专利名称：诊断和治疗parp-介导的疾病的方法
诊断和治疗PARP-介导的疾病的方法相关申请的交叉引用本申请要求2008年2月4日提交的美国临时申请61/026，077，标题为“诊断和治 疗PARP-介导的疾病的方法”的优先权，将其整个在此引入作为参考。
背景技术：
癌症和其他疾病的病原学涉及细胞因子(包括细胞酶受体和其他下游细胞内因 子(其通过细胞内信号传导网络传导信号))之间的复杂相互作用。生长因子受体被认为 是癌症生理学中重要的因子，其在恶性表型的进展和维持中起着重要的作用(Jones等人， 2006，Endocrine-Rel. Cancer, 13 :S45_S51)。例如，已经表明表皮生长因子受体(EGFR)( — 种酪氨酸激酶受体)的表达在肠肿瘤中腺瘤和肿瘤的形成，以及原发肿瘤的随后扩张中是 必需的(Roberts等人，2002，PNAS，99 1521-1526)。EGFR的过表达也在瘤形成，尤其在上 皮源的肿瘤中起作用(Kari等人，2003，Cancer Res. ,63 :1_5)。EGFR为受体的ErbB家族 的成员，其包括HER2c/neu、Her2和Her3受体酪氨酸激酶。EGFR活化的分子信号传导通路 已经通过实验和计算机模拟被绘制出来，其涉及超过200个反应和300化学物质的相互作 用(参见 Oda 等人，Epub 2005，Mol. Sys. Biol.，1 2005. 0010)。另一个关键的细胞通路(其由肿瘤过表达，包括癌细胞增殖的调节)为胰岛素样 生长因子(IGF)信号传导通路(Khandwala 等人，2000，Endo. Rev. ,21 :215_244 ；Moschos 禾口 Mantzoros，2002，Oncology 63 317-332 ；Bohula 等人，2003，Anticancer Drugs,14 669-682)。该信号传导涉及两种配体IGFl和IGF2、三种细胞表面受体、至少六种高亲和 力结合蛋白和结合蛋白蛋白酶的作用(Basearga等人，2006，Endocrine-Rel. Cancer, 13 S33-S43 ;Pollak 等人，2004，Nature Rev. Cancer 4:505-518)。胰岛素样生长因子受体 (IGFlR)为一种跨膜受体酪氨酸激酶，其通过几种关键的细胞分子网络(包括RAS0RAF-ERK 和PI3-AKT-mT0R通路)调节IGF生物活性和信号传导。对于转换需要功能化的IGF1R，且已 经显示其促进肿瘤细胞生长和存活(Riedemann和Macaulay，2006，Endocr. Relat. Cancer, 13 :S33-43)。已经显示在IGFlR通路中响应于IGF-1/IGF-2结合的促进细胞增殖的几种基 因包括She、IRS、Grb2、SOS、Ras, Raf、MEK和ERK0在IGFlR信号传导的细胞增殖、活力和 存活功能中涉及的基因包括IRS、ΡΙ3-Κ、ΡΙΡ2、PTEN、ΡΤΡ-2、PDK和Akt。IGF信号传导、IGFl受体和EGFR之间的信号相互作用在调节EGFR-介导的-通 路中是重要的，且可造成对EGFR拮抗剂治疗产生抗性(Jones等人，2006，Endocrine-Rel. Cancer, 13 :S45_S51)。在增殖和细胞生长和发展的控制中重要的另一个通路包括转录因子的Ets家族。 Ets家族域蛋白(基于它们的DNA-结合域的保守基本序列为定义)具有作为转录激活因 子或阻抑蛋白的功能，且它们的活性通常受到信号转导通路(包括MAP激酶通路)的调节 (Sharrocks，等人，1997，Int. J. Biochem. Cell Biol. 29 1371-1387)。ETS 转录因子(如 ETS1)调节很多基因，且涉及干细胞发育、细胞老化和死亡，和肿瘤生成。这些蛋白内的保守 ETS域为翼状螺旋_转角-螺旋DNA-结合域，其识别靶标基因的核心共有DNA序列GGAA/ T (Dwyer 等人，2007，Ann. New York Acad. Sci. 1114 :36_47)。有越来越多的证据表明 Ets1蛋白由于在获得致癌细胞的侵入行为中起关键作用而具有致癌潜能。属于Ets 1通路以 实现其致癌功能的基因包括间质金属蛋白酶MMP-1、MMP-3、MMP-9,以及尿激酶型纤维蛋白 酶原激活剂(uPA) (Sementchenko 和 Watson，2000，Oncogne, 19 :6533_6548)。已知这些蛋 白酶参与细胞外基质(ECM)降解(在侵入中的关键事件)。在皮肤的血管肉瘤中，Ets 1 与 MMP-I 共表达(Naito 等人，2000，Pathol. Res. Pract. 196 103-109)。乳腺癌和卵巢癌 中的卵巢癌细胞和介质成纤维细胞伴随着Ets 1产生MMP-I和MMP-9 (Behrens等人，2001， J.Pathol. 194 43-50 ；Behrens 等人，2001，Int. J. Mol. Med. 8 149-154) 在肺和脑肿瘤 中，Ets 表达与 uPA 表达相关(Kitange 等人，1999，Lab. Invest. 79 407-416 ；Takanami 等 人，2001，Tumour Biol. 22 205-210 ；Nakada 等人，1999，J. Neuropathol. Exp. Neurol. 58 329-334)。当在内皮细胞或肝癌细胞过表达时，显示出Ets 1分别诱导MMP-1、MMP-3加 MMP-9，或ΜΜΡ-1、ΜΜΡ-9 加 uPA 的产生(Oda 等人，1999，J. Cell Physiol. 178 :121_132 ；Sato 等人，2000，Adv. Exp. Med. Biol. 476 :109_115 Jiang 等人，2001，Biochem. Biophys. Res. Commun. 286 :1123-1130)。MMP1、MMP3、MMP9 和 uPA 的调节，以及 VEGF 和 VEGF 受体基因表 达已经归因于Ets 1。此外，肿瘤中的Ets 1表达为较差临床预后的指示。表I总结了肿瘤 中Ets 1的表达模式。表I 在不同类型肿瘤中的Ets 1表达TMD =肿瘤微血管密度；IiM =淋巴结转移；DCIS =原位管癌；LCIS =原位小叶癌 (Ditmmer, 2003, Mol. Cancer 2:29)胖瘤组织癌症类型肿瘤表达介质(S)/血管(V)表达附注脑星形细胞瘤0% (II 级)，25% (III), 65% (IV)胶质瘤微脉管系统中 高表达在再发性瘤中较高表 达，相较于原发性肿 瘤；脑膜瘤良性(38%)，侵入 性(86%)浸润瘤与uPA表达相 关乳腺浸润性癌，DCIS， LCIS浸润4生细月包 系62%与 VEGF、MMPl 和 MMP9表U目关对于交差预后的预后 标记软骨/骨(jaw)软骨-肉瘤60%骨肉痼0%宫颈宫颈癌瘤与TMD相关.与较差预后相关结肠/直肠腺瘤0-44%结肠癌48-84%65°/。(V)与 TMD 相关， 28% (S)与肺转移相关血管Etsl:与LNM和 较差预后相关子宫内膜子宫内膜癌与TMD相关与组织血等目关，在 细抱质中检测食管鳞状细胞癌与VEGF相关异源表达，在侵入位点 较高肝/胆管肝细胞癌50-100%在较差分化的肿瘤中 较高胆管癌61%在良好分化的肿瘤中 较高胆管细胞癌瘤22%肺肺腺癌与LNM相关淋巴组织T-白血病细胞 (T-ALL, ATL)口腔鳞状细胞癌58%与肿瘤期和LNM相关卵巢良性囊腺瘤0%
权利要求
1.一种鉴定治疗PARP介导的疾病的方法，所述方法包括在来自患者群的多个样本中 鉴定一组经鉴定的基因至少包括PARP的表达水平，以及作出关于所述PARP介导的疾病的 治疗的决定，其中基于该组中至少一种经鉴定的基因的表达水平，作出该治疗决定。
2.权利要求1的方法，其中所述组基因包括表达于PARP、IGFl受体或EGFR通路中的基因。
3.权利要求1的方法，其中所述组基因包括IGFl、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、Bcl2、ETSl、 MMP-I、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS, NFKB, IKK、REL, RELA, RELB, IRAKI、VAV3、AURKA, ERBB3、MIF、VEGF, VEGFR、VEGFR2、CDKl、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、ABCCl、ABCC5、 ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、AK3L2、AKIIP、AKR1B 1、AKRlCl、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA, AL0X5、ALPL、ANP32E、AOFl、APG5L、ARFGEF1、 ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、ATPIB1、ATP2A2、ATP5G3、 ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASPl、BCATl、BCL2L1、BCL6、BGN、 BPNTU ClQBP, CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCARU CD109、CD24、CD44、CD47、CD58、CD74、CD83、 CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS 1、CDW92、CEACAM6、CELSR2、CFLAR、CGI-90、 CHST6、CHSYl、CKLFSF4、CKLFSF6、CKSIB, CMKORl、CNDP2、CPD, CPE、CPSF3、CPSF5、CPSF6、 CPTIB, CRR9、CSH2、CSK, CSNK2A 1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD, CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、 DAAMl、DCK, DDAHl、DDIT4、DDRl、DDX21、DDX39、DHTKDl、DLAT, DNAJAl、DNAJBl 1、DNAJCl、 DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EME1、ENO1、ENPP4、EPS8、 ETNKl、ETV6、F11R, FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、FTL、FTLLl、FZD6、 G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB, GART, GBAS, GCHFR、GCLC, GCLM、GCNT1、GFPTl、GGA2、 GGH、GLUL, GMNN、GMPS, GPI、GPR56、GPR89、GPXl、GRB10、GRHPR、GSPTl、GSR、GTPBP4、HDACl、 HDGF, HIG2、HMGB3、HPRTl、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPBU HSPCA, HSPCAL3、 HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPHl、HTATIP2、HYOUl、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、IGFBP3、IGSF4、ILF2、 INPP5F、INSIGl、KHSRP, KLF4、KMO, KPNA2、KTNl、LAP3、LASS2、LDHA, LDHB, LGR4、LPGATl、 LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-U MAGEDl、MAK3、MALATl、MAP2K3、MAP2K6、MAP3K13、MAP4K4、 MAPKl3, MARCKS, MBTPS2、MCM4、MCTSl、MDHl、MDH2、MEl、ME2、METAP2、METTL2、MGAT4B、 MKNK2、MLPH、MOBK1B、MOBKLIA、MSH2、MTHFD2、MUC1、MX1、MYCBP、NAJD1、NAT1、NBS1、NDFIP2、 NEK6、NETl、NMEl、NNT, NQOl、NRAS, NSE2、NUCKS, NUSAPl、NY-REN-41、ODCl、OLRl、P4HB、 PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、PERP、PFKP、PFTK1、 PGD, PGKl、PGM2L1、PHCA, PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCBl、PLCG2、PLD3、PLODl、PL0D2、 PMS2L3、PNK1、PNPT1、P0N2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、PRKDC、PRPSAP2、 PSATU PSENEN,PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14, PSMD2、PSMD3、PSMD4、PSMD8、 PTGFRN、PTGSl、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RABlIFIPl、RAB14、RAB31、RAB3IP、 RACGAPU RAN、RANBPU RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDHlO, RFC3、RFC4、RFC5、RGS19IP1、 RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBO 1、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、SDC2、SDC4、 SEMA3F、SERPINE2、SFIU SGPLU SGPPU SGPP2、SH3GLB2、SHCU SMARCCU SMC4L1、SMC4L1、 SMS、SNRPDl、SORD, SORLl、SPPl、SQLE, SRD5A1、SRD5A2L、SRM, SRPKl、SS18、SSBPl、SSR3、 ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBLIXRl、TFRC,TIAMU TKT、TMP0、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、UNC5CL、 USP28、USP47、UTP14A、VDACUffIGUYffHAB, YffHAE, YffHAZ,或它们的组合。
4.权利要求1的方法，其中所述组基因包括？々1^、16 1、16 2、16 1 』6 1 、111(11112、8(；12、 ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、AURKA、 ERBB3、MIF、VEGF, VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S,或它们的组合。
5.权利要求1的方法，其中在所述组中测量表达。
6.权利要求5的方法，其中利用聚合酶链反应测试测量表达。
7.权利要求1的方法，其中所述多个样本选自人正常样本、肿瘤样本、毛发、血液、细 胞、组织、器官、脑组织、血液、血清、痰、唾液、血浆、乳头抽吸液、滑膜液、脑脊液、汗液、尿 液、粪便物、胰液、小梁液、脑脊液、泪液、支气管灌洗液、拭取物、支气管抽吸液、精液、前列 腺液、前宫颈液体、阴道液，和射精前精液。
8.权利要求1的方法，其中所述PARP的水平被上调，且该治疗决定为使用PARP抑制剂 和所述组中至少一种被上调的基因的抑制剂治疗所述疾病的决定。
9.权利要求1的方法，其中所述治疗决定为使用所述组中显示表达上调，包括PARP上 调，的各基因的抑制剂治疗所述疾病。
10.权利要求的方法9，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯并吡 喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚和其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢物、 类似物或前药。
11.权利要求10的方法，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代谢物。
12.权利要求1的方法，其中所述方法进一步包括向患者、保健提供者或保健管理者提 供关于所述疾病的结论，其中所述结论基于所述决定。
13.权利要求1的方法，其中所述治疗选自口服给药、透粘膜给药、口腔给药、经鼻给 药、吸入给药、肠胃外给药、静脉给药、皮下给药、肌内给药、舌下给药、透皮给药和直肠给 药。
14.权利要求1的方法，其中所述PARP介导的疾病选自癌症、炎症、代谢性疾病、CVS疾 病、CNS疾病、淋巴造血系统疾病、内分泌和神经内分泌疾病、病毒感染、尿路疾病、呼吸系统 疾病、女性生殖系统疾病和男性生殖系统疾病。
15.权利要求14的方法，其中所述癌症选自结肠腺癌、食管腺癌、肝细胞癌、鳞状细胞 癌、胰腺腺癌、胰岛细胞瘤、直肠腺癌、胃肠道间质瘤、胃腺癌、肾上腺皮质细胞癌、滤泡性 癌、乳头状癌、乳腺癌、导管癌、小叶癌、导管内癌、粘液癌、叶状肿瘤、尤因肉瘤、卵巢腺癌、 子宫内膜腺癌、粒层细胞瘤、粘液性囊腺癌、宫颈腺癌、外阴鳞状细胞癌、基底细胞癌、前列 腺腺癌、骨巨细胞瘤、骨肉瘤、喉头癌瘤、肺腺癌、肾癌瘤、膀胱癌瘤、维尔姆斯瘤和淋巴瘤。
16.权利要求14的方法，其中所述炎症选自非霍奇金淋巴瘤、韦格纳氏肉芽肿病、桥本 甲状腺炎、肝细胞癌、慢性胰腺炎、类风湿性关节炎、反应性淋巴样增生、骨关节炎、溃疡性 结肠炎和乳头状癌。
17.权利要求14的方法，其中所述代谢性疾病为糖尿病或肥胖。
18.权利要求14的方法，其中所述CVS疾病选自动脉粥样硬化、冠状动脉疾病、肉芽肿 心肌炎、慢性心肌炎、心肌梗塞和原发性肥大性心肌病。
19.权利要求14的方法，其中所述CNS疾病选自阿尔茨海默氏病、可卡因滥用、精神分裂症和帕金森病。
20.权利要求14的方法，其中所述淋巴造血系统疾病选自非霍奇金淋巴瘤、慢性淋巴 细胞性白血病和反应性淋巴样增生。
21.权利要求14的方法，其中所述内分泌和神经内分泌疾病选自结节性增生、桥本甲 状腺炎、胰岛细胞瘤和乳头状癌。
22.权利要求14的方法，其中所述尿路疾病选自肾细胞癌、移行细胞癌和维尔姆斯瘤。
23.权利要求14的方法，其中所述呼吸系统疾病选自腺鳞癌、鳞状细胞癌和大细胞癌。
24.权利要求14的方法，其中所述女性生殖系统疾病选自腺癌、平滑肌瘤、粘液性囊腺 癌和浆液性囊腺癌。
25.权利要求14的方法，其中所述男性生殖系统疾病选自前列腺癌、良性结节性增生 和精原细胞瘤。
26.权利要求14的方法，其中所述病毒感染选自HIV感染、乙型肝炎病毒感染和丙型肝 炎病毒感染。
27.一种鉴定基因的方法，该基因在治疗患有易受PARP抑制剂治疗影响的疾病的患者 中有用，所述方法包括a.鉴定可用至少一种PARP调节剂治疗的疾病，其中与对照样本相比，自患者群的多个 样本中的PARP的表达水平被调节；b.在多个样本中测定一组基因的表达水平；和c.鉴定与所述PARP调节共同被调节的基因，其中与对照样本相比，在多个样本中的所 述共同被调节的基因的表达水平被增加或降低；其中与PARP调节共同被调节的所述基因的调节在治疗易受PARP调节剂治疗影响的疾 病中有用。
28.权利要求27的方法，其中所述共同被调节的基因包括表达于PARP、IGF1受体或 EGFR通路中的基因。
29.权利要求27的方法，其中所述PARP调节剂为PARP抑制剂。
30.权利要求的方法29，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯 并吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚和其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢 物、类似物或前药。
31.权利要求27的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、 ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、AL0X5、ALPL、ANP32E、 AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7 IP、AT IC、ATP 11A、ATP 11C、ATP 1A1、 ATP IB 1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMK0R1、CNDP2、CPD、CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT.DNAJA1、 DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EMEU EN01、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、 GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、 GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HY0U1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、 LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCK MX1、MYCBP、NAJD1、 NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQ01、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY-REN-41、 0DC1、0LR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、 PL0D1、PL0D2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、P0N2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、R0B01、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、 SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、S0RL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAM1、TKT、TMP0、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、 TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ,或它们的组合。
32.权利要求27的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S,或 它们的组合。
33.权利要求27的方法，其中测量各个共同被调节的基因的mRNA水平。
34.权利要求33的方法，其中利用聚合酶链反应测试测量所述mRNA水平。
35.权利要求27的方法，其中所述组织样本选自肿瘤样本、毛发、血液、细胞、组织、器 官、脑组织、血液、血清、痰、唾液、血浆、乳头抽吸液、滑膜液、脑脊液、汗液、尿液、粪便物、胰 液、小梁液、脑脊液、泪液、支气管灌洗液、拭取物、支气管抽吸液、精液、前列腺液、前宫颈液 体、阴道液，和射精前精液。
36.权利要求27的方法，其中所述疾病为乳腺癌、肺癌、子宫内膜癌或卵巢癌。
37.权利要求36的方法，其中该乳腺癌为三阴乳腺癌。
38.一种治疗患有易受PARP调节剂治疗影响的疾病的患者的方法，所述方法包括a.鉴定可用至少一种PARP调节剂治疗的疾病，其中与参考样本相比，自患有所述疾病的患者的样本中的PARP的表达水平被调节；b.与参考样本相比，在所述样本中鉴定至少一种共同被调节的基因；c.使用PARP和该共同被调节的基因的调节剂治疗所述患者。
39.权利要求38的方法，其中所述共同被调节的基因包括表达于PARP、IGF1受体或 EGFR通路中的基因。
40.权利要求38的方法，其中所述共同被调节的基因为IGFl、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、 Bcl2、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAKI、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、UBE2S、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、 ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18AU ALDOA、AL0X5、ALPL、ANP32E、 AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7 IP、AT IC、ATP 11A、ATP 11C、ATP 1A1、 ATP IB 1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS 1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMK0R1、CNDP2、CPD、CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、 CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT.DNAJAl、 DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EMEU EN01、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、 GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、 GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HY0U1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、 LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCK MX1、MYCBP、NAJD1、 NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQ01、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY-REN-41、 0DC1、0LR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、 PL0D1、PL0D2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、P0N2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、R0B01、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、 SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、S0RL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM, SRPK1、SS18、SSBP1、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAM1、TKT、TMP0、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ,或它们的组合。
41.权利要求38的方法，其中所述共同被调节的基因为IGFl、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、 Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、 AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S，或它们的 组合。
42.权利要求38的方法，其中所述疾病为癌症。
43.权利要求42的方法，其中所述癌症选自结肠腺癌、食管腺癌、肝细胞癌、鳞状细胞 癌、胰腺腺癌、胰岛细胞瘤、直肠腺癌、胃肠道间质瘤、胃腺癌、肾上腺皮质细胞癌、滤泡性 癌、乳头状癌、乳腺癌、导管癌、小叶癌、导管内癌、粘液癌、叶状肿瘤、尤因肉瘤、卵巢腺癌、 子宫内膜腺癌、粒层细胞瘤、粘液性囊腺癌、宫颈腺癌、外阴鳞状细胞癌、基底细胞癌、前列 腺腺癌、骨巨细胞瘤、骨肉瘤、喉头癌瘤、肺腺癌、肾癌瘤、膀胱癌瘤、维尔姆斯瘤和淋巴瘤。
44.权利要求38的方法，其中所述PARP和所述共同被调节的基因的表达水平被上调， 且该治疗决定为使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗所述疾病。
45.权利要求38的方法，其中所述PARP和所述共同被调节的基因被下调，且该治疗决 定为不使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗所述疾病。
46.权利要求38的方法，其中所述PARP调节剂为PARP抑制剂。
47.权利要求46的方法，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯并 吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚，及其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢 物、类似物或前药。
48.权利要求47的方法，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代谢物。
49.计算机可读媒介，其适于传送来自患者群多个样本的分析结果，该分析结果关于可 使用至少一种PARP调节剂和至少一种共同被调节的基因的至少一种调节剂治疗疾病；所 述信息如下获得通过在各个所述多个样本中鉴定PARP和共同被调节的基因的水平，并基 于PARP的所述水平和共同被调节的基因的所述水平，作出关于通过所述RP调节剂和所述 至少一种共同被调节的基因的调节剂治疗所述疾病的决定。
50.权利要求49的方法，其中至少一步使用计算机执行。
51.一种治疗疾病的方法，所述方法包括a.提供自受所述疾病折磨的患者的多个样本；b.与参考样本相比，在各样本中鉴定至少一种被调节的基因；c.使用经鉴定被调节的基因的调节剂和PARP调节剂治疗患有所述疾病的患者。
52.权利要求51的方法，其中所述被调节的基因包括表达于PARP、IGF1受体或EGFR通 路中的基因。
53.权利要求51的方法，其中所述PARP调节剂为PARP抑制剂。
54.权利要求53的方法，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯并 吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚，及其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢 物、类似物或前药。
55.权利要求51的方法，其中所述被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、 Bcl2、ETS1、MMP-1、MMP—3、MMP—9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAKI、VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、 ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、AL0X5、ALPL、ANP32E、 A0F1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7 IP、AT IC、ATP 11A、ATP 11C、ATP 1A1、 ATP IB 1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMK0R1、CNDP2、CPD、CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、 CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT、DNAJA1、 DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EMEU EN01、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、 GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、 GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HY0U1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、 LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCK MX1、MYCBP、NAJD1、 NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQ01、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY-REN-41、 0DC1、0LR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、 PL0D1、PL0D2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、P0N2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、R0B01、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、 SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、S0RL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM, SRPK1、SS18、SSBP1、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAM1、TKT、TMP0、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、 TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHZ,或它们的组合。
56.权利要求51的方法，其中所述被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、mdm2、 Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、VAV3、 AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S，或它们的 组合。
57.权利要求51的方法，其中测量各个共同被调节的基因的mRNA水平。
58.权利要求57的方法，其中利用聚合酶链反应测试测量所述mRNA水平。
59.权利要求51的方法，其中所述组织样本选自肿瘤样本、毛发、血液、细胞、组织、器 官、脑组织、血液、血清、痰、唾液、血浆、乳头抽吸液、滑膜液、脑脊液、汗液、尿液、粪便物、胰 液、小梁液、脑脊液、泪液、支气管灌洗液、拭取物、支气管抽吸液、精液、前列腺液、前宫颈液 体、阴道液，和射精前精液。
60.权利要求51的方法，其中所述疾病为乳腺癌、肺癌、子宫内膜癌或卵巢癌。
61.权利要求60的方法，其中该乳腺癌为三阴乳腺癌。
62.一种治疗易受PARP调节剂治疗影响的疾病的方法，所述方法包括a.鉴定可用至少一种PARP调节剂治疗的疾病，其中与参考样本相比，在多个样本中的 PARP的表达水平被调节；b.与参考样本相比，在所述多个样本中鉴定至少一种共同被调节的基因；c.使用PARP和所述共同被调节的基因的调节剂治疗患有所述疾病的患者。
63.权利要求62的方法，其中所述共同被调节的基因包括表达于PARP、IGF1受体或 EGFR通路中的基因。
64.权利要求62的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、 ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、AL0X5、ALPL、ANP32E、 AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7 IP、AT IC、ATP 11A、ATP 11C、ATP 1A1、 ATP IB 1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMK0R1、CNDP2、CPD、CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、 CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT.DNAJAl、 DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EMEU EN01、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、 GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、 GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HY0U1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KM0、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、 LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCK MX1、MYCBP、NAJD1、 NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQ01、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY-REN-41、 0DC1、0LR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、PLOD 1、PL0D2、PMS2L3、PNKl、PNPTl、P0N2、PP、PPIF、PPPICA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPNl2、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RABl IFIPl、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAPU RAN、RANBPl、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDHlO, RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、R0B01、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、 SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORLl、SPPl、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM, SRPKl、SS18、SSBPl、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAMl、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPPl、TRAl、TRIP13、TRPSl、TSPAN13、 TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDACU WIGU YffHAB, YffHAE, YffHAZ,或它们的组合。
65.权利要求62的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Bc12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF, VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S,或 它们的组合。
66.权利要求62的方法，其中所述疾病为癌症。
67.权利要求66的方法，其中所述癌症选自结肠腺癌、食管腺癌、肝细胞癌、鳞状细胞 癌、胰腺腺癌、胰岛细胞瘤、直肠腺癌、胃肠道间质瘤、胃腺癌、肾上腺皮质细胞癌、滤泡性 癌、乳头状癌、乳腺癌、导管癌、小叶癌、导管内癌、粘液癌、叶状肿瘤、尤因肉瘤、卵巢腺癌、 子宫内膜腺癌、粒层细胞瘤、粘液性囊腺癌、宫颈腺癌、外阴鳞状细胞癌、基底细胞癌、前列 腺腺癌、骨巨细胞瘤、骨肉瘤、喉头癌瘤、肺腺癌、肾癌瘤、膀胱癌瘤、维尔姆斯瘤和淋巴瘤。
68.权利要求66的方法，其中所述癌症为乳腺癌、肺癌、子宫内膜癌或卵巢癌。
69.权利要求68的方法，其中所述乳腺癌为三阴癌。
70.权利要求62的方法，其中所述PARP和所述共同被调节的基因的表达水平被上调， 且该治疗决定为使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗所述疾病。
71.权利要求62的方法，其中所述PARP和所述共同被调节的基因的表达水平被下调， 且该治疗决定为不使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗所述疾病。
72.权利要求62的方法，其中所述PARP调节剂为PARP抑制剂。
73.权利要求70的方法，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯 并吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚和其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢 物、类似物或前药。
74.权利要求70的方法，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代谢物。
75.一种治疗易受PARP抑制剂治疗影响的癌症的方法，所述方法包括a.鉴定可用至少一种PARP抑制剂治疗的癌症，其中在多个癌症样本中的PARP的表达 水平被上调；b.在所述多个样本中鉴定至少一种共同被上调的基因；c.使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗患有癌症的患者。
76.权利要求75的方法，其中所述共同被调节的基因包括表达于PARP、IGFl受体或 EGFR通路中的基因。
77.权利要求75的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、 ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、AL0X5、ALPL、ANP32E、 AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP11A、ATP11C、ATP1A1、 ATP IB 1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMK0R1、CNDP2、CPD、CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、 CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT.DNAJAl、 DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EMEU EN01、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、 GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、 GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HY0U1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、 LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCK MX1、MYCBP、NAJD1、 NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQ01、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY-REN-41、 0DC1、0LR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、 PL0D1、PL0D2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、P0N2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、R0B01、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、 SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、S0RL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM, SRPK1、SS18、SSBP1、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAM1、TKT、TMP0、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、 TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ,或它们的组合。
78.权利要求75的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S,或它们的组合。
79.权利要求75的方法，其中所述癌症选自结肠腺癌、食管腺癌、肝细胞癌、鳞状细胞 癌、胰腺腺癌、胰岛细胞瘤、直肠腺癌、胃肠道间质瘤、胃腺癌、肾上腺皮质细胞癌、滤泡性 癌、乳头状癌、乳腺癌、导管癌、小叶癌、导管内癌、粘液癌、叶状肿瘤、尤因肉瘤、卵巢腺癌、 子宫内膜腺癌、粒层细胞瘤、粘液性囊腺癌、宫颈腺癌、外阴鳞状细胞癌、基底细胞癌、前列 腺腺癌、骨巨细胞瘤、骨肉瘤、喉头癌瘤、肺腺癌、肾癌瘤、膀胱癌瘤、维尔姆斯瘤和淋巴瘤。
80.权利要求75的方法，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯并 吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚，及其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢 物、类似物或前药。
81.权利要求75的方法，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代谢物。
82.—种治疗易受PARP抑制剂治疗影响的乳腺癌的方法，所述方法包括a.鉴定可用至少一种PARP抑制剂治疗的乳腺癌，其中在多个乳腺癌样本中的PARP的 表达水平被上调；b.在所述多个样本中鉴定至少一种共同被上调的基因；c.使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗患有所述乳腺癌的患者。
83.权利要求82的方法，其中所述共同被调节的基因包括表达于PARP、IGFl受体或 EGFR通路中的基因。
84.权利要求82的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Bc12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA, ERBB3、MIF、VEGF, VEGFR、VEGFR2、CDKl、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、 ABCCl、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSLl、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRMl、AGPAT5、AHCY, AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKRlBU AKRlCU AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA, AL0X5、ALPL, ΑΝΡ32Ε、 AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7IP、ATIC、ATP1IA、ATP11C、ATPIA1、 ATPlBl、ΑΤΡ2Α2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCATl、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNTl、ClQBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCARl、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14Β、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS 1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6、CHSYl、CKLFSF4、CKLFSF6、CKSIB, CMKORl、CNDP2、CPD, CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPTIB, CRR9、CSH2、CSK, CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD, CXADR、 CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAMl、DCK,DDAHl、DDIT4、DDRl、DDX21、DDX39、DHTKDl、DLAT,DNAJAl、 DNAJBl 1、DNAJCl、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EME1、 EN01、ENPP4、EPS8、ETNKl、ETV6、Fl 1R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL, FTLLl、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB, GART, GBAS, GCHFR、GCLC, GCLM、 GCNTl、GFPTl、GGA2、GGH、GLUL, GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPXl、GRB10、GRHPR、GSPTl、 GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA, HSPCAL3、HSPCB, HSPDl、HSPEl、HSPHl、HTATIP2、HYOUl、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIGU KHSRP, KLF4、KMO, KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA, LDHB、LGR4、LPGATl、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-I、MAGEDl、MAK3、MALATl、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS, MBTPS2、MCM4、MCTSl、MDHl、MDH2、MEl、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCl、MXl、MYCBP, NAJDl、NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQ01、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY-REN-41、 0DC1、0LR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、 PL0D1、PL0D2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、P0N2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、R0B01、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、 SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、S0RL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM, SRPK1、SS18、SSBP1、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAM1、TKT、TMP0、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、 TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHZ,或它们的组合。
85.权利要求82的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S,或 它们的组合。
86.权利要求82的方法，其中所述乳腺癌选自淋巴瘤、癌瘤、激素依赖性肿瘤、小细胞 癌、导管癌、浸润性导管癌、乳腺浸润性小叶癌、乳腺管及乳小叶混合型浸润性癌瘤和转移 性浸润性导管癌。
87.权利要求82的方法，其中所述乳腺癌为三阴癌。
88.权利要求82的方法，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯 并吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚和其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢 物、类似物或前药。
89.权利要求82的方法，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代谢物。
90.一种治疗易受PARP抑制剂治疗影响的肺癌的方法，所述方法包括a.鉴定可用至少一种PARP抑制剂治疗的肺癌，其中在多个肺癌样本中的PARP的表达 水平被上调；b.在所述多个样本中鉴定至少一种共同被上调的基因；c.使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗患有所述肺癌的患者。
91.权利要求90的方法，其中所述共同被调节的基因包括表达于PARP、IGF1受体或 EGFR通路中的基因。
92.权利要求90的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、 ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALD0A、AL0X5、ALPL、ANP32E、 A0F1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7 IP、AT IC、ATP 11A、ATP 11C、ATP 1A1、ATPlBl、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCATl、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNTl、ClQBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCARl、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6, CHSYl、CKLFSF4、CKLFSF6、CKSIB, CMKORl、CNDP2、CPD, CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPTIB, CRR9、CSH2、CSK, CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD, CXADR、 CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAMl、DCK,DDAHl、DDIT4、DDRl、DDX21、DDX39、DHTKDl、DLAT、DNAJAl、 DNAJBl 1、DNAJCl、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EME1、 ENOl、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、Fl 1R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL, FTLLl、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB, GART, GBAS, GCHFR、GCLC, GCLM、 GCNTl、GFPTl、GGA2、GGH、GLUL, GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPXl、GRB10、GRHPR、GSPTl、 GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA, HSPCAL3、HSPCB, HSPDl、HSPEl、HSPHl、HTATIP2、HYOUl、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIGU KHSRP, KLF4、KMO, KPNA2、KTNl、LAP3、LASS2、LDHA, LDHB、LGR4、LPGATl、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-I、MAGEDl、MAK3、MALATl、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS, MBTPS2、MCM4、MCTSl、MDHl、MDH2、MEl、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCl、MXl、MYCBP, NAJDl、 NATl、NBSl、NDFIP2、NEK6、NETU NMEU NNT, NQOU NRAS, NSE2、NUCKS, NUSAP1、NY-REN-41、 ODCl、OLRl、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANKl、PCIAl、PCNA、PCTKl、PDAPl、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、 PLOD 1、PL0D2、PMS2L3、PNKl、PNPTl、P0N2、PP、PPIF、PPPICA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGSl、PTK9、PTPNl2、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RABl IFIPl、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAPU RAN、RANBPl、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDHlO, RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBOl、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、 SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORLUSPPU SQLE、SRDD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPK1、SS18、SSBP1、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAMl、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPPl、TRAl、TRIP13、TRPSl、TSPAN13、 TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDACU WIGU YffHAB, YffHAE, YffHAZ,或它们的组合。
93.权利要求90的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Bc12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF, VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S,或 它们的组合。
94.权利要求90的方法，其中所述肺癌选自肺腺癌、小细胞癌、非小细胞癌、鳞状细胞 癌和大细胞癌。
95.权利要求90的方法，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯 并吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚和其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢 物、类似物或前药。
96.权利要求90的方法，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代谢物。
97.一种治疗易受PARP抑制剂治疗影响的子宫内膜癌的方法，所述方法包括a.鉴定可用至少一种PARP抑制剂治疗的子宫内膜癌，其中在多个子宫内膜癌样本中 的PARP的表达水平被上调；b.在所述多个样本中鉴定至少一种共同被上调的基因；c.使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗所述患者。
98.权利要求97的方法，其中所述共同被调节的基因包括表达于PARP、IGF1受体或 EGFR通路中的基因。
99.权利要求97的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、 ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、AL0X5、ALPL、ANP32E、 AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7 IP、AT IC、ATP 11A、ATP 11C、ATP 1A1、 ATP IB 1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS1B、CMK0R1、CNDP2、CPD、CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、 CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT.DNAJAl、 DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EMEU EN01、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、 GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、 GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA、HSPCAL3、HSPCB、HSPD1、HSPE1、HSPH1、HTATIP2、HY0U1、ICMT、IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIG1、KHSRP、KLF4、KMO、KPNA2、KTN1、LAP3、LASS2、LDHA、 LDHB、LGR4、LPGAT1、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-1、MAGED1、MAK3、MALAT1、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS、MBTPS2、MCM4、MCTS1、MDH1、MDH2、ME1、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCK MX1、MYCBP、NAJD1、 NAT1、NBS1、NDFIP2、NEK6、NET1、NME1、NNT、NQ01、NRAS、NSE2、NUCKS、NUSAP1、NY-REN-41、 0DC1、0LR1、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANK1、PCIA1、PCNA、PCTK1、PDAP1、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、 PL0D1、PL0D2、PMS2L3、PNK1、PNPT1、P0N2、PP、PPIF、PPP1CA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPN12、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RAB11FIP1、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAP1、RAN、RANBP1、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDH10、RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、R0B01、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、S0RL1、SPP1、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM, SRPK1、SS18、SSBP1、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAM1、TKT、TMP0、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPP1、TRA1、TRIP13、TRPS1、TSPAN13、 TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDAC1、WIG1、YWHAB、YWHAE、YWHAZ,或它们的组合。
100.权利要求97的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S,或 它们的组合。
101.权利要求97的方法，其中所述子宫内膜癌选自子宫内膜腺癌、宫颈腺癌、外阴鳞 状细胞癌、基底细胞癌、子宫癌、癌瘤和淋巴瘤。
102.权利要求97的方法，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯并 吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚，及其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代谢 物、类似物或前药。
103.权利要求97的方法，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代谢物。
104.一种治疗易受PARP抑制剂治疗影响的卵巢癌的方法，所述方法包括a.鉴定可用至少一种PARP抑制剂治疗的卵巢癌，其中在多个卵巢癌样本中的PARP的 表达水平被上调；b.在所述多个样本中鉴定至少一种共同被上调的基因；c.使用PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂治疗所述患者。
105.权利要求104的方法，其中所述共同被调节的基因包括表达于PARP、IGF1受体或 EGFR通路中的基因。
106.权利要求104的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Be12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF、VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S、 ABCC1、ABCC5、ABCD4、ACADM、ACLSL1、ACSL3、ACY1L2、ADM、ADRM1、AGPAT5、AHCY、AK3L1、 AK3L2、AKIIP、AKR1B1、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、ALDH18A1、ALDOA、AL0X5、ALPL、ANP32E、 AOF1、APG5L、ARFGEF1、ARL5、ARPP-19、ASPH、ATF5、ATF7 IP、AT IC、ATP 11A、ATP 11C、ATP 1A1、 ATP IB 1、ATP2A2、ATP5G3、ATP5J2、ATP6V0B、B3GNT1、B4GALT2、BACE2、BACH、BAG2、BASP1、 BCAT1、BCL2L1、BCL6、BGN、BPNT1、C1QBP、CACNB3、CAMK2D、CAP2、CCAR1、CD109、CD24、CD44、 CD47、CD58、CD74、CD83、CD9、CDC14B、CDC42EP4、CDC5L、CDK4、CDK6、CDS1、CDW92、CEACAM6、 CELSR2、CFLAR、CGI-90、CHST6、CHSY1、CKLFSF4、CKLFSF6、CKS IB、CMK0R1、CNDP2、CPD、CPE、 CPSF3、CPSF5、CPSF6、CPT1B、CRR9、CSH2、CSK、CSNK2A1、CSPG2、CTPSCTSB、CTSD、CXADR、 CXCR4、CXXC5、CXXC6、DAAM1、DCK、DDAH1、DDIT4、DDR1、DDX21、DDX39、DHTKD1、DLAT.DNAJAl、 DNAJB11、DNAJC1、DNAJC10、DNAJC9、DNAJD1、DUSP10、DUSP24、DUSP6、DVL3、EL0VL6、EMEU EN01、ENPP4、EPS8、ETNK1、ETV6、F11R、FA2H、FABP5、FADS2、FAS、FBX045、FBX07、FLJ23091、 FTL、FTLL1、FZD6、G1P2、GALNT2、GALNT4、GALNT7、GANAB、GART、GBAS、GCHFR、GCLC、GCLM、 GCNT1、GFPT1、GGA2、GGH、GLUL、GMNN、GMPS、GPI、GPR56、GPR89、GPX1、GRB10、GRHPR、GSPT1、GSR、GTPBP4、HDAC1、HDGF、HIG2、HMGB3、HPRT1、HPS5、HRMT1L2、HS2ST1、HSPA4、HSPA8、HSPB1、 HSPCA, HSPCAL3、HSPCB, HSPDl、HSPEl、HSPHl、HTATIP2、HYOUl、ICMT, IDE、IDH2、IFI27、 IGFBP3、IGSF4、ILF2、INPP5F、INSIGU KHSRP, KLF4、KMO、KPNA2、KTNl、LAP3、LASS2、LDHA, LDHB、LGR4、LPGATl、LTB4DH、LYN、MAD2L1、MADP-I、MAGEDl、MAK3、MALATl、MAP2K3、MAP2K6、 MAP3K13、MAP4K4、MAPK13、MARCKS, MBTPS2、MCM4、MCTSl、MDHl、MDH2、MEl、ME2、METAP2、 METTL2、MGAT4B、MKNK2、MLPH、M0BK1B、M0BKL1A、MSH2、MTHFD2、MUCl、MXl、MYCBP, NAJDl、 NATl、NBSl、NDFIP2、NEK6、NETl、NMEl、NNT、NQOU NRAS, NSE2、NUCKS, NUSAP1、NY-REN-41、 ODCl、OLRl、P4HB、PAFAH1B1、PAICS、PANKl、PCIAl、PCNA、PCTKl、PDAPl、PDIA4、PDIA6、PDXK、 PERP、PFKP、PFTK1、PGD、PGK1、PGM2L1、PHCA、PKIG、PKM2、PKP4、PLA2G4A、PLCB1、PLCG2、PLD3、 PLOD 1、PL0D2、PMS2L3、PNKl、PNPTl、P0N2、PP、PPIF、PPPICA、PPP2R4、PPP3CA、PRCC、PRKD3、 PRKDC、PRPSAP2、PSAT1、PSENEN、PSMA2、PSMA5、PSMA7、PSMB3、PSMB4、PSMD14、PSMD2、PSMD3、 PSMD4、PSMD8、PTGFRN、PTGS1、PTK9、PTPNl2、PTPN18、PTS、PYGB、RAB10、RABl IFIPl、RAB14、 RAB31、RAB3IP、RACGAPU RAN、RANBPl、RAP2B、RBBP4、RBBP7、RBBP8、RDHlO, RFC3、RFC4、 RFC5、RGS19IP1、RH0BTB3、RNASEH2A、RNGTT、RNPEP、ROBOl、RRAS2、SART2、SAT、SCAP2、SCD4、 SDC2、SDC4、SEMA3F、SERPINE2、SFI1、SGPL1、SGPP1、SGPP2、SH3GLB2、SHC1、SMARCC1、SMC4L1、 SMC4L1、SMS、SNRPD1、SORD、SORLl、SPPl、SQLE、SRD5A1、SRD5A2L、SRM、SRPKl、SS18、SSBPl、 SSR3、ST3GAL5、ST6GAL1、ST6GALNAC2、STX18、SULF2、SWAP70、TA-KRP、TALA、TBL1XR1、TFRC、 TIAMl、TKT、TMPO、TNFAIP2、TNFSF9、T0X、TPD52、TPI1、TPPl、TRAl、TRIP13、TRPSl、TSPAN13、 TSTA3、TXN、TXNL2、TXNL5、TXNRD1、UBAP2L、UBE2A、UBE2D2、UBE2G1、UBE2V1、UCHL5、U⑶H、 UNC5CL、USP28、USP47、UTP14A、VDACU WIGU YffHAB, YffHAE, YffHAZ,或它们的组合。
107.权利要求104的方法，其中所述共同被调节的基因包括IGF1、IGF2、IGFR、EGFR、 mdm2、Bc12、ETS1、MMP-1、MMP-3、MMP-9、uPA、DHFR、TYMS、NFKB、IKK、REL、RELA、RELB、IRAK1、 VAV3、AURKA、ERBB3、MIF、VEGF, VEGFR、VEGFR2、CDK1、CDK2、CDK9、法尼基转移酶、UBE2S,或 它们的组合。
108.权利要求104的方法，其中所述卵巢癌选自淋巴瘤、癌瘤、激素依赖性肿瘤、滤泡 性癌、卵巢腺癌、卵巢癌，和卵泡的实体瘤。
109.权利要求104的方法，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、苯 并吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚，及其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、代 谢物、类似物或前药。
110.权利要求104的方法，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代谢物。
111.用于诊断或分类疾病的试剂盒，该试剂盒包括a.用于测量组织样本中PARP的表达水平的装置；b.用于测量先前鉴定为与PARP共同被调节的基因的表达水平的装置；和c.将PARP和共同被调节的基因的所述表达水平与参考样本的表达水平比较，其中与参考样本相比，表达的水平为存在疾病或疾病阶段的指示。
112.权利要求111的试剂盒，其中PARP的上调为疾病存在的指示。
113.权利要求111的试剂盒，其中PARP和至少一种共同被调节的基因的上调为疾病存 在的指示。
114.权利要求111的试剂盒，其中该组织样本为选自肿瘤样本、毛发、血液、细胞、组 织、器官、脑组织、血液、血清、痰、唾液、血浆、乳头抽吸液、滑膜液、脑脊液、汗液、尿液、粪便 物、胰液、小梁液、脑脊液、泪液、支气管灌洗液、拭取物、支气管抽吸液、精液、前列腺液、前 宫颈液体、阴道液，和射精前精液。
115.权利要求111的试剂盒，其中测量各个共同被调节的基因的mRNA水平。
116.权利要求111的试剂盒，其中利用聚合酶链反应测试测量所述mRNA水平。
117.用于治疗易受PARP抑制剂影响的疾病的试剂盒，该试剂盒包括a.用于测量组织样本中PARP的表达水平的装置，其中与参考样本相比，PARP的表达水 平增加为易受PARP抑制剂影响的疾病的指示；b.用于测量先前鉴定为与PARP共同被调节的基因的表达水平的装置，其中所述共同 被调节的基因的表达增加为在所述疾病的治疗中使用所述共同被调节的基因的抑制剂的 指示；和c.用于治疗所属疾病的PARP和所述共同被调节的基因的抑制剂。
118.权利要求117的试剂盒，其中该组织样本为选自肿瘤样本、毛发、血液、细胞、组 织、器官、脑组织、血液、血清、痰、唾液、血浆、乳头抽吸液、滑膜液、脑脊液、汗液、尿液、粪便 物、胰液、小梁液、脑脊液、泪液、支气管灌洗液、拭取物、支气管抽吸液、精液、前列腺液、前 宫颈液体、阴道液，和射精前精液。
119.权利要求117的试剂盒，其中测量各个共同被调节的基因的mRNA水平。
120.权利要求117的试剂盒，其中利用聚合酶链反应测试测量所述mRNA水平。
121.权利要求117的试剂盒，其中所述PARP抑制剂选自苯甲酰胺、喹诺酮、异喹诺酮、 苯并吡喃酮、环状苯甲酰胺、苯并咪唑、吲哚，及其药学盐、溶剂合物、异构体、互变异构体、 代谢物、类似物或前药。
122.权利要求117的试剂盒，其中所述PARP抑制剂为4-碘-3-硝基苯甲酰胺或其代 谢物。
全文摘要
本发明在此公开了鉴定可使用在疾病中差别表达的基因的调节剂(至少包括PARP调节剂)治疗疾病的方法，通过鉴定来自患者群的多个样本中的差别表达的基因(至少包括PARP)的表达水平，作出关于鉴定可由所述差别表达的基因的调节剂治疗疾病的决定，其中该决定是基于所述差别表达的基因的表达水平而作出的。该方法可进一步包括使用所述经鉴定的差别表达的基因的调节剂在患者群中治疗该疾病。该方法涉及在该疾病中鉴定经鉴定的差别表达的基因的上调表达，并作出关于该疾病治疗的决定。在疾病中差别表达的基因的表达水平也有助于确定使用所述差别表达的基因的调节剂治疗的效力。
文档编号A61K48/00GK101999002SQ200980112426
公开日2011年3月30日 申请日期2009年2月4日 优先权日2008年2月4日
发明者巴里·M·舍曼, 瓦莱里亚·S·奥索夫斯卡亚 申请人:彼帕科学公司