一种将寡聚核苷酸逆转录成cDNA的方法及寡聚核苷酸检测方法与流程

文档序号:21789749发布日期:2020-08-07 20:43阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种将寡聚核苷酸逆转录成cdna的方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)设计单链dna,所述单链dna的中间部分与目标寡聚核苷酸碱基互补;

(2)根据目标寡聚核苷酸选择上游辅助rna和下游辅助rna,且所述上游辅助rna的3’端含有单羟基,所述下游辅助rna的5’端含有单磷酸基团;所述单链dna的两端分别与所述上游辅助rna和所述下游辅助rna碱基互补;

(3)将目标寡聚核苷酸两端分别与所述上游辅助rna和所述下游辅助rna连接起来;

(4)将所述单链dna消化掉,得到中间部分为目标寡聚核苷酸的待逆转录单链rna;

(5)在待逆转录单链rna的3’端设计引物,将待逆转录单链rna逆转录成cdna。

2.根据权利要求1所述的将寡聚核苷酸逆转录成cdna的方法,其特征在于,在步骤(3)中:用连接酶将目标寡聚核苷酸两端分别与所述上游辅助rna和所述下游辅助rna连接起来。

3.根据权利要求2所述的将寡聚核苷酸逆转录成cdna的方法,其特征在于,在步骤(3)中:所述连接酶为t4dna连接酶。

4.根据权利要求1所述的将寡聚核苷酸逆转录成cdna的方法,其特征在于,在步骤(1)中:用dnasei将所述单链dna消化掉。

5.寡聚核苷酸检测方法,其特征在于,包括如下步骤:

(a)按照权利要求1-4任一所述的方法,将寡聚核苷酸逆转录成cdna;

(b)对cdna进行qpcr定量检测、高通量测序检测或基因芯片检测,从而可以对体内产生的寡聚核苷酸进行qpcr定量检测、高通量测序检测或基因芯片检测。

6.根据权利要求5所述的寡聚核苷酸检测方法,其特征在于,在步骤(b)中,qpcr定量检测方法如下:

第一种方法:根据cdna设计上游引物primerf和下游引物primerr,上游引物primerf与待逆转录单链rna的上游端相同,下游引物primerr与待逆转录单链rna的下游端碱基互补,然后进行实时定量pcr检测;

第二种方法:设计taqman-mgb探针,taqman-mgb探针覆盖待逆转录单链rna中目标寡聚核苷酸及其两端若干个碱基序列,用高特异的taqman探针pcr法检测目标寡聚核苷酸的含量。

7.根据权利要求6所述的寡聚核苷酸检测方法,其特征在于,在步骤(b)中:高通量测序检测方法如下:

(b1-1)根据cdna设计上游引物primerf和下游引物primerr,然后用上游引物primerf和下游引物primerr对cdna进行第一轮pcr;

(b1-2)设计包含primerf的上游引物,其包括用于和illumina测序仪结合和cluster形成的p5序列以及用于read1的测序的i5序列,i5序列位于p5序列和primerf之间;同时设计包含primerr的下游引物,其包括用于和illumina测序仪结合和cluster形成的p7序列、用于read2的测序的i7序列、以及位于p7序列和i7序列之间的barcode序列,并且i7序列位于barcode序列和primerr之间;barcode序列用来区分样品。

8.根据权利要求5所述的寡聚核苷酸检测方法,其特征在于,在步骤(b)中,基因芯片检测方法如下:在上游辅助rna和下游辅助rna上设计限制性核酸内切ecorv的酶切位点,在完成pcr扩增后,用ecorv处理pcr产物,就会产生包含目标寡聚核苷酸序列的dna片断,然后设计相应的探针,最后进行检测。


技术总结
本发明一种将寡聚核苷酸逆转录成cDNA的方法及寡聚核苷酸检测方法,包括如下步骤:(1)设计单链DNA,单链DNA的中间部分与目标寡聚核苷酸碱基互补;(2)根据目标寡聚核苷酸选择上游辅助RNA和下游辅助RNA,且上游辅助RNA的3’端含有羟基,下游辅助RNA的5’端含有单磷酸基团;单链DNA的两端分别与上游辅助RNA和下游辅助RNA碱基互补;(3)利用T4DNA连接酶将目标寡聚核苷酸两端分别与上游辅助RNA和下游辅助RNA连接起来;(4)将单链DNA消化掉,得到中间部分为目标寡聚核苷酸的待逆转录单链RNA;(5)在待逆转录单链RNA的3’端设计引物,将待逆转录单链RNA逆转录成cDNA。不仅能够检测10nt以上的核苷酸,特别是能够检测6‑10nt长的小片段核苷酸。

技术研发人员:赵利峰;秦少伟;李才林
受保护的技术使用者:桂林旅游学院
技术研发日:2020.04.21
技术公布日:2020.08.07
当前第2页1 2 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1