肺癌MRD检测用捕获探针池和试剂盒的制作方法

文档序号:37381082发布日期:2024-03-22 10:33阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种肺癌mrd检测用捕获探针池,其特征在于,所述捕获探针池由针对至少一种目标基因的正链捕获探针和负链捕获探针组成,每种目标基因的捕获探针根据目标基因的正链和负链核苷酸序列依次设计、呈交错排列,能够覆盖目标基因的全部序列;所述正链捕获探针和负链捕获探针中,相邻的两个捕获探针,一个为正链捕获探针,另一个则为负链捕获探针,且所针对的目标基因序列没有重叠,所述捕获探针池中的每条捕获探针长度为80~130bp;所述目标基因选自以下16种中的至少一种:alk、braf、egfr、her2、kras、met、nras、mek1、pik3ca、ret、ros1、tp53、ntrk1、ntrk2、ntrk3和pd-l1。

2.根据权利要求1所述肺癌mrd检测用捕获探针池,其特征在于,所述捕获探针长度为100~110bp;和/或所述捕获探针池中捕获探针的5’端经过标记物修饰;优选地,所述标记物修饰为生物素标记。

3.根据权利要求1所述肺癌mrd检测用捕获探针池,其特征在于,所述目标基因的正链捕获探针和负链捕获探针选自以下至少一组:

4.根据权利要求3所述肺癌mrd检测用捕获探针池,其特征在于,所述捕获探针池包括如下16种基因alk、braf、egfr、her2、kras、met、nras、mek1、pik3ca、ret、ros1、tp53、ntrk1、ntrk2、ntrk3和pd-l1的捕获探针。

5.一种肺癌mrd检测试剂盒,其特征在于,所述肺癌mrd检测试剂盒包括权利要求1-4任一项所述肺癌mrd检测用捕获探针池。

6.根据权利要求5所述的肺癌mrd检测试剂盒,其特征在于,还包括有杂交液,所述杂交液包含300~600mm磷酸钠缓冲液、10%~50%(v/v)的2×ssc、0.5%~1.5%(w/v)的sds、1%~3%(v/v)的denhardt溶液、1%~5%(w/v)的硫酸葡聚糖、1%~10%(w/v)的海藻糖、0.1%~0.5%(v/v)的tween-20。

7.根据权利要求6所述的肺癌mrd检测试剂盒,其特征在于,所述杂交液包含400~500mm磷酸钠缓冲液、20%~40%(v/v)的2×ssc、0.8%~1.2%(w/v)的sds、1.5%~2.5%(v/v)的denhardt溶液、2%~4%(w/v)的硫酸葡聚糖、4%~7%(w/v)的海藻糖、0.2%~0.4%(v/v)的tween-20。

8.根据权利要求7所述的肺癌mrd检测试剂盒,其特征在于,所述杂交液为包含450mm磷酸钠缓冲液、30%(v/v)的2×ssc、1%(w/v)的sds、2%(v/v)的denhardt溶液、3%(w/v)的硫酸葡聚糖、5.5%(w/v)的海藻糖、0.3%(v/v)的tween-20。

9.根据权利要求6-8所述的肺癌mrd检测试剂盒,其特征在于,所述杂交液的ph值为6.8~7.2;优选地,所述杂交液的ph值为7.0。

10.根据权利要求5-8所述的肺癌mrd检测试剂盒,其特征在于,所述肺癌mrd检测用捕获探针池中每种捕获探针以相同的摩尔比混合配置;和/或优选地,每种捕获探针的使用浓度为0.1pm~6pm,优选为1pm~2pm,更优选为1.4~1.6pm。

11.根据权利要求5-8所述的肺癌mrd检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒采用包括以下步骤检测方法:


技术总结
本发明提供了一种肺癌MRD检测用捕获探针池和检测试剂盒。所述捕获探针池中包含针对16个肺癌相关基因设计的呈交错分布的正链和负链捕获探针,能够覆盖全部目标基因序列,不仅可有效避免因探针间的相互杂交导致的探针利用率低、捕获效率低、背景噪音高等问题,而且可同时捕获文库中目标基因的正、负链两条链,提高了文库丰度,提高了杂交捕获效率。本发明还提供了包括上述肺癌MRD检测用捕获探针池和杂交液的肺癌MRD检测试剂盒,其具有良好的检测灵敏度和特异性,且背景低、杂交捕获时间短,可有效检出16个肺癌相关基因的各种变异类型,能够很好地实现肺癌MRD检测。

技术研发人员:许嘉森,吴征征,廖丁妹,周锦清
受保护的技术使用者:广州益善医学检验所有限公司
技术研发日:
技术公布日:2024/3/21
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