK102177252SQ200980139521
公开日2011年9月7日 申请日期2009年8月12日 优先权日2008年8月12日
发明者D·甘伯加特森, J·甘德姆德森, P·萨莱姆 申请人:解码遗传学私营有限责任公司