用于分析生物分子的光盘的制作方法

专利名称：：用于分析生物分子的光盘的制作方法
技术领域：
：本发明涉及用于将关于聚合物或其他分子特征的信息编码至光学可读基片上的方法和设备。其特别适用于将多核苷酸序列信息编码至光盘上。
背景技术：
：通过改进用于表征分子或其生物反应的技术，已经在分子研究中取得了部分进展。具体地，核酸DNA和RNA的研究已经得益于正在发展中的用于序列分析的技术和对杂交事件的研究。作为研究生物分子的可行方法，基因组学和蛋白质组学已经伴随着不断增加的小型化分析和检测仪器和步骤的发展而发展起来，这使得可以同时分析大量样本。微阵列是最知名的这类"高通量"技术的实例。光盘也已经被发展用于生物和化学样品的快速多重检测和表征。该技术采用了在音频和视频光盘(例如压縮光盘和DVD)领域中开发的技术。将目标分子(分析物)置于光盘上或光盘中，并且将光束(最常见的是激光)聚焦于所述光盘表面。然后用检测器检测从光盘反射的光或者从光盘透射的光。通过对检测光的分析提供关于所述分析物的信息。这被称为"光盘实验室"技术。W0-A-96/09548、W0-A-98/12559和US6，760，298描述了各实例。Gustafsonetal，AnalyticalChemistry,Vol.76:Issue2(253—502)，2004中描述了在压縮光盘上对蛋白质样本进行微流控高通量处理。然而，常规光盘技术并非被设计用于生物和化学测定。大部分目前可用于使用光盘分析生物分子的技术均试图在光盘上或光盘中进行生物和化学步骤。所述光盘可含有与所述测定相关的信息，但是其主要作用是作为所述生物测定的常规载体；光盘和生物测定技术之间基本上仍然是独立的。W099/35499(Remacle)描述了使用光盘作为用于检测目标分子的基片表面。其提供了一种盘，所述盘的一个区域上结合有不可切割的捕获分子。所述捕获分子提供了这样一种方法，即将一种或多种目标分子从样本中分离，同时通过使用激光测量激光发射的变化来检测结合的发生。激光发射的变化可能是直接由于所述目标分子的结合，也可能是由结合位点处的局部腐蚀作用导致的。所述公开文本中公开的方法仅容许从反应中获得有限的信息。其可检测到结合事件，但是除了提供关于目标对所述结合配体具有亲和力的知识以外它并不能提供其他关于目标特征的信息。根据W099/35499，目标分子与其亲和配偶体之间的相互作用导致在所述基片表面产生印记(凸起)，这可以通过激光束来检测并且被转换为二进制信号。结合反应可以发生在所述基片中预先形成的穴中或者发生在固定在所述基片上表面上的塑料条上。要么激光束聚焦于所述基片的上表面上，光从高度反射层反射至检测器(反射检测)，要么激光束聚焦于所述基片的底面上，同时光穿过半反射材料以及用于捕获和测量穿过所述基片的光的检测器(光透射)。鉴于反应发生在所述盘的相对较大的区域中，因此分辨率相对较低。US2007/0031856(Hong)描述了生物光盘微阵列的加工和使用。所述生物光盘为其7中放置有小的寡核苷酸探针的CD型光盘。所述寡核苷酸为原位微加工或者是使用被称为旋转覆盖和剥离的(spin-on-and-peel)技术制备的。所加工的微阵列用于使用存在于所述目标多核苷酸上的荧光发光标签来检测杂交事件。尽管US2007/0031856示出了可以将多核苷酸置于CD型盘中的凹坑(pit)中，但是检测中需要使用荧光发光标签限制了所述生物光盘的应用，因为荧光易淬灭。此外，荧光信号会逐渐变弱，并且通常需要滤光片和单独的检测器。US670298(Worthington)描述了用于检测分析物的光盘的制备。制备了带有多层数据层的盘，所述数据层形成用于接受分析物的穴。生物和化学反应可以在所述分析物区域中进行并且被用于生成可被激光检测到的光学效果。在光盘中进行的反应不会改变盘的结构特征。US6342349(Virtanen)描述了基于光盘的装置，其中放置有分析物特异性的信号元件。所述信号元件被固定在光盘上并且被用于捕获目标分析物。如果目标分析物结合，则所述信号应答部分的作用是反射、散射和吸收入射光。因此，所述公开文本描述了一种基于存在定位于光盘上确定位置处的信号部分的分析物检测方法。用于检测所述部分的光(激光束)被射到光盘的上表面上，并且用位于所述光盘上方的检测器检测反射光。尽管这些公开文本中的每一篇均描述了使用光盘的分析物检测有用技术，但是仍然需要有使用高密度光盘的用于检测生物反应的改良方法，在该方法中，生物分子的具体特征可以被转换为可随后鉴别的二进制信号。W0-A-04/094664和WO-A-00/39333描述了用于形成"设计聚合物"的技术。设计聚合物为编码与目标聚合物相关信息的多聚体序列，通常为DNA。所述设计聚合物通常将含有一系列单体序列，所述单体序列代表了原始目标序列上的单个单体。所述原始序列现在被称为"经放大的"。按照这种方式，获得一种"被修改的"序列，所述序列的信息获取具有比原始目标的单体更高的分辨力。例如，使用单体的确定序列来代表目标的单个单体使得用户可以更加准确地测定所述目标的序列，因为所述设计聚合物的任何错误测序均可被更加清楚的检测到。尽管设计聚合物非常有用，但是提供用于最终读出设计聚合物序列的技术仍很困难。
发明内容本发明基于以下认识，即可以对光学可读基片进行修改以编码关于分析物分子(例如聚合物)特征的信息。然后，所述经改变的基片可用在用于解码所述基片上信息的设备中。因此，本发明特别适合用于测定聚合物的序列，其中所述聚合物的序列可以被编码到所述基片上用于后续解码。在优选的实施方案中，本发明提供了如下这样的光盘，即所述光盘可用于以单个凹坑的分辨率将关于生物分子的信息编码到所述光盘上。根据本发明的第一方面，一种光学可读基片，包括透明固体基片，其上表面上置有反射材料，以及一层涂覆在所述反射材料的上表面之上的化合物。所述化合物为有机或无机化合物，并且可以被激光烧蚀以产生凹坑。根据本发明的第二方面，一种光学基片，包括一层反射层和一系列凹坑和平坦区(land)，其中一个或多个凹坑包括结合有亲和配偶体的聚合物分子，所述结合有亲和配偶8体的凹坑具有位于每个凹坑处或每个凹坑中的材料，其特征在于不具有所述亲和配偶体的凹坑不具有反射层。根据本发明的第三方面，一种光学基片，包括一系列凹坑和平坦区，其中一个或多个凹坑包括结合有亲和配偶体的聚合物分子，其中所述结合有亲和配偶体的凹坑具有位于每个凹坑处或每个凹坑中的材料，其特征在于所述光学基片在所述凹坑底部不含有反射层。根据本发明的第四方面，一种光学基片，包括一层反射层和一系列凹坑和平坦区，其中一个或多个凹坑包括结合有第二多核苷酸的第一多核苷酸，所述带有第一和第二多核苷酸的凹坑具有位于每个凹坑处或每个凹坑中的材料，其特征在于所述第一多核苷酸包括一系列序列单元，每个单元包括代表特定特征的多个核苷酸序列。根据本发明的第五方面，一种光学可读基片，包括以基本上线性的结构定位于所述基片上不连续区域上的多核苷酸，其中多个寡核苷酸探针在不同区域连接至所述多核苷酸上。根据本发明的第六方面，一种光学可读基片，包括一层反射层，所述基片还包括位于所述基片表面且连接有功能化纳米颗粒的凹槽(groove)。根据本发明的第七方面，本发明提供了一种用于测定目标分子的多种特征的方法，所述目标被定位于含有凹坑和平坦区的光学基片上，所述方法包括以下步骤(i)进行一系列反应以获取所述目标分子的不同特定特征的信息，其中每个所述反应均发生在不同的凹坑中；(ii)对所述光学基片进行处理以修改那些其中已经发生了反应的凹坑，又或者修改那些其中尚未发生反应的凹坑，以改变所述凹坑的反射特征；(iii)测量所述凹坑中的反射率，从而测定所述目标的不同特征。根据本发明的第八方面，一种用于测定分子的一系列特征的方法，包括使所述分子在具有反射层的光学可读基片表面上或表面处反应并且损坏一个或多个反应位点处的反射层，从而编码代表所述分子反应特征的所述基片上的一个或多个可鉴别信号。根据本发明的第九方面，一种用于将关于聚合物的特征的信息编码到具有反射层的光学可读基片上的方法，包括以下步骤i)将聚合物定位至所述基片的不连续区域上；ii)在不连续的位置获得所述聚合物的信息；禾口iii)处理所述基片以使得所述反射层在所述获取信息的位置处受到损坏或改变，又或者在未发生信息获取的位置处受到损坏或改变。改变或损坏反应/获取信息的位点处的反射层，使得所述基片可"编码"用于显示所述分子/聚合物的信息。在下一步骤中对反射层的分析将测定(解码)反应/获取信息的位点，所述位点可提供关于所述分子特征的信息，例如聚合物的序列。根据本发明的第十方面，一种用于分析多核苷酸序列的方法，包括i)提供具有反射层的光学可读基片，所述基片的不连续位点上结合有一系列具有确定序列的寡核苷酸探针，每个均代表一个多核苷酸序列；ii)将所述多核苷酸与所述寡核苷酸探针杂交；iii)将标签连接至那些与所述多核苷酸完全互补的寡核苷酸上，所述标记能够改9变或降解反射层，又或者能够使反射层暴露以进行改变或降解；禾口iv)分析所述基片以显示改变或降解的排列，并且从而显示所述寡核苷酸的序列。根据本发明的第十一方面，一种用于储存关于聚合物特征的信息的方法，包括用一系列光学可读结构编码光学可读基片，所述光学可读结构一起可鉴别所述聚合物的多个特征。根据本发明的第十二方面，提供了一种用于将与聚合物相关的信息编码到光学可读基片上的方法，所述光学可读基片包括一层反射层，所述方法包括将所述聚合物定位于所述基片表面上或邻近所述基片表面；将纳米颗粒定位于与所述聚合物确定部分相对应的基片表面上该部分处；在可促进反应来改变或损坏不连续位点处表面的条件下，使所述纳米颗粒与所述基片表面接触，从而改变或损坏反射层或者暴露出反射层以进行后续反应来改变或损坏不连续位点处的反射，从而将关于所述聚合物的确定部分的信息编码到基片上。根据本发明的第十三方面，提供了一种用于在基片表面上排列(align)聚合物分子的方法，所述表面包括一个或多个径向(radial)凹槽，所述方法包括将所述聚合物的末端区域连接至凹槽；使所述基片以预定速度绕一个轴旋转，籍此所述基片旋转进并旋转出一种液体，其中当基片旋转出所述液体时聚合物在所述凹槽中被排列。根据本发明的第十四方面，一种用于分析多核苷酸序列的方法，包括i)提供具有反射层的光学可读基片，所述基片的不连续位点上结合有一系列具有确定序列的寡核苷酸，每个均代表一个推定的多核苷酸序列；ii)使所述多核苷酸与两种或两种以上寡核苷酸反应；iii)将标记物连接至那些与所述多核苷酸反应的寡核苷酸上，所述标记物能够改变反射层，又或者能够使反射层暴露以进行后续改变；禾口iv)分析所述基片以显示改变的排列，并且从而显示所述寡核苷酸的两个或两个以上序列。根据本发明的第十五方面，提供了一种光学可读基片，其上连接有多核苷酸，所述多核苷酸具有一系列确定的序列单元，每个序列单元均具有至少两个核苷酸。根据本发明的第十六方面，提供了一种生产用于编码生物信息的光盘的方法，包括(i)获得光学基片，所述光学基片具有(a)光学透明基片层；(b)置于所述透明基片上表面的反射材料层；禾口(c)置于所述反射层上面的化合物层，(ii)以确定模式烧蚀所述化合物中预定凹坑以暴露所述凹坑中的反射材料。参照附图来描述本发明，其中图1示出了可被整合到设计聚合物序列中并且将被编码到基片上的不同序列单元，代表二进制代码；图2示出了本发明的一个实施方案，其中使放大的多核苷酸序列与多个存在于基片表面上的寡核苷酸探针接触；图3和4示出了利用标记来降解基片上的反射层；图5示出了用在本发明中的设计聚合物构建体；图6示出了本发明的光学基片的制备；图7示出了用于将多核苷酸吸收到盘表面上的分子梳技术；图8示出了用在本发明中的光盘的物理特征。图9至11示出了将纳米颗粒定位至存在于光学基片的凹槽中的凹口(indentation)。图12至14示出了将纳米颗粒定位于所述光学基片的特定区域内，以及在所述基片表面上特定区域处形成自组装单层。图15示出了光学基片表面上的不同构型，用于将多核苷酸锚定到基片上以进行后续梳理；图16示出了光盘的三种构型，(a)在沉积封闭层之后湿法蚀刻反射层(银增强)；(b)未进行湿法蚀刻；和(C)在分析前进行蚀刻；图17示出了通过测量被封闭并且随后被蚀刻的凹坑的反射率来获得的凹坑分辨率；图18示出了通过测量未被蚀刻的凹坑的反射率来获得的凹坑分辨率；图19示出了通过测量在分析前被蚀刻的凹坑的反射率来获得的凹坑分辨率；图20示出了本发明的光盘的AFM拓扑结构；图21示出了在光盘上实现的银增强；图22示出了在蚀刻前和蚀刻后的平坦区和凹坑图；图23示出了盘上单个凹槽轨迹的盘驱动总和信号(SUMsignal)与时间关系图；图24示出了盘上单个凹槽轨迹的盘驱动总和信号与时间关系图，来自一个凹槽的单个凹坑信号，所述凹槽带有由银封闭且反射体完整的凹坑；图25示出了盘驱动检测器总和信号沿一个轨道的示波器(scopetrace)轨迹，所述轨道带有一个由银覆盖的区域和一个未被银覆盖的区域；图26示出了盘驱动检测器总和信号沿一个轨道的示波器轨迹，所述轨道带有一个由银覆盖的区域；禾口图27示出了盘上单个凹槽轨迹的盘驱动总和信号与时间关系图；具体实施例方式本发明使得可以将分子的特征编码到光学基片上。然后可以在后续步骤中解码(读取)所编码的信息。在一个实施方案中，通过利用基片上的反射层来进行编码，根据待研究的分子特征可以以确定的方式破坏所述反射层。破坏反射层会产生可读的光学基片。在另一个实施方案中，在所述光学基片的凹坑中分析所述分子，并且根据是否已经发生反应来对所述凹坑进行修改。因此，可以对各凹坑进行区分，并且可以获得单个凹坑分辨率。这样就可以基于各个凹坑的读出来生成二进制数据。本发明优选地使得可以将关于聚合物分子特征的信息编码至光学可读基片上。本发明的最简单形式是，使得可以在基片表面获得聚合物分子的信息，使得可以通过改变基11片来将所述聚合物的特定特征编码至所述基片上，例如通过在那些获取聚合物信息的位点处改变或损坏所述基片的放射表面。然后可以通过使用常规或改进的设备"读取"基片表面来鉴别所述聚合物的特征。对所述基片的改变的排列结果表明了所述聚合物的特征。该方法特别适用于将聚合物的序列编码到基片上。一旦将信息编码到光学可读基片上，可以使用标准的光学读出步骤来读取该信息。本文所述的方法和设备均为本发明的一部分。本发明可用于分析分子的特征。例如，本发明可用于通过分子与一个或多个位于基片表面上的亲和分子的结合特征来测定分子的类型。本发明特别适用于测定存在于多核苷酸中的特定序列。这可用于分析如下这样的多核苷酸，即所述多核苷酸已经被设计用于代表聚合物或多核苷酸上的特定特征。例如，待研究的多核苷酸可以是PCT/GB06/00825中所限定的多核苷酸，所述文献的内容通过引用的方式纳入本文。但是，本发明也可以用于测定常规DNA分子的序列，或者用于检测在测定系统中是否存在DNA分子。本发明中所用的术语"光学可读基片"包括可利用光束来得以被扫描从而使得可分析该基片的任何材料。本领域技术人员很清楚，可以检测到反射或透射光。优选的基片为"光盘"。术语"光盘"在本领域中公知的是指利用激光读取的存储装置。最常见的光盘为压縮光盘(CD)和数字视频光盘(DVD)。光盘技术的新发展在于该存储介质不断增加的存储能力，例如高清晰度数字视频光盘(HD-DVD)。任何上述光盘或者任何其他类型光盘均可用在本发明中。本文中所用的术语基片的"光学特征"是指基片对其透射或反射的光束的效应。光学特征的变化通常将会导致在读取基片时产生的信号发生变化。对于本领域技术人员来说，光盘的结构是显而易见的。总之，每张光盘均包括至少一层含有光学透明材料的层(透明基片)，其上涂覆有反射层。对于本领域技术人员来说，适合的光学透明材料是显而易见，它们包括塑料、玻璃、云母、硅等。优选塑料，特别是聚碳酸酯，因为这些均是用于CD-ROM和DVD读出器的常规材料。所述透明层通常为约0.1毫米厚，而所述反射层通常要薄得多，例如厚度在10至100纳米之间。所述反射层通常为薄的介电层，但是可以使用其他的反射或半反射材料，例如银、硅、铝、碲、硒、铋、铜，或者任何其他适合的反射材料。所述透明层和反射层还可以包括操作结构，例如用于激光跟轨和自动聚焦的抖动凹槽和/或用于速度控制的凹坑结构。在一个优选的实施方案中，所述反射材料具有低的反射率或者为半反射的。在那些通过将激光聚焦在光盘底面上(即穿过所述透明层)来测量反射率的实施方案中，这是合乎需要的。因此，待表征的分析物位于所述光盘的激光对侧。对于低反射或半反射层，优选地，所选择的材料反射低于50%的入射光，更优选低于30%的入射光，并且最优选低于10%的入射光。光盘上的光学可读结构通常被称为"凹坑"和"平坦区"。这些可能具有实际的物理凹坑和平坦区结构的形状，但是"凹坑"和"平坦区"在更广义上可用于指具有不同反射差异的盘上的不连续区域(誦PlayersandDrives,K.F.Ibrahim,Newnes，Oxford,2003)。尽管在一个实施方案中，反射层位于基片的上表面上，在另一个优选的实施方案中，在反射层上提供一层保护层。所述保护层可用在编码过程中，籍此在适合的反应位点处腐蚀或烧蚀所述保护层以暴露出反射层，以进行后续蚀刻(损坏)，例如湿法蚀刻。例如，所述保护层可以是单链DNA的自组装单层，其可被定位于相互作用位点处的外切酶降解。提12及"损坏"反射层时还意在包括改变反射层。提供单层使得容许采用不同化学作用来制备所述单层以用于进行后续破坏。然后，使用常规技术实施进行对反射层的后续蚀刻，以产生对反射层的明确的破坏。例如，可以使用湿法蚀刻，采用化学物腐蚀反射层。当所述基片为盘时，本发明的盘可包括至少一个容许液体被运输进该盘的液流通路，例如当在光盘旋转时施加的离心力下时液体被运输进盘内。在压縮光盘上对生物样品进行微流控加工在本领域中是已知的，例如如在上述Gustafsonetal.中所描述的。所述液流通路容许液体样品(例如含有聚合物的样品)分布于盘中。对技术人员来说显而易见的是，液流通路的配置应使得样品能与盘的正确区域接触。所述液流通路可以位于盘上的任意位置。在优选的实施方案中，所述基片为盘，并且可以使用DVD和HD-DVD盘制备中采用的常规技术来制备。所述盘可以包括跟轨凹槽，其可在最后的读出阶段被激光束所利用。还提供了其上将发生反应的数据道。与常规光盘不同的是，本发明的盘还可以在跟轨凹槽(通常约为100m长且200nm深)中包括其他凹口，所述凹口可用于在数据道范围内排列(梳理)多核苷酸(第二多核苷酸)。这在图8中示出。所述盘是使用常规冲压技术制备的，其中母盘是利用注塑制备的，然后将其用作印模来制备拷贝。所述基片的顶层通常为反射层。这通常为金属层，其是被使用常规的溅镀技术敷设到基片表面上的。在一个优选的实施方案中，所述光盘包括透明固体基片(例如聚碳酸酯)和置于所述透明基片上表面之上的反射材料(反射层)，并且还包括一层涂覆于所述反射材料的上表面上的化合物层，即所述反射材料被夹在所述化合物层和所述透明层之间。这不同于化合物被夹在反射层和光学透明材料之间的常规可录写CD或DVD。如下文所述，当将这种新的构造用在本发明的方法中时，其是有益的。所述化合物提供了一层这样的保护层，所述保护层可以暴露以便例如进行烧蚀，从而在光盘上形成预定的凹坑。所述凹坑可能会使反射层暴露。残余的化合物层将会在光盘上形成"平坦区"。采用具有这种构型的光盘来实施本发明的优选方法会非常有利。在某些优选的方法中，本发明意在将其中已经发生反应的凹坑与其中并未发生反应的凹坑加以区分。达到该目的的一种方式是修改其中已经发生反应的凹坑，或者修改其中并未发生反应的凹坑。在一个实施方案中，通过破坏或移除反射层来实现修改。对那些其中经发生反应(又或者其中并未发生反应)的凹坑进行处理以便封闭到达所述凹坑的通路。然后，可以在未封闭的凹坑中进行蚀刻(例如湿法蚀刻)以便破坏或移除反射材料。在该实施方案中，所述有机化合物层是耐蚀刻的，保护光盘的其余表面免遭所述蚀刻处理。这在图16a和b中以及图17和18中示出。在优选的实施方案中，所述化合物为有机染料，例如CibaIRGAPHORultragreenMX。备选的耐蚀刻有机化合物包括染料聚合物。可以使用常规技术将这些物质旋转覆盖在光盘上。优选地，所述化合物易于被激光处理，以产生凹坑。可以这种方式烧蚀的化合物对于技术人员来说是显而易见的。具体地，通常将用可以吸收可见UV光并且可被这种光移除的材料来形成所述化合物层。同时用输出低于100mW的激光来提供可见光或UV光，优选低于50mW，更优选低于20mW。由常规的可录写CD盘可获知适合的材料。用于所13述化合物层的材料通常耐受用于蚀刻反射层的技术。例如，所述化合物层将是抗湿法蚀刻的或者抗酸蚀刻的。在一个实施方案中，凹坑在化合物层和对应的反射层中形成以暴露凹坑中的透明基片(图16c和图19)。其好处是光可穿透未被封闭的凹坑，但是当凹坑被封闭时光会被反射。该构造可以通过以下方法来获得，即通过烧蚀化合物层中的凹坑，然后在进行分析前实施湿法蚀刻以移除所有凹坑中暴露的反射材料。在又一个实施方案中，所述凹坑是在化合物层中形成，暴露出未被改变的反射层。那么就不需要进行湿法蚀刻。在该实施方案中，所述化合物层不必是耐蚀刻的。术语"烧蚀"是指处理化合物层，以用激光在光盘的表面烧出确定的凹坑。可使用任何适合的设备进行烧蚀。优选地，所述烧蚀是使用半导体激光二极管进行的。所述光学激光的功率通常将低于50mW，更优选低于20mW。烧蚀时间根据用于所述化合物层的材料而变化。通常，烧蚀时间低于每个凹坑1Ps。在烧蚀过程中，可以利用盘上的操作结构实施激光跟轨。跟轨和聚焦可以利用由反射层反射的光来实施。由所述烧蚀过程形成的凹坑的深度将取决于化合物层的厚度，通常可实现的深度为5nm至100nm。本发明提供了具有3或4个距外表面(opensurface)不同"高度水平"的盘。存在带有反射材料和染料的无凹槽(off-groove)水平；带有反射材料和染料的凹槽(on-groove)水平；带有反射材料的凹槽水平(其中染料被烧蚀)；以及不带有额外材料的凹槽水平(染料被烧蚀并且反射层被破坏)。所生产的光盘将用于鉴别分子例如聚合物分子的特征。当光盘包含凹坑时，将例如通过固定化将所述分子定位至凹坑中。在一个优选的实施方案中，所述分子为聚合物分子，例如多核苷酸，并且被结合至亲和配偶体以鉴别其一个或多个特征。与亲和配偶体的结合也可被用于将其他试剂定位至凹坑内，以便有效地封闭凹坑避免暴露于其他材料，或者以便改变凹坑的反射性质用于进行后续检测。如上文所述，本发明特别适合于测定聚合物的序列信息。本发明容许将所述聚合物的各个单体编码到光学基片上。与依赖于通过杂交测序的方法不同，可以"编址(address)"所述聚合物序列的一个非常小的部分，即编码到基片上。然而，由于本发明还提供了位置的信息，因此可以根据表明所述序列片段的地址属于预定地址模式的哪部分来说出所述序列部分属于目标序列上的哪部分。最简单的地址模式是这样一种模式，其中代表目标序列的碱基(base)-l、碱基-2等等的地址被沿着激光轨道线性排列。使用凹坑时，可以是每个凹坑中含有一个单体。由于目标序列的碱基在盘上按特定模式排列，可以仅仅基于所述地址(或凹坑)在该模式中的位置来测定由凹坑(从1/2个碱基至5个碱基)所鉴别的序列片段属于目标序列中的哪部分。每个目标序列均可以用相对较低数目的地址来加以鉴别(例如根据每个碱基2位(bit)的方法，测定24个碱基的序列需要48个地址)。—种实现这种测序策略的方法是放大目标分子，并且将它们分布至所述光学基片表面上的不同位置(预制阵列地址)，其中每个位置都是经预制的使得其可以获得目标分子中一个或多个特定碱基位置的信息。在一个优选的实施方案中，所述预制阵列的表面模式被制备成这样一种形式，即所述形式容许使用数据存储技术作为读出手段。这将通常需要将所述模式制成二进制的并且排列成具有有效信息。在一个特别优选的实施方案中，本发明的光盘包括一层反射层和一系列凹坑(pit)和平坦区(land)，其中一个或多个凹坑包括结合有亲和配偶体的聚合物分子，所述结合有亲和配偶体的凹坑具有位于每个凹坑处或每个凹坑中的材料，并且其中不具有所述亲和配偶体的凹坑不具有反射层。在另一个特别优选的实施方案中，所述光盘包括一系列凹坑和平坦区，其中一个或多个凹坑包括结合有亲和配偶体的聚合物分子，其中所述结合有亲和配偶体的凹坑具有位于每个凹坑处或每个凹坑中的材料，其特征在于所述光盘在所述凹坑底部不含有反射层。在另一个优选的实施方案中，本发明的光盘包括一层反射层以及一系列凹坑和平坦区，其中一个或多个凹坑包括结合有第二多核苷酸的第一多核苷酸，所述带有第一和第二多核苷酸的凹坑具有位于凹坑处或凹坑中的材料，其特征在于所述第一多核苷酸包括一系列序列单元，每个单元包括代表特定特征的多个核苷酸序列，W0-A-04/094664和W0-A-00/39333中公开了这类多核苷酸，所述文献的内容通过引用的方式纳入本文。用于封闭凹坑的材料可以是可有效封闭凹坑避免与其它试剂接触的材料。因为可对光盘进行处理以进行湿法蚀刻，从而破坏反射层，所述材料优选地耐受所选的湿法蚀刻加工。在其他实施方案中，未发生湿法蚀刻，因此所述材料不必是耐湿法蚀刻的。但是，可以选择能够改变凹坑反射性质的材料，以便帮助区分各凹坑。金属材料特别适用于该目的。例如通过增强技术将金属材料选择性地沉积于凹坑处。特别优选银增强，并且有可用于此的商用试剂盒。可以按照下文所详述的进行选择性银增强。还可以使用其他材料。例如，可以将DNA定位于反应位点处的凹坑，以在湿法蚀刻过程中起到屏障的作用。还可以使用聚合物，或者将无机颗粒定位至凹坑中，以提供一层保护层。芳香硫醇耐蚀刻，因此可以被加入至所述颗粒中以提供一层更加有效的屏障。还可以例如通过使用存在于胶乳颗粒上的亲和标签以及存在于凹坑中的聚合物(或其亲和配偶体)将胶乳颗粒定位至凹坑中。所述胶乳颗粒将会形成一层耐湿法蚀刻的薄膜。如果不使用湿法蚀刻来改变凹坑，则可选择具有改变反射率的能力的所述选择性地加入至所述凹坑中的材料。例如，可以将功能化的金属颗粒定位至凹坑中。这些被选择性地靶向至那些具有聚合物/亲和配偶体复合体的凹坑中。然后可测量反射率，并且可以对不同的凹坑(那些带有和不带有所述复合体的凹坑)加以区分。在又一个实施方案中，所述材料改变了反射层以破坏或者移除它，从而改变所述凹坑的反射性质。适合的材料包括可以通过电偶腐蚀与银层(反射层)反应的金颗粒。所述金颗粒可以通过功能化基团选择性地耙向所述凹坑。本发明可以用于研究分子，例如生物分子。所述目标分子将通常可以与基片上的一个或多个分子相互作用，以便鉴别出该目标分子的特征。实施本发明的方法以使得可以监测由于对基片进行了后续改变而导致的所述目标分子与基片上的分子之间的相互作用，所述改变是例如通过破坏相互作用位点处的反射层而进行的。这可以通过以下方式来实现，即实施后续反应来移除未反应的分子，并且靶向和改变相互作用位点。现在以聚合物作为目标分子对本发明进行更详细的说明。然而，技术人员将会意识到本发明的更宽的方面。本发明是通过以下方式实现的，即将聚合物定位至基片上以使得可以获得所述聚合物的信息，例如在将翻译至所述基片不同区域的各个区域处。可以使用任何适合的技术将分子定位至基片上以获取信息。W0-A-01/15154描述了各种用于将生物分子物理性地排列至光盘上的方法。例如使用磁体将顺磁珠排列到光学基片上。所述顺磁珠可用于将分析物(分子)定位至光盘上特定的位置处。在US7083920中可以找到用于将分子定位至光盘上的其他方法。在那些利用带有凹坑和平坦区的光盘的实施方案中，必须将目标聚合物或者其亲和配偶体定位至凹坑内。用于将生物分子以及其他分子和试剂以可寻址和有序方式沉积于或连接至固体表面位点上的方法是本领域技术人员公知的，所述生物分子以及其他分子和试剂具有与光盘(例如CD、DVD和HDDVD)上光学可读结构的大小相当的适合大小[MicrosystemsTechnologyinChemistryandLifeSciences.A.Manz，H.Becker(eds.)，Springer,Berlin1999immobilisationofDNAonChips,VolI&II，C.Wittman(ed.)，Springer,Berlin,2005;lmmungold-Silve:rStaining，M.A.Hayat(ed.)，CRC，1995]。这类编址方法包括，例如微接触印刷、扫描探针微影术(lithography)、电子束微影术、UV或光微影术、纳米移植和浸笔纳米微影术。所述分子或试剂可以被共价地偶联至固体表面，或者所述结合可以是物理性质的，例如范德华结合、氢键合、离子结合、偶极结合、疏水相互作用或其他类型的物理吸收。所述结合还可以是核酸杂交或者生物素/抗生物素蛋白链菌素偶联。所述结合可以包括硅氧烷键、酯键、酰胺键或硫醇键。所述结合反应可以包括亚磷酰胺反应物。所述结合还可以包括自组装的单层。用于在这类位点上进行化学反应的方法是公知的。这类反应包括，例如将DNA和/或RNA链杂交到寡核苷酸阵列上、使用荧光试剂标记分子、生物素/抗生物素蛋白链菌素偶联、抗体/抗原结合、使用抗生物素蛋白链菌素_金或蛋白A-金的金标记、金和银增强、免疫金_银染色，以及不同酶促反应。可以利用凹坑中提供的功能化基团将聚合物或亲和配偶体定位至所述凹坑中。例如，可以利用平坦区(有机化合物层)和凹坑(暴露出的反射层或透明基片)之间的化学差异以选择性地在所述凹坑中提供官能团。在一个实施方案中，以基本上线性的结构将所述聚合物排列到基片表面上，这使得可以沿着所述聚合物的序列在不同位置获取聚合物信息，使得可以对所述基片表面以及与所述聚合物的被获取信息部分对应的区域进行破坏。然而，在其他实施方案中，可以通过与一个连接至所述基片表面的分子之间的特异性相互作用将所述聚合物定位至基片表面，同时将该相互作用编码至所述基片表面上以便表明和表征所述特异性相互作用。在这种情况下，所述聚合物不必被以线性结构定位。本文所用的术语"聚合物"是指任何包含多个单体单元的分子。优选地，所述聚合物为生物聚合物，最优选多核苷酸或多肽。这些术语是本领域技术人员公知的。本文中所用的术语"基本上线性的"是指当位于基片上时，所述聚合物在聚合物末端之间循沿一条直线。可以使用任何常规技术将所述聚合物定位至基片上。所述聚合物可以被直接定位至基片表面上以便随后获取信息，或者所述聚合物可以经由一个或多个中间分子来被间接定位。所述一个或多个中间分子可作为所述获取信息步骤的一部分而被使用，即一个或多个所述中间分子可以同时用于定位聚合物及获取聚合物的信息。然后可以通过破坏所述聚16合物和所述一个或多个中间分子之间的定位相互作用位点处的反射层，来鉴别并且表征这些位点。或者，所述一个或多个中间分子可以用于将所述聚合物结合或栓在基片上，但是不去获取所述聚合物的信息。术语"获取信息"在本文中用于定义所述聚合物和另一个分子之间的特异性相互作用。所述相互作用可以是结合事件，例如多核苷酸(作为聚合物)和互补多核苷酸(作为其他分子)之间的杂交事件。所述获取信息事件是特异性针对所述聚合物或其一部分的，即存在一种以某种方式依赖于所述聚合物序列的相互作用。因此，可以表征所述相互作用，从而显示所述聚合物的序列信息。在一个实施方案中，使用多核苷酸作为聚合物来实施本发明。所述多核苷酸可以是"设计聚合物"，并且包括一个具有确定多核苷酸序列单元的序列，被称为具有二进制代码，即每个序列单元代表"1"或"0"，通过核苷酸序列中的差异来加以区分。这在图1中示出，图1示出了在每个序列单元位置"bit(位)位置"处，位于该位置处的"0"和"1"序列除中间的两个核苷酸之外其余序列均相同，这两个核苷酸表征了"0"或"1"。所述设计聚合物是按照以下方式形成的，知道每个位处的公共序列，但是不知道每个位的序列是0序列还是1序列。0或1序列的位信息用于表征不同分子的信息，即0和1位的顺序表征了原始目标多核苷酸的序列。本发明可用于表征在每个位处存在的是"0"位还是"1"位。所述目标多核苷酸可以被设计成包括内部参照，其将被编码至光学基片上。WO-A-2006/092588描述了将内部参照掺入到多核苷酸中，所述文献的内容通过引用的方式纳入本文。通过存在于光学基片上的寡核苷酸来检测所述"参照序列"，并且将所述参照序列与多核苷酸之间的相互作用编码至基片上。所述参照序列可用于鉴别序列信息的起点，这可用在最终读出步骤中以使得所述读出技术开始扫描。所述对照序列还可用于质量控制，以确保已经进行了正确的测序。可以使用预制的预形成有凹坑和平坦区的光盘来进行对目标聚合物的不同特征的测定。将所述目标定位于具有凹坑和平坦区的光学基片上，并且进行下述步骤(i)进行一系列反应以获取所述目标分子的不同特定特征的信息，其中每个所述反应均发生在不同的凹坑中；(ii)对所述光学基片进行处理以修改那些其中已经发生了反应的凹坑，又或者修改那些其中尚未发生反应的凹坑，以改变所述凹坑的反射特征；(iii)测量所述凹坑中的反射率，从而测定所述目标的不同特征。通过使所述目标分子与另一分子反应来进行步骤(i)，所述另一分子在目标分子具有特定特征时会与其结合。可以通过在反应之前或之后使金属颗粒与所述另一分子结合来将金属颗粒定位在凹坑处或凹坑内。所述金属颗粒的作用是指导金属增强，从而选择性地在那些含有反应分子的凹坑处或凹坑中沉积一层金属层。可以使金属颗粒与所述另一分子结合，从而使得在所述另一分子与目标结合时将其定位。或者，如果所述另一分子被固定在凹坑中，并且所述目标被引入到盘上以与所述另一分子反应，则可以使用所述金属颗粒来标记所述目标。在一个优选的实施方案中，所述金属颗粒是在目标和所述另一分子之间反应之后加入的。例如，如果所述目标为多核苷酸并且所述另一分子为引物序列，则可是进行聚合物17酶反应以将标记的核苷酸掺入到新生链上。这仅在已经发生结合反应时才会发生。结果应该是改变了那些其中已经发生了反应的凹坑。可以对光盘进行进一步修改，以便从那些并未发生反应的凹坑中移除反射层。如上文所述，这可以通过湿法蚀刻来实现。或者，可以在进行反应前移除所有凹坑中的反射层。在反应之后，"读"光盘以提供那些其中已经发生反应的凹坑和其中并未发生反应的凹坑的信号读出。在一个实施方案中，可通过首先将多个寡核苷酸探针固定在基片上来获取多核苷酸的信息。所述寡核苷酸均是特异性针对所述多核苷酸的特定序列的，并且因此可以特异性地结合至所述多核苷酸的特定序列，即不会发生错配。对于获取多核苷酸设计聚合体的信息的情况，将所述寡核苷酸排列在基片上，并且知道每个0位或1位的共有的"位"序列。如图2所示，0和1位的寡核苷酸均存在于基片上的不同部分。与所述多核苷酸上各个序列互补的寡核苷酸将会杂交。因此，仅仅那些与所述多核苷酸完全互补的寡核苷酸才会全部杂交。可以使用任何常规技术来将所述寡核苷酸置于光盘之上。在一个优选的实施方案中，可以通过使寡核苷酸具有一个与多核苷酸(第二多核苷酸)杂交的区域放置所述寡核苷酸，所述多核苷酸被吸收到光学基片的表面上并且以基本线性的结构排列。这在图2中示出。所述第二多核苷酸具有确定的序列，意在使得所述寡核苷酸杂交至基片上的特定已知区域处，同时不容许发生与目标多核苷酸的交叉杂交。可以使用本领域技术人员已知的技术来将所述第二多核苷酸置于基片表面之上。具体地，使用GuanandLee，PNAS，2005;102:18321-18325中公开的分子梳技术的变化方案来将所述第二多核苷酸置于基片之上，该文献的内容以援引的方式纳入本说明书。在该技术中，可以将大的多核苷酸分子以高度有序的结构排列，以形成伸展的纳米序列阵列。为实现梳理，使DNA溶液流进基片表面。在本发明中，所述基片表面包括定位于特定位点处的不连续的单个(第二)多核苷酸。这可以通过以下方式来实现，即使用与GuanandLee中DNA的量相比稀得多的量的DNA。对于技术人员来说，用于连接第二多核苷酸的其他方法将是显而易见的。为进行所述梳理步骤，可能需要将所述DNA(聚合物)的末端区域锚定到载体表面上。优选地，在梳理之后，锚定所述DNA(聚合物)的每个末端。可以通过以下方式来实现锚定，即使用常规化学来在所述DNA和载体表面之间产生共价连接。在一个实施方案中，末端区域的锚定发生在所述基片上特定位置处的一个孔中。所述孔可具有适合的连接分子以产生锚定。通过这种方式，可以预先确定所述DNA分子在基片上的位置。所述第二多核苷酸应为任何适合的大小，通常大小为50KB至300KB，更优选的大小为约200KB。对于研究设计聚合物多核苷酸的情况，设计所述第二多核苷酸使得代表每个"位"序列(0和1)的寡核苷酸可以在所述目标多核苷酸的每个位处杂交。因此，与所述第二多核苷酸杂交的寡核苷酸将会被正确地排列到基片上，以使得可以正确地表征寡核苷酸与所述目标多核苷酸之间的相互作用，从而显示所述目标多核苷酸的序列以及该序列相对于其他被鉴别序列的位置。—旦已经制备了基片，则使所述目标多核苷酸与其接触，使得所述目标与所述寡核苷酸之间的反应得以进行。可以使用任何适合的方法使所述目标多核苷酸与基片/寡核苷酸接触。在一个实施方案中，使用滚环扩增来在基片表面上合成所述目标多核苷酸。WO-A-2008/032058中对此进行了描述，其内容通过引用的方式纳入本文。滚环扩增包括通过在互补引物(内部寡核苷酸)上进行聚合酶延伸来扩增环状DNA即"所述设计聚合物"。该过程生成所述环状DNA的连环化拷贝。这在图2中示出。所得的"超级设计聚合物"意在使所述"位"序列之间的分离更大，使得可以利用基片表面上的分隔开的寡核苷酸来获得所述位序列的信息。例如，可以利用第一寡核苷酸来获得所述设计聚合物的拷贝1中的第一位序列的信息(0和1)。在所述设计聚合物的拷贝2中获得所述第二位序列的信息，等等。因此，可以将所述寡核苷酸很好地分离，使得可以在后续的编码步骤中实现更好的区分。该过程的下一步是改变基片以使其编码关于所述多核苷酸(目标多核苷酸)和所述寡核苷酸之间结合事件的信息。这通常可以很容易地通过以下的方式来实现，即改变每个结合相互作用位点处的反射层，以使得相互作用位点处的反射层被破坏，但是在那些对应于未结合寡核苷酸的位点处的反射层未发生改变。这可以通过各种方式来实现。在优选的实施方案中，当使用寡核苷酸来获取所述目标多核苷酸的信息时，对那些与所述多核苷酸结合的寡核苷酸进行标记，并且标记物可以与反射层相互作用以例如通过降解来破坏反射层。这在图3和4中示出；其中所述标记为可以与银反射层相互作用以在确定位点腐蚀银层的金颗粒。如图3中所示，可将所述标记物直接连接到所述寡核苷酸上或者经由连接分子将其栓在所述寡核苷酸上。可以在所述相互作用的寡核苷酸与所述目标多核苷酸杂交后，将所述标记物引入到所述寡核苷酸上。因此，所述寡核苷酸可以包括能够在后续步骤中捕获标记物的亲和分子。在一个实施方案中，所述寡核苷酸包括可供与所述多核苷酸相互作用(获取信息)的末端，其中在与所述多核苷酸杂交时，所述末端在相邻的位置处杂交。这容许使用连接酶来连接所述末端以产生环状寡核苷酸。那些未与所述多核苷酸完全互补的寡核苷酸不能通过连接酶来连接，并且因此所述末端会暴露在后续的核酸酶攻击下。后续核酸酶反应的目的在于从基片上移除那些未与所述多核苷酸完全互补的寡核苷酸。在上述实施方案中，该过程使得用户可以在每个位处区分"0"和"1"位。可以使用常规方法来进行核酸酶降解。可以使用适合的外切酶(例如ExoI和ExoII)来降解未连接的寡核苷酸。所述反应方法可如Szemesetal;NucleicAcidsRes.，2005;33(8):70中所述，所述文献的内容通过引用的方式纳入本文。在与所述多核苷酸反应之前，可以提供带有亲和标签的寡核苷酸，以使得随后可以连接用于降解反射层的标记物。例如，可以提供带有一个或多个生物素分子的寡核苷酸。然后，生物素可以在随后标记步骤中与其亲和配偶体抗生物素蛋白或抗生物素蛋白链菌素反应，所述亲和配偶体连接到用于降解反射层的标记物上。移除那些未与所述多核苷酸反应的寡核苷酸提供了一种用于使得所述降解标记物仅连接到相互作用的特定区域的便捷方法。所述降解标记物的后续连接使得可以降解反射层，从而改变光学基片以编码关于所述目标多核苷酸的有用信息。—种降解反射层的方法是利用电偶腐蚀，籍此当接触时一种金属(标记物)会腐蚀另一种金属(反射层)。可以使用适合的电化学条件来实现所述降解。当所述两种金属在存在电极的条件下接触时，由于金属上的不同电极电势而产生电流反应。电极提供了一种离子迁移的手段，籍此金属离子可以从阳极移动至阴极，导致阳极金属腐蚀。在本发明中，可以使用金纳米颗粒作为所述寡核苷酸上的标记物，并且可使用银作为反射层。在接触时，在适合的电极中，将会发生银层的腐蚀，对应于那些寡核苷酸与目标多核苷酸反应的位点。这在图4中示出。金纳米颗粒通常的大小为直径约5nm，经由连接分子以及生物素/抗生物素蛋白链菌素键连接到寡核苷酸上。所述连接分子将具有适合的大小以使得所述金可以在确定区域内与反射层接触。待进行的反应可以在盘的凹槽中发生。可以使用任何常规手段来在反应之前将聚合物或其它试剂放置到凹槽中。如上文所述，对DNA来说，可以使用分子梳技术来排列DNA。在另一个实施方案中，可以将功能化的纳米珠以确定排列形式放置到基片之上，提供了便利的聚合物结合位点。例如，Yinetal，J.Am.Chem.Soc.2001;123(3b):8717-8729(其内容通过引用的方式纳入本文)公开了一种可借助其来将胶体颗粒聚集到具有确定大小(well-defined)聚集体中的技术。这可以通过以下方式来实现，即使用一种布置成某种图案的光致抗蚀剂(patternedphotoresist)，通过使纳米颗粒在液体流中流过所述光致抗蚀剂来将所述纳米颗粒限制在光致抗蚀剂中。目前许多组织使用该系统来基于预制凸纹图案在基片表面上产生物理模板，以指挥和引导胶体颗粒的生长。下列文献公开了适合的技术Y.N.Xiaetal.，Adv.Funct.Mater.，13(2003)，907;A.vanBlaaderenetal.，Farad.Disc.，123(2003)，107;A.vanBlaaderen，Mat.Res.Soc.Bull.，29(2004)，85;A.vanBlaaderenetal.，Nature,385(1997)，321;J.P.Hoogenboometal.，NanoLett.，4(2004)，205;禾口K.H.Linetal.，Phys.Rev.Lett.，85(2000)，1770(上述每篇文献的内容均通过引用的方式纳入本文)。本发明可以利用这些技术来在基片表面上明确的位置中提供功能化的小珠，所述小珠的作用是作为所述聚合物或其它试剂的连接点。在一个实施方案中，如图9和10中所示，基片中凹槽在确定的位置有凹口(indent)以整合进一个或多个纳米珠。所述纳米珠在离心力下流过基片，以使得所述纳米珠被包埋到凹口中。—旦所述纳米珠处于适合的位置，它们即发挥作用经由功能化连接分子结合聚合物(或其它试剂)或者拴住所述聚合物(或其它试剂)。在梳理技术中，这有益于将聚合物正确地排列到基片表面之上。除可用于排列聚合物之外，所述纳米珠还可以用于生成含有多个寡核苷酸拷贝的局部区域，例如生成寡核苷酸的局部自组装单层。这在图11中示出。如图11中所示，可以使用纳米珠将DNA分子(例如沿一个凹槽)排列到基片之上，然后所述DNA分子可以在基片上特定位置与各个寡核苷酸结合以获取信息。可以制备每个寡核苷酸的拷贝，并且利用常规化学(例如经由亲和相互作用)将其定位。例如如上文所述，然后可以使用所述经定位的寡核苷酸来获取目标的信息。如上文所述，DNA的每个经定位的组均可限定目标上的一个特定序列或"位"区域。图ll还示出了另一个方案，其中可以利用额外的功能化小珠来将寡核苷酸的拷20贝排列到基片表面上。如图12中所示，所述被包埋的小珠可用于锚定第一个较大的"定位"小珠。所述定位小珠被定位于盘的凹槽中。移除未结合的小珠，然后引入第二个小珠并且将其锚定到第一个定位小珠上(如图13中所示)。所述第一和第二小珠具有亲和分子，所述亲和分子使得小珠相继排列。以相同方式加入额外的小珠，同时移除未结合的小珠(如图14中所示)。将所述小珠功能化以使得在对应于每个小珠的区域形成自组装单层。因此，通过控制小珠的顺序和类型，可以产生确定的寡核苷酸单层(如图14中所示)。图15c示出了使用纳米珠来锚定DNA分子，随后通过梳理来排列所述DNA。图15(a)和(b)中示出了其他梳理方法，其中DNA连接到基片上预制的其他结构上。可以使用所述结构来排列所述聚合物(DNA)，籍此将所述聚合物锚定到结构的一侧，并且通过流体溶液的作用使其在结构的表面从一侧向另一侧排列。在另一种梳理技术中，可以将盘的各个凹槽或区域置于密封的环境中，并且选择性地进行开封以进行梳理。梳理之后，再次密封所述凹槽或区域，以使得可以对其他凹槽/区域进行梳理。—旦所述基片已经被编码上信息，则可以使用标准的光读取器来读取基片。这些在本领域中是公知的。还可以使用定制的读取器，例如带有多个激光或改进的信号处理硬件。应该意识到，可使用根据各种标准(CD、DVD和HD-DVD)的光盘和对应的读取器硬件来实现本发明。使用时，通过使激光入射到金属表面或轨道中的其他结构来读取盘。所述激光被选择性地从金属表面反射，使得在已经移除了表面的区域中，激光被散射而非被镜面反射。安排置于适当位置的检测器来监测在盘旋转时接收到的从表面选择性反射的光，并且因此产生电输出信号。放大信号并且利用适合的电子仪器对其进行整形。通过对信号波形进行整形来使信号清楚以进行后续处理。为改善信号质量并且将少错误，因此需要改变波整形电子仪器。在对信号进行整形之后，进行解调并且将其输出至数字-模拟转换器以进行下游处理。任选地，可以对数据进行错误检测和修正过程。可使用许多不同的技术来达到该目的，但是这些技术可能不同于盘读取器所用的标准技术，因为在光盘表面放置了聚合物。但是，可将所述聚合物以预定的方式排列，以便可以使用错误检测和修正技术，例如与校验位或奇偶检验位组合使用。由于存在多种用于光盘的标准编码格式(例如NRZ和NRZI)，可以在这些与所述设计聚合物编码之间进行简单的软件转化，以与所使用的硬件相符合。为了解译所生成的数据，可以直接使用常规HDDVD光驱的光头。但是，需要将所述驱动器的读通道与通过测试点由该光驱产生的总和信号断开。可以将这些信号输入到检测器中，所述检测器可以解译出反射率的变化。在一个特别优选的实施方案中，将激光直接投射到光盘的底部，即激光首先穿过透明材料，然后射到反射材料上。使用置于光盘底部的检测器来测量反射率。因此，激光从未进入所述分析物室或凹坑，换言之，相对于所述激光和激光检测器，所述分析物位于光盘的另一侧。已经发现这是有好处的，因为光盘的上表面或其上的介质含有污染或具有各种折射率的材料，所述污染或具有各种折射率的材料可能会干扰信号或激光束的聚焦。此外，在某些情况下，存在位于光盘的顶部上的微流室。这种微流室可能会含有具有各种光学性质的物理结构，导致对激光束的扰动或干扰。下述实施例举例说明了本发明21实施例1读取生物分子中编码的信息时使用的带有凹坑的光盘制备光盘，用于读出生物分子中编码的信息。采用用于光学介质(如CD和DVD)的标准制备方法和仪器(光盘生产线)来制备原始盘(rawdisc)，由聚碳酸酯基片、反射层和染料涂层构成。首先使用标准HDDVD生产线(E-Jet注塑机)的注塑模件来制备0.6mm厚的HDDVD聚碳酸酯基片。制备带有标准凹槽结构的HDDVD基片。使用光盘和半导体工业中使用的标准溅镀方法将25nm厚的ZnS_Si02介电反射层溅镀到聚碳酸酯基片上。将光活性染料聚合物涂料(IgaphourUltragreenCD-Rdye，Ciba)旋转涂覆到介电薄膜上，在产生一层凹槽中为40nm厚并且在凹槽之间的平坦区上为6nm厚的薄膜。使用ODU-1000(ManualType)光盘驱动器单元(PulstecIndustrial，Co.)烧(烧蚀)盘。通常使用设置为12mW的ODU-100光盘驱动器的405nm激光来将盘烧成带有由周期性重复的凹坑和平坦区构成的图案，通常3-6T长的凹坑间隔有6-llT的平坦区。HDDVD最小凹坑长度为2T，相当于0.204ym。在激光远端的反射层中形成凹坑，穿过聚碳酸酯和反射层，导致在暴露于激光照射的位置处的染料被烧蚀，在染料中形成物理凹坑。移除染料后，暴露出凹坑底部的介电反射层，同时凹坑的凹坑底部没有显著量的染料残余。实施例2在带有凹坑特征的光盘上对生物分子进行银增强使用带有凹坑的光盘将生物分子结合到盘表面，然后进行银增强处理以在生物分子的位置处形成银，所述光盘由聚碳酸酯基片、ZnS-Si02反射层和Ultragreen染料构成。生物分子1:带有荧光团和lnmAu颗粒的抗生物素蛋白链菌素为了说明光盘上的银增强，使用标记有lnmAu的抗生物素蛋白链菌素(SA_Au)作为测试分子。还是由生产商提供的荧光团来标记SA-Au(FluoroNanogold-Str印tavidin-Alexa，Cat#7316，Invitrogen)，以用于利用荧光显微镜来检测所述生物分子。将5ill浓度为7*1011分子/ml的SA_Au溶液滴置于盘的染料涂层上，用所述生物分子孵育盘表面。在孵育75分钟后，将盘用MilliQ水冲洗，然后干燥。利用荧光显微镜进行的观察显示SA-Au分子连接至表面上，并且SA-Au均匀地分布于盘表面。将用SA-Au孵育的盘区域以及一个未用SA-Au孵育的周围区域与银增强溶液(Prod#L24929，Invitrogen)接触。将银增强溶液在盘上留置20分钟，然后用MilliQ水冲洗，在然后将盘干燥。所述银增强过程在用SA-Au孵育的区域中导致银沉积，但是在未用SA-Au孵育的区域中未导致银沉积。结果表明银沉积特异性地发生在带有金标记的生物分子的区域中。还通过Veeco的Dimension系统原子力显微镜来研究在带有Ultragreen染料和凹坑特征的盘上进行银增强过程后的结果(图20)。除用光学显微镜观察之外，AFM研究显示了银增强后在生物分子(SA-Au)位置处的特异性银沉积。在AFM照片中，银似乎是由银粒构成的颗粒物质，并且在进行银增强后仅在带有SA-Au的区域中发现银粒(图20c、d)。图20a)示出了生物分子孵育或银增强处理。可以看到盘中的凹槽，并且染料涂层是平滑的。b)示出了在凹槽中烧出凹坑会导致凹坑中的染料涂层被移除。该表面未与生物分子接触或者未受到银增强。c)示出了与银增强溶液接触但未用SA-Au孵育的带有凹坑的区域。未检测到银。d)示出了用SA-Au孵育，然后与银增强溶液接触的区域。处理的结果为获得被小银粒所涂覆的表面，看上去似乎是盘表面上的粗燥背景。银粒同时覆盖了平坦区和凹坑。生物分子2:用抗生物素蛋白链菌素和lOnmAu颗粒标记的多生物素化DNA使用生物化学中的标准偶联方案和纯化方法，将用lOnmAu颗粒标记的抗生物素蛋白链菌素(Prod#S9059，Sigma)与多生物素化DNA偶联(DNA-SA-Au)。首先按照供应商的推荐用多聚赖氨酸(PLL)(Prod#P4832，Sigma)涂覆所述盘的染料涂层，然后将DNA-SA-Au孵育到PLL处理的Ultragreen染料涂层上，所述DNA-SA-Au形式为浓度为1.8X1012分子/ml的5ill液滴。作为阴性对照，将所述盘用5ill的MilliQ水滴、多生物素化DNA孵育，并且使用SA-Au溶液作为阳性对照。在孵育75分钟后，将盘用MilliQ水冲洗，然后干燥。然后将盘用银增强溶液处理20分钟，随后冲洗并且干燥所述盘。所述银增强过程导致在DNA-SA-Au(图21c)和(图21d)孵育的位置处形成银沉积，可见到所述孵育液滴形状的灰变。在用MilliQ水(图21a)或多生物素化DNA(图21b)孵育的区域处未检测到银沉积。实施例3使用染料涂层和银作为蚀刻封闭剂，蚀刻凹坑中的反射层首先使用光盘生产线生产带有HDDVD聚碳酸酯基片、25nm厚ZnS_Si02反射层和Ultragreen染料涂层的光盘，然后将加上凹坑图案。使用间隔14T平坦区的标准6T凹坑脉冲以半标准写速(0.5X，相当于3.3m/s)来使凹坑暴露，产生实际间隔7T平坦区的3T凹坑。由于局部烧蚀穿过染料涂层，导致凹坑暴露出下面的反射层，使得蚀刻剂可以接触到反射层。为进行蚀刻，使盘表面与1%的H3P04溶液接触60秒，然后将其用MilliQ水冲洗并且干燥。对蚀刻前后的凹坑进行的AFM研究表明移除了凹坑中的介电反射层(图22)，同时染料涂层保持完整，起到了蚀刻掩模的作用。还将与图22d中示出的银涂层类似的银涂层与1%的!1304蚀刻剂接触，但是通过光学显微镜或AFM未检测到对银的作用。实施例4使用光盘驱动器来区分带有银沉积和不带有银沉积的凹坑备选实施例1:当蚀刻未封闭的凹坑中的反射层并且读出时用银作为蚀刻封闭剂制备带有25nm厚ZnS_Si02反射层和Ultragreen染料涂层的HDDVD聚碳酸酯基片，然后加上凹坑图案。使用间隔14T平坦区的标准6T凹坑脉冲以半标准写速(3.31m/s)暴露凹坑，产生间隔7T平坦区的3T凹坑。将一滴大小约为2-3mm的SA_Au液滴(与实施例2中所述的条件相同)置于盘上，以将SA-Au局部连接到盘表面上。将所述液滴在盘上保留75分钟，然后将其用MilliQ水洗掉，并且将盘干燥。然后将SA-Au涂覆区域以及周围区域(大小为数厘米)用银增强溶液处理20分钟。所述银增强导致在带有SA-Au的区域中产生可见的银沉积。使用银沉积作为用于防止银涂覆凹坑中的反射层被蚀刻的蚀刻封闭物。通过用1%的H3P04蚀刻剂覆盖包含SA-Au的区域以及银增强区域60秒，来完成蚀刻。然后将盘用MilliQ水冲洗并且干燥。23当使用0DU-1000(ManualType)光盘驱动单元(PulstecIndustrial,Co.)以正常速度(1X，相当于6.61m/s)读取盘上轨道时，对比经蚀刻凹坑的反射率与用银封闭的凹坑的反射率。所述轨道穿过经蚀刻区域、带有银的区域以及未被蚀刻或未带银区域。首先，经蚀刻凹坑的示波器轨迹显示，与带有完整介电反射层(未被蚀刻)的凹坑相比，反射率明显下降(图23)。此外，银覆盖平坦区的反射率低于未被银覆盖的平坦区的反射率(图23)。图23和24的总和信号在表1中示出，表明可以在单个凹坑水平上对带有银的凹坑和不带有银的凹坑进行区分。总和信号备选实施例1<table>tableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table>表1:带有经蚀刻反射层的凹坑以及带有银封闭层和完整反射层的凹坑的平均总和信号。当用银覆盖时，平坦区和凹坑的总和信号均下降。备选实施例2:完整反射层上的银沉积以与备选实施例1中相同的方式制备带有凹坑的盘，包括SA-Au孵育，以及随后的银增强，但不包括所述蚀刻过程。使用0DU-1000(ManualType)光盘驱动单元从带有银沉积的区域(图25)和不带有银沉积的区域(图26)收集反射数据。与不带银的凹坑和平坦区相比，当加入银时，凹坑和平坦区中的反射率均会下降。可以在单个平坦区或凹坑水平上检测到平坦区和凹坑中反射率变化(图25和26)。凹坑和平坦区的平均总和信号在表2中示出，表明可以在单个凹坑水平上对带有银的凹坑和不带有银的凹坑进行区分。总和信号备选实施例2<table>tableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table>表2:带有银的具备完整反射层的凹坑和不带有银的具备完整反射层的凹坑的总和信号备选实施例3:在孵育和银沉积之前蚀刻反射层以与备选实施例1中所述相同的方式制备带有凹坑的盘，所述盘由聚碳酸酯基片、反射层和染料涂层构成。与图22中所示的方法类似，然后通过将1%的!1304蚀刻剂溶液加入至盘表面留置60秒来蚀刻所述盘，导致所有与所述蚀刻剂接触的凹坑中反射层均被移除。然后将所述盘的一个小区域用1Pl的SA-Au溶液液滴孵育，所述SA-Au溶液与备选实施例1中示出的溶液类似。使用0DU-1000(ManualType)光盘驱动器单元来收集带有银沉积的区域和不带有银沉积的区域的反射数据(图27)。与不带有银的凹坑和平坦区相比，当在表面上存在银时，凹坑和平坦区中的反射率均会下降。可在单个平坦区或凹坑水平上检测到平坦区和凹坑中的反射率变化(图27)。图27的平均总和信号在表3中示出，证明了可以在单个凹坑水平上区分带有银的凹坑和不带有银的凹坑。总和信号备选实施例3<table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table>表3:不带有银的不具备反射层的凹坑和带有银的不具备反射层的凹坑的总和《号权利要求一种光学可读基片，包括透明固体基片，其上表面上置有一种反射材料，还包括一层涂覆在所述反射材料的上表面之上并且可以烧蚀的化合物层。2.权利要求1所述的基片，其中所述化合物是耐蚀刻的。3.权利要求1或2所述的基片，其中所述化合物为染料。4.权利要求3所述的基片，其中所述染料为Ultragreen。5.前述权利要求任一项所述的基片，其中所述化合物层中形成凹坑，且在所述凹坑中暴露出所述反射层。6.权利要求1至4任一项所述的基片，其中所述化合物层和对应的反射层中形成凹坑以在所述凹坑中暴露出所述透明基片。7权利要求5或6所述的基片，其中将聚合物分子固定在一个或多个所述凹坑中。8.权利要求7所述的基片，其中所述聚合物分子为多核苷酸。9.权利要求7或8所述的基片，其中所述聚合物分子具有结合于其上的亲和配偶体。10.权利要求9所述的基片，当其从属于权利要求5时，其中带有结合于所述聚合物分子上的亲和配偶体的那些凹坑具有被损坏的反射层。11.权利要求9或10所述的基片，其中所述亲和配偶体具有一个或多个连接于其上的金属颗粒。12.权利要求9所述的基片，当从属于权利要求5时，其中不含结合于所述聚合物分子上的亲和配偶体的那些凹坑具有损坏的反射层。13.权利要求9至12任一项所述的基片，其中所述含有结合的亲和配偶体的凹坑包括封闭所述凹坑的材料，由此防止所述凹坑底部与添加的试剂接触。14.权利要求13所述的基片，其中所述封闭材料为金属材料。15.—种光学可读基片，包括一层反射层和一系列凹坑和平坦区，其中一个或多个凹坑包括结合有亲和配偶体的聚合物分子，所述结合有亲和配偶体的凹坑具有位于每个凹坑处或每个凹坑中的材料，其特征在于不具有所述亲和配偶体的凹坑不具有反射层。16.—种光学可读基片，包括一系列凹坑和平坦区，其中一个或多个凹坑包括结合有亲和配偶体的聚合物分子，其中所述结合有亲和配偶体的凹坑具有位于每个凹坑处或每个凹坑中的材料，其特征在于所述光学基片在所述凹坑底部不含有反射层。17.—种光学可读基片，包括一层反射层和一系列凹坑和平坦区，其中一个或多个凹坑包括结合有第二多核苷酸的第一多核苷酸，所述带有第一和第二多核苷酸的凹坑具有位于每个凹坑处或每个凹坑中的材料，其特征在于所述第一多核苷酸包括一系列序列单元，每个单元包括代表特定特征的多个核苷酸序列。18.—种光学可读基片，包括以基本上线性的结构定位于所述基片上不连续区域上的多核苷酸，其中多个寡核苷酸探针在不同区域连接至所述多核苷酸上。19.权利要求18所述的基片，其中所述多核苷酸具有一系列确定的序列单元，其中每个序列单元具有至少2个核苷酸。20.权利要求18或19所述的基片，其中所述寡核苷酸探针被亲和标签标记，以使得可以将那些与所述多核苷酸连接的寡核苷酸用可降解所述反射层的标记物来加以标记。21.—种光学可读基片，包括一层反射层，所述基片还包括位于所述基片表面且连接有功能化纳米颗粒的凹槽。22.权利要求21所述的基片，其中所述纳米颗粒排列成许多确定的聚集体。23.权利要求21或22所述的基片，其中所述纳米颗粒结合至聚合物分子上。24.权利要求21至23任一项所述的基片，其中所述凹槽包括其中放置了一个或多个纳米颗粒的凹口区域。25.前述权利要求任一项所述的基片，其中所述基片为光盘。26.前述权利要求任一项所述的基片，其中所述反射层为介电层。27.权利要求15至17任一项所述的基片，其中所述反射层置于光学透明材料的上表面之上。28.权利要求27所述的基片，其中所述平坦区是由置于所述反射层上表面之上的化合物构成，所述化合物能够被烧蚀。29.权利要求15至17、27和28任一项所述的基片，其中所述位于凹坑处或凹坑中的材料为金属材料。30.权利要求29所述的基片，其中所述金属材料为银。31.—种用于测定目标分子的一种或多种特征的方法，所述目标被定位于一种含有凹坑和平坦区的光学基片上，所述方法包括以下步骤(i)进行一个或多个反应以获取所述目标分子的特定特征信息，其中每个所述反应均发生在不同的凹坑中；(ii)对所述光学基片进行处理以修改那些其中已经发生了反应的凹坑，又或者修改那些其中尚未发生反应的凹坑，以改变所述凹坑的反射特征；(iii)测量所述凹坑的反射率，从而测定所述目标的一种或多种不同特征。32.权利要求31所述的方法，其中步骤(i)是通过以下方式实施只要所述目标分子具有一种特定的特征，使所述目标分子与一种结合至所述目标分子的另一分子进行反应，将金属颗粒定位于凹坑处或凹坑中，并且实施金属强化以选择性地在那些含有反应分子的凹坑处或凹坑中沉积一层金属层。33.权利要求31或32所述的方法，其中所述光学基片在凹坑底部包括一层反射层。34.权利要求33所述的方法，其中在步骤(ii)之后将其中已经发生反应的那些凹坑中的发射层移除。35.权利要求34所述的方法，其中所述反射层通过湿法蚀刻移除。36.权利要求31所述的方法，其中所述光学基片在凹坑底部不包括反射层。37.权利要求31至36任一项所述的方法，其中所述目标分子为多核苷酸。38.权利要求37所述的方法，其中所述多核苷酸包括一系列序列单元，每个单元包括代表特定特征的多个核苷酸序列。39.权利要求31至38任一项所述的方法，其中所述凹坑系列代表二进制数据。40.权利要求31至39任一项所述方法，其中所述基片包括第一光学透明固体材料层，其上表面置有一层反射层并且其中所述平坦区由有机化合物构成。41.权利要求40所述的方法，其中所述基片为如权利要求15至17和27至30任一项所限定的基片。42.权利要求40或41所述的方法，其中对反射率的测量通过以下方式实现，即将一束激光束聚焦于所述透明基片层的底面，并且测量反射光。43.权利要求31至42任一项所述的方法，其中一个或多个所述凹坑包括固定于其中的寡核苷酸分子。44.权利要求31至43任一项所述的方法，其中所述凹坑通过烧蚀形成。45.权利要求31至44任一项所述的方法，用于测定目标多核苷酸的序列。46.权利要求31至45任一项所述的方法，其中所述凹坑长度为100nm至5ym。47.—种用于测定分子的一系列特征的方法，包括使所述分子在具有反射层的光学基片表面上或表面处反应，并且损坏或改变反应处的反射层，从而编码代表所述分子的反应特征的所述光学基片上的可鉴别信号。48.权利要求47所述的方法，其中所述分子为聚合物。49.一种用于将聚合物特征的信息编码到具有反射层的光学可读基片上的方法，包括以下步骤i)将所述聚合物定位至所述基片的不连续区域上；ii)在不连续的位置获得所述聚合物的信息；禾口iii)处理所述基片以使得所述反射层在所述获取信息的位置处受到损坏或改变，又或者在未发生信息获取的位置处受到损坏或改变。50.权利要求48或49所述的方法，其中所述聚合物为多核苷酸。51.权利要求50所述的方法，其中所述基片包括多个具有确定序列的寡核苷酸探针，其上可杂交所述多核苷酸。52.权利要求51所述的方法，其中通过使一部分所述寡核苷酸与被吸收至所述基片表面之上的第二多核苷酸杂交，而将所述一部分所述寡核苷酸定位于所述基片上。53.权利要求50至52任一项所述的方法，其中所述多核苷酸包括一系列确定序列单元，每个序列单元均代表特定的特征。54.权利要求51或52所述的方法，其中将所述寡核苷酸探针用亲和标签标记，以使得随后可以用可降解反射层的标记物来对那些与所述多核苷酸杂交的寡核苷酸进行标记，从而在那些与目标杂交的位置处将所述反射层局部降解。55.权利要求54所述的方法，其中所述反射层为银并且所述标记为金纳米颗粒。56.权利要求51至55任一项所述的方法，其中所述多核苷酸杂交至所述寡核苷酸的末端，并且此时与所述多核苷酸互补的寡核苷酸以末端相邻位置杂交。57.权利要求56所述的方法，其中随后将每个与所述多核苷酸互补的寡核苷酸的末端连接在一起。58.权利要求57所述的方法，其中将与所述多核苷酸不互补并且未经历连接反应的寡核苷酸用核酸酶降解。59.权利要求58所述的方法，其中在核酸酶处理后，将未降解的寡核苷酸与可在杂交位置处降解反射层的标记接触。60.权利要求47至59任一项是所述的方法，其中使用激光来扫描所述光学基片以鉴别所述反射层的破损或改变。61.权利要求59所述的方法，其中在降解之后用激光扫描所述基片以检测反射层的降解模式，从而测定杂交位点和所述多核苷酸的序列。62.—种用于分析多核苷酸序列的方法，包括i)提供具有反射层的光学可读基片，所述基片的不连续位点上结合有一系列具有确定序列的寡核苷酸探针，每个均代表所述多核苷酸的序列；ii)将所述多核苷酸与所述寡核苷酸探针杂交；iii)将标记物连接至那些与所述多核苷酸完全互补的寡核苷酸上，所述标记物能够损坏或改变反射层，又或者能够使反射层暴露以进行后续改变；禾口iv)分析所述基片以显示破损/改变的排列，并且从而显示所述多核苷酸的序列。63.权利要求62所述的方法，其中所述寡核苷酸为如权利要求54或56所定义的寡核苷酸。64.权利要求62或63所述的方法，其中所述多核苷酸包括一系列序列单元，每个单元包括代表特定特征的多个核苷酸序列，其中鉴别出所述序列单元即鉴别出所述特征。65.权利要求64所述的方法，其中所述序列单元代表二进制代码，每个单元代表1或0。66.权利要求62至65任一项所述的方法，其中通过使所述寡核苷酸与第二多苷酸杂交而将其定位于所述基片上的不同位点，所述第二多核苷酸被吸收又或者被定位于所述基片表面上。67.权利要求62至66任一项所述的方法，其中所述反射层为银并且所述标记为金，其中所述金标记与所述银层的接触导致所述银层的降解。68.权利要求62至67任一项所述的方法，其中步骤(iv)是通过用激光扫描所述基片来实施的。69.—种用于储存聚合物特征信息的方法，包括用一系列光学可读结构编码光学可读基片，所述光学可读结构一起可鉴别所述聚合物的多个特征。70.权利要求69所述的方法，其中所述基片包括一层反射层，并且所述光学可读结构是所述反射层的破损。71.权利要求69或70所述的方法，其中所述聚合物为具有一系列确定序列单元的多核苷酸，所述确定序列单元具有至少2个核苷酸，其中每个序列单元均被编码在所述光学可读基片上。72.—种用于在基片表面上排列聚合物分子的方法，包括将所述聚合物的末端区域连接至所述基片表面；使所述基片以预定速度绕一个轴旋转，籍此所述基片旋转进并旋转出一种液体，其中当基片旋转出所述液体时聚合物被排列。73.权利要求72所述的方法，其中所述液体在其表面具有电荷。74.权利要求72或73所述的方法，其中所述聚合物为多核苷酸。75.权利要求73所述的方法，其中所述多核苷酸的大小超过100kb。76.权利要求31至75任一项的方法，其中所述基片为光盘。77.权利要求76所述的方法，其中所述盘包括多个数据道。78.—种用于分析多核苷酸序列的方法，包括i)提供具有反射层的光学可读基片，所述基片的不连续位点上结合有一系列具有确定序列的寡核苷酸，每个均代表一个推定的多核苷酸序列；ii)使所述多核苷酸与两种或两种以上寡核苷酸反应；iii)将标记物连接至那些与所述多核苷酸反应的寡核苷酸上，所述标记物能够改变反射层，又或者能够使反射层暴露以进行后续改变；禾口iv)分析所述基片以显示改变的排列，并且从而显示所述寡核苷酸的两个或两个以上序列。79.—种生产用于编码生物信息的光盘的方法，包括(i)获得光学基片，所述光学基片具有(a)光学透明基片层；(b)置于所述透明基片上表面反射材料层；禾口(c)置于所述反射层上面的化合物层，所述化合物能够被烧蚀；(ii)用确定模式烧蚀所述化合物中预定凹坑，以暴露所述凹坑中的反射材料。80.权利要求79所述的方法，还包括将目标聚合物或其亲和配偶体固定在所述凹坑中。81.—种用于测定聚合物序列的方法，所述聚合物被定位于包括凹坑和平坦区的光学基片上，所述方法包括(i)进行一个或多个反应以获得所述聚合物的信息，从而鉴别所述聚合物的各个单体，每个反应均是在不同凹坑中进行的；(ii)根据是否已经发生反应来修改所述凹坑；禾口(iii)通过表征所述凹坑来鉴别所述序列。82.—种用于编码关于分析物的信息的方法，包括使分析物在光学基片上反应，以使得根据是否已经发生反应来从物理上改变所述基片，其中每个反应均发生在所述基片的不同区域上；禾口测定所述基片中的变化从而测定所述分析物的信息，其特征在于通过测量反射率的变化来测定所述基片中的变化，其中将入射光照射到所述基片的底面，远离所述反应位点，并且在所述基片的底面上捕获反射光。全文摘要本发明描述了可以用于在其上分析聚合物分子的光盘。本发明提供了一种用于测定目标分子的多种特征的方法，所述目标被定位于含有凹坑和平坦区的光学基片上，所述方法包括以下步骤(i)进行一系列反应以获取所述目标分子的不同特定特征的信息，其中每个所述反应均发生在不同的凹坑中；(ii)对所述光学基片进行处理以修改那些其中已经发生了反应的凹坑，又或者修改那些其中尚未发生反应的凹坑，以改变所述凹坑的反射特征；和(iii)测量所述凹坑中的反射率，从而测定所述目标的不同特征。文档编号B01L3/00GK101754814SQ200880025478公开日2010年6月23日申请日期2008年6月12日优先权日2007年6月12日发明者A·汉宁,J·布赖乔佛逊,J·朗奎斯特,P·莱克斯奥,R·A·莱昂纳,R·J·朗曼申请人:灵维泰控股股份公司