经修饰的宿主细胞的建立方法_2

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分序列165bp共表达的质粒pPur-APES165及使ALTl共表达的pPur-ALTl。(参考例6)
[0087] 【图18】图18是示由APES强表达的细胞高增殖、抗体高产生效果的摇床流加培养 的结果。(参考例6)
[0088] 【图19】图19是示由APES强表达的细胞高增殖、抗体高产生效果的L-Jar流加培 养的结果。(参考例6)
[0089] 【图20】图20示APES165强表达宿主候选细胞(9株)的APES表达量和活细胞密 度的相关。(参考例6)
[0090] 【图21】图21示由转录产物AI462015(437p)的一部分序列APES165的更部分序 列的强表达而Mabl产生量增加。(参考例7)
[0091] 【图22】图22示在图21中有抗体高产生效果的APES165的再部分序列含Nfkbia 互补序列。(参考例7)
[0092] 【图23】图23示AI462015是小鼠 Nfkbia mRNA的互补链。(参考例1)
[0093] 【图24】图24示在CHO-Kl细胞基因组中存在AI462015的相同序列。(参考例1)
[0094] 【图25-1】图25a示自AI462015的一部分序列C末端第7-第91)跨种保守。 (参考例1)图25b示自AI462015的一部分序列^末端第7-第91)跨种保守。(参考例 D
[0095] 【图25-2】图25c示自AI462015的一部分序列(5'末端7-第91)跨种保守。(参 考例1)图25d示自AI462015的一部分序列(5<末端7-第91)跨种保守。(参考例1)
[0096] 【图25-3】图25e示自AI462015的一部分序列(5'末端7-第91)跨种保守。(参 考例1)
[0097] 【图26】DXB11/TAUT/APES(DTP)细胞的建立。(实施例1)
[0098] 【图27】示仓鼠 TAUT、人ALT1、及Nfkbia的mRNA表达水平。(实施例1)
[0099] 【图 28】DXB11/TAUT/APES/AE1(DTPE)细胞的建立。(实施例 1)
[0100] 【图 29】DXB11/TAUT/APES/ALT1/PC(DTPLC)细胞的建立。(实施例 1)。
[0101] 【图30】向DXB11/TAUT/ALT1(DTL)细胞导入表达人PC的质粒pNeo-PC,但DXBll/ TAUT/ALT1/PC(DTLC)未建立。(实施例 I)
[0102] 【图31】DXBll (dhfr-)及DT宿主的倍增时间。(实施例2)
[0103] 【图32】由各种的基因的强制表达的经修饰的宿主的制作。(实施例2)
[0104]【图33】经修饰的宿主的倍增时间。(实施例2)
[0105] 【实施方式】
[0106] 以下,对本发明的实施方式更详细地进行说明。
[0107] 【(I)APES (抗体产生增强序列)】
[0108] APES是使作为NF-κ B的抑制蛋白质的Ι-κ B失活的核酸分子,更具体而言,是抑 制作为I- κ B的控制亚基的I- κ B a (NfkBia)的基因表达的核酸分子。那样的核酸分子的 本体是抑制NfkBia的表达的非编码RNA,但APES是非编码RNA自体、或者编码其RNA的DNA 或它们的序列的总称。
[0109] 或者,APES是含可由碱基对形成结合于作为人、小鼠、大鼠或仓鼠来源的NfkBia 的基因的DNA或mRNA,抑制NfkBia的表达的碱基序列的核酸分子。那样的核酸分子被认为 可与NfkBia基因 DNA或mRNA结合而抑制其表达。APES是例如,对NfkBia的mRNA的RNA 干涉的分子。
[0110] 或者,APES可为含可由碱基对形成结合于人、小鼠、大鼠或仓鼠来源的NfkBia的 基因 DNA或mRNA的序列的,双链RNA(dsRNA)、或者作为短的dsRNA的siRNA、或者解离为单 链的 siRNA、或者 shRNA、反义 DNA 或 RNA、microRNA(miRNA)或 mRNA 型非编码 RNA。
[0111] 或者,APES是在序列的一部分中含由人、小鼠、大鼠或仓鼠来源的NfkBia基因 DNA 或mRNA的互补序列组成的碱基序列、或者那样的互补序列的碱基序列,是含可抑制NfkBia 的表达的碱基序列的核酸分子。
[0112] 或者,APES是人、小鼠、大鼠或仓鼠来源的NfkBia基因 DNA或mRNA的部分序列或 那样的部分序列的互补序列,是含可抑制NfkBia的表达的碱基序列的核酸分子。
[0113] 例如,APES可为由含与作为目标的NfkBia mRNA的一部分相同或互补的序列的序 列组成的寡核苷酸。作为那样的寡核苷酸的例,可举出与NfkBia mRNA互补链的19~25个 喊基相当的序列、或者与所述序列除一个喊基外具有相同序列、并且有抑制NfkBia的表达 的效果的低分子RNA。其中,低分子RNA是指小非编码RNA (snRNA),在snRNA中包括miRNA。
[0114] 或者,APES也可为长链的mRNA型非编码RNA,例如由含可由碱基对形成结合于 NfkBia的基因 DNA或mRNA的序列的长度至561个核苷酸长(561mer)的序列组成,并且可 有抑制NfkBia的表达的效果。或者,APES再也可为长链(数百~数十万核苷酸)的mRNA 型非编码RNA。例如,APES可为200-10万核苷酸长、或者,300~30万核苷酸长的核酸分子 或序列。APES也可为含与NfkBia的mRNA的一部分互补的序列(例如上述的snRNA序列) 的,561~1579碱基长、或者500~1000碱基长的mRNA型非编码RNA。
[0115] 可由碱基对形成结合的序列不限于完全地对合(即100 %互补),在对功能无障 碍的范围内也容许不对合碱基的存在。或者,由APES的形态宁可优选部分互补性。从而, 例如,与含NfkBia的非翻译区域的基因 DNA或mRNA至少70%、更优选为80%、再优选为 90%、最优选为95%相同的序列或其互补序列也包括在"可由碱基对形成结合的序列"中。 例如,包含在与561聚体或500聚体的mRNA型非编码RNA至少90%相同的序列中,是含由 碱基的插入、缺失、或者点突变的1~50个(或者561聚体的情况是1~56个)的错配碱 基的变异序列,伴随其在宿主细胞中的表达,抗体等的重组多肽的产生能力增大,或者,有 抑制NfkBia的表达的功能。从而认为,有例如如70%以上的相同性一样的,某程度的序列 类似性的,与宿主细胞不同的生物种来源的NfkBia直系同原物(异种间相同基因)来源的 序列也可作为APES利用。
[0116] 或者,可由碱基对形成结合的序列是指包含可在如细胞内一样的条件下与NfkBia 的mRNA结合的序列。那样的序列,例如,包括作为高度严格的条件,在本领域技术人员公 知的条件下杂交,并且有希望得到的功能的序列。高度严格的条件之一例是,使多核苷酸 和其他多核苷酸在含6 X SSPE或SSC、50 %甲酰胺、5 XDenhardt试剂、0. 5% SDSUOO μ g/ ml片段化的变性鲑鱼精子DNA的杂交缓冲液中,于42°C的杂交温度温育12~16小时(其 中一方的多核苷酸也可附着于如膜一样的固体表面),接着,使用含1XSSC、0. 5% SDS的 清洗缓冲液,于42°C以上的最适温度清洗数次。对于其他具体的条件,请参照Sambrook等 "Molecular Cloning :A Laboratory Manual 第 3版''Cold Spring Harbor Laboratory Pr ; 及,Ausubel等"分子生物学实验流程"丸善等多种本领域技术人员公知的实验手册。
[0117] APES的别的一实施方式是含是与人、小鼠、大鼠或仓鼠来源的NfkBia的mRNA3'侧 非翻译区域的部分序列相同或互补的序列,且可抑制NfkBia的表达的碱基序列的核酸分 子。
[0118] 如在后述的参考例中说明,本发明人发现了在培养CHO细胞中与抗体产生能力相 关而表达量变高的mRNA型非编码RNA。此RNA被鉴定为小鼠基因组中的由437个碱基组成 的公知序列(图 UGenBank AccessionID:AI462015、SEQ ID N0:1)的转录产物。AI462015 的在序列及小鼠基因组上的位置示于图1。作为AI462015的转录产物的437碱基与小鼠 NfkBia mRNA 3'侧非翻译区域(513碱基)的互补链相当(图23)。再者,本发明人发现, 通过向宿主细胞导入有AI462015来源的一部分的序列的核酸分子而使表达,可使希望得 到的多肽的生产量增加。
[0119] 上述的AI462015来源的序列或其一部分的序列不仅在小鼠、仓鼠等的啮齿类,在 人中也保守,在其他哺乳动物或鱼类、昆虫等的动物中也被认为是保守性高的序列。从而, 对应于AI462015来源的序列或其一部分的序列的各种动物细胞的来源的NfkBia mRNA 3' 侧非翻译区域的部分序列或其互补序列也可作为本发明的APES的序列使用。
[0120] APES之一的具体例是在小鼠 AI462015来源的一部分的序列、或者那样的部分序 列中有1~数个的碱基取代、缺损或附加的序列。特别是,可举出由自5'侧第4G~第168C 的碱基序列组成的165个碱基的DNA序列(SEQ ID N0:2、APES165)、或者其互补(反义)DNA 序列或含自这些DNA转录的RNA序列的序列、或者此序列中的任意的长度的部分序列。或 者,可举出由自5'侧第4G至3'末端的T的碱基序列组成的434碱基的DNA序列(SEQ ID NO: 3、APES434)、或者其互补(反义)DNA序列或含自这些DNA转录的RNA序列的序列、或者 来源于此序列的任意的长度的部分序列。在含对应于小鼠 AI462015的序列的人、仓鼠、大 鼠等的哺乳类来源的序列的序列或它们的部分序列、或者那样的部分序列中也包括1~数 个的碱基被取代、缺损或附加的碱基序列。
[0121] 在一实施方式中,APES有AI462015中的5'侧第4~第133碱基序列(SEQ ID N0:4、APES130)或此序列来源的一部分的序列。例如,可举出5'侧第4~第68(SEQ ID N0:5、APES4-68)、或者第 69 ~第 133(SEQ ID N0:6、APES69-133)的 DNA 序列或其互补 DNA 序列或自这些DNA转录的序列。
[0122] 在一实施方式中,APES有AI462015中的5'侧第40~第9152碱基(SEQ ID NO:7) 的序列、或者该52个碱基在任意的位置被切断的一部分序列来源的序列。例如,可举出前 半部分(APES40-68的29碱基、或者APES40-63的24碱基、或者APES40-61的22碱基)或 后半部分(APES69-91的23碱基)的DNA序列或其互补DNA序列(各自与SEQ ID NO:8~ 11相当)或自这些DNA转录的序列。
[0123] 上述的52碱基是除一碱基外与大鼠 NfkBia基因的3'侧非翻译区域的互补 链相同序列。另外,其5'侧的24碱基(APES40-63、SEQ ID NO:9)是与人NfkBia基 因的3'侧非翻译区域相同序列。另外,5'侧的22碱基(APES40-61、SEQ ID N0:10: AAGTACCAAAATAATTACCAAC)是与跨大鼠、恒河猴、狗、马等种的NfkBia mRNA的3'侧非翻译 区域的互补链相同序列。通过使与NfkBia基因的3'侧非翻译区域互补的一部分的序列在 宿主细胞中表达来期待RNAi效果。例如,有与上述52碱基中的19~25碱基互补的序列 的RNA有通过作为microRNA (miRNA)作用于NfkBia的mRNA的非翻译区域而抑制翻译的可 能性。
[0124] 或者,APES有AI462015中的5'侧第7~第9185碱基(SEQ ID N0:29)的序列、或 者该85碱基在任意的位置被切断的一部分序列来源的序列。有与上述85碱基中的19~ 25喊基互补的序列的RNA有通过作为microRNA (miRNA)作用于NfkBia的mRNA的非翻译区 域而抑制翻译的可能性。
[0125] 在一实施方式中,APES有用21个碱基的SiRNA检索发现的序列。例如是含与 AI462015 中的第 84 ~第 104(SEQ ID N0:12、APES84-104)、第 99 ~第 119(SEQ ID N0:13、 APES99-119)、第101~第121(SEQIDN0:14、APES101-121)的DNA序列互补的序列的miRNA 序列。上述的APES 69~133中的第71~第112序列(SEQ ID NO: 16)在GeneChip上被 定量,实际上是高表达的区域,认为APES84-104作为miRNA发挥功能的可能性高。
[0126] 在别之一实施方式中,APES也可为抑制NfkBia的表达的公知的非编码RNA。作为 那样的核酸分子的例,可举出KSHV(卡波西肉瘤伴随病毒)miRNA-ΚΙ (序列信息参照X Cai et al.,Proc Natl Acad Sci U S A.2005April 12 ;102(15) :5570-5575 等)。
[0127] 另外,基于APES的结构的或功能的特征,从化学合成或生物源新单离有作为APES 的活性的核酸分子是可能的。APES的结构特征是含与作为目标的NfkBia mRNA的一部分互 补的序列的核酸分子。核酸分子的形态可为任何形态,不管是DNA、DNA的转录产物、mRNA、 cDNA,或是外来体RNA,或是化学合成单链RNA,或是化学合成双链RNA等。功能的特征是 伴随其在宿主细胞中的表达,抗体等的重组多肽的产生能力增大,或者,NfkBia的表达被抑 制。
[0128] 在从生物源单离APES时,可为任何生物来源,不特别限定。具体而言,可举出人、 黑猩猩等的灵长类、小鼠、大鼠、仓鼠等的啮齿类、牛、猪、山羊、等的家畜类、鸡等的鸟类、斑 马鱼等的鱼类、苍蝇等的昆虫类、线虫类等的动物来源的APES,优选为与人、啮齿
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