校准方法、设备和计算机程序产品的制作方法_6

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例如"第一"校准曲线) 的不同点,用于与来自一种调节校准物的结果组合W再生成完全校准曲线(即经过调节的 校准曲线)。清楚的是,所得经过调节的校准曲线关于量化测试样品中的分析物多核巧酸的 值之间有差异。虽然使用X截距和来自第一校准曲线的一个点例示该技术,但是要理解的 是可选择任何数目的来自第一校准曲线的点进行分析。例如,可测试的别的来自第一校准 曲线的点包括但不限于y截距、X截距、对应于各种校准标准品中使用的分析物多核巧酸的 输入量的值、或甚至在校准标准品数据点之间内插或外推超出测定法动态范围的点。 阳147] 选择哪个点应当作为固定点用于处理使用生成生长曲线的本地仪器获得的定量 结果的过程可考虑不同考虑事项。运些考虑事项包括但不限于:试剂稳定性,在不同溫度之 间循环试剂,使用不同溫度条件来实施核酸扩增,等。可能想要评估校准标准品的回收浓度 的精确性,及基于由此交付的最高精确性来选择固定点。
[0148] 已参照其多个具体实施例和实施方案描述了本发明。当然,本领域普通技术人员 在阅读上述详细描述后会想到本发明的多个不同实施方案。因此,本发明的真实范围要参 照所附权利要求书来确定。
【主权项】
1. 一种为使用扩增核酸并随扩增发生监测扩增子合成的本地仪器实施的定量测定法 建立经过调节的校准曲线的方法,所述方法包括下述步骤: (a) 为对定量测定法特异性的校准曲线上的一个固定点获得一对坐标,其中该对坐标 规定分析物多核苷酸的量和标准化扩增指标值; (b) 获得包含固定量的内部校准物和已知量的分析物多核苷酸的调节校准物; (c) 使用本地仪器共扩增调节校准物的分析物多核苷酸和内部校准物; (d) 为步骤(c)中共扩增的分析物多核苷酸和内部校准物每一项确定扩增指标; (e) 将为分析物多核苷酸确定的扩增指标针对为内部校准物确定的扩增指标标准化; 并 (f) 通过绘制包含第一点和第二点的校准曲线图建立经过调节的校准曲线, 其中第一点包含调节校准物的分析物多核苷酸的已知量和标准化的步骤(d)中为分 析物多核苷酸确定的扩增指标的坐标,且 其中第二点包含步骤(a)中为固定点获得的对坐标。2. 权利要求1的方法,其中由步骤(a)中获得的对坐标规定的分析物多核苷酸的量是 使用除本地仪器以外的第一实时扩增和监测仪器确定的,且不是使用来自用本地仪器实施 的任何扩增反应的结果确定的。3. 权利要求2的方法,其进一步包括用第一实时仪器共扩增多种校准标准品每一种中 含有的分析物多核苷酸和内部校准物的步骤, 其中多种校准标准品每一种包含不同起始浓度的调节校准物的分析物多核苷酸,且 其中多种校准标准品每一种中和调节校准物中的内部校准物的浓度是基本上相同的。4. 权利要求2的方法,其中步骤(a)的校准曲线和步骤(f)中建立的经过调节的校准 曲线均为通过线性方程式描述的线性校准曲线。5. 权利要求2的方法,其中步骤(a)和步骤(b)共同包括获得包含调节校准物和固定 点的对坐标的有形体现的试剂盒。6. 权利要求5的方法,其中有形体现包括机器可读条形码。7. 权利要求1的方法,其中在步骤(a)之前有通过拟合方程式至使用除本地仪器以外 的扩增核酸并随扩增发生监测扩增子合成的多台仪器获得的结果集合绘制对定量测定法 特异性的校准曲线的步骤,且 其中结果集合不包含使用本地仪器获得的结果。8. 权利要求1的方法,其中步骤(f)包括通过用与本地仪器通讯的处理器绘制包含第 一点和第二点的校准曲线图建立经过调节的校准曲线。9. 权利要求8的方法,其中与本地仪器通讯的处理器是本地仪器的整合构件。10. 权利要求1的方法,其中步骤(a)中获得的对坐标规定当校准曲线的标准化扩增指 标值为零时分析物多核苷酸的量。11. 权利要求2的方法,其中步骤(a)中获得的对坐标规定当校准曲线的标准化扩增指 标值为零时分析物多核苷酸的量。12. 权利要求7的方法,其中步骤(a)中获得的对坐标规定当校准曲线的标准化扩增指 标值为零时分析物多核苷酸的量。13. 权利要求1的方法,其中获得步骤(b)包括组合固定量的内部校准物和已知量的分 析物多核苷酸。14. 一种使用核酸扩增测定法量化测试样品中可能存在的分析物多核苷酸的计算机程 序产品,该核酸扩增测定法包括用扩增核酸并作为时间的函数监测扩增子合成的本地仪器 共扩增分析物多核苷酸和固定量的内部校准物,所述计算机程序产品包含用于实施下述步 骤的软件指令的有形体现: (a) 为对要用于量化分析物多核苷酸的核酸扩增测定法特异性的校准曲线上的一个固 定点接收一对坐标, 其中该对坐标规定分析物多核苷酸的量和标准化扩增指标值; (b) 为已知量的分析物多核苷酸的扩增指标获得针对调节校准物中含有的且用本地仪 器实施的第一扩增反应中共扩增的固定量的内部校准物的扩增指标标准化的值; (c) 绘制包含第一点和第二点的经过调节的校准曲线, 其中第一点包含调节校准物的分析物多核苷酸的已知量和步骤(b)中获得的值的坐 标,且 其中第二点包含步骤(a)中为固定点接收的对坐标; (d) 为测试样品中的未知量的分析物多核苷酸的扩增指标获得针对用本地仪器实施的 第二扩增反应中与之共扩增的固定量的内部校准物的扩增指标标准化的值; (e) 将步骤(d)中获得的值与经过调节的校准曲线比较从而为测试样品中存在的未知 量的分析物多核苷酸产生定量结果;并 (f) 输出来自步骤(e)的定量结果的有形记录。15. 权利要求14的计算机程序产品,其中步骤(a)中接收的对坐标规定当校准曲线投 射至标准化扩增指标值零时分析物多核苷酸的量。16. 权利要求14的计算机程序产品,其中软件指令的有形体现包括选自下组的介质上 存储的软件指令:光盘,磁存储介质,闪存驱动器,计算机硬盘驱动器,和由至少一台计算机 可存取的网络驱动器。17. 权利要求14的计算机程序产品,其中步骤(b)和步骤(d)各自包括通过数学计算 来获得。18. 权利要求14的计算机程序产品,其中步骤(b)和(d)包括通过接收相应值的数字 输入来获得。19. 权利要求14的计算机程序产品,其中步骤(c)中绘制的经过调节的校准曲线通过 线性方程式定义。20. 权利要求14的计算机程序产品,其中步骤(e)的有形记录印刷在纸上。21. 权利要求14的计算机程序产品,其中核酸扩增测定法为等温核酸扩增测定法。22. -种用于测定测试样品中靶核酸序列的起始数量的设备,该设备包括: (a)至少一台检测机械,其测量: (i)指示第一核酸扩增反应中扩增的靶核酸序列和第一内部校准物的相应数量的信 号, 其中第一内部校准物包含与靶核酸序列不同的第二核酸序列; ii)指示第二核酸扩增反应中扩增的已知量的分析物多核苷酸和第二内部校准物的相 应数量的信号, 其中分析物多核苷酸和第二内部校准物均是调节校准物的成分, 其中第二内部校准物包含第二核酸序列,且 其中第一和第二核酸扩增反应中第二核酸序列的起始数量基本上相等; (b)至少一台与检测机械通讯的处理器, 其中处理器编程有一个固定点的一对坐标,该对坐标规定分析物多核苷酸量和标准化 扩增指标值,且 其中处理器进一步编程为实施下述步骤: (i) 自测量的信号为已知量的分析物多核苷酸、第一和第二内部校准物每一项、和靶核 酸序列的扩增指标确定相应值; (ii) 将为靶核酸序列确定的扩增指标值针对为第一内部校准物确定的扩增指标值标 准化; (iii) 将为已知量的分析物多核苷酸确定的扩增指标值针对为第二内部校准物确定的 扩增指标值标准化; (iv) 自固定点、分析物多核苷酸的已知量和已知量的分析物多核苷酸的标准化扩增指 标建立校准曲线;并 (V)使用校准曲线和靶核酸序列的标准化扩增指标确定测试样品中靶核酸序列的起始 数量。23. 权利要求22的设备,其中固定点的对坐标是使用来自多个核酸扩增反应的结果确 定的,该多个核酸扩增反应是使用除实施第一和第二核酸扩增反应的设备以外的仅一台设 备实施的。24. 权利要求23的设备,其中所述对坐标的一个成员规定标准化扩增指标值零。25. 权利要求23的设备,其进一步包括其中发生第一和第二核酸扩增反应的温度控制 的温箱。26. 权利要求25的设备,其中温度控制的温箱维持基本上恒定的温度,且其中第一和 第二核酸扩增反应为等温核酸扩增反应。27. 权利要求23的设备,其中步骤(iv)中的校准曲线通过线性方程式定义。28. 权利要求23的设备,其中所述至少一台检测机械包含测量荧光信号的荧光计。29. -种为使用扩增核酸并随扩增发生监测扩增子合成的本地仪器实施的定量测定法 建立经过调节的校准曲线的方法,所述方法包括下述步骤: (a) 为对定量测定法特异性的校准曲线上的一个固定点获得一对坐标,其中该对坐标 规定分析物多核苷酸的量和扩增指标值; (b) 获得包含已知量的分析物多核苷酸的分析物多核苷酸标准品; (c) 使用本地仪器在核酸扩增反应中扩增分析物多核苷酸标准品的分析物多核苷酸; (d) 为步骤(c)中扩增的分析物多核苷酸确定扩增指标;并 (e) 通过绘制包含第一点和第二点的校准曲线图建立经过调节的校准曲线, 其中第一点包含分析物多核苷酸标准品的分析物多核苷酸的已知量和步骤(d)中确 定的扩增指标的坐标,且 其中第二点包含步骤(a)中为固定点获得的对坐标。30. 权利要求29的方法,其中在步骤(a)之前有通过拟合方程式至使用除本地仪器以 外的扩增核酸并随扩增发生监测扩增子合成的多台仪器获得的结果集合绘制对定量测定 法特异性的校准曲线的步骤,且 其中结果集合不包含使用本地仪器获得的结果。31.权利要求29的方法,其中步骤(e)包括使用与本地仪器通讯的处理器来绘制校准 曲线图。
【专利摘要】使用实时扩增和内部校准调节来量化靶核酸的方法和系统。该办法采用可以自外部仪器获得的一个固定数据点,与在要校准的仪器上扩增的一种调节校准物组合,用来接近完全校准曲线。
【IPC分类】G06F19/20, C12Q1/68
【公开号】CN105264090
【申请号】CN201480012147
【发明人】S·V·奈尔, X·王, S·K·雅马加塔
【申请人】简·探针公司
【公开日】2016年1月20日
【申请日】2014年3月14日
【公告号】CA2899645A1, EP2971090A1, US20140272991, WO2014143665A1
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