微生物的检查方法_2

文档序号:9871398阅读:来源:国知局
用通常的方法进行,没有特别限定。
[0043] 例如,可以使用市售的核酸提取试剂盒(Water RNA/DNA Purification Kit-0.22 ym,Norgen Biotek Corporation制),用过滤器过滤液体而浓缩微生物,将其细胞破碎、溶 菌,提纯核酸,由此来恰当地进行核酸的提取。另外,也可以利用CTAB法(Cetyl trimethyl ammonium bromide)、DNA提取装置等来进行核酸的提取。
[0044] (3)核酸扩增工序
[0045] 核酸扩增工序中,将核酸提取工序中所提取的核酸的一部分扩增。由此,就可以将 成为试样的基因组DNA中的扩增对象区域扩增到检测所必需的数量。
[0046] 如此所述,根据本实施方式的微生物的检查方法,可以在采集工序中使用气旋式 的空气采样器将飘浮于空气中的微生物回收到液体中,并且在核酸扩增工序中将微生物的 核酸扩增。
[0047] 因此,即使在采集工序中不长时间进行微生物的回收,也可以在核酸扩增工序中 充分地扩增微生物的核酸,从而能够在检测工序中恰当地检测该微生物。
[0048] 作为核酸的扩增方法,没有特别限定,然而例如可以合适地使用PCR法。
[0049 ] PCR法中所用的PCR用反应液例如优选设为包含以下的组成的反应液。即,可以合 适地使用含有核酸合成底物、引物组、核酸合成酶、标记成分、试样的基因组DNA、缓冲液、以 及作为剩下的容量部分的水的PCR用反应液。
[0050] PCR法中,可以使用用于使试样的基因组DNA中的扩增对象区域扩增的引物组使该 扩增对象区域扩增,得到扩增产物。此外,在后面的检测工序中,使扩增产物与能够与扩增 对象区域的一部分互补地结合的探针杂交。此后,检测杂交了的扩增产物中所含的标记成 分,由此就能够鉴定具有该基因组DNA的微生物。
[0051] 作为缓冲液,例如可以使用AmpdireCt(R)(株式会社岛津制作所)。
[0052] 作为PCR装置,可以使用普通的热循环仪等。
[0053] 作为PCR的反应条件,例如优选如下所示。
[0054] (a)95°C10分钟、(b)95°C(DNA变性工序)30秒、(c)56°C (退火工序)30秒、(d)72°C (0嫩合成工序)60秒(将(13)~心循环40次)、(6)72°(:10分钟
[0055] (4)检测工序
[0056] 检测工序中,将含有利用PCR法得到的扩增产物的溶液滴加到预先固定化有多种 微生物的探针的载体中。在该载体上固定化有与扩增产物互补地结合的探针的情况下,扩 增产物与探针发生杂交。此后,检测杂交了的扩增产物中所含的标记成分,由此可以分别特 异性地同时鉴定多种微生物的种类。
[0057]作为此种载体,可以合适地使用DNA芯片。DNA芯片只要是预先合成出检测对象的 微生物的基因组DNA中的、从借助PCR法的扩增对象区域中选择的探针、并固定化在基板上 的芯片即可,其他的方面没有特别限定。例如可以使用斑点型芯片、合成型DNA 芯片等。
[0058]具体而言,扩增产物的标记成分的检测例如可以如下所示地进行。
[0059]首先,向扩增产物中混合规定的缓冲液后滴加到DNA芯片,将DNA芯片在45°C静置1 小时。其后,使用规定的缓冲液,将没有杂交的PCR产物从DNA芯片冲掉。
[0060] 然后,将DNA芯片装在标记检测装置中进行标记成分的检测,判定是否存在有检测 对象的微生物。作为标记检测装置,例如可以使用荧光扫描装置等一般的标记检测装置。标 记及其检测方法并不限定于借助荧光的方法,也可以使用其他的方法。
[0061] 如上说明所示,根据本实施方式的微生物的检查方法,可以在采集工序中使用气 旋式的空气采样器将飘浮于空气中的微生物回收到液体中,并且在核酸扩增工序中将微生 物的核酸扩增。因此,即使不进行以往在核酸提取工序之前必须进行的微生物的前培养,也 可以获得足够检测的量的核酸,能够在检测工序中同时特异性地检测多种微生物。
[0062] 另外,即使在采集工序中不长时间进行微生物的回收,也可以在核酸扩增工序中 将微生物的核酸充分地扩增,因此能够在检测工序中恰当地检测微生物。
[0063] 因此,根据本实施方式的微生物的检查方法,能够进一步缩短包括取样在内的整 个检查的期间。
[0064] 另外,根据本实施方式的微生物的检查方法,可以不进行微生物的前培养地进行 该微生物的检测,因此也可以根据飘浮于空气中的微生物的残骸来鉴定该微生物。即使是 微生物的残骸,一旦由人吸入也会有产生健康损害的情况,因而能够更加迅速地检测它是 有益的。
[0065] [实施例]
[0066] 以下,对本发明的微生物的检查方法的实施例进行具体的说明。
[0067] 在采集工序中,为了将飘浮于空气中的微生物回收到液体中,使用气旋式的空气 采样器(Coriolis y,Bertin公司制),抽吸2个地点的空气,如下所示,得到共计4个样品。以 300L/分钟固定空气采样器的流速。
[0068] 首先,在地点A(厕所室内)进行3次空气的抽吸,将回收时间分别设为1分钟、3分 钟、5分钟,得到样品1-3。样品1-3的回收空气量分别为300L、900L、1500L。
[0069] 另外,在地点B(接待室内)进行1次空气的抽吸,将回收时间设为10分钟,得到样品 4。样品4的回收空气量为3000L。
[0070] 对于所有的样品,在空气回收的开始时刻,用于回收微生物的液体的量为10mL。在 空气回收后,液量因回收中的样品的蒸发而减少,因此回收时间越长,残存液量越少,对于 所有的样品,残存液量存在有5. lmL以上。
[0071] 从样品1 -4的液体中分别取出0. lmL,在直径90mm的皿中涂布在灭菌了的M40Y培养 基上。每个样品对2个培养基进行该操作,在25°C培养7天。该M40Y培养基是可以合适地培养 嗜干性霉菌、耐干性霉菌、嗜湿性霉菌的任意一种的培养基,是向1L蒸馏水中添加20g的麦 芽提取物、5g的酵母提取物、400g的蔗糖、20g的琼脂而得的培养基。
[0072]此后,在各个培养基中在第四天、第七天取出样品并利用目视计数生长了的菌落 数,对每个样品算出平均。将其结果表示于图1中。
[0073] 如图1所示,样品卜4的0. lmL中的霉菌数的平均分别为2、9、15、3个。因而,液体5mL 中的霉菌数分别可以换算为100、450、750、150个。如果考虑到回收空气量,则得到地点八的 样品1-3中的霉菌数大于地点B的样品4中的霉菌数的结果。对于其理由可以认为是因为,地 点A的空气比地点B的空气脏。
[0074] 然后,在核酸提取工序中,使用市售的核酸提取试剂盒(Water RNA/DNA Purification Kit_0.22ym,Norgen Biotek Corporation制),依照说明书进行操作,从样 品1-4的各液体中的霉菌中提取核酸。
[0075] 此时,将样品1-4的液体中的5mL分别用过滤器过滤,然后分离过滤器,回收到含有 玻璃珠的破碎管中后,加入溶菌缓冲液,以4800rpm进行5分钟破碎。利用该工序将回收到液 体中的霉菌依照每个过滤器用玻璃珠进行破碎,进行了规定的溶菌处理。在由此得到的溶 液中,从空气中回收到液体中的霉菌的胞子及菌丝的细胞壁都被破碎、溶菌。
[0076] 此后,对每个样品1-4得到的溶液进行提纯,得到DNA溶液。
[0077]然后,在核酸扩增工序中,将每个样品卜4的DNA溶液中的DNA的一部分利用
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