相关申请的交叉引用
本申请通过引用合并2013年3月14日提交的美国临时申请no.61/784,994的整体。
本公开涉及对多个样品执行多个不同分子检定的诊断系统和方法，并且特别地，包括目标核酸扩增反应的分子检定。
背景技术：
本文描述或者引用的任何参考文献并不被承认是所要求保护发明的现有技术。
分子检定是基于核酸的测试，用在临床诊断、筛选、监测、工业和环境试验、健康科学研究和其它应用中，用以检测样品中相关被测物的存在或者量，诸如微生物或者病毒，或者用以检测组织中的遗传异常或者突变。允许量化的分子检定可以允许专业人员更好地计算感染或者疾病的程度，确定随着时间发展的疾病状态。定量分子检定还用于检测治疗的有效性。多种已知的分子检定能够用以检测各种诊断指示物。
分子检定一般地包括多种步骤，以检测或者量化样品中的目标核酸。目标核酸经常包括对于可识别“组”的组织或者病毒专有的区域，其中该组由至少一个共有核酸序列限定，该共有核酸序列对于该组的全部成员是共有的，并且对于正在检定的具体样品中的组是专有的。基于核酸检测方法的示例由kohne公开在美国专利no.4851330中，以及由hogan等人公开在美国专利no.5541308中。
大多数分子检定包括如下检测步骤，其中样品暴露于检测探针或者扩增引物，该检测探针或者扩增引物被设计或者选取为在特定使用条件下对于属于相关组织或病毒的核酸序列呈现特异性。检测探针或者扩增引物能够被标记用于利用报道部分、诸如化学发光或者荧光剂进行检测，或者嵌入染料可用于无差别地检测样品中双链核酸的存在。参见例如livak等人在美国专利no.5538848中、hogan等人在美国专利no.5541308中、tyagi等人在美国专利no.5925517中、higuchi在美国专利no.5994056中、wittwer等人在美国专利no.6174670中、whitcombe等人在美国专利no.6326145中以及wittwer等人在美国专利no.6569627中的公开，为将可用于杂交作用的核酸提供到检测探针或者扩增引物，细胞可通过各种已知技术裂解或者渗透，包括通过化学(例如，洗净)步骤、机械(例如，声裂法)步骤和/或热步骤。例如，参见clark等人在美国专利no.5786208中的公开。
在目标核酸暴露于检测探针或者扩增引物之前或之后，目标核酸能够被固定在固相支持体(例如，包括磁性响应材料的颗粒或者小滴)上，该固相支持体直接或者间接地结合目标核酸。在存在离液序列高的物质的情况下，用于将核酸直接结合到硅质小滴上的固相提取法由boom等人在美国专利no.5234864中描述。间接固定的示例由weisburg等人在美国专利no.6534273中描述，该专利公开了使用捕获探针，捕获探针在第一组样品状态下结合到目标核酸，而在第二组样品状态下结合到与固相支持体共价地附连的低聚核苷酸。如果固相支持体包括磁性响应的颗粒或者小滴，能够使用磁体将固相支持体吸引到包含该固相支持体的贮器的侧面。一旦固定的目标核酸在贮器中被离析，则例如通过使贮器的流体内容物与自动移液器或者另一物质输送传送装置接触并对贮器的流体内容物抽气，能够使离析的目标核酸从样品的流体内容物的至少一部分分离。例如，参见ammann等人在美国专利no.6605213中的公开。可以执行利用缓冲溶液或者水的一个或者更多个洗去步骤，以进一步提纯被离析的核酸。
为提高检定的敏感性，能够通过核酸扩增反应来扩增目标核酸，许多核酸扩增反应在本领域中是熟知的。已知的扩增方法包括聚合酶链式反应(“pcr”)(例如，参见mullis等人在美国专利nos.4683195、4683202和4800159中以及mullis等人在《methodsinenzymology》(155:335-350(1987))中的描述)；链置换扩增(“sda”)(例如，参见walker在《pcrmethodsandapplications》(3:25-30(1993))中、walker等人在《nucleicacidsres.》(20:1691-1996(1992))中以及walker等人在《proc.natl.acad.sci.》(89:392-396(1991))中的描述)；连接酶链反应(“lcr”)(例如，参见birkenmeyer在美国专利no.5427930中以及carrino等人在美国专利no.5686272中的描述)；以及基于转录的扩增方法(boothroyd等人在美国专利no.5437990中、kacian等人在美国专利nos.5399491和5480784中、davey等人在美国专利no.5409818中、malek等人在美国专利no.5130238中以及gingeras等人在国际公布wo88/01302和wo88/10315中的描述)。关于包括许多扩增反应，包括pcr和转录介导扩增(“tma”)的综述在lee等人的《nucleicacidamplificationtechnologies，biotechniquesbooks》(1997)中提供。
pcr是最老的且最通用的扩增形式。如其它扩增方法，pcr通过以若干数量级扩增核酸区域的一个或者更多个副本，从而产生特定核酸序列的数千至数百万个副本。pcr在临床和生物学研究实验室中具有广阔应用。这一步骤的使用不用枚举，且在当前为人所熟知，因此本专利申请中不再赘述。
pcr采用热循环，该热循环由对反应混合物的加热和冷却的重复循环构成。反应通常以引物(包含与目标核酸区域互补的序列的短dna碎片)以及酶和附加反应材料开始。一旦进行，在扩增反应中可使用复制的核酸作为额外模板，从而引起目标核酸序列的指数式扩增。
因为探针对于目标序列的杂交作用，与探针有关的信号强度与样品中存在的目标核酸序列的量成比例。因此，在扩增处理期间，通过周期性测量表征扩增子存在的信号，能够检测扩增子随着时间的生长。基于在对扩增处理的该“实时”检测期间收集的数据，能够确定起始地在样品中的目标核酸的量。在本文中，“实时”地收集数据是指在反应或者另一处理进行时收集数据，这与在反应或处理完结时收集数据相反。用于实时检测以及用于处理实时数据以确定核酸水平的系统和方法由例如lair等人在美国专利no.7932081中公开。
为在单个检定中检测不同的核酸，可以设计或者选取不同探针以单独地杂交不同核酸，其中探针可以包括能够彼此区分开的报道部分。例如，参见livak等人在美国专利no.5538848中、tyagi等人在美国专利no.5925517中、morrison在美国专利no.5928862中、mayrand在美国专利no.5691146中以及becker等人在美国专利no.5928862中的公开。例如，设计或者选取成杂交不同目标的不同探针可具有在暴露于具有规定激发波长的激励光时以预定波长发荧光的荧光体。用于检测不同目标核酸的检定法能够以如下方式并行执行：在实时监测处理期间，交替地执行将样品材料暴露于不同激发波长，以及以与用于各目标核酸的探针相对应的相关波长检测莹光水平。能够使用不同的信号检测装置来执行并行处理，该不同的信号检测装置构造成在扩增处理期间周期性地测量信号发射，并且其中不同的信号检测装置构造成产生具有不同波长的激励信号，并测量不同波长的发射信号。
技术实现要素：
本公开方面具体表现在如下的系统、设备和处理中，这些系统、设备和处理中特别地通过支持在基本第一模块中或者基本第一模块中的现有模块中不可得到的处理能力，增强了一些诊断第一模块的功能性。在一个实施方式中，通过在等温扩增处理和分析能力之外，支持pcr检定处理和分析能力，这些系统、设备和处理扩展了核酸诊断第一模块的功能性。第二模块操作地联接到基本第一模块，以扩展诊断系统的整体系统能力。设置该扩展模块为单个自动化仪器赋予了样品-到-答案能力，当被整合，该单个自动化仪器能够自动地执行热循环和等温扩增检定两者，并且可以使用化学发光标签和/或荧光标签整合终点结构和实时结构。
在一些实施方式中，诊断系统能够构造成执行第一核酸扩增反应和不同于第一核酸扩增反应的第二核酸扩增反应。诊断系统包括至少一个散装试剂容器舱，该至少一个散装试剂容器舱构造成至少存储包括用于执行样品制备处理的第一散装试剂的第一散装试剂容器和包括用于执行第一核酸扩增反应的第二散装试剂的第二散装试剂容器。至少一个散装试剂容器舱进一步构造成存储单位剂量试剂舱，该单位剂量试剂舱构造成存储包括用于执行第二核酸扩增反应的多个单位剂量试剂的至少一个单位剂量试剂组合件。诊断系统构造成使用第一散装试剂对提供到诊断系统的多个样品的第一子集执行样品制备过程。诊断系统另外构造成使用第二散装试剂对多个样品中的第一子集执行第一核酸扩增反应。并且，诊断系统构造成使用多个单位剂量试剂对多个样品的第二子集执行第二核酸扩增反应。
在一些实施方式中，用于分析多个样品的自动方法包括对多个样品中的第一样品子集执行第一检定。第一检定包括使用第一单位剂量试剂的第一反应。所述方法另外包括对多个样品中的第二样品子集执行第二检定。第二检定包括使用(a)不同于第一单位剂量试剂的第二单位剂量试剂和(b)第一散装试剂中的至少一者的第二反应。执行第一检定和执行第二检定发生在存储有第一单位剂量试剂以及第二单位剂量试剂和第一散装试剂中的至少一种的同一诊断系统中。
在一个示例性实施方式中，基本第一模块包括双程式分子诊断仪器，该双程式分子诊断仪器设计成利用化学发光和莹光检测技术进行定性和实时定量检定，以进行特定目标扩增检定。通过添加第二模块，能够利用由基本第一模块执行的检定来运行(混和诸如pcr检定)的附加自动检定，并且实现类似于基本第一模块实现的吞吐量。
在一个示例性实施方式中，第二模块包括具有实时荧光检测能力的热循环仪、允许包含试剂(例如，pcr试剂)的新试剂组合件的装入且其冷却存储的试剂组合件存储座、附加的一次性移液管吸头托盘、pcr和检定专用试剂，以及用于执行pcr或另一反应所需的检定步骤和/或贮器输送的一个或者更多个移液器系统第二模块可以依赖基本第一模块实现样品输入、样品制备、目标捕获及其它处理步骤，诸如添加洗出物用于随后的pc检定，由此第二模块借助于基本第一模块的那些能力并且支撑附加的处理和检测能力，而不需要将样品输入和制备功能构建在第二模块中。
本公开的方面以用于增强第一模块能力的第二模块实现，第一模块构造成处理多个贮器中的每一个内的物质，包括构造成将物质分配到各贮器中的第一物质传送装置和构造成将贮器在第一模块移动的贮器传送装置。第二模块构造成联接到第一模块或者脱开第一模块，且包括：容器输送机，该容器传送机构造成将至少一个容器从第二模块内的位置输送到第一模块中能够由第一物质传送装置接触到的位置，以将物质从容器传送到第一模块中的贮器；贮器分配模块，其构造成接收从第一模块的贮器传送装置接收贮器，将贮器传送到第二模块中，并且将贮器在第一模块中的不同位置之间移动；和第二物质传送装置，其构造成将物质分配到第二模块内的贮器，或者从第二模块内的贮器除去物质。
根据本公开的一些方面，贮器分配模块包括贮器分配器，该贮器分配器构造成在第二模块的第一位置将贮器移动到贮器分配器，将贮器从第一位置载运到第二模块上不同于第一位置的第二位置，以及在第二模块的第二位置处将贮器移动离开贮器分配器。贮器移交装置能够构造成接收来自第一模块的贮器传送装置的贮器，并重定位贮器以将贮器提供给贮器分配器，由贮器分配器从贮器移交装置移动到贮器分配器上。
根据本公开的一些方面，贮器分配器构造成绕旋转轴线旋转，以沿着第二模块中的位置之间的弧形路径移动贮器分配器载运的贮器。用于在第二模块中的位置之间移动贮器的其它构造可被构思。因此，本公开不局限于绕旋转轴线旋转的贮器分配器。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括用于保持从第一模块传送到第二模块的一个或者更多个贮器的贮器存储站，其中贮器存储站以对应于贮器分配器的弧形路径的构造布置。
根据本公开的一些方面，贮器分配器构造成在第二模块内的不同的纵向布置的位置之间纵向地移动贮器分配器载运的贮器。
根据本公开的一些方面，贮器移交装置构造成在用于接收来自第一模块的贮器传送装置的贮器的第一位置和用于将贮器提供到贮器分配器的第二位置之间旋转。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括容器舱，该容器舱构造成保持一个或者更多个流体容器。在一些实施方式中，容器舱能够是构造成在打开位置和闭合位置之间移动的容器抽屉，并且在移动到闭合位置时，将至少一个流体容器布置在相对于容器输送机的工作位置，以便容器能够由容器输送机从容器舱输送到第一模块中。在替代实施方式中，容器舱能够包括带有滑动托盘的门，滑动托盘构造成在打开位置和闭合位置之间移动，并且在移动到闭合位置时，将至少一个流体容器布置在相对容器输送机的工作位置，以便容器能够由容器输送机从容器舱输送到第一模块中。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括容器托架，容器托架构造成载运一个或者更多个容器且能够随容器舱移动，并且进一步构造成在容器舱处于闭合位置时由容器输送机接合，以便容器输送机能够操作以将容器托架和容器托架载运的一个或者更多个容器从容器舱移动到第一模块中。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括托架输送机和托架锁。托架输送机能够随容器贮器移动，并且构造成在容器贮器处于打开位置的第一位置和容器贮器处于闭合位置的第二位置之间载运容器托架。托架锁构造成在托架输送机处于第一位置时，将容器托架锁定到托架输送机，并且在托架输送机处于第二位置时，将容器从托架输送机释放，以允许容器输送机将容器托架从托架输送机移去。
根据本公开的一些方面，容器输送机包括从容器舱延伸到第一模块中的轨道、构造成在容器舱处于闭合位置时接合容器托架的托架钩子，以及构造成沿着使托架钩子沿着托架轨道移动的机动托架钩子驱动器系统。
根据本公开的一些方面，机动托架钩子驱动器系统包括马达和带子，所述带子由马达驱动并且联接到托架钩子。
根据本公开的一些方面，处理设备进一步包括布置在沿着轨道的一个或者更多个位置处的一个或者更多个位置传感器，用以检测托架在轨道上的位置。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括试剂组合件转换器，该试剂组合件转换器包括组合件输入装置和组合件存储舱。组合件输入装置构造成允许操作者将包含至少一种试剂的试剂组合件置于第二模块中，或者从第二模块除去试剂组合件。组合件存储舱构造成保持多个试剂组合件，直至试剂组合件需要在第二模块中处理。贮器分配模块进一步构造成使试剂组合件在组合件输入装置和组合件存储舱之间移动。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括一个或者更多个试剂组合件装载站，各装载站构造成保持试剂组合件以允许第二物质传送装置将物质传送到试剂组合件到从试剂组合件传送物质。因此，在一些实施方式中，试剂组合件装载站构造成将试剂组合件的定向从初始装入位置改变到与第二物质传送装置对准的位置。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括电场发生器，该电场发生器操作关联于组合件输入装置、组合件存储舱和试剂组合件装载站中的至少一个，并且构造成产生静电力以设置和保持组合件输入装置或者组合件存储舱中保持的试剂组合件中的试剂。在相关方面中，电场发生器布置在组合件输入装置、组合件存储舱和试剂组合件装载站中至少一个以下，以便电磁力(在存在时)被施加到或者邻近地施加到试剂组合件的一个或者更多个凹孔的底部。
根据本公开的一些方面，其中组合件输入装置包括绕旋转轴线可旋转的试剂组合件转盘，其中组合件转盘包括围绕旋转轴线布置的多个试剂组合件站，各试剂组合件站构造成保持试剂组合件。
根据本公开的一些方面，组合件转盘布置在舱中，诸如抽屉，该舱能够在提供到组合件转盘的通路的打开位置和封闭到组合件转盘的通路的闭合位置之间移动。组合件转盘还可以通过露出安装有组合件转盘的可滑动托盘的入口面板接触到。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括代码读取器，该代码读取器相对组合件输入装置操作地布置，并且构造成读取组合件输入装置载运的每个试剂组合件上的可机读代码。在一些实施方式中，代码读取器读取非常接近代码读取器的相应试剂组合件上的可机读代码。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括布置在组合件存储舱内的组合件存储转盘。组合件存储转盘绕旋转轴线可旋转，并且包括围绕旋转轴线布置的多个试剂组合件站，各试剂组合件站构造成保持试剂组合件。
根据本公开的一些方面，组合件存储转盘的试剂组合件站布置在第二模块中的多于一个的水平上。
根据本公开的一些方面，第二模块另外包括冷却系统用于将存储舱保持为低于周围温度。
根据本公开的一些方面，第二物质传送装置包括移液器探针的自动移液器，并且第二模块进一步包括构造成保持多个一次性吸头的一个或者更多个一次性吸头舱中，一次性吸头构造成待被布置在自动移液器的移液器探针上。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括构造成保持多个处理小瓶和/或关联的盖子的盖子/小瓶托盘。每个盖子构造成联接到关联的小瓶，以闭合关联的小瓶。小瓶是自动移液器能够访问到的，以将处理材料分配到小瓶中，并且关联的盖子是自动移液器能够访问到的，以将每个盖子移动到关联的小瓶中，以形成盖子/小瓶组件。自动移液器构造成将盖子/小瓶组件从盖子/小瓶托盘移动到第二模块上的另一位置。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括离心机，其中自动移液器构造成将盖子/小瓶组件从盖子/小瓶托盘移动到离心机。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括：热循环仪，该热循环仪构造成保持多个盖子/小瓶组件并且使多个盖子/小瓶组件的内容物承受周期变化的温度；和自动小瓶传送移液器，其构造成将盖子/小瓶组件从离心机移动到热循环仪。
根据本公开的一些方面，第二模块进一步包括一个或者更多个磁性贮器保持槽，该磁性贮器保持槽构造成保持从第一模块传送到第二模块的贮器。各磁性贮器保持槽包括磁体并且构造成将容纳在贮器内的磁性颗粒吸到贮器壁并且从贮器的流体内容物中的溶液吸出。
根据本公开的一些方面，第一模块和第二模块构造成执行核酸扩增反应。
根据本公开的一些方面，在第一模块和第二模块中进行的核酸扩增反应是不同类型的扩增反应。
根据本公开的一些方面，在第一模块中进行的核酸扩增反应包括定性监测反应，并且在第二模块中进行的核酸扩增反应包括定量监测反应。
根据本公开的一些方面，在第二模块中进行的核酸扩增反应包括实时监测反应。
根据本公开的一些方面，其中在第一模块中进行的核酸扩增反应是等温反应，并且在第二模块中进行的核酸扩增反应包括聚合酶链式反应的使用。
本公开的方面进一步以能够对单个样品执行多个分子检定的自动系统实现。该系统包括：样品输入门座，其构造成接收被包含在一个或者更多个贮器中的样品；样品制备模块，其构造成制备提供到样品输入门座用于核酸扩增反应的样品；第一模块，其构造成用样品执行等温核酸扩增；第二模块，其构造成用样品执行包括温度循环的核酸扩增检定；和输送机构，其构造成实现包含样品的一个或者更多个贮器在样品输入门座、样品制备模块、第一模块和第二模块的自动输送。
根据本公开的一些方面，该自动系统进一步包括物质传送装置，该物质传送装置构造成在样品存在于样品第二模块、第一模块或者第二模块时存取样品。
根据本公开的一些方面，系统进一步包括构造成保持多个试剂容器的试剂存储舱，其中试剂存储舱被保持在低于周围温度的温度。
根据本公开的一些方面，系统进一步包括试剂容器输送机构，该试剂容器输送机构构造成将一个或者更多个试剂容器在试剂存储舱和第二模块中的单独位置之间输送。
根据本公开的一些方面，试剂容器输送机构构造成输送第二模块中的试剂容器，以及输送第二模块中的贮器。
本公开的一些方面以用于改进低容量核酸扩增反应混合物的热循环的方法实现。该方法包括使用自动移液器将流体样品以及一个或者更多个扩增反应试剂在反应容器中组合，使用自动移液器将反应容器输送到离心机，离心处理反应容器的流体内容物，在离心作用之后从离心机自动地去除反应容器并且将反应容器设置在热循环仪中，使反应容器的流体内容物在热循环仪中承受一个或者更多个温度循环。
根据本公开的一些方面，反应容器被从离心机移去，并且使用小瓶传送臂输送到热循环仪。
根据本公开的一些方面，反应容器被布置在离心机中的第一位置，并且反应容器在第二不同位置处从离心机移去。
根据本公开的一些方面，该方法进一步包括第二自动移液器，并且第二自动移液器在离心作用之后从离心机自动地去除反应容器，并将反应容器布置在热循环仪中。
根据本公开的一些方面，贮器用盖子密封，之后将密封的贮器输送到离心机。
根据本公开的一些方面，自动移液器将盖子输送到贮器，并且通过将盖子联接到贮器密封贮器。
本公开的一些方面以在自动分子仪器的工作流程中制备多种不同核酸反应混合物的改进方法实现。该方法包括：提供两个或更多反应贮器；提供两个或更多单位剂量试剂容器，各单位剂量试剂容器对应于相应的反应容器，并且各单位剂量试剂容器包含专用于一个或者更多个目标核酸的核酸扩增试剂；提供包含第一散装试剂的贮器；以及在两个或更多反应贮器中每一个组合至少一部分样品与至少一部分单位剂量试剂和至少一部分散装试剂。在组合之后，各反应容器包含不同的样品、不同的单位剂量试剂和相同的第一散装试剂。
根据本公开的进一步方面，该方法进一步包括包含第二散装试剂的贮器，其中第二散装试剂被分配到两个或更多单位剂量试剂容器中的每个中，然后在两个或更多反应贮器中的每个中组合至少一部分样品与至少一部分单位剂量试剂和至少一部分散装试剂。
根据本公开的一些方面，第二散装试剂包括重构试剂。
根据本公开的一些方面，该方法进一步包括将两个或更多反应贮器中的每个输送到加热器，诸如加热培育箱或者加热板，以执行核酸扩增检定。
本公开的其它特征和特性以及操作方法、相关结构元件的功能和部件组合以及制造经济性，在考虑到以下描述及所附权利要求并参考附图将变得明显，全部附图形成本说明书的一部分，其中同样的附图标记标志各图中的对应部件。
附图说明
本文整合的且形成本说明书一部分的附图例示了本公开的各种非限制性实施方式。在附图中，共用的附图标记指示相同或功能上类似的元件。
图1是根据实施方式的包括第一模块和第二模块的诊断系统的透视图。
图2是根据实施方式的多贮器装置(mrd)的透视图。
图3是图2的mrd的局部底视图。
图4是根据实施方式的诊断系统的第一模块的顶部平面图。
图5是根据实施方式的第一模块和第二模块的分解顶部平面图。
图6是根据实施方式的第二模块的扩增处理台的顶部平面图。
图7是根据实施方式的第二模块的局部前透视图，带有处于打开位置的散装试剂容器舱。
图8是根据实施方式的第二模块和第一模块的局部顶部平面图，示出了散装试剂容器舱在闭合位置中。
图9是根据实施方式的第二模块的散装试剂容器舱和散装试剂容器输送机的顶部透视图，其中散装试剂容器舱在打开位置。
图10是根据实施方式的第二模块的散装试剂容器舱和散装试剂容器输送机的顶部透视图，其中散装试剂容器舱在打开位置，并且洗出物容器被输送到散装试剂容器输送机的端部。
图11是根据实施方式的散装试剂容器舱的局部横截面图，其中散装试剂容器舱在打开位置。
图12是根据实施方式的散装试剂容器舱和散装试剂容器输送机的局部横截面图，其中散装试剂容器舱在闭合位置。
图13是根据实施方式的散装试剂容器舱的局部端视图，其中散装试剂容器舱在闭合位置。
图14是根据实施方式的第二模块的贮器处理台的顶部透视图。
图15是根据实施方式的第二模块的局部前透视图，其中试剂组合件转换器的转盘舱在打开位置。
图16是根据实施方式的组合件转盘舱的局部顶部透视图。
图17是根据实施方式的组合件转盘舱的局部侧面透视图。
图18是试剂组合件转换器和试剂组合件存储舱的可选实施方式的横截面后透视图。
图19是根据实施方式的体现本公开方面的试剂组合件的顶部透视图。
图20是根据实施方式的沿着图19中的线xx-xx的试剂组合件的顶部透视横截面图。
图21是根据实施方式的第二模块的自动移液器的透视图。
图22是根据实施方式的自动移液器的物质传送移液器的透视图。
图23是根据实施方式的处理小瓶、处理小瓶盖子和移液器探针的分解透视图。
图24是根据实施方式的分别布置在处理盖子/小瓶舱托盘的处理小瓶凹孔和盖子凹孔内的处理小瓶和处理小瓶盖子的横向横截面。
图25是根据实施方式的从盖子凹孔移去且插入处理小瓶中的处理小瓶盖子的横向横截面，其中处理小瓶布置在处理小瓶凹孔中。
图26是处理小瓶、处理小瓶盖子和移液器探针的可选实施方式的分解透视图。
图27是第二模块的贮器分配模块的实施方式的顶部透视图。
图28是根据实施方式的贮器分配模块的底部透视图。
图29是贮器分配模块的旋转分配器的分配头的实施方式的透视图，其中贮器钩子在退回位置。
图30是根据实施方式的分配头的透视图，其中贮器钩子在伸展位置。
图31是根据实施方式的分配头的反向相侧透视图。
图32是根据实施方式的旋转分配器的横向横截面，其中试剂组合件布置在旋转分配器中。
图33是根据实施方式的旋转分配器的横向横截面，其中mrd布置在旋转分配器中。
图34是贮器分配模块的分配器移动系统的实施方式的顶部前透视图。
图35是分配器移动系统的顶部后透视图。
图36是的磁性洗提槽和试剂组合件装载站的实施方式的顶部平面图。
图37是根据实施方式的磁性洗提槽和试剂组合件装载站的前端透视图。
图38是根据实施方式的磁性洗提槽和试剂组合件装载站的后端透视图。
图39和40是第二模块的mrd移交装置的实施方式的透视图。
图41是例示根据实施方式的样品洗提液制备过程的步骤的流程图。
图42是例示根据实施方式的反应混合物制备过程的步骤的流程图。
图43是例示根据实施方式的用于执行自动核酸扩增反应、诸如pcr的处理的步骤的流程图。
图44是例示使用根据一个这种实施方式的诊断系统的方法的流程图。
根据以下结合附图提出的详细说明，本公开的特征和优点将变得更明显，其中同样的参考符号在全部附图中标示相应的元件。在附图中，同样的附图标记总体上指示相同的、功能上类似的和/或结构上类似的元件。
具体实施方式
除非另外限定，本文使用的所有技术术语、符号和其它科学术语或者专业词汇具有如本公开所属领域中普通技术人员通常理解的相同的含义。本文所述或引述的许多工艺和步骤也由本领域技术人员良好理解，并使用常规方法来使用。如适当的，包括使用市售套件和试剂的步骤一般地根据制造商限定的规程和/或参数执行，除非另外注明。本文引用的全部专利、申请、公布申请或者其它公布的全部内容通过引用合并。如果本节中提出的定义与通过引用合并入本文的专利、申请、公布的申请或者其它公布中提出的定义相反或者另外地不一致，本节提出的定义优先于通过引用整合的定义。
说明书中引述的“一个实施方式”、“实施方式”、“另外实施方式”、“示例实施方式”、“一些方面”、“进一步方面”、“多个方面”等待是指所述的实施方式可以包括特定特征、结构或者特性，但每个实施方式可以不必需包括特定特征、结构或者特性。另外，这种措词不必然指代同一实施方式。另外，当结合实施方式描述特定特征、结构或者特性时，该特征、结构或者特性也是关于其它实施方式的描述，而与是否明确描述所述其它实施方式无关。
如本文使用的，“一”是指“至少一个”或者“一个或更多个”。
如本文使用的，“样品”指可能包含有关病毒或者组织或者替代地来源于有关病毒或者组织的核酸的任何物质，或者可能具有相关核酸的任何物质，诸如可能具有遗传异常或者突变的核酸。物质可以例如是未处理的临床标本，血液或者生殖泌尿道标本，是包含标本的缓冲介质，是包含标本和用于分离属于病毒或者组织的核酸的溶解剂的介质，或者是包含来源于已在反应容器中或在反应材料或装置上离析和/或提纯的病毒或者组织的核酸的介质。为此，术语“样品”将理解为是指标本的原有形式，或者理解为用以释放、离析和提纯来源于病毒或者组织的核酸的任何处理阶段。由此，引述“样品”可指代在不同处理阶段可能包含来源于病毒或者组织的核酸的物质，而不局限于物质的原有形式。
本说明书在描述部件、设备、部位、特征或者其一部分的位置和/或定向时可以使用相对空间和/或定向术语。除非具体表述，或者以其它方式通过说明书的上下文规定，这些术语“包括、无局限地、顶部、底部、以上、低于、在下方、在…之上、上部、下部、左方、右方、内侧、外侧、内部、外部、近侧、远侧、在前方、后方、紧接于、邻近、在…之间、水平、垂直、斜向、纵向、横向等待”用于方便地引述附图中这种部件、设备、部位、特征或者其一部分，并不旨在是限制性的。
本申请中使用的节标题仅旨在向读者指出本公开系统的各种方面。节标题并不旨在限定所公开和所要求的发明。类似地，节标题不旨在暗示在一节中的材料、特征、方面、方法或步骤不应用于另一节中。因此，在一个章节中描述的材料、特征、方面、方法或步骤说明旨在应用于其它章节。
核酸诊断检定
本公开方面包括能够结合核酸诊断检定使用的诊断系统和方法，所述核酸诊断检定包括“实时”扩增检定和“终了”扩增检定
实时扩增检定可用于确定目标核酸在例如源自于病原生物(例如，细菌、真菌或者始生物)或者病毒的样品中的存在和量。由此，实时扩增检定经常称为定量检定。通过确定目标核酸在样品中的量，专业人员能够估计组织或者病毒在样品中的量或者充入。在一个申请中，实时扩增检定可用以筛选旨在用于输液的血液或者血液制品中的血液传播病原体，诸如肝炎c病毒(hcv)和人类免疫缺陷性病毒(hiv)。在另一申请中，实时检定可用以监测治疗方法在感染有病原生物或者病毒或者受到特征为畸形或者突变基因表达式的疾病困扰的患者中的效力。实时扩增检定也可用于诊断目的以及基因表达测定。用于执行实时扩增检定的示例系统和方法由macioszek等人在美国专利no.7897337中公开。
本公开的实施方式除结合实时扩增检定执行以外，本公开的实施方式也可以结合终了扩增检定来执行。在终了扩增检定中，包含目标序列或者其互补序列的扩增产物的存在在扩增步骤完结时确定。由此，终了扩增检定经常称为定性分析，因为这种检定法并不指示所存在的目标被测物的量，而是提供关于目标被测物的存在或者缺失的定性指示。用于终了检测的示例性系统和方法由ammann等人在美国no.6335166中公开。该确定可以发生在位于发生扩增反应的培育箱的外部位置处或与之成一体的检测站中。相反，在“实时”扩增检定中，在扩增步骤期间确定包含目标序列或者它的互补序列的扩增产物的量。在实时扩增检定中，目标核酸的浓度能够使用通过如下方式获得的数据来确定：对作为包含目标序列或者它的互补序列的样品中的扩增产品的量的函数的信号进行周期性测量，并根据所获得的数据计算目标序列的扩增速率。这种实时扩增检定的示例由lightii等人在美国专利no.8615368中描述。
在示例性实时扩增检定中，反应标签包括荧光部分，或者另一发射部分，以及淬灭部分，诸如，例如4-(4-二甲氨基苯基偶氮)苯甲酸(dabcyl)。在由适当激发波长的光能激励时，荧光部分以特定发射波长发出光能(即，发荧光)。当荧光部分和淬灭部分保持为紧密附近时，荧光部分发出的光能被淬灭部分吸收。但是当探针杂交到样品中存在的核酸时，荧光部分和淬灭部分彼此分离，并且荧光部分发出的光能能够被检测到。具有不同的且可辨别的激励波长和发射波长的萤光部分通常与不同探针组合。不同探针能够被添加到样品，并且与各探针关联的目标核酸的存在和量能够通过如下方式确定：交替地将样品暴露于不同激发波长的光能，以及测量来自样品的在与不同萤光部分相对应的不同波长下的光发射。在另一实施方式中，具有相同激发波长但具有不同的且可辨别的发射波长的不同萤光部分与不同探针组合。与各探针关联的目标核酸的存在和量能够以如下方式确定：将样品暴露于特定波长的光能，测量来自样品的在与不同萤光部分相对应的不同波长下的光发射。
在本领域中已知各种不同的标记探针和探测机构，包括那些不杂交到目标序列的探针。例如，参见brow等人在美国专利no.5846717中和chun等人在美国专利申请公布no.2013/0109588中的描述。本公开的一些实施方式的操作与使用的具体标号方案无关，只要要检测的部分能够以特定波长的光激励并且发出可辨别的发射谱。
在核酸扩增反应用以在检测之前增大样品中存在的目标序列和/或它的互补序列的量的情形中，需要包括“对照组”以确保扩增已经发生。例如，参见wang在美国专利no.5476774中描述的增益对照组。这种对照组能够是与相关序列无关的已知核酸序列。对于对照序列具有特异性并且具有独特荧光染料(即，对照染料)和淬灭剂组合的探针(即，对照组探针)与扩增对照序列及目标序列所需的一种或更多种扩增试剂被添加到样品。在将样品暴露于适当的扩增条件之后，样品交替地暴露于不同激发波长(包括用于对照染料的激发波长)的光能，并检测发射光。对具有对应于对照染料的波长的发射光的检测证实扩增是成功的(即，对照序列确实被扩增)，由此，未检测到对应于目标序列的探针的发射光不太可能是因为扩增失效。相反地，未检测到来自对照染料的发射光可能指示扩增失败，从而需要怀疑检定的原因。替代地，未检测到发射光可能是由于用于检测发射光的仪器的故障或者机械和/或电气性能劣化
在一些实施方式中，根据本文描述执行的检定使用技术，诸如目标捕获、反转录和实时聚合酶链式反应，来捕获、扩增并检测来自患者样品中的标靶组织的核酸。反转录和pcr的组合缩写为“rt-pcr”。以下是关于可根据本公开的方面执行的不同技术的概括检定处理描述。
目标捕获处理离析目标(例如，病毒、细菌、真菌、始生物、哺乳动物细胞等等)的核酸，并且提纯核酸用于扩增。能够为从尿到血液的各种生物学基物的目标组织能够通过目标捕获试剂(“tcr”)裂解，由此核酸被释放出。在一个方案中，捕获低聚核苷酸探针杂交到目标核酸。捕获探针/目标核酸合成物通过核酸杂交附接到tcr中的磁性颗粒。用于执行这些方法的示例性公开由美国专利nos.6140678、5234809、5693785和5973138以及欧洲专利no.0389063提供。磁性颗粒被拉到容器侧面并由磁体离析，可能的抑制物质被洗去(可以执行多个洗涤循环)，由此提供目标核酸。hogan等人在美国专利no.7172863中提供了关于该协议的示例性公开。另见fort等人的国际公布wo2003/097808。如果目标捕获处理专用于目标核酸，则在提纯步骤之后保留下来的将主要是目标核酸。结果，目标捕获允许富集各种样品类型，明显降低抑制率并且能够提高检定敏感性。目标核酸捕获的示例性方法由例如boom等人在美国专利no.5234864中、hawkins在美国专利no.5705628中、collins等人在美国专利no.5750338中以及weisburg等人在美国专利no.6534273中公开。
在完成目标捕获处理之后，固定有目标核酸的磁性颗粒被再悬置，例如利用包括低盐缓冲液或者水的20-60μl的洗液来悬置。这将使目标核酸从磁性颗粒脱离杂交，并且在存在强磁体的情况下，允许5-50μl的提纯核酸被回收作为扩增处理的输入。
反转录和pcr能够优化，以使用常见试剂作为单步骤处理在单个贮器中运行。这一方法提供了用以检测低裕度rnas的灵敏手段，并且虽然该方法不必要是定量的，但如果需要定量结果，能够在实验中包括专用对照组。(如果目标核酸是dna，则不要求反转录步骤。)在示例性实现中，在执行实时pcr反应之前，用反转录酶(逆转录酶)在42℃下浸油近似30分钟来培养rnas。这一处理产生rna目标序列的单扭dna副本。如果目标是将源材料中存在的全部rnas复制为dna，则使用非专用的引物或者引物集。在具有多聚腺苷酸(polya)尾的mrna的情况下，可使用寡脱氧胸苷酸引物。替代地，随机化六聚体核昔酸引物的集合可用以确保将存在与各信息互补的引物。如果寻求仅一个rna目标，则使用与期望扩增产品的3'端互补的特定序列引物。rnaseh被用以降解被包含在杂化rna-dna双链体中的rna分子，以便dna链可用以引导第二链合成。由此生成的单链dna能够作用为使用特定序列引物扩增研究区的pcr的模板。
多聚酶在低温下无活性，但能够在开始pcr之前在95℃加热若干分钟(例如，近似10分钟)来激活。两个反应在热循环仪(即，构造成将贮器内容物暴露于在两个或更多个不同温度之间循环的温度的模块)内部发生，但实时pcr要求在变性温度(～95℃)、回火温度(～55℃)和合成温度(～72℃)之间准确/快速的热循环。莹光监测在各循环期间或者以另一预定时间间隔在一种或多种颜色波长下-相关于适于检测一种或多种目标被测物的一种或多种探针-发生。pcr部件可以包括例如前向引物和反向引物，以及包含位于5'端上的报道荧光染料和位于3'端上的淬灭剂染料的荧光探针。(例如，参见holland等人在proc.natl.acad.sci.usa，88(16):7276-7280(1991)中的描述。)在pcr期间，核酸引物杂交到目标核酸的相反链，以它们的3'端彼此面向地定向，以便通过诸如dna聚合酶的核酸聚合酶形成的合成物延伸过它们之间的核酸部段。虽然探针保持原样，但淬灭剂染料接近报道染料极大地降低了由报道染料发出的莹光。在存在目标核酸时的扩增期间，荧光探针在引物部位之一下游回火，并且在引物延伸期间通过聚合酶的5'核酸酶活性裂开。探针的裂开将报道染料从淬灭剂染料分离，由此使得可以检测到报道染料信号，并且将探针从目标链去除，从而引物延伸延续到模板链的末端。
一轮pcr合成将导致具有不确定长度的新链，类似于父链，该新链能够在变性作用和回火时杂交到引物。通过变性、引物回火和合成的各子序列循环，这些产物算术式地累积。变性、回火和合成的第二循环产生两个单链产物，该两个单链产物一起组成离散的双链产物，该双链产物准确地为引物端部之间的长度。该离散产物的各链对于两个引物之一互补，并且因此能够在后续循环中作为模板参与。这一产物的量随着合成、变性和回火的每一后续循环而倍增。这使得以指数方式累积，以便30个循环将导致该离散产物的2倍(2700000000重)扩增。
多贮器装置
图2示出了mrd160的一个实施方式，mrd160包括多个单独的贮器或者管子162，优选地五个。贮器162形成为具有开放顶端和闭合底端(优先地，为柱形管子的形式)，并且通过连接肋结构164连接到彼此，连接肋结构164限定沿着mrd160的两侧纵向延伸的面向下突肩。
替代地，贮器可以是适于保持流体或者液体的任何容器，包括，例如比色杯、烧杯微量滴定板的凹孔、试管，以在一些实施方式中，移液管吸头。除非明显说明或者在上下文中另外指出，关于mrd或者mrd的贮器的描述是示例性的，不应被阐释为限制本公开的范围，因为本公开的方面适用于任何合适的“贮器”。
在一些实施方式中，mrd160由注塑聚丙烯形成，诸如那些由wilmingtondelaware的montellpolyolefins出售的产品pd701nw，或者由huntsman出售的产品p5m6-048。在替代实施方式中，mrd的贮器162借助于诸如例如采样管机柜或者其它保持结构相对彼此可释放地固定。
弓形屏蔽结构169能够设置在mrd160的一端处。mrd操纵结构166从屏蔽结构169延伸。在一些实施方式中，操纵结构166构造成由贮器分配器或者输送机构的可伸长可收放挂钩接合，用于将mrd160在诊断系统的第一模块的不同部件之间移动。与mrd160兼容的示例性输送机构由ammann等人在美国专利no.6335166中公开。在一些实施方式中，输送机构从操纵结构的下侧接合操纵结构166，如箭头60所示。在一些实施方式中，mrd操纵结构166包括从屏蔽结构169延伸的横向延伸板，在板168的相反端上设有纵向延伸件167。角撑壁165能够从侧板168在屏蔽结构169和纵向件167之间向下延伸。
如图3所示，屏蔽结构169和纵向件167具有相互面对的凸形表面。但是，这只是构造屏蔽结构169和纵向件167的一种方式。通过将接合构件，诸如可伸长可收放挂钩沿横向方向(在方向“a”)移动到屏蔽结构169和纵向件167之间的空间，mrd160可以由贮器分配器、输送机构和其它部件接合。屏蔽结构169和纵向件167的凸形表面为经历横向相对运动进入屏蔽结构169和纵向件167之间的空间的接合构件提供了更宽的入口点。当然，由于接合构件自动受控，可理解凸形表面仅是本实施方式的设计选择，可构思其它成形表面。
具有平坦标记接收表面175的标记接收结构174能够设置在mrd160的与屏蔽结构169和mrd操纵结构166相反的端部上。目视和/或机器可读标签，诸如可扫描条形码，能够布置在表面175上，以在提供mrd160上设置识别和指令信息。
关于代表性mrd160的更多细节在horner等人的美国专利no.6086827中公开。
诊断系统
图1示出了根据实施方式的诊断系统10。诊断系统10能够构造成对多个样品执行多个不同分子检定。在一些实施方式中，诊断系统10能够构造成执行不同的目标核酸扩增反应。例如，诊断系统10能够构造成对多个样品的第一子集执行第一目标核酸扩增反应，并且对多个样品的第二子集执行第二不同目标核酸扩增反应。
在一些实施方式中，诊断系统10包括第一模块100和第二模块400第一模块100构造成执行第一目标核酸扩增反应的步骤中的至少一个，第二模块400构造成执行第二目标核酸扩增的步骤中的至少一个。
在一些实施方式中，诊断系统10是一体式整装式结构，第一模块100不能选择性地联接到第二模块400以及从第二模块400脱离。
在一些实施方式中，诊断系统10构造为使得第一模块100能够选择性地且操作地联接到第二模块400，并且第一模块100能够选择性地脱离第二模块400。在一些实施方式中，第一模块100能够使用例如机械紧固件(例如，螺栓或者螺钉)、夹具、它们的任何组合或者任何其它合适连接装置而被选择性地联接到第二模块400。在一些实施方式中，合适的动力和/或数据线设置在第二模块400和第一模块100之间。例如，在其中第一模块100能够选择性地联接到第二模块400的实施方式中，第二模块400能够扩展用户先前购买的包括仅仅第一模块100的诊断系统的整体系统能力。
根据各种实施方式的第一模块100和第二模块400的构造和功能描述如下。
第一模块
其中可以实现本公开实施方式的第一模块100在图4中以示意性平面图示出，并且标记为附图标记100。第一模块100包括构造成接收一个或者更多个反应贮器(稍后更详细说明)的各科装置，在每个贮器中执行设计成检测病毒或者组织(例如，细菌、真菌或者始生物)的多步骤核酸测试(nat)中的一个或者更多个步骤。第一模块100能够包括贮器接收部件，该贮器接收部件构造成接收并保持一个或者更多个反应贮器，并且在有些情况下，对贮器的内容物执行处理。示例性处理增加物质，诸如样品流体、试剂(例如，目标捕获试剂、扩增试剂、缓冲剂、油、标签、探针或者任何其它试剂)，和/或从反应容器去除物质；搅动贮器以混合其内容物；保持和/或改变反应容器的内容物的温度；加热或激冷反应容器的内容物；改变反应容器的内容物的一种或更多种成分的浓度；分离或者离析反应容器的内容物的组成成分；检测反应容器的内容物的电磁信号发射(例如，光)；失活或停止在发生的反应；或者这些处理中两种或更多种的任意组合。
在一些实施方式中，第一模块100可以包括贮器输入装置102，贮器输入装置102包括用于在贮器用于执行nat的一个或者更多个处理步骤之前接收并保持一个或者更多个空反应贮器的结构。贮器输入装置102可以包括舱，例如抽屉或者机柜，该舱可以打开并装入多个贮器，并且可以包括贮器给进装置，以用于将贮器以例如一次一个或多个的方式移动到贮器拾取位置。在一些实施方式中，贮器拾取位置包括贮器的配准或者已知位置，以便于贮器分配器移去贮器。
在一些实施方式中，第一模块100可以进一步包括一个或者更多个散装试剂容器舱，该散装试剂容器舱构造成存储保持散装试剂或者保持废料的一个或者更多个散装容器。在一些实施方式中，散装试剂包括流体诸如水、缓冲溶液、目标捕获试剂、核酸扩增试剂。在一些实施方式中，散装试剂容器舱可以构造成将这些容器的内容物保持在规定贮存温度下和/或搅伴这些容器以保持容器的内容物溶解或者悬置。
在一些实施方式中，第一模块100包括第一散装试剂容器舱和单独的第二散装试剂容器舱，第一散装试剂容器舱构造成存储保持核酸扩增试剂、例如用于执行tma的试剂的至少一个散装容器，，而第二散装试剂容器舱构造成存储保持样品制备试剂、例如目标捕获试剂的至少一个散装容器。在一些实施方式中，第一模块100包括散装试剂容器舱，该散装试剂容器舱存储保持核酸扩增试剂的散装容器和保持样品制备试剂、例如目标捕获试剂的散装容器。在一些实施方式中，构造成存储至少一个散装容器的散装试剂容器舱能够是如下的舱，该舱容纳混料器、例如轨道混料器，并且构造成载运保持样品制备试剂、例如目标捕获试剂的容器。在一些实施方式中，一个或者更多个散装容器舱能够包括用于载运和搅动容器(例如，带有磁性响应的固相支持体的tcr的容器)的保持结构。在此享有共有权的在2013年3月14日提交的buse等人的美国临时申请no.61783670“apparatusforindexingandagitatingfluidcontainers”中公开了示例性保持结构。在一些实施方式中，一个或者更多个散装容器舱包括可滑动托盘以限定构造成紧密地接收相应散装容器的至少一个凹进。
在一些实施方式中，第一模块100的一个或多个散装试剂容器舱能够构造成存储包含样品制备试剂、例如目标捕获试剂的至少两个容器。在一些实施方式中，各目标捕获试剂专用于特定检定类型(例如，目标核酸)、核酸类型(例如，rna或者dna)和/或样品类型(例如，粪便、尿、血液等等)。例如，目标捕获试剂能够包括具有专用于目标核酸的区域的探针。例如，参见weisburg等人在美国专利no.6534273中的描述。
第一模块100可以进一步包括样品装入装置，该样品装入装置构造成接收并保持包含样品的容器，诸如试管。第一模块100还可以包括用于将流体，例如样品流体、试剂、散装流体、废液等等输送到反应贮器和/或其它容器以及从反应贮器和/或其它容器输送流体的一个或者更多个物质传送装置。在一些实施方式中，物质传送装置可以包括一个或者更多个自动移液器，该自动移液器构造用于受控的自动移动以及接触反应贮器、保持试剂的散装容器和保持样品的容器。在一些实施方式中，物质传送装置还可以包括布置在其它装置中的流体分配器，例如喷嘴，并且通过合适的流体导管连接到容器，例如保持试剂的散装容器，并且连接到泵或者用于产生从容器到分配器的流体运动的其它装置。
在一些实施方式中，第一模块100可以进一步包括多个装载站，诸如图4中描绘的装载站104、106、108，被构造成接收用于载运样品贮器和各种试剂容器的机柜和其它形式的保持器，物质传送装置能够访问这些样品贮器和各种试剂容器。可用于实施方式的装载站和容器保持架由clark等人在美国专利no.8309036中例示和描述。在其中第一模块100包括用于执行nat的平台的实施方式中，反应试剂可以包括目标捕获试剂、溶菌试剂、核酸扩增试剂(例如，用于扩增的聚合酶和三磷酸核苷)和/或核酸检测试剂，诸如可检测探针或者嵌人染料。
在一些实施方式中，第一模块100可以另外包括温度修整站110，温度修整站110构造成将一个或者更多个反应贮器保持在被维持成高于周围温度的环境中，以提高贮器的内容物的温度。示例性温度修整站由ammann等人在美国专利no.8192992中公开的。
在一些实施方式中，第一模块100可以进一步包括一个或者更多个加热器模块。例示的第一模块100包括三个加热培育箱112、114、116，每个培育箱构造成接收多个反应贮器并且将贮器保持在升高的温度环境中。示例性的培育箱由macioszek等人在美国专利no.7964413中和heinz等人在美国专利申请公布no.2012/0221252中公开。加热器模块可以替代地是加热板。在一些实施方式中，可以使加热器模块配置有一个或者更多个加热培育箱和一个或者更多个加热板。
另外，在其中第一模块100包括用于执行nat的平台的实施方式中，第一模块可以包括样品处理部件，该样品处理部件诸如是磁性分离洗去站118、120，适于从贮器的余留内容物中分离或者离析固定在磁性响应的固相支持体上的目标核酸。示例性磁性分离洗去站由hagen等人在美国专利申请公布no.2010/0288395中和ammann等人在美国专利no.6605213中公开。
虽然在第一模块100的平面图中未例示，但在一些实施方式中，第一模块100可以包括一个或者更多个物质传送装置，例如自动移液器。图21是第二模块400的自动移液器的透视图，例示了构造用于第一模块100的物质传送装置的至少一种方式。
在一些实施方式中，第一模块100可以进一步包括激冷模块122，该激冷模块122适于接收一个或者更多个反应贮器，并将贮器保持在低于周围温度的下，以降低贮器的内容物的温度。
并且在一些实施方式中，第一模块100可以包括检测器124，该检测器124构造成接收反应容器并且检测反应容器的内容物发出的信号(例如，光信号)。在一个实现中，检测器124可以包括光度计，用于检测贮器的内容物发出的发光信号，和/或荧光计，用于检测荧光发射。第一模块100还可以包括一个或者更多个信号检测装置，诸如荧光计该信号检测装置联接到培育箱112、114、116中的一个或多个，并且构造和构造为优选地以规定的周期间隔检测由包含在培育箱中的贮器的内容物发出的信号，同时，处理，诸如核酸扩增，发生在反应贮器中。示例性光度计和示例性荧光计由macioszek等人在美国专利no.7964413中公开，并且另一示例性荧光计由heinz等人在美国专利申请公布no.2012/0221252中公开。
第一模块100另外包括贮器传送装置，在所示的实施方式中，贮器传送装置包括贮器分配器150。第一模块100中的部件，例如培育箱112、114、116，装载站104、106、108，温度修整站110，洗去站118、120和激冷模块122，也能够包括贮器传送门座，能够通过该贮器传送门座将贮器插入相应的部件或者从相应的部件移去贮器。各部件可以或不可以包括覆盖其贮器门座的可开放门。贮器分配器150构造成使贮器在各种部件之间移动，并且从部件中取回贮器以及将贮器安置到部件中。在一个示例性实施方式中，贮器分配器150包括贮器分配头152，该贮器分配头152构造成沿着输送轨道组件154在x方向上移动，在θ方向上旋转，并且使贮器在r方向上移入和移出贮器分配头152以及第一模块100的一种部件。示例性贮器分配器由hagen等人在美国专利申请公布no.2012/0128451中公开。
第二模块
本公开的方面在诊断系统的第二模块400中实现。在一些实施方式中，第二模块400与第一模块100是一体式的，并且在其它实施方式中第二模块400可以选择性地且操作地联接到第一模块100，如上所述。在一些实施方式中，第二模块400能够操作地与之联接的第一模块100包括例如分子仪器，诸如可从hologic,inc购得的
在一个示例性实施方式中，在一个示例性实施方式中，第二模块400构造成执行核酸扩增反应，例如pcr，并且在一些实施方式中，构造成实时地测量莹光(即，随着扩增反应的发生)。控制器控制第一模块100的部件和第二模块400的部件执行检定步骤。在一个示例性实施方式中，第一模块100包含计算机和执行规定的基于扩增的检定必需的全部流体、试剂、消耗品和机械块，规定的基于扩增的检定诸如是基于转录依赖性扩增方法的检定，例如tma或者核酸序列依赖性扩增(nasba)。(tma方法由acian等人在美国专利nos.5399491和5480784中描述；并且nasba方法由davey等人在美国专利no.5409818中以及malek等人在美国专利no.5130238中描述)如上所述，控制器可以包括计算机，并且优先地能够提供lis(“实验室信息系统”)连通性以及远程用户访问。在一些实施方式中，第二模块400容纳允许第二扩增检定、熔融分析以及可选地额外功能性的部件模块。其它部件可以包括打印机和可选的不间断电源。
第二模块400的总体构造的实施方式示出在图1、5、6和14中。图1是诊断系统10的透视图，包括第二模块400和第一模块100。图5是与第一模块100分离的第二模块400的顶部平面图。图6是第二模块400的扩增处理台430、例如包含用于执行pcr的部件的平台的顶部平面图。图14是第二模块400的贮器处理台600。参考图1、5、6和14，第二模块400的部件能够包括例如物质传送装置(例如，自动移液器402)、热循环仪/信号检测器432、构造成包含用于移液器的一次性吸头的托盘的吸头舱580(例如，两个或更多)、构造成包含一次性处理小瓶和关联的盖子的托盘的处理盖子/小瓶舱440(例如，两个或更多)、散装试剂容器舱500、散装试剂容器输送机550、包括贮器移交装置602和贮器分配器312(在所示的示例性实施方式中，包括旋转分配器)的贮器分配系统、构造成存储mrds160的mrd存储单元608、610、612，磁性洗提槽620(例如，两个或更多)、废物箱检查口652、废物箱652、离心机588、试剂组合件转换器700、试剂组合件装载站(例如，两个或更多)640，和构造成存储附件和/或后处理盖子/小瓶组件的舱590，所述附件包括例如消耗品、输出板卡。
如图1所示，部件可以定位在不同水平上，或者是通过模块400纵向布置的平台。在一些实施方式中，物质传送和搬运装置402能够是自动移液器402，如图1所示。在一些实施方式中，自动移液器402布置在第二模块400的顶部附近，在全部其它部件之上。在描绘的实施方式中，在自动移液器402以下，扩增处理台430包括散装试剂容器舱500和散装试剂容器输送机520、离心机588、热循环仪/信号检测器432的顶部、吸头舱580和处理盖子/小瓶舱440。在扩增处理台430以下，贮器处理台600包括贮器移交装置602、旋转分配器312、mrd存储单元608、610、612、磁性洗提槽620、试剂组合件转换器700和试剂组合件装载站640。如在图6中能够看到的，在贮器处理台600上的磁性洗提槽620和试剂组合件装载站640自动移液器402通过扩增处理台430的模块之间的间隙能够访问到的。
包括贮器移交装置602和旋转分配器312的贮器分配系统构造成从第一模块100的贮器传送装置(例如，贮器分配器150)接收贮器或者成组贮器(例如，mrd160)，并且将贮器传送到第二模块400，并且构造成将贮器移动到在第二模块400中的不同位置。旋转分配器312和贮器移交装置602在图14中示意性地示出。关于这些部件的更多细节描述如下。
在一些实施方式中，第二模块400操作地布置在第一模块100附近，其中散装试剂容器输送机550延伸到第一模块100中，以便洗出物容器502、504能够由散装试剂容器输送机550从散装试剂容器舱500输送到第一模块400中的其中第一模块100的物质传送装置、例如自动移液器能够访问容器502、504的位置。
在一些实施方式中，第二模块400相对于第一模块100是大致自支撑的，以便第二模块/第一模块组件不被过约束。由此，在一些实施方式中，第二模块400不包括接触第二模块下方的地面且支撑模块的一些全部重量的任何支脚。在一些实施方式中，如果第二模块400包括其自身的刚性支脚(例如，两个、三个或者四个支脚)，则第一模块100的支脚和第二模块400的支脚能够形成过约束几何结构。在本示例中，能够仔细地使第二模块400和第一模块100的全部支脚相对于彼此同高，以确保组件是水平的，并且过大应力不被施加到第二模块400和第一模块100之间的连接点。为避免这些可能的过约束几何结构，在一些实施方式中，如果第一模块的支脚能够支撑第二模块的附加重量，则第二模块400离开第一模块100悬置。在一些实施方式中，第二模块400的一些重量可以由位于第二模块400的背离第一模块100的远边缘上的单个支脚支撑。
在一些实施方式中，第二模块400和第一模块100安装到一体式框架。
在一些实施方式中，第二模块400和第一模块100之间的分界面被封阻和密封，其中可以阻止两个模块之间的空气流。位于第一模块100的面向第二模块400的一侧上的现有进气口可以通过第二模块400导通到新鲜空气源。第二模块400的面向第一模块100的侧壁能够由面板覆盖，以阻挡空气流进入第一模块100。这些面板能够根据需要包括开口，用于第二模块400和第一模块100之间的贮器或者容器传送、电缆布线等待。
第二模块400的示例性实施方式的部件描述如下。
试剂组合件
在一些实施方式中，扩增试剂和其它试剂可以以冻干形式以试剂组合件设置在第二模块400中，试剂组合件包括机壳，机壳包括凹孔，冻干试剂可以在凹孔中被重构。能够用在本实施方式中的机壳的示例由knight等人公开于在2014年3月14日提交的标题为“systems,methods,andapparatusforperformingautomatedreagent-basedassays”的美国临时申请no.61/782320中，在此享有该申请的共有权(这些机壳在图10a和10b中均以附图标记500标示)。试剂组合件进一步构造成存储在第二模块400中，并且在一些实施方式中，在第二模块400中由分配器312移动，并且被插入试剂组合件转换器700以及从试剂组合件转换器700移去。
图19和20示出了根据一个实施方式的试剂组合件760的细节。试剂组合件760可以包括多个混合凹孔762，每个混合凹孔762包含冻干的单位剂量的检定专用试剂768，其可以为小丸形式。(如本文使用的，“单位剂量”或者“利用”是指试剂的量或浓度足以执行用于单个样品的单个检定的一个或者更多个步骤。)在一些实施方式中，单位剂量试剂768包括用于执行核酸扩增反应的部件。例如，核酸扩增反应成分能够是多聚酶、三磷酸核苷或者任何其它合适成分。在所示的实施方式中，试剂组合件760包括十个混合凹孔762。但是在一些实施方式中，试剂组合件760可以包括多于或少于十个混合凹孔。单个试剂组合件760的各混合凹孔762可以保持相同试剂，或者凹孔762可以保持不同试剂，或者一些凹孔762可以保持相同试剂，而一些可以保持不同试剂。保持在试剂组合件760中的示例性检定专用试剂768包括用于执行单个扩增反应所利用的试剂，该反应例如是pcr，和/或利用样品的检测反应。这些试剂可以专用于一种目标核酸或者多种不同的目标核酸。例如，多种不同目标核酸可以是呼吸性面板的一部分，并且利用的试剂足以执行pcr反应以寻靶a流感、b流感、rsv、副流感菌1、2和3、人偏肺病毒、腺病毒、h1、h3、2009h1n1和/或tamiflu耐受性。在一实施方式中，各试剂小丸768通过施加到小丸768和/或混合凹孔762的静电电荷被保持在关联的混合凹孔762的底部处。在其它实施方式中各试剂小丸768通过设置在混合凹孔762中的一个或者更多个物理特征部被保持在关联的混合凹孔762的底部处，例如knight等人在美国临时申请no.61/782320中公开的。
在一些实施方式中，混合凹孔762由粘合到试剂组合件760的顶部的可刺穿箔片766覆盖。箔片766能够由移液管吸头584刺穿，以允许要重构试剂或者其它物质被分配到混合凹孔762中，以及允许从混合凹孔762抽出重构试剂。
在一些实施方式中，试剂组合件760另外包括操纵结构764，例如操纵钩子，该操纵结构764类似于mrd160的操纵结构166，并且构造成能够由旋转分配器312的操纵结构、例如钩子接合。试剂组合件760可以包括构造成与试剂组合件托架中的试剂组合件对准的后部凹进770，如稍后描述的。
吸头舱
如图1、5和6所示，吸头舱580构造成保持一次性移液管吸头的托盘582，以允许保持在抽屉580中的吸头能够被自动移液器402接触到。在所示的实施方式中，第二模块400包括两个吸头舱580，各吸头舱580构造成保持直至三个一次性移液管吸头托盘582。舱580可以构造成接收市售的一次性移液管吸头托盘。示例性的市售移液管吸头和托盘能够从tecan购得(tecanu.s.inc.researchtrianglepark,northcarolina)。可获得各种容量的这些吸头，并且各吸头可以是导电的，以便于电容性液位感测以及吸头存在检测，如在本领域中熟知的。示例性托盘保持96个移液管吸头。
吸头舱580构造成使得操作者可接近，以再装载托盘582。在一个构思实施方式中，吸头舱580包括抽屉，该抽屉构造成被拉出第二模块400以允许操作者将吸头托盘582置于抽屉580中，以及从抽屉580除去空托盘。作为各抽屉的一部分或者诊断系统10的壳体的门或者盖子面板被打开，以接触到其后的各个吸头舱580。门或者盖子面板可以对第二模块400前部提供美学上令人喜欢的外观。由系统控制器控制的手动锁或自动锁可以提供，以防止舱580在第二模块400操作时被打开，在一些实施方式中，可以提供视频和/或声音警报信号以指示舱580未被适当关闭。在替代实施方式中，舱580包括检查口和可滑动托盘，其中托盘构造成从第二模块滑出，以为操作者提供装入通道。
物质传送和操纵系统
图1、21和22中所示的物质传送和操纵系统402，例如自动移液器，是一种双臂系统，其包括前臂408和后臂416。但是，预期其它的自动移液器和操纵构造，并且在此描绘的实施方式仅是示例性的。物质传送和操纵系统402能够构造成在第二模块400中将物质分配到容器、贮器、凹孔等等中和/或从所述容器、贮器、凹孔等等抽出物质。在示例性实施方式中，前臂408包括物质传送移液器410，物质传送移液器410构造成抽出流体和分配流体并且包括泵，例如一体的注射泵，而后臂416包括小瓶传送臂418，且不执行物质传送。自动移液器系统402包括笛卡儿门架组件，带有两个横向轨道404、406，后臂纵向轨道420，和前臂纵向轨道412。命名“纵向”和“横向”仅用于区分可彼此正交的两组轨道，但另外地，命名是任意的。
物质传送移液器物质传送移液器410可以由带子、传动螺杆或者与马达联接的其它运动传动装置沿着前臂纵向轨道412前后驱动，并且小瓶传送臂418可以由带子、传动螺杆或者联接到马达的其它运动传动装置沿着后臂纵向轨道420前后驱动。前臂纵向轨道412可以由带子、传动螺杆或者联接到马达的其它运动传动装置沿着横向轨道404、406前后驱动，并且后臂纵向轨道420可以由带子、传动螺杆或者联接到马达的其它运动传动装置沿着横向轨道404、406前后驱动。物质传送移液器410和小瓶传送臂418包括探针，所述探针例如由例如通过变速机构、齿条齿轮传动、导螺杆或者其它合适装置联接到探针的马达沿着z轴线或者纵向轴线驱动。马达可以受系统控制器的控制。马达可以是步进马达，并且可以包括旋转编码器用于控制和监测轨道或与之相联的移液器的位置。每个轨道具有原位传感器(或者限位开关)，用于指示物质传送移液器410或者小瓶传送臂418处于一个或者更多个指定位置，诸如标明的“原位”位置。类似地，各装置可具有纵向原位传感器，用于指示探针处于一个或者更多个指定纵向位置，诸如标明的纵向“原位”位置。用于指示原位位置的这些传感器可以包括光学传感器(例如，槽型光学传感器)、近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。
在一个示例性实施方式中，物质传送移液器410构造成通过将其探针插入一次性移液管吸头中以接收tecan1ml一次性移液管吸头，并且探针和移液管吸头之间的过盈配合以摩擦方式将移液管吸头固定到探针端部。前臂408和物质传送移液器410构造成访问第二模块400上的贮器处理台600和扩增处理台430两者的至少部分。物质传送移液器410可以包括集成的吸头感测，用于确认一次性移液管吸头的存在或者缺失；电容性液面感测，用于检测移液管吸头与反应容器或者其它容器的流体内容物的表面的接触，并基于检测到的移液器纵向位置来确定流体内容物的高度；和压力感测，用于在流体分配或者吸出期间感测物质传送系统中的压力波动。物质传送移液器410能够输送流体、盖子或者盖子/处理小瓶组件，诸如稍后描述的那些。
小瓶传送臂418是“抓放式”装置，构造成通过将其探针插入联接到小瓶的盖子来拾起盖子/小瓶组件，如稍后描述的。
移液器泵
在示例性实施方式中，用于物质传送移液器410的泵包括由伺服马达和导螺杆驱动的陶瓷活塞。伺服马达由系统控制器控制，并且该装置能够包括对系统控制器的旋转编码器反馈以及用于监测活塞位置的原位传感器。注射器可具有在0.5和3ml(优选地，1.05ml)之间的容积，并且在一些实施方式中，是陶瓷。泵能够优选地分配非常小容量(5μl)的流体，该容量以30次离散分配的测量具有+/-5％的变异系数(cv)。这实现该性能，在一些实施方式中，泵包括电磁阀，以在行程终了释放压力，以确保一致的流体剪流。
处理盖子/小瓶组件
总体上，处理小瓶提供了用于容纳用于执行pcr或者其它处理的反应流体的贮器。盖子构造成以自动方式置于小瓶中或上，以封闭小瓶。在一些实施方式中，盖子构造成以摩擦配合接收小瓶传送臂418的端部，以便传送臂418能够此后拾起盖子且将其置于小瓶中或上。盖子和小瓶构造成锁定在一起，以便在盖子被置于小瓶中或上时，盖子和小瓶互锁以形成盖子/小瓶组件。自动移液器在传送臂418的探针插入盖子时，能够由此拾起盖子/小瓶组件且将其从第二模块400中的一个位置传送到另一位置。示例性的盖子和处理小瓶由例如knight等人在美国临时申请no.61/782320中公开。
图23-26示出了处理小瓶464、处理小瓶盖子476和小瓶传送臂探针422的示例性实施方式的细节。
在图23-25所示的实施方式中，处理小瓶464可具有锥形形状，并且具有由锁环466包围的开放顶端465。穿过锁环466在径向相对位置处形成横向通孔468。锁闩钩472布置在各通孔468之上。
处理小瓶盖子476具有开放顶端478和闭合下端480。环状套环482在顶端478和下端480之间的位置处围绕盖子476延伸。在小瓶476装入热循环仪中时，小瓶476的套环482位于热循环仪顶上，以确保小瓶在热循环仪的凹孔中的紧密配合。用于处理小瓶476的示例性热循环仪由buse等人在美国专利申请公布no.2014/0038192中公开。盖子476的位于套环482以下的下部部分限定配合到处理小瓶464的开放顶端465中的插塞。该插塞被定尺寸为以过盈摩擦配合配合到处理小瓶464中。闩锁套环484在套环482以下的位置围绕盖子476延伸。密封环486在闩锁套环484以下的位置围绕盖子476延伸。
图24和25以横截面示出了处理小瓶盖子464和处理小瓶464，处理小瓶盖子464被起始地保持在盖子/小瓶托盘460的盖子凹孔490中，而处理小瓶464被保持在盖子/小瓶托盘460的小瓶凹孔474中。在流体通过一次性移液管吸头584(连接到自动移液器)分配到处理小瓶464中之后，通过将盖子476的闭合下端480插入到小瓶464的开放顶端465中，直至盖子476的套环482的底面邻接小瓶464的锁圈466的顶表面，处理小瓶464由处理小瓶盖子476封盖。盖子476的闩锁套环484卡接到小瓶464的锁闩钩472以下，以将盖子476固定到小瓶464。之后，盖子476和小瓶464被锁定在一起，并且盖子/小瓶组件可以由移液器拾起并移动。通过推出装置接合包围开放端478的边缘479以将盖子/小瓶组件拉动离开探针422，盖子/小瓶组件能够从移液器探针422移去。盖子476的密封环486、488的外径优选地略大于小瓶464的上部的内径，由此在盖子476和小瓶464之间形成紧密密封，因为盖子和小瓶由至少部分地弹性的材料制成，诸如合适的塑料。
图26示出了替代处理盖子/小瓶组件，示出了处理小瓶670和处理小瓶盖子660的分解透视图。处理小瓶盖子660包括闭合下端662、锥形开口668和具有锁销666的闩锁套环664。小瓶670包括包围小瓶670的开放顶端的锁定套环672和套环674。在小瓶670装入热循环仪中时，小瓶670的套环674位于热循环仪顶上，以确保小瓶在热循环仪的凹孔中的紧密配合。在流体分配到小瓶670中之后，通过首先将移液器探头422插入处理小瓶盖子660的锥形开口668中以将盖子660摩擦固定到移液器探头422，然后用移液器拾起盖子660并将盖子660的闭合下端662插入小瓶670的开放顶端直至锁销666锁定地卡接到小瓶670的锁定套环672上，小瓶被封盖。盖子660和小瓶670此后被锁定在一起，并且盖子/小瓶组件可以被移液器拾起并移动。通过推出装置接合包围开口668的边缘669以将盖子/小瓶组件拉动离开探针422，能够将盖子/小瓶组件从探针422移去。
第二模块400可以“小瓶存在”传感器。小瓶存在传感器用作处理控制措施，以确认小瓶被附接到盖子。物质传送移液器410(前臂408)和小瓶传送臂418(后臂416)将检测盖子被附接到臂的情况。单向物质传送移液器410或者小瓶传送臂418将检测盖子通过带式衬套设置在探针422上的情形。当探针拾取盖子时，盖子的上部凸缘推动衬套并使衬套上升(例如，若干毫米)，并且该运动可以由传感器检测到。但是，移液器通常不能检测小瓶被附接到盖子的情形。在一个示例性实施方式中，小瓶存在传感器是光学传感器(或者多个传感器)，任一臂408、416在将加盖的小瓶输送到离心机588或输送出离心机588时能够移动经过/通过该光学传感器。在臂移动过传感器时，小瓶存在传感器将触发小瓶(如果有)。
散装试剂容器舱和散装试剂容器输送机
在一个示例性实施方式中，散装试剂容器舱500构造成保持多个散装试剂容器各散装试剂容器能够保持用在多个反应贮器中的试剂。在一些实施方式中，散装试剂容器是适于容纳散装试剂的瓶或任何容器。在一些实施方式中，散装试剂容器中的散装试剂能够包括样品制备试剂(例如，目标捕获试剂(tcr)、洗液、洗出试剂，或者任何其它样品制备试剂)、重构试剂或者任何其它需要的散装试剂。在一些实施方式中，散装试剂容器保持足以执行约50至2000次检定的散装试剂的量。在一些实施方式中，散装试剂容器保持足以执行约250到1000次检定的散装试剂的量。在一些实施方式中，散装试剂容器保持足以执行少于约250次或者多于约1000次检定的散装试剂的量。在一些实施方式中，散装试剂用于执行等温核酸扩增反应，例如，转录依赖性扩增反应，诸如tma。
在一些实施方式中，散装试剂容器舱500能够构造成保持两个洗提缓冲剂容器、两个装油容器和四个重构流体容器。散装试剂容器舱500可以由操作者打开，以装载容器。例如，散装试剂容器舱500可以是抽屉，该抽屉从诊断系统10的主体滑出。在一些实施方式中，在闭合时，散装试剂容器输送机550将洗提缓冲剂容器移动到第一模块100中的其中物质传送机构、例如自动移液器能够访问到容器的位置。在一些实施方式中，散装装油容器和散装重构流体容器保持在散装试剂容器舱500中，其中物质传送移液器410能够访问到它们。
在散装试剂容器舱500上载运的容器可以通过可机读码识别，诸如rfid。具有可见(例如，红色和绿色leds)和/或可听指示物的指示器507对操作者提供关于容器状态的反馈。
在图510中示出了散装试剂容器舱500和散装试剂容器输送机550。在一些实施方式中，散装试剂容器舱500位于扩增处理台430上在吸头舱580附近，并且可以从第二模块400前方接触到。散装试剂容器舱500可以被拉出，以允许操作者将包含洗提缓冲剂的两个容器502、504以及若干散装容器、或者包含其它试剂、诸如例如油或者重构缓冲剂的其它类型流体容器布置在抽屉500中。抽屉500容纳的容器数目通过考虑到在供给再备料之间的预期处理量和期望时限来规定。
作为散装试剂容器舱500的一部分或者诊断系统10的壳体的门或者盖子面板是被打开，以接触到其后的散装试剂容器舱500。该门或盖子面板能够对第二模块400前部提供美学上令人喜欢的外观。由系统控制器控制的自动锁可以提供，以阻止在第二模块400操作时，散装试剂容器舱500被拉开。在一些实施方式中，可见和/或可听的报警信号可提供以指示散装试剂容器舱500未被适当关闭。
当散装试剂容器舱500关闭时，容器502、504移动到抽屉500的远端，在此它们布置成与散装试剂容器输送机550工作接合，散装试剂容器输送机550从抽屉500的端部横向延伸到第一模块100中。当闭合散装试剂容器舱500时，散装试剂容器输送机550被致动，以将容器502、504移动到第一模块100中的其中第一模块100的自动移液器能够访问到容器502、504的位置。在接收到指示散装试剂容器舱500已经完全闭合的输入信号时，散装试剂容器输送机550可以由操作者手动致动(例如，按压按钮或开关)或者由系统控制器自动致动，由此将容器502、504安置在相对于散装试剂容器输送机550的工作位置。
图9-13中示出了散装试剂容器舱500的细节。在一些实施方式中，散装试剂容器舱500包括构造成保持多个试剂容器的容器托盘506，以及布置在容器托盘506的端部且构造成载运洗提试剂容器502、504的容器托架512。在一些实施方式中，容器托盘506和容器托架512沿着轨道508在图9所示的退回位置(另见图7)和图10所示的闭合位置(另见图8)之间可移动。
容器托架512被载运在托架输送机522上，托架输送机522构造成能够与容器托盘506一起沿着轨道508移动。如图11和12所示，托架输送机522包括水平托架导轨524、526，水平托架导轨524、526接合分别形成在容器托架512中的导轨槽514、516，以将容器托架512保持在托架输送机522中。
散装试剂容器舱500构造成在抽屉处于打开位置时，如图7和9中所示，允许操作者将试剂容器502、504布置在容器托架512中。在将抽屉闭合到图8和10中所示的位置时，试剂容器托架512能够从托架输送机522释放，且由散装试剂容器输送机550接合以将托架512拉动到相对于容器托盘506的轨道508的横向位置，如图10所示。以此方式可以将散装试剂从第二模块400传送到第一模块100。
更具体地，随着容器托盘506向打开位置或者闭合位置移动，托架输送机522沿着轨道508移动。如图11所示，托架输送机522包括枢转托架锁532，托架锁532构造成绕枢轴销534枢转且包括锁腿536，锁腿536通过在托架输送机522的底部中形成的开口528向上延伸，并延伸到在容器托架512的底部中形成的锁定凹进520中。触发腿538延伸到托架输送机522以下。随着容器托盘506移动到闭合位置(向图11中左方)，枢转托架锁532的触发腿538接合从轨道508向上伸出的锁触发器510，由此导致托架锁532逆时针枢转，如图12所示，以将锁腿536的端部从容器托架512的锁定凹进520退出。通过触发腿538退出锁定凹进520，在其中载运的容器托架512和容器502、504能够横向滑动出托架输送机522，并且滑动到散装试剂容器输送机550上。
散装试剂容器输送机550包括用于移动容器托架512和容器502、504的有动力的托架输送机构。在一个示例性实施方式中，如图9、10和13所示，托架输送机包括马达552和传动皮带554，传动皮带554布置在马达的输出轴上，且布置在位于容器输送机550的相对马达552的相反端上的惰轮556上。马达552可以包括步进马达，并且可以包括旋转编码器，以用于经由控制信号和反馈数据监测和控制马达的位置。
托架输送机构另外包括拖板558，拖板558带有从拖板558延伸的托架钩子564。带子554被附接到拖板558的一部分，以便马达552引起的带子运动导致拖板558沿着输送机550在一个方向或另一方向上的相应平移。
如图12和13所示，随着容器托盘506移动到闭合位置，其中枢转托架锁532的触发腿538接合锁触发器510，以将锁腿536从锁定凹进520退出，托架钩子564进入形成在托架输送机522中的托架钩子槽530，并且接合在容器托架512中形成的钩子制动器518。然后，拖板558和托架钩子564可以由带子554沿着容器输送机550横向地平移，以将容器托架512拉动离开托架输送机522并拉动到散装试剂容器输送机550上。如图11所示，散装试剂容器输送机包括托架导轨566、568，随着容器托架512被拉动到散装试剂容器输送机550上，托架导轨566、568将分别接合容器托架512的导轨槽514、516。
如图13所示，原位标志560从拖板558突出，且接合槽型光学传感器562，以指示拖板558和托架钩子564处于图13中所示的完全伸展位置。第二槽型光学传感器570设置成更接近马达552(见图9)。在拖板558和钩子564处于完全退回位置时，第二光学传感器570由原位标志560接合。如图9所示，来自传感器562、570的信号被传送到系统控制器，以监测拖板558的位置。替代地，散装试剂容器输送机550可以包括限位开关(例如，接触开关)以在完全伸展位置和/或完全退回位置停止拖板558的操作运动，例如通过产生传送到控制器的停止信号，控制器然后发送停止指令或者终止马达552的电力来。其它类型的传感器也可用于指示伸展位置和退回位置，包括近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。
循环控制器/信号检测器
循环控制器平台430包括循环控制器432，诸如，例如热循环仪。循环控制器432用在核酸扩增反应中，并且循环控制器类型的选取依赖于旨在在第二模块400上运行的扩增反应的特性。为本公开的目的，将使用热循环仪给出例证。但是，应理解，整合到第二模块400的循环控制器类型依赖于旨在在第二模块400运行的扩增反应。
热循环仪432的示例性实施方式由buse等人在美国专利申请公布no.2014/0038192中公开。信号检测器432的示例性实施方式由hagen等人在2014年3月7日提交的标题为“indexingsignaldetectionmodule”美国申请no.14/200460中公开，该申请在此拥有共有权。
在一些实施方式中，热循环仪能够具有不同的热区。这些热循环仪允许系统在不同条件下运行单独的检定。例如，在双区热循环仪中，第一检定能够在第一组时间和温度条件下运行，而第二检定能够在第二组时间和温度条件下运行。构思多区热循环仪能够具有两个、三个、四个、五个以至六个或更多个单独的热区。一般地，在多区热循环仪在系统中实现的程度上，多区热循环仪的区数目能够均匀地分成96个(即，2、4、6、8等等)。
离心机
如图1、5和6中所示，离心机588能够位于第二模块400的扩增处理台430上。在一个示例性实施方式中，离心机588将一次离心一个或者更多个封盖的处理小瓶464、670。在示例性实施方式中，各小瓶在pcr之前被离心处理，以确保试样材料被主要地集中在处理小瓶464、670的底部，并且从小瓶464、670的内容物除去任何气泡，这些气泡会影响传热和光传输品质。前臂408的物质传送移液器410在附图标记为589的进入孔处将封盖的小瓶464、670布置到离心机588中。在完成离心处理之后，后臂416的小瓶传送臂418在附图标记为587的进入孔处将封盖的小瓶464、670从离心机588去除，并将其布置在热循环仪432中，在一实施方式中，离心机构造(例如，通过提供单独的端口587、589)允许物质传送移液器410(前臂408)和小瓶传送臂418(后臂416)同时地装入/卸载封盖的小瓶464、670，而不彼此碰撞。因此，在一个实施方式中，离心机不仅执行它的对装入的小瓶进行离心作用的功能，而且作用为小瓶输送机构，将封盖的小瓶464、670从其中物质传送移液器410可访问的位置589输送到其中小瓶传送臂418能够访问到封盖的小瓶464、670的位置587。在一些实施方式中，物质传送移液器410能够访问位置587，并且小瓶传送臂418不能接触位置589。
另外，离心机588可以构造成跟踪装入的小瓶在离心机中的位置，并且确定小瓶被定位在进入孔587、589两者之一时的情形。例如，装入的小瓶在其上被离心的转台或者其它旋转结构可以由步进马达驱动，该步进马达可以包括旋转编码器以用于转台的准确移动和跟踪马达计数，和/或转台或者旋转结构可以包括构造成指示一个或者更多个旋转位置或者基准点的旋转位置指示器，诸如原位标志传感器。
在一个示例性实施方式中，离心机的最大转速是3000转/分，但特别地基于要离心的溶液成分和提供足够离心作用要求的时限，可构思其它转速。
贮器分配系统和旋转分配器
在一个实施方式中，贮器分配器包括旋转分配器，并且构造成将贮器移动到贮器分配器上的在第二模块上的第一位置处，将贮器从第一位置转动到第二模块上的不同于第一位置的第二位置，并且将贮器在第二模块上的第二位置移动离开贮器分配器。在示例性实施方式中，贮器分配系统的旋转分配器不构成自动移液器，诸如如上所述的物质传送和操纵装置402，或者包括小瓶传送臂的其它物质传送装置，小瓶传送臂被支撑在用于将移液器自动地在不同笛卡儿方向(即，x-y-z方向)上移动的结构上，然而也是设计成将mrds160和试剂组合件760在第二模块400的不同部件之间输送的3-轴自动机。在一个示例性实施方式中，旋转分配器312通过钩子和导轨系统工作，在该钩子和导轨系统中，可伸长可收放挂钩拉动或者推动mrds160或者试剂组合件760进入旋转分配器312的分配头或者将mrds160或者试剂组合件760从旋转分配器312的分配头拉离或推离。在分配头中，mrd160或者试剂组合件760由所述头中的导轨和壁特征部支撑和引导。分配头的旋转位置由马达上的旋转编码器控制和监测，用于位置反馈，并且具有原位传感器。分配器钩子可以利用原位传感器和行程终了传感器(例如，槽型光学传感器，限位开关等等)被皮带传动。旋转分配器312另外构造用于分配头的有动力的纵向(或者z轴)运动，用于mrd160或者试剂组合件760的纵向平移。在一个示例性实施方式中，旋转分配器312构造成允许100mm的z轴行进。分配头可以包括在所述头中的mrd/试剂组合件存在传感器。在一个示例性实施方式中，旋转分配器构造成将mrd160在四秒之内在第二模块400的任何两个模块之间传送。在一些实施方式中，各轴能够在近似一秒中进行全行程移动。
图27和28中示出了示例性贮器分配系统的细节。在所示的实施方式中，贮器分配系统200包括框架202，框架202包括在底板208和顶板206之间延伸的支腿203、204和205。贮器移交站602安装在移交站机架606上，移交站机架606附连到框架202的底板208，将稍后描述贮器移交站602。磁性洗提槽620和试剂组合件装载站640支撑在与框架202的支腿204、205附连的机架642上，并且将稍后描述。旋转分配器312被支撑在框架202中的第一竖直壁218和第二竖直壁220上。
图29-31示出了示例性旋转分配器312的细节。示例性旋转分配器312包括：分配头314，其限定局部包壳以用于保持mrd160或者试剂组合件760；和贮器钩子318，其构造成接合mrd160的操纵结构166或者试剂组合件760的操纵钩子764。
钩子致动器系统316使贮器钩子318相对分配头314在如图30例示的伸展位置和如图29例示的退回位置之间线性地平移。例示的钩子致动器系统316包括贮器钩子318所附接到的钩子托架320。传动皮带344由附图标记344指示的螺钉和机架附接到钩子托架320。传动皮带344被载运在从动轮334和惰轮336、338、340、342上。虽然使用基于系统例示，将理解，其它机构，诸如螺杆驱动系统和线性活塞致动器，等同地适用于钩子致动器系统。
参考图31，图31是分配头314的相对侧的透视图，具有旋转编码器372的传动皮带马达370被附接到分配头314。传动皮带马达370联接到从动轮334，从动轮334驱动钩子致动器系统316的传动皮带344。
钩子致动器系统316能够包括皮带张紧器346，用于在带子344中保持适当张力。皮带张紧器346包括枢转惰轮机架348，惰轮336连接到该枢转惰轮机架348，并且该枢转惰轮机架348通过枢轴螺钉352枢转连接到分配头314。在枢转惰轮机架348的端部中形成有狭槽350，并且位置锁紧螺丝354延伸通过狭槽350，进入到分配头314中。弹簧356压靠枢转惰轮机架348的一部分。带子344中的张力能够通过如下方式调节，即旋松位置锁紧螺丝354，由此允许弹簧356使枢转惰轮机架348枢转且由此向上推动惰轮336，以在传动皮带344中形成适当张力。当在传动皮带344中实现适当张力时，位置锁紧螺丝354能够据此被重新固定。
钩子托架320包括导轨通道324，导轨通道324沿着附连到分配头314的上部内部部分的钩子托架导轨330平移。贮器钩子318被附接到布置在导轨通道324和钩子318之间的安装部326。
钩子原位传感器，例如槽型光学传感器或者限位开关，可以设置以在从安装部326延伸的传感器标志延伸到槽型光学传感器中时指示钩子318处于退回或者“原位”位置的情形。可以使用其它类型的传感器，以指示原位位置，诸如近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。贮器钩子318和钩子托架被操作地联接，用于借助于柔性电缆366与旋转分配器312的其余部分电子通信，该柔性电缆366在一端连接到钩子托架320，且连接在位于分配头314上的印制电路板或者其它连接器处。应变卸载件368、369可以设置，以用于将柔性电缆366分别固定到分配头314和钩子托架320。
图32例示了其中试剂组合件760可以借助于旋转分配器312在模块400中被输送的方式。如图32所示，旋转分配器312可以构造成接收并保持由旋转分配器312的操纵钩子拉入到分配器312中的试剂组合件760，其中组合件760的下缘765被支撑在形成于分配器312的内壁上的导轨373上。
类似地，图33示出了其中mrd160可以由旋转分配器312在模块400中输送的方式。如图33所示，旋转分配器312可以构造成接收并且保持由旋转分配器312的操纵钩子拉入到分配器312中的mrd160，其中mrd160的连接肋结构164被支撑在形成于分配器312的内壁上的导轨373上。
贮器分配系统200包括分配器移动装置，该分配器移动装置构造成使分配头314以圆形路径或者以纵向线性路径移动。更具体地，在一个示例性实施方式中，分配器移动装置包括：旋转驱动系统212，其构造成使分配头314以圆形路径移动；和升降系统230，其构造成使分配头314在竖直方向上移动。
在图27、28、34和35中示出了示例性旋转驱动系统212的细节。虽然在一些实施方式中，构思旋转驱动系统212构造成以360°自由旋转，应理解，在至少一些实施方式中，旋转驱动系统212构造成在两个相应的装填位置之间旋转180°。
支撑分配头314的第一竖直壁218和第二竖直壁220安装到转台214上，转台214被安装用于绕它的中心轴线在框架202的底板208上旋转。马达222附连到底板208并且具有旋转驱动器224，诸如旋转从动齿轮，旋转驱动器224在底板208之上延伸，接合转台214的外周齿以便马达222的动力旋转实现转台214以及支撑在转台214上的第一和第二竖直壁218、220的旋转。虽然例示为具有构造成彼此接合的齿，应理解，旋转驱动器224和转台214能够不具有带齿部分地彼此接合。在这样的实施方式中，旋转驱动器和转台两者均能够是带有帖胶外表面的轮，以便于牵引。旋转马达222优选地是步进马达，用于对转台214的旋转提供准确控制，并且优选地包括旋转编码器223，用于对控制旋转马达222的控制系统提供旋转位置反馈。用于将分配头314旋转地联接到马达222的其它装置涵盖在本公开内，并且包括例如皮带和皮带轮、包括一个或者更多个齿轮的传动系、传动轴和蜗轮等等。
如图35所示，位置传感器226提供转台214的旋转位置反馈信号，其可以包括槽型光学传感器，该槽型光学传感器包括光发送器-接收器对。光学传感器226可以构造成检测转台214上一个或者更多个位置标志的通过，用于指示一个或者更多个特定旋转位置。传感器226包括位于转台214上方和下方的叉股或者部分，由此位置标志可以包括穿过转台形成的一个或者更多个开口(例如，227)。开口在传感器226的位于转台214上方和下方的部分之间的通过接通传感器226的发送器和接收器部分之间的光信号传输，由此产生与开口的通过相对应的信号。其它类型的传感器可以用于指示具体的旋转位置，包括近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。
第二光学传感器228可以布置在转台214以下。传感器228可以包括槽型光学传感器，该槽型光学传感器包括光发送器-接收器对，用于检测在转台214底下延伸的用于指示旋转位置的一个或者更多个传感器标志(未示出)的通过。其它类型的传感器可以用于指示原位位置，包括近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。
在图35中主要地示出了分配器升降系统230的细节。描绘的升降系统包括从转台214向上延伸穿过马达234的螺杆232，以及安装到分配头314(见图31)的内螺纹驱动器236。马达234使内螺纹驱动器236旋转导致马达和马达与之相连的分配头314沿着螺杆232上下平移。导轨238沿着第二竖直壁220的一个边缘纵向向上延伸，而马达234通过导轨联接240联接到导轨238。作为用于使分配头314纵向移动的螺杆和内螺纹驱动器的替代例被涵盖在本公开中，并且包括例如齿条齿轮传动或带传动系统。
参考图27、28和34的实施方式，传感器246在分配头314下方延伸。随着分配头314被升降系统230降低，传感器246的分别的叉股延伸到在转台214中形成的开口216中。传感器246可以是槽型光学传感器，其叉股形成发射-接收器对。隔开的叉股之间的光信号在叉股进入开口216中时被断开，由此对控制系统发送关于分配头314在其最下位置的信号。其它类型的传感器可以用于指示分配头314的放下位置，包括例如近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。
数据和电力借助于卷绕电缆244在旋转分配器312和模块400之间传送，卷绕电缆244能够适应旋转分配器312相对于框架202以任一方向上以例如180°的旋转。
为传送mrd160，分配头314由旋转分配器312的旋转驱动系统212旋转若干度，钩子318由钩子致动器系统316延伸，并且头部314在反方向上旋转以接合mrd160的操纵结构166。分配器钩子318然后退回，并且mrd160联接到分配头314。类似地。为传送试剂组合件760，分配头314由旋转驱动系统212旋转若干度，钩子由致动器系统316延伸，头部314然后在相反方向上旋转以接合试剂组合件760的操纵钩子764。分配器钩子318然后退回，并且试剂组合件760被拉入到分配头314中。
贮器移交装置
贮器移交装置602构造成在第一模块100的贮器分配器150和第二模块400的旋转分配器312之间传送贮器，诸如mrd160。第一模块100的贮器分配器150和第二模块400的旋转分配器312两者均使用钩子或者其它类似装置操纵mrd160，以接合mrd160的操纵结构166。因此，在mrd160由第一模块100的贮器分配器150脱离之后，mrd160被定位且定向成将操纵结构166提供到第二模块400的旋转分配器312。移交装置602执行这一功能。
图27、28、39、40示出了移交装置602的细节。贮器移交装置602包括贮器轭架604，贮器轭架604构造成接收并且保持由第一模块100的贮器分配器150装入到轭架604中的mrd160。轭架604安装在移交装置机架606上，移交装置机架606附连到框架202的底板208并且从底板208延伸，以便绕纵向旋转轴线可旋转。在一个示例性实施方式中，轭架604联接到移交装置马达680，移交装置马达680附连到机架606。马达680可以是用于准确运动控制的步进马达，并且可以包括旋转编码器682，用于对控制器提供贮器轭架604的旋转位置反馈。传感器684可以是包括光发送器-接收器对的槽型光学传感器，安装到机架606，并且检测从轭架604延伸的原位标志686，用于提供旋转位置反馈。其它类型的传感器可用于提供位置或者定向反馈，包括近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。在mrd160由第一模块100的贮器分配器150装入轭架604中并且贮器分配器150脱离mrd160之后，壳体604旋转以将mrd160的操纵结构166提供到第二模块400的旋转分配器312。
替代地，移交装置602可以无源地由旋转分配器312致动。例如，移交装置旋转可以绑定到旋转分配器312的旋转(例如，经由电缆、带子、齿轮或者其它装置)，以便在旋转分配器312旋转到移交位置时，移交装置602将旋转以面向旋转分配器312。当旋转分配器312背离移交装置602旋转时，移交装置602将朝向第一模块100的贮器分配器150向后旋转。
mrd存储站
如图14所示，mrd存储站608、610、612位于第二模块400的贮器处理台600上，在第二模块400中用作mrds的临时位置。存储站608、610、612包括若干狭槽614，各狭槽构造成接收mrd160。存储站608、610、612以弧形布置，由此适应旋转分配器312的旋转运动路径。在第二模块400中设置用于mrds的附加存储提供了优点，即通过允许任何特定mrd或者其内容物在第二模块400中被利用的定时灵活性，增强了工艺流程。这允许随后可以到达第二模块400的mrds被不按顺序处理，例如，以解决实验室中的急需。
虽然例示为具有三个mrd存储站608、610、612，应理解实施方式能够构造为具有两个或更多这些存储站。类似地，虽然例示为以弧形布置构造，应理解，在一些实施方式中，分配器312不绕弧形旋转，并且弧形布置对于旋转分配器312实施方式是方便的。在实现分配器312的替代构造的程度上，mrd存储站类似地将匹配替代布置，以使得系统的工艺流程最佳化。
磁性洗提槽/试剂组合件装载站
磁性洗提槽620(在所示的实施方式中，两个)和试剂组合件装载站640支撑在与框架202相连的机架642上。各磁性洗提槽620的目的在于保持mrd160，并且将磁力施加到mrd的内容物，以在物质传送移液器410从贮器162吸出洗提流体的同时将磁性小珠吸收到各贮器162的侧壁。
在图36-38中示出了磁性洗提槽620和试剂组合件装载站640的细节。各磁性洗提槽620包括部件622，在部件622中形成有槽型开口624。装入在槽型开口624中的mrd160由mrd160的连接肋结构164支撑在开口624中，连接肋结构164支承在机架642的顶部上。操纵结构166延伸出开口624，并且在部件622的各侧壁中的切口632允许旋转分配器312的钩子318横向地移入或横向地移出位于槽型开口624中的mrd160的mrd操纵结构166。mrd的顶部暴露，由此允许移液器接触到保持在洗提槽620中的mrd160的贮器162。磁体628附接到或者嵌入在限定槽型开口624的一个或两个壁中。可以为mrd160的每个贮器162设置单独的磁体628(见图37、38)，或者可以为包括一个或者更多个单独贮器的贮器设置单个磁体。
试剂组合件装载站640由分离开的保持特征部644以及限定每个试剂组合件装载站640的后端的后挡块646限定，特征部644在机架642以上延伸。试剂组合件760插入在保持特征部644之间，位于横向凸缘以下，并且被推入到装载站640中，直到试剂组合件760的后端接触后挡块646。
试剂组合件废料斜槽
试剂组合件废料斜槽428被支撑在机架642上。在示例性实施方式中，试剂组合件废料斜槽428包括由侧壁434、436和顶板438限定的入口结构，试剂组合件760穿过该入口结构插入到废料斜槽428中。侧壁434、436附接到机架642的顶部，且在它们的前向边缘处被向外弯曲或者张开，以提供到废料斜槽428的漏斗状入口。弹性舌片442从顶板438向下延伸。
为排出试剂组合件760，旋转分配器312将组合件760插入废料斜槽428中位于侧壁434、436之间。当试剂组合件760插入废料斜槽428中时，在顶板438和试剂组合件760的顶部之间存在间隙。弹性舌片442抵靠试剂组合件760的顶部，且将试剂组合件760保持在废料斜槽428中。该角度使得弹性舌片442允许试剂组合件760被推入到废料斜槽428，但阻止试剂组合件760移出废料斜槽。
当随后的试剂组合件760插入试剂组合件废料斜槽时，其被推靠于先前插入废料斜槽428中的试剂组合件760，由此将先前插入的组合件进一步推入到废料斜槽428中。在机架642中形成切口648，因此先前插入的组合件760最终从废料斜槽428下跌，且由从机架642向下延伸的引导斜面444引导，进入到位于废料斜槽428下方的废料箱。
试剂组合件转换器
图15-17示出了示例性试剂组合件转换器700的细节。试剂组合件转换器700的目的在于提供完全独立的试剂组合件装入和测试执行，由此操作者可以将试剂组合件置于试剂组合件输入装置中和/或将试剂组合件760从试剂组合件输入装置除去，而先前装入的试剂组合件760被存储在可能是温度控制的存储舱中，并且能够由仪器独立于试剂组合件输入装置状态地接触到且可用。试剂组合件转换器构造成将试剂组合件760在试剂组合件输入装置和存储舱之间移动。
如图15-17所示，在一个示例性实施方式中，试剂组合件输入装置包括试剂组合件转盘舱702，试剂组合件转盘舱702可以从第二模块400拉开，并且包含可旋转的试剂组合件转盘704。组合件转盘704包括若干个试剂组合件站706，每个试剂组合件站706适合于接收并且载运试剂组合件760，且由径向内部分离部708和径向外部分离部710限定。如在图15-17能够看到的，试剂组合件转盘704的试剂组合件站706围绕试剂组合件转盘704的外周边布置，但细长的试剂组合件站706及由其载运的试剂组合件760不在相对于试剂组合件转盘704中心的径向方向上定向。每个试剂组合件站706相对于确切径向定向成一角度(例如，5-20°)定向。试剂组合件的这一构造优化了试剂组合件760在转盘704上的布置，由此允许试剂组合件转盘704载运最大数目的试剂组合件760，且对条型码读取器774提供了对于存在于每个试剂组合件760上的可识别标记的访问。
在各内部分离部708-外部分离部710对之间的间隙712允许操作者将他的或者她的手指插入间隙712中，由此夹紧试剂组合件760的侧边，用于将试剂组合件760安置在试剂组合件站706中，或者用于将试剂组合件760从试剂组合件站706去除。试剂组合件转盘704的每个试剂组合件站706另外包括位于试剂组合件站706的径向内端处的对准块714。在试剂组合件760的后凹进770中的对准块有助于保持试剂组合件760在试剂组合件站706中的正确定位和位置。
在一些实施方式中，试剂组合件转盘舱702包括转盘框架716转盘框架716优选地布置在轨道上，该轨道允许框架716作为抽屉滑入或滑出模块400。框架716包括抽屉前部720。试剂组合件转盘704可旋转地布置在框架716中，框架716可以包括圆形凹进722，圆形凹进722被成形为顺应试剂转盘704。
试剂组合件转盘704是机动的，以实现转盘的有动力旋转在一个示例性实施方式中，试剂组合件转盘舱702可以包括马达(未示出)，该马达例如由皮带和皮带轮布置(未示出)联接到试剂组合件转盘704，用于试剂组合件转盘704的有动力旋转。马达可以安装到试剂组合件转盘框架716，随试剂组合件转盘舱702移出和移出，通过柔性电缆连接到模块400。试剂组合件转盘舱702可以包括一个或者更多个位置传感器，用于检测转盘处于打开位置或闭合位置，并将相应信号传送到系统控制器。这些传感器可以包括光学传感器、近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。
试剂组合件转盘舱702还可以包括软件控制的锁。
试剂组合件转盘舱702还可以包括用于跟踪试剂组合件站706的位置的一个或者更多个传感器。例如，试剂组合件转盘704可以包括原位标志，诸如突出部，以及在试剂组合件转盘704的规定旋转位置处检测突出部的位置的光学传感器。其它类型的传感器可以被用来指示原位位置，包括近程式传感器、磁性传感器、电容传感器等等。此外，驱动试剂组合件转盘704的马达可以是包括旋转编码器的步进马达，用以产生与试剂组合件转盘704的旋转位置相对应的信号。
第二模块400可以包括机器组合件读取器，该机器组合件读取器构造成读取设置在每个试剂组合件760上的机器代码，以提供关于试剂组合件760的信息，诸如载运在试剂组合件760中的检定试剂的特性、制造商、批号、失效期等等。机器代码还可以包括特别地标示特定试剂组合件760的唯一标识符。机器代码读取装置可以包括条型码读取器774，其构造成读取布置在试剂组合件760上的条型码标记772。条型码标记772可以是二维或者一维的条型码。在转盘框架716上形成的扫描狭槽718提供了开口，条型码读取器774可以通过该开口读取试剂组合件760上的标记722。类似地，载运在组合件转盘704的组合件站706中的试剂组合件760的定向可以设定为相对于确切径向定向成一角度，并且通常为不规则四边形形状的外部分离部710的形状形成间隙开口，条型码读取器774能够通过该间隙开口读取布置在试剂组合件760上的条型码标记772。结合旋转编码器，条型码读取器772提供了关于每个试剂组合件760被定位在试剂组合件转盘704的每个试剂组合件站706中的什么位置的指示。虽然例示了条形码扫描器，但构思使用其它技术，诸如rfid或者qr码。
每个试剂组合件站可以包括布置在各外部分离部710的侧面上的站空条型码，如果试剂组合件760未布置在试剂组合件站706中，则将由条型码读取器774读取该站空条型码。
在另一示例性实施方式中，试剂组合件输入装置包括图18中所示的可选择试剂组合件转盘730。试剂组合件转盘730不被载运在拉出模块400的抽屉上，而是相反地，包括围绕试剂组合件转盘730的周边布置的径向定向的试剂组合件站732，并且通过第二模块400的前部中的狭槽可访问，该狭槽可以由操作者可打开的门覆盖。试剂组合件转盘730的有动力旋转可以通过转盘驱动系统来提供，该转盘驱动系统可以包括马达734，马达734的输出驱动轮736借助于传动皮带738联接到转盘730的驱动皮带轮739。马达734可以包括具有旋转编码器的步进马达，并且原位标志可以设置在转盘730上，以检测并监测试剂组合件转盘730并且由此每个试剂组合件站732的旋转位置。
图18也示出了以附图标记740标示的试剂组合件存储舱的示例性实施方式。存储舱740布置在试剂组合件转盘730底下。在如上所述的实施方式中，试剂组合件转盘舱702将被布置在模块400中位于存储舱740以上，并且将相对于其可移动。
在一些实施方式中，存储舱740包括其中限定有温度控制腔室的壳体742。期望的贮存温度可以低到4℃，但能够是处于或低于周围温度的任何温度，例如15℃。在一些实施方式中，存储舱740的腔室进一步具有构造成控制在温度控制腔室中循环的空气的湿度水平的湿度控制模块。作为这一处理的部分，湿度控制模块被可选地配备，以收集凝结水，并将其传递到冷却存储区外侧处置。
壳体742可以是绝缘的，并且可以由能够直接安装到壳体742上的peltier装置冷却，或者由联接到围绕壳体742循环的热冷流体的peltier装置冷却。在一个实施方式中，存储舱740由直接安装到壳体742上的两个单独的peltier装置冷却，该两个单独的peltier装置位于不同温度下或者位于不同的温度范围。在本实施方式中，第一个peltier装置被保持在接近于水的冰点的温度。第二个peltier装置设置在存储舱740中的远离或邻近第一peltier装置的位置的位置，并且被布置在高于第一peltier装置的温度的温度下，例如15℃。第二peltier装置与存储舱740中的温度传感器可操作地连通，定位成接近存储舱740的顶部。第二peltier装置将基于实测温度操作，以保持存储舱740中的预定温度。在本实施方式中，风扇可以设置在存储舱740中，以在存储舱740中引起通过风扇的空气环流，且通过第一和第二peltier装置。当空气通过被保持在非常低温度下的第一peltier装置时，空气将冷却，由此将降低其保持湿气的能力，湿气将在该peltier装置或另一指定元件上冷凝。因此，这一双peltier装置实施方式提供了两个温度和湿度受控环境，这有利于提高冻干试剂的贮藏有效期，因为在存在升高的温度和大气湿度的情况下，冻干试剂易受到快速降解。
构思用以冷却和/或除湿存储舱740的其它方式，并且本公开不局限于例示的实施方式。
壳体742应该设有液体收集和/或排泄系统，用于处理壳体742内的凝结液体。这一系统可以例如包括用于将收集的冷凝物背离壳体742引导到放水口或者蒸发器的管连接。
存储转盘744可旋转地安装在壳体742中，例如，安装在轴745上。存储转盘744包括围绕其周边布置的并且定位在转盘744的一个或者更多个水平上的多个组合件站746。在所示的实施方式中，存储转盘744包括位于一个在另一个之上的两个水平上的组合件站746。
转盘驱动器能够为存储舱740内存储转盘744的旋转提供动力。转盘驱动器可以包括马达748，其可以是步进马达，具有借助于传动皮带752联接到组合件转盘744的驱动皮带轮749的输出驱动轮750。马达748可以位于壳体742外侧，以防止马达748产生的热对存储舱740加热，并且传动皮带752可以延伸穿过壳体742中的开口。替代地，联接到转盘744的驱动皮带轮可以位于壳体740外侧。马达748可以包括旋转编码器，并且试剂组合件转盘744可以包括原位标志，以用于监测组合件转盘744的每一试剂组合件站的旋转位置。
现在将说明试剂组合件转换器700的操作。
在试剂组合件760被布置在组合件输入装置的试剂组合件转盘704或者试剂组合件转盘730中之后，条型码读取器774读取每个试剂组合件760的条型码，并且由条型码提供的识别和其它信息被关联于试剂组合件转盘704中的具体试剂组合件站706、732。替代地，在试剂组合件760装入组合件输入装置之前，试剂组合件760可以在模块400外部通过手动条形码扫描器扫描。
在试剂组合件760已经装入试剂组合件输入装置之后，诸如装入试剂组合件转盘704或者试剂组合件转盘730，组合件转盘舱702关闭，或者转盘检查口前方的门关闭。接着，旋转分配器312从试剂组合件转盘704、730去除一个或者更多个试剂组合件760，并将试剂组合件760移动到存储舱740的存储转盘744的组合件站746中。如图16所示，试剂组合件转盘舱702的转盘框架716包括试剂组合件存取口724，旋转分配器312能够通过该存取口724接触到布置在试剂组合件站706中的试剂组合件760的操纵钩子764。为允许旋转分配器312将试剂组合件760在试剂组合件输入转盘704或者730之间传送，且传送到存储舱740的存储转盘744的一个或者更多个水平，旋转分配器312提供有动力的且受控的纵向、即z轴运动。优选地，在试剂转盘704或者730是温度受控时，旋转分配器312访问试剂组合件存取口724由门来控制。
一旦试剂组合件760存在于存储舱740中，其能够被用在扩增检定中，例如pcr检定。当存在样品要求具体检定时，存储舱740的转盘旋转到其中包含用于该特定检定的具体单位剂量试剂的试剂组合件760能够由旋转分配器312接触到的位置。一般地，这些访问将穿过用以保持存储舱740中的严密受控温度环境的门。分配器312将穿过门访问试剂组合件760，并将其移动到试剂组合件装载站640，用于容纳在试剂组合件760中的一种或多种冻干试剂的重构。当试剂组合件760为空时，或者当试剂组合件760上的一个或者更多个凹孔的试剂已被重构且移去时，分配器312将再次移动试剂组合件760。如果在试剂组合件760中余留有试剂，则分配器312会将试剂组合件760传送回到存储舱740。如果试剂组合件760不再包含试剂，或者另外地被指定为不适合继续使用(例如，被污染的或者过期的试剂)，则分配器312会将试剂组合件760传送到废物溜槽426，或者传送回到试剂组合件输入转盘704或者730，用于移去。
用于扫描每个试剂组合件760的进一步替代例是，在每个试剂组合件被从试剂组合件输入转盘移去时以及在将试剂组合件760安置在存储转盘744中之前，分配器312将每个试剂组合件760提供到条形码扫描器。
在试剂组合件760读取条形码(或其它机器代码)之后，以如下方式保持试剂标示控制：监测转盘704、730的每个试剂组合件站706、732以及每个试剂组合件站746在存储转盘744上的位置，并将试剂组合件760标示—从条形码获取—与试剂组合件站位置关联。
试剂组合件转盘704、730独立于存储舱740的存储转盘744旋转，以允许操作者将试剂组合件760装入试剂组合件转盘704、730以及从试剂组合件转盘704、730卸载试剂组合件760，同时模块400(即，旋转分配器312)独立地访问存储在存储转盘744中的试剂组合件760用于检定处理。
试剂组合件转换器700优选地存储至少28到30或更多的试剂组合件760。
第二模块400可以进一步包括静电发生器，用以施加静电电荷，以将存在于试剂组合件760中的冻干试剂768定位且保持在试剂组合件760的每一混合凹孔762的底部处。虽然试剂768可以利用先前施加的静电电荷被保持在关联的混合凹孔768的底部，如上所述，包括机构，诸如静电发生器，以在重构试剂时将冻干试剂下拉到混合凹孔762底部将在重构期间确保其被定位在混合凹孔中的正确位置。在一实施方式中，静电发生器布置为低于试剂组合件装载站640、730。替代地或者附加地，静电发生器能够设置在存在于试剂组合件装入抽屉中的试剂组合件转盘704、730中和/或存在于存储舱740中的存储转盘744中。在该实施方式中，静电发生器可以位于低于试剂组合件760的试剂组合件站706、732或者试剂组合件站746下方或者与之操作地联接，因为静电发生器设置在存储舱740中将因低温和低湿度而将具有增强的静电效应。
存储/扩展模块
用于存储附件或者用以适应可能的第二模块400扩展的舱590的细节示出在图5、6、14和15中。在一个示例性实施方式中，舱590能够容纳标准的96个凹孔板。所述板布置成使得两个移液器臂408、416能够访问90个凹孔板位置。该扩展空间具有通往前部(经由抽屉机构)的通道，以便操作者能够装卸所述板。该扩展空间也可以从仪器侧方方位进入。包括例如马达驱动带子的驱动系统可以设置，用于将凹孔板或者其它容器或部件移入或移出第二模块400。舱590能够用作收集已经经过pcr和/或熔融检定的盖子/小瓶组件的区域，以提供对被包含在盖子/小瓶组件中的样品执行额外检定(例如，elisas(酶联免疫吸附测定))的能力。(用于执行热熔融分析的步骤由wittwer等人在美国专利no.8343754中公开)在一些实施方式中，如果期望对样品做进一步处理，则96个凹孔板形式的盖子/小瓶组件布置是有利的，因为96个凹孔板大小与各种已知样品处理和分子检定仪器兼容。
仪器操作理论
第一模块100用于扩增检定的样品制备部分(即，最小程度地，用于离析并提纯可能存在于样品中的目标核酸的步骤)。可能包括有磁性响应的固相支持体的样品和tcr被装入到第一模块100上。洗提缓冲剂容器502、504被装入到第二模块400上。第二模块400然后自动地将这些容器移动到第一模块100中能够由第一模块100的物质传送装置例如试剂移液器(图1未示出)接触到的空间中。通过由例如操作者经由用户界面或者通过设置在样品容器(图1中未示出)上的自动机器可读信息诸如条形码而提供到第一模块100的信号，第一模块确认将启动特定的扩增检定。为处理样品，第一模块100的贮器分配器150从输入队列102拉起亲的mrd160，并将其设置到第一模块100中的样品分配位置。tcr和样品被第一模块100中的移液器分别从试剂容器和采样管传送到各贮器162mrd160。mrd160的内容物然后被在规定温度下培养规定时段，然后将mrd160传送到磁性分离洗去站118、120，用于磁性洗去步骤。
在目标捕获处理之后，mrd160由贮器分配器150移动到在第一模块100中的扩增试剂分配位置。第一模块100的物质传送装置然后将洗提流体添加到mrd160的各贮器162，以从磁性颗粒分离目标(样品)材料，并且第一模块100混合各贮器162的内容物，然后将mrd160发送到第二模块400。第二模块400将mrd160装入构造成保持mrd160的一系列狭槽中的一个。当系统控制器发信号时，第二模块400将mrd160移动到磁性洗提槽620，以将洗提的核酸材料从磁性颗粒分离。物质传送装置402，例如自动移液器，然后开始扩增处理。移液器402首先将油分配到排队用于测试的所有处理小瓶464、670中。移液器402然后从mrd160吸取洗提液/样品，然后从重构试剂机壳或者储存器吸取重构试剂溶液，将它们分配到试剂组合件760的冻干试剂凹孔中。在试剂组合件760的试剂凹孔中的重构试剂和冻干扩增试剂可以吸入和放出移液管吸头一次或更多次，以确保充分快速重构。被重构的扩增试剂被移液到处理小瓶464、670，然后封盖。重构的扩增试剂、样品和油可以被吸入和放出移液管吸头一次或更多次，以确保充分混合。封盖的小瓶464、670被传送到离心机，然后传送到热循环仪432，诸如用于pcr扩增和荧光检测的热循环仪432。
结果可以显示在仪器监视器上或者用户界面上，并且被打印或者发送到lis。
在一实施方式中，第一模块100构造成对容纳在mrd160中核酸材料执行一个或者更多个等温核酸扩增反应。在一个实施方式中，该等温过程可以对mrd160的内容物执行，之后将mrd160输送到第二模块400，以对mrd内容物材料的一部分执行pcr，如上所述。替代地，在mrd160在第二模块400中被处理并且一定量的洗提液/样品从mrd传送到一个或者更多个小瓶464、670用于执行pcr或者第二模块400构造成执行的其它处理之后，mrd160可以被输送回到第一模块100，以对mrd160的余留内容物执行等温核酸扩增反应。
示例性处理
在图41-43中示出了体现本公开方面的操作和处理的细节。下面的处理是例示性的。其它处理可以执行和/或本文所示和如下描述的处理可以例如通过省略或者重排一些步骤来修改。
能够使用上述第一模块100和第二模块400执行的样品洗提液制备过程在图41中以流程图800表示。在方法800的步骤s802中，反应容器被移动到可对贮器添加原材料的位置。例如，参见clark等人在美国专利no.8309036中的描述。例如，第一模块100的贮器分配器150将mrd160从输入装置102移动到装载站104、106或者108中的一个。例如，参见hagen等人在美国专利申请公布no.2012/0128451中的描述。
在步骤s804中，第一模块100的物质传送装置将反应材料传送到贮器。参见例如buse等人在美国临时申请no.61/783670中的描述。例如，第一模块100的自动移液器将目标捕获试剂(“tcr”)(例如，500μl)、样品流体(例如，360μl)和目标增强子试剂(“ter”)(例如，140μl)传送到mrd160的各贮器162中。
在步骤s806中，在步骤s804中添加到贮器的反应材料被混合。例如，添加到mrd160的贮器162的tcr、样品流体和ter通过例如使mrd160以高频(例如，16hz，60秒)振荡来混合。
在步骤s808中，贮器被移动到将促进期望反应的环境中。例如，贮器分配器150将mrd160从装载站104去除，并将mrd160传送到培育箱112、114、116(在图41中称为结合培育箱“atb培育箱”)之一，以将mrd160的内容物在规定温度下培育规定时段(例如，在63℃下培育1800秒)。在将mrd160移动到培育箱之前，mrd160可以首先被设置在一个温度修整站110中(，例如，在65℃下300秒)，以升高mrd160及其内容物的温度至与mrd160要被传送到其中的培育箱的温度接近的温度，以使得在培育箱中的温度波动最小化。
期望的反应可能要求不同温度下的两次或更多次培育。由此，根据本公开的实现，在步骤s810中，贮器分配器150将mrd160从一个培育箱去除，并将mrd160传送到处于不同于第一培育箱的不同(例如，更高或更低)温度下的另一培育箱(在图41中称为“高温培育箱”)，以在规定温度下继续培育mrd160的内容物规定时段(例如，在43.7℃下600秒)。
在步骤s812中，贮器分配器150将mrd160从第二温度培育箱去除并且将mrd160返回到处于不同温度的另一培育箱，该另一培育箱可以是在s808中mrd160被装入其中的同一培育箱(例如，“atb培育箱”)。
在培育步骤结束时，可能需要冷却贮器内容物的温度，例如用以终止在贮器中正发生的任何反应。由此，在一个示例中，在步骤s814中，贮器分配器150可以将mrd160从培育箱除去，并将mrd160传送到保持在预定温度下的激冷模块122(在图41中称为“激冷斜面”)。
接着，假定在贮器中执行的反应包括将目标核酸固定在磁性响应的固相支持体上，对贮器内容物执行磁性分离步骤。由此，在步骤s816中，在预定时段(例如，830秒)之后，贮器分配器150将mrd160从激冷模块122去除，并将mrd160传送到包括磁体的磁性停驻站，该磁体用于将各贮器162中的磁性响应固相支持体吸引到贮器162的壁以将固相支持体拉出悬置状态。参见例如davis等人在美国专利no.8276762中的描述。在步骤s818中，在磁性停驻站中的规定时段(例如，300秒)之后，贮器分配器150将mrd160从磁性停驻站去除，并将mrd160传送到磁性分离洗去站118或者120。参见例如hagen等人在美国专利申请公布no.2010/0288395中的描述。在步骤s820中，对装入磁性洗去站118或者120中的mrd160的内容物执行磁性洗去步骤。磁性分离步骤的一个示例性实施方式包括若干磁性驻留，在该磁性驻留期间，贮器内容物暴露于磁力预定时段，并且在各磁性驻留之后，在内容物仍暴露于磁力的状态下，流体内容物被从贮器抽出，将磁性颗粒留在贮器中。在一个示例性实施方式中，三个120秒磁性驻留均被执行。在各磁性驻留结束时，磁力从贮器内容物移去。在各磁性驻留之后，除最后磁性驻留之外，洗去流体(例如，1000μl的洗去缓冲剂)被添加到贮器，以使磁性颗粒在下一磁性驻留开始之前重新悬置。
在磁性洗去处理完成之后(例如，在最后磁性驻留结束且随后吸出贮器的非磁性流体内容物之后)，在步骤s822中，贮器分配器150从磁性分离洗去站118或者120取回mrd160，并将mrd160移动到装载站104106或者108中的一个。在装载站中，一定量的洗提缓冲剂(例如，50-110μl)被例如物质传送装置(诸如，自动移液器)从洗提容器502、504之一由第二模块400的散装试剂容器舱500的散装试剂容器输送机550传送到第一模块100中。
在一些实施方式中，可能需要加热或者培育mrd160的内容物。以提高核酸洗提的效率。
在步骤s824中，在添加洗提缓冲剂之后，mrd160的内容物通过搅动mrd160被混合。
在步骤s826中，mrd160从第一模块100传递到第二模块400中的磁性洗提槽620。首先，第一模块100的贮器分配器150从装载站104、106或者108取回mrd160，并将mrd160传送到距离第二模块400最近的传送轨道组件154的端部。贮器分配器150的分配头152将mrd装入第二模块400的贮器移交装置602。然后，贮器移交装置602转动mrd160，将mrd160提供到旋转分配器312。旋转分配器312将其钩子318延伸，并通过旋转若干度接合mrd160的操纵结构166以将钩子置于操纵结构166中，然后收回钩子318以将mrd160拉入旋转分配器312的分配头314中。旋转分配器312然后旋转以将其中载运的mrd160与第二模块400的磁性洗提槽620中的一个(或者可选地，mrd存储608)对准。旋转分配器312然后延伸它的钩子318，以将mrd160推动到磁性洗提槽620中，并旋转若干度以将钩子318从操纵结构166除去。
处理接着继续进行到图42中所示的处理830。
参考图42，以流程图830示出了反应混合物制备过程。处理830的一个或多个步骤可以与图41以所示的处理800的一个或多个步骤并行进行。
在步骤s832，第二模块400的物质传送移液器410从在一个吸头舱580中载运的一次性吸头托盘582拾取一次性吸头584。
在步骤s834中，物质传送移液器410将一定量的油(例如，15μl)从载运在散装试剂容器舱500中的储油器传送到保持在处理盖子/小瓶舱440的盖子/小瓶托盘460中的一个或者更多个处理小瓶464。
在步骤s836中，物质传送移液器410移动到废料斜槽426以从其剥去一次性移液管吸头584，并将吸头排出到废料斜槽426中。然后，物质传送移液器410返回到一次性吸头托盘582，拾取另一一次性移液管吸头584。
在步骤s838中，物质传送移液器410将一定量的重构试剂(例如，20μl)从保持在散装试剂容器舱500中的重构试剂容器传送到先前由旋转分配器312从存储舱740传送到试剂组合件装载站640的pcr试剂组合件760的混合凹孔762。在一个实施方式中，在重构试剂分配到混合凹孔762之前，移液器410在用移液管吸头584刺穿箔片766之前在箔片766处执行水平感测。对试剂组合件760的箔片的水平感测用以“标定”试剂组合件760相对于移液器的高度。一般地，移液器410构造成将移液管吸头伸展到混合凹孔的底部，用于更准确的试剂吸出。
在步骤s840中，混合凹孔762中的流体被混合以溶解冻干试剂768。在一示例中，通过一次或更多次地交替执行将流体吸入移液管吸头584以及将流体分配回到凹孔762中，物质传送移液器410混合在混合凹孔762中的流体，以溶解冻干试剂768。
在步骤s842中，物质传送移液器410将一定量(例如，20μl)的重构试剂从pcr试剂组合件760的混合凹孔762传送(在图42中称为“主混合物”)到小瓶464。pcr主混合物以预混优化形式提供了执行pcr必需的关键成分。在主混合物中包括taqdna聚合酶、脱氧核苷酸三磷酸盐(dntps)和氯化镁(mgcl2)。前向引物和反向引物未被典型地包括。
在步骤s844中，物质传送移液器410移动到废料斜槽426，并且将移液器吸头584剥离到废料斜槽中。物质传送移液器410然后移动到一次性吸头托盘582，并拾取新的一次性移液管吸头584。
图42中的块“b”表示图41所示的处理800和图42所示的处理830的集成。包含样品混合物(在本示例性实施方式中，在磁性分离步骤中被提纯)和洗提缓冲剂的mrd160被保持在磁性洗提槽620中，在处理800的步骤s826中洗提槽620已被布置在那儿。在一个实施方式中，mrd160被保持在磁性洗提槽620中至少120秒的驻留时间。
在处理830的步骤s846中，物质传送移液器410将一定量的洗提液(例如，5μl)从保持在洗提槽620中的mrd160传送到处理小瓶464中，油和试剂分别在步骤s834和s842中添加到处理小瓶464。
在步骤s848中，物质传送移液器410移动回到废料斜槽426，将一次性移液管吸头584剥离到废料斜槽中。
处理现在继续进行到图43中所示的处理850。
参考图43，以流程图850示出用于执行自动生物学方法的处理，诸如pcr反应。图43中的块“c”表示图43所示的处理830和图43所示的处理850的集成。
在步骤s852中，通过将移液器探头422(其上无一次性移液管吸头)插入盖子476中(见图26，其示出了可选择的盖子600和小瓶670的组合)，物质传送移液器410从盖子/小瓶托盘460的盖子凹孔440拾取处理小瓶盖子476。然后，物质传送移液器410拾取通过摩擦保持在移液器探头422上的盖子476，并将盖子476插入保持在处理小瓶凹孔474中的处理小瓶464中，直至盖子476与小瓶464锁定以形成盖子/小瓶组件(见图25)。
在步骤s854中，物质传送移液器410将通过磨擦保持到移液器探头422的盖子/小瓶组件传送到离心机588，在此剥离装置从移液器探头422去除盖子/小瓶组件，以将盖子/小瓶组件安置到离心机588中。
在步骤856中，在离心机中在规定时段之后，小瓶传送移液器418将其移液器探头422插入保持在离心机588中的盖子/小瓶组件的盖子476中，将盖子/小瓶组件从离心机588去除，并将盖子/小瓶组件传送到培育箱模块，诸如热循环仪432。剥离装置将盖子/小瓶组件从小瓶传送移液器418的移液器探头422去除。
在步骤s858中，执行培育处理。培育处理可以包括pcr热循环，该pcr热循环包括在用于变性的95℃、用于回火的55℃和用于合成的72℃之间变化的多个温度循环。在热循环仪处理期间，来自处理小瓶的内容物的发射信号可被监测。例如，在各pcr循环期间以一种或更多种颜色波长的莹光监测可以使用与热循环仪432一体地操作的信号检测装置测量，诸如荧光计。以各波长的周期性荧光强度测量可以以规则间隔进行，以产生莹光时间序列数据，用于后续处理和分析。
在步骤s860中，在步骤s858的pcr处理之后，小瓶传送移液器418从热循环仪432取回盖子/小瓶组件，并将盖子/小瓶组件传送到废料斜槽424，在此盖子/小瓶组件被从移液器探头422剥离到废料斜槽424中，或者盖子/小瓶组件被输送到存储/扩展模块中的输出试剂组合件760。
在一些实施方式中，诊断系统10可用于执行需要不同试剂的两种或更多种检定，包括核酸扩增反应，所述试剂包括一种或更多种单位剂量试剂。图44例示了根据一个这种实施方式的使用诊断系统10的方法，诊断系统10包括第一模块100和第二模块400。
在步骤862，多个样品被装入诊断系统10。多个样品中的第一样品子集已被指定用于至少一个检定，并且多个样品中的第二样品子集已被指定用于至少一个不同检定。在一些实施方式中，样品贮器上的条型码指示适当的检定，并且在其它实施方式中检定被操作者使用诊断系统10的用户界面手动地输入到系统中。
在一些实施方式中，包括第一核酸扩增反应的第一检定已被指定用于第一样品子集。例如，第一核酸扩增反应能够是pcr，并且目标核酸能够是与特定病毒或者组织关联的核酸。例如，在一些实施方式中，第一核酸扩增反应使用存储在诊断系统10中且可操作访问的单位剂量试剂。例如，第一核酸扩增反应能够是pcr或者能够由诊断系统10的第二模块400执行的任何其它期望的热循环反应。
在一些实施方式中，包括第二核酸扩增反应的第二检定将指定用于第二样品子集。第二核酸扩增反应可以是与第一检定的第一核酸扩增反应相同或不同的核酸扩增反应，但在一些实施方式中，在第二核酸扩增反应中使用的试剂可以以与第一检定中使用的第一试剂的目标不同的核酸为目标。在一些实施方式中，第二核酸扩增反应能够是pcr，或者例如由诊断系统10的第二模块400执行的任何其它期望的热循环反应。在一些实施方式中，第二核酸扩增反应是tma，或者例如由诊断系统10的第一模块100执行的任何其它等温反应。用于第二检定的试剂能够是不同于用于第一检定的单位剂量试剂的单位剂量试剂，散装试剂，或者两者。例如，如果第二核酸扩增反应是pcr，则用在第二检定中的第二试剂能够是单位剂量试剂，并且如果第二核酸扩增反应是tma，用在第二检定中的第二试剂能够是散装试剂。在一些实施方式中，第二单位剂量试剂、第一散装试剂或者两者被存储在诊断系统10中，并且能够操作地访问。
第一和第二检定均具有与相应检定相关联的暂时工艺流程进程。在一些实施方式中，在步骤864，诊断系统10使用于执行第一检定的进程与用于执行第二检定的进程协调，以便诊断系统的资源的使用被最大化。例如，第一检定进程可能要求使用物质传送装置中的一个，并且第二检定进程也可以要求使用同一物质传送装置。诊断系统10能够构造成偏移所述进程中的一者或两者，以便一旦第一检定用物质传送装置完成，则物质传送装置能够用于第二检定。该协调增大了处理量，且使得处理时间最小化。
在步骤866，诊断系统10对第一样品子集执行第一检定。根据实施方式，在步骤868，诊断系统10开始对第二样品子集执行第二检定。因此，存储并且提供了对第一检定中使用的第一单位剂量试剂以及第二检定中使用的第二单位剂量试剂或者第一散装试剂中至少一种的操作访问的诊断系统10执行步骤866和868两者。在一些实施方式中，在步骤866正在执行时开始步骤868—诊断系统能够同时执行第一检定和第二检定。在一些实施方式中，在步骤866和868期间，当相应的检定需要单位剂量试剂时，例如用于pcr检定，诊断系统10确认包含所需试剂的试剂组合件760是否布置在一个装载站640处，如果否，则分配器系统用包含所要求检定需要的单位剂量试剂的试剂组合件760替换位于装载站640的试剂组合件706。在一些实施方式中，在步骤866完成之后开始步骤868。并且在一些实施方式中，虽然步骤868能够在步骤866之后开始，但步骤868能够在步骤866完成之前开始。
在一些实施方式中，诊断系统10能够在步骤866和868之间交替。例如，诊断系统10能够对第一样品子集的第一样品执行第一检定，然后对第二样品子集的第一样品执行第二检定。诊断系统10能因此转回到步骤866，对第一样品子集的第二样品执行第一检定。
在一些实施方式中，第一检定和第二检定均包括使用不同于第一散装试剂的第二散装试剂制备可用在第二核酸扩增反应中的相应样品子集。例如，能够根据以上参考图41描述的处理800制备第一和第二样品子集中的各样品。
在一些实施方式中，第一样品子集和第二样品子集包括不同样品。在一些实施方式中，第一样品子集和第二样品子集包括相同的样品。在这些实施方式中，多重检定，例如上述的第一和第二检定，对于相同样品执行。
在一些实施方式中，在无附加设备准备(例如，擦拭诊断系统10的设备)、试剂准备(更换存储在诊断系统10中的试剂瓶)和消耗品准备(更换空吸头托盘)的情况下执行步骤866和868。
硬件和软件
本公开的方面经由控制和计算硬件部件、用户产生的软件、数据输入部件和数据输出部件实现。硬件部件包括计算和控制模块(例如，系统控制器)，诸如微处理器和计算机，其构造成通过接收一个或者更多个输入值、执行存储在提供用于操纵或另外地作用于输入值的指令的非瞬态机器可读介质上的一个或者更多个算法(例如，软件)上，以将输出一个或者更多个输出值来实现计算和/或控制步骤。这些输出可以被显示给或者另外地指示给操作者，用于提供信息至操作者，例如关于仪器状态或者其正执行的处理的状态的信息，或者这些输出可包括到其它处理和/或控制算法的输入。数据输入部件包括用以输入由控制和计算硬件部件使用的数据的元件。这些数据输入可包括位置传感器、马达编码器，以及手动输入元件，诸如图形用户接口、键盘、触屏、麦克风、开关、手动操作扫描器、声音致动输入等等。数据输出部件可以包括硬盘驱动器或者其它存储介质、图形用户接口、监视器、打印机、指示灯或者声音信号元件(例如，蜂鸣器、喇叭、铃等等)。
软件包括存储在非暂态计算机可读介质上的指令，这些指令在由控制和计算硬件执行时使控制和计算硬件执行一个或者更多个自动或半自动处理。
虽然已经参考一些例示性实施方式相当详细地描述和示出了本公开，包括特征的各种组合和子组合，但本领域技术人员将易于清楚涵盖在本公开范围内的其它实施方式及其变化和修改。另外，关于这些实施方式、组合和子组合的描述不旨在表达本公开要求除权利要求中明确记载的那些之外的特征或特征组合。因此，本公开被认为包括落在以下所附权利要求的精神和范围内的全部修改和变化。