一种同时检测水稻四种病毒的一步法多重pcr检测方法_2

文档序号:8334151阅读:来源:国知局
组引物组合。
[0016]图3为DNA聚合酶用量优化图谱,M:DL2000 DNA分子量标准;1_4依次为'2.5、4、5、6U。
[0017]图4为退火温度优化图谱,M:DL2000 DNA分子量标准;1_11依次为:52°C -62°C。
[0018]图5为一步法多重RT-PCR特异性和稳定性电泳图谱,M:DL2000 DNA分子量标准;I:RGDV ;2:RRSV ;3:SRBSDV ;4:RBSDV ;5:RGDV+RRSV ;6:RGDV+SRBSDV ;7:RGDV+RBSDV ;8:RRSV+SRBSDV ;9:RRSV+RBSDV ;10:SRBSDV+RBSDV ;11:RGDV+RRSV+SRBSDV ;12: RGDV+RRSV+RBSDV ;13:RGDV+SRBSDV+RBSDV ;14:RRSV+SRBSDV+RBSDV ;15:RGDV+RRSV+SRBSDV+RBSDV ;16:阴性对照。
[0019]图6为一步法多重RT-PCR灵敏度分析电泳图谱,M:DL2000 DNA分子量标准;1_6:5-0、5-1、5-2、5-3、5-4、5-5、5-6。
[0020]图7为随机采取的田间样品进行多重一步法RT-PCR电泳图谱,M:DL2000 DNA分子量标准;1_14:为田间随机采取的样品;15:四种病毒RNA混合物;16:阴性对照。
【具体实施方式】
[0021]为使本发明更加容易理解,下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。
[0022]本发明针对我国水稻病害的发生现状,设计特异的引物,探索和优化多重PCR反应体系的参数,建立了能够从水稻样品中同时检测RGDV、RRSV、SRBSDV和RBSDV四种病毒复合侵染的多重PCR检测方法,该方法具有检测时间短,成本低,特异性强等优点。
[0023]本发明的同时检测水稻四种病毒的一步法多重PCR检测过程为:
样品米集
水稻样品来自广东省的广州、罗定、郁南、遂溪、南雄、曲江、河源、龙川、梅县、博罗、阳东、信宜、高州、汕尾等地方,随机选取取了 14株样品进行实验。
[0024]样品RNA的提取
分别剪取病害症状明显的水稻叶片约0.2g,液氮研磨后加入800 μ I Trizol和400 μ I的氯仿:异戍醇(24:1)后转入2.0ml离心管润旋混勻;4°C下12000rpm离心15min,取上清液于新的1.5ml离心管中加入等体积的预冷的异丙醇,轻轻混匀后置于_20°C下20min ;然后4°C下12000rpm离心1min,弃上清;
加入75%的预冷的乙醇(DEPC处理),4°C下7500rpm离心5min,室温晾干沉淀后加入10ul无RNase的水溶解,_20°C保存备用或继续下游实验。同时以健康水稻总RNA为阴性对照,提取方法同上。
[0025]RT-PCR 扩增
按照 One Step RT-PCR Kit (TaKaRa)说明书,PCR 反应体系为:2X I step buffer10.0ul, RGDV、RRSV、SRBSDV 和 RBSDV 引物的终浓度依次为:0.2、0.125,0.125 和 0.25umol/L, PrimeScript I step Enzyme Mix (5U/ul) 2.5U,退火温度为 58°C, RNA 模板为
1.0ul,最后补水至20ul。
[0026]PCR 反应参数为:50°C反转录 30min,94°C预变性 2min ;然后 94°C 30s, 58°C 30s,72°C lmin,共35个循环;最后在72°C延伸lOmin,降温至10°C结束反应。
[0027]PCR产物电泳检测
取6ul PCR产物与Iul 6 X loading buffer相混合,室温下进行1.2%琼脂糖凝胶(已加入goldview核酸染料)电泳,电泳条件为电压100V,时间40min,电泳结束后于凝胶成像系统观察电泳结果。电泳结果见说明书附图7。
[0028]实现本发明的具体步骤如下:
引物设计
依据NCBI中GenBank公布的序列,下载病毒基因组序列,然后对下载的序列进行同源比对,以RGDV S8、RRSV S8、RBSDV S6和SRBSDV SlO为模板,设计特异引物,利用BLAST在线软件检测特异引物,四种病毒的引物具体如下:
水稻瘤矮病毒的引物为:
上游引物:5 ’ -GTACTCAGACCTGAACGTAGT-3,
下游引物:5’ -CTCAATAGCGATCGCATACC-3’
水稻齿叶矮缩病毒的引物为:
上游引物:5 ’ -CGCCGTATCTAACGTTCCAG-3’
下游引物:5’ -TGCCGCGACATAATCAAC-3’
南方水稻黑条矮缩病毒的引物为:
上游引物:5 ’ - CGCGTCATCTCAAACTACAG-3 ’
下游引物:5’ -TTTGTCAGCATCTAAAGCGC-3’
水稻黑条矮缩病毒的引物为:
上游引物:5 ’ -AATGCCACTTGCCAGTTACG-3,
下游引物:5’ -GCTACTTCGTCAGTTAGATC-3’。
[0029]2、样品总RNA的提取
(O分别剪取病害症状明显的水稻叶片约0.2g,液氮研磨后加入800 μ I Trizol和400 μ I的氯仿:异戊醇(24:1)后转入2.0ml离心管涡旋混匀;
(2)4°C下12000rpm离心15min,取上清液于新的1.5ml离心管中加入等体积的预冷的异丙醇,轻轻混匀后置于_20°C下20min ;
(3)然后4°CT 12000rpm 离心 1min,弃上清;
(4)加入75%的预冷的乙醇(DEPC处理),4°C下7500rpm离心5min,室温晾干沉淀后加入10ul无RNase的水溶解,_20°C保存备用或继续下游实验。同时以健康水稻总RNA为阴性对照,提取方法同上。
[0030]3、单重 RT-PCR 检测
3.1 一步法RT-PCR扩增
按照One Step RT-PCR Kit(TaKaRa)说明书,稍作修改,PCR反应体系为:20ul反应体系中,2X1 step buffer 10.0ul, PrimeScript I step Enzyme Mix 0.5ul, RGDV、RRSV、SRBSDV和RBSDV各Iul上下游引物混合物(各10umol/L)和1.0ul RNA模板,最后补水至20ul。
[0031]PCR 反应参数为:50°C反转录 30min,94°C预变性 2min ;然后 94°C 30s, 55°C 30s,72°C lmin,共35个循环;最后在72°C延伸lOmin,降温至10°C结束反应。
[0032]3.2 PCR产物电泳检测
取6ul PCR产物与Iul 6 X loading buffer相混合,室温下进行1.2%琼脂糖凝胶(已加入goldview核酸染料)电泳,电泳条件为电压100V,时间40min,电泳结束后于凝胶成像系统观察电泳结果。
[0033]3.3电泳结果分析
分别得到RGDV、RRSV, SRBSDV和RBSDV的扩增条带,依次约为244bp、397bp、682bp和lOOObp,其大小与理论值相符,结果见说明书附图1。
[0034]4、四重 RT-PCR 优化
4.1引物浓度比例的优化设置了4个引物浓度组合:
第一组:RGDV、RRSV、SRBSDV和RBSDV上下游引物混合物(各1umo I/L)均为0.125umol/L ;
第二组:RGDV、RRSV, SRBSDV和RBSDV上下游引物混合物(各10umol/L)分别为0.2、0.125,0.125 和 0.25umol/L ;
第三组:RGDV、RRSV, SRBSDV和RBSDV上下游引物混合物(各10umol/L)分别为0.2、
0.125,0.125 和 0.3umol/L ;
第四组:RGDV、RRSV, SRBSDV和RBSDV上下游引物混合物(各10umol/L)分别为0.25、
0.25,0.25 和 0.3umol/L ;
按照单重RT-PCR检测方法,进行多重RT-PCR反应,电泳结果见说明书附图2。
[0035]4.2 DNA聚合酶用量的优化
对Taq DNA聚合酶(5U/ul)的用量设为四个梯度:2.5U、4U、5U和6U四个梯度,按照单重RT-PCR检测方法,进行多重RT-PCR反应,电泳结果见说明书附图3。
[0036]4.3退火温度的优化
最后对退火温度进行优化,从52°C到62°C每1°C为一个梯度,按照单重RT-PCR检测方法,进行多重RT-PCR反应,电泳结果见说明书附图4。
[0037]4.4四重RT-PCR特异性和稳定性
根据上述优化结果,多重PCR最佳反应体系为:2X1 step buffer l0.0ul,RGDV,R
当前第2页1 2 3 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1