用于去除dna的方法
【专利说明】用于去除DNA的方法 发明领域
[0001] 本发明涉及一种非常有效的用于从发酵液中获得蛋白质产物的方法，其中该蛋白 质产物不含残留的宿主细胞DNA。
[0002] 发明背景
[0003] 用于从发酵液中沉淀出杂质的铝化合物的用途是已知的：W0 94/01537披露了可 溶性铝酸盐结合通过加入一种酸的同步pH调整的用途；US3, 795, 586披露了一种两阶段 工艺，藉此通过使用絮凝剂（如铝酸盐）将第一非酶组分从发酵液中去除，并且然后用另一 种絮凝剂沉淀出可溶性酶产物；并且W0 96/38469披露了结合另一种絮凝剂、溶液的澄清 和膜浓缩的W0 94/01537的方法。
[0004] 然而，从发酵液中去除残留的宿主细胞DNA是非常困难的，因此在本领域中迫切 需要开发程序来克服残留DNA的问题。
[0005] 发明概述
[0006] 已经出人意料地发现，已经用聚合氯化铝处理的发酵液不含残留宿主细胞DNA，意 味着每克发酵液的DNA小于10ng，即低于检测限，因此本发明要求：
[0007] -种用于从发酵液中去除残留宿主细胞DNA的方法，该发酵液包含感兴趣的蛋白 质和产生该感兴趣的蛋白质的微生物，所述方法包括：
[0008] a)将聚合氯化铝添加至该发酵液，并且
[0009]b)从该发酵液中分离絮凝的微生物。
[0010] 一种用于从发酵液中去除残留宿主细胞DNA的方法，该发酵液包含感兴趣的蛋白 质和产生该感兴趣的蛋白质的微生物，所述方法包括：
[0011]a)从该发酵液中分离微生物，并且
[0012] b)将聚合氯化铝添加至该发酵液。
[0013] 一种用于从发酵液和后续下游工艺液体中去除残留宿主细胞DNA的方法，该发酵 液和后续下游工艺液体包含感兴趣的蛋白质和产生该感兴趣的蛋白质的微生物，所述方法 包括：
[0014]a)将聚合氯化铝添加至该发酵液并且添加至该后续下游工艺液体，
[0015]b)从该发酵液中分离絮凝的微生物并且
[0016]c)在添加聚合氯化铝之后精制该后续下游工艺液体。
【附图说明】
[0017]图1披露了PCR扩增的残留DNA片段的琼脂糖凝胶电泳，所述残留DNA片段来自 未处理培养液和实例1的GC850?絮凝样品的超滤浓缩物（UF浓缩物）。由对应泳道中的 凝胶上的条带（箭头）指示残留DNA的存在。该PCR条带的强度与样品中存在的残留DNA 的量直接关联。
[0018]图2披露了PCR扩增的残留DNA片段的琼脂糖凝胶电泳，所述残留DNA片段来自 未处理培养液和实例1的NordPAC18?絮凝样品的超滤浓缩物（UF浓缩物）。由对应泳道 中的凝胶上的条带（箭头）指示残留DNA的存在。
[0019]图3披露了PCR扩增的残留DNA片段的琼脂糖凝胶电泳，所述残留DNA片段来自 未处理培养液和实例2的NordPAC18?、GC850?和铝酸钠絮凝样品的超滤浓缩物（UF浓缩 物）。由对应泳道中的凝胶上的条带（箭头）指示残留DNA的存在。
[0020] 发明的详细说明
[0021] 本发明涉及一种简单且非常有效的从发酵液中去除残留宿主细胞DNA的方法。在 本发明的范围之内，宿主细胞DNA被定义为包括来自生产菌株的基因组DNA和编码感兴趣 的蛋白质的DNA片段。
[0022] 能够产牛感兴趣的蛋白质的微牛物
[0023] 该微生物宿主细胞可以是任何属的宿主细胞。所希望的蛋白质与能够产生感兴趣 的蛋白质的宿主细胞可以是同源的或异源的。
[0024] 术语"同源蛋白质"意指由源于其中产生它的宿主细胞的基因编码的蛋白质。
[0025] 术语"异源蛋白质"意指由相对于其中产生它的宿主细胞为外来的基因编码的蛋 白质。
[0026] 如在此使用的，术语"重组宿主细胞"意指包含编码所希望的蛋白质的基因（一种 或多种）并且能够表达所述基因（一种或多种）而产生该希望的蛋白质的宿主细胞。可以 使用本领域熟知的技术经由转化、转染、转导或诸如此类的方法使所希望的蛋白质编码基 因（一种或多种）进入重组宿主细胞中。
[0027] 当所希望的蛋白质是一种异源蛋白质时，能够产生该希望的蛋白质的重组宿主细 胞优选地是真菌或细菌来源的。重组宿主细胞的选择将在很大程度上取决于编码该希望的 蛋白质的基因和所述蛋白质的来源。
[0028] 如在此使用的，术语"野生型宿主细胞"是指天然地包含编码所希望的蛋白质的基 因（一种或多种）并且能够表达所述基因（一种或多种）的宿主细胞。
[0029]"其突变体"可以是一种其中一个或多个基因已经被缺失（例如，为了富集所希望 的蛋白质制剂）的野生型宿主细胞。
[0030] 在一个优选实施例中，该重组或野生型微生物宿主细胞是细菌或真菌。
[0031] 该微生物宿主细胞可以是酵母细胞，例如假丝酵母属、汉逊酵母属、克鲁维酵母 属、毕赤酵母属、酿酒酵母属、裂殖酵母属、或耶氏酵母属菌株。在另一方面，该菌株是卡尔 斯伯酵母、酿酒酵母、糖化酵母、道格拉斯酵母、克鲁维酵母、诺地酵母、或卵形酵母菌株。
[0032]该微生物宿主细胞可以是丝状真茵菌株，例如枝顶孢属（Acremonium)、 伞菌属（Agaricus)、链格孢属（Alternaria)、曲霉菌属（Aspergillus)、短梗霉属 (Aureobasidium)、葡萄座腔菌属（Botryospaeria)、拟赌菌属（Ceriporiopsis)、毛 口彖壳属（Chaetomidium)、金孢子菌属（Chrysosporium)、麦角菌属（Claviceps)、旋孢 腔菌属（Cochliobolus)、鬼伞属（Coprinopsis)、乳白蚁属（Coptotermes)、棒囊壳属 (Corynascus)、隐丛赤壳菌属（Cryphonectria)、隐球菌属（Cryptococcus)、色二抱属 (Diplodia)、黑耳属（Exidia)、线黑粉酵母属（Filibasidium)、镰刀菌属（Fusarium)、赤 霉属（Gibberella)、全鞭毛虫属（Holomastigotoides)、腐质霉属（Humicola)、耙齿菌 属（Irpex)、香葫属（Lentinula)、小腔球菌属（Leptospaeria)、梨孢属（Magnaporthe)、 黑果菌属（Melanocarpus)、亚灰树花菌属（Meripilus)、毛霉属（Mucor)、毁丝霉 属（Myceliophthora)、新美鞭菌属（Neocallimastix)、链抱菌属（Neurospora)、拟 青霉属（Paecilomyces)、青霉菌属（Penicillium)、平革菌属（Phanerochaete)、瘤 胃壶菌属（Piromyces)、Poitrasia、假黑盘菌属（Pseudoplectania)、假披发虫属 (Pseudotrichonympha)、根毛霉菌属（Rhizomucor)、裂糟菌属（Schizophyllum)、柱顶 孢属（Scytalidium)、踝节菌属（Talaromyces)、嗜热子囊菌属（Thermoascus)、梭孢 壳霉属（Thielavia)、弯颈霉属（Tolypocladium)、木霉属（Trichoderma)、长毛盘菌 属（Trichophaea)、轮枝孢属（Verticillium)、小包脚蒴属（Volvariella)、或炭角菌属 (Xylaria)菌株。
[0033]在另一方面，该菌株是解纤维枝顶孢霉（Acremoniumcellulolyticus)、棘孢曲 霉（Aspergillusaculeatus)、泡盛曲霉（Aspergillusawamori)、臭曲霉（Aspergillus foetidus)、烟曲霉（Aspergillusfumigatus)、日本曲霉（Aspergillusjaponicus)、构 巢曲霉（Aspergillusnidulans)、黑曲霉（Aspergillusniger)、米曲霉（Aspergillus oryzae)、狭边金孢子菌（Chrysosporiuminops)、嗜角质金孢子菌（Chrysosporium keratinophilum)、拉克悼金抱子菌（Chrysosporiumlucknowense)、类状金抱子菌 (Chrysosporiummerdarium)、毯金抱子菌（Chrysosporiumpannicola)、昆士兰金抱子 菌（Chrysosporiumqueenslandicum)、热带金抱子菌（Chrysosporiumtropicum)、带纹 金抱子菌（Chrysosporiumzonatum)、杆抱状镜抱（Fusariumbactridioides)、禾谷镜 抱（Fusariumcerealis)、库威镜抱（Fusariumcrookwellense)、黄色镜刀菌（Fusarium culmorum)、禾谷镜刀菌（Fusariumgraminearum)、禾赤镜抱（Fusariumgraminum)、异抱 镜抱（Fusariumheterosporum)、合欢木镜抱（Fusariumnegundi)、尖抱镜刀菌（Fusarium oxysporum)、多枝镜抱（Fusariumreticulatum)、粉红镜抱菌（Fusariumroseum)、接 骨木镜抱（Fusariumsambucinum)、肤色镜抱（Fusariumsarcochroum)、拟枝抱镜刀菌 (Fusariumsporotrichioides)、硫色镜刀菌（Fusariumsulphureum)、圆镜抱（Fusarium torulosum)、拟丝抱镜刀菌（Fusariumtrichothecioides)、镶片镜抱菌（Fusarium venenatum)、灰腐质霉（Humicolagrisea)、特异腐质霉（Humicolainsolens)、疏棉状腐 质霉（Humicolalanuginosa)、白囊耙齿菌（Irpexlacteus)、米黑毛霉（Mucormiehei)、 嗜热毁丝霉（Myceliophthorathermophila)、粗糖脉抱菌（Neurosporacrassa)、绳状 青霉菌（Penicilliumfuniculosum)、产紫青霉（Penicilliumpurpurogenum)、黄抱原 毛平革菌(Phanerochaetechrysosporium)、无色梭抱壳（Thielaviaachromatica)、 成层梭抱壳菌（Thielaviaalbomyces)、白毛梭抱壳（Thielaviaalbopilosa)、澳洲 梭抱壳（Thielaviaaustraleinsis)、类梭抱壳（Thielaviafimeti)、小抱梭抱壳 (Thielaviamicrospora)、卵抱梭抱壳（Thielaviaovispora)、秘鲁梭抱壳（Thielavia peruviana)、毛梭抱壳（Thielaviasetosa)、瘤抱梭抱壳（Thielaviaspededonium)、耐热 梭抱壳（Thielaviasubthermophila)、土生梭抱壳（Thielaviaterrestris)、哈茨木霉 (Trichodermaharzianum)、康宁木霉（Trichodermakoningii)、长枝木霉（Trichoderma longibrachiatum)、里氏木霉（Trichodermareesei)、或绿色木霉（Trichodermaviride) 菌株。
[0034] 在一方面，该真菌