调控植物中的光响应途径的制作方法

专利名称：调控植物中的光响应途径的制作方法
技术领域：
本文件涉及牵涉植物阴影(plant shade)和/或低光耐受性和红光特异性响应 (response)的方法和材料。例如，本文件提供了具有升高的阴影和/或低光耐受性的植物 以及用于产生具有升高的阴影和/或低光耐受性的植物的材料和方法。
背景技术：
光是能量的来源，其经由光合作用来推进植物生长。光也是发育信号，其调控形态 发生，诸如脱黄化和向生殖发育转变。因为植物不能选择它们的环境，它们不得不使它们的 生长适应周围光条件，而且已经进化出用于监测环境光的数量和质量的复杂机制。例如， 许多种类的植物通过更快且更高地生长来响应在密集冠层下或高密度的生长(Cerdan和 Chory (2003)Nature, 423 :881)。密集种植的作物趋向于将能量放置到茎和叶柄延长中以使 叶高高地伸入阳光，而不是将能量放入贮存或生殖结构中。对低光条件和/或阴影条件的 响应通过降低可收获产物诸如种子、果实和块茎的量而消极地影响作物产率。另外，高的细 长的植物趋向于抗风性较小，而且更容易倒伏，这进一步降低作物产率。持续需要能在小于最佳的环境条件下茁壮成长的植物。一种用于改善植物耐受亚 适环境条件的能力的策略依赖传统的植物育种方法。另一种方法牵涉经由导入赋予想要性 状的外源核酸来对植物特征进行基因操作。发明概述日光的光谱能量分布受到植被显著改变。自邻近植被反射的光在红(R)波长上被 消耗，但仍然富含远红(FR)波长。具有展现出升高的阴影耐受性的植物是想要的。本文 中所描述的具有升高的阴影耐受性的植物展现出对阴影条件，特别是短日照加上日末远红 (End-of-Day Far-Red, SD+E0DFR)条件的耐受性升高。野生型植物通常展现出对SD+E0DFR 条件的避阴响应(shade avoidance response)，而相对于由非SD+EODH 耐受性植物展示的 避光响应水平，本文中所描述的SD+E0DFR耐受性植物展示避光响应水平的降低。光量可以控制植物的最后生物质(biomass)和产率。野生型植物通常展现出低光 响应，而相对于由非低光耐受性植物展示的低光响应水平，本文中所描述的低光耐受性植 物展示低光响应水平的降低。提高植物的SD+E0DFR和/或低光耐受性可以增加此类植物的作物产率，其可以有 益于食物消费者和生产者。本文件提供了涉及具有升高的阴影和/或低光耐受性的植物的 方法和材料。例如，本文件提供了具有升高的SD+E0DFR和/或低光耐受性的转基因植物、 用于产生具有升高的SD+E0DFR和/或低光耐受性的转基因植物的核酸、及用于产生具有升 高的SD+E0DFR和/或低光耐受性的植物的方法。此类植物对于生产可转化成液体燃料或
21其它化学品的生物质和/或产生具有升高的产率和/或质量的作物可以是有用的。本文中提供了产生植物的方法。在一个方面，方法包括培养包含外源核酸的植物 细胞。所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区。所述多肽的氨基 酸序列的隐蔽马尔科夫模型(HMM)比特得分(bit score)大于约20，其使用从


图1_24之一 中描绘的氨基酸序列产生的HMM得到。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细 胞产生的植物在低光或SD+E0DFR耐受性上具有差异。在另一个方面，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节 区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80%或更大的序列同一性SEQ ID N0:3、5、 7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、 55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、 97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、 124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、 159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、 195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、 231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、 261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、 294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、 323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、 352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、 381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、 419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、 457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、 509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、 531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、 580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、 615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、 644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、 680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、 713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、 744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、 774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、 801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、 820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、 843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、 876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、 913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、 940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、
22973、975、977、979、981、丨383、985、987、989.>991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、 1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、 1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、 1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、 2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、 2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、 2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、 2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、 2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、 2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、 2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、 2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、 2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、 2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、 2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、 2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、 2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、 2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、 2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、 2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、 2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、 2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、 或2381。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在低光或 SD+E0DFR耐受性上具有差异。 在一个方面，所述多肽进一步包含⑶I结构域，所述⑶I结构域与SEQ ID NO 70 的CDI结构域具有70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含AUX/IAA 结构域，所述AUX/IAA结构域与SEQ ID NO 129或SEQ ID NO 1347的AUX/IAA结构域具 有70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含同源框结构域，所述同源 框结构域与SEQ ID NO :317的同源框结构域具有70%或更大的序列同一性。在另一个方 面，所述多肽进一步包含zf_C3HC4结构域，所述zf_C3HC4结构域与SEQ ID NO 337的zf_ C3HC4结构域具有70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含B框锌 指结构域和CCT基序，所述B框锌指结构域与SEQ ID NO 456的B框锌指结构域具有70% 或更大的序列同一性，且所述CCT基序与SEQ ID NO 456的CCT基序具有70%或更大的序 列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含FAD_结合_7结构域和DNA光裂合酶结构 域，所述FAD_结合_7结构域与SEQ ID NO 538或SEQ ID NO 1497的FAD_结合_7结构 域具有70%或更大的序列同一性，且所述DNA光裂合酶结构域与SEQ ID N0:538或SEQ ID NO 1497的DNA光裂合酶结构域具有70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽 进一步包含zf_Dof结构域，所述zf_Dof结构域与SEQ ID NO 606的zf_Dof结构域具有 70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含AP2结构域，所述AP2结构域与SEQ ID NO 645的AP2结构域具有70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多 肽进一步包含VQ基序，所述VQ基序与SEQ ID NO 850的VQ基序具有70%或更大的序列 同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含zf_C2H2结构域，所述zf_C2H2结构域与SEQ ID N0:907的zf_C2H2结构域具有70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进 一步包含TCP结构域，所述TCP结构域与SEQ ID NO :1151的TCP结构域具有70%或更大 的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含F框结构域，所述F框结构域与SEQ ID NO 1277的F框结构域具有70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包 含zf_CCCH结构域，所述zf_CCCH结构域与SEQ ID NO 1457的zf_CCCH结构域具有70% 或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含P0X结构域和同源框结构域，所 述P0X结构域与SEQ ID NO 1540的P0X结构域具有70%或更大的序列同一性，且所述同 源框结构域与SEQ ID NO :1540的同源框结构域具有70%或更大的序列同一性。在另一个 方面，所述多肽进一步包含HSF型DNA结合域，所述HSF型DNA结合域与SEQ ID NO 1587 的HSF型DNA结合域具有70%或更大的序列同一性。在另一个方面，所述多肽进一步包含 SAM_1结构域和DRMBL结构域，所述SAM_1结构域与SEQ ID NO 1635的SAM_1结构域具有 70%或更大的序列同一性，且所述DRMBL结构域与SEQ ID NO 1635的DRMBL结构域具有 70%或更大的序列同一性。 在另一个方面，产生植物的方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，其中所述外 源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与下组所列的核苷酸序 列或其片段具有80%或更大的序列同一性:SEQ ID NO :1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、 23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、 79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、 142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、 180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、 220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、 269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、 320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、 375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、 414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、 452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、 519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、 595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、 646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、 685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、 731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、 785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、 869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、 908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、 960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、 1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、
251031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、 1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、 1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、 1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、 1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、 1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、 1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、 1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、 1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、 1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、 1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、 1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、 1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、 1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、 1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、 1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、 1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、 1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、 1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、 1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、 1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、 1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、 1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、 1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、 1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、 2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、 2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、 2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、 2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、 2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、 2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、或 2373。与不包含所述外 源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在低光或SD+E0DFR耐受性上具有差本文中提供了在植物中调控低光耐受性的方法。在一个方面，方法包括将外源核 酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区。所 述多肽的氨基酸序列的HM比特得分大于约20，其使用从
图1-24之任一中描绘的氨基酸序 列产生的HMM得到。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物 在低光耐受性上具有差异。在另一个方面，方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码
26多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与下组所列的氨基酸序列具有80%或更 大的序列同一性:SEQ ID NO :3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、 36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、 82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、 115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、 143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、 181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、 217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、 245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、 281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、 306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、 343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、 367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、 403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、 441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、 475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、 497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、 523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、 544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、 565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、 601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、 629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、 665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、 701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、 732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、 762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、 792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、 812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、 833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、861、862、 863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、895、 897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、 930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、 959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、991、993、 995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、1024、1025、 1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、1049、1051、 1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、 1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、 1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、 1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、 1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、 1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、 1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、 1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1277、1279、 1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、 1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、 1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、1352、1353、 1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、 1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、 1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、 1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、 1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、 1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、1499、1501、 1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、 1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、 1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、 1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1587、 1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、1605、1606、 1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、1623、1625、 1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、1651、1652、 1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、1677、1679、 1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、1702、1703、 1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、1725、1727、 1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、1746、1748、 1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、1770、1771、 1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、 1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、 1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、 1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、 1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、 1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、 1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、 1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、 1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、 1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、2009、2011、 2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、 2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、 2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、
282066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、 2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、2115、2116、 2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、 2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、 2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、 2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、 2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、 2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、 2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、 2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、 2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、2278、2280、 2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、 2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、 2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、 2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、 2375、2376、2377、2378、2379、2380、或2381。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所 述植物细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。 在另一个方面，方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与核苷 酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与下组所列的核苷酸序列或其片段具有80% 或更大的序列同一性:SEQ ID NO :1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、 37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、 94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、 150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、 190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、 228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、 278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、 328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、 384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、 422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、 463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、 553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、 604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、 654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、 693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、 739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、 793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、 878、880、882、884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、 916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、 970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、 1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、 1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、 1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、 1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、 1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、 1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、 1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、 1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、 1337、1339、1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、 1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、 1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、 1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、 1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、 1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、 1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、 1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、 1672、1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、 1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、 1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、 1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、 1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、 1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、 1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、 1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、 2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、 2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、 2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、 2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、 2179、2181、2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、 2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、 2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、或2373。与不包含所述外源核酸的对照植物 相比，从所述植物细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。本文中提供了在植物中调控SD+E0DFR耐受性的方法。在一个方面，方法包括将 外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节 区。所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，其使用从
图16或图24-27之任一中 描绘的氨基酸序列产生的HMM得到。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物 细胞产生的植物在SD+E0DFR耐受性上具有差异。在另一个方面，方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与下组所列的氨基酸序列具有80%或更 大的序列同一性:SEQ ID NO :538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、
580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、 615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、1347、1349、1351、1352、1353、 1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、 1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、 1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、 1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、 1452、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、1559、 1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、 1679、1681、1682、1748、1750、1751、1752、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、 1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、 1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、2268、2269、2270、 2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、或2278。与不包含所述外源核酸的对照植物相比， 从所述植物细胞产生的植物在SD+E0DFR耐受性上具有差异。在另一个方面，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与 核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与下组所列的核苷酸序列或其片段具有 80%或更大的序列同一性=SEQ ID NO :537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、
581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、 630、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、 1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、 1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1537、1538、 1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、 1581、1583、1678、1680、1747、1749、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、 1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、和 2267。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述植物细胞产生的植物在SD+E0DFR耐 受性上具有差异。本文中提供了包含外源核酸的植物细胞。在一个方面，所述外源核酸包含与编码 多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约 20，其使用基于
图1-24之任一中描绘的氨基酸序列的HMM得到。与不包含所述外源核酸的 对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光或SD+E0DFR耐受性上具有差异。在另一个方 面，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下 组的氨基酸序列具有80%或更大的序列同一性=SEQ ID NO :3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、 22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、 65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、 103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、 132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、 169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、
31205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、 236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、 270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、 299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、 331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、 359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、 391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、 429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、 464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、 489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、 515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、 536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、 559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、 590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、 621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、 653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、 690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、 721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、 751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、 782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、 806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、 826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、 853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、 885、887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、 922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、 948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、 983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、 1015、1016、1018、1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、 1043、1044、1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、 1071、1072、1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、 1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、 1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、 1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、 1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、 1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、 1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、 1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、 1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、 1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、 1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、 1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、 1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、 1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、 1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、 1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、 1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、 1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、 1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、 1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、 1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、 1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、 1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、 1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、 1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、 1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、 1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、 1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、 1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、 1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、 1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、 1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、 1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、 1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、 1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、 1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、 1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、1971、 1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、 2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、 2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、 2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、 2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、 2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、 2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、 2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、 2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、 2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、 2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、 2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、 2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、 2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、 2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、 2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、 2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、 2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、 2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、和 2381。本文中还提供了鉴定多态性是否与低光或SD+E0DFR耐受性变化有关的方法。方 法包括下列步骤测定植物群体中的一种或多种遗传多态性是否与选自下组的多肽的基因 座有关
图1-24中所描绘的多肽及其功能同源物；并测量所述群体的植物中的所述低光或 SD+E0DFR耐受性变化与所述群体的植物中所述遗传多态性的存在之间的关联，由此鉴定所 述一种或多种遗传多态性是否与低光或SD+E0DFR耐受性变化有关。植物群体可以是柳枝 稷(switchgrass)、高粱(sorghum)、甘蔴(sugar cane)、或芒(miscanthus)植物的群体。本文中还提供了产生植物品系的方法。方法包括下列步骤测定植物群体中的一 种或多种遗传多态性是否与选自下组的多肽的基因座有关
图1-24中所描绘的多肽及其 功能同源物；在所述群体中鉴定一株或多株(one or more)植物，其中在所述一种或多种遗 传多态性上的至少一种等位基因的存在与低光或SD+E0DFR耐受性变化有关；将每株所述 鉴定的植物与其自身或不同植物杂交以产生种子；将至少一株自所述种子种植的后代植物 与其自身或不同植物杂交；并将杂交步骤再重复0-5代以产生所述植物品系，其中所述等 位基因存在于所述植物品系中。植物群体可以是柳枝稷植物的群体。在另一个方面，本文件提供了产生植物的方法。所述方法包括培养包含外源核酸 的植物细胞，其中所述外源核酸有效下调所述植物细胞中的内源核酸。所述内源核酸编码 多肽。所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约210。所述HMM可以基于图6、
图11、 和图21之任一中描绘的氨基酸序列。与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细胞 产生的植物可以具有下胚轴长度的增加。在另一个方面，提供了转基因植物细胞。植物细胞包含外源核酸。所述外源核酸 有效下调所述植物细胞中的内源核酸。所述内源核酸可以编码多肽。所述多肽的氨基酸序 列的HMM比特得分大于约210。所述HMM基于图6、
图11、和图21之任一中描绘的氨基酸序 列。还提供了转基因植物。转基因植物包含包含外源核酸的植物细胞。所述外源核酸 有效下调所述植物细胞中的内源核酸。所述内源核酸可以编码多肽。所述多肽的氨基酸序 列的HMM比特得分大于约210。所述HMM基于图6、
图11、和图21之任一中描绘的氨基酸序 列。与不包含所述植物细胞的对照植物相比，所述植物具有下胚轴长度的增加。除非另有定义，本文中所使用的所有技术和科学术语与本发明所属领域中的普通 技术人员的通常理解具有相同的含义。虽然与本文所描述的方法和材料类似或等同的方法 和材料可以用于实施本发明，下文描述了合适的方法和材料。通过提及而完整收录本文中 所提及的所有出版物、专利申请、专利、和其它参考文献。在矛盾的情况中，以本说明书(包括定义)为准。另外，材料、方法、和例子仅是例示性的，而并不意图为限制性的。在下文的附图和描述中列出本发明的一个或多个实施方案的详情。从描述和图 看，及从权利要求书看，本发明的其它特征、目标、和优点会是显而易见的。附图简述图 1 是 At4g37295 (Ceres 种子系 ME05268 ；SEQ ID NO 3)与同源和 / 或直向 同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1844057 (SEQ ID NO 7)、Ceres ANNOT ID No. 1469148 (SEQ ID N0:22)、公共 GI ID No. 18390998 (SEQ ID NO :25)、Ceres 克隆 ID No. 1065656 (SEQ ID NO 32)、Ceres 克隆 ID No. 1652677 (SEQ ID NO 36)、公共 GI ID No. 92874556 (SEQ ID NO 49)、Ceres 克隆 ID No. 1329161 (SEQ ID NO 53)、Ceres 克隆 ID No. 1030378 (SEQ ID NO :55)、Ceres 克隆 ID No. 1413787 (SEQ ID NO :57)、和公共 GI ID No. 125543598 (SEQ ID N0:60))的比对。在本文中所显示的所有比对图中，比对序列中的 短划线代表缺口，即在该位置缺乏氨基酸。比对序列中相同的氨基酸或保守的氨基酸取代 通过框来鉴定。使用程序MUSCLE第3. 52版来产生
图1及本文中提供的其它比对图。图 2 是 At2g32710(Ceres 种子系 ME06120 ;SEQ ID NO :70)与同源和 / 或直向 同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1975934(SEQ ID NO 72)、Ceres ANNOT ID No. 1529913 (SEQ ID NO :80)、Ceres 克隆 ID No. 977794 (SEQ ID NO :93)、公共 GI ID No. 42362378 (SEQ ID NO :96)、公共 GI ID No. 23899378 (SEQ ID NO :99)、公共 GI ID No. 15963346 (SEQ ID N0:101)、公共 GI ID No. 15963344+B816 (SEQ ID N0:102)、公共 GI ID No. 92429657 (SEQ ID NO 103)、Ceres 克隆 ID No. 746644 (SEQ ID NO 105)、Ceres 克 隆 ID No. 623089 (SEQ ID NO :109)、Ceres 克隆 ID No. 1913678 (SEQ ID NO :115)、和公共GI ID No. 115450609 (SEQ ID NO 119))的比对。图 3 是 At2g46990 (Ceres 种子系 ME09503 ；SEQ ID NO 129)与同源和 / 或直 向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No. 34550779 (SEQ ID NO 133)、Ceres克隆ID No. 1932235 (SEQ ID NO 137)、Ceres 克隆 ID No. 981738 (SEQ ID NO :201)、Ceres 克隆 ID No. 565974 (SEQ ID N0:209)、公共 GI ID No. 1352058 (SEQ ID N0:231)、公共 GI ID No. 11131101 (SEQ ID N0:234)、公共 GI ID No. 4887018 (SEQ ID N0:236)、公共 GI ID No. 4887018 (SEQ ID NO :236)、Ceres 克隆 ID No. 644455 (SEQ ID NO :247)、Ceres 克隆 ID No. 1731500 (SEQ ID N0:270)、公共 GI ID No. 20269063 (SEQ ID N0:300)、公共 GI ID No. 50404477 (SEQ ID NO :302)、和公共 GI ID No. 62125392 (SEQ ID NO 303)的比对。图 4 是 At4g03250(Ceres 种子系 ME10007 ;SEQ ID NO :317)与同源和 / 或直向 同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1842125 (SEQ ID NO :319)、Ceres ANNOT ID No. 1461360 (SEQ ID NO :321)、Ceres 克隆 ID No. 480906 (SEQ ID N0:327)、公共 GI ID No. 92889352 (SEQ ID NO :330)、和公共 GI ID No. 56201850 (SEQ ID NO 331))的比对。图 5 是 At2g04240 (Ceres 种子系 ME10852 ;SEQ ID NO :337)、Ceres 克隆 IDNo. 952050 (SEQ ID NO :339)与同源和/或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No. 115477050 (SEQ ID N0:349)、公共 GI ID No. 87162911 (SEQ ID NO :355)、Ceres 克隆 ID No. 1790901 (SEQ ID NO 357)、Ceres 克隆 ID No. 1460088 (SEQ ID NO 370)、Ceres 克隆 ID No. 1734065 (SEQ ID NO 393)、Ceres 克隆 ID No. 473509 (SEQ ID NO 395)、Ceres 克隆 ID No. 849918 (SEQ ID NO :401)、Ceres 克隆 ID No. 633470 (SEQ ID NO :409)、Ceres 克隆 IDNo. 1808334 (SEQ ID NO :417)、和 Ceres ANNOT ID No. 1525600 (SEQ ID NO 437))的比对。图 6 是 At5gl4370(Ceres 种子系 ME11939 ;SEQ ID NO :456)与同源和 / 或直 向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No. 58430585 (SEQ ID NO :457)、Ceres克隆ID No. 1842825 (SEQ ID NO :466)、Ceres ANNOT ID No. 1449721 (SEQ ID N0:474)、公共 GI ID No. 41323978 (SEQ ID N0:475)、公共 GI ID No. 2895186 (SEQ ID N0:478)、公共 GI ID No. 22854950 (SEQ ID N0:481)、公共 GI ID No. 116010474 (SEQ ID N0:485)、公共 GI ID No. 4091804 (SEQ ID N0:488)、公共 GI ID No. 60459257 (SEQ ID N0:494)、公共 GI ID No. 45544881 (SEQ ID N0:496)、公共 GI ID No. 36789802 (SEQ ID N0:498)、公共 GI ID No. 92875402 (SEQ ID N0:508)、公共 GI ID No. 118406898 (SEQ ID N0:510)、公共 GI ID No. 107770485 (SEQ ID N0:511)、公共 GI ID No. 21655154 (SEQ ID N0:532)、公共 GI ID No. 90657642 (SEQ ID NO :536)、和 Ceres 克隆 ID No. 1569555 (SEQ ID NO 1842))的比对。图 7 是 Atlg70270(Ceres 种子系 ME13456 ;SEQ ID NO 634)与同源和 / 或直向同 源氨基酸序列(包括公共GI ID No. 98961985 (SEQ ID NO 637))的比对。图 8 是 At4g25480 (Ceres 种子系 ME15935 ；SEQ ID NO 644)与同源和 / 或直向 同源氨基酸序列(包括 SEQ ID NO :645、Ceres 克隆 ID No. 1849479 (SEQ ID NO 767)、公 共 GI ID No. 89275008 (SEQ ID N0:796)、公共 GI ID No. 120400525 (SEQ ID N0:797)、公 共 GI ID No. 98980426 (SEQ ID N0:804)、公共 GI ID No. 71983373 (SEQ ID N0:808)、公 共 GI ID No. 41351817 (SEQ ID N0:809)、公共 GI ID No. 76446191 (SEQ ID N0:811)、公 共 GI ID No. 5616086 (SEQ ID NO :813)、Ceres 克隆 ID No. 1052602 (SEQ ID N0:826)、公 共 GI ID No. 72068957 (SEQ ID N0:830)、公共 GI ID No. 71534113 (SEQ ID N0:831)、公共 GI ID No. 37147896 (SEQ ID N0:832)、公共 GI ID No. 92918850 (SEQ IDNO :834)、公共 GI ID No. 40647095 (SEQ ID NO 835) ,Ceres ANNOT ID No. 1527711 (SEQ ID N0:837)、公共GI ID No. 71041116 (SEQ ID N0:838)、公共 GI ID No. 12003384 (SEQ ID N0:839)、公共 GI ID No. 18535580 (SEQ ID NO :840)、和公共 GI ID No. 115353971 (SEQ ID NO 1843))的比对。图 9 是 At2g33780 (Ceres 种子系 ID No. ME16594、SEQ ID NO 850)与同源和 / 或 直向同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1833093 (SEQ ID NO :853)、Ceres ANNOT ID No. 1502190 (SEQ ID NO :857)、Ceres 克隆 ID No. 565641 (SEQ ID N0:876)、公共 GI ID No. 87240507 (SEQ ID NO :877)、Ceres 克隆 ID No. 1325382 (SEQ ID NO :881)、Ceres 克隆 ID No. 1558265 (SEQ ID NO 885)、Ceres 克隆 ID No. 1823669 (SEQ ID NO 895)、和公共 GI ID No. 115464921 (SEQID NO 898))的比对。图 10 是 At4gl7810(Ceres 种子系 ID No. ME16597、SEQ ID N0:907)与同源和 / 或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No. 1940797 (SEQ ID NO :909)、Ceres ANNOT ID No. 1538900 (SEQ ID NO :911)、Ceres 克隆 ID No. 1126868 (SEQ ID N0:922)、公共 GI ID No. 89257684 (SEQ ID N0:923)、公共 GI ID No. 124360460 (SEQ ID N0:929)、公共 GI ID No. 62865694 (SEQ ID N0:931)、公共 GI ID No. 62865692 (SEQ ID NO :932)、Ceres 克隆 ID No. 260368 (SEQ ID NO :936)、Ceres 克隆 ID No. 1873510 (SEQ ID N0:947)、公共 GI ID No. 125541662 (SEQ ID N0:948)、公共 GI ID No. 48716268 (SEQ ID NO :950)、和公共 GI ID No. 62865696 (SEQ ID NO 1844))的比对。图 11 是 Atlgl3360(Ceres 种子系 ID No. ME16630、SEQ ID N0:953)与同源和 /或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No. 1798705 (SEQ ID NO :955)、Ceres ANNOT ID No. 1458907 (SEQ ID NO :963)、Ceres 克隆 ID No. 1090409 (SEQ ID NO :971)、Ceres 克隆 ID No. 479817 (SEQ ID NO :977)、Ceres 克隆 ID No. 1041793 (SEQ ID NO :979)、Ceres 克隆 ID No. 684633 (SEQ ID NO :985)、Ceres 克隆 ID No. 371815 (SEQ ID NO :991)、Ceres 克隆 ID No. 1686460 (SEQ ID NO :993)、Ceres 克隆 ID No. 1448595 (SEQ ID NO :995)、Ceres 克隆 ID No. 1734477 (SEQ ID NO :999)、Ceres 克隆 ID No. 1605693 (SEQ ID NO 1005)、Ceres 克 隆 ID No. 1757400 (SEQ ID NO 1009)、和公共 GI ID No. 115434334 (SEQ ID NO 1015))的 比对。图 12 是 Atlg75860(Ceres 种子系 ID No. ME17128、SEQ ID NO 1024)与同源和 / 或直向同源氨基酸序列(包括Ceres ANNOT ID No. 1452905 (SEQ ID NO :1029)、Ceres 克隆 ID No. 956176 (SEQ ID NO 1039)、公共 GI ID No. 92870366 (SEQ ID NO 1040)、Ceres 克隆 ID No. 294166 (SEQ ID NO 1042)、和公共GI ID No. 125543067 (SEQ ID NO 1043))的比对。图 13 是 At4gl9700(Ceres 种子系 ID No. ME17578、SEQ ID NO 1047)与同源禾口 / 或直向同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1837694(SEQ ID NO 1053)、Ceres ANNOT ID No. 1483367 (SEQ ID NO 1057)、Ceres 克隆 ID No. 1077781 (SEQ ID NO : 1083)、Ceres 克 隆 ID No. 471026 (SEQ ID NO : 1085)、公共 GI ID No. 92888885 (SEQ ID NO : 1099)、公共 GI ID No. 45544873 (SEQ ID NO : 1100)、公共 GI ID No. 45758663 (SEQ ID NO :1101)、Ceres 克 隆 ID No. 772927 (SEQ ID NO : 1105)、Ceres 克隆 ID No. 895080 (SEQ ID NO :1111)、Ceres 克隆 ID No. 1806128 (SEQ ID NO :1131)、公共 GI ID No. 115458192 (SEQ ID N0:1134)、和公 共 GI ID No. 82470795 (SEQ ID NO: 1139))的比对。图 14 是 Atlg58100(Ceres 种子系 ID No. ME18158、SEQ ID NO 1151)与同源和 / 或直向同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1851526 (SEQ ID NO :1155)、Ceres ANNOT ID No. 1486769 (SEQ ID NO 1172)、公共 GI ID No. 83032232 (SEQ ID NO : 1209)、Ceres 克 隆 ID No. 1620420 (SEQ ID NO : 1211)、公共 GI ID No. 92892428 (SEQ ID NO : 1215)、Ceres 克隆 ID No. 884742 (SEQ ID NO : 1223)、Ceres 克隆 ID No. 1821559 (SEQ ID NO: 1246)、公共 GI ID No. 51535021 (SEQ ID NO :1258)、公共GI ID No. 113205304 (SEQ ID N0:1263)、和公 共 GI ID No. 37719051 (SEQ ID NO: 1264))的比对。图 15 是 At5g46170(Ceres 种子系 ID No. ME18314、SEQ ID NO 1277)与同源禾口 / 或直向同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1926352 (SEQ ID NO 1279),Ceres ANNOT ID No. 1448905 (SEQ ID NO :1285)、公共GI ID No. 15236865 (SEQ ID NO 1294)、Ceres 克隆 ID No. 934771 (SEQ ID NO 1301)、Ceres 克隆 ID No. 338386 (SEQ ID NO 1303)、Ceres 克 隆 ID No. 1780691 (SEQ ID NO 1317)、和公共 GI ID No. 115464819 (SEQ ID N0:1326))的 比对。图 16 是 At4g32280(Ceres 种子系 ID No. ME18408、SEQ ID NO 1347)与同源和 / 或直向同源氨基酸序列(包括Ceres克隆ID No. 285028 (SEQ ID NO 1419)、Ceres克隆ID No. 100969565 (SEQ ID NO :1422)、公共 GI ID No. 1352057 (SEQ ID NO 1427)、Ceres ANNOT ID No. 1453784 (SEQ IDNO 1429)、公共 GI ID No. 452777 (SEQ ID NO 1430)、和公共 GI ID No. 92873297 (SEQ ID NO 1431))的比对。图 17 是 At3g02830(Ceres 种子系 ID No. ME19304、SEQ ID NO 1457)与同源和 /或直向同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1924904(SEQ ID NO 1460)、Ceres ANNOT ID No. 1543346 (SEQ ID NO :1462)、公共GI ID No. 18396338 (SEQ ID NO : 1467)、Ceres 克隆 ID No. 833872 (SEQ ID NO : 1471)、Ceres 克隆 ID No. 1579587 (SEQ ID NO : 1475)、Ceres 克 隆 ID No. 1786411 (SEQ ID NO : 1477)、和公共 GI ID No. 108864370 (SEQ ID NO: 1480))的 比对。图 18 是 At4g08920(Ceres 种子系 ID No. ME19738、SEQ ID NO 1497)与同源和 / 或直向同源氨基酸序列(包括Ceres ANNOT ID No. 1443463 (SEQ ID NO 1499)、公共GI ID No. 13605525 (SEQ ID NO :1502)、公共GI ID No. 94965681 (SEQ ID NO :1506)、和公共GI ID No. 28201254(SEQ ID NO 1512))的比对。图 19 是 At4gll660(Ceres 种子系 ID No. ME20871、SEQ ID NO 1587)与同源禾口 / 或直向同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1839577 (SEQ ID NO 1589)、Ceres ANNOT ID No. 1491567 (SEQ ID NO 1591)、Ceres 克隆 ID No. 574505 (SEQ ID NO : 1596)、公共 GI ID No. 56117815 (SEQ ID NO : 1597)、公共 GI ID No. 92874021 (SEQ ID NO : 1603)、公共 GI ID No. 123684 (SEQ ID NO : 1605)、公共 GI ID No. 5821136 (SEQ ID NO : 1606)、Ceres 克隆 ID No. 283366 (SEQ ID NO : 1609)、公共 GI ID No. 16118447 (SEQ ID NO : 1612)、和公共 GI ID No. 125562434(SEQ ID NO 1614))的比对。图 20 是 At2g45700(Ceres 种子系 ID No. ME21508、SEQ ID NO 1635)与同源和 / 或直向同源氨基酸序列(包括Ceres ANNOT ID No. 1508307 (SEQ ID NO :1637)、公共GI ID No. 1495267 (SEQ ID NO 1642)、公共 GI ID No. 87241310 (SEQ ID NO 1644)、Ceres 克隆 ID No. 938390 (SEQ ID NO 1646)、Ceres 克隆 ID No. 272338 (SEQ ID NO :1648)、Ceres 克隆 ID No. 1993510 (SEQ ID NO :1650)、公共GI ID No. 125563862 (SEQ ID NO :1651)、和公共GI ID No. 125605833 (SEQ ID NO 1653))的比对。图 21 是 At2g35940(Ceres 种子系 ID No. ME19971、SEQ ID NO 1540)与同源禾口 / 或直向同源氨基酸序歹Ij (包括 Ceres 克隆 ID No. 1943265 (SEQ ID NO 1543)、Ceres ANNOT ID No. 1454522 (SEQ ID NO 1547)、公共 GI IDNo. 31323447 (SEQ ID NO 1556)、Ceres 克隆 ID No. 1583941 (SEQ ID NO : 1561)、Ceres 克隆 ID No. 1792942 (SEQ ID NO : 1563)、公共 GI ID No. 77548772 (SEQ ID NO : 1565)、和公共 GI ID No. 84453182 (SEQ ID NO: 1567))的比 对。图22 是 Atlg04400(Ceres 种子系 ID No. ME 12006、SEQ ID N0:538)与同源和 /或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No. 5731739 (SEQ ID NO :539)、Ceres ANNOT ID No. 1538045 (SEQ ID N0:541)、公共 GI ID No. 29467479 (SEQ ID N0:542)、公共 GI ID No. 133921974 (SEQ ID N0:543)、公共 GI ID No. 113197027 (SEQ ID N0:544)、公共 GI ID No. 92879277 (SEQ ID N0:545)、公共 GI ID No. 45935260 (SEQ ID N0:546)、公共 GI ID No. 8101444 (SEQ ID N0:547)、公共 GI ID No. 78217443 (SEQ ID NO :548)、和公共 GI ID No. 28372347 (SEQ ID N0:549))的比对。图 23 是 At3g45610(Ceres 种子系 ID No. ME12899、SEQ ID N0:606)与同源和 /或直向同源氨基酸序列(包括公共GI ID No. 92873064 (SEQ ID N0:607)、公共GI ID No. 37051125 (SEQ ID NO :608)、和公共 GI ID No. 112363376 (SEQ ID NO 609))的比对。图 24 是 At4g08330(Ceres 种子系 ID No. ME12596、SEQ ID NO 570)与同源和 / 或
38直向同源氨基酸序列(包括 Ceres 克隆 ID No. 1919714(SEQ ID NO :572)、Ceres ANNOT ID No. 1443290 (SEQ ID NO 574) ,Ceres 克隆 ID No. 1042157 (SEQ ID NO :576)、Ceres 克隆 ID No. 1384304 (SEQ ID NO :578)、和公共 GI ID No. 115464375 (SEQ ID NO 579))的比对。发明详述本文件提供了涉及调控植物对短日照加上日末远红(SD+E0DFR)条件或低光照的 耐受性的方法和材料。在一些实施方案中，植物可以具有升高的SD+E0DFR耐受性和升高 的低光耐受性。所述方法可以包括用编码SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的核酸转化植 物细胞，其中所述多肽的表达导致SD+E0DFR和/或低光耐受性升高。可以培养使用此类 方法产生的植物细胞以产生具有升高的SD+E0DFR和/或低光耐受性的植物。还可以使用 此类植物来在遮阴或低光的区域中，诸如在另一种作物的冠层下产生作物、植物产品、生 物质、和/或固氮植物。例如，可以使用本文中所提供的方法和材料来产生豆科植物(豆 科(Fabaceae)成员，例如豌豆、菜豆、羽扁豆、小扁豆、鹰嘴豆、野豌豆、大豆、车轴草(peas， beans，lupins，lentils，chick peas，vethes，soybeans, clovers)、首猜、和花生)，其具有 升高的SD+E0DFR和/或低光耐受性，而且能在较高作物(例如玉米、柳枝稷、高粱、甘蔗、或 芒)的冠层下种植。在其它实施方案中，较高植物是固氮植物(例如豆科成员，诸如罗望子 (tamarind)、含羞草(mimosa)、金合欢(acacia)、和长豆角(carob))，而所述 SD+E0DFR 和 / 或低光耐受性植物是较短植物，诸如玉米、柳枝稷、高粱、甘蔗、或芒。I.定义“氨基酸”指二十种生物学存在的氨基酸之一和合成的氨基酸，包括D/L旋光异构 体。“细胞类型优先性启动子”或“组织优先性启动子”指分别优先在靶细胞类型或组 织中驱动表达，但是也能导致在其它细胞类型或组织中的一些转录的启动子。“对照植物”指不含感兴趣的转基因植物中存在的外源核酸，但是在其它方面与所 述转基因植物具有相同或类似的遗传背景的植物。合适的对照植物可以是非转基因野生型 植物、来自转化实验的非转基因分离子、或含有与感兴趣的外源核酸不同的外源核酸的转 基因植物。“结构域”是多肽中可以用于表征蛋白质家族和/或蛋白质的一部分的基本上连 续的氨基酸的组。此类结构域具有“指纹”或“标签(signature)”，其可以包含保守的一级 序列、二级结构、和/或三维构象。一般而言，结构域与特定的体外和/或体内活性相关联。 结构域可以具有10个氨基酸至400个氨基酸，例如10个至50个氨基酸，或25个至100个 氨基酸，或35个至65个氨基酸，或35个至55个氨基酸，或45个至60个氨基酸，或200个 至300个氨基酸，或300个至400个氨基酸的长度。“下调”指相对于基本或天然状态，降低表达产物(mRNA和/或多肽)水平的调控。“外源的”就核酸而言指明核酸是重组核酸构建体的一部分，但是不在其天然环境 中。例如，外源核酸可以是从一个物种导入另一个物种中的序列，即异源核酸。通常，经由 重组核酸构建体将所述外源核酸导入其它物种中。外源核酸也可以是如下的序列，其对于 生物体而言是天然的，而且已经再导入所述生物体的细胞中。包括天然序列的外源核酸常 常可以通过与外源核酸连接的非天然序列(例如重组核酸构建体中的天然序列侧翼的非 天然调节序列)的存在来与天然存在的序列相区别。另外，稳定转化的外源核酸通常在与找到天然序列的位置不同的位置上整合。要领会的是，已经可以将外源核酸导入祖先中，而 不导入考虑中的细胞中。例如，含有外源核酸的转基因植物可以是稳定转化的植物和非转 基因植物之间的杂交后代。认为此类后代含有外源核酸。“表达”指经由转录(其通过酶，即RNA聚合酶催化)将多核苷酸的遗传信息转化 成RNA，和通过在核糖体上翻译mRNA而转化成蛋白质的过程。如本文中所使用的，“异源多肽”指这样的多肽，其不是植物细胞(例如用来自玉蜀 黍(Zea mays)植物的氮转运蛋白多肽的编码序列转化并表达该编码序列的转基因柳枝稷 植物)中天然存在的多肽。如本文中所使用的，“分离的核酸”包括天然存在的核酸，只要除去或缺乏其基因 组中就在所述核酸侧翼的序列之一或两者。如此，分离的核酸包括(不限于)作为纯化的 分子或者掺入载体或病毒中的核酸分子存在的核酸。认为在例如cDNA文库、基因组文库、 或含有基因组DNA限制性消化物的凝胶片内的几百至几百万其它核酸中存在的核酸不是 分离的核酸。“调控”对刺激物(例如低光条件或SD+E0DFR条件)的耐受性水平指对指定刺激 物的耐受性水平变化，这是由于植物细胞中表达外源核酸，或者从外源核酸进行转录而观 察到的。相对于对照植物中的相应水平来测量水平变化。“核酸”和“多核苷酸”在本文中可互换使用，指RNA和DNA两者，包括cDNA、基因组 DNA、合成的DNA、和含有核酸类似物的DNA或RNA。多核苷酸可以具有任何三维结构。核酸 可以是双链或单链(即有义链或反义链)。多核苷酸的非限制性例子包括基因、基因片段、 外显子、内含子、信使RNA (mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、siRNA、微小RNA、核酶、cDNA、重组多 核苷酸、分支多核苷酸、核酸探针和核酸引物。多核苷酸可以含有非常规的或经修饰的核苷 酸。“可操作连接的”指调节区与要转录的序列在核酸中的如下定位，使得所述调节区 对于调节序列的转录或翻译是有效的。例如，为了可操作连接编码序列与调节区，编码序列 的翻译阅读框的翻译起始位点通常位于调节区下游1个和约50个核苷酸之间。然而，调节 区可以位于翻译起始位点上游多至约5，000个核苷酸，或者转录起始位点上游约2，000个 核苷酸。如本文中所使用的，“多肽”指两个或更多个亚基氨基酸、氨基酸类似物、或其它肽 模拟物(P印tidomimetic)的化合物，不管翻译后修饰，例如磷酸化或糖基化。亚基可以通 过肽键或其它键(诸如例如酯或醚键)连接。此定义涵盖全长多肽、截短的多肽、点突变体、 插入突变体、剪接变体、嵌合蛋白、及其片段。“后代”包括特定植物或植物品系的后代。本植物的后代包括在F” F2, F3、F4、F5、 F6和后续世代植物上形成的种子、或在BCp BC2, BC3和后续世代植物上形成的种子、或在 F1BCpF1BC^F1BC3和后续世代植物上形成的种子。名称F1指遗传上独特的两个亲本之间的 杂交后代。名称F2、F3、F4、F5和F6指F1植物的自花传粉或近缘授粉后代的后续世代。“调节区”指具有影响转录或翻译起始和速率、和转录或翻译产物的稳定性和/或 可动性的核苷酸序列的核酸。调节区包括(不限于)启动子序列、增强子序列、应答元件、 蛋白质识别位点、诱导元件、蛋白质结合序列、5’和3’非翻译区(UTR)、转录起始位点、终止 序列、多腺苷酸化序列、内含子、及其组合。调节区通常至少包含核心(基本)启动子。调节区还可以包含至少一个控制元件，诸如增强子序列、上游元件或上游活化区(UAR)。例如， 合适的增强子是来自章鱼碱合酶(ocs)基因上游区的顺式调节元件(-212至-154)。Fromm 等，The Plant Cell, 1 :977_984(1989)。“上调”指相对于基础或天然状态，提高表达产物(mRNA和/或多肽)水平的调节。“载体”指复制子，诸如质粒、噬菌体、或粘粒，可以向其中插入另一种DNA区段，使 得引起所插入的区段复制。一般而言，当与合适的控制元件连接在一起时，载体能够复制。 术语“载体”包括克隆和表达载体，以及病毒载体和整合载体。“表达载体”是包括调节区的 载体。II.多肽本文中所描述的多肽包括SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽。在植物或植物细胞 中表达时，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽能有效提高SD+E0DFR和/或低光耐受性。此 类多肽通常含有至少一个指明SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的结构域，如本文中更为 详细地描述的。对于基于
图1-24中所列的比对之一的HMM模型，SD+E0DFR和/或低光耐 受性多肽通常具有大于20的HMM比特得分，如本文中更为详细地描述的。在一些实施方案 中，SD+E0DFR 和 / 或低光耐受性多肽与 SEQ ID N0:3、SEQ ID NO 70, SEQ ID NO 129, SEQ ID NO :317,SEQ ID NO 337,SEQ ID NO 456、SEQ ID NO 538、SEQ ID NO 570,SEQ ID NO: 606、SEQ ID NO :634、SEQ ID NO :644、SEQ ID NO :850、SEQ ID NO :907、SEQ ID NO :953、 SEQ ID N0:1024、SEQ ID N0:1047、SEQ ID N0:1151、SEQ ID N0:1277、SEQ ID N0:1347、 SEQ ID N0:1457、SEQ ID N0:1497、SEQ ID N0:1540、SEQ ID N0:1587、SEQ ID NO :1630、 或SEQ ID NO : 1635具有大于40%的同一性，如本文中更为详细地描述的。本文中所描述的多肽包括红光特异性响应途径多肽。当在植物或植物细胞中过表 达时，红光特异性响应途径多肽能有效降低下胚轴长度。此类多肽通常含有至少一个指明 红光特异性响应途径多肽的结构域，如本文中更为详细地描述的。对于基于图6、
图11、和 图24中所列的比对之一的HMM模型，红光特异性响应途径多肽通常具有大于20的HMM比 特得分，如本文中更为详细地描述的。在一些实施方案中，红光特异性响应途径多肽与SEQ ID NO 456, SEQ ID NO :953、或SEQ ID NO 1540具有大于40%的同一性，如本文中更为详 细地描述的。A.指明SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的结构域低光耐受性多肽可以含有细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDI)结构域。细胞周 期行进受细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂(CDI)负控制。CDI牵涉在Gl期的细胞周期阻 滞。基序也存在于SEQ ID NO :70中，其列出了本文中鉴定为At2g32710(SEQ ID NO 69)的 拟南芥属(Arabidopsis)克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码细胞周期蛋白依赖性 激酶抑制剂4(KIP4)多肽。低光耐受性多肽可以含有AUX/IAA结构域，预测所述AUX/IAA结构域是Aux/IAA 转录阻抑物的特征。AUX/IAA蛋白起生长素诱导性基因表达的阻抑物的作用，其可能经由 调控DNA结合生长素响应因子(ARF)的活性来进行。SEQ ID NO :129列出了本文中鉴定为 At2g46990 (SEQ ID NO 127)的拟南芥属(Arabidopsis)克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸 序列编码生长素诱导性IAA21多肽。SD+E0DFR耐受性和低光耐受性多肽还可以含有AUX/ IAA结构域。SEQ ID NO :1347列出了本文中鉴定为Atlg32280(SEQ ID NO 1345)的拟南芥属克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有AUX/IAA结构域的生长素响应性IAA29 多肽。低光耐受性多肽可以含有同源框结构域。同源框结构域经由螺旋-转角-螺旋 (HTH)结构来结合DNA。HTH基序的特征在于两个α-螺旋，它们使得与DNA密切接触，并通 过短的转角连接。第二螺旋经由许多氢键和疏水性相互作用来结合DNA，其在特定的侧链与 DNA大沟内暴露的碱基和胸腺嘧啶甲基基团之间发生。第一螺旋帮助稳定该结构。SEQ ID Ν0:317列出了本文中鉴定为At4g03250(SEQ ID NO 315)的拟南芥属克隆的氨基酸序列， 预测该氨基酸序列编码含有同源框结构域的多肽。低光耐受性多肽可以含有C3HC4型锌指(zf_C3HC4)结构域。C3HC4型锌指(RING 指)是40至60个残基的富含半胱氨酸的结构域，其配位两个锌离子，而且具有共有序列 C-X2-C-X(9-39) -C-X(1-3) -H-X(2-3) -C-X2-C-X(4-48) -C-X2-C，其中 X 是任何氨基酸。许 多含有RING指的蛋白质在泛素化途径中起作用。SEQ ID NO :337列出了本文中鉴定为 At2g04240(SEQ ID NO 335)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有zf_ C3HC4结构域的多肽。低光耐受性多肽可以含有B框锌指(Zf-B_box)结构域和CCT基序。B框锌指结 构域长度为约40个氨基酸。一般地，一或两拷贝的此结构域与环指和卷曲螺旋基序有关。 在转录因子、核糖核蛋白和原癌蛋白质中找到B框锌指结构域，但是没有明确指派功能。 CCT(C0NSTANS、CO样、和T0C1)基序是约43个氨基酸的高度保守的碱性结构域，而且在常 常牵涉光信号转导的植物蛋白质的C端附近找到。发现CCT基序与其它结构域，诸如B框 锌指结构域、GATA型锌指结构域、ZIM基序、或响应调节结构域有关。CCT基序在第二个一 半的CCT基序内含有推断的核定位信号，已经显示了牵涉核定位，而且可能在蛋白质-蛋白 质相互作用中具有作用。SEQ ID NO :456列出了本文中鉴定为At5gl4370(SEQ ID NO 454) 的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有B框锌指结构域和CCT基序的多 肽。SD+E0DFR耐受性多肽可以含有DNA光裂合酶结构域和FAD_结合J结构域(DNA 光裂合酶的FAD结合域)。DNA光裂合酶是修复DNA中通过暴露于紫外光诱导的错配嘧啶 二聚体的酶。含有FAD_结合_7结构域的蛋白质包括拟南芥隐花色素I(CRYl)和2 (CRY2)， 它们是介导蓝光诱导性基因表达的蓝光光受体。SEQ ID N0:538列出了本文中鉴定为 Atlg04400(SEQ ID NO 537)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有FAD_ 结合_7结构域和DNA光裂合酶结构域的隐花色素2脱辅蛋白质多肽。低光耐受性多肽也 可以含有FAD_结合_7结构域和DNA光裂合酶结构域。SEQ ID NO 1497列出了本文中鉴 定为At4g08920(SEQ ID NO 1496)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码隐 花色素1 (CRYl)、黄素型蓝光光受体脱辅蛋白质多肽，其含有FAD_结合J结构域和DNA光 裂合酶结构域。SD+E0DFR耐受性多肽可以含有zf_Dof结构域，预测所述zf_Dof结构域是Dof结 构域锌指多肽的特征。SEQ ID NO :606列出了本文中鉴定为At3g45610(SEQ ID NO 605) 的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有Zf_Dof结构域的多肽。低光耐受性多肽可以含有AP2结构域，预测所述AP2结构域是ERF/AP2转录因子 的特征。AP2结构域长度通常为约60个氨基酸残基。SEQ ID NO :645列出了本文中鉴定为At4g25480(SEQ ID NO 642)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有AP2 结构域的ERF/AP2转录因子家族的DREB亚家族A-I多肽。低光耐受性多肽可以含有VQ基序。VQ基序是短的保守基序FXhVQChTG (其中X是 任何氨基酸，而h是疏水性氨基酸)，它在多种植物蛋白质中找到。SEQ ID NO 850列出了 本文中鉴定为At2g33780(SEQ ID NO :848)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列 编码含有VQ基序的多肽。低光耐受性多肽可以含有zf_C2H2结构域，预测所述zf_C2H2结构域是C2H2型锌 指的特征。C2H2锌指由两个短的β链，接着为α螺旋组成。螺旋的氨基端部分结合DNA 的大沟。C2H2锌指结构域的两个保守的半胱氨酸和组氨酸配位一个锌离子。SEQ ID NO 907列出了本文中鉴定为At4gl7810(SEQ ID NO 905)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该 氨基酸序列编码含有zf_C2H2结构域的多肽。低光耐受性多肽可以含有TCP结构域，预测所述TCP结构域是TCP家族转录因子 的特征。转录因子的TCP家族是以其第一次表征的成员，即TBI、CYC和PCFl和PCF2命名 的。预测TCP结构域形成非规范的碱性螺旋-环-螺旋(bHLP)结构。已经显示了在两种 稻DNA结合蛋白，即PCFl和PCF2中找到的TCP结构域牵涉DNA结合和二聚化。SEQ ID NO 1151列出了本文中鉴定为Atlg58100 (SEQ ID NO 1150)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测 该氨基酸序列编码含有TCP结构域的多肽。低光耐受性多肽可以含有F框结构域。F框结构域在多种背景诸如多泛素化 (polyubiquitination)、转录延伸、着丝粒结合和翻译阻抑中在介导蛋白质-蛋白质相互 作用中具有作用。通常发现与F框结构域有关的两种基序是富含亮氨酸的重复和WD重复。 SEQ ID NO :1277列出了本文中鉴定为At5g46170(SEQ ID NO 1276)的拟南芥克隆的氨基 酸序列，预测该氨基酸序列编码含有F框结构域的多肽。低光耐受性多肽可以含有zf_CCCH结构域，预测所述zf_CCCH结构域是 C-X8-C-X5-C-X3-H型锌指多肽的特征。常常发现zf_CCCH结构域与如下的蛋白质有关， 所述蛋白质与多种mRNA的3’非翻译区相互作用。SEQ ID NO :1457列出了本文中鉴定为 At3g02830(SEQ ID NO 1456)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有zf_ CCCH结构域的多肽。SD+E0DFR耐受性和低光耐受性多肽可以含有POX结构域和同源框结构域。常常在 具有同源框结构域的植物蛋白质中找到POX结构域，这指明此类蛋白质可能是转录因子。 SEQ ID NO :1540列出了本文中鉴定为At2g35940(SEQ ID NO 1537)的拟南芥克隆的氨基 酸序列，预测该氨基酸序列编码含有POX结构域和同源框结构域的BELl样同源结构域1多 肽。低光耐受性多肽可以含有HSF型DNA结合域，预测所述HSF型DNA结合域是热休 克因子转录激活剂的特征。常常在热休克过程中发现热休克因子转录激活剂与热休克蛋白 启动子有关。SEQ ID N0:1587列出了本文中鉴定为At4gll660(SEQ ID NO 1586)的拟南 芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有HSF型DNA结合域的多肽。低光耐受性多肽可以含有不育α基序(SAM_1)结构域和DNA修复金属-β -内酰 胺酶(DRMBL)结构域，预测所述DNA修复金属-β -内酰胺酶(DRMBL)结构域是DNA修复金 属-β-内酰胺酶的特征。SEQ ID NO :1635列出了本文中鉴定为Ceres At2g45700 (SEQ IDNO 1634)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有SAM结构域和DRMBL结 构域的多肽。红光特异性响应途径多肽可以含有B框锌指(Zf-B_box)结构域和CCT基序。B框 锌指结构域长度为约40个氨基酸。一般地，一或两拷贝的此结构域与环指和卷曲螺旋基序 有关。在转录因子、核糖核蛋白和原癌蛋白质中找到B框锌指结构域，但是没有明确指派功 能。CCT(C0NSTANS、CO样、和T0C1)基序是约43个氨基酸的高度保守的碱性结构域，而且 在常常牵涉光信号转导的植物蛋白质的C端附近找到。发现CCT基序与其它结构域，诸如B 框锌指结构域、GATA型锌指结构域、ZIM基序、或响应调节结构域有关。CCT基序在第二个 一半的CCT基序内含有推断的核定位信号，已经显示了牵涉核定位，而且可能在蛋白质-蛋 白质相互作用中具有作用。SEQ ID NO :456列出了本文中鉴定为At5gl4370(SEQ ID NO: 454)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测该氨基酸序列编码含有B框锌指结构域和CCT基序 的多肽。红光特异性响应途径多肽可以含有POX结构域和同源框结构域。常常在具有同源 框结构域的植物蛋白质中找到POX结构域，这指明此类蛋白质可能是转录因子。SEQ ID NO 1540列出了本文中鉴定为At2g35940 (SEQ ID NO 1537)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测 该氨基酸序列编码含有POX结构域和同源框结构域的BELl样同源结构域1多肽。C.诵过爷互BLAST鉴定的功能同系物在一些实施方案中，通过上文指明的一种或多种pfam描述限定的参照SD+E0DFR 和/或低光耐受性多肽的一种或多种功能同系物适合于作为SD+E0DFR和/或低光耐受性 多肽使用。功能同系物是与参照多肽具有序列相似性，而且执行参照多肽的一种或多种生 化或生理学功能的多肽。功能同系物和参照多肽可以是天然存在的多肽，并且序列相似性 可能是由于趋同或趋异进化事件。因此，功能同系物有时在文献中称为同系物、或直向同系 物、或侧向同系物(paralog)。天然存在的功能同系物的变体诸如由野生型编码序列的突变 体编码的多肽可以自身是功能同系物。也可以经由定点诱变SD+E0DFR和/或低光耐受性 多肽的编码序列，或者通过组合来自不同天然存在的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的编 码序列的结构域(“结构域交换”)来创建功能同系物。术语“功能同系物”有时适用于编 码功能上同源的多肽的核酸。可以通过分析核苷酸和多肽序列比对来鉴定功能同系物。例如，在核苷酸或多肽 序列的数据库上实施询问可以鉴定SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的同系物。序列分析可 以牵涉对非冗余数据库的BLAST、交互BLAST、或PSI-BLAST分析，其使用SD+E0DFR和/或 低光耐受性多肽氨基酸序列作为参照序列来进行。在一些例子中，氨基酸序列是从核苷酸 序列推导的。数据库中具有大于40%序列同一性的那些多肽是进一步评估作为SD+E0DFR 和/或低光耐受性多肽的合适性的候选物。氨基酸序列相似性容许保守的氨基酸替代，诸 如用一种疏水性残基替代另一种或者用一种极性残基替代另一种。若想要的话，可以对此 类候选物实施手动检查以限制要进一步评估的候选物的数目。可以通过选择那些表现出具 有SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽中存在的结构域(例如保守的功能域)的候选物来实 施手动检查。可以通过定位SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的一级氨基酸序列内作为重复序列，形成一些二级结构(例如螺旋和β片层)，建立带正电荷或负电荷的结构域，或者代表 蛋白质基序或结构域的区域来鉴定保守区。参见例如万维网上于Sanger, ac. uk/Software/ Pfam/和pfam. janelia. org/的Pfam网站，其描述了多种蛋白质基序和结构域的共有序 列。在Pfam数据库上包括的信息的描述记载于Sonnhammer等，Nucl. Acids Res. ,26 320-322(1998) ；Sonnhammer 等，Proteins, 28 405-420 (1997)；及 Bateman 等，Nucl. Acids Res. ,27 :260-262(1999)。也可以通过比对来自紧密相关物种的相同或相关多肽的序列来 确定保守区。优选地，紧密相关物种来自同一科。在一些实施方案中，来自两种不同物种的 序列比对是足够的。通常，展现出至少约40%氨基酸序列同一性的多肽可用于鉴定保守区。相关多肽 的保守区展现出至少45%的氨基酸序列同一性(例如至少50%、至少60%、至少70%、至 少80 %、或至少90 %的氨基酸序列同一性)。在一些实施方案中，保守区展现出至少92 %、 94 %、96 %、98 %、或99 %的氨基酸序列同一性。
图1中提供了 SEQ ID NO 3中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能 同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1844057 (SEQ ID NO 7)、Ceres ANNOT ID No. 1469148 (SEQ ID N0:22)、公共 GI ID No. 18390998 (SEQ ID NO :25)、Ceres 克隆 ID No. 1065656 (SEQ ID NO :32)、Ceres 克隆 ID No. 1652677 (SEQ ID N0:36)、公共 GI ID No. 92874556 (SEQ ID NO: 49)、Ceres 克隆 ID No. 1329161 (SEQ ID NO 53)、Ceres 克隆 ID No. 1030378 (SEQ ID NO 55)、Ceres 克隆 ID No. 1413787 (SEQ ID N0:57)、和公共 GI ID No. 125543598 (SEQ ID NO: 60)。SEQ ID NO 3 的其它功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1793691 (SEQID NO 5)、Ceres 克隆 ID No. 1933784 (SEQ ID NO :9)、Ceres 克隆 ID No. 100030408 (SEQ ID N0:10)、Ceres 克隆 ID No. 1837059 (SEQ ID NO :12)、Ceres 克隆 ID No. 1793801 (SEQ ID NO :14)、Ceres 克隆 ID No. 1855480 (SEQ ID NO :16)、Ceres 克隆 ID No. 1915644 (SEQ ID NO :18)、Ceres 克隆 ID No. 1898104 (SEQ ID NO :20)、Ceres ANNOT ID No. 1464241 (SEQ ID N0:24)、公 共 GI ID No. 18697627 (SEQ ID NO :26)、Ceres 克隆 ID No. 9391 (SEQ ID NO :28)、Ceres 克隆 ID No. 111154 (SEQ ID NO :30)、Ceres 克隆 ID No. 973975 (SEQ ID NO 34)、Ceres 克 隆 ID No. 676695 (SEQ ID NO :38)、Ceres 克隆 ID No. 680331 (SEQ ID NO :40)、Ceres 克 隆 ID No. 654515 (SEQ ID NO :42)、Ceres 克隆 ID No. 626154 (SEQ ID NO :44)、Ceres 克 隆 ID No. 710603 (SEQ ID NO :46)、Ceres 克隆 ID No. 648076 (SEQ ID NO :48)、Ceres 克 隆 ID No. 749439 (SEQ ID NO :51)、Ceres 克隆 ID No. 295936 (SEQ ID N0:59)、公共 GI ID No. 125525139 (SEQ ID N0:61)、公共 GI ID No. 115452643 (SEQ ID N0:62)、公共 GI ID No.24059889 (SEQ ID NO 63),Ceres ANNOT ID No. 6012747(SEQ ID NO 65),Ceres ANNOT ID No. 6027628 (SEQ ID NO :67)，和鉴定为
图1的序列的功能同系物的序列，如序列表中所 列的。在一些情况中，SEQ ID NO :3的功能同系物具有与SEQ ID NO :3中所列的氨基酸 序列具有至少 40%序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图2中提供了 SEQ ID NO :70中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能 同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1975934 (SEQ ID NO :72)、Ceres ANNOT ID No. 1529913 (SEQ ID NO :80)、Ceres 克隆 ID No. 977794 (SEQ ID N0:93)、公共 GI ID No. 42362378 (SEQ ID N0:96)、公共 GI ID No. 23899378 (SEQ ID N0:99)、公共 GI ID No. 15963346 (SEQ ID NO:101)、公共 GI ID No. 15963344+B816(SEQ ID N0:102)、公共 GI ID No. 92429657 (SEQ ID NO 103)、Ceres 克隆 ID No. 746644 (SEQ ID NO 105)、Ceres 克隆 ID No. 623089 (SEQ ID NO :109)、Ceres 克隆 ID No. 1913678 (SEQ ID NO :115)、和公共GI ID No. 115450609 (SEQ ID NO 119) ο SEQ ID NO :70 的其它功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1835084 (SEQ ID NO: 74)、Ceres 克隆 ID No. 1846153 (SEQ ID NO 76)、Ceres 克隆 ID No. 1930884 (SEQ ID NO 78)、Ceres ANNOT ID No. 1493858 (SEQ ID NO :82)、Ceres ANNOT ID No. 1498646(SEQ ID NO 84) ,Ceres ANNOT ID No. 1440974 (SEQ ID NO :86)、Ceres 克隆 ID No. 1189183 (SEQ ID N0:88)、公共 GI ID No. 26450253 (SEQ ID N0:89)、公共 GI ID No. 15239719 (SEQ ID NO: 90)、公共 GI ID No. 15230194 (SEQ ID NO :91)、Ceres 克隆 ID No. 630905 (SEQ ID NO :95)、 公共 GI ID No. 42362389 (SEQ ID N0:97)、公共 GI ID No. 70906129 (SEQ ID N0:98)、公共 GI ID No. 23899381 (SEQ ID NO : 100)、Ceres 克隆 ID No. 298166 (SEQ ID NO : 107)、Ceres 克隆 ID No. 1448390 (SEQ ID NO : 111)、Ceres 克隆 ID No. 1734216 (SEQ ID NO: 113)、公共 GI ID No. 125542322 (SEQ ID NO: 116)、公共 GI ID No. 125532331 (SEQ ID NO: 117)、公共 GI ID No. 125541233 (SEQ ID NO: 118)、公共 GI ID No. 125584844 (SEQ ID NO: 120)、公共 GI ID No. 115482472 (SEQ ID N0:121)、公共 GI ID No. 125575112 (SEQ ID NO :122)、Ceres ANNOT ID No. 6003994(SEQ ID NO :124)、Ceres ANNOT ID No. 6068427(SEQ ID N0:126)、和 鉴定为图2的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID N0:70 的功能同系物具有与SEQ ID NO 70中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99% 序列同一性的氨基酸序列。 图3中提供了 SEQ ID NO 129中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功 能同系物包括公共 GI ID No. 34550779 (SEQ ID NO :133)、Ceres 克隆 ID No. 1932235 (SEQ ID NO :137)、Ceres 克隆 ID No. 981738 (SEQ ID NO :201)、Ceres 克隆 ID No. 565974 (SEQ ID N0:209)、公共 GI ID No. 1352058 (SEQ ID N0:231)、公共 GI ID No. 11131101 (SEQ ID N0: 234)、公共GI ID No. 4887018 (SEQ ID N0:236)、公共GI ID No. 4887018 (SEQ ID NO :236)、 Ceres 克隆 ID No. 644455 (SEQ ID NO 247) ,Ceres 克隆 ID No. 1731500 (SEQ ID NO 270)、 公共 GI ID No. 20269063 (SEQ ID N0:300)、公共 GI ID No. 50404477 (SEQ ID NO 302)、和 公共GI ID No. 62125392 (SEQ ID NO :303)。SEQ ID NO :129的其它功能同系物包括公共 GI ID No. 32396293 (SEQ ID N0:130)、公共 GI ID No. 32396299 (SEQ ID N0:131)、公共 GI ID No. 32396295 (SEQ ID NO 132)、Ceres 克隆 ID No. 1855369 (SEQ ID NO 135)、Ceres 克 隆 ID No. 1948456 (SEQ ID NO :139)、Ceres 克隆 ID No. 1920182 (SEQ ID NO :141)、Ceres 克隆 ID No. 1835797 (SEQ ID NO :143)、Ceres 克隆 ID No. 1794204 (SEQ ID NO 145)、Ceres 克隆 ID No. 1853542 (SEQ ID NO 147)、Ceres 克隆 ID No. 1838776 (SEQ IDNO 149)、Ceres 克隆 ID No. 1854675 (SEQ ID NO :151)、Ceres 克隆 ID No. 1833078 (SEQ ID NO 153)、Ceres 克隆 ID No. 1850667 (SEQ ID NO 155)、Ceres 克隆 ID No. 1918745 (SEQ ID NO 157)、Ceres 克隆 ID No. 1929487 (SEQ ID NO 159)、Ceres ANNOT ID No. 1497918 (SEQ ID N0:161)、 Ceres ANNOT ID No. 1459563(SEQ ID NO 163) ,Ceres ANNOT ID No. 1452610(SEQ ID NO 165)、Ceres ANNOT ID No. 1496539 (SEQ ID NO : 167)、Ceres ANNOT ID No. 1498819 (SEQ ID NO :169)、Ceres ANNOT ID No. 1446583 (SEQ ID NO : 171)、Ceres ANNOT IDNo. 1535123(SEQ ID NO 173),Ceres ANNOT ID No. 1463397(SEQ ID NO 175),Ceres ANNOT ID No. 1499563 (SEQ ID NO 177)、Ceres ANNOT ID No. 1495753 (SEQ ID NO 179)、Ceres ANNOT ID No. 1488767 (SEQ ID NO 181)、Ceres ANNOT ID No. 1522920 (SEQ ID NO: 185)、 Ceres ANNOT ID No. 1469532 (SEQ ID N0:187)、公共GI ID No. 15219692 (SEQ ID N0:188)、 公共 GI ID No. 18420964 (SEQ ID NO : 189)、Ceres 克隆 ID No. 1342080 (SEQ ID NO: 191)、 Ceres 克隆 ID No. 123105 (SEQ ID NO : 193)、Ceres 克隆 ID No. 32727 (SEQ ID NO: 195)、 Ceres 克隆 ID No. 41161 (SEQ ID NO : 197)、Ceres 克隆 ID No. 37274 (SEQ ID NO: 199)、 Ceres 克隆 ID No. 538020 (SEQ ID NO :203)、Ceres 克隆 ID No. 476244 (SEQ ID NO :205)、 Ceres 克隆 ID No. 1623662 (SEQ ID NO :207)、Ceres 克隆 ID No. 626817 (SEQ ID N0:211)、 Ceres 克隆 ID No. 537469 (SEQ ID NO :213)、Ceres 克隆 ID No. 582463 (SEQ ID NO :215)、 Ceres 克隆 ID No. 1069818 (SEQ ID NO :217)、Ceres 克隆 ID No. 511737 (SEQ ID NO :219)、 Ceres 克隆 ID No. 565422 (SEQ ID NO :221)、Ceres 克隆 ID No. 514595 (SEQ ID NO 223)、 Ceres 克隆 ID No. 566396 (SEQ ID NO :225)、Ceres 克隆 ID No. 612705 (SEQ ID NO :227)、 Ceres 克隆 ID No. 564134 (SEQ ID N0:229)、公共 GI ID No. 92872146 (SEQ ID NO :230)、 公共 GI ID No. 11131103 (SEQ ID N0:232)、公共 GI ID No. 416641 (SEQ ID N0:233)、公共 GI ID No. 11131105 (SEQ ID N0:235)、公共 GI ID No. 4887016 (SEQ ID N0:237)、公共 GI ID No. 4887022 (SEQ ID N0:238)、公共 GI ID No. 81074526 (SEQ ID NO :239)、Ceres 克隆 ID No. 742023 (SEQ ID NO 241)、Ceres 克隆 ID No. 576268 (SEQ ID NO 243)、Ceres 克隆 ID No. 615386 (SEQ ID NO :245)、Ceres 克隆 ID No. 756966 (SEQ ID NO :249)、Ceres 克隆 ID No. 1052710 (SEQ ID NO :251)、Ceres 克隆 ID No. 697018 (SEQ ID NO :253)、Ceres 克隆 ID No. 618577 (SEQ ID NO :255)、Ceres 克隆 ID No. 935194 (SEQ ID NO :257)、Ceres 克隆 ID No. 1557429 (SEQ ID NO :259)、Ceres 克隆 ID No. 305337 (SEQ ID NO :261)、Ceres 克隆 ID No. 100872943 (SEQ ID NO :262)、Ceres 克隆 ID No. 305454 (SEQ ID NO :264)、Ceres 克 隆 ID No. 1534670 (SEQ ID NO :266)、Ceres 克隆 ID No. 207963 (SEQ ID N0:268)、公共 GI ID No. 20257219 (SEQ ID NO :271)、Ceres 克隆 ID No. 1876818 (SEQ ID NO :273)、Ceres 克 隆 ID No. 1817533 (SEQ ID NO 275)、Ceres 克隆 ID No. 1958631 (SEQ ID NO 277)、Ceres 克隆 ID No. 1963215 (SEQ ID NO :279)、Ceres 克隆 ID No. 1770022 (SEQ ID NO :281)、Ceres 克隆 ID No. 1796223 (SEQ ID NO :283)、Ceres 克隆 ID No. 2016695 (SEQ ID NO :285)、Ceres 克隆 ID No. 1757085 (SEQ ID NO :287)、Ceres 克隆 ID No. 1769256 (SEQ ID NO :289)、Ceres 克隆 ID No. 1994871 (SEQ ID N0:291)、公共 GI ID No. 17154533 (SEQ ID N0:292)、公共 GI ID No. 125557426 (SEQ ID N0:293)、公共 GI ID No. 125524736 (SEQ ID N0:294)、公共 GI ID No. 125527656 (SEQ ID N0:295)、公共 GI ID No. 125599342 (SEQ ID N0:296)、公共 GI ID No. 125569626 (SEQ ID N0:297)、公共 GI ID No. 115465401 (SEQ ID N0:298)、公共 GI ID No. 40539038 (SEQ ID N0:299)、公共 GI ID No. 20269059 (SEQ ID N0:301)、公共 GI ID No. 110826446(SEQ ID NO :304)、Ceres ANNOT ID No. 6029073(SEQ ID NO :306)、Ceres ANNOT IDNo. 6011329 (SEQ ID NO :308)、Ceres ANNOT ID No. 6034498 (SEQ ID NO :310)、 Ceres ANNOT ID No. 6095057(SEQ ID NO :312)、Ceres ANNOT ID No. 6095058(SEQ ID NO: 314)，和鉴定为图3的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO 129的功能同系物具有与SEQ ID NO 129中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一
47性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、 或99 %序列同一性的氨基酸序列。图4中提供了 SEQ ID NO :317中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此 类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1842125 (SEQ ID NO 319)、Ceres ANNOT ID No. 1461360 (SEQ ID NO :321)、Ceres 克隆 ID No. 480906 (SEQ ID N0:327)、公共 GI ID No. 92889352 (SEQ ID NO :330)、和公共 GI ID No. 56201850 (SEQ ID NO :330)。SEQ ID NO: 317 的其它功能同系物包括 Ceres ANNOT ID No. 1440334 (SEQ ID NO :323)、Ceres ANNOT ID No. 1493205 (SEQ ID NO :325)、Ceres 克隆 ID No. 482270 (SEQ ID N0:329)、公共 GI ID No. 125571531 (SEQ ID NO :332)、Ceres ANNOT ID No. 6042411 (SEQ ID NO :334)、和鉴定为 图4的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID N0:317的 功能同系物具有与SEQ ID NO :317中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99% 序列同一性的氨基酸序列。图5中提供了 SEQ ID NO 337中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功 能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 952050 (SEQ ID N0:339)、公共 GI ID No. 115477050 (SEQ ID N0:349)、公共 GI ID No. 87162911 (SEQ ID NO :355)、Ceres 克隆 ID No. 1790901 (SEQ ID NO 357) ,Ceres 克隆 ID No. 1460088 (SEQ ID NO 370) ,Ceres 克隆 ID No. 1734065 (SEQ ID NO :393)、Ceres 克隆 ID No. 473509 (SEQ ID NO :395)、Ceres 克隆 ID No. 849918 (SEQ ID NO 401)、Ceres 克隆 ID No. 633470 (SEQ ID NO 409)、Ceres 克隆 ID No. 1808334 (SEQ ID NO :417) JPCeres ANNOT ID No. 1525600 (SEQ ID N0:437)。SEQ ID N0:337 的其它功能同 系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1265097 (SEQ ID NO :341)、Ceres 克隆 ID No. 942980 (SEQ ID N0:343)、公共 GI ID No. 37901055 (SEQ ID NO :344)、Ceres 克隆 ID No. 1609912 (SEQ ID NO 346)、公共GI ID No. 76446335(SEQ ID NO 347)、公共GI ID No. 125560204(SEQ ID NO 348)、公共 GI ID No. 125303087 (SEQ ID N0:350)、公共 GI ID No. 115460088 (SEQ ID N0: 351)、公共 GI ID No. 125591385 (SEQ ID N0:352)、公共 GI ID No. 115447931 (SEQ ID N0: 353)、公共 GI ID No. 92893514 (SEQ ID NO :354)、Ceres 克隆 ID No. 2019320 (SEQ ID N0: 359)、Ceres 克隆 ID No. 1890013 (SEQ ID N0:361)、公共 GI ID No. 20340241 (SEQ ID NO: 362)、Ceres 克隆 ID No. 25801 (SEQ ID N0:364)、公共GI ID No. 9743343 (SEQ ID NO :365)、 公共 GI ID No. 15238072 (SEQ ID N0:366)、公共 GI ID No. 15222553 (SEQ ID N0:367)、公 共GI ID No. 21554155 (SEQ ID NO :368)、Ceres 克隆 ID No. 374439 (SEQ ID NO :372)、Ceres 克隆 ID No. 1465572 (SEQ ID NO :374)、Ceres 克隆 ID No. 1565524 (SEQ ID NO :376)、Ceres 克隆 ID No. 322302 (SEQ ID NO :378)、Ceres 克隆 ID No. 101136485 (SEQ ID NO 379),Ceres 克隆 ID No. 1376133 (SEQ ID NO :381)、Ceres 克隆 ID No. 1374381 (SEQ ID NO :383)、Ceres 克隆 IDNo. 1566473 (SEQ ID NO 385)、Ceres 克隆 ID No. 318088 (SEQ ID NO 387)、Ceres 克隆 ID No. 1452604 (SEQ ID NO :389)、Ceres 克隆 ID No. 337906 (SEQ ID NO :391)、Ceres 克隆 ID No. 1662513 (SEQ ID NO :397)、Ceres 克隆 ID No. 1662527 (SEQ ID NO :399)、Ceres 克隆 ID No. 571184 (SEQ ID NO :403)、Ceres 克隆 ID No. 665689 (SEQ ID NO :405)、Ceres 克 隆 ID No. 1365853 (SEQ ID NO :407)、Ceres 克隆 ID No. 1052457 (SEQ ID NO :411)、Ceres 克 隆 ID No. 579918 (SEQ ID NO :413)、Ceres 克隆 ID No. 863299 (SEQ ID NO :415)、Ceres 克隆ID No. 1855611 (SEQ ID NO :419)、Ceres 克隆 ID No. 1845975 (SEQ ID NO :421)、Ceres 克隆 ID No. 1808298 (SEQ ID NO :423)、Ceres 克隆 ID No. 1841236 (SEQ ID NO :425)、Ceres 克隆 ID No. 1808269 (SEQ ID NO :427)、Ceres 克隆 ID No. 1850628 (SEQ ID NO :429)、Ceres 克隆 ID No. 1846911 (SEQ ID NO :431)、Ceres 克隆 ID No. 1916014 (SEQ ID NO :433)、Ceres 克 隆ID No. 1842594(SEQ ID NO 435),Ceres ANNOT ID No. 1472192(SEQ ID NO 439),Ceres ANNOT ID No. 1447489 (SEQ ID NO :441)、Ceres ANNOT ID No. 1513000 (SEQ ID NO :443)、 Ceres ANNOT ID No. 1438658(SEQ ID NO 445)、Ceres ANNOT ID No. 1497255(SEQ ID NO 447),Ceres ANNOT ID No. 6092104(SEQ ID NO :449)、Ceres ANNOT ID No. 6041700(SEQ ID NO :451)、Ceres ANNOT ID No. 6007297 (SEQ ID NO :453)、和鉴定为图 5 的序列的功能同系 物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO :337的功能同系物具有与SEQ ID NO 337中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、 65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性的氨基酸序列。
图6中提供了 SEQ ID NO 456中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功 能同系物包括公共 GI ID No. 58430585 (SEQ ID NO :457)、Ceres 克隆 ID No. 1842825 (SEQ ID NO 466) ,Ceres ANNOT ID No. 1449721 (SEQ ID N0:474)、公共GI ID No. 41323978 (SEQ ID N0:475)、公共 GI ID No. 2895186 (SEQ ID N0:478)、公共 GI ID No. 22854950 (SEQ ID N0:481)、公共 GI ID No. 116010474 (SEQ ID N0:485)、公共 GI ID No. 4091804 (SEQ ID NO:
488)、公共GIIDNo.60459257(SEQIDNO494)、公共GIIDNo. 45544881(SEQIDNO496)、公共GIIDNo.36789802 (SEQIDNO498)、公共GIIDNo.92875402 (SEQIDNO508)、公共GIIDNo.118406898(SEQIDNO 510)、,公共GIIDNo.107770485(SEQIDNO511)、公共GIIDNo.21655154 (SEQIDNO532)、公共GIIDNo.90657642(SEQIDNO
536)、和 Ceres 克隆 ID No. 1569555 (SEQ ID N0:1842)。SEQ ID NO :456 的其它同系物包 括公共 GI ID No. 66841018 (SEQ ID N0:458)、公共 GI ID No. 66841020 (SEQ ID NO :459)、 公共 GI ID No. 108859343 (SEQ ID NO :460)、Ceres 克隆 ID No. 1937613 (SEQ ID NO :462)、 Ceres 克隆 ID No. 1834027 (SEQ ID NO :464)、Ceres ANNOT ID No. 1477832 (SEQ ID NO: 468),Ceres ANNOT ID No. 1482536(SEQ ID NO :470)、Ceres ANNOT ID No. 1478227(SEQ ID NO 472)、Ceres 克隆 ID No. 19906 (SEQ ID NO 478)、公共 GI ID No. 2895184 (SEQ ID NO 479)、公共GI ID No. 2895188 (SEQ ID N0:480)、公共 GI ID No. 11037313 (SEQ ID NO :482)、 公共 GI ID No. 22854908 (SEQ ID N0:483)、公共 GI ID No. 40787165 (SEQ ID N0:484)、公 共 GI ID No. 116010475 (SEQ ID N0:486)、公共 GI ID No. 3341723 (SEQ ID N0:487)、公共 GI ID No. 4091806 (SEQ ID NO :489)、Ceres 克隆 ID No. 523203 (SEQ ID NO :491)、Ceres 克隆 ID No. 463157 (SEQ ID N0:493)、公共 GI ID No. 61611678 (SEQ ID N0:495)、公共 GI ID No. 45544887 (SEQ ID N0:497)、公共 GI ID No. 36789793 (SEQ ID NO :481)、Ceres 克 隆 ID No. 907473 (SEQ ID NO :501)、Ceres 克隆 ID No. 1674443 (SEQ ID NO :503)、Ceres 克隆 ID No. 1559496 (SEQ ID NO :505)、Ceres 克隆 ID No. 530984 (SEQ ID N0:507)、公共 GI ID No. 61611682 (SEQ ID N0:509)、公共 GI ID No. 36789785 (SEQ ID NO :512)、Ceres 克隆 ID No. 702632 (SEQ ID N0:514)、公共 GI ID No. 61657299 (SEQ ID N0:515)、公共 GI ID No. 10946337 (SEQ ID NO :516)、Ceres 克隆 ID No. 1996408 (SEQ ID NO :518)、Ceres 克 隆 ID No. 1725313 (SEQ ID N0:520)、公共 GI ID No. 78058606 (SEQ ID N0:521)、公共 GIIDNo.125538317 (SEQID NO :522)、公共 GIID No. 125556324(SEQIDNO523)、公共GIIDNo.125548890(SEQID NO 524)、公共 GIID No. 93211100(SEQIDNO525)、公共GIIDNo.115444217(SEQID NO :526)、公共 GIID No. 115467558(SEQIDNO527)、公共GIIDNo.11094209 (SEQID NO 528)、公共 GIID No. 125596830(SEQIDNO529)、公共GIIDNo.115469296(SEQID NO 530)、公共 GIID No. 115447239(SEQIDNO531)、公共GIID No. 21667485 (SEQ ID N0:533)、公共 GI ID No. 21667475 (SEQ ID NO:534)、公共 GI ID
No. 21655158 (SEQ ID NO :535)、和鉴定为图6的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列 的。在一些情况中，SEQ ID NO 456的功能同系物具有与SEQ ID NO 456中所列的氨基酸 序列具有至少 40%序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图7中提供了 SEQ ID NO 634中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功 能同系物包括公共GI ID No. 98961985 (SEQ ID NO :637)。SEQ ID NO :634的其它功能同系 物包括 Ceres 克隆 ID No. 1916112 (SEQ ID N0:636)、公共 GI ID No. 9369405 (SEQ ID NO: 638)、公共 GI ID No. 9369406 (SEQ ID NO :639)、Ceres 克隆 ID No. 1238706 (SEQ ID NO: 641)、和鉴定为图7的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO 634的功能同系物具有与SEQ ID NO 634中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一 性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、 或99 %序列同一性的氨基酸序列。图8中提供了 SEQ ID NO :644中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此 类功能同系物包括 SEQ ID NO :645、Ceres 克隆 ID No. 1849479 (SEQ ID N0:767)、公共 GI ID No. 89275008 (SEQ ID N0:796)、公共 GI ID No. 120400525 (SEQ ID NO 797)、公 共 GI ID No. 98980426 (SEQ ID N0:804)、公共 GI ID No. 71983373 (SEQ ID N0:808)、公 共 GI ID No. 41351817 (SEQ ID N0:809)、公共 GI ID No. 76446191 (SEQ ID N0:811)、公 共 GI ID No. 5616086 (SEQ ID NO :813)、Ceres 克隆 ID No. 1052602 (SEQ ID N0:826)、公 共 GI ID No. 72068957 (SEQ ID N0:830)、公共 GI ID No. 71534113 (SEQ ID N0:831)、公共 GI ID No. 37147896 (SEQ ID N0:832)、公共 GI ID No. 92918850 (SEQ ID N0:834)、公共 GI ID No. 40647095 (SEQ ID NO :835)、Ceres ANNOT ID No. 1527711 (SEQ ID N0:837)、公共 GI ID No. 71041116 (SEQ ID N0:838)、公共 GI ID No. 12003384 (SEQ ID N0:839)、公共 GI ID No. 18535580 (SEQ ID NO :840)、和公共 GI ID No. 115353971 (SEQ ID NO 1843)。SEQ ID NO :644 的其它功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 991178 (SEQ ID NO :647)、Ceres 克隆 ID No. 1626038 (SEQ ID NO :649)、Ceres 克隆 ID No. 341615 (SEQ ID NO :651)、Ceres 克隆 ID No. 1832518 (SEQ ID NO :653)、Ceres 克隆 ID No. 1832588 (SEQ ID NO :655)、Ceres 克隆 ID No. 1936806 (SEQ ID NO :657)、Ceres 克隆 ID No. 973892 (SEQ ID NO :659)、Ceres 克隆 ID No. 565251 (SEQ ID NO :661)、Ceres 克隆 ID No. 681088 (SEQ ID NO :663)、Ceres 克隆 ID No. 707775 (SEQ ID NO :665)、Ceres 克隆 ID No. 453357 (SEQ ID NO :667)、Ceres 克隆 ID No. 1916958 (SEQ ID NO :669)、Ceres 克隆 ID No. 1940632 (SEQ ID NO :671)、Ceres 克隆 ID No. 476784 (SEQ ID NO :673)、Ceres 克隆 ID No. 1869284 (SEQ ID N0:675)、公共 GI ID No. 125540662 (SEQ ID NO :676)、Ceres 克隆 ID No. 1648272 (SEQ ID NO :678)、Ceres 克隆 ID No. 1987804 (SEQ ID NO 680)、Ceres 克隆 ID No. 1675695 (SEQ ID NO 682)、Ceres 克隆 ID No. 1169111 (SEQ ID NO 684)、Ceres 克隆 ID No. 572121 (SEQ ID NO 686)、Ceres 克 隆ID No. 1674836(SEQ ID NO 688),Ceres ANNOT ID No. 1486207(SEQ ID NO 690),Ceres 克隆 ID No. 2023610 (SEQ ID NO :692)、Ceres ANNOT ID No. 1496976 (SEQ ID NO :694)、公 共 GI ID No. 116310031 (SEQ ID NO :695)、Ceres 克隆 ID No. 1626363 (SEQ ID NO :697)、 Ceres ANNOT ID No. 1483747(SEQ ID NO :699)、Ceres ANNOT ID No. 1471330(SEQ ID NO: 701)、Ceres 克隆 ID No. 101144964 (SEQ ID NO :702)、Ceres ANNOT ID No. 1439439 (SEQ ID NO 704) ,Ceres 克隆 ID No. 1446565 (SEQ ID NO :706)、Ceres 克隆 ID No. 1951962 (SEQ ID NO 708)、Ceres 克隆 ID No. 100960656 (SEQ ID NO 709)、Ceres 克隆 ID No. 285154 (SEQ ID N0:711)、公共GI ID No. 61968916 (SEQ ID N0:712)、公共GI ID No. 118026854 (SEQ ID N0:713)、公共 GI ID No. 63098612 (SEQ ID NO :714)、Ceres ANNOT ID No. 1522310 (SEQ ID NO 716)、Ceres 克隆 ID No. 1854375 (SEQ ID NO 718)、Ceres 克隆 ID No. 709819 (SEQ ID N0:720)、公共 GI ID No. 115447695 (SEQ ID NO :721)、Ceres 克隆 ID No. 1726356 (SEQ ID NO :723)、Ceres 克隆 ID No. 1762419 (SEQ ID N0:725)、公共 GI ID No. 63098606 (SEQ ID NO 726)、Ceres 克隆 ID No. 1766572 (SEQ ID NO 728)、Ceres 克隆 ID No. 281871 (SEQ ID NO 730) ,Ceres 克隆 ID No. 1560970 (SEQ ID NO :732)、Ceres 克隆 ID No. 1760747 (SEQ ID NO 734),Ceres ANNOT ID No. 1438772(SEQ ID NO :736)、Ceres ANNOT ID No. 1447378(SEQ ID NO 738) ,Ceres ANNOT ID No. 1453360 (SEQ ID N0:740)、公共GI ID No. 33637698 (SEQ ID N0:741)、公共 GI ID No. 118026860 (SEQ ID N0:742)、公共 GI ID No. 60116232 (SEQ ID N0:743)、公共 GI ID No. 115477639 (SEQ ID N0:744)、公共 GI ID No. 126567023 (SEQ IDNO :745)、Ceres 克隆 ID No. 988971 (SEQ ID NO :747)、Ceres 克隆 ID No. 1464521 (SEQ ID N0:749)、公共 GI ID No. 63098610 (SEQ ID N0:750)、公共 GI ID No. 126566972 (SEQ ID NO 751)、Ceres 克隆 ID No. 1556129 (SEQ ID NO 753)、Ceres 克隆 ID No. 1761385 (SEQ ID NO 755),Ceres ANNOT ID No. 1488325(SEQ ID NO :757)、Ceres ANNOT ID No. 1460483(SEQ ID NO :759)、Ceres 克隆 ID No. 1837825 (SEQ ID N0:761)、公共 GI ID No. 27228310 (SEQ ID N0:762)、公共 GI ID No. 117653881 (SEQ ID N0:763)、公共 GI ID No. 115480233 (SEQ ID N0:764)、公共 GI ID No. 37694048 (SEQ ID NO :765)、Ceres 克隆 ID No. 1934653 (SEQ ID NO 769) ,Ceres 克隆 ID No. 1608106 (SEQ ID NO 771) ,Ceres 克隆 ID No. 1604576 (SEQ ID N0:773)、公共 GI ID No. 55824656 (SEQ ID NO :774)、Ceres 克隆 ID No. 1620272 (SEQ ID NO :776)、Ceres 克隆 ID No. 1853170 (SEQ ID N0:778)、公共 GI ID No. 79013962 (SEQ ID N0:779)、公共 GI ID No. 98975385 (SEQ ID NO 780),Ceres ANNOT ID No. 1438775 (SEQ ID N0:782)、公共 GI ID No. 23495460 (SEQ ID N0:783)、公共 GI ID No. 98975377 (SEQ ID NO 784)、Ceres ANNOT ID No. 1438776 (SEQ ID NO 786)、Ceres 克隆 ID No. 1853601 (SEQ ID NO 788)、Ceres 克隆 ID No. 1609048 (SEQ ID NO 790)、Ceres 克隆 ID No. 322305 (SEQ ID NO :792)、Ceres 克隆 ID No. 1823713 (SEQ ID N0:794)、公共 GI ID No. 3660548 (SEQ ID N0:795)、公共 GI ID No. 56154991 (SEQ ID N0:798)、公共 GI ID No. 2980802 (SEQ ID N0:799)、公共 GI ID No. 7269398 (SEQ ID N0:800)、公共 GI ID No. 18416557 (SEQ ID NO: 801)、公共GI ID No. 56154992 (SEQ ID N0:802)、公共GI ID No. 4091984 (SEQ ID NO :803)、 公共 GI ID No. 1899058 (SEQ ID N0:805)、公共 GI ID No. 56154990 (SEQ ID N0:806)、公 共 GI ID No. 18416562 (SEQ ID N0:807)、公共 GI ID No. 38683266 (SEQ ID N0:810)、公
51共 GI ID No. 39983638 (SEQ ID N0:812)、公共 GI ID No. 38426954 (SEQ ID N0:814)、公 共 GI ID No. 38426948 (SEQ ID N0:815)、公共 GI ID No. 38146944 (SEQ ID N0:816)、公 共 GI ID No. 38426952 (SEQ ID N0:817)、公共 GI ID No. 20303011 (SEQ ID N0:818)、公共 GI ID No. 66269982 (SEQ ID N0:819)、公共 GI ID No. 89212816 (SEQ ID N0:820)、公共 GI ID No. 20303015 (SEQ ID N0:821)、公共 GI ID No. 38426950 (SEQ ID N0:822)、公共 GI ID No. 15242244 (SEQ ID N0:823)、公共 GI ID No. 116831599 (SEQ ID N0:824)、公共 GI ID No. 66269671 (SEQ ID NO 827),Ceres ANNOT ID No. 1468919 (SEQ ID N0:829)、公共 GI ID No. 57903606 (SEQ ID N0:833)、公共 GI ID No. 45826358 (SEQ ID NO :841)、Ceres ANNOT ID No. 6085912 (SEQ ID NO :843)、Ceres ANNOT ID No. 6026171 (SEQ ID NO :845)、Ceres ANNOT ID No. 6031706 (SEQ ID NO :847)、和鉴定为图8的序列的功能同系物的序列表，如序 列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO :644的功能同系物具有与SEQ ID NO :644中所 列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%, 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图9中提供了 SEQ ID NO :850中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此 类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1833093 (SEQ ID NO 853)、Ceres ANNOT ID No. 1502190 (SEQ ID NO :857)、Ceres 克隆 ID No. 565641 (SEQ ID N0:876)、公共 GI ID No. 87240507 (SEQ ID NO :877)、Ceres 克隆 ID No. 1325382 (SEQ ID NO :881)、Ceres 克隆 ID No. 1558265 (SEQ ID NO 885)、Ceres 克隆 ID No. 1823669 (SEQ ID NO 895)、和公共 GI ID No. 115464921 (SEQ ID NO :898)。SEQ ID NO :850 的其它功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 100040598 (SEQ ID NO 851)、Ceres 克隆 ID No. 1847967 (SEQ ID NO 855)、Ceres ANNOT ID No. 1449186 (SEQ ID NO :859)、Ceres ANNOT ID No. 1466723 (SEQ ID NO :861)、 公共 GI ID No. 21805688 (SEQ ID N0:862)、公共 GI ID No. 9795609 (SEQ ID N0:863)、公 共 GI ID No. 13877535 (SEQ ID N0:864)、公共 GI ID No. 15232547 (SEQ ID N0:865)、公共 GI ID No. 15238851 (SEQ ID NO :866)、Ceres 克隆 ID No. 123863 (SEQ ID NO :868)、Ceres 克隆 ID No. 652496 (SEQ ID NO :870)、Ceres 克隆 ID No. 1656707 (SEQ ID NO :872)、Ceres 克隆 ID No. 1660346 (SEQ ID NO :874)、Ceres 克隆 ID No. 678878 (SEQ ID NO :879)、Ceres 克隆 ID No. 340102 (SEQ ID NO 883)、Ceres 克隆 ID No. 330491 (SEQ ID NO 887)、Ceres 克隆 ID No. 992304 (SEQ ID NO :889)、Ceres 克隆 ID No. 1509925 (SEQ ID NO :891)、Ceres 克隆 ID No. 1543852 (SEQ ID NO :893)、Ceres 克隆 ID No. 1785736 (SEQ ID NO 897) ,Ceres ANNOT ID No. 6079909 (SEQ ID NO :900)、Ceres ANNOT ID No. 6040353 (SEQ ID NO :902)、 Ceres ANNOT ID No. 6100173 (SEQ ID NO :904)、和鉴定为图9的序列的功能同系物的序列 表，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO :850的功能同系物具有与SEQID NO 850 中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%, 70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性的氨基酸序列。
图10中提供了 SEQ ID NO :907中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1940797 (SEQ ID NO :909)、Ceres ANNOT ID No. 1538900 (SEQ ID NO :911)、Ceres 克隆 ID No. 1126868 (SEQ ID N0:922)、公共 GI ID No. 89257684 (SEQ ID N0:923)、公共 GI ID No. 124360460 (SEQ ID N0:929)、公共 GI ID No. 62865694 (SEQ ID N0:931)、公共 GI ID No. 62865692 (SEQ ID NO :932)、Ceres 克隆
52ID No. 260368 (SEQ ID NO :936)、Ceres 克隆 ID No. 1873510 (SEQ ID N0:947)、公共 GI ID No. 125541662 (SEQ ID N0:948)、公共 GI ID No. 48716268 (SEQ ID NO :950)、和公共 GI ID No. 62865696 (SEQ ID N0:1844)。SEQ ID NO :907 的其它功能同系物包括 Ceres ANNOT ID No. 1529131 (SEQ ID NO :913)、Ceres ANNOT ID No. 1454060 (SEQ ID NO :915)、Ceres ANNOT ID No. 1442787(SEQ ID NO :917)、Ceres ANNOT ID No. 1452648(SEQ ID N0:919)、公 共 GI ID No. 2245140 (SEQ ID N0:920)、公共 GI ID No. 89274212 (SEQ ID NO :924)、Ceres 克隆 ID No. 1104523 (SEQ ID NO :926)、Ceres 克隆 ID No. 654265 (SEQ ID N0:928)、公共 GI ID No. 42627704 (SEQ ID NO 930)、Ceres 克隆 ID No. 887222 (SEQ ID NO 934)、公共 GI ID No. 62865690 (SEQ ID N0:937)、公共 GI ID No. 64175600 (SEQ ID N0:938)、公共 GI ID No. 64175634 (SEQ ID N0:939)、公共 GI ID No. 64175606 (SEQ ID N0:940)、公共 GI ID No. 64175648 (SEQ ID NO :941)、Ceres 克隆 ID No. 312184 (SEQ ID NO :943)、Ceres 克隆 ID No. 380740 (SEQ ID N0:945)、公共 GI ID No. 125531536 (SEQ ID NO :949)、和鉴定为图 10 的 序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID N0:907的功能同系 物具有与SEQ ID NO :907中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、 56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性 的氨基酸序列。
图11中提供了 SEQ ID NO :953中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1798705 (SEQ ID NO :955)、Ceres ANNOT ID No. 1458907 (SEQ ID NO 963) ,Ceres 克隆 ID No. 1090409 (SEQ ID NO 971) ,Ceres 克隆 ID No. 479817 (SEQ ID NO 977)、Ceres 克隆 ID No. 1041793 (SEQ ID NO 979)、Ceres 克隆 ID No. 684633 (SEQ ID NO :985)、Ceres 克隆 ID No. 371815 (SEQ ID NO :991)、Ceres 克隆 ID No. 1686460 (SEQ ID NO 993)、Ceres 克隆 ID No. 1448595 (SEQ ID NO 995)、Ceres 克隆 ID No. 1734477 (SEQ ID NO 999)、Ceres 克隆 ID No. 1605693 (SEQ ID NO 1005)、Ceres 克隆 ID No. 1757400 (SEQ ID NO 1009)、和公共 GI ID No. 115434334 (SEQ ID N0:1015)。SEQ ID NO :953 的其它功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1793754 (SEQ ID NO :957)、Ceres 克隆 ID No. 1938045 (SEQ ID NO 959)、Ceres 克隆 ID No. 1850004 (SEQ ID NO 961)、Ceres ANNOT ID No. 1489548 (SEQ ID N0:965)、公共 GI ID No. 22329538 (SEQ ID N0:966)、公共 GI ID No. 18404714 (SEQ ID NO :967)、Ceres 克隆 ID No. 1110032 (SEQ ID NO :969)、Ceres 克隆 ID No. 1095353 (SEQ ID NO 973)、Ceres 克隆 ID No. 872121 (SEQ ID NO 975)、Ceres 克隆 ID No. 562208 (SEQ ID NO 981)、Ceres 克隆 ID No. 1042364 (SEQ ID NO 983)、Ceres 克隆 ID No. 1031873 (SEQ ID NO 987) ,Ceres 克隆 ID No. 1377698 (SEQ ID NO 989) ,Ceres 克隆 ID No. 1742945 (SEQ ID NO :997)、Ceres 克隆 ID No. 1742053 (SEQ ID NO 1001)、Ceres 克隆 ID No. 1728365 (SEQ ID NO 1003)、Ceres 克隆 ID No. 1609807 (SEQ ID NO 1007)、Ceres 克隆 ID No. 1778566 (SEQ ID NO 1011)、Ceres 克隆 ID No. 2020580 (SEQ ID NO 1013)、公共 GI ID No. 125524285 (SEQ ID NO :1014)、公共 GI ID No. 125568898 (SEQ ID NO :1016)、Ceres ANNOT ID No. 6055303 (SEQ ID NO :1018)、和鉴定为
图11的序列的功能同系物的序列，如序 列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO 953的功能同系物具有与SEQ ID NO 953中所 列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%, 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图12中提供了 SEQ ID NO :1024中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres ANNOT ID No. 1452905 (SEQ ID NO 1029)、Ceres 克隆 ID No. 956176 (SEQ ID NO 1039)、公共 GI ID No. 92870366 (SEQ ID NO 1040)、Ceres 克隆 ID No. 294166 (SEQ ID NO 1042)、和公共 GI ID No. 125543067 (SEQ ID N0:1043)。SEQ ID NO: 1024 的其它功能同系物包括 SEQ ID NO 1025、Ceres ANNOT ID No. 1442522 (SEQ ID NO: 1027)、公共 GI ID No. 8778818 (SEQ ID NO 1030)、Ceres 克隆 ID No. 108095 (SEQ ID NO: 1032)、公共 GI ID No. 18394821 (SEQ ID NO 1033)、Ceres 克隆 ID No. 6332 (SEQ ID NO: 1035)、Ceres 克隆 ID No. 1069047 (SEQ ID NO 1037)、公共 GI ID No. 115480956 (SEQ ID NO 1044)、和鉴定为
图12的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中， SEQ ID N0:1024的功能同系物具有与SEQ ID NO 1024中所列的氨基酸序列具有至少40% 序列同一'性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、 97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图13中提供了 SEQ ID NO :1047中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1837694(SEQ ID NO 1053)、Ceres ANNOT ID No. 1483367 (SEQ ID NO 1057)、Ceres 克隆 ID No. 1077781 (SEQ ID NO 1083)、Ceres 克隆 ID No. 471026 (SEQ ID NO 1085)、公共 GI ID No. 92888885 (SEQ ID NO 1099)、公共 GI ID No. 45544873 (SEQ ID NO 1100)、公共 GI ID No. 45758663 (SEQ ID NO 1101)、Ceres 克隆 ID No. 772927 (SEQ ID NO 1105)、Ceres 克隆 ID No. 895080 (SEQ ID NO 1111)、Ceres 克 隆 ID No. 1806128 (SEQ ID NO :1131)、公共 GI ID No. 115458192 (SEQ ID N0:1134)、和公共 GI ID No. 82470795 (SEQ ID N0:1139)。SEQ ID NO 1047 的其它功能同系物包括 Ceres 克 隆 ID No. 1837746 (SEQ ID NO :1049)、Ceres 克隆 ID No. 1834764 (SEQ ID NO 1051)、Ceres 克隆 ID No. 1853547 (SEQ ID NO :1055)、Ceres ANNOT ID No. 1474088 (SEQ ID NO :1059)、 Ceres ANNOT ID No. 1536919(SEQ ID NO 1061),Ceres ANNOT ID No. 1467033(SEQ ID NO 1063)、Ceres ANNOT ID No. 1485401(SEQ ID NO 1065)、Ceres ANNOT ID No. 1486505 (SEQ ID NO 1067)、公共 GI ID No. 17065054 (SEQ ID NO 1068)、公共 GI ID No. 30694690 (SEQ ID NO :1069)、Ceres 克隆 ID No. 12997 (SEQ ID NO 1071)、公共GI ID No. 30694694 (SEQ ID NO 1072)、公共 GI ID No. 42572167 (SEQ ID NO 1073)、公共 GI ID No. 110739742 (SEQ ID NO 1074)、公共 GI ID No. 18412263 (SEQ ID NO 1075)、Ceres 克隆 ID No. 36412 (SEQ ID NO 1077)、公共 GI ID No. 18399792 (SEQ ID NO 1078)、Ceres 克隆 ID No. 924 (SEQ ID N0: 1080)、公共GI ID No. 15238000 (SEQ ID NO 1081)、Ceres 克隆 ID No. 1626330 (SEQ ID N0: 1087)、Ceres 克隆 ID No. 1650419 (SEQ ID NO 1089)、Ceres 克隆 ID No. 1641329 (SEQ ID NO :1091)、Ceres 克隆 ID No. 1620406 (SEQ ID NO : 1093)、Ceres 克隆 ID No. 546832 (SEQ ID NO : 1095)、Ceres 克隆 ID No. 1243138 (SEQ ID NO : 1097)、公共 GI ID No. 92887260 (SEQID NO :1098)、Ceres 克隆 ID No. 885628 (SEQ ID NO : 1103)、Ceres 克隆 ID No. 1376391 (SEQ ID NO :1107)、Ceres 克隆 ID No. 465893 (SEQ ID NO :1109)、Ceres 克隆 ID No. 218243 (SEQ ID NO :1113)、Ceres 克隆 ID No. 1558456 (SEQ ID NO : 1115)、Ceres 克隆 ID No. 343008 (SEQ ID NO :1117)、Ceres 克隆 ID No. 218463 (SEQ ID NO : 1119)、Ceres 克隆 ID No. 1565409 (SEQ ID NO :1121)、Ceres 克隆 ID No. 1060968 (SEQ ID NO : 1123)、Ceres 克隆 ID No. 236111 (SEQ ID NO :1125)、Ceres 克隆 ID No. 285598 (SEQ ID NO :1127)、Ceres 克隆 ID No. 225881 (SEQ IDNO :1129)、Ceres 克隆 ID No. 1811383 (SEQ ID NO 1133)、公共 GI ID No. 49388268 (SEQ ID NO 1135)、公共 GI ID No. 125590268 (SEQ ID NO 1136)、公共 GI ID No. 115444009 (SEQ ID NO :1137)、公共GI ID No. 115447993 (SEQ ID NO 1138) ,Ceres ANNOT ID No. 6033842 (SEQ ID NO :1141)、Ceres ANNOT ID No. 6029952 (SEQ ID NO 1143)、Ceres ANNOT ID No. 6035837 (SEQ ID NO 1145)、Ceres ANNOT ID No. 6035830 (SEQ ID NO 1147)、Ceres ANNOT ID No. 6029981 (SEQ ID NO :1149)、和鉴定为
图13的序列的功能同系物的序列，如序 列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO :1047的功能同系物具有与SEQ ID N0:1047中所 列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%, 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。

图14中提供了 SEQ ID NO :1151中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1851526 (SEQ ID NO 1155)、Ceres ANNOT ID No. 1486769 (SEQ ID NO 1172)、公共 GI ID No. 83032232 (SEQ ID NO 1209)、Ceres 克隆 ID No. 1620420 (SEQ ID NO 1211)、公共 GI ID No. 92892428 (SEQ ID NO 1215)、Ceres 克隆 ID No. 884742 (SEQ ID NO 1223)、Ceres 克隆 ID No. 1821559 (SEQ ID NO 1246)、公共 GI ID No. 51535021 (SEQ ID NO 1258)、公共 GI ID No. 113205304 (SEQ ID NO 1263)、和公共 GI ID No. 37719051 (SEQ ID N0:1264)。SEQ ID NO :1151 的其它功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1918070 (SEQ ID NO :1153)、Ceres 克隆 ID No. 1948426 (SEQ ID NO :1157)、Ceres 克 隆 ID No. 1937875 (SEQ ID NO 1159)、Ceres 克隆 ID No. 100056542 (SEQ ID NO: 1160)、公 共 GI ID No. 5731257 (SEQ ID NO :1161)、Ceres 克隆 ID No. 100058043 (SEQ ID NO: 1162)、 Ceres 克隆 ID No. 1838288 (SEQ ID NO 1164)、Ceres 克隆 ID No. 1793597 (SEQ ID NO: 1166)、CeresANNOT ID No. 1543031 (SEQ ID NO : 1168)、Ceres ANNOT ID No. 1489643 (SEQ ID NO :1170)、Ceres ANNOT ID No. 1479721 (SEQ ID NO : 1174)、Ceres ANNOT ID No. 1449170 (SEQ ID NO : 1176)、Ceres ANNOT ID No. 1493696 (SEQ ID NO : 1178)、Ceres ANNOT ID No. 1543534(SEQ ID NO : 1180)、Ceres ANNOT ID No. 1440815(SEQ ID N0:1182)、 Ceres ANNOT ID No. 1490137(SEQ ID NO 1184),Ceres ANNOT ID No. 1451054(SEQ ID NO: 1186)、Ceres ANNOT ID No. 1456669(SEQ ID NO :1188)、Ceres ANNOT ID No. 1509865 (SEQ ID NO:1190)、Ceres ANNOT ID No. 1447910(SEQ ID NO : 1192)、Ceres ANNOT ID No.1471068(SEQ ID NO : 1194)、Ceres ANNOT ID No.1504118(SEQ ID NO : 1196)、Ceres 克 隆 ID No. 1343621 (SEQ ID NO : 1198)、公共 GI ID No. 15218305 (SEQ ID NO : 1199)、公共 GI ID No. 15219640 (SEQ ID NO : 1200)、公共 GI ID No. 18409345 (SEQ ID NO : 1201)、公共 GI ID No. 6522545 (SEQ ID NO :1202)、公共 GI ID No. 15237274 (SEQ ID NO :1203)、公共 GI ID No. 26452377 (SEQ ID NO : 1204)、Ceres 克隆 ID No. 33629 (SEQ ID NO :1206)、Ceres 克隆 ID No. 1064407 (SEQ ID NO : 1208)、Ceres 克隆 ID No. 1656310 (SEQ ID NO : 1213)、公共 GI ID No. 92885257 (SEQ ID NO : 1214)、公共 GI ID No. 92868571 (SEQ ID NO : 1216)、公共 GI ID No. 53689778 (SEQ ID NO :1217)、Ceres 克隆 ID No. 835598 (SEQ ID NO : 1219)、Ceres 克隆 ID No. 575649 (SEQ ID NO :1221)、Ceres 克隆 ID No. 376567 (SEQ ID NO : 1225)、Ceres 克隆 ID No. 1284191 (SEQ ID NO :1227)、Ceres 克隆 ID No. 367175 (SEQ ID NO : 1229)、Ceres 克隆 ID No. 100748296 (SEQ ID NO : 1230)、Ceres 克隆 ID No. 1597176 (SEQ ID NO :1232)、Ceres 克隆 ID No. 375636 (SEQ ID NO : 1234)、Ceres 克隆 ID No. 288123 (SEQ ID NO :1236)、Ceres 克隆
55ID No. 303582 (SEQ ID NO :1238)、Ceres 克隆 ID No. 1604759 (SEQ ID NO :1240)、Ceres 克隆 ID No. 1955192 (SEQ ID NO :1242)、Ceres 克隆 ID No. 2008687 (SEQ ID NO 1244)、Ceres 克 隆 ID No. 1995843 (SEQ ID NO 1248)、Ceres 克隆 ID No. 2008591 (SEQ ID NO 1250) ,Ceres 克隆 ID No. 2046826 (SEQ ID NO 1252)、Ceres 克隆 ID No. 1985573 (SEQ ID N0:1254)、公共 GI ID No. 125541129 (SEQ ID NO 1255)、公共 GI ID No. 125528922 (SEQ ID N0:1256)、公共 GI ID No. 115487590 (SEQ ID NO :1257)、公共 GI ID No. 115448671 (SEQ ID N0:1259)、公共 GI ID No. 125596564 (SEQ ID NO :1260)、公共 GI ID No. 125573161 (SEQ IDNO :1261)、公共 GI ID No. 48716463(SEQ ID NO 1262)、Ceres ANNOT ID No. 6054246(SEQ ID NO: 1266)、 Ceres ANNOT ID No. 6086570(SEQ ID NO :1268)、Ceres ANNOT ID No. 6024957(SEQ ID NO: 1270),Ceres ANNOT ID No. 6016867(SEQ ID NO :1272)、Ceres ANNOT ID No. 6091369(SEQ ID NO :1274)、和鉴定为
图14的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情 况中，SEQ ID N0:1151的功能同系物具有与SEQ ID NO 1151中所列的氨基酸序列具有至 少 40%序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、 95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图15中提供了 SEQ ID NO :1277中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1926352 (SEQ ID NO 1279)、Ceres ANNOT ID No. 1448905 (SEQ ID NO 1285)、公共 GI ID No. 15236865 (SEQ ID NO 1294)、Ceres 克隆 ID No. 934771 (SEQ ID NO 1301)、Ceres 克隆 ID No. 338386 (SEQ ID NO 1303)、Ceres 克 隆 ID No. 1780691 (SEQ ID NO 1317)、和公共 GI ID No. 115464819 (SEQ ID N0:1326)。SEQ ID NO :1277 的其它功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1848576 (SEQ ID NO 1281)、Ceres 克隆 ID No. 1981528 (SEQ ID NO :1283)、Ceres ANNOT ID No. 1465978 (SEQ ID NO :1287)、 Ceres ANNOT ID No. 1504997(SEQ ID NO 1289),Ceres ANNOT ID No. 1451909(SEQ ID NO 1291)、Ceres ANNOT ID No. 1461635 (SEQ ID NO :1293)、公共 GI ID No. 18397400 (SEQ ID NO 1295)、Ceres 克隆 ID No. 16226 (SEQ ID NO 1297)、公共 GI ID No. 18411823 (SEQ ID NO :1298)、公共 GI ID No. 15219845 (SEQ ID NO 1299)、Ceres 克隆 ID No. 1276710 (SEQ ID NO :1305)、Ceres 克隆 ID No. 1479310 (SEQ ID NO 1307)、Ceres 克隆 ID No. 376230 (SEQ ID NO :1309)、Ceres 克隆 ID No. 1290713 (SEQ ID NO 1311)、Ceres 克隆 ID No. 321681 (SEQ ID NO 1313)、Ceres 克隆 ID No. 1869072 (SEQ ID NO 1315)、Ceres 克隆 ID No. 1818502 (SEQ ID NO :1319)、Ceres 克隆 ID No. 1750477 (SEQ ID NO :1321)、公共GI ID No. 125552947 (SEQ ID NO :1322)、公共 GI ID No. 125527862 (SEQ ID NO :1323)、公共 GI ID No. 125543660 (SEQ ID NO :1324)、公共 GI ID No. 125528123 (SEQ ID NO :1325)、公共 GI ID No. 115440195 (SEQ ID NO :1327)、公共 GI ID No. 115452717 (SEQ ID NO 1328)、公共 GI ID No. 115440629 (SEQ ID NO 1329)、公共 GI ID No. 115464599 (SEQ ID NO 1330)、公共 GI ID No. 20161462 (SEQ ID NO :1331)、公共 GI ID No. 125586076 (SEQ ID NO 1332)、Ceres 克隆 ID No. 1823216 (SEQ ID NO :1334)、Ceres ANNOT ID No. 6040230(SEQ ID NO 1336)、Ceres ANNOT ID No. 6015489 (SEQ ID NO 1338)、Ceres ANNOT ID No. 6042890 (SEQ ID NO 1340)、Ceres ANNOT ID No. 6040033(SEQ ID NO 1342)、Ceres ANNOT ID No. 6018414(SEQ ID N0:1344)、 和鉴定为
图15的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID N0 1277的功能同系物具有与SEQ ID NO 1277中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、 或99 %序列同一性的氨基酸序列。
图16中提供了 SEQ ID NO 1347中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序 列。此类功能同系物包括Ceres克隆ID No. 285028 (SEQ ID NO 1419)、Ceres克隆ID No. 100969565 (SEQ ID NO :1422)、公共 GI ID No. 1352057 (SEQ ID NO 1427)、Ceres ANNOT ID No. 1453784 (SEQ ID NO :1429)、公共GI ID No. 452777 (SEQ ID NO :1430)、和公共GI ID No. 92873297 (SEQ ID N0:1431)。SEQ ID NO : 1347 的其它功能同系物包括 Ceres ANNOT ID No. 1452612 (SEQ ID NO : 1349)、Ceres 克隆 ID No. 520455 (SEQ ID NO : 1351)、公共 GI ID No. 75271810 (SEQ ID NO : 1352)、公共 GI ID No. 115489446 (SEQ ID NO : 1353)、Ceres 克 隆 ID No. 499878(SEQ ID NO : 1355)、Ceres ANNOT ID No. 1491840(SEQ ID N0:1357)、公 共 GI ID No. 125587204 (SEQ ID NO : 1358)、Ceres 克隆 ID No. 320997 (SEQ ID NO: 1360)、 Ceres ANNOT ID No. 1455585(SEQ ID NO :1362)、Ceres ANNOT ID No. 1499460(SEQ ID NO 1364)、Ceres 克隆 ID No. 334484 (SEQ ID NO : 1366)、Ceres 克隆 ID No. 100819481 (SEQ ID NO :1367)、公共GI ID No. 115462401 (SEQ ID NO : 1368)、Ceres 克隆 ID No. 1448136 (SEQ ID NO :1370)、Ceres 克隆 ID No. 277751 (SEQ ID NO :1372)、Ceres ANNOT ID No. 1491839 (SEQ ID NO :1374)、Ceres 克隆 ID No. 100913241 (SEQ ID NO : 1375)、Ceres 克隆 ID No. 1053224 (SEQ ID NO : 1377)、Ceres 克隆 ID No. 425766 (SEQ ID NO :1379)、Ceres 克隆 ID No. 485480 (SEQ ID NO : 1381)、Ceres 克隆 ID No. 474845 (SEQ ID NO : 1383)、Ceres 克隆 ID No. 354561 (SEQ ID NO : 1385)、Ceres 克隆 ID No. 540858 (SEQ ID NO :1387)、Ceres 克隆 ID No. 2032994 (SEQ ID NO : 1389)、Ceres 克隆 ID No. 2015315 (SEQID NO : 1391)、Ceres 克隆 ID No. 2016149 (SEQ ID NO :1393)、Ceres 克隆 ID No. 1922843 (SEQ ID NO :1395)、Ceres 克隆 ID No. 2000263 (SEQ ID NO :1397)、Ceres 克隆 ID No. 1943510 (SEQ ID NO :1399)、Ceres 克隆 ID No. 1835498 (SEQ ID NO : 1401)、Ceres 克隆 ID No. 101116694 (SEQ ID NO : 1402)、Ceres 克隆 ID No. 1930596 (SEQ ID NO :1404)、Ceres 克隆 ID No. 846036 (SEQ ID NO : 1406)、Ceres 克隆 ID No. 941614 (SEQ ID NO : 1408)、Ceres 克隆 ID No. 238788 (SEQ ID NO : 1410)、公共 GI ID No. 125554220 (SEQ ID NO :1411)、公共 GI ID No. 125559895 (SEQ ID NO :1412)、公共 GI ID No. 75252070 (SEQ ID NO : 1413)、公共 GI ID No. 115466632 (SEQ ID NO : 1414)、公共 GI ID No. 125541525 (SEQ ID NO : 1415)、Ceres 克隆 ID No. 1805110 (SEQ ID NO : 1417)、Ceres 克隆 ID No. 1725309 (SEQ ID NO : 1421)、Ceres 克隆 ID No. 100861679 (SEQ ID NO :1423)、公共GI ID No. 75226278 (SEQ ID NO : 1424)、公共 GI ID No. 125525030 (SEQ ID NO : 1425)、公共 GI ID No. 115435474 (SEQ ID NO : 1426)、Ceres 克隆 ID No. 1728516 (SEQ ID NO :1433)、公共GI ID No. 115467910 (SEQ ID NO : 1434)、公共 GI ID No. 15239950 (SEQ ID NO : 1435)、公共 GI ID No. 4887012 (SEQ ID NO : 1436)、Ceres ANNOT ID No. 1478544 (SEQ ID NO : 1438)、公共 GI ID No. 90811713 (SEQ ID NO : 1439)、公共 GI ID No. 25989504 (SEQ ID NO : 1440)、Ceres 克 隆 ID No. 1113354 (SEQ ID NO :1442)、Ceres 克隆 ID No. 1113630 (SEQ ID NO : 1444)、Ceres ANNOT ID No. 6072030(SEQ ID NO:1446)、Ceres ANNOT ID No. 6025654(SEQ ID N0:1448)、 Ceres ANNOT ID No. 6091150(SEQ ID NO : 1450)、Ceres ANNOT ID No. 6100390(SEQ ID NO: 1452)、和鉴定为
图16的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO 1347的功能同系物具有与SEQ ID NO :1347中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、 98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图17中提供了 SEQ ID NO :1457中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1924904(SEQ ID NO 1460)、Ceres ANNOT ID No. 1543346 (SEQ ID NO 1462)、公共 GI ID No. 18396338 (SEQ ID NO 1467)、Ceres 克 隆 ID No. 833872 (SEQ ID NO 1471)、Ceres 克隆 ID No. 1579587 (SEQ ID NO: 1475)、 Ceres 克隆 ID No. 1786411 (SEQ ID NO 1477)、和公共 GI ID No. 108864370 (SEQ ID NO: 1480)。SEQ ID NO : 1457 的其它功能同系物包括 SEQ ID NO 1458、Ceres ANNOT ID No. 1532932 (SEQ ID NO : 1464)、Ceres ANNOT ID No. 1489955 (SEQ ID NO : 1466)、公共 GI ID No. 4928917 (SEQ ID NO : 1468)、公共 GI ID No. 6728979 (SEQ ID NO : 1469)、Ceres 克隆 ID No. 285780 (SEQ ID NO : 1473)、公共 GI ID No. 125528863 (SEQ ID NO : 1478)、公共 GI ID No. 125536365 (SEQ ID NO :1479)、公共 GI ID No. 108864369 (SEQ ID NO :1481)、公共 GI ID No. 115488274(SEQ ID NO :1482)、公共GI ID No. 125577099(SEQ ID NO : 1483)、公共GI ID No. 125573110 (SEQ ID NO :1484)、公共 GI ID No. 124359159 (SEQ ID NO :1485)、公共 GI ID No. 62901479 (SEQ ID NO : 1486)、Ceres ANNOT ID No. 6016783 (SEQ ID NO : 1488)、Ceres ANNOT ID No. 6020759(SEQ ID NO : 1490)、Ceres ANNOT ID No. 6028676(SEQ ID NO: 1492)、 Ceres ANNOT ID No. 6028677 (SEQ ID NO :1494)、和鉴定为
图17的序列的功能同系物的序 列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO :1457的功能同系物具有与SEQ ID N0 1457中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%, 65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性的氨基酸序列。
图18中提供了 SEQ ID NO 1497中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序 列。此类功能同系物包括 Ceres ANNOT ID No. 1443463 (SEQ ID NO 1499)、公共 GI ID No. 13605525 (SEQ ID NO :1502)、公共GI ID No. 94965681 (SEQ ID NO 1506)、和公共GI ID No. 28201254(SEQ ID N0:1512)。SEQ ID NO 1497 的其它功能同系物包括 Ceres ANNOT ID No. 1504954 (SEQ ID NO 1501)、公共 GI ID No. 2499553 (SEQ ID NO : 1503)、公共 GI ID No. 738308 (SEQ ID NO : 1504)、公共 GI ID No. 4325368 (SEQ ID NO : 1505)、Ceres 克隆 ID No. 919923 (SEQ ID NO : 1508)、Ceres 克隆 ID No. 1659764 (SEQ ID NO : 1510)、公共 GI ID No. 125539984 (SEQ ID NO :1511)、公共 GI ID No. 21740729 (SEQ ID NO :1513)、公共 GI ID No. 115458700 (SEQ ID NO : 1514)、公共 GI ID No. 125590574 (SEQ ID NO : 1515)、公共 GI ID No. 16444957 (SEQ ID NO :1516)、Ceres 克隆 ID No. 1784494 (SEQ ID NO : 1518)、公共 GI ID No. 77963980 (SEQ ID NO : 1519)、公共 GI ID No. 124361190 (SEQ ID NO : 1520)、公共 GI ID No. 37725007 (SEQ ID NO : 1521)、公共 GI ID No. 45935258 (SEQ ID NO : 1522)、公共 GI ID No. 15559008 (SEQ ID NO : 1523)、公共 GI ID No. 38037416 (SEQ ID NO : 1524)、公共 GI ID No. 77963974 (SEQ ID NO : 1525)、Ceres ANNOT ID No. 6112581 (SEQ ID NO: 1527)、公共 GI ID No. 56553448 (SEQ ID NO :1528)、公共 GI ID No. 23506659 (SEQ ID NO : 1529)、Ceres ANNOT ID No. 6118060 (SEQ ID NO : 1531)、公共 GI ID No. 46446306 (SEQ ID NO: 1532)、公 共 GI ID No. 114321405 (SEQ ID NO : 1533)、公共 GI ID No. 83858274 (SEQ ID N0:1534)、公 共 GI ID No. 154250969 (SEQ ID NO :1535)、公共 GI ID No. 83594235 (SEQ ID N0:1536)、和 鉴定为
图18的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID N01497的功能同系物具有与SEQ ID NO :1497中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一 性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、 或99 %序列同一性的氨基酸序列。
图19中提供了 SEQ ID NO :1587中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1839577 (SEQ ID NO 1589)、Ceres ANNOT ID No. 1491567 (SEQ ID NO 1591)、Ceres 克隆 ID No. 574505 (SEQ ID NO 1596)、公共 GI ID No. 56117815 (SEQ ID NO 1597)、公共 GI ID No. 92874021 (SEQ ID NO 1603)、公共 GI ID No. 123684 (SEQ ID NO 1605)、公共 GI ID No. 5821136 (SEQ ID NO 1606)、Ceres 克隆 ID No. 283366 (SEQ ID NO 1609)、公共 GI ID No. 16118447 (SEQ ID NO 1612)、和公共 GI ID No. 125562434 (SEQ ID N0:1614)。SEQ ID NO 1587 的其它功能同系物包括 Ceres ANNOT ID No. 1438739 (SEQ ID NO :1593)、公共 GI ID No. 89274218 (SEQ ID NO :1594)、公共 GI ID No. 115521211 (SEQ ID NO :1598)、公共 GI ID No. 115521213 (SEQ ID NO : 1599)、公共 GI ID No. 115521217 (SEQ ID NO :1600)、公共GI ID No. 115521209 (SEQ ID NO :1601)、公共GI ID No. 115521215 (SEQ ID NO : 1602)、公共 GI ID No. 11386827 (SEQ ID NO : 1604)、公共 GI ID No. 25052685 (SEQ ID NO : 1607)、Ceres 克隆 ID No. 1440437 (SEQ ID NO : 1611)、公共 GI ID No. 125564440 (SEQ ID NO :1613)、公共 GI ID No. 116309817 (SEQ ID NO :1615)、公共 GI ID No. 125549382 (SEQ ID NO :1616)、公共 GI ID No. 52077317 (SEQ ID NO :1617)、公共 GI ID No. 115477655 (SEQ ID NO : 1618)、公共 GI ID No. 42408097 (SEQ ID NO : 1619)、公共 GI ID No. 115459982 (SEQ ID NO :1620)、公共GI IDNo. 33591096 (SEQ ID NO :1621)、Ceres 克隆 ID No. 484753 (SEQ ID NO : 1623)、Ceres ANNOT ID No. 6035291 (SEQ ID NO : 1625)、和鉴定为
图19的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID N0 1587 ^ 功能同系物具有与SEQ ID NO 1587中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99% 序列同一性的氨基酸序列。图20中提供了 SEQ ID NO 1635中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序 列。此类功能同系物包括 Ceres ANNOT ID No. 1508307 (SEQ ID NO 1637)、公共 GI ID No. 1495267 (SEQ ID NO 1642)、公共 GI ID No. 87241310 (SEQ ID NO 1644)、Ceres 克隆 ID No. 938390 (SEQ ID NO 1646)、Ceres 克隆 ID No. 272338 (SEQ ID NO 1648)、Ceres 克 隆 ID No. 1993510 (SEQ ID NO :1650)、公共 GI ID No. 125563862 (SEQ ID N0:1651)、和公共 GI ID No. 125605833 (SEQ ID N0:1653)。SEQ ID NO 1635 的其它功能同系物包括公共 GI ID No. 6899919(SEQ ID NO 1632)、Ceres ANNOT ID No. 1455110(SEQ ID NO 1639)、Ceres ANNOT ID No. 1525218 (SEQ ID NO :1641)、公共 GI ID No. 15231597 (SEQ ID N0:1643)、公共 GI ID No. 125548147 (SEQ ID NO :1652)、公共 GI ID No. 51091343 (SEQ ID N0:1654)、公共 GI ID No. 115479355(SEQ ID NO : 1655)、Ceres ANNOT ID No. 6042086(SEQ ID N0:1657)、 Ceres ANNOT ID No. 6029903 (SEQ ID NO :1659)、和鉴定为图20的序列的功能同系物的序 列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID N0:1635的功能同系物具有与SEQ ID N0: 1635中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%, 65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性的氨基酸序列。图21中提供了 SEQ ID NO :1540中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1943265 (SEQ ID NO 1543)、Ceres ANNOT ID No. 1454522 (SEQ ID NO 1547)、公共 GI ID No. 31323447 (SEQ ID NO 1556)、Ceres 克隆 ID No. 1583941 (SEQ ID NO 1561)、Ceres 克隆 ID No. 1792942 (SEQ ID NO 1563)、公共 GI ID No. 77548772 (SEQ ID NO 1565)、和公共 GI ID No. 84453182 (SEQ ID NO: 1567)。SEQ ID NO :1540的其它功能同系物包括公共GI ID No. 31746344 (SEQ ID NO 1541)、Ceres克隆 ID No. 1926640 (SEQ ID NO :1545)、Ceres ANNOT ID No. 1475125 (SEQ IDNO :1549)、Ceres ANNOT ID No. 1439653(SEQ ID NO 1551)、Ceres ANNOT ID No. 1461995(SEQ ID N0:1553)、 公共 GI ID No. 13877517 (SEQ ID NO :1554)、公共 GI ID No. 7239157 (SEQ ID N0:1555)、公 共 GI ID No. 22652125 (SEQ ID NO : 1557)、公共 GI ID No. 22652115 (SEQ ID NO: 1558)、公共 GI ID No. 22652117 (SEQ ID NO : 1559)、公共 GI ID No. 125535858 (SEQ ID NO: 1564)、公共 GI ID No. 125578581 (SEQ ID NO :1566)、公共 GI ID No. 13752407 (SEQ ID NO : 1568)、Ceres ANNOT ID No. 6098817(SEQ ID NO 1570),Ceres ANNOT ID No. 6039430(SEQ ID N0:1572)、 Ceres ANNOT ID No. 6068141(SEQ ID NO:1574)、Ceres ANNOT ID No. 6033916(SEQ ID NO: 1576),Ceres ANNOT ID No. 6034399(SEQ ID NO :1578)、Ceres ANNOT ID No. 6068617(SEQ ID NO : 1580)、Ceres ANNOT ID No. 6026318(SEQ ID NO : 1582)、Ceres ANNOT ID No. 6107650 (SEQ ID NO : 1584)、和鉴定为图21的序列的功能同系物的序列，如序列表中所 列的。在一些情况中，SEQ ID NO 1540的功能同系物具有与SEQ ID NO 1540中所列的氨 基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%, 80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图22中提供了 SEQ ID NO :538中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类功 能同系物包括公共GI ID No. 5731739 (SEQ ID NO :539)、Ceres ANNOT ID No. 1538045 (SEQ ID N0:541)、公共GI ID No. 29467479(SEQ ID N0:542)、公共GI ID No. 133921974(SEQ ID N0:543)、公共 GI ID No. 113197027 (SEQ ID N0:544)、公共 GI ID No. 92879277 (SEQ ID NO: 545)、公共GI ID No. 45935260 (SEQ ID N0:546)、公共GI ID No. 8101444 (SEQ ID NO :547)、 公共 GI ID No. 78217443 (SEQ ID NO :548)、和公共 GI ID No. 28372347 (SEQ ID NO :549)。 SEQ ID NO :538 的其它功能同系物包括公共 GI ID No. 16416405 (SEQ ID NO :550)、Ceres ANNOT ID No. 1484634 (SEQ ID NO :552)、Ceres ANNOT ID No. 1451869 (SEQ ID NO :554)、 公共 GI ID No. 25407462 (SEQ ID N0:555)、公共 GI ID No. 29467481 (SEQ ID N0:556)、公 共 GI ID No. 29467477 (SEQ ID N0:557)、公共 GI ID No. 45935264 (SEQ ID N0:558)、公共 GI ID No. 5524201 (SEQ ID N0:559)、公共 GI ID No. 78217441 (SEQ ID N0:560)、公共 GI ID No. 3551221 (SEQ ID N0:561)、公共 GI ID No. 3551219 (SEQ ID N0:562)、公共 GI ID No. 23954324 (SEQ ID N0:563)、公共 GI ID No. 125582937 (SEQ ID N0:564)、公共 GI ID No. 83764373 (SEQ ID NO :565)、Ceres ANNOT ID No. 6045327 (SEQ ID NO :567)、和鉴定为图 22的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID N0:538的功能 同系物具有与SEQ ID NO :538中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99% 序列同 一性的氨基酸序列。图23中提供了 SEQ ID NO 606中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。此类 功能同系物包括公共 GI ID No. 92873064 (SEQ ID N0:607)、公共 GI ID No. 37051125 (SEQID NO :608)、和公共GI ID No. 112363376 (SEQ ID NO 609) SEQ ID N0:606 的其它功能同 系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1938524 (SEQ ID NO :611)、Ceres ANNOT ID No. 1473601 (SEQ ID NO 613) ,Ceres ANNOT ID No. 1468397 (SEQ ID N0:615)、公共GI ID No. 21554185 (SEQ ID N0:616)、公共 GI ID No. 18424330 (SEQ ID N0:617)、公共 GI ID No. 8885571 (SEQ ID NO :618)、Ceres 克隆 ID No. 20852 (SEQ ID N0:620)、公共 GI ID No. 21553763 (SEQ ID NO: 621)、公共 GI ID No. 18401763 (SEQ ID NO :622)、Ceres 克隆 ID No. 16423 (SEQ ID NO: 624)、公共 GI ID No. 112363380 (SEQ ID N0:625)、公共 GI ID No. 6092016 (SEQ ID NO: 626)、Ceres 克隆 ID No. 770468 (SEQ ID N0:628)、公共 GI ID No. 113205234 (SEQ ID NO: 629), Ceres ANNOT ID No. 6094775 (SEQ ID NO :631)、和鉴定为图 23 的序列的功能同系物 的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ ID NO :606的功能同系物具有与SEO ID NO 606中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61 %、 65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性的氨基酸序列。图24中提供了 SEQ ID NO :570中所列的多肽的功能同系物的氨基酸序列。 此类功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 1919714(SEQ ID NO :572)、Ceres ANNOT ID No. 1443290 (SEQ ID NO 574) ,Ceres 克隆 ID No. 1042157 (SEQ ID NO 576) ,Ceres 克隆 ID No. 1384304 (SEQ ID NO :578)、和公共 GI ID No. 115464375 (SEQ ID NO :579)。SEQ ID N0: 570 的其它功能同系物包括 Ceres 克隆 ID No. 100028078 (SEQ ID NO :580)、Ceres ANNOT ID No. 1452096 (SEQ ID NO :582)、Ceres ANNOT ID No. 1503869 (SEQ ID NO 584)、Ceres ANNOT ID No. 1525651 (SEQ ID NO :586)、Ceres 克隆 ID No. 1645639 (SEQ IDNO 588)、Ceres 克隆 ID No. 603237 (SEQ ID NO :590)、Ceres 克隆 ID No. 340925 (SEQ ID NO :592)、Ceres 克 隆 ID No. 293238 (SEQ ID NO 594)、Ceres 克隆 ID No. 483742 (SEQ ID NO 596)、Ceres 克 隆 ID No. 1460255 (SEQ ID NO :598)、Ceres 克隆 ID No. 1400107 (SEQ ID N0:600)、公共 GI ID No. 115440865 (SEQ ID NO :601)、Ceres ANNOT ID No. 6016008 (SEQ ID NO :603)、和鉴 定为图24的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。在一些情况中，SEQ IDNO 570 的功能同系物具有与SEQ ID NO 570中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99% 序列同一性的氨基酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽中保守区的鉴定便于生成SD+E0DFR和/或低光 耐受性多肽的变体。SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的变体在一级氨基酸序列内通常具 有10处或更少的保守氨基酸替代，例如7处或更少的保守氨基酸替代，5处或更少的保守氨 基酸替代，或者1处和5处之间的保守替代。可以基于
图1-24中所列的比对之一来构建有 用的变体多肽。此类多肽包括保守区，它们以图中所描绘的次序从氨基端末端向羧基端末 端安排。此类多肽在以短划线标记的位置中也可以包括0个、1个、或超过1个氨基酸。当 以短划线标记的位置处不存在氨基酸时，此类多肽的长度是所有保守区中氨基酸残基的总 和。当以短划线标记的所有位置处存在氨基酸时，此类多肽具有的长度是所有保守区和所 有短划线中的氨基酸残基的总和。P.通过HMMER鉴定的功能同系物在一些实施方案中，有用的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽包括那些拟合基于
图1-24之任一中所列的多肽的隐蔽马尔科夫模型的。隐蔽马尔科夫模型(HMM)是一组功
61能同系物的共有序列的统计学模型。参见Durbin等，Biological Sequence Analysis Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids,Cambridge University Press, Cambridge，UK (1998)。通过具有缺省程序参数的程序HMMER 2. 3. 2，使用一组功能同系物 的序列作为输入来产生 HMM。通过 ProbCons (Do 等，Genome Res. , 15(2) 330-40 (2005))第 1. 11版来产生多序列比对，其使用一套缺省参数-c，- 一致性REPS为2 ；-ir, 一迭代细 化REPS为100 ；-pre,-预练习REPS为O来进行。ProbCons是由斯坦福大学提供的公共 结构域软件程序。用于构筑HMM的缺省参数(hmmbuild)如下MAP结构构建所使用的缺省“结构 优先”(“architecture prior”，archpri)是0. 85，而用于测定有效序列数目的缺省截留 阈值(idlevel)是0. 62。HMMER 2. 3. 2于2003年10月3日在GNU通用公共许可下发行， 而且可获自万维网上的各种资源诸如hmmer. janeIia. org ；hmmer. wustl. edu ；禾口 fr. com/ h_er232八Hmmbuild以文本文件输出模型。可以使用一组功能同系物的HMM来测定候选SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽 序列比拟合使用结构或功能上无关的一组序列产生的空HMM更好地拟合所述特定HMM的 可能性。通过HMM比特得分(即当使用HMMERhmmsearch程序将候选序列拟合至HMM概况 (profile)时产生的数目)指明候选多肽序列比拟合空HMM更好地拟合HMM的可能性。在 运行hmmsearch时使用下列缺省参数缺省E值截留(E)是10. 0，缺省比特得分截留(T)是 负无穷大，数据库中序列的缺省数目(Z)是数据库中序列的实数，每域分级命中列表的缺 省E值截留(domE)是无穷大，而每域分级命中列表的缺省比特得分截留(domT)是负无穷 大。高的HMM比特得分指明候选序列实施用于产生HMM的多肽的一项或多项生化或生理学 功能的可能性较大。高的HMM比特得分是至少20，而且常常更高。特定序列的HMM比特得 分的略微变化可以由于各因素诸如通过多序列比对算法诸如ProbCons程序进行比对的序 列的次序而发生。然而，所述HMM比特得分变化是次要的。 下文所讨论的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽拟合指明的HMM，HMM比特得分大 于20(例如大于30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、或500)。在一些实施方案中，下 文所讨论的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的HMM比特得分是序列表中提供的功能同系 物的HMM比特得分的约50%、60%、70%、80%、90%、或95%。在一些实施方案中，下文所 讨论的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽拟合指明的HMM，HMM比特得分大于20，而且具有指 明SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的结构域。在一些实施方案中，下文所讨论的SD+E0DFR 和/或低光耐受性多肽拟合指明的HMM，HMM比特得分大于20，而且与
图1_24之任一中显示 的氨基酸序列具有70%或更大的序列同一性(例如75%、80%、85%、90%、95%、或100% 序列同一性)。 序列表中显示了当拟合至从
图1中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 170的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g37295(SEQ ID NO :3)、Ceres克隆ID No. 1844057 (SEQ ID NO :7)、Ceres ANNOT ID No. 1469148 (SEQ ID N0:22)、公共 GI ID No. 18390998 (SEQ ID NO :25)、Ceres 克隆 ID No. 1065656 (SEQ ID NO :32)、Ceres 克隆 ID No. 1652677 (SEQ ID N0:36)、公共 GI ID No. 92874556 (SEQ ID NO :49)、Ceres 克隆 ID No. 1329161 (SEQ ID NO :53)、Ceres 克隆 ID No. 1030378 (SEQ ID NO :55)、Ceres 克 隆 ID No. 1413787 (SEQ ID N0:57)、公共 GI ID No. 125543598 (SEQ ID NO :60)、Ceres 克
62隆 ID No. 1793691 (SEQ ID NO 5)、Ceres 克隆 ID No. 1933784 (SEQ ID NO 9)、Ceres 克 隆 ID No. 100030408 (SEQ ID NO :10)、Ceres 克隆 ID No. 1837059 (SEQ ID NO :12)、Ceres 克隆 ID No. 1793801 (SEQ ID NO :14)、Ceres 克隆 ID No. 1855480 (SEQ ID NO :16)、Ceres 克隆 ID No. 1915644 (SEQ ID NO 18)、Ceres 克隆 ID No. 1898104 (SEQ ID NO 20)、Ceres ANNOT ID No. 1464241 (SEQ ID N0:24)、公共 GI ID No. 18697627 (SEQ ID NO :26)、Ceres
克隆:[D No. 9391(SEQIDNO:28)、Ceres 克隆 IDNo.111154 (SEQIDNO:30)、Ceres 克隆IDNo.973975 (SEQIDNO:34)、Ceres 克隆 IDNo.676695 (SEQIDNO:38)、Ceres 克隆IDNo.680331(SEQIDNO:40)、Ceres 克隆 IDNo.654515 (SEQIDNO:42)、Ceres 克隆IDNo.626154 (SEQIDNO:44)、Ceres 克隆 IDNo.710603 (SEQIDNO:46)、Ceres 克隆IDNo.648076 (SEQIDNO:48)、Ceres 克隆 IDNo.749439 (SEQIDNO:51)、Ceres 克
隆 ID No. 295936 (SEQ ID N0:59)、公共 GI ID No. 125525139 (SEQ ID N0:61)、公共 GI ID No. 115452643 (SEQ ID N0:62)、公共GI ID No. 24059889 (SEQ ID NO 63) ,Ceres ANNOT ID No. 6012747 (SEQ ID NO :65)、Ceres ANNOT ID No. 6027628 (SEQ ID N0:67)、和鉴定为图 1 的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图2中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At2g32710(SEQ ID NO 70)、Ceres克隆ID No. 1975934 (SEQ ID NO :72)、Ceres ANNOT ID No. 1529913 (SEQ ID NO :80)、Ceres 克 隆 ID No. 977794 (SEQ ID N0:93)、公共 GI ID No. 42362378 (SEQ ID N0:96)、公共 GI ID No. 23899378 (SEQ ID N0:99)、公共 GI ID No. 15963346 (SEQ ID NO: 101)、公共 GI ID No. 15963344+B816(SEQ ID N0:102)、公共 GI ID No. 92429657 (SEQ ID NO 103)、Ceres 克 隆 ID No. 746644 (SEQ ID NO 105)、Ceres 克隆 ID No. 623089 (SEQ ID NO 109)、Ceres 克 隆 ID No. 1913678 (SEQ ID NO: 115)、公共 GI ID No. 115450609 (SEQ ID NO :119)、Ceres 克 隆 ID No. 1835084 (SEQ ID NO 74)、Ceres 克隆 ID No. 1846153 (SEQ ID NO 76)、Ceres 克 隆 ID No. 1930884 (SEQ ID NO :78)、Ceres ANNOT ID No. 1493858 (SEQ ID NO :82)、Ceres ANNOT ID No. 1498646 (SEQ ID NO :84)、Ceres ANNOT ID No. 1440974 (SEQ ID NO :86)、 Ceres 克隆 ID No. 1189183 (SEQ ID N0:88)、公共 GI ID No. 26450253 (SEQ ID N0:89)、公 共 GI ID No. 15239719 (SEQ ID N0:90)、公共 GI ID No. 15230194 (SEQ ID NO :91)、Ceres 克隆 ID No. 630905 (SEQ ID N0:95)、公共 GI ID No. 42362389 (SEQ ID N0:97)、公共 GI ID No. 70906129 (SEQ ID N0:98)、公共 GI ID No. 23899381 (SEQ ID NO : 100)、Ceres 克隆 ID No. 298166 (SEQ ID NO : 107)、Ceres 克隆 ID No. 1448390 (SEQ ID NO :111)、Ceres 克 隆 ID No. 1734216 (SEQ ID NO: 113)、公共 GI ID No. 125542322 (SEQ ID NO: 116)、公共 GI ID No. 125532331 (SEQ ID N0:117)、公共 GI ID No. 125541233 (SEQ ID N0:118)、公共 GI ID No. 125584844 (SEQ ID NO: 120)、公共 GI ID No. 115482472 (SEQ ID NO: 121)、公共 GI ID No. 125575112(SEQ ID NO : 122)、Ceres ANNOT ID No. 6003994(SEQ ID NO : 124)、Ceres ANNOT ID No. 6068427 (SEQ ID NO :126)、和鉴定为图2的序列的功能同系物的序列，如序列 表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图3中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括公共GI ID No. 34550779 (SEQ ID NO 133), Ceres 克隆 ID No. 1932235 (SEQ ID NO 137)、Ceres 克隆 ID No. 981738 (SEQ ID NO :201)、Ceres 克隆 ID No. 565974 (SEQ ID N0:209)、公共 GI ID No. 1352058 (SEQ ID N0:231)、公 共 GI ID No. 11131101 (SEQ ID N0:234)、公共 GI ID No. 4887018 (SEQ ID N0:236)、公共 GI ID No. 4887018 (SEQ ID NO :236)、Ceres 克隆 ID No. 644455 (SEQ ID NO :247)、Ceres 克隆 ID No. 1731500 (SEQ ID N0:270)、公共 GI ID No. 20269063 (SEQ ID N0:300)、公共 GI ID No. 50404477 (SEQ ID N0:302)、公共 GI ID No. 62125392 (SEQ ID N0:303)、公共 GI ID No. 32396293 (SEQ ID NO: 130)、公共 GI ID No. 32396299 (SEQ ID NO: 131)、公共 GI ID No. 32396295 (SEQ ID NO 132)、Ceres 克隆 ID No. 1855369 (SEQ ID NO 135)、Ceres 克隆 ID No. 1948456 (SEQ ID NO 139)、Ceres 克隆 ID No. 1920182 (SEQ ID NO 141)、Ceres 克隆 ID No. 1835797 (SEQ ID NO 143)、Ceres 克隆 ID No. 1794204 (SEQ ID NO 145)、Ceres 克隆 ID No. 1853542 (SEQ ID NO 147)、Ceres 克隆 ID No. 1838776 (SEQ ID NO 149)、Ceres 克隆 ID No. 1854675 (SEQ ID NO 151)、Ceres 克隆 ID No. 1833078 (SEQ ID NO 153)、Ceres 克 隆 ID No. 1850667 (SEQ ID NO :155)、Ceres 克隆 ID No. 1918745 (SEQ ID NO :157)、Ceres 克隆 ID No. 1929487 (SEQ ID NO :159)、Ceres ANNOT ID No. 1497918 (SEQ ID N0:161)、 Ceres ANNOT ID No. 1459563(SEQ ID NO 163) ,Ceres ANNOT ID No. 1452610(SEQ ID NO 165)、Ceres ANNOT ID No. 1496539 (SEQ ID NO : 167)、Ceres ANNOT ID No. 1498819 (SEQ ID NO :169)、Ceres ANNOT ID No. 1446583 (SEQ ID NO : 171)、Ceres ANNOT ID No.1535123(SEQ ID NO :173)、Ceres ANNOT ID No. 1463397(SEQ ID NO 175),Ceres ANNOT ID No. 1499563 (SEQ ID NO : 177)、Ceres ANNOT ID No. 1495753 (SEQ ID NO : 179)、Ceres ANNOT ID No. 1488767 (SEQ ID NO : 181)、Ceres ANNOT ID No. 1522920 (SEQ ID N0:185)、 Ceres ANNOT ID No. 1469532 (SEQ ID N0:187)、公共 GI ID No. 15219692 (SEQ ID N0:188)、 公共 GI ID No. 18420964 (SEQ ID NO : 189)、Ceres 克隆 ID No. 1342080 (SEQ ID NO: 191)、 Ceres 克隆 ID No. 123105 (SEQ ID NO : 193)、Ceres 克隆 ID No. 32727 (SEQ ID NO: 195)、 Ceres 克隆 ID No. 41161 (SEQ ID NO : 197)、Ceres 克隆 ID No. 37274 (SEQ ID NO: 199)、 Ceres 克隆 ID No. 538020 (SEQ ID NO :203)、Ceres 克隆 ID No. 476244 (SEQ ID NO :205)、 Ceres 克隆 ID No. 1623662 (SEQ ID NO :207)、Ceres 克隆 ID No. 626817 (SEQ ID N0:211)、 Ceres 克隆 ID No. 537469 (SEQ ID NO 213)、Ceres 克隆 ID No. 582463 (SEQ ID NO 215)、 Ceres 克隆 ID No. 1069818 (SEQ ID NO :217)、Ceres 克隆 ID No. 511737 (SEQ ID NO :219)、 Ceres 克隆 ID No. 565422 (SEQ ID NO 221)、Ceres 克隆 ID No. 514595 (SEQ ID NO 223)、 Ceres 克隆 ID No. 566396 (SEQ ID NO :225)、Ceres 克隆 ID No. 612705 (SEQ ID NO :227)、 Ceres 克隆 ID No. 564134 (SEQ ID N0:229)、公共 GI ID No. 92872146 (SEQ ID NO :230)、 公共 GI ID No. 11131103 (SEQ ID N0:232)、公共 GI ID No. 416641 (SEQ ID N0:233)、公共 GI ID No. 11131105 (SEQ ID N0:235)、公共 GI ID No. 4887016 (SEQ ID N0:237)、公共 GI ID No. 4887022 (SEQ ID N0:238)、公共 GI ID No. 81074526 (SEQ ID NO :239)、Ceres 克隆 ID No. 742023 (SEQ ID NO 241)、Ceres 克隆 ID No. 576268 (SEQ ID NO 243)、Ceres 克隆 ID No. 615386 (SEQ ID NO :245)、Ceres 克隆 ID No. 756966 (SEQ ID NO :249)、Ceres 克隆 ID No. 1052710 (SEQ ID NO :251)、Ceres 克隆 ID No. 697018 (SEQ ID NO :253)、Ceres 克隆 ID No. 618577 (SEQ ID NO :255)、Ceres 克隆 ID No. 935194 (SEQ ID NO :257)、Ceres 克隆 ID No. 1557429 (SEQ ID NO :259)、Ceres 克隆 ID No. 305337 (SEQ ID NO :261)、Ceres 克隆 ID No. 100872943 (SEQ ID NO :262)、Ceres 克隆 ID No. 305454 (SEQ ID NO :264)、Ceres 克
64隆 ID No. 1534670 (SEQ ID NO :266)、Ceres 克隆 ID No. 207963 (SEQ ID N0:268)、公共 GI ID No. 20257219 (SEQ ID NO :271)、Ceres 克隆 ID No. 1876818 (SEQ ID NO :273)、Ceres 克 隆 ID No. 1817533 (SEQ ID NO 275)、Ceres 克隆 ID No. 1958631 (SEQ ID NO 277)、Ceres 克隆 ID No. 1963215 (SEQ ID NO :279)、Ceres 克隆 ID No. 1770022 (SEQ ID NO 281) ,Ceres 克隆 ID No. 1796223 (SEQ ID NO :283)、Ceres 克隆 ID No. 2016695 (SEQ ID NO 285) ,Ceres 克隆 ID No. 1757085 (SEQ ID NO :287)、Ceres 克隆 ID No. 1769256 (SEQ ID NO 289) ,Ceres 克隆 ID No. 1994871 (SEQ ID N0:291)、公共 GI ID No. 17154533 (SEQ ID N0:292)、公共 GI ID No. 125557426 (SEQ ID N0:293)、公共 GI ID No. 125524736 (SEQ ID N0:294)、公共 GI ID No. 125527656 (SEQ ID N0:295)、公共 GI ID No. 125599342 (SEQ ID N0:296)、公共 GI ID No. 125569626 (SEQ ID N0:297)、公共 GI ID No. 115465401 (SEQ ID N0:298)、公共 GI ID No. 40539038 (SEQ ID N0:299)、公共 GI ID No. 20269059 (SEQ ID N0:301)、公共 GI ID No. 110826446(SEQ ID NO 304)、Ceres ANNOT ID No. 6029073(SEQ ID NO 306),Ceres ANNOT ID No. 6011329 (SEQ ID NO :308)、Ceres ANNOT ID No. 6034498 (SEQ ID NO :310)、 Ceres ANNOT ID No. 6095057(SEQ ID NO :312)、Ceres ANNOT ID No. 6095058(SEQ ID NO: 314)、和鉴定为图3的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图4中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于200 的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g03250 (Ceres种子系ME10007 ;SEQ ID NO: 317)、Ceres 克隆 ID No. 1842125 (SEQ ID NO :319)、Ceres ANNOT ID No. 1461360 (SEQ ID NO :321)、Ceres 克隆 ID No. 480906 (SEQ ID N0:327)、公共 GI ID No. 92889352 (SEQ ID NO: 330)、公共 GI ID No. 56201850 (SEQ ID NO :330)、Ceres ANNOT ID No. 1440334 (SEQ ID NO: 323)、Ceres ANNOT ID No. 1493205 (SEQ ID NO :325)、Ceres 克隆 ID No. 482270 (SEQ ID N0:329)、公共 GI ID No. 125571531 (SEQ ID NO :332)、Ceres ANNOT ID No. 6042411 (SEQ ID NO 334)、和鉴定为图4的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图5中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At2g04240(SEQ ID NO :337)、Ceres克隆ID No. 952050 (SEQ ID N0:339)、公共 GI ID No. 115477050 (SEQ ID N0:349)、公共 GI ID No. 87162911 (SEQ ID NO :355)、Ceres 克隆 ID No. 1790901 (SEQ ID NO :357)、Ceres 克隆 ID No. 1460088 (SEQ ID NO :370)、Ceres 克隆 ID No. 1734065 (SEQ ID NO :393)、Ceres 克隆 ID No. 473509 (SEQ ID NO :395)、Ceres 克隆 ID No. 849918 (SEQ ID NO :401)、Ceres 克隆 ID No. 633470 (SEQ ID NO :409)、Ceres 克隆 ID No. 1808334 (SEQ ID NO 417) ,Ceres ANNOT ID No. 1525600 (SEQ ID NO 437)、Ceres 克隆 ID No. 1265097 (SEQ ID NO 341)、Ceres 克 隆 ID No. 942980 (SEQ ID N0:343)、公共 GI ID No. 37901055 (SEQ ID NO :344)、Ceres 克 隆 ID No. 1609912 (SEQ ID N0:346)、公共 GI ID No. 76446335 (SEQ ID N0:347)、公共 GI ID No. 125560204 (SEQ ID N0:348)、公共 GI ID No. 125303087 (SEQ ID N0:350)、公共 GI ID No. 115460088 (SEQ ID N0:351)、公共 GI ID No. 125591385 (SEQ ID N0:352)、公共 GI ID No. 115447931 (SEQ ID N0:353)、公共 GI ID No. 92893514 (SEQ ID NO :354)、Ceres 克 隆 ID No. 2019320 (SEQ ID NO :359)、Ceres 克隆 ID No. 1890013 (SEQ ID N0:361)、公共 GI ID No. 20340241 (SEQ ID NO :362)、Ceres 克隆 ID No. 25801 (SEQ ID N0:364)、公共 GI ID No. 9743343 (SEQ ID N0:365)、公共 GI ID No. 15238072 (SEQ ID N0:366)、公共 GI ID:367)、公共 GI ID No. 21554155 (SEQ ID NO :368)、Ceres 克隆 ID No. 374439 (SEQ ID NO 372)、Ceres 克隆 ID No. 1465572 (SEQ ID NO 374)、Ceres 克隆 ID No. 1565524 (SEQ ID NO 376)、Ceres 克隆 ID No. 322302 (SEQ ID NO 378)、Ceres 克隆 ID No. 101136485 (SEQ ID NO :379)、Ceres 克隆 ID No. 1376133 (SEQ ID NO :381)、Ceres 克隆 ID No. 1374381 (SEQ ID NO :383)、Ceres 克隆 ID No. 1566473 (SEQ ID NO :385)、Ceres 克隆 ID No. 318088 (SEQ ID NO :387)、Ceres 克隆 ID No. 1452604 (SEQ ID NO :389)、Ceres 克隆 ID No. 337906 (SEQ ID NO :391)、Ceres 克隆 ID No. 1662513 (SEQ ID NO :397)、Ceres 克隆 ID No. 1662527 (SEQ ID NO :399)、Ceres 克隆 ID No. 571184 (SEQ ID NO :403)、Ceres 克隆 ID No. 665689 (SEQ ID NO :405)、Ceres 克隆 ID No. 1365853 (SEQ ID NO :407)、Ceres 克隆 ID No. 1052457 (SEQ ID NO :411)、Ceres 克隆 ID No. 579918 (SEQ ID NO :413)、Ceres 克隆 ID No. 863299 (SEQ ID NO :415)、Ceres 克隆 ID No. 1855611 (SEQ ID NO :419)、Ceres 克隆 ID No. 1845975 (SEQ ID NO :421)、Ceres 克隆 ID No. 1808298 (SEQ ID NO :423)、Ceres 克隆 ID No. 1841236 (SEQ ID NO :425)、Ceres 克隆 ID No. 1808269 (SEQ ID NO :427)、Ceres 克隆 ID No. 1850628 (SEQ ID NO 429)、Ceres 克隆 ID No. 1846911 (SEQ ID NO 431)、Ceres 克 隆 ID No. 1916014 (SEQ ID NO 433)、Ceres 克隆 ID No. 1842594 (SEQ ID NO 435)、Ceres ANNOT ID No. 1472192 (SEQ ID NO :439)、Ceres ANNOT ID No. 1447489 (SEQ ID NO :441)、 Ceres ANNOT ID No. 1513000(SEQ ID NO :443)、Ceres ANNOT ID No. 1438658(SEQ ID NO: 445),Ceres ANNOT ID No. 1497255(SEQ ID NO :447)、Ceres ANNOT ID No. 6092104(SEQ ID NO 449),Ceres ANNOT ID No. 6041700(SEQ ID NO :451)、Ceres ANNOT ID No. 6007297(SEQ ID NO :453)、和鉴定为图5的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。
序列表中显示了当拟合至从图6中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大 于60的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At5gl4370(SEQ ID N0:456)、公共GI ID No. 58430585 (SEQ ID NO :457)、Ceres 克隆 ID No. 1842825 (SEQ ID NO :466)、Ceres ANNOT ID No. 1449721 (SEQ ID N0:474)、公共 GI ID No. 41323978 (SEQ ID N0:475)、公 共 GI ID No. 2895186 (SEQ ID N0:478)、公共 GI ID No. 22854950 (SEQ ID N0:481)、公 共 GI ID No. 116010474 (SEQ ID N0:485)、公共 GI ID No. 4091804 (SEQ ID N0:488)、公 共 GI ID No. 60459257 (SEQ ID N0:494)、公共 GI ID No. 45544881 (SEQ ID N0:496)、公 共 GI ID No. 36789802 (SEQ ID N0:498)、公共 GI ID No. 92875402 (SEQ ID N0:508)、公共 GI ID No. 118406898 (SEQ ID N0:510)、公共 GI ID No. 107770485 (SEQ ID N0:511)、公共 GI ID No. 90657642 (SEQ ID NO :536)、Ceres 克隆 ID No. 1569555 (SEQ ID NO : 1842)公共 GI ID No. 66841018 (SEQ ID N0:458)、公共 GI ID No. 66841020 (SEQ ID N0:459)、公共 GI ID No. 108859343 (SEQ ID NO 460)、Ceres 克隆 ID No. 1937613 (SEQ ID NO 462)、Ceres 克隆 ID No. 1834027 (SEQ ID NO :464)、Ceres ANNOT ID No. 1477832 (SEQ ID NO :468)、 Ceres ANNOT ID No. 1482536(SEQ ID NO 470)、Ceres ANNOT ID No. 1478227(SEQ ID NO 472)、Ceres 克隆 ID No. 19906 (SEQ ID N0:478)、公共GI ID No. 2895184 (SEQ ID NO :479)、 公共 GI ID No. 2895188 (SEQ ID N0:480)、公共 GI ID No. 11037313 (SEQ ID N0:482)、公 共 GI ID No. 22854908 (SEQ ID N0:483)、公共 GI ID No. 40787165 (SEQ ID N0:484)、公 共 GI ID No. 116010475 (SEQ ID N0:486)、公共 GI ID No. 3341723 (SEQ ID N0:487)、公共 GI ID No. 4091806 (SEQ ID NO :489)、Ceres 克隆 ID No. 523203 (SEQ ID NO :491)、Ceres
66克隆 ID No. 463157 (SEQ ID N0:493)、公共 GI ID No. 61611678 (SEQ ID N0:495)、公共 GI ID No. 45544887 (SEQ ID N0:497)、公共 GI ID No. 36789793 (SEQ ID NO :481)、Ceres 克 隆 ID No. 907473 (SEQ ID NO :501)、Ceres 克隆 ID No. 1674443 (SEQ ID NO :503)、Ceres 克隆 ID No. 1559496 (SEQ ID NO :505)、Ceres 克隆 ID No. 530984 (SEQ ID N0:507)、公共 GI ID No. 61611682 (SEQ ID N0:509)、公共 GI ID No. 36789785 (SEQ ID NO :512)、Ceres 克隆 ID No. 702632 (SEQ ID N0:514)、公共 GI ID No. 61657299 (SEQ ID N0:515)、公共 GI ID No. 10946337 (SEQ ID NO :516)、Ceres 克隆 ID No. 1996408 (SEQ ID NO :518)、Ceres 克 隆 ID No. 1725313 (SEQ ID N0:520)、公共 GI ID No. 78058606 (SEQ ID N0:521)、公共 GI ID No. 125538317 (SEQ ID N0:522)、公共 GI ID No. 125556324 (SEQ ID N0:523)、公共 GI ID No. 125548890 (SEQ ID N0:524)、公共 GI ID No. 93211100 (SEQ ID N0:525)、公共 GI ID No. 115444217 (SEQ ID N0:526)、公共 GI ID No. 115467558 (SEQ ID N0:527)、公共 GI ID No. 11094209 (SEQ ID N0:528)、公共 GI ID No. 125596830 (SEQ ID N0:529)、公共 GI ID No. 115469296 (SEQ ID N0:530)、公共 GI ID No. 115447239 (SEQ ID N0:531)、公共 GI ID No. 21655154 (SEQ ID N0:532)、公共 GI ID No. 21667485 (SEQ ID N0:533)、公共 GI ID No. 21667475 (SEQ ID N0:534)、公共 GI ID No. 21655158 (SEQ ID NO :535)、和鉴定为图 6 的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图7中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大 于20的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括Atlg70270(SEQ ID N0:634)、公共GI ID No. 98961985 (SEQ ID NO :637)、Ceres 克隆 ID No. 1916112 (SEQ ID N0:636)、公共 GI ID No. 9369405 (SEQ ID N0:638)、公共 GI ID No. 9369406 (SEQ ID NO :639)、Ceres 克隆 ID No. 1238706 (SEQ ID NO :641)、和鉴定为图7的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列 的。序列表中显示了当拟合至从图8中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于80 的 HMM 比特得分的多肽。此类多肽包括 At4g25480(SEQ IDNO :644)、SEQ ID NO :645、Ceres 克隆 ID No. 1849479 (SEQ ID N0:767)、公共 GI ID No. 89275008 (SEQ ID N0:796)、公共 GI ID No. 120400525 (SEQ ID N0:797)、公共 GI ID No. 98980426 (SEQ ID N0:804)、公共 GI ID No. 71983373 (SEQ ID N0:808)、公共 GI ID No. 41351817 (SEQ ID N0:809)、公共 GI ID No. 76446191 (SEQ ID N0:811)、公共 GI ID No. 5616086 (SEQ ID NO :813)、Ceres 克 隆 ID No. 1052602 (SEQ ID N0:826)、公共 GI ID No. 72068957 (SEQ ID N0:830)、公共 GI ID No. 71534113 (SEQ ID N0:831)、公共 GI ID No. 37147896 (SEQ ID N0:832)、公共 GI ID No. 92918850 (SEQ ID N0:834)、公共 GI ID No. 40647095 (SEQ ID NO :835)、Ceres ANNOT ID No. 1527711 (SEQ ID N0:837)、公共 GI ID No. 71041116 (SEQ ID N0:838)、公共 GI ID No. 12003384 (SEQ ID NO 839)、公共 GI ID No. 18535580 (SEQ ID NO 840)、Ceres 克隆 ID No. 991178 (SEQ ID NO 647)、Ceres 克隆 ID No. 1626038 (SEQ ID NO 649)、Ceres 克隆 ID No. 341615 (SEQ ID NO 651)、Ceres 克隆 ID No. 1832518 (SEQ ID NO 653)、Ceres 克隆 ID No. 1832588 (SEQ ID NO :655)、Ceres 克隆 ID No. 1936806 (SEQ ID NO :657)、Ceres 克隆 ID No. 973892 (SEQ ID NO :659)、Ceres 克隆 ID No. 565251 (SEQ ID NO :661)、Ceres 克隆 ID No. 681088 (SEQ ID NO :663)、Ceres 克隆 ID No. 707775 (SEQ ID NO :665)、Ceres 克隆 ID No. 453357 (SEQ ID NO 667)、Ceres 克隆 ID No. 1916958 (SEQ ID NO 669)、Ceres 克隆 IDNo. 1940632 (SEQ ID NO 671)、Ceres 克隆 ID No. 476784 (SEQ ID NO 673)、Ceres 克隆 ID No. 1869284 (SEQ ID NO 675)、公共 GI ID No. 125540662 (SEQ ID NO 676)、Ceres 克隆 ID No. 1648272 (SEQ ID NO 678)、Ceres 克隆 ID No. 1987804 (SEQ ID NO 680)、Ceres 克隆 ID No. 1675695 (SEQ ID NO :682)、Ceres 克隆 ID No. 1169111 (SEQ ID NO :684)、Ceres 克隆 ID No. 572121 (SEQ ID NO :686)、Ceres 克隆 ID No. 1674836 (SEQ ID NO 688),Ceres ANNOT ID No. 1486207 (SEQ ID NO 690)、Ceres 克隆 ID No. 2023610 (SEQ ID NO 692)、Ceres ANNOT ID No. 1496976 (SEQ ID N0:694)、公共 GI ID No. 116310031 (SEQ ID NO :695)、Ceres 克隆 ID No. 1626363 (SEQ ID NO :697)、Ceres ANNOT ID No. 1483747 (SEQ ID NO :699)、Ceres ANNOT ID No. 1471330 (SEQ ID NO :701)、Ceres 克隆 ID No. 101144964 (SEQ ID NO :702)、 Ceres ANNOT ID No. 1439439 (SEQ ID NO :704)、Ceres 克隆 ID No. 1446565 (SEQ ID NO: 706)、Ceres 克隆 ID No. 1951962 (SEQ ID NO 708)、Ceres 克隆 ID No. 100960656 (SEQ ID NO :709)、Ceres 克隆 ID No. 285154 (SEQ ID N0:711)、公共 GI ID No. 61968916 (SEQ ID NO: 712)、公共 GI ID No. 118026854 (SEQ ID N0:713)、公共 GI ID No. 63098612 (SEQ ID NO: 714)、Ceres ANNOT ID No. 1522310 (SEQ ID NO :716)、Ceres 克隆 ID No. 1854375 (SEQ ID NO :718)、Ceres 克隆 ID No. 709819 (SEQ ID N0:720)、公共 GI ID No. 115447695 (SEQ ID NO 721)、Ceres 克隆 ID No. 1726356 (SEQ ID NO 723)、Ceres 克隆 ID No. 1762419 (SEQ ID N0:725)、公共 GI ID No. 63098606 (SEQ ID NO :726)、Ceres 克隆 ID No. 1766572 (SEQ ID NO 728)、Ceres 克隆 ID No. 281871 (SEQ ID NO 730)、Ceres 克隆 ID No. 1560970 (SEQ ID NO :732)、Ceres 克隆 ID No. 1760747 (SEQ ID NO :734)、Ceres ANNOT ID No. 1438772 (SEQ ID NO 736),Ceres ANNOT ID No. 1447378(SEQ ID NO 738),Ceres ANNOT ID No. 1453360(SEQ ID N0:740)、公共 GI ID No. 33637698 (SEQ ID N0:741)、公共 GI ID No. 118026860 (SEQ ID N0:742)、公共 GI ID No. 60116232 (SEQ ID N0:743)、公共 GI ID No. 115477639 (SEQ ID NO: 744)、公共 GI ID No. 126567023 (SEQ ID NO :745)、Ceres 克隆 ID No. 988971 (SEQ ID NO: 747)、Ceres 克隆 ID No. 1464521 (SEQ ID N0:749)、公共 GI ID No. 63098610 (SEQ ID NO: 750)、公共 GI ID No. 126566972 (SEQ ID NO :751)、Ceres 克隆 ID No. 1556129 (SEQ ID NO: 753)、Ceres 克隆 ID No. 1761385 (SEQ ID NO 755)、Ceres ANNOT ID No. 1488325 (SEQ ID NO 757)、Ceres ANNOT ID No. 1460483 (SEQ ID NO 759)、Ceres 克隆 ID No. 1837825 (SEQ ID N0:761)、公共 GI ID No. 27228310 (SEQ ID N0:762)、公共 GI ID No. 117653881 (SEQ ID N0:763)、公共 GI ID No. 115480233 (SEQ ID N0:764)、公共 GI ID No. 37694048 (SEQ ID NO :765)、Ceres 克隆 ID No. 1934653 (SEQ ID NO :769)、Ceres 克隆 ID No. 1608106 (SEQ ID NO :771)、Ceres 克隆 ID No. 1604576 (SEQ ID N0:773)、公共 GI ID No. 55824656 (SEQ ID NO 774) ,Ceres 克隆 ID No. 1620272 (SEQ ID NO :776)、Ceres 克隆 ID No. 1853170 (SEQ ID N0:778)、公共 GI ID No. 79013962 (SEQ ID N0:779)、公共 GI ID No. 98975385 (SEQ ID NO 780) ,Ceres ANNOT ID No. 1438775 (SEQ ID N0:782)、公共GI ID No. 23495460 (SEQ ID N0:783)、公共 GI ID No. 98975377 (SEQ ID NO :784)、Ceres ANNOT ID No. 1438776 (SEQ ID NO 786)、Ceres 克隆 ID No. 1853601 (SEQ ID NO 788)、Ceres 克隆 IDNo. 1609048 (SEQ ID NO 790)、Ceres 克隆 ID No. 322305 (SEQ ID NO 792)、Ceres 克隆 ID No. 1823713 (SEQ ID N0:794)、公共 GI ID No. 3660548 (SEQ ID N0:795)、公共 GI ID No. 56154991 (SEQ ID N0:798)、公共 GI ID No. 2980802 (SEQ ID N0:799)、公共 GI ID No. 7269398 (SEQ ID NO:800)、公共 GI ID No. 18416557 (SEQ ID N0:801)、公共 GI ID No. 56154992 (SEQ ID NO:
802)、公共GIID No. 4091984(SEQ ID NO:803)、公共 GIIDNo. 1899058(SEQ ID NO 805)、公共 GI ID No. 56154990 (SEQ ID N0:806)、公共 GIIDNo,.18416562(SEQ IDNO807)、公共GIID No.38683266(SEQ ID NO 810)、公共GIIDNo.39983638(SEQ IDNO812)、公共GIID No.38426954 (SEQ ID NO 814)、公共GIIDNo.38426948 (SEQ IDNO815)、公共GIID No.38146944(SEQ ID NO 816)、公共GIIDNo.38426952(SEQ IDNO817)、公共GIID No.20303011(SEQ ID NO 818)、公共GIIDNo.66269982 (SEQ IDNO819)、公共GIID No.89212816(SEQ ID NO 820)、公共GIIDNo.20303015(SEQ IDNO821)、公
共 GI ID No. 38426950 (SEQ ID N0:822)、公共 GI ID No. 15242244 (SEQ ID N0:823)、公共 GI ID No. 116831599 (SEQ ID N0:824)、公共 GI ID No. 66269671 (SEQ ID NO :827)、Ceres ANNOT ID No. 1468919 (SEQ ID N0:829)、公共GI ID No. 57903606 (SEQ ID N0:833)、公共GI ID No. 45826358 (SEQ ID NO :841)、Ceres ANNOT ID No. 6085912 (SEQ ID NO :843)、Ceres ANNOT ID No. 6026171 (SEQ ID NO :845)、Ceres ANNOT ID No. 6031706 (SEQ ID NO :847)、 公共GI ID No. 115353971 (SEQ ID NO :1843)、和鉴定为图8的序列的功能同系物的序列， 如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图9中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 170的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括A2g33780(SEQ ID NO :850)、Ceres克隆ID No. 1833093 (SEQ ID NO :853)、Ceres ANNOT ID No. 1502190 (SEQ ID NO :857)、Ceres 克隆 ID No. 565641 (SEQ ID N0:876)、公共 GI ID No. 87240507 (SEQ ID NO :877)、Ceres 克隆 ID No. 1325382 (SEQ ID NO :881)、Ceres 克隆 ID No. 1558265 (SEQ ID NO :885)、Ceres 克 隆 ID No. 1823669 (SEQ ID N0:895)、公共 GI ID No. 115464921 (SEQ ID NO :898)、Ceres 克 隆 ID No. 100040598 (SEQ ID NO :851)、Ceres 克隆 ID No. 1847967 (SEQ ID NO 855) ,Ceres ANNOT ID No. 1449186 (SEQ ID NO :859)、Ceres ANNOT ID No. 1466723 (SEQ ID NO :861)、 公共 GI ID No. 21805688 (SEQ ID N0:862)、公共 GI ID No. 9795609 (SEQ ID N0:863)、公 共 GI ID No. 13877535 (SEQ ID N0:864)、公共 GI ID No. 15232547 (SEQ ID N0:865)、公共 GI ID No. 15238851 (SEQ ID NO 866)、Ceres 克隆 ID No. 123863 (SEQ ID NO 868)、Ceres 克隆 ID No. 652496 (SEQ ID NO :870)、Ceres 克隆 ID No. 1656707 (SEQ ID NO :872)、Ceres 克隆 ID No. 1660346 (SEQ ID NO :874)、Ceres 克隆 ID No. 678878 (SEQ ID NO :879)、Ceres 克隆 ID No. 340102 (SEQ ID NO 883)、Ceres 克隆 ID No. 330491 (SEQ ID NO 887)、Ceres 克隆 ID No. 992304 (SEQ ID NO :889)、Ceres 克隆 ID No. 1509925 (SEQ ID NO :891)、Ceres 克隆 ID No. 1543852 (SEQ ID NO :893)、Ceres 克隆 ID No. 1785736 (SEQ ID NO 897) ,Ceres ANNOT ID No. 6079909 (SEQ ID NO :900)、Ceres ANNOT ID No. 6040353 (SEQ ID NO :902)、 Ceres ANNOT ID No. 6100173(SEQ ID NO :904)、和鉴定为图9的序列的功能同系物的序列， 如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图10中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4gl7810(SEQ ID NO :907)、Ceres克隆ID No. 1940797 (SEQ ID NO :909)、Ceres ANNOT ID No. 1538900 (SEQ ID NO :911)、Ceres 克 隆 ID No. 1126868 (SEQ ID N0:922)、公共 GI ID No. 89257684 (SEQ ID N0:923)、公共 GI ID No. 124360460 (SEQ ID N0:929)、公共 GI ID No. 62865694 (SEQ ID N0:931)、公共 GIID No. 62865692 (SEQ ID NO :932)、Ceres 克隆 ID No. 260368 (SEQ ID NO :936)、Ceres 克 隆 ID No. 1873510 (SEQ ID N0:947)、公共 GI ID No. 125541662 (SEQ ID N0:948)、公共 GI ID No. 48716268 (SEQ ID NO :950)、Ceres ANNOT ID No. 1529131 (SEQ ID NO :913)、Ceres ANNOT ID No. 1454060 (SEQ ID NO :915)、Ceres ANNOT ID No. 1442787 (SEQ ID NO :917)、 Ceres ANNOT ID No. 1452648 (SEQ ID N0:919)、公共GI ID No. 2245140 (SEQ ID NO :920)、 公共 GI ID No. 89274212 (SEQ ID NO :924)、Ceres 克隆 ID No. 1104523 (SEQ ID NO :926)、 Ceres 克隆 ID No. 654265 (SEQ ID N0:928)、公共 GI ID No. 42627704 (SEQ ID NO :930)、 Ceres 克隆 ID No. 887222 (SEQ ID N0:934)、公共 GI ID No. 62865690 (SEQ ID N0:937)、公 共 GI ID No. 64175600 (SEQ ID N0:938)、公共 GI ID No. 64175634 (SEQ ID N0:939)、公共 GI ID No. 64175606 (SEQ ID N0:940)、公共 GI ID No. 64175648 (SEQ ID NO :941)、Ceres 克隆 ID No. 312184 (SEQ ID NO :943)、Ceres 克隆 ID No. 380740 (SEQ ID N0:945)、公共 GI ID No. 125531536 (SEQ ID N0:949)、公共GI ID No. 62865696 (SEQ ID NO 1844)、和鉴定为
图10的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图11中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 60的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括Atlgl3360(SEQ ID NO :951)、Ceres克隆ID No. 1798705 (SEQ ID NO :955)、Ceres ANNOT ID No. 1458907 (SEQ ID NO :963)、Ceres 克隆 ID No. 1090409 (SEQ ID NO :971)、Ceres 克隆 ID No. 479817 (SEQ ID NO :977)、Ceres 克隆 ID No. 1041793 (SEQ ID NO :979)、Ceres 克隆 ID No. 684633 (SEQ ID NO :985)、Ceres 克隆 ID No. 371815 (SEQ ID NO :991)、Ceres 克隆 ID No. 1686460 (SEQ ID NO :993)、Ceres 克隆 ID No. 1448595 (SEQ ID NO :995)、Ceres 克隆 ID No. 1734477 (SEQ ID NO :999)、Ceres 克隆 ID No. 1605693 (SEQ ID NO 1005)、Ceres 克隆 ID No. 1757400 (SEQ ID NO 1009)、公共 GI ID No. 115434334 (SEQ ID NO 1015)、Ceres 克隆 ID No. 1793754 (SEQ ID NO 957)、Ceres 克隆 ID No. 1938045 (SEQ ID NO :959)、Ceres 克隆 ID No. 1850004 (SEQ ID NO 961) ,Ceres ANNOT ID No. 1489548 (SEQ ID N0:965)、公共GI ID No. 22329538 (SEQ ID N0:966)、公共GI ID No. 18404714 (SEQ ID NO :967)、Ceres 克隆 ID No. 1110032 (SEQ ID NO :969)、Ceres 克隆 ID No. 1095353 (SEQ ID NO :973)、Ceres 克隆 ID No. 872121 (SEQ ID NO :975)、Ceres 克隆 ID No. 562208 (SEQ ID NO :981)、Ceres 克隆 ID No. 1042364 (SEQ ID NO :983)、Ceres 克隆 ID No. 1031873 (SEQ ID NO :987)、Ceres 克隆 ID No. 1377698 (SEQ ID NO :989)、Ceres 克隆 ID No. 1742945 (SEQ ID NO :997)、Ceres 克隆 ID No. 1742053 (SEQ ID NO 1001)、Ceres 克 隆 ID No. 1728365 (SEQ ID NO :1003)、Ceres 克隆 ID No. 1609807 (SEQ ID NO 1007)、Ceres 克隆 ID No. 1778566 (SEQ ID NO 1011)、Ceres 克隆 ID No. 2020580 (SEQ ID NO: 1013)、公 共 GI ID No. 125524285 (SEQ ID NO 1014)、公共 GI ID No. 125568898 (SEQ ID NO: 1016)、 Ceres ANNOT ID No. 6055303 (SEQ ID NO :1018)、和鉴定为
图11的序列的功能同系物的序 列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图12中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于140 的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括Atlg75860(SEQ ID NO 1024)、Ceres ANNOT ID No. 1452905 (SEQ ID NO 1029)、Ceres 克隆 ID No. 956176 (SEQ ID NO : 1039)、公共 GI ID No. 92870366 (SEQ ID NO : 1040)、Ceres 克隆 ID No. 294166 (SEQ ID NO : 1042)、公共 GI ID No. 125543067 (SEQID N0:1043)、SEQ ID NO : 1025、Ceres ANNOT ID No. 1442522 (SEQ ID(SEQ ID NO 1030)、Ceres 克隆 ID No. 108095 (SEQ ID NO :1032)、公共 GI ID No. 18394821 (SEQ ID NO :1033)、Ceres 克隆 ID No. 6332 (SEQ ID NO: 1035)、Ceres 克隆 ID No. 1069047 (SEQ ID NO :1037)、公共 GI ID No. 115480956 (SEQ ID NO :1044)、和鉴定为
图12的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图13中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4gl9700(SEQ ID NO :1047)、Ceres克隆ID No.1837694(SEQ ID NO :1053)、Ceres ANN0T ID No. 1483367(SEQ ID NO :1057)、Ceres 克 隆 ID No. 1077781 (SEQ ID NO :1083)、Ceres 克隆 ID No. 471026 (SEQ ID NO :1085)、公共GI ID No. 92888885 (SEQ ID NO :1099)、公共 GI ID No. 45544873 (SEQ ID NO :1100)、公共 GI ID No. 45758663 (SEQ ID NO :1101)、Ceres 克隆 ID No. 772927 (SEQ ID NO :1105)、Ceres 克 隆 ID No. 895080 (SEQ ID NO :1111)、Ceres 克隆 ID No. 1806128 (SEQ ID NO :1131)、公共GI ID No. 115458192 (SEQ ID NO :1134)、公共 GI ID No. 82470795 (SEQ ID NO : 1139)、Ceres 克 隆 ID No. 1837746 (SEQ ID NO : 1049)、Ceres 克隆 ID No. 1834764 (SEQ ID NO : 1051)、Ceres 克隆 ID No. 1853547 (SEQ ID NO :1055)、Ceres ANN0T ID No. 1474088 (SEQ ID NO :1059)、 Ceres ANN0T ID No. 1536919(SEQ ID NO : 1061)、Ceres ANN0T ID No. 1467033(SEQ ID NO: 1063)、Ceres ANN0T ID No. 1485401(SEQ ID NO :1065)、Ceres ANN0T ID No. 1486505(SEQ ID NO :1067)、公共 GI ID No. 17065054 (SEQ ID NO :1068)、公共 GI ID No. 30694690 (SEQ ID NO :1069)、Ceres 克隆 ID No. 12997 (SEQ ID NO :1071)、公共GI ID No. 30694694 (SEQ ID NO :1072)、公共 GI ID No. 42572167 (SEQ ID NO :1073)、公共 GI ID No. 110739742 (SEQ ID NO :1074)、公共 GI ID No. 18412263 (SEQ ID NO : 1075)、Ceres 克隆 ID No. 36412 (SEQ ID NO :1077)、公共 GI ID No. 18399792 (SEQ ID NO : 1078)、Ceres 克隆 ID No. 924 (SEQ ID NO: 1080)、公共 GI ID No. 15238000 (SEQ ID NO :1081)、Ceres 克隆 ID No. 1626330 (SEQ ID NO: 1087)、Ceres 克隆 ID No. 1650419 (SEQ ID NO : 1089)、Ceres 克隆 ID No. 1641329 (SEQ ID NO :1091)、Ceres 克隆 ID No. 1620406 (SEQ ID NO : 1093)、Ceres 克隆 ID No. 546832 (SEQ ID NO : 1095)、Ceres 克隆 ID No. 1243138 (SEQID NO :1097)、公共 GI ID No. 92887260 (SEQ ID NO :1098)、Ceres 克隆 ID No. 885628 (SEQ ID NO : 1103)、Ceres 克隆 ID No. 1376391 (SEQ ID NO :1107)、Ceres 克隆 ID No. 465893 (SEQ ID NO :1109)、Ceres 克隆 ID No. 218243 (SEQ ID NO :1113)、Ceres 克隆 ID No. 1558456 (SEQ ID NO : 1115)、Ceres 克隆 ID No. 343008 (SEQ ID NO :1117)、Ceres 克隆 ID No. 218463 (SEQ ID NO : 1119)、Ceres 克隆 ID No. 1565409 (SEQ ID NO :1121)、Ceres 克隆 ID No. 1060968 (SEQ ID NO : 1123)、Ceres 克隆 ID No. 236111 (SEQ ID NO :1125)、Ceres 克隆 ID No. 285598 (SEQ ID NO :1127)、Ceres 克隆 ID No. 225881 (SEQ ID NO :1129)、Ceres 克隆 ID No. 1811383 (SEQ ID NO :1133)、公共 GI ID No. 49388268 (SEQ ID NO :1135)、公共 GI ID No. 125590268 (SEQ ID NO :1136)、公共 GI ID No. 115444009 (SEQ ID NO :1137)、公共 GI ID No. 115447993 (SEQ ID NO :1138)、Ceres ANN0T ID No. 6033842 (SEQ ID NO :1141)、Ceres ANN0T ID No. 6029952 (SEQ ID NO : 1143)、Ceres ANN0T ID No. 6035837 (SEQ ID NO : 1145)、Ceres ANN0T ID No. 6035830 (SEQ ID NO : 1147)、Ceres ANN0T ID No. 6029981 (SEQ ID NO :1149)、和鉴定为
图13的序列的功能同系物的序列，如序 列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图14中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于
7180的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括Atlg58100(SEQ ID NO :1151)、Ceres克隆ID No. 1851526 (SEQ ID NO : 1155)、Ceres ANNOT ID No. 1486769 (SEQ ID NO :1172)、公共 GI ID No. 83032232 (SEQ ID NO : 1209)、Ceres 克隆 ID No. 1620420 (SEQ ID NO :1211)、公共 GI ID No. 92892428 (SEQ ID NO : 1215)、Ceres 克隆 ID No. 884742 (SEQ ID NO : 1223)、Ceres 克隆 ID No. 1821559 (SEQ ID NO :1246)、公共 GI ID No. 51535021 (SEQ ID NO : 1258)、公共 GI ID No. 113205304 (SEQ ID NO :1263)、公共 GI ID No. 37719051 (SEQ ID NO : 1264)、Ceres 克隆 ID No. 1918070 (SEQ ID NO :1153)、Ceres 克隆 ID No. 1948426 (SEQ ID NO :1157)、Ceres 克 隆 ID No. 1937875 (SEQ ID NO : 1159)、Ceres 克隆 ID No. 100056542 (SEQ ID NO: 1160)、公 共 GI ID No. 5731257 (SEQ ID NO :1161)、Ceres 克隆 ID No. 100058043 (SEQ ID NO: 1162)、 Ceres 克隆 ID No. 1838288 (SEQ ID NO : 1164)、Ceres 克隆 ID No. 1793597 (SEQ ID NO: 1166).Ceres ANNOT ID No. 1543031(SEQ ID NO :1168)、Ceres ANNOT ID No. 1489643(SEQ ID NO :1170)、Ceres ANNOT ID No. 1479721 (SEQ IDN0 :1174)、Ceres ANNOT ID No. 1449170 (SEQ ID NO : 1176)、Ceres ANNOT ID No. 1493696 (SEQ ID NO : 1178)、Ceres ANNOT ID No. 1543534(SEQ ID NO 1180),Ceres ANNOT ID No. 1440815(SEQ ID N0:1182)、 Ceres ANNOT ID No. 1490137(SEQ ID NO :1184)、Ceres ANNOT ID No. 1451054(SEQ ID NO 1186)、Ceres ANNOT ID No. 1456669(SEQ ID NO :1188)、Ceres ANNOT ID No. 1509865(SEQ ID NO:1190)、Ceres ANNOT ID No. 1447910(SEQ ID NO:1192)、Ceres ANNOT ID No.1471068(SEQ ID NO : 1194)、Ceres ANNOT ID No.1504118(SEQ ID NO : 1196)、Ceres 克 隆 ID No. 1343621 (SEQ ID NO :1198)、公共 GI ID No. 15218305 (SEQ ID NO :1199)、公共 GI ID No. 15219640 (SEQ ID NO :1200)、公共 GI ID No. 18409345 (SEQ ID NO :1201)、公共 GI ID No. 6522545 (SEQ ID NO :1202)、公共 GI ID No. 15237274 (SEQ ID NO :1203)、公共 GI ID No. 26452377 (SEQ ID NO : 1204)、Ceres 克隆 ID No. 33629 (SEQ ID NO : 1206)、Ceres 克隆 ID No. 1064407 (SEQ ID NO : 1208)、Ceres 克隆 ID No. 1656310 (SEQ ID NO :1213)、公共 GI ID No. 92885257 (SEQ ID NO :1214)、公共 GI ID No. 92868571 (SEQ ID NO :1216)、公共 GI ID No. 53689778 (SEQ ID NO :1217)、Ceres 克隆 ID No. 835598 (SEQ ID NO : 1219)、Ceres 克隆 ID No. 575649 (SEQ ID NO :1221)、Ceres 克隆 ID No. 376567 (SEQ ID NO : 1225)、Ceres 克隆 ID No. 1284191 (SEQ ID NO :1227)、Ceres 克隆 ID No. 367175 (SEQ ID NO : 1229)、Ceres 克隆 ID No. 100748296 (SEQ ID NO :1230)、Ceres 克隆 ID No. 1597176 (SEQ ID NO : 1232)、Ceres 克隆 ID No. 375636 (SEQ ID NO : 1234)、Ceres 克隆 ID No. 288123 (SEQ ID NO : 1236)、Ceres 克隆 ID No. 303582 (SEQ ID NO :1238)、Ceres 克隆 ID No. 1604759 (SEQ ID NO :1240)、Ceres 克隆 ID No. 1955192 (SEQ ID NO :1242)、Ceres 克隆 ID No. 2008687 (SEQ ID NO : 1244)、Ceres 克 隆 ID No. 1995843 (SEQ ID NO :1248)、Ceres 克隆 ID No. 2008591 (SEQ ID NO :1250)、Ceres 克隆 ID No. 2046826 (SEQ ID NO : 1252)、Ceres 克隆 ID No. 1985573 (SEQ ID NO: 1254)、公共 GI ID No. 125541129 (SEQ ID NO :1255)、公共 GI ID No. 125528922 (SEQ ID N0:1256)、公共 GI ID No. 115487590 (SEQ ID NO :1257)、公共 GI ID No. 115448671 (SEQ ID N0:1259)、公共 GI ID No. 125596564 (SEQ ID NO :1260)、公共 GI ID No. 125573161 (SEQ ID N0:1261)、公 共GI ID No. 48716463(SEQ ID NO : 1262)、Ceres ANNOT ID No. 6054246(SEQ IDN0:1266)、 Ceres ANNOT ID No. 6086570(SEQ ID NO 1268),Ceres ANNOT ID No. 6024957(SEQ ID NO: 1270)、Ceres ANNOT ID No. 6016867(SEQ ID NO :1272)、Ceres ANNOT ID No. 6091369(SEQ
72ID NO: 1274)、和鉴定为
图14的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图15中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 180的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At5g46170(SEQ ID NO 1277)、Ceres克隆ID No. 1926352 (SEQ ID NO : 1279)、Ceres ANNOT ID No. 1448905 (SEQ ID NO :1285)、公共 GI ID No. 15236865 (SEQ ID NO : 1294)、Ceres 克隆 ID No. 934771 (SEQ ID NO :1301)、Ceres 克 隆 ID No. 338386 (SEQ ID NO : 1303)、Ceres 克隆 ID No. 1780691 (SEQ ID NO :1317)、公共 GI ID No. 115464819 (SEQ ID NO : 1326)、Ceres 克隆 ID No. 1848576 (SEQ ID NO : 1281)、Ceres 克隆 ID No. 1981528 (SEQ ID NO :1283)、Ceres ANNOT ID No. 1465978 (SEQ ID NO :1287)、 Ceres ANNOT ID No. 1504997(SEQ ID NO :1289)、Ceres ANNOT ID No. 1451909(SEQ ID NO 1291)、Ceres ANNOT ID No. 1461635 (SEQ ID NO :1293)、公共 GI ID No. 18397400 (SEQ ID NO : 1295)、Ceres 克隆 ID No. 16226 (SEQ ID NO :1297)、公共 GI ID No. 18411823 (SEQ ID NO :1298)、公共 GI ID No. 15219845 (SEQ ID NO : 1299)、Ceres 克隆 ID No. 1276710 (SEQ ID NO :1305)、Ceres 克隆 ID No. 1479310 (SEQ ID NO : 1307)、Ceres 克隆 ID No. 376230 (SEQ ID NO :1309)、Ceres 克隆 ID No. 1290713 (SEQ ID NO : 1311)、Ceres 克隆 ID No. 321681 (SEQ ID NO : 1313)、Ceres 克隆 ID No. 1869072 (SEQ ID NO : 1315)、Ceres 克隆 ID No. 1818502 (SEQ ID NO :1319)、Ceres 克隆 ID No. 1750477 (SEQ ID NO :1321)、公共GI ID No. 125552947 (SEQ ID NO :1322)、公共 GI ID No. 125527862 (SEQ ID NO :1323)、公共 GI ID No. 125543660 (SEQ ID NO :1324)、公共 GI ID No. 125528123 (SEQ ID NO :1325)、公共 GI ID No. 115440195 (SEQ ID NO :1327)、公共 GI ID No. 115452717 (SEQ ID NO :1328)、公共 GI ID No. 115440629 (SEQ ID NO :1329)、公共 GI ID No. 115464599 (SEQ ID NO :1330)、公共 GI ID No. 20161462 (SEQ ID NO :1331)、公共GI ID No. 125586076 (SEQ ID NO :1332)、Ceres 克隆 ID No. 1823216 (SEQ ID NO : 1334)、Ceres ANNOT ID No. 6040230 (SEQ ID NO : 1336)、Ceres ANNOT ID No. 6015489 (SEQ ID NO : 1338)、Ceres ANNOT ID No. 6042890 (SEQ ID NO : 1340)、Ceres ANN0TID No. 6040033(SEQ ID NO : 1342)、Ceres ANNOT ID No. 6018414(SEQ ID N0:1344)、 和鉴定为
图15的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图16中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 60的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g32280(SEQ ID NO 1347)、Ceres克隆ID No. 285028 (SEQ ID NO : 1419)、Ceres 克隆 ID No. 100969565 (SEQ ID NO :1422)、公共 GI ID No. 1352057(SEQ ID NO 1427),Ceres ANNOT ID No. 1453784(SEQ ID NO :1429)、公共GI ID No. 452777 (SEQ ID NO :1430)、公共 GI ID No. 92873297 (SEQ ID NO : 1431)、Ceres ANNOT ID No. 1452612 (SEQ ID NO : 1349)、Ceres 克隆 ID No. 520455 (SEQ ID NO :1351)、公共 GI ID No. 75271810 (SEQ ID NO :1352)、公共 GI ID No. 115489446 (SEQ ID NO : 1353)、Ceres 克隆 ID No. 499878 (SEQ ID NO : 1355)、Ceres ANNOT ID No. 1491840 (SEQ ID N0:1357)、公 共 GI ID No. 125587204 (SEQ ID NO : 1358)、Ceres 克隆 ID No. 320997 (SEQ ID NO: 1360)、 Ceres ANNOT ID No. 1455585(SEQ ID NO : 1362)、Ceres ANNOT ID No. 1499460(SEQ ID NO: 1364)、Ceres 克隆 ID No. 334484 (SEQ ID NO : 1366)、Ceres 克隆 ID No. 100819481 (SEQ ID NO :1367)、公共GI ID No. 115462401 (SEQ ID NO : 1368)、Ceres 克隆 ID No. 1448136 (SEQ ID NO :1370)、Ceres 克隆 ID No. 277751 (SEQ ID NO :1372)、Ceres ANNOT ID No. 1491839 (SEQ ID NO :1374)、Ceres 克隆 ID No. 100913241 (SEQ ID NO : 1375)、Ceres 克隆 ID
73No. 1053224 (SEQ ID NO 1377)、Ceres 克隆 ID No. 425766 (SEQ ID NO : 1379)、Ceres 克隆 ID No. 485480 (SEQ ID NO : 1381)、Ceres 克隆 ID No. 474845 (SEQ ID NO :1383)、Ceres 克隆 ID No. 354561 (SEQ ID NO : 1385)、Ceres 克隆 ID No. 540858 (SEQ ID NO : 1387)、Ceres 克隆 ID No. 2032994 (SEQ ID NO :1389)、Ceres 克隆 ID No. 2015315 (SEQ ID NO :1391)、Ceres 克隆 ID No. 2016149 (SEQ ID NO :1393)、Ceres 克隆 ID No. 1922843 (SEQ ID NO :1395)、Ceres 克隆 ID No. 2000263 (SEQ ID NO : 1397)、Ceres 克隆 ID No. 1943510 (SEQ ID NO : 1399)、Ceres 克隆 ID No. 1835498 (SEQ ID NO : 1401)、Ceres 克隆 ID No. 101116694 (SEQ ID NO : 1402)、Ceres 克隆 ID No. 1930596 (SEQ ID NO : 1404)、Ceres 克隆 ID No. 846036 (SEQ ID NO : 1406)、Ceres 克隆 ID No. 941614 (SEQ ID NO :1408)、Ceres 克隆 ID No. 238788 (SEQ ID NO :1410)、公共GI ID No. 125554220 (SEQ ID NO :1411)、公共 GI ID No. 125559895 (SEQ ID NO : 1412)、公共 GI ID No. 75252070 (SEQ IDN0 :1413)、公共 GI ID No. 115466632 (SEQ ID NO :1414)、公共 GI ID No. 125541525 (SEQ ID NO : 1415)、Ceres 克隆 ID No. 1805110 (SEQ ID NO : 1417)、Ceres 克隆 ID No. 1725309 (SEQ ID NO : 1421)、Ceres 克隆 ID No. 100861679 (SEQ ID NO :1423)、公共GI ID No. 75226278 (SEQ ID NO :1424)、公共 GI ID No. 125525030 (SEQ ID NO :1425)、公共 GI ID No. 115435474 (SEQ ID NO : 1426)、Ceres 克隆 ID No. 1728516 (SEQ ID NO :1433)、公共GI ID No. 115467910 (SEQ ID NO :1434)、公共 GI ID No. 15239950 (SEQ ID NO :1435)、公共 GI ID No. 4887012 (SEQ ID NO 1436),Ceres ANN0T ID No. 1478544 (SEQ ID NO :1438)、公共 GI ID No. 90811713 (SEQ ID NO :1439)、公共 GI ID No. 25989504 (SEQ ID NO : 1440)、Ceres 克 隆 IDNo. 1113354(SEQ ID NO : 1442)、Ceres 克隆 ID No. 1113630 (SEQ ID NO : 1444)、Ceres ANN0T ID No. 6072030(SEQ ID NO :1446)、Ceres ANN0T ID No. 6025654(SEQ ID NO: 1448)、 Ceres ANN0T ID No. 6091150(SEQ ID NO :1450)、Ceres ANN0T ID No. 6100390(SEQ ID NO: 1452)、和鉴定为
图16的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图17中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 270的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At3g02830(SEQ ID NO 1457)、Ceres克隆 ID No. 1924904 (SEQ ID NO : 1460)、Ceres ANN0T ID No. 1543346 (SEQ ID NO: 1462)、公 共 GI ID No. 18396338 (SEQ ID NO : 1467)、Ceres 克隆 ID No. 833872 (SEQ ID NO: 1471)、 Ceres 克隆 ID No. 1579587 (SEQ ID NO : 1475)、Ceres 克隆 ID No. 1786411 (SEQ ID NO: 1477)、公共 GI ID No. 108864370 (SEQ ID N0:1480)、SEQ ID NO : 1458、Ceres ANN0T ID No. 1532932 (SEQ ID NO : 1464)、Ceres ANN0T ID No. 1489955 (SEQ ID NO :1466)、公共 GI ID No. 4928917 (SEQ ID NO :1468)、公共 GI ID No. 6728979 (SEQ ID NO : 1469)、Ceres 克隆 ID No. 285780 (SEQ ID NO : 1473)、公共 GI ID No. 125528863 (SEQ ID NO :1478)、公共 GI ID No. 125536365 (SEQ ID NO :1479)、公共 GI ID No. 108864369 (SEQ ID NO : 1481)、公共 GI ID No. 115488274 (SEQ ID NO :1482)、公共 GI ID No. 125577099 (SEQ ID NO :1483)、公共 GI ID No. 125573110 (SEQ ID NO :1484)、公共GI ID No. 124359159 (SEQ ID NO :1485)、公共GI ID No. 62901479 (SEQ ID NO : 1486)、Ceres ANN0T ID No. 6016783 (SEQ ID NO : 1488)、Ceres ANN0TID No. 6020759(SEQ ID NO :1490)、Ceres ANN0T ID No. 6028676(SEQ ID N0:1492)、 Ceres ANN0T ID No. 6028677 (SEQ ID NO :1494)、和鉴定为
图17的序列的功能同系物的序 列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从
图18中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于70的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g08920(SEQ ID NO 1497)、Ceres ANNOT ID No. 1443463 (SEQ ID NO 1499)、公共 GI ID No. 13605525 (SEQ ID NO 1502)、公共 GI ID No. 94965681 (SEQ ID NO :1506)、公共 GI ID No. 28201254 (SEQ ID NO 1512)、Ceres ANNOT ID No. 1504954 (SEQ ID NO 1501)、公共 GI ID No. 2499553 (SEQ ID NO : 1503)、公共 GI ID No. 738308 (SEQ ID NO : 1504)、公共 GI ID No. 4325368 (SEQ ID NO : 1505)、Ceres 克隆 ID No. 919923 (SEQ ID NO : 1508)、Ceres 克隆 ID No. 1659764 (SEQ ID NO : 1510)、公共 GI ID No. 125539984 (SEQ ID NO :1511)、公共 GI ID No. 21740729 (SEQ ID NO :1513)、公共 GI ID No. 115458700 (SEQ ID NO : 1514)、公共 GI ID No. 125590574 (SEQ ID NO : 1515)、公共 GI ID No. 16444957 (SEQ ID NO : 1516)、Ceres 克隆 ID No. 1784494 (SEQ ID NO : 1518)、公共 GI ID No. 77963980 (SEQ ID NO : 1519)、公共 GI ID No. 124361190 (SEQ ID NO : 1520)、公共 GI ID No. 37725007 (SEQ ID NO : 1521)、公共 GI ID No. 45935258 (SEQ ID NO : 1522)、公共 GI ID No. 15559008 (SEQ ID NO : 1523)、公共 GI ID No. 38037416 (SEQ ID NO : 1524)、公共 GI ID No. 77963974 (SEQ ID NO : 1525)、Ceres ANNOT ID No. 6112581 (SEQ ID NO: 1527)、公共 GI ID No. 56553448 (SEQ ID NO :1528)、公共 GI ID No. 23506659 (SEQ ID NO : 1529)、Ceres ANNOT ID No. 6118060 (SEQ ID NO : 1531)、公共 GI ID No. 46446306 (SEQ ID NO: 1532)、公 共 GI ID No. 114321405 (SEQ ID NO :1533)、公共 GI ID No. 83858274 (SEQ ID N0:1534)、公 共 GI ID No. 154250969 (SEQ ID NO :1535)、公共 GI ID No. 83594235 (SEQ ID N0:1536)、和 鉴定为
图18的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。 序列表中显示了当拟合至从
图19中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 130的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4gl 1660 (SEQ ID NO 1587)、Ceres克隆ID No.1839577(SEQ ID NO 1589)、Ceres ANNOT ID No.1491567(SEQ ID NO 1591)、Ceres 克 隆 ID No. 574505 (SEQ ID NO 1596)、公共 GI ID No. 56117815 (SEQ ID NO 1597)、公共 GI ID No. 92874021 (SEQ ID NO 1603)、公共 GI ID No. 123684 (SEQ ID NO 1605)、公共 GI ID No. 5821136 (SEQ ID NO 1606)、Ceres 克隆 ID No. 283366 (SEQ ID NO :1609)、公共 GI ID No. 16118447 (SEQ ID NO :1612)、公共 GI ID No. 125562434 (SEQ ID NO 1614),Ceres ANNOT
IDNo. 1438739 (SEQ ID NO :1593)、公共 GI ID No. 89274218 (SEQIDNO1594)、公共GIIDNo.115521211 (SEQ ID NO1598)、公共GI ID No. 115521213 (SEQIDNO1599)、公共GIIDNo.115521217(SEQ ID NO1600)、公共 GI ID No. 115521209 (SEQIDNO1601)、公共GIIDNo.115521215(SEQ ID NO1602)、公共 GI ID No. 11386827 (SEQIDNO ；1604)、公共GIIDNo.25052685(SEQ ID NO 1607)、Ceres 克隆 ID No. 1440437 (SEQIDNO1611)、公共GIIDNo.125564440(SEQ ID NO1613)、公共GI ID No. 116309817 (SEQIDNO1615)、公共GIIDNo.125549382(SEQ ID NO1616)、公共 GI ID No. 52077317 (SEQIDNO 1617)、公共GIIDNo.115477655 (SEQ ID NO1618)、公共 GI ID No. 42408097 (SEQIDNO ；1619)、公共GIIDNo.115459982(SEQ ID NO1620)、公共 GI ID No. 33591096 (SEQIDNO ；1621)、Ceres克隆IDNo.484753(SEQ ID NO1623),Ceres ANNOT ID No. 6035291(SEQ IDNO : 1625)、和鉴定
为
图19的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。 序列表中显示了当拟合至从图20中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 570的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At2g45700(SEQ ID NO 1635)、Ceres ANNOT ID No. 1508307 (SEQ ID NO 1637)、公共 GI ID No. 1495267 (SEQ ID NO : 1642)、公共 GI ID
75No. 87241310 (SEQ ID NO 1644)、Ceres 克隆 ID No. 938390 (SEQ ID NO 1646)、Ceres 克隆 ID No. 272338 (SEQ ID NO 1648)、Ceres 克隆 ID No. 1993510 (SEQ ID NO 1650)、公共 GI ID No. 125563862 (SEQ ID NO :1651)、公共 GI ID No. 125605833 (SEQ ID NO :1653)、公共 GI ID No. 6899919(SEQ ID NO 1632)、Ceres ANNOT ID No. 1455110(SEQ ID NO 1639)、Ceres ANNOT ID No. 1525218 (SEQ ID NO :1641)、公共 GI ID No. 15231597 (SEQ ID N0:1643)、公共 GI ID No. 125548147 (SEQ ID NO :1652)、公共 GI ID No. 51091343 (SEQ ID N0:1654)、公共 GI ID No. 115479355(SEQ ID NO : 1655)、Ceres ANNOT ID No. 6042086(SEQ ID N0:1657)、 Ceres ANNOT ID No. 6029903 (SEQ IDNO :1659)、和鉴定为图20的序列的功能同系物的序 列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图21中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 150的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At2g35940(SEQ ID NO 1540)、Ceres克隆ID No. 1943265 (SEQ ID NO 1543)、Ceres ANNOT ID No. 1454522 (SEQ ID NO 1547)、公共 GI ID No. 31323447 (SEQ ID NO 1556)、Ceres 克隆 ID No. 1583941 (SEQ ID NO 1561)、Ceres 克隆 ID No. 1792942 (SEQ ID NO 1563)、公共 GI ID No. 77548772 (SEQ ID N0:1565)、公共 GI ID No. 84453182 (SEQ ID NO :1567)、公共 GI ID No. 31746344 (SEQ ID NO 1541)、Ceres 克隆 ID No. 1926640 (SEQ ID NO :1545)、Ceres ANNOT ID No. 1475125 (SEQ ID NO :1549)、 Ceres ANNOT ID No. 1439653(SEQ ID NO 1551),Ceres ANNOT ID No. 1461995(SEQ ID N0: 1553)、公共 GI ID No. 13877517 (SEQ ID NO :1554)、公共 GI ID No. 7239157 (SEQ ID N0: 1555)、公共 GI ID No. 22652125 (SEQ ID NO :1557)、公共 GI ID No. 22652115 (SEQ ID N0: 1558)、公共 GI ID No. 22652117 (SEQ ID NO :1559)、公共 GI ID No. 125535858 (SEQ ID N0: 1564)、公共 GI ID No. 125578581 (SEQ ID NO :1566)、公共 GI ID No. 13752407 (SEQ ID N0: 1568)、Ceres ANNOT ID No. 6098817(SEQ ID NO :1570)、Ceres ANNOT ID No. 6039430(SEQ ID NO :1572)、Ceres ANNOT ID No.6068141 (SEQ ID NO:1574)、Ceres ANNOT ID No. 6033916 (SEQ ID NO : 1576)、Ceres ANNOT ID No. 6034399 (SEQ ID NO : 1578)、Ceres ANNOT ID No. 6068617(SEQ ID NO : 1580)、Ceres ANNOT ID No. 6026318(SEQ ID N0:1582)、 Ceres ANNOT ID No. 6107650 (SEQ ID NO :1584)、和鉴定为图21的序列的功能同系物的序 列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图22中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大 于1340的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括Atlg04400(SEQ ID N0:538)、公共GI ID No. 5731739 (SEQ ID NO :539)、Ceres ANNOT ID No. 1538045 (SEQ ID N0:541)、公共 GI ID No. 29467479 (SEQ ID N0:542)、公共 GI ID No. 133921974 (SEQ ID NO :543)、公 共 GI ID No. 113197027 (SEQ ID N0:544)、公共 GI ID No. 92879277 (SEQ ID N0:545)、公 共 GI ID No. 45935260 (SEQ ID N0:546)、公共 GI ID No. 8101444 (SEQ ID N0:547)、公共 GI ID No. 78217443 (SEQ ID N0:548)、公共 GI ID No. 28372347 (SEQ ID N0:549)、公共 GI ID No. 16416405 (SEQ ID NO :550)、Ceres ANNOT ID No. 1484634 (SEQ ID NO :552)、Ceres ANNOT ID No. 1451869 (SEQ ID N0:554)、公共 GI ID No. 25407462 (SEQ ID N0:555)、公 共 GI ID No. 29467481 (SEQ ID N0:556)、公共 GI ID No. 29467477 (SEQ ID N0:557)、公 共 GI ID No. 45935264 (SEQ ID N0:558)、公共 GI ID No. 5524201 (SEQ ID N0:559)、公共 GI ID No. 78217441 (SEQ ID N0:560)、公共 GI ID No. 3551221 (SEQ ID N0:561)、公共 GI
76ID No. 3551219 (SEQ ID N0:562)、公共 GI ID No. 23954324 (SEQ ID N0:563)、公共 GI ID No. 125582937 (SEQ ID N0:564)、公共 GI ID No. 83764373 (SEQ ID NO :565)、Ceres ANNOT ID No. 6045327 (SEQ ID NO :567)、和鉴定为图22的序列的功能同系物的序列，如序列表中 所列的。序列表中显示了当拟合至从图23中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大 于80的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At3g45610(SEQ ID N0:606)、公共GI ID No. 92873064 (SEQ ID N0:607)、公共 GI ID No. 37051125 (SEQ ID N0:608)、公共 GI ID No. 112363376 (SEQ ID NO :609)、Ceres 克隆 ID No. 1938524 (SEQ ID NO :611)、Ceres ANNOT ID No. 1473601 (SEQ ID NO :613)、Ceres ANNOT ID No. 1468397 (SEQ ID NO :615)、 公共 GI ID No. 21554185 (SEQ ID N0:616)、公共 GI ID No. 18424330 (SEQ ID N0:617)、公 共 GI ID No. 8885571 (SEQ ID NO :618)、Ceres 克隆 ID No. 20852 (SEQ ID N0:620)、公共 GI ID No. 21553763 (SEQ ID N0:621)、公共 GI ID No. 18401763 (SEQ ID NO :622)、Ceres 克隆 ID No. 16423 (SEQ ID N0:624)、公共 GI ID No. 112363380 (SEQ ID N0:625)、公共 GI ID No. 6092016 (SEQ ID NO :626)、Ceres 克隆 ID No. 770468 (SEQ ID N0:628)、公共 GI ID No. 113205234 (SEQ ID NO :629)、Ceres ANNOT ID No. 6094775 (SEQ ID NO :631)、和鉴定为 图23的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。序列表中显示了当拟合至从图24中所列的氨基酸序列产生的HMM时具有大于 110的HMM比特得分的多肽。此类多肽包括At4g08330(SEQ ID NO :570)、Ceres克隆ID No. 1919714 (SEQ ID NO :572)、Ceres ANNOT ID No. 1443290 (SEQ ID NO :574)、Ceres 克 隆 ID No. 1042157 (SEQ ID NO :576)、Ceres 克隆 ID No. 1384304 (SEQ ID NO :578)、公共 GI ID No. 115464375 (SEQ ID NO 579) ,Ceres 克隆 ID No. 100028078 (SEQ ID NO 580) ,Ceres ANNOT ID No. 1452096 (SEQ ID NO :582)、Ceres ANNOT ID No. 1503869 (SEQ ID NO :584)、 Ceres ANNOT ID No. 1525651 (SEQ ID NO :586)、Ceres 克隆 IDNo. 1645639 (SEQ ID N0: 588)、Ceres 克隆 ID No. 603237 (SEQ ID NO 590)、Ceres 克隆 ID No. 340925 (SEQ ID NO 592)、Ceres 克隆 ID No. 293238 (SEQ ID NO 594)、Ceres 克隆 ID No. 483742 (SEQ ID NO 596)、Ceres 克隆 ID No. 1460255 (SEQ ID NO :598)、Ceres 克隆 ID No. 1400107 (SEQ ID NO: 600)、公共 GI ID No. 115440865 (SEQ ID NO :601)、Ceres ANNOT ID No. 6016008 (SEQ ID NO 603)、和鉴定为图24的序列的功能同系物的序列，如序列表中所列的。E.百分比同一性在一些实施方案中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与下组所列氨基酸序列 之一具有至少 40%序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性的氨基酸序列SEQ ID NO :3、SEQ ID N0: 70、SEQ ID NO :129、SEQ ID NO :317、SEQ ID NO :337、SEQ ID NO :456、SEQ ID NO :538、 SEQ ID NO 570,SEQ ID NO 606、SEQ ID NO 634、SEQ ID NO 644、SEQ ID NO 850、SEQ ID NO 907,SEQ ID NO :953、SEQ ID NO 1024,SEQ ID NO 1047、SEQ ID NO 1151,SEQ ID N0: 1277、SEQ ID N0:1347、SEQ ID N0:1457、SEQ ID N0:1497、SEQ ID N0:1540、SEQ ID NO: 1587、SEQ ID N0:1630、和SEQ ID N0:1635。具有此类百分比序列同一性的多肽常常具有 指明(indicative) SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的结构域和/或具有大于20的HMM比 特得分，如上文所讨论的。
图1-24中提供了与下组所列的氨基酸序列之一具有至少40%序列同一性的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的氨基酸序列=SEQ ID NO :3、SEQ ID NO :70、 SEQ ID NO 129,SEQ ID NO :317、SEQ ID NO 337,SEQ ID NO :456,SEQ ID NO 538,SEQ ID NO 570,SEQ ID NO :606、SEQ ID NO 634、SEQ ID NO 644、SEQ ID NO 850、SEQ ID NO :907、 SEQ ID NO :953、SEQ ID NO :1024、SEQ ID NO :1047、SEQ ID NO :1151、SEQ ID NO :1277、 SEQ ID N0:1347、SEQ ID N0:1457、SEQ ID N0:1497、SEQ ID N0:1540、SEQ ID NO :1587、 和 SEQ ID NO :1635o“百分比序列同一性”指任何给定的参照序列(例如SEQ ID NO 3)与候选 SD+E0DFR和/或低光耐受性序列之间的序列同一性程度。候选序列通常具有如下的长 度，其是参照序列的长度的80 %至200 %，例如参照序列的长度的82 %、85 %、87 %、89 %、 90 %,93 %,95 %,97 %,99 % UOO %,105 %UlO %,115 %,120 %,130 %,140 %,150 160 %、170 %、180 %、190 %、或200 %。可以如下测定任何候选核酸或多肽相对于参照核酸 或多肽的百分比同一性。使用计算机程序ClustalW(第1.83版，缺省参数)将参照序列 (例如核酸序列或氨基酸序列)与一种或多种候选序列比对，所述计算机程序ClustalW容 许核酸或多肽序列的比对跨越其整个长度实施(全局比对)。Cherma等，Nucleic Acids Res. ,31(13) :3497_500 (2003)。ClustalW计算参照与一种或多种候选序列之间的最佳匹配，并比对它们，使得 可以测定同一性、相似性和差异。可以将一个或多个残基的缺口插入参照序列和/或候 选序列中以使序列比对最大化。对于核酸序列的快速成对比对，使用下列缺省参数字大 小2 ；窗大小4 ；评分方法百分比；顶部对角线(top diagonal)的数目4 ；和缺口罚分 5。对于核酸序列的多序列比对，使用下列参数缺口开放罚分10.0 ；缺口延伸罚分5.0 ； 和权重转换是。对于蛋白质序列的快速成对比对，使用下列参数字大小1 ；窗大小5 ； 评分方法百分比；顶部对角线的数目5;缺口罚分3。对于蛋白质序列的多比对，使用 下列参数权重矩阵bl0Sum;缺口开放罚分10.0 ；缺口延伸罚分0.05 ；亲水性缺口 开 启；亲水性残基Gly、Pro、Ser、Asn、Asp、Gin、Glu、Arg、和Lys ；残基特定缺口罚分开 启。ClustalW输出是反映序列间相互关系的序列比对。可以在例如贝勒医学院(Baylor College of Medicine)搜索发身寸器(Search Launcher)立占;^ (searchlauncher. bcm. tmc. edu/multi-align/multi-align. html)和万维网上的欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)站点(ebi.ac.uk/clustalw)上运行 ClustalW0为了测定候选核酸或氨基酸序列与参照序列的百分比同一性，使用ClustalW来 比对序列，用比对中相同匹配的数目除以参照序列的长度，并用结果乘以100。注意到百分 比同一性数值可以四舍五入最近的十分之一。例如，78. 11,78. 12,78. 13、和78. 14向下四 舍五入 78. 1，而 78. 15,78. 16,78. 17,78. 18、和 78. 19 向上四舍五入 78. 2。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 3中所列的氨 基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%, 80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图1中提供了与 SEQ ID NO :3中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1844057 (SEQ ID NO 7),Ceres ANNOT ID No. 1469148 (SEQ ID N0:22)、公 共 GI ID No. 18390998 (SEQ ID NO :25)、Ceres 克隆 ID No. 1065656 (SEQ ID NO 32) ,Ceres 克隆 ID No. 1652677 (SEQ ID N0:36)、公共 GI ID No. 92874556 (SEQ ID NO :49)、Ceres 克隆 ID No. 1329161 (SEQ ID NO 53)、Ceres 克隆 ID No. 1030378 (SEQ ID NO 55)、Ceres 克 隆 ID No. 1413787 (SEQ ID N0:57)、和公共 GI ID No. 125543598 (SEQ ID NO :60)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID N0:70中所列的氨 基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%, 80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图2中提供了与SEQ ID NO :70中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1975934 (SEQ ID NO 72)、Ceres ANNOT ID No. 1529913 (SEQ ID NO :80)、 Ceres 克隆 ID No. 977794 (SEQ ID N0:93)、公共 GI ID No. 42362378 (SEQ ID N0:96)、公共 GI ID No. 23899378 (SEQ ID N0:99)、公共 GI ID No. 15963346 (SEQ ID NO: 101)、公共 GI ID No. 15963344+B816(SEQ ID N0:102)、公共 GI ID No. 92429657 (SEQ ID NO 103)、Ceres 克隆 ID No. 746644 (SEQ ID NO : 105)、Ceres 克隆 ID No. 623089 (SEQ ID NO : 109)、Ceres 克隆 ID No. 1913678 (SEQ ID NO : 115)、和公共 GI ID No. 115450609 (SEQ ID NO: 119)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 129中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图3中提供了 与SEQ ID NO :129中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括公共 GI ID No. 34550779 (SEQ ID NO 133)、Ceres 克隆 ID No. 1932235 (SEQ ID N0: 137)、Ceres 克隆 IDNo. 981738 (SEQ ID NO :201)、Ceres 克隆 ID No. 565974 (SEQ ID NO: 209)、公共GI ID No. 1352058 (SEQ ID N0:231)、公共GI ID No. 11131101 (SEQ ID NO :234)、 公共GI ID No. 4887018 (SEQ ID N0:236)、公共GI ID No. 4887018 (SEQ ID NO :236)、Ceres 克隆 ID No. 644455 (SEQ ID NO :247)、Ceres 克隆 ID No. 1731500 (SEQ ID N0:270)、公共 GI ID No. 20269063 (SEQ ID N0:300)、公共 GI ID No. 50404477 (SEQ ID NO :302)、和公共 GI ID No. 62125392(SEQ ID NO :303)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 317中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图4中提供了 与SEQ ID NO :317中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1842125 (SEQ ID NO 319) ,Ceres ANNOT ID No. 1461360 (SEQ ID NO :321)、Ceres 克隆 ID No. 480906 (SEQ ID N0:327)、公共GI ID No. 92889352 (SEQ ID N0: 330)、和公共 GI ID No. 56201850 (SEQ ID NO :330)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 337中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图5中提供了 与SEQ ID NO :337中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽 包括 At2g04240Ceres 克隆 ID No. 952050 (SEQ ID N0:339)、公共 GI ID No. 115477050 (SEQ ID N0:349)、公共 GI ID No. 87162911 (SEQ ID NO :355)、Ceres 克隆 ID No. 1790901 (SEQ ID NO 357) ,Ceres 克隆 ID No. 1460088 (SEQ ID NO 370) ,Ceres 克隆 ID No. 1734065 (SEQ ID NO :393)、Ceres 克隆 ID No. 473509 (SEQ ID NO :395)、Ceres 克隆 ID No. 849918 (SEQ ID NO 401)、Ceres 克隆 ID No. 633470 (SEQ ID NO 409)、Ceres 克隆 ID No. 1808334 (SEQ IDNO :417)、和 Ceres ANNOT ID No. 1525600 (SEQ ID NO :437)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 456中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图6中提供了 与SEQ ID NO :456中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括公共 GI ID No. 58430585 (SEQ ID NO :457)、Ceres 克隆 ID No. 1842825 (SEQ ID NO: 466) ,Ceres ANNOT ID No. 1449721 (SEQ ID N0:474)、公共 GI ID No. 41323978 (SEQ ID NO: 475)、公共GI ID No. 2895186 (SEQ ID N0:478)、公共GI ID No. 22854950 (SEQ ID NO :481)、 公共 GI ID No. 116010474 (SEQ ID N0:485)、公共 GI ID No. 4091804 (SEQ ID N0:488)、公 共 GI ID No. 60459257 (SEQ ID N0:494)、公共 GI ID No. 45544881 (SEQ ID N0:496)、公共 GI ID No. 36789802 (SEQ IDNO :498)、公共 GI ID No. 92875402 (SEQ ID N0:508)、公共 GI ID No. 118406898 (SEQ ID N0:510)、公共 GI ID No. 107770485 (SEQ ID N0:511)、公共 GI ID No. 21655154 (SEQ ID N0:532)、公共 GI ID No. 90657642 (SEQ ID NO :536)、和 Ceres 克 隆 ID No. 1569555(SEQ ID NO 1842)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 634中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图7中提供了 与SEQ ID NO :634中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 月太包括公共 GI ID No. 98961985 (SEQ ID NO :637)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 644中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图8中提供 了与SEQ ID NO :644中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此 类多肽包括 SEQ ID NO :645、Ceres 克隆 ID No. 1849479 (SEQ ID N0:767)、公共 GI ID No. 89275008 (SEQ ID N0:796)、公共 GI ID No. 120400525 (SEQ ID N0:797)、公共 GI ID No. 98980426 (SEQ ID N0:804)、公共 GI ID No. 71983373 (SEQ ID N0:808)、公共 GI ID No. 41351817 (SEQ ID N0:809)、公共 GI ID No. 76446191 (SEQ ID N0:811)、公共 GI ID No. 5616086 (SEQ ID NO :813)、Ceres 克隆 ID No. 1052602 (SEQ ID N0:826)、公共 GI ID No. 72068957 (SEQ ID N0:830)、公共 GI ID No. 71534113 (SEQ ID N0:831)、公共 GI ID No. 37147896 (SEQ ID N0:832)、公共 GI ID No. 92918850 (SEQ ID N0:834)、公共 GI ID No. 40647095 (SEQ ID NO :835)、Ceres ANNOT ID No. 1527711 (SEQ ID N0:837)、公共 GI ID No. 71041116 (SEQ ID N0:838)、公共 GI ID No. 12003384 (SEQ ID N0:839)、公共 GI ID No. 18535580 (SEQ ID NO :840)、和公共 GI ID No. 115353971 (SEQ ID N0:1843)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 850中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图9中提供了 与SEQ ID NO :850中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1833093 (SEQ ID NO :853)、Ceres ANNOT ID No. 1502190 (SEQ ID NO :857)、Ceres 克隆 ID No. 565641 (SEQ ID N0:876)、公共 GI ID No. 87240507 (SEQ ID NO:
80877)、Ceres 克隆 ID No. 1325382 (SEQ ID NO :881)、Ceres 克隆 ID No. 1558265 (SEQ ID NO: 885)、Ceres 克隆 ID No. 1823669 (SEQ ID NO :895)、和公共 GI ID No. 115464921 (SEQ ID NO 898)。在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 907中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图10中提供 了与SEQ ID NO :907中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类 多肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1940797 (SEQ ID NO :909)、Ceres ANNOT ID No. 1538900 (SEQ ID NO :911)、Ceres 克隆 ID No. 1126868 (SEQ ID N0:922)、公共 GI ID No. 89257684 (SEQ ID N0:923)、公共GI ID No. 124360460 (SEQ ID N0:929)、公共GI ID No. 62865694 (SEQ ID N0:931)、公共GI ID No. 62865692 (SEQ ID NO :932)、Ceres 克隆 ID No. 260368 (SEQ ID N0: 936)、Ceres 克隆 ID No. 1873510 (SEQ ID N0:947)、公共 GI ID No. 125541662 (SEQ ID NO: 948)、公共 GI ID No. 48716268 (SEQ ID NO :950)、和公共 GI ID No. 62865696 (SEQ ID NO: 1844)。在一些情况中，SD+EODFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 953中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图11中提供了 与SEQ ID NO :953中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1798705 (SEQ ID NO 955) ,Ceres ANNOT ID No. 1458907 (SEQ ID NO 963)、Ceres 克隆 ID No. 1090409 (SEQ ID NO 971)、Ceres 克隆 ID No. 479817 (SEQ ID NO 977)、Ceres 克隆 ID No. 1041793 (SEQ ID NO 979)、Ceres 克隆 ID No. 684633 (SEQ ID NO 985)、Ceres 克隆 ID No. 371815 (SEQ ID NO 991)、Ceres 克隆 ID No. 1686460 (SEQ ID NO 993)、Ceres 克隆 ID No. 1448595 (SEQ ID NO 995)、Ceres 克隆 ID No. 1734477 (SEQ ID NO :999)、Ceres 克隆 ID No. 1605693 (SEQ ID NO 1005)、Ceres 克隆 ID No. 1757400 (SEQ ID NO 1009)、和公共 GI ID No. 115434334 (SEQ ID N0:1015)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1024中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图12中提供了 与SEQ ID NO :1024中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括 Ceres ANNOT ID No. 1452905 (SEQ ID NO 1029)、Ceres 克隆 ID No. 956176 (SEQ ID NO 1039)、公共 GI ID No. 92870366 (SEQ ID NO 1040)、Ceres 克隆 ID No. 294166 (SEQ ID NO 1042)、和公共 GI ID No. 125543067 (SEQ ID N0:1043)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1047中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图13中提供了 与SEQ ID NO :1047中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括Ceres 克隆 ID No. 1837694 (SEQ ID NO :1053)、Ceres ANNOT ID No. 1483367 (SEQ ID NO :1057)、Ceres 克隆 ID No. 1077781 (SEQ ID NO : 1083)、Ceres 克隆 ID No. 471026 (SEQ ID NO : 1085)、公共 GI ID No. 92888885 (SEQ ID NO : 1099)、公共 GI ID No. 45544873 (SEQ ID
81NO 1100)、公共 GI ID No. 45758663 (SEQ ID NO 1101)、Ceres 克隆 ID No. 772927 (SEQ ID NO :1105)、Ceres 克隆 ID No. 895080 (SEQ ID NO 1111)、Ceres 克隆 ID No. 1806128 (SEQ ID NO 1131)、公共 GI ID No. 115458192 (SEQ ID NO 1134)、和公共 GI ID No. 82470795 (SEQ ID NO 1139)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1151中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图14中提供了 与SEQ ID NO :1151中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括Ceres 克隆 ID No. 1851526 (SEQ ID NO :1155)、Ceres ANNOT ID No. 1486769 (SEQ ID NO 1172)、公共 GI ID No. 83032232 (SEQ ID NO : 1209)、Ceres 克隆 ID No. 1620420 (SEQ ID NO : 1211)、公共 GI ID No. 92892428 (SEQ ID NO : 1215)、Ceres 克隆 ID No. 884742 (SEQ ID NO :1223)、Ceres 克隆 ID No. 1821559 (SEQ ID NO :1246)、公共 GI ID No. 51535021 (SEQ ID NO : 1258)、公共 GI ID No. 113205304 (SEQ ID NO : 1263)、和公共 GI ID No. 37719051 (SEQ ID NO 1264)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1277中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图15中提供 了与SEQ ID NO :1277中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类 多肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1926352 (SEQ ID NO 1279)、Ceres ANNOT ID No. 1448905 (SEQ ID NO 1285)、公共 GI ID No. 15236865 (SEQ ID NO : 1294)、Ceres 克隆 ID No. 934771 (SEQ ID NO :1301)、Ceres 克隆 ID No. 338386 (SEQ ID NO : 1303)、Ceres 克隆 ID No. 1780691 (SEQ ID NO :1317)、和公共 GI ID No. 115464819 (SEQ ID N0:1326)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1347中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图16中提供了 与SEQ ID NO :1347中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括 Ceres 克隆 ID No. 285028 (SEQ ID NO :1419)、Ceres 克隆 ID No. 100969565 (SEQ ID NO 1422)、公共 GI ID No. 1352057 (SEQ ID NO 1427)、Ceres ANNOT ID No. 1453784 (SEQ ID NO 1429)、公共 GI ID No. 452777 (SEQ ID NO 1430)、和公共 GI ID No. 92873297 (SEQ ID NO 1431)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1457中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图17中提供了 与SEQ ID NO :1457中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括Ceres 克隆 ID No. 1924904 (SEQ ID NO 1460)、Ceres ANNOT ID No. 1543346 (SEQ ID NO 1462)、公共 GI ID No. 18396338 (SEQ ID NO : 1467)、Ceres 克隆 ID No. 833872 (SEQ ID NO : 1471)、Ceres 克隆 ID No. 1579587 (SEQ ID NO : 1475)、Ceres 克隆 ID No. 1786411 (SEQ ID NO : 1477)、和公共 GI ID No. 108864370 (SEQ ID NO: 1480)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1497中所列的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图18中提供了 与SEQ ID NO :1497中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 月太包括 Ceres ANNOT ID No. 1443463 (SEQ ID NO 1499)、公共 GI ID No. 13605525 (SEQ ID NO :1502)、公共GI ID No. 94965681 (SEQ ID NO :1506)、和公共GI ID No. 28201254 (SEQ ID NO 1512)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1587中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图19中提供 了与SEQ ID NO :1587中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类 多肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1839577 (SEQ ID NO 1589)、Ceres ANNOT ID No. 1491567 (SEQ ID NO 1591)、Ceres 克隆 ID No. 574505 (SEQ ID NO : 1596)、公共 GI ID No. 56117815 (SEQ ID NO : 1597)、公共 GI ID No. 92874021 (SEQ ID NO : 1603)、公共 GI ID No. 123684 (SEQ ID NO : 1605)、公共 GI ID No. 5821136 (SEQ ID NO : 1606)、Ceres 克隆 ID No. 283366 (SEQ ID NO : 1609)、公共 GI ID No. 16118447 (SEQ ID NO : 1612)、和公共 GI ID No. 125562434 (SEQ ID NO 1614)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1635中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图20中提供 了与SEQ ID NO :1635中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类 多月太包括 Ceres ANNOT ID No. 1508307 (SEQ ID NO :1637)、公共 GI ID No. 1495267 (SEQ ID NO 1642)、公共 GI ID No. 87241310 (SEQ ID NO 1644)、Ceres 克隆 ID No. 938390 (SEQ ID NO :1646)、Ceres 克隆 ID No. 272338 (SEQ ID NO 1648)、Ceres 克隆 ID No. 1993510 (SEQ ID NO 1650)、公共 GI ID No. 125563862 (SEQID NO 1651)、和公共 GI ID No. 125605833 (SEQ ID NO 1653)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 1540中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图21中提供 了与SEQ ID NO :1540中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类 多肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1943265 (SEQ ID NO 1543)、Ceres ANNOT ID No. 1454522 (SEQ ID NO 1547)、公共 GI ID No. 31323447 (SEQ ID NO : 1556)、Ceres 克隆 ID No. 1583941 (SEQ ID NO :1561)、Ceres 克隆 ID No. 1792942 (SEQ ID NO : 1563)、公共 GI ID No. 77548772 (SEQ ID NO : 1565)、和公共 GI ID No. 84453182 (SEQ ID NO: 1567)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 538中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图22中提供了 与SEQ ID NO :538中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽 包括公共 GI ID No. 5731739 (SEQ ID NO :539)、Ceres ANNOT ID No. 1538045 (SEQ ID N0: 541)、公共 GI ID No. 29467479 (SEQ ID N0:542)、公共 GI ID No. 133921974 (SEQ ID N0:543)、公共 GI ID No. 113197027 (SEQ ID N0:544)、公共 GI ID No. 92879277 (SEQ ID NO: 545)、公共GI ID No. 45935260 (SEQ ID N0:546)、公共GI ID No. 8101444 (SEQ ID NO :547)、 公共 GI ID No. 78217443 (SEQ ID NO :548)、和公共 GI ID No. 28372347 (SEQ ID NO :549)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 606中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图23中提供 了与SEQ ID NO :606中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类 多月太包括公共 GI ID No. 92873064 (SEQ ID N0:607)、公共 GI ID No. 37051125 (SEQ ID NO: 608)、和公共 GI ID No. 112363376 (SEQ ID NO :609)。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽具有与SEQ ID NO 570中所列 的氨基酸序列具有至少40%序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图24中提供了 与SEQ ID NO :570中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多 肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1919714 (SEQ ID NO 572) ,Ceres ANNOT ID No. 1443290 (SEQ ID NO 574) ,Ceres 克隆 ID No. 1042157 (SEQ ID NO 576) ,Ceres 克隆 ID No. 1384304 (SEQ ID NO :578)、和公共 GI ID No. 115464375 (SEQ ID NO :579)。在一些情况中，红光特异性响应途径多肽具有与SEQ ID NO :456中所列的氨基酸 序列具有至少 40%序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图6中提供了与SEQ ID NO :456中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括公 共 GI ID No. 58430585 (SEQ ID NO :457)、Ceres 克隆 ID No. 1842825 (SEQ ID NO :466)、 Ceres ANNOT ID No. 1449721 (SEQ ID N0:474)、公共GI ID No. 41323978 (SEQ ID NO :475)、 公共 GI ID No. 2895186 (SEQ ID N0:478)、公共 GI ID No. 22854950 (SEQ ID N0:481)、公 共 GI ID No. 116010474 (SEQ ID N0:485)、公共 GI ID No. 4091804 (SEQ ID N0:488)、公共 GI ID No. 60459257 (SEQ ID N0:494)、公共 GI ID No. 45544881 (SEQ ID N0:496)、公共 GI ID No. 36789802 (SEQ ID N0:498)、公共 GI ID No. 92875402 (SEQ ID N0:508)、公共 GI ID No. 118406898 (SEQ ID N0:510)、公共 GI ID No. 107770485 (SEQ ID N0:511)、公共 GI ID No. 21655154 (SEQ ID N0:532)、公共 GI ID No. 90657642 (SEQ ID NO :536)、和 Ceres 克隆 ID No. 1569555 (SEQ ID NO: 1842)。在一些情况中，红光特异性响应途径多肽具有与SEQ ID NO :953中所列的氨基酸 序列具有至少 40%序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。
图11中提供了与SEQ ID NO :953中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括Ceres 克隆 ID No. 1798705 (SEQ ID NO :955)、Ceres ANNOT ID No. 1458907 (SEQ ID NO :963)、 Ceres 克隆 ID No. 1090409 (SEQ ID NO :971)、Ceres 克隆 ID No. 479817 (SEQ ID NO :977)、 Ceres 克隆 ID No. 1041793 (SEQ ID NO 979) ,Ceres 克隆 ID No. 684633 (SEQ ID NO 985)、 Ceres 克隆 ID No. 371815 (SEQ ID NO 991) ,Ceres 克隆 ID No. 1686460 (SEQ ID NO 993)、 Ceres 克隆 ID No. 1448595 (SEQID NO 995)、Ceres 克隆 ID No. 1734477 (SEQ ID NO 999)、 Ceres 克隆 ID No. 1605693 (SEQ ID NO 1005)、Ceres 克隆 ID No. 1757400 (SEQ ID NO:1009)、和公共 GI ID No. 115434334 (SEQ ID NO 1015) 在一些情况中，红光特异性响应途径多肽具有与SEQ ID NO 1540中所列的氨基酸 序列具有至少 40%序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的氨基酸序列。图21中提供了与SEQ ID NO 1540中所列的多肽具有大于40%序列同一性的多肽的氨基酸序列。此类多肽包括 Ceres 克隆 ID No. 1943265 (SEQ ID NO 1543)、Ceres ANNOT ID No. 1454522 (SEQ ID NO: 1547)、公共 GI ID No. 31323447 (SEQ ID NO :1556)、Ceres 克隆 ID No. 1583941 (SEQ ID NO: 1561)、Ceres 克隆 ID No. 1792942 (SEQ ID NO :1563)、公共 GI ID No. 77548772 (SEQ ID NO: 1565)、和公共 GI ID No. 84453182 (SEQ ID NO: 1567)。F.其它序列应当领会的是，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽和红光特异性响应途径多肽可以 包括不牵涉SD+E0DFR和/或低光耐受性，或红光特异性响应途径的额外氨基酸，并且如此 此类多肽可以比其它情况中会是的情况长(longer than would otherwise be the case)。 例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽可以包括添加至氨基或羧基端的纯化标签、叶绿体 转运肽、线粒体转运肽、造粉体肽、或前导序列。在一些实施方案中，SD+E0DFR和/或低光 耐受性多肽包括发挥报告物(例如绿色荧光蛋白或黄色荧光蛋白)功能的氨基酸序列。III.核酸本文中所描述的核酸包括在植物或植物细胞中转录时有效调控SD+E0DFR和/或 低光耐受性的核酸。此类核酸包括(不限于)那些编码SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽 的核酸和那些可以经由基于核酸的方法用于抑制SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽或红光 特异性响应途径多肽表达的核酸。A.编码SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的核酸本文中描述了编码SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的核酸。此类核酸包括SEQ ID NO :1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、 56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、 123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、 164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、 204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、 252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、 305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、 345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、 398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、 436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、 490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、 577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、 627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、 668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、 710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、 760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、
85848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、 892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、 942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、 984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、 1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、 1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、 1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、 1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、 1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、 1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、 1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、 1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、 1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、 1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、 1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、 1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、 1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、 1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、 1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、 1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、 1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、 1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、 1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、 1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、 1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、 1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、 1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、 1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、 1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、 2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、 2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、 2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、 2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、 2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、 2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、 2369、2371、和2373，如下文更为详细地描述的。核酸也可以是片段，其是下组所列全长核 酸的长度的至少 40% (例如至少 45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、或 99% ) =SEQ ID NO :1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、 56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、
86123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、 164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、 204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、 252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、 305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、 345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、 398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、 436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、 490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、 577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、 627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、 668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、 710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、 760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、 848、849、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、 892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、 942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、 984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、 1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、 1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、 1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、 1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、 1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、 1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、 1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、 1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、 1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、 1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、 1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、 1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、 1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、 1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、 1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、 1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、 1649、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、 1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、 1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、 1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、 1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、 1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、 1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、 1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、 2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、 2082、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、 2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、 2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、 2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、 2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、 2369、2371、和 2373。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :1或SEQ ID NO :2中所列 的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :1或SEQ ID NO 2中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以具有与 SEQ ID NO :1或SEQ ID NO :2中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、 85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO 68或SEQ ID NO :69中所 列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID N0:68或SEQ ID NO :69中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以具 有与SEQ ID N0:68或SEQ ID NO :69中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID N0:127或SEQ ID NO 128中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID N0:127或 SEQ ID NO 128中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:127或SEQ ID NO :128中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :315或SEQ ID NO :316中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :315或 SEQ ID NO 316中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:315或SEQ ID NO :316中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :335或SEQ ID NO 336中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :335或 SEQ ID NO 336中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:335或SEQ ID NO :336中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :454或SEQ ID NO :455中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :454或 SEQ ID NO 455中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可
88以具有与SEQ ID N0:454或SEQ ID NO :455中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO 537中所列的核苷酸序列。 或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :537中所列核苷酸序列的核 酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO :537中所列的核苷 酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同 一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO 568或SEQ ID NO 569中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO 568或 SEQ ID NO 569中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:568或SEQ ID NO :569中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO 604或SEQ ID NO 605中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :604或 SEQ ID NO 605中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:604或SEQ ID NO :605中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。
SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO 632或SEQ ID NO 633中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :632或 SEQ ID NO 633中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:632或SEQ ID NO :633中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :642或SEQ ID NO 643中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :642或 SEQ ID NO 643中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:642或SEQ ID NO :643中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :848或SEQ ID NO 849中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :848或 SEQ ID NO 849中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:848或SEQ ID NO :849中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO 905或SEQ IDNO 906中所 列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :905或 SEQ ID NO 906中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID NO 905或SEQ ID NO 906中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :951或SEQ ID NO :952中 所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :951或SEQ ID NO 952中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可 以具有与SEQ ID N0:951或SEQ ID NO :952中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一 性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和 / 或低光耐受性核酸可以包含 SEQ ID N0:1019、SEQ ID NO 1020、SEQ ID NO :1021、SEQ ID NO :1022、或 SEQ ID NO 1023 中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR 和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO =1019, SEQ ID NO 1020、SEQ ID N0:1021、 SEQ ID N0:1022、或SEQ ID NO :1023中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/ 或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO =1019,SEQ ID NO 1020、SEQ ID NO =1021,SEQ ID NO :1022、或SEQ ID NO 1023中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%, 85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO: 1045或SEQ ID NO 1046 中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO 1045 或SEQ ID NO :1046中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核 酸可以具有与SEQ ID N0:1045或SEQ ID NO :1046中所列的核苷酸序列具有至少80%序 列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :1150中所列的核苷酸序列。 或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO :1150中所列核苷酸序列的 核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID N0:1150中所列的 核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序 列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID N0:1275或SEQ ID NO 1276 中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO 1275 或SEQ ID NO :1276中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核 酸可以具有与SEQ ID N0:1275或SEQ ID NO :1276中所列的核苷酸序列具有至少80%序 列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID N0:1345或SEQ ID NO 1346 中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO 1345 或SEQ ID NO :1346中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核 酸可以具有与SEQ ID N0:1345或SEQ ID NO :1346中所列的核苷酸序列具有至少80%序 列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO =1453,SEQ ID NO 1454、SEQ ID N0:1455、或SEQ ID NO 1456中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性 核酸可以是具有 SEQ ID NO 1453, SEQ ID NO 1454, SEQ ID N0:1455、或 SEQ ID NO 1456 中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO 1453,SEQ ID NO 1454、SEQ ID NO 1455、或SEQ ID NO :1456 中所列的核苷酸序列具有 至少80%序列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷 酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID N0:1495或SEQ ID NO 1496 中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO 1495或SEQ ID NO :1496中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核 酸可以具有与SEQ ID N0:1495或SEQ ID NO :1496中所列的核苷酸序列具有至少80%序 列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO :1537、SEQ ID NO :1538、或 SEQ ID N0:1539中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有 SEQ ID NO 1537,SEQ ID N0:1538、或SEQ ID NO :1539中所列核苷酸序列的核酸变体。例 如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO =1537,SEQ ID N0:1538、或SEQ ID NO 1539中所列的核苷酸序列具有至少80 %序列同一性，例如81 %、85 %、90 %、95 %、 97 %、98 %、或99 %序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID N0:1585或SEQ ID NO 1586 中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO 1585 或SEQ ID NO :1586中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核 酸可以具有与SEQ ID N0:1585或SEQ ID NO :1586中所列的核苷酸序列具有至少80%序 列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO =1626,SEQ ID NO :1627、SEQ ID N0:1628、或SEQ ID NO :1629中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性 核酸可以是具有 SEQ ID NO 1626, SEQ ID NO 1627, SEQ ID N0:1628、或 SEQ ID NO 1629 中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以具有与SEQ ID NO 1626,SEQ ID NO :1627、SEQ ID NO 1628、或SEQ ID NO :1629 中所列的核苷酸序列具有 至少80%序列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷 酸序列。SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以包含SEQ ID NO: 1633或SEQ ID NO 1634 中所列的核苷酸序列。或者，SD+E0DFR和/或低光耐受性核酸可以是具有SEQ ID NO 1633 或SEQ ID NO :1634中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，SD+E0DFR和/或低光耐受性核 酸可以具有与SEQ ID N0:1633或SEQ ID NO :1634中所列的核苷酸序列具有至少80%序 列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。 本文中描述了编码红光特异性响应途径多肽的核酸。此类核酸包括SEQ ID NO 454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、 951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、 990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1537、1538、1539、 1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、 1583、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1779、1781、1783、1785、1787、 1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、和 2267，如下文更为详细地描述的。核 酸也可以是片段，其是下组所列全长核酸长度的至少40% (例如45、50、55、60、65、70、75、 80、85、90、95、或 99 % ) :SEQ ID NO :454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、 492、500、502、504、506、513、517、519、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、 974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、 1010、1012、1017、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、
911571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、 1676、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、和 2267。红光特异性响应途径核酸可以包含SEQ ID NO :454或SEQ ID N0:455中所列的核 苷酸序列。或者，红光特异性响应途径核酸可以是具有SEQ ID N0:454或SEQ ID NO 455 中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，红光特异性响应途径核酸可以具有与SEQ ID NO 454 或SEQ ID NO 455中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、85%、90%、 95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。红光特异性响应途径核酸可以包含SEQ ID N0:951或SEQ ID N0:952中所列的核 苷酸序列。或者，红光特异性响应途径核酸可以是具有SEQ ID N0:951或SEQ ID NO 952 中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，红光特异性响应途径核酸可以具有与SEQ ID NO 951 或SEQ ID NO 952中所列的核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、85%、90%、 95%、97%、98%、或99%序列同一性的核苷酸序列。红光特异性响应途径核酸可以包含SEQ ID NO =1537,SEQ ID N0:1538、或SEQ ID N0:1539中所列的核苷酸序列。或者，红光特异性响应途径核酸可以是具有SEQ ID NO 1537,SEQ ID N0:1538、或SEQ ID NO :1539中所列核苷酸序列的核酸变体。例如，红光特异 性响应途径核酸可以具有与SEQ ID NO 1537,SEQ ID NO :1538、或SEQ ID N0:1539中所歹Ij 的核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%、或99% 序列同一性的核苷酸序列。可以通过标准的技术来产生分离的核酸分子。例如，可以使用聚合酶链式反应 (PCR)技术来获得含有本文中所描述的核苷酸序列的分离的核酸。可以使用PCR来从DNA 及RNA(包括来自总基因组DNA或总细胞RNA的序列)扩增特定的序列。多种PCR方法记 载于例如 PCR Primer :ALaboratory Manual, Dieffenbach 禾口 Dveksler 编，Cold Spring Harbor Laboratory Press，1995。一般而言，采用来自感兴趣区域末端或之外的序列信息 来设计寡核苷酸引物，它们在序列上与要扩增模板的相反链相同或相似。多种PCR策略也 是可用的，通过所述策略，可以将位点特异性核苷酸序列修饰引入模板核酸中。分离的核酸 也可以以单一核酸分子(例如使用亚磷酰胺技术以3’至5’方向使用自动化DNA合成)或 者以一系列寡核苷酸来化学合成。例如，可以合成一对或多对含有想要的序列的长的寡核 苷酸(例如> 100个核苷酸)，其中每对含有短的互补性区段(例如约15个核苷酸)，从而 当寡核苷酸对退火时形成双链体。使用DNA聚合酶来延伸寡核苷酸，每寡核苷酸对产生单 一的双链核酸分子，然后可以将其连接入载体中。也可以通过诱变例如天然存在的DNA来 获得本发明的分离的核酸。C.核酸调控多肽表达的用途SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的表达可以使用编码本文中所描述的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽之一的核酸来在 感兴趣的植物物种中表达多肽，其通常通过用具有多肽编码序列的核酸转化植物细胞来实 现，所述多肽编码序列以有义取向与一种或多种调节区可操作连接。要领会的是，由于遗 传密码的简并性，许多核酸可以编码特定的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽；即对于许多 氨基酸，存在有超过一种充当氨基酸密码子的核苷酸三联体。如此，给定SD+E0DFR和/或
92低光耐受性多肽的编码序列中的密码子可以进行修饰，从而获得特定植物物种中的最佳表 达，其使用适合于所述物种的密码子偏爱表来实现。在一些情况中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的表达抑制内源多肽的一种或多 种功能。例如，可以使用编码显性负性多肽的核酸来抑制蛋白质功能。显性负性多肽相对于 内源野生型多肽是突变的或截短的，而且其在细胞中的存在抑制野生型多肽在所述细胞中 的一种或多种功能，即显性负性多肽是遗传上显性的，而且赋予功能丧失。显性负性多肽赋 予此类表型的机制可以有所变化，但是常常牵涉蛋白质-蛋白质相互作用或蛋白质-DNA相 互作用。例如，显性负性多肽可以是酶，其相对于天然的野生型酶是截短的，使得截短的多 肽保留牵涉结合第一蛋白的结构域，但是缺乏牵涉结合第二蛋白的结构域。如此，截短的多 肽不能正确调控第二蛋白的活性。参见例如美国2007/0056058。作为另一个例子，在催化 域中产生非保守氨基酸替代的点突变可以产生显性负性多肽。参见例如美国2005/032221。 作为另一个例子，显性负性多肽可以是转录因子，其相对于天然的野生型转录因子是截短 的，使得截短的多肽保留DNA结合域，但缺乏激活域。此类截短的多肽能抑制野生型转录因 子结合DNA，由此抑制转录激活。P. ■耐鼎口_純碰表抛_可以使用本文中所描述的多核苷酸和重组构建体来抑制红光特异性响应途径多 肽在感兴趣的棺物物种中的表汰。参见例如Matzke和Birchler,Nature Reviews Genetics 6:24-35(2005) ；Akashi 等，Nature Reviews Mol. Cell Biology 6:413—422(2005)； Mittal, Nature Reviews Genetics 5:355—365(2004)；禾口 Nature Reviews RNA interference collection, 2005 年 10 月于 nature, com/reviews/focus/mai。已知许多基 于核酸的方法(包括反义RNA、核酶指导的RNA切割、转录后基因剪接(PTGS)，例如RNA干 扰(RNAi)和转录基因沉默(TGS))抑制植物中的基因表达。合适的多核苷酸包括编码红光 特异性响应途径多肽的全长核酸或此类全长核酸的片段。在一些实施方案中，可以使用全 长核酸的互补物或其片段。通常，片段是至少10个核苷酸，例如至少12、13、14、15、16、17、 18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、30、35、40、50、80、100、200、500 个核苷酸或更多。一般而 言，可以使用较高的同源性来补偿较短序列的使用。反义技术是一种公知的方法。在此方法中，将要阻抑的基因的核酸克隆，并可操作 连接至调节区和转录终止序列，从而转录RNA的反义链。然后将重组构建体转化入植物中， 如本文中所描述的，并生成RNA的反义链。核酸不需要是要阻抑的基因的整个序列，但是通 常会与要阻抑的基因的有义链的至少一部分基本上互补。在另一种方法中，可以将核酸转录成核酶或催化性RNA，其影响mRNA的表达。参 见美国专利号6，423，885。可以将核酶设计成特异性与实际上任何目标RNA配对，并在特 定的位置处切割磷酸二酯主链，由此在功能上使目标RNA失活。异源核酸可以编码设计用 于切割特定mRNA转录物的核酶，如此阻止多肽的表达。锤头状核酶对于破坏特定的mRNA 是有用的，虽然可以使用在位点特异性识别序列处切割mRNA的各种核酶。锤头状核酶在 由与目标mRNA形成互补碱基对的侧翼区域规定的位置处切割mRNA。唯一的要求是目标 RNA含有5’-UG-3’核苷酸序列。锤头状核酶的构建和生成是本领域中已知的。参见例如 美国专利号5，254，678和WO 02/46449及其中引用的参考文献。可以将锤头状核酶序列 包埋在稳定的RNA诸如转移RNA(tRNA)中以提高体内切割效率。Perriman等，Proc. Natl.Acad. Sci. USA, 92 (13) :6175_6179 (1995) ；de Feyter 禾口 Gaudron，Methods in Molecular Biology，第 74 卷，第 43 章，"Expressing Ribozymes in Plants",Turner,P. C.编，Humana Press Inc.，Totowa，NJ。已经描述过的RNA内切核糖核酸酶诸如嗜热四膜虫(Tetrahymena thermophila)中天然存在的RNA内切核糖核酸酶可以为有用的。参见例如美国专利号 4，987，071 和 6，423，885。也可以使用PTGS(例如RNAi)来抑制基因的表达。例如，可以制备包含如下序列 的构建体，所述序列被转录成能退火至自身的RNA，例如具有茎环结构的双链RNA。在一些 实施方案中，双链RNA的茎部分的一条链包含与红光特异性响应途径多肽的有义编码序列 或其片段相似或相同，而且长度为约10个核苷酸至约2，500个核苷酸的序列。与有义编码 序列相似或相同的序列的长度可以是10个核苷酸至500个核苷酸、15个核苷酸至300个核 苷酸、20个核苷酸至100个核苷酸、或25个核苷酸至100个核苷酸。双链RNA的茎部分的 另一条链包含与红光特异性响应途径多肽的编码序列的反义链或其片段相似或相同，而且 可以具有比有义序列的相应长度短、相同、或长的长度的序列。在一些情况中，双链RNA的 茎部分的一条链包含编码红光特异性响应途径多肽的mRNA的3’或5’非翻译区或其片段 的序列，而双链RNA的茎部分的另一条链包含与如下序列相似或相同的序列，所述序列分 别与编码红光特异性响应途径多肽的mRNA的3’或5’非翻译区或其片段互补。在其它实 施方案中，双链RNA的茎部分的一条链包含编码红光特异性响应途径多肽的前mRNA中的内 含子序列或其片段相同或相似的序列，而茎部分的另一条链包含与如下序列相似或相同的 序列，所述序列与前mRNA中的内含子序列或其片段互补。双链RNA的环部分可以是3个核苷酸至5，000个核苷酸，例如3个核苷酸至25个 核苷酸、15个核苷酸至1，000个核苷酸、20个核苷酸至500个核苷酸、或25个核苷酸至200 个核苷酸。RNA的环部分可以包含内含子或其片段。双链RNA可以具有0、1、2、3、4、5、6、7、 8、9、10、或更多个茎-环结构。如本文中所描述的，将包含序列的构建体转化入植物中，所述序列可操作连接至 调节区和转录终止序列，而且被转录成能形成双链RNA的RNA。使用RNAi抑制基因表达的方 法对于本领域技术人员是已知的。参见例如美国专利5，034，323 ；6, 326，527 ；6, 452，067 ； 6,573, 099 ；6,753, 139 ；和 6，777，588。还可参见 WO 97/01952 ；WO 98/53083 ；WO 99/32619 ；WO 98/36083 ；和美国专利公开文本 20030175965,20030175783,20040214330, 和 20030180945。也可以使用包含以有义取向与核酸分子可操作连接的调节区的构建体来抑制基 因的表达。转录产物可以与红光特异性响应途径多肽的有义编码序列或其片段相似或相 同。转录产物还可以是未多聚腺苷酸化的，缺乏5’帽结构，或者含有不可剪接的内含子。使 用全长cDNA及部分cDNA序列来抑制基因表达的方法是本领域中已知的。参见例如美国专 利号 5，231，020。在一些实施方案中，使用含有核酸的构建体来抑制基因的表达，所述核酸具有作 为彼此互补的有义和反义序列两者的模板的至少一条链。有义和反义序列可以是较大核酸 分子的一部分或者可以是具有不互补的序列的不同核酸分子的一部分。有义或反义序列可 以是与mRNA的序列、mRNA的3’或5’非翻译区、或编码红光特异性响应途径多肽的前mRNA 中的内含子相同或互补的序列或此类序列的片段。在一些实施方案中，有义或反义序列与调节区的序列相同或互补，所述调节区驱动编码红光特异性响应途径多肽的基因转录。在 每种情况中，有义序列是与反义序列互补的序列。有义和反义序列可以是大于约10个核苷酸(例如12、13、14、15、16、17、18、19、20、 21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、或更多个核苷酸)的长度。例如，反义序列可以长21或 22个核苷酸。通常，有义和反义序列长度范围为约15个核苷酸至约30个核苷酸，例如约 18个核苷酸至约28个核苷酸，或约21个核苷酸至约25个核苷酸。在一些实施方案中，反义序列是与编码本文中所描述的红光特异性响应途径多肽 的mRNA序列或其片段互补的序列。与反义序列互补的有义序列可以是红光特异性响应途 径多肽的mRNA内存在的序列。通常，可以将有义和反义序列设计成对应于目标mRNA的 15-30个核苷酸序列，从而降低所述目标mRNA的水平。在一些实施方案中，可以使用含有核酸的构建体来抑制基因表达，所述核酸具有 作为超过一个有义序列(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个有义序列)的模板的至少一 条链。同样地，可以使用含有核酸的构建体来抑制基因表达，所述核酸具有作为超过一个反 义序列(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个反义序列)的模板的至少一条链。例如，构建 体可以含有具有作为两个有义序列和两个反义序列的模板的至少一条链的核酸。多个有义 序列可以是相同或不同的，而且多个反义序列可以是相同或不同的。例如，构建体可以具有 如下的核酸，该核酸具有作为两个相同的有义序列和与两个相同的有义序列互补的两个相 同的反义序列的模板的一条链。或者，分离的核酸可以具有作为下列各项的模板的一条链 (1)长度为20个核苷酸的两个相同的有义序列，(2)与长度为20个核苷酸的两个相同的有 义序列互补的一个反义序列，(3)长度为30个核苷酸的有义序列，和(4)与长度为30个核 苷酸的有义序列互补的三个相同的反义序列。可以将本文中提供的构建体设计成具有有义 和反义序列的适当安排。例如，两个相同的有义序列可以接着有两个相同的反义序列或者 可以位于两个相同的反义序列之间。可以将具有作为一个或多个有义和/或反义序列的模板的至少一条链的核酸可 操作连接至调节区以驱动含有有义和/或反义序列的RNA分子的转录。另外，可以将所述 核酸可操作连接至转录终止子序列，诸如胭脂氨酸合成酶(nos)基因的终止子。在一些情 况中，两个调节区可以指导两个转录物的转录一个从上部链，而一个从底部链。参见例如 Yan等，Plant Physiol.，141 :1508_1518 (2006)。两个调节区可以是相同的或不同的。两个 转录物可以想成双链RNA分子，其诱导降解目标RNA。在一些情况中，核酸可以位于T-DNA 或植物衍生的转移DNA (P-DNA)内，使得左侧和右侧的T-DNA边界序列或P-DNA的左侧和右 侧边界样序列在该核酸的侧翼或者在核酸的任一侧上。参见US 2006/0265788。两个调节 区之间的核酸序列可以长约15至约300个核苷酸。在一些实施方案中，两个调节区之间的 核酸序列长约15至约200个核苷酸，长约15至约100个核苷酸，长约15至约50个核苷酸， 长约18个至约50个核苷酸，长约18至约40个核苷酸，长约18至约30个核苷酸，或长约 18至约25个核苷酸。在一些用于在植物中抑制基因表达的基于核酸的方法中，合适的核酸可以是核 酸类似物。核酸类似物可以在碱基模块、糖模块、或磷酸酯主链处进行修饰以改善例如核 酸的稳定性、杂交、或溶解度。在碱基模块处的修饰包括脱氧尿苷替换脱氧胸苷，和5-甲 基-2’ _脱氧胞苷和5-溴-2’ -脱氧胞苷替换脱氧胞苷。对糖模块的修饰包括修饰核糖的
952’羟基以形成2’ -0-甲基或2’ -0-烯丙基糖。可以修饰脱氧核糖磷酸酯主链以产生吗啉 代核酸(其中每个碱基模块连接至六元吗啉环)或肽核酸(其中脱氧磷酸酯主链被假肽主 链替换，而四种碱基得到保留)。参见例如Summerton和WeIler，1997，Antisense Nucleic Acid Drug Dev.，7 :187_195 ；Hyrup 等，Bioorgan. Med. Chem.，4 :5_23(1996)。另外，脱氧磷 酸酯主链可以用例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯主链、亚磷酰胺、或烷基磷酸三酯主链替 换。E.构津体/载体可以使用本文中提供的重组构建体来转化植物或植物细胞以调控SD+E0DFR、低 光耐受性和/或红光特异性响应途径。重组核酸构建体可以包含编码SD+E0DFR和/或 低光耐受性多肽的核酸，如本文中所描述的，其可操作连接至适合于在植物或细胞中表 达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的调节区。如此，核酸可以包含编码如下组中所列的 SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽之任一的编码序列=SEQ ID NO :3、5、7、9、10、12、14、16、 18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、 62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、 102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、 131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、 167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、 203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、 235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、 268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、 298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、 330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、 357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、 389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、 427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、 462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、 488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、 514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、 535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、 558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、 588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、 620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、 651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、 688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、 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1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、 1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、 1143、1145、1147、1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、 1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、 1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、 1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、 1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、 1268、1270、1272、1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、 1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、 1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、 1344、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、 1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、 1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、 1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、 1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、 1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、 1490、1492、1494、1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、 1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、 1531、1532、1533、1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、 1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、 1576、1578、1580、1582、1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、 1601、1602、1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、 1618、1619、1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、 1644、1646、1648、1650、1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、 1669、1671、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、 1698、1699、1700、1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、 1720、1721、1722、1723、1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、 1742、1743、1744、1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、 1766、1767、1768、1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、 1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、 1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、 1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、 1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、 1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、 1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、 1941、1943、1945、1947、1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、 1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、 2001、2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、 2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、 2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、 2060、2061、2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、 2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、 2109、2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、 2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、 2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、 2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、 2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、 2212、2213、2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、 2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、 2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、 2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、 2274、2275、2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、 2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、 2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、 2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、 2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、2381。本文中描述了 编码SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的核酸的例子。由重组核酸编码的SD+E0DFR和/或 低光耐受性多肽可以是天然的SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽，或者对于细胞而言可以是 异源的。在一些情况中，重组构建体含有与调节区可操作连接的核酸，该核酸抑制SD+E0DFR 和/或低光耐受性多肽的表达。在标题为“调节区”的部分中描述了适合的调节区的例子。还提供了含有重组核酸构建体诸如那些在本文中所描述的重组核酸构建体的 载体。合适的载体主链包括例如那些在本领域中常规使用的，诸如质粒、病毒、人工染 色体、BAC、YAC、或PAC。合适的表达载体包括(不限于)质粒和自例如噬菌体、杆状病 毒和逆转录病毒衍生的病毒载体。众多载体和表达系统可购自诸如Novagen (Madison， WI) > Clontech (Palo Alto, CA)、Stratagene (La Jolla, CA)、 禾口 Invitrogen/Life Technologies (Carlsbad, CA)等公司。本文中提供的载体还可以包含例如复制起点、支架附着区(SAR)、和/或标志物。 标志物基因可以将可选择表型赋予植物细胞。例如，标志物可以赋予杀生物剂抗性，诸如对 抗生素(例如卡那霉素、G418、博来霉素、或潮霉素)或除草剂(例如草甘膦、氯磺隆或膦丝菌素(phosphinothricin))的抗性。另外，表达载体可以包含设计用于便于操作或检测(例 如纯化或定位)所表达的多肽的标签序列。标签序列诸如萤光素酶、葡糖醛酸糖苷酶 (⑶S)、绿色荧光蛋白(GFP)、谷胱甘肽S-转移酶(GST)、多组氨酸、c-myc、血凝素或Flag 标签(Kodak，New Haven, CT)序列通常表达为与编码多肽的融合物。此类标签可以插入多 肽内的任何地方，包括在羧基或氨基端。F.调节区要包含在重组构建体中的调节区的选择取决于数个因素，包括但不限于效率、可 选择性(selectability)、可诱导性、想要的表达水平、和细胞或组织优先性表达。通过相对 于编码序列适当地选择和定位调节区来调控编码序列的表达对于本领域技术人员是常规 的事情。可以以类似的方式调控核酸的转录。一些合适的调节区仅仅或者主要在某些细胞类型中启动转录。用于鉴定和表征 植物基因组DNA中的调节区的方法是已知的，包括例如那些记载于下列参考文献的方法 Jordano 等，Plant Cell, 1 :855_866 (1989) ；Bustos 等，Plant Cell, 1 :839_854 (1989)； Green等，EMBO J.，7 :4035_4044 (1988) ；Meier 等，Plant Cell, 3 309-316 (1991)；和Zhang 等，Plant Physiology,110 1069-1079(1996)。下文描述了多类调节区的例子。下文指明的一些调节区及别的调节区更为详 细地记载于美国专利申请流水号 60/505,689 ；60/518，075 ；60/544，771 ；60/558，869 ；
60/,583，691 ；60//619,181 ；60/,637，140 ；60/"57，544 ；60/,776，307 ；10//957,569 ；11//058,689 ；11//172,703 ；11/;208,308 ；11//274,890 ；60/,583，609 ；60//612,891 ；11//097,589 ；11//233,726 ；11//408,791 ；11//414,142 ；10//950,321 ；11//360,017 ；
PCT/US05/011105 ；PCT/US05/23639 ；PCT/US05/034308 ；PCT/US05/034343 ；禾口 PCT/ US06/038236 ；PCT/US06/040572 ；及 PCT/US07/62762。例如，调节区p326、YPO144, YPO190, pl3879、YP0050、p32449、21876、YPO158, YP0214、YP0380、PT0848、PT0633、YPO128、YP0275、PT0660、PT0683、PT0758、PT0613、PT0672、 PT0688、PT0837、YP0092、PT0676、PT0708、YP0396、YP0007、YPO111、YPO103、YP0028、YPO121、 YP0008、YP0039、YP0115、YP0119、YP0120、YP0374、YP0101、YP0102、YP0110、YP0117、YP0137、 ΥΡ0285、ΥΡ0212、ΥΡ0097、YPO107、ΥΡ0088、YPO143、YPO156、ΡΤ0650、ΡΤ0695、ΡΤ0723、ΡΤ0838、 ΡΤ0879、PTO740、PTO535、PTO668、PTO886、PTO585、ΥΡ0381、ΥΡ0337、PTO710、ΥΡ0356、ΥΡ0385、 YP0384、YP0286、YP0377、PD1367、PT0863、PTO829、PTO665、PTO678、YP0086、YP0188、YP0263、 ΡΤ0743和YP0096的序列列于PCT/US06/040572的序列表；调节区PT0625的序列列于PCT/ US05/034343 的序列表；调节区 PT0623、YP0388、YP0087、YP0093、YP0108、YP0022 和 ΥΡ0080 的序列列于美国专利申请流水号11/172，703的序列表；调节区PR0924的序列列于PCT/ US07/62762 的序列表；及调节区 p530cl0、p0sFIE2_2、p0sMEA、p0sYpl02、和 p0sYp285 的序 列列于PCT/US06/038236的序列表。要领会的是，调节区可以满足基于其在一种植物物种中的活性的一种分类的标 准，而且还满足基于其在另一种植物物种中的活性的不同分类的标准。 .广泛表达型启动子当启动子在许多但不必所有植物组织中促进转录时，启动子可以被说成是“广泛 表达型”。例如，广泛表达型启动子可以在枝条、枝条尖(尖端，茎端，苗尖)、和叶的一种或
99多种中，但弱地或者根本不在诸如根或茎等组织中促进可操作连接的序列转录。作为另一 个例子，广泛表达型启动子可以在茎、枝条、枝条尖(尖端)、和叶的一种或多种中促进可 操作连接的序列转录，但可以弱地或者根本不在诸如花的生殖组织或发育中的种子等组织 中促进转录。可以包括在本文中所提供的核酸构建体中的广泛表达型启动子的非限制性 例子包括 p326、YPO144, YPO190, pl3879、YP0050、p32449、21876、YPO158, YP0214、YP0380、 PT0848、和PT0633启动子。别的例子包括花椰菜花叶病毒(CaMV) 35S启动子、甘露氨酸合 酶(MAS)启动子、自根癌土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)的T-DNA衍生的1，或2， 启动子、玄参花叶病毒34S启动子、肌动蛋白启动子诸如稻肌动蛋白启动子、和泛素启动子 诸如玉米泛素-1启动子。在一些情况中，从广泛表达型启动子的种类排除CaMV 35S启动 子。ii.根启动子根活性启动子在根组织(例如根内皮层、根表皮、或根维管组织)中赋予转录。在 一些实施方案中，根活性启动子是根优先性启动子，即仅或主要在根组织中赋予转录。根优 先性启动子包括YP0128、YP0275、PT0625、PT0660、PT0683、和PT0758启动子。其它根优先 性启动子包括PT0613、PT0672、PT0688、和ΡΤ0837启动子，它们主要在根组织中和以较少的 程度在胚珠和/或种子中驱动转录。根优先性启动子的其它例子包括CaMV 35S启动子的 根特异性亚域(Lam 等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86 7890-7894 (1989))、由 Conkling 等， Plant Physiol. ,93 1203-1211 (1990)报告的根细胞特异性启动子、和烟草RD2启动子。iii.成熟胚乳启动子在一些实施方案中，在成熟胚乳中驱动转录的启动子可以为有用的。从成熟胚乳 启动子进行的转录通常在受精后开始，并且主要在胚乳组织中在种子发育过程中发生，而 且通常在细胞化阶段期间为最高。最合适的是主要在成熟胚乳中有活性的启动子，虽然有 时可以使用在其它组织中也有活性的启动子。可以包括在本文中所提供的核酸构建体中 的成熟胚乳启动子的非限制性例子包括油菜籽蛋白启动子、Arcelin-5启动子、菜豆蛋白启 动子(Bustos等，Plant Cell, 1(9) :839_853 (1989))、大豆胰蛋白酶抑制剂启动子(Riggs 等，Plant Cell, 1(6) :609_621 (1989))、ACP 启动子(Baerson 等，Plant Mol. Biol. ,22(2) 255-267(1993))、硬脂酰-ACP 去饱和酶启动子(Slocombe 等，Plant Physiol. , 104(4) 167-176(1994))、β-伴大豆球蛋白(conglycinin)启动子的大豆α，亚基(Chen等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA,83 :8560_8564(1986))、油质蛋白启动子(Hong 等，Plant Mol. Biol.， 34(3) :549-555(1997))、和玉米醇溶蛋白启动子，诸如15kD玉米醇溶蛋白启动子、16kD玉 米醇溶蛋白启动子、19kD玉米醇溶蛋白启动子、22kD玉米醇溶蛋白启动子和27kD玉米醇 溶蛋白启动子。也合适的是来自稻谷蛋白-1基因的Osgt-I启动子(Zheng等，Mol. Cell Biol. ,13 =5829-5842 (1993)), β -淀粉酶启动子、和大麦大麦醇溶蛋白启动子。其它成熟 胚乳启动子包括ΥΡ0092、ΡΤ0676、和ΡΤ0708启动子。iv.子房组织启动子在子房组织诸如胚珠壁和中果皮中有活性的启动子也可以为有用的，例如多聚 半乳糖醛酸酶(polygalacturonidase)启动子、香蕉TRX启动子、甜瓜肌动蛋白启动子、 YP0396、和PT0623。主要在胚珠中有活性的启动子的例子包括YP0007、YPOllU YP0092、 YPO103、YP0028、YPO121、YP0008、YP0039、YPO115、YPO119、YPO120、和 YP0374。
100
v.胚囊/早期胚乳启动子为了在胚囊/早期胚乳中实现表达，可以使用在极核和/或中央细胞中，或者在极 核的前体中有活性，但在卵细胞或卵细胞的前体中无活性的调节区。最合适的是仅或主要 在极核或其前体和/或中央细胞中驱动表达的启动子。也可以在胚囊/早期胚乳优先性启 动子的情况中发现从极核延伸到早期胚乳发育的转录样式，虽然转录通常在细胞化阶段期 间和之后在后期胚乳发育中显著降低。合子或发育中的胚中的表达在胚囊/早期胚乳优先 性启动子的情况中通常不存在。可以适合的启动子包括那些自下列基因衍生的启动子拟南芥(Arabidopsis) Viviparous-I (参见 GenBank 号 U93215)；拟南芥 atmycl (参见 Urao (1996) Plant Mol. Biol. ,32 571-57 ；Conceicao(1994)Plant, 5 493-505)；拟南芥 FIE(GenBank 号 AF129516)；拟南芥 MEA ；拟南芥 FIS2 (GenBank 号 AF096096)；和 FIE 1. 1 (美国专利 6，906，244)。可以合适的其它启动子包括那些自下列基因衍生的启动子玉米MACl(参 见 Sheridan(1996)Genetics，142 1009-1020)；玉米 Cat3(参见 GenBank 号 L05934 ； Abler (1993)Plant Mol. Biol. ,22 10131-1038)。其它启动子包括下列拟南芥启动子 YP0039、YP0101、YP0102、YP0110、YP0117、YP0119、YP0137、DME、YP0285、和 YP0212。可以有 用的其它启动子包括下列稻启动子p530cl0、p0sFIE2-2、pOsMEA、p0sYpl02、和p0sYp285。vi.胚启动子受精后优先驱动合子细胞中的转录的调节区可以提供胚优先性表达。最合适的是 在心期前的早期阶段胚中优先驱动转录的启动子，但是后期阶段和成熟胚中的表达也是合 适的。胚优先性启动子包括大麦脂质转移蛋白(Ltpl)启动子(Plant Cell Rep (2001) 20 647-654)、YP0097、YPO107、YP0088、YPO143、YPO156、PT0650、PT0695、PT0723、PT0838、 PT0879、和 PT0740。vii.光合组织启动子在光合组织中有活性的启动子在绿色组织诸如叶和茎中赋予转录。最合适的 是仅或主要在此类组织中驱动表达的启动子。此类启动子的来自包括核酮糖-1，5-二 磷酸羧化酶(RbcS)启动子诸如来自美洲落叶松(eastern larch, Larix laricina)的 RbcS 启动子、松 cab6 启动子(Yamamoto 等，Plant Cell Physiol. ,35 :773_778 (1994))、 来自小麦的 Cab-I 启动子(Fejes 等，Plant Mol. Biol. ,15 :921_932 (1990))、来自菠菜 的 CAB-I 启动子(Lubberstedt 等，Plant Physiol.，104 :997_1006 (1994))、来自稻的 cablR启动子(Luan等，Plant Cell，4 :971_981 (1992))、来自玉米的丙酮酸磷酸二激酶 (pyruvate orthophosphate dikinase, PPDK)启动子(Matsuoka 等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA，90 :9586-9590(1993))、烟草 Lhcbl*2 启动子(Cerdan 等，Plant Mol. Biol. ,33 245-255(1997))、拟南芥(Arabidopsis thaliana) SUC2 蔗糖-H+同向转运体(symporter) 启动子(Truernit等，Planta，196 :564_570 (1995))、和来自菠菜的类囊体膜蛋白启动子 (psaD、psaF、psaE、PC、FNR、atpC、atpD、cab、rbcS)。其它光合组织启动子包括 PT0535、 PT0668、PT0886、YPO144,YP0380 和 PT0585。viii.维管组织启动子在维管束中具有高的或优先的活性的启动子的例子包括YP0087、YP0093、YP0108、 ΥΡ0022、和ΥΡ0080。其它维管组织优先性启动子包括富含甘氨酸的细胞壁蛋白GRP 1. 8启动子(Keller 和 Baumgartner，Plant Cell,3(10) 1051-1061 (1991))、鸭跖草黄斑点病 _ (Commelina yellow mottle virus, CoYMV)启云力〒(Medberry Plant Cell,4(2) 185-192(1992))、和稻东格鲁杆状病毒(rice tungro bacilliform virus, RTBV)启动子 (Dai 等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101 (2) :687_692 (2004))。ix.诱导型启动子诱导型启动子响应外部刺激物诸如化学剂或环境刺激物而赋予转录。例如，诱 导型启动子可以响应激素诸如赤霉酸或乙烯，或者响应光或干旱而赋予转录。干旱诱导 型启动子的例子包括 YP0380、PT0848、YP0381、YP0337、PT0633、YP0374、PT0710、YP0356、 YP0385、YP0396、YP0388、YP0384、PT0688、YP0286、YP0377、PD1367、和 PD0901。氮诱导型 启动子的例子包括PT0863、PT0829、PT0665、和PT0886。阴影诱导型启动子的例子包括 PR0924 和 PT0678。由盐诱导的启动子的例子是 rd29A(Kasuga 等(1999)Nature Biotech 17 287-291)。χ.基础启动子基础启动子是转录起始所需的转录复合物的装配必需的最小限度序列。基础启动 子常常包括“TATA框”元件，其可以位于转录起始位点上游约15和35个核苷酸之间。基础 启动子还可以包括“CCAAT框”元件(通常为序列CCAAT)和/或GGGCG序列，其可以位于转 录起始位点上游约40和约200个核苷酸之间，通常约60至约120个核苷酸之间。xi.其它启动子其它种类的启动子包括但不限于枝条优先性、愈伤组织(callus)优先性、毛状体 细胞优先性、保卫细胞优先性诸如PT0678、块茎优先性、薄壁组织细胞优先性、和衰老优先 性启动子。称作 YP0086、YP0188、YP0263、PT0758、PT0743、PT0829、YP0119、和 ΥΡ0096 的启 动子(如上文提及的专利申请中所描述的)也可以为有用的。xii.其它调节区5’非翻译区(UTR)可以包括在本文中所描述的核酸构建体中。5’ UTR被转录，但 不被翻译，并且位于转录物的起始位点和翻译起始密码子之间，而且可以包括+1核苷酸。 3’ UTR可以位于翻译终止密码子和转录物末端之间。UTR可以具有特定的功能诸如提高 mRNA稳定性或削弱翻译。3’ UTR的例子包括但不限于多腺苷酸化信号和转录终止序列，例 如胭脂氨酸合酶终止序列。要理解的是，超过一种调节区可以存在于重组多核苷酸中，例如内含子、增强子、 上游激活区、转录终止子、和可诱导元件。如此，例如超过一种调节区可以可操作连接至编 码SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的多核苷酸的序列。调节区诸如内源基因的启动子可以通过化学合成或者通过从包含此类调节区的 基因组DNA亚克隆来获得。包含此类调节区的核酸还可以包含侧翼序列，其含有便于后续 操作的限制酶位点。IV.转基因植物和植物细胞Α.转化本发明的特征还在于包含本文中所描述的至少一种重组核酸构建体的转基因植 物细胞和植物。植物或植物细胞可以通过具有整合入其基因组中的构建体来转化，即可以 稳定转化。稳定转化的细胞通常随着每次细胞分裂保留所导入的核酸。也可以瞬时转化植物或植物细胞，使得构建体不被整合入其基因组中。瞬时转化的细胞通常随着每次细胞分 裂而丢失所导入核酸构建体的整个或一些部分，从而足够数目的细胞分裂后不能在子细胞 中检测出所导入的核酸。瞬时转化的和稳定转化的转基因植物和植物细胞两者在本文中所 描述的方法中可以为有用的。本文中所描述的方法中使用的转基因植物细胞可以构成部分或整个全植物。此类 植物可以以适合于所考虑物种的方式，或是在生长室，即温室中或者在大田中种植。根据需 要可以为特定目的对转基因植物育种，例如以将重组核酸导入其它品系中，以将重组核酸 转移至其它物种，或者用于进一步选择其它想要的性状。或者，对于那些适合此类技术的物 种，转基因植物可以进行营养繁殖。如本文中所使用的，转基因植物还指初始转基因植物的 后代，只要后代继承转基因。可以种植由转基因植物产生的种子，然后自交(或异型杂交并 自交)以获得对于核酸构建体而言纯合的种子。转基因植物可以以悬浮培养、或组织或器官培养方式培养。就本发明的目的而言， 可以使用固体和/或液体组织培养技术。在使用固体培养基时，可以将转基因植物细胞直 接放置到培养基上或者可以将其放置到滤纸上，然后将所述滤纸放置得与培养基接触。在 使用液体培养基时，可以将转基因植物放置到浮选装置(例如接触液体培养基的多孔膜) 上。固体培养基可以是例如Murashige和Skoog(MS)培养基，其含有琼脂和合适浓度的生 长素(例如2，4-2，4-二氯苯氧乙酸(2，4-D))及合适浓度的细胞分裂素(例如激动素)。在使用瞬时转化的植物细胞时，编码具有报告物活性的报告多肽的报告序列可以 包括在转化方法中，而且可以在转化后的合适时间进行报告物活性或表达的测定法。适合 于进行测定法的时间通常是转化后约1-21天，例如约1-14天、约1-7天、或约1-3天。瞬 时测定法的使用对于不同物种中的快速分析，或者对于确认异源SD+E0DFR和/或低光耐受 性多肽(其表达先前尚未在特定的受体细胞中得到确认)的表达是特别方便的。用于将核酸导入单子叶和双子叶植物中的技术是本领域中已知的，包括但不限于 土壤杆菌属(Agrobacterium)介导的转化、病毒载体介导的转化、电穿孔和基因枪转化，例 如美国专利5，538，880 ；5, 204，253 ；6, 329，571和6，013，863。若使用细胞或培养组织作为 供转化用的受体组织，则可以通过本领域技术人员已知的技术来从经转化的培养物再生植 物(若想要的话)。B.筛选/选择可以对转基因植物的群体筛选和/或选择群体中具有由转基因表达赋予的性 状或表型的那些成员。例如，可以对单一转化事件的后代群体筛选那些具有想要水平的 SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽或核酸表达的植物。可以使用物理和生化方法来鉴定表 达水平。这些包括用于检测多核苷酸的Southern印迹或PCR扩增；用于检测RNA转录物的 Northern印迹、Sl RNA酶保护、引物延伸、或RT-PCR扩增；用于检测多肽和多核苷酸的酶或 核酶活性的酶促测定法；和用于检测多肽的蛋白质凝胶电泳、Western印迹、免疫沉淀、和 酶联免疫测定法。也可以使用其它技术诸如原位杂交、酶染色、和免疫染色来检测多肽和/ 或多核苷酸的存在或表达。用于进行所有提及的技术的方法是已知的。作为备选，可以对 包含独立转化事件的植物群体筛选那些具有想要的性状(诸如调控水平的SD+E0DFR和/ 或低光耐受性)的植物。可以在一个或多个世代里和/或在超过一处地理位置中进行选择 和/或筛选。在一些情况中，可以在诱导想要的表型或在其它情况中对于在转基因植物中
103产生想要的表型必要的条件下种植和选择转基因植物。另外，可以在预期植物展现表型的 特定发育阶段期间应用选择和/或筛选。可以进行选择和/或筛选以选择那些相对于缺乏 转基因的对照植物在SD+E0DFR和/或低光耐受性水平上具有统计学显著性差异的转基因 植物。与相应的对照植物相比，选择或筛选的转基因植物具有改变的表型，如本文中“转基 因植物表型”部分中所描述的。C.棺物物种可以使用本文中所描述的多核苷酸和载体来转化许多单子叶和双子叶植物和植 物细胞系统，包括来自下列各科之一的物种爵床科(Acanthaceae)、葱科(Alliaceae)、 六出花禾斗(Alstroemeriaceae)、石蒜禾斗(Amaryllidaceae)、夹竹桃禾斗(Apocynaceae)、掠 榈禾斗(Arecaceae)、菊禾斗(Asteraceae)、小檗禾斗(Berberidaceae)、红木禾斗(Bixaceae)、 十字花禾斗(Brassicaceae)、凤梨禾斗(Bromeliaceae)、大麻禾斗(Cannabaceae)、石竹禾斗 (Caryophy 1 laceae). ~ 4c ^ ( Ι fiS ) (Cephalotaxaceae)、胃禾4" (Chenopodiaceae)、 Hil]禾斗(Colchicaceae) >(Cucurbitaceae)(Dioscoreaceae) > (Ephedraceae)、古柯禾斗(Erythroxylaceae)、大戟禾斗(Euphorbiaceae)、丑禾斗(Fabaceae)、 唇形禾斗(Lamiaceae)、亚麻禾斗(Linaceae)、石松禾斗(Lycopodiaceae)、锦葵禾斗(Malvaceae) > 黑药花科(Melanthiaceae)、芭蕉科(Musaceae)、桃金娘科(Myrtaceae)、蓝果树科 (Nyssaceae)、S粟禾斗(Papaveraceae)、松禾斗(Pinaceae)、车前禾斗(Plantaginaceae)、禾本 科(Poaceae)、蔷薇科(Rosaceae)、茜草科(Rubiaceae)、杨柳科(Salicaceae)、无患子科 (Sapindaceae)、爺禾斗(Solanaceae)、红丑杉禾斗(紫杉禾斗)(Taxaceae)、山茶禾斗(Theaceae)、 或葡萄禾斗(Vitaceae)。合适的物种可以包括下列属的成员秋葵属(Abelmoschus)、冷杉属(Abies)、 槭属(Acer)、剪股颖属(Agrostis)、葱属(Allium)、六出花属(Alstroemeria)、凤梨属 (Ananas)、穿心莲属(Andrographis)、须芒草属(Andropogon)、嵩属(艾属)(Artemisia)、 芦竹属(Arundo)、颠茄属(Atropa)、小檗属(Berberis)、甜菜属(Beta)、红木属(Bixa)、 芸苔属(Brassica)、金盏花属(Calendula)、山茶属(Camellia)、喜树属(旱莲木属) (Camptotheca)、大麻属(Cannabis)、辣椒属(Capsicum)、红花属(Carthamus)、长春花 属(Catharanthus) > H ^· M ( Ι H M ) (Cephalotaxus)、胃嵩 M (Chrysanthemum)、^ 鸡纳属(Cinchona)、西瓜属(Citrullus)、咖啡属(Coffea)、秋水仙属(Colchicum)、鞘蕊 花属(Coleus)、香瓜属(甜瓜属)(Cucumis)、南瓜属(Cucurbita)、狗牙根属(Cynodon)、 曼陀罗属(Datura)、石竹属(Dianthus)、毛地黄属(Digitalis)、薯蓣属(Dioscorea)、油 ^M (Elaeis)、麻黄属(Ephedra) > ^M (Erianthus)、古柯属(Erythroxylum)、按属 (Eucalyptus)、羊茅属(狐茅属)(Festuca)、草莓属(Fragaria)、雪花莲属(Galanthus)、 大豆属(Glycine)、棉属(Gossypium)、向日葵属(Helianthus)、橡胶树属(Hevea)、大麦 属(Hordeum)、天仙子属(Hyoscyamus)、麻疯树属(Jatropha)、莴苣属(Lactuca)、亚麻 属(Linum)、黑麦草属(Lolium)、羽扇豆属(Lupinus)、番爺属(Lycopersicon)、石松属 (Lycopodium)、木薯属(Manihot)、苜蓿属(Medicago)、薄荷属(Mentha)、芒属(荻属) (Miscanthus)、芭蕉属(Musa)、烟草属(Nicotiana)、稻属(Oryza)、黍属(Panicum)、罂粟属 (Papaver)、银胶菊属(Parthenium)、狼尾草属(Pennisetum)、碧冬茄属(Petunia)、薦草属 (Phalaris)、梯牧草属(Phleum)、松属(Pinus)、早熟禾属(Poa)、一品红属(Poinsettia)、
104杨属(Populus)、萝芙木属(Paimolfia)、蓖麻属(Ricinus)、蔷薇属(Rosa)、甘蔗属 (Saccharum) Λ M (Salix)、血根草属(Sanguinaria)、赛茛菪属(Scopolia)、漂麦属 (Secalg)、前属(Solanum)、高粱属(Sorghum)、大米草属(Spartina)、菠菜属(Spinacea)、 菊嵩属(艾菊属)(Tmacetum)、红豆杉属(紫杉属)(Taxus)、可可树属(Theobroma)、小 黑麦属(Triticosecale)、小麦属(Triticum)、Uniola、藜芦属(Veratrum)、蔓长春花属 (Vinca)、葡萄属(Vitis)和玉蜀黍属(Zea)。合适的物种包括黍(Pmicum spp.)或其杂种、高粱(Sorghum spp.)或其杂 禾中、苏丹草(sudangrass)、芒(Miscanthus spp.)或其杂禾中、甘蔴(Saccharum spp.)或 其杂禾中、蔴茅(Erianthus spp.)、杨(Populus spp.)、大须芒草(Andropogon gerardii， big bluestem)、象草(Pennisetum purpureum，elephant grass)或其杂禾中(例如象 胃 χ I _ 各良■胃(Pennisetum typhoidum))、！| 胃(Phalaris arundinacea) ( ^ (reed canarygrass))、狗牙根(Cynodon dactylon，bermudagrass)、苹状羊茅(Festuca arundinacea)(高羊茅(tall fescue))、草原大米草(Spartina pectinata)(草原绳草 (prairie cord-grass))、紫苜猜(Medicago sativa)(苜猜)、戸竹(Arundo donax, giant reed)或其杂禾中、漂麦(Secale cereale，rye)、柳(Salix spp.，willow)、按(Eucalyptus spp. ，eucalyptus)、小漂麦(Triticosecale)(小麦(triticum)-小麦 X 漂麦)禾口竹。在一些实施方案中，合适的物种可以是野生的、杂草似的(weedy)、或栽培的高 梁物禾中，诸如但不限于杂高梁(Sorghum almum)、Sorghum amplum、Sorghum angustum、 Sorghum arundinaceum、高粱(Sorghum bicolor)(诸如高粱、几内亚高粱(guinea)、尾状 高梁(caudatum)、高梁(kafir)、禾口硬禾干高梁(durra))、Sorghum brachypodum、Sorghum bulbosum、Sorghum burmahicum、Sorghum controversum、Sorghum drummondii、Sorghum ecarinatum、Sorghum exstans、Sorghum grande、石茅(Sorghum halepense) Λ Sorghum interjecturn、 Sorghum intrans、 Sorghum laxiflorum、 Sorghum leiocladum、 Sorghum macrospermum、Sorghum matarankense、Sorghummiliaceum、漂高梁(Sorghumnigrum)、光 高梁(Sorghum nitidum)、习习高梁(Sorghum plumosum)、拟高梁(Sorghum propinquum)、 Sorghum purpureosericeum、 Sorghum stipoideum、苏丹草(Sorghum sudanensese)、 Sorghum timorense、Sorghum trichocladum、Sorghum versicolorΛ Sorghum virgatum、 高粱(Sorghum vulgare)、或杂种诸如杂高粱(SorghumXalmum)、苏丹草(Sorghum χ sudangrass)或 SorghumXdrummondii。合适的物种还包括向日葵(Helianthus annuus，sunflower)、红花(Carthamus tinctorius，safflower)、麻疯树(Jatropha curcas，jatropha)、蓖麻(Ricinus communis, castor)、油掠(Elaeis guineensis)(掠榈(palm))、亚麻(Linum usitatissimum，flax)、 禾口#胃(Brassica juncea)0合适的物种还包括甜菜(Beta vulgaris, sugarbeet)、禾口木薯(Manihot esculenta, cassava) 0合适的物种还包括番前(Lycopersicon esculentum，tomato)、莴苣(Lactuca sativa, lettuce)、粉色蕉(Mu s a paradisiacal)(香蕉)、马铃薯(So lanum tuberosum， potato)、甘蓝(Brassica oleracea)(花椰菜(broccoli)、花椰菜(cauliflower)、抱子 甘蓝(Brussels sprouts))、茶(Camellia sinensis，tea)、草毒(Fragaria ananassa，strawberry)、可可(Theobroma cacao，cocoa)、小果咖啡(Coffea arabica)(咖啡)、葡萄 (Vitis vinifera，grape)、凤梨(Ananas comosus，pineapple)、辣椒(Capsicum annum) (辣椒和甜椒)、洋葱(Allium c 印a，onion)、香瓜(Cucumis melo)(甜瓜(melon))、黄瓜 (Cucumi s sativus，cucumber)、舆瓜(Cucurbita maxima)(南瓜(squash))、南瓜(番瓜) (Cucurbita moschata, squash)、 (Spinacea oleracea, spinach) λ M/R (Citrullus lanatus, watermelon)、咖啡黄奏(Abelmoschus esculentus)(秋奏(okra))、禾口 前 (Solanum melongena，eggplant)。合适的物种还包括罂粟(Papaver somniferum，opium poppy)、鬼S粟(Papaver orientale) ΛΧΜ^ ^ (Taxus baccata) Λ M Of tl ^ (Taxus brevifolia) Λ H^ffi ^ (Artemisia annua)、大麻(Cannabis sativa)、旱莲木(Camptotheca acuminate)、长春 花(Catharanthus roseus)、长春花(Vinca rosea)、正鸡纳丰对(Cinchona officinalis)、 秋水仙(CoIchicum autumnale)、Veratrum californica、毛花洋地黄(Digitalis lanata)、毛地黄(Digitalis purpurea)、薯蔬(Dioscorea spp·)、穿心莲(Andrographis paniculata)、真页前(Atropa belladonna)、曼陀罗(Datura stomonium)、小檗(Berberis spp.)、三尖杉(Cephalotaxus spp.)、草 (Ephedra sinica) λ (Ephedra spp.)、 古柯(Erythroxylum coca)、Galanthus wornorii、赛莫菪(Scopolia spp·)、蛇足石松 (Lycopodium serratum)(=蛇足石杉(Huperzia serrata))、石松(Lycopodium spp·)、蛇 根木(Rauwolf ia serpentine)、萝芙木(Rauwolf ia spp·)、力口拿大血根草(Sanguinaria canadensis)、天仙子(Hyoscyamus spp.)、金盖花(Calendula officinalis)、小白菊 (Chrysanthemum parthenium)、毛喉鞘蓝花(Coleus forskohlii)、禾口小白菊(Tanacetum parthenium)。合适的物种还包括灰白银胶菊(Parthenium argentatum)(银胶菊)、橡胶树 (Hevea spp.)(橡胶)、留兰香(Mentha spicata)(薄荷)、辣薄荷(Mentha piperita)(薄 荷)、红木(Bixa orellana)禾口六出花(Alstroemeria spp·)。合适的物种还包括蔷薇(Rosa spp.)(蔷薇/玫瑰(rose))、香石竹(Dimthus caryophyllus, carnation)、碧冬前(Petunia spp.，petunia)禾口 一品红(Poinsettia pulcherrima，poinsettia)0合适的物种还包括烟草(Nicotiana tabacum，tobacco)、白羽扇豆(Lupinus albus)(羽扇豆(lupin))、海燕麦(Uniola paniculata)(燕麦)、剪股颖(bentgrass， Agrostis spp·)、美洲山杨(Populus tremuloides)(白杨)、松(Pinus spp.，pine)、冷杉 (Abies spp.，fir)、械(Acer spp.，maple)、大麦(Hordeum vulgare，barley)、草地早熟禾 (Poa pratensis)(蓝草)、漂麦草(Lolium spp.，ryegrass)禾口梯牧草(Phleum pretense， timothy)0如此，可以在广泛范围的植物物种里使用方法和组合物，包括来自双子叶植物属 芸苔属、红花属、大豆属、棉属、向日葵属、麻疯树属、银胶菊属、杨属和蓖麻属的物种；和来 自单子叶植物属油棕属、羊茅属、大麦属、黑麦草属、稻属、黍属、狼尾草属、梯牧草属、早熟 禾属、甘蔗属、黑麦属、高粱属、小黑麦属、小麦属、和玉蜀黍属。在一些实施方案中，植物是 下列物禾中的成员柳枝稷(Panicum virgatum，switchgrass)、高梁(Sorghum bicolor)(高 粱，苏丹草)、奇岗(芒)、甘蔗(Saccharum sp.)(能源蔗(energycane))、小叶杨(Populusbalsamifera)(杨)、玉蜀黍(Zea mays)(玉米)、大豆(Glycine max, soybean)、欧洲油菜 (Brassica napus)(芸苔)、普通小麦(Triticum aestivum)(小麦)、陆地棉(Gossypium hirsutum)(棉)、稻、向日葵、紫苜蓿(苜蓿)、甜菜(甜菜)、或珍珠粟(Permisetum glaucum，pearl millet)。在某些实施方案中，可以使用本文中所描述的多核苷酸和载体来转化许多单子叶 和双子叶植物和植物细胞系统，其中此类植物是不同物种的杂种或特定物种的品种(例如
(Saccharum sp·))(芒(Miscanthus sp.) > ^PfefS χ Panicum amarum>feχ Panicum amarulum、和象草χ香蒲狼尾草)。P.转基因棺物表型相对于非阴影环境中的光，阴影环境中的光富含FR波长。红波长通常范围为约 630nm光子辐射度至约700nm光子辐射度。远红波长通常范围为约700nm光子辐射度至约 750nm光子辐射度。在一些实施方案中，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽表达受到调控的植物可以具 有升高的SD+E0DFR和/或低光耐受性。可以在对于模拟阴影有用的特定环境条件(即短 日照加上日末远红(SD+E0DFR)条件)下评估SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽表达受到调 控的转基因植物和缺乏转基因或者不表达转基因的相应对照植物的表型。SD+E0DFR条件由 光周期，接着为富含远红的光条件的脉冲，接着为14小时黑暗期组成。光周期为约9.0至 约9. 6小时，其中红远红比率为约5. 5，及下列注量率(fluence rate):蓝450 = 12 ymol/ m2/s, ^X 633 = 22 μ mol/m2/s, Sn^X 740 = 4 μ mol/m2/s, PPFD400^700 = 55ymol/m2/s。富*远 的光条件的脉冲是约0.4至约1.0小时，其中红远红比率为约0. 14，及下列注量率蓝· =0. 004ymol/m2/s，^I 633 = 10 μ mol/m2/s，远红 740 = 70 μ mol/m2/s, PPFD400^700 = 8 ymol/ m2/s。适合于产生和维持SD+EODFR条件的照明设备来源是本领域技术人员已知的。也可以在低光辐照度的条件下评估SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽表达受到调 控的转基因植物和相应对照植物的表型。低光条件是于室温和约70%相对湿度将植物暴 露于辐照度约0. 01 μ mol/m2/s的光至约20 μ mol/m2/s的光的条件。例如，将植物暴露于 0.01、1、5、10、15、或2(^!1101/11178的光的条件是低光条件。适合于控制光条件的光照和其 它设备的来源是本领域技术人员已知的。低光条件通常具有波长组合的光，诸如白光。可以供应白光，例如通过32瓦荧光 灯(Sylvania，F032/841/EC0, Danvers, ΜΑ)，只要红远红比率为13 1。红波长通常范 围为约630至约700nm的光子辐照度。远红波长通常范围为约700至约750nm的光子辐照度。在一些实施方案中，在光/黑暗循环的光周期期间有连续低光的低光条件下测定 转基因植物的表型。连续的低光条件可以是例如16小时的辐照度，其中0. 01至20μπιΟ1/ m2/s的光交替8小时黑暗。一旦已经将植物暴露于光/黑暗循环的光周期期间的连续低光 条件达7天，便测定转基因植物的表型。在一些实施方案中，在有连续红光的红光条件下测定转基因植物的表型。连续 红光条件可以是例如具有约15 μ mol/m2/s的光的连续辐照度，其中红光与远红光比率 (R FR)为约80。可以通过LED阵列供应连续的红光，可以使用所述LED阵列来激活和灭 活植物光受体植物光敏素(例如SNAP-LITE Quantum Devices,WI) 0 一旦已经将植物暴露于连续红光条件达约5天，便测定转基因植物的表型。在一些实施方案中，在有连续远红光的远红光条件下测定转基因植物的表型。连 续远红光条件可以是例如具有约5 μ mol/m2/s的光的连续辐照度，其中R FR为约0. 10。 可以通过LED阵列供应连续的远红光，可以使用所述LED阵列来激活和灭活植物光受体植 物光敏素(例如SNAP-LITE Quantum Devices，WI)。一旦已经将植物暴露于连续远红光 条件达约5天，便测定转基因植物的表型。在一些实施方案中，在天然日光或其它广谱光条件下测定转基因植物的表型。天 然日光条件可以是例如温室或大田种植的转基因植物的全日光或其它天然照射。广谱条 件可以是由荧光灯供应的照射，其中连续注量率为约12 μ mol/m2/s的蓝45(|光，22 μ mol/m2/ s的红633光，4 μ mol/m2/s远红74(1光，和光合活性放射(PAR4qch7qq)为约55 μ mol/m2/s,其中 R FR为约5。其它广谱条件可以是例如光/黑暗光循环的光周期期间的连续广谱光。在 一些情况中，例如连续广谱光可以是16小时约15至55ym0l/m2/S PAR4qch7qq的辐照度，其 交替8小时黑暗，即交替8小时的黑暗期。在一些情况中，例如连续广谱光可以是12小时 约15至55ym0l/m2/S PAR·,的辐照度，其交替12小时黑暗。成熟过程中和/或一旦植 物已经达到成熟，测定转基因植物的表型。与在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多 肽的对照植物相比，表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物可以在SD+E0DFR 条件或低光条件下展现出下列一项或多项表型延伸生长降低、叶发育加速、降低的顶端优 势、升高的叶绿体发育、开花和种子/果实产量的变化、和贮藏器官沉积(deposition)升
尚ο与在连续红光或远红光条件下种植的不过表达红特异性光响应途径多肽的对照 植物相比，过表达红光特异性响应途径多肽的转基因植物可以在连续红光或天然日光条件 下展现出下胚轴长度减小，但是在连续远红光或黑暗条件下具有类似的下胚轴长度。通常，认为相对于对照植物或细胞，转基因植物或细胞中形态学特征的差异(例 如升高或降低)在合适的参数或非参数统计量(例如卡方检验(卡方test) ,Student氏t 检验、Marm-Whitney检验、或F检验)的情况中在ρ < 0. 05时是统计学显著的。在一些实 施方案中，任何个体形态学特征的尺寸差异在P < 0.01、ρ < 0. 005、或？ < 0. 001时是统 计学显著的。与对照植物的相应形态学特征相比在例如转基因植物中的形态学特征上的统 计学显著性差异指明转基因植物中存在的重组核酸的表达赋予形态学特征的变化。在比较SD+E0DFR条件或低光条件下种植的表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽 的转基因植物与SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多 肽的对照植物时，延伸生长的降低的例子包括(不限于)降低的叶柄长度、降低的下胚轴长 度、降低的节间间隔、和谷物中降低的叶伸长。延伸生长的降低可以是约0. 25%至约90% (例如约0.25%至约15%、约5%至约50%、约5%至约10%、约25%至约50%、约至 约30%、约50%至约90%、约20%至约40%、约至约5%、约0. 5%至约2%、约15%至 约 50%、约 20%、约 25%、约 30%、约 35%、约 40%、约 45%、约 50%、约 55%、约 60%、约 65%、约70%、约75%、或约80% )的降低。一种合适于测量的表型是下胚轴长度。当在SD+E0DFR条件或低光条件下种植野 生型幼苗时，下胚轴长度相对于在对照光条件下种植的野生型幼苗中找到的下胚轴长度通
108常显著升高。如此，可以在SD+E0DFR条件或低光条件下种植转基因植物的幼苗和缺乏转基 因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗，并且在合适的时间，可以测量来自每组的幼苗 的下胚轴长度。在SD+E0DFR条件或低光条件下，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽表达升 高的幼苗可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗具有统计学显著更短 的下胚轴长度。与不表达转基因的相应对照植物中的下胚轴长度相比，下胚轴长度可以短 了至少 20%，例如 20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,55%,60%,65%,70%,75%, 或 80%。当在连续红光条件下种植野生型幼苗时，下胚轴长度相对于连续远红光条件下种 植的野生型幼苗中找到的下胚轴长度通常显著降低。如此，可以在连续红光条件或远红光 条件下种植转基因植物的幼苗和缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗，并且 在合适的时间，可以测量来自每组的幼苗的下胚轴长度。在红光条件下，红光特异性响应 途径多肽表达升高的幼苗可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗具有 统计学显著更短的下胚轴长度。与不表达转基因的相应对照植物中的下胚轴长度相比，下 胚轴长度可以短了至少 20%，例如 20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、 65 %、70 %、75 %、或80 %。在远红条件下，红光特异性响应途径多肽表达升高的幼苗可以与 缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物具有类似长度的下胚轴。比较而言，红光特异性响应途径多肽表达降低的幼苗可以比缺乏转基因或不表达 转基因的相应对照植物的幼苗具有统计学显著更长的下胚轴长度。与不表达转基因的相 应对照植物中的下胚轴长度相比，下胚轴长度可以长了至少20 %，例如20 %、25 %、30 %、 35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、或80%。在远红条件下，红光特异性响 应途径多肽表达降低的幼苗可以与缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物具有类似 长度的下胚轴。另一种合适的表型可以是成熟植物的总体植物高度。当在天然光或其它广谱光 条件下种植野生型植物时，成熟时的植物高度相对于在低光条件下种植的野生型植物中找 到的植物高度可以显著降低。如此，可以在天然光条件或低光条件下种植转基因植物和缺 乏转基因或不表达转基因的相应对照植物，并且在成熟时，可以测量来自每组的植物的高 度。在天然光或其它广谱光条件下，红光特异性响应途径多肽表达降低的成熟植物可以比 缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的成熟植物具有统计学显著更高的植物。与不 表达转基因的相应对照植物中的高度相比，植物高度可以高了至少20%，例如20%、25%、 30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、或 75%。另一种合适的表型可以是植物生长率。例如，可以通过在一段时间里测量鲜重(T/ 英亩)的差异或近顶端细胞扩张的差异来测定植物生长率。当在天然光或其它广谱光条件 下种植野生型植物时，植物生长率相对于低光条件下种植的野生型植物中找到的植物生长 率可以显著更低。如此，可以在天然光条件或低光条件下种植转基因植物和缺乏转基因或 不表达转基因的相应对照植物，并且在成熟过程中，可以测量来自每组的植物的植物生长 率。在天然光或其它广谱光条件下，红光特异性响应途径多肽表达降低的植物可以比缺乏 转基因或不表达转基因的相应对照植物的植物具有统计学显著增加的植物生长率。与不表 达转基因的相应对照植物中的生长率相比，生长率可以增加至少2 %，例如2 %、3 %、4%、
10925%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、或超过 60%。另一种适合于测量的表型可以是茎部分或地上部分(排除植物的花序和种子部 分)的干物质产率。当在天然光或其它广谱光条件下种植野生型植物时，干物质产率相对 于低光条件下种植的野生型植物中找到的干物质产率可以显著降低。如此，可以在天然光 条件或低光条件下种植转基因植物和缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物，并且在 收获时，可以测量来自每组的植物的干物质产率。在天然光或其它广谱光条件下，红光特异 性响应途径多肽表达降低的成熟植物可以比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物 的成熟植物具有统计学显著更大的干物质产率。在下列等式中使用鲜物质重量(FMW)和重 量百分比湿度(M)测量来计算干物质产率(DMY)。DMY= ((100-M)/100) *FMW。例如，与不 表达转基因的相应对照植物中的干物质产率水平相比，干物质产率可以增加至少2 %，例如 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18%, 19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、或超过 60%。另一种适合于测量的表型是叶柄长度。当在SD+E0DFR条件或低光条件下种植野 生型幼苗时，叶柄长度相对于对照光条件下种植的野生型幼苗中找到的叶柄长度通常显著 增加。如此，可以在SD+E0DFR条件或低光条件下种植转基因植物的幼苗和缺乏转基因或不 表达转基因的相应对照植物的幼苗，并且在合适的时间，可以测量来自每组的幼苗的叶柄 长度。在SD+E0DFR条件或低光条件下，SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽表达升高的幼苗 比缺乏转基因或不表达转基因的相应对照植物的幼苗可以具有统计学显著更短的叶柄长 度。与不表达转基因的相应对照植物中的叶柄长度相比，叶柄长度可以短了至少20%，例如 20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、或 75%。在比较SD+E0DFR条件或低光条件下种植的表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽 的转基因植物与SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多 肽的对照植物时，叶发育加速的例子包括(不限于)增加的叶厚度和增加的叶面积生长。与 在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的对照植物 相比，叶厚度或叶面积生长在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的表达SD+E0DFR和/或低 光耐受性多肽的转基因植物中可以增加约0. 25%至约200% (例如约0. 25%至约2%、约 0. 5%至约5%、约0. 5%至约15%、约2%至约10%、约5%至约35%、约10%至约25%、 约20%至约80%、约50%至约200%、约100%至约200%、约100%至约150%、约5%、约 10%、约 20%、约 35%、约 50%、约 70%、约 90%、约 120%、约 180%、或约 200% )。在比较SD+E0DFR条件或低光条件下种植的表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽 的转基因植物与SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多 肽的对照植物时，降低的顶端优势的例子包括(不限于)增加的分枝和增加的分蘖。与在 SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的对照植物相 比，分枝和分蘖在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多 肽的转基因植物中可以增加约0. 25%至约200% (例如约0. 25%至约2%、约0. 5%至约 5%、约0. 5%至约15%、约2%至约10%、约5%至约35%、约10%至约25%、约20%至约 80%、约 50% 至约 200%、约 100% 至约 200%、约 100% 至约 150%、约 5%、约 10%、约 20%、 约 35%、约 50%、约 70%、约 90%、约 120%、约 180%、或约 200% )。在比较红光特异性响应途径多肽受下调的转基因植物与天然光或其它广谱光条件下种植的缺乏转基因或不表达转基因的对照植物时，增加的顶端优势的例子包括(不限 于)减少的分枝和减少的分蘖。与天然光或其它广谱光条件下种植的缺乏转基因或不表达 转基因的对照植物相比，分枝和分蘖在天然光或其它广谱光条件下种植的红光特异性响应 途径多肽受下调的转基因植物中可以降低约0. 25%至约200% (例如约0. 25%至约2%、 约0. 5%至约5%、约0. 5%至约15%、约2%至约10%、约5%至约35%、约10%至约25%、 约20%至约80%、约50%至约200%、约100%至约200%、约100%至约150%、约5%、约 10%、约 20%、约 35%、约 50%、约 70%、约 90%、约 120%、约 180%、或约 200% )。在比较在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多 肽的转基因植物与在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低光耐受 性多肽的对照植物时，增加的叶绿体发育的例子包括(不限于)增加的叶绿素合成和叶绿 素a b比率的变化。与在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低 光耐受性多肽的对照植物相比，叶绿素合成和/或叶绿素a b比率在SD+E0DFR条件或低 光条件下种植的表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物中可以大了约0. 25% 至约200% (例如约0. 25%至约2%、0. 25%至约0. 5%、约0. 25%至约1. 5%、约0. 5%至 约1%、约0. 5%至约5%、约0. 5%至约15%、约2%至约10%、约5%至约35%、约10%至 约25%、约20%至约80%、约50%至约200%、约100%至约200%、约100%至约150%、约 5%、约 10%、约 20%、约 35%、约 50%、约 70%、约 90%、约 120%、约 180%、或约 200% )。在比较在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多 肽的转基因植物与在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和/或低光耐 受性多肽的对照植物时，开花和种子/果实产量的变化的例子包括(不限于)降低的开花 率、结籽增加、和果实发育升高。与在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR 和/或低光耐受性多肽的对照植物相比，开花率在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的表 达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物中可以降低约0. 25%至约90% (例如约 0. 25%至约15%、约5%至约50%、约5%至约10%、约25%至约50%、约至约30%、 约50%至约90%、约20%至约40%、约1%至约5%、约0. 5%至约2%、约15%至约50%、 约 20%、约 25%、约 30%、约 35%、约 40%、约 45%、约 50%、约 55%、约 60%、约 65%、约 70%、约75%、或约80% )。与在SD+E0DFR条件或低光条件下种植的不表达SD+E0DFR和 /或低光耐受性多肽的对照植物相比，种子或果实重量在SD+E0DFR条件或低光条件下种 植的表达SD+E0DFR和/或低光耐受性多肽的转基因植物中可以提高约0. 25%至约200% (例如约0. 25%至约2%、约0. 5%至约5%、约0. 5%至约15%、约2%至约10%、约5%至 约35%、约10%至约25%、约20%至约80%、约50%至约200%、约100%至约200%、约 100%至约 150%、约 5%、约 10%、约 20%、约 35%、约 50%、约 70%、约 90%、约 120%、约 180%、或约 200% )。相对于对照植物来评估转基因植物的表型。当植物展现出由感兴趣的植物展现的 多肽或编码多肽的mRNA的量的小于10% (例如小于9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、 1%、0.5%、0.1%、0.01%、或0.001%)时，植物被说成“不表达”多肽。可以使用方法来评 估表达，所述方法包括例如RT-PCR、Northern印迹、Sl RNA酶保护、引物延伸、Western印 迹、蛋白质凝胶电泳、免疫沉淀、酶联免疫测定法、芯片测定法、和质谱法。应当注意到，如果 多肽在组织优先性或广泛表达型启动子的控制下表达，那么可以在整个植物中或者在选定
111的组织中评估表达。类似地，如果多肽在特定的时间(例如在发育中或诱导后的特定时间) 表达，那么可以在想要的时间期限选择性评估表达。V.棺物育种遗传多态性是群体中离散的等位序列差异。通常，认为以或更大存在的等位 基因是遗传多态性。本文中所公开的多肽可以调控SD+E0DFR和/或低光耐受性的发现在 植物育种中是有用的，因为与此类多肽的基因座展现连锁程度的遗传多态性更有可能与 SD+E0DFR和/或低光耐受性变化有关。例如，与此类多肽的基因座连锁的遗传多态性更可 能用于标志物辅助育种程序以创建具有SD+E0DFR和/或低光耐受性的品系。如此，本发明的一个方面包括鉴定一种或多种遗传多态性是否与SD+E0DFR和/或 低光耐受性变化有关的方法。此类方法牵涉测定给定群体中的遗传多态性是否展现出与图 1-24中所描绘的多肽之一和/或其功能同系物的基因座连锁。在群体的植物中的SD+E0DFR 和/或低光耐受性变化与群体的植物中的遗传多态性的存在之间测量关联，由此鉴定遗传 多态性是否与性状变化有关。如果特定等位基因的存在与SD+E0DFR和/或低光耐受性中 想要的调控在统计学上显著相关，那么等位基因与性状变化有关，而且作为性状的标志物 是有用的。另一方面，如果特定等位基因的存在与想要的调控不显著相关，那么等位基因与 性状变化无关，而且作为标志物是没用的。此类方法可适用于含有天然存在的内源多肽而不是编码多肽的外源核酸的群体， 即对于外源核酸而言不是转基因的群体。然而，要领会适合于在方法中使用的群体可以含 有另一种不同性状(例如除草剂抗性)的转基因。在此类方法中有用的遗传多态性包括简单序列重复(SSR或微卫星)、多态性DNA 的快速扩增(RAPD)、单核苷酸多态性(SNP)、扩增片段长度多态性(AFLP)和限制性片段长 度多态性(RFLP)。可以例如通过制备序列特异性探针，并通过PCR来扩增来自感兴趣群 体中的个体的模板DNA，从而鉴定SSR多态性。若探针在群体中的SSR侧翼，则会生成不 同大小的PCR产物。参见例如美国专利5，766，847。或者，可以通过使用PCR产物作为针 对来自群体中不同个体的Southern印迹的探针来鉴定SSR多肽。参见U. H. Refseth等， (1997) Electrophoresis 18:1519。RFLP 的鉴定参见例如 Alonso-Blanco 等(Methods in Molecular Biology,第 82 卷，“Arabidopsis Protocols",第 137 页-第 146 页， J. Μ. Martinez-Zapater 禾口 J. Salinas 编，大约在 1998 年 Humana Press, Totowa, NJ)； Burr ( "Mapping Genes with Recombinant Inbreds，，,第 249 页-第 254 页，于 Freeling, Μ.禾口 V. Walbot (编)，The Maize Handbook，大约在 1994 年 Springer—Verlag New York, Inc. :New York, NY, USA ；BerIin Germany ；Burr ^ Genetics (1998) 118 519 ；^ Gardiner, J.等，(1993) Genetics 134:917)。AFLP的鉴定参见例如EP O 534 858和美国专利 5，878，215。在一些实施方案中，方法涉及育种植物品系。此类方法在标志物辅助育种程序中 使用如上文所描述的那样鉴定的遗传多态性以促进开发在SD+E0DFR和/或低光耐受性上 具有想要的变化的品系。一旦合适的遗传多态性被鉴定为与性状的变化有关，则鉴定一种 或多种个体植物，它们拥有与想要的变化有关的多态性等位基因。然后在育种程序中使用 那些植物以组合多态性等位基因与其它基因座处的多种其它等位基因，它们与想要的变化 有关。适合于在植物育种程序中使用的技术是本领域中已知的，包括(不限于)回交、混合CN 101978061 A
说明书
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选择、谱系育种、集团选择、与另一个群体杂交和轮回选择。可以在育种程序中单独或者与 一种或多种其它技术联合使用这些技术。如此，将每个鉴定的植物自交或者与不同植物杂 交以产生种子，然后使所述种子发芽以形成后代植物。然后将至少一个所述后代植物自交 或者与不同植物杂交以形成后续后代世代。育种程序可以酌情将自交或异型杂交步骤再重 复 至5个世代以在所得的植物品系中实现想要的一致性和稳定性，所述所得的植物品系 保留多态性等位基因。在大多数育种程序中，将在每个世代中进行特定多态性等位基因的 分析，虽然可以在交替世代中进行分析(若想要的话)。在一些情况中，还进行其它有用性状的选择，例如选择真菌抗性或细菌抗性。此类 其它性状的选择可以在鉴定拥有想要的多态性等位基因的个体植物之前、过程中或之后进 行。VI.制品本文中提供的转基因植物在农业和能源生产工业中具有多种用途。例如，可以使 用本文中所描述的转基因植物来制备动物饲料和食物产品。然而，此类植物作为能源生产 的给料常常是特别有用的。相对于缺乏外源核酸的对照植物，本文中所描述的转基因植物常常产生较高的每 公顷谷粒和/或生物质的产率。在一些实施方案中，在低光条件和/或SD+E0DFR条件的 条件下种植时，此类转基因植物相对于对照植物提供相同或甚至升高的每公顷谷粒和/或 生物质的产率。如此，可以使用所述转基因植物来在环境应力条件(如低光条件和/或 SD+E0DFR条件)下提供产率稳定性。通过在环境应力条件(如低光条件和/或SD+E0DFR 条件)下提供较高的产率，本文中所描述的转基因植物为农民和加工者改善收益性以及为 消费者降低成本。可以将来自本文中所描述的转基因植物的种子条件化(condition)，并通过本领 域中已知的手段装入包装材料中以形成制品。包装材料诸如纸和布是本领域中公知的。种 子包装可以具有描述其中的种子性质的标记，例如缚住包装材料的标签或标记、印刷在包 装材料上的标记、或插入包装内的标记。本发明会在以下实施例中进一步地描述，所述实施例不限制权利要求书中所描述 的本发明的范围。
实施例实施例1 转基因拟南芥植物在关于拟南芥属转化的实施例中使用下列符号=T1 第一世代转化体；T2 第二世 代，即自花传粉的T1植物的后代；Τ3 第三世代，即自花传粉的T2植物的后代；τ4 第四世代， 即自花传粉的T3植物的后代。独立转化称为事件。自拟南芥植物分离核酸，并克隆入Ti质粒载体CRS338或CRS 811中(在35S启 动子的控制下)。每种构建体含有膦丝菌素乙酰转移酶基因，其将Finale 抗性赋予经转 化的植物。用每种构建体分开转化野生型拟南芥生态型WasSilewSkija(WS)植物。基本上 如 Bechtold 等，C. R.Acad. Sci. Paris, 316 :1194_1199 (1993)中所描述的那样进行转化。含有SEQ ID NO =USEQ ID NO 69, SEQ ID NO 127, SEQ ID N0:315、SEQ ID NO: 335、SEQ ID NO :454、SEQ ID NO :537、SEQ ID NO :568、SEQ ID NO :604、SEQ ID NO :632、848、SEQ ID NO :905、SEQ ID NO :951、SEQ ID NO 1023,SEQ ID NO :1045、SEQ ID NO :1150、SEQ ID NO :1276、SEQ ID NO :1345、SEQ ID NO :1456、SEQ ID NO 1496,SEQ ID NO : 1539、SEQ ID NO : 1586、SEQ ID N0:1629、或 SEQ ID N0:1634 的转基 因拟南芥品系分别称作 ME05268、ME06120、ME09503、ME10007、ME10852、MEl 1939、ME12006、 ME12596、ME12899、ME13456、ME15935、ME16594、ME16597、ME16630、ME17128、ME17578、 ME18158、ME18314、ME18408、ME19304、ME19738、ME19971、ME20871、ME21199、或 ME21508。 通过Finale 抗性、自绿色叶组织提取物的PCR扩增、和/或对PCR产物的测序来确认用载 体转化的各个转基因拟南芥品系中的含有上文所描述的核酸的每个载体的存在。棚列2 龍而恃浦細·将野生型和转基因种子灭菌，在含有5g/L蔗糖的固体0.5X MS培养基上分配， 并于4°C在黑暗中分层(stratified)三天。分层后，容许含有种子的平板达到室温。然 后将平板转移到于22°C和70%湿度在16:8小时光黑暗循环情况中的Conviron步入 ζ (walk-in) H胃(Controlled Environments Inc. ， Pambina, ND) 。 fflil 32 K^lMJ (Sylvania, F032/841/EC0, Danvers,MA)供应光照，只要红远红比率为13 1。用三层遮 光布(New York Wire，木炭玻璃纤维屏，857650 ； Home Depot, Atlanta, GA)覆盖平板，使得 辐照度为约10ymol/m2/S。每天旋转平板，并监测下胚轴延长的变化。48小时后，对平板评 分晚期发芽者(late germinator)，从认为在低光条件下具有降低的下胚轴延长的候选植 物排除它们。将每个幼苗移植到含有总共18孔(3孔x6孔)并且大小测量为24cm x48cm 的平面的8X8cm孔。对在具有约10 μ mol/m2/s的光的辐照度的条件下于22°C维持7天的幼苗分析下 胚轴长度。基于定性观察，个体幼苗的下胚轴测定为“长的”或“短的”(参见例如图28)。实施例3 对短日照加上日末远红(SD+E0DFR)条件耐受的转基因植物的鉴定对幼苗进行短日照加上日末远红(SD+E0DFR)测定法以评估SD+E0DFR条件对下胚 轴长度的影响。对于SD+E0DFR测定法，将种子在0. 5%蔗糖，IX MS培养基(PhytoTech)琼 脂平板上分配，于4°C冷处理3-4天，然后使其在约60 μ mol/m2/s的连续白光下在步入式 Conviron生长室中发芽2天。然后将幼苗暴露于SD+E0DFR条件达4天。SD+E0DFR条件是9. 5 小时光，接着是在每个光循环结束时的远红光的30分钟脉冲，其交替14小时黑暗。对光循 环使用约 60ymol/m2/s PPFD 的两盏 Gro-Lux (Sylvania，24660)和两盏冷白色(Phillips) 灯(其中红远红比率为约5. 5)；这些条件下的注量率是蓝450 = 12 μ mol/m2/s,红633 = 22 μ mol/m2/s,远红 740 = 4 μ mol/m2/s，PPFD400^700 = 55 μ mol/m2/s。通过约 8 μ mol/m2/s PPFD 的 3 个 SNAP-LITE 远红光盒(Quantum Devices, SL1515-670-735)(其中红远红比 率为约0. 14)来产生远红脉冲；这些条件下的注量率是蓝45(1 = 0. 004 μ mol/m2/s,红633 = 10 μ mol/m2/s，远红 74(1 = 70 μ mol/m2/s, PPFD400^700 = 8 μ mol/m2/s。完全如上文那样培养对 照幼苗，只是它们不接受远红脉冲；也就是说，发芽后，将它们暴露于约60ymOl/m2/S PPFD 的2盏Gro-Lux和2盏冷白色灯(其中红远红比率为约5. 5)下交替14小时黑暗的10 小时光的循环达2天。分配后第三天旋转平板，并在分配后第四天表征下胚轴长度。基于 定性观察，个体幼苗的下胚轴测定为“长的”或“短的”(参见例如图28)。在随后两天，然后用无菌Finale (浓度=0.63%)喷射幼苗，然后容许生长24 小时，之后进行叶绿素荧光成像以测定Finale 抗性=Finale 敏感性比率。通过在叶绿
114素荧光成像仪(CF Imager, Technologica Limited, UK)中放置经Finale 处理的幼苗的 平板来测定Finale 敏感性。Finale 抗性幼苗呈红色，而Finale 敏感性幼苗呈蓝色。 然后将来自Finale 抗性幼苗和Finale 敏感性幼苗的下胚轴长度进行卡方分析以测定 统计显著性。实施例4 :ME05268、ME06120、ME09503、ME10007、ME10852、MEl 1939、ME13456. ME15935、ME16594、ME16597、ME16630、ME17128、ME17578、ME18158、ME18314、ME19304、 ME19738、ME20871、ME21199、和 ME21508 事件的结果在低光条件下种植来自ME05268事件-03的T3和T4种子、来自ME05268事件-04 的T2和T3种子、来自ME06120事件-11和-12的T2和T3种子、来自ME09503事件-03 和-07的T2和T3种子、来自ME10007事件-02和-05的T2和T3种子、来自ME10852事 件-03和-04的T2和T3种子、来自ME11939事件-01、-02、和-03的T2和T3种子、来自 ME13456事件-02和-05的T2和T3种子、来自ME15935事件-03和-04的T2和T3种子、 来自ME16594事件-02和-05的T3和T4种子、来自ME16597事件_01、_04、和-06的T2和 T3种子、来自ME16630事件_01、-02、和-04的T2和T3种子、来自ME17128事件_02、_03、 和-03的T2和T3种子、来自ME17578事件-01和-03的T2和T3种子、来自ME18158事 件-01、-03、和-04的T2和T3种子、来自ME18314事件_01、-02、-03、和-04的T2和T3种 子、来自ME19304事件-07和-08的T2和T3种子、来自ME19738事件-02和-05的T2和 T3种子、来自ME20871事件-03、-05、和-10的T2和T3种子、来自ME21199事件-01、-03 和-05的T2和T3种子、来自ME21508事件-01和-05的T2和T3种子，并评估下胚轴长度， 如实施例2中所描述的。进行卡方检验以比较转基因幼苗与具有短的或长的下胚轴的相应非转基因分离 子。认为与通常由在正常的光条件(例如约100ymol/m2/s白光)下种植的野生型拟南芥 幼苗展现的下胚轴长度具有类似长度的下胚轴是短的下胚轴，而认为与通常由在低光条件 (例如约10ymOl/m2/s白光)下种植的野生型拟南芥幼苗展现的长度具有类似长度的下 胚轴是长的下胚轴。于22°C在具有约100ymol/m2/S白光的辐照度和16:8小时光黑暗 循环的条件下种植7天的野生型拟南芥种子通常形成长度为约l_3mm的下胚轴。在具有约 10ymol/m2/s白光的辐照度的条件下，下胚轴的长度通常为约5_7mm。来自下组的幼苗在低光条件下在T2和T3世代两者中都展示短的下胚轴ME05268 事件-03 ；ME05268 事件-04 ；ME06120 事件-11 和-12 ；ME09503 事件-03 和-07 ；ME10007 事 件-02 和-05 ；ME10852 事件-03 和-04 ；MEl 1939 事件-01、-02、和-03 ；ME13456 事件-02 和-05 ；ME15935 事件-03 和-04 ；ME16594 事件-02 和-05 ；ME16597 事件 _01、-04、和-06 ； ME16630 事件-01、-02、和-04 ；ME17128 事件-02、-03、和-03 ；ME17578 事件-01 和-03 ； ME18158 事件-01、-03、和-04 ；ME18314 事件 _01、-02、-03、和-04 ；ME19304 事件-07 和-08 ； ME19738 事件-02 和-05 ；ME20871 事件-03、-05、和-10 ；ME21199 事件-01、-03 和-05 ；和 ME21508事件-01和-05，并且转基因与短的下胚轴表型相联系，置信水平为ρ < 0. 05 (表 1-23)。用-99指派的T3或T4数据是自从指定的世代和事件的多个个体植物合并的种子 获得的数据。表1 来自ΜΕ05268的幼苗中的下胚轴长度
权利要求
一种产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，所述HMM基于
图1 24之一中描绘的氨基酸序列，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+EODFR耐受性上具有差异。
2.—种产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸 包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具 有 80%或更大的序列同一性=SEQ ID NO :3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、 30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、 76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、 111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、 139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、 177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、 213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、 241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、 277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、 303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、 339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、 365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、 399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、 437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、 472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、 495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、 521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、 542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、 563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、 598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、 626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、 661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、 697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、 728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、 759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、 788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、 810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、 831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、855、857、859、 861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、 893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、 928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、 955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、989、`991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、1018、`1024、1025、1027、1029、1030、1032、1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1047、`1049、1051、1053、1055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、`1074、1075、1077、1078、1080、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、`1099、1100、1101、1103、1105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、`1127、1129、1131、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、`1151、1153、1155、1157、1159、1160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、`1178、1180、1182、1184、1186、1188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、`1203、1204、1206、1208、1209、1211、1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、1225、`1227、1229、1230、1232、1234、1236、1238、1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、1254、`1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、`1277、1279、1281、1283、1285、1287、1289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、`1303、1305、1307、1309、1311、1313、1315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、`1327、1328、1329、1330、1331、1332、1334、1336、1338、1340、1342、1344、1347、1349、1351、`1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、`1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、`1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、`1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、`1448、1450、1452、1457、1458、1460、1462、1464、1466、1467、1468、1469、1471、1473、1475、`1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1488、1490、1492、1494、1497、`1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、1512、1513、1514、1515、1516、`1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、1529、1531、1532、1533、1534、`1535、1536、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、1555、1556、1557、1558、`1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、`1584、1587、1589、1591、1593、1594、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603、1604、`1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、1620、1621、`1623、1625、1630、1631、1632、1635、1637、1639、1641、1642、1643、1644、1646、1648、1650、`1651、1652、1653、1654、1655、1657、1659、1661、1663、1665、1667、1669、1671、1673、1675、`1677、1679、1681、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1699、1700、1701、`1702、1703、1704、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、1719、1720、1721、1722、1723、`1725、1727、1729、1730、1732、1734、1736、1738、1739、1740、1741、1742、1743、1744、1745、`1746、1748、1750、1751、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、1768、1769、`1770、1771、1772、1773、1774、1775、1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、`1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、`1813、1814、1815、1816、1817、1818、1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、`1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、`1844、1845、1846、1847、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、`1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、`1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、3·1919、1921、1923、1925、1927、1929、1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、 1949、1951、1953、1955、1957、1959、1961、1963、1965、1967、1969、·1971、1973、1975、1977、 1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、2005、2007、 2009、2011、2013、2015、2017、2019、·2021、·2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、 2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、 2049、·2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、 2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、·2083、2084、2085、 2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、2113、2114、 2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、·2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、 2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、 2160、2162、·2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、 2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、·2199、2200、 2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、2214、2215、 2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、·2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、 2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、 2246、2247、2248、·2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、 2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、·2277、 2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、 2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、·2324、2325、2326、2327、2328、2329、 2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、 2345、2346、2347、2348、·2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、 2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、和2381，并且其中与不包含所述核酸的对照 植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+E0DFR耐受性上具有差异。
3.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含CDI结构域，所述CDI结构域与SEQID NO 70的⑶I结构域具有70%或更大的序列同一性。
4.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含AUX/IAA结构域，所述AUX/IAA结构域与 SEQ ID NO 129或SEQ ID NO 1347的AUX/IAA结构域具有70%或更大的序列同一性。
5.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含同源框结构域，所述同源框结构域与SEQ ID NO 317的同源框结构域具有70%或更大的序列同一性。
6.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含zf_C3HC4结构域，所述zf_C3HC4结构域 与SEQ ID NO 337的zf_C3HC4结构域具有70%或更大的序列同一性。
7.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含B框锌指结构域和CCT基序，所述B框锌 指结构域与SEQ ID NO 456的B框锌指结构域具有70%或更大的序列同一性，且所述CCT 基序与SEQ ID NO 456的CCT基序具有70%或更大的序列同一性。
8.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含FAD结合7结构域和DNA光裂合酶结构 域，所述FAD结合7结构域与SEQ ID NO 538或SEQ ID NO 1497的FAD结合7结构域具 有70%或更大的序列同一性，且所述DNA光裂合酶结构域与SEQ ID N0:538或SEQ ID NO: 1497的DNA光裂合酶结构域具有70%或更大的序列同一性。
9.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含Zf_Dof结构域，所述Zf_Dof结构域与SEQ ID NO 606的zf_Dof结构域具有70%或更大的序列同一性。
10.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含AP2结构域，所述AP2结构域与SEQID NO 645的AP2结构域具有70%或更大的序列同一性。
11.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含VQ基序，所述VQ基序与SEQID NO 850的VQ基序具有70%或更大的序列同一性。
12.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含zf_C2H2结构域，所述zf_C2H2结构域 与SEQ ID NO 907的zf_C2H2结构域具有70%或更大的序列同一性。
13.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含TCP结构域，所述TCP结构域与SEQID NO 1151的TCP结构域具有70%或更大的序列同一性。
14.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含F框结构域，所述F框结构域与SEQID NO 1277的F框结构域具有70%或更大的序列同一性。
15.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含zf_CCCH结构域，所述zf_CCCH结构域 与SEQ ID NO 1457的zf_CCCH结构域具有70%或更大的序列同一性。
16.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含POX结构域和同源框结构域，所述POX 结构域与SEQ ID NO 1540的POX结构域具有70%或更大的序列同一性，且所述同源框结 构域与SEQ ID NO 1540的同源框结构域具有70%或更大的序列同一性。
17.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含HSF型DNA结合域，所述HSF型DNA结 合域与SEQ ID NO 1587的HSF型DNA结合域具有70%或更大的序列同一性。
18.权利要求1或2的方法，其中所述多肽包含SAM_1结构域和DRMBL结构域，所述 SAM_1结构域与SEQ ID NO 1635的SAM_1结构域具有70%或更大的序列同一性，且所述 DRMBL结构域与SEQ ID NO 1635的DRMBL结构域具有70%或更大的序列同一性。
19.一种产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核 酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与选自下组的核苷酸序列或其 片段具有 80%或更大的序列同一性=SEQ ID NO :1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、 29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、 83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、140、142、 144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、 182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、 222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、267、269、 272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、318、320、 322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、 377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、 416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、 454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、 537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、 597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、643、646、 648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、685、 687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、729、731、 733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、(787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、867、869、 871、873、875、878、880、882、(884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、906、908、 910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、(946、951、952、954、956、958、960、 962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、998、((1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、1062、1064、 1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、(1092、1094、1096、1102、1104、1106、 1108、1110、1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、(1142、 (1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、 1177、1179、1181、1183、(1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、 1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、1235、(1237、1239、1241、1243、1245、1247、 1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、1284、(1286、 1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、 1333、1335、1337、1339、(1341、1343、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、 1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、(1386、1388、1390、1392、1394、1396、 1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、(1445、 1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、 1487、1489、1491、1493、(1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、 1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、(1569、1571、1573、1575、1577、1579、 1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、1622、1624、1626、1627、((1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、 1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、(1728、1731、1733、1735、1737、1747、 1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、1789、(1791、 (1793、1795、1797、1799、1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、 1876、1878、1880、1882、(1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、 1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、(1924、1926、1928、1930、1932、1934、 1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、(1964、 1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、 1996、1998、2000、2002、(2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、 2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、2082、(2086、2088、2090、2092、2094、2096、 2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、2132、(2134、 2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、 2175、2177、2179、2181、(2265、2267、2279、2281、2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、 2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、(2315、2317、2319、2321、2349、2351、 2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、和 2373，并且其中与不包含所述 核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性或SD+E0DFR耐受性上具有差巳
20. —种在植物中调控低光耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸 序列的HMM比特得分大于约20，所述HMM基于
图1_24之一中描绘的氨基酸序列，并且其中 与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
21. 一种在植物中调控低光耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中， 所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自下组的 氨基酸序列具有80%或更大的序列同一性=SEQ ID NO :3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、 24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、 67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、98、99、100、101、102、103、 105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、121、122、124、126、129、130、131、132、 133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、 171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、 207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、 237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、262、264、266、268、270、 271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、 300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、319、321、323、325、327、329、330、331、 332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、357、359、 361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、378、379、381、383、385、387、389、391、 393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、 431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、456、457、458、459、460、462、464、 466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、 491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、507、508、509、510、511、512、514、515、 516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、 538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、 560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、 592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、 622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、639、641、644、645、647、649、651、653、 655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、688、690、 692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、720、721、 723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、750、751、 753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、771、773、774、776、778、779、780、782、 783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、 807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、826、 827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、845、847、850、851、853、 855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、 887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、907、909、911、913、915、917、919、920、922、 923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、 949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、 985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、 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1756、1758、1760、1762、1764、1766、1767、 1776、1777、1778、1780、1782、1784、1786、 1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、 1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、 1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、 1852、1854、1856、1858、1859、1860、1861、 1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、 1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、 1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、 1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、.1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、1991、1993、1995、1997、1999、2001、2003、 .2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、 .2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、2040、2041、2042、2043、2044、2045、2046、 .2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、 .2062、2063、2064、2065、2066、2067、2069、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、 .2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2099、2101、2103、2105、2107、2109、2111、. 2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、 .2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、2143、2144、2146、2148、2150、2152、2154、 .2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、 .2184、2185、2186、2187、2188、2189、2190、2191、2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、 .2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、 .2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、 .2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、2237、2238、2239、2240、2241、2242、2243、 .2244、2245、2246、2247、2248、2249、2250、2251、2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、 .2259、2260、2261、2262、2263、2264、2266、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、 .2276、2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、 .2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2323、2324、2325、2326、2327、 .2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、2336、2337、2338、2339、2340、2341、2342、 .2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、 .2368、2370、2372、2374、2375、2376、2377、2378、2379、2380、和 2381，其中与不包含所述核酸 的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
22. —种在植物中调控低光耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细胞中， 所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与选自下组的核苷 酸序列或其片段具有80%或更大的序列同一性=SEQ ID NO :1、2、4、6、8、11、13、15、17、19、 .21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、 .77、79、81、83、85、87、92、94、104、106、108、110、112、114、123、125、127、128、134、136、138、 .140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、 .178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、 .218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、263、265、. 267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、315、316、. 318、320、322、324、326、328、333、335、336、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、 .373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、 .412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、 .450、452、454、455、461、463、465、467、469、471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、 .517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、 .593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、627、630、632、633、635、640、642、 .643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、672、674、677、679、681、 .683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、719、722、724、727、 .729、731、733、735、737、739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、`781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、848、849、852、854、856、858、860、 867、869、871、873、875、878、880、882、884、`886、888、890、892、894、896、899、901、903、905、 906、908、910、912、914、916、918、921、925、927、933、935、942、944、946、951、952、954、`956、 958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、984、986、988、990、992、994、996、 998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、`1012、1017、1019、1020、1021、1022、1023、1026、 1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1060、 `1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、 1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、1118、``1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、 1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、1171、 1173、`1175、1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、 1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、`1233、1235、1237、1239、1241、1243、 1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、1275、1276、1278、1280、1282、 1284、1286、`1288、1290、1292、1296、1300、1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、 1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、`1348、1350、1354、1356、1359、 1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、 1394、1396、1398、`1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、 1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、1461、`1463、1465、1470、1472、 1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、1500、1507、1509、1517、1526、1530、 1537、1538、1539、1542、`1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、 1577、1579、1581、1583、1585、1586、1588、1590、1592、1595、1608、1610、`1622、1624、1626、 1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、1649、1656、1658、1660、1662、 1664、1666、1668、1670、1672、`1674、1676、1678、1680、1683、1685、1687、1689、1691、1693、 1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1724、1726、1728、1731、`1733、1735、 1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、1779、1781、1783、1785、1787、 1789、1791、1793、1795、1797、1799、`1801、1803、1841、1849、1851、1853、1855、1857、1868、 1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、`1900、 1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、 1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、`1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、 1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、 `1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、 2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、`2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、 2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2122、2124、2126、2128、2130、 2132、`2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、2161、2163、2165、2167、2169、 2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、`2281、2283、2285、2287、2289、2291、 2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、2313、2315、2317、2319、2321、 2349、2351、`2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、2369、2371、和 2373，其中与不包 含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低光耐受性上具有差异。
23. 一种在植物中调控SD+E0DFR耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细 胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，所述HMM基于
图16或图21-24之一中描绘的氨基酸 序列，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在SD+E0DFR耐受性上具有差异。
24.—种在植物中调控SD+E0DFR耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细 胞中，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连接的调节区，所述多肽与选自 下组的氨基酸序列具有80%或更大的序列同一性SEQ ID NO :538、539、541、542、543、544、 545、546、547、548、549、550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、 567、570、572、574、576、578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、 603、606、607、608、609、611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、 631、1347、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、1362、1364、1366、1367、1368、1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、1389、1391、1393、1395、1397、 1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1417、1419、1421、 1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、1435、1436、1438、1439、 1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1540、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、 1554、1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、1576、1578、1580、1582、1584、1679、1681、1682、1748、1750、1751、1752、1850、1852、 1854、1856、1858、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、1871、 1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、1901、 1903、1905、1907、2268、2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、2277、和 2278，其中 与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在SD+E0DFR耐受性上具有差已
25.一种在植物中调控SD+E0DFR耐受性的方法，所述方法包括将外源核酸导入植物细 胞中，所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区，所述核苷酸序列与选自下组 的核苷酸序列或其片段具有80%或更大的序列同一性537、540、551、553、566、568、569、 571、573、575、577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、 614、619、623、627、630、1345、1346、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、 1403、1405、1407、1409、1416、1418、1420、1428、1432、1437、1441、1443、1445、1447、1449、 1451、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、1678、1680、1747、1749、1849、1851、1853、1855、1857、1868、 1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、 1902、1904、1906、和2267，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物 在SD+E0DFR耐受性上具有差异。
26.权利要求2或21中任一项的方法，其中所述多肽选自下组SEQIDNO :3、SEQ ID NO 70,SEQ ID NO 129,SEQ ID NO :317、SEQ ID NO :337、SEQ ID NO 456、SEQ ID NO 538、 SEQ ID NO 570,SEQ ID NO :606、SEQ ID NO :634、SEQ ID NO :644、SEQ ID NO :850、SEQ ID NO 907,SEQ ID NO :953、SEQ ID NO : 1024、SEQ ID NO 1047,SEQ ID NO : 1151、SEQ ID NO: 1277、SEQ ID N0:1347、SEQ ID N0:1457、SEQ ID N0:1497、SEQ ID N0:1540、SEQ ID NO: 1587、SEQ ID N0:1630、和 SEQ ID NO :1635。
27.权利要求20或21之一的方法，其中所述多肽选自下组SEQID NO :3、SEQ ID NO: 70,SEQ ID NO 129,SEQ ID NO :317、SEQ ID NO :337、SEQ ID NO :456、SEQ ID NO :634、SEQ ID N0:644、SEQ ID NO :850、SEQ ID NO :907、SEQ ID NO : 953、SEQ ID NO 1024,SEQ ID NO: 1047、SEQ ID N0:1151、SEQ ID N0:1277、SEQ ID N0:1347、SEQ ID N0:1457、SEQ ID NO: 1497、SEQ ID N0:1540、SEQ ID NO 1587, SEQ ID N0:1630、和 SEQ ID NO :1635。
28.权利要求23或24之一的方法，其中所述多肽选自下组SEQID NO :538、SEQ ID NO 570, SEQ ID NO 606, SEQ ID NO :1347 JPSEQ ID N0:1540。
29.包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连 接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约20，所述HMM基于
图1_24 之一中描绘的氨基酸序列，并且其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生 的植物在低光耐受性或SD+E0DFR耐受性上具有差异。
30.包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与编码多肽的核苷酸序列可操作连 接的调节区，所述多肽与选自下组的氨基酸序列具有80%或更大的序列同一性SEQ ID NO :3、5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、 51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、 95、96、97、98、99、100、101、102、103、105、107、109、111、113、115、116、117、118、119、120、 121、122、124、126、129、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、 155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、188、189、 191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、 229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、241、243、245、247、249、251、253、255、 257、259、261、262、264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、 292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310、312、314、317、 319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、337、339、341、343、344、346、347、348、349、 350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、364、365、366、367、368、370、372、374、376、 378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、 415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、 453、456、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479、480、481、 482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、 507、508、509、510、511、512、514、515、516、518、520、521、522、523、524、525、526、527、528、 529、530、531、532、533、534、535、536、538、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、 550、552、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、570、572、574、576、 578、579、580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、606、607、608、609、 611、613、615、616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、634、636、637、638、 639、641、644、645、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、671、673、675、 676、678、680、682、684、686、688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、 711、712、713、714、716、718、720、721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、 742、743、744、745、747、749、750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769、 771、773、774、776、778、779、780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、 799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、[818、819、820、821、822、823、824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、 840、841、843、845、847、850、[851、853、855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、 872、874、876、877、879、881、883、885、887、889、891、893、[895、897、898、900、902、904、907、 909、911、913、915、917、919、920、922、923、924、926、928、929、930、931、932、934、936、[937、 938、939、940、941、943、945、947、948、949、950、953、955、957、959、961、963、965、966、967、 969、971、973、975、977、[979、981、983、985、987、989、991、993、995、997、999、1001、1003、[1005、1007、1009、1011、1013、1014、1015、1016、 1033、1035、1037、1039、1040、1042、1043、1044、 1061、1063、1065、1067、1068、[1069、1071、1072、[1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、 1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、 1161、1162、1164、1166、1168、[1170、1172、1174、 1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、 1213、1214、1215、1216、1217、1219、1221、1223、 1238、[1240、1242、1244、1246、1248、1250、1252、 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1047、1049、1051、1053、1055、1057、1059、 1073、1074、1075、1077、1078、1080、1081、[1103、1105、1107、 1125、1127、1129、1131、1133、1134、1135、 1149、1151、1153、1155、1157、1159、1160、 1176、1178、1180、[1182、1184、1186、1188、 1202、1203、1204、1206、1208、1209、1211、 1225、1227、1229、1230、1232、1234、1236、 1254、1255、[1256、1257、1258、1259、1260、 1274、1277、1279、1281、1283、1285、1287、 1301、1303、1305、1307、1309、1311、1313、 1326、[1327、1328、1329、1330、1331、1332、 1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、 1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、 [1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、 1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、 1446、1448、1450、1452、1457、1458、[1460、 1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、 1497、1499、1501、1502、1503、1504、1505、 1516、1518、1519、1520、1521、[1522、1523、 1534、1535、1536、1540、1541、1543、1545、 1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、 1582、1584、1587、1589、[1591、1593、1594、 1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、 1621、1623、1625、1630、1631、1632、1635、 1650、1651、1652、[1653、1654、1655、1657、 1675、1677、1679、1681、1682、1684、1686、 1701、1702、1703、1704、1705、1707、1709、 1723、1725、[1727、1729、1730、1732、1734、 1745、1746、1748、1750、1751、1752、1754、 1769、1770、1771、1772、1773、1774、1775、 1790、[1792、1794、1796、1798、1800、1802、[1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、· 1804、1805、1806、1807、1808、1809、1810、1811、1812、1813、1814、1815、1816、1817、1818、 1819、1820、1821、1822、1823、1824、1825、1826、1827、1828、·1829、1830、1831、1832、1833、 1834、1835、1836、1837、1838、1839、1840、1842、1843、1844、1845、1846、1847、1848、1850、 1852、1854、1856、1858、1859、·1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1869、1870、 1871、1873、1875、1877、1879、1881、1883、1885、1887、1889、1891、1893、1895、1897、1899、 ·1901、1903、1905、1907、1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1923、1925、1927、1929、 1931、1933、1935、1937、1939、1941、1943、1945、1947、1949、1951、·1953、1955、1957、1959、 1961、1963、1965、1967、1969、1971、1973、1975、1977、1979、1981、1983、1985、1987、1989、 1991、1993、1995、1997、1999、2001、·2003、2005、2007、2009、2011、2013、2015、2017、2019、 2021、2023、2025、2027、2029、2030、2031、2032、2033、2034、2035、2036、2037、2038、2039、 2040、··2041、2042、2043、2044、2045、2046、2047、2048、2049、2050、2051、2052、2053、2054、 2055、2056、2057、2058、2059、2060、2061、2062、2063、2064、2065、·2066、2067、2069、2070、 2072、2074、2076、2078、2080、2081、2083、2084、2085、2087、2089、2091、2093、2095、2097、 2099、2101、2103、2105、2107、2109、·2111、2113、2114、2115、2116、2117、2118、2119、2120、 2121、2123、2125、2127、2129、2131、2133、2135、2136、2137、2138、2139、2140、2141、2142、 2143、·2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、 2172、2174、2176、2178、2180、2182、2183、2184、2185、2186、2187、2188、·2189、2190、2191、 2192、2193、2194、2195、2196、2197、2198、2199、2200、2201、2202、2203、2204、2205、2206、 2207、2208、2209、2210、2211、2212、2213、·2214、2215、2216、2217、2218、2219、2220、2221、 2222、2223、2224、2225、2226、2227、2228、2229、2230、2231、2232、2233、2234、2235、2236、 2237、2238、·2239、2240、2241、2242、2243、2244、2245、2246、2247、2248、·2249、2250、2251、 2252、2253、2254、2255、2256、2257、2258、2259、2260、2261、2262、2263、·2264、2266、2268、 2269、2270、2271、2272、2273、2274、2275、2276、·2277、2278、2280、2282、2284、2286、2288、 2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、·2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、 2320、2322、2323、2324、·2325、2326、2327、2328、2329、2330、2331、2332、2333、2334、2335、 2336、2337、·2338、2339、2340、2341、2342、2343、2344、2345、2346、2347、2348、2350、2352、 ·2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2375、·2376、2377、2378、 2379、2380、和2381，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低 光耐受性或SD+E0DFR耐受性上具有差异。
31.包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸包含与核苷酸序列可操作连接的调节区， 所述核苷酸序列与选自下组的核苷酸序列或其片段具有80%或更大的序列同一性SEQ ID NO :1、2、·4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、50、52、54、 56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、92、·94、104、106、108、110、112、114、 123、125、127、128、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、 164、166、168、170、172、·174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、 204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、240、242、244、246、·248、250、 252、254、256、258、260、263、265、267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、 305、307、309、311、313、315、316、318、320、322、·324、326、328、333、335、336、338、340、342、 345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、382、384、386、388、390、392、394、396、·398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、 436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、455、461、·463、465、467、469、471、473、476、 490、492、500、502、504、506、513、517、519、537、540、551、553、566、568、569、571、573、575、 577、581、583、585、587、·589、591、593、595、597、599、602、604、605、610、612、614、619、623、 627、630、632、633、635、640、642、643、646、648、650、652、654、656、658、660、662、·664、666、 668、670、672、674、677、679、681、683、685、687、689、691、693、696、698、700、703、705、707、 710、715、717、719、722、724、727、729、731、733、·735、737、739、746、748、752、754、756、758、 760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、793、825、828、836、842、844、846、 848、849、852、·854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、884、886、888、890、 892、894、896、899、901、903、905、906、908、910、912、914、916、918、921、·925、927、933、935、 942、944、946、951、952、954、956、958、960、962、964、968、970、972、974、976、978、980、982、 984、986、988、990、992、994、996、998、·1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1019、 1020、1021、1022、1023、1026、1028、1031、1034、1036、1038、1041、1045、1046、1048、1050、 1052、·1054、1056、1058、1060、1062、1064、1066、1070、1076、1079、1082、1084、1086、1088、 1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、1110、1112、1114、1116、·1118、1120、1122、 1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、1148、1150、1152、1154、1156、1158、 1163、1165、1167、1169、1171、1173、1175、·1177、1179、1181、1183、1185、1187、1189、1191、 1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、1224、1226、1228、1231、1233、 1235、1237、·1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、1265、1267、1269、1271、1273、 1275、1276、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、1300、1302、·1304、1306、 1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、1343、1345、1346、 1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、·1369、1371、1373、1376、1378、1380、1382、 1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、1418、 1420、1428、1432、·1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1453、1454、1455、1456、1459、 1461、1463、1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1495、1496、1498、·1500、 1507、1509、1517、1526、1530、1537、1538、1539、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、 1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、1581、1583、·1585、1586、1588、1590、1592、1595、 1608、1610、1622、1624、1626、1627、1628、1629、1633、1634、1636、1638、1640、1645、1647、 1649、1656、1658、1660、·1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1683、 1685、1687、1689、1691、1693、1695、1697、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、·1724、 1726、1728、1731、1733、1735、1737、1747、1749、1753、1755、1757、1759、1761、1763、1765、 1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、1795、·1797、1799、1801、1803、1841、1849、 1851、1853、1855、1857、1868、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、 1892、1894、1896、1898、·1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、 1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、·1950、 1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、 1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、·2000、2002、2004、2006、2008、2010、 2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2068、2071、2073、2075、2077、2079、 2082、2086、2088、2090、·2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、'2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2159、 2161、2163、2165、2167、2169、2171、2173、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、2281、 2283、2285、2287、2289、2291、2293、2295、2297、2299、2301、2303、2305、2307、2309、2311、 2313、2315、2317、2319、2321、2349、2351、2353、2355、2357、2359、2361、2363、2365、2367、 2369、2371、和2373，其中与不包含所述核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在低 光耐受性或SD+E0DFR耐受性上具有差异。
32.一种转基因植物，其包含权利要求29-31中任一项的植物细胞。
33.权利要求32的转基因植物，其中所述植物是选自下组物种的成员柳枝 稷(柳枝稷)(Panicum virgatum(switchgrass))、高粱(高粱，苏丹草)(Sorghum bicolor (sorghum, sudangrass))、奇岗(芒)(Miscanthus giganteus (miscanthus))、甘 胃(能―甘胃)(Saccharum sp. (energycane)) > (Populus (balsamifera (poplar)) > ΞΕ^ 黍(玉米)(Zea mays (corn))、大豆(大豆)(Glycine max (soybean))、欧洲油菜(芸苔) (Brassica napus (canola))、普通小麦(小麦)(Triticum aestivum (wheat))、陆地棉 (iS ) (Gossypium hirsutum (cotton))、禾g ( M ) (Oryza sativa (rice)) > (n| H ^ ( (n| H ^ ) (Helianthus annuus (sunflower))、紫苜猜(苜猜)(Medicago sativa (alfalfa))、舌甘菜 (舌甘胃)(Beta vulgaris (sugarbeet))、或( J^^cM ) (Pennisetum glaucum(pearl millet))。
34.包含权利要求29或30的植物细胞的转基因植物，其中所述多肽选自下组SEQID NO :3、SEQ ID NO :70、SEQ ID NO :129、SEQ ID NO :317、SEQ ID NO :337、SEQ ID NO :456、 SEQ ID NO 538,SEQ ID NO :570、SEQ ID NO 606、SEQ ID NO :634、SEQ ID NO 644、SEQ ID NO 850,SEQ ID NO :907、SEQ ID N0:953、SEQ ID NO 1024,SEQ ID NO 1047,SEQ ID N0: 1151、SEQ ID N0:1277、SEQ ID N0:1347、SEQ ID N0:1457、SEQ ID N0:1497、SEQ ID NO: 1540、SEQ ID N0:1587、SEQ ID N0:1630、和 SEQ ID N0:1635。
35.分离的核酸，其包含核苷酸序列，该核苷酸序列与选自下组的核苷酸序列具有 80% 或更大的序列同一性=SEQ ID NO :4、6、8、11、13、15、17、19、21、23、29、31、33、35、37、 39、41、43、45、47、50、52、54、56、58、64、66、68、69、71、73、75、77、81、83、85、87、92、94、106、 110、112、114、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、162、164、166、 168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、190、192、194、196、198、200、202、204、206、 208、212、214、216、218、220、222、224、228、242、244、248、250、252、256、258、260、263、265、 267、269、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、305、307、309、311、313、318、320、 322、324、326、328、333、338、340、342、345、356、358、360、363、369、371、373、375、377、380、 382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、406、410、412、414、416、418、420、422、424、 426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、461、463、465、467、469、 471、473、476、490、492、500、502、504、506、513、517、519、540、551、553、566、571、573、575、 577、581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、602、610、612、614、619、623、630、635、 640、648、650、652、654、656、658、664、666、668、670、672、674、677、679、681、683、687、689、 691、693、696、698、700、703、705、707、710、715、717、722、724、727、729、731、733、735、737、 739、746、748、752、754、756、758、760、766、768、770、772、775、777、781、785、787、789、791、 793、825、828、836、842、846、852、854、856、858、860、867、869、871、873、875、878、880、882、·884、886、888、890、892、894、896、899、901、903、908、910、912、914、916、918、921、925、927、 933、935、942、944、946、954、956、958、960、962、964、968、·970、972、974、976、978、980、982、 984、986、988、990、992、994、996、998、1000、1002、1004、1006、1008、1010、1012、1017、1022、 1023、1026、1028、1031、·1036、1038、1041、1048、1050、1052、1054、1056、1058、1064、1066、 1070、1076、1082、1084、1086、1088、1090、1092、1094、1096、1102、1104、1106、1108、·1110、 1112、1114、1116、1118、1120、1122、1124、1126、1128、1130、1132、1140、1142、1144、1146、 1148、1152、1154、1156、1158、1163、1165、1167、1169、·1171、1173、1175、1177、1179、1181、 1183、1185、1187、1189、1191、1193、1195、1197、1205、1207、1210、1212、1218、1220、1222、 1224、1226、1228、1231、·1233、1235、1237、1239、1241、1243、1245、1247、1249、1251、1253、 1265、1267、1269、1271、1273、1278、1280、1282、1284、1286、1288、1290、1292、1296、·1300、 1302、1304、1306、1308、1310、1312、1314、1316、1318、1320、1333、1335、1337、1339、1341、 1343、1348、1350、1354、1356、1359、1361、1363、1365、·1369、1371、1373、1376、1378、1380、 1382、1384、1386、1388、1390、1392、1394、1396、1398、1400、1403、1405、1407、1409、1416、 1418、1420、1428、1432、·1437、1441、1443、1445、1447、1449、1451、1456、1459、1461、1463、 1465、1470、1472、1474、1476、1487、1489、1491、1493、1498、1500、1507、1509、1517、·1526、 1530、1542、1544、1546、1548、1550、1552、1560、1562、1569、1571、1573、1575、1577、1579、 1581、1583、1588、1590、1592、1608、1610、1622、1624、·1626、1627、1628、1629、1636、1638、 1640、1645、1647、1649、1656、1658、1663、1666、1668、1671、1674、1676、1678、1680、1684、 1686、1691、1693、1695、·1697、1699、1701、1703、1705、1707、1709、1711、1713、1715、1717、 1719、1721、1723、1725、1727、1729、1732、1746、1748、1749、1751、1753、1755、1757、·1759、 1761、1764、1768、1770、1772、1774、1777、1779、1781、1783、1785、1787、1789、1791、1793、 1798、1800、1802、1805、1807、1811、1813、1815、1817、·1819、1821、1823、1827、1829、1832、 1834、1836、1838、1840、1841、1868、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1940、1948、 1950、1952、1954、1958、·1960、1962、1964、1966、1998、2000、2002、2004、2008、2014、2020、 2022、2026、2028、2071、2073、2075、2077、2079、2082、2086、2088、2090、2092、2094、··2096、 2104、2106、2110、2122、2126、2128、2134、2145、2147、2149、2151、2153、2155、2157、2167、 2169、2171、2175、2177、2179、2181、2265、2267、2279、·2281、2283、2285、2287、2289、2291、 2295、2297、2305、2307、2309、2311、2313、2319、2321、2349、2361、2363、2365、2369、2371、和 2373。
36.分离的核酸，其包含编码多肽的核苷酸序列，所述多肽与选自下组的氨基酸序列 具有 80%或更大的序列同一性=SEQ ID NO :5、7、9、10、12、14、16、18、20、22、24、25、26、·30、 32、34、36、38、40、42、44、46、48、49、51、53、55、57、59、60、61、62、63、65、67、70、72、74、76、 78、80、82、84、86、88、89、90、91、93、95、96、97、·98、99、100、101、102、103、107、109、111、113、 115、116、117、118、119、120、121、122、124、130、131、132、133、135、137、139、141、143、145、 147、149、·151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、 185、187、188、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、·211、213、215、217、219、 221、223、225、227、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、243、245、247、249、 251、253、255、257、259、261、262、·264、266、268、270、271、273、275、277、279、281、283、285、 287、289、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、306、308、310312、314、319、321、323、325、327、329、330、331、332、334、339、341、343、344、346、347、348、 349、350、351、352、353、354、355、357、359、361、362、3365、366、367、368、370、372、374、 376、378、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、 413、415、417、419、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、 451、453、457、458、459、460、462、464、466、468、470、472、474、475、477、478、479480、481、 482、483、484、485、486、487、488、489、491、493、494、495、496、497、498、499、501、503、505、 507、508、509、510、511、512、514、515、516、518520、521、522、523、524、525、526、527、528、 529、530、531、532、533、534、535、536、539、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、 552、554、55556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、567、572、574、576、578、579、 580、582、584、586、588、590、592、594、596、598、600、601、603、607、608609、611、613、615、 616、617、618、620、621、622、624、625、626、628、629、631、636、637、638、639、641、647、649、 651、653、655、657、659、661、663、6667、669、671、673、675、676、678、680、682、684、686、 688、690、692、694、695、697、699、701、702、704、706、708、709、711、712、713、714、716、718、 720721、723、725、726、728、730、732、734、736、738、740、741、742、743、744、745、747、749、 750、751、753、755、757、759、761、762、763、764、765、767、769771、773、774、776、778、779、 780、782、783、784、786、788、790、792、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、 805、806、807、808、809、810811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、 824、826、827、829、830、831、832、833、834、835、837、838、839、840、841、843、847、8853、 855、857、859、861、862、863、864、865、866、868、870、872、874、876、877、879、881、883、885、 887、889、891、893、895、897、898、900、902、904、909911、913、915、917、919、920、922、923、 924、926、928、929、930、931、932、934、936、937、938、939、940、941、943、945、947、948、949、 950、955、957、959961、963、965、966、967、969、971、973、975、977、979、981、983、985、987、 989、991、993、995、997、999、1001、1003、1005、1007、1009、1011、1013、1011015、1011018、1027、1029、1030、1032、1033、1037、1039、1040、1042、1043、1044、1049、1051、101055、1057、1059、1061、1063、1065、1067、1068、1069、1071、1072、1073、1074、1075、1071078、1081、1083、1085、1087、1089、1091、1093、1095、1097、1098、1099、1100、1101、1101105、1107、1109、1111、1113、1115、1117、1119、1121、1123、1125、1127、1129、1131、1131134、1135、1136、1137、1138、1139、1141、1143、1145、1147、1149、1153、1155、1157、11591160、1161、1162、1164、1166、1168、1170、1172、1174、1176、1178、1180、1182、1184、1181188、1190、1192、1194、1196、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1206、1208、12091211、1213、1214、1215、,1216、1217、1219、1221、1223、1225、1227、1229、1230、1232、1231236、1238、1240、1242、,1244、1246、1248、1250、1252、1254、1255、1256、1257、1258、12591260、1261、1262、1263、1264、1266、1268、1270、1272、1274、1279、1281、1283、1285、1281289、1291、1293、1294、1295、1297、1298、1299、1301、1303、1305、1307、1309、1311、1311315、1317、1319、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、131334、1336、1338、1340、1342、1344、1349、1351、1352、1353、1355、1357、1358、1360、131364、1366、1367、1368、,1370、1372、1374、1375、1377、1379、1381、1383、1385、1387、13891391、1393、1395、1397、1399、1401、1402、1404、1406、1408、1410、1411、1412、1413、1411415、1417、1419、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1429、1430、1431、1433、1434、· 1435、1436、1438、1439、1440、1442、1444、1446、1448、1450、1452、1460、1462、1464、1466、·1467、1468、1469、1471、1473、1475、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、·1486、1488、1490、1492、1494、1499、1501、1502、1503、1504、1505、1506、1508、1510、1511、·1512、1513、1514、1515、1516、1518、1519、1520、1521、1522、1523、1524、1525、1527、1528、·1529、1531、1532、1533、1534、1535、1536、1541、1543、1545、1547、1549、1551、1553、1554、·1555、1556、1557、1558、1559、1561、1563、1564、1565、1566、1567、1568、1570、1572、1574、·1576、1578、1580、1582、1584、1589、1591、1593、1594、1597、1598、1599、1600、1601、1602、·1603、1604、1605、1606、1607、1609、1611、1612、1613、1614、1615、1616、1617、1618、1619、·1620、1621、1623、1625、1630、1631、1632、1637、1637、1639、1639、1641、1642、1643、1644、·1646、1648、1650、1651、1651、1652、1652、1653、1653、1654、1654、1655、1655、1657、1657、·1659、1659、1664、1665、1667、1669、1670、1672、1673、1675、1677、1679、1681、1682、1683、·1685、1687、1692、1694、1696、1698、1700、1702、1704、1706、1708、1710、1712、1714、1716、·1718、1720、1722、1724、1726、1728、1730、1731、1733、1734、1735、1736、1737、1738、1739、·1740、1741、1742、1743、1744、1745、1747、1750、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1763、·1765、1766、1767、1769、1771、1773、1775、1776、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、·1792、1794、1799、1801、1803、1804、1806、1808、1809、1810、1812、1814、1816、1818、1820、·1822、1824、1825、1826、1828、1830、1831、:L833、1835、1837、1839、1842、1843、1844.、1869、·1909、1911、1913、1915、1917、1919、1921、1941、1949、1951、1953、1955、1959、1961、1963、 1965、1967、1999、2001、2003、2005、2009、2015、2021、2023、2027、·2029、2072、2074、2076、 2078、2080、2083、2087、2089、2091、2093、2095、2097、2105、2107、2111、2123、2127、2129、 2135、2146、2148、2150、2152、2154、·2156、2158、2168、2170、2172、2176、2178、2180、2182、 2266、2268、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2296、2298、2306、2308、2310、2312、 2314、·2320、2322、2350、2362、2364、2366、2370、2372、和 2374。
37.鉴定多态性是否与低光或SD+EODFR耐受性变化有关的方法，所述方法包括a)确定植物群体中的一种或多种遗传多态性是否与选自下组的多肽的基因座有关
图1-24中所描绘的多肽及其功能同源物；并b)测量所述群体的植物中的所述低光或SD+EODFR耐受性变化与所述群体的植物中所 述一种或多种遗传多态性的存在之间的关联，由此鉴定所述一种或多种遗传多态性是否与 所述低光或SD+EODFR耐受性变化有关。
38.产生植物品系的方法，所述方法包括a)确定植物群体中的一种或多种遗传多态性是否与选自下组的多肽的基因座有关
图1-24中所描绘的多肽及其功能同源物；b)在所述群体中鉴定一株或多株植物，其中在所述一种或多种遗传多态性上的至少一 种等位基因的存在与低光或SD+EODFR耐受性变化有关；c)将每株所述一种或多种鉴定的植物与其自身或不同植物杂交以产生种子；d)将至少一株自所述种子生长的后代植物与其自身或不同植物杂交；并e)将步骤c)和d)再重复0-5代以产生所述植物品系，其中所述至少一种等位基因存 在于所述植物品系中。
39.权利要求37或38的方法，其中所述群体是柳枝稷、高粱、甘蔗、或芒属植物的群体。
40.产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸有效 下调所述植物细胞中的内源核酸，其中所述内源核酸编码多肽，并且其中所述多肽的氨基 酸序列的HMM比特得分大于约210，所述HMM基于图6、
图11、和图21之一中描绘的氨基酸 序列，并且其中与不包含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细胞产生的植物在红光特 异性响应上具有差异。
41.权利要求40的方法，其中与不含所述外源核酸的对照植物相比，从所述细胞产生 的植物具有下胚轴长度的增加。
42.包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸有效下调所述植物细胞中的内源核酸，其 中所述内源核酸编码多肽，并且其中所述多肽的氨基酸序列的HMM比特得分大于约210，所 述HMM基于图6、
图11、和图21之一中描绘的氨基酸序列。
43.包含权利要求41的植物细胞的转基因植物，其中与不包含所述植物细胞的对照植 物相比，所述植物具有下胚轴长度的增加。
全文摘要
公开了用于在植物中调控低光和/或阴影耐受性和红光特异性响应的方法和材料。例如，公开了编码低光和/或SD+EODFR耐受性多肽的核酸以及使用所述核酸来转化植物细胞的方法。还公开了具有升高的低光和/或SD+EODFR耐受性的植物。
文档编号A01H1/00GK101978061SQ200980109876
公开日2011年2月16日 申请日期2009年1月16日 优先权日2008年1月18日
发明者欣格·夸克, 肯尼思·邦兹 申请人:希尔雷斯股份有限公司