专利名称：预测晚期非小细胞肺癌铂类化疗疗效的分子标记及其应用的制作方法
技术领域：
本发明属于医学分子遗传学和临床医学技术领域，具体涉及一种预测晚期非小细胞肺癌患者含钼化疗疗效的分子标记及其应用。
背景技术：
肺癌是对人类健康和生命危害最大的恶性肿瘤之一，全球每年有一百多万人死于肺癌，是目前肿瘤导致死亡的主要病因之一。非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)约占肺癌的80%，其中有三分之二的患者在确诊时已经处在晚期，失去了手术机会。 晚期NSCLC的标准治疗是以化疗为主的综合治疗，而钼类药物因其较强的抗肿瘤作用成为临床治疗NSCLC的常用药。目前，以钼类药物为主的联合化疗方案在晚期NSCLC的治疗中取得了显著的疗效有效率30%左右，中位生存期8 10个月，2年生存率10% 15%。然而从临床上来看，不同个体对化疗药物的敏感性存在明显不同，疗效差异显著。因此，深入研究影响NSCLC化疗疗效的相关因素，从而提高药物的有效率，具有重要的临床意义，这也是当今肺癌个性化医疗的研究热点。随着分子生物学和基因组医学的发展，针对肺癌个体化治疗的研究已由传统的基于体外药敏实验的研究方法逐步发展为建立在功能基因组学和蛋白质组学基础上的高通量筛选肿瘤化疗的生物标志物的研究方法，包括肿瘤组织表达谱、甲基化、miRNA以及单核苷酸多态性(single neucleotide polymorphism, SNP)等。其中，SNP因其存在的普遍性、 特异性、以及高通量检测技术的成熟发展，逐渐成为在个体化治疗研究中应用最为广泛的生物遗传标志。在肺癌疗效评估方面，虽然肺癌组织的基因组、转录组和蛋白质组的变化和化疗疗效最直接相关，最有可能筛选得到有效的生物标志物，然而大半的晚期肺癌患者不能手术，肿瘤组织不易获取，因此常用比较容易获得的外周血进行基因组SNP等多态性检测，探索SNP与药物疗效的关系。总之，通过外周血细胞检测DNA的基因多态性，成为肺癌疗效评估常用的研究方法。核酸剪切通路(Nucleotide excision repair, NER)是哺乳动物细胞中修复钼类导致的DNA损伤的主要途径。XPD基因编码了一个ATP依赖的解旋酶，它介导了 NER起始所需的DNA解旋过程。多项研究表明XPD上的多态可能通过改变其蛋白质产物的功能而影响DNA修复能力。XPD的多个常见多态都与降低癌症风险相关。临床和流行病学证据证实， Z/刃的位点与化疗效果相关。但是，Z/刃上的另外两个多态位点^and Asp312Asn与亚洲NSCLC患者的生存期的相关数据则未见报道。而对于位点也暂无其与生存期关系的流行病学研究。Asp312Asn (rsl799793) ^XPD基因第十外显子上一个造成天冬氨酸突变为天冬酰胺的G到J的突变。而A1SpmA1Sp (rsl052555)则是同义突变位点。本发明研究了 Z/刃基因的多态位点与晚期NSCLC患者含钼化疗后生存期的相关性，发现3个SNP位点与NSCLC钼类化疗后生存期显著相关，该分子标记可用于预测晚期 NSCLC患者含钼化疗后生存期，为此类病人的个体化医疗提供依据。
发明内容
本发明的目的在于提供一种能够预测晚期非小细胞肺癌患者含钼化疗疗效(疗后生存期)的分子标记及其应用。本发明提供的预测晚期NSCLC患者含钼化疗疗效的分子标记，该预测功能可通过对患者外周血基因组DNA的分子标记进行检测而实现。上述分子标记包括与晚期非小细胞肺癌钼类化疗疗效相关的万刃基因，及该基因上单核苷酸多态位点As/^^S/7，AS//nASp。作为上述分子标记的应用，本发明还提供用以预测NSCLC患者含钼化疗疗效的 XPD基因多态性检测试剂盒。该试剂盒包括
(1)检测万刃基因上As/力· ，As/7’577多态位点基因型的特异性引物对。所述的特异性引物对是指针对万刃基因As/Am，Asp7nAsp多态位点而设计，能特异性扩增出包含这2个SNP位点的DNA片段的引物对以及分别检测出这2个SNP位点不同等位基因型的特异性引物序列。引物序列如表1所示，特异性引物对可用常规的合成技术进行合成。
权利要求
1.一种预测晚期非小细胞肺癌钼类化疗疗效的分子标记，其特征在于包括与晚期非小细胞肺癌钼类化疗后生存期相关的万刃基因，及该基因上单核苷酸多态位点As/^^S/7， Asp711Asp o
2.一种预测晚期非小细胞肺癌钼类化疗疗效的试剂盒，其特征在于包括检测Z/刃基因上Asp312Asn,多态位点基因型的特异性引物对、1 U Taq酶ΙΟΟμΙ以及10 χ Taq 缓冲液lml,2 mM dNTP混合液ImlUU虾碱性磷酸酶100μ1、 υ核酸外切酶ΙΟΟμΙ、BigDye v3. 1测序试剂及其配套缓冲液lml、120mM乙二胺四乙酸lml、95%甲酰胺1ml、无水乙醇和超纯水。
3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于所述的特异性引物对为对如/力仰，正向引物SEQ ID NO. 1，反向引物SEQ ID NO. 2 ；对 AspniAsp,正向引物SEQ ID NO. 3，反向引物SEQ ID NO. 4。
全文摘要
本发明属于医学分子遗传学和临床医学技术领域，具体为一种预测晚期非小细胞肺癌铂类化疗疗效的分子标记及其应用。所述分子标记包括与晚期非小细胞肺癌(NSCLC)铂类化疗后生存期相关的XPD基因，及该基因上单核苷酸多态位点Asp312Asn,Asp711Asp。作为上述分子标记的应用，本发明还提供用以预测NSCLC患者含铂化疗后生存期的XPD基因多态性检测试剂盒。本发明可用于预测晚期非小细胞肺癌患者铂类化疗后生存期，为此类病患个体化治疗的实现提供依据。
文档编号C12N15/11GK102337281SQ20111031366
公开日2012年2月1日 申请日期2011年10月17日 优先权日2011年10月17日
发明者卢大儒, 李欢, 范薇薇, 陈红岩 申请人:复旦大学