专利名称：用于胃肠癌的生物标志物的制作方法
用于胃肠癌的生物标志物 本申请涉及生物标志物，尤其涉及用于胃肠癌的生物标志物胃肠癌是侵袭胃肠道的组织和器官的一组癌症。胃肠癌的实例包括食道癌、胆囊癌、胃癌(stomach cancer)(胃癌(gastric cancer))、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌。结肠直肠癌包括结肠癌和直肠癌。在美国，一些形式的胃肠癌每年新诊断超过25万例患者。尽管技术有进步，但胃肠癌仍然难以治疗。发明概沭根据本发明的一个方面，提供了胃肠癌特异性的生物标志物，所述的生物标志物包含(i)包含SEQ ID NO 1的核酸序列，或其片段或变体，或者包含所述核酸序列的核酸分子；或者(ii)包含SEQ ID NO :2的氨基酸序列，或其片段或变体，或者包含所述氨基酸序列的氨基酸分子。在这方面，SEQID NO :1 对应于 EngraiIed_2 (EN2)基因(GenBank 参考号NM_001427)的核酸序列，而SEQ ID NO :2对应于由其编码的EN2蛋白(NCBI登录号P19622，gi21903415)。优选地，所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌。优选地，所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。出人意料地，已经发现在胃肠癌中EN2基因显著地上调。EN2基因编码包含同源域的转录因子，该转录因子在包括轴突导向和边界形成的早期发育中具有许多重要功能(综述于Morgan R, (2006). Engrailed Complexity andeconomy of a multi-functional transcription factor. FEBS letters 580，2531—2533，其全部引入本文作为参考)。该转录因子的NCBI/GenBank参考号是NM_001427。尽管没有归因于它的诊断显著性，先前已报道其在乳腺癌中作为癌基因起作用(Martin，N. L.,Saba-El-Leil, Μ. K. , Sadekova, S. , Meloche, S. and Sauvageau, G. (2005)EN-2 is acandidate oncogene in human breast cancer. Oncogene 24,6890-6901,其全部引入本文作为参考)。EN2的基因产物是33kDa的蛋白质(EN2)。优选地，所述其片段或变体包含⑴与SEQ ID NO :1具有至少约50%，或至少约60%，或至少约70%，或至少约75 %，或至少约80 %，或至少约85 %，或至少约90 %，或至少约95 %，或至少约96 %，或至少约97%，或至少约98%，或至少约99%的核酸序列同源性的核酸序列；在严格条件下与其可杂交的核酸序列；和/或与其互补的核酸序列；(ii)与SEQ ID NO :2具有至少约50%，或至少约60%，或至少约70%，或至少约75 %，或至少约80 %，或至少约85 %，或至少约90 %，或至少约95 %，或至少约96 %，或至少约97%，或至少约98%，或至少约99%的氨基酸序列同源性的氨基酸序列；或者(iii)由(i)的核酸序列编码的氨基酸序列。
换句话说，按照上述(iii)部 分，优选的是所述的其片段或变体包含(A)由核酸序列编码的氨基酸序列，其中所述核酸序列与SEQ ID NO :1具有至少约50%，或至少约60%，或至少约70%，或至少约75%，或至少约80%，或至少约85%，或至少约90%，或至少约95%，或至少约96%，或至少约97%，或至少约98 %或至少约99%的核酸序列同源性；(B)由核酸序列编码的氨基酸序列，其中所述核酸序列在严格条件下与以下的核酸序列可杂交与SEQ ID NO: I具有至少约50%，或至少约60%，或至少约70%，或至少约75 %，或至少约80 %，或至少约85 %，或至少约90 %，或至少约95 %，或至少约96 %，或至少约97%，或至少约98%，或至少约99%的核酸序列同源性的核酸序列；或者(C)由核酸序列编码的氨基酸序列，其中所述核酸序列与以下的核酸序列互补与SEQ ID NO 1具有至少约50 %，或至少约60 %，或至少约70 %，或至少约75 %，或至少约80 %，或至少约85 %，或至少约90 %，或至少约95 %，或至少约96 %，或至少约97 %，或至少约98 %或至少约99 %的核酸序列同源性的核酸序列。优选地，所述其片段包含⑴来自SEQ ID NO 2的至少4个，优选地至少5个，优选地至少6个，优选地至少7个，优选地至少8个连续的氨基酸或(ii) SEQ ID NO 1的核酸序列的片段，该片段编码来自SEQ ID NO :2的至少4个，优选地至少5个，优选地至少6个，优选地至少7个，优选地至少8个连续的氨基酸。较长的片段也是优选的，例如，SEQ IDNO 2的至少约10、15、20、25、30、50、75、100、150、200、225以及最多至少约250个氨基酸或相应的SEQ ID NO :1的编码片段。该片段也可以包括具有从N末端和/或C末端缺失X个氨基酸的截短肽。在这些截短中，X可以是SEQ ID NO :2的I个或以上(例如1、2、3、4、5、
6、7、8、9、10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100 个或以上)，但是优选SEQ ID NO :2 的少于150个氨基酸或SEQ ID NO :I的相应编码片段。优选地，所述其片段或变体为其功能性片段或变体。根据本发明的另一个方面，提供了诊断患者中的胃肠癌或鉴定处于患胃肠癌的风险中的患者的方法，所述方法包括(a)在得自患者的样品中，测定癌症特异性生物标志物的量；(b)比较得自患者的样品中测定的该癌症特异性生物标志物的量和正常对照中该癌症特异性生物标志物的量；其中与正常对照中该癌症特异性生物标志物的量相比较，得自患者的样品中该癌症特异性生物标志物的量的差异与胃肠癌的存在相关联或与患胃肠癌的风险相关联，任选地，其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地，其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。根据本发明的再一个方面，提供了监测患者中胃肠癌的进展的方法，所述方法包括(a)测定得自患者的样品中癌症特异性生物标志物的量；(b)比较得自患者的样品中测定的该癌症特异性生物标志物的量和正常对照中该癌症特异性生物标志物的量；和(c)在两个或多个时间间隔内重复步骤(a)和(b)，其中得自患者的样品中癌症特异性生物标志物的量随时间的增加与胃肠癌进展的提高相关联，并且得自患者的样品中癌症特异性生物标志物的量随时间的减少与胃肠癌进展的降低相关联，任选地，其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地，其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。因此，本发明的方法可以用于检测胃肠癌的发病、进展、稳定、改善和/或缓解。优选地，所述对照可以来自相同患者的先前样品，从而监测发病或进展。然而，还优选的是，所述的对照可以是针对群体标准化的，所述的群体尤其是其中没有胃肠癌的健康或正常群体。换句话说，所述对照可以由在来自正常受试者的正常对照样品中发现的生物标志物的水平组成。因此，在本发明的一个实例中，提供了诊断或监测胃肠癌进展的方法，该方法包括检测和/或定量得自患者的生物流体中的癌症特异性生物标志物，任选地其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。如以上所讨论的,优选短暂地间隔(spaced apart temporally),提供至少两个短暂地间隔开(spaced apart temporally)的检测和/或定量步骤。优选地，为了确定癌症特异性生物标志物的水平是否发生变化，使所述步骤的间隔时间为几天、几周、几年或几个月，从而指示癌症的进展是否发生了变化，从而使进行两次或多次样品中的生物标志物水平的对比成为可能，因为生物标志物的水平随时间的提高指示癌症的发生或进展，而生物标志物的水平的下降可以指示癌症的改善和/或缓解。优选地，通过应用“t_检验”确定的生物标志物的水平差异具有统计学上的显著性，所述“t-检验”提供的置信区间为优选地至少约80%，优选地，至少约85%，优选地，至少约90 %，还优选地，至少约95%，优选地，至少约99 %，优选地，至少约99. 95 %，优选地，至少约99. 99%。本发明的生物标志物和方法特别地用于诊断早期癌症，并且在检测早期胃肠癌方面比已知的方法更加敏感。因而当已经使用常规方法检测患者为癌症阴性时，本发明的生物标志物和方法在确认癌症中是特别有用的。治疗的预后和选择依赖于癌症的阶段和患者的一般健康状况。关于食道癌，第O阶段癌症患者患有原位癌，其特征为癌细胞仅涉及食管衬里的细胞的表面层。第I阶段癌症患者所患癌症侵袭食管的表面衬里的下方，但未侵袭入食管的肌肉壁、淋巴结或身体的其他位置。第II阶段癌症患者所患癌症侵袭进入食管的肌肉壁或者超出食管的肌肉壁，但未侵入附近的局部结构(第IIA阶段)。当任何程度的原发癌牵涉到区域淋巴结但未侵袭局部结构时，称为第IIB阶段。第III阶段癌症患者所患癌症侵袭超出食管壁并蔓延至淋巴结和/或侵袭临近结构。第IV阶段癌症患者患有已蔓延至远处部位的转移性癌症。关于胆囊癌，在第O阶段，在胆囊的最深(粘膜)层发现异常细胞。这些异常细胞 可以变成癌症并蔓延至附近的正常组织。第I阶段癌症分为第IA阶段和第IB阶段。在第IA阶段，癌症已蔓延超出最深(粘膜)层至结缔组织或肌肉层。在第IB阶段，癌症已蔓延超出肌肉层至肌肉周围的结缔组织。第II阶段癌症分为第IIA阶段和第IIB阶段。在第IIA阶段，癌症已蔓延超出覆盖胆囊的组织和/或进入肝脏和/或一个附近的器官，例如胃、小肠、结肠、胰腺或肝脏外的胆管。在第IIB阶段，癌症通过以下方式之一蔓延(I)超出最深层蔓延至结缔组织并蔓延至附近的淋巴结；或(2)蔓延至肌肉层和附近的淋巴结；或(3)超出肌肉层蔓延至肌肉周围的结缔组织和附近淋巴结；或(4)超出覆盖胆管的组织和/或进入肝脏和/或进入一个附近的器官，例如胃、小肠、结肠、胰腺或肝脏外的胆管，并进入附近淋巴结。在第III阶段，癌症已蔓延至肝脏中的主要血管或者蔓延至附近器官并且可以蔓延至附近淋巴结。在第IV阶段，癌症已蔓延至附近淋巴结和/或蔓延至远离胆管的器官。关于胃癌，第O阶段癌症患者患有称之为原位癌的癌症，其是仅涉及胃衬里的细胞表层的癌症。第I阶段癌症患者所患癌症侵袭胃衬里的细胞的表面层下方但未侵入胃的肌肉壁。如果没有牵涉到淋巴结或者癌症没有远距离蔓延，则将癌症称为第IA阶段癌症。如果癌症侵袭细胞的表面层下方并且已蔓延至1-6个淋巴结或者侵入胃壁的肌肉内而未侵入区域淋巴结或远距离蔓延，则将其称为第IB阶段癌症。第II阶段癌症患者所患癌症侵入胃的肌肉壁内或者超出胃的肌肉壁但未侵入附近局部组织，或任意程度的原发癌牵涉到区域淋巴结但未侵袭局部结构。第III阶段癌症患者所患癌症蔓延至临近胃的结构和/或区域淋巴结。第III阶段癌症可以进一步分为第IIIA阶段和第IIIB阶段。第IIIA阶段癌症I)侵袭到胃壁的肌肉内及牵涉到7-15个淋巴结，或2)侵袭腹部(腹膜)的衬里， 而未侵袭局部结构，并牵涉到1-6个淋巴结，或3)侵袭临近的局部结构，无淋巴结蔓延。第IIIB阶段癌症侵袭腹部(腹膜)的衬里及牵涉到7-15个淋巴结。第IV阶段胃癌患者所患癌症侵袭临近的结构和淋巴结或已蔓延至远处的部位。关于肝癌，第I阶段癌症在肝脏的一个位置发现并且可以经手术治疗。第II阶段癌症在肝脏中的一个或多个位置发现并且可以经手术治疗。第III阶段癌症已蔓延至肝脏中一个以上的位置和/或蔓延至身体的其他部分。第IV阶段癌症牵涉到整个身体的多个部位。关于胰腺癌，第I阶段癌症是指局限于胰腺的癌症。第II阶段癌症已蔓延至十二指肠、胆管或胰腺周围的脂肪，但未侵袭任何局部淋巴结并且在身体的其他位置检测不到。第III阶段癌症已蔓延至局部淋巴结和主要血管。第IV阶段癌症已蔓延至身体的远处位置，例如肝、肺或包括胃、脾和/或肠在内的临近器官。关于胆管癌，第IA阶段癌症控制在胆管内。第IB阶段癌症已蔓延超出胆管壁但未蔓延至附近淋巴结或其他结构。第IIA阶段癌症已蔓延进入肝脏、胰腺或胆囊或蔓延至临近血管，但未蔓延进入淋巴结。第IIB阶段癌症已蔓延至临近淋巴结中。第III阶段癌症影响将血液输送至肝脏或者从肝脏输出的主要血管，或者其已蔓延至小肠或大肠，胃或腹壁。腹部淋巴结可以受到影响。第IV阶段癌症已蔓延至身体的远处部分，例如肺。关于小肠癌，第I阶段癌症控制在小肠衬里内或蔓延至肌肉壁。第II阶段癌症已蔓延超出肌肉壁并可能到临近器官。第III阶段癌症已蔓延至临近淋巴结。第IV阶段癌症已蔓延至淋巴结和身体的其他部分。关于肛门癌，第I阶段癌症仅影响肛门并且癌症尺寸小于2cm。其尚未开始蔓延至括约肌。第II阶段癌症尺寸大于2cm，但尚未蔓延至临近淋巴结或蔓延至身体的其他部分。第IIIA阶段癌症已蔓延至接近直肠的淋巴结，或者蔓延至附近器官例如膀胱或阴道。第IIIB阶段癌症已蔓延至腹股沟中的淋巴结和骨盆，或蔓延至接近肛门的淋巴结，以及附近器官例如膀胱或阴道。第IV阶段癌症已蔓延至腹部淋巴结或身体的其他部分，例如肝脏。
关于结肠癌，第I阶段癌症未穿透结肠壁进入腹腔，尚未蔓延至任何临近器官或局部淋巴结并且在身体的其他位置检测不到。第II阶段癌症已穿透结肠壁进入腹腔，但未侵袭任何局部淋巴结并且在身体的其他位置检测不到。第III阶段癌症已穿透结肠壁进入腹腔并且侵袭任何局部淋巴结，但在身体的其他位置检测不到。第IV阶段癌症已蔓延至身体的远处位置，该远处位置可以包括肝脏、肺、骨骼、远处淋巴结或其他部位。关于直肠癌，第I阶段癌症限于直肠的衬里。第II阶段癌症已穿透直肠壁，但未侵袭任何局部淋巴结并且在身体的其他位置检测不到。第III阶段癌症已穿透直肠壁并且侵袭一个或多个局部淋巴结，但在身体的其他位置检测不到。第IV阶段癌症已蔓延至身体的远处位置，其可以包括肝脏、肺、骨骼或其他部位。应认识到，如本文中使用的术语“早期”可以认为是指第O阶段、第I阶段和/或第II阶段，如以上所讨论的。关于如本文中使用的“晚期”，应认识到该术语可以认为是指第III阶段和/或第IV阶段。应认识到癌症疾病状态的“早期”和“晚期”的性质可以由医师确定。还设想，可以将它们分别与非转移性和转移性的状态相关联。在一个方面，提供了根据本发明用于检测早期癌症的方法，其中对照和得自患者的样品之间的增长指示早期癌症。优选地，所述的增长为至少约100%，优选地至少约125%，优选地至少约150%，优选地至少约200%，优选地至少约250%，优选地至少约300 %，优选地至少约500 %。还提供了根据本发明用于检测晚期癌症的方法，其中对照和得自患者的样品之间的增长指示晚期癌症。优选地，所述的增长为至少约100%，优选地至少约125%，优选地至少约150 %，优选地至少约200 %，优选地至少约250 %，优选地至少约300 %，优选地至少约500 %，优选地至少约750 %，优选地至少约1000 %。根据本发明又提供了用于监测癌症的阶段变化的方法，其中相对于较早期的样品或对照的增长指示癌症从疾病的较早期进展至较晚期，例如按照以上所描述的癌症具体阶段，从第O阶段至第I阶段、从第I阶段至第II阶段、从第II阶段至第III阶段、从第III阶段至第IV阶段，从早期至晚期，或者从从中间的阶段，例如从第IVA阶段至第IVB阶段。优选地，所述增长为至少约100%，优选地至少约125%，优选地至少约150%，优选地至少约200 %，优选地至少约250 %，优选地至少约300 %，优选地至少约500 %，优选地至少约750%，优选地至少约1000%。优选的是当胃肠癌特异性生物标志物水平是正常对照的至少约2倍，优选地至少约3倍，优选地至少约4倍，优选地至少约5倍，优选地至少约10倍，优选地至少约20倍，优选地至少约30倍，优选地至少约40倍，优选地至少约50倍，优选地至少约75倍，优选地至少约100倍时，指示存在胃肠癌或者存在患胃肠癌的风险。本发明还提供了用于监测胃肠癌的治疗的疗效的方法，所述方法包括检测和/或定量得自患者的生物样品中癌症特异性生物标志物的存在，任选地，其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。 优选地，本发明的方法中癌症特异性生物标志物的检测和/或定量通过以下方式中的一种或多种进行MALDI-TOF、SELDI、通过与一种配体或多种配体相互作用、I-D或2-D的基于凝胶的分析系统、液相色谱、包括ICAT(R)或iTRAQ(R)的液相色谱和质谱联用技术、薄层色谱法、NMR光谱法、夹心免疫分析、酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定(RAI)、酶免疫测定(EIA)、侧向流/免疫层析试纸条检测法、免疫印迹、免疫沉淀和基于颗粒的免疫分析以及组织切片上进行的免疫组织化学，所述基于颗粒的免疫分析包括使用金、银或乳胶颗粒，磁性颗粒或量子点(Q-dots)。优选地，所述癌症特异性生物标志物的检测和/或定量在微滴定板、条格式(strip format)、阵列或芯片上进行。优选地，所述癌症特异性生物标志物的检测和/或定量通过ELISA进行，所述ELISA包含对癌症特异性生物标志物有特异性的抗体，优选地所述的抗体与报道分子连接。优选地，所述癌症特异性生物标志物的检测和/或定量通过生物传感器进行。优选地,所述样品包括得自患者的生物流体或组织。优选地，所述生物流体或组织 包括细胞流体、腹水、尿液、粪便、胰腺流体、在内窥镜检查过程中得到的流体、血液或唾液。在优选的实施方案中，所述样品包括得自患者的粪便、在内窥镜检查过程中得到的流体、血液或胰腺流体。还优选的是所述的生物流体大体上或完全地不含完整的/未受损伤的细胞。优选地，所述的生物流体不含血小板和细胞碎片(例如细胞溶解所产生的细胞碎片)。优选地，所述的生物流体不含原核细胞和真核细胞两者。此类样品可以通过本领域中已知的许多方式获得，如对于本领域技术人员来说显而易见的方式。例如，尿液和粪便样品可容易地得到，而血液、腹水、血清或胰腺流体样品可以通过使用例如针和注射器经胃肠外获得。不含细胞或基本上不含细胞的样品可以通过将样品经过本领域技术人员已知的各种技术，包括但不限于离心和过滤来获得。虽然一般优选的是不使用创伤的技术获取样品，但仍可以优选地通过例如组织匀浆物、组织切片和活检标本获得样品。本发明的另一个方面涉及治疗胃肠癌患者的方法，所述方法包括向患者给予治疗有效量的(i)本发明的生物标志物或者(ii)抗体或其片段，所述抗体或其片段特异性地结合于本发明的生物标志物，任选地其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。本发明的又一个方面涉及对患者中的胃肠癌成像的方法，所述方法包括向患者给予抗体或其片段，所述抗体或其片段特异性地结合于本发明的生物标志物，任选地其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。优选地,所述抗体与可检测标记如突光标记或标签结合。优选地，所述抗体是单克隆抗体。优选地，所述抗体与生长抑制剂结合。优选地，所述抗体与细胞毒性剂结合，所述细胞毒性剂例如毒素(例如免疫毒素)、抗生素、水解酶或放射性同位素。本发明的再一个方面涉及组合物，所述组合物包含本发明的生物标志物或抗体或其片段，所述抗体或其片段结合于本发明的生物标志物。优选地，所述组合物是药物组合物。
本发明还提供了疫苗，所述疫苗包含本发明的生物标志物或抗体或其片段，所述抗体或其片段结合于本发明的生物标志物。本发明的又一个方面涉及癌症特异性标志物作为胃肠癌的生物标志物的用途，所述癌症特异性标志物在体液中可检测到，任选地其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。优选地，所述用途为选自以下的方法中的用途临床筛选、预后评估的方法、监测治疗结果、鉴定对于特定的治疗处理最有可能做出反应的患者的方法以及药物的筛选和开发。本发明的又一个方面涉及(i)本发明的生物标志物或(ii)抗体或其片段在制备用于治疗胃肠癌的药物中的用途，所述抗体或其片段特异性结合于本发明的生物标志物，任选地其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。还提供了组合物，所述组合物包含(i)本发明的生物标志物或(ii)抗体或其片段，所述抗体或其片段特异性结合于本发明的生物标志物，任选地其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。本发明的又一个方面涉及特异性结合于本发明的生物标志物的抗体或其片段，所述的抗体或其片段用于对患者中的胃肠癌成像的方法，任选地其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地，其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。在优选的实施方案中，本发明的方法和组合物用于早期，例如疾病的症状出现之前的疾病的治疗或诊断。在一些实施方案中，本发明的方法和组合物用于临床阶段的疾病的治疗或诊断。根据本发明的另一个方面，提供了试剂盒，所述试剂盒用于以上所述的方法或用途，其中所述试剂盒包括能够结合或特异性识别癌症特异性生物标志物的配体，所述配体在体液和报告装置中可检测到。优选地，所述试剂盒是阵列或芯片。优选地，所述试剂盒包括微滴定板、测试条、阵列或芯片。发明详述
现参考附图
来描述本发明的示例性实施方案。图I显示了以下实施例I中进行的实验结果；图2显示了以下实施例2中进行的实验结果；图3显示了 EN2的核酸序列(SEQ ID NO 1);和图4显示了 EN2的氨基酸序列(SEQ ID NO :2)。本发明涉及胃肠癌特异性生物标志物，优选地其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。在本说明书中，将术语“包含(comprises) ”和“包含(comprising) ”解释为指“除了其他的以外，包括”。无意于将这些术语解释为“仅由...组成”。在本说明书中，术语“约”意思是加或减20 %，更有选地加或减10 %，甚至更有选地加或减5 %，最优选地加或减2 %如本文所使用的，术语“治疗有效量”表示为了降低由所讨论的疾病(disease inquestion)引起的至少一种状况或症状的严重程度和/或改善由所讨论疾病引起的至少一种状况或症状，所需要的组合物的量。在本说明书中，实施方案按照能使所撰写的说明书能够清楚和简要的方式来进行描述，但期待并且应认识到的是，在不脱离本发明的前提下，可以将实施方案进行多种组合或分离。例如应认识到，在胃肠癌的所有情况下，优选的特征是其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。对于临床应用，将根据本发明的化合物或其前药形式配制为与预期的给药途径相容的药物制剂，所述给药途径例如经口服给药、直肠给药、胃肠外给药或其他给药方式给药。通常通过将活性物质与常规的药学上可接受的稀释剂或载体混合来制备药物制剂。如本文所用使用的，术语“药学上可接受的载体”意欲包括任意和所有与药物给药相容的溶齐U、分散介质、包衣、抗细菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。药学上可接受的稀释剂或载体的实例为水、明胶、阿拉伯胶、乳糖、微晶纤维素、淀粉、羧甲淀粉钠、磷酸氢钙、硬脂酸镁、滑石粉、胶态二氧化硅等。用于药学上有活性的物质的该介质和试剂的应用在本领域中是熟知的。除非任何常规介质或试剂与活性化合物不相容，其在组合物中的应用是预期的。该制剂也可以包含其他药理活性剂和常规添加剂，所述常规添加剂例如稳定剂、润湿剂、乳化剂、调味剂、缓冲剂等。所述的制剂还可以通过已知的方法制备，例如造粒、压缩、微胶囊化、喷涂等。可以通过常规方法，以片剂、胶囊剂、颗粒剂、粉末、糖浆剂、混悬剂、栓剂或注射剂的剂型，制备所述制剂。液态制剂可以通过将活性物质溶解或悬浮于水或其他适宜的载体中来制备。片剂和颗粒剂可以采用常规方式涂覆。用于经胃肠外、皮内或者皮下应用的溶液或悬液可以包含以下的组分无菌稀释剂如注射用水、盐溶液、非挥发性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或者其他的合成溶剂；抗细菌剂如苯甲醇或对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂如抗坏血酸或重亚硫酸钠；螯合剂如乙二胺四乙酸；缓冲剂如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐以及渗涨度调节剂如氯化钠或葡萄糖。可以使用酸或者碱例如盐酸或者氢氧化钠调节pH。胃肠外制剂可以装入安瓿瓶、一次性注射器或者玻璃或塑料制成的多次给药小瓶中。适用于注射使用的药物组合物包含无菌的水溶液(在水溶性的情况下)或者分散剂和用于临时制备无菌的可注射溶液或分散剂的无菌粉末。对于静脉给药，合适的载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor ELTM(BASF, Parsippany, NJ)或者磷酸盐缓冲液(PBS)。在所有的情况下，组合物必须是无菌的，并且应流体化到可容易地注射的程度。其必须在制备和储存的条件下稳定，并且必须对例如细菌和真菌等微生物的污染现象具有保护。所述的载体可以是溶剂或者分散介质，其含有例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液态的聚乙二醇等等)以及其适合的混合物。可以通过使用如卵磷脂的涂料，在悬浮剂的情况下通过保持所需要的颗粒大小，以及通过表面活性剂的使用来保持合适的流动性。微生物作用的预防可以通过多种抗细菌和抗真菌剂来实现，抗细菌和抗真菌剂例如对羟基本甲酸酯、氯丁醇、苯酹、抗坏血酸、硫柳萊(thimerosal)等等。在多种情况下,优选的是在组合物中包括等渗剂，如糖，多元醇如甘露醇、山梨醇、氯化钠。可注射的组合物的延长吸收可以通过在组合物中包括延迟吸收的试剂例如单硬脂酸铝和明胶来实现。无菌的可注射溶液可以通过将需要量的活性化合物(例如根据本发明的实施方案的化合物)，根据需要与以上列举的一种成分或这些成分的组合一起合并到适合的溶剂中来制备，随后进行无菌过滤。一般地，分散剂是通过将活性化合物合并到无菌载体中来制备的，所述的无菌载体含有基础分散介质以及需要的来自前文所列举的其他成分。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末的情况下，优选的制备方法是真空干燥和冻干，其产生来自此前经无菌过滤的溶液的活性成分与任意其他需要的成分的粉末。口服组合物通常地包括惰性的稀释剂或者可食用的载体。其可以装入明胶胶囊中或者压制成片剂。为了口服治疗给药的目的，可以将活性化合物与赋形剂合并，并且以片齐U、锭剂或者胶囊剂的形式使用。口服组合物也可以使用用作漱口剂的流体载体制备，其中在流体载体中的化合物经口应用，漱后吐出或者吞下。药学上相容的粘合剂，和/或佐剂物质可以作为组合物的部分包括在内。所述的片剂、丸剂、胶囊剂、锭剂等等可以含有任意的 下列组分，或者具有类似性质的化合物粘合剂如微晶纤维素、黄蓍胶或明胶；赋形剂如淀粉或乳糖；崩解剂如褐藻酸、Primogel或者玉米淀粉；润滑剂如硬脂酸镁或者Sterotes ;助流剂如胶态二氧化硅；甜味剂如蔗糖或糖精；或者调味剂如薄荷油、水杨酸甲酯或橙香精。对于通过吸入给药，化合物以气雾喷雾的形式进行递送，所述的气雾喷雾来自加压容器或分配器或喷雾器，所述的加压容器或分配器含有合适的推进剂如气体，例如二氧化碳。全身性给药也可以通过透过粘膜或者透过真皮的方式进行。对于经粘膜给药或者经皮给药，在制剂中使用适于渗透屏障的渗透剂。该渗透剂在本领域中一般是已知的，并且包括，例如对于经粘膜给药，去垢剂、胆汁盐和夫西地酸衍生物。可以通过使用经鼻喷雾或者栓剂来实现经粘膜给药。对于经皮给药，将活性化合物配制成本领域中一般而言已知的软膏、药膏、凝胶或乳霜。化合物还可以制备成栓剂的形式(例如与常规的栓剂基质如可可脂和其他的甘油酯一起)或者为了直肠递送制备成保留灌肠剂(retention enemas)。在一个实施方案中，将活性化合物与将保护该化合物不从体内快速消除的载体一起进行制备，如控释制剂，包括植入物和微胶囊化的递送系统。可以使用生物可降解的、生物相容的聚合物，所述的聚合物如乙烯醋酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、胶原蛋白、聚原酸酯和聚乳酸。用于制备该制剂的方法对于本领域的技术人员而言是显而易见的。该材料也可以商购得自Alza Corporation和Nova Pharmaceuticals Inc。脂质体悬浮液(包括革巴向受感染的细胞的，具有针对病毒抗原的单克隆抗体)也可以用作药学上可接受的载体。这些可以根据本领域技术人员已知的方法进行制备。为了便于给药和便于保持剂量的均匀，尤其有利的是将经口服或经胃肠外的组合物按照剂量单位形式进行配制。在本文中使用的剂量单位形式指对所治疗的受试者而言，适用作单一剂量的物理上分离的单元；每个单元含有与所需要的药物载体结合的、经计算产生想要的治疗效果的预先确定量的活性化合物。活性化合物的独特性质和将要达到的具体治疗效果，以及将该活性化合物混配用于治 疗个体的领域中的固有限制规定并直接决定了本发明的剂量单位形式的规格。该化合物的毒性和疗效可以通过标准药物规程在细胞培养物中或试验动物中进行测定，例如，测定LD50(对于50%的群体致死的剂量)和ED50(对于50%的群体在治疗上有效的剂量)。毒性和治疗效果之间的剂量比是治疗指数，并且其可以表示为LD50/ED50的比值。显示出大的治疗指数的化合物是优选的。尽管显示出毒副作用的化合物可以使用，但应仔细设计递送系统，该系统将该化合物靶向到所影响的组织，从而使对未感染的细胞的潜在损伤最小化，从而减少副作用。从细胞培养物检测和动物研究中所得到的数据可以用于配制多个用于人的剂量。该化合物的剂量优选地位于循环浓度范围内，该循环浓度范围包括具有很小的或没有毒性的ED50。所述的剂量可以依据所采用的剂型和所使用的给药途径在此范围内变化。对于本发明的方法中使用的任意化合物，治疗上有效的剂量可以最初从细胞培养物检测中进行估计。可以在动物模型中配制一定的剂量从而达到循环血浆浓度范围，所述的循环血浆浓度范围包括在细胞培养物中所测定的IC50(即达到症状的半数最大抑制的测试化合物的浓度)。该信息可以用于更准确地确定用于人的剂量。可以通过例如高效液相色谱法来测定血浆中的水平。药物组合物可以与使用说明书一起包括于容器、包装或分配器中。在本说明书中，如本领域中已知的，“同源性”是两个或多个多肽序列或者两个或多个多核苷酸序列之间的关系，该关系是通过比较其序列进行确定的。在本领域中，“同源性”还表示在多肽或多核苷酸序列之间序列相关的程度，在这一情况下其可以是该序列的链之间的匹配所确定的。百分比同源性可以按照已知的方法容易地计算，所述的方法包括，但不限于以下所描述的那些Computational Molecular Biology, Lesk, A. M. , ed. , OxfordUniversity Press, New York,1988 ；Biocomputing Informatics and Genome Projects,Smith, D. ff. , ed. , Academic Press, New York, 1993 ；Computer Analysis of SequenceData, Part I, Griffin, A.M.,和 Griffin, H. G. , eds. , Humana Press, New Jersey, 1994 ；Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G. , Academic Press, 1987 ;以及Sequence Analysis Primer, Gribskov, M.和 Devereux, J. ,eds.,M Stockton Press, NewYork, 1991 ;以及 Carillo，H.，和 Lipman’D. ,SIAM J. Applied Math. ,48 :1073 (1988)，其全部引入本文作为参考。用于测定同源性的优选的方法设计为在测试的序列之间提供最大的匹配。用于测定同源性的方法在公开可获得的计算机程序中被代码化。用于测定两个序列之间的百分比同源性的优选的计算机程序方法包括，但不限于CPG程序包(Devereux，J.，等人，Nucleic Acids Research 12(1) :387 (1984)，其全部引入本文作为参考)、BLASTP、BLASTTN 和 FASTA (Atschul，S. F.等人，J. Molec. Biol. 215 :403-410 (1990)，其全部引入本文作为参考)。BLAST X程序可从NCBI和其他来源公开得到(BLAST Manual，Altschul，S.，等人，NCBI NLM NIH Bethesda, Md. 20894 ；Altschul, S.，等人，J. Mol. Biol. 215 403-410(1990)，其全部引入本文作为参考)。作为说明，与“SEQ ID NO :A”的参考核苷酸序列具有至少例如95%的“同源性”的核苷酸序列的多核苷酸意图表不该多核苷酸的核苷酸序列与参考序列相同，除了在“SEQ ID NO :A”的参考核苷酸序列的每100个核苷酸中，多核苷酸序列可以包括至多5个点突变以外。换言之，为了得到与参考核苷酸序列相比具有至少95%同源性的核苷酸序列的多核苷酸，可以将参考序列中至多5%的核苷酸缺失或使用另一核苷酸取代，或者可以将参考序列的总核苷酸的至多5%的多个核苷酸插入到参考序列中。参考序列的这些突变可以发生在参考核苷酸序列的5’或者3’末端位置，或者在那些末端位置之间的任意位置，单个地散布于参考序列的核苷酸之间，或者位于参考序列内的一个或多个连续组中。类似地，具有与“SEQ ID NO :B”的参考氨基酸序列具有至少例如95%的同源性的氨基酸序列的多肽意图表示该多肽的氨基酸序列与参考序列相同，除了在“SEQ ID NO :B”的参考氨基酸序列的每100个氨基酸中，多肽序列可以包括至多5个氨基酸的改变以外。换言之，为了得到与参考氨基酸序列相比具有至少95%同源性的氨基酸序列的多肽，可以将参考序列中至多5 %的氨基酸残基缺失或使用另一氨基酸取代，或者可以将至多参考序列的总氨基酸残基的之多5%的多个氨基酸插入到参考序列中。参考序列的这些改变可以发生在参考氨基酸序列的氨基或者羧基末端的位置，或者在那些末端位置之间的任意位置，单个地散布于参考序列的氨基酸之间，或者位于参考序列内的一个或多个连续的组中。如本文所使用的，术语“在严格条件下杂交”意图描述用于杂交和洗涤的条件，在该条件下编码受体的、彼此具有至少50%同源性的核苷酸序列通常保持与彼此杂交。该条件可以使得至少约65%，至少约70%，或者至少约75%或者更高的彼此同源性的序列通常保持与彼此杂交。该严格的条件对于本领域的技术人员而言是已知的，并且可以在CurrentProtocols in Molecular Biology, John ffiley&Sons, N. Y. (1989),6. 3. 1-6. 3. 6 中找到，其全部引入本文作为参考。严格的杂交条件的一个实例是用6X的氯化钠/柠檬酸钠(SSC)在约45°C下进行杂交，随后用0. 2X SSC、0. 1% SDS于50_65°C下洗涤一次或多次。在一个实施方案中，在严格的条件下与SEQ ID NO :1的序列杂交的经分离的受体核酸分子对应于天然存在的核酸分子。如本文中所使用的，“天然存在的”核酸分子是指具有在自然界中存在(例如，编码天然蛋白质)的核苷酸序列的RNA或者DNA分子。在本说明书中，“抗体或抗体片段”是指无论是否来源于自然地产生抗体的任何物种或者由重组DNA技术生成的；无论是否分离自血清、B-细胞、杂交瘤、转染瘤、酵母或细菌的抗体(例如IgG、IgM、IgA、IgD或IgE)或片段(例如Fab、F(ah' ) 2、Fv、二硫化物连接的Fv、scFv、闭合式构象的多特异性抗体、二硫化物连接的scFv、双抗体(diabody))。在本说明书中，术语“治疗”表示存在的疾病的治疗和/或为了预防疾病的发生而进行的预防性治疗。从而本发明的方法可以用于疾病的治疗、预防，进展的抑制或者延迟疾病的发生。术语“生物标志物”在本领域中广泛使用并且表示过程、事件或条件的明显的生物的或者生物上得到的指示剂。换句话说，生物标志物指示某些生物状态例如癌组织的存在。在一些情况下，不同形式的生物标志物可以指示某些疾病状态，但不受理论的束缚，认为在体液如腹水中，仅在本发明生物标志物存在升高的水平时指示胃肠癌。尽管当前未设想，例如分泌EN2肽的不同的糖型(glycoform),但这些也由本发明所涵盖。例如，EN2的不同的糖型，如改变的糖型结构或糖含量仍旧可以确定，但这些涵盖并且甚至也可以指示胃肠癌的进展。还设想了 EN2肽或其片段的截短、突变或缺失或者与EN2肽或其片段的连接。
如以上所讨论的，出人意料地发现，EN2基因在妇科肿瘤中的表达与在正常组织中的表达相比具有显著性增加。此外，在胃肠癌患者的腹水中发现了 EN2。认为，由于损伤的细胞或死亡细胞的渗漏，EN-2可以分泌到体液中或者可以在体液中检测到。这种增加的水平指示早期和晚期胃肠癌。在对照或正常水平与早期胃肠癌之间具有显著性上升的同时，在早期和晚期胃肠癌之间仍具有非常显著性的上升。总地来说，本发明的优点是可以检测癌症的的本质以及也可以检测癌症的状态。这有助于对适当的疗法的预后和规定。本发明的又一个优点是可以在不借助于令人不愉快和潜在有害的侵入性程序的情况下提供准确的诊断，其中所述令人不愉快的和潜在地有害的侵袭性程序也可能是不准确的。此外，本发明尤其灵敏。优选地，本发明的方法可以在任何其他检测方法之前和癌症的明显症状出现之前检测到癌症的发病。因此，可以在其更容易受该治疗的影响并且不太 可能进入转移阶段的早期治疗癌症。本发明的生物标志物可以用于诊断的方法例如临床筛查和预后评估的方法中，从而监测治疗的结果、鉴定最可能对特定治疗处理有反应的患者、进行药物筛选和开发。此夕卜，本发明的生物标志物和其用途对于新的药物治疗的鉴定和对于药物治疗的新靶点的发现有价值。术语“诊断”涵盖对于胃肠癌的存在或不存在以及其发育阶段，例如早期或晚期或者良性癌症或转移性癌症的鉴定、确认和表征。
实施例实施例I我们使用提取自胰肿瘤、肾肿瘤、卵巢肿瘤、宫颈肿瘤和结肠直肠肿瘤以及来自相关器官和组织的正常组织的总RNA，通过RT-PCR，研究了 EN2基因的表达。所述的RNA得自Ambion Inc, USA,其现在是Invitrogen Ltd.的部分。这些RNA的产品编码是胰腺-肿瘤AM7229，正常组织AM7954肾脏-肿瘤/正常组织集AM7252
宫颈-肿瘤/正常组织集AM7276卵巢-肿瘤/正常组织集AM7256结肠直肠癌-肿瘤/正常组织集AM7236此外，我们还从得自急性髓细胞白血病(AML)的细胞系KG-I和健康志愿者捐赠的外周血液单核细胞(PBMC)中提取了总RNA。RT-PCR 方法使用RNeasy迷你试剂盒(Qiagen, Crawley, UK),按照生产商的说明书进行RNA提取。首先通过加热至65°C保持5分钟使RNA变性。将I μ g的RNA与最终浓度为IOmM DTT、ImM dNTP的混合物以及100ng/ml聚T引物，200单位的反转录酶(Invitrogen,USA)和40单位的RNaseOUT(Invitrogen，USA) —起以50 μ I体积在37°C下温育I小时。通过将管置于80°C下五分钟来终止cDNA的合成反应。使用Stratagene MX4000 Real Time PCR机进行RT-PCR，通过SYBR绿色荧光在反应指数期测定PCR产物的累积。将EN2的表达相对于β肌动蛋白基因的表达进行计算，所述的β肌动蛋白基因表达在许多细胞类型中相对恒定。QPCR引物序列β肌动蛋白(人)HsBeta-ActinF :5，ATGTACCCTGGCATTGCCGAC 3，(SEQ ID NO 3)
HsBeta-ActinR :5’ GACTCGTCATACTCCTGCTTG 3’ (SEQ ID NO :4)EN2(人)HsEN2F:5，GAACCCGAACAAAGAGGACA 3，(SEQ ID NO :5)HsEN2R:5，CGCTTGTTCTGGAACCAAAT 3’ (SEQ ID NO :6)EN2在肿瘤和正常组织中的表达RT-PCR的结果汇总于图I中。误差线表示标准偏差(η = 5)。P值表示数值中的显著性差异Z-P < O. 05,**-ρ < O. 01。结果显示，与正常细胞相比，对于除了 AML之外的所有癌症，ΕΝ2強烈表达。实施例2
胰腺癌中ΕΝ2蛋白的免疫组织化学(ICH)检测除了实施例I显示的结果以外，我们还显示了 ΕΝ2蛋白存在于胰腺肿瘤中但在周围正常组织中不存在。这可以通过比较已知的胰腺癌标记Maspin和ΕΝ2在胰腺肿瘤切片中的染色来实现，其显示了非常高程度的重叠，及在非肿瘤细胞中具有极少的ΕΝ2染色(图2)。图2显示了经过胰腺肿瘤的切片。使用胰腺癌特异性抗原(Maspin)染色肿瘤细胞。还使用荧光标记的抗-ΕΝ2染色相同的切片。合并的图像显示了几乎完全相同的染色图案。放大率Χ60。ICH方法如下地进行。胰腺肿瘤切片-对ΕΝ2的酶染色I.使用100%ニ甲苯对载玻片进行脱蜡5分钟，换液三次2.在100%こ醇中洗涤两次3. O. 3% 甲醇 /H2O2 (300ml 甲醇 +900 μ I H2O2)中 20 分钟4.用70%和50%的系列的こ醇再水化5.用蒸馏水漂洗载波片5分钟6.在ρΗ6. O的沸腾柠檬酸缓冲液中温育载波片12分钟*7.使切片静置冷却2个小时8.用蒸馏水清洗3分钟9.用PBS清洗两次，每次3分钟10.在潮湿室内，用马血清在1% PBS/BSA中2. 4%的溶液温育切片15分钟。(封闭血清需采自2 ° Ab相同的物种)。11.在潮湿室内，在室温下用1°抗体(Abeam山羊-抗ΕΝ2)温育过夜；12.用PBS清洗3次，每次3分钟。13.用稀释的生物素化“通用的”ニ杭。14.用PBS清洗3次，每次3分钟。15.用 VECTASTAIN R. T. U. ABC 试剂温育切片 30 分钟。16.用PBS清洗3次，每次3分钟。17.在过氧化物酶底物溶液中温育切片直至发展为需要的染色強度18.(使用DAB溶液冲，每个切片10分钟)19.用蒸馏水清洗切片。
20.复染，(苏木精QS :100 μ I/载玻片，最多45秒)并将载玻片放回流动的自来水中21.将载玻片在成系列的こ醇(50%、70%、100% )和ニ甲苯1、2、3中脱水，将各个载玻片快速浸入。22.使用VectaMount封固培养基封固载玻片并在室温下储存载玻片用O. OlM柠檬酸缓冲液ρΗ6. O回收经微波的抗原*I.由储备液制备O. OlM柠檬酸缓冲液用蒸馏水I : 10稀释2.测量pH并用O. IM柠檬酸缓冲液调节至pH 6. O3.将IL柠檬酸缓冲液注入到塑料容器中并微波20分钟 4.将置于架上的切片加至沸腾的柠檬酸缓冲液中并微波进ー步处理20分钟制备O. 3% H2O2:300ml 甲醇900 μ I H2O2 (30% )过氧化氢酶由imPACT DAB制备过氧化氢酶底物血清Iml稀释液和I滴发色团(Chromogen)应当理解，本文所描述的对于本发明优选的实施方案的多种改变和修改对于本领域的技术人员而言是显而易见的。可以在不脱离本发明的精神和范围的情况下以及在不减少其伴随的优点的情况下进行改变和修改。因此期待该改变和修改由所附的权利要求所覆
至JHL ο
权利要求
1.一种胃肠癌特异性生物标志物，其包含 (i)包含SEQID NO :1的核酸序列，或其片段或变体，或包含所述核酸序列的核酸分子；或者 (ii)包含SEQID NO :2的氨基酸序列，或其片段或变体，或包含所述氨基酸序列的氨基酸分子。
2.根据权利要求I所述的生物标志物，其中所述的其片段或变体包含 (i)与SEQID NO: I具有至少约50%，或至少约60%，或至少约70%，或至少约75%，或至少约80%，或至少约85%，或至少约90%，或至少约95%，或至少约96%，或至少约97%，或至少约98%，或至少约99 %的核酸序列同源性的核酸序列；在严格条件下与其可杂交的核酸序列；和/或与其互补的核酸序列；(ii)与SEQID NO :2具有至少约50%，或至少约60%，或至少约70%，或至少约75%，或至少约80%，或至少约85%，或至少约90%，或至少约95%，或至少约96%，或至少约97%，或至少约98%，或至少约99 %的氨基酸序列同源性的氨基酸序列；或者 (iii)由(i)的核酸序列编码的氨基酸序列。
3.根据权利要求I或2所述的生物标志物，其中所述的其片段包含(i)来自SEQIDNO 2的至少4个，优选地至少5个，优选地至少6个，优选地至少7个，优选地至少8个连续的氨基酸或者(ii)SEQ ID ΝΟ1的核酸序列的片段，所述SEQ ID ΝΟ1的核酸序列的片段编码来自SEQ ID NO 2的至少4个，优选地至少5个，优选地至少6个，优选地至少7个，优选地至少8个连续的氨基酸。
4.根据前述任一项权利要求所述的生物标志物，其中所述的其片段或变体是其功能性片段或变体。
5.根据前述任一项权利要求所述的生物标志物，其中所述的生物标志物选自食道癌特异性生物标志物、胆囊癌特异性生物标志物、胃癌特异性生物标志物、肝癌特异性生物标志物、胰腺癌特异性生物标志物、胆管癌特异性生物标志物、小肠癌特异性生物标志物、结肠直肠癌特异性生物标志物和肛门癌特异性生物标志物，任选地，其中所述结肠直肠癌特异性生物标志物选自结肠癌特异性生物标志物和直肠癌特异性生物标志物。
6.一种用于诊断患者中的胃肠癌或者用于鉴定处于患胃肠癌的风险中的患者的方法，所述方法包括 (a)在得自患者的样品中，测定根据前述任一项权利要求所述的癌症特异性生物标志物的量； (b)比较来自患者的样品中测定的该癌症特异性生物标志物的量与正常对照中该癌症特异性生物标志物的量； 其中来自患者的样品中癌症特异性生物标志物的量与正常对照中癌症特异性生物标志物的量相比较的差异与胃肠癌的存在相关联或者与患胃肠癌的风险相关联。
7.根据权利要求6所述的方法，所述方法用于检测早期癌症，其中在对照和得自患者的样品之间的增加指示早期癌症。
8.根据权利要求6所述的方法，所述方法用于检测早期癌症，其中在对照和得自患者的样品之间的增加指示晚期癌症。
9.一种用于监测患者中胃肠癌的进展的方法，所述方法包括(a)在得自患者的样品中，测定根据权利要求I至5中任一项所述的癌症特异性生物标志物的量； (b)比较来自患者的样品中测定的该癌症特异性生物标志物的量和正常对照中该癌症特异性生物标志物的量；和 (C)在两个或多个时间间隔内重复步骤(a)和(b)， 其中来自患者的癌症特异性生物标志物的量随时间的增加与胃肠癌进展的上升相关，并且来自患者的癌症特异性生物标志物的量随时间的减少与胃肠癌进展的降低有关。
10.根据权利要求9所述的方法，所述方法用于监测癌症阶段的变化，其中相对于早期样品或对照的增加指示癌症从疾病的早期进展至晚期。
11.一种用于监测胃肠癌治疗的疗效的方法，其包括在得自患者的样品中，检测和/或定量根据权利要求I至5中任一项所述的癌症特异性生物标志物的存在。
12.根据权利要求6至11中任一项所述的方法，其中所述样品包括得自患者的生物流体或组织。
13.根据权利要求12所述的方法，其中所述生物流体或组织包括血液、尿液、在内窥镜检查过程中得到的流体、胰腺流体或粪便。
14.一种治疗胃肠癌患者的方法，所述方法包括向患者给予治疗有效量的(i)根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物或者(ii)抗体或其片段，所述抗体或其片段特异性地结合于根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述抗体与细胞毒性剂结合。
16.一种用于对患者中的胃肠癌成像的方法，所述方法包括向患者给予抗体或其片段，所述抗体或其片段特异性地结合于根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物。
17.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述抗体与可检测标记结合。
18.根据权利要求6至17中任一项所述的方法，其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地，其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。
19.一种组合物，其包含根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物或者抗体或其片段，所述抗体或其片段结合于根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物。
20.一种药物组合物，其包含根据权利要求19所述的组合物。
21.一种胃肠癌疫苗，其包含根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物。
22.根据权利要求21所述的胃肠癌疫苗，所述胃肠癌疫苗选自食道癌疫苗、胆囊癌疫苗、胃癌疫苗、肝癌疫苗、胰腺癌疫苗、胆管癌疫苗、小肠癌疫苗、结肠直肠癌疫苗和肛门癌疫苗，任选地，其中所述结肠直肠癌疫苗选自结肠癌疫苗和直肠癌疫苗。
23.根据权利要求I至5中任一项所述的癌症特异性生物标志物作为胃肠癌的生物标志物的用途，所述癌症特异性生物标志物在体液中可检测到。
24.(i)根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物或者(ii)特异性地结合于根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物的抗体或其片段在制备用于治疗胃肠癌的药物中的用途。
25.根据权利要求23或24所述的用途，其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地，其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。
26.一种组合物，其包含(i)根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物或者(ii)特异性地结合于根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物的抗体或其片段，其中所述组合物用于胃肠癌的治疗。
27.根据权利要求26所述的组合物，其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地，其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。
28.抗体或其片段，其用于对患者中的胃肠癌成像的方法中，所述抗体或其片段特异性地结合于根据权利要求I至5中任一项所述的生物标志物。
29.根据权利要求28所述的抗体或其片段，其中所述胃肠癌选自食道癌、胆囊癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌、小肠癌、结肠直肠癌和肛门癌，任选地，其中所述结肠直肠癌选自结肠癌和直肠癌。
30.一种试剂盒，其用于根据权利要求6至18中任一项所述的方法中或根据权利要求23或25所述的用途中，其中所述试剂盒包括能够结合或特异性地识别根据权利要求I至5中任一项所述的癌症特异性生物标志物的配体，所述配体在体液和报告装置中可检测到。全文摘要
描述了胃肠癌特异性生物标志物，所述的生物标志物包含Engrailed-2(EN2)基因的核酸序列或经编码的EN2蛋白的氨基酸序列。还描述了该生物标志物在胃肠癌的治疗、诊断、监测和成像中的用途。
文档编号C12Q1/68GK102648290SQ201080040500
公开日2012年8月22日 申请日期2010年7月13日 优先权日2009年7月13日
发明者H·S·潘德哈, R·摩根 申请人:萨里大学