单分子肽测序的手段和方法与流程

文档序号:20706866发布日期:2020-05-12 16:34阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种作用于多肽的工程化的、催化活性氨肽酶,其中所述多肽通过其c-末端或通过所述多肽的第一个肽键的c-末端肽部分固定于表面上,其中所述氨肽酶裂解所述多肽的n-末端氨基酸,和其中所述氨肽酶直至所述n-末端氨基酸裂解的停留时间鉴定或分类所述n-末端氨基酸。

2.权利要求1的氨肽酶,其中所述n-末端氨基酸是衍生的n-末端氨基酸,并且其中所述氨肽酶结合并裂解所述衍生的n-末端氨基酸。

3.权利要求2的氨肽酶,其中所述n-末端氨基酸是用异硫氰酸酯或异硫氰酸酯类似物衍生的n-末端氨基酸。

4.权利要求1-3任一项的氨肽酶,其中所述n-末端氨基酸是用citc或spitc衍生的,并且所述氨肽酶与seqidno.1或seqidno.2具有至少80%序列同一性并且具有25位的甘氨酸残基,65位的丝氨酸残基,138位的半胱氨酸残基和208位的组氨酸残基。

5.权利要求4的氨肽酶,包含seqidno.3或seqidno.4中所示的氨基酸序列。

6.权利要求1的氨肽酶,其中所述氨肽酶与seqidno.7具有至少80%序列同一性,其中在1位的甲硫氨酸残基和2位的丙氨酸残基之间插入半胱氨酸残基。

7.权利要求6的氨肽酶,其包含seqidno.8或由seqidno.8组成。

8.权利要求1-7任一项的氨肽酶,其进一步包含光学、电学或等离子体标记,或其中通过光学、电学或等离子体来检测所述氨肽酶。

9.权利要求1-8任一项的氨肽酶,其中所述氨肽酶是嗜热和/或耐溶剂的。

10.裂解诱导剂获得多肽的序列信息的用途,所述多肽通过其c-末端或通过所述多肽的第一个肽键的c-末端肽部分固定于表面上,其中所述裂解诱导剂在所述多肽的n-末端氨基酸上的停留时间鉴定或分类所述n-末端氨基酸。

11.根据权利要求10的用途,其中所述裂解诱导剂是催化活性的氨肽酶、异硫氰酸酯或异硫氰酸酯类似物。

12.根据权利要求11的用途,其中所述催化活性的氨肽酶是权利要求1或6-9任一项的氨肽酶,和其中n-末端氨基酸选自leu、met、tyr、arg、pro、gly、lys、ala和val。

13.根据权利要求11的用途,其中所述催化活性的氨肽酶是权利要求2的氨肽酶,和其中所述衍生的末端氨基酸是衍生的n-末端氨基酸。

14.根据权利要求13的用途,其中所述衍生的n-末端氨基酸是用citc或spitc衍生的,和其中所述氨肽酶是权利要求4、5、8或9任一项的氨肽酶。

15.权利要求10-14任一项的用途,其中在单分子水平获得所述多肽的所述序列信息。

16.一种鉴定或分类多肽的n-末端氨基酸的方法,所述多肽通过其c-末端或通过所述多肽的第一个肽键的c-末端肽部分固定于表面上,所述方法包括:

a)将所述表面固定的多肽接触裂解诱导剂,其中所述裂解诱导剂结合并裂解所述多肽的n-末端氨基酸;

b)测量所述裂解诱导剂在所述n-末端氨基酸上的停留时间;

c)将所述测量的停留时间与所述裂解诱导剂和一组n-末端氨基酸特征性的一组参照停留时间值进行比较;

以鉴定或分类所述n-末端氨基酸。

17.一种获得通过其c-末端固定于表面上的多肽的序列信息的方法,所述方法包括:

a)将所述表面固定的多肽接触裂解诱导剂,其中所述试剂结合并裂解所述多肽的n-末端氨基酸;

b)测量所述裂解诱导剂在所述表面固定多肽的n-末端氨基酸上的停留时间;

c)允许所述裂解诱导剂切除所述n-末端氨基酸;

d)通过将所述测量的停留时间与所述裂解诱导剂和一组n-末端氨基酸特征性的一组参照停留时间值进行比较来鉴定或分类所述n-末端氨基酸;

e)重复步骤a)至d)一次或多次或重复步骤b)至d)一次或多次。

18.根据权利要求16或17的方法,其中所述裂解诱导剂是异硫氰酸酯或异硫氰酸酯类似物,其中所述停留时间是直至除去所述n-末端氨基酸的时长,其中通过将所述时长与针对不同氨基酸的一组参照值进行比较来鉴定所述n-末端氨基酸。

19.根据权利要求16或17的方法,其中所述裂解诱导剂是氨肽酶,和其中针对所述氨肽酶对所述n-末端氨基酸的每个结合事件测量所述氨肽酶的停留时间。

20.权利要求16-19任一项的方法,另外包括通过测量表面固定多肽的光学、电学或等离子体信号来测定所述n-末端氨基酸裂解的步骤,其中光学、电学或等离子体信号的差异表示所述n-末端氨基酸的裂解。

21.权利要求16-20任一项的方法,其中将所述表面固定的多肽另外接触一种或多种n-末端氨基酸结合蛋白,其中所述一种或多种结合蛋白与所述n-末端氨基酸的结合事件的动力学鉴定所述n-末端氨基酸或提供所述n-末端氨基酸的更多信息。

22.权利要求16-21任一项的方法,包括多肽变性的第一步或其中在权利要求16-21任一项的一个或多个步骤过程中存在变性条件,其中所述催化活性的氨肽酶是嗜热和/或耐溶剂氨肽酶和/或其中所述裂解诱导剂是异硫氰酸酯或异硫氰酸酯类似物。

23.权利要求16-22任一项的方法,其中所述n-末端氨基酸是衍生的。

24.权利要求16、17、19-23任一项的方法,其中所述氨肽酶是权利要求1或6-9任一项的氨肽酶,和其中所述n-末端氨基酸选自leu、met、tyr、arg、pro、gly、lys、ala和val。

25.权利要求23的方法,其中所述衍生的末端氨基酸是衍生的n-末端氨基酸和其中所述试剂是权利要求2的氨肽酶。

26.权利要求23的方法,其中所述衍生的n-末端氨基酸是用citc或spitc衍生的,和其中所述氨肽酶是权利要求4、5、8或9任一项的氨肽酶。

27.权利要求16-26任一项的方法,其中鉴定所述n-末端氨基酸或其中在单分子水平将所述表面固定的多肽测序。

28.权利要求16-27任一项的方法,其中通过光学、电学或等离子体来测量所述停留时间。

29.权利要求16-28任一项的方法,其中将所述多肽固定于活性传感表面上。

30.权利要求29的方法,其中所述活性传感表面是金表面或酰胺-、羧基-、硫醇-或叠氮化物-官能化表面,所述多肽化学偶联在所述表面上。


技术总结
本发明涉及生物化学领域,更特别地涉及蛋白质组学,更特别地涉及蛋白质测序,甚至更特别地涉及单分子肽测序。本发明公开了使用裂解诱导剂进行单分子蛋白质测序和/或氨基酸鉴定的手段和方法。所述裂解诱导剂不是对一种特定氨基酸是特异性的,其从N末端开始逐步裂解多肽,并基于所述反应的动力学来提供关于裂解的氨基酸的身份的信息。

技术研发人员:N·卡勒维尔特;S·艾克曼;S·德沃斯
受保护的技术使用者:非营利性组织佛兰芒综合大学生物技术研究所;国立比利时根特大学
技术研发日:2018.09.28
技术公布日:2020.05.12
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