一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒及检测方法

文档序号:34565519发布日期:2023-06-28 10:58阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒,其特征在于,包括特异性引物、qpcr反应试剂、smart chip芯片以及wafergen耗材,所述特异性引物由45对大环内酯类抗生素抗性基因和内参16s rrna基因的特异性引物组成,共46对特异性引物,所述wafergen耗材包括384深孔板、qpcr膜、芯片暂封膜、芯片滤膜和芯片qpcr膜。

2.根据权利要求1所述的一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒,其特征在于,所述特异性引物的序列如下:

3.根据权利要求1所述的一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括阳性对照品和阴性对照品,所述阳性对照品为45个大环内酯类抗生素抗性基因标准品以及内参16s rrna基因标准品,所述阴性对照品为depc水,所述16s rrna基因标准品序列如下:

4.根据权利要求3所述的一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒,其特征在于,

5.根据权利要求3或4所述的一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒,其特征在于:所述阳性对照用于绘制标准曲线,计算样本的绝对拷贝数。

6.根据权利要求1所述的一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒,其特征在于:所述smartchip芯片为一张72*72孔位的芯片,一次最多可进行5184个qpcr反应。

7.根据权利要求1所述的一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒,其特征在于,所述smartchip芯片内预喷有46对所述特异性引物。

8.一种利用如权利要求1-7中任一项所述的环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒的检测方法,其特征在于,包括如下步骤:

9.根据权利要求8所述的一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒检测方法,其特征在于:所述的样本均一化,是将样本浓度统一稀释到5ng/μl-10ng/μl。


技术总结
一种环境中大环内酯类抗生素抗性基因的高通量定量检测试剂盒,包括特异性引物、qPCR反应试剂、smartchip芯片以及wafergen耗材,所述特异性引物由45对大环内酯类抗生素抗性基因和内参16SrRNA基因的特异性引物组成,所述wafergen耗材包括384深孔板、qPCR膜、芯片暂封膜、芯片滤膜和芯片qPCR膜,本试剂盒一次可检测96个环境样本。采用wafergen平台进行ARGs检测,很好的解决了目前qPCR方法通量低的缺点。自行编写的自动化脚本,实现快速绝对拷贝数的计算。将以上46对引物预喷在芯片上,然后组装成试剂盒,方便后续环境测检点的快速检测。通过分析大环内酯类抗生素的基因序列,进行进化树分析,将序列相似的抗生素分为一类,分析每一大类抗生素的丰度情况。

技术研发人员:那广水,高轩,高会,李瑞婧,曾映旭,李西清,刘晓蕙,程亚双
受保护的技术使用者:海南热带海洋学院崖州湾创新研究院
技术研发日:
技术公布日:2024/1/13
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