一种与二花脸母猪产仔性状相关的snp标记及其检测方法
【技术领域】
[0001] 本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标 记及其检测方法。
【背景技术】
[0002] 产仔数是反映母猪繁殖力、猪场生产水平和经济效应的重要指标，产仔数的高低 直接关系到每头母猪提供育肥猪的数量和猪肉供给量。2014年12月底我国能繁母猪存栏 数将在4300万头，如果母猪平均每胎多产仔1头，按每年每头母猪产2胎计算，则每年可为 整个行业多提供约9000万头猪，这对我国的养猪业可起到很大的促进作用。随着我国经济 持续快速的发展，人们生活水平逐渐提高，对猪肉的需求量也越来越大，因此，人们也越来 越关注如何提高猪的产仔数性能。然而，由于传统的选育方法对产仔数提高收效甚微，因此 解析产仔数变异的遗传机理，开发和利用新的基因或分子选育标记来提高猪的产仔性能具 有重要意义。
[0003] 二花脸是我国太湖流域产仔性能非常优秀的国家级畜禽遗传资源保护品种，有着 "世界猪种产仔之王"的美誉，也是我国养猪业可持续发展的重要资源。多年以来虽然国 内已有大量的研宄机构利用二花脸来鉴别二花脸猪种高繁殖力的遗传机理，但限于研宄方 法、手段、材料及繁殖性状本身复杂性等众多因素的制约，二花脸猪种高繁殖力遗传机制并 没有得到充分的揭示和有效的利用。
[0004] 随着梅山猪出口到国外，其高繁殖力优势基因被国外许多机构进行了系统科学的 研宄和有效利用，提高了其瘦肉型猪种的繁殖力，近年来从法国和丹麦引进的猪种普遍繁 殖力很高，我们地方猪高产优势逐渐被削弱，这是一个严重威胁，是国人不得不面对并亟需 寻求对策的现实。鉴别和分离尚未被出口的二花脸猪种的高产优势基因，培育性能相对稳 定的高产群体、巩固太湖流域这些地方猪种的高产优势已刻不容缓。
[0005] 从国际猪 QTL 数据库网站（http://www. animalgenome. org/cgi - bin/QTLdb/SS/ index)可知，目前在猪除10、11号染色体及性染色体上没有定位到影响总产仔数的QTL，其 它常染色体上都已定位到影响总产仔数的QTL，但大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置 信区间多在10 - 20cM，无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于 种猪选育改良。
【发明内容】
[0006] 本发明的目的在于针对现有技术不足，产仔数的低遗传力，提供与母猪窝总产仔 数相关的SNP标记。
[0007] 本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物和检测方法。
[0008] 本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。
[0009] -种与二花脸母猪产仔性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于猪3号染色体上 的孤独症易感基因 AUTS2的核昔酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10. 2版本 参考序列猪3号染色体上g. 14734925核苷酸位点，且存在G/T多态性，所述SNP标记与二 花脸母猪窝产总仔数极显著相关。g. 14734925位点具有TT基因型的二花脸个体母猪窝总 产仔数显著高于具有GG基因型的二花脸个体母猪窝总产仔数。
[0010] -种基于本发明所述的SNP开发分子标记的方法，以含有所述的SNP标记的核苷 酸序列为基础序列，设计引物对，以二花脸母猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的 SNP标记转化为分子标记。
[0011] 其中，所述的引物对序列优选为上游引物：SEQ ID NO :2,下游引物：SEQ ID NO :3 ; 所述的分子标记序列进一步优选如SEQ ID NO: 1所示，所述的SNP位点位于第535位，存在 G/T多态性。
[0012] 按照上述方法得到的分子标记。
[0013] 所述的分子标记优选如SEQ ID NO : 1所示，所述的SNP位点位于第535位，存在G/ T多态性。
[0014] -种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO :2,下游 引物为：SEQ ID NO :3。
[0015] 一种检测所述的SNP标记的方法，包含PCR扩增二花脸母猪基因组中含有所述的 SNP标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的G/T多态性。
[0016] 本发明所述的检测所述SNP标记的方法，优选包括以下步骤：
[0017] (1)取一头二花脸母猪的耳组织样品并提取总DNA ;
[0018] (2)用已提取的二花脸母猪基因组DNA为模板，使用权利要求5所述的引物进行 PCR扩增；
[0019] (3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO :1第535位的G/T多态 性。
[0020] 步骤⑵所述的PCR扩增进一步优选反应体系为：DNA模板2. 5 μ L、SEQ ID NO :2 和SEQ ID NO :3所示的引物各1. 25 μ L、PCR Mix试剂25 μ L、双蒸水20 μ L ;其中所述DNA 模板浓度为30ng/μ L，所述引物的浓度为10m〇l/L，所述PCR Mix试剂为南京欧科生物技术 有限公司的P394961L型号试剂；PCR扩增的反应程序为：预变性96°C 2min ;变性96°C 20s ; 退火 55°C 30s，延伸 72°C 45s，35 个循环；延伸 72°C 10min。
[0021] 本发明所述的SNP标记、所述的分子标记、引物对在筛选高产二花脸母猪品系中 的应用。
[0022] 一种筛选高产二花脸母猪品系的方法，包括检测二花脸母猪g. 14734925核苷酸 位点的基因型，选育g. 14734925核苷酸位点的TT型个体作为种猪。
[0023] 有益效果：
[0024] 本发明提供的SNP标记与二花脸母猪的产仔性能相关，因此，可以通过鉴定该SNP 标记来筛选高产的二花脸母猪品系，所得的二花脸母猪高产品系具有重要的经济效益与社 会价值。
【附图说明】
[0025] 图1为染色体上影响猪窝总产仔数的GWAS定位结果示意图。即为177头纯种二花 脸母猪群体的GWAS定位结果。其中，猪的18条常染色体及X染色体信息标识于X轴，SNP 与窝总产仔数相关性的-IoglO(P)值按SNP在基因组中的位置显示Y轴。蓝线表示的是染 色体显著水平阈值，红线表示的是基因组显著水平的阈值。
[0026] 图2为使用本发明的引物扩增AUTS2基因的电泳图。
[0027] 图3为AUTS2基因的突变位点不同基因型的DNA测序结果峰图。
【具体实施方式】
[0028] 以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神 和本质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。
[0029] 实施例1
[0030] 1、实验动物来源
[0031] 江苏常州焦溪二花脸猪专业合作社。
[0032] 计算177头二花脸母猪的育种值，计算模型为Y(窝产总仔数）=parity(胎 次）+farm (场）+year (年度）+season (季节）+age (母猪分娩年龄）+sire (与配公 猪）+permanent effect (母猪的永久效应）+additive effect (个体的加性效应）+e (残 差），
[0033] 其中包括固定效应-胎次、母猪分娩的场/年/季，协变量-母猪分娩的年龄，随 机效应-与配公猪，永久效应-母猪，个体加性遗传值。选择育种值较高的23个个体与育 种值较低的25个个体。
[0034] 2、提取基因组DNA
[0035] 采集48头母猪的耳组织样品，放置于装有70%酒精的离心管内，-20°C冰箱保存 备用。
[0036] 使用传统酚/氯仿法提取耳组织基因组DNA，所需试剂包括：
[0037] 裂解液实验室配备
[0038] 蛋白酶K(德国MERCK生物科技有限公司）
[0039] Tris饱和酚（北京索莱宝生物科技有限公司）
[0040] Tris饱和酚：氯仿：异戊醇（25 :24 :1)(北京索莱宝生物科技有限公司）
[0041] 氯仿（江苏永华精细化学品有限公司）
[0042] 无水乙醇（广东光华科技股份有限公司）
[0043] 3M乙酸钠（北京索莱宝生物