专利名称：：预测或诊断胃肠病症或疾病的方法
技术领域：
：本发明涉及预测受试者具有胃肠道疾病或病症易感性或者具有胃肠道疾病或病症的可能性。
背景技术：
：目前，临床上没有用于预测受试者可能患有、倾向患有或者患有胃肠病症的基于基因表达谱的生物学试验。
发明内容本公开提供诊断无症状受试者胃肠道中癌症或炎性疾病或病症的方法。方法包括(i)从受试者颊部区域(例如口腔或口，包括舌、舌下、齿龈和内颊)收集黏膜上皮细胞；(ii)测量选自CXCR2、0PN、C0Xl、PPARa、C0X2、IL8、P21、c-Myc、CD44和PPARS的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种多核苷酸的表达水平。多核苷酸可以包含选自SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41和43的序列及其天然存在变体。检测所收集细胞中的多核苷酸并且将多核苷酸的表达或者数量与正常对照中的同样的多核苷酸水平比较，其中表达水平的改变预示着癌症或非结直肠炎性疾病或病症。在一个实施方案中，包含一组的至少10种多核苷酸被检测和比较。本公开还提供诊断据认为其胃肠道具有炎性疾病或病症的无症状受试者胃肠道中非结直肠癌炎性疾病或病症的方法。方法包括(i)擦拭受试者的颊或直肠区域以收集上皮细胞；(ii)测量所收集细胞中包含选自SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41或43的序列的至少两种多核苷酸的表达水平；(iii)比较所述至少两种多核苷酸的表达水平与正常对照中同样的多核苷酸的水平，其中表达水平的改变预示着非结直肠癌炎性疾病或病症。本公开还提供诊断胃肠道炎性疾病或病症的方法。方法包括(a)将受试者颊或直肠样品与包含SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41或43的至少8个连续核苷酸的至少一种探针接触；和(b)定量杂交至至少一种探针的多核苷酸分子的量，其中多核苷酸的量相对于正常对照增加预示着受试者具有胃肠疾病或病症，并且其中受试者不具有胃肠疾病或病症家族病史或自身病史。本公开提供筛选处于发展成癌症或胃肠疾病或病症风险的受试者的方法，包括(a)将受试者颊或直肠样品与包含SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41或43的至少8个连续核苷酸的至少一种探针接触；和(b)定量杂交至至少一种探针的多核苷酸分子的量，其中多核苷酸数量相对于正常对照增加预示着受试者5具有发展成癌症或胃肠疾病或病症的风险，并且其中受试者没有胃肠疾病或病症家族病史或自身病史。本公开提供诊断据认为具有克罗恩病的受试者中的克罗恩病的方法。方法包括(i)使用拭子从受试者颊或直肠区域收集黏膜上皮细胞；(ii)测量包含选自SEQIDNO:1、3或5的序列的至少两种多核苷酸的表达水平；(iii)比较所述至少两种多核苷酸的表达水平与正常对照中同样的多核苷酸的水平，其中表达水平与正常对照相比增加预示着克罗恩病。本公开还提供诊断据认为具有巴雷特病(Barrett'sdisease)的受试者中巴雷特病的方法，包括(i)使用拭子从受试者颊或直肠区域收集黏膜上皮细胞；(ii)测量包含选自SEQIDN0:l、3或5的序列的至少两种多核苷酸的表达水平；(iii)比较所述至少两种多核苷酸的表达水平与正常对照中同样的多核苷酸的水平，其中表达水平与正常对照相比增加预示着巴雷特病。还提供寡核苷酸/DNA芯片，其包含来自多核苷酸的至少8个连续核苷酸的一组生物标志，所述多核苷酸包含选自SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41、43或其任意组合的序列。在本公开的方法中，包含从颊部区域获得的(例如通过拭子)多核苷酸的样品与寡核苷酸/DNA芯片接触，并且定量样品和对照中多核苷酸间的杂交。本公开还提供方法，包括(a)提供从颊部拭子获得的样品，所述样品包含从受试者获得的多肽；(b)将样品与特异性结合至基本上由如SEQIDNO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42或44中所述序列构成的多肽的至少一种探针接触；和(c)测定样品是否包含多肽，其中一组多肽相对于正常对照增加或减少预示着受试者具有胃肠疾病或病症或者具有患胃肠疾病或病症的风险。本公开还提供用于开展本文所述任何方法的许多种试剂盒。例如，试剂盒可以包含用于检测包含如SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41或43中所述序列的多核苷酸的寡核苷酸探针或引物对。在另一个实施方案中，本公开提供试剂盒，包含特异性检测包含如SEQIDNO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42或44中所述序列的多肽的试剂。—个或更多个实施方案的详细内容在附图和下面的说明书中描述。其他的特征、目标和优点根据说明书和附图以及权利要求书是显而易见的。图1A-C显示对于从(从左至右)对照、切除的结肠癌、有家族病史的个体和有息肉的个体获得的活组织检查样品(67名受试者和15种基因)的马氏距离(mahalanobisdistance),(B)显示针对第二个患者群开展的同样的分析，该患者群包括无息肉或家族/自身病史(对照)、有家族病史的个体、有息肉的个体，(C)显示对从同一群个体取得的直肠涂片样品开展的同样的分析。图2A和2B显示拭子数据。(A)显示对90名患者开展的通过直肠拭子获得的每一受试者的16种基因的基因表达值研究，对照倾向于落于95%卡方分布线之下。在最右边可以看到患有癌症的受试者倾向于落在线之上。(B)显示来自21名对照和8名癌症受试者颊部拭子基因分析的95%卡方分布。具体实施例方式如本说明书和后附权利要求书所使用，单数形式"一"、"和"和"所述"包括复数对象，除非文中另有明确规定。因此，例如，提到"多核苷酸"，其包括多种此类多核苷酸，并且提到"变体"时，其包括本领域技术人员已知的一种或更多种变体，等等。同样，除非另外说明，"或"的使用意思是指"和/或"。类似地，"包含"和"包括"是可互换的并且不是限制性的。应当进一步理解，在描述许多种实施方案时使用术语"包含"，本领域技术人员将理解为，在一些特定情况下实施方案可以替代性地使用语言"基本上由......构成"或"由......构成"描述。除非另外定义，本文所使用的所有技术术语和科学术语具有与本公开所属领域普通技术人员通常所理解含义相同的含义。虽然与本文所述的那些相似或等效的方法和材料可以用于实施所公开的方法和组合物，但是示例性的方法、装置和材料在本文描述。上面以及本文通篇所讨论的公布在本申请的提交日之前单独提供以便公开。此处不能解释为承认因为先前公开发明人没有资格提前此公开的日期。门诊病人临床诊断对于降低不比要的、常常是创伤性的或疼痛的过程的成本是有用的。作为一种筛选工具，结肠镜检查被认为是对于患者和承保人均负担巨大，并且本身带有小比率的风险和并发症。钡灌肠和CT结肠成像(或者仿真结肠镜)，像结肠镜检查，会提供完全的结肠检查，但是小的息肉或者甚至小的癌症被错过。成本高，但如果放射科医生解释为息肉或癌症或者甚至建议为息肉或癌症则成本更高，因这需要额外的结肠镜检查过程以证实。钡灌肠、CT结肠成像和结肠镜检查方法均需要患者在前一天进行彻底的机械肠道准备。本文所述的诊断试验和组合物对于鉴定、诊断和预测将受随访或治疗胃肠疾病或病症，包括发展成息肉、癌性病变或其他非癌性炎性疾病的受试者是有用的。在一些情况下，受试者不可能获得或者知道他们的家族病史。在此类情况下，本公开的诊断学可以用于基于FHSH生物标志组确定他们是否具有患胃肠疾病或病症的易感性。在受试者被鉴定具有FHSH胃肠道疾病或病症的另外的方面中，可以基于癌症生物标志组检测受试者中预示着癌性病变或息肉的生物标志表达的变化。在存在与结直肠癌相关的生物标志组的情况下，可以通过例如结肠镜检查监测受试者用于早期检测和去除息肉或癌性病变。本文提供的生物标志组的一个优点是，组可以通过拭子收集(例如5-10cm颊或直肠区域的拭子)检测。此类方法可以在门诊病人治疗环境中开展。如上面所指出，统计学表明，早期检测和去除癌性病变和息肉降低受试者发病率和死亡率。腺瘤、结肠腺瘤、扁平腺瘤和息肉在本文中用于描述结肠的任何癌前瘤形成。癌前结肠瘤形成被称为腺瘤或腺瘤性息肉。腺瘤有代表性地是结肠内表上的小的蘑菇样或者疣样生长，并且不浸入结肠壁。腺瘤可以通过装置可见，例如结肠镜或者能曲的乙状结肠镜。几项研究表明，经历腺瘤筛选和去除的患者的结肠癌死亡率降低。由于该原因及其他原因，普遍承认腺瘤是大多数结肠癌的专性前体。当结肠瘤形成侵入到结肠基膜时，则其被认为是结肠癌。最广泛使用的分期系统普遍使用用于分期的下列特性中的至少一种特性肿瘤穿入到结肠壁的程度，更大的穿透通常与更危险性的肿瘤相关；肿瘤通过结肠壁并且侵入至其他邻近组织的程度，更大的侵入通常与更危险性的肿瘤相关；肿瘤侵入至区域淋巴结的程度，更大的侵入通常与更危险性的肿瘤相关；和转移侵袭至更远组织，例如肝脏的程度，更大的转移侵袭通常与更危险的疾病状态相关。等位基因指特定形式的基因座，其通过其特定的核苷酸序列或者在多态性位点发现的可选择多态性之一与其它形式相区别。生物样品指从受试者获得的样品，其中样品包括细胞或者可以是无细胞的。生物样品可以是血液、痰、唾液、组织、粪便、尿、血清、脑脊髓等。当样品是组织时，组织样品可以通过活组织检查获得。活组织检查样品可以从胃肠道获得(例如从盲肠和肝曲之间的结肠段获得，归类为升结肠样品；从肝曲和脾曲间的结肠段获得，归为横结肠样品；从脾曲之下的结肠段获得，归为降结肠；从降结肠之下的结肠缠绕段获得，归类为直肠乙状结肠结肠样品(距离直肠约5-25cm))。生物样品可以通过无创方式获得(例如通过拭子)。例如，拭子可以从口或直肠获得。在一个实施方案中，拭子从受试者的颊部区域获得，例如颊或咽喉。最低程度的有创方法例如拭子，或者无创取样方法例如粪便样品可以获得，并且在本公开方法中使用拭子或其制备物。与拭子样品相比，活组织检查倾向于得到更加异质性的细胞类型混合物(例如上皮、基质和内皮细胞)，拭子样品具有更高比率的结直肠表面上的细胞类型(例如上皮和炎性细胞)。生物标志指与特定表型或发展成特定表型风险相关的可检测生物实体。生物实体可以是多肽或多核苷酸。待检测的生物标志被称为靶。例如，耙多核苷酸指包含待检测多核苷酸(例如mRNA或cDNA)的生物标志。在另一实例中，耙多肽指待检测的所表达(即转录和翻译的)蛋白质。如国立卫生研究院(NIH)所定义，生物标志指可以用于测定疾病进程或者治疗效果的特定生物性质、生物特性或方面的分子指示物。一组生物标志是至少两种生物标志的选用。生物标志可以来自多种类别的分子。原则上，所使用的基因数量越大，分析将会越灵敏。然而，随组的大小增加，分析变得更复杂和耗时。组可包含2种至16种或更多种基因或生物标志。在一个方面中，组包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或更多种基因或生物标志。结果表明，对于患有癌症的个体，三种或四种基因，例如C0X-2、IL-8和CD44足够。然而，对于有息肉的个体或者有癌症病史的个体，通过增加或者改变基因的组对分析进行细调则提高特异性。术语"结肠"，如本文所使用，旨在包括右结肠(包括盲肠)、横结肠、左结肠和直肠。对照受试者指无息肉和无癌症或已知上胃肠问题家族或自身病史的个体。具有任何癌症家族病史或者任何癌症个人病史并且在当前的结肠镜检查中没有息肉的受试者被称为FHSH受试者。具有息肉并且具有或不具有任何癌症家族病史或自身病史的受试者被称为息肉受试者并且包含FHSH受试者的生物标志组。具有结肠癌的受试者被称为癌症受试者并且包含癌症受试者的生物标志组。大便潜血检测(F0BT)是用于检查粪便中隐藏血液的检测。有时，癌症或息肉可以出血，并且F0BT用于检测小量出血。此外，可对结肠癌高风险或者具有阳性F0BT和/或生物标志结果的患者定期开展筛选试验(例如直肠检查、直肠镜检查和结肠镜检查)。直肠镜检查发现全部结肠和直肠癌症的大约一半。在治疗之后，可开展血液试验和x-射线以筛选复发。结直肠癌也称为结肠癌或大肠癌，包括结肠、直肠和阑尾中的癌性生长。许多结直肠癌由结肠中的腺瘤性息肉引起。这些生长通常是良性的，但是随着时间的推移一些可能发展成癌症。大多数时候，局部结肠癌通过结肠镜检查诊断。治疗通常是通过手术，在许多情况下，手术之后是化学疗法。结肠息肉，特别是腺瘤性息肉是结肠癌的危险因素。在结肠镜检查时去除结肠息肉减少了结肠癌的并发风险。先前诊断为结肠癌并治疗的个体具有在将来发展成结肠癌的风险。已经患有卵巢、子宫或乳腺癌的妇女具有发展成结直肠癌的较高风险。特别是在55岁之前的近亲属或者多个亲属当中具有结肠癌家族病史增加了受试者的癌症风险。胃肠炎症指胃肠道黏膜层的炎症，并且包括急性和慢性炎性情况。急性炎症通常表征为短时间发作和嗜中性粒细胞的渗入或流入。慢性炎症通常表征为相对长的发作期和单核细胞的渗入或流入。慢性炎症还可以表征为周期性的自行缓解和自行发作。胃肠道黏膜层包括肠(包括小肠和大肠)、直肠、胃(胃的)内壁、口腔等等的黏膜。慢性胃肠炎症实例包括炎性肠病(IBD)、环境剌激引起的结肠炎(例如治疗方案如施用化学疗法、放射疗法等等引起或与之相关(例如作为副作用)的胃肠炎症(例如结肠炎))、在例如慢性肉芽肿病情况下的结肠炎(Sch即pi等.ArchDisChild.2001Feb;84(2):147-151)、腹腔疾病、乳糜泻(一种对在摄入称作谷蛋白的蛋白质反应时肠内壁发炎的遗传病)、食物过敏、胃炎、传染性胃炎或小肠结肠炎(例如幽门螺杆菌感染性慢性活动性胃炎)和传染原引起的其他形式的胃肠炎症和其他相似情况。如本文所使用，"炎性肠病"或"IBD"指表征为全部或部分肠炎症的任何种类疾病。炎性肠病的实例包括，但不限于克罗恩病、巴雷特病或溃疡性结肠炎。在本说明书通篇提到的IBD常常在说明书中指示例性的胃肠炎性状况，并且不意味着是限制性的。术语IBD包括假膜性结肠炎、出血性结肠炎、溶血尿毒症综合症结肠炎、胶原性结肠炎、缺血性结肠炎、放射性结肠炎、药物和化学诱导的结肠炎、转向性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠易激综合症、过敏性结肠综合症、巴雷特病和克罗恩病；并且在克罗恩病中包括活动型、顽固型和瘘型所有亚型和克罗恩病。胃肠道的非结直肠癌炎性疾病或病症指无癌性病变、肿瘤或损害下的胃肠道炎症。胃肠道非结直肠癌炎性疾病或病症包括炎性肠病。基因指包含蛋白质编码序列的基因组DNA片段，其中片段可以包括启动子、外显子、内含子和控制表达的其他非翻译区。基因型是在个体的一对同源染色体上的基因座中，在一套一个或更多个多态性位点存在的一个或多个核苷酸对的无序(皿phased)5'至3'序列。如本文所使用，基因型包括全基因型和/或亚基因型。基因分型是用于测定个体基因型的方法。单元型是在单一个体的单一染色体上的基因座中的一套一个或更多个多态性位点存在的核苷酸5'至3'序列。单元型对是在单一个体基因座中存在的两个单元型。单元型分析是用于测定个体中一个或更多个单元型的方法并且包括使用家族系谱、分子技术和/或统计推断。基因座指染色体或DNA分子上对应于基因或物理或基因型特性的位置，其中物理9特性包括多态性位点。多态性位点(PS)是染色体或DNA分子上的、在种群中存在至少两种可选择序列的位置。多态性指在多态性位点上个体当中存在序列变异。多态性包括核苷酸替代、插入、缺失和微卫星，并且可以，但未必导致基因表达或蛋白质功能的可检测的差别。单核苷酸多态性(SNP)是多态性位点上核苷酸变异中的单个改变。寡核苷酸探针或引物指长度在8和2000个核苷酸之间的核酸分子，或者指长度为大约6和1000个核苷酸。更加具体而言，这些寡核苷酸的长度可以在从大约8、10、15、20或30至100个核苷酸范围内，但是有代表性地是大约10至50(例如15至30个核苷酸)。对于特定的一组条件下的本公开试验中寡核苷酸的适当长度可以由本领域技术人员通过经验确定。寡核苷酸引物和探针可以通过任何适当方法制备，包括例如适当序列的克隆和限制性处理和直接化学合成。寡核苷酸引物和探针可包含常规核苷酸，以及任何多样的类似物。例如，术语"核苷酸"，如本文所使用，指包含连接至糖如核糖、阿拉伯糖、木糖和吡喃糖及其糖类似物C-1'碳的核苷酸碱基的化合物。术语核苷酸还包括核苷酸类似物。糖可以是取代的或非取代的。取代核糖包括，但不限于其中一个或更多个碳原子，例如2'碳原子被一个或更多个相同或不同的Cl、F、一R、一0R、一NR2或卤素基取代的那些核糖，其中R独立地是H、C「Ce烷基或C「CM芳基。示例性的核糖包括，但不限于2'-(Q-Ce)烷氧基核糖、2'_(C5-C14)芳氧基核糖，2'，3'-二脱氢核糖、2'-脱氧_3'-卤核糖、2'-脱氧_3'_氟核糖、2'-脱氧_3'_氯核糖、2'-脱氧_3'_氨基核糖、2'-脱氧-3'-((^-(:6)烷基核糖、2'-脱氧_3'-((^-(:6)烷氧基核糖和2'-脱氧_3'_(C5-C14)芳氧基核糖、核糖、2'_脱氧核糖、2'，3'_二脱氧核糖、2'_卤核糖、2'-氟核糖、2'_氯核糖和2'_烷基核糖，例如2'-0_甲基，4'_^-端基异构核苷酸、1'-a-端基异构核苷酸、2'-4'-和3'-4'-连接的和其他"锁定的"或"LNA"双环糖修饰(见例如PCT公布申请号WO98/22489、W098/39352;和W099/14226)。示例性的多核苷酸内LNA糖类似物包括，但不限于结构其中B是任意核苷酸碱基。在核糖2'_或3'_位上的修饰包括，但不限于氢、甲氧基、乙氧基、烯丙氧基、异丙氧基、丁氧基、异丁氧基、甲氧乙基、烷氧基、苯氧基、叠氮基、氨基、烷氨基、氟、氯和溴。核苷酸包括，但不限于天然D光学异构体，以及L光学异构体形式(见例如Garbesi(1993)Nucl.AcidsRes.21:4159-65;Fujimori(1990)J.Amer.Chem.Soc.112:7435;Urata，(1993)NucleicAcidsS卿osiumSer.No.29:69-70)。当核苷酸碱基是嘌呤时，例如A或G，核糖连接至核苷酸碱基的Nf位。当核苷酸碱基是嘧啶时，例如C、T或U，戊糖连接至核苷酸碱基^-位，假尿苷除外，在假尿苷中戊糖连接至尿嘧啶核苷酸碱基的(:5位(见例如Kornberg禾口Baker，(1992)DNAReplication,2ndEd.，Freeman,SanFrancisco,Calif.)。探针的3'末端可以用捕获标记或可检测标记功能化，以帮助检测靶多核苷酸多态性。本公开的任何寡核苷酸或核酸可通过掺入可通过光谱学、光化学、生物化学、免疫化学或化学手段可测量的可检测标记来标记。例如，此类标记可以包含放射活性物质(例如32P、35S、3H、125I)、荧光染料(例如5-溴脱氧尿苷、荧光素、乙酰氨基芴、地高辛配基)、生物素、纳米颗粒等等。此类寡核苷酸代表性地在其3'和5'末端被标记。10探针指可检测性地区分基因表达变化的分子，或者可以区分结构不同的靶分子的分子。检测可以以多种不同方式实现，这取决于所使用的探针类型和靶分子类型。因此，例如检测可以基于靶分子活性水平的差别，但是有代表性地是基于对特异结合的检测。此类特异结合的实例包括抗体结合和核酸探针杂交。因此，例如探针可以包括酶底物、抗体和抗体片段和核酸杂交探针(包括用于多核苷酸扩增和/或检测的引物)。因此，在一个实施方案中，检测至少一种靶多核苷酸的存在或缺乏包括将生物样品与探针、有代表性地寡核苷酸探针接触，其中探针与包含互补序列的生物样品中的一种形式的靶多核苷酸杂交，其中杂交在选择性杂交条件下开展。此种寡核苷酸探针可以包括一个或更多个核酸类似物、标记或其他替代物或部分，只要保留了碱基配对功能即可。参照或对照群体指这样的一组受试者或个体，经预测他们代表着在具有特定基因型或表达谱的一般群体中存在的遗传变异。有代表性地，参照群体代表着群体中至少85%、有代表性的至少90%、至少95%和通常至少99%的确定水平的遗传变异。参照或者对照群体可以包括证明个体没有任何胃肠疾病或病症的受试者，并且可以包括其家族系证明没有或者已经证明没有任何胃肠疾病或病症的个体。受试者包括其基因表达、基因型或单元型或对治疗的反应或者疾病状态有待确定的个体(例如哺乳动物受试者或人)。本公开提供用于预测受试者易患胃肠疾病或病症易感性或存在胃肠疾病或病症的许多生物标志。本文鉴定的生物标志可以与另外的预测性试验，包括但不限于另外的SNP、突变和临床试验组合使用。所公开的一个此类实施方案是测量至少一个或一组具有选择性和敏感性的生物标志，所述这些生物标志对于管理和诊断受试者具有或者易感胃肠疾病或病症而言是必需的。表1提供用于本公开方法和组合物中的多核苷酸生物标志列表(在表1中所述的与Entrez登录号相关的每一序列通过参考并入本文)。表1SEQIDN0:多核苷酸和多肽NCBIEntrez数据库名称縮写1和2XM—031289白细胞介素-8IL83和4NM—000389细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂lA(p21，Cipl)P215和6XM—030326CD44抗原CD447和8M94582白细胞介素8受体BCXCR29和10X54489黑素瘤生长刺激活性Gro-a11和12NM—002090趋化因子(C-X-C模体)配体3Gro-y11<table>tableseeoriginaldocumentpage12</column></row><table>本公开包括表1中所鉴定的任何前述多核苷酸的同系物和天然存在变体(例如多态性)。此类天然存在多态性的鉴定是常规鉴定，或者是本领域已知的。例如，IL-8和CXCR2的多态性包括IL-8的SNP-251、-353/+1530、-353/+3331和+1530/+3331和CXCR2的SNP+785/+1208。其他包括IL1B-31SNP(C至T)、IL10-819T/T。RS号包括rsl143627(IL1B)、rs2243250和rsl143634(IL4)、rsl801282(PPAR-y)、rs4073(IL8)、rsl800629(TNF)和rs20417、rs5277、rs20432和rs5275(C0X2)。在本公开的一个方面中，包含SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41或43所标明生物标志的多核苷酸的表达水平用于确定胃肠疾病或病症或者易患胃肠疾病或病症的易感性。多核苷酸表达水平的此类分析在本领域中常常被称作基因表达谱分析。在基因表达谱分析中，测量样品中mRNA水平作为生物状态的指示剂，在该例中作为结肠癌或胃肠疾病或病症的指示剂或者作为易患它们的易感性的指示剂。用于分析基因表达谱的最常用的方法之一是使用称作逆转录的过程从生物样品中的mRNA产生多份拷贝。在逆转录过程中，来自样品的mRNA用于产生对应于mRNA的DNA拷贝。从mRNA产生的拷贝被称为拷贝DNA或cDNA。mRNA多少有点不稳定并且易被RNA酶降解。在一个方面中，可以通过使用本领域已知的RNA酶抑制剂和混合物保护RNA。表2提供用于检测本公开多核苷酸生物标记的探针和引物。表2<table>tableseeoriginaldocumentpage13</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage14</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage15</column></row><table>本领域已知的方法可以用于定量测定样品中存在的细胞所转录的mRNA的量。此类方法的实例包括定量聚合酶链式反应(PCR)、Northern印迹和Southern印迹。PCR使得可以使用扩增过程检测和测量极低量的mRNA。在任何特定生物状态中基因可以被上调或者下调，并且因此mRNA水平相应地变化。在一个实施方案中，基因表达谱分析的方法包括测量组中所选择生物标志的mRNA水平。此种方法可以包括使用引物、探针、酶和用于mRNA制备、检测和定量的其他试剂(例如通过PCR、Northern印迹等等)。SEQIDNO:45-88中所列引物特别适用于基于多核苷酸生物标志的使用RT-PCR的基因表达谱分析中。虽然本公开提供特定的引物和探针，本领域技术人员会容易地认识到，另外的探针和引物可以基于本公开所提供的多核苷酸序列产生。关于本文中例举的弓l物禾口探针，使用PrimerExpressSoftware(AppliedBiosystems，FosterCity，Calif.)设计一系列引物。SEQIDNO:45-88中所列引物被设计、选择并相应地试验。除了引物之外，对于RT-PCR还使用试剂，例如具有所有四种二核苷酸三磷酸(例如dATP、dGTP、dCTP和dTTP)的二核苷酸三磷酸混合物、逆转录酶和热稳定DNA聚合酶。此外，对于RT-PCR过程还使用缓冲液、抑制剂和激活剂。一旦cDNA已经充分扩增至特定的终点，可以制备cDNA样品用于检测和定量。虽然考虑了许多检测方案，如将在下面更加详细讨论，但是考虑用于检测多核苷酸的一个方法是荧光光谱学，并且因此适于荧光光谱学的标签是多核苷酸标记所需要的。此种荧光标签的一个实例是SYBRGreen，虽然众多相关荧光分子是已知的，包括但不限于DAPI、Cy3、Cy3.5、Cy5、CyS.5、Cy7、伞形酮、荧光素、异硫氰酸荧光素(FITC)、罗丹明、二氯三嗪氨基荧光素、丹磺酰氯或藻红蛋白。在本公开的一个实施方案中，寡核苷酸探针包含如表1中所述c-myc、CD44抗原("CD44")、环加氧酶1禾P2("C0X-l"和"C0X-2")、细胞周期蛋白Dl、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂("p2ri—a"")、白细胞介素8("IL-8")、白细胞介素8受体("CXCR2")、骨桥蛋白("OPN")、黑素瘤生长剌激活性("Groa/MGSA")、GR03癌基因("Groy")、巨噬细胞集落剌激因子l("MCSF-1")、过氧化物酶体增殖活化的受体、a、S和Y("PPAR-a、S和Y")和血清淀粉状蛋白Al("SM1")的片段。用于本发明方法的寡核苷酸探针和引物包含SEQIDN0:l、3、5、7、9、ll、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41或43的至少8个核苷酸(包括其中T可以是U的寡核苷酸)，其中寡核苷酸特异性杂交至来自受试者的包含SEQIDN0:1、3、5、7、9U1、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41或43的多核苷酸样品。本公开的任何寡核苷酸引物和探针可以被固定化在固体支持物上。固体支持物是本领域技术人员已知的，并且包括反应盘孔壁、试管、聚苯乙烯珠、磁珠、硝酸纤维素条、膜、微粒例如乳胶颗粒、玻璃等等。固体支持物不是关键性的并且可以由本领域技术人员选择。因此，乳胶颗粒、微粒、磁珠或非磁珠、膜、塑料管、微量滴定孔壁、玻璃或硅芯片等等均是适宜的实例。用于将寡核苷酸固定化于固相上的适宜方法包括离子相互作用、疏水相互作用、共价相互作用等等。固体支持物可以根据其吸引或者固定化捕获试剂的内在能力选择。本公开的寡核苷酸探针或引物可以个别地附着至或者固定化于固体支持物上或者以一组大约2-10，000种不同的本公开寡核苷酸的附着至或者固定化于一个固体支持物上。包含本公开多种寡核苷酸引物或探针的基质可以用于检测或扩增所靶向的序列。本公开的寡核苷酸探针和引物可以附在固体支持物上的连续区域或者随机位置。备选地，本公开的寡核苷酸可以有序阵列附着，其中每一寡核苷酸附在固体支持物的独立区域，该区域与任何其他寡核苷酸附着位置不重叠。有代表性地，此类寡核苷酸阵列是"可寻址的"，以致于作为试验过程的一部分，不同的位置被记录并且可以被访问。阵列上寡核苷酸位置的获知使得"可寻址"阵列可用于杂交试验中。例如，寡核苷酸探针可用于寡核苷酸芯片中，例如由Affymetrix投放市场的那些芯片和美国专利号5，143，854;PCT公布W090/15070和92/10092中描述的那些芯片，其公开内容通过参考并入本文。这些阵列可以使用机械合成方法或整合了光刻方法和固相寡核苷酸合成组合的光定向合成方法生产。通过开发通常称作"极大规模固定化多聚体合成"的技术，使得寡核苷酸阵列在固体支持物上的固定成为可能，其中探针被固定在芯片固体表面上的高密度阵列中(见例如美国专利号5，143，854;和5，412，087和PCT公布W090/15070，WO92/10092和WO95/11995，每一文献通过参考并入本文)，其描述了通过技术如光定向合成技术制备寡核苷酸阵列的方法。在另一方面中，与靶基因亚序列互补的寡核苷酸阵列用于确定靶的身份、测定其数量和检测靶与参照野生型序列之间的差别。杂交技术还可以用于鉴定本公开的生物标志和/或多态性，并且因此确定或预测结直肠癌或胃肠炎性疾病或病症。在该方面中，基于与错配探针相比完全匹配探针的更高的热稳定性鉴定表达谱或多态性。杂交反应可以以固体支持物(例如膜或芯片)形式开展，在其中例如靶核酸被固定在硝酸纤维素或尼龙膜上并且用本公开的寡核苷酸探针探测。可以使用任何已知的杂交形式，包括Southern印迹、狭缝印迹、"反向"斑点印迹、溶液杂交、基于固体支持物的夹心杂交、基于珠的杂交形式、基于硅芯片的杂交形式和基于微量滴定孔的杂交形式。寡核苷酸探针与靶多核苷酸的杂交可以以两种实体均在溶液中的形式实现，或者此类杂交可以以寡核苷酸或者靶多核苷酸共价或非共价附着至固体支持物上的方式实现。附着可以通过例如抗体-抗原相互作用、聚-L-Lys、链亲和素或抗生物素蛋白-生物素、盐桥、疏水相互作用、化学键、UV交联烘烤等介导。寡核苷酸可以直接在固体支持物上合成或者在合成之后附着至固体支持物上。适宜在本公开检测方法中使用的固体支持物包括由硅、玻璃、塑料、纸等制成的基质，其可以形成例如孔(如在96孔板中)、载玻片、片、膜、纤维、芯片、盘和珠。固体支持物可以经过处理、包被或者衍生化，以促进等位基因特异的寡核苷酸或靶核酸固定化。在一个方面中，夹心杂交试验包括使用固定在固体支持物上的共同的捕获寡核苷酸分离样品中的变体和/或野生型靶核酸生物标志，然后与用于检测变体和野生型核酸的特异性探针接触。寡核苷酸探针有代表性地用可检测标签标记。基于寡核苷酸阵列的杂交试验依赖于短寡核苷酸与完全匹配靶变体和错配靶变体杂交稳定性的差异。每一DNA芯片可以包含数千至数百万个各合成的DNA探针，它们以网格样方式排列，并且小型化至一角硬币大小或者更小。此种芯片可以包含代表野生型和变体序列的寡核苷酸。本公开的寡核苷酸可以设计成特异性杂交至多核苷酸的靶区。如本文所使用，特异性杂交意味着寡核苷酸在某些杂交条件下与靶区域形成反平行的双链结构，而在同样的杂交条件下与不同靶多核苷酸或者多核苷酸的另一区域或者缺乏目的基因座的多核苷酸孵育时不能形成此种结构。有代表性地，寡核苷酸在常规高严格条件下特异性地杂交至靶区域。如果核酸分子如寡核苷酸或多核苷酸的一个分子的每一个核苷酸与其他分子的相应位置上的核苷酸互补，则核酸分子被称作另一核酸分子的"完全"互补体。如果核酸分子在常规低严格条件下与另一分子杂交具有足以保持双链体形式的稳定性，则该核酸分子与另一分子"基本上互补"。常规杂交条件描述于例如Sambrook等，MolecularCloning,ALaboratoryMa皿al，2nded.，ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,N.Y.(1989)禾口Haymes等，NucleicAcidHybridization,APracticalApproach,IRLPress,Washington,D.C.(1985)。尽管在检测耙多核苷酸或多态性的大多数试验中使用完全互补的寡核苷酸时，但也考虑了使用不完全互补的寡核苷酸，其中这种不完全互补不阻止分子特异性杂交至靶区域。例如，寡核苷酸引物可以在其5'或3'末端具有非互补性片段，而引物的剩余部分与靶区域互补。本领域技术人员熟悉影响杂交的参数；例如温度、探针或引物长度和组成、缓冲液组成和盐浓度，并且可以容易地调整这些参数以完成核酸与靶序列的特异杂交。在本公开中可以使用多种杂交条件，包括高严格条件、中严格条件和低严格条件；见例如Maniatis等，MolecularCloning:ALaboratoryManual,第2版，1989，禾口ShortProtocolsinMolecularBiology,编者Ausubel等，所述文献通过参考并入本文。严格条件是序列依赖性的，并且将根据情况的不同而不同。更长的序列在更高的温度下特异性杂交。杂交核酸的多方面指南可以在Tijssen，TechniquesinBiochemistryandMolecularBiology__HybridizationwithNucleicAcidProbes,〃Overviewofprinciplesofhybridizationandthestrategyofhucleicacidassays"(1993)中找到。一般而言，选择的严格条件比确定的离子强度和pH下特定序列的热熔解点(TJ低大约5-l(TC。1是在平衡状态下50%的与靶互补的探针杂交至(在确定的离子强度、pH和核酸浓度下)多聚腺苷酸mRNA靶序列的温度(如靶序列过量存在，在Tm时，在平衡状态下50%的探针被占据)。严格条件将会是那样的条件，即在pH7.0至8.3下盐浓度小于大约1.OM钠离子，有代表性地大约0.01至1.0M钠离子浓度(或者其他盐)并且温度对于短探针(例如10至50个核苷酸)至少大约3(TC并且对于长探针(例如大于50个核苷酸)至少大约6(TC。严格条件还可以通过添加螺旋去稳定剂如甲酰胺达到。当使用如本领域已知的非离子主链，即PNA时，杂交条件也可以变动。此外，在靶结合之后可以加入交联剂，以交联即共价连接杂交复合体的两条链。本公开的方法和组合物可用于诊断或测定发展成结直肠癌或胃肠炎性疾病或病症的风险。此类试验可以使用从血液、细胞、组织刮取物或其他细胞材料收集的DNA或RNA样品开展，并且可以通过多种方法，包括但不限于使用生物标志特异性探针的杂交、酶突变检测、错配的化学断裂、质谱分析法或DNA测序，包括微测序实现。诊断试验可包括常常在固体支持物上的或者使用PCR技术的一组的一种或更多种遗传标记(基因表达谱)，这使得能够同时确定一种或更多种基因中的一个以上的变异或者一种或更多种基因的表达。靶生物标志或其一个或多个区域(例如包含目的多态性)可以使用任何寡核苷酸指导的扩增方法，包括但不限于聚合酶链式反应(PCR)(美国专利号4，965，188)、连接酶链式反应(LCR)(Barany等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA88:189-93(1991);W090/01069)和寡核苷酸连接试验(0LA)(Landegren等，Science241:1077-80(1988))扩增。另外的已知核酸扩增方法可以用于扩增靶的一个或多个区域，包括基于转录的扩增系统(美国专利号5，130，238;欧洲专利号EP329，822;美国专利号5，169，766;W089/06700)和等温方法(Walker等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:392-6(1992))。连接酶链式反应(LCR)技术可以使用，并且对于检测多态性变体特别有用。LCR仅在寡核苷酸碱基完全配对时发生。连接酶链式反应(LCR)利用热稳定Taq连接酶用于连接扩增，其对于查询基因座是有用的(例如包含SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41或43)。与PCR类似的DNA扩增方法LCR与PCR不同的原因在于，LCR扩增探针分子，而不是通过核苷酸的聚合产生复制子。对于每一DNA链使用两个探针，并且连接在一起形成一个探针。LCR使用DNA聚合酶和DNA连接酶两种酶以驱动反应。像PCR—样，LCR需要热循环仪以驱动反应并且每一循环导致靶核酸分子加倍。LCR可以具有比PCR更高的特异性。提高的反应温度允许连接反应以高严格条件开展。当发生错配时，不能完成连接。例如，在两个片段中合成基于靶基因或基因变体的引物，并且与在两个引物片段边界具有可能的突变的模板复性(即上面的加下划线的核苷酸将存在于寡核苷酸的5'或3'末端)。如果它们与模板序列恰好匹配，则连接酶连接两个引物。在一个实施方案中，将两种杂交探针设计成每一探针具有靶特异区。将第一杂交探针设计成与靶多核苷酸的第一靶结构域(例如多核苷酸片段)基本上互补，并且第二杂交探针与靶多核苷酸的第二靶结构域(例如多核苷酸片段)基本上互补。通常，杂交探针的每一靶特异序列长度至少大约5个核苷酸，有代表性的是大约15至30个核苷酸的序列，特别常用的是20个核苷酸的序列。在一个实施方案中，第一和第二靶结构域正好相邻，例如它们没有间插核苷酸。在该实施方案中，至少第一杂交探针杂交至第一靶结构域并且第二杂交探针杂交至第二靶结构域。如果在连接处存在完全的互补性，则形成连接结构以致于两种探针可以连接在一起形成连接的探针。如果不存在该互补性(由于基于变体的错配)，则不能形成连接结构并且探针不能以可觉察的程度连接在一起。这可以使用热循环完18成，以允许连接的探针变性脱离靶核苷酸以致于它可以充当进一步反应的模板。如果加入dNTP和聚合酶，则方法还可以使用三种杂交探针或通过一个或更多个核苷酸分开的杂交探针实现(这有时被称为"遗传位元"分析)。DNA中的点突变(例如多态性变体)的分析也可以使用聚合酶链式反应(PCR)及其改变形式开展。错配可以通过在有利于完全匹配引物结合的杂交条件下的竞争性寡核苷酸引发检测。在扩增受阻突变体系技术(ARMS)中，将引物设计成与靶序列的内部或者3'残基完全匹配或者错配(Newton等，Nucl.Acids.Res.17:2503-2516(1989))。在适宜条件下，只有完全复性的寡核苷酸作为PCR反应的引物起作用，因此提供了区分正常序列和变体序列的方法。还可以使用单一核苷酸引物指导的延伸试验，其中正确碱基的特异性掺入通过DNA聚合酶的保真性提供。检测目的多态性位点的核苷酸或核苷酸对还可以使用错配检测技术，包括但不限于使用核糖核酸探针的RNA酶保护方法(Winter等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA82:7575(1985);Meyers等，Science230:1242(1985))和识别核苷酸错配的蛋白质，例如大肠杆菌(E.coli)mutS蛋白质(Modrich，Ann.Rev.Genet.25:229-53(1991))确定。备选地，变体等位基因可以通过单链构象多态性(SSCP)分析(Orita等，Genomics5:874-9(1989);Humphries等，MOLECULARDIAGNOSISOFGENETICDISEASES,Elles编，第321-340页，1996)或者变性梯度凝胶电泳(DGGE)(Wartell等，Nucl.AcidsRes.18:2699-706(1990);Sheffield等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA86:232-6(1989))鉴定。聚合酶介导的引物延伸方法还可以用于鉴定多态性。几种此类方法已经描述于专利和科学文献中，并且包括"遗传位元分析"法(WO92/15712)和连接酶/聚合酶介导的遗传位元分析(美国专利号5，679，524)。相关方法描述于W091/02087、WO90/09455、WO95/17676和美国专利号5，302，509和5，945，283中。包含多态性互补物的延长的引物可以通过如美国专利号5，605，798中所述的质谱分析法检测。另一引物延伸方法是等位基因特异性PCR(Ruano等，1989，同上；Ruano等，1991，同上；WO93/22456;Turki等，J.Clin.Invest.95:1635-41(1995))。可以用于分析基因表达和多态性的另一技术包括多组分集成系统，其将过程如PCR和毛细管电泳反应小型化在单一功能装置上并做区划。此类技术的实例描述于美国专利号5，589，136中，其公开全部通过参考并入本文，在其中描述了PCR扩增和毛细管电泳在芯片上的集成。定量PCR和数字PCR可以用于测量样品中的多核苷酸水平。数字聚合酶链式反应(数字PCR、dPCR或dePCR)可以用于直接定量和克隆性扩增核酸，包括DNA、cDNA或RNA。数字PCR通过核酸分子与DNA聚合酶的温度循环扩增核酸。在PCR扩增之前，反应有代表性地在许多分开的室或区域内的、捕获样品中存在的每一个别核酸分子的乳状液分散相中开展。对包含可检测水平PCR终产物的室的计数是对绝对核酸数量的直接测量。定量聚合酶链式反应(qPCR)是聚合酶链式反应的改良并且实时定量PCR通过使用荧光标记物或其他可检测标记物用于测量每一PCR循环之后的DNA的数量。定量PCR方法添加连续稀释的竞争性RNA(对于逆转录酶PCR)或DNA，或者共扩增内部对照以保证在指数生长期停止扩增。对PCR和PCR技术的修改在本领域是常规性的并且可以商业获得用于PCR扩增的试剂盒。可检测标记可以是放射性标记或者可以是发光标记、荧光标记或酶标记。间接检测方法有代表性地包含以半抗原或配体如地高辛(DIG)或生物素共价标记的探针。在一个方面中，在杂交步骤之后，通过抗体_酶复合体或链亲和素_酶复合体检测靶_探针双链体。在DNA诊断中通常使用的酶是辣根过氧化物酶和碱性磷酸酶。直接检测方法包括使用荧光体标记的寡核苷酸、镧系螯合物标记的寡核苷酸或寡核苷酸_酶缀合物。荧光体标记的实例是荧光素、罗丹明和酞菁染料。对于所公开方法考虑的检测模式实例包括，但不限于，光谱技术，例如荧光和紫外-可见光(UV-Vis)光谱法、闪烁计数和质谱法。与这些检测模式相对应的、用于在这些方法中检测和定量目的的标记的实例包括，但不限于发色标记、闪烁标记和质量标记。使用这些方法测量的多核苷酸和多肽的表达水平可以以对照标准化，所述对照为了定向测定目的建立。标记检测将基于特定试验中所使用标记的类型。此类检测方法是本领域已知的。例如，放射性同位素检测可以通过放射自显影、闪烁计数或磷光体成像实现。对于半抗原或生物素标记，使用结合至报告酶如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶的抗体或链亲和素检测，这通过酶方法检测。对于荧光体或镧系-螯合物标记，荧光信号可以用带有或不带有时间解析模式的荧光分光计或者使用自动微量滴定板阅读器测量。对于酶标记，检测可以通过颜色或染料沉积(对于碱性磷酸酶是对硝基苯磷酸盐或5-溴-4-氯-3-吲哚基磷酸盐/氮蓝四唑，对于辣根过氧化物酶是3，3'-二氨基联苯胺-Nicg.荧光(例如对于碱性磷酸酶是4-甲基伞形酮磷酸酯(4-methylumbel1iferylphosphate))或化学发光(来自Lumigenlnc.，DetroitMich.的碱性磷酸酶二氧环丁烷底物LumiPhos530或者来自Tropix，Inc.的AMPPD和CSPD)进行。化学发光检测可以使用X光片或者偏振片或者通过使用单光子计数发光计开展。在本公开的另一方面中，包含SEQIDNO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42和/或44的蛋白质的表达水平可以使用本领域已知的技术，包括例如Western印迹、ELISA试验等测量和定量。术语"多肽"或"多种多肽"与本文的"蛋白质"或"多种蛋白质"互换使用。在另一实施方案中，用于蛋白质表达谱分析的方法包括使用针对一种或更多种生物标志的一种或更多种(例如许多种)抗体，以测量生物样品中靶多肽的水平。在考虑用于本发明方法的一个实施方案中，对于组的抗体结合至固体支持物上。用于蛋白质表达谱分析的方法可以使用对所结合多肽的某些部分具有特异性的第二种抗体。此类第二种抗体可以以用于检测和定量所结合多肽的分子进行可检测性标记。此外，考虑用于检测和定量的其他试剂包括例如小分子，例如辅因子、底物、络合剂等等，或者大分子，例如凝集素、肽、寡核苷酸等等。此类部分可以是天然存在的或者合成的。本公开进一步考虑了能够特异性结合至生物标志多肽的抗体，所述多肽由上面所鉴定多核苷酸生物标志序列(例如包含SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41或43)基于转录和翻译起始以正确的读码框编码。本公开因此包括分离的、纯化的和重组的多肽，所述多肽包含至少4个、有代表性地至少6个、更加通常至少8至10个连续长度，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9U1、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41或43的多核苷酸编码。本公开还考虑免疫试验技术用于测量本文所鉴定多肽生物标志的用途。多肽生物标志可以分离和用于制备特异性检测生物标志基因产物的抗血清和单克隆抗体。突变的基因产物也可以用于免疫动物以产生多克隆抗体。重组产生的肽也可以用于产生抗体。例如，为了产生免疫反应，将重组产生的多肽片段与佐剂一起注射入小鼠内。以至少1X107M—1的结合亲和性结合重组片段的鼠免疫球蛋白可以以抗血清从所免疫小鼠收集，并可以通过亲和层析或其他手段进一步纯化。此外，从小鼠收集脾细胞并与骨髓瘤细胞融合以产生抗体分泌性杂交瘤细胞库。可以对杂交瘤库筛选分泌以至少1X106M—1的亲和性结合重组产生片段的免疫球蛋白的克隆。更加具体而言，通过以野生型蛋白质预吸附，或者通过筛选结合变体多肽而不结合野生形多肽的特定独特型的杂交瘤细胞系，选择出选择性结合变体多肽而较差或者根本不结合野生型多肽的免疫球蛋白。能够表达多肽的多核苷酸可以基于本文所鉴定序列使用本领域熟知的技术产生。此类多核苷酸可以在宿主中表达，其中多核苷酸有效连接至表达控制序列(即以保证有功能的方式放置)。表达载体有代表性地是在宿主生物中作为附加体或者作为宿主染色体组成部分可复制的。表达载体可包含选择标记(例如基于四环素抗性或潮霉素抗性的标记)以便可以检测和/或选择转化有目的多核苷酸的那些细胞。编码变体多肽的多核苷酸可以包括促进所编码序列转录和翻译从而产生所编码多肽产物的序列。此类多核苷酸的构建是本领域已知的。例如，此类多核苷酸可以包括启动子、转录终止位点(真核表达宿主中的多腺苷化位点)、核糖体结合位点、和任选的用于在真核表达宿主中使用的增强子、和任选的载体复制所需的序列。原核生物可以用作表达变体多肽的宿主细胞，此类技术是本领域已知的。其它微生物，例如酵母也可以用于表达。除了微生物之外，哺乳动物组织细胞培养物也可以用于表达和生产本公开的多肽。用于本公开方法的真核细胞包括CH0细胞系、各种COS细胞系、HeLa细胞、骨髓瘤细胞系、Jurkat细胞等等。对于这些细胞的表达载体可以包括表达控制序列，例如复制原点、启动子、增强子、必需的信息加工位点如核糖体结合位点、RNA剪接位点、多腺苷化位点和转录终止子序列。用于多核苷酸克隆和表达的技术可在本公开中使用以产生能够杂交至多核苷酸生物标志的探针或者产生用于结合本公开多肽生物标志的抗体。在更多方法中，与生物标志(例如多核苷酸或包含对应于本文所述生物标志的序列的至少长4个、至少6个或有代表性地至少8至10个或更多个连续氨基酸的多肽、蛋白质、或者片段)相互作用的肽、药物、脂肪酸、脂蛋白或小分子可以用作测定生物标志的检测剂。待用于结合试验的分子以可检测标记例如荧光标记、放射性标记或酶标记进行标记。在去除非特异性结合的分子之后，使用合适的方法检测所结合的分子。这些结果以及参照下面的图与特定实施例表明，通过最低限度创伤擦拭收集方法从距癌性病变较远但能指示非正常结肠状况的区域获得样品细胞是可能的。在此方面，以最低限度创伤性方式或者无创方式得到的样品将使得样品能够使用所公开的生物标志组分析。此类无创过程不但降低了CRC测定的成本，而且降低了当前方法学相关的不适和风险。所有这些因素加在一起增加了定期试验的吸引力以及因此增加患者依从性。增加的患者依从性加上有效的CRC测定增强了早期检测和提高存活率的前景。21下面的表3表明了基于本公开生物标志的表达谱的差异。FHSH指受试者家族病史和自身病史。FHSH受试者缺乏息肉病史。如表3中所提到，"其他"指具有胃肠疾病或病症病史的受试者。因此，在本公开的一个方面中，对于胃肠炎性疾病或病症的预测性生物标志将包括检测IL-8、CD44、c-myc和/或P21表达的改变，所有这些均显示有大的变化(例如相对于对照分别为大约19%、63%、50%和56%)。重要的是注意到，本公开生物标志的改变相对于对照而言表达未必必须增加。而是，改变可以相对于对照而言增加或者减少，只要改变相对于对照具有统计学意义的差异即可。在一个方面中，改变是相对于对照而言至少10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%或更高的增加或减少。当一组生物标志用于检测疾病或病症时，与每一单独生物标志的改变相比，相对于对照而言的较小的改变可以预示着疾病或病症或者其风险。本领域的熟练统计学家能够鉴定出生物标志中或者生物标志组中相对于对照数值的统计学意义的显著差异。在另一方面中，本公开提供通过基于直肠或颊部拭子测量表3中的任何生物标志来早期检测或诊断结直肠癌或胃肠炎性疾病或病症的方法。在该方法之后是在更晚时间通过测量同样的或者一种或更多种另外的生物标志来确定。例如，早期检测或诊断可以基于筛选任何的所述一种或更多种生物标志的变化，其中生物标志表达(例如IL-8、P21、c-myc、和/或CD44)的增加预示着胃肠炎性疾病或病症或者患胃肠炎性疾病或病症的风险；在初次诊断或预测之后，可以测量同样的或者不同的标志(例如IL-8)以确定疾病的预后或者发展。下面的数据表明，例如，生物标志IL-8和0PN可以指示胃肠疾病或病症的后期发展。表3拭子拭子活组织检查样品活组织检查样品FHSH，n=16其他，n=9FHSH，n=17其他，n=8总体n<0.0000n<0.0000n<0.0001n<0.0001CXCR231%56%57%38%OPN19441863C0X138331813PPARa25221213C0X225441213Groa44562925Groy4456172522<table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table>表4给出了关于基于本公开方法的受试者谱分析的细节。—拭子-FHSH用于分子标志组的多核苷酸和多肽表达谱分析的方法和试剂盒也考虑作为本公开的一部分。在一个实施方案中，用于基因表达谱分析的试剂盒包含用于生物标志或生物标志组基因表达谱分析的试剂和说明书。因此，例如，试剂可以包括用于制备、检测和定量所要求保护生物标志组cDNA的引物、酶和其他试剂。SEQIDNO:45-88中所列引物特别适宜用于基于所要求保护的组的RT-PCR基因表达谱分析。因此，SEQIDNO:45-88中所列引物被特别地设计、选择和试验。除了引物之外，还包含试剂例如二核苷酸三磷酸盐(例如dATP、dGTP、dCTP和dTTP)、逆转录酶和热稳定DNA聚合酶。此外，用于RT-PCR方法的缓冲液、抑制剂和激活剂是包含在试剂盒实施方案中的适宜试剂。一旦cDNA已经充分扩增至指定的终点，必须制备用于检测和定量的cDNA样品。考虑用于检测多核苷酸的一种方法是使用荧光部分或者标记的荧光光谱学，所述部分或标记适宜于荧光光谱学并且希望用于标记多核24苷酸，并且也包括在试剂盒实施方案的试剂中。在一个实施方案中，本公开提供用于鉴定预示胃肠疾病或病症的生物标志的试剂盒。例如，本公开试剂盒可以包含一种或更多种设计用于鉴定本公开等位基因和/或生物标志的寡核苷酸。在另一实施方案中，试剂盒还包含带有说明的手册，用于(a)对人核酸样品开展一种或更多种反应以鉴定受试者中存在的生物标志和/或等位基因。本公开试剂盒中的寡核苷酸可以固定化在固体表面上或者在固体表面上合成，例如微芯片、珠或载玻片(见例如W098/20020和W098/20019)。此类固定化寡核苷酸可以用于多种检测试验中，包括但不限于，探针杂交和聚合酶延伸试验。用于实施本公开的固定化寡核苷酸可以包含经设计快速筛选核酸样品的寡核苷酸有序阵列。本公开试剂盒还可以包含其他成分，例如杂交缓冲液(例如在使用寡核苷酸探针时)或者双脱氧核苷酸三磷酸盐(ddNTP;例如对于引物延伸)。在一个实施方案中，寡核苷酸组由引物延伸寡核苷酸构成。试剂盒还包含聚合酶和反应缓冲液，所述反应缓冲液针对聚合酶介导的引物延伸而优化。试剂盒还包括检测试剂，例如带生物素标记的或者荧光标记的寡核苷酸或ddNTP和/或酶标记的抗体和当酶作用时可产生可检测信号的一种或更多种底物。还考虑上述的本公开方法和组合物可以与其他生物标志技术组合使用。核酸样品，例如用于鉴定差异的核酸样品可以从本领域技术人员已知的多种来源得到，或者可以通过已知方法从基因组或cDNA来源得到。在另一实施方案中，用于蛋白质表达谱分析的试剂盒包含对于多肽生物标志组的蛋白质表达谱分析必须的试剂和说明书。因此，在该实施方案中，用于蛋白质表达谱分析的试剂盒包括提供基于一组生物标志的抗体组，用于测量生物样品中的靶多肽水平。对于此类组考虑的一个实施方案包括结合至固体支持物上的抗体组。此外，用于蛋白质表达谱分析的试剂盒中所包含的试剂还使用对所结合多肽的一些部分具有特异性的第二抗体。此类第二抗体可以标记有用于检测和定量所结合多肽的分子。用于诊断试验的方法在本领域众所周知。通常，本公开的诊断试验包括测定个体是否具有变异，或者基因的变体形式或者表达的改变。当使用微流体系统时，可以主要考虑集成系统。这些系统设计在微芯片所包含的玻璃、硅、石英或塑料片上的微通道模式。样品的移动通过跨微芯片不同区域施加的电力、电渗力或流体静力控制。微流体系统可以集成核酸扩增、微量测序、毛细管电泳和检测方法例如激光诱导荧光检测。还考虑将基因表达谱传送到远程位置再分析。例如，与来自第一时间和第二时间的基因表达相关的可检测信号的改变经通讯传送至远程位置用于分析。可检测信号的数字表示形式是可以通过许多种介质传输的。例如，此类数字数据可以通过互联网以加密形式或者公开可得的形式传输。数据可以通过电话线、光缆或许多种电波频率传输。然后通过远程位置的中央处理装置分析数据和/或将数据存档用于数据集编译，所述数据集将被分析以确定例如相对于受试者遗传表达谱历史平均"正常值"的改变。本公开实施方案包括系统(例如基于互联网的系统)，特别是储存和处理对应于可检测信号的数据得到的表达谱的计算机系统。如本文所使用，"计算机系统"指用于分析数字表示形式表达谱或多个谱的硬件构件、软件构件和数据储存构件。计算机系统有代表25性地包括用于加工、访问和处理数据的处理器。处理器可以是任何众所周知类型的中央处理单元。有代表性地，计算机系统是包含处理器、和用于储存数据的一个或更多个内部数据储存部件、和用于检索在数据储存部件所储存数据的一个或更多个数据检索装置的通用系统。技术人员可以容易地理解，任何一个当前可用的计算机系统是适宜的。在一个特定实施方案中，计算机系统包括连接至总线的处理器和一个或更多个内部数据储存装置，例如硬驱和/或在其上记录数据的其他计算机可读介质，所述总线连接至主存储器(优选作为RAM实现)。在一些实施方案中，计算机系统还包括一个或更多个数据检索装置，用于读取储存在内部数据储存装置上的数据。数据检索装置可以表现为例如软盘驱动器、光盘驱动器、磁带驱动器、或者能够连接至远程数据储存系统(例如通过互联网)的调制解调器等等。在一些实施方案中，内部数据储存装置是包含控制逻辑和/或其上所记录数据的可移动计算机可读介质，例如软盘、光盘、磁带等等。计算机系统可以有利地包括适当软件或者通过适当软件程序化控制，所述软件用于在数据存储部件一旦插入到数据检索装置中时即从数据存储部件读取控制逻辑和/或数据。实施例表达组中的基因分为四大组l)APC/b-连环蛋白途径，包括c-myc、细胞周期蛋白Dl和增殖过氧化物酶体活化受体(PPARa，S和Y);2)NF-kB/炎症途径，包括生长相关癌基因(Gro)-a和Y骨桥蛋白(0PN)和集落剌激因子(M_CSF_1)、环加氧酶(C0X)-1和2、白细胞介素-8(IL-8)和细胞因子受体CXCR2;3)细胞周期/转录因子，包括p21、细胞周期蛋白Dl、c-myc、PPARa、S禾口y;禾口4)细胞通讯信号，包括IL-8、PPARa、S禾口y、CXCR2、CD44和0PN。来自直肠乙状结肠或直肠区域的结肠黏膜的活组织检查样品在结肠镜检查过程中从受试者获得。受试者包括带有大多数结肠癌前体的腺瘤性息肉的个体；具有癌症家族病史或自身病史的个体；和充当正常对照的无息肉或家族/自身病史的个体。在所有情况下，活组织检查样品由表观正常的黏膜构成。直肠黏膜样品通过使用小肛门镜的直肠涂片从所有组的个体获得。通过肛门镜将小的刷子插入到直肠内几厘米，并且通过温和的刮取取出细胞。此外，颊黏膜样品通过在口腔内大约3-5厘米(有代表性地在面颊的后面)擦拭口腔得到。从每一组织样品或拭子提取总RNA，并且使用逆转录酶将RNA转化成cDNA。然后使用PCR和设计扩增每一基因的引物测定多种基因的每一基因的表达。图1和2中所示数据证明了通过从受试者口腔获得拭子确定结直肠癌风险或存在的能力。此类拭子技术是有益的并且促进了患者依从性，因为它们与结肠镜、直肠拭子和活组织检查相比产生的不适更少。在大约90个个体，其中37个具有病史的个体、25个有息肉的个体(具有或不具有病史)和23个无息肉、无癌症家族病史或自身病史且无已知的明显上胃肠道问题的对照中，比较了作为组织收集手段的直肠拭子和活组织检查的信息。在该90名患者的研究中，没有原位癌症病例，5个因为结肠癌已安排手术的个体被擦拭。统计学方法使用总体多变量方差分析(AN0VA)，其将不同基因的表达水平之间的相关性考虑进去。该类型分析通过提供基于亚组中所有基因的表达方式在各组间或个体之间是否不同的单一检验控制假阳性率。如果总体检验对于特定个体或特定组是显著的，然后使用单变量检验确定哪些基因促成了总体差异。这通过基于马哈拉诺比斯距离(马氏距离)的分析补充。马氏距离是来自患者的单一基因表达值与来自对照样品池平均值之间的距离的多变量测量。期望马氏距离具有自由度等于基因数量的卡方分布。选择任意的临界点，例如第95百分位数，大多数个体对照值落于其之下。因此，具有高于该标准的马氏样品值的试验受试者可以被认为与对照样品具有显著性差异。可以对每一个体活组织检查样品或从个体取出的拭子，或者对从个体获得的所有样品的基因表达值平均值确定马氏距离值。然后将这些马氏距离值绘图，来自每一样品或者每一个体的值用单一点表示。从这些图表中可以容易地显现方法的敏感性和特异性。敏感性是试验组中高于第95百分位数(在图中表示为水平线)的值的比例，而特异性是试验组中高于该线的个体的所有值的比例。选择马哈拉诺比斯(马氏距离)确定统计学显著性，因为它以单一数值概括任何个体基因表达方式对个体群体的平均值之间的差异，它将每一基因表达的变异性和基因对之间的相关性考虑在内。这允许我们以概率级别确定一种基因表达方式与另一种如何不同。首先，对于每一对照活组织检查样品，计算距其它正常对照活组织检查样品多变量平均值的马氏距离。然后，对于每一活组织检查样品，计算距具有息肉、癌症家族/自身病史的每一个体的马氏距离，其中马氏距离测量距正常对照样品混合平均值的个体多变量距离(即表达方式的差异)。使用该方法，人们可以以任意显著水平，如第95百分位数确定正常对照的上限。这允许分析任何个体试验患者基因表达值与正常对照群体的显著性。图l显示从(从左至右)对照、切除的结肠癌、有家族病史的个体和有息肉的个体得到的活组织检查样品的马氏距离。每一圆圈代表单一组织样品的马氏距离，并且在单一垂直线中的所有圆圈代表来自单一个体的样品。水平线代表对应于正常对照第95百分位数的马氏距离，因此高于该线的任何值与混合的正常对照值在P<0.05的显著性水平存在显著性差异(即结果不同于正常对照的结果)。如所预期，来自对照个体的大多数样品(99/104)落在第95百分位数之下。17个个体中有4个个体至少有一个样品高于该线，17个个体中仅1个个体(1/17)有两个样品高于该线。相比之下，来自切除的结肠癌组织的所有活组织检查样品具有高于第95百分位数的马氏距离值，并且对于6/7的个体，每一值远高于该线(p<0.001)。对于有家族病史的个体和有息肉的个体，一些样品高于第95百分位数，而一些样品低于第95百分位数，但是全部13个有家族病史的个体有至少一个样品高于该线，对于有息肉的个体21/24(87.5%)高于该线。13个有家族病史的个体中有10个个体(77%)具有一个以上活组织检查样品其马氏距离值高于该线，而有息肉的个体中14/24(58%)高于该线。图1B显示针对第二个患者群开展的同样的分析，该患者群包括无息肉或家族/自身病史(对照)、有家族病史的个体、有息肉的个体。结果与较早研究结果类似。所有对照活组织检查样品具有低于第95百分位数的马氏距离值。18个有家族病史的个体中有15个个体(83%)至少一个值高于该百分位数，而4/9(44%)的有息肉个体至少一个值高于该百分位数。图1C显示对取自与图1B所示研究所使用个体相同的个体的直肠涂片样品开展的同样分析。正常对照活组织检查样品除一个以外全部位于或低于第95百分位数。15/17(88%)的具有家族/自身病史的个体至少一个马氏距离值高于第95百分位数，并且13/17(76.5%)至少两个值高于第95百分位数。所有9个有息肉的个体至少一个值高于第95百分位数，并且5/9(56%)的个体至少两个值高于该标准。此外，取自两个个体的已知结肠癌的全部涂片具有远高于第95百分位数的马氏距离值。图2A-B显示基于拭子的相似分析。图2A显示对90名患者开展的每一受试者的16种基因的基因表达值研究，对照倾向于落于95%卡方分布线之下。在最右边可以看到患有癌症的受试者倾向于落在线之上。图2B显示来自21名对照和8名癌症受试者颊部拭子基因分析的95%卡方分布。数据证明颊部拭子和对样品中一组基因的分析可以用于鉴定基因表达谱与正常对照不同的受试者。差异预示着结直肠癌的风险因子。结肠癌是结肠黏膜组织内层中分子和细胞改变进展的结果。虽然这些改变未被完全了解，但是它们伴随着许多基因表达水平的改变。利用该事实，我们先前已经证明来自有息肉、癌症家族/自身病史个体的表观正常结肠黏膜具有不同的表达谱。来自这些研究的组织样品通过结肠镜检查获得，但是在此我们已经证明样品还可以通过直肠涂片获得，直肠涂片是一种无创方法，它可以在任何内科医生办公室快速且廉价地开展，而无需肠准备或麻醉。这些结果表明，人们可以鉴定所有结肠癌病例，并且能以高百分比区分有腺瘤性息肉的个体与无息肉的那些个体。可以建议具有癌症风险的个体进行结肠镜检查，而无此风险的那些个体可以选择避免进行该项昂贵且创伤性过程。已经描述了许多实施方案。然而，应当理解可以在不脱离本说明书精神和范围的情况下做许多修改。因此，其它实施方案处于后附权利要求书的范围内。权利要求诊断无症状受试者中结直肠癌或胃肠炎性疾病或病症的方法，包括(i)从受试者颊部区域收集黏膜上皮细胞；(ii)测量所收集细胞中包含选自SEQIDNO1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41和43的序列的至少两种多核苷酸的表达水平；(iii)比较所述至少两种多核苷酸的表达水平与同样的多核苷酸在正常对照中的水平，其中与正常对照相比表达水平的改变预示着结直肠癌或炎性疾病或病症。2.诊断无症状受试者的结直肠癌或炎性疾病或病症的方法，包括(i)擦拭受试者颊部区域以收集上皮细胞；(ii)测量所收集细胞中包含选自SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41和43的序列的至少两种多核苷酸的表达水平；(iii)比较所述至少两种多核苷酸的表达水平与同样的多核苷酸在正常对照中的水平，其中与正常对照相比表达水平的改变预示着结直肠癌或炎性疾病或病症。3.权利要求1或2的方法，其中至少两种多核苷酸包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种多核苷酸。4.权利要求3的方法，其中至少两种多核苷酸每一种编码选自CXCR2、OPN、C0X1、PPARa、C0X2、IL8、P21、c_Myc，CD44禾卩PPARS的多肽。5.权利要求3的方法，其中改变是表达水平的增加。6.权利要求1或2的方法，其中多种探针用于检测至少两种多核苷酸的表达水平。7.权利要求6的方法，其中多种探针杂交至选自下列的一组多核苷酸(a)包含SEQIDNO:3的第一种多核苷酸和包含SEQIDNO:5的第二种多核苷酸；(b)包含SEQIDNO:3的第一种多核苷酸、包含SEQIDNO:5的第二种多核苷酸和包含SEQIDNO:17的第三种多核苷酸；或(c)包含SEQIDN0:3的第一种多核苷酸、包含SEQIDNO:5的第二种多核苷酸、包含SEQIDNO:9或11的第三种多核苷酸和包含SEQIDNO:17的第四种多核苷酸。8.权利要求6的方法，其中多种探针包含选自SEQIDNO:45-87或88的序列。9.权利要求6的方法，其中多种探针被可检测性标记。10.权利要求8的方法，其中多种探针用于扩增至少两种多核苷酸。11.权利要求1或2的方法，其中炎性疾病或病症选自假膜性结肠炎、出血性结肠炎、溶血尿毒症综合症结肠炎、胶原性结肠炎、缺血性结肠炎、放射性结肠炎、药物和化学诱导的结肠炎、转向性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠易激综合症、过敏性结肠综合症、巴雷特病和克罗恩病。12.权利要求ll的方法，其中克罗恩病选自活动型、顽固型和瘘管型克隆病。13.权利要求l的方法，其中上皮细胞收集通过擦拭受试者颊部区域或直肠区域完成。14.诊断受试者中结直肠癌或炎性疾病或病症的方法，包括(a)将来自受试者的颊或直肠样品与包含SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41或43的至少8个连续核苷酸的至少两种探针接触；禾口(b)定量杂交至所述至少两种探针的多核苷酸分子的数量，其中多核苷酸数量相对于正常对照增加预示着受试者具有结直肠癌或胃肠疾病或病症，并且其中受试者不具有胃肠疾病或病症家族病史或自身病史。15.筛选处于发展成结直肠癌或胃肠疾病或病症风险的受试者的方法，包括(a)将来自受试者的颊或直肠样品与包含SEQIDNO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41或43的至少8个连续核苷酸的至少两种探针接触；禾口(b)定量杂交至所述至少两种探针的多核苷酸分子的数量，其中多核苷酸数量相对于正常对照增加预示着受试者具有发展成结直肠癌或胃肠疾病或病症的风险，并且其中受试者不具有结直肠癌或胃肠疾病或病症家族病史或自身病史。16.权利要求14或15的方法，其中至少两种探针包含三种或更多种探针。17.权利要求14或15的方法，其中至少两种探针包含杂交至下列一组多核苷酸的一组探针(a)SEQIDNO:3禾PSEQIDNO:5;(b)SEQIDNO:3、SEQIDNO:5禾PSEQIDNO:17;或者(c)SEQIDNO:3、SEQIDNO:5、SEQIDN0:9或11、和SEQIDNO:17。18.权利要求14或15的方法，还包括监测受试者的预后，包括监测选自SEQIDNO:l、SEQIDNO:3、SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:9、SEQIDN0:11、SEQIDN0:13禾口SEQIDN0:17的至少两种多核苷酸生物标志的表达谱，其中表达谱在多时间点监测。19.权利要求14或15的方法，其中至少两种探针包含选自SEQIDNO:45-87或88的两种序列。20.权利要求14或15的方法，其中胃肠疾病或病症是炎性疾病或病症选自假膜性结肠炎、出血性结肠炎、溶血尿毒症综合症结肠炎、胶原性结肠炎、缺血性结肠炎、放射性结肠炎、药物和化学诱导的结肠炎、转向性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠易激综合症、过敏性结肠综合症、巴雷特病和克罗恩病。21.权利要求20的方法，其中克罗恩病选自活动型、顽固型和瘘型克罗恩病。22.—种方法，包括(a)提供从受试者颊样品获得的包含多肽的样品；(b)将样品与特异性结合至由选自SEQIDNO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42或44的序列构成的至少两种多肽的至少两种探针接触；禾口(c)测定样品中至少两种多肽的水平，其中多肽数量相对于正常对照的增加预示着受试者具有结直肠癌或胃肠疾病或病症或具有患结直肠癌或胃肠疾病或病症的风险。23.权利要求22的方法，其中样品通过擦拭受试者颊部区域获得。24.权利要求22的方法，其中受试者不具有结直肠癌或胃肠疾病或病症家族病史或自身病史。25.权利要求22的方法，其中至少两种多肽选自CXCR2、OPN、COXl、PPARa、COX2、IL8、P21、c-Myc、CD44禾卩PPARS。26.权利要求22的方法，其中炎性疾病或病症选自假膜性结肠炎、出血性结肠炎、溶血尿毒症综合症结肠炎、胶原性结肠炎、缺血性结肠炎、放射性结肠炎、药物和化学诱导的结肠炎、转向性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠易激综合症、过敏性结肠综合症、巴雷特病和克罗恩病。27.权利要求26的方法，其中克罗恩病选自活动型、顽固型和瘘型克罗恩病。28.权利要求22的方法，其中至少两种探针包含3、4、5、6、7、8、9、10或更多种探针。29.权利要求22的方法，其中探针包含抗体。30.用于开展权利要求1、2、14、15或22的方法的试剂盒。31.权利要求30的试剂盒，包含用于检测包含在SEQIDNO:1、3、5、7、9U1、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、37、39、41或43所述序列的多核苷酸的寡核苷酸探针或引物对。32.权利要求30的试剂盒，包含特异性检测包含在SEQIDNO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42或44所述序列的多肽的试剂。33.权利要求30的试剂盒，包含颊部拭子。34.权利要求30的试剂盒，包含颊部拭子装置。35.—种方法，包括测量受试者颊部拭子中存在的选自CXCR2、OPN、COXl、PPARa、COX2、IL8、P21、c-Myc、CD44和PPARS的至少两个基因的表达谱；禾口传递表达谱至技师或看护者。全文摘要本公开提供用于鉴定受试者对胃肠疾病或病症的易感性的方法和组合物。文档编号C12Q1/68GK101772581SQ200880101222公开日2010年7月7日申请日期2008年5月30日优先权日2007年5月31日发明者南希·M·李,彼得·L·李申请人:加利福尼亚太平洋医学中心