1.一种包含多个不相同的寡核苷酸的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸包含:
a)含有螺旋结构域的第一序列;
b)含有第一发夹结构域的第二序列;和
c)含有第二发夹结构域的第三序列;
其中所述螺旋结构域、所述第一发夹结构域和所述第二发夹结构域形成含有配体结合结构域的寡核苷酸结体,并且
其中所述文库包含多个不相同的配体结合结构域。
2.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中每个螺旋结构域独立地是完全互补的螺旋,其任选地包含一个或多个选自由以下组成的组的不稳定核苷酸:错配碱基对、g·u摆动碱基对和凸起。
3.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中每个螺旋结构域是完全互补的螺旋。
4.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中每个第一发夹结构域独立地包含一个或多个选自由以下组成的组的不稳定核苷酸:错配碱基对、g·u摆动碱基对和凸起。
5.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中每个第二发夹结构域独立地包含一个或多个选自由以下组成的组的不稳定核苷酸:错配碱基对、g·u摆动碱基对和凸起。
6.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述螺旋结构域的长度为至少4至10个碱基对。
7.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述螺旋结构域的长度为至少10个碱基对。
8.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸是寡核糖核苷酸。
9.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸单个地包含具有根据式i的一系列连锁序列的序列:
p1-j1/2-p2-l2-p2’-j2/3-p3-l3-p3’-j3/1-p1’
(i)
其中
-代表键;
p1和p1′形成所述螺旋;
p2、l2和p2′形成所述第一发夹;
p3、l3和p3′形成所述第二发夹;并且
j1/2、j2/3和j3/1一起形成所述寡核苷酸结体。
10.如权利要求9所述的寡核苷酸文库,其中j2/3包含t-环基序。
11.如权利要求10所述的寡核苷酸文库,其中所述t-环基序包含序列uugaa。
12.如权利要求11所述的寡核苷酸文库,其中所述t-环的鸟苷与j3/1中的胞苷形成watson-crick碱基对。
13.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述螺旋结构域具有第一末端和第二末端,并且所述第一末端靠近所述寡核苷酸结体,并且所述第二末端连接至基于寡核苷酸的读出模块。
14.如权利要求13所述的寡核苷酸文库,其中所述基于寡核苷酸的读出模块是荧光或基于开关的读出模块。
15.如权利要求14所述的寡核苷酸文库,其中所述荧光模块是broccoli荧光团结合适体。
16.如权利要求14所述的寡核苷酸文库,其中所述基于开关的模块是pbue开关。
17.如权利要求13所述的寡核苷酸文库,其中所述基于寡核苷酸的读出模块是基于寡核糖核苷酸的读出模块。
18.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸与枯草芽孢杆菌xpt-pbux鸟嘌呤核糖开关序列具有序列对应性,其在所述寡核苷酸结体内包含约23个可变核苷酸残基。
19.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸与霍乱弧菌vc2环状二-gmp核糖开关序列具有序列对应性,其在所述寡核苷酸结体内包含约21个可变核苷酸残基。
20.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸与曼氏血吸虫锤头状核酶序列具有序列对应性,其在所述寡核苷酸结体内包含约21个可变核苷酸残基。
21.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是2、3、4或5。
22.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是2。
23.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是3。
24.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是4。
25.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是5。
26.如权利要求1所述的寡核苷酸文库,其中所述文库包含约421至约423个不相同的成员。
27.一种包含多个不相同的寡核苷酸的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸包含:
a)包含螺旋结构域的第一序列;
b)包含第一发夹结构域的第二序列;和
c)包含第二发夹结构域的第三序列;
其中所述螺旋结构域、所述第一发夹结构域和所述第二发夹结构域形成含有预选的配体结合结构域的寡核苷酸结体,并且
其中所述文库包含多个不相同的配体结合结构域。
28.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中每个螺旋结构域独立地是完全互补的螺旋,其任选地包含一个或多个选自由以下组成的组的不稳定核苷酸:错配碱基对、g·u摆动碱基对和凸起。
29.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中每个螺旋结构域是完全互补的螺旋。
30.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中每个第一发夹结构域独立地包含一个或多个选自由以下组成的组的不稳定核苷酸:错配碱基对、g·u摆动碱基对和凸起。
31.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中每个第二发夹结构域独立地包含一个或多个选自由以下组成的组的不稳定核苷酸:错配碱基对、g·u摆动碱基对和凸起。
32.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述螺旋结构域的长度为至少4至10个碱基对。
33.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述螺旋结构域的长度为至少10个碱基对。
34.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸是寡核糖核苷酸。
35.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸包含具有根据式i的一系列连锁序列的序列:
p1-j1/2-p2-l2-p2’-j2/3-p3-l3-p3’-j3/1-p1’
(i)
其中
-代表键;
p1和p1′形成所述螺旋;
p2、l2和p2′形成所述第一发夹;
p3、l3和p3′形成所述第二发夹;并且
j1/2、j2/3和j3/1一起形成所述寡核苷酸结体。
36.如权利要求35所述的寡核苷酸文库,其中j2/3包含t-环基序。
37.如权利要求36所述的寡核苷酸文库,其中所述t-环基序包含序列uugaa。
38.如权利要求37所述的寡核苷酸文库,其中所述t-环的鸟苷与j3/1中的胞苷形成watson-crick碱基对。
39.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述螺旋结构域具有第一末端和第二末端,并且所述第一末端靠近所述寡核苷酸结体,并且所述第二末端连接至基于寡核苷酸的读出模块。
40.如权利要求39所述的寡核苷酸文库,其中所述基于寡核苷酸的读出模块是荧光或基于开关的读出模块。
41.如权利要求40所述的寡核苷酸文库,其中所述荧光模块是broccoli荧光团结合适体。
42.如权利要求40所述的寡核苷酸文库,其中所述基于开关的模块是pbue开关。
43.如权利要求39所述的寡核苷酸文库,其中所述基于寡核苷酸的读出模块是基于寡核糖核苷酸的读出模块。
44.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸包含与枯草芽孢杆菌xpt-pbux鸟嘌呤核糖开关序列具有序列对应性的序列,其在所述寡核苷酸结体内包含约23个可变核苷酸残基。
45.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸包含与霍乱弧菌vc2环状二-gmp核糖开关序列具有序列对应性的序列,其在所述寡核苷酸结体内包含约21个可变核苷酸残基。
46.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中单个寡核苷酸包含与曼氏血吸虫锤头状核酶序列具有序列对应性的序列,其在所述寡核苷酸结体内包含约21个可变核苷酸残基。
47.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是2、3、4或5。
48.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是2。
49.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是3。
50.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是4。
51.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述寡核苷酸结体是n向结体,其中n是5。
52.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述预选的配体结合位点包括用于选自由以下组成的组的化合物的结合位点:氨基酸、肽、核碱基、核苷、核苷酸、金属离子、神经递质、激素、活性药物成分及其衍生物。
53.如权利要求52所述的寡核苷酸文库,其中所述预选的配体结合位点包括用于选自由以下组成的组的配体的结合位点:氨基酸、核碱基、核苷、核苷酸、神经递质、激素及其衍生物。
54.如权利要求53所述的寡核苷酸文库,其中所述预选的配体结合位点包括用于选自由以下组成的组的配体的结合位点:核苷酸、神经递质、激素及其衍生物。
55.如权利要求27所述的寡核苷酸文库,其中所述预选的配体结合位点包括用于选自由以下组成的组的至少一种配体的结合位点:5-羟基-l-色氨酸、l-色氨酸、血清素和5-羟基-l-色氨酸-甲酰胺。
56.如权利要求55所述的寡核苷酸文库,其中所述配体是5-羟基-l-色氨酸或血清素中的至少一种。
57.一种选择多种不相同的配体结合寡核苷酸的方法,其包括以下步骤:
1)在适合于配体结合的条件下使包含多个寡核苷酸的寡核苷酸文库与配体接触,其中单个寡核苷酸包含:
a)包含螺旋结构域的第一序列;
b)包含第一发夹结构域的第二序列;和
c)包含第二发夹结构域的第三序列;
其中所述螺旋结构域、所述第一发夹结构域和所述第二发夹结构域形成寡核苷酸结体;和
2)以空间可寻址方式来划分所述寡核苷酸文库,使得得以选择所述多个不相同的配体结合寡核苷酸,其中所述具有所述寡核苷酸结体的寡核苷酸还包含配体结合结构域,并且其中所述寡核苷酸文库的所述配体结合结构域包含可变核苷酸残基。
58.如权利要求57所述的方法,其中所述方法还包括步骤1)与步骤2)之间的步骤1a),步骤1a)包括用游离配体溶液竞争性地划分所述寡核苷酸文库。