宿主细胞是选自下组的菌株，该组由以下各项组成：假丝酵母 属（Candida)、汉逊酵母属（Hansenula)、克鲁维酵母属（Kluyveromyces)、毕赤酵母属 (Pichia)、酿酒酵母属（Saccharomyces)、裂殖酵母属（Schizosaccharomyces)、耶氏酵母属 (Yarrowia)、枝顶孢属（Acremonium)、曲霉属（Aspergillus)、镰刀菌属（Fusarium)、腐质 霉属（Humicola)、毛霉属（Mucor)、毁丝霉属（Myceliophthora)、链抱霉属（Neurospora)、 青霉属（Penicillium)、梭孢壳属（Thielavia)、弯颈霉属（Tolypocladium)、和木霉属 (Trichoderma)〇
[0035] 在一个更优选的实施例中，该丝状真菌宿主细胞选自下组，该组由以下各项组成： 木霉属和曲霉属宿主细胞，具体地为哈茨木霉、康宁木霉、长枝木霉、里氏木霉、绿色木霉、 泡盛曲霉、烟曲霉、臭曲霉、日本曲霉、构巢曲霉、黑曲霉或米曲霉菌株，尤其是里氏木霉菌 株。
[0036] 在另一个优选实施例中，该重组或野生型微生物宿主细胞是细菌。微生物宿主细 胞的实例包括选自下组的宿主细胞，该组包括革兰氏阳性细菌，如芽孢杆菌属（Bacillus)、 梭菌属（Clostridium)、肠球菌属（Enterococcus)、土芽抱杆菌属（Geobacillus)、乳杆菌 属（Lactobacillus)、乳球菌属（Lactococcus)、海洋芽抱杆菌属（Oceanobacillus)、葡 萄球菌属（Staphylococcus)、链球菌属（Streptococcus)、或链霉菌属（Streptomyces)， 或包括革兰氏阴性细菌，如弯曲杆菌属（Campylobacter)、埃希氏菌属（Escherichia)、黄 杆菌属（Flavobacterium)、梭杆菌属（Fusobacterium)、螺旋杆菌属（Helicobacter)、泥 杆菌属（Ilyobacter)、奈瑟氏菌属（Neisseria)、假单胞菌属（Pseudomonas)、沙门菌属 (Salmonella)、或脈原体属（Ureaplasma) 〇
[0037] 在一方面，该细菌宿主细胞是嗜碱芽孢杆菌（Bacillusalkalophilus)、解淀粉芽 抱杆菌（Bacillusamyloliquefaciens)、短芽抱杆菌（Bacillusbrevis)、环状芽抱杆菌 (Bacilluscirculans)、克劳氏芽抱杆菌（Bacillusclausii)、凝结芽抱杆菌（Bacillus coagulans)、坚强芽抱杆菌（Bacillusfirmus)、灿烂芽抱杆菌（Bacilluslautus)、迟 缓芽抱杆菌（Bacilluslentus)、地衣芽抱杆菌（Bacilluslicheniformis)、巨大芽抱 杆菌（Bacillusmegaterium)、短小芽孢杆菌（Bacilluspumilus)、嗜热脂肪芽孢杆菌 (Bacillusstearothermophilus)、枯草芽抱杆菌（Bacillussubtilis)、或苏云金芽抱杆 菌（Bacillusthuringiensis)〇
[0038]在另一方面，该细菌宿主细胞是似马链球菌（Streptococcusequisimilis)、酿脓 链球菌（Streptococcuspyogenes)、乳房链球菌（Streptococcusuberis)、或马链球菌兽 疫亚种（StreptococcusequisubspeciesZooepidemicus) 〇
[0039]在另一方面，该细菌宿主细胞是鼠灰链霉菌（Streptomycesmurinus)、不产色链 霉菌（Streptomycesachromogenes)、阿维链霉菌（Streptomycesavermitilis)、天蓝色链 霉菌（Streptomycescoelicolor)、灰色链霉菌（Streptomycesgriseus)或变铅青链霉菌 (Streptomyceslividans)菌株^在另一方面，该细菌宿主细胞是大肠杆菌。
[0040] 在另一方面，该细菌宿主细胞选自下组，该组由以下各项组成：芽孢杆菌属、链霉 菌属、埃希氏菌属、布丘氏菌属（Buttiauxella)和假单胞菌属。
[0041] 这些物种的菌株可以容易地在许多培养物保藏中心为公众获得，如美国典型培养 物保藏中心（ATCC)、德国微生物菌种保藏中心（DeutscheSammlungvonMikroorganismen undZellkulturenGmbH，DSMZ)、荷兰菌种保藏中心（CentraalbureauVoor Schimmelcultures，CBS)、以及美国农业研究菌种保藏中心北方地区研究中心（NRRL)。
[0042] 感兴趣的蛋白质
[0043] 根据本发明，感兴趣的蛋白质可以是肽或多肽。根据本发明的优选肽含有从5到 100个氨基酸；优选从10到80个氨基酸；更优选从15到60个氨基酸。根据本发明的有待 回收的优选肽是一种抗微生物肽、脂肽或另一种功能肽，如布拉齐甜蛋白（brazzein)。
[0044] 优选的多肽可以是可由微生物产生的任何蛋白质。该蛋白质可以是一种酶。
[0045] 在一个优选的实施例中，该感兴趣的蛋白质是一种酶。在一个优选实施例中， 该方法应用于一种水解酶（根据酶命名法（EnzymeNomenclature);国际生物化学联 合会命名委员会的建议（Reco_endationsoftheNomenclatureCommitteeofthe InternationalUnionofBiochemistry)的EC3 类）。
[0046] 在特别优选的实施例中，选自下组的酶是优选的，该组由以下各项组成：淀粉酶、 蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶、木聚糖酶、甘露聚糖酶、植酸酶、木糖异构酶、乳糖酶、乙酰乳酸 脱羧酶、果胶酶、角质酶、裂解酶、阿拉伯糖酶、半乳聚糖酶、氧化酶、漆酶、过氧化物酶和天 冬酰胺酶。
[0047]淀粉酶：一种淀粉酶可以是根据本发明产生的所希望的酶。淀粉酶包括a-淀粉 酶、淀粉酶、普鲁兰酶以及麦芽糖淀粉酶。
[0048]a_淀粉酶可以来源于芽胞杆菌属，例如来源于地衣芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、 枯草芽孢杆菌以及嗜热脂肪芽孢杆菌的菌株。其他a-淀粉酶包括来源于芽孢杆菌属菌株 NCIB12289、NCIB12512、NCIB12513或DSM9375的a-淀粉酶，所有的这些详细描述在 W0 95/26397中，或冢本（Tsukamoto)等人，《生物化学和生物物理研宄通讯》(Biochemical andBiophysicalResearchCommunications)，151 (1988)，25-31 页中描述的a-淀粉酶。
[0049] 其他a-淀粉酶包括来源于丝状真菌、优选曲霉属菌株（例如米曲霉和黑曲霉） 的a_淀粉酶。
[0050] 在一个优选的实施例中，所希望的酶是来源于米曲霉的a-淀粉酶，如具有显示 在TO96/23874中的SEQIDN0 :10中的氨基酸序列的a-淀粉酶。
[0051] 所希望的酶还可以是来源于黑曲霉的a-淀粉酶，尤其是在Swiss-prot/TeEMBL 数据库中在原始登录号P56271下披露为"AMYA_ASPNG"的a-淀粉酶。
[0052] 所希望的酶还可以是一种0 _淀粉酶，例如披露于W.M.福格蒂（W.M.Fogarty)和 C.T?凯利（C.T.Kelly)，《工业微生物进展》（ProgressinIndustrialMicrobiology)，第 15卷，112-115页，1979中的任何植物和微生物的-淀粉酶。
[0053] 所希望的酶还可以是一种麦芽糖淀粉酶。"麦芽糖淀粉酶"（葡聚糖1，4-a-麦芽 糖水解酶，E.C. 3. 2. 1. 133)能够将直链淀粉和支链淀粉水解成a构型的麦芽糖。一种感 兴趣的麦芽糖淀粉酶是来源于嗜热脂肪芽孢杆菌菌株NCIB11837的麦芽糖淀粉酶。麦芽 糖a-淀粉酶描述于美国专利号4, 598, 048 ;4, 604, 355 ;以及6, 162, 628中。
[0054]可商购的淀粉酶是Duramyl?、TermamylSC?、TermamylUltra?、Stainzyme?、 Natalase?、Novamyl?和BAN?(诺维信公司）、Rapidase?和Purastar?(购自杰能科国际 有限公司）。
[0055] 所希望的酶还可以是普鲁兰酶，包括葡糖淀粉酶（EC3.2. 1.41)，其作用于支 链淀粉的非还原端以产生葡萄糖，也称为a-糊精6-葡聚糖水解酶或真普鲁兰酶或极 限糊精酶；作用于支链淀粉中的a-(1，6)_糖苷键以产生麦芽三糖的普鲁兰酶；水解 a_(1，4)-键以产生异葡糖基麦芽糖的异普鲁兰酶；以及作用于a-(1，4)-键以产生潘糖 的新普鲁兰酶。
[0056] 蛋白酶：适合的蛋白酶包括动物、植物或微牛物来源的那些。优选为微生物来源。 包括化学修饰的或蛋白工程化的突变体。该蛋白酶可以是丝氨酸蛋白酶或金属蛋白酶，优 选碱性微生物蛋白酶或胰蛋白酶样蛋白酶。碱性蛋白酶的实例为枯草杆菌蛋白酶，特别是 源自芽孢杆菌属的那些，例如枯草杆菌蛋白酶Novo、枯草杆菌蛋白酶Carlsberg、枯草杆菌 蛋白酶309、枯草杆菌蛋白酶147以及枯草杆菌蛋白酶168(在W0 89/06279中描述）。胰蛋 白酶样蛋白酶的实例是胰蛋白酶（例如来自猪或牛的）和如W0 89/06270和W0 94/25583 中所描述的镰刀菌属的蛋白酶。
[0057] 其他适合的蛋白酶是描述于例如W0 2005/115445中的用于胰酶替代的拟诺卡菌 属蛋白酶。
[0058] 适合的可商购蛋白酶包括以下列商品名出售的那些：Alcalase?、DuralaseTm、 Durazym'Relase?、Relase?Ultra、Savinase?、Savinase⑧Ultra、 Primase?、Polarzyme?、Kannase?、Liquanase?、Liquanase?Ultra、 Ovozyme?、Coronase?、Coronase?Ultra、Neutrase?、Everlase? 以及Esperase⑧（诺维 信公司），以下列商品名出售的那些：Maxatase?、Maxacalj〇、Maxapem?、Purafect$)、 PurafectPrime?、PreferenzTm、PurafectMA?、PurafectOx?、Purafect OxP?、Puramax?、pr〇perase?、EffectenzTm、FN2?、FN3?、FN4_,Excellase?、Opticleaii?、Optimase? 以及ExcellenzP1000(丹尼斯克/杜邦公司（Danisco/DuPont))、Axapem?(吉斯特布罗 卡德斯公司（Gist-BrocasesN.V.))、BLAP(序列示于US5352604的图29中）及其变体 (汉高股份（HenkelAG))以及来自花王株式会社（Kao)的KAP(嗜碱芽孢杆菌枯草杆菌蛋 白酶）。
[0059] 脂肪酶或角质酶：适合的脂肪酶和角质酶包括细菌或真菌来源的那些。包括 化学修饰的或蛋白工程化的突变体酶。实例包括来自嗜热真菌属（Thermomyces)例 如来自如在EP258068和EP305216中描述的疏棉状嗜热丝孢菌（T.lanuginosus) (之前命名为柔毛腐质霉（Humicolal