一种玉米基因定位方法
【技术领域】
[0001]本发明属于基因定位技术领域，尤其涉及一种玉米基因定位方法。
【背景技术】
[0002]对分子标记图谱的比较研究证实，玉米、高粱和甘蔗的基因组间具有大量的共线性，且高粱和甘蔗的基因组的组成更为相似，高粱和甘蔗的许多基因组区域与玉米中的2个不同区域同源。Ahn等研究表明，在RFLP标记水平上，水稻和玉米近三分之二的基因组具有共线性。禾本科植物间，控制重要农艺性状的QTL也具有共线性。基于分子标记的比较基因组学研究在宏观水平上反应了基因组间的相似性。而对基因区域的DNA序列分析表明，玉米、高粱和水稻均含这两个基因，且转录方向相同，表现出序列水平上的微共线性；但在玉米中，这2个基因被140kb的片段所分开，而在高粱和水稻中，这2个基因间仅有19kb的片段。同时外显子序列(ESTs)的同源性比内含子序列的同源性要高得多。玉米和水稻基因组间的同源性为基于水稻的基因组信息来研究玉米基因组研究提供了理论依据。
【发明内容】
[0003]本发明就是针对上述问题，提供一种对大量的玉米ESTs在玉米连锁群上的分布进行准确定位的玉米基因定位方法。
[0004]为实现上述目的，本发明包括以下步骤。
[0005](I)同源序列咨询，将该序列贴入查询框，各项参数按默认值，进行Blast咨询；ResultsSummary表格显示水稻数据库中一条与咨询序列同源的水稻序列，按照同源程度从高到低在Sequence项中排序,选择Score值高、E-value值低的序列！Alignment提供了两条序列具体的比对情况，点击匹配序列链接，进入到该序列的详细注释页面。
[0006](2)展不水稻序列的注释；即点击 Chromosome、Overview> DetailedView 和BasepairView,逐步获得更为详细的信息；在DetailedView的Zoom梯状图中选择200kb,表不显不以匹配序列为中心的200kb范围内的序列；DetailedView随后显TK对该序列的注释信息，包括 Ricemarkers、RiceEST> Maizemarkers、MaizeEST ；Markers 项中的标记有C944、C51151S、R1538和R1770，选择与匹配序列连锁最近的C51151S，点击进入C51151S标记的信息界面。
[0007](3)标记在水稻遗传图谱中位置的确定；选择MapPosit1ns中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005，点击 viewonmap，显示 C51151S 在所选图谱中的位置；同时通过Opt1nsMenu中的FeatureTypes调节图谱中所要显示的标记。
[0008](4)比较图谱的绘制；在Comparativemap的下拉菜单中选择玉米遗传图谱IBM2neighbors2004的所有染色体，再点击Redrawmap,显示水稻chr3和玉米染色体的对应关系比较图；由于共线性过于密集，可以返回上一界面，通过ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd缩小显不范围。
[0009]作为一种优选方案，本发明利用玉米ESTs与水稻基因组序列进行BLASTn，在E-value (10 5、配对长度至少50bp的条件下,96条玉米ESTs在水稻染色体上找同源序列。
[0010]作为另一种优选方案，本发明在96条与水稻序列具有同源性的ESTs中，77条ESTs在同源序列两侧各10kb区间内，进行共线性标记，在玉米的第I至第10条染色体上的分布设置为17、7、17、8、17、10、8、15、5和8条。
[0011]本发明有益效果。
[0012]本发明以水稻基因组数据和已有的禾本科植物遗传图谱为桥梁，基于禾本科植物之间(如水稻和玉米之间)存在的分子标记水平上的广泛的共线性，从而对大量的玉米ESTs在玉米连锁群上的分布进行准确定位，揭示玉米和水稻基因组之间的同源性关系，准确反映基因组内部大量微小的缺失、插入和移位。
【具体实施方式】
[0013]本发明包括以下步骤。
[0014](I)同源序列咨询，将该序列贴入查询框，各项参数按默认值，进行Blast咨询；ResultsSummary表格显示水稻数据库中一条与咨询序列同源的水稻序列，按照同源程度从高到低在Sequence项中排序,选择Score值高、E-value值低的序列！Alignment提供了两条序列具体的比对情况，点击匹配序列链接，进入到该序列的详细注释页面。
[0015](2)展不水稻序列的注释；即点击 Chromosome、Overview、DetailedView 和BasepairView,逐步获得更为详细的信息；在DetailedView的Zoom梯状图中选择200kb,表不显不以匹配序列为中心的200kb范围内的序列；DetailedView随后显TK对该序列的注释信息，包括 Ricemarkers、RiceEST> Maizemarkers、MaizeEST ；Markers 项中的标记有C944、C51151S、R1538和R1770，选择与匹配序列连锁最近的C51151S，点击进入C51151S标记的信息界面。
[0016](3)标记在水稻遗传图谱中位置的确定；选择MapPosit1ns中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005，点击 viewonmap，显示 C51151S 在所选图谱中的位置；同时通过Opt1nsMenu中的FeatureTypes调节图谱中所要显示的标记。
[0017](4)比较图谱的绘制；在Comparativemap的下拉菜单中选择玉米遗传图谱IBM2neighbors2004的所有染色体，再点击Redrawmap,显示水稻chr3和玉米染色体的对应关系比较图；由于共线性过于密集，可以返回上一界面，通过ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd缩小显不范围。
[0018]本发明利用玉米ESTs与水稻基因组序列进行BLASTn，在E-value〈10 5、配对长度至少50bp的条件下,96条玉米ESTs在水稻染色体上找同源序列。
[0019]本发明在96条与水稻序列具有同源性的ESTs中，77条ESTs在同源序列两侧各10kb区间内，进行共线性标记，在玉米的第I至第10条染色体上的分布设置为17、7、17、8、17、10、8、15、5 和 8 条。
[0020]玉米和水稻间在标记水平上具有广泛的共线性，同时也具有序列水平上的微共线性，特别是在ESTs水平上。那么，玉米ESTs则可在Gramene网站的水稻基因组数据库中搜索到同源的水稻ESTs和基因组DNA序列。由于水稻基因组序列已经完成，因而，与玉米同源的DNA序列则可找到其在染色体的位置、所在的BAC以及与该序列紧密连锁的分子标记等。通过玉米和水稻的比较遗传图谱以及玉米和水稻间共有的标记，进而可以将这些标记再定到玉米的连锁群上。由于水稻DNA序列与这些分子标记连锁，玉米ESTs与水稻DNA同源，因而，通过水稻基因组数据库作为桥梁，就可以将玉米ESTs确定在玉米某一连锁群的片段上。
[0021 ] 以上内容是结合具体的优选实施方式对本发明作的进一步详细说明，不能认定本发明的具体实施只局限于这些说明，对于本发明所属技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干简单推演或替换，都应当视为属于本发明所提交的权利要求书确定的保护范围。
【主权项】
1.一种玉米基因定位方法，其特征在于包括以下步骤: (O同源序列咨询，将该序列贴入查询框，各项参数按默认值，进行Blast咨询；ResultsSummary表格显示水稻数据库中一条与咨询序列同源的水稻序列，按照同源程度从高到低在Sequence项中排序,选择Score值高、E-value值低的序列！Alignment提供了两条序列具体的比对情况，点击匹配序列链接，进入到该序列的详细注释页面； (2)展不水稻序列的注释；即点击Chromosome、Overview、DetailedView和BasepairView,逐步获得更为详细的信息；在DetailedView的Zoom梯状图中选择200kb,表不显不以匹配序列为中心的200kb范围内的序列；DetailedView随后显TK对该序列的注释信息，包括 Ricemarkers、RiceEST> Maizemarkers、MaizeEST ；Markers 项中的标记有C944、C51151S、R1538和R1770，选择与匹配序列连锁最近的C51151S，点击进入C51151S标记的信息界面； (3)标记在水稻遗传图谱中位置的确定；选择MapPosit1ns中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005,点击 viewonmap，显示 C51151S 在所选图谱中的位置；同时通过Opt1nsMenu中的FeatureTypes调节图谱中所要显示的标记； (4)比较图谱的绘制；在Comparativemap的下拉菜单中选择玉米遗传图谱IBM2neighbors2004的所有染色体，再点击Redrawmap,显示水稻chr3和玉米染色体的对应关系比较图；由于共线性过于密集，可以返回上一界面，通过ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd缩小显不范围。2.根据权利要求1所述一种玉米基因定位方法，其特征在于利用玉米ESTs与水稻基因组序列进行BLASTn,在E-value〈10 5、配对长度至少50bp的条件下,96条玉米ESTs在水稻染色体上找同源序列。3.根据权利要求2所述一种玉米基因定位方法，其特征在于在96条与水稻序列具有同源性的ESTs中，77条ESTs在同源序列两侧各10kb区间内，进行共线性标记，在玉米的第I至第10条染色体上的分布设置为17、7、17、8、17、10、8、15、5和8条。
【专利摘要】一种玉米基因定位方法属于基因定位技术领域，尤其涉及一种玉米基因定位方法。本发明提供一种对大量的玉米ESTs在玉米连锁群上的分布进行准确定位的玉米基因定位方法。本发明包括以下步骤：同源序列咨询，将该序列贴入查询框，各项参数按默认值，进行Blast咨询；ResultsSummary表格显示水稻数据库中一条与咨询序列同源的水稻序列，按照同源程度从高到低在Sequence项中排序，选择Score值高、E-value值低的序列；Alignment提供了两条序列具体的比对情况，点击匹配序列链接，进入到该序列的详细注释页面。
【IPC分类】G06F19/18
【公开号】CN105631241
【申请号】CN201410581001
【发明人】申茂军
【申请人】申茂军
【公开日】2016年6月1日
【申请日】2014年10月27日