专利名称：用于预测对hcv治疗的快速应答的生物标志物的制作方法
技术领域：
本发明涉及用于预测丙型肝炎病毒感染的患者对药物治疗的应答的生物标志物。
背景技术：
在全世界，丙型肝炎病毒(HCV)是主要的健康问题并且是慢性肝病的主要原因(Boyer, N.等人，J. Hepatol. 200032:98-112)o感染了 HCV的患者有恶化为肝硬化以及随后的肝细胞癌的风险，因此，HCV是肝移植的主要指征。根据世界卫生组织，世界范围存在超过2亿感染个体，每年至少3百万至4百万人感染。一旦被感染，约20%的人清除该病毒，但其余人可以终生携带HCV。10%至20%的慢性感染个体最终发展为破坏肝脏的肝硬化症或癌症。这种病毒病以肠胃外方式由污染的血液和血液制品传播、由污染的针头传播、或者以性方式传播以及从感染母亲或母亲携带者 垂直地传播至后代。由于抗性发展迅速，针对HCV感染的现有疗法具有有限的临床益处，其中所述的现有疗法限于用重组干扰素-a单独或与核苷类似物利巴韦林联合的免疫治疗。迫切需要有效战胜慢性HCV感染的改进的治疗剂。已经将HCV分类为黄病毒科(flaviviridae)的成员，其中所述黄病毒科包括黄病毒属(flaviviruses)、痕疫病毒属(pestiviruses)和肝炎病毒属(hepaciviruses),其中所述肝炎病毒属包括丙型肝炎病毒(Rice, C. M.，Flaviviridae: The viruses and theirreplication.在 Fields Virology 一书中，编辑Fields, B. N.，Knipe, D. M.，和 Howley, P.M. , Lippincott-Raven 出版社，Philadelphia, Pa.,第 30 章，931-959，1996)。HCV 为包含有大约9. 4kb正义单链RNA基因组的包膜病毒。病毒基因组由5’非翻译区(UTR)、编码大约3011个氨基酸的多蛋白前体的长可读框(ORF)和短的3’ UTR组成。5’ UTR是HCV基因组最高度保守的部分，并且对多蛋白翻译的起始和控制很重要。HCV的遗传分析鉴定出六个DNA序列趋异超过30%的主要基因型。每一种基因型含有一系列更密切相关的显示出20-25%的核苷酸序列差异的亚型(Simmonds，P. 2004J.Gen. Virol. 85:3173-88)。已经区分了 30个以上的亚型。在美国，大约70%的感染个体具有Ia和Ib型感染。在亚洲，Ib型是最普遍的亚型(X. Forns和J. Bukh, Clinicsin Liver Disease 19993:693-716; J. Bukh 等人，Semin. Liv. Dis. 199515:41-63)。不幸地是，I型感染比2型或3型基因型感染更加耐受治疗(N. N. Zein, Clin. Microbiol.Rev.，200013:223-235)。瘟病毒和肝炎病毒的ORF的非结构蛋白部分的基因组织和多聚蛋白加工是非常相似的。这些正链RNA病毒具有单一的大可读框(0RF)，编码病毒复制必需的全部病毒蛋白。这些蛋白质作为多聚蛋白表达，其中所述的多聚蛋白经细胞蛋白酶和病毒编码的蛋白酶共翻译和翻译后地加工以产生成熟的病毒蛋白。负责病毒基因组RNA复制的病毒蛋白大约定位于羧基端。ORF的三分之二称为非结构(NS)蛋白。对于瘟病毒和肝炎病毒而言，成熟的非结构(NS)蛋白从非结构蛋白编码区的氨基端至该ORF羧基端的依次顺序由p7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A 和 NS5B 组成。瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白共有以特定蛋白质功能为特征的序列结构域。例如，这两组病毒中的病毒NS3蛋白具有属于丝氨酸蛋白酶特征的氨基酸序列基序和属于解旋酶特征的氨基酸序列基序(Gorbalenya 等人，Nature 1988333 22 ;Bazan 和 Fletterick，Virology 1989，171 :637-639 ;Gorbalenya等人，Nucleic Acid Res. 1989，17，3889-3897)。类似地，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白具有属于RNA指导的RNA聚合酶特征的基序(Koonin，E. V.和 Dolja，V. V.,Crit. Rev. Biochem. Molec. Biol. 1993，28 :375-430)。瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白在病毒生活周期中的实际作用和功能是直接类似的。在这两种情况下，NS3丝氨酸蛋白酶负责ORF中其位置下游的多聚蛋白前体的所有蛋白酶解加工(Wiskerchen 和 Collett, Virology, 1991,184 :341-350 ;Bartenschlager 等人，J.Virol. 1993，67 :3835-3844 ;Eckart 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1993,192:399-406 ;Grakoui 等人，JVirol. 1993，67 :2832-2843 ;Grakoui 等人，Proc. Natl. Acad.Sci. USA1993，90 :10583-10587 ;Ilijikata 等人，J. Virol. 1993，67 :4665-4675 ;Tome 等人，J. Virol. 1993,67 :4017-4026) o在这两种情况下，NS4A蛋白均作为辅因子与NS3丝氨酸蛋白酶作用(Bartenschlager等人，J. Virol. 1994，68 :5045-5055 ;Failla等人，J. Virol.1994，68 :3753-3760 ;Xu 等人，J Virol. 1997，71 :5312-5322)。这两组病毒的 NS3 蛋白均也发挥解旋酶的作用(Kim 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1995，215 :160-166 ; Jin 和 Peterson，Arch. Biochem. Biophys. 1995，323 :47-53 ；Warrener 和 Collett，J.Virol.199569 :1720-1726) o最后，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白均具有预测的RNA指导的RNA 聚合酶活性(Behrens 等人，EMBO 1996，15 12-22 ;Lechmann 等人，J. Virol. 1997，71 8416-8428 ;Yuan 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1997,232 :231-235 ；Hagedorn,PCTWO 97/12033 ;Zhong 等人，J. Virol. 1998,72:9365-9369)。目前，仅有有限数量经批准的疗法可以用来治疗HCV感染。下列文献综述了用来治疗HCV和抑制HCV NS5B聚合酶的新的以及现有的治疗方法R. G. Gish，Sem.Liver. Dis. , 199919:5 ；Di Besceglie, A. M.和 Bacon，B. R.，Scientific American, 1999年 10 月，80-85 ；G.Lake-Bakaarj Current and Future Therapy for ChronicHepatitis C Virus LiverDiseasej Curr. Drug Targ. Infect Dis. 20033(3):247-253 ；P. Hoffmann 等人，Recent patents on experimental therapy for hepatitis C virusinfection (1999-2002)，Exp. Opin. Ther. Patents200313(11) :1707-1723 ；F.F. Poordad 等人，Developments in Hepatitis C therapy during 2000-2002, Exp. Opin. EmergingDrugs 20038(1):9-25;M. P. Walker 等人，Promising Candidates for the treatmentof chronic hepatitis C，Exp.Opin. investing. Drugs 200312(8):1269-1280 ；S._L.Tan等人，Hepatitis C Therapeutics: Current Status and Emerging Strategies, NatureRev. Drug Discov. 20021:867-881 ；R. De Francesco 等人，Approaching a new era forhepatitis C virus therapy inhibitors of the NS3—4A serine protease and the NS5BRNA-dependent RNA polymerase, Antiviral Res. 200358 :1-16 ;Q. M. Wang等人，HepatitisC virus encoded proteins: targets for antiviral therapy,Drugs of the Future200025 (9):933_8_944 ;J.A.Wu 和 Z. Hong，Targeting NS5B_Dependent RNA Polymerase forAnti-HCV Chemotherapy Cur. Drug Targ.-Inf. Dis. 20033 :207-219 将引用了目前处于石开
发不同阶段的化合物的文献综述在此以其整体引入作为参考。
权利要求
1.用于预测感染了丙型肝炎病毒基因型I(HCV-I)或丙型肝炎病毒基因型4 (HCV-4)的人受试者对用干扰素、利巴韦林和HCV NS5B聚合酶抑制剂治疗将获得快速病毒应答-2周(RVR2)的方法，包括 (i)在所述治疗之前，提供来自所述受试者的样品(治疗前)， (ii)测定所述样品中选自MDC、嗜酸粒细胞趋化蛋白、IL10、TARC和MCPl的至少一种蛋白质的表达水平，和 (iii)将所述样品中的至少一种蛋白质的表达水平与参考值进行比较，所述参考值表示源自对所述治疗没有获得RVR2的患者群的治疗前样品的至少一种蛋白质的表达水平； 其中所述样品中的至少一种蛋白质在统计学上显著较高的表达水平表示所述受试者将获得对所述治疗的RVR2。
2.权利要求I的方法，其中测定了至少两种蛋白质的表达水平。
3.权利要求I或2的方法，其中测定了至少三种蛋白质的表达水平。
4.用于预测感染了丙型肝炎病毒基因型I(HCV-I)或丙型肝炎病毒基因型4 (HCV-4)的人受试者对用干扰素、利巴韦林和HCV NS5B聚合酶抑制剂治疗将获得快速病毒应答-2周(RVR2)的方法，包括 (i )在所述治疗一周后，提供来自所述受试者的样品(治疗一周后)， (ii)测定所述样品中选自TRAIL和IL12p70的至少一种蛋白质的表达水平，和 (iii)将所述样品中的至少一种蛋白质的表达水平与参考值进行比较，所述参考值表示源自对所述治疗没有获得RVR2的患者群中的治疗一周后样品的至少一种蛋白质的表达水平； 其中所述样品中的至少一种蛋白质在统计学上显著较高的表达水平表示所述受试者将获得对所述治疗的RVR2。
5.权利要求4的方法，其中测定了至少两种蛋白质的表达水平。
6.用于预测感染了丙型肝炎病毒基因型I(HCV-I)或丙型肝炎病毒基因型4 (HCV-4)的人受试者对用干扰素、利巴韦林和HCV NS5B聚合酶抑制剂治疗将获得快速病毒应答-2周(RVR2)的方法，包括 (i)在所述治疗之前，提供来自所述受试者的样品(治疗前)， (ii)测定所述样品中选自TGFPl、MIPlb、TRAIL和MDC的至少一种蛋白质的表达水平， (iii)在所述治疗一周后，提供来自所述受试者的样品(治疗一周后)，并测定所述样品中选自TGFP l、MIPlb、TRAIL和MDC的至少一种蛋白质的表达水平， (iv)测定来自所述受试者的治疗前样品和来自所述受试者的治疗一周后样品之间的至少一种蛋白质的差异表达水平，和 (v)将至少一种蛋白质的所述差异表达水平与参考值进行比较，所述参考值表示源自对所述治疗没有获得RVR2的患者群中之治疗前样品和治疗一周后样品的至少一种蛋白质的差异表达水平； 其中至少一种蛋白质的差异表达水平的统计学上显著变化表示所述受试者将获得对所述治疗的RVR2。
7.权利要求6的方法，其中测定了至少两种蛋白质的差异表达水平。
8.权利要求6或7的方法，其中测定了至少三种蛋白质的差异表达水平。
全文摘要
本发明涉及用于预测感染了丙型肝炎病毒的患者对药物治疗的应答的生物标志物。
文档编号G01N33/576GK102713630SQ201080051502
公开日2012年10月3日 申请日期2010年11月11日 优先权日2009年11月14日
发明者S-H·邱, Y·朱 申请人:弗·哈夫曼-拉罗切有限公司