1.一种自动化核酸分析系统，包括在微流体连通中的样品裂解、扩增、PCR和检测模块，其设置成通过多序列扩增和同时微阵列杂交读取来对不同核酸序列进行平行检测。
2.如前述或后述权利要求所述的系统，其中：
检测模块包含微阵列检测光学器件，其包含采用渐消波激发的微阵列扫描仪。
检测模块包含自动化杂交处理器，其设置成通过温度提供多重严谨性；和/或
PCR模块设置成在单次反应中进行逆转录和PCR。
3.如前述或后述权利要求所述的系统，包括含模块的集成微流体卡和分析仪，所述分析仪包含经设置用于接受卡的容器，经设置用于操作卡的操作器，和经设置用于电子控制操作器的控制器，该操作器包含流体致动器、PCR热循环仪、和自动化杂交处理器以及微阵列检测光学器件。
4.如前述或后述权利要求所述的系统，还包括设置成含有并递送试剂至裂解、纯化、PCR和检测模块的试剂模块。
5.如前述或后述权利要求所述的系统，其是：
便携的：小于1000in3并且小于10lbs；
快速的：分析低于120分钟；
多重的：同时分析超过50种靶序列；和/或
自动的：在样品导入和结果展示之间不需要用户介入。
6.如前述或后述权利要求所述的系统，其中：
样品包含蛋白质分析物并且系统进一步设置成用包含所述核酸序列的标签来标记蛋白质分析物；
锚定的探针通过其空间位置限定序列；
使用比被分析序列的数目少的引物对数来实现扩增；
不同核酸序列是多物种/生物体的；
PCR模块包含金属(例如，铝)PCR反应腔室；
微流体连通包含经设置用于去除气泡的透气膜，其中透气膜在通道层之下，使得整个通道暴露于大气压中(在一个具体的实施方式中，该膜跨越所述卡，因为与单独的片相比其更易于被制成层，虽然其仅仅在通道层之下起作用)；
扩增完全包含在耗材(例如，无开口管)中；和/或
检测是基于探针组而不是引物组(易于构建新的测试)。
7.如前述或后述权利要求所述的系统，其设置成：
在单个容器中扩增(无样品裂解)；
接受并处理下述的分析物样品：血液、唾液、GI样品、尿液、伤口拭子、脊椎穿剌、鼻拭子、兽医学和农业来源；
通过试样收集工具或运输介质接受样品；
处理1-100ul的样品体积；
是模块化的(模块可互换以支持不同应用)；
能够测量(通过通道尺寸和气泡去除进行)；和/或
是单向或自封闭的(防止样品交叉污染)。
8.如前述或后述权利要求所述的系统，包括包含模块的集成微流体卡和包含外壳(盒)的分析仪，并且在外壳内包括经设置用于接受卡的容器，其中该分析仪：
接合卡以进行裂解、纯化、PCT(扩增和标记)、和检测；
通过压力(例如，样品运输)、磁场(例如，样品混合)、温度(例如，扩增、严谨性、杂交)和/或光(例如，杂交检测)与样品相互作用；和/或
通过将渐消波与样品偶联来进行检测以实时观察杂交和/或确定产生序列信息的可能碱基对错配和动力学。
9.如前述或后述权利要求所述的系统，包括含模块的集成微流体卡(筒)的系统，其中该卡设置成：
对疾病类型有特异性(例如，呼吸道疾病)；
对患者类型有特异性(例如，小儿)；
对病原体类型有特异性(例如，生物战试剂)；
对个体有特异性(例如，药物基因组学)；
含有针对患者特异性信息的独特标识；
用于一次性使用以保持无菌并最小化交叉污染；
使用辊到辊生产步骤产生；和/或
来自聚碳酸酯底架、金属箔PCR腔室、丙烯酸组分、可呼吸膜材料、和/或聚氨酯密封。
10.如之前权利要求所述的系统，所述系统功能性集成微流体荧光-活化细胞分选仪(μFACS)，其设置成提供用于颗粒或细胞比对的惯性聚焦和/或流体力学并且包含设置成用于分选的微孔电活性聚合物(EAP)致动器。
11.一种方法，包括使用前述权利要求所述的系统通过多重序列扩增和同时微阵列杂交读取来平行检测不同分析物核酸序列。