利用探测和标记寡核苷酸切割及延伸-依赖性信号传导寡核苷酸杂交的靶核酸序列的检测的制作方法

文档序号:13144094阅读:来源:国知局
技术特征:
1.利用探测和标记寡核苷酸切割及延伸-依赖性信号传导寡核苷酸杂交(PCE-SH)测定来检测靶核酸序列内的核苷酸变异的方法,其中包括:(a)使所述靶核酸序列与上游寡核苷酸以及探测和标记寡核苷酸(PTO)进行杂交;所述上游寡核苷酸包含与所述靶核酸序列互补的杂交核苷酸序列;所述探测和标记寡核苷酸包含:(i)3’-靶向部位,其包含与所述靶核酸序列互补的杂交核苷酸序列;(ii)5’-标记部位,其包含与所述靶核酸序列非-互补的核苷酸序列;以及(iii)核苷酸变异区别位点,其包含与靶核酸上的核苷酸变异互补的序列;所述核苷酸变异区别位点位于3’-靶向部位的5’-末端部分,所述3’-靶向部位与所述靶核酸序列杂交,所述5’-标记部位不与所述靶核酸序列杂交,所述上游寡核苷酸位于所述探测和标记寡核苷酸的上游,所述上游寡核苷酸或其延伸链诱导具有5’核酸酶活性的酶对探测和标记寡核苷酸的切割;(b)在用于切割所述探测和标记寡核苷酸的条件下,使所述步骤(a)的结果物与具有5’核酸酶活性的酶相接触;其中当所述探测和标记寡核苷酸与具有对所述核苷酸变异区别位点互补的核苷酸变异的靶核酸序列杂交,并且所述3’-靶向部位的5’-末端部分与靶核酸序列形成双链而诱导从第一初期切割位置切割时,则放出第一片段;其中当所述探测和标记寡核苷酸与具有对所述核苷酸变异区别位点非-互补的核苷酸变异的靶核酸序列杂交,并且所述3’-靶向部位的5’-末端部分不与靶核酸序列形成双链而诱导从位于第一初期切割位置下游的第二初期切割位置进行切割时,则放出第二片段;所述第二片段包含额外的3’-末端部位,这使第二片段与第一片段不同;(c)使从所述探测和标记寡核苷酸放出的所述片段与捕捉和模板化寡核苷酸(CTO)进行杂交;所述捕捉和模板化寡核苷酸沿着3’→5’方向包含:(i)捕捉部位,其包含与所述探测和标记寡核苷酸的5’-标记部位互补的核苷酸序列或者与5’-标记部位的一部分互补的核苷酸序列,以及(ii)模板化部位,其包含分别与所述探测和标记寡核苷酸的5’-标记部位以及3’-靶向部位非-互补的核苷酸序列;从所述探测和标记寡核苷酸放出的第一片段或第二片段与所述捕捉和模板化寡核苷酸的捕捉部位杂交;(d)利用模板-依赖性核酸聚合酶及所述步骤(c)的结果物来实施延伸反应;若所述第一片段与捕捉和模板化寡核苷酸的捕捉部位杂交,则所述第一片段被延伸,来生成包含与所述捕捉和模板化寡核苷酸的模板化部位互补的延伸序列的延伸链,若所述第二片段与捕捉和模板化寡核苷酸的捕捉部位杂交,则不被延伸;(e)使所述延伸链与信号传导寡核苷酸杂交的步骤;所述信号传导寡核苷酸包含与所述延伸链互补的序列以及至少一个标记,且所述信号传导寡核苷酸与所述延伸链杂交来提供能够检测的信号;以及(f)检测所述信号;所述信号的检测表示与所述探测和标记寡核苷酸的核苷酸区别部位互补的核苷酸变异的存在。2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述信号传导寡核苷酸的至少一部分包含与所述延伸序列互补的序列。3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述能够检测的信号是由(i)与所述信号传导寡核苷酸相结合的标记;(ii)与所述信号传导寡核苷酸相结合的标记及与从所述探测和标记寡核苷酸放出的片段相结合的标记的组合;(iii)与所述信号传导寡核苷酸相结合的标记及在步骤(d)的延伸过程中掺入于所述延伸链的标记的组合;或(iv)与所述信号传导寡核苷酸相结合的标记以及嵌入染料的组合来提供。4.根据权利要求1所述的方法,其中所述捕捉和模板化寡核苷酸(CTO)的序列被选择为,所述捕捉和模板化寡核苷酸不与第二片段的额外的3’末端部分杂交,以防止第二片段与所述捕捉和模板化寡核苷酸的捕捉部分杂交时第二片段发生延伸。5.根据权利要求1所述的方法,其中所述核苷酸变异区别位点位于与所述探测和标记寡核苷酸(PTO)的3’靶向部分的5’-末端间隔10个核苷酸的范围内。6.根据权利要求1所述的方法,其中所述探测和标记寡核苷酸(PTO)的3’靶向部分的5’末端部分包含位于从所述核苷酸变异区别位点隔开1-5个核苷酸范围内的非-碱基配对部分,其中非-碱基配对部分增强第一初期切割位置和第二初期切割位置之间的区分。7.根据权利要求6所述的方法,其中所述非-碱基配对部分扩大第一初期切割位置及第二初期切割位置之间的距离。8.根据权利要求6所述的方法,其中所述非-碱基配对部分是:(ⅰ)包含人为错配碱基、变形为无法碱基配对的非-碱基对碱基或通用碱基的核苷酸,(ⅱ)变形为无法碱基配对的非-碱基对核苷酸或者(ⅲ)非-碱基对的化合物。9.根据权利要求6所述的方法,其中所述非-碱基对部分具有1~5个部分。10.根据权利要求6所述的方法,其中所述核苷酸变异区别位点及所述探测和标记寡核苷酸的非-碱基对部分位于从3’-靶向部位的5’-末端间隔10个核苷酸的范围内。11.根据权利要求1所述的方法,其中所述方法进一步包括重复实施步骤(a)~步骤(f)中的全部或一部分,并且在各重复循环之间包括变性步骤。12.根据权利要求1所述的方法,其中进行所述方法以检测至少2种类型的靶核酸序列,其中所述上游寡核苷酸包含至少2种类型的寡核苷酸,所述探测和标记寡核苷酸包含至少2种类型的探测和标记寡核苷酸,所述捕捉和模板化寡核苷酸包含至少2种类型的捕捉和模板化寡核苷酸,所述信号传导寡核苷酸包含至少2种类型的信号传导寡核苷酸。13.根据权利要求1所述的方法,其中所述上游寡核苷酸是上游引物,并且步骤(b)使用模板依赖性核酸聚合酶来延伸上游引物,其中所述模板依赖性核酸聚合酶与所述具有5’核酸酶活性的酶相同。14.根据权利要求1所述的方法,其中所述方法在液相中或固相上进行。15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法,其中所述方法在有下游引物存在下进行。16.用于通过探测和标记寡核苷酸切割及延伸-依赖性信号传导寡核苷酸杂交(PCE-SH)测定来检测靶核酸序列上的核苷酸变异的试剂盒,其中包含:(a)探测和标记寡核苷酸(PTO),其中所述探测和标记寡核苷酸包含:(i)3’-靶向部位,其包含与所述靶核酸序列互补的杂交核苷酸序列;(ii)5’-标记部位,其包含与所述靶核酸序列非-互补的核苷酸序列;以及(iii)核苷酸变异区别位点,其包含与靶核酸上的核苷酸变异互补的序列;所述核苷酸变异区别位点位于3’-靶向部位的5’-末端一部分,所述3’-靶向部位与所述靶核酸序列杂交,所述5’-标记部位不与所述靶核酸序列杂交;(b)上游寡核苷酸,所述上游寡核苷酸包含与所述靶核酸序列互补的杂交核苷酸序列,所述上游寡核苷酸位于所述探测和标记寡核苷酸的上游;所述上游寡核苷酸或者其延伸链诱导具有5’核酸酶活性的酶对所述探测和标记寡核苷酸的切割;(c)捕捉和模板化寡核苷酸,所述捕捉和模板化寡核苷酸沿着3’→5’方向包含:(i)捕捉部位,其包含与所述探测和标记寡核苷酸的所述5’-标记部位互补的核苷酸序列或者与所述5’-标记部位的一部分互补的核苷酸序列;以及(ii)模板化部位,其包含分别与所述探测和标记寡核苷酸的所述5’-标记部位以及3’-靶向部位非-互补的核苷酸序列;其中当所述探测和标记寡核苷酸与具有对所述核苷酸变异区别位点互补的核苷酸变异的靶核酸序列杂交,并且所述3’-靶向部位的5’-末端部分与靶核酸序列形成双链而诱导从第一初期切割位置切割时,则放出第一片段;其中当所述探测和标记寡核苷酸与具有对所述核苷酸变异区别位点非-互补的核苷酸变异的靶核酸序列杂交,并且所述3’-靶向部位的5’-末端部分不与靶核酸序列形成双链而诱导从位于第一初期切割位置下游的第二初期切割位置进行切割时,则放出第二片段;所述第二片段包含额外的3’-末端部位,这使第二片段与第一片段不同,并且从所述探测和标记寡核苷酸释放出的第一片段或第二片段与所述捕捉和模板化寡核苷酸(CTO)的捕捉部分杂交;和(d)信号传导寡核苷酸,所述信号传导寡核苷酸包含与所述延伸链互补的序列,以及至少一个标记,其中所述信号传导寡核苷酸通过与所述延伸链杂交来提供能够检测的信号。17.根据权利要求16所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包含具有5’核酸酶活性的酶。
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